JP5584393B2 - 動物細胞における多剤耐性を逆転させる方法 - Google Patents
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−機能的な野生型E1領域の欠損
−ウイルス感染させた細胞におけるYB−1核内輸送用トランスポーター。
このウイルスグループは、YB−1核陽性の腫瘍細胞においてE1A改変アデノウイルスのDNA複製がE2後期プロモーターの活性化に基づいているとの驚くべき知見に基づいている。本明細書で使用されるE1A改変アデノウイルスは、(a)YB−1核陰性の細胞内では複製しないアデノウイルスであり、各野生株と比較して、YB−1核陰性の細胞内において低下した、好ましくは強く低下した複製を示し、(b)少なくとも1つのウイルスの遺伝子をトランス活性化させ、該遺伝子は特にE1B−55kDa、E4orf6、E4orf3、E3ADPを含むグループから選択され、および/または(c)アデノウイルスを介して細胞のYB−1を核内移行させないアデノウイルスである。場合により、本発明に従って使用されるアデノウイルスは、アデノウイルスがコード化するE1Aタンパク質の結合がE2FのRbへの結合を妨げ、E2FおよびRbを含む各複合体を分解可能であるという特性をさらに持つことができる。上記の特徴a)からc)の少なくとも1つ以上、好ましくはa)からc)の全ての特徴を有するアデノウイルスは、核内にYB−1を持たない細胞内では複製能を欠く。
これらのウイルスは、やはり明示のために、グループIおよびグループIIに分類される。ウイルスグループ§2と関連する請求項において最初に定義されたウイルスは、本明細書においてグループIのアデノウイルスとも呼ばれ、E1Aなどのトランス活性化させる癌遺伝子タンパク質を含むアデノウイルス、および/または本明細書において言及され、特に上記において本発明に従って使用されるアデノウイルスは、本明細書においてグループIIのアデノウイルスとも呼ばれる。グループIおよびグループIIのアデノウイルスは全てまとめてアデノウイルスまたは本発明のアデノウイルスまたは本発明のウイルスとも呼ばれる。ここでも好ましくはグループIと関連して本明細書に記載の任意の特徴、態様および/または使用がグループIIにも適用可能であり、逆もまた同様であることは本明細書の範囲内である。
このウイルスグループは、本発明のウイルス、即ち、野生型アデノウイルスに存在する機能的なE1領域を欠き、同時にトランスポーターを含み、そして特にYB−1を輸送または転位可能な該トランスポーターをコード化するウイルスが、細胞周期とは無関係に核内にYB−1を含む、もしくは調節解除されたYB−1を有する、または含む細胞内において複製可能であるという驚くべき知見に基づいている。
1.好ましくはタンパク質E1A12Sおよびタンパク質E1B19の発現を制御する非依存的プロモーターによる。
非依存的プロモーターは好ましくはE1B IXプロモーターとは異なるプロモーターである。好ましくは、非依存的プロモーターは組織特異的プロモーター、腫瘍特異的プロモーター、YB−1依存的ウイルスプロモーターを含むグループから選択される。
2.E1A12Sによるタンパク質IXの発現制御。感染細胞におけるS期誘導は、E1A12Sタンパク質の発現によって起こり、これは天然型プロモーターによるタンパク質IXの活性化をもたらす。
原理上、該プロモーターはトランスポーターの発現のために使用され、野生型ウイルスにおけるトランスポーターの発現を制御するプロモーターとは異なることは本発明の範囲内である。好適な実施態様では、このことはE155kがE1Bとは異なるプロモーターによって制御され、E4orf6はE4プロモーターとは異なるプロモーターによって制御されることを意味する。別の実施態様では、プロモーターはE1A非依存的、即ち、その活性がE1Aの影響を受けないプロモーターである。好適なプロモーターはこのように、特に本明細書に記載されているプロモーターである、組織特異的プロモーター、腫瘍特異的プロモーター、ウイルスプロモーターである。
−アルキル化剤、即ち、タンパク質の他、核酸のリン酸基、アミノ基、スルフヒドリル基、カルボキシ基、ヒドロキシ基のアルキル化によって細胞毒性作用を生じる化合物。該化合物はそれ自体が発癌性を有する場合が多い。細胞増殖抑制剤のこのグループの典型例は、シスプラチンおよびプラチン誘導体であるシクロホスファミド、ダカルバジン、マイトマイシン、プロカルバジンである。
−代謝拮抗産物、即ち、構造的類似性または結合能に起因して、代謝過程を遮断する、またはそれに影響を与える化合物。代謝拮抗産物のグループ内では、構造的に類似した代謝拮抗産物、構造を変化させる代謝拮抗産物、間接的に作用する代謝拮抗産物間で区別される。構造的に類似している代謝拮抗産物は、化学的類似性に起因して、その機能を発揮することなく競合する。構造を変化させる代謝産物は、機能または吸収を妨げる、もしくは代謝産物を化学的に修飾する代謝産物に結合する。間接的に作用する代謝拮抗産物は、例えば、イオンの結合によって代謝産物の機能を妨げる。このグループの典型例は、メトトレキセートなどの葉酸拮抗剤、フルオロウラシルなどのピリミジン類似物質、アザチオプリンやメルカプトプリンなどのプリン類似物質である。
−有糸分裂阻害剤、即ち、細胞分裂を阻害する化合物。有糸分裂阻害剤のグループ内では、細胞分裂毒、紡錘体毒、染色体毒間で区別される。このグループの典型例はタキサンおよびビンカアルカロイドである。タキサンは次にタキソールとタキソテールの2つの主なグループに分けることができ、特に好ましいタキソールはパクリタキセルであり、特に好ましいタキソテールはドセタキセルである。
−DNA依存性RNAポリメラーゼに対する抑制効果を有する抗生物質。典型例は、ブレオマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、マイトマイシンなどのアントラサイクリンである。
−トポイソメラーゼ阻害剤、特にトポイソメラーゼI阻害剤。トポイソメラーゼ阻害剤は、3段階の過程でDNAのねじれ数の変化を触媒することでDNAの三次構造を決定する化合物である。本質的に、2つの型のトポイソメラーゼが区別される。I型トポイソメラーゼは、DNA鎖のみを切断して、ATP非依存性であるが、II型トポイソメラーゼはDNAの両方の鎖を切断し、ATP依存性である。トポイソメラーゼI阻害剤の典型例はイリノテカンおよびトポテカンであり、トポイソメラーゼII阻害剤の典型例はエトポシドおよびダウノルビシンである。
1.脳(頭蓋内)腫瘍の他、頭部腫瘍、好ましくは星膠腫、乏突起膠腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、節神経腫、脳室上衣腫、神経鞘腫、神経線維腫、血管芽細胞腫、脂肪腫、頭蓋咽頭腫、奇形腫および軟骨腫
2.脊髄腫瘍および脊柱管腫瘍、好ましくは膠芽腫、髄膜腫、神経芽細胞腫、神経線維腫、骨肉腫、軟骨肉腫、血管肉腫、線維肉腫および多発性骨髄腫
3.末梢神経腫瘍、好ましくは神経鞘腫、神経線維腫、神経線維肉腫および神経周囲の線維芽細胞腫
1.眼瞼腫瘍および眼瞼腺腫瘍、好ましくは腺腫、腺癌、乳頭腫、組織球腫、肥満細胞腫、基底細胞腫、黒色腫、扁平上皮癌、線維腫および線維肉腫
2.結膜腫瘍および瞬膜腫瘍、好ましくは扁平上皮癌、血管腫、血管肉腫、腺腫、腺癌、線維肉腫、黒色腫および乳頭腫
3.眼窩腫瘍、視神経腫瘍、眼球腫瘍、好ましくは網膜芽細胞腫、骨肉腫、肥満細胞腫、髄膜腫、細網細胞腫、膠腫、神経鞘腫、軟骨腫、腺癌、扁平上皮癌、形質細胞腫、リンパ腫、横紋筋肉腫および黒色腫
組織球腫、脂肪腫、線維肉腫、線維腫の腫瘍、肥満細胞腫、悪性黒色腫、乳頭腫 、基底細胞腫、角化性棘細胞腫、血管周囲細胞腫、毛包腫、汗腺腫瘍、脂腺腺腫、血管腫、血管肉腫、脂肪腫、脂肪肉腫、悪性線維性組織球腫、形質細胞腫およびリンパ管腫
胞巣状軟組織肉腫、類上皮細胞肉腫、軟組織の軟骨肉腫、軟組織の骨肉腫、軟組織のユーイング肉腫、原始神経外胚葉腫瘍(PNET)、線維肉腫、線維腫、平滑筋肉腫、平滑筋腫、脂肪肉腫、悪性線維性組織球腫、悪性血管外皮細胞腫、血管腫、血管肉腫、悪性間葉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍(MPNST 、悪性神経鞘腫、悪性メラニン細胞神経鞘腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、リンパ管腫およびリンパ管肉腫
1.口腔腫瘍および舌腫瘍、好ましくは扁平上皮癌、線維肉腫、メルケル細胞腫瘍、誘導性の繊維性エナメル上皮腫 、線維腫、線維肉腫、ウイルス性乳頭腫、特発性乳頭腫、鼻咽頭ポリープ、平滑筋肉腫、筋原細胞腫およびマスト細胞腫瘍
2.唾液腺腫瘍、好ましくは腺癌
3.食道腫瘍、好ましくは扁平上皮癌、平滑筋肉腫、線維肉腫、骨肉腫、バレット癌および食道周囲腫瘍
4.外分泌膵臓腫瘍、好ましくは腺癌
5.胃腫瘍、好ましくは腺癌、平滑筋腫、平滑筋肉腫および線維肉腫
1.鼻および鼻腔の腫瘍、咽頭および気管の腫瘍、好ましくは扁平上皮癌、線維肉腫、線維腫、リンパ肉腫、リンパ腫、血管腫、血管肉腫、黒色腫、肥満細胞腫、骨肉腫、軟骨肉腫、膨大細胞腫(横紋筋肉腫)、腺癌および筋原細胞腫
2.肺腫瘍、好ましくは扁平上皮癌、線維肉腫、線維腫、リンパ肉腫、リンパ腫、血管腫、血管肉腫、黒色腫、肥満細胞腫、骨肉腫、軟骨肉腫、膨大細胞腫(横紋筋肉腫)、腺癌、筋原細胞腫、小細胞癌、非小細胞癌、気管支腺癌、気管支肺胞腺癌および胞巣状腺癌
骨肉腫、軟骨肉腫、傍骨性骨肉腫、血管肉腫、滑膜細胞肉腫、血管肉腫、線維肉腫、悪性間葉腫、巨大細胞腫、骨腫および多小葉骨腫
1.甲状腺/副甲状腺、好ましくは腺腫および腺癌
2.副腎、好ましくは腺腫、腺癌および褐色細胞腫(副腎髄質腫)
3.視床下部/脳下垂体腫瘍、好ましくは腺腫および腺癌
4.内分泌膵臓腫瘍、好ましくは膵島細胞腫(β細胞腫、APUDom)およびゾリンジャー・エリソン症候群(膵δ細胞のガストリン分泌腫瘍)
5.多発性内分泌腫瘍(MEN)と非クロム親和性傍神経節腫
1.卵巣腫瘍、好ましくは腺腫、腺癌、嚢胞腺腫および未分化癌
2.子宮腫瘍、好ましくは平滑筋腫、平滑筋肉腫、腺腫、腺癌、線維腫、線維肉腫および脂肪腫
3.頚管腫瘍、好ましくは腺癌、腺腫、 平滑筋肉腫および平滑筋腫
4.腟および外陰の腫瘍、好ましくは平滑筋腫、平滑筋肉腫、線維平滑筋腫、線維腫、線維肉腫、ポリープおよび扁平上皮癌
線維腺腫、腺腫、腺癌、間葉系腫瘍、癌腫、癌肉腫
1.睾丸腫瘍、好ましくは精上皮腫、間質細胞腫瘍およびセルトリ細胞腫
2.前立腺腫瘍、好ましくは腺癌、未分化癌、扁平上皮癌、平滑筋肉腫および移行上皮癌
3.陰茎および外性器の腫瘍、好ましくは肥満細胞腫および扁平上皮癌
1.腎腫瘍、好ましくは腺癌、移行上皮癌(上皮性腫瘍)、線維肉腫、軟骨肉腫(間葉系腫瘍)、ウィルムス腫瘍、腎芽細胞腫および腺肉腫(胎児性多能性芽腫)
2.輸尿管腫瘍、好ましくは平滑筋腫、平滑筋肉腫、線維乳頭腫、移行上皮癌
3.膀胱腫瘍、好ましくは移行上皮癌、扁平上皮癌、腺癌、ぶどう状(胎児性横紋筋肉腫)、線維腫、線維肉腫、平滑筋腫、平滑筋肉腫、乳頭腫および血管肉腫
4.尿道腫瘍、好ましくは移行上皮癌、扁平上皮癌および平滑筋肉腫
1.リンパ腫、リンパ性白血病、非リンパ性白血病、骨髄増殖性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫
血管肉腫、胸腺腫および中皮腫
− 患者の検体、好ましくは腫瘍組織の検体の分析。
− YB−1が細胞周期とは無関係に核内に局在するか否か、または細胞が、検体の1つ以上の細胞において調節解除された/過剰発現YB−1を含むか否かの判定。
本発明に従って使用されるアデノウイルスが含むことのできるE1A改変の種類
図1は、アデノウイルスベクターAdE1/E3マイナス、即ち、E1/E3欠失アデノウイルス、野生型アデノウイルス、アデノウイルスdl520の構造設計を示している。
図2は、p300、p107、p105の結合に関して、E1Aタンパク質の結合ドメインを示している。p107の他、p300は細胞の結合タンパク質である。腫瘍抑制タンパク質である網膜芽細胞腫タンパク質(pRb)の結合は、CR1およびCR2によって媒介される。研究では、pRbおよびp107/p300が細胞の転写因子E2Fと結合して転写調節に有効であることが示されている。野生型E1Aタンパク質は、E2FのRbへの結合を妨げる。このようにして放出されたE2FはE2初期プロモーターに結合して、これによってアデノウイルスの複製を誘導させる。
1ウェル当たり100,000個のU2OS細胞を播種した。翌日、図3に示される様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。感染は500μL無血清DMEM培地中で37℃1時間実施された。次に、感染用培地を取り除いて、2mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3日後にクリスタルバイオレット染色法を使用して分析を実施した。
1ウェル当たり100,000個の257RDB細胞を播種した。翌日、図4に示される様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。感染は500μL無血清DMEM培地中で37℃1時間実施された。次に、感染用培地を取り除いて、2mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3日後にクリスタルバイオレット染色法を使用して分析を実施した。
図5に示されるように、E1Aタンパク質のアミノ酸4〜138位およびそれをコードする核酸の欠失を示し、さらにアミノ酸218位に停止コドンを含め、発現された切断E1Aタンパク質が完全なE1Aタンパク質のCR3領域を含んでいる、dl1119/1131によるYB−1核陰性のU2OS細胞の感染時には、20pfu/細胞のMOIで溶解は認められなかった。ネガティブコントロールとして未感染細胞層を使用した。
実施例は、核YB−1が転写因子としてmdr1プロモーター(英語:multiple drug resistance promoter)内のY−ボックス(CAAT配列)に結合するとの考察に基づいている。これを検出するために、いわゆるEMSA分析(電気泳動移動度シフトアッセイ)を実施した。これと関連して、核タンパク質を単離して、次に1−10μgのタンパク質を短鎖DNA断片(オリゴ)と共に37℃でインキュベートした。核YB−1を判定するために、以下のオリゴヌクレオチドを使用した:U2O3とは対照的なmdr1プロモーター(−86〜−67位):
(Xボックスに下線を引いている)。
この実施例では、プラスミドpE4orf6のトランスフェクションおよびE1/E3欠失アデノウイルスAd−55Kの感染を通じて、初期ウイルス遺伝子E1B−55KおよびEorf6が、置換可能であることを示している。Ad−55KはE1/E3欠失ウイルスであり、E1B−55KはE1内にクローニングされており、CMVの制御下にある(Dobbelstein, M. et al., EMBO Journal, 16, 4276-4284, 1997)。AdYB−1、即ち、YB−1を発現するアデノウイルスがこれらの初期遺伝子を発現せず、核内にYB−1を含む複製系におけるこれらの初期遺伝子の置換によって複製効率および粒子形成をそれぞれAd5型の野生型アデノウイルスのものと同程度にまで増大可能であることを本発明者が認識していることに関して、この置換は必要である。
lipofectamineを使用したpE4orf6プラスミドの各105個のU2OS細胞へのトランスフェクション。プラスミドpE4orf6はCMVの制御下に初期ウイルス遺伝子E4orf6をコード化するDNA配列を有する。
様々な細胞増殖抑制剤の添加がヒト転写因子YB−1の核局在化を誘導することは先行技術において既知である。本発明者が見出したように、核内に局在したYB−1は、アデノウイルスE2後期プロモーターの活性化によってアデノウイルスの複製を制御する。特異的な腫瘍溶解をもたらすために、両方の作用の組み合わせを利用可能である。
このインビボ試験において使用されたHeLa(YB−1核陰性)および257RDB(YB−1核陽性)細胞を無菌的培養条件下において増殖させた。皮下腫瘍を形成するためにマウス(CD1NuNu系)に細胞を注入する前に、細胞をトリプシン処理によって回収して、DMEM培地(10%FCS)中に取り、計数して、PBSで1回洗った。次に細胞を遠心分離して、吸入したPBSおよび細胞を目的の細胞数で新しいPBS中に分注した。この試験で皮下注射された細胞数は、両細胞株についてそれぞれ5x106個であった。動物の脇腹に皮下注射して、より良く区別するためにHeLa細胞は右側に、257RDB細胞は左側に注射した。腫瘍の増殖は週2回調節され、ノギスを使用して腫瘍の長さと幅を測定した。これに基づいて、以下の数式に従って腫瘍容積を計算した:
3/4π*a/2*(b/2)2a=長さb=幅
腫瘍容積が200〜520mm3に達したら、ネガティブコントロールとしてウイルスおよびPBSを腫瘍内に投与した。注入量は毎回同じ50μLであった。これは3日間連続して繰り返した。投与したウイルスの全用量は5x108pfuであった。次に、腫瘍の増殖を継続させて、週2回記録して、容積を計算した。試験終了時にマウスを犠牲にして、別の解析用に腫瘍を除去した。
実施例9で発生させた腫瘍の中央から採取された腫瘍検体からDNAを抽出した。単離において、Qiagen社のDneasy Tissue Kitを使用する。使用説明書に従ってDNAを単離する。これに従って、アルカリ溶解によって細胞からDNAを放出させた。次に単離したDNAをカラムで精製する。次に、単離したDNAの濃度を260nmの測光によって測定する。10ユニットの制限酵素KpnIで消化した2μgのDNAサンプルを使用して解析を行った。次に、0.8%アガロースゲル中でサンプルを電気泳動分離させた。次にDNAをナイロンメンブレンにブロッティングした(Schleicher&Schuellの系に従って実施)。メンブレンにブロッティングされたDNAに1,501bpの特異的DNAプローブをハイブリダイズさせた。1,501bpのDNAプローブは、Ad5配列をコードするE2A内の3,369bpのKpnI断片に特異的に結合する。事前に、PCR
および放射線標識32Pによってプローブを調製した。
100,000−200,000個の細胞をいわゆる6つのウェルのプレート(英語:6ウェルプレート)内の10%FCSを含むL15培地(耐性細胞)およびDMEM(非耐性細胞)にそれぞれ播種した。24時間後にdl520および野生型アデノウイルス(10pfu/細胞)を感染させた。感染から3日後(感染後)に、3回の凍結融解によって細胞浮遊液(3mL)からウイルス粒子を放出させた。次に、形成した感染性粒子を測定するために、293個の細胞についてプラークアッセイを実施した(1mL当たりのプラーク形成単位(pfu/mL))。結果を図15に示している。プラークアッセイの結果は、野生型アデノウイルスと同様に、dl520がYB−1核陽性の細胞(257RDBおよび181RDB)内において複製していることが示された。この範囲において、本発明に従って本明細書に記載のアデノウイルスを使用した場合、野生型アデノウイルスの1つと同様の複製効率を認めることができた。
図16は、アデノウイルスベクターXvir03の構造設計を示している。アデノウイルスXvir03はいわゆるE1/E3欠失アデノウイルスである。これは、アデノウイルス複製において機能的なE1A、E1B(E1B55k、E1B19Kタンパク質)、E3が作られないことを意味する。E1領域の欠失は342−3,528に及び、E3領域の欠失は27,865−30,995位の塩基に及ぶ。本明細書で使用されているように、「E1欠失ウイルス」という用語は、E1がもはや機能的に活性ではないウイルスを意味する。これは、これは、その他の点ではほぼ完全な核酸およびアミノ酸配列の不活化によって得られるが、様々な大きさのタンパク質をコードするE1領域の欠失も意味する。E1A、E1Bタンパク質およびこれらをコードする核酸の欠損のため、E4orf6などのE4領域は弱くしか発現されないか(野生型と比較して約1−5%)、もしくは全く発現されない。ウイルス遺伝子E1B55kおよびE4orf6は、Xvir03内に導入された異種CMVプロモーター(Clontech: Plasmid pShuttle)によってE1領域内において発現される。CMVプロモーターの代わりに、E1Aの発現と関連して本明細書で開示される各プロモーターおよび任意のプロモーターを使用可能である。両遺伝子のオープンリーディングフレームをいわゆるIRES(英語:内部リボソーム侵入部位)配列を用いて互いに連結させる(Pelletier, J. and Sonenberg, N. Nature, 1988, 334, 320-325)。このエレメント(Novagen: pCITE)は1つのmRNAから2つのタンパク質の発現をもたらす。
M.Dobelstein氏(マールブルク大学)から供与されたpCGNE1B由来のE1B55kのオープンリーディングフレーム(XbaIおよびBfrIで切断)をpShuttle内(BamHIのみで切断)にクローニングすることでElB55k−pShuttleプラスミドを作成したが、この場合には末端を平滑末端にして、平滑末端にしたpShuttle内にクローニングした。次に、pShuttle内のE1B55kはApaIで線状化させて、末端は平滑末端にして、NheIで切断した。
E1B55k3′UTR−pShuttle(Clontech)プラスミド用に、3′−UTRを有するオープンリーディングフレームをアデノウイルス5型のDNA
から増幅によって調製し、平滑末端にしたNheI制限酵素部位に導入し、これにはT末端(TAクローニング)が与えられ、Clontech社のpShuttleプラスミドにクローニングした。このように、トランス遺伝子の5′末端にはhCMVプロモーター、3′末端にはウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルが与えられた。一方、BamHIおよびTAクローニングのそれぞれを用いて、Dobbelstein氏から供与されたpCGNE1Bプラスミド(Dobbelstein, M. et al., EMBO Journal, 16, 4276-4284, 1997)由来のE1B55kを使用することも本発明の範囲内である。クローニングされたE1B55k−3′UTRは特に図23、24により詳細に記載されている。
次に、鋳型としてアデノウイルス5型DNA
を使用し、BamHIで切断したpCMVE4−34kDプラスミド(Dobbelstein, M. et al., EMBO, 16, 4276-4284, 1997)由来の増幅産物E4orf6、および鋳型としてNovagen社のpCITE−4a(+)を有するIRESエレメント
(Table 5)をpcDNA3.1(+)ベクターのマルチクローニングサイトにクローニングした。この目的のために、オープンリーディングフレームの5′末端にBamHI切断部位、3′末端にEcoRI切断部位を作成したE4orf6トランス遺伝子用のプライマーを使用した。増幅産物を各制限酵素で切断して、その末端はBamHIおよびEcoRIを使用して開環されたベクターへの直接クローニングに適合するようにした。次に、pDNA3.1(+)内のE4orf6プラスミドをEcoRVで線状化して、T末端を付加して、増幅産物をIRESエレメント内にクローニングした。IRESの正確な方向を確認後、別のクローニング用にベクターを使用した。
Microbix社のアデノウイルス作成システム用に現在使用されているシャトルベクターpΔE1sp1Aは、CMVプロモーター、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルのいずれも含まなかったため、これらのエレメントをpΔE1sp1Aにクローニングした。この目的のために、pΔE1sp1AをClaIで線状化させて、平滑末端にして、EcoRIで切断した。pShuttle(Clontech)からエレメントCMV−MCS(マルチクローニングサイト)−ポリAをMfeIで線状化させて、末端を平滑にして、EcoRIでさらに切断した。次に、PmeIによりカセット(Clontech社のXvir−3′UTR)を、やはりPmeIで切断してジホスホリル化させたCMV−MCS−ポリApΔE1sp1Aベクターにクローニングした。クローニング産物であるXvir−3′UTR−pΔE1sp1Aはウイルス作成に使用された。
Xvir−3′UTR−pΔE1sp1AおよびpBHGE3(Microbix社製;野生型アデノウイルス5型に対応するE3領域を含む)をHEK293細胞内に同時移入させて、この時、二つのベクターの相同配列の組換えに起因してウイルスAd−Xvir−3′UTRE3が作成された。
使用するアデノウイルスシャトルベクターの作成
今回使用するシステムにおいて、ベクターpShuttle−AdEASYはCMVプロモーター、ウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルのいずれも含まなかったため、これらのエレメントをpShuttle−AdEASYにクローニングした。この目的のために、プラスミドをEcoRIで切断して、T4ポリメラーゼおよびdNTPsを用いたフィリングによって末端を平滑化させ、骨格を脱リン酸化させて、生成した両方の消化産物を再連結させた。これによって制限酵素認識部位EcoRIを消去した。このようにして得られたプラスミドをpShuttle(−EcoRI)−AdEASYと呼んだ。
pAdEASYプラスミドにおいてE3領域は大幅に欠失されているため、再構築のためにSpeIおよびPacIによってpAdEASYプラスミドからE3領域をCMV−MCS−ポリApShuttle(AdEASY)にクローニングして、これによりE3E4−pShuttle−AdEASYプラスミドを作成した。
治療用トランス遺伝子に空間を与え、目的以外の相同組換えを避けるために、E3E4−pShuttle(−NdeI)−AdEASYプラスミドのE4領域を特異的に欠失できる。この目的のために、PstIによる切り出しおよび再連結によって、E4orf6領域を約0.6kB、好ましくは629または634bpだけ短縮させる。これは、図17に記載のとおり、Xvir03/01に関して実施可能である。組換えアデノウイルスの作成のための異なるシステムでの各欠失も当業者には実施可能である。
感染性を高めるために、fibre knobドメインのHIループを以下のDmitriev et al. 1998(An Adenovirus Vector with Genetically Modified Fibers Demonstrates Expanded Tropism via Utilization of a Coxsachievirus and Adenovirus Receptor-Independet Cell Entry Mechanism)に従って改変させた。プライマー
を使用して各領域を増幅させて、これによってEcoRV制限酵素部位を作成した。この制限酵素部位内に、
をコード化する一対のオリゴヌクレオチドをクローニングした。これによって、fibre knobドメインのHIループ内にRGDモチーフが存在する。
図17から読み取れるように、Xvir03/01はXvir03をさらに発展させたものである。例えば、本明細書に記載の遺伝子などの治療用遺伝子およびトランス遺伝子をE3領域内にクローニングできる。また、Xvir03の発現カセット由来のE4orf6との相同組換えを避けるために、E4領域内に欠失を導入した。これによって、より大きなトランス遺伝子をこのコンストラクトの中にクローニングできる。欠失させたE3領域にはカセットを導入するためのSacI、NdeI、NheI制限酵素部位が含まれ、カセットには例えば治療用のトランス遺伝子をクローニングできる。一方、E3は完全なままで、治療用の遺伝子をE4領域内にクローニングすることもできる。これによってアデノウイルス死タンパク質の発現がもたらされる。
Clontech社のpAdenoX−Plasmidは3′ITR領域の後ろにSfuI制限酵素部位を有しており、これは野生型アデノウイルスには存在しない。SpeI(23644位)およびSfuIによってpAdenoX(Clontech)からE3−E4領域を取り出し、pcDNA3.1(+)(インビトロgen)内に移入させた(=pcDNA3.1−E3Δ27865−30995−E4)。E4ORF6の大部分、即ち、33241−33875をPstIによって取り除いた(=pcDNA3.1−E3Δ27865−30995,E4Δ33241−33875)。Xvir03をさらに発展させたものでは、pcDNA3.1−E3Δ27865−30995,E4Δ33241−33875由来の欠失E3/E4領域をSfuIおよびSpeIによってpAdenoXプラスミドにクローニングした(pAdenoXE3Δ27865−30995,E4Δ33241−33875)。
6つのウェルを有するプレート(英語:6ウェルプレート)の1ウェル当たり100,000個の細胞(257RDBおよび181RDB)を播種した。翌日、図18に示されるように、Ad312(20pfu/細胞)およびXvir03(5pfu/細胞)を細胞に感染させた。感染は500μL無血清DMEM培地中で37℃1時間実施された。次に、感染用培地を取り除いて、2mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。5日後にクリスタルバイオレット染色法を使用して分析を実施した。結果は図18Aおよび18Bに示している。
アデノウイルス複製に及ぼすイリノテカンの影響を判定するために、106個のU373腫瘍細胞を10cm2のシャーレに播種した。第一反応において、24時間後に5μMイリノテカンを添加した。さらに24時間後、10pfu/細胞のdl520を細胞に感染させた。イリノテカン不含での3日間の培養後、実施例10に記載の方法に従ってDNAを単離した。
アデノウイルスの複製に及ぼすトリコスタチンAの作用を調べるために、106個のU373腫瘍細胞を10cm2のシャーレに播種した。24時間後に0.25、0.5、0.75μMトリコスタチンAを添加した。さらに24時間後、10pfu/細胞のdl520を細胞に感染させた。
200,000個のU373細胞を6ウェルプレートへ播種した。24時間後、細胞を1μMのトリコスタチンと共に24時間培養した。さらに24時間後、細胞を単離した。次に、FACS分析、一次抗体であるUpstate社の抗CARクローンRmcB、二次抗体としてウサギ抗マウスFITC(DAKO社)を使用して、標準プロトコルに従ってCAR発現を解析した。
200,000個のU373細胞を6ウェルプレートに播種した。24時間後、2μMイリノテカンまたは1μMトリコスタチンAのみまたは1μMイリノテカン+0.5μMトリコスタチンを培地に添加した。24時間の培養後、10、20、30pfu/細胞のdl520を細胞に感染させた。3−5日後、クリスタルバイオレット染色を利用して分析を実施した。アッセイはデュプリケートで行った。
各ケースで、100万個のA549細胞およびU2OS細胞を10cmシャーレに播種した。翌日、Ad312(50pfu/細胞)およびAdwt(対照として使用される;5pfu/細胞)を細胞に感染させた。使用された高ウイルス力価のAd312は、腫瘍細胞においてE1非依存的な複製をもたらした。1〜2mLの無血清DMEM中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3日後にRNAを単離した。次に、単離したRNAの濃度を260nmの測光器で測定した。そしてRNAサンプルを0.8%ホルムアルデヒドアガロースゲル中で電気泳動的に分離させた。次に、RNAをナイロンメンブレン上にブロッティングした(Schleicher&Schuellのシステムに従って実施)。メンブレン上にブロッティングされたRNAは、「初期プローブ」E2および「後期プローブ」E2とハイブリダイズさせた。1501bpの「後期プローブ」は、E2後期プロモーターの後方に特異的に結合する。プローブは事前にPCR
によって調製して、32Pで放射線標識した。一方、初期プローブはE2初期プロモーターとE2後期プロモーターの間(226791−227002位)に結合して、やはりPCR
によって作成した。次に、メンブレンを洗って、フィルムに暴露させた。
各ケースで、100万個のU2OS細胞を10cmシャーレに播種した。翌日、アデノウイルスデルタ24(Addelta24)(10pfu/細胞)および野生型アデノウイルス(Adwt)(対照として使用;10pfu/細胞)を細胞に感染させた。使用した組換えアデノウイルスAddelta24(Fueyo, J. et al., Oncogene 19, 2-12, 2000)はE1Aタンパク質のCR2領域内に特定の欠失を有しており、これによってRb陰性の腫瘍においてのみ複製可能である。また、ウイルスは、野生型アデノウイルスと同様に、E1B55kおよびE4orf6遺伝子を発現している。1〜の無血清DMEM中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。12、24時間後にRNAを単離した。次に、単離したRNAの濃度を260nmの測光器で測定した。そしてRNAサンプルを0.8%ホルムアルデヒドアガロースゲル中で電気泳動的に分離させた。次に、RNAをナイロンメンブレン上にブロッティングした(Schleicher&Schuellのシステムに従って実施)。メンブレン上にブロッティングされたRNAは、「初期プローブ」および「後期プローブ」とハイブリダイズさせた。1501bpを含む「後期プローブ」は、E2後期プロモーターの後方に特異的に結合する。プローブは事前にPCR
によって調製して、32Pで放射線標識した。一方、初期プローブはE2初期プロモーターとE2後期プロモーターの間に結合して、やはりPCR
によって作成した。次に、メンブレンを洗って、フィルムに暴露させた。
ベクターの説明:本明細書においてグループIアデノウイルスと呼ばれるウイルスの実施態様であり、ベクターおよびアデノウイルスによって例示されるXvirPSJLグループのベクター、XvirPSJL1およびXvirPSJL2は、アデノウイルスのようにYB−1核陽性の細胞、特に腫瘍細胞だけでなく、YB−1が過剰発現しており、調節解除されたされている腫瘍細胞においても複製可能である。ウイルス遺伝子、E1B55kおよびE4orf6は、E1BプロモーターおよびE4プロモーターの影響下においてdl520感染YB−1核陽性の細胞においてのみ発現し、XvirPSJLにおけるE1B55kおよびE4orf6の発現はサイトメガロウイルス(cmw)プロモーターによって起こる。一方で、cmwプロモーターの代わりに、他のプロモーター、特に腫瘍特異的、組織特異的、器官特異的プロモーターおよび天然型E1Aプロモーター、即ち、特に野生型アデノウイルスに存在するE1Aプロモーター、特にAd5を使用可能である。E1B55kおよびE4orf6の発現のために、過剰発現したYB−1および調節解除されたYB−1はそれぞれ核内に輸送され、アデノウイルスの複製が開始する。本明細書で開示されるXvirPSJLグループのアデノウイルスベクターは、このように様々なエレメント、ひいては単一のベクター内のアデノウイルスベクターdl520、Xvir03、AdYB−1の機能を組み合わせる。dl520ベクターと同様に、XvirPSJLウイルスはE1A12S遺伝子を含む。該遺伝子および対応する遺伝子産物はそれぞれ感染細胞のS期の誘導に関与しており、ウイルス複製および化学療法薬および放射照射の作用を促進させる。Xvir03と同様に、XvirPSJLウイルスは発現カセットCMV−E4orf6/IRES/E1B55kを含んでおり、これは効率的な複製、および好ましくは腫瘍細胞内に含まれる調節解除されたYB−1の間接的または直接的な核内輸送に必要となる。このように、複製はYB−1が過剰発現している、もしくは調節解除されたされている細胞、特に腫瘍細胞内において可能である。また、p53はE1B55k/E4orf6複合体による分解の対象となる。ヒト転写因子YB−1をコード化する配列をAdYB−1ウイルスから取る。内因性、即ち、細胞内に既に存在するYB−1がウイルス複製を増幅させる。E1A12SおよびYB−1いずれの発現もYB−1依存性アデノウイルスE2後期プロモーターによって制御される。また、これと関連して、一実施態様の場合、特異的プロモーター、特に腫瘍特異的、組織特異的、器官特異的プロモーターを使用可能である0。これらのウイルスの別の特徴は、E4領域が欠失していることである。ベクターはここに制限酵素認識部位を含んでおり、これによって、リボザイム、アンチセンス分子、siRNA、アポトーシス誘導遺伝子、サイトカイン、プロドラッグ遺伝子など、本明細書で開示される様々なトランス遺伝子が発現可能となる。これらの発現も本明細書で開示される腫瘍特異的、組織特異的、器官特異的プロモーターによって制御可能である。発現カセットの局在は、特にE1、E3、E4領域と関連して、もしくはE1、E3、E4領域内において固定されていないが、任意の方法で配置可能である。ベクターはp53またはRbとは無関係に腫瘍細胞内において複製する。
E2後期YB1IRES/12Sカセットの作成
本明細書における出発材料として使用される、Clontech/BD Biosciences社のpAdenoXプラスミドは、アデノウイルスAd5のゲノム核酸を含み、野生型アデノウイルスにはない3′ITR領域の後方にSfuI制限酵素切断部位を有する。SpeI(23644位)およびSfuIによってpAdenoX(Clontech)からE3−E4領域をpcDNA3.1(+)(インビトロgen)に移入して、pcDNA3.1−E3Δ27865−30995−E4と呼んだ。E4ORF6の大部分、即ち、33241−33875塩基をPstIで除去した。得られた該断片は、pcDNA3.1−E3Δ27865−30995、E4Δ33241−33875と呼んだ。
PSJL12Sのクローニング
まず、E2後期プロモーターを対合オリゴヌクレオチド
としてのpGL3エンハンサープラスミド(pGL3−E2−late)のHindIIIおよびBglII切断部位にクローニングした。
およびE1A12Sバックワードプライマー
によって増幅させたトランス遺伝子E1A12Sを上記のとおりに開環させた部位にTAクローニングによって導入した。
次に、増幅産物E1a12S(上記)およびIRESエレメント(上記)をpcDNA3.1(+)ベクターのマルチクローニングサイトにクローニングした。この目的のために、E1a−12S増幅産物をTAクローニングによって平滑末端にしたBamHI切断部位に導入した。次に、pcDNA3.1(+)内のE1a−12SプラスミドをEcoRVで線状化して、T末端を付加し、増幅産物をIRESエレメント内にクローニングした。次に、このようにして得られたプラスミドをXhoIで線状化させて、末端を平滑化させ、停止コドンを持たないYB−1のEcoRI−EcoRI切断産物。
PstIを使用したE4領域の操作および欠失後、634bpを取り除いた。E2late promoter−E1A−12Sおよび(または)E2−late promoter−E1A−12S−IRES−YB−1カセットをE4領域内に導入可能である。代わりに、E4領域を該条件下で完全なままにすることもできる。
感染性を向上させるために、fibre knobドメインのHIループを以下のDmitriev et al. 1998(An Adenovirus Vector with Genetically Modified Fibers Demonstrates Expanded Tropism via Utilization of a Coxsachievirus and Adenovirus Receptor-Independet Cell Entry Mechanism)に従って改変させた。プライマー
を使用して各領域を増幅させて、これによってEcoRV切断部位を作成した。この切断部位内に、
をコードする対合オリゴヌクレオチドをクローニングした。これによって、fibre knobドメインのHIループ内にRGDモチーフが含まれる。
シャーレ1枚当たり100,000個のHeLa細胞を播種した。翌日、様々な力価(pfu/mL)のアデノウイルスdl520を細胞に感染させた。感染は500μL無血清DMEM培地中で37℃1時間実施された。次に、感染用培地を取り除いて、2mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3−5日後にクリスタルバイオレット染色法を使用して分析を実施した。
YB−1は核内のアデノウイルスE2後期プロモーターに結合して(Holm et al., JBC 2002, 277, 10427-20434)、このプロモーターも核酸の発現に適していることが知られている。アデノウイルスE2後期プロモーターの使用は、特にこれがYB−1によって制御可能であるとの事実が理由となっており、YB−1は正のエフェクタ−として作用する、即ち、プロモーターはYB−1の存在下でのみ活性である。この範囲において、該アデノウイルスE2後期プロモーターはより高い選択性をもって制御可能であり、ひいてはYB−1が核内に存在して、YB−1がエフェクタ−および調節因子として存在しない場合、アデノウイルスの制御下にある核酸のいかなる発現も実際に回避させるシステムにおいて使用可能である。E2後期プロモーターは、E2遺伝子の活性化と関連する3Yボックス(CAAT)を含む。異なるE2後期プロモーターの構築を比較して、それらの特異性および活性を調べた。以下のとおりに分析を実施した。
1.25932−26179bpの塩基に対応するYボックスI、II、IIIを含む(野生型アデノウイルスの配列を参照。次に与えられるアデノウイルスE2領域の一部も参照)。
2.25932−26127bpの塩基に対応するYボックスII、IIIを含む(野生型アデノウイルスの配列を参照。次に与えられるアデノウイルスE2領域の一部も参照)。
3.25932−26004bpの塩基に対応するYボックスIIIを含む(野生型アデノウイルスの配列を参照。次に与えられるアデノウイルスE2領域の一部も参照)。
4.ブランクリーディングとして機能するYボックスを含まない。
E1/E3の欠失したAdYB−1およびE1Aのみが欠失したAd312アデノウイルスベクターを50pfu/細胞のMOIでヒト骨肉種細胞(U2OS)に感染させた。AdYB−1はそのゲノム中に細胞の転写因子YB−1をコードする配列を含み、ひいてはYボックス結合タンパク質1(YB−1)を発現する。感染後に「プラーク形成単位(pfu)」としてウイルス粒子の放出を評価するために、感染後2、5日目に培地の上精または残りの細胞層を単離した。3サイクルの凍結融解によって細胞内粒子を放出させた。プラークアッセイを利用して293個の細胞に関する粒子数を分析した。
図33に示される野生型アデノウイルスのウイルス核酸の設計から始めて、本明細書で開示される様々な設計原理が、YB−1依存的に複製するアデノウイルス内のタンパク質IXの発現のために実現されており、図34、35、36、37に示されている。全ての設計は、これらが天然型および野生型のそれぞれに存在するE1Aプロモーターによって制御されるという意味でE1A13SマイナスおよびE1A12Sマイナスである点が共通している。
YB−1が媒介する複製における効果的な粒子形成におけるタンパク質IXの発現の重要性を確認するために、この実験を実施した。したがって、先行技術において記載され、図50に示される、腫瘍退縮YB−1依存的に複製中のアデノウイルスXvir03−3′UTRを使用している。
野生型アデノウイルスゲノム内のプローブの位置は3648−4033位である。使用したウイルスは、タンパク質IXを発現しないXvir03である。
10cmの各シャーレに、106個の293細胞を播種した。翌日、図43に示すとおり、様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。1.5mLの無血清DMEM培地中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。48時間後にアルカリ溶解によってDNAを放出させて、カラムで精製した。次に、2μgのDNAをHindIIIで切断した。サンプルを1−2%アガロースゲル中で電気泳動的に分離させ、ナイロンメンブレン上にブロッティングした。メンブレン上にブロッティングさせたDNAを特異的な386bpのプローブとハイブリダイズさせた。プローブとして、PCRを利用して作成されたタンパク質IXに対する32P標識プローブを使用した。以下のプライマーをPCRに使用した:
野生型アデノウイルスゲノム内でのプローブの位置は、3468−4033位の間である。結果は、アデノウイルスXvir03が293細胞の感染後に組換えを起こさないことを示している。切断産物の大きさを図中に表している。
10cmの各シャーレに、106個の257RDB細胞を播種した。翌日、図44に示される様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。1.5mLの無血清DMEM培地中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3−4日後にRNAを単離した。次に、ノーザンブロット解析を実施した。この目的のために、各10μgのRNAを3%ホルムアルデヒドアガロースゲル中で電気泳動的に分離させ、ナイロンメンブレン上にブロッティングし、特異的な32P標識MRPプローブとハイブリダイズさせた。プローブは、pCRII−MRPプラスミドから制限酵素EcoRIによって作成した。結果は、アデノウイルスXvir03がABCトランスポーターMRPの発現を阻害可能であることを示している。
10cmのシャーレ1枚当たり106個の257RDB細胞を播種した。翌日、図45に示される様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。1.5mLの無血清DMEM培地中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3−4日後にRNAを単離した。次に、ノーザンブロット解析を実施した。この目的のために、各10μgのRNAを3%ホルムアルデヒドアガロースゲル中で電気泳動的に分離させ、ナイロンメンブレン上にブロッティングし、特異的な32P標識MDRプローブ(Holm et al., British J. Cancer, 1994, 70, 239-243)とハイブリダイズさせた。結果は、アデノウイルスXvir03がABCトランスポーターMDR1の発現を阻害可能であることを示している。
10cmのシャーレ1枚当たり106個のDU145細胞を播種した。翌日、図46に示される様々なアデノウイルスを細胞に感染させた。1.5mLの無血清DMEM培地中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、10mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。3−4日後にRNAを単離した。次に、ノーザンブロット解析を実施した。この目的のために、各10μgのRNAを3%ホルムアルデヒドアガロースゲル中で電気泳動的に分離させ、ナイロンメンブレン上にブロッティングし、特異的な32P標識MRPプローブとハイブリダイズさせた。結果は、アデノウイルスXvir03がABCトランスポーターMRPの発現を阻害可能であることを示している。
シャーレ1枚当たり100,000個のDU145細胞およびPC3細胞を播種した。翌日、図47、48に示される異なる濃度のXvir03(PFU/細胞)を細胞に感染させた。500μLの無血清DMEM培地中で37℃1時間、感染させた。次に、感染用培地を取り除いて、2mLの完全培地(10%FCS/DMEM)と交換した。5−7日後、クリスタルバイオレット染色によって評価を実施した。この目的のために、まず培地を取り除いた。細胞にクリスタルバイオレット(50%ETOH、3%ホルムアルデヒド、5%酢酸、1%クリスタルバイオレット)を重層して、室温で5−15分間培養した。次に、プレートを水で十分に洗い、室温で乾燥させた。
様々な細胞増殖抑制剤の添加によってヒト転写因子YB−1の核局在を誘導されることが先行技術において知られている。YB−1がMDR1およびMRP発現の活性化および調節に関与することも知られている。本発明者が見出しているように、E4orf6/E1B55k複合体を介したYB−1の集合によって、ABCトランスポーターであるMRPおよびMDR1の発現が抑制される。これによって細胞増殖抑制剤の有効性が増大される。
特にウイルスタンパク質E4orf6およびE1B55kの発現は、CMV−E4orf6発現カセットおよびRSV−E1B領域によってXvir05ベクター内において保証されている。これは、YB−1の核転位をもたらす。E2後期プロモーターによって制御されるYB−1遺伝子産物の他、E1A12S遺伝子産物はさらにウイルス複製を促進させる。また、ウイルスはABCトランスポーターであるMRPおよびMDR1の発現を抑制可能である。また、タンパク質E1B19Kおよびタンパク質IXは、カセットRSV−E1B領域の構成要素として発現される。
レスキュープラスミドpAdEASYの改変(Qbiogene社)
ΔE3E4シャトルベクターの作成のためのpShuttle−AdEASYシャトルベクターの使用
最初にCMVプロモーターおよびウシ成長ホルモンポリアデニル化シグナルをこのpShuttle−AdEASYベクターにクローニングした。この目的のために、プラスミドをEcoRIで切断して、T4ポリメラーゼおよびdNTPsを用いたフィリングによって末端を平滑化させ、骨格を脱リン酸化させて、生成した両方の消化産物を再連結させた。これによって制限酵素認識部位EcoRIを破壊した。このようにして得られたプラスミドをpShuttle(−EcoRI)−AdEASYと呼んだ。
潜在的な治療用トランス遺伝子に空間を与え、目的以外の相同組換えを避けるために、ΔE3E4−pShuttle(−NdeI)−AdEASYプラスミドのE4領域を特異的に欠失した。この過程で、PstIによる切り出しおよび再連結によって、E4orf6領域を約634bpだけ短縮させる(ΔE3E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASY)。組換えアデノウイルスの作成のための異なるシステムにおいて、各欠失は当業者によって実施可能である。
感染性を高めるために、fibre knobドメインのHIループを以下のDmitriev et al. 1998(An Adenovirus Vector with Genetically Modified Fibers Demonstrates Expanded Tropism via Utilization of a Coxsachievirus and Adenovirus Receptor-Independet Cell Entry Mechanism)に従って改変させた。プライマー
を使用して各領域を増幅させて、これによってEcoRV制限酵素部位を作成した。この制限酵素部位内に、
をコードする対合オリゴヌクレオチドをクローニングした。ΔE3E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASY内のHpaIおよびBfrI切断部位を利用したクローニングによって、ΔE3−RGD−E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASYを作成した。fibre knobドメインのHIループ内にRGDモチーフが存在する。
この目的のために、インビトロgen社のpcDNA3.1(+)ベクターをBglIIおよびBamHIで切断して、CMVプロモーターを取り除き、ベクターを再連結した(CMVを持たないpcDNA3.1(+)=oCMV)。pcDNA3.1(+)oCMVベクターのこれらのSpeIおよびXhoI制限酵素部位を利用して、野生型ウイルスDNA(pcDNA3.1(+)oCMV/E3aXhoI)からSpeI(27083bp)およびXhoI(29792bp)で切り出した2709bpの断片をクローニングした。代わりに、3′末端のXhoIではなくHpaI(30570bp)で切断可能である。この目的のために、次にpcDNA3.1(+)oCMVベクターをSpeIおよびEcoRVで切断して、これにアデノウイルスSpeI−HpaI断片をクローニングした(pcDNA3.1(+)oCMV/E3aHpaI)。別の選択肢は、アデノウイルスの野生型DNAの2718bpのEcoRI断片(27332bp−30050bp)であり、これはEcoRIを使用して開環したpcDNA3.1(+)oCMV内にクローニングされる(pcDNA3.1(+)oCMV/E3aEcoRI)。
を使用したPCRによってE3a領域を増幅可能である。E3aリバースプライマーを使用して、NheI切断部位を作成した。増幅産物をSpeIおよびNheIで切断して、同様にSpeIおよびNheIで切断したΔE3RGD−E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASYにクローニングする。
代わりに、アデノウイルス5型の野生型DNAを鋳型に用いて、プライマー
を使用してE3a領域を増幅可能である。E3aリバースプライマーを使用して、NheI切断部位を作成した。増幅産物をSpeIおよびNheIで切断して、やはりSpeIおよびNheIで切断したΔE3RGD−E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASYベクターにクローニングする。
代わりに、アデノウイルス5型の野生型DNAを鋳型に用いて、プライマー
を使用したPCRによってE3a領域を増幅可能である。E3aリバースプライマーを使用して、NheI切断部位を作成した。増幅産物をEcoRIおよびNheIで切断して、やはりEcoRIおよびNheIで切断したΔE3RGD−E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASYベクターにクローニングする。
まず、E2後期プロモーターを対合オリゴヌクレオチド
としてPromega社のpGL3エンハンサープラスミド(pGL3−E2Late)のHindIIIおよびBglII切断部位にクローニングした。
を使用したRT−PCRによって増幅させたトランス遺伝子E1A12SをTAクローニングによって導入した。
次に増幅産物E1a12S(上記を参照)およびIRESエレメント(Novagen社のpCITE−4a(+)を鋳型に、IRESフォワード=
およびIRESリバース=
をpcDNA3.1(+)ベクター(インビトロgen)のマルチクローニングサイトにクローニングした。この目的のために、E1a−12S増幅産物をTAクローニングによって平滑末端にしたBamHI制限酵素切断部位にクローニングした。次に、pcDNA3.1(+)内のE1a−12SプラスミドをEcoRVで線状化して、T末端を付加し、IRESエレメントの増幅産物をクローニングした。このようにして作成されたコンストラクト、E1a−12S−IRES−pcDNA3.1(+)をNotIで線状化させて、平滑末端にし、やはり平滑末端にしたpHVad2cCMV/S40+Yb−1(Stephan Bergmann)のYB−1EcoRI切断産物も脱リン酸化ベクターE1A−12S−IRES−pcDNA3.1(+)に導入した。代わりに、タンパク質IXのオープンリーディングフレームのPCR増幅産物、具体的にはプライマーIX
をT末端の付加後のE1a−12S−IRES−pcDNA3.1(+)ベクターの平滑末端化させたNotI切断部位に導入可能である。
E3aまたはE4ΔORF6内に第二発現カセットE2Late−E1a−12SまたはE2Late−E1a−12S−IRES−YB−1を伴うE3aΔE3RGD−E4ΔORF6領域を、対応するpShuttleプラスミドE3aΔE3RGD−E4ΔORF6−pShuttle(−NdeI)−AdEASYからSpeIおよびPacIで切り出して、対応する開環ベクターpAdEASYにクローニングして、これによって新しいレスキュープラスミドE3a/E2Late−E1a−12S/ΔE3RGD−E4ΔORF6−pAdEASYまたはE3aΔE3RGD−E4ΔORF6/E2Late−E1a−12S−pAdEASY、および、E3a/E2Late−E1a−12S−IRES−YB−1/ΔE3RGD−E4ΔORF6−pAdEASYまたはE3aΔE3RGD−E4ΔORF6/E2Late−E1a−12S−IRES−YB−1−pAdEASYを作成した。
E1B領域のクローニング
E1B領域を得るためにアデノゲノムをXbaI(1340bp位)およびMunI(3925bp位)で切断して、AdEASYのpShuttleのXbaIおよびMunI切断部位に該2585bp断片をクローニングして、このためこれは完全なE1B(pShuttle/E1B)を含む。
を使用したPCRによってE1B領域を増幅させ、XbaIおよびMunIで切断して、AdEASYのpShuttleのXbaIおよびMunI制限酵素切断部位にクローニングできる。
Invirogen社のpRc/RSVプラスミドをXhoI、SpeI、XbaIで切断した。このようにして作成した2810bpおよび278bpの断片を再連結させて、F1複製起点およびネオマイシン耐性遺伝子(oNeo)を取り除いた。
を使用したPCRの増幅産物を、T末端付加後(TAクローニング)のpRc/RSV(oNeo)ベクターのEcoRV切断部位に導入可能である。別の方法として、例えば本特許において列挙されるプロモーター、RSVプロモーター(MluIおよびHindIIIで取り出す)または腫瘍特異的なウイルスプロモーターの代わりに、CMVプロモーター(MluIおよびHindIIIによりpcDNA3.1(+)から入手)がE4orf6の発現を導く。
E1領域用のRSV−E4ORF6−polyA/E1B−pShuttle−AdEASYベクターをBst107IおよびMroIを使用して線状化させて、エレクトロポレーションによってレスキュープラスミド(上記)と共にBJ5183(EC)細菌内に導入した。相同組換えによってアデノウイルスプラスミドRSV−E4ORF6−polyA/E1B−E3a/E2Late−E1a−12S/ΔE3RGD−E4ΔORF6−pAdEASY(または上記のレスキューベクター変異体に応じて)を作成し、これはHEK293細胞内へのトランスフェクション後にウイルスの産生をもたらした。
Claims (49)
- ヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞の耐性を逆転させるための医薬の製造におけるアデノウイルスの使用であって、前記アデノウイルスが、核内にYB−1を欠く細胞内においては複製欠損であるが、YB−1を核内に有するか調節解除されたYB−1を含むかするヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞内においては複製し、前記耐性が、医薬的に活性な1つ以上の薬剤および/または放射線に対する耐性であり、前記医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する耐性が、ABCトランスポーターによって媒介され、前記放射線に対する耐性が、腫瘍疾患の照射において使用される放射線に対する耐性であり、
ここで、前記アデノウイルスが、少なくとも一つのアデノウイルス性遺伝子をトランス活性化させる癌遺伝子タンパク質をコードしており、前記アデノウイルス性遺伝子が、E1B55kDa、E4orf6、E4orf3およびE3ADPからなる群より選択され、前記癌遺伝子タンパク質が、E1Aであり、前記アデノウイルスが、dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択されるか、または
前記アデノウイルスが、E1Aタンパク質からなる群より選択される第二タンパク質より前に、E1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせである第一タンパク質を発現しており、前記アデノウイルスが、E1A12Sタンパク質をコードする少なくとも一つの核酸を含み、前記E1Aタンパク質の発現が、E1Aプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にある、使用。 - ヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞の耐性を逆転させるための医薬の製造におけるアデノウイルスの使用であって、前記アデノウイルスが、核内にYB−1を欠く細胞内においては複製欠損であるが、YB−1を核内に有するか調節解除されたYB−1を含むかするヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞内においては複製し、前記耐性が、医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する耐性であり、前記医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する耐性が、ABCトランスポーターによって媒介され、
ここで、前記アデノウイルスが、少なくとも一つのアデノウイルス性遺伝子をトランス活性化させる癌遺伝子タンパク質をコードしており、前記アデノウイルス性遺伝子が、E1B55kDa、E4orf6、E4orf3およびE3ADPからなる群より選択され、前記癌遺伝子タンパク質が、E1Aであり、前記アデノウイルスが、dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択されるか、または
前記アデノウイルスが、E1Aタンパク質からなる群より選択される第二タンパク質より前に、E1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせである第一タンパク質を発現しており、前記アデノウイルスが、E1A12Sタンパク質をコードする少なくとも一つの核酸を含み、前記E1Aタンパク質の発現が、E1Aプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にある、使用。 - ヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞の薬剤感受性を回復させるための医薬の製造におけるアデノウイルスの使用であって、前記アデノウイルスが、核内にYB−1を欠く細胞内においては複製欠損であるが、YB−1を核内に有するか調節解除されたYB−1を含むかするヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞内においては複製し、前記感受性が、医薬的に活性な1つ以上の薬剤および/または放射線に対する感受性であり、前記医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する感受性が、ABCトランスポーターによって媒介され、前記放射線に対する感受性が、腫瘍疾患の照射において使用される放射線に対する感受性であり、
ここで、前記アデノウイルスが、少なくとも一つのアデノウイルス性遺伝子をトランス活性化させる癌遺伝子タンパク質をコードしており、前記アデノウイルス性遺伝子が、E1B55kDa、E4orf6、E4orf3およびE3ADPからなる群より選択され、前記癌遺伝子タンパク質が、E1Aであり、前記アデノウイルスが、dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択されるか、または
前記アデノウイルスが、E1Aタンパク質からなる群より選択される第二タンパク質より前に、E1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせである第一タンパク質を発現しており、前記アデノウイルスが、E1A12Sタンパク質をコードする少なくとも一つの核酸を含み、前記E1Aタンパク質の発現が、E1Aプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にある、使用。 - ヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞の薬剤感受性を回復させるための医薬の製造におけるアデノウイルスの使用であって、前記アデノウイルスが、核内にYB−1を欠く細胞内においては複製欠損であるが、YB−1を核内に有するか調節解除されたYB−1を含むかするヒトまたは哺乳動物の腫瘍細胞内において複製し、前記感受性が、医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する感受性であり、前記医薬的に活性な1つ以上の薬剤に対する感受性が、ABCトランスポーターによって媒介され、
ここで、前記アデノウイルスが、少なくとも一つのアデノウイルス性遺伝子をトランス活性化させる癌遺伝子タンパク質をコードしており、前記アデノウイルス性遺伝子が、E1B55kDa、E4orf6、E4orf3およびE3ADPからなる群より選択され、前記癌遺伝子タンパク質が、E1Aであり、前記アデノウイルスが、dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択されるか、または
前記アデノウイルスが、E1Aタンパク質からなる群より選択される第二タンパク質より前に、E1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせである第一タンパク質を発現しており、前記アデノウイルスが、E1A12Sタンパク質をコードする少なくとも一つの核酸を含み、前記E1Aタンパク質の発現が、E1Aプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にある、使用。 - 前記医薬的に活性な薬剤が細胞増殖抑制剤である、請求項1〜4のいずれか一項記載の使用。
- 前記耐性が多剤耐性またはポリ耐性、および/または放射線に対する耐性であることを特徴とする、請求項1〜2のいずれか一項記載の使用。
- 前記耐性が細胞増殖抑制剤に対して多剤耐性またはポリ耐性であることを特徴とする、請求項1〜2のいずれか一項記載の使用。
- 前記ABCトランスポーターが、MRP、MDR、およびMDR−1からなる群より選択される、請求項1〜7のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択される、請求項1〜8のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、dl520およびdl1119/1131からなる群より選択される、請求項9記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、dl520である、請求項1〜9のいずれか一項記載の使用。
- dl520、AdΔ24、dl922−947、E1Ad/01/07、dl1119/1131およびCB016からなる群より選択された前記アデノウイルスが、さらにE1B19kDa欠損を有する、請求項1〜11のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、さらにE1B19kDa欠損を有するdl520である、請求項12記載の使用。
- 前記E1Aが、E1A12Sである、請求項1〜13のいずれか一項記載の使用。
- 前記細胞が、細胞周期とは無関係に核内にYB−1を有する、請求項1〜14のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルス性癌遺伝子タンパク質E1Aが、YB−1の核局在化を誘導しないことを特徴とする、請求項1〜15のいずれか一項記載の使用。
- 前記細胞が、Rb陰性であり、前記細胞が、YB−1核陽性であることを特徴とする、請求項1〜16のいずれか一項記載の使用。
- 前記細胞が、Rb陰性であり、前記細胞が、細胞周期とは無関係にYB−1核陽性であることを特徴とする、請求項1〜17のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルス性癌遺伝子タンパク質が、組織および/または腫瘍特異的プロモーターの制御下にあることを特徴とする、請求項1〜18のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、YB−1をコードし、前記YB−1が、組織および/または腫瘍特異的プロモーターの制御下にあることを特徴とする、請求項1〜16のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、少なくとも一つのタンパク質をコードし、タンパク質が、E4orf6、E4orf3、E1B55kDaおよびアデノウイルス性E3ADPタンパク質からなる群より選択されることを特徴とする、請求項1〜20のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、E1Aタンパク質からなる群より選択される第二タンパク質より前に、E1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせである第一タンパク質を発現しており、前記アデノウイルスが、E1A12Sタンパク質をコードする少なくとも一つの核酸を含み、前記E1Aタンパク質の発現が、E1Aプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にある、請求項1〜8のいずれか一項記載の使用。
- 前記E1Aタンパク質が、E1A12Sタンパク質であることを特徴とする、請求項22に記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、野生型アデノウイルス内において前記タンパク質発現を制御するプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にあるE1B55kDaタンパク質をコードする核酸を含むことを特徴とする、請求項22〜23のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、野生型アデノウイルス内において前記タンパク質発現を制御するプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にあるE4orf6タンパク質をコードする核酸を含むことを特徴とする、請求項22〜24のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、野生型アデノウイルス内において前記タンパク質発現を制御するプロモーターとは異なるプロモーターの制御下にあるE1B55kDaタンパク質およびE4orf6タンパク質の組み合わせをコードする核酸を含むことを特徴とする、請求項22〜24のいずれか一項記載の使用。
- 前記E1B55kDaタンパク質の発現が、プロモーターによって制御されており、前記プロモーターが腫瘍特異的プロモーター、器官特異的プロモーター、組織特異的プロモーター、異種プロモーター、およびアデノウイルスプロモーターからなる群より選択され、前記アデノウイルスプロモーターが、E1Bプロモーターとは異なることを特徴とする、請求項22〜26のいずれか一項記載の使用。
- 前記E4orf6タンパク質の発現が、プロモーターによって制御されており、前記プロモーターが腫瘍特異的プロモーター、器官特異的プロモーター、組織特異的プロモーター、異種プロモーター、およびアデノウイルスプロモーターからなる群より選択され、前記アデノウイルスプロモーターが、E4プロモーターとは異なることを特徴とする、請求項22〜27のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスプロモーターが、E1Aプロモーターである、請求項27または28記載の使用。
- 前記E1Aタンパク質の発現が、腫瘍特異的プロモーター、器官特異的プロモーター、組織特異的プロモーター、異種プロモーター、およびアデノウイルスプロモーターからなる群より選択されるプロモーターによって制御されていることを特徴とする、請求項22〜29のいずれか一項記載の使用。
- 前記E1Aタンパク質の発現を制御するプロモーターが、YB−1で制御されているか、またはYB−1で調節可能であることを特徴とする、請求項27〜30のいずれか一項記載の使用。
- 前記E1Aタンパク質の発現を制御するプロモーターが、アデノウイルスのE2後期プロモーターであることを特徴とする、請求項27〜31のいずれか一項記載の使用。
- 前記E4orf6タンパク質、および前記E1B55kDaタンパク質が、同一または共通のプロモーターの制御下にあることを特徴とする、請求項22〜32のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、少なくとも1つのアデノウイルスのタンパク質を介して核内にYB−1を供給するか、または少なくとも1つのアデノウイルスのタンパク質を介して核内へのYB−1の供給を媒介しており、前記アデノウイルスのタンパク質が、E1Aとは異なることを特徴とする、請求項22〜33のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、少なくとも1つのアデノウイルスのタンパク質を介してアデノウイルスの複製のためのYB−1を供給するか、または少なくとも1つのアデノウイルスのタンパク質を介してアデノウイルスの複製のためのYB−1の供給を媒介しており、前記アデノウイルスのタンパク質が、E1Aとは異なることを特徴とする、請求項22〜34のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスのタンパク質が、E4orf6およびE1B55kDaの複合体であることを特徴とする、請求項34または35記載の使用。
- 前記アデノウイルスの核酸が、少なくとも1つの機能的に不活性なアデノウイルス領域を含み、前記領域が、E1領域、E3領域、E4領域、そしてこれらの組み合わせからなる群より選択されることを特徴とする、請求項22〜36のいずれか一項記載の使用。
- 前記少なくとも1つの機能的に不活性なアデノウイルス領域が、E1領域であることを特徴とする、請求項37記載の使用。
- 前記少なくとも1つの機能的に不活性なアデノウイルス領域が、E3領域であることを特徴とする、請求項37または38記載の使用。
- 前記少なくとも1つの機能的に不活性なアデノウイルス領域が、E4領域であることを特徴とする、請求項37〜39のいずれか一項記載の使用。
- 前記少なくとも1つの機能的に不活性なアデノウイルス領域が、E1領域、E3領域およびE4領域を含むことを特徴とする、請求項37〜40のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、核酸を含み、前記核酸がYB−1をコード化することを特徴とする、請求項22〜41のいずれか一項記載の使用。
- YB−1をコードする前記核酸が、プロモーターの制御下にあり、該プロモーターがE2後期プロモーターであることを特徴とする、請求項42記載の使用。
- YB−1をコード化する前記核酸が、プロモーターの制御下にあり、該プロモーターがそれぞれYB−1依存性であり、そしてYB−1の制御下にあることを特徴とする、請求項42または43記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、プロモーターおよび核酸配列を含む発現カセットを含み、前記核酸配列がアプタマー、リボザイム、アプタザイム、アンチセンス分子およびsiRNAからなる群から選択されることを特徴とする、請求項22〜44のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、プロモーターおよび核酸配列を含む発現カセットを含み、前記核酸配列がコード化核酸であり、前記核酸がペプチド、ポリペプチド、タンパク質、アンチカリン、抗体および抗体断片からなる群から選択される分子をコード化することを特徴とする、請求項22〜44のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、発現カセットを含み、前記発現カセットがプロモーターおよび核酸配列を含み、前記核酸配列がアポトーシス誘導遺伝子、プロドラッグ遺伝子、プロテアーゼインヒビターをコードする核酸、腫瘍抑制遺伝子、サイトカインをコード化する核酸および血管形成抑制剤をコード化する核酸からなる群から選択されることを特徴とする、請求項22〜44のいずれか一項記載の使用。
- 前記アデノウイルスが、アデノウイルス突然変異体であることを特徴とする、請求項22〜47のいずれか一項記載の使用。
- 前記ABCトランスポーターの発現が、YB−1によって制御されている、請求項1〜48のいずれか一項記載の使用。
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