JP3398378B2 - リン含有キラルインターサブユニットリンケージを有する非電荷モルホリノ―基体ポリマー - Google Patents
リン含有キラルインターサブユニットリンケージを有する非電荷モルホリノ―基体ポリマーInfo
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(1983). 本発明の背景 ポリヌクレオチドに塩基−特異的結合するためのポリ
マーは、病原体の特異的な遺伝子配列特徴の試験管内検
出及び多くの疾病−−特にウィルス疾病−−を引き起こ
す遺伝子配列の生体内不活性化の両方に著しい可能性を
有する。
は、相補的遺伝子配列の検出及び比較的最近ではターゲ
ットの遺伝子配列の不活性化の両方に広く使用されてい
る。しかし、標準のポリヌクレオチドは、ターゲットオ
リゴヌクレオチドに塩基−特異的結合するのに使用され
る場合、多くの制限に悩まされている。この制限は、
(i)生体膜を横切る限定された通路、(ii)ヌクレア
ーゼ感受性、(ii)イオン濃度に敏感なターゲット結
合、及び(iv)細胞の標準−分離メカニズムに対する感
受率を含む。
結されるポリ核酸同族体を形成することによって克服し
又は最小化することができる。非電荷核酸同族体の例
は、報告されている。Pitha等(1970a,b)は、核酸の正
常糖−ホスフエート要素をポリビニル要素によって置き
代えられた、種々のホモポリマーポリヌクレオチド同族
体について述べている。これらの核酸同族体は、相補的
ポリヌクレオチドと、しかし実質上減少されたTm値と共
に予想されるワトソン/クリックペアリング特異性を有
すると報告されている(Pitha,1970a)。この研究の1
つの重大な制限は、所望された塩基配列でポリマーを製
造するために、配列サブユニット付加によってポリマー
を構成することができない。かくてポリマーを、選択さ
れたターゲット配列に塩基−特異的結合するのに使用す
ることができない。デオキシリボヌクレオシドサブユニ
ットの間の非電荷の、しかし立体異性のメチルホスホナ
ートリンケージを有するポリヌクレオチド同族体も報告
されている(ミラー,1979,1980,ジェアーマン;ムラカ
ミ;ブラケ,1985a,1985b;スミス)。比較的最近、種々
の非電荷ホスホルアミダート−結合したオリゴヌクレオ
チド同族体も、報告されている(フエーラー,1988)。
これらのポリマーは、非電荷キラルリン−含有基を介し
て1個のサブユニットの3′OH基及び他のサブユニット
の5′OH基で結合したデオキシヌクレオシドを有する。
これらの化合物は、一本鎖ポリヌクレオチドターゲット
配列に結合する及び選択的にブロックすることが分る。
しかし、デオキシリボヌクレオシドフザユニットを用い
て非電荷リン−結合したポリヌクレオチド同族体は特に
高価で、製造が困難である;サブユニット出発材料は、
極めて高価であり、限定された入手可能性を有する。
ージを有するデオキシリボヌクレオチド同族体が、構成
されている(スチルチャック1987)。これらの非電荷の
アキラルデオキシリボヌクレオシド−誘導された同族体
は、上述の様に、出発材料の比較的高い価格によって制
限される。
の配列−特異的結合を可能にするポリマーを提供し、上
記ポリマーに準じるポリヌクレオチドに関連する多くの
問題及び制限を克服する又は最小化することである。
造の5′エキソ環状炭素に結合する、長さ1〜3個の原
子の、非電荷リン−含有キラルリンケージによって一緒
に連結されている。
列中の塩基に塩基特異的水素結合によって連結するのに
有効なプリン又はピリミジン残基Piを有する。
の詳細な記載が添付された例及び図面と共に読まれた時
に、より一層十分に明らかとなる。
は非電荷の、リン−含有キラルリンケージによって連結
され、本発明のポリマーを形成する。Piはプリン又はピ
リミジン塩基残基である。
ン塩基残基(第1図中に示される環構造のPiとして表わ
される)を示し、その際X=H,CH3,F,Cl,Br又はI。
原子(B)及び7−原子(C−E)連結基を有するいく
つかの好ましいサブユニットを示す。この際X=−CH
2R,−O−CH2R,−S−CH2R,−NR1R2,又はF,CH3,又はタ
ーゲット結合を妨害しない他の部分。R1及びR2は、
(i)同一又は異なり、(ii)R又は脂環式又は芳香族
部分から選択されてよい。Y1=O,S,CH2,又はNR。Y2=O,
S,又はCH2,Y3=O,S,又はNR。Z=O又はS。
返しサブユニットセグメントを示し、これは第3図の、
サブユニットA−E夫々を用いて構成され、A−Aから
E−Eで表わされる。X,Y,及びZは第3図中と同じであ
る。Pi及びPjは、プリン又はピリミジン塩基残基であ
る。
モルホリノサブユニットを合成する工程を示す。
を示す。
マーの構造で示されるモルホリノサブユニットを合成す
る工程を示す。
ト塩基−対の極性主要−溝基(第8a図)及び二重−結合
ポリマーの代表的塩基配列(第8b図)への結合様式を示
す。第8b図中、a=アデニン;c=チトシン;g=グアニ
ン;t=チミン;u=ウラシル;D=2,6−ジアミノプリン又
は2−アミノプリン;G=グアニン又はチオグアニン;l=
高特異性水素結合;及び:=低特異性水素結合。
モルホリノサブユニットを連結する工程を示す。
ジによってモルホリノサブユニットを連結する工程を示
す。
よるモルホリノサブユニットの連結を示す。
るサブユニットカップリング操作を示す。
(G)複合に関する末端変性プロットを示し、そこで
(モルホリノ)(C)6ポリマーを、本発明に従って構
成する。
リマーの使用を示す。
−特異的結合するためのモルホリノ−基体ポリマーを含
む。このポリマーは、モルホリノ−基体環構造から成
り、この構造は隣接構造の5′オキソ環状炭素に1つの
構造のモルホリノ窒素を接続する、長さ1又は3個の原
子の、非電荷の、キラルリンケージによって一緒に連結
する。
ルホリノ環構造を示す。そこでモルホリノ炭素原子に、
親リボースに於ける様に番号をつける。第1図中に見ら
れる様に、環構造はβ−配向で4′炭素に結合する5′
−メチレンを有する。
する水素−結合部分、β−配向でリンケージによって骨
格モルホリン部分に結合するPiを有する。
又は数個、たとえばN3,N7,又はN9が適当な原子、たとえ
ば炭素によって、又はC8は窒素によって代えられる5−
6員縮合環を有するプリン−様プレーナー環構造を有す
る。ピリミジン部分も同様に、ピリミジン及び原子1又
は数個、たとえばN1が適する原子、たとえば炭素によっ
て代えられるピリミジン−様プラナー6−員環を有す
る。本発明に於て、好ましい水素−結合部分は、第2図
中に示される一連のプリン及びピリミジンを有する。夫
々の塩基は、ポリヌクレオチド塩基又は塩基−対に特異
的な、水素−結合部位少なくとも2個を有する。ポリマ
ーを一本鎖ポリヌクレオチドへの配列−特異的に結合に
使用する場合、プリン構造1から3はチアミン又はウラ
シル塩基に;構造7−8はグアニン塩基に、構造4−6
はチトシン塩基;及び構造9はアデニン塩基に結合す
る。
にほとんどプリン塩基及び相補的鎖中にほとんどピリミ
ジン塩基を有する二重ポリヌクレオチド中で主要−溝に
よって接近可能な水素−結合部位と結合するのに有利で
ある。
溝部位の類似タイプ及び位置に基づき(すなわちCG塩基
−対のNH6及び04はAT−塩基−対のNH6および04として同
一H−結合配列を提示する。)、二重−結合ポリマーの
H−結合部分は、ターゲット遺伝子二重体中に一定の塩
基対を特有に認めるために、そのターゲット塩基−対の
N7への水素−結合がなければならない。かくて、一方の
鎖に主にプリン及びもう一方の鎖にピリミジンを有する
二重遺伝子配列をターゲットとする本発明のポリマーに
於て、ポリマーの水素−結合部分は2位にアミンを有す
るプリンを含有するのが好ましい。というのはそのアミ
ンをターゲット塩基−対のN7へのH−結合に対して位置
づけるのが適当であるからである。より特異的に、第2
図の構造2のよび3は、TA又はUA塩基−対への特異的結
合を提供し、一方構造4及び6はCG塩基−対への特異的
結合を提供する。二重−結合ポリマー中で特に有用であ
る2個の塩基は、2,6−ジアミノプリン(構造3)及び
グアニン(構造4)である。第8A図は、この2個の塩基
が二重核酸中でその夫々のターゲット塩基対の極性主要
−溝への結合を示す。第8B図は、二重状態でターゲット
遺伝子配列を結合するポリマーの代表的な塩基配列を示
す。
伝子配列の極性主要−溝部位への高−特異性結合に適す
るポリマーは、モルホリノ−基体骨格に加えて、他の骨
格を用いてそのターゲットとされる遺伝子二重体への有
効な結合を提供することができる。この様な他の骨格の
例は、ホスホジエステル−結合されたデオキシリボヌク
レオシドを有し、そこでリン上のペンダント基は次のも
のの1つである:負に電荷した酸素(すなわち天然DNA
骨格);メチル又は他のアルキル基(アルキルホスホナ
ートと呼ばれる);メトキシ又は他のアルコキシ基(ホ
スホトリエステルと呼ばれる);又はモノ−又はジアル
キルアミン(ホスホルアミダートと呼ばれる)。この二
重−結合ポリマーに対する他の骨格は上述の様にリン上
にペンダント基を有する及び2′−酸素上にメチルを有
する又は有しないホスホジエステル−結合されたリボヌ
クレオシドも有する。
ニットを安定な、キラル、非電荷リンケージで連結する
ことによってポリマーを形成する。サブユニットの連結
基は、リン−含有求電子試薬を有し、通常これを連結し
うるサブユニットの求核試薬と反応させる。
選択は、いくつかの考慮によって導かれる。有望なイン
ターサブユニットリンケージの最初のスクリーニング
(すなわち不安定にならないことを予測し、リンケージ
のまわりを自由に回転するか又は単一コンホーメーショ
ンで存在する、これらのリンケージ)は、空間−充填CP
Kの又は二重DNA又はRNAのコンピュータ分子モデルの使
用を伴う。DNA及びRNA二重体は、B−型でオリゴデオキ
シリボヌクレオチド及びA−型でオリゴリボヌクレオチ
ド−含有二重体のX−線回析によって決定されたパラメ
ーターに従って構成される。
ト骨格の1つを除き、モルホリノ環及びインターサブユ
ニットリンケージを含む予期される骨格を、可能な場合
本来の糖−ホスフアート骨格が除かれた塩基の部位で置
き代える。次いで夫々の生じるポリヌクレオチド/ポリ
マー二重体を、ワトソン/クリック塩基対の共平面性、
予期される結合ポリマー骨格中のねじれ及び角ひずみ、
核酸鎖上に加わるゆがみの度合、及び内部鎖及び外部鎖
の非結合相互作用に関して測定する。本発明に支持され
て行われるこのタイプの最初の研究は、モノホリノ−基
体ポリマーが、6個の原子の好ましい単位骨格の長さ
(すなわちポリマー中のくり返し骨格鎖中の原子の数)
を有することを示す。しかしモデル研究は、一定の5−
原子及び7−原子くり返し−単位モノホリノ−基体骨格
がターゲットにされた遺伝子配列への結合に対する要求
を満たすことも示す。
返し骨格単位に分配するので、5−原子、6−原子、及
び6−原子くり返し−単位骨格中のリンケージは、夫々
1,2,及び3個の原子を骨格の長さに分配する。すべての
場合、環構造間のリンケージは、(a)非電荷、(b)
キラル、(c)安定であり、及び(d)ターゲットポリ
ヌクレオチドに結合するのに適するコンホメーションの
採用を許可しなければならない。
ユニット骨格構造を、合成の容易度で決める。インター
サブユニットリンケージの実際の化学安定性は、しばし
ばモデル化合物又は二量体を用いて決める。
ンケージ基を有するいくつかの好ましいβ−モルホリノ
サブユニットタイプを示す。ポリマーが1より多くのリ
ンケージタイプを有するのが好ましい。
されたくり返し単位骨格を形成する1−原子リン含有リ
ンケージを有する。そこではモルホリノ環を1−原子ホ
スホンアミドリンケージによって結合する。対応するキ
ラルチオニル−含有リンケージ(リン−含有基でS=O
部分を置換している)は、水性溶液中で不十分な安定性
を有することが分ったことをここに述べる。
した様に6−原子くり返し単位骨格で示す。構造Bに於
て、5′モルホリノ炭素をリン基に結合する原子Yは、
イオウ、窒素、炭素又は、好ましくは、酸素であってよ
い。リンから伸びたX部分は次のもののどれかであって
よい:フッ素;アルキル又は置換されたアルキル;アル
コキシ又は置換されたアルコキシ;チオアルコキシ又は
置換されたチオアルコキシ;又は非置換、モノ置換、又
はジ置換された窒素、これらは環状構造を含む。X部分
に適するいくつかの環状置換された窒素はモルホリン、
ピロール、及びピラゾールである。
からE−Eでしめされている様に7−原子単位−長さの
骨格で表わされる。構造C中で、X部分は構造Bに於け
るのと同一であり、部分Yはメチレン、イオウ、又は好
ましくは酸素であってよい。構造D中、X及びY部分は
構造B中に於けると同一である。構造E中、Xは構造B
中に於けると同一であり、YはO,S,又はNRである。
材料は、一般にリボヌクレオシドである。一般に、水−
結合部分又は塩基(たとえばA,U,G,C)を含有するリボ
ヌクレオシドを合成して、ポリマー合成のためのサブユ
ニットの完全な一組を提供する。適するリボヌクレオシ
ドは入手できないので、1−ハロリボース又は、好まし
くは、1α−ブロモグルコース誘導体を適する塩基に結
合することができ、次いでこのヌクレオシド同族体を所
望のβ−モルホリノ構造にペリオダート開裂を介して変
え、次いで適するアミン上で生じるジアルデヒドを閉環
することができる。
に使用される化合物の反応性のために、塩基のオキソ環
状窒素を保護に通常望まれ、かつしばしば必要である。
この保護基の選択を、(i)保護されるべき窒素の比反
応性、(ii)サブユニット合成及びカップリングに関係
する反応のタイプ、及び(iii)塩基脱保護の前に完成
されたポリマーの安定性によって決定する。
法を、例1中に示す。例中に詳述された方法は、一般に
アミン−保護基を有するヌクレオシドを形成するのに利
用できる。核酸化学に使用される標準の塩基−保護基
は、しばしば好ましくは次のグループに含まれる:CのN4
に関するベンゾイル;アデニン(A)のN6に関するベン
ゾイル又はp−ニトロベンベイル;グアニン(G)のN2
に関するアセチル、フエニルアセチル又はイソブチリ
ル;及び2,6−ジアミノプリン残基に関するN2,N6−ビス
(イソブチリル)。この保護基を、水酸化アンモニウム
で処理してポリマーを集めた後に除くことができる。
とができる基でモルホリノサブユニットの塩基部分を保
護することが望ましい。β−脱離メカニズムを介して強
い非−求核塩基によって除かれる、適当な塩基保護基は
次のものを含む:CのN4及びAのN6の両方に関する2−
(4−ニトロフエニル)エトキシカルボニル又は2−
(フエニルスルホニル)エトキシカルボニル;及びGの
N2に関する9−フルオレニルメトキシカルボニル及び2,
6−ジアミノプリンのN2及びN6。ポリマーをきびしい無
水条件下に、強い非求核塩基1,8−ジアザビシクロ〔5.
4.0〕−ウンデセ−7−エン(DBU)で処理して集めた
後、これらの基を除去することができる。
−7中に記載する。第5図中に描かれた合成式に関し
て、塩基−保護されたリボヌチレオシドとナトリウムペ
リオダートとを反応させ、中間体2′,3′−ジアルデヒ
ドを形成し、これはその時アンモニアによって閉環し、
2′及び3′ヒドロキシル基(親リボースに於ける様に
番号づける、第1図参照)を形成する。次いで化合物を
ナトリウムシアノボロヒドリドで処理し、環ヒドロキシ
ル基を還元する。環窒素をトリチル誘導化によって又は
次のサブユニットカップリングに対するベンズヒドラー
ルオキシカルボニル基によって保護するのが好ましい。
保護基を、モルホリノサブユニットとトリチルクロライ
ドと又はニトロフエニルベンズヒドリルカルボナートと
の反応によってあるいはジアルデヒドと第一アミンとの
反応によって、第6図中に示されかつ例3及び5に記載
される様に付加することができる。ヌクレオシド出発材
料の立体化学は、イミニウム段階で反応混合物のphが約
10以上又は約4以下にならない限り保たれる。
モルホリノ−環を生じる。5′−ヒドロキシルを、5′
アミン及びスルフヒドラール(例6)又は5′ホスホナ
ート(例4)を含む他の活性基に変えることができる。
ができる−−特にアンモニア、水酸化アンモニウム、炭
酸アンモニウム、及び重炭酸アンモニウムが挙げられ
る。最良の結果が、反応溶液を酸化及びモルホリノ環閉
環反応の間ほぼ中性を保つ場合に得られる。これは連続
的に反応混合物を滴定して又はより一層好都合にアンモ
ニア起源としてアンモニアビボラートを用いて行うこと
ができる。溶液があまりにも酸性である場合、生成物の
収量は低く、そしてあまりにも塩基性である場合、副生
成物(恐らく1′及び/又は4′炭素のエピマー化に基
づき)を生じ、これは所望の生成物から分離するのが困
難である。還元剤を、酸化工程の前、その間、又はその
後、生成物収量に関してほとんど注目されない効果と共
に添加することができる。
し、水性溶液中で還元して、モルホリノ環を生じるのこ
ともうまくゆく。しかし塩基保護せずに、所望されない
副生成物の数及び量はしばしば、特にシチジンの場合に
増加する。
OH,SH又は変性され、以下に記載する様に反応させ及び
/又は活性化して、第二モルホリノサブユニットへのカ
ップリングに適するアミンを含有する。たとえば、第5
図は、モルホリノサブユニットの5′−OHをホスホニル
結合部分に変えて、5−原子単位長さの骨格ポリマーを
形成するサブユニット(構造10)を形成することを示
す。サブユニット合成の詳細を、例4中に示す。チオホ
スホニル結合部分に対する変性も記載する。
接又は間接的に結合されたリン−含有基を有する様に作
る。この窒素を、第二モルホリノサブユニットの5′部
分に結合させる(第7図)。このタイプのサブユニット
は、7−原子くり返し単位骨格を有するモルホリノポリ
マーを構成するのに適する。
の例は、例5中に詳述する(第7図に関係する)。
間モルホリノ構造に変えられる非−モルホリノサブユニ
ットの製造を記載する。
続方法で、しばしば例9中に記載した様にサブユニット
1個の5′ヒドロキシルを活性化して、この活性化され
たサブユニットを非保護モルホリノ窒素を有する他のサ
ブユニットと接触させてカップリングする。リンケージ
の種々のタイプ、たとえば下記のものを、単一ポリマー
の構成中に使用することが認められる。
バマート−連結ポリマーであり、そこでモルホリノ窒素
を、他のサブユニットの5′酸素にカルボニルによって
結合する。本発明に従って行われる実験は、このような
ポリマーは、一本−鎖DNAターゲット配列に有効に結合
することを示す。しかし、RNAターゲットを用いる結合
研究で、ポリマーは、通常でない結合を示し、このこと
は320ないし230nmスペクトル範囲で高い非定型の淡色性
側面によって証明される。
するDNAへのカーバマート−連結ポリマー結合に於て、
ポリマーの骨格は結合に適した長さを提供し、ポリマー
骨格のカーバマート部分は、ほとんどプレーナーコンホ
メーションを推測することができることを示す。このモ
デルの結果は、DNAへのカーバマート−連結ポリマーの
有効な結合に良好に一致した。対照的に、類似のモデル
研究は、RNAターゲットへのカーバマート−連結ポリマ
ーの結合が次の1つを要求することを提案する:(i)
ポリマーのカーバマートリンケージは、実質上ノンプラ
ーナーコンホメーションを採用する、又は(ii)RNAタ
ーゲット配列は、塩基−スタッキング相互作用が標準A
コンホメーション中のそれと全く異なっているひずんだ
コンホマーションを採用する。この観察は、カーバマー
ト−連結ポリマーのRNAターゲット配列への非定型結合
を説明する。
ト結合部分をアキラルスルホニル−含有インターサブユ
ニットリンケージかアキラルリン−含有リンケージのど
ちらかと置き代えることが、インターサブユニットリン
ケージにつき約0.32オングストロームの付加的な長さを
提供することを示す。この様なリンケージは、キー結合
のまわりに比較的大きい回転自由、及びインターサブユ
ニットリンケージの結合角度も提供し、その角度はオリ
ゴマー骨格標準コンホメーション中で二つのRNA及びDNA
ターゲットに対するペアリングに適するオリゴマー骨格
コンホメーションに一致する。
格)を、第9図中に示され、かつ例8中に詳述された反
応式に従って形成することができる。簡単にモルホリノ
サブユニットの5′−OHを、例4中に記載されている様
にリン−含有部分に変える。この基を活性化し、第9図
中に示されかつ例8中に記載されている様に保護されて
いない環窒素を有する第二サブユニットと結合させる。
ポリマー集団を二量体のモルホリノ環窒素を脱保護し、
次いでに二量体と第三の活性サブユニットとを反応させ
ることによって続ける。
(6−原子単位−長さの骨格)を、第10図中に示されか
つ例9中に詳述された反応式に従って形成することがで
きる。保護されたサブユニットの5′ヒドロキシル(第
5図の構造4)を、活性化されたサブユニット中に生じ
る適するリン−含有化合物、たとえばジクロロ−N,N−
ジメチルアミノホスフアートと反応させる。次いでこの
サブユニットを非保護モノホリノ環窒素を有する第二サ
ブユニットと反応させる。多くの変法は、例9中に記載
されている様にペンダントX部分中で可能であり、X部
分の同定は、活性化及びカップリングの容易さ、生じる
リンケージの安定性、及び多少のターゲット−結合親和
性に影響を及ぼす。
をP=S基で実質上交替できる;一方との反応は、一般
に他方に応用できる。
アミド及びホスホノエステルリンケージを形成するため
の他の方法は、カルボジイミドカップリングを使用する
ことができる:たとえばカルボジイミドはジシクロヘキ
シルカルボジイミド(DCC)である。カルボジイミドカ
ップリングを、例8,9及び10中に記載されている。スミ
ス等(1958)の観察を利用することによって、カルボン
ジイミド試薬を次のことに使用することもできる:
(a)サブユニットにリン(又はチオリン)結合部分を
加える;又は(b)ペンダントX部分をリン(又はチオ
リン)結合部分に結合させる。
ブユニットの活性化及びポリマーへのカップリングの前
に5′ヒドロキシルを他の官能基(たとえばSH,CH2,N
R)に変えることによって形成することができる。
原子単位長さの骨格(第4図中で構造C−C及びD−D
に相当する)は、塩基の対合部分の間の距離を特定化す
るポリマーの構成に一層柔軟性を与える。7−原子単位
長さのリンケージを使用する場合、モルホリノ−サブユ
ニットの間、及びしたがって塩基の対合部分の間の距離
を伸ばすことができる。インターサブユニットリンケー
ジのこの様な伸長化は、特に有用である。その場合結合
モードを介するBコンホメーション中で二重遺伝子配列
をターゲットにすることを、第8図中に示す。
ユニットC及びDから、例10に記載された通常のカップ
リング反応を使用して容易に合成することができる。た
とえば、第4図中の構造C−Cを、(a)サブユニット
C(第3図)のホスホナート(又はチオホスホナート)
蓋とカルボジイミドとを反応させる、及び(b)活性化
されたサブユニットを非保護のモルホリノ環窒素を有す
る第二サブユニットとカップリングすることによって製
造することができる。
ホナート(又はチオホスホナート)をカルボジイミドで
活性化し、活性化されたサブユニットを非保護5′酸
素、イオウ、又はアミンを有する第二サブユニットでカ
ップリングすることによって製造することができる。
成する新規方法は、一方のサブユニット(第3E図)の近
接ヒドロキシルを酸化し、もう一方のサブユニットの第
一アミンで生じるジアルデヒドを閉環し、次いでシアノ
ボロヒドリドで還元して行われる。原則的に、この同一
の式は、1つのサブユニットの第二アミンともう1つの
サブユニットのモノ−アルデヒドを結合するのにも使用
できる;しかし、リボース−誘導されたジアルデヒドの
第一アミンへのカップリングは実質上より一層速く進行
し、より良く収量が得られる。例7に、5′に第一アミ
ンを有するリボヌクレオシドの合成を示す。第12図に示
した様にモルホリノポリマーの形成でのその使用を、例
11中に記載する。
(このことに関するガイドラインを以下に示す。)ポリ
マーを上記の通常の操作を用いて集める。ポリマー集合
の1つの方法は、オリゴマーブロックの適切なセットを
最初に製造し、次いでこのブロックを結合して、最終的
長さのポリマーを形成することを含む。ポリマー合成中
に使用されるオリゴマーブロックは、等しいサイズであ
る必要はない。このブロックを、実質上例12及び13に関
係して記載されたカップリング法に従って、溶液中で製
造する。例13に、ペンタマーを形成する、この様なブロ
ック合成を略述する。
リマーの集合に於けるすべてのカップリング失敗が、所
望のポリマーから容易に分離される失敗配列を生じるこ
とである。例12に、この方法によって簡単なホモポリマ
ーの集合を示す。例13に、ヘテロポリマー中の使用に適
するブロックの製造を示す。例14及び15に生物学的に活
性なヘテロポリマーを形成するブロックの集合を示す。
かくして、例13,14,及び15一緒に集合方法の組合せを使
用する合成方法を示し、そこではオリゴマーブロックを
溶液中で段階的に集合させ、次いでこれらのオリゴマー
を完全−長さのポリマーに接続する。
サブユニット付加によって合成することができる。
裂しうるリンカーで誘導されたガラスビーズを、固相合
成用担体材料として使用し、例15及び16に記載した用に
第一サブユニットの結合又はサブユニットのブロックを
製造する。ガラスビーズを窒素上で容易に開裂しうる保
護基を一般に有するサブユニットと反応させる。モルホ
リノサブユニットを担体にそのモルホリノ窒素を介して
又は5′位である基を介して結合させるかどうかは、ポ
リマー合成の方向に基づく。すなわち次のサブユニット
を結合する基による。
リゴマー)を担体上にカップリングした後、すべての非
反応求核部位を、すべての未反応求核部位を、適するキ
ヤピング剤、たとえばp−ニトロフエニルアセタート又
は無水酢酸の添加によってキヤップすることができ、そ
の後担体を洗滌する。末端サブユニットの窒素上の保護
基を、一般に酸処理及びその後中和によって除去し、担
体を過剰の先入れ配列(next−in−sequence)サブユニ
ット(又はポリマーユニット)と反応させる。このユニ
ットは上記方法の1つによって活性化されている。モノ
マーサブユニットの段階的添加を用いる固形担体集合法
の1つの特色は、夫々のサブユニット添加工程で高いカ
ップリング効率を要求する。この高いカップリング効率
を、一般に過剰の活性化されたサブユニットの添加によ
って達成し、このユニットは、鎖−伸長された多くの担
体−結合鎖を最大化する。
を得るまで、各サブユニット添加後失敗配列の任意のキ
ヤッピングで続ける。
中に記載した様に、適する電荷又は非電荷基と反応させ
る。担体−結合ポリマーに関して、次いでポリマーを、
たとえば担体にポリマーを接続するリンカー中でβ−脱
離を行うのに適する水酸化アンモニウム又は非−求核塩
基で処理することによって担体から切断する。塩基を脱
保護し、ポリマーを下記の様に及び例12,14,15及び16に
記載した様に精製する。
一般にDMSO又はDMF中に懸濁し、等量の濃水酸化アンモ
ニウムの懸濁液上に積層して、塩基−脱保護する。調製
物は封さがれ、次いで振とうして混合し、30℃16時間温
置する。処理は、減圧下でアンモニアの除去を伴う。保
護基(一般にトリチル又は関連する酸−不安定部分)が
存在する場合、この基を切断し、粗製ポリマー調製物
を、精製に適する緩衝液中に懸濁する。
によって集められた結合ポリマー(例15及び16)を、DM
SO中に乾燥担体を懸濁し、等量の濃NH4OH上に積層し、
徐々に16時間、30℃で撹拌する。固形担体を、濾過によ
って除去し、濾液を上述の様に処理する。
に連結する結合ポリマーを、DMF中の強い非求核塩基1,8
ジアズビシクロ(5.4.0)ウンデセ−7−エン(DBU)を
用いて担体から切断する。この方法を用いて、1つをま
だ保護されたその塩基を有するポリマーを遊離し、かく
てポリマーを高速原子衝撃質量分析を介して更なる変性
及び/又は構造確認に適する。
塩基部分のpkに従ってpH2.5又はpH11で実施する。pH2.5
でチトシン、アデニン、及び2,6−ジアミノピリン部分
は正の電荷を有し、グアニンは部分的正の電荷を有す
る。pH11で、グアニン、ウラシル及びハイボキサンチン
は負の電荷を有する。塩基の対合部分約30%又はそれ以
上がpH2.5でイオン化されたポリマーに関して、精製
を、pH2.5で緩衝された浅いNaCl勾配で展開されたS−
セフアロースフアースト−フロー(フアルマシア)のカ
ラム上でカチオン交換体によって実施することができ
る。流出液を254nmで追跡し、分画コレクター中に集め
る。比較的短い失敗配列後に溶離する完全な長さのポリ
マーを、更に精製し、クロマトグラフィー度合いポリプ
ロピレン(ポリサイエンス社)のカラムで脱塩し、ギ酸
でpH2.5に調製されたアセトニトリル又はメタノールの
水性勾配で溶離し、溶出液を254nmで追跡する。純粋生
成物を含有する分画を中和し、減圧下に乾燥する。ポリ
マーをトリフルオロエタノール中に溶解し、濾過し、ト
リフルオロエタノールを蒸発することによって塩を除去
する。
されたポリマーに関して、精製を、NaClの水性pH11勾配
で展開されたQセフアロースフアースト−フロー(フア
ルマシア)のアニオン交換体カラム上で、行う。比較的
短い失敗配列後に溶離する完全−長さのポリマーは、更
に精製され、アセトニトリルの水性pH11勾配で溶離され
るポリプロピレンカラム上で脱塩する。純粋精製物を含
有する分画を、上記の様に処理する。
マーを室温で数時間以上pH11にさらさず、潜在的塩基不
安定性問題を避ける様に実施しなければならない。精製
方法の詳細を、例12,14,及び15中に略述する。
れるよりも低い溶解性を有する。それ故に、親水性部分
1又は数種、たとえばポリエチレングリコールの添加に
よってポリマー溶解度を増加させるのに有利である。こ
こに開示されたほとんどのポリマータイプに関して、こ
れは末端の骨格保護基を完全なポリマーから切断し、ま
だ保護された状態での塩基を有るポリマーと過剰のカル
ボニルジイミダゾール−活性化ポリエチレングリコール
(PEG)と反応させて行われる。その後結合ポリマーを
水酸化アンモニウムで処理し、塩基−保護基を除去し、
ポリマーを上述の様に精製する。溶解のレベルを、PEG
材料の割合選択によって容易に選択する。200,400,600,
1,000,1,540,3,400,4,000,6,000,7,500、及び18,500ダ
ルトンの平均分子量を有する、適するPEG分画は、最良
の溶解をしばしば提供するPEG1000を用いて化学的に入
手できる(たとえばポリサイエンス、社)。溶解化部分
を、開裂可能なリンケージによってポリマーを連結さ
せ、所望の場合ポリマーをたとえばエステラーゼ又はペ
プチターゼ酵素によって、溶解化剤から遊離させる。
するのが認められる。たとえばポリマーを、放射能標識
されたリボヌクレオシドからポリマーサブユニットを製
造して又は1つの末端で放射能標識されたアミノ酸を結
合させることによって、放射能標識される。ポリマーを
容易に誘導化し、たとえば酵素、発色基、等々との上記
サブユニットカップリング反応の変性を用いて行い、そ
こでポリマーを、診断用プローブとして使用することが
できる。更に、ポリマーに特異的組織又は細胞タイプを
標的にさせる生体分子で、ポリマーを誘導化する。
いし20サブユニット)は、しばしばポリマー長さのキー
確認を提供するFAB(高速原子衝撃)中で強い分子イオ
ンを生じる。
R(二次元相関クロマトグラフィー)は、ポリマー中で
異なる塩基の対合部分の割合に関する情報並びにポリマ
ーに結合したすべての可溶性又は他のタイプの部分に対
する結合ポリマーの割合に関する定量情報を提供する。
製をpH2.5で実施する場合、ポリマー中でC+A塩基の
対合部分の数に関する情報及び精製をpH11で行う場合、
G+U残基の数に関する情報を提供する。構造の証明
は、ポリマーをオリゴマーブロックから、たとえば例1
2,14及び15の様に集める場合に最も簡単である。という
のはその時失敗配列が完全−長さ配列ともっと実質的に
異なるからである。
ヌクレオチド組成についての情報を提供することができ
る。
ー親和性の評価を、例12中に示した様にポリマー/ター
ゲット二重体の熔融曲線を測定することによって行う。
更に、正規の核酸二重体(たとえばP(dC)6/P(dG)
6)の熔融曲線と対応するモルホリノ−基体ポリマーを
含有するハイブリッド二重体の熔融曲線との間で比較を
することができる。
ミダート−結合ポリ(C)ヘキサマーを例12中に記載し
た様に適用する。式中Yは酸素、XはN(CH3)2、及
びZは酸素である。完全−長さオリゴマーの特性評価
を、プロトンNMR及び負イオンFABマススペクトルによっ
て行う。このモルホリノオリゴマーを用いて、オリゴマ
ーのフラグメンテーションを著しく抑制するので、ほと
んど配列情報は入手できない。しかし親イオンシグナル
は、極めて強くかつモルホリノオリゴマーの組成のコン
ホメーションを可能にする(例12参照)。水溶解度を増
加するために、ポリエチレングリコール(PEG)テイル
をオリゴマーに結合させる。5当量のPEG 1000を、1当
量のビス(p−ニトロフエニル)カーボナートで処理し
て、モノ活性化されたPEGを生じる。トリフルオロエタ
ノール中で1%酢酸を用いるヘキサマーの脱トリチル化
は、遊離モルホリノ環窒素を供給する。標準カップリン
グ条件下で活性化されたPEG 1000を用いて遊離アミンを
含有するヘキサマーの処理は、ヘキサマーへのPEGテイ
ルの結合を生じる。塩基を、24時間濃アンモニアで末端
につながれたヘキサマーの処理によって脱保護する。末
端につながれたヘキサマーを、pH2.5緩衝液中に取り、
塩化カリウム勾配で溶離されたS−セフアロースフアー
ストフローTM上でカチオン交換体クロマトグラフィーに
よって精製する。中和後、溶出液を、水/アセトニトリ
ル勾配で溶離されたポリプロピレンカラム上で脱塩す
る。末端につながれたヘキサマーは、pH7.5緩衝液中に
自由に溶解することが分る。
定性を、末端変性実験によって調べる。末端につながれ
たヘキサマーと選択されたホスホジエステル補体の混合
及び非混合サンプルの間の差スペクトルは14℃ないし85
℃で及び320から260nm範囲にわたって得られる(例12参
照)。Cモノマーで60マイクロモル及びGモノマーで60
マイクロモルで、末端につながれたヘキサマー、ポリ
(dG)を有する(morph C)6、の差UVスペクトルが79
℃のTm値を生じる。ポリG)を有する対する(morphC)
6は、51.5℃のTm値を示す(例12及び第13図参照)。
ゲット配列を有するRNA又はDNAの種々の検出診断法中に
使用することができる。ある一般的適用で、ポリマー
を、適する放射能標識又は他の検出可能なリポーター基
で標識する。ターゲットポリヌクレオチド、一般に固形
担体に結合した一本鎖ポリヌクレオチドを、ハイブリッ
ド形成条件下にポリマーと反応させ、アニールし、次い
でサンプルをポリマーリポター基の存在について調べ
る。
適する調整と共に実施し、ターゲット域を有するポリマ
ーハイブリッド形成をさせる。更に、ポリマーを相補的
ポリヌクレオチド鎖よりも高い熔融温度で、ターゲット
によりハイブリッド形成を行うことができる。というの
はポリマー結合は骨格電荷反発作用を伴うからである。
したがって、ポリマーを通常のポリヌクレオチド熔融温
度以上の温度でターゲットに結合させることができる:
これは従来のオリゴヌクレオチドプローブに関するポリ
マーの1つの利点である。高められた温度でのこの結合
は、プローブと診断混合物中に存在するすべての対応す
る一本鎖オリゴヌクレオチドとの間でターゲットへの結
合に対する競合の問題を最小化する。
ットRNA又はDNAの担体への捕獲に関して、固形担体と結
合させる。固体ポリマー、たとえばポリマー性微粒子
を、上記方法に従って又は従来の誘導化操作によって担
体にポリマーを結合させることによって製造することが
できる。その代りにポリマーを固形担体上で合成するの
で、この担体を検出担体としても役に立つ。
−特異的結合によって担体上に捕獲されるターゲットポ
リヌクレオチド分子を、その骨格電荷に基づいて検定す
ることができる。というのは担体−結合ポリマーはその
自体実質上非電荷である。この末端に検定法はポリカチ
オン性リポーター分子も伴い、この分子は選択された結
合条件下で、完全に電荷された被検体骨格へ結合を行う
が、非電荷(又は実質上非電荷)のポリマー骨格への結
合を行わない。
診断剤上に有するより僅かな電荷又は非電荷結合ポリマ
ーに結合しない条件下で、ポリカチオン性分子又は静電
的に完全に電荷されたポリヌクレオチドへの結合を行う
テイルから成る;リポーター1又は数種を、末端に結合
させ、リポーターの存在を検出することができるシグナ
ルを産生するのに適する。
リポーター分子の結合法は知られている。
し、各ポリヌクレオチドは、一般的に数4又はそれ以上
のリポーター分子の結合を適合させることができる。か
くてこの系は、結合被検体分子につきリポーターシグナ
ルの間にいくつかの大きさの順序の増幅フアクターを有
する。更に、この方法は上述の様な利点を有し、それは
ポリヌクレオチド結合反応を相補的ヌクレオチド鎖との
結合競合が生じない条件下で実施することができること
である。
リマーを製造するのに適用される考察される考慮は、被
検体を検定すべき条件下でターゲット被検体の性質及び
反応条件によって左右される。第一の考慮として、ポリ
マーが目ざす非−ホモポリマーターゲット塩基配列が選
択される。このターゲット配列を選択することである。
このターゲット配列は一般に一本−鎖であり、好ましく
は検定される被検体に特異的である。
(1/4)nである、したがって、一定のn−塩基ターゲ
ット配列が、4n塩基を有するポリマー中でほぼ一度生じ
ることが予想される。したがってN非反復−配列塩基の
全量を含有するポリヌクレオチド中に一定のn−塩基配
列が生じる確立は、約P=N/4nである。描写するため
に、20キロ塩基ポリヌクレオチド中に9−塩基ターゲッ
ト配列が認められる確立Pは、約20×103/2×105又は0.
08であり、16−塩基ターゲット配列が存在する確立は、
約20×103/4.3×109又は0.0000047である。この計算か
ら定義された9−16塩基ターゲット配列に特異的な9−
16認識部分を有するポリマーは、ウイルスゲノムしか含
有しない検定混合物中にターゲット配列に対して高い特
異性を有しなければならない。このゲノムの最も大きい
複合性は約400K非反復−配列に相当する。
イルス及び細菌ゲノム材料しか含有しない検定混合物中
でウイルス又は細菌ターゲット配列に適した特異性を提
供することができることを示す;最も大きいゲノムサイ
ズは約5,000キロ塩基。16ないし22サブユニットポリマ
ーは、哺乳類ゲノムDNA材料を含有するポリヌクレオチ
ド混合物中にターゲット配列に適する特異性を提供する
ことができる;非反復−配列DNAの約50億のゲノムサイ
ズ。
ーゲット配列と丁度結合する温度(熔融温度、又はTm)
を、次の基準に従って選択的に変えることができる:
(a)ポリマー中のサブユニットの数;(b)塩基の対
合部分と対応する、被検体ターゲット配列の相補的塩基
との間に形成されうる水素結合の数;(c)ポリマー骨
格の単位長さ;(d)特別なインターサブユニットリン
ケージ;及び(e)熔融温度を減少させる変性剤、たと
えばホルムアルデヒドの濃度。
20bp範囲でオリゴヌクレオチド二重体の熔融温度は、2
個の水素結合によって形成される付加的な塩基対につき
約3℃、そして3個の水素結合によって形成される付加
的な塩基対につき約6℃上がることが知られている。し
たがってターゲットポリマーとの高い結合特異性を保証
するために、本来選択されたターゲット配列長さを伸ば
して選択された検定条件下に所望の熔融温度を達成す
る。
は、標準核酸塩基である場合、ターゲット配列を高百分
率のグアニン プラス チトシン塩基を有する様に選択
して、比較的高いポリマー/被検体熔融温度を達成す
る。一方、低い熔融温度を達成するために、比較的高い
百分率のグアニン プラス チミン塩基を含有するター
ゲット配列を選択する。
体診断法中で作用する様に第14図中に示す。この際
“S"、検定試剤は、固体−担体でありソーツース(sowt
ooth)ラインによって示されるスペーサーアームでその
表面に結合ひる多くの結合ポリマーを有する。検定操作
で、一本鎖形のターゲットDNAと担体−結合ポリマーと
をハイブリッド形成条件下に反応させ、次いで固体担体
を、洗滌して、非ハイブリッド形成核酸材料を除く。
ポーターカチオン性部分の静電的結合を助ける条件下で
リポーターとを反応させる。第14図に示されたリポータ
ーは、リポーター基Rを有するジカチオン分子である。
洗滌し、未結合リポーターを除き、次いで検定試剤を結
合リポーターに関して評価する。試剤と結合するリポー
ターの量を決定するある方法、特に蛍光又は発色リポー
ターグループの場合の方法は、高い塩溶液を用いて試剤
からリポーターを溶離し、次いで溶出液をリポーターに
関して評価する。
を、二重らせんの主要溝によって得られる塩基−対−特
異的水素結合部位を介して行うことができる。この結合
は、一本鎖上の少なくとも70%の塩基はプリンであり、
もう一方の鎖上の塩基の対応する百分率はピリミジンで
ある二重領域中に生じることができる。二重結合ポリマ
ーは、第8図中に示した様にT−A又はU−A塩基対へ
の結合に関する2,6−ジアミノプリン水素結合部分、及
びC−G塩基対への結合に関するグアニン水素結合部分
を含むのが好ましい。かくてこの特別をターゲット配列
に関して、本発明のポリマーを、丁度記載したタイプの
診断検定に使用することができ、しかしその際ターゲッ
ト核酸は、非変性、二重形である。
標準研究室操作に関して使用することができる。上述の
様に、モルホリノ−基体とするポリマーを固体担体に固
定し、相補核酸配列を、たとえば特異的mRNAの精製によ
ってポリ−A分画(ゴールドバーク等)から単離するの
に使用することができる。本発明のポリマーは、この様
な適用に有利である。というのはこれらは活性化された
サブユニットから製造するのに安価かつ簡単であるから
である。
ホリノ−基体ポリマーに関して見い出すことができる。
モルホリノ−基体ポリマーを、ポリマー合成の最後の工
程での包接によって,すなわち上述の様に活性化されか
つ標識されたモルホリノ−基体サブユニット又は好まし
くは35S−標識されたメチオニンによって容易にかつ効
果的に末端−標識することができる。使用されるべき標
識のタイプは、ポリマーの最終適用による;この様な標
識は、放射能活性(3H,14C,32P,又は35S)ヌクレオシド
又はアミノ酸、又はビオチンを含む。標識されたモルホ
リノ−基体オリゴヌクレオチド同族体は、たとえばコロ
ニーハイブリット形成(グルンスタイン等)、RNAハイ
ブリット形成(トーマス)、DNAハイブリット形成(サ
ウザーン)、及び遺伝子バンクスクリーンニング(スツ
オスタック等)中で有効なブローブとして作用すること
ができる。
潜在的使用も有する。DNAとほぼ同型構造である、多く
の非電荷核酸同族体は、抗ウイルス及び抗−癌剤として
使用される。本発明のモルホリノ−基体ポリマーを、HI
V−I(ヒト免疫不全ウイルス)に対して試験管内でテ
ストする。HIV−I(メイヤー等)の第一結合部位への1
6−mer相補性は、約35%までウイルスP24プロテインの
合成を減少させることを示す。対応する非感染の細胞中
で、モルホリノ−基体ポリマーは、見掛け細胞毒性を生
じない。
s I)に対してマウスで目感染を生体内でもテストする
(例16)。HSV−I中でスプライス部位への12−mer相補
性を、HSIV−Iで感染されたマウスの目を保護するその
能力についてテストする。未処理マウスは、感染5日後
で65%の残存率を示すが、モルホリノ−基体ポリマーを
含有する局所軟膏で処理されたマウスは、90%の残存率
を有する。
体内抗−ウイルス性質に加えて、本発明のポリマーは、
従来のアンチ−センス剤に比していくつかの利点を提供
する。
オシド−誘導ポリマーよりも合成に費用がかからない。
これは、むしろより一層得がたくかつより一層高価なデ
オキシリボヌクレオシドよりもポリマー合成で使用され
るモルホリノサブユニットをリボヌクレオシドから導か
れるという事実に部分的に基づく。また上述の様に、リ
ンと第二サブユニットのアミンの間のカップリング反応
は、比較的穏やかな条件下に生じるので、保護工程及び
望まれない反応を避けるために必要とされる他の予防策
は簡略化される。このことは標準のリボ−及びデオキシ
リボヌクレオチドポリマー合成とは対照的であり、その
合成に於て、ホスフアートエステルリンケージによるカ
ップリングは、カップリング試剤が高度に反応でなけれ
ばならず、かつ反応をきびしい反応/保護条件下に実施
しなければならないことを要求する。ポリマー合成に於
けるこの利点は、当然のことながらポリマーの診断使用
にもむけられる。
−タイプアンチセンス剤を用いるよりも良好なターゲッ
ト不活性化を生じる。というのはモルホリノポリマー/
ターゲット二重体が細胞中で二重にほどけるメカニズム
に敏感であるからである。
A,RNA,及びそのチオホスフアート−結合同族体よりも細
胞内でも安定である。というのはモルホリノポリマー骨
格リンケージが細胞ヌクレアーゼによる開裂に敏感でな
いからである。
で、非電荷モルホリノポリマーは、電荷オリゴヌクレオ
チドよりももっと有効に細胞に入り込む。
ノポリマーを二本−鎖遺伝子配列をターゲットにし、第
8図に示した様にその配列中である鎖は主にプリンを有
し、もう一方の鎖は主にピリミジンを有する。
ト配列のほとんどプリン鎖によって暗号化される時、二
重鎖にターゲットされるモルホニノ結合ポリマーは、mR
NAを不活性化するための能力も有する。かくして、この
様なポリマーは、一本−鎖及び二本−鎖形の両方中に病
原体のキー遺伝子配列を不活性化するための能力を有す
る。
ルノ共通配列の部分に相補的な短い(3ないし7サブユ
ニット)メチルホスホナート−結合されたDNA同族体
は、微生物ライゼート及び微生物の特別な浸透性株中で
微生物によるたん白合成を崩壊させるのに有効であると
報告された。しかし、この様な試剤は、標準の微生物中
でたん白合成を阻害するのに役立たなかった(ジエアー
マン,1981)。
し5サブユニットのポリマーが、高いターゲット−結合
親和性を生じる塩基の組合せを用いることによって標準
微生物中でのたん白合成を止めるのに有効であることを
示す。更に特異的に、次のオリゴマー及びオリゴマー組
合せは、標準無傷の微生物中でたん白合成をかき乱すこ
とができる(そこでDは2,6−ジアミノプリン又はアデ
ニンである;Gはグアニンである;Bは5−ブロモウラシ
ル、他の5−ハロウラシル又はウラシルである;及び配
列は左にその5′末端を有して示される):DGG,BDDG,DD
GG;DGGD;GGDG;GDGG;DGGB;GGBG;GGAGG;GGDGG;及び組合せ
BDD+GGDG;DDG+GDGG;DGG+DGGB;GGD+GGBG;BDDG+GDG;
DDGG+DGG;DGGD+GGB;GGDG+GBG;BDD+GGDG+GBG. 短い結合−増加させるオリゴマーの使用は、RNA配列
の生物学的活性を崩壊し、その配列は生物のターゲット
クラスの物質代謝に主要な役割を果すが、より多くの生
物中での同様に重要な役割は、より長いポリマーの入口
を排除する細胞壁を有する種々の病原性生物(たとえば
微生物及びカビ)に幅広く適応させてはならない。
び本発明のポリマー組成物の使用を示す。本発明は例に
よって限定されない。
トルイス、ミズリー)から得る:ウリジン、グアノシ
ン、5−メチルウリジン、アデノシン、シチジン、5−
ブロモウリジン、及びイソシン。
H−プリン(2,6−ジアミノプリンリボシド)を、フアル
ツ及びバウアー(Pfoltz and Bauer)社、アセトケミカ
ル社の支社(ウオーターバリー、コネチカット)から得
る。次のヌクレオシドを提示した文献の方法で製造す
る: 1−β−D−リボフラノシル)−2−ピリミジン(2
−ヒドロキシ−ピリミジンリボシド)を、ニードバラ
(Niedballa)の処理によって製造する。
ジヒドロ−6h プリン−6−チオン(チオグアノシン)
を、フオックス(Fox)の処理によって製造する。ジメ
トキシトリメチルクロライド、N6−ベンゾイルアデノシ
ン、N4−ベンゾイルシチジン、及びN2−ベンゾイルグア
ノシンが、シグマケミカルから得られる。9−フルオレ
ニルメトキシカルボニルクロライド(FMOC クロライ
ド)、トリメチルクロロシラン、無水イソ酪酸、4−ニ
トロベンゾイルクロライド、無水ナフタリン酸、及び反
応及びクロマトグラフィーに対するすべての有機溶剤が
アルドリッチケミカル社(ミルウォキー、ウイスコンシ
ン)から得られる。シリカゲルがEMサイエンス(チエリ
ーヒル、ニュージヤージー)から得られる。
試薬(たとえばP(O)Cl2N(CH3)2又はP(S)Cl2
N(CH3)2)を用いて行った場合、活性化されたサブユ
ニットのより良い収量を、プリン及びピリミジンエキソ
環状アミン上に全く酸性プロトンを遊離しない保護基を
使用することによってしばしば得られる。この様なエキ
ソ環状アミン部分の例は、次の通りである:アデノシン
のN6、チトシンのN4、グアニンのN2、及びジアミノプリ
ンのN2及びN6。この目的に適する保護基は、ナフタロイ
ル基(デクスヒト)及びマクブライド(McBride)等(1
986)によって開発されたアミジン基を有する。更に、
サブユニット活性化にジハロゲン化された求電子試薬を
使用することは、一般により良い結果が得られる。その
際グアニン部分の06を保護する;この保護を、p−ニト
ロフエネチル基を用いて行う(トリヒチンガー)。
トリヒチンガー等(1983)の処理を用いてN2及び06両方
でグアニン部分を保護することがしばしば望まれるから
である。
ル誘導体を、ヌクレオシドアミノ基の保護に一般的であ
る以下の操作によって製造する:グアノシン(1モル)
をピリジン(5ml)中に懸濁し、トリメチル−クロロシ
ラン(5mmol)で処理する。溶液を15分間撹拌後、9−
フルオレニルメトキシ−カルボニルクロライド(5mmo
l)を加え、溶液を室温で3時間維持する。反応を氷浴
中で冷却し、水(1ml)を加える。5分間の撹拌後、濃
アンモニア(1ml)を加え、反応を15分間撹拌する。溶
液をほぼ蒸発乾固し、残渣をクロロホルム(10ml)中に
溶解する。この溶液を重炭酸ナトリウム溶液(5ml,10
%)で洗滌し、硫酸ナトリウムで乾燥し、蒸発する。残
渣を数回トルエンで蒸発し、生成物を、メチレンクロラ
イド(0−50%)中のメタノールの勾配を用いてシリカ
ゲル上でクロマトグラフィー分離する。
によって製造する。更にニトロフエネチル部分を有する
06の保護はしばしば望まれ、いくつかの方法によって実
施することができる(ガイト、1984)。
て得る。N−2−ナフタロイルグアノシンを、デクスヒ
ットの方法によって製造する;この文献は、ヌクレオシ
ドアミン基の保護に関する一般的方法を提供する。 アデノシン N−6−2−(4−ニトロフエニル)−エトキシカル
ボニル誘導体を、ヒンメルスバッハの方法によって製造
する。
トロ−ベンゾイルクロライドをFMOCクロライドに置き代
えた他は、FMOC−グアノシンに対する上記操作によって
製造する。
ニル誘導体を、2−(フエニルスルホニル)−エチルク
ロロホルマート(バルビゴン)をアシル化剤として使用
し、N−メチルイミダゾール又はピリミジン及びN−メ
チルイミダゾール又はピリジンを溶剤として使用する他
は、FMOCグアノシンに対する操作によって製造する。
によって製造する;この文献は、ヌクレオシドアミン基
の保護に関する一般的方法を提供する。
(9−フルオレニルメトキシカルボニル)誘導体を、グ
アノシンに関して記載された一般的操作によって製造す
る。
シンに関して記載された一般的操作によって製造する。
カルボニル)誘導体を、グアノシンに関して記載された
一般的操作によって製造する。
を最小化するために、時々ウラシル部分のN3を保護する
ことが時々望まれる。5′O−トリチレート化されたウ
リジン−2′,3′−アセトニドをカミムラ等(1983)の
操作によってN3アニソイル誘導体に変える。次いで生成
物をTHF中で熱い80%酢酸又は0.1N HClで処理して、リ
ボース部分上の保護基を切断する。
て、第5図中に表示す。
酸化し、2′−3′ジアルデヒドとなす(構造1)。ジ
アルデヒドをアンモニア又は第一アミン上で閉環し(構
造2)、2′及び3′ヒドロキシル(親リボース中に於
けるとして番号をつける)を、シアノボロヒドリドで還
元して除く(構造3)。
(Pi*)モルホリノサブユニットの合成に関連して以下
に記載する。メタノール1.6lに、撹拌しながら水100ml
中に溶解されたN4−ベンゾイルシチジン0.1モル及びナ
トリウムペリオダート0.105モルを加える。5分後、ア
ンモニウムビボラート0.12モルを加え、混合物を1時間
室温で撹拌し、冷やし、濾過する。濾液に、ナトリウム
シアノボロヒドリド0.12モルを加える。10分後、トリエ
ンスルホン酸0.20モルを加える。更に30分後、更にトル
エンスルホン酸0.20モルを加え、混合物を冷やし、濾過
する。固形の沈殿物を水500mlづつで2回洗滌し、減圧
下に乾燥して、構造3中に示される遊離アミンのトシル
レート塩を生じる。
スルホン酸又は2−ナフタレンスルホン酸の使用は、容
易な処理、著しく改良された収量、及び生成物純度の高
いレベルを提供する。
トリチルクロライド又はベンジヒドラールニトロフエニ
ルカルボナートを用いてモルホリノ環の輪状窒素で保護
する(構造4)。その代りに、5′ヒドロキシルを、ト
リアルキルシリル基で保護することができる。
に、撹拌しながらトシラート塩0.1モル、次いでトリエ
チルアミン0.26モル及びトリチルクロライド0.15モルを
加える混合物をおおい、1時間室温で撹拌し、その後メ
タノール100mlmを加え、次いで15分間撹拌する。回転蒸
発器によって乾燥後、メタノール400mlmを加える。固体
を十分にスラリーとして懸濁した後に、水5lを加え、混
合物を30分間撹拌し、濾過する。固体を水1lで洗滌し、
濾過し、減圧で乾燥する。固体をジクロロメタン500ml
中に懸濁し、沈殿がまさに開始するまで回転蒸発し、そ
の後ヘキサン1lを加え、15分間撹拌する。固体を濾過に
よって除去し、減圧で乾燥する。
た及び遊離5′ヒドロキシルを有する塩基−保護された
モルホリノサブユニットを生じる(構造4)。
分を含有するモルホリノサブユニットの他の製造を示
す。
ドをペリオダートで酸化し、生じるジアルデヒド(構造
1)を、ベンゾトリアゾール、又はp−ニトロフエノー
ルで緩衝された第1アミン4,4′−ジメトキシベンズヒ
ドリルアミン(これはグリーンリーの方法によって製造
することができる1984)上で閉環して製造する。例2に
於ける様に行われる、ナトリウムシアノボロヒドリドで
の還元は、モルホリノ窒素上に4,4′−ジメトキシベン
ズヒドリル基を有するモルホリノサブユニット(構造
2)を生じる。
上に保護基を有しないリボヌクレオシドからモルホリノ
サブユニットを製造するのに特に有用であることであ
る。
ドロキシル(構造4)を、次の様にホスホナートに変え
る。N4−ベンゾイルシチジン−2′,3′−アセトニド
(1mmol)を、20時間室温でアルゴン下でDMF(20ml)中
メチルトリフエノキシホスホニウムヨーダイドと反応さ
せて、5′−ヨード誘導体に変える。メタノール(5m
l)を、反応混合物に加え、30分後混合物を減圧で蒸発
する。残渣を酢酸エチル中で溶解し、溶液を先ず水性チ
オ硫酸ナトリウムで、次いでブラインで洗滌する。硫酸
ナトリウムで乾燥し、溶剤の蒸発後、生成物をイソプロ
パノール/クロロホルム溶剤を用いてシリカ上でクロマ
トグラフィーによって精製する。
た容器中で2日間50℃でエタノール中で大過剰の無水ホ
スフインで処理する。この期間の終了時に、容器を冷却
し、放出し、そして過剰ホスフィンを徐々に蒸発させ
る。排出された蒸気を、次亜塩素酸ナトリウムを含有す
る溶液中であわ立て、毒性ガスを分解する。第一ホスフ
ィンのアルコール性溶液を溶液を冷却しながら固形炭酸
ナトリウム及び冷えた過剰の30%過酸化水素で処理す
る。精製物ホスホン酸を、アニオン交換カラム上でイオ
ン交換クロマトグラフィーによって精製する。
オンホスフアート精製物を、所望のペンダントX部分の
カルボジイミド−媒介付加を生じる(第3a図)過剰の試
剤と混合する。適する試剤の例は、次の通りである;メ
タノールの添加は、X−メトキシを生じる;そしてジメ
チルアミンの付加は、X=N(CH3)2を生じる。この
混合物に、カルボジイミド、たとえばDCC,を加える。生
じるサブユニットは、第3a図中に示される形である。実
質上より小さい塩基性対イオン(たとえばピリジン)を
使用してはならない。というのは2個のX部分をホスホ
ナート部分に加えねばならないからである。
ー(第3d図)を製造するのに適するモルホリノ環窒素に
結合するメチルホスホナート部分を有するサブユニット
の製造を示す。この工程を、第7図中に示される構造に
関して示す。
シ)トリチルクロライドとを反応させて、構造1を生じ
る。次いでリボース部分を、アミノメタンホスホン酸
(AMPA)及びN−エチルモルホリンの存在下にパーリオ
ダートで酸化する。酸化をナトリウムシアノボロヒドリ
ドでベンゾトリアゾールの存在下に還元して、モルホリ
ノ窒素上にメタンホスホン酸基を有するモルホリノサブ
ユニットを生じる(構造2)。その後精製物を、トリエ
チルアミン中にクロロホルム/メタノール混合物1%で
展開されたシリカゲルクロマトグラフィーによって精製
する。
オンホスホナート精製物を、所望のペンダントX部分
(構造3d)の付加を生じる過剰の試剤と混合する。適す
る試剤の例は次の通りである:メタノールの付加はX=
メトキシを生じる;そしてジメチルアミンの付加は、X
=N(CH3)2を生じる。この混合物に、カルボジイミ
ド、たとえばジシクロヘキシルカルボジイミド(DCC)
を加えて、第7図の構造3を生じる。実質上より小さい
塩基性対イオン(たとえばピリジン)を使用した場合、
2個のX部分はホスホナート部分に加わる。
ールへの変換 A.アミンへの変換 二重−保護されたモルホリノサブユニットの5′ヒド
ロキシル(構造4,第5図)を、次の様にアミンに変える
ことができる。DMSO 500mlに、ピリジン(Pyr)1.0モ
ル、トリフルオロ酢酸(TFA)0.5モル、及びモルホリノ
サブユニット0.1モルを加える。混合物を、すべての成
分が溶解するまで撹拌し、次いで0.5モルのジイソプロ
ピルカルボジイミド(DIC)又はジシクロヘキシルカル
ボジイミド(DCC)のどちらかを加える。2時間後、反
応混合物を、急速に撹拌されたブライン8lに加える。こ
の溶液を30分間撹拌し、次いで濾過する。生じる固体を
簡単に乾燥し、氷冷ヘキサン1lで洗滌し、濾過する。固
体をメタノール1l中でナトリウムシアノボロヒドリド0.
2モルに加え、10分間撹拌する。この混合物に、0.4モル
のベンゾトリアゾール又はp−ニトロフエノールを加
え、メチルアミン(H2O中で40%)0.2モルの添加を続け
る。調製物を、室温で4時間撹拌する。〔注:ベンゾト
リアゾール又はp−ニトロフエノールは、還元アルキル
化のイミニウム工程でサブユニットの4′炭素でラセミ
化を保護するために反応混合物を緩衝する。〕最後に、
反応混合物を、水5l中に注ぎ入れ、良好な沈殿が形成さ
れるまで撹拌し、固体(構造6,第5図)を集め、次いで
乾燥する。
ロキシルを、次の様にスルヒドラルへ変換する。1/10モ
ルの5′−ヒドロキシルサブユニット(構造4,第5図)
を、ピリジン1lに加え、次いでトルエンスルホニルクロ
チイド0.12モルを加える。この溶液を、室温で3時間撹
拌し、反応は第5図の構造7として示された生成物を生
じる。ピリジンを回転蒸発によって除き、固体にNa Iを
含有するメタノールDMF 1l中で新鮮なナトリウムヒドロ
スルフイッド0.5モルを加える。この反応混合物を室温
で一晩撹拌する。混合物を水5lに加え、20分撹拌し、乾
燥して、第5図の構造8として示された生成物が得られ
る。
合成 この例中に、リボシドに結合されたアミノメチルホス
ホナート部分を含有するリボシドサブユニットの製造を
示す。この例中に関連する構造を、第12図中に示す。
リチルクロライドをトリエチルアミンの存在下に反応さ
せる。対イオンがトリエチルアンモニウムであるジアニ
オンホスホナート生成物を、所望のペンダントX部分の
付加(たとえばメタノールの付加はX=メトキシを生
じ、ジメチルアミンの付加はX=N(CH3)2を生じ
る)に適する過剰の試剤と混合し、次いでカルボジイミ
ド、たとえばジシクロヘキシルカルボジイミド(DC
C)、を加える。生じるモノアニオン性生成物を、ピリ
ジニウムヒドロクロチイドを含有する水とクロロホルム
との混合物と共に振とうする。この操作は、ピリジニウ
ム対イオンを有するモノイオンホスホン酸を生じる。こ
の生成物を、N4−ベンゾイルシチジン−2′,3′−フエ
ニルホロナートを含有するクロロホルムに加え、DCCを
加える。生成物を乾燥し、メタノール/クロロホルム混
合物を用いてシリカ上でクロマトグラフィー分離する。
次いで純粋な生成物を、1,3−ジヒドロキシプロパンで
処理し、第12図の構造2を生じ、更に一部をトリフルオ
ロエタノール中で酢酸で処理し、構造1を生じる。
サブユニットを遊離のモルホリノ環窒素を有する第二サ
ブユニットとカップリングすることを示す。例を、第9
図中の構造に関連して示す。
モルホリノ窒素保護されたホスホナートサブユニットで
ある。このサブユニットのトリエチルアミン塩を、クロ
ロホルム中に懸濁し、ピリジニウムヒドロクロチイドを
含有する水で振とうし、クロロホルム相中にサブユニッ
トのピリジン塩(構造1)を生じる。有機相を分離し、
水洗し、次いで乾燥する。生じる固体の1部を、過剰の
3−ヒドロキシプロピオニトリルと混合する;次いでDC
Cを混合物に加える。生じる反応の生成物をトリフルオ
ロエタノール中で2%酢酸で脱トリチレート化し、構造
2を生じる。次いで構造1及び2を、DCCの存在下に混
合し、構造3として示された結合されたダイマーを生じ
る。このダイマーを、より長いオリゴマーブロック又は
ポリマーに集めるためのどちらかの末端で選択的に脱保
護する。シアノエチル基を、非プロトン性溶剤(たとえ
ばDMF)中でDBUと共に除去するか又はトリチル部分を上
述の様に切断することができる。
ング A.X=−CH3 例9Aに、例2又は3に於ける様に製造された5′ヒド
ロキシルサブユニットが活性化され、遊離モルホリノ環
窒素を有する第二サブユニットにカップリングして、ア
ルキルホンホンアミダートインターサブユニットリンケ
ージを生じることを示す。例を、Xがアルキル基であ
る、第10図中の構造に関連して示す。
化された(第5図の構造4)5′ヒドロキシルサブユニ
ット1mmolを、ジクロロメタン20ml中に溶解する。この
溶液に、N−エチルモルホリン4mmol及びメチルホスホ
ンジクロライド1.1mmol、Z=O(又はメチルチオホス
ホンジクロライド、Z=S)を加え、次いでN−メチル
イミダゾール1mmolを加える。1時間後、反応溶液を、
水性NaH2PO4で洗滌する。活性化されたサブユニット
を、酢酸エチルで展開されたシリカゲル上でクロマトグ
ラフィー分離して、単離する(Xがメチルである第10図
の構造2)。この活性化されたサブユニットは、DMF中
でこれを混合して第二サブユニット(構造3)のモルホ
リノ窒素と直接結合することができる。このカップリン
グ反応は、構造4(Xは−CH3である)として示された
ダイマーを生じる。
20ml中でモルホリノ窒素(第5図の構造4)上で塩基−
保護されかつトリチレート化された5′ヒドロキシルサ
ブユニット1mmolを溶解しなければならない。溶解後、
メチルホスホンジクロライド1.1mmol、Z=O(又はメ
チルチオホスホンジクロライド、Z=S)、を加える。
2時間後、生成物(Xはメチルである第10図の構造2)
を、10%アセトン/90%クロロホルムで展開されたシリ
カゲル上でクロマトグラフィー分離によって単離する。
この活性化されたサブユニット1mmolをN,N−ジイソプロ
ピルアミノエチルイソブチラート(DIPAEIB)1.5mmolを
含有するジクロロメタン中でこれを混合して第二サブユ
ニットのモルホリノ窒素(構造3)と直接結合させ、構
造4(Xは−CH3である)として示されるダイマーを生
じる。
ロライド1.1モル、N,N−sジイソプロピルアミノエタノ
ール1モル、及びピリジン1.5モルを混合し、次いで30
分110℃で加熱して製造する。調製物を、H2O 500ml中で
NaOH 0.5モルで洗滌し、蒸発して、115℃、30mmHgで沸
騰する所望のアミン/エステルを生じる。アルキルホス
ホンアミダートインターサブユニットリンケージ(Xは
−CH3である構造4)は、塩基脱保護に使用されるアン
モニアに極めて安定である。対照的に、リンケージは比
較的に弱い酸に敏感である。たとえばリンケージは、ク
ロロホルムメタン中の2%シクロロ酢酸中で約3時間の
開裂半減期を有する。しかしリンケージは、トリフルオ
ロエタノール中の2%酢酸中で18時間後検出可能な開裂
を示さず、モルホリノ窒素の脱トリチレート化に適する
状態にする。 B.X=−O−CH2CH3 例9Bに、例2又は3に於ける様に製造された5′ヒド
ロキシルサブユニットの活性化及び遊離のモルホリノ環
窒素を有する第二サブユニットへのカップリングがホス
ホジエステルアミドインタロサブユニットリンケージを
生じることを示す。例を、Xがアルコキシド基である第
10図中の構造に関連して示す。
化された(第5図の構造4)5′ヒドロキシルサブユニ
ット1mmolを、ベンゼン80ml及びN−メチルイミダゾー
ル2.2mmol中に溶解する。サブユニットの溶解後、エチ
ルジクロロホスフアート1.2mmol、Z=O(又はエチル
ジクロロチオホスフアート、Z=S)を加える。1時間
後、反応溶液を、水性NaH2PO4で洗滌する。活性化され
たサブユニットを、酢酸エチルで展開されたシリカゲル
上でクロマトグラフィー分離して単離する(Xが−O−
CH2CH3である第10図の構造2)。この活性化されたサブ
ユニットは、DMF中でこれを混合して第二サブユニット
(構造3)のモルホリノ窒素と直接結合することができ
る。このカップリング反応は、構造4として示されたダ
イマーを生じる。
ニットの活性化に使用する場合、改良された収量が次の
変化で得られる。モルホリノ窒素(第5図の構造4)上
で塩基−保護されかつトリチレート化された5′ヒドロ
キシルサブユニット1mmolをクロロホルム20ml中に懸濁
する。この溶液に、N−メチルイミダゾール1ml、次い
でエチルジクロロチオホスフアート1.6ml(アルドリッ
チ化学社)を加える。1時間後、サブユニット生成物
を、20%アセトン/80%クロロホルムで展開されたシリ
カゲルクロマトグラフィーによって精製する。この活性
化されたサブユニット(Xは−O−CH2−CH3,Zはイオウ
である構造2)を、上述の様に第二サブユニットのモル
ホリノ窒素にカップリングすることができる。
20ml中でモルホリノ窒素(第5図の構造4)上で塩基−
保護されかつトリチレート化された5′ヒドロキシルサ
ブユニット1mmolを溶解しなければならない。この溶液
に、N,N−ジエチルアニリン4mmol及び4−メトキシピリ
ジン−N−オキシド0.2mmolを加える。溶解後、エチル
ジクロロホスフアート1.1mmol、Z=O(又はエチルジ
クロロチオホスフアート、Z=S)、を加える。1時間
後、生成物(Xはエトキシである第10図の構造2)を、
10%アセトン/90%クロロホルムで展開されたシリカル
上でクロマトグラフィー分離によって単離する。この活
性化されたサブユニット1mmolをN,N−ジイソプロピルア
ミノエチルイソブチラート(DIPAEIB)1.5mmolを含有す
るジクロロメタン中でこれを混合して第二サブユニット
のモルホリノ窒素(構造3)と直接結合させ、構造4
(XはO−CH2−CH3である)として示されるダイマーを
生じる。 C.X=−F 例9Cに、例2又は3に於ける様に製造された5′ヒド
ロキシルサブユニットが活性化され、遊離モルホリノ環
窒素を有する第二サブユニットにカップリングして、フ
ルオロホスホルアミダートインターサブユニットリンケ
ージを生じることを示す。例を、Xがフッ素である、第
10図中の構造に関連して示す。
保護されかつモルホリノ窒素上でトリチレート化された
(第5図の構造4)5′ヒドロキシルサブユニット1mmo
lである。サブユニットをN−メチルイミダゾール6mmo
l、次いでフルオロリン酸2.5mmolが添加されたジクロロ
メタン20ml中に溶解する。DCC 5mmolを加え、溶液を3
時間撹拌する。反応溶液を水性NaH2PO4で洗滌し、有機
相を減圧下に乾燥し、フルオロホスフアート塩を生じる
(XはF,対イオンはN−メチルイミダゾールである構造
5)。生成物をピリジン中でメタノール/クロロホルム
混合物1%で展開されたシリカゲルクロマトグラフィー
によって精製し、ピリジニウム塩を生じる。乾燥後、精
製された生成物は、遊離モルホリノ窒素(構造6)を有
する5′−保護されたサブユニットにジクロロメタン中
でDCCを用いてカップリングするのに適する。このカル
ボジイミドカップリング反応は、構造7(XはFであ
る)として示されるダイマーを生じる。
ンケージを含有するポリマーを、強い求核試薬、たとえ
ばアンモニアにさらしてはならない。したがって、この
様なポリマーを集めるのに使用されるサブユニットの塩
基を、強い求核試薬の使用なしに切断することができる
基で保護しなければならない。例1に記載した様にβ脱
離メカニズムを介して切断できる保護基は、この目的に
適する。 B.X=N(CH3)2 例9Dに、例2又は3に於ける様に製造された5′ヒド
ロキシルサブユニットが遊離モルホリノ環窒素を有する
第二サブユニットにカップリングして、ホンホルアミダ
ートインターサブユニットリンケージを生じることを示
す。例を、Xが置換された窒素である、第10図中の構造
に関連して示す。
化された(第5図の構造4)5′ヒドロキシルサブユニ
ット1mmolを、ジクロロメタン20ml中に溶解する。この
溶液に、N−エチルモルホリン6mmol及びジメチルアミ
ノジクロロホスフアート(OP(Cl)2N(CH3)2)2mmo
l、Z=O(又はチオホスフアート同族体、Z=S)を
加え、次いでN−メチルイミダゾール0.5mmolを加え
る。反応の終了後(薄層クロマトグラフィーによって決
定する)、反応溶液を水性NaH2PO4で洗滌する。活性化
されたサブユニットを、アセトン/クロロホルムで展開
されたシリカゲル上でクロマトグラフィー分離して単離
する(XがN(CH3)2である第10図の構造2)。この
活性化されたサブユニットは、反応で生じるHClを中和
するのに十分なトリエチルアミンを含有するDHF中で第
二サブユニット(構造3)のモルホリノ窒素と直接結合
し、構造4として示されたダイマーを生じる。
アート(Xは−N(CH3)2及びZは酸素である)を、
次の通り製造する:オキシ塩化リン0.2モル中にジメチ
ルアミンヒドロクロライド0.1モルを含有する懸濁液
を、12時間還流し、次いで蒸留する(沸点は0.5mmHgで3
6℃である)。蒸気使用されるジメチルアミノジクロロ
チオホスフアート(Xは−N(CH3)2、Zはイオウで
ある)を、次の様に製造する:チオホスホリルクロライ
ド0.2モル中にジメチルアミンヒドロクロチイド0.1モル
を含有する懸濁液を、18時間還流し、次いで蒸留する
(沸点15mmHgで85℃)。
20ml中でモルホリノ窒素(第5図の構造4)上で塩基−
保護されかつトリチレート化された5′ヒドロキシルサ
ブユニット1mmolを溶解しなければならない。この溶液
に、N,N−ジエチルアニリン4mmol及び4−メトキシピリ
ジン−N−オキシド1mmolを加える。溶解後、ジメチル
アミノジクロロホスフアート2mmol、Z=O(又はジメ
チルアミノジクロロチオホスフアート、Z=S)を加え
る。2時間後、生成物(Xはジメチルアミンである第10
図の構造2)を、10%アセトン/90%クロロホルムで展
開されたシリカゲル上でクロマトグラフィー分離によっ
て単離する。この活性化されたサブユニット1mmolをN,N
−ジイソプロピルアミノエチルイソブチラート(DIPAEI
B)1.5mmolを含有するジクロロメタン中でこれを混合し
て第二サブユニットのモルホリノ窒素(構造3)と直接
結合させ、構造4(Xは−N(CH3)2である)として
示されるダイマーを生じる。
グ この例中、例5に於ける様に製造されたメチルホスホ
ナートサブユニットを遊離のモルホリノ環窒素を有する
第二サブユニットとカップリングすることを示す。例を
第11図中の構造に関連して示す。
モルホリノ窒素−保護されたメチルホスホナートサブユ
ニットである。このサブユニットのトリエチルアミン塩
を、クロロホルム中に懸濁し、2%ピリジニウムヒドロ
クロライドを含有する水で振とうし、クロロホルム相中
にサブユニットのピリジニウム塩(構造1)を生じる。
有機相を分離し、水洗し、次いで乾燥する。生じる固体
の1部を、過剰の3−ヒドロキシプロピオニトリルと混
合する;次いでDCCを混合物に加える。生じる反応の生
成物をジクロロメタン中で1%ジクロロ酢酸で脱トリチ
レート化し、構造2を生じる。次いで構造1及び2を、
DCCの存在下に混合し、構造3として示された結合され
たダイマーを生じる。このダイマーを、より長いオリゴ
マーブロック又はポリマーに集めるためのどちらかの末
端で選択的に脱保護する;シアノエチル基を、非プロト
ン性溶剤(たとえばDMF)中でDBUと共に除去するか又は
ジメトキシトリチル部分を上述の様に切断することがで
きる。
を介して結合された保護されたアミンを有するリボヌク
レオシドの酸化、及び他のサブユニットの非保護アミン
にカップリングして、同時にモルホリノ環構造の形成及
びサブユニットの結合を行うことを示す。この例中に関
連する構造を、第12図中に示す。
ボヌクレオシド(構造1)10mmolとトリチルクロライド
11mmolとを反応させて、アミン(構造2)を保護する。
ト(構造2)とNaIO411mmolとを反応させて、ジアルデ
ヒド(構造3)を生じる。
は極めて遅く、溶液があまりにも塩基性である場合、構
造3成分のエピマー化が生じる。弱酸を使用してアミン
成分(構造1)を中和し、反応をこのカップリング工程
で緩衝する。この目的に適すると認められる弱酸は次の
ものである:カルボン、オルト及びパラニトロフエノー
ル、及びベンゾトリアゾール。したがってジアルデヒド
(構造3)を、水/メタノール混合物中に構造1の適す
る塩と一緒にし、結合された生成物(構造4)を生じ
る。
ノボロヒドリドを加え、ジヒドロキシモルホリノ環(構
造4)を還元し、所望のモルホリノ生成物(構造5)と
なす。
ーの溶液−相集合、脱保護、精製、及びターゲットRNA
配列へのその結合の評価 この例に、簡単なホスホルジアミダート−結合された
モルホリノポリマーのターゲット結合親和性の製造、構
造確認及び評価を示す。
ーを、例9D中に於ける様に製造されたダイマーから集め
る。このダイマー調製物の1/3を、2%酢酸を含有する
トリフルオロエタノール(TFE)で脱トリチレート化す
る;次いでTFEを減圧で除く。残渣をエーテル洗滌し、
すべて残存する酢酸を除く。ダイマー調製物の残存する
2/3を活性化する(例9Dに於ける様に)。活性化された
ダイマーの半分と脱トリチレート化ダイマーとを反応さ
せ、6%メタノール/94%クロロホルムで展開されたシ
リカゲルクロマトグラフィーによって精製されたテトラ
マー生成物を生じる。テトラマーを脱トリチル化し、残
存する活性化ダイマーと反応させ、10%メタノール/90
%クロロホルムで展開されたシリカゲルクロマトグラフ
ィーによって精製されたヘキサマー生成物を生じる。
アミダート−結合5′OH、塩基−保護されたヘキサマー
は、pd(mC)6−トリチルを示す。負イオン高速原子衝
撃質量分析(3−ニトロベンジルアルコールマトリック
ス)は、次の値を示す:M−1=2667。9(100)。
様に脱トリチレート化し、次いで塩基脱保護する。
合、このことは次の様に好都合に行うことができる。N
−末端モルホリノ窒素を、トリフルオロエタノール中で
2%酢酸を用いて脱トリチラレート化する。ポリエチレ
ングリコール1000(ポリサイエンス社、ウェリントン、
ペンシルバニア、米国)を、乾燥DMF中に溶解して、次
いで溶剤を減圧下に蒸発して十分に乾燥する。固体を、
純粋な乾燥DMFの最小容量及び0.5モル当量(PEG1000に
対して)のビス(p−ニトロフエニル)カーボナート中
に懸濁し、TEA 1モル当量を加える。調製物を、封入
し、一晩30℃で温置し、p−ニトロフエニルカーボナー
ト−活性化されたPEG 1000を生じる。
ーを、実質上モル過剰の(一般に10ないし20倍)に加
え、次いで2時間、室温で温置する。次いで全調製物
を、一晩30℃で濃水酸化アンモニウムで処理する。次い
でアンモニアを減圧下に除去する。精製をカチオン交換
クロマトグラフィーによって行い、次いで水洗され、、
次にメタノールで溶離されたポリプロピレンのカラムで
脱塩して行う。
(mC)6−PEG 1000は、算出されたモル吸光度42,800を
有する中性水性溶液中で267.1nmで吸収最大を示す。pH1
で水性溶液中、同一材料は、算出されたモル吸光度77,1
00で、吸収最大275.7nmを示す。
性を評価するために、ポリG RMA(シグマ化学社から得
られる)1mgを脱イオン水中に溶解し、DMSO 4容量(ア
ルトリック化学社の分光光度合)を加える(ストック溶
液A)。末端につながれたモルホリノヘキサマー、pd
(mC6)−PEG 1000、を分光光度合DMSO中に溶解する
(ストック溶液B)。ホスフアート緩衝液を、リン酸を
用いて0.05NaOHのpHを7.4に調整して調製する(緩衝液
C)。
濃度に関して検定する;ストック溶液Aの吸光度を0.1N
NaOH中で測定し、ストック溶液Bを0.1N HCl中で測定
する。このpH高度での測定は、成分モノマーに比例する
ことなく吸高度値を生じることができる塩基積み重ね及
び他のポリマーの相互作用を最小化する。ストック溶液
A及びBを緩衝液Cで希釈し、ポリマー中に10マイクロ
モルの最終濃度を有する溶液を生じる。要求された希釈
を溶液A、ポリ(G)に対して6,500及び溶液B、pd(m
C)6−PEG 1000に対して77,100のモル吸光度を用いて
算出する。
2個及びサンプルビーム中に2個に適する温度−制御さ
れたセルハウジングを有する複先束走査スペクトロフォ
トメーター中で実施する。
マーに対してポリ(G)0.5ml、60マイクロモル及び緩
衝液C 0.5mlを充填し、第二番目に10マイクロモノマーp
d(mC)6−PEG 1000 0.5ml及び緩衝液C 0.5mlを充填す
る。この2つのセルを、温度−制御されたハウジングの
参考ビーム中に置く。次いで、第三セルに緩衝液C 1ml
を充填し、第四番目にGモノマーに対するポリ(G)0.
5ml、60マイクロモル及び10マイクロモルpd(mC)6−P
EG 1000 0.5mlを充填する。この2つのセルをセルハウ
ジングのサンプルビーム中に置く。次いでセルハウジン
グを50℃に加熱し、14℃に徐々に冷やし、第四セル中で
ポリマーとそのターゲットポリヌクレオチドの間に完全
な対を確かめる。次いで走査を320nmから240nmで測定す
るこれはポリマー−ターゲット混合物中で淡色シフトに
基づいて実質上の吸光度差を示し、約273nmを中心にお
く。次いでセルホルダーの温度を2度増加して72℃に上
げ、その際夫々2度上昇後に測定する。
して吸光度差のプロットを第13図中に示す。複合体を半
分熔融する熔融温度、Tmをこのモルホリノポリマー/RNA
に対して51.5℃であることを示す。
マーの溶液−相製造 この例に、ホスホルジアミダート−結合骨格を有する
短いオリゴマーの集合を示す(XはN(CH3)2、Yは
酸素、Zは酸素である第4図の構造B−B)。この溶液
集合方は、例14及び15に於ける様に、より長いオリゴマ
ーへの次の集合に適する短いオリゴマーの大きい−規模
の合成に有用である。
メチレン上にメチルアミンを有するモルホリノCサブユ
ニット(例6に於ける様に製造)とアルドリッチ化学
社、ミルウォーキー、ウィスコンシン、米国のN−(9
−フルオレニルメトキシカルボニルオキシ)サクシンイ
ミド(FMOC)とを反応させ、シリカゲルクロマトグラフ
ィーによって精製する。
Cサブユニット1mmol、ジクロロメタン、トリフルオロ
エタノール2ml、及びシアノ酢酸0.4gを加える。10分
後、この溶液を水性NaHCO3で分配する。有機相を、回転
−蒸発器で除く。残存する材料にアセトニトリル20mlを
加え、アセトニトリルを回転−蒸発乾固で除去する。残
存する材料を、1時間減圧下に乾燥する。
及びGの5′OHモルホリノサブユニットを、例2に於け
る様に製造する。A、C、及びGサブユニットを、例9D
に於ける様にモノクロロホスホルアミダードに変換して
活性化する。
れたCサブユニットをカップリング溶液(ジクロロメタ
ン4ml、テトラメチレンスルホン2ml及びDIPAEIB 0.3ml
(例9に於ける様に製造))中に懸濁する。この溶液に
上記C欄で製造された、活性化されたGサブユニット1m
molを加える。30分後、室温でジクロロメタンを減圧下
に除き、生成物を水の添加によって沈殿する。5′FMOC
−CG−トリチルダイマーを、5%メタノール/95%クロ
ロホルムで展開されたシリカゲル上でクロマトグラフィ
ーによって精製する。
脱−トリチレート化し、上記C欄からの活性化されたC
サブユニット1mmolと結合する。このカップリングサイ
クルを、残存するC及びAサブユニットを加えてくり返
して、所望のブロックを生じる:5′FMOC−CGCCA−トリ
チル。ポリマーの長さが増加するので、精製工程は、生
長するブロックのシリカゲルクロマトグラフィー精製中
でメタノールの増加濃度を要求する。
高速原子衝撃質量分析で最も容易に確認する。原則とし
て質量分析中で優性種は分子イオンである。
ーの溶液−相ブロック集合 この例に、例13に於ける様に製造されたオリゴマーブ
ロックの使用を、ホスホルジアミダートインターサブユ
ニットリンケージを含有するモルホリノポリマーの溶液
−相集合に関して記載する。モノマーの代りに短いオリ
ゴマーブロックの使用は、失敗配列から最終生成物を分
離することを著しく簡易化する。この例中に合成された
モルホリノポリマーは、HIV−I(マイヤー等)の第一
結合部位に相補的な塩基配列を有する。
G−トリチル(ブロック2);5′FMOC−CGCCA−トリチル
(ブロック3);5′FMOC−CUGC−トリチル(ブロック
4)。
(1,8−ジアザビシク〔5.4.0〕ウンデセ−7−エン)0.
4mlを加える。20分後、エーテル200mlを加え、溶液を十
分に撹拌し、濾過する。濾液をジクロロメタン20ml中に
再懸濁し、4個の30ml遠心分離管に分配し、夫々にエー
テル25mlを加え、振とうして十分に混合し、遠心分離す
る。上澄みを排出し、ペレットを減圧下に乾燥する。
トリチル化する。減圧下に溶剤の除去後、残存する材料
をジクロロメタン20m;中に懸濁し、次いでDIPAEIB(例
9中に於ける様に製造)1.5mlを添加する。急速に撹拌
しながら、エチルジクロロホスフアート0.5mlを加え
る。5分後、この溶液を4−30ml遠心分離管に分配す
る。各管にエーテルを充填し、十分に振とうし、遠心分
離する。ペレットをジクロロメタンの最小容量中に懸濁
し、次いでエーテルを加える。次いで管を振とうして、
遠心分離する。この洗滌操作をもう一度くり返す。ペレ
ットをカップリング溶液(ジクロロメタン10ml、テトラ
メチレンスルホン5ml、及びDIPAEIB 0.3ml(例9に於け
る様に製造))中に懸濁する。
ブロック4に加える。1時間後、無水酢酸0.5mlを加
え、溶液を5分間室温で放置する。ジクロロメタンを、
減圧下に除去する。生成物、5′FMOC−CGCCACUGC−ト
リチルを沈殿するために、水を加える。減圧下に固体を
乾燥した後、すべての残存する無水酢酸を十分に除くた
めに、ジクロロメタン中に再懸濁する。次いでエーテル
を加えて、生成物を沈殿させる。生成物をもう一度ジク
ロロメタン中に再懸濁し、エーテルで再沈殿する。
除く。ブロック2を脱トリチレート化し、上記C欄に於
ける様に活性化する。この2つの成分を、上述の様に結
合し、13−mer:5′FMOC−CGGGCGCCACUGC−トリチルを生
じる。
物から切断する。ブロック1を脱トリチレート化し、上
記C欄に於ける様に活性化する。この2つの成分を上述
の様に結合し、16−mer:5′FMOC−GUOCGGGCGCCACUGC−
トリチルを生じる。
DMF20ml中に懸濁し、水酸化アンモニウム20mlを加え
る。調製物にふたをし、30℃で18時間温置する。その
後、溶剤を回転−蒸発によって除去し16−mer:5′GUUCG
GGCGCCACUGCの粗製調製物を生じる。
水性メチルアミン(溶剤A)中に2mg/mlの濃度で懸濁す
る。クロマトグラフィーに使用されうる水を、吸引減圧
下に脱気し、メチルアミンを加え、最終メチルアミン濃
度0.05Nを生じる。この溶液にHClを加え、pHを10.5に調
整する。対応するpH10.5溶液をKCl中で1Nにする(溶剤
B)。溶剤Aを、クロマトグラフィー品質のアセトニト
リル又はメタノールと1:1容量で混合し、溶剤Cを生じ
る。
フアロースフアーストフロー(フアルマシア)で充填さ
れたクロマトグラフィーカラム(直径5cm及び長さ15c
m)上に溶剤A50ml中に詰める。カラムを溶剤Aで十分に
洗滌し、約30ml/分の流速を用いて30分かけて100%溶剤
Aから100%溶剤Bの範囲にある線勾配で溶離する。溶
出液を254nmで追跡する。この例の16−merを約0.3N KCl
で溶離して見い出す。所望の結合ポリマーは、一般にカ
ラムから溶離ための最後かつ最も大きいピークである。
ホリマーをブロック集合で製造した場合、ベースライン
分離をしばしば行う。一般にピーク形は非対称であり、
問題はむしろクロマトグラフィー充填剤の容積不足より
も結合ポリマーの不溶性にある。この様な問題を、しば
しば一定の流出で充填された結合ポリマーの量を減少す
ることによって解決することができる。ピークが対称的
であるが、ベース・ライン分離が行われない場合、改良
がより浅い勾配を用いて溶離することによって通常得る
ことができる。
クロマトグラフィー品質ポリプロピレン(ポリサイエン
ス社からのCat.no.4342)で充填された等価−大きさの
カラムに詰めて脱塩する。カラムを十分に溶剤Aで洗滌
する。ベースライン分離を、上記カチオン交換体クロマ
トグラフィー中で行い、次いで純粋な精製物が、溶剤C
で溶離して得られる。しかしもしベースライン分離が行
われない場合、生成物を100%溶剤Aから100%溶剤Cの
範囲にある線状勾配で溶離する。この例中16−merが溶
離されるのが分る。その時アセトニトリルの濃度は、約
25容量%である。
リマーの質量分析は、ポリマーの長さ及び塩基組成とと
もに確認することに役立つことができる。しかしサブユ
ニット配列については何らの情報を提供しない。配列情
報を得るための1つの方法は、デオキシリボ核酸とカル
バマート−結合されたデオキシリボ核酸−誘導ポリマー
(グラフイン等)からである。しかし、完全に保護され
た状態で、本発明の多くのモルホリノ−基体ポリマーは
ブラグメンテーションに耐え、最小フラグメントしか有
しない分子イオンを主に生じる。
の方法は、核オリゴマーブロックを結合後生長するポリ
マーの小さい部分を取り出し、質量分析を使用して、ポ
リマーの伸長を追跡することができる。この方法は、合
成で使用される2つのブロックが正確に同一質量を偶然
有するまれな場合を除いて適用することができる。
る、好ましい、しかも間接的な方法は、モルホリノポリ
マーをその相補的DNA(この配列は確立された方法で確
認することができる)とブロックが間違った順序で集め
られた場合生じうるであろうDNA配列で1対にしなけれ
ばならない。ポリマーとDNAとのペアリングを、240ない
し290nm波長域で淡色シフトに関して査定して、評価す
る(例12に於ける様に評価)。この様なシフトは、ポリ
マーとその相補的配列の間しか生じない。ポリマー/DNA
二重体を、徐々に温度を上げることによってすべての部
分的に−くいちがう二重体と区別することもできる。そ
の間240nmないし290nm域中で吸光度を追跡する、完全な
二重体は、一般にすべてのくいちがう二重体の熔融温度
よりも10度又はそれ以上の熔融温度(ハイポクロミシチ
ィー(hypochromicity)で50%減少に相当)を有する。
鎖が非平行でる時DNAを結合し、鎖が平行である時結合
しないのが分る(下記に示すように)。
が存在する場合、63℃のTm(例12中に記載された様に測
定)を有することが分る。
染されたヒト細胞中でウイルス性P24プロテインの合成
を阻害するその能力についてテストする。予備の結果
は、HIV−Iのプライマー結合部位に相補的である、こ
の例の16−merポリマーを6マイクロモルの濃度でHIV−
I−感染された細胞に加えた場合、ポリマーはウイルス
性P24プロテインの合成で35%減少を生じることを示
す。更にポリマーは非感染の細胞中で全く検出可能な細
胞毒性を16及び19マイクロモルの濃度で生じない。
ポリマーの固−相ブロック集合 この例に、例13に於ける様に製造されたオリゴマーブ
ロックの使用を、ホスホルジアミダートインターサブユ
ニットリンケージを含有するモルホリノポリマーの固−
相集合に関して示す。固−相集合は、より長い結合ポリ
マーの急速集合方を提供する。モノマーの代りに短いオ
リゴマーブロックの使用は、失敗配列からの最終生成物
の分離を著しく簡易化する。
シ)−エチル〕スルホン1mmol(ピアース化学社、ロッ
クホード、イリノイ、米国)を、DMF 10ml中に溶解し、
第一アミン官能基を有する適当な固体担体3gに加える:
たとえばガラス、アミノプロピル、カタログ#G4643、
シグマ化学社、セントルイス、ミズリー、米国−−500
オングストローム細孔の大きさ、200−400メッシュ、ア
ミン含有量81マイクロモル/g。2時間後、ガラスビーズ
のスラリーをカラム(好ましくは直径約1.5cm)に注ぎ
入れ、カラムを十分にジクロロメタンで洗浄し、減圧で
乾燥する。ガラス担体に結合したこのリンカーは、脱ト
リチレート化に使用された酸性条件に安定であるが、強
い非−求核塩基、たとえば1,8−ジアザビシクロ〔5.4.
0〕ウンデセ−7−エン(DBU)を用いてベータ脱離メカ
ニズムによって速やかに切断することができる。
G−トリチル(ブロック2);5′FMOC−CGCCA−トリチル
(ブロック3);5′FMOC−CUGC−トリチル(ブロック
4)。
濁し、DBU(1,8−ジアザビシクロ〔5.4.0〕ウンデセ−
7−エン〕0.4mlを加える。5分後、エーテル200mlを加
え、懸濁液を十分に撹拌し、濾過する。濾液をジクロロ
メタン20ml中に懸濁し、4つの30ml遠心分離管中に懸濁
する。夫々の管にエーテル25mlを加え、十分に振とう
し、遠心分離する。上澄みを捨て、ペレットを減圧下に
乾燥する。このオリゴマーをDMF 12ml中に再懸濁し、上
記A欄で製造された固体合成担体のカラムに加える。ガ
ラスビーズの床を周期的に撹拌し、ビーズのすべての内
部表面へのオリゴマーブロックの接近を保証する。室温
で2時間後、カラムをジクロロメタンで十分に洗滌す
る。洗滌液中に存在する非結合オリゴマーブロックを回
収し、再び再使用する。
ml、トリフルオロメタノール10ml及びシアノ酢酸2gから
成るカラムに溶液を徐々に通して脱トリチレート化す
る。カラムをジクロロメタン40mlで、次いでジクロロメ
タン中の1%N−エチルモルホリン40mlで洗滌する。次
いでカラムを、ジクロロメタン50mlで洗滌する。接合オ
リゴマーの末端を、DIPAEIB 5ml(例9に於ける様に製
造)及びエチルジクロロホスフアート3mlを含有するジ
クロロメタン100mlをカラムに徐々に通して活性化す
る。次いでカラムをクロロホルム100mlで洗滌する。
し、DBU(1,8−アザビシクロ〔5.4.0〕ウンデセ−7−
エン)0.4mlを加える。5分後、エーテル200mlを加え、
懸濁液を十分に撹拌し、濾過する。濾液をジクロロメタ
ン20ml中に懸濁し、4つの30ml遠心分離管中に懸濁す
る。夫々の管にエーテル25mlを加える。管を十分に振と
うし、遠心分離する。上澄みを捨て、ペレットを減圧下
に乾燥する。このオリゴマーをカップリング溶液(ジク
ロロメタン8ml、テトラメチレンスルホン4ml、及びDIPA
EIB(例9に於ける様に製造)0.5ml)中に再懸濁する。
この溶液を、容量1ないし2mlしかカラム床上に残存し
なくなるまで、合成カラムの床に徐々に導入する。担体
を周期的に撹拌し、ビーズのすべての内部細孔表面への
カップリング溶液の完全な接近を保証する。室温で2時
間後、カラムをジクロロメタンで十分に洗滌する。
ナート:12部DBU;41部テトラメチレンスルホン;及び41
部ジクロロメタン)を徐々にカラムに通し、一方1mm経
路−長さフローセルを介して290nmで溶出液を追跡す
る。溶出液を、ポリマーのすべてが溶離する(一般に約
30分)まで、集める。ジクロロメタンを減圧で除去す
る。残存する材料水性NaH2PO4を十分に中和するため
に、DBUを加え、次いで多量の水を加えて、ポリマーを
沈殿させる。固体生成物を集め、乾燥する。
し、例14に記載された様に分析する。脱保護及び精製の
後、この例の16−merポリマーは、主に例14に記載した
様に製造された16−merポリマーとそのターゲットDNAを
有する同一のTm及び主に同一の生物学的活性を示す。
するモルホリノポリマーの段階的固−相合成 この例は、ホスホルジアミダート−結合骨格を含有す
るポリマーの固体担体上での段階的集合を示す(第4図
の構造B−B、そこでXはN(CH3)2、Yは酸素、Z
は酸素である。)。配列、5′−CGUUCCUCCUGCを有する
このポリマーは、ウイルス、ヘルペスシンプレックスI
(アテンシオ等)中でスプライス部位を目標とする。
に固体担体に結合させる。
5′メチレン上にメチルアミンを有するモノホリノCサ
ブユニット1mmol(例6に於ける様に製造)を、DMF 12m
l中に懸濁し、例15、第A欄に記載された様に固体合成
担体のために製造されたカラムに加える。ガラス床の床
を周期的に撹拌し、ビーズのすべての内部表面への第一
サブユニットの接近を保証する。室温で1時間後、カラ
ムを十分にジクロロメタンで洗滌する。洗滌液中に存在
する未結合サブユニットを回収し、再使用する。
リフルオロエタノール10ml、及びシアノ酢酸2gから成る
溶液をカラムに徐々に通して脱トリチレート化する。カ
ラムをジクロロメタン40ml、次いでジクロロメタン中で
1%N−エチルモルホリン40ml、次いで最後にクロロホ
ルム100mlで洗滌する。
9、第D欄に記載した様にN,N−ジメチルアミノジクロ
ロホスフアートで活性化)を、カップリング溶液(ジク
ロロメタン8ml、テトラメチレンスルホン4ml、及びDIPA
EIB 0.5ml(例9に於ける様に製造))中に懸濁する。
この溶液を、容量の1ないし2mlしか床上に残らなくな
るまで合成カラムの床中に導入する。担体を、周期的に
撹拌し、ビーズのすべての内部細孔表面へのカップリン
グ溶液の完全接近を保証する。室温で1時間後、カラム
をジクロロメタンで十分に洗滌する。この洗滌液中です
べての未結合サブユニットを、回収し、再使用する。
造)を有するジクロロメタン50ミリリットルを、カラム
に加える。カラムを、DIPAEIB 2mlを含有するメタノー
ル100ml、次いでジクロロメタン200mlを用いて洗滌す
る。
る)を用いて、サブユニットG,U,U,C,C,U,C,C,U,G,及び
Cを配列に加える。
する。
し、例14に記載された様に分析する。脱保護及び精製の
後、上述の様に製造されたヘルペス−ターゲット12−me
rポリマーは、その相補的DNAと1対となった時(2本鎖
非平行)、47℃のTm(例12中に記載された様に測定)を
有するのが分る:各鎖は、2マイクロモルの濃度で存在
する。
シンプレックスウイルスI(HSUI)によって感染された
マウスを保護するその能力についてテストする。HSV I
で目に感染を受けたマウスは、感染後5日目で残存率65
%を示す。ヘルペス−感染されたマウスを、この例中に
記載された12−mer0.03mmolを含有する局所軟膏で処置
した場合、残存率を感染後5日目で90%に増加する。
が、本発明の種々の変化及び変更を、本発明から離れる
ことなく行うことができる。特に好ましいポリマー骨格
構造を記載かつ描写したが、他のモルホリノ−基体ポリ
マーを上述の骨格制限及び要求に従って構成することが
できる。
Claims (24)
- 【請求項1】次の形: 【化1】 (式中(i)環構造は1つの環構造のモルホリノ窒素
を、隣接環構造の5′エキソ環状炭素に結合させる、長
さ1〜3個の原子の非電荷リン−含有キラルリンケージ
によって連結され、そして(ii)Piは塩基特異性水素結
合によってポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効
なプリン−又はピリミジン残基である。) のモルホリノ環構造から成るポリマー。 - 【請求項2】Piは、 【化2】 (式中XはH,CH3,F,Cl,Br,又はIである。) から成る群より選ばれる、請求項1記載のポリマー。
- 【請求項3】環構造及びリンケージは、 【化3】 から成る群より選ばれた形を有する、請求項1記載のポ
リマー。 - 【請求項4】ポリマーが次の形: 【化4】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;及びXはF,CH2R,OCH2−R,S
−CH2R,又はNR1R2;及びR、R1及びR2のうちのそれぞれ
はH,CH3,又は上記塩基特異的水素結合を妨害しない他の
部分である。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項5】ポリマーが次の形: 【化5】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;及びXはF,CH2R,OCH2−R,S
−CH2R,又はNR1R2;及びR、R1及びR2のうちのそれぞれ
はH,CH3,又は上記塩基特異的水素結合を妨害しない他の
部分である。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項6】ポリマーが次の形: 【化6】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;ZはO又はSである。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項7】ポリマーが次の形: 【化7】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;及びZはO又はSであ
る。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項8】ポリマーが次の形: 【化8】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;及びXはF,CH2R,OCH2−R,S
−CH2R,又はNR1R2;及びR、R1及びR2のうちのそれぞれ
はH,CH3,又は上記塩基特異的水素結合を妨害しない他の
部分である。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項9】ポリマーが次の形: 【化9】 (式中Pi及びPjのそれぞれは塩基特異性水素結合によっ
てポリヌクレオチドの塩基に結合するのに有効なプリン
又はピリミジン残基である;及びXはF,CH2R,OCH2−R,S
−CH2R,又はNR1R2;及びR、R1及びR2のうちのそれぞれ
はH,CH3,又は上記塩基特異的水素結合を妨害しない他の
部分である。) である繰り返しサブユニットセグメントを有する、請求
項1記載のポリマー。 - 【請求項10】水性媒体中で分子の溶解度を増加させる
のに有利であるポリエチレングリコール部分を、片方又
は両方の末端に更に有する、請求項1記載のポリマー。 - 【請求項11】少なくとも3個のモルホリノ環構造から
成る、請求項1記載のポリマー。 - 【請求項12】Piの少なくとも1個が2,6−ジアミノプ
リンである、請求項1記載のポリマー。 - 【請求項13】Piの少なくとも1個が、5−ハロウラシ
ルである、請求項1記載のポリマー。 - 【請求項14】Piの少なくとも70%が、2−アミンを含
有するプリンである請求項1記載のポリマー。 - 【請求項15】Piの少なくとも1個が、2,6−ジアミノ
プリンである、請求項14記載のポリマー。 - 【請求項16】ポリマーが固形担体に結合されている、
請求項1ないし15のいずれかに記載のポリマー。 - 【請求項17】サンプル中で、選択されたターゲット配
列を有するポリヌクレオチドの存在を検出する方法にお
いて、請求項1ないし16のいずれかに記載のポリマーを
上記ポリヌクレオチドと接触させ、その場合上記ポリマ
ーは選択されたターゲット配列に結合することができ
る、一連の塩基残基Pi及びPjを有し、そしてポリマーと
ターゲット配列の間にハイブリット形成複合体を形成さ
せるのに有効な、従来公知の条件下で、ポリマーのポリ
ヌクレオチドへの接触を実施することを特徴とする、上
記検出方法。 - 【請求項18】ポリヌクレオチドが一本鎖である、請求
項17記載の方法。 - 【請求項19】ポリヌクレオチドがDNAである、請求項1
8記載の方法。 - 【請求項20】ポリヌクレオチドがRNAである、請求項1
8記載の方法。 - 【請求項21】ポリヌクレオチドが二本鎖である、請求
項17記載の方法。 - 【請求項22】ポリヌクレオチドが二本鎖RNAである、
請求項21記載の方法。 - 【請求項23】ポリマーが検出可能なリポーター基によ
って標識されている、請求項17ないし22のいずれかに記
載の方法。 - 【請求項24】選択されたターゲット配列を有するポリ
ヌクレオチドをサンプルから単離する方法において、請
求項1ないし15のいずれかに記載のポリマーを上記ポリ
ヌクレオチドと接触させ、その際上記ポリマーは(i)
選択されたターゲット配列に結合することができる、一
連の塩基残基Pi及びPjを有し、(ii)固形担体に結合さ
れており、そして(iii)ポリマーとターゲット配列の
間にハイブリット形成複合体を形成させるのに有効な、
従来公知の条件下でポリマーをポリヌクレオチドと接触
させ、ついで上記ポリヌクレオチドを単離することを特
徴とする、上記単離方法。
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