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JP5663859B2 - 非アミノ有機酸生産菌および非アミノ有機酸の製造方法 - Google Patents

非アミノ有機酸生産菌および非アミノ有機酸の製造方法 Download PDF

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Description

本発明は、新規な非アミノ有機酸生産菌およびそれを用いた非アミノ有機酸の製造に関するものである。
コハク酸などの非アミノ有機酸を発酵により生産する場合、通常、Anaerobiospirillum属、Actinobacillus属等の嫌気性細菌が用いられている(特許文献1及び2、非特許文献1)。嫌気性細菌を用いる場合は、生産物の収率が高いが、その一方では、増殖するために多くの栄養素を要求するために、培地中に多量のCSL(コーンスティープリカー)などの有機窒素源を添加する必要がある。これらの有機窒素源を多量に添加することは培地コストの上昇をもたらすだけでなく、生産物を取り出す際の精製コストの上昇にもつながり経済的でない。
また、コリネ型細菌のような好気性細菌を好気性条件下で一度培養し、菌体を増殖させた後、集菌、洗浄し、静止菌体として酸素を通気せずに非アミノ有機酸を生産する方法も知られている(特許文献3及び4)。この場合、菌体を増殖させるに当たっては、有機窒素の添加量が少なくてよく、簡単な培地で十分増殖できるため経済的ではあるが、非アミノ有機酸の生成量、生成濃度、及び菌体当たりの生産速度の向上、製造プロセスの簡略化等、改善の余地があった。
組換え微生物を用いた非アミノ有機酸の発酵生産方法として、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼの活性を増強させたコリネ型細菌を用いる方法などが報告されていたが(例えば、特許文献5参照)、糖の取り込みに関与するsugar phosphotransferase(PTS)の活性を増強させた細菌を用いて非アミノ有機酸を製造することは、これまで報告されていなかった。そして、非特許文献2にはptsS遺伝子の破壊株が開示されており、ptsSがスクロースの取り込みに関与することが示唆されているが、ptsS遺伝子の発現を増強した株については開示されておらず、ptsSとコハク酸などの非アミノ有機酸生産との関係は不明であった。
米国特許第5,143,834号公報 米国特許第5,504,004号公報 特開平11−113588号公報 特開平11−196888号公報 特開平11−196887号公報
International Journal of Systematic Bacteriology (1999), 49,207-216 FEMS Microbiol Lett. 2005 Mar 15;244(2):259-66.
本発明の課題は、より生産効率の高い非アミノ有機酸の製造方法を提供することにある。
本発明者は、上記課題を解決するために鋭意検討を行った結果、ptsS遺伝子の発現が非改変株と比較して増強するように改変された細菌あるいはその処理物を、炭酸イオン、重炭酸イオンまたは二酸化炭素ガスを含有する反応液中でスクロースに作用させることにより、消費スクロース当たりのコハク酸などの非アミノ有機酸の収率が高まることを見出し、本発明を完成するに至った。
すなわち本発明によれば、以下の発明が提供される。
(1)非アミノ有機酸生産能を有し、ptsS遺伝子の発現が非改変株と比較して増強されるように改変された細菌。
(2)ptsS遺伝子が配列番号10のアミノ酸配列と80%以上の相同性を有し、PtsS活性を有するタンパク質をコードする、(1)に記載の細菌。
(3)さらに、ラクテートデヒドロゲナーゼ活性が非改変株と比較して低減するように改変された、(1)又は(2)に記載の細菌。
(4)さらに、ピルビン酸カルボキシラーゼ活性が非改変株と比較して増強するように改変された、(1)〜(3)のいずれかに記載の細菌。
(5)さらに、アセテートキナーゼ、ホスフォオランスアセチラーゼ、ピルベートオキシダーゼおよびアセチルCoAハイドロラーゼから選択される1種類以上の酵素の活性が非改変株と比較して低減されるように改変された、(1)〜(4)のいずれかに記載の細菌。
(6)コリネ型細菌である、(1)〜(5)のいずれかに記載の細菌。
(7)コリネ型細菌がコリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、ブレビバクテリウム・フラバム(Brevibacterium flavum)又はブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム(Brevibacterium lactofermentum)である、(6)に記載の細菌。
(8)(1)〜(7)のいずれかに記載の細菌またはその処理物を、炭酸イオン、重炭酸イオン又は二酸化炭素ガスを含有する反応液中でスクロースに作用させることによって反応液中に非アミノ有機酸を生成・蓄積させ、該非アミノ有機酸を採取することを特徴とする非アミノ有機酸の製造方法。
(9)スクロースを嫌気的雰囲気下で作用させることを特徴とする、(8)に記載の方法。
(10)非アミノ有機酸がコハク酸である、(8)又は(9)に記載の方法。
(11)(10)に記載の方法によりコハク酸を製造する工程、及び前記工程で得られたコハク酸を重合する工程を含む、コハク酸含有ポリマーの製造方法。
(12)(10)に記載の方法によりコハク酸を製造する工程、及び前記工程で得られたコハク酸を原料としてコハク酸誘導体を合成する工程を含む、コハク酸誘導体の製造方法。
本発明の製造方法によれば、スクロースを用いたコハク酸などの非アミノ有機酸の製造において、消費スクロース当たりの非アミノ有機酸の収率を向上させ、効率よく非アミノ有機酸を製造することができる。
得られた非アミノ有機酸は食品添加物や医薬品、化粧品等に用いることができる。また、得られた非アミノ有機酸を原料として重合反応を行うことにより非アミノ有機酸含有ポリマーを製造することもできる。
以下、本発明の実施の形態について詳細に説明する。
本発明の細菌は、非アミノ有機酸生産能を有し、ptsS遺伝子の発現が非改変株と比較して増強するように改変された細菌である。
ここで、「非アミノ有機酸生産能を有する」とは、該細菌を培地中で培養したときに該培
地中に非アミノ有機酸を生成蓄積することができることをいう。非アミノ有機酸はアミノ酸以外の有機酸を意味するが、コハク酸、リンゴ酸、フマル酸、クエン酸、イソクエン酸、2−オキソグルタル酸、シス−アコニット酸およびピルビン酸が好ましく、コハク酸、リンゴ酸、フマル酸などのジカルボン酸がより好ましく、コハク酸が特に好ましい。
本発明におけるptsS遺伝子とは、ホスホエノールピルビン酸のリン酸基をスクロースに転移させ、同時にCytoplasmに取り込む活性(EC2.7.1.69:以下、PtsS活性という)を有するタンパク質をコードする遺伝子を意味する。PtsS活性は、例えば、J Bacteriol. 1989 Jan;171(1):263-71に記載の方法により測定することができる。
「ptsS遺伝子の発現が増強した」とは、野生株などの非改変株と比較してptsS遺伝子の発現量が増加したことを意味する。ptsS遺伝子の発現量は、非改変株と比較して、単位菌体重量当たり1.5倍以上増強されていることが好ましく、2倍以上増強されていることがより好ましい。
本発明の細菌は、本来的に非アミノ有機酸生産能を有する細菌又は育種により非アミノ有機酸生産能を付与された細菌において、ptsS遺伝子の発現量を増強させる改変を行ったものでもよいし、ptsS遺伝子の発現量を増強させる改変を行うことにより非アミノ有機酸生産能を有するようになったものでもよい。育種により非アミノ有機酸生産能を付与する手段としては、変異処理、遺伝子組換え処理などが挙げられ、例えば、コハク酸生産能を付与する場合は、後述するようなラクテートデヒドロゲナーゼ活性を低減するような改変やピルビン酸カルボキシラーゼ活性を増強するような改変などが挙げられる。
本発明に用いる細菌は、以下に示すような細菌を親株として用い、該親株を改変するこ
とによって得ることができる。親株の種類は特に限定されないが、コリネ型細菌(coryneform bacterium)、バチルス属細菌、又はリゾビウム属細菌が好ましく、コリネ型細菌がより好ましい。
バチルス属細菌としては、バチルス・ズブチリス(Bacillus subtilis)、バチルス・アミロリケファシエンス(Bacillus amyloliquefaciens)、バチルス・プミルス(Bacillus
pumilus)、バチルス・ステアロサーモフィルス(Bacillus stearothermophilus)等が挙げられ、リゾビウム属細菌としては、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)などが挙げられる。
コリネ型細菌としては、コリネバクテリウム属に属する細菌、ブレビバクテリウム属に属する細菌又はアースロバクター属に属する細菌が挙げられ、このうち好ましくは、コリネバクテリウム属又はブレビバクテリウム属に属するものが挙げられ、更に好ましくは、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、ブレビバクテリウム・フラバム(Brevibacterium flavum)、ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス(Brevibacterium ammoniagenes)又はブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム(Brevibacterium lactofermentum)に属する細菌が挙げられる。
上記細菌の親株の特に好ましい具体例としては、ブレビバクテリウム・フラバムMJ-233(FERM BP-1497)、同MJ-233 AB-41(FERM BP-1498)、ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス ATCC6872、コリネバクテリウム・グルタミカム ATCC31831、及びブレビバクテリウム・ラクトファーメンタムATCC13869等が挙げられる。なお、ブレビバクテリウム・フラバムは、現在、コリネバクテリウム・グルタミカムに分類される場合もあることから(Lielbl, W., Ehrmann, M., Ludwig, W. and Schleifer, K. H., International Journal of
Systematic Bacteriology, 1991, vol. 41, p255-260)、本発明においては、ブレビバクテリウム・フラバムMJ-233株、及びその変異株MJ-233 AB-41株はそれぞれ、コリネバクテリウム・グルタミカムMJ-233株及びMJ-233 AB-41株と同一の株であるものとする。
ブレビバクテリウム・フラバムMJ-233は、1975年4月28日に通商産業省工業技術院微生物
工業技術研究所(現独立行政法人 産業技術総合研究所 特許生物寄託センター)(〒305-8566 日本国茨城県つくば市東1丁目1番地1 中央第6)に受託番号FERM P-3068として寄託され、1981年5月1日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管され、FERM BP-1497の受託番号で寄託されている。
本発明の方法において親株として用いられる上記細菌は、野生株だけでなく、UV照射やNTG処理等の通常の変異処理により得られる変異株、細胞融合もしくは遺伝子組換え法などの遺伝学的手法により誘導される組換え株などのいずれの株であってもよい。
ptsS遺伝子の発現量の増強は、遺伝子組換え法、例えば、ptsS遺伝子のコピー数を高めること、またはこの遺伝子のプロモーターを置換することによって行うことができる。
ptsS遺伝子の発現量が増強するように改変する場合、用いることのできる遺伝子は、PtsS活性を有するタンパク質をコードする限り特に限定されないが、例えば、配列番号9の塩基配列を有するコリネバクテリウム・グルタミカム由来の遺伝子を挙げることができる。また、ptsS遺伝子は、PtsS活性を有するタンパク質をコードするものである限り、上記塩基配列の相補配列を有するDNAとストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNA、または上記塩基配列と80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、特に好ましくは99%以上の相同性を有するDNAのようなホモログであってもよい。ここで、ストリンジェントな条件としては、通常のサザンハイブリダイゼーションの洗いの条件である60℃、1×SSC,0.1%SDS、好ましくは、0.1×SSC、0.1%SDSに相当する塩濃度でハイブリダイズする条件が挙げられる。
また、ptsS遺伝子は、配列番号10のアミノ酸配列と80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、特に好ましくは99%以上の相同性を有し、PtsS活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよい。
さらに、ptsS遺伝子は、配列番号10のアミノ酸配列において、1または数個のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、PtsS活性を有するタンパク質をコードするDNAであってもよい。ここで、1または数個とは、好ましくは、1〜20個、より好ましくは1〜10個、特に好ましくは1〜5個を意味する。
また、ブレビバクテリウム・フラバムMJ-233以外のコリネ型細菌、または他の微生物又は動植物由来のptsS遺伝子を使用することもできる。微生物または動植物由来のptsS遺伝子は、既にその塩基配列が決定されている遺伝子、または配列番号9とのホモロジー等に基いてPtsS活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を微生物、動植物等の染色体より単離し、塩基配列を決定したものなどを使用することができる。また、塩基配列が決定された後には、その配列にしたがって合成した遺伝子を使用することもできる。これらはハイブリダイゼーション法やPCR法によりそのプロモーターおよびORF部分を含む領域を増幅することによって、取得することができる。
ptsS遺伝子の発現量を増強するためには、例えば、上記のようなDNAを宿主微生物で機能しうるプラスミドに発現可能に組込み、宿主微生物に導入すればよい。
ptsS遺伝子を組み込むことができるプラスミドベクターとしては、宿主細菌内での複製増殖機能を司る遺伝子を少なくとも含むものであれば特に制限されない。コリネ型細菌に遺伝子を導入するために使用できるプラスミドの具体例としては、特開平3−210184号公報に記載のプラスミドpCRY30;特開平2−72876号公報及び米国特許5,185,262号明細書公報に記載のプラスミドpCRY21、pCRY2KE、pCRY2KX、pCRY31、pCRY3KE及びpCRY3KX;特開平1−191686号公報に記載のプラスミドpCRY2およびpCRY3;特開昭58−67679号公報に記載のpAM330;特開昭58−77895号公報に記載のpHM1519;特開昭58−192900号公報に記載のpAJ655、pAJ611及びpAJ1844;特開昭57−134500号公報に記載のpCG1;特開昭58−35197号公報に記載
のpCG2;特開昭57−183799号公報に記載のpCG4およびpCG11等を挙げることができる。
それらの中でもコリネ型細菌の宿主−ベクター系で用いられるプラスミドベクターとしては、コリネ型細菌内でプラスミドの複製増殖機能を司る遺伝子とコリネ型細菌内でプラスミドの安定化機能を司る遺伝子とを有するものが好ましく、例えば、プラスミドpCRY30、pCRY21、pCRY2KE、pCRY2KX、pCRY31、pCRY3KEおよびpCRY3KX等が好適に使用される。
なお、DNAの切断、連結、その他、染色体DNAの調製、PCR、プラスミドDNAの調製、形質転換、プライマーとして用いるオリゴヌクレオチドの設定等の方法は、当業者によく知られている通常の方法を採用することができる。これらの方法は、Sambrook, J., Fritsch, E. F., and Maniatis, T., "Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second Edition", Cold Spring Harbor Laboratory Press, (1989)等に記載されている。
ptsS遺伝子を、上記したようなコリネ型細菌内で複製可能なプラスミドベクターの適当な部位に挿入して得られる組み換えベクターで、コリネ型細菌、例えばブレビバクテリウム・フラバム(Brevibacterium flavum)MJ-233株(FERM BP-1497)を形質転換することにより、ptsS遺伝子の発現が増加したコリネ型細菌が得られる。
形質転換は、例えば、電気パルス法(Res. Microbiol., Vol.144, p.181-185, 1993)
等によって行うことができる。
また、ptsS遺伝子の発現量の増強は、公知の相同組換え法によって染色体上でptsS遺伝子を多コピー化させることによって行うこともできる。
また、ptsS遺伝子の発現量の増強は、宿主染色体上でptsS遺伝子のプロモーターを置換または改変することによっても行うことができる。プロモーター置換の方法としては、例えば、sacB遺伝子を用いる方法(Schafer,A.et al.Gene 145 (1994)69-73)が挙げられる。
上記組み換えプラスミドによる導入または染色体上への相同組換えにおいて、ptsS遺伝子を発現させるためのプロモーター、または染色体上のptsS遺伝子のプロモーターを置換するために使用するプロモーターは、宿主細菌で機能しうるものであれば特に制限されないが、嫌気的条件下で転写活性が抑制されないプロモーターが好ましく、例えば、大腸菌で用いられるtacプロモーターや、trcプロモーターなどが挙げられる。
このように、プロモーターを適宜選択することによって、ptsS遺伝子の発現量の調節が可能である。
以上、コリネ型細菌を用いる例を述べたが、他の細菌を用いる場合も同様の方法によって、ptsS遺伝子の発現増強を達成することができる。
本発明の細菌は、ptsS遺伝子の発現増強に加えて、ラクテートデヒドロゲナーゼ(LDHともよぶ)活性が低減するように改変された細菌であってもよい。ここで、「LDH活性が低減された」とは、非改変株と比較してLDH活性が低下していることをいう。LDH活性は、非改変株と比較して、単位菌体重量当たり10%以下に低減化されていることが好ましい。また、LDH活性は完全に欠損していてもよい。LDH活性が低下したことは、公知の方法(L.Kanarek and R.L.Hill, J. Biol. Chem.239, 4202 (1964))によりLDH活性を測定することによって確認することができる。コリネ型細菌のLDH活性の低減した株の具体的な作製方法としては、特開平11−206385号公報に記載されている染色体への相同組換えによる方法、あるいは、sacB遺伝子を用いる方法(Schafer, A. et al. Gene 145 (1994)
69-73)等が挙げられる。LDH活性が低減されptsS遺伝子の発現が増強されたコリネ型細菌は、例えば、LDH遺伝子が破壊された細菌を作製し、該細菌をptsS遺伝子を含む組換えベクターで形質転換することにより得ることができる。ただし、LDH活性低減のための改変操作とptsS遺伝子の発現増強のため改変操作はどちらを先に行ってもよい。
また、本発明に用いる細菌は、ptsS遺伝子の発現増強に加えて、ピルビン酸カルボキシラーゼ(以下、PCとも呼ぶ)の活性が増強するように改変された細菌であってもよい。「PC活性が増強される」とは、PC活性が野生株又は親株等の非改変株に対して、単位菌体重量あたり好ましくは1.5倍以上、より好ましくは3倍以上増加していることをいう。PC活性が増強されたことは、公知の方法(Magasanikの方法[J.Bacteriol., 158, 55-62, (1984)])によりPC活性を測定することによって確認することができる。このような細菌は、例えば、ptsS遺伝子の発現が増強されたコリネ型細菌に、pc遺伝子を導入することにより得ることができる。なお、PC活性の増強とptsS遺伝子の発現増強のための改変操作はいずれの操作を先に行ってもよい。
pc遺伝子の導入は、上記ptsS遺伝子の導入と同様にして行うことができる。具体的には、例えば、特開平11-196888号公報に記載の方法と同様にして、pc遺伝子をコリネ型細菌中で高発現させることにより行うことができる。具体的なpc遺伝子としては、例えば、コリネバクテリウム・グルタミカム由来のpc遺伝子(Peters-Wendisch, P.G. et al. Microbiology, vol.144 (1998) p915-927)などを用いることができる。また、pc遺伝子は、該コリネバクテリウム・グルタミカム由来のpc遺伝子とストリンジェントな条件でハイブリダイズするDNA、または該遺伝子の塩基配列と80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上、特に好ましくは99%以上の相同性を有するDNAであって、PC活性を有するタンパク質をコードするDNAも好適に用いることができる。
さらに、コリネバクテリウム・グルタミカム以外のコリネ型細菌、または他の微生物又は動植物由来のpc遺伝子を使用することもできる。特に、以下に示す微生物または動植物由来のpc遺伝子は、その配列が既知(以下に文献を示す)であり、上記と同様にしてハイブリダイゼーションにより、あるいはPCR法によりそのORF部分を増幅することによって、取得することができる。
ヒト [Biochem.Biophys.Res.Comm., 202, 1009-1014, (1994)]
マウス[Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 90, 1766-1779, (1993)]
ラット[GENE, 165, 331-332, (1995)]
酵母;サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)
[Mol.Gen.Genet., 229, 307-315, (1991)]
シゾサッカロマイセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)
[DDBJ Accession No.; D78170]
バチルス・ステアロサーモフィルス(Bacillus stearothermophilus)
[GENE, 191, 47-50, (1997)]
リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)
[J.Bacteriol., 178, 5960-5970, (1996)]
さらに、本発明の細菌は、ptsS遺伝子の発現増強に加えて、アセテートキナーゼ(以下、ACKとも呼ぶ)、ホスフォトランスアセチラーゼ(以下、PTAとも呼ぶ)、ピルベートオキシダーゼ(以下、POXBとも呼ぶ)およびアセチルCoAハイドロラーゼ(以下、ACHとも呼ぶ)からなる群より選ばれる1種類以上の酵素の活性が低減するように改変された細菌であってもよい。
PTAとACKはいずれか一方を活性低下させてもよいが、酢酸の副生を効率よく低減させるためには、両方の活性を低下させることがより好ましい。
「PTA活性」とは、アセチルCoAにリン酸を転移してアセチルリン酸を生成する反応を触媒する活性をいう。「PTA活性が低減するように改変された」とは、PTA活性が、非改変株、例えば野生株よりも低くなったことをいう。PTA活性は非改変株と比較して、単位菌体重量当たり30%以下に低下していることが好ましく、単位菌体重量当たり10%以下に低下していることがより好ましい。また、PTA活性は完全に消失していてもよい。PTA活性が低下したことは、Klotzschらの方法(Klotzsch, H. R., Meth Enzymol. 12, 381-386(1969))
により、PTA活性を測定することによって確認することができる。
「ACK活性」は、アセチルリン酸とADPから酢酸を生成する反応を触媒する活性をいう。「ACK活性が低減するように改変された」とは、ACK活性が、非改変株、例えば野生株よりも低くなったことをいう。ACK活性は非改変株と比較して、菌体当たり30%以下に低下していることが好ましく、菌体当たり10%以下に低下していることがより好ましい。また、ACK活性は完全に消失していてもよい。ACK活性が低下したことは、Ramponiらの方法(Ramponi G., Meth. Enzymol. 42,409-426(1975))により、ACK活性を測定することによって確認することができる。
なお、コリネバクテリウム・グルタミカム(ブレビバクテリウム・フラバムに分類されるものも含む)においては、Microbiology. 1999 Feb;145 (Pt 2):503-13に記載されているように、両酵素はpta−ackオペロン(GenBank Accession No. X89084)にコードされているため、pta遺伝子を破壊した場合は、PTA及びACKの両酵素の活性を低下させることができる。
PTAおよびACKの活性低下は、公知の方法、例えば、相同組換えを利用する方法やsacB遺伝子を用いる方法(Schafer, A. et al. Gene 145 (1994) 69-73)に従ってこれらの遺伝子を破壊することによって行うことができる。具体的には、特開2006-000091号公報や後
述の実施例に開示された方法に従って行うことができる。pta遺伝子およびack遺伝子としては、上記GenBank Accession No. X89084の塩基配列を有する遺伝子のほか、宿主染色体上のpta遺伝子およびack遺伝子と相同組換えを起こす程度の相同性を有する遺伝子を用いることもできる。ここで、相同組換えを起こす程度の相同性とは、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。また、上記遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るDNAであれば、相同組換えは起こり得る。
「POXB活性」は、ピルビン酸と水から酢酸を生成する反応を触媒する活性をいう。「POXB活性が低減するように改変された」とは、POXB活性が、非改変株、例えば野生株よりも低くなったことをいう。POXB活性は非改変株と比較して、単位菌体重量当たり30%以下に低下していることが好ましく、10%以下に低下していることがより好ましい。「低下」には活性が完全に消失した場合も含まれる。POXB活性が低下したことは、Changらの方法(Chang Y. and Cronan J. E. JR, J.Bacteriol.151,1279-1289(1982))により、POXB活性を測定することによって確認することができる。
POXB活性の低下は、公知の方法、例えば、相同組換えを利用する方法やsacB遺伝子を用いる方法(Schafer, A. et al. Gene 145 (1994) 69-73)に従ってpoxB遺伝子を破壊することにより行うことができる。具体的には、WO2005/113745や後述の実施例に開示された方法に従って行うことができる。poxB遺伝子としては、例えば、GenBank Accession No.Cgl2610(GenBank Accession No. BA000036の2776766-2778505番目の相補鎖)の塩基配列を有する遺伝子が挙げられるが、宿主細菌の染色体DNA上のpoxB遺伝子と相同組換えを起こす程度の相同性を有していればよいため、該配列の相同遺伝子も使用することができる。ここで、相同組換えを起こす程度の相同性とは、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。また、上記遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るDNAであれば、相同組換えは起こり得る。
「ACH活性」は、アセチルCoAから酢酸を生成する反応を触媒する活性をいう。「ACH活性が低減するように改変された」とは、ACH活性が、非改変株、例えば野生株よりも低くなったことをいう。ACH活性は非改変株と比較して、単位菌体重量当たり30%以下に低下していることが好ましく、10%以下に低下していることがより好ましい。尚、「低下」には
活性が完全に消失した場合も含まれる。ACH活性は、Gergely,J.,らの方法(Gergely,J., Hele,P. & Ramkrishnan,C.V. (1952) J.Biol.Chem. 198 p323-334)により測定することが出来る。
ACH活性の低下は、公知の方法、例えば、相同組換えを利用する方法やsacB遺伝子を用いる方法(Schafer, A. et al. Gene 145 (1994) 69-73)に従ってach遺伝子を破壊することによって行うことができる。具体的には、WO2005/113744や後述の実施例に開示された方法に従って行うことができる。ach遺伝子としては、例えば、GenBank Accession No.Cgl2569(GenBank Accession No.BA000036の2729376..2730917番目の相補鎖)の塩基配列を有する遺伝子が挙げられるが、宿主細菌の染色体DNA上のach遺伝子と相同組換えを起こす程度の相同性を有していればよいため、該配列の相同遺伝子も使用することができる。ここで、相同組換えを起こす程度の相同性とは、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。また、上記遺伝子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るDNAであれば、相同組換えは起こり得る。
なお、本発明において使用する細菌は、ptsS遺伝子の発現量を増強する改変に加え、上記改変のうちの2種類以上の改変を組み合わせて得られる細菌であってもよい。複数の改変を行う場合、その順番は問わない。
コハク酸などの非アミノ有機酸の製造反応に上記細菌を用いるに当たっては、寒天培地等の固体培地で斜面培養したものを直接反応に用いても良いが、上記細菌を予め液体培地で培養(種培養)したものを用いるのが好ましい。このように種培養した細菌をスクロースを含む培地で増殖させながら、スクロースと反応させることによって製造することができる。また、増殖させて得られた菌体をスクロースを含む反応液中でスクロースと反応させることによっても製造することができる。なお、好気性コリネ型細菌を本発明の方法に用いるためには、先ず菌体を通常の好気的な条件で培養した後用いることが好ましい。培養に用いる培地は、通常微生物の培養に用いられる培地を用いることができる。例えば、硫酸アンモニウム、リン酸カリウム、硫酸マグネシウム等の無機塩からなる組成に、肉エキス、酵母エキス、ペプトン等の天然栄養源を添加した一般的な培地を用いることができる。培養後の菌体は、遠心分離、膜分離等によって回収され、反応に用いられる。
本発明では細菌の菌体の処理物を使用することもできる。菌体の処理物としては、例えば、菌体をアクリルアミド、カラギーナン等で固定化した固定化菌体、菌体を破砕した破砕物、その遠心分離上清、又はその上清を硫安処理等で部分精製した画分等が挙げられる。
スクロースの使用濃度は特に限定されないが、非アミノ有機酸の生成を阻害しない範囲で可能な限り高くするのが有利であり、通常、5〜30%(W/V)、好ましくは10〜20%(W/V)の範囲内で反応が行われる。また、反応の進行に伴うスクロースの減少にあわせ、スクロースの追加添加を行っても良い。
上記スクロースを含む反応液としては特に限定されず、例えば、細菌を培養するための培地であってもよいし、リン酸緩衝液等の緩衝液であってもよい。反応液は、窒素源や無機塩などを含む水溶液であることが好ましい。ここで、窒素源としては、本微生物が資化して非アミノ有機酸を生成させうる窒素源であれば特に限定されないが、具体的には、アンモニウム塩、硝酸塩、尿素、大豆加水分解物、カゼイン分解物、ペプトン、酵母エキス、肉エキス、コーンスティープリカーなどの各種の有機、無機の窒素化合物が挙げられる。無機塩としては各種リン酸塩、硫酸塩、マグネシウム、カリウム、マンガン、鉄、亜鉛等の金属塩が用いられる。また、ビオチン、パントテン酸、イノシトール、ニコチン酸等のビタミン類、ヌクレオチド、アミノ酸などの生育を促進する因子を必要に応じて添加する。また、反応時の発泡を抑えるために、培養液には市販の消泡剤を適量添加しておくこと
が望ましい。
反応液のpHは、炭酸ナトリウム、重炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、重炭酸カリウム、炭酸マグネシウム、水酸化ナトリウム、水酸化カルシウム、水酸化マグネシウム等を添加することによって調整することができる。本反応におけるpHは、通常、pH5〜10、好ましくはpH6〜9.5であることが好ましいので、反応中も必要に応じて反応液のpHはアルカリ性物質、炭酸塩、尿素などによって上記範囲内に調節する。
本発明で用いる反応液としては、水、緩衝液、培地等が用いられるが、培地が最も好ま
しい。培地には、例えばスクロースと炭酸イオン、重炭酸イオン又は二酸化炭素ガスを含有させ、嫌気的条件で反応させることができる。炭酸イオン又は重炭酸イオンは、中和剤としても用いることのできる炭酸マグネシウム、炭酸ナトリウム、重炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、重炭酸カリウムから供給されるが、必要に応じて、炭酸若しくは重炭酸又はこれらの塩或いは二酸化炭素ガスから供給することもできる。炭酸又は重炭酸の塩の具体例としては、例えば炭酸マグネシウム、炭酸アンモニウム、炭酸ナトリウム、炭酸カリウム、重炭酸アンモニウム、重炭酸ナトリウム、重炭酸カリウム等が挙げられる。そして、炭酸イオン、重炭酸イオンは、1〜500mM、好ましくは2〜300mM、さらに好ましくは3〜200mMの濃度で添加する。二酸化炭素ガスを含有させる場合は、溶液1L当たり50mg〜25g、好ましくは100mg〜15g、さらに好ましくは150mg〜10gの二酸化炭素ガスを含有させる。
本反応に用いる細菌の生育至適温度は、通常、25℃〜35℃である。非アミノ有機酸生産反応時の温度は、通常、25℃〜40℃、好ましくは30℃〜37℃である。反応に用いる菌体の量は、特に規定されないが、1〜700g/L、好ましくは10〜500g/L、さらに好ましくは20〜400g/Lが用いられる。反応時間は1時間〜168時間が好ましく、3時間〜72時間がより好ましい。
細菌の培養(菌体増殖)時は、通気、攪拌し酸素を供給することが必要である。一方、非アミノ有機酸の生成反応は、通気、攪拌して行ってもよいが、通気せず、酸素を供給しない嫌気的雰囲気下で行ってもよい。この場合、容器を密閉して無通気で反応させる、窒素ガス等の不活性ガスを供給して反応させる、二酸化炭素ガス含有の不活性ガスを通気する等の方法によって嫌気的雰囲気にすることができる。
反応液(培養液)中に蓄積した非アミノ有機酸は、常法に従って、反応液より回収(分離・精製)することができる。具体的には、遠心分離、ろ過等により菌体等の固形物を除去した後、イオン交換樹脂等で脱塩し、その溶液から結晶化あるいはカラムクロマトグラフィーにより非アミノ有機酸を分離・精製することができる。
さらに本発明においては、上記した本発明の方法によりコハク酸などの非アミノ有機酸を製造した後に、得られた非アミノ有機酸を原料として重合反応を行うことにより非アミノ有機酸含有ポリマーを製造することができる。近年、環境に配慮した工業製品が数を増す中、植物由来の原料を用いたポリマーに注目が集まってきており、特に、本発明において製造されるコハク酸は、ポリエステルやポリアミドといったポリマーに加工されて用いる事が出来る。コハク酸含有ポリマーとして具体的には、ブタンジオールやエチレングリコールなどのジオールとコハク酸を重合させて得られるコハク酸ポリエステル、ヘキサメチレンジアミンなどのジアミンとコハク酸を重合させて得られるコハク酸ポリアミドなどが挙げられる。また、本発明の製造法により得られる非アミノ有機酸または該非アミノ有機酸を含有する組成物は食品添加物や医薬品、化粧品などに用いることができる。
非アミノ有機酸がコハク酸である場合、上記本発明の方法によりコハク酸を製造した後
に、得られたコハク酸を用いてコハク酸誘導体を製造することができる。ここでコハク酸誘導体としては、コハク酸塩、無水コハク酸、無水マレイン酸、コハク酸エステル、コハク酸イミド、1,4-ジアミノブタン、コハク酸ニトリル、2−ピロリドン、N-メチルピロリドン(NMP)、N-エチルピロリドン(NEP)、1,4−ブタンジオール(1,4-BG)、テトラヒドロフラン(THF)、γ−ブチロラクトン(GBL)、ポリテトラメチンエーテルグリコール(PTMG)などが挙げられる。例えば、コハク酸を水素化することによって、1,4−ブタンジオールを製造することができる。1,4−ブタンジオールは、ポリブチレンサクシネート樹脂、ポリブチレンテレフタレート樹脂、テトラヒドロフラン(溶媒)、N-メチルピロリドンやN-ビニルピロリドンの前駆体であるγ−ブチロラクタンの原料等に用いられる。
[実施例]
以下に、実施例を挙げて本発明を更に詳細に説明するが、本発明はこれらの実施例により制限されるものではない。
<ptsS増強株の作製>
(A)ブレビバクテリウム・フラバムMJ233株ゲノムDNAの抽出
A培地[尿素 2g、(NH42SO4 7g、KH2PO4 0.5g、K2HPO4 0.5g、MgSO4・7H2O 0.5g、FeSO4・7H2O 6mg、MnSO4・4−5H2O6mg、ビオチン 200μg、チアミン 100μg、イーストエキストラクト 1g、カザミノ酸 1g、グルコース 20g、蒸留水1Lに溶解]10mLに、ブレビバクテリウム・フラバムMJ233株を対数増殖期後期まで培養し、遠心分離(10000g、5分)により菌体を集めた。得られた菌体を10mg/mLの濃度にリゾチームを含む10mM NaCl/20mMトリス緩衝液(pH8.0)/1mM EDTA・2Na溶液0.15mLに懸濁した。次に、上記懸濁液にプロテナーゼKを、最終濃度が100μg/mLになるように添加し、37℃で1時間保温した。さらにドデシル硫酸ナトリウムを最終濃度が0.5%になるように添加し、50℃で6時間保温して溶菌した。この溶菌液に、等量のフェノール/クロロフォルム溶液を添加し、室温で10分間ゆるやかに振盪した後、全量を遠心分離(5,000×g、20分間、10〜12℃)し、上清画分を分取し、酢酸ナトリウムを0.3Mとなるように添加した後、2倍量のエタノールを加え混合した。遠心分離(15,000×g、2分)により回収した沈殿物を70%エタノールで洗浄した後、風乾した。得られたDNAに10mMトリス緩衝液(pH7.5)−1mM EDTA・2Na溶液5mLを加え、4℃で一晩静置し、以後のPCRの鋳型DNAに使用した。
(B)ptsS遺伝子プロモーター置換用プラスミドの構築
ブレビバクテリウム・フラバムMJ233株由来ptsS遺伝子のN末端領域のDNA断片の取得は、上記(A)で調製したDNAを鋳型とし、全ゲノム配列が報告されているコリネバクテリウム・グルタミカム ATCC13032株の該遺伝子の配列(GenBank Database Accession No.AP005276)を基に設計した合成DNA(配列番号1および配列番号2)を用いたPCRによって行った。反応液組成:鋳型DNA1μL、Ex−Taq DNAポリメラーゼ(タカラバイオ社製)0.2μL、1倍濃度添付バッファー、0.2μM 各々プライマー、0.25μM dNTPsを混合し、全量を20μLとした。反応温度条件:DNAサーマルサイクラー PTC−200(MJResearch社製)を用い、94℃で20秒、60℃で20秒、72℃で1分からなるサイクルを30回繰り返した。但し、1サイクル目の94℃での保温は1分20秒、最終サイクルの72℃での保温は4分とした。増幅産物の確認は、1.0%アガロース(SeaKem GTG agarose:FMCBioProducts製)ゲル電気泳動により分離後、臭化エチジウム染色により可視化することにより行い、
約0.6kbの断片を検出し、これをptsS遺伝子N末端断片とした。
一方、ブレビバクテリウム・フラバムMJ233株由来で構成的に高発現するTZ4プロモーター断片はプラスミドpMJPC17.2(特開2005−95169)を鋳型とし、配列番号3および配列番号4に記載の合成DNAを用いたPCRにより調製した。反応液組成:鋳型DNA1μL、Ex−Taqポリメラーゼ(タカラバイオ社製)0.2μL、1倍濃度添付バッファー、0.2μM 各々プライマー、0.25μM dNTPsを混合し、全量を20μLとした。反応温度条件:DNAサーマルサイクラー PTC−200(MJResearch社製)を用い、94℃で20秒、60℃で20秒、72℃で30秒からなるサイクルを30回繰り返した。但し、1サイクル目の94℃での保温は1分20秒、最終サイクルの72℃での保温は3分とした。増幅産物の確認は、1.0%アガロース(SeaKem GTG agarose:FMCBioProducts製)ゲル電気泳動により分離後、臭化エチジウム染色により可視化することにより行い、約0.2kbの断片を検出し、これをTZ4プロモーター断片とした。
TZ4プロモーターとptsS遺伝子N末端領域が連結したDNA断片の取得は、上記にて調製した両断片を鋳型として、配列番号5および配列番号6の合成DNAを用いたクロスオーバーPCRによって行った。反応液組成:各々鋳型DNA1μL、Ex−Taq
DNAポリメラーゼ(タカラバイオ社製)0.2μL、1倍濃度添付バッファー、0.2μM 各々プライマー、0.25μM dNTPsを混合し、全量を20μLとした。反応温度条件:DNAサーマルサイクラー PTC−200(MJResearch社製)を用い、94℃で20秒、60℃で20秒、72℃で1分からなるサイクルを30回繰り返した。但し、1サイクル目の94℃での保温は1分20秒、最終サイクルの72℃での保温は4分とした。増幅産物の確認は、1.0%アガロース(SeaKem GTG agarose:FMCBioProducts製)ゲル電気泳動により分離後、臭化エチジウム染色により可視化することにより行い、約0.8kbの断片を検出した。得られたTZ4プロモーターとptsS遺伝子N末端領域が連結したDNA断片はQIAquick PCR Purification Kit(QIAGEN社製)を用いて精製後、制限酵素EcoRIおよびKpnIで消化した。このDNA断片を同制限酵素で処理し
た大腸菌ベクターpHSG299(タカラバイオ社製)と混合し、ライゲーションキットver.2(タカラバイオ社製)を用いて連結した。得られたプラスミドDNAで大腸菌(DH5α株)を形質転換し、50μg/mLカナマシンおよび50μg/mLX−Galを含むLB寒天培地に塗抹した。この培地上で白色のコロニーを形成したクローンを、常法により液体培養した後、プラスミドDNAを精製した。得られたプラスミドDNAは制限酵素EcoRIおよびKpnIで切断することにより約0.8kbの挿入断片が認められ、これをpHSGptsSと命名した。
(C)プロモーター置換によるptsS増強株の作製
ブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PC−4/ΔLDH(ピルベートカルボキシラーゼ遺伝子の発現が強化され、ラクテートデヒドロゲナーゼ遺伝子が破壊された株:特開2005−95169)の形質転換に用いたプラスミドDNAは、上記pHSGptsSのプラスミドDNAを用いて塩化カルシウム法(Journal of Molecular Biology,53,159,1970)により形質転換した大腸菌JM110株から再調製した。ブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PC−4/ΔLDH株の形質転換は電気パルス法(Res.Microbiol.Vol.144,p.181−185,1993)によって行い、得られた形質転換体をカナマイシン 25μg/mLを含むLBG寒天培地[トリプトン10g、イーストエキストラクト5g、NaCl
5g、グルコース 20g、及び寒天15gを蒸留水1Lに溶解]に塗抹した。この培地上に生育した株は、pHSGptsSがブレビバクテリウム・フラバムMJ233株菌体内で複製不可能なプラスミドであるため、該プラスミドのptsS遺伝子とブレビバク
テリウム・フラバムMJ233株ゲノム上の同遺伝子との間で相同組み換えを起こした結果、ゲノム上に該プラスミドに由来するカナマイシン耐性遺伝子が挿入されているはずである。ゲノム上のptsS遺伝子のプロモーターがTZ4プロモーターに置換されたことの確認は、LBG培地にて液体培養して得られた菌体を直接PCR反応に供し、TZ4プロモーターおよびptsS遺伝子の領域を検出することによって確認できる。これらの領域をPCR増幅するためのプライマー(配列番号7および配列番号8)を用いて分析すると、プロモーター置換型では608bpのDNA断片を認めるはずである。上記方法にてカナマイシン耐性菌株を分析した結果、TZ4プロモーターが挿入された株を選抜し、該株をブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PtsS/PC−4/ΔLDHと命名した。
<ptsS増強株の評価>
種培養培地(尿素:4g、硫酸アンモニウム:14g、リン酸1カリウム:0.5g、リン酸2カリウム:0.5g、硫酸マグネシウム・7水和物:0.5g、硫酸第一鉄・7水和物:20mg、硫酸マンガン・水和物:20mg、D−ビオチン:200μg、塩酸チアミン:200μg、酵母エキス:1g、カザミノ酸:1g、蒸留水:1000mLにメスアップ)100mLを500mLの三角フラスコに入れ、120℃、20分加熱滅菌した。これを室温まで冷やし、0.22μmのメンブレンフィルター(MILLIPORE社製)により滅菌した50%スクロース水溶液を4mL、無菌濾過した5%カナマイシン水溶液を50μL添加し、実施例1(C)で作製したブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PtsS/PC−4/ΔLDH株または対照株であるブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PC−4/ΔLDH株(特開2005−95169)を接種して16時間30℃にて種培養した。但し、MJ233/PC−4/ΔLDH株の培養は、カナマイシン非添加で行った。
得られた全培養液を4000×g、7分の遠心分離により集菌し、菌体懸濁培地(硫酸マグネシウム・7水和物:1g、硫酸第一鉄・7水和物:40mg、硫酸マンガン・水和物:40mg、D−ビオチン:400μg、塩酸チアミン:400μg、リン酸一アンモニウム:0.8g、リン酸二アンモニウム:0.8g、塩化カリウム:0.3g、硫酸アンモニウム66g、蒸留水:1000mLにメスアップ)にOD660の吸光度が20になるように懸濁した。4ml反応器に前記の菌体懸濁液0.5mlに、基質溶液(スクロース:40g、炭酸水素アンモニウム:63g、及び蒸留水:1000mL)0.5mLを加えて、20%炭酸ガス、80%窒素雰囲気下、39℃で6時間反応させた。
反応後、上述の条件で遠心分離し、上清の有機酸濃度を分析した結果、対照株であるブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PC−4/ΔLDH株の消費スクロース当たりのコハク酸収率(重量)が67%であったのに対して、ブレビバクテリウム・フラバムMJ233/PtsS/PC−4/ΔLDH株は83%であり、ptsS増強がコハク酸の対糖収率の改善に有効であることが示された。
Figure 0005663859

Claims (7)

  1. コハク酸および酢酸から選ばれる非アミノ有機酸生産能を有し、ptsS遺伝子の発現が非改変株と比較して増強され、かつ、ラクテートデヒドロゲナーゼ活性が非改変株と比較して低減するように改変された細菌。
  2. ptsS遺伝子が配列番号10のアミノ酸配列または配列番号10のアミノ酸配列において、1〜5個のアミノ酸が置換、欠失、挿入または付加された配列を有し、PtsS活性を有するタンパク質をコードする、請求項1に記載の細菌。
  3. さらに、ピルビン酸カルボキシラーゼ活性が非改変株と比較して増強するように改変された、請求項1または2に記載の細菌。
  4. コリネ型細菌である、請求項1〜のいずれか一項に記載の細菌。
  5. 請求項1〜のいずれか一項に記載の細菌またはその処理物を、炭酸イオン、重炭酸イオン又は二酸化炭素ガスを含有する反応液中でスクロースに作用させることによって反応液中にコハク酸および酢酸から選ばれる非アミノ有機酸を生成・蓄積させ、該非アミノ有機酸を採取することを特徴とするコハク酸および酢酸から選ばれる非アミノ有機酸の製造方法。
  6. 非アミノ有機酸がコハク酸である請求項に記載の方法によりコハク酸を製造する工程、及び前記工程で得られたコハク酸を重合する工程を含む、コハク酸含有ポリマーの製造方法。
  7. 非アミノ有機酸がコハク酸である請求項に記載の方法によりコハク酸を製造する工程、及び前記工程で得られたコハク酸を原料としてコハク酸誘導体を合成する工程を含む、コハク酸誘導体の製造方法。
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