JP4646315B2 - 前立腺癌においてアップレギュレートされた内因性レトロウイルス - Google Patents
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Description
本発明は、癌、特に前立腺癌の診断に関する。特に、本発明は、腫瘍、特に前立腺腫瘍においてアップレギュレートされた発現を示す、第22染色体上に位置するヒト内因性レトロウイルス(HERV)に関する。
前立腺癌は、米国の男性における最も一般的な型の癌である。良性前立腺過形成(BPH)は、良性の前立腺細胞の異常な増殖であり、ここで、前立腺は増殖して、尿道および膀胱に圧力をかけ、尿の正常な流れをブロックする。米国における60〜70歳の男性の半分以上、および70〜90歳の90%ほどが、BPHの徴候を有する。BPHは、ほとんど生命を脅かさないが、徴候を軽減するために処置を必要とする。
第22染色体の20.428メガベース(22q11.2)に位置するHERV−Kファミリーの特定のメンバーが、前立腺腫瘍において優先的かつ有意にアップレギュレートされることが見出されている。この内因性レトロウイルス(本明細書中で「PCAV」と名付けられる)は、他のHERV−Kファミリーメンバーにおいては見出されないいくつかの特徴を有し、これらの特徴は、前立腺癌のスクリーニング、診断および治療(例えば、アジュバント治療)に利用され得る。
公開されたヒトゲノム配列の中の多くの領域が、内因性レトロウイルスと注釈され、配列が決定される前でさえ、ヒトゲノムは、複数のHERVを含むことが知られていた。多くのHERVの1つは、第22染色体の20.428メガベースに位置するHERV−Kであり、本明細書中で「PCAV」と称される。このHERVの発現は、癌組織においてアップレギュレートされることが見出されている。さらに、PCAVは、他のHERVには見出されない5つの特異的な特徴を有する。これらの5つの特徴は、PCAV mRNA転写物で顕著であり、そして、スクリーニング、診断および治療に利用され得る:(1)ゲノム内に他のHERVから区別する特異的なヌクレオチド配列を有するが、この配列は、他のHERVと有意な同一性を共有する;(2)タンデムな5’LTRを有する;(3)フラグメント化された3’LTRを有する;(4)env遺伝子がalu挿入により中断される;および(5)gagが独特の挿入を含む。
PCAVは、HERV−KサブファミリーHML2.0のメンバーである。ヒトゲノム一倍体(ハプロイド)あたり、大まかに、30〜50コピーのHML2.0ウイルスが存在する。HML2ウイルスは、ヒトの祖先において少なくとも2倍挿入されていたようである:3000万年前、類人猿系統(ヒトを含む)が猿から枝分かれする前;および2000万年前、枝分かれ後。3000万年挿入由来のウイルスは、時々「旧型」ウイルスと称され、そして、2000万年挿入由来のウイルスは「新型」ウイルスと称される{3}。旧型および新型ウイルスタンパク質は、アミノ酸配列レベルで非常に高く関連するが、いくつかの識別エピトープが存在する。DNA配列の同一性は、ゲノムのある領域で高いが、他の領域(特にLTR)において、保存は、約70%のみである。旧型および新型LTR間の違いの大半は、転写開始の近くにクラスター形成され、ここで、旧型ウイルスは、新型ウイルスと比較して1つまたは2つの挿入を有する。旧型および新型LTRは、系統学分析において2つの別々の群としてクラスター形成する(図1)。相対的遺伝的年齢にと調和して、旧型ウイルスはまた、新型ウイルスよりも多い中断および欠失を含む。
HERV−Kの5’LTRの下流(gagオープンリーディングフレームの始点の前)に、保存されたスプライスドナー部位(5’SS)が存在する。このスプライスドナーは、envオープンリーディングフレームの始点のスプライスアクセプター部位(3’SS)に結合し得る(図4)。
PCAVの3’LTRは、フラグメント化されており、これとしては、MER11a反復エレメントの挿入が挙げられる(図3)。PCAV mRNAは、ウイルスLTR内のシグナルを使用するよりはむしろ、MER11a挿入内のポリアデニル化シグナルを使用して終止する。MER11a配列が後続する3’HERV−K LTRの部分コピーで終止する転写物は、PCAVに特異的である。
遺伝年代に起因する変異により破壊されるのみならず、PCAVのenv遺伝子は、alu配列により中断される。envおよびaluの両方を含む転写物の検出は、PCAVが転写されていることを示す。
PCAV gag遺伝子は、48ヌクレオチド配列(配列番号53)を含み、これは、他のHERV−Kにおいて見出されない。この48マーは、16マーの配列番号110をコードし、これは、新型由来のgagタンパク質または他の旧型HERV−Kにおいて見出されない。配列番号53を含む転写物、または配列番号110を含むポリペプチドまたは配列番号110の内部かもしくは配列番号110を含むエピトープを認識する抗体の検出は、従って、PCAVが転写されていることを示す。
本発明の診断方法は、mRNA検出に基づき得る。PCAV mRNAは、直接的または間接的に検出され得る。mRNAを直接検出することが好ましく、それによってmRNAから誘導された物質(例えば、cDNA)を別に調製する必要性を省く。
本発明に従って使用するためのmRNA転写物は、PCAVから転写される。転写物の3つの好ましい型は以下の通りである:(1)第2の5’LTRの3’末端の近くのスプライスアクセプター部位を使用してスプライシングされる転写物;(2)3’LTRとMER11a配列との両方を含む転写物;(3)aluで中断されたenv遺伝子を含む転写物;および(4)PCAV特異的なgag配列を含む転写物。
本発明のPCAV mRNA転写物は、例えば、mRNAの配列決定によってか、またはmRNA転写物へのハイブリダイゼーション(例えば、ノーザンブロットによって)によって直接的に検出され得る。サンプル中の特定のRNA配列の存在または不在を検出するための種々の技術が利用可能である{例えば、参考文献20および21}。
本発明は、(a)第22染色体の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスから転写されたmRNA転写物のヌクレオチド配列、および/または(b)(a)の相補体を含む核酸を提供する。本発明はまた、配列番号10、配列番号1197および/または配列番号1198とqq%以上の配列相同性を有するヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。PCAVは、第6染色体の47.1メガベースに見られるHERV−Kと約87.5%同一であり、そして、第3染色体の103.75メガベースで見られるHERV−Kと約86%同一である。
本発明はPCAV核酸標的にハイブリダイズし得る核酸を提供する。
試料中の核酸は、好都合なことに、および敏感に核酸増幅技術(例えば、PCR,SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA,T7増幅など)により検出し得る。この技術は、好ましくは指数関数的な増幅をもたらす。RNAを用いる好ましい技術はRT−PCRである(例えば参考文献20の15章を参照のこと)。その技術は定量的および/またはリアルタイムであり得る。
本発明の核酸および転写産物は、好ましくは単離された形態または実質的に単離された形態(すなわち、他の核酸を実質的に含まない(例えば、天然に存在する核酸を実質的に含まない)で、一般的に少なくとも約50%純度(重量%)で、通常は少なくとも約90%純度で、供給される。
方法がポリペプチド検出に基づいている場合、その方法は、PCAV mRNA転写産物によってコードされたポリペプチドの発現の検出を包含する。この方法は、代表的に1つ以上の次のポリペプチドの検出を包含する:gag(例えば、配列番号57)またはPCAP3/mORF(例えば、配列番号87)。いくつかのPCAV mRNAが、これらの全てのポリペプチド(例えば、ERVK6{44})をコードするが、PCAVは古いウイルスであり、そのprt遺伝子、pol遺伝子およびenv遺伝子は、高度に断片化されている。
種々の技術が、サンプル中の特定のポリペプチドの存在または非存在を検出するために利用可能である。これらは一般に、抗体とそのポリペプチド中の抗原性アミノ酸配列との間の特異的相互作用に基づく、免疫アッセイ技術である。適切な技術としては、標準的免疫組織学的方法、ELISA、RIA、FIA、免疫沈降、免疫蛍光などが挙げられる。
ポリペプチドを直接的に検出するよりも、ポリペプチドに対応して身体によって生成される分子を検出すること(すなわち、ポリペプチドの間接的検出)が好適であり得る。これは代表的に、抗体の検出を含み、それゆえ、患者のサンプルは一般に、血液サンプルである。抗体は、(例えば、代表的には固定された、本発明のPCAVポリペプチドを用いた)従来の免疫アッセイ技術によって検出され得る。
本発明は、本発明の検出方法において用いられ得るポリペプチドを提供し、ここで、このポリペプチドは、第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスによってコードされる。
これらのポリペプチドは、改変体(例えば、対立遺伝子改変体、ホモログ、オルソログ、変異体など)を包含する。
本発明は、本発明のポリペプチドに結合する抗体を提供する。本発明はまた、本発明の核酸によってコードされるポリペプチドに結合する抗体を提供する。
(D.1.−患者サンプル)
本発明の診断方法がmRNA発現の検出に基づく場合、患者サンプルは、一般に細胞(例えば、前立腺細胞、とりわけ管腔上皮由来の前立腺細胞)を含む。これらは、組織サンプル(例えば、前立腺細胞)において存在し得るか、または(例えば、転移の間に)血液循環内に漏れている細胞であり得る。前立腺細胞を含む代わりに、または前立腺細胞を含むのと同じく、このサンプルは、PCAV mRNAを含むビリオンもまた、含み得る。
PCAV転写物は、前立腺腫瘍においてアップレギュレートされる。このようなアップレギュレーションを検出するため、参照点(reference point)(すなわち、コントロール)が代表的に必要とされる。コントロールサンプルの分析は、mRNAおよび/またはタンパク質発現の標準レベルを与え、それに対して、患者サンプルが比較され得る。しかし、PCAV転写は、正常細胞において無視し得るほど僅かであり、そして腫瘍細胞において高度にアップレギュレートされているため、参照点は常に必要というわけではない(顕著な発現は、疾患を示す)。そうであっても、コントロールの使用は、特に標準化または定量的アッセイのために、好ましい。
コントロール(100%)に対するアップレギュレーションは、通常少なくとも150%(例えば、200%、250%、300%、400%、500%、600%またはそれより上)である。20〜40倍のアップレギュレーションは、珍しくない。
本発明は、患者サンプルにおいて、22番染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスの発現産物の存在または非存在を検出する工程を包含する、前立腺癌を診断するための方法を提供する。
本発明の診断方法における検出のために好ましい発現産物は、上述のセクションB.1、セクションB.3およびセクションC.3において記載される。
本発明は、以下の工程を包含する、患者サンプルを分析するための方法を提供する:(a)患者サンプルを、ハイブリダイゼーション条件下で、本発明の核酸と接触させる工程;および(b)患者サンプルにおいて、患者サンプル中に存在する核酸への、本発明の核酸のハイブリダイゼーションの、存在または非存在を検出する工程。工程(b)におけるハイブリダイゼーションの存在は、サンプルが採取された患者が、前立腺腫瘍を有することを示す。
本発明は、患者サンプルを、本発明のポリペプチドまたは抗体と接触させる工程を包含する、前立腺癌を診断するための免疫アッセイ法を提供する。
本発明は、前立腺癌を診断する方法を提供する。本発明に記載の「診断」は、疾患の明確な臨床診断から、患者が可能となるさらなる検査を受けて明確な診断に至り得る徴候の範囲にわたり得る。例えば、本発明の方法は、スクリーニングプロセスとして使用され得、ポジティブサンプルはさらなる分析に供される。
本発明は、本発明の核酸、ポリペプチド、または抗体を含む、薬学的組成物を提供する。本発明はまた、その医薬品としての使用、および前立腺癌を標的するための医薬品の製造における使用も、提供する。本発明はまた、動物(例えば、患者)に、核酸またはポリペプチドの免疫原性用量を投与する工程を包含する、免疫応答を惹起するための方法を提供する。
薬学的組成物は、好ましくは免疫原性組成物であり、そしてより好ましくは、ワクチン組成物である。このような組成物は、哺乳動物(例えば、ヒト)において抗体を惹起するために使用され得る。
本発明は、以下の工程を含む、癌に対する活性を有する化合物のスクリーニングの方法を提供する:試験化合物を、PCAV発現がアップレギュレートされている細胞または細胞株に由来する組織サンプルと接触させる工程;およびサンプル中のPCAV発現をモニターする工程。発現の減少は、試験化合物の抗癌効能の可能性を示す。
用語「含む」は、「含有する」および「構成する」ことを意味する(例えば、Xを「含む」組成物は、独占的にXからのみ構成され得るか、または何らかの追加を含み得る(例えば、X+Y))。
本発明の特定の局面は、以下の非限定的な実施例でより詳しく記載される。これらの実施例は、本発明を作製し使用する方法の開示および記載を、当業者に提供するために示される。これらの実施例は、本発明者らがその発明として認識する範囲を制限することを意図しないし、以下の実験が、行われる全てまたは唯一の実験であることを、表すことも意図しない。使用された数字(例えば、量、温度など)に関し、正確さを確実にするための努力がなされているが、ある程度の実験的エラーおよび偏位が、考慮されるべきである。他に示されない限りは、部は重量部であり、分子量は平均分子量であり、温度は摂氏度であり、そして圧力は大気圧かその近傍である。
癌において差次的に発現される遺伝子を表わし得る候補核酸を、公に利用可能な供給源ならびに選択した細胞株および患者組織から産生したcDNAライブラリーから得た。標準化cDNAライブラリーを、1人の患者の腫瘍組織から調製し、マイクロアレイ上にスポットするためのクローニングした核酸を、このライブラリーから単離した。100人の患者由来の正常組織および腫瘍組織を、T7 RNAポリメラーゼ転写核酸を産生するために処理し、次いで、マイクロアレイにおいて発現を評価した。
前立腺癌における異なった発現についてスクリーニングされる種々の候補遺伝子を表すcDNA配列を、核酸アレイ上のハイブリダイゼーションにより、アッセイした。このcDNA配列は、上記のような細胞株または組織から単離されたcDNAクローンを含んだ。分析されたcDNA配列もまた、Unigeneデータベースの配列と重複する配列を含む核酸(種々の起源、種々の機能、および種々の特徴付けのレベルの多様な遺伝子産物をコードする)を含んだ。cDNAを、当該分野で周知である方法に従って、スライド1枚あたり9,216スポットの密度で二連でスポッティングされた4608の配列(コントロールを含む)を表す、およそ200ng/μlのcDNA溶液のおよそ0.8μl用いて、反射スライド(Amersham)上にスポットした。
27378(配列番号14)は、前立腺腫瘍において増大したレベルで存在する。この配列は、第22染色体(配列番号1のヌクレオチド977〜1075および2700〜2777)上のゲノムDNA配列の、2つの別個の領域に整列する:
スポット34058(配列番号15)は、前立腺腫瘍組織において高度に増大している。この配列は、いくつかの「旧型」ゲノムで生じ、エンベロープATGを3’LTRの近くのスプライスアクセプター部位に連結する選択的スプライシング部位をまたぐ。この配列は、第3染色体および第6染色体に見られる関連のHERV−Kよりも密接にPCAVにマッチする(2443での単一のミスマッチ):
アレイ上の配列26254からのシグナルは、正常組織と比較して、前立腺腫瘍組織において増大した。26254配列(配列番号16)は、第22染色体コンティーグAP000345(配列番号17=AP000345のヌクレオチド63683〜64332)およびAP000346(配列番号18=AP000346のヌクレオチド26271〜26920)(配列番号1のヌクレオチド7065〜7701)とほぼ完全に整列される:
アレイ上の配列30453からのシグナルは、正常組織と比較して、前立腺腫瘍組織において増大した。30453配列(配列番号113)は、第22染色体と整列される:
アレイ上の配列26503からのシグナルは、正常組織と比較して、前立腺腫瘍組織において増大した。26503配列(配列番号116)は、第22染色体と整列される:
患者ライブラリーからクローニングしたHERV−K HML 2.0 cDNAをPCAVと整列する。4人の患者由来のライブラリーからのクローンは、PCAVと95%より大きい同一性で整列する。
2人の患者からの新鮮な凍結前立腺癌組織を、10ミクロン切片にカットし、ガラススライドにマウントし、そしてマウスモノクローナル抗体5G2で染色した。染色を、二次抗体(フルオレセイン結合ヤギ抗マウス)で可視化した。染色は、癌性組織に特異的であることを見出した。サンプルをまた、26254へのハイブリダイゼーションにより分析し、シグナルは、同じ患者由来のコントロールサンプルよりも35〜40倍強かった。
種々の組織由来のRNA抽出物を、RT−PCRで分析した。特に、エキソン1とエキソン2との間のスプライシング事象を、図6に示すプライマーを用いて調べた。図10に結果を示す。全てのレーンが、HERV−K HML2.0(すなわち、新型ウイルス)のバックグラウンドレベルの発現(細い線)を示すが、前立腺組織(レーン6)は、より長い産物(太い線)を示し、これは、5’LTRとENVの開始点との間のより長い配列内のHERV−Kの発現を示唆する。他の組織において見られた長いレーン6の産物とバックグラウンド産物との間の長さの差異(約80bp)は、図6Bに図示するエキソン2の長さに対応する。
MDA PCA 2b細胞株よりRNAを抽出した。スプライシングされたmRNAをクローニングして配列決定し、第2の5’LTRの3’末端の近くのスプライスアクセプター部位が使用されることを確認する。これらのmRNAは、PCAVに正確にマッチする配列を有する4つのエキソンを有する。これらは、LTR1および2に近接するエキソンを有し、このエキソンにエンベロープATGと非常に短いオープンリーディングフレームを含むエキソンが続き、最終的に、最後の3’LTRのフラグメントで終止する。
PCAVは、「旧型」HERV−Kである。「新型」HERV−Kの低レベルの発現がまた検出され得る。PCAVおよび「新型」HERV−K由来のgagオープンリーディングフレームは、主要な配列レベルで相同であるが、有意な発散を有する。gagタンパク質は、酵母において発現され、そして、PCAVおよび「新型」HERV−Kの両方について精製され、そして、マウスモノクローナル抗体を生じた。
1.「新型」HERV−K gagをpSP72にサブクローニングした。ADH/GAPDHプロモーターに隣接するHindIII部位からgagコード配列内のNcoI部位までの143bpの合成オリゴヌクレオチド。orf−99と称されるLnCaP細胞から得たcDNAクローンを鋳型として使用して、NcoIからSalIまでの「新型」HERV−K gag配列の残存する1869bpをPCRにより誘導した。
「新型」発現構築物は、配列番号1185であり、配列番号1186をコードする:
(PCAV配列分析)
第22染色体由来のPCAVのゲノム配列は、配列番号1として与えられる。この配列は、ゲノム中の第1の5’LTRの開始から3’LTRの最終フラグメントの末端まで伸長する。これは、合計12366bpである。
PCAV gagは、48ヌクレオチド配列(配列番号53)を含み、これは、第3染色体、第6染色体および第1第6染色体上の密接に関連するHERV−Kにおいては見出されない。48マーは、16マーの配列番号110をコードし、これは、新型HERV−Kまたは他の旧型HERV−Kにおいては見出されない。配列番号53を含む99マー(配列番号1からの3614〜3712)のBLAST分析における上位5ヒットを示す:
種々のHERV−KのN末端のアラインメントを以下に示す:
スプライスドナー部位およびアクセプター部位に基づいて、配列番号99〜109を構築した。配列番号109は、第2の5’LTRで開始する。
他のレトロウイルスとの相同性により、PCAV−mRNA(すなわち、PCAVゲノム内の転写開始部位)の5’末端は、配列番号1のヌクレオチド559の限界TATA配列の30塩基下流に落ち着くべきである。
PCAVのenv領域の最終エキソン内で、リーディングフレーム1および2は、それぞれenvおよびcORFをコードする(図23)。配列番号87は、PCAP3であり、これは、envとして同じ5’領域を共有するが、ここで、スプライシング事象がenvコード配列を除去し、そして、envのリーディングフレームに対してリーディングフレームを+2移動させる(配列番号88および1191):
前立腺癌は、管腔上皮層で発生すると考えられるが、正常な管腔上皮細胞は、非常に少ない細胞分裂が可能である。対照的に、NIH3T3細胞およびRWPE1細胞(図11および12を参照のこと)は不死である。PCAVは癌の初期段階に関与するようなので、通常は迅速に老化するPCAP3の初代前立腺上皮細胞(PrEC)への影響を試験した。
(PCRによるPCAV検出)
プライマー対を試験して、前立腺サンプルについて期待されたPCAV産物(P)を産生するものおよび胸部サンプルについての産物をほとんど産生しないかまたは全く産生しないもの(B)を産生するものを決定した。プライマーを図28のPCAVの5’LTRのマップに示す。正方向のプライマーは、「914」(配列番号1192)または「949」(配列番号1193)であり;逆方向のプライマーは、「2736」(配列番号1194)または「cDNA」(配列番号1195)であった。cDNAプライマーは、スプライスジャンクションをまたぐ。各反応を、30サイクル、MCF7細胞(B)またはMDA PCA 2b細胞(P)のいずれかから抽出した総RNAから調製したdTで初回刺激したcDNAで行った。
Claims (43)
- 前立腺癌を検出するインビトロでの方法であって、該方法は、患者サンプルにおいて、第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルス(PCAV)の発現産物の存在または非存在を検出する工程を包含する、方法。
- 検出される前記発現産物が、mRNA転写物またはポリペプチドである、請求項1に記載の方法。
- mRNA転写物が、ハイブリダイゼーション、配列決定法、または逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応によって検出される、請求項1および請求項2に記載の方法。
- 請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法であって、該方法は、以下の最初の工程:
(a)前記患者サンプルからmRNAを抽出する工程;
(b)該患者サンプルから、mRNAを除去することなくDNAを除去する工程;および/または
(c)該患者サンプルにおいて、PCAV DNAを除去または破壊するがPCAV mRNAを破壊も除去もしない工程
を、包含する、方法。 - 請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法であって、前記発現産物が、以下:
(a)第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスから転写されたmRNA転写産物;
(b)配列番号23、配列番号1197および/または配列番号1198に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、mRNA転写物;
(c)配列−N1−N2−を含むmRNA転写物であって、該N1が、第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスの、(1)最初の5’LTRから転写されたmRNAの5’末端から、(2)該最初の5’LTRから転写された該mRNAのU5領域の下流の最初のスプライスドナー部位までのヌクレオチド配列であり、そして該N2が、スプライスアクセプター部位のすぐ下流のヌクレオチド配列であって、該スプライスアクセプター部位が、(1)該最初のスプライスドナー部位の下流、および(2)第2のスプライスドナー部位の上流に位置し、該第2のスプライスドナー部位は該内因性レトロウイルスの第2の5’LTRの下流である、mRNA転写産物;
(d)配列−N1−N2−を含むmRNA転写物であって、該N1が、配列番号26および/または配列番号1201に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列であり、そして該N2が、配列番号27または配列番号28に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(e)配列番号24、配列番号25、配列番号1199または配列番号1200に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(f)配列−N3−N4−を含むmRNA転写物であって、該N3が、配列番号30に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列であり、そして該N4が、配列番号31に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(g)配列番号29に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(h)配列−N7−N8−を含むmRNA転写物であって、該N7が、第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスのenv遺伝子内のalu挿入部分の前にあるヌクレオチド配列であり、そして該N8が、該alu挿入部分の5’末端で始まるヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(i)配列−N7−N8−を含むmRNA転写物であって、該N7が、配列番号37に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列であり、そして該N8が、配列番号32に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(j)配列番号38に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(k)配列−N9−N10−を含むmRNA転写物であって、該N9が、第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスのenv遺伝子内のalu挿入部分の末端にあるヌクレオチド配列であり、そして該N10が、該alu挿入部分のすぐ下流のヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(l)配列−N9−N10−を含むmRNA転写物であって、該N9が、配列番号41に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列であり、そして該N10が、配列番号40に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(m)配列番号42に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(n)配列番号41に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(o)配列番号53に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(p)配列番号111に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(q)配列番号1191に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;および
(r)配列番号98に対し、少なくとも90%の配列同一性を有するポリペプチドをコードするmRNA転写物;
からなる群から選択されるmRNA転写物である、方法。 - 前記mRNA転写物が、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号37、配列番号38、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号53、配列番号111および/または配列番号1191のうち1つ以上を含む、請求項5に記載の方法。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法であって、該方法は、以下:
(a)前記患者サンプルを、ハイブリダイゼーション条件下で核酸プライマーおよび/またはプローブと接触させる工程;ならびに
(b)該患者サンプルにおいてハイブリダイゼーションの存在または非存在を検出する工程
を、包含する、方法。 - 請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法であって、該方法は、以下:
(a)前記サンプル中のmRNAを、DNAと比較して富化し、mRNA富化サンプルを供給する工程;
(b)該mRNA富化サンプルを、ハイブリダイゼーション条件下で核酸プライマーおよび/またはプローブと接触させる工程;および
(c)該mRNA富化サンプルに存在するmRNAに対するハイブリダイゼーションの存在または非存在を検出する工程
を、包含する、方法。 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法であって、該方法は、以下:
(a)前記サンプル中のmRNAのDNA複製物を調製する工程;
(b)該DNA複製物を、ハイブリダイゼーション条件下で核酸プライマーおよび/またはプローブと接触させる工程;および
(c)該DNA複製物に対するハイブリダイゼーションの存在または非存在を検出する工程
を、包含する、方法。 - 前記患者サンプルを、前記レトロウイルスから発現されるポリペプチドを認識する抗体と接触させる工程を包含する、請求項2に記載の方法。
- 前記患者サンプルが前立腺細胞を含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記患者が成人男性である、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 以下:
(a)第22染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスから転写されるmRNA転写産物のヌクレオチド配列を含む核酸;
(b)配列番号10、配列番号1197および/または配列番号1198に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)ヌクレオチド配列−N1−N2−を含む核酸;
(d)配列番号5、配列番号6、配列番号1199または配列番号1200に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(e)ヌクレオチド配列−N3−N4−を含む核酸;
(f)配列番号9に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(g)ヌクレオチド配列−N7−N8−を含む核酸;
(h)配列番号38に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(i)ヌクレオチド配列−N9−N10−を含む核酸;
(j)配列番号42のヌクレオチド配列を含む核酸;
(k)配列番号42に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(l)配列番号53のヌクレオチド配列を含む核酸;
(m)配列番号53に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(n)配列番号111のヌクレオチド配列を含む核酸;
(o)配列番号111に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(p)配列番号1191のヌクレオチド配列を含む核酸;
(q)配列番号120〜1184のうち1つ以上を含む核酸;
(r)ストリンジェント条件下で、請求項5に記載の(a)〜(r)において定義されるmRNA転写物にハイブリダイズし得る核酸;および
(s)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、(l)、(m)、(n)、(o)、(p)、(q)または(r)の相補核酸;
からなる群から選択される核酸であって、ここでN1〜N10は請求項5において定義される通りである、核酸。 - 配列番号5、配列番号6、配列番号9、配列番号38、配列番号42、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号111、配列番号337〜599、および配列番号600〜1184、またはそれらの相補核酸のうち1つ以上を含む、請求項13に記載の核酸。
- 以下:
(a)PCAV核酸標的内で配列−N1−N2−(またはその相補配列)にハイブリダイズし得るが、単独のN1配列にもN2配列(またはこれらの相補配列単独)にもハイブリダイズしないプローブ;
(b)PCAV核酸標的内で配列−N3−N4−(またはその相補配列)にハイブリダイズし得るが、単独のN3配列にもN4配列(またはこれらの相補配列単独)にもハイブリダイズしないプローブ;
(c)PCAV核酸標的内で配列−N7−N8−(またはその相補配列)にハイブリダイズし得るが、単独のN7配列にもN8配列(またはこれらの相補配列単独)にもハイブリダイズしないプローブ;
(d)PCAV核酸標的内で配列−N9−N10−(またはその相補配列)にハイブリダイズし得るが、単独のN9配列にもN10配列(またはこれらの相補配列単独)にもハイブリダイズしないプローブ;
(e)配列番号10、配列番号1197もしくは配列番号1198のフラグメント、または配列番号10、配列番号1197もしくは配列番号1198のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(f)配列番号5および/もしくは配列番号1199のフラグメント、または配列番号5および/もしくは配列番号1199のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(g)配列番号6および/もしくは配列番号1200のフラグメント、または配列番号6および/もしくは配列番号1200のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(h)配列番号9のフラグメント、または配列番号9のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(i)配列番号53のフラグメント、または配列番号53のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(j)配列番号1191のフラグメント、または配列番号1191のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(k)配列番号10および/もしくは配列番号1198の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号10および/もしくは配列番号1198の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(l)配列番号47の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号47の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(m)ヌクレオチド配列B1a−B2a(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B1aは配列番号2の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B2aは配列番号46の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含む、プローブ;
(n)配列番号49の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号49の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(o)ヌクレオチド配列B1b−B2b(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B1bは配列番号2の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B2bは配列番号48の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含むプローブ;
(p)配列番号9の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号9の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(q)ヌクレオチド配列B3−B4(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B3は配列番号7の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B4は配列番号8の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含むプローブ;
(r)配列番号38の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号38の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(s)ヌクレオチド配列B7−B8(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B7は配列番号37の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B4は配列番号32の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含むプローブ;
(t)配列番号43の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号43の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(u)ヌクレオチド配列B9−B10(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B9は配列番号32の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B10は配列番号40の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含むプローブ;
(v)配列番号53の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号53の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(w)配列番号111の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号111の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
(x)配列番号112の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号112の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;ならびに
(y)配列番号1191の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号1191の相補鎖の少なくとも15の連続したヌクレオチドのフラグメントを含むプローブ;
からなる群より選択される核酸プローブであって、ここでN1〜N10は請求項5において定義される通りであり、そして「PCAV」は、ヒト第22染色体上の20.428メガベースに位置する内因性レトロウイルスであり、該核酸プローブは少なくとも長さが15ヌクレオチドである、核酸プローブ。 - 配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号36、配列番号39、配列番号44、配列番号45、配列番号50、配列番号51、配列番号52(またはその相補鎖)のうち1つ以上を含む、請求項15に記載のプローブ。
- 式5’−X−Y−Z−3’の核酸であって、ここで:
−X−は、x個のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり;
−Z−は、z個のヌクレオチドからなるヌクレオチド配列であり;
−Y−は、(a)配列番号1〜13、配列番号20〜53、配列番号57、配列番号58、配列番号63、配列番号81、配列番号86、配列番号88〜91、配列番号99〜109、配列番号111、もしくは配列番号112、または配列番号1191のいずれかのy個のヌクレオチドのフラグメント、あるいは(b)(a)の相補鎖のいずれかからなるヌクレオチド配列であり;
該核酸5’−X−Y−Z−3’は、(i)配列番号1〜13、配列番号20〜53、配列番号57、配列番号58、配列番号63、配列番号81、配列番号86、配列番号88〜91、配列番号99〜109、配列番号111、もしくは配列番号112、または配列番号1191のフラグメント、あるいは(ii)(i)の相補鎖のどちらでもなく;
x+zの値は少なくとも1であり;
yの値は少なくとも15であり、そして
x+y+zの値は少なくとも16である、
核酸。 - 前記−X−部分および/または前記−Z−部分がプロモーター配列(またはその相補鎖)を含む、請求項17に記載の核酸。
- ヒト22番染色体上の20.428メガベースに位置する内因性レトロウイルス内に含まれるテンプレート配列を増幅するためのプライマーを含む、前立腺癌を検出するためのキットであって、該キットは
第1プライマーおよび
第2プライマー
を含み、ここで、該第1プライマーは該テンプレート配列の一部に対して相補的である配列を含み、該第2プライマーは該テンプレート配列の相補鎖の一部に対して相補的である配列を含み、ここで、相補性を有する該プライマー内の配列が、増幅されるべき該テンプレート配列の末端を規定し、該第1プライマーおよび第2プライマーは少なくとも長さが15ヌクレオチドである、キット。 - 前記テンプレート配列および/またはその相補鎖に対して相補的でありかつこれらにハイブリダイズし得る、プローブをさらに含む、請求項19に記載のキット。
- 前記テンプレート配列が、22番染色体の20.428メガベースに位置するHERV−Kの転写物内に位置する、請求項19または請求項20に記載のキット。
- 請求項21に記載のキットであって、前記テンプレート配列が、配列番号10もしくは配列番号23もしくは配列番号1197もしくは配列番号1198のフラグメントであり、そして/または前記テンプレートが、配列番号53および/もしくは配列番号111を含む、キット。
- 前記第1プライマーおよび第2プライマーが前記テンプレート配列の異なったエキソンに位置する、請求項19〜22のいずれか1項に記載のキット。
- 前記プライマーの1つが、配列番号120〜336のヌクレオチド配列またはそれらの相補配列のうちの1つ以上を含む、請求項19〜23のいずれか1項に記載のキット。
- 請求項19〜24のいずれか1項に記載のキットであって、ここで:
(a)前記第1プライマーが、N1の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N2の一部と相補的である配列を含む;
(b)前記第1プライマーが、N1の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N2の相補鎖の一部と相補的である配列を含む;
(c)前記第1プライマーが、N1の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライスドナーの下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含み、ここで該スプライスドナーは、それ自体が第2のPCAV 5’LTRの3’末端近くのスプライスアクセプターの下流にある;
(d)前記第1プライマーが、N1の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライスドナーの下流のPCAV配列の相補鎖の一部と相補的である配列を含み、ここで該スプライスドナーは、それ自体が第2のPCAV 5’LTRの3’末端近くのスプライスアクセプターの下流にある;
(e)前記第1プライマーが、N1−N2におけるスプライシング連結部位と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライシング連結部位の上流もしくは下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含む;
(f)前記第1プライマーが、N1−N2におけるスプライシング連結部位の相補鎖と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライシング連結部位の上流または下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含む;
(g)前記第1プライマーが、N3の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N4の一部と相補的である配列を含む;
(h)前記第1プライマーが、N3の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N4の相補鎖の一部と相補的である配列を含む;
(i)前記第1プライマーが、N3の一部と同一である第1配列と、N4の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の一部に相補的である配列を含む;
(j)前記第1プライマーが、N3の相補鎖の一部と同一である第1配列と、N4の相補鎖の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の相補鎖の一部に相補的である配列を含む;
(k)前記第1プライマーが、N3の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、ポリAテイルの一部に相補的である配列を含む;
(l)前記第1プライマーが、N3の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、ポリAテイルの相補鎖の一部に相補的である配列を含む;
(m)前記第1プライマーが、N7の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N8の一部と相補的である配列を含む;
(n)前記第1プライマーが、N7の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N8の相補鎖の一部と相補的である配列を含む;
(o)前記第1プライマーが、N7の一部と同一である第1配列と、N8の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の一部に相補的である配列を含む;
(p)前記第1プライマーが、N7の相補鎖の一部と同一である第1配列と、N8の相補鎖の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の相補鎖の一部に相補的である配列を含む;
(q)前記第1プライマーが、N9の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N10の一部と相補的である配列を含む;
(r)前記第1プライマーが、N9の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N10の相補鎖の一部と相補的である配列を含む;
(s)前記第1プライマーが、N9の一部と同一である第1配列と、N10の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の一部に相補的である配列を含む;
(t)前記第1プライマーが、N9の相補鎖の一部と同一である第1配列と、N10の相補鎖の一部と同一である第2配列とを含み、そして前記第2プライマーが、上流または下流のPCAV配列の相補鎖の一部に相補的である配列を含む;
(u)前記第1プライマーが、配列番号111、配列番号112または配列番号53の第1部分と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、配列番号111、配列番号112または配列番号53の第2部分と相補的である配列を含み、その結果該プライマー対は、配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53の内にあるテンプレート配列、配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53からなるテンプレート配列または配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53を含むテンプレート配列を規定する;あるいは
(v)前記第1プライマーが、配列番号111、配列番号112または配列番号53の相補鎖の第1部分と同一である第1配列を含み、そして前記第2プライマーが、配列番号111、配列番号112または配列番号53の相補鎖の第2部分と相補的である配列を含み、その結果該プライマー対は、配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53の内にあるテンプレート配列、配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53からなるテンプレート配列または配列番号111、配列番号112もしくは配列番号53を含むテンプレート配列を規定する、
ここで、N1〜N10は請求項5において規定される通りであり、そして「PCAV」は、ヒト22番染色体上の20.428メガベースに位置する内因性レトロウイルスである、
キット。 - 以下:
(a)22番染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスによってコードされる、ポリペプチド;
(b)配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、および配列番号110からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、(a)のポリペプチド;
(c)配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、および配列番号110のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、(a)のポリペプチド;
(d)配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、もしくは配列番号110のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、(a)のポリペプチド;
(e)式NH2−XX−YY−ZZ−COOHを有するポリペプチドであって、ここで:
XXは、xx個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
ZZは、zz個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
YYは、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、および配列番号110のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、もしくは配列番号110のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、(a)のポリペプチド配列であり;
該ポリペプチドNH2−XX−YY−ZZ−COOHは、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、および配列番号110から選択されたポリペプチド配列のフラグメントではなく;
xx+zzは少なくとも1である、ポリペプチド;
(f)配列番号1186および配列番号1188からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(g)配列番号1186および配列番号1188のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド;
(h)配列番号1186もしくは配列番号1188のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含むポリペプチド;
(i)式NH 2 −XX−YY−ZZ−COOHを有するポリペプチドであって、ここで:
XXは、xx個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
ZZは、zz個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
YYは、配列番号1186および配列番号1188のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または配列番号1186もしくは配列番号1188のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、ポリペプチド配列であり;
該ポリペプチドNH 2 −XX−YY−ZZ−COOHは、配列番号1186および配列番号1188から選択されたポリペプチド配列のフラグメントではなく;
xx+zzは少なくとも1である、ポリペプチド
からなる群より選択される、ポリペプチド。 - 請求項26に記載のポリペプチドに結合する抗体。
- 請求項27に記載の抗体であって、該抗体は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号87、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号110、配列番号1186および/または配列番号1188の内のエピトープを認識する、抗体。
- HERV−K gagタンパク質を認識する、請求項27または請求項28に記載の抗体。
- 22番染色体上の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルス由来のgagを認識するが、他のHERV由来のgagは認識しない、請求項29に記載の抗体。
- 前記抗体はモノクローナル抗体である、請求項28〜30のいずれか1項に記載の抗体。
- 請求項5に記載の方法であって、前記mRNA転写物が、以下:
(a)配列−N1−N2−を含むmRNA転写物であって、該N1が、第22染色体上
の20.428メガベースに位置するヒト内因性レトロウイルスの、(1)最初の5’LTRから転写されたmRNAの5’末端から、(2)該最初の5’LTRから転写された該mRNAのU5領域の下流の最初のスプライスドナー部位までのヌクレオチド配列であり、そして該N2が、スプライスアクセプター部位のすぐ下流のヌクレオチド配列であって、該スプライスアクセプター部位が、(1)該最初のスプライスドナー部位の下流、および(2)第2のスプライスドナー部位の上流に位置し、該第2のスプライスドナー部位は該内因性レトロウイルスの第2の5’LTRの下流である、mRNA転写産物;
(b)配列−N1−N2−を含むmRNA転写物であって、該N1が、配列番号26および/または配列番号1201に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列であり、そして該N2が、配列番号27または配列番号28に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列である、mRNA転写産物;
(c)配列番号24、配列番号25、配列番号1199または配列番号1200に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;
(d)配列番号1191に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むmRNA転写物;および
(e)配列番号98に対し、少なくとも90%の配列同一性を有するポリペプチドをコードするmRNA転写物;
からなる群から選択される、方法。 - 前記mRNA転写物が、配列番号24、配列番号25、および/または配列番号1191のうち1つ以上を含む、請求項6に記載の方法。
- 請求項13に記載の核酸であって、該核酸は、
(a)ヌクレオチド配列−N1−N2−を含む核酸;
(b)配列番号5、配列番号6、配列番号1199または配列番号1200に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸;
(c)配列番号1191のヌクレオチド配列を含む核酸;
(d)配列番号237〜241、253〜256、および417〜420のうち1つ以上を含む核酸;
(e)ストリンジェント条件下で、請求項33に記載の(a)〜(e)において定義されるmRNA転写物にハイブリダイズし得る核酸;および
(f)(a)、(b)、(c)、(d)、または(e)の相補核酸;
からなる群から選択され、N1およびN2は請求項5において定義される、核酸。 - 配列番号5、配列番号6、配列番号9、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、配列番号103、配列番号104、配列番号105、配列番号106、配列番号107、配列番号108、配列番号109、配列番号417〜420、またはそれらの相補核酸のうち1つ以上を含む、請求項14に記載の核酸。
- 請求項15に記載のプローブであって、該プローブは、
(a)PCAV核酸標的内で配列−N1−N2−(またはその相補配列)にハイブリダイズし得るが、単独のN1配列にもN2配列(またはこれらの相補配列単独)にもハイブリダイズしないプローブ;
(b)配列番号5および/もしくは配列番号1199のフラグメント、または配列番号5および/もしくは配列番号1199のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(c)配列番号6および/もしくは配列番号1200のフラグメント、または配列番号6および/もしくは配列番号1200のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(d)配列番号1191のフラグメント、または配列番号1191のフラグメントの相補鎖に対し、90%以上の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むプローブ;
(e)配列番号47の少なくとも15個連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号47の相補鎖の少なくとも15個連続したヌクレオチドのフラグメントを含む、プローブ;
(f)ヌクレオチド配列B1b−B2b(またはその相補鎖)を含むプローブであって、ここで、B1bは配列番号2の3’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含み、B2bは配列番号48の5’末端由来の6つ以上のヌクレオチドを含む、プローブ;
(g)配列番号1191の少なくとも15個連続したヌクレオチドのフラグメント、または配列番号1191の相補鎖の少なくとも15個連続したヌクレオチドのフラグメントを含む、プローブ;
からなる群より選択され、ここでN1およびN2は請求項5において定義される通りであり、そして「PCAV」は、ヒト第22染色体上の20.428メガベースに位置する内因性レトロウイルスである、核酸プローブ。 - 配列番号11、配列番号12、配列番号50、および配列番号51(またはそれらの相補鎖)のうち1つ以上を含む、請求項16に記載のプローブ。
- 請求項17に記載の核酸であって、
−Y−は、(a)配列番号5、6、11、12、24、25、47、49、50、51、88、99〜109、または配列番号1191のいずれかのy個のヌクレオチドのフラグメント、あるいは(b)(a)の相補鎖のいずれかからなるヌクレオチド配列であり;
前記核酸5’−X−Y−Z−3’は、(i)配列番号5、6、11、12、24、25、47、49、50、51、88、99〜109、または配列番号1191のフラグメント、あるいは(ii)(i)の相補鎖のどちらでもない、
核酸。 - 前記プライマーの1つが、配列番号237〜241および253〜256のヌクレオチド配列またはそれらの相補配列のうちの1つ以上を含む、請求項24に記載のキット。
- 請求項25に記載のキットであって、
(a)前記第1プライマーが、N1の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N2の一部と相補的である配列を含む;
(b)前記第1プライマーが、N1の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、N2の相補鎖の一部と相補的である配列を含む;
(c)前記第1プライマーが、N1の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライスドナーの下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含み、ここで該スプライスドナーは、それ自体が、第2のPCAV 5’LTRの3’末端近くのスプライスアクセプターの下流にある;
(d)前記第1プライマーが、N1の相補鎖の一部と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、スプライスドナーの下流のPCAV配列の相補鎖の一部と相補的である配列を含み、ここで該スプライスドナーは、それ自体が、第2のPCAV 5’LTRの3’末端近くのスプライスアクセプターの下流にある;
(e)前記第1プライマーが、N1−N2におけるスプライシング連結部位と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、該スプライシング連結部位の上流もしくは下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含む;
(f)前記第1プライマーが、N1−N2におけるスプライシング連結部位の相補鎖と同一である配列を含み、そして前記第2プライマーが、該スプライシング連結部位の上流または下流のPCAV配列の一部と相補的である配列を含む;
ここで、N1およびN2は請求項5において規定される通りであり、そして「PCAV」は、ヒト22番染色体上の20.428メガベースに位置する内因性レトロウイルスである、キット。 - 請求項26に記載のポリペプチドであって、該ポリペプチドは、
(a)配列番号87および配列番号98からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項26において定義される(a)のポリペプチド;
(b)配列番号87および配列番号98のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項26において定義される(a)のポリペプチド;
(c)配列番号87および配列番号98のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、請求項26において定義される(a)のポリペプチド;
(d)式NH2−XX−YY−ZZ−COOHを有するポリペプチドであって、ここで:
XXは、xx個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
ZZは、zz個のアミノ酸からなるポリペプチド配列であり;
YYは、配列番号87および配列番号98のうちの1つ以上に対して少なくとも90%の同一性を有するアミノ酸配列を含むか、または配列番号87および配列番号98のT細胞エピトープまたはB細胞エピトープを含む、請求項26において定義される(a)のポリペプチド配列であり;
該ポリペプチドNH2−XX−YY−ZZ−COOHは、配列番号87および配列番号98から選択されたポリペプチド配列のフラグメントではなく;
xx+zzは少なくとも1である、ポリペプチド
からなる群より選択される、ポリペプチド。 - 請求項28に記載の抗体であって、該抗体は、配列番号87および/または配列番号98の内のエピトープを認識する、抗体。
- 診断における使用のための、請求項13〜18、26〜31、35〜38および41〜42のいずれか1項に記載の核酸、ポリペプチドまたは抗体を含む組成物。
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