JP2024525444A - Ｔｍｉｇｄ２の発現を阻害するための組成物及び方法 - Google Patents

Abstract

この明細書は、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害することでがんを治療する方法を提供する。いくつかの態様では、この方法は、(a) ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡ標的化薬剤、(b) 遺伝子ベースの治療剤、(c) ＴＭＩＧＤ２阻害低分子、又は (d) １以上のＴＭＩＧＤ２抗体若しくはその抗原結合断片を投与して、必要とする対象においてＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害することを含む。

Description

優先権
この出願は、米国仮特許出願第63/217,630号（出願日：2021年7月1日）に基づく優先権を主張し、その内容は、全体が参照によりこの明細書に組み込まれる。

連邦資金に関する声明
この発明は、米国国立衛生研究所が授与したR01CA175495による政府の支援を受けて行われた。米国政府は、この発明に一定の権利を有する。

配列表
この出願は、EFS-Webによりｘｍｌ形式で提出されたＳＴ．２６に準拠する配列表を含み、全体が参照によりこの明細書に組み込まれる。2022年7月1日に作成したｘｍｌ形式のコピーは、SequenceListing.xmlという名称で、サイズが６６．１ＫＢである。

がんは、米国及び他の国々において深刻な公衆衛生の問題である。がん患者の死亡の９０％以上は、原発性のがんではなくがんの転移で生じる。米国だけで、新たにがんに罹患する人は約924,310人で、339,150人が、がんで死亡する。Cancer Statistics 2010によれば、米国では、2010年だけで、肺がんでは推定222,520人が新たに罹患し157,300人が死亡、前立腺がんでは217,730人が新たに罹患し32,050人が死亡、乳がんでは207,090人が新たに罹患し39,840人が死亡、腸のがんでは145,500人が新たに罹患し51,370人が死亡、腎臓がんでは58,240人が新たに罹患し8,210人が死亡、膵臓がんでは51,350人が新たに罹患し36,800人が死亡した。外科手術、化学療法及び放射線療法といった従来の治療法は、多くの場合、原発性のがんの増殖を制御できるが、がんの制御に成功することは依然として稀である。

そのため、有効性を高めたがん治療の開発についての、深刻かつ長年の必要性が存在する。

この発明は、必要とする対象にがんを予防又は治療する方法を提供し、当該方法は、有効量のＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤を前記対象に投与することを含む方法である。

いくつかの態様では、薬剤は、抗体薬剤、ｍＲＮＡ標的化薬剤、低分子薬剤及び遺伝子編集薬剤からなる群から選択される。

いくつかの態様では、ｍＲＮＡ標的化薬剤はアンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤である。いくつかの態様では、アンチセンス剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに相補的な核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、又は、アンチセンス剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに対して、約８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する核酸配列を含むか、若しくはそれからなる。

いくつかの態様では、ＲＮＡｉ剤は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、ｔＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、調節低分子ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）及び低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子からなる群から選択される。いくつかの態様では、ＲＮＡｉ剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに相補的な核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、又は、ＲＮＡｉ剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに対して、約８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する核酸配列を含むか、若しくはそれからなる。

いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤は、ＴＡＬＥＮベースの薬剤、ＺＦＮベースの薬剤及びＣＲＩＳＰＲベースの薬剤からなる群から選択される。いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の発現をノックアウト又はノックダウンする。

いくつかの態様では、抗体薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメイン内のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片である。いくつかの態様では、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメインは、配列番号１若しくは配列番号２で示すアミノ酸配列の残基１～１５０、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基１～３０を含む。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) ＧＹＴＦＴＳＹＤＩＮ（配列番号２４）、ＷＩＹＰＧＤＧＳＴＮＹＮＥＫＦＫＧ（配列番号２５）及び／又はＡＲＲＧＬＲＹＹＦＤＹ（配列番号２６）を含む重鎖可変領域；並びに (b) ＲＡＳＱＤＩＲＮＹＬＮ（配列番号３２）、ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号３３）及びＱＱＶＮＴＬＰＷＴ（配列番号３４）を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) ＧＹＳＩＴＳＤＹＡＷＮ（配列番号５６）、ＹＩＴＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５７）及び／又はＡＲＳＧＹＲＹＤＤＡＭＤＹ（配列番号５８）を含む重鎖可変領域；並びに (b) ＫＳＳＱＳＬＬＳＳＮＮＱＫＮＹＬＡ（配列番号６４）、ＦＡＳＴＲＥＳ（配列番号６５）及びＱＱＨＹＲＴＰＬＴ（配列番号６６）を含む軽鎖可変領域を含む。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 配列番号２３で示すアミノ酸配列、若しくは、配列番号２３で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は (b) 配列番号３１で示すアミノ酸配列、若しくは、配列番号３１で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 配列番号５５で示すアミノ酸配列、若しくは、配列番号２５で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は (b) 配列番号６３で示すアミノ酸配列、若しくは、配列番号６３で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。

いくつかの態様では、がんはヒトの血液悪性腫瘍である。いくつかの態様では、ヒトの血液悪性腫瘍は、骨髄性腫瘍、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、再発性の遺伝子異常を伴うＡＭＬ、骨髄異形成関連の変化を伴うＡＭＬ、治療に関連したＡＭＬ、不明瞭な分化系統を示す急性白血病、骨髄増殖性腫瘍、本態性血小板血症、真性赤血球増加症、骨髄線維症（ＭＦ）、原発性骨髄線維症、全身性肥満細胞症、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄性白血病、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、鉄芽球性不応性貧血、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症、芽球増加を伴う不応性貧血（１型）、芽球増加を伴う不応性貧血（２型）、単独５ｑ欠失を伴うＭＤＳ、分類不能型ＭＤＳ、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄単球性白血病、非定型慢性骨髄性白血病、若年性骨髄単球性白血病、分類不能型骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、リンパ性腫瘍、前駆リンパ性腫瘍、Ｂリンパ芽球性白血病、Ｂリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性白血病、Ｔリンパ芽球性リンパ腫、成熟Ｂ細胞腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫／白血病、ろ胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、小リンパ球性リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、移植後リンパ球増殖性疾患、ＨＩＶ関連リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性皮膚Ｂ細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、多発性骨髄腫、意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）、くすぶり型多発性骨髄腫又は孤立性形質細胞腫（骨及び髄外）から選択される。

別の観点では、この発明は、抗ＴＭＩＧＤ２抗体又はその抗原結合断片を提供する。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、a) ＧＹＴＦＴＳＹＤＩＮ（配列番号２４）、ＷＩＹＰＧＤＧＳＴＮＹＮＥＫＦＫＧ（配列番号２５）及びＡＲＲＧＬＲＹＹＦＤＹ（配列番号２６）を含む重鎖可変領域；並びに、ＲＡＳＱＤＩＲＮＹＬＮ（配列番号３２）、ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号３３）及びＱＱＶＮＴＬＰＷＴ（配列番号３４）を含む軽鎖可変領域；又は (b) ＧＹＳＩＴＳＤＹＡＷＮ（配列番号５６）、ＹＩＴＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５７）及びＡＲＳＧＹＲＹＤＤＡＭＤＹ（配列番号５８）を含む重鎖可変領域；並びに、ＫＳＳＱＳＬＬＳＳＮＮＱＫＮＹＬＡ（配列番号６４）、ＦＡＳＴＲＥＳ（配列番号６５）及びＱＱＨＹＲＴＰＬＴ（配列番号６６）を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、(a) 配列番号２３で示すアミノ酸配列、又は、配列番号２３で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び (b) 配列番号３１で示すアミノ酸配列、又は、配列番号３１で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、(a) 配列番号５５で示すアミノ酸配列、又は、配列番号２５で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び (b) 配列番号６３で示すアミノ酸配列、又は、配列番号６３で示すアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％若しくはそれ以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。

図１Ａ～１Ｂは、ヒト赤白血病（ＨＥＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）及び急性骨髄性白血病（Ｋｇ１ａ）を含むさまざまなヒト血液悪性腫瘍において、ＴＭＩＧＤ２が高度に発現していることを示すフローサイトメトリーの代表的な図である（図１Ａ）。抗ＴＭＩＧＤ２ｍＡｂ（白抜き）及びアイソタイプ対照（網掛け）のヒストグラムを示す。Cancer Cell Line Encyclopedia（ＣＣＬＥ）及びGenevestigatorから、ＴＭＩＧＤ２のｍＲＮＡは、ヒト白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫などの細胞株において高度に発現していた（図１Ｂ）。 図２Ａ～２Ｃは、ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１ではなくＴＭＩＧＤ２のｍＲＮＡがヒトＡＭＬで高度に発現し、患者の全生存期間の悪化に関連することを示す代表的な図である（図２Ａ～２Ｂ）。ヒトＡＭＬのＴＣＧＡとＧＴＥｘデータセット中の、新たに特定されたＨＨＬＡ２／ＴＭＩＧＤ２／ＫＩＲ３ＤＬ３経路と従来から知られているＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１経路のｍＲＮＡのレベルについて、遺伝子発現プロファイリングのインタラクティブ分析を行った。腫瘍１７３データ、正常７０データ；^＊Ｐ＜０．０５。（図２Ｃ）。ＡＭＬ患者では、ＴＭＩＧＤ２高群（上位２５％）の全生存期間は、ＴＭＩＧＤ２低群（残りの７５％）よりも有意（ｐ＝０．０１１）に悪かった。（図２Ｃ）。 図３Ａ～図３Ｂは、ＡＭＬ患者の幹細胞／前駆細胞上のＴＭＩＧＤ２の発現を、ＡＭＬ患者の分化芽球細胞（図３Ａ）又は健常ドナーの臍帯血／成人骨髄単核細胞中のＣＤ３４＋正常幹細胞／前駆細胞（図３Ｂ）と比較する代表的な図である。ＡＭＬ患者４０人、健常ドナー１０人。^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１、両側の対応のある（図３Ａ）又は対応のない（図３Ｂ）スチューデントのｔ検定により決定。特に説明しない限り平均値を示し、エラーバーは±ＳＥＭを示す。 図４Ａ～４Ｄは、ＴＭＩＧＤ２が機能的な白血病を引き起こす細胞に濃縮されることを示す代表的な図である。図４Ａは、ＴＭＩＧＤ２＋及びＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞のフローサイトメトリーによる選別と、その後のコロニー形成単位（ＣＦＵ）アッセイ及びin vivo限界希釈異種移植アッセイの概略図である。図４Ｂは、患者＃３１及び＃２７のＴＭＩＧＤ２＋又はＴＭＩＧＤ２－初代ＡＭＬ幹細胞による１回目及び２回目のＣＦＵアッセイの結果を示す。図４Ｃは、患者＃３１のＴＭＩＧＤ２＋及びＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞を移植した照射ＮＳＧマウスにおける白血病細胞の生着を示す。６つの原発性ＡＭＬ検体のフローソートしたＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２＋フラクション及びＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２－フラクションに対して、トランスクリプトームワイドのＲＮＡ配列決定（ＲＮＡ－ｓｅｑ）を行った。図４Ｄは、遺伝子セットエンリッチメント分析（ＧＳＥＡ）の結果、ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２＋フラクションに濃縮された上位７つの経路は、Ｅ２Ｆ標的、ＭＹＣ標的及びＧ２Ｍチェックポイントからなることを示し、これは、ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２＋細胞が、ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２－細胞よりも多くのコロニーを生成し、はるかに効率的に白血病を誘導するという知見と一致した。さらに、図４Ｄは、ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２＋集団が、確立した白血病幹細胞（ＬＳＣ）及び１７遺伝子の幹細胞性シグネチャーと関連し、ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２－フラクションは、骨髄細胞の発生、造血成熟、並びにＨＯＸＡ９及びＭＥＩＳ１標的のダウンレギュレーションと相関することを示す。 図５Ａ～５Ｄは、ＴＭＩＧＤ２の喪失又は遮断がＡＭＬ幹細胞の維持を低下させることを示す代表的な図である。これらの図は、特に、ＴＭＩＧＤ２＋ＡＭＬ幹細胞フローサイトメトリー選別戦略の概略図とレンチウイルス形質導入（図５Ａ）、スクランブル対照ｓｈＲＮＡ（ｓｈＣｔｒｌ）又はＴＭＩＧＤ２特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＴＭＩＧＤ２）を発現するレンチウイルスを形質導入したＡＭＬ幹細胞でのＴＭＩＧＤ２発現のＦＡＣＳ実験（図５Ｂ）、及び、ＡＭＬ患者３名のコロニー形成単位の結果の定量化（ｓｈＣｔｒｌ、ｓｈＴＭＩＧＤ２＃２及びｓｈＴＭＩＧＤ２＃３を用いた３回の独立した実験）（図５Ｃ）を含む。抗ＴＭＩＧＤ２ｍＡｂ １７Ｃ７及び２０Ｆ２の治療効果を、臨床的に関連するさまざまなＡＭＬサブタイプのＡＭＬ患者由来異種移植片（ＰＤＸ）を用いてin vivoで評価した。抗ＴＭＩＧＤ２ｍＡｂ １７Ｃ７及び２０Ｆ２の抗白血病効果は、治療後の末梢血及び骨髄中におけるヒトＣＤ４５^＋細胞（ＡＭＬ細胞）の減少によって確認した（図５Ｄ）。^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、^＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１、両側の対応のないスチューデントのｔ検定により決定。特に説明しない限り平均値を示し、エラーバーは±ＳＥＭを示す。 図６Ａ及び６Ｂは、ＴＭＩＧＤ２のノックダウンがヒト血液悪性腫瘍の細胞死を増加させることを示す代表的な図である。この図は、特に、ｓｈＣｔｒｌ細胞及びｓｈＴＭＩＧＤ２＃３ ＨＥＬ細胞のアポトーシス分析を含む。図６Ｂは、初期アポトーシス、アネキシンＶ＋ＤＡＰＩ－、後期アポトーシス／ネクローシス、アネキシンＶ＋ＤＡＰＩ＋を示し、図６Ｃは、アポトーシス及び細胞周期の停止において濃縮された遺伝子を示す代表的なヒートマップを示す。^＊Ｐ＜０．０５、^＊＊Ｐ＜０．０１、^＊＊＊Ｐ＜０．００１、両側の対応のないスチューデントのｔ検定により決定。特に説明しない限り平均値を示し、エラーバーは±ＳＥＭを示す。

詳細な説明
Ｂ７リガンドファミリーは、Ｔ細胞や他の免疫細胞上のＣＤ２８受容体ファミリーに結合し、免疫細胞の機能を決定的に調節する^１,２。Ｂ７／ＣＤ２８経路は魅力的な治療標的であり、ＦＤＡは、Ｂ７／ＣＤ２８ファミリーから開発されたいくつかの薬物を承認している^3-6。ＨＥＲＶ－Ｈ ＬＴＲ会合タンパク質２（ＨＨＬＡ２）は、２０１３年にＢ７ファミリーの新しい機能的なメンバーとして発見され⁷、その後、ＣＤ２８ファミリーの新たなメンバーで、ＨＨＬＡ２の受容体としての免疫グロブリンドメイン含有タンパク質２（ＴＭＩＧＤ２）の発見につながった^8,9。ＴＭＩＧＤ２はＴ細胞及びＮＫ細胞上で発現し、Ｔ細胞及びＮＫ細胞に対して共刺激機能を示す^1,10,11。ＴＭＩＧＤ２には少なくとも３つのアイソフォーム：アイソフォーム１（配列番号１、NCBI NP_653216.2）、アイソフォーム２（配列番号２、NCBI NP_001162597.1）及びアイソフォーム３（配列番号３、NCBI NP_001295161.1）がある。アイソフォーム１～３をコードする代表的なＤＮＡ配列は、それぞれ、配列番号４(NCBI NM_144615)、配列番号５（NCBI NM_001169126.1）及び配列番号６（NCBI NM_001308232）に示される。

この明細書で開示するように、ＴＭＩＧＤ２がさまざまなヒト血液悪性腫瘍で発現し、白血病を引き起こす細胞にとって機能的に重要であり、ＡＭＬ患者の全生存期間の悪化に関連することが判明した。ＴＭＩＧＤ２発現のノックダウンは、ＡＭＬ幹細胞の維持を低下させ、ヒト血液悪性腫瘍の細胞死を増加させることが判明した。いくつかの態様では、抗ＴＭＩＧＤ２モノクローナル抗体による処置がin vivoでＡＭＬの進行を抑制する。これらの知見に基づいて、本開示は、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する１以上の薬剤を使用して血液悪性腫瘍を治療する方法、この方法で使用する薬剤及びキット、並びにＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害するためのこの薬剤及びキットの使用を提供する。ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する代表的な薬剤には、アンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤といったｍＲＮＡ標的化薬剤、ＴＡＬＥＮ、ＺＦＮ又はＣＲＩＳＰＲベースの遺伝子編集薬剤といった遺伝子編集薬剤、低分子、アンタゴニスト抗体及びその融合タンパク質、並びに、ＴＭＩＧＤ２結合ペプチドが含まれるが、これらに限定されるものではない。

この開示はさまざまな形態で具体化できるが、以下のいくつかの態様の説明は、この開示が本発明の例示としてみなされるべきものであり、本発明を示した特定の態様に限定することを意図するものではないことの理解の下に行われる。見出しは便宜のためにのみ付与しており、いかなる形でもこの発明を限定するものとして解釈すべきではない。見出しの下に示した態様は、他の見出しの下に示した態様と組み合わせることができる。

定義
この出願で特定するさまざまな定量的値における数値は、特に明示しない限り、記載した範囲内の最小値及び最大値の両者の前に単語「約」が付いているかのように、近似値として記載される。常に明示的に述べているわけではないが、全ての数値の前には、用語「約」が置かれることを理解されたい。そのような範囲の形式は、利便性と簡潔さのために使用しており、範囲の限界として明示的に指定した数値を含むだけでなく、あたかも各数値及び部分範囲が明示的に指定されているかのように、その範囲内に包含される全ての個々の数値又は部分範囲も含むように柔軟に理解されるべきであることを理解されたい。例えば、約１～約２００の範囲は、約１及び約２００の明示的に列挙した限界を含むが、約２、約３、及び約４などの個々のもの、並びに約１０～約５０、約２０～約１００などの部分範囲も含むと理解されるべきである。また、常に明示的に述べているわけではないが、明細書に記載の試薬は単なる例示であり、その等価物は当該技術分野において知られていることも理解される。

用語「約」は、この明細書において量又は濃度などの測定可能な値を指す場合、明示した量の２０％、１０％、５％、１％、０．５％、更には０．１％の変動を含むことを意味する。

この明細書で使用するＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を「阻害する」薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を、薬剤が存在しない状態でのＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性に対して、少なくとも５％低下させる。ある態様では、薬剤は、ＴＭＩＧＤの２発現及び／又は活性を、薬剤が存在しない状態でのＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性に対して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％又は１００％（すなわち、完全阻害）、低下させてもよい。

この明細書における用語「抗体」は、特定の抗原（例．ＴＭＩＧＤ２）に結合する免疫グロブリン分子又はその免疫学的に活性な部分を指す。この方法、組成物及びキットで使用する抗体が完全長の免疫グロブリン分子である態様では、抗体は２本の重鎖と２本の軽鎖を含み、各重鎖と軽鎖は、３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有する。抗体が免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分である態様では、抗体は、例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆｖ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ジスルフィド結合Ｆｖ、ｓｃＦｖ、単一ドメイン抗体（ｄＡｂ）又はダイアボディであってもよい。この方法、組成物及びキットで使用する抗体には、特定の抗原（例．ＴＭＩＧＤ２）に結合する能力を保持する、天然抗体、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、多重特異性抗体、二重特異性（bispecific）抗体、二重特異性（dual-specific）抗体、抗イディオタイプ抗体又はその断片が含まれてもよい。

この明細書における用語「ＲＮＡｉ」は、干渉ＲＮＡ又はＲＮＡ干渉を指す。ＲＮＡｉは、ｍＲＮＡに結合してそのプロセシングを阻害する分子による特定のｍＲＮＡの破壊、例えば、ｍＲＮＡ翻訳の阻害又はｍＲＮＡ分子の分解による選択的転写後遺伝子サイレンシングの手段を指す。この明細書における用語「ＲＮＡｉ」は、ｓｉＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡｉ、内因性マイクロＲＮＡ及び人工マイクロＲＮＡを含むがこれらには限定されない干渉ＲＮＡを指す。例えば、それは、ＲＮＡの下流プロセシングの機構にかかわらず、ｓｉＲＮＡとして以前に特定された配列を含む。（すなわち、ｓｉＲＮＡは、ｍＲＮＡの切断を引き起こす特定のin vivoプロセシングの方法を有していると考えられるが、このような配列は、明細書に記載の隣接配列に関連してベクターに組み込むことができる。）

この明細書に記載の範囲は、示した最小値と最大値との間の全ての値、及びそのような値によって形成される任意の範囲を含む連続的な範囲として意図されている。開示した数値を他の開示した数値で割ることによって形成される全ての比率（及びそのような比率の範囲）も、この明細書で開示する。したがって、当業者は、多くのそのような比率、範囲及び比率の範囲が、この明細書で示す数値から明確に導出でき、全ての場合において、そのような比率、範囲及び比率の範囲が、この開示のさまざまな態様を表すことを理解する。

方法
この明細書は、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する薬剤を対象に投与することを含む、必要とする対象においてＴＭＩＧＤ２阻害に応答する状態を治療する方法を提供する。ある態様では、薬剤は、抗体薬剤、ｍＲＮＡ標的化薬剤（例．アンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤）、低分子薬剤、遺伝子編集薬剤（例．ＴＡＬＥＮベースの薬剤、ＺＦＮベースの薬剤、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤）又はポリペプチド剤であってもよい。ある態様では、薬剤の投与は免疫応答を増強する。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２阻害に応答する状態はがんである。これらの態様のいくつかでは、がんは、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、Ｂ細胞急性リンパ性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞急性リンパ性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、Ｔ細胞リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性骨髄性白血病、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ろ胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型ろ胞性リンパ腫、大細胞型ろ胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖性疾患、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成及び骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球型リンパ腫、形質細胞様樹状細胞腫瘍、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症又は前白血病である。他の態様では、がんは、骨髄性腫瘍、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、再発性の遺伝子異常を伴うＡＭＬ、骨髄異形成関連の変化を伴うＡＭＬ、治療に関連したＡＭＬ、不明瞭な分化系統を示す急性白血病、骨髄増殖性腫瘍、本態性血小板血症、真性赤血球増加症、骨髄線維症（ＭＦ）、原発性骨髄線維症、全身性肥満細胞症、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄性白血病、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、鉄芽球性不応性貧血、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症、芽球増加を伴う不応性貧血（１型）、芽球増加を伴う不応性貧血（２型）、単独５ｑ欠失を伴うＭＤＳ、分類不能型ＭＤＳ、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄単球性白血病、非定型慢性骨髄性白血病、若年性骨髄単球性白血病、分類不能型骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、リンパ性腫瘍、前駆リンパ性腫瘍、Ｂリンパ芽球性白血病、Ｂリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性白血病、Ｔリンパ芽球性リンパ腫、成熟Ｂ細胞腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫／白血病、ろ胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、小リンパ球性リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、移植後リンパ球増殖性疾患、ＨＩＶ関連リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性皮膚Ｂ細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、多発性骨髄腫、意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）、くすぶり型多発性骨髄腫又は孤立性形質細胞腫（骨及び髄外）といったヒトの血液悪性腫瘍である。

いくつかの態様では、がんは、副腎がん、肛門がん、基底細胞及び扁平上皮皮膚がん、胆管がん、膀胱がん、骨のがん、脳腫瘍及び脊髄腫瘍、乳がん、子宮頸がん、結腸直腸がん、子宮内膜がん、食道がん、ユーイングファミリー腫瘍、眼がん（眼の黒色腫）、胆嚢がん、胃腸神経内分泌（カルチノイド）腫瘍、胃腸間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、妊娠性絨毛性疾患、カポジ肉腫、腎臓がん、喉頭及び下咽頭がん、肝臓がん、肺がん、肺カルチノイド腫瘍、悪性中皮腫、黒色腫皮膚がん、メルケル細胞皮膚がん、鼻腔及び副鼻腔のがん、鼻咽頭がん、神経芽種、非小細胞肺がん、中枢神経系（ＣＮＳ）の腫瘍、口腔及び中咽頭のがん、骨肉種、卵巣がん、膵臓がん、膵神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）、陰茎がん、下垂体腫瘍、前立腺がん、網膜芽腫、横紋筋肉腫、唾液腺がん、皮膚がん、小細胞肺がん、小腸がん、軟部組織の肉腫、胃がん、精巣がん、胸腺がん、甲状腺がん、子宮肉腫、膣がん、外陰がん、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍、扁平上皮がん、環境によって引き起こされたがん、がんの組合せ、並びに、がんの転移病変である。いくつかの態様では、がんは、白血病又はリンパ腫、例えば、リンパ芽球性リンパ腫又はＢ細胞非ホジキンリンパ腫である。

ある態様では、この明細書で提供する方法は、第２の薬剤の投与を更に含む。これらの態様の特定のものでは、第２の薬剤も、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する。他の態様では、第２の薬剤は、例えば放射線治療又は化学療法を含む、状態の治療で使用するＴＭＩＧＤ２阻害剤以外の薬剤である。これらの組合せの態様では、第１及び第２の薬剤は、同一の又は異なる経路により、同時に又は逐次的に投与してもよい。２つの薬剤を同時に投与する場合、単一の製剤で投与しても、別々の製剤で投与してもよい。２つの薬剤を逐次的に投与する場合、２つの薬剤の投与の間隔は、同じであっても異なっていてもよい。例えば、一方の薬剤は、他方の薬剤よりも頻繁に投与してもよく、また、一方の薬剤をより長期間投与してもよい。ある態様では、第２の薬剤は、第１の薬剤の投与の１時間以上、１日以上又は１週間以上後に投与してもよく、その逆であってもよい。ある態様では、第１の薬剤は、第２の薬剤の最初の投与の前に１回以上投与してもよい。第２の薬剤を投与する場合、第１の薬剤の投与は、第２の薬剤を投与する全ての期間又は一部の期間で、中止してもよいし、継続してもよい。

Ａ．抗体薬剤
この明細書で提供する方法のある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する薬剤は、抗体若しくはその抗原結合断片又はその融合タンパク質である。

これらの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、ＴＭＩＧＤ２のエピトープ（例．それぞれ配列番号１～３に示した配列のＴＭＩＧＤ２アイソフォーム１、２又は３）に特異的に結合する。ある態様では、抗体又はその抗原結合断片は、２つ以上のＴＭＩＧＤ２アイソフォームと交差反応し、他の態様では、抗体は１つのアイソフォームと特異的である。例えば、ある態様では、抗体又はその抗原結合断片は、アイソフォーム１と２の両者に結合し、アイソフォーム３とは結合しなくてもよく、その逆であってもよい。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、ヒトＴＭＩＧＤ２のみと結合する。他の態様では、抗体又はその抗原結合断片は、ヒトＴＭＩＧＤ２に加えて、又はその代わりに、ヒト以外のＴＭＩＧＤ２（例．マウスＴＭＩＧＤ２）に結合する。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、ＴＭＩＧＤ２とＨＨＬＡの結合を、部分的に又は完全に阻止する。ある態様では、抗体又はその抗原結合断片は、（ＴＭＩＧＤ２リン酸化など）ＴＭＩＧＤ２シグナル伝達の１以上の側面を調節（例．阻害）する。

ある態様では、抗体又はその抗原結合断片は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメイン（例．配列番号１若しくは２で示すアミノ酸配列の残基１～１５０、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基１～３０）に完全に又は部分的に存在するエピトープに結合する。これらの態様のいくつかでは、抗体又はその抗原結合断片は、全てのＴＭＩＧＤ２アイソフォームの細胞外ドメインに結合する。他の態様では、抗体又はその抗原結合断片は、１以上のアイソフォームに特異的である。例えば、抗体又はその抗原結合断片は、アイソフォーム１及び２の細胞外ドメインと結合し、アイソフォーム３の細胞外ドメインとは結合しなくてもよく、その逆であってもよい。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、Ｆｃ領域を有するワンアーム抗体（重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインで単一の抗原結合アームを形成する抗体）であり、ここで、前記Ｆｃ領域は第１及び第２のＦｃポリペプチドを含み、前記第１及び第２のＦｃポリペプチドは複合体中に存在して前記抗原結合アームを有するＦａｂ分子と比較して、前記抗体断片の安定性を増大させるＦｃ領域を形成する。

１つの態様では、抗体又はその抗原結合断片はキメラ抗体であり、例えば、異種の非ヒト、ヒト又はヒト化配列に移植されたヒト以外のドナーからの抗原結合配列（例．フレームワーク配列及び／又は定常ドメイン配列）を有する抗体である。１つの態様では、ヒト以外のドナーはマウスである。更なる態様では、抗原結合配列は合成されたもの、例えば変異誘発（例．ファージディスプレイスクリーニング等）によって得られたものである。特定の態様では、この発明のキメラ抗体はマウスのＶ領域とヒトのＣ領域を有する。１つの態様では、マウス軽鎖Ｖ領域はヒトκ軽鎖に融合されている。別の態様では、マウス重鎖Ｖ領域はヒトＩｇＧ１のＣ領域に融合されている。

いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、(i) キメラ抗体、ヒト抗体若しくはヒト化抗体、若しくはその抗原結合断片；(ii) 単一特異性抗体若しくは二重特異性抗体、若しくはその抗原結合断片；及び／又は (iii) モノクローナル抗体若しくはその抗原結合断片であるか、これらを含む。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、免疫グロブリン、重鎖抗体、軽鎖抗体又は抗体様特性を有する他のタンパク質足場、及びＦａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｖ断片、ジスルフィド結合Ｆｖ断片、ｓｃＦｖ断片、ダイアボディ、トリアボディ（triabody）、テトラボディ（tetrabody）、ミニボディ、マキシボディ、タンダブ（tandab）、ＢｉＴｅ、ナノボディ、ラクダ科抗体又はそれらの組合せが含まれるが、これらには限定されない当該技術分野で知られている他の免疫学的に結合する部分であってもよいか、これらを含むことができる。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(i) ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３若しくはＩｇＧ４から選択される重鎖定常領域、及び／又は (ii) κ軽鎖若しくはλ軽鎖の定常領域から選択される軽鎖定常領域であるか、これらを含む。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４に記載のＶＨ ＣＤＲに対して、少なくとも約９０％の配列同一性をそれぞれが有する、１、２若しくは３のＶＨ ＣＤＲ配列を有する重鎖可変領域（ＶＨ）；及び／又は (b) 表３若しくは表４に記載のＶＬ ＣＤＲに対して、少なくとも約９０％の配列同一性をそれぞれが有する、１、２若しくは３のＶＬ ＣＤＲ配列を有する軽鎖可変領域（ＶＬ）であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４のＶＨ ＣＤＲに対して、少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性をそれぞれが有する、１、２若しくは３のＶＨ ＣＤＲ配列を有するＶＨ；及び／又は (b) 表３若しくは表４のＶＬ ＣＤＲに対して、少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性をそれぞれが有する、１、２若しくは３のＶＬ ＣＤＲ配列を有するＶＬ；であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４のＶＨ ＣＤＲをそれぞれ含むか、若しくはそれからなる１、２若しくは３のＶＨ ＣＤＲ配列を含むＶＨ；及び／又は (b) 表３若しくは表４のＶＬ ＣＤＲをそれぞれ含むか、若しくはそれからなる１、２若しくは３のＶＬ ＣＤＲ配列を含むＶＬ；であるか、これらを含む。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４のＶＨに対して少なくとも約９０％以上の配列同一性を有するＶＨ；及び／又は (b) 表３若しくは表４のＶＬに対して少なくとも約９０％以上の配列同一性を有するＶＬ；であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４のＶＨに対して、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有するＶＨ；及び／又は (b) 表３若しくは表４のＶＬに対して、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有するＶＬ；であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４のＶＨを含むか、若しくはそれからなるＶＨ；及び／又は (b) 表３若しくは表４のＶＬを含むか、若しくはそれからなるＶＬ；であるか、これらを含む。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４の重鎖に対して少なくとも約９０％以上の配列同一性を有する重鎖；及び／又は (b) 表３若しくは表４の軽鎖に対して少なくとも約９０％以上の配列同一性を有する軽鎖；であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４の重鎖に対して、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する重鎖；及び／又は (b) 表３若しくは表４の軽鎖に対して、少なくとも約９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する軽鎖；であるか、これらを含む。いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、(a) 表３若しくは表４の重鎖を含むか、若しくはそれからなる重鎖；及び／又は (b) 表３若しくは表４の軽鎖を含むか、若しくはそれからなる軽鎖；であるか、これらを含む。

ある態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は細胞傷害性薬剤と複合化させる。そのような態様では、細胞傷害性薬剤は、治療剤（例．化学療法薬）、生物学的薬剤、毒素及び放射性同位体からなる群から選択される。代表的な細胞傷害性薬剤には、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラセンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、1-デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール及びピューロマイシン、並びにそれらの類似体又は相同体が含まれる。治療剤には、代謝拮抗剤（例．メトトレキサート、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、シタラビン又は5-フルオロウラシル、デカルバジン）、アルキル化剤（例．メクロレタミン、チオテパ、クロラムブシル、メルファラン、カルムスチン（ＢＳＮＵ）及びロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、及びシス－ジクロロジアミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ）、シスプラチン）、アントラサイクリン類（例．ダウノルビシン（以前はダウノマイシン）及びドキソルビシン）、抗生物質（例．ダクチノマイシン（以前はアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン及びアントラマイシン（ＡＭＣ））、及び抗有糸分裂剤（例．ビンクリスチン及びビンブラスチン）が含まれるが、これらに限定されるものではない。明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、放射性同位体（例．放射性ヨウ素）と複合化させて、この明細書に記載のがんなどの関連する疾患を治療する細胞傷害性放射性医薬品を製造できる。

抗体複合体を使用して、生物学的応答を改変できる。治療部分は、古典的な化学治療薬に限定されると解釈すべきではない。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質又はポリペプチドであってもよい。このようなタンパク質には、例えば、アブリン、リシンＡ、シュードモナス外毒素若しくはジフテリア毒素といった酵素的に活性な毒素若しくはその活性断片、腫瘍壊死因子若しくはインターフェロンγといったタンパク質、又は、リンホカイン、インターロイキン－１（ＩＬ－１）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＳＣＦ）若しくは他のサイトカイン若しくは増殖因子といった生物学的応答修飾剤が含まれてもよい。このような治療部分を抗体と複合化させる技術はよく知られている、例えば、Arnon et al, “Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy”, in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243 56 (Alan R. Liss, Inc. 1985)；Hellstrom et al, “Antibodies For Drug Delivery”, in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623 53 (Marcel Dekker, Inc. 1987)；Thorpe, “Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review”, in Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475 506 (1985)；“Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Else Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy”, in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 303 16 (Academic Press 1985)及びThorpe et al. ,“The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates”, Immunol. Rev., 62: 119 58 (1982)を参照。

いくつかの態様では、複合化は、細胞内での細胞傷害性薬剤又は増殖阻害剤の放出を促進する「切断可能なリンカー」を使用して行うことができる。例えば、酸不安定リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光不安定リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（例えば、米国特許第5,208,020号を参照）を使用できる。あるいは、抗体又はその抗原結合断片及び細胞傷害性薬剤又は増殖阻害剤を有する融合タンパク質は、組換え技術又はペプチド合成によって製造できる。ＤＮＡは、互いに隣接するか、又は複合体の所望の特性を破壊しないリンカーペプチドをコードする領域によって分離された、複合体の２つの部分をコードするそれぞれの領域を含んでいてもよい。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、１７Ｃ７モノクローナル抗体であるか、又は１７Ｃ７モノクローナル抗体の重鎖及び／若しくは軽鎖配列、重鎖及び／若しくは軽鎖可変配列、若しくは１以上のＣＤＲ配列を含む。１７Ｃ７抗体の配列を表３に示す。

いくつかの態様では、抗体又はその抗原結合断片は、２０Ｆ２モノクローナル抗体であるか、又は２０Ｆ２モノクローナル抗体の重鎖及び／若しくは軽鎖配列、重鎖及び／若しくは軽鎖可変配列、若しくは１以上のＣＤＲ配列を含む。２０Ｆ２抗体の配列を表４に示す。

Ｂ．ｍＲＮＡ標的化薬剤
この明細書で提供する方法のある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する薬剤は、アンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤といったｍＲＮＡ標的化薬剤である。

この明細書で提供する方法のある態様では、ｍＲＮＡ標的化薬剤は、アンチセンス剤である。アンチセンス剤（通常、ＤＮＡ又はＲＮＡの小さな断片）は、タンパク質をコードする標的ｍＲＮＡに結合し、ハイブリッド二本鎖を形成することで、タンパク質の発現を調節する。細胞内では、アンチセンス剤／ｍＲＮＡのハイブリッドはリボヌクレアーゼＨ（ＲＮＡｓｅ Ｈ）によって切断される。ＲＮＡｓｅ Ｈによって二本鎖からＲＮＡ鎖が切断されることにより、ｍＲＮＡはタンパク質に翻訳されなくなる。

この明細書で提供する方法のある態様では、ｍＲＮＡ標的化薬剤はＲＮＡｉ剤である。ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、標的遺伝子と同一であるか又は非常に類似する配列のＲＮＡの発現又は導入により、その標的遺伝子から転写されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の配列特異的分解又は特異的な転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）が生じ、それによって標的遺伝子の発現を阻害する、進化的に保存されたプロセスである。ＲＮＡｉ剤は、通常、標的遺伝子（例．ＴＭＩＧＤ２）に特異的な核酸又は核酸類似体の配列からなる。いくつかの態様では、ＲＮＡｉ剤は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、ｔＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、調節低分子ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）又は低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子といった低分子核酸であるか、そのような低分子核酸を含む。ｓｉＲＮＡ剤とは、ＴＭＩＧＤ２遺伝子が存在する細胞内にｓｉＲＮＡが存在するか、そこでｓｉＲＮＡが発現する場合に、ＴＭＩＧＤ２遺伝子の発現を減少させ又は阻害する能力を有する二本鎖ＲＮＡを形成する核酸を指す。ｓｈＲＮＡは、ＲＮＡｉ及び／又はｓｉＲＮＡと同様に機能するｓｉＲＮＡの一種であるが、ｓｈＲＮＡは安定性を高めるために二本鎖ヘアピン構造を有しているという点で異なる。いくつかの態様では、ｓｈＲＮＡ剤は、ＴＭＩＧＤ２遺伝子が存在する細胞内にｓｈＲＮＡが存在するか、そこでｓｈＲＮＡが発現する場合に、ＴＭＩＧＤ２遺伝子の発現を減少させ又は阻害する。そのような態様の更に別のものでは、ｓｈＲＮＡは、アポトーシス及び細胞周期の停止に関与する遺伝子の発現を増加させる。ｍｉＲＮＡは内因性のＲＮＡで、その一部はタンパク質をコードする遺伝子の発現を転写後レベルで制御することが知られている。内因性のマイクロＲＮＡは、ｍＲＮＡの生産的利用を調節できる、ゲノム中に自然に存在する低分子ＲＮＡである。いくつかの態様では、ｍｉＲＮＡ剤は人工ｍｉＲＮＡ剤で、ｍＲＮＡの生産的利用を調節できる内因性のマイクロＲＮＡ以外のＲＮＡ配列を含む。ｄｓＲＮＡ剤は２本鎖で構成されるＲＮＡ分子である。ｄｓＲＮＡ剤には、それ自体で折り返して二本鎖構造を形成する単一のＲＮＡ分子からなるＲＮＡ分子が含まれる。例えば、一本鎖ｍｉＲＮＡが由来する前駆体分子のステムループ構造はプレｍｉＲＮＡと呼ばれ、ｄｓＲＮＡ分子を構成する。ｐｉＲＮＡ剤は、ＴＭＩＧＤ２遺伝子が存在する細胞内にｐｉＲＮＡが存在するか、そこでｐｉＲＮＡが発現する場合に、ｐｉｗｉサブファミリーのアルゴノートタンパク質との相互作用によってＲＮＡ－タンパク質複合体を形成し、ＴＭＩＧＤ２遺伝子の発現を減少させ又は阻害する能力を有する核酸分子を指す。ｓｎｏＲＮＡ剤は、ＴＭＩＧＤ２遺伝子が存在する細胞内にｓｎｏＲＮＡが存在するか、そこでｓｎｏＲＮＡが発現する場合に、他のＲＮＡの化学修飾をガイドし、ＴＭＩＧＤ２遺伝子の発現を減少させ又は阻害する能力を有する核酸分子を指す。

いくつかの態様では、この明細書で提供する方法で使用するｍＲＮＡ標的化薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡ配列の全部若しくは一部に相補的な核酸配列を含むか、又はそれからなる。例えば、ある態様では、ｍＲＮＡ標的化薬剤は、配列番号４で示される配列（ＴＭＩＧＤ２アイソフォーム１の代表的なＤＮＡ配列）、配列番号５で示される配列（ＴＭＩＧＤ２アイソフォーム２の代表的なＤＮＡ配列）若しくは配列番号６で示される配列（ＴＭＩＧＤ２アイソフォーム３の代表的なＤＮＡ配列）によってコードされるＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡの全部若しくは一部に相補的な核酸配列を含むか、又はそれからなる。これらの態様の特定のものでは、ｍＲＮＡ標的化薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡの特定の領域に相補的であってもよい。例えば、ある態様では、ｍＲＮＡ標的化薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメインに対応するＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡの一部分（例．配列番号４若しくは５で示す塩基配列のヌクレオチド１～４５０、又は配列番号６で示す塩基配列のヌクレオチド１～９０でコードされるｍＲＮＡを含む、配列番号１若しくは２で示すアミノ酸配列の残基１～１５０、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基１～３０に対応するｍＲＮＡ）、ＴＭＩＧＤ２の膜貫通ドメインに対応するＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡの一部分（例．配列番号４若しくは５で示す塩基配列のヌクレオチド４５１～５１３、又は配列番号６で示す塩基配列のヌクレオチド９１～１５３でコードされるｍＲＮＡを含む、配列番号１若しくは２で示すアミノ酸配列の残基１５１～１７１、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基３１～５１に対応するｍＲＮＡ）、又は、ＴＭＩＧＤ２の細胞内ドメインに対応するＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡの一部分（例．配列番号４で示す塩基配列のヌクレオチド５１４～８４９、配列番号５で示す塩基配列のヌクレオチド５１４～８３７又は配列番号６で示す塩基配列のヌクレオチド５１４～４８９でコードされるｍＲＮＡを含む、配列番号１で示すアミノ酸配列の残基１７２～２８２、配列番号２で示すアミノ酸配列の残基１７２～２７８又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基５２～１６２に対応するｍＲＮＡ）に相補的である。

核酸分子は、標的配列に特異的にハイブリダイズするために、標的核酸配列に対して１００％相補的である必要はないことが、当該技術分野では理解されている。したがって、ある態様では、この明細書で提供する方法で使用するｍＲＮＡ標的化薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡ標的配列の全部又は一部に対して、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９９％又は１００％相補的であればよい。

ある態様では、この明細書で提供する方法で使用するｍＲＮＡ標的化薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡ配列の全部又は一部に本質的に完全に相補的であってもよい。本発明のｍＲＮＡ標的化剤及びＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡは、相補性の程度が、ｍＲＮＡ標的化剤とＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡとの間の安定で特異的な結合を可能にする場合、相互に本質的に完全に相補的である。ある態様では、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡに対して１又は２の相補的ではない核酸塩基を有するｍＲＮＡ標的化薬剤は、本質的に完全に相補的であるとみなされる。

ある態様では、本発明のｍＲＮＡ標的化薬剤とＴＭＩＧＤ２の標的核酸は、相互に完全に相補的である。ｍＲＮＡ標的化剤及びＴＭＩＧＤ２の標的核酸は、ｍＲＮＡ標的化剤の各核酸塩基が、標的核酸の対応する位置で同じ数の核酸塩基に相補的である場合、相互に完全に相補的である。

いくつかの態様では、この方法で使用するｍＲＮＡ標的化薬剤は、連結した単量体サブユニットの骨格を有し、各連結した単量体サブユニットは、複素環塩基に直接的又は間接的に結合している。単量体サブユニット、糖又は糖代替物、及び複素環塩基を連結する結合は、独立して修飾されて、ヘミマー、ギャップマー、交互化、均一修飾及び位置修飾を含むアンチセンス剤の複数のモチーフを生じさせることができる。

１つの態様では、本発明のｍＲＮＡ標的化薬剤は、１０～３０ヌクレオシド長、例えば、１５～３０個の連結若しくは連続ヌクレオシド、１０～２５個の連結若しくは連続ヌクレオシド、２０～３０個の連結若しくは連続ヌクレオシド、又は１５～２０個の連結若しくは連続ヌクレオシドである。

ｍＲＮＡ標的化剤の送達は、ウイルスベクター送達（例．レンチウイルスベクター送達、ＡＡＶウイルスベクター送達、アデノウイルスベクター送達）、デンドリマー媒介送達（例．デンドリマーベースのナノ粒子送達）、ナノ粒子媒介送達又はそれらの組合せを含むがこれらには限定されない、当該技術分野で知られている適切な方法で達成できる。

Ｃ．低分子薬剤
この明細書で提供する方法のある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する薬剤は、低分子薬剤である。

低分子抗がん剤は、細胞外の細胞表面リガンド結合受容体、及び、細胞増殖と転移促進の下流シグナル伝達において重要な役割を果たす抗アポトーシスタンパク質を含む細胞内タンパク質を標的とするために使用され、成功を収めている。

いくつかの態様では、低分子薬剤は、ＴＭＩＧＤ２タンパク質（例．ＴＭＩＧＤ２アイソフォーム１、２及び／又は３）に結合して活性を阻害することで、ＴＭＩＧＤ２の活性を妨害する。これらの態様の特定のものでは、低分子は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメイン（例．配列番号１若しくは２で示すアミノ酸配列の残基１～１５０、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基１～３０）に結合する。いくつかの態様では、低分子薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の二量体化及び／又は凝集を減少させる。いくつかの態様では、低分子薬剤は、ＴＭＩＧＤ２とＨＨＬＡの結合を部分的に又は完全に阻止する。

いくつかの態様では、低分子薬剤は、ＴＭＩＧＤ２発現に関与するタンパク質（例．ＴＭＩＧＤ２の上流エフェクター、又はＴＭＩＧＤ２発現に関与するタンパク質若しくは転写因子）に結合して阻害することで、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を妨害する。他の態様では、低分子薬剤は、ＴＭＩＧＤ２核酸（例．ＴＭＩＧＤ２のＤＮＡ又はｍＲＮＡ配列）に結合することでＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を妨害する。

Ｄ．遺伝子編集薬剤
この明細書で提供する方法のある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する薬剤は、遺伝子編集薬剤である。

遺伝子編集薬剤は、１以上のＤＮＡ又はＲＮＡ配列を含む薬剤を含む。ある態様では、遺伝子編集薬剤は複数の成分を含む。例えば、遺伝子編集薬剤は、さまざまな成分をコードする複数のベクター（例．１以上のｇＲＮＡ配列と１以上のヌクレアーゼ又はヌクレアーゼをコードする核酸配列）を含んでいてもよい。

ある態様では、遺伝子編集薬剤は、ＴＭＩＧＤ２遺伝子配列又はＴＭＩＧＤ２遺伝子に関連する調節エレメント（例．プロモーター又はエンハンサーエレメント）の配列を改変して、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する。例えば、遺伝子編集薬剤は、ＴＭＩＧＤ２遺伝子又はその調節エレメントに、欠失、挿入又は変異を導入することで、ＴＭＩＧＤ２の発現をノックアウト又はノックダウンできる。遺伝子操作によって、遺伝子が完全に除去されるか、遺伝子が完全に不活性化又は抑制された場合、遺伝子はノックアウトされたとみなされる。遺伝子が部分的に不活性化又は抑制された場合、遺伝子はノックダウンされたとみなされる。

いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤は、例えば、ＴＭＩＧＤ２遺伝子の開始コドン又はその重要な調節エレメントを破壊することで、ＴＭＩＧＤ２の発現を完全に阻止する遺伝子異常を導入できる。他の態様では、遺伝子異常は、例えば、遺伝子にナンセンス変異を導入すること、遺伝子の１以上のエクソン配列を破壊すること、及び／又はＴＭＩＧＤ２の機能ドメイン若しくはエレメントをコードする１以上ヌクレオチドを改変することで、ＴＭＩＧＤ２の発現を減少させるか、又はＴＭＩＧＤ２の切断型、不活性型若しくは部分不活性型を発現させる可能性がある。いくつかの態様では、薬剤はＴＭＩＧＤ２遺伝子に不活性化変異を導入する。いくつかの態様では、薬剤はＴＭＩＧＤ２遺伝子の転写を抑制する。いくつかの態様では、遺伝子異常は、ＴＭＩＧＤ２の発現又は活性を、前記異常がない場合の発現又は活性と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％又は１００％減少させる。いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン又は細胞内ドメインをコードする領域に位置する１以上のヌクレオチドを欠失又は改変する。

いくつかの態様では、薬剤はプログラム可能なヌクレアーゼを含む。いくつかの態様では、薬剤は天然のホーミングメガヌクレアーゼを含む。いくつかの態様では、薬剤は、ＴＡＬＥＮベースの薬剤、ＺＦＮベースの薬剤若しくはＣＲＩＳＰＲベースの薬剤、又はそれらの生物学的に活性な断片、融合物、誘導体若しくは組合せであるいくつかの態様では、薬剤は、デアミナーゼ又はデアミナーゼをコードする核酸である。いくつかの態様では、細胞は、ＴＡＬＥＮベースの薬剤、ＺＦＮベースの薬剤及び／又はＣＲＩＳＰＲベースの薬剤を、安定して及び／又は一過性に発現するように操作される。

Ｉ．ＴＡＬＥＮベースの薬剤
いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤はＴＡＬＥＮベースの薬剤である。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、１以上のＴＡＬＥＮポリペプチド／タンパク質又はその生物学的に活性な断片若しくは誘導体、あるいは、１以上のＴＡＬＥＮポリペプチド又はその断片若しくは誘導体をコードする１以上の核酸である。転写活性化因子様（ＴＡＬ）エフェクター配列は、ＲＶＤ（repeat variable-diresidues）の配列を組み合わせることで、標的のＤＮＡに特異的に結合するように組み立てることができる。ＴＡＬエフェクターとヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）の融合タンパク質は、細胞ＤＮＡの標的を絞った二本鎖切断が可能で、これにより細胞に特定の遺伝子修飾を行うことができる。いくつかの態様では、薬剤は、１以上のＴＭＩＧＤ２のＤＮＡ配列を標的とするＴＡＬＥＮポリペプチド／タンパク質又はその断片若しくは誘導体である。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮのＲＶＤ部分は、１以上のＴＭＩＧＤ２のＤＮＡ配列を標的とするように操作されている。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、１以上のＴＡＬＥＮタンパク質をコードする核酸である。いくつかの態様では、核酸はプラスミド中に存在する。いくつかの態様では、核酸はｍＲＮＡである。

いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮタンパクは細胞内で発現し、１以上のＴＭＩＧＤ２遺伝子に部位特異的な二本鎖ＤＮＡ切断を誘導する。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮタンパクは、ＴＭＩＧＤ２遺伝子を部分的又は完全に置換し、これによってＴＭＩＧＤ２遺伝子をサイレンシング又は不活性化するドナー配列を導入する。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮは左ＴＡＬＥＮであり、これと協働してＴＭＩＧＤ２遺伝子の二本鎖切断を行う右ＴＡＬＥＮを更に含む。別の態様では、ＴＡＬＥＮ及び／又は核酸ドナー配列をコードする核酸は、ベクター又はプラスミドの一部である。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮは、スペーサー（例．スペーサー配列の長さは１２～３０ヌクレオチド）を含む。

ＴＡＬＥＮを操作して特定の核酸に結合させる方法は、Cermak, et al, Nucl. Acids Res. 1-1 1 (2011)に記載されている。米国特許出願公開第2011/0145940号は、ＴＡＬエフェクター及びそれを使用してＤＮＡを修飾する方法を開示する。Miller et al. Nature Biotechnol 29: 143 (2011)は、ＴＡＬ切断変異体とＦｏｋ Ｉヌクレアーゼの触媒ドメインを連結させることによる、部位特異的ヌクレアーゼ構造のためのＴＡＬＥＮの生成について説明する。ＴＡＬＥＮ結合ドメインの一般的な設計原理は、国際公開第2011/072246号に記載されている。これらの文書は、その全体がこの明細書に組み込まれる。

いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２のヌクレオチド配列を標的とする。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の複数の株で保存されているヌクレオチド配列を標的とする。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ、ｅｎｖ及び／又はｇａｇ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ＴＡＬＥＮベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ遺伝子の触媒コアをコードする配列を標的とする。

ＩＩ．ＺＦＮベースの薬剤
いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）ベースの薬剤である。いくつかの態様では、ＺＦＮベースの薬剤は、１以上のＺＦＮポリペプチド又はその生物学的に活性な断片若しくは誘導体、あるいは、１以上のＺＦＮポリペプチド又はその断片若しくは誘導体をコードする１以上の核酸である。ＺＦＮは、ジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインとヌクレアーゼを融合させることで得られる人工の制限酵素である。ジンクフィンガードメインを操作して特定の所望のＤＮＡ配列を標的とでき、これにより、ジンクフィンガーヌクレアーゼが複雑なゲノム内の独特な配列を標的とすることが可能となる。個々のＺＦＮのＤＮＡ結合ドメインは、通常、３～６のジンクフィンガーリピートを含み、それぞれが９～１８塩基対（ｂｐ）を認識できる。ジンクフィンガードメインが３塩基対のＤＮＡ配列を完全に認識して３フィンガーアレイを生成する場合、そのアレイは９塩基対の標的部位を認識できる。いくつかの態様では、１フィンガーモジュール又は２フィンガーモジュールを利用して、６以上の個々のジンクフィンガーを有するジンクフィンガーアレイを生成する。個々のジンクフィンガーの特異性は重複し、周囲のジンクフィンガーとＤＮＡの状況に依存する可能性があるため、ＺＦＮは特定のＴＭＩＧＤ２を標的とするのに有用ではない可能性がある。

所望の配列を標的とできるジンクフィンガーアレイを生成する、多くの選択方法が開発されている。いくつかの態様では、最初の選択では、ファージディスプレイを利用して、部分的にランダム化されたジンクフィンガーアレイの大きなプールから、特定のＤＮＡ標的に結合するタンパク質を選択する。いくつかの態様では、酵母の１ハイブリッド系、細菌の１ハイブリッド系及び２ハイブリッド系（例．「ＯＰＥＮ」系）、並びに哺乳動物細胞を用いて、特定のＤＮＡに結合するタンパク質を選択してもよい。特に、ＯＰＥＮ系は、それぞれが所定のトリプレットに結合するように選択された個々のジンクフィンガーの予め選択されたプールを組み合わせ、次いで、２回目の選択を利用して、所望の９ｂｐの配列に結合できる３－フィンガーアレイを得る。

いくつかの態様では、ＴＭＩＧＤ２の遺伝子配列を編集する方法は、ゲノム中のＴＭＩＧＤ２の配列を認識し、ＴＭＩＧＤ２の遺伝子配列を切断できるジンクフィンガーヌクレアーゼをコードする少なくとも１つの核酸を導入することを含む。いくつかの態様では、方法は、切断部位のいずれかの側と実質的な配列同一性を共有する上流配列及び下流配列が隣接する組込み用の配列を含む少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを導入することを更に含む。いくつかの態様では、ゲノムＴＭＩＧＤ２配列の切断部位の一部と実質的に同一で、かつ、少なくとも１つのヌクレオチド変化を更に含む配列を含む、少なくとも１つの交換ポリヌクレオチドを導入することを更に含む方法。いくつかの態様では、培養細胞を培養してジンクフィンガーヌクレアーゼを発現させ、ゲノムのＴＭＩＧＤ２配列に二本鎖切断を導入する。いくつかの態様では、二本鎖切断は非相同末端結合修復プロセスによって修復され、サイレンシング又は不活性化変異が染色体配列に導入される。いくつかの態様では、二本鎖切断は、ホモロジー特異的修復プロセスによって修復され、ドナーポリヌクレオチド中の配列がゲノムＴＭＩＧＤ２配列に組み込まれるか、又は交換ポリヌクレオチド中の配列が染色体配列の部分と交換される。

いくつかの態様では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、ＴＭＩＧＤ２のヌクレオチド配列を標的とする。いくつかの態様では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、ＴＭＩＧＤ２の複数の株で保存されているヌクレオチド配列を標的とする。いくつかの態様では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ、ｅｎｖ及び／又はｇａｇ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ジンクフィンガーヌクレアーゼは、ＴＭＩＧＤ２ ｐｏｌ遺伝子の触媒コアをコードする配列を標的とする。

ＩＩＩ．ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤
いくつかの態様では、遺伝子編集薬剤はＣＲＩＳＰＲベースの薬剤である。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ヌクレアーゼ遺伝子（例．Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ又はＣａｓ１３ａをコードする遺伝子）をコードする配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例．ｔｒａｃｒＲＮＡ又は活性部分ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒ－ｍａｔｅ配列（内因性ＣＲＩＳＰＲ系における「ダイレクトリピート」及びｔｒａｃｒＲＮＡ処理部分ダイレクトリピートを含む）、ガイド配列（内在性ＣＲＩＳＰＲ系では「スペーサー」とも呼ばれる）、並びに／又はＣＲＩＳＰＲ遺伝子座由来の他の配列及び転写物を含むがこれらに限定されない、ＣＲＩＳＰＲ関連遺伝子の発現に関与するか、ＣＲＩＳＰＲ関連遺伝子の活性を制御する１以上のポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、少なくとも１のＣＲＩＳＰＲタンパク質及び１以上のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、１以上のｇＲＮＡは、ＰＥＲＶポリヌクレオチド配列と同族で、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）に結合できる配列を含む。いくつかの態様では、ＰＡＭは、配列ＮＧＧ又はＮＮＧＲＲＴを含む。

いくつかの態様では、薬剤は、１以上のＴＭＩＧＤ２のＤＮＡ配列を標的とするＣＲＩＳＰＲベースのポリペプチド又はその断片若しくは誘導体である。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２のＤＮＡ又はＲＮＡ配列の部位において、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進するエレメントによって特徴付けられる。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、１以上のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ若しくはその生物学的に活性な断片若しくは誘導体、又は、１以上のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓポリペプチド若しくはその断片若しくは誘導体をコードする１以上の核酸である。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ Ｉ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＩＩ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＩＩＩ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＩＶ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ Ｖ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＶＩ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＩＩＡ型、ＩＩＢ型又はＩＩＣ型に由来する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、ＣＲＩＳＰＲ ＩＩＣ型に由来する。いくつかの態様では、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓエンドヌクレアーゼはＣａｓ９又はその誘導体である。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、Ｃｐｆ１（Ｃａｓ１２ａ）などのＶ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体である。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体は、Ｃａｓ１３などのＶＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓエンドヌクレアーゼ又はその誘導体である。いくつかの態様では、部位特異的修飾ポリペプチドは、ＩＩＩ-Ｂ型Ｃｍｒ複合体、例えば、ピロコッカス・フリオサス（Pyrococcus furiosus）、スルホロブス・ソルファタリカス（Sulfolobus solfataricus,）又はサームス・サーモフィラス（Thermus thermophilus）に由来するＩＩＩ-Ｂ型Ｃｍｒ複合体である。例えば、Hale, C. R. et al. Genes & Development, 2014, 28:2432-2443及びMakarova K.S. et al. Nature Reviews Microbiology, 2015, 13, 1-15を参照。

特定の態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＩＩ型Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼを利用する。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＩＩ型Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼと別のポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様では、別のポリヌクレオチドは、ｔｒａｃｒＲＮＡ、ｃｒＲＮＡ（「ｔｒａｃｒメイトＲＮＡ」とも呼ばれる）及び／又は合成シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）である。例えば、Jinek, M., et al. (2012) Science, 337, 816-821を参照。

いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、二本鎖ＤＮＡを切断する能力を欠くＣａｓタンパク質である。いくつかの態様では、Ｃａｓタンパク質は、ＤＮＡの一本鎖のみを切断できる、すなわち、Ｃａｓタンパク質は、「ニッカーゼ」である。いくつかの態様では、Ｃａｓタンパク質はＤＮＡのいずれの鎖も切断できない。いくつかの態様では、Ｃａｓタンパク質は、ニッカーゼであるように、又はＤＮＡのいずれの鎖も切断する能力を欠くように変異したＣａｓ９タンパク質である。いくつかの態様では、Ｃａｓ９タンパク質は、Ｄ１０Ａ及び／又はＨ８４０Ａ変異を有する。いくつかの態様では、薬剤は、Ｄ１０Ａ及び／又はＨ８４０Ａ変異を有するＣａｓ９タンパク質をコードするポリヌクレオチドである。例えば、Cong L., et al. (2013) Science, 339, 819-823；Jinek, M., et al. (2012) Science, 337, 816-821；Gasiunas, G., et al. (2012) Proc. Natl. Acad. Sci. U S A, 109, E2579-2586及びMali, P., et al. (2013) Science, 339, 823-826を参照、これらの文献は、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる。

いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤はｇＲＮＡを含む。いくつかの態様では、ｇＲＮＡは、ＴＭＩＧＤ２のヌクレオチド配列を標的とする。いくつかの態様では、ｇＲＮＡは、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ、ｅｎｖ及び／又はｇａｇ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ｇＲＮＡは、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ遺伝子を標的とする。いくつかの態様では、ｇＲＮＡは、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ遺伝子の触媒コアをコードする配列を標的とする。いくつかの態様では、ｇＲＮＡは、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ遺伝子の触媒コアではない領域を標的とする。いくつかの態様では、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ遺伝子の触媒コアではない領域は、ＴＭＩＧＤ２ｐｏｌ遺伝子の触媒コア領域の上流にある。

いくつかの態様では、薬剤は、少なくとも２のガイドＲＮＡ、少なくとも３のガイドＲＮＡ、少なくとも４のガイドＲＮＡ、少なくとも５のガイドＲＮＡ、少なくとも６のガイドＲＮＡ、少なくとも７のガイドＲＮＡ、少なくとも８のガイドＲＮＡ、少なくとも９のガイドＲＮＡ、少なくとも１０のガイドＲＮＡ、少なくとも１１のガイドＲＮＡ、少なくとも１２のガイドＲＮＡ、少なくとも１３のガイドＲＮＡ、少なくとも１４のガイドＲＮＡ、少なくとも１５のガイドＲＮＡ、少なくとも６０のガイドＲＮＡ、少なくとも１７のガイドＲＮＡ、少なくとも１８のガイドＲＮＡ、少なくとも１９のガイドＲＮＡ、少なくとも約２０のガイドＲＮＡ、少なくとも約３０のガイドＲＮＡ、少なくとも約４０のガイドＲＮＡ、少なくとも約５０のガイドＲＮＡ、少なくとも約６０のガイドＲＮＡ、少なくとも約７０のガイドＲＮＡ、少なくとも約８０のガイドＲＮＡ、少なくとも約９０のガイドＲＮＡ、少なくとも約１００のガイドＲＮＡ、又はそれ以上を含む。

いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、この明細書で開示するＣＲＩＳＰＲベースのポリペプチド／タンパク質とＣＲＩＳＰＲベースのポリヌクレオチドの組合せである。例えば、いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＣａｓエンドヌクレアーゼとガイドＲＮＡを含む。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、Ｃａｓエンドヌクレアーゼ、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含む。いくつかの態様では、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列は、それらが同じ分子内にあるように操作される。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、これまでに説明したいずれかのものをコードする１以上のポリヌクレオチドである。

いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ＲＮＡなどのキメラＲＮＡである。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のＲＮＡ配列又はＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ複合体の構成要素を発現する核酸分子にハイブリダイズして、系又は複合体の機能的な発現を減少できるか排除できる少なくとも１つの第２のガイド配列を有し、前記系又は複合体は自己不活性化する可能性があり、前記第２のガイド配列は、ＣＲＩＳＰＲ酵素の発現のための核酸分子にハイブリダイズできる可能性がある。

いくつかの態様では、本開示は、この明細書で開示するＣＲＩＳＰＲベースの薬剤を使用する方法を提供する。いくつかの態様では、本開示は、この明細書で開示するＣＲＩＳＰＲベースの薬剤を利用して、ＴＭＩＧＤ２ポリヌクレオチド配列を改変する有効な手段を提供する。この発明のＣＲＩＳＰＲ複合体には、さまざまな組織及び器官に由来するさまざまな細胞でＴＭＩＧＤ２ポリヌクレオチド配列を改変（例．削除、不活性化）することを含む、多種多様な有用性がある。したがって、この発明のＣＲＩＳＰＲ複合体は、例えば、遺伝子又はゲノム編集において広範囲の用途がある。

いくつかの態様では、本開示は、それぞれが少なくとも１のＣＲＩＳＰＲタンパク質と１以上のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）をコードする多量の１以上のベクターを提供して、１以上のベクターを哺乳動物に投与することを含む、in vivoでのゲノム編集法を提供し、１以上のベクターのin vivo発現は、ｇＲＮＡと同族のＴＭＩＧＤ２遺伝子座へのＣＲＩＳＰＲタンパク質の結合と哺乳動物中の細胞集団における二本鎖切断（ＤＳＢ）のin vivo生成を含み、ＤＳＢのin vivo相同組換え（ＨＲ）は、哺乳動物中の細胞集団のゲノム編集をもたらす。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲタンパク質はＣａｓ９であり、１以上のｇＲＮＡはプロトスペーサー隣接モチーフ（「ＰＡＭ」）に結合できる配列を含む。いくつかの態様では、ＨＲは、ＰＥＲＶ遺伝子座で発現されるタンパク質のミスセンス又はナンセンスを導入する非相同末端結合（ＮＨＥＪ）を含む。

いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の発現を調節する部分を更に含む。いくつかの態様では、ＣＲＩＳＰＲベースの薬剤は、転写リプレッサードメインを含む融合タンパク質である。

Ｅ．併用療法
いくつかの態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、少なくとも第２の薬剤又は別の薬剤と共に投与する。これらの態様の特定のものでは、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与する。免疫チェックポイントタンパク質は、当該技術分野において広く知られており、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、ＰＤ－Ｌ１、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＰＤ－Ｌ２、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＩＲ受容体ファミリー、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰα（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＨＨＬＡ２、ＫＩＲ３ＤＬ３及びＡ２ａＲが含まれるが、これらには限定されない。（例えば、国際公開第2012/177624号を参照、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる。）１以上の免疫チェックポイント阻害剤の阻害は、抑制性シグナル伝達を遮断するか、中和でき、それによって、がんをより効果的に治療するために免疫応答を上方制御する。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、例えば、化学療法薬、ホルモン、抗血管新生剤、放射性標識化合物、又は外科手術、凍結療法及び／若しくは放射線療法との併用療法で投与する。前述の治療法は、他の形態の既存の治療法（例．当業者に広く知られたがんの標準治療）と組み合わせて、既存の治療の前又は後に連続して投与できる。例えば、この明細書に記載の薬剤は、治療有効量の化学療法薬と共に投与できる。このような化学療法薬には、白金化合物、細胞傷害性抗生物質、代謝拮抗剤、抗有糸分裂剤、アルキル化剤、ヒ素化合物、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤、タキサン類、ヌクレオシド類似体、植物アルカロイド、並びに毒素及びそれらの合成誘導体が含まれる可能性があるが、これらには限定されない。代表的な化合物には、アルキル化剤：シスプラチン、トレオスルファン及びトロホスファミド、植物アルカロイド：ビンブラスチン、パクリタキセル、ドセタキソール、ＤＮＡトポイソメラーゼ阻害剤：テニポシド、クリスナトール及びマイトマイシン、抗葉酸剤：メトトレキサート、ミコフェノール酸及びヒドロキシ尿素、ピリミジン類似体：5-フルオロウラシル、ドキシフルリジン及びシトシンアラビノシド、プリン類似体：メルカプトプリン及びチオグアニン、ＤＮＡ代謝拮抗剤：2'-デオキシ-5-フルオロウリジン、グリシン酸アフィジコリン及びピラゾロイミダゾール、抗有糸分裂剤：ハリコンドリン、コルヒチン及びリゾキシンが含まれるが、これらには限定されない。１以上の化学療法薬を含む組成物（例．ＦＬＡＧ又はＣＨＯＰ）を使用してもよい。ＦＬＡＧは、フルダラビン、シトシンアラビノシド（Ａｒａ－Ｃ）及びＧ－ＣＳＦを有する。ＣＨＯＰは、シクロホスファミド、ビンクリスチン、ドキソルビシン及びプレドニゾンを有する。前述の化学療法薬の例は例示であって、限定することを意図するものではない。

別の態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、放射線療法と組み合わせて投与する。放射線療法で使用する放射線は、電離放射線であってもよい。放射線療法は、ガンマ線、Ｘ線又は陽子線であってもよい。放射線療法の例には、外部ビーム放射線療法、放射性同位体の組織内移植、ストロンチウム８９などの放射性同位体（Ｉ１２５、パラジウム、イリジウム）、胸部放射線療法、腹腔内Ｐ３２放射線療法、並びに／又は、腹部及び骨盤全体の放射線療法が含まれるが、これらには限定されない。放射線療法の概要については、Hellman, Chapter 16: Principles of Cancer Management: Radiation Therapy, 6th edition, 2001, DeVita et al., eds., J. B. Lippencott Company, Philadelphiaを参照。放射線療法は、放射線が遠隔線源から照射される外部ビーム照射又は遠隔療法として実施できる。放射線治療は、放射線源が、がん細胞又は腫瘍塊の近くの体内に配置される内部療法又は小線源療法としても行うことができる。ヘマトポルフィリン及びその誘導体、Vertoporfm（ＢＰＤ－ＭＡ）、フタロシアニン、光増感剤Ｐｃ４、デメトキシヒポクレリンＡといった光増感剤、及び２Ｂ Ａ－２－ＤＭＨＡの投与を含む光線力学療法の使用も含まれる。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、温熱療法、光線力学療法及び／又は外科手術と組み合わせて投与する。そのような態様では、温熱療法による治療は、局所温熱療法（例．外部、腔内又は間質温熱療法）、局所温熱療法（例．深部組織温熱療法）、局所灌流（例．持続温熱腹膜灌流）又は全身温熱療法であるか、それを含む。いくつかの態様では、光線力学的療法は、ヘマトポルフィリン及びその誘導体、ベルテポルフィン（ＢＰＤ－ＭＡ）、フタロシアニン、光増感剤Ｐｃ４、デメトキシヒポクレリンＡ、２ＢＡ－２－ＤＭＨＡ又はそれらの組合せのような光増感剤の投与であるか、それを含む。いくつかの態様では、外科手術は、がんの組織又は前がん性の組織を除去する外科手術であるか、それを含む。いくつかの態様では、移植は、幹細胞移植又は臓器移植片であるか、それを含む。

別の態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、ホルモン療法と組み合わせて投与する。ホルモン療法には、例えば、ホルモンアゴニスト、ホルモンアンタゴニスト（例．フルタミド、ビカルタミド、タモキシフェン、ラロキシフェン、酢酸ロイプロリド（リュープロン）、ＬＨ－ＲＨアンタゴニスト）、ホルモンの生合成と処理の阻害剤、及びステロイド（例．デキサメタゾン、レチノイド、デルトイド（deltoids）、ベタメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、プレドニゾン、デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、鉱質コルチコイド、エストロゲン、テストステロン、プロゲスチン）、ビタミンＡ誘導体（例．オールトランスレチノイン酸（ＡＴＲＡ））；ビタミンＤ３類似体；抗ゲスターゲン（例．ミフェプリストン、オナプリストン）又は抗アンドロゲン（例．酢酸シプロテロン）を含むことができる。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、ＩＬ－２、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１７、ＩＬ－２３などの免疫調節インターロイキン及びその調節剤（例．遮断抗体、又はより強力若しくはより長く持続する形態）と組み合わせて投与する。別の態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、インターフェロン、Ｇ－ＣＳＦ、イミキモド、ＴＮＦαなどの免疫調節サイトカイン及びその調節剤（例．遮断抗体、又はより強力若しくはより長く持続する形態）と組み合わせて投与する。別の態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、ＣＣＬ３、ＣＣＬ２６及びＣＸＣＬ７といった免疫調節ケモカイン並びにその調節剤（例．遮断抗体、又はより強力若しくはより長く持続する形態）と組み合わせて投与する。別の態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、ＳＴＡＴ３シグナル伝達調節剤、ＮＦκＢシグナル伝達調節剤といった免疫抑制を標的とする免疫調節分子と組み合わせて投与する。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、免疫細胞分裂抑制薬、グルココルチコイド、細胞分裂抑制剤、イムノフィリン類及びその調節剤（例．ラパマイシン、カルシニューリン阻害剤、タクロリムス、シクロスポリン、ピメクロリムス、アベチムス、グスペリムス、リダホロリムス、エベロリムス、テムシロリムス、ゾタロリムスなど）、ヒドロコルチゾン（コルチゾール）、酢酸コルチゾン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニソロン、デキサメタゾン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン、酢酸フルドロコルチゾン、酢酸デオキシコルチコステロン（ｄｏｃａ）、アルドステロン、非グルココルチコイドステロイド、ピリミジン合成阻害剤、レフルノミド、テリフルノミド、葉酸類似体、メトトレキサート、抗胸腺細胞グロブリン、抗リンパ球グロブリン、サリドマイド、レナリドマイド、ペントキシフィリン、ブプロピオン、クルクミン、カテキン、オピオイド、ＩＭＰＤＨ阻害剤、ミコフェノール酸、ミリオシン、フィンゴリモド、ＮＦ－ｘＢ阻害剤、ラロキシフェン、ドロトレコギンα、デノスマブ、ＮＦ－ｘＢシグナル伝達カスケード阻害剤、ジスルフィラム、オルメサルタン、ジチオカルバメート、プロテアソーム阻害剤、ボルテゾミブ、MG132、Ｐｒｏ１、NPI-0052、クルクミン、ゲニステイン、レスベラトロール、パルテノライド、サリドマイド、レナリドマイド、フラボピリドール、非ステロイド抗炎症薬（ＮＳＡＩＤｓ）、三酸化ヒ素、デヒドロキシメチルエポキシキノマイシン（DHMEQ）、Ｉ３Ｃ（インドール-3-カルビノール）／ＤＩＭ（ジインドールメタン）（１３Ｃ／ＤＩＭ）、Bay 11-7082、ルテオリン、膜透過性ペプチドSN-50、ＩＫＢａ－スーパーリプレッサーの過剰発現、ＮＦκＢデコイオリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）又はそれらの誘導体若しくは類似体などの免疫調節薬と組み合わせて投与する。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、ＣＤ４０、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＣＤ２７又は４－１ＢＢに結合する抗体、Ｔ細胞二重特異性抗体、抗ＩＬ－２受容体抗体、抗ＣＤ３抗体、ＯＫＴ３（ムロモナブ）、オテリキシズマブ、テプリズマブ、ビシリズマブ、抗ＣＤ４抗体、クレノリキシマブ、ケリキシマブ、ザノリムマブ、エファリズマブ、抗ＣＤ１８抗体、エルリズマブ、ロベリズマブ、抗ＣＤ２０抗体、アフツズマブ、オクレリズマブ、オファツムマブ、パスコリズマブ、リツキシマブ、抗ＣＤ２３抗体、ルミリキシマブ、抗ＣＤ４０抗体、テネリキシマブ、トラリズマブ、抗ＣＤ４０Ｌ抗体、ルプリズマブ、抗ＣＤ６２Ｌ抗体、アセリズマブ、抗ＣＤ８０抗体、ガリキシマブ、抗ＣＤ１４７抗体、ガビリモマブ、Ｂリンパ球刺激因子（ＢＬｙＳ）阻害抗体、ベリムマブ、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ融合タンパク質、アバタセプト、ベラタセプト、抗ＣＴＬＡ４抗体、イピリムマブ、トレメリムマブ、抗エオタキシン１抗体、ベルチリムマブ、抗α４インテグリン抗体、ナタリズマブ、抗ＩＬ－６Ｒ抗体、トシリズマブ、抗ＬＦＡ－１抗体、オデュリモマブ、抗ＣＤ２５抗体、バシリキシマブ、ダクリズマブ、イノリモマブ、抗ＣＤ５抗体、ゾリモマブ、抗ＣＤ２抗体、シプリズマブ、ネレリモマブ、ファラリモマブ、アトリズマブ、アトロリムマブ、セデリズマブ、ドルリモマブ アリトックス、ドルリキシズマブ、フォントリズマブ、ガンテネルマブ、ゴミリキシマブ、レブリリズマブ、マスリモマブ、モロリムマブ、ペキセリズマブ、レスリズマブ、ロベリズマブ、タリズマブ、テリモマブ アリトックス、バパリキシマブ、ベパリモマブ、アフリベルセプト、アレファセプト、リロナセプト、ＩＬ－１受容体アンタゴニスト、アナキンラ、抗ＩＬ－５抗体、メポリズマブ、ＩｇＥ阻害薬、オマリズマブ、タリズマブ、ＩＬ１２阻害薬、ＩＬ２３阻害薬、ウステキヌマブ等の免疫調節抗体又はタンパク質と組み合わせて投与する。

ある態様では、ＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤は、放射線照射された自己若しくは同種異系腫瘍細胞、腫瘍溶解物若しくはアポトーシス腫瘍細胞、抗原提示細胞ベースの免疫療法、樹状細胞ベースの免疫療法、養子Ｔ細胞移植、養子ＣＡＲ Ｔ細胞療法、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、自己免疫増強療法（ＡＩＥＴ）、がんワクチン、抗原提示細胞、及び／又はその組合せを含むが、これらには限定されない養子細胞ベースの免疫療法と組み合わせて投与する。そのような細胞ベースの免疫療法は、ＧＭ－ＣＳＦのようなサイトカインを発現させるなど、免疫応答を更に調節するために、及び／又は、Mage-1、gp-100、患者特異的ネオ抗原ワクチンなどの腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）を発現させるために、１以上の遺伝子産物を発現するように更に改変できる。

製造方法
この開示は、とりわけ、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片の製造方法を提供する。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、酵母ディスプレイ、ファージディスプレイ又はリボソームディスプレイなどのディスプレイ技術で特定される。いくつかの態様では、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、ハイブリドーマライブラリー（例．マウスハイブリドーマライブラリーのような哺乳動物ハイブリドーマライブラリー）で特定され、続いて、上清がスクリーニングされる。

抗体又はその抗原結合断片を作製するためのコンビナトリアル法は、（例えば、Ladner et al.の米国特許第5,223,409号；Kang et al.の国際公開第92/18619号；Dower et alの国際公開第91/17271号；Winter et alの国際公開第92/20791号；Markland et alの国際公開第92/15679号；Breitling et al.の国際公開第93/01288号；McCafferty et al.の国際公開第92/01047号；Garrard et al.の国際公開第92/09690号；Ladner et al.の国際公開第90/02809号；Fuchs et al. (1991) Bio/Technology 9:1370-1372；Hay et al. (1992) Hum Antibody Hybridomas 3:81-85；Huse et al. (1989) Science 246:1275-1281；Griffths et al. (1993) EMBO J 12:725-734；Hawkins et al. (1992) J Mol Biol 226:889-896；Clackson et al. (1991) Nature 352:624-628；Gram et al. (1992) PNAS 89:3576-3580；Garrad et al. (1991) Bio/Technology 9:1373-1377；Hoogenboom et al. (1991) Nuc Acid Res 19:4133-4137及びBarbas et al. (1991) PNAS 88:7978-7982（これらは、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる）で説明されているように）当該技術分野において知られている。

明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、他の種に由来してもよい。ヒト化抗体は、抗原との結合に必要ではないヒト免疫グロブリン軽鎖又は重鎖のいくつか又は全てのアミノ酸（例．可変ドメインの定常領域及び／又はフレームワーク領域）が、同族の非ヒト抗体の軽鎖又は重鎖の対応するアミノ酸を置換するために使用される、組換えＤＮＡ技術によって産生される抗体である。例として、ある抗原に対するマウス抗体のヒト化バージョンは、重鎖及び軽鎖に、(1) ヒト抗体の定常領域；(2) ヒト抗体の可変ドメインのＦＲ；及び (3) マウス抗体のＣＤＲ、を有する。ヒトＦＲは、マウスＦＲ配列に対する最も高い配列相同性に基づいて選択してもよい。必要に応じて、ヒトＦＲの１以上の残基は、ヒト化抗体の標的との結合親和性を維持するように、マウス抗体中の対応する位置の残基に変更できる。この変化は、「復帰突然変異」と呼ばれることもある。同様に、所望の理由、例えば安定性又は標的との親和性、のために、順方向変異によってマウスの配列に戻してもよい。ヒト化抗体は、ヒト以外の成分がかなり少ないので、一般的に、キメラヒト抗体と比較して、ヒトで免疫応答を誘発する可能性は低い。

非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で広く知られている。この開示に従ってヒト化抗体を製造する適切な方法は、例えば、Winterの欧州特許出願公開第0 239 400号；Jones et al., Nature 321:522-525 (1986)；Riechmann et al., Nature 332:323-327 (1988)；Verhoeyen et al., Science 239: 1534-1536 (1988)；Queen et al., Proc. Nat. Acad. ScL USA 86:10029 (1989)；米国特許第6,180,370号及びOrlandi et al., Proc. Natl. Acad. Sd. USA 86:3833 (1989)（これらの開示は、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる）に記載されている。一般に、ヒト抗体への非ヒト（例．マウス）ＣＤＲの移植は、以下のように行われる。ＶＨ及びＶＬをコードするｃＤＮＡをハイブリドーマから単離し、ＣＤＲを含むＶＨ及びＶＬをコードする核酸の配列を決定する。ＣＤＲをコードする核酸の配列を、ヒト抗体ＶＨ又はＶＬコード配列の対応する領域に挿入し、所望のアイソタイプ（例．ＣＨではγ１、ＣＬではκ）のヒト定常領域遺伝子セグメントと結合する。ヒト化重鎖及び軽鎖遺伝子は、哺乳動物宿主細胞（例．ＣＨＯ又はＮＳＯ細胞）で共発現し、可溶性のヒト化抗体を産生する。抗体の大規模産生を容易にするために、例えば、産生株のＤＨＦＲ遺伝子又はＧＳ遺伝子を使用して、高発現遺伝子を選択することが多くの場合に望まれる。

明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、ヒト抗体又はその抗原結合断片であるか、ヒト抗体又はその抗原結合断片を含むことができる。完全ヒト抗体は、ヒト対象の治療に特に望ましい可能性がある。ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン配列に由来する抗体ライブラリーを用いる上記ファージディスプレイ法を含む当該技術分野で公知のさまざまな方法で製造できる（例えば、米国特許第4,444,887号及び第4,716,111号；並びに、国際公開第98/46645号、第98/60433号、第98/24893号、第98/16664号、第96/34096号、第96/33735号及び第91/10741号を参照、これらの特許文献は、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる。）例えば、Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Riss, (1985)及びBoerner et al., J. Immunol., 147(1):86-95, (1991)（これらの文献は、その全体が参照によりこの明細書に組み込まれる）のヒトモノクローナル抗体の製造技術も利用できる。

明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片は、キメラ抗体又はその抗原結合断片であるか、キメラ抗体又はその抗原結合断片を含むことができる。キメラ抗体を説明する方法は、例えば米国特許第4,816,567号及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1984, 81:6851-6855（その全体が参照により組み込まれる）に記載されている。いくつかの態様では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例．マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）とヒト定常領域を組み合わせる組換え技術で製造される。

好適な方法を使用して、明細書に記載の抗体又はその抗原結合断片をコードする１以上のポリヌクレオチド配列に変異を導入でき、これには、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、及びトリヌクレオチド指向変異誘発（ＴＲＩＭ）などのオリゴヌクレオチド指向変異誘発が含まれる。いくつかの態様では、いくつかのＣＤＲ残基（例．一度に４～６残基）をランダム化する。抗原結合に関与するＣＤＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発又はモデリングによって、特異的に特定してもよい。特にＣＤＲ－Ｈ３及びＣＤＲ－Ｌ３は、変異の標的となることが多い。可変領域及び／又はＣＤＲへの変異の導入によって、二次ライブラリーを製造できる。次いで、二次ライブラリーをスクリーニングして、親和性が改善した抗体変異体を特定する。二次ライブラリーの構築と再選択による親和性成熟は、例えばHoogenboom et al., Methods in Molecular Biology, 2001, 178:1-37（その全体が参照により組み込まれる）に記載されている。

組成物
この明細書で提供する方法で使用する薬剤の１つ以上を含む組成物、並びにＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害するこれらの薬剤の使用が、この明細書の特定の態様で提供される。

いくつかの態様では、この明細書で提供する組成物は、ＴＭＩＧＤ２の発現及び／又は活性を阻害する１以上の薬剤と薬学的に許容される添加物とを含む医薬組成物である。薬学的に許容される添加物の限定的するものではない例には、例えば、“Remington: The Science and Practice of Pharmacy”, 19th Ed. (1995) Mack Publishing Co又はその最新版；A. Gennaro (2000) “Remington: The Science and Practice of Pharmacy”, 20th edition, Lippincott, Williams, & Wilkins；Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) H. C. Ansel et al., eds., 7th ed., Lippincott, Williams, & Wilkins及びHandbook of Pharmaceutical Excipients (2000) A. H. Kibbe et al., eds., 3rd ed. Amer. Pharmaceutical Assocに記載されているものがある。いくつかの態様では、組成物は、対象への投与に適しており、例えば無菌組成物である。いくつかの態様では、組成物はヒト対象への投与に適しており、例えば、組成物は、無菌であり、検出可能な発熱物質及び／又は他の毒素を含まない。

いくつかの態様では、組成物は、医薬グレードのマンニトール、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルク、セルロース、ブドウ糖、ショ糖、マグネシウム、炭酸塩などの他の成分を含む。いくつかの態様では、組成物は、ｐＨ調整剤及び緩衝液のような必要に応じて生理学的条件に近づけるための薬学的に許容される補助物質、毒性調整剤など、例えば、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウム、塩酸塩、硫酸塩、溶媒和物（例．混合イオン性塩、水、有機物）、水和物（例．水）等、を含む。

いくつかの態様では、組成物は、水溶液、粉末形態、顆粒、錠剤、丸剤、坐剤、カプセル剤、懸濁液、スプレーなどである。この組成物は、薬学的に許容される添加物、薬学的に許容される塩、希釈剤、担体、ビヒクル、及び当業者に広く知られた他の不活性薬剤を含んでいてもよい。医薬調製物で一般的に使用されるビヒクル及び添加物には、例えば、タルク、アラビアゴム、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、カカオ脂、水性又は非水性溶媒、油、パラフィン誘導体、グリコール類などが含まれる。水、又はエタノール、1,2-プロピレングリコール、ポリグリコール類、ジメチルスルホキシド、脂肪アルコール、トリグリセリド、グリセリンの部分エステルなどの生理学的に適合する有機溶媒を使用して、液剤を調製できる。非経口組成物は、滅菌等張生理食塩水、水、1,3-ブタンジオール、エタノール、1,2-プロピレングリコール、水と混合したポリグリコール類、リンゲル液などを含んでいてもよい従来の技術を使用して調製できる。ある観点では、組成物を見つけて、目的の治療部位に適切に配置することを容易にするために、着色剤を添加する。

組成物は、保存剤及び／又は安定化剤を含んでいてもよい。保存剤の限定するものではない例には、メチルパラベン、エチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、安息香酸、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、プロピオン酸、塩化ベンザルコニウム、ベンジルアルコール、チメロサール、フェニル水銀塩、クロルヘキシジン、フェノール、3-クレゾール、四級アンモニウム化合物（ＱＡＣ）、クロロブタノール、2-エトキシエタノール及びイミド尿素が含まれる。

張性を制御するために、組成物は、ナトリウム塩などの生理学的な塩を含むことができる。塩化ナトリウム（ＮａＣｌ）が好ましく、１～２０ｍｇ／ｍｌで存在してもよい。存在できる他の塩には、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸水素二ナトリウム二水和物、塩化マグネシウム及び塩化カルシウムが含まれる。

組成物は、１以上の緩衝液を含んでいてもよい。代表的な緩衝液には、リン酸緩衝液、トリス緩衝液、ホウ酸緩衝液、コハク酸緩衝液、ヒスチジン緩衝液又はクエン酸緩衝液が含まれる。緩衝液は、通常、濃度５～２０ｍＭで含まれる。組成物のｐＨは、一般に５～８、より典型的には６～８、例えば６．５～７．５又は７．０～７．８である。

組成物は、治療される疾患又は状態に応じて当業者に明らかな適切な経路で投与できる。代表的な投与経路には、静脈内、動脈内、筋肉内、皮下、頭蓋内、鼻腔内又は腹腔内が含まれる。

いくつかの態様では、組成物は凍結保護剤を含んでもよい。凍結保護剤の非限定的な例には、グリコール（例．エチレングリコール、プロピレングリコール及びグリセリン）、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、ホルムアミド、ショ糖、トレハロース、デキストロース及びそれらの組合せが含まれる。

この組成物は、薬学的に許容される添加物、薬学的に許容される塩、希釈剤、担体、ビヒクル、及び当業者に広く知られた他の不活性薬剤を含むことができる。医薬調製物で一般的に使用されるビヒクル及び添加物には、例えば、タルク、アラビアゴム、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、カカオ脂、水性又は非水性溶媒、油、パラフィン誘導体、グリコール類などが含まれる。水、又はエタノール、1,2-プロピレングリコール、ポリグリコール類、ジメチルスルホキシド、脂肪アルコール、トリグリセリド、グリセリンの部分エステルなどの生理学的に適合する有機溶媒を使用して、液剤を調製できる。非経口組成物は、滅菌等張生理食塩水、水、1,3-ブタンジオール、エタノール、1,2-プロピレングリコール、水と混合したポリグリコール類、リンゲル液などを含んでいてもよい従来の技術を使用して調製できる。ある観点では、組成物を見つけて、目的の治療部位に適切に配置することを容易にするために、着色剤を添加する。

これまでの開示から理解できるように、この発明にはさまざまな用途がある。本発明を以下の実施例で更に説明するが、これらは単に例示であり、決して本発明の定義及び範囲を限定することを意図するものではない。

血液悪性腫瘍を治療するためのＴＭＩＧＤ２の標的化
以下の実施例は、ＴＭＩＧＤ２がさまざまなヒト血液悪性腫瘍で発現し、白血病を引き起こす細胞にとって機能的に重要であり、ＡＭＬ患者の全生存期間の悪化に関連することを示す。この実施例は、ＴＭＩＧＤ２のノックダウンがＡＭＬ幹細胞の維持を低下させ、ヒト血液悪性腫瘍の細胞死を増加させることも示す。さらに、実施例は、抗ＴＭＩＧＤ２モノクローナル抗体による処置がin vivoでＡＭＬの進行を抑制することを示す。まとめると、この実施例の結果は、ＴＭＩＧＤ２の発現を標的とすることが血液悪性腫瘍を治療法として使用できることを示唆する。

ＴＭＩＧＤ２は、さまざまな血液悪性腫瘍で高度に発現している
ＴＭＩＧＤ２はＣＤ２８ファミリーの一員で、ＨＨＬＡ２の受容体であることが確認されているが、ヒト腫瘍細胞におけるタンパク質レベルでのＴＭＩＧＤ２の発現は不明のままであった。タンパク質の発現を調べるために、ＴＭＩＧＤ２に対して蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）とモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を使用して、さまざまな血液悪性腫瘍上のＴＭＩＧＤ２タンパク質を試験した。３つの腫瘍株、ヒト赤白血病（ＨＥＬ）、慢性骨髄性白血病（Ｋ５６２）及び急性骨髄性白血病（Ｋｇ１ａ）の細胞表面におけるＴＭＩＧＤ２タンパク質の発現が高レベルであるという結果が示された（図１Ａ）。ＴＭＩＧＤ２のｍＲＮＡは、ヒト白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫などの細胞株で高度に発現していた（図１Ｂ）。

ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１ではなくＴＭＩＧＤ２のｍＲＮＡが、ヒト急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）で高度に発現しており、患者の全生存期間の悪化に関連する
がんゲノムアトラス（ＴＣＧＡ）及び遺伝子型－組織発現（ＧＴＥｘ）データセットは、１７３のヒト急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）と７０の正常骨髄の試料を含み、以下の分析は、ＨＨＬＡ２／ＴＭＩＧＤ２／ＫＩＲ３ＤＬ３経路及びＰＤＬ１／ＰＤ－１経路のｍＲＮＡの発現の調査が含まれる

分析の結果、ＴＭＩＧＤ２ ｍＲＮＡのレベルは、正常骨髄よりもＡＭＬ試料で有意に高く（図２Ａ）、ＨＨＬＡ２発現もＡＭＬ試料の方が高かったが、統計的な有意性は認められず（図２Ａ）、ＫＩＲ３ＤＬ３発現は非常に低いことが判明した。ＴＭＩＧＤ２とは対照的に、ＰＤ－１ ｍＲＮＡのレベルは、正常骨髄試料よりもＡＭＬ試料で有意に低かった（図２Ｂ）。

ＡＭＬ試料を、ＴＭＩＧＤ２の発現レベルに応じてＴＭＩＧＤ２高群（上位２５％）とＴＭＩＧＤ２低群（残りの７５％）の２つの群に更に分けた。その結果、ＴＭＩＧＤ２高群の全生存率は、ＴＭＩＧＤ２低群よりも有意（ｐ＝０．０１１）に低いことが判明した（図２Ｃ）。まとめると、これらの結果は、ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１の従来から知られている経路ではなくＴＭＩＧＤ２が、ヒトＡＭＬで高度に発現し、患者の全生存期間の悪化に関連することを示唆する。

ＴＭＩＧＤ２はＡＭＬ幹細胞／前駆細胞で高度に発現している
ＡＭＬ患者４０人の末梢血球、健常ドナー５人の臍帯血単核細胞、及び健常成人５人の骨髄細胞におけるＴＭＩＧＤ２タンパク質の発現をＦＡＣＳで測定した。実験の結果、ＴＭＩＧＤ２陽性細胞は、ＡＭＬ患者のＣＤ３４－分化芽球細胞より、ＣＤ３４＋幹細胞／前駆細胞で有意に多いことが判明した（図３Ａ、Ｐ＜０．０００１）。さらに、ＡＭＬ患者のＣＤ３４＋幹細胞／前駆細胞におけるＴＭＩＧＤ２陽性細胞は、健常ドナーの臍帯血／骨髄単核細胞における正常なＣＤ３４＋幹細胞／前駆細胞よりも有意に多かった（図３Ｂ、Ｐ＜０．０１）。

ＴＭＩＧＤ２は機能的な白血病を引き起こす細胞を濃縮する
ＴＭＩＧＤ２はＡＭＬ幹細胞で過剰発現している（図３Ａ～３Ｂ）ことから、ＴＭＩＧＤ２＋及びＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞（CD45^dimSSC^lowLin-(CD3-CD14-CD19-)CD34+CD38-）の間の、白血病を引き起こす細胞の頻度を直接比較する２組の実験を行った。

第１に、ＡＭＬ試料のＴＭＩＧＤ２＋及びＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞をＦＡＣＳで選別し（図４Ａ）、次いで、精製した細胞をメチルセルロースベースの培地に播種して、in vitroコロニー形成単位（ＣＦＵ）アッセイを行った。形成されたコロニーを計数し、その独特な形態に基づいて分類した。コロニー細胞を集めて再度播種し、その自己再生能力を検討した。同じ患者のＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞と比較して、ＴＭＩＧＤ２＋ＡＭＬ幹細胞は、１回目及び２回目の培養とも、１４日間の培養後にはるかに多いＣＦＵ数のコロニーを形成した（図４Ｂ）。

第２に、同じＡＭＬ試料のＴＭＩＧＤ２＋及びＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞をＦＡＣＳで選別し、次いで、亜致死量を照射したＮＳＧマウスに選別した２つの集団を移植して、in vivo限界希釈異種移植実験を行った。１２週以上経過後、これらのＮＳＧマウスの骨髄細胞をＦＡＣＳで分析し、リンパ系及び骨髄系の生着を測定した。

同じ患者（患者＃３１）のＴＭＩＧＤ２＋ＡＭＬ幹細胞とＴＭＩＧＤ２－ＡＭＬ幹細胞の間の白血病を引き起こす細胞の頻度は、それぞれ、１／３９９及び１／１０９８５であることが判明した（図４Ｃ）。これらのデータは、ＴＭＩＧＤ２が機能的な白血病を引き起こす細胞を濃縮することを示す。

ＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２＋集団とＣＤ３４＋ＴＭＩＧＤ２－集団との間のＲＮＡ－ｓｅｑ比較により、ＴＭＩＧＤ２＋ＡＭＬ幹細胞は、確立した白血病幹細胞（ＬＳＣ）及び１７遺伝子の幹細胞性シグネチャーと関連することが示された（図４Ｄ）。

ＴＭＩＧＤ２のノックダウンはＡＭＬ幹細胞の維持を低下させる
ＴＭＩＧＤ２がＡＭＬ幹細胞で過剰発現し（図３Ａ～３Ｂ）、患者の全生存期間の悪化と関連している（図２Ａ～２Ｃ）ことは、ＴＭＩＧＤ２がＡＭＬ幹細胞において重要な役割を果たすことを示唆している。ＴＭＩＧＤ２の機能を分析するために、ＴＭＩＧＤ２＋ＡＭＬ幹細胞（CD45dimSSClowLin-(CD3-CD14-CD19-)CD34+CD38-）を、ＦＡＣＳによってＡＭＬ末梢血から選別し、スクランブル対照ｓｈＲＮＡ（ｓｈＣｔｒｌ）又はＴＭＩＧＤ２特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＴＭＩＧＤ２）を発現するレンチウイルスを形質導入し（図５Ａ）、導入後３日目にＧＦＰで選別した。図５Ｂに示すように、ｓｈＣｔｒｌと比較して、ｓｈＴＭＩＧＤ２は、ＡＭＬ幹細胞におけるＴＭＩＧＤ２の発現の大部分を減少させた。次に、ＣＦＵアッセイを行ったところ、ＡＭＬ幹細胞でのＴＭＩＧＤ２のノックダウンは、３つのＡＭＬ患者の試料全てにおいてコロニー形成を有意に減少させたことが判明した（図５Ｃ）。これらの結果は、ＴＭＩＧＤ２がＡＭＬ幹細胞の維持に機能的に重要であること、及びＴＭＩＧＤ２を標的とすることでＡＭＬ幹細胞の生存が減少することを示す。

ＴＭＩＧＤ２のノックダウンは、ヒト血液悪性腫瘍の細胞死を増加させる
ＡＭＬにおけるＴＭＩＧＤ２の役割を調べるために、レンチウイルス媒介ｓｈＲＮＡを使用して、ＨＥＬ細胞のＴＭＩＧＤ２をノックダウンした。ＴＭＩＧＤ２のノックダウンは、ＨＥＬ細胞における初期アポトーシス（アネキシンＶ＋ＤＡＰＩ－）及び後期アポトーシス／ネクローシス（アネキシンＶ＋ＤＡＰＩ＋）の両者を増強することが判明した（図６Ａ）。ＴＭＩＧＤ２がＡＭＬの機能を調節する分子機構を理解するために、ＨＥＬ－ｓｈＣｔｒｌ細胞及びＨＥＬ－ｓｈＴＭＩＧＤ２細胞から得たＲＮＡ配列のデータを分析した。分析の結果、ｓｈＴＭＩＧＤ２ノックダウンＨＥＬ細胞は、ｓｈＣｔｒｌ細胞と比較して、アポトーシス及び細胞周期の停止に関与する遺伝子が有意に豊富であることが判明した（図６Ｂ）。これらの知見は、ＴＭＩＧＤ２がＡＭＬ細胞の生存と増殖に必要であることを裏付ける。

抗ＴＭＩＧＤ２モノクローナル抗体による処置がin vivoでＡＭＬの進行を抑制する
in vivoでのＡＭＬにおける抗ＴＭＩＧＤ２ ｍＡｂの治療効果を調べるために、ＮＳＧマウスに患者由来のＡＭＬ細胞を与え、次いで抗ＴＭＩＧＤ２ｍＡｂ ２０Ｆ２及び１７Ｃ７で処置した。抗ＴＭＩＧＤ２ｍＡｂがin vivoでＡＭＬ進行を抑制することが判明した（図５Ｄ）。これらの知見は、ＴＭＩＧＤ２に対するｍＡｂがＡＭＬの治療に使用できることを裏付ける。

参考文献
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2. Zang, X. & Allison, J.P. The B7 family and cancer therapy: costimulation and coinhibition. Clin Cancer Res 13, 5271-5279 (2007).
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10. Zhuang, X. & Long, E.O. CD28 Homolog Is a Strong Activator of Natural Killer Cells for Lysis of B7H7(+) Tumor Cells. Cancer Immunol Res 7, 939-951 (2019).
11. Zhu, Y., et al. B7-H5 costimulates human T cells via CD28H. Nat Commun 4, 2043 (2013).
12. Wei, Y., et al. KIR3DL3-HHLA2 is a human immunosuppressive pathway and a cancer therapeutic target. Sci Immunol (2021). in Reversion
13. Zang, X. New immune checkpoint pathways: HHLA2 and its receptors including TMIGD2. Cold Spring Harbor Asia Conference on Precision Cancer Biology: From targeted immune therapies (2017).

Claims (16)

1. 必要とする対象のがんを予防又は治療する方法であって、有効量のＴＭＩＧＤ２の発現、活性又は両者を阻害する薬剤を前記対象に投与することを含む方法。
2. 前記薬剤は、抗体薬剤、ｍＲＮＡ標的化薬剤、低分子薬剤及び遺伝子編集薬剤からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
3. 前記ｍＲＮＡ標的化薬剤はアンチセンス剤又はＲＮＡｉ剤である、請求項２に記載の方法。
4. 前記アンチセンス剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに相補的な核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、又は、前記アンチセンス剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに対して、約８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、請求項３に記載の方法。
5. 前記ＲＮＡｉ剤は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、ｔＲＮＡ由来低分子ＲＮＡ（ｔｓＲＮＡ）、調節低分子ＲＮＡ（ｓｒＲＮＡ）、及び低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
6. 前記ＲＮＡｉ剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに相補的な核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、又は、前記ＲＮＡｉ剤は、配列番号４、配列番号５若しくは配列番号６で示す核酸配列によってコードされるｍＲＮＡに対して、約８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％若しくはそれ以上の配列同一性を有する核酸配列を含むか、若しくはそれからなる、請求項５に記載の方法。
7. 前記遺伝子編集薬剤は、ＴＡＬＥＮベースの薬剤、ＺＦＮベースの薬剤及びＣＲＩＳＰＲベースの薬剤からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
8. 前記遺伝子編集薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の発現をノックアウト又はノックダウンする、請求項７に記載の方法。
9. 前記抗体薬剤は、ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメイン内のエピトープに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片である、請求項２に記載の方法。
10. 前記ＴＭＩＧＤ２の細胞外ドメインは、配列番号１若しくは配列番号２で示すアミノ酸配列の残基１～１５０、又は配列番号３で示すアミノ酸配列の残基１～３０を含む、請求項９に記載の方法。
11. 前記抗体又はその抗原結合断片は、
    (a) ＧＹＴＦＴＳＹＤＩＮ（配列番号２４）、
    ＷＩＹＰＧＤＧＳＴＮＹＮＥＫＦＫＧ（配列番号２５）、及び
    ＡＲＲＧＬＲＹＹＦＤＹ（配列番号２６）
    を含む重鎖可変領域；並びに／若しくは
    ＲＡＳＱＤＩＲＮＹＬＮ（配列番号３２）、
    ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号３３）、及び
    ＱＱＶＮＴＬＰＷＴ（配列番号３４）
    を含む軽鎖可変領域；又は
    (b) ＧＹＳＩＴＳＤＹＡＷＮ（配列番号５６）、
    ＹＩＴＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５７）、及び
    ＡＲＳＧＹＲＹＤＤＡＭＤＹ（配列番号５８）
    を含む重鎖可変領域；並びに／若しくは
    ＫＳＳＱＳＬＬＳＳＮＮＱＫＮＹＬＡ（配列番号６４）、
    ＦＡＳＴＲＥＳ（配列番号６５）、及び
    ＱＱＨＹＲＴＰＬＴ（配列番号６６）
    を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項９又は１０に記載の方法。
12. 前記抗体又はその抗原結合断片は、
    (a) 配列番号２３で示すアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／若しくは、配列番号３１で示すアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；又は
    (b) 配列番号５５で示すアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／若しくは、配列番号６３で示すアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域.
    を含む、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。
13. 前記がんがヒトの血液悪性腫瘍である、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
14. 前記ヒトの血液悪性腫瘍は、骨髄性腫瘍、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、再発性の遺伝子異常を伴うＡＭＬ、骨髄異形成関連の変化を伴うＡＭＬ、治療に関連したＡＭＬ、不明瞭な分化系統を示す急性白血病、骨髄増殖性腫瘍、本態性血小板血症、真性赤血球増加症、骨髄線維症（ＭＦ）、原発性骨髄線維症、全身性肥満細胞症、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄性白血病、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、鉄芽球性不応性貧血、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症、芽球増加を伴う不応性貧血（１型）、芽球増加を伴う不応性貧血（２型）、単独５ｑ欠失を伴うＭＤＳ、分類不能型ＭＤＳ、骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、慢性骨髄単球性白血病、非定型慢性骨髄性白血病、若年性骨髄単球性白血病、分類不能型骨髄増殖性／骨髄異形成症候群、リンパ性腫瘍、前駆リンパ性腫瘍、Ｂリンパ芽球性白血病、Ｂリンパ芽球性リンパ腫、Ｔリンパ芽球性白血病、Ｔリンパ芽球性リンパ腫、成熟Ｂ細胞腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性中枢神経系リンパ腫、原発性縦隔Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫／白血病、ろ胞性リンパ腫、慢性リンパ球性白血病、小リンパ球性リンパ腫、Ｂ細胞前リンパ球性白血病、リンパ形質細胞性リンパ腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、移植後リンパ球増殖性疾患、ＨＩＶ関連リンパ腫、原発性滲出性リンパ腫、血管内大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、原発性皮膚Ｂ細胞リンパ腫、有毛細胞白血病、多発性骨髄腫、意義不明の単クローン性ガンマグロブリン血症（ＭＧＵＳ）、くすぶり型多発性骨髄腫又は孤立性形質細胞腫（骨及び髄外）から選択される、請求項１３に記載の方法。
15. 抗ＴＭＩＧＤ２抗体又はその抗原結合断片であって、
    (a) ＧＹＴＦＴＳＹＤＩＮ（配列番号２４）、
    ＷＩＹＰＧＤＧＳＴＮＹＮＥＫＦＫＧ（配列番号２５）、及び
    ＡＲＲＧＬＲＹＹＦＤＹ（配列番号２６）
    を含む重鎖可変領域；並びに／若しくは
    ＲＡＳＱＤＩＲＮＹＬＮ（配列番号３２）、
    ＹＴＳＲＬＨＳ（配列番号３３）、及び
    ＱＱＶＮＴＬＰＷＴ（配列番号３４）
    を含む軽鎖可変領域；又は
    (b) ＧＹＳＩＴＳＤＹＡＷＮ（配列番号５６）、
    ＹＩＴＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５７）、及び
    ＡＲＳＧＹＲＹＤＤＡＭＤＹ（配列番号５８）
    を含む重鎖可変領域；並びに／若しくは
    ＫＳＳＱＳＬＬＳＳＮＮＱＫＮＹＬＡ（配列番号６４）、
    ＦＡＳＴＲＥＳ（配列番号６５）、及び
    ＱＱＨＹＲＴＰＬＴ（配列番号６６）
    を含む軽鎖可変領域
    を含む、抗ＴＭＩＧＤ２抗体又はその抗原結合断片。
16. 前記抗体は、
    (a) 配列番号２３で示すアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／若しくは、配列番号３１で示すアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域；又は
    (b) 配列番号５５で示すアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／若しくは、配列番号６３で示すアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項１５に記載の抗ＴＭＩＧＤ２抗体又はその抗原結合断片。