JP2022521240A - Baff-r/cd19を標的としたキメラ抗原受容体修飾t細胞とその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
BAFF-R/CD19二重CARで用いられるBAFF-R scFv配列は、2つのモノクローナル抗体、クローン90及びクローン55から誘導することができる。これらは、米国PCT/US2017/036181に詳細に記載されている。例えば、VLは、以下に記載されるC90 CDR配列又はC55 CDR配列を含んでよい。
BAFF-R/CD19二重CARでは、CD19を標的とする様々なscFvを用いることができる。
本明細書に記載される二重CAR及び二シストロン性CARは、標的化ドメイン(例えば、scFv)と膜貫通ドメインとの間に位置するスペーサーを含むことができる。様々な異なるスペーサーを用いることができる。それらのいくつかは、ヒトFc領域の少なくとも一部、例えば、ヒトFc領域のヒンジ部分、又はCH3ドメイン若しくはその変異体を含む。以下の表1は、本明細書に記載されるCARで用いられうる様々なスペーサーを提供する。
表1:スペーサーの例
本明細書中に記載される二重CAR及び二シストロン性CARには、様々な膜貫通ドメインが用いられうる。表2は、適当な膜貫通ドメインの例を含む。スペーサー領域が存在する場合、膜貫通ドメインは、スペーサー領域のカルボキシ末端に位置する。
表2:膜貫通ドメインの例
共刺激ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインでありうる。ある場合、共刺激ドメインは、以下の配列:
表3: CD3ζドメインと共刺激ドメインの例
CD3ζシグナル伝達ドメインは、CD3ζシグナル伝達ドメインと共に用いるのに適したいかなるドメインでありうる。ある場合、CD3ζシグナル伝達ドメインは、以下の配列:
CD3ζシグナル伝達ドメインの後には、リボソームスキップ配列(例えば、LEGGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR;配列番号56)及び、以下の配列:
(配列番号57と)少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%と同一又は同一である配列を有する切断型EGFRが続くことができる。ある場合、切断型EGFRには、配列番号57と比較して、5個のアミノ酸変化のうち1、2、3、4個(好ましくは保存的)がある。
BAFF-CD19二重CARの発現用に以下のT細胞集団:CD4+ナイーブT細胞(CD4+TN)、CD8+ナイーブT細胞(CD8+TN)、CD8+セントラルメモリーT細胞(CD8+TCM)、CD8+メモリー幹細胞(CD8+MSC)及びPan T細胞(Pan T)を調製することができる。簡潔には、5mLの血液試料を5mLのヒストパーク-1077(Sigma Aldrich)に加える。混合物を2500 RPM(室温、ブレーキなし)で20分間遠心分離する。中期末梢血単核細胞(PBMC)層を収集し、50mLのPBS(Corning)で洗浄し、1500 RPM(RT)で5分間遠心分離する。採取した細胞を10mLの赤血球溶解緩衝液(Qiagen)と混合し、7分間インキュベートする。次いで、細胞をPBSで洗浄し、5分間遠心分離する(1500 RPM、RT)。
様々なBAFF‐R/CD19二重CARを調製した。1250二重CAR(配列番号59)は、アミノ末端からカルボキシ末端に向けて:BAFF-R scFv、リンカー、CD19 scFv(FMC63由来)、IgG4(SmP/L235E,N297Q)スペーサードメイン、CD4膜貫通ドメイン、41BB細胞質ドメイン、GGリンカー、及びCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む(図2)。1296二重CAR(配列番号61)は、アミノ末端からカルボキシ末端に向けて:CD19 scFv(FMC63由来)、リンカー、BAFF-R scFv、IgG4(SmP/L235E,N297Q)スペーサードメイン、CD4膜貫通ドメイン、41BB細胞質ドメイン、GGリンカー、及びCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む(図3)。1316二重CAR(配列番号63)は、アミノ末端からカルボキシ末端にむけて:CD19 VL(FMC63由来)、GGGSリンカー、BAFF-R scFv、CD19 VH(FMC63由来)、IgG4(SmP/L235E,N297Q)スペーサードメイン、CD4膜貫通ドメイン、41BB細胞質ドメイン、GGリンカー、及びCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。
〔実施例2〕BAFF-R/CD19二重CARを発現するレンチウイルスベクターの調製
CD3/CD28ヒトT細胞活性化ビーズ(Thermo Fisher)と細胞に対するビーズ比1:1で細胞を混合し、一晩インキュベート(加湿5% CO2、37℃)することで、二重CARを発現するレンチウイルスベクターを用いて形質導入のための調製において細胞を活性化した。インキュベーション後、細胞を計数し、48穴プレート中に1×106細胞/穴を分配した。細胞をMOI1で感染させた。各々の場合、全培養培地を250μLに補足し、30分間遠心分離した(800g、RT)。細胞を一晩インキュベートし(加湿5% CO2、37℃)、次いで表1に示された培地中で10日間培養する。CD4+ TN、CD8+ TN、CD8+ TCM、及びPan T細胞の培養物は、CD3/CD28ビーズを1:1の細胞対ビーズ比で含んでいた。CD8+ T MSCの培養物は、CD3/CD28ビーズを含まなかった。CARの発現は、フローサイトメトリーを用いてGFP陽性細胞の比率によって評価した。
T細胞(Jurkat)を、各CAR構築物又は空ベクターで形質導入した。CARの発現を評価するため、細胞をプロテインL-又はEGFR-APC結合抗体で染色した。タンパク質LはscFvの可変軽鎖を標的とし、切断型EGFRはCARベクターによって共発現される。二重CARを適当に発現することができる構築物をさらに検討した。図7に見られるように、二重CAR1296及び二重CAR1316は、完全型CAR及びEGFRt選択マーカーを発現したが、二重CAR1250は、完全型CARを発現しなかった。
1296二重CAR、1316二重CAR、CD19 CAR又はBAFF-R CAR細胞を発現する様々なT細胞集団を用いるインビトロアッセイである。標的細胞株Nalm-6(WT、CD19ノックアウト、又はBAFF-Rノックアウト変異体)をクロミウム-31で標識し、エフェクターCAR T細胞とインキュベートした。CARには、BAFF-R/CD19二重標的CAR:1296及び1316;単一標的CAR:BAFF-R CAR及びCD19 CARが含まれた。非形質導入T細胞(非CAR)を同種対照として用いた。全T細胞は、単一の健常ドナーに由来した。エフェクターT細胞機能による標的細胞から放出されたクロムをガンマカウンターで測定し、可能な最大放出比率として計算した。図8に見られるように、1250二重CARは、BAFF-R-標的化scFvが適当に発現されないことを示唆するBAFF-R-陽性L細胞に対する応答を誘導しなかった。
Nalm-6 B-ALL腫瘍株をCRISPRで遺伝子編集して、BAFF-R又はCD19をノックアウトした。市販のBAFF-R及びCD19抗体を用いたFACS染色により、表面タンパク質の発現を確認した。Nalm‐6野生型(WT)を対照として用いた。図9に示すように、FACS分析はノックアウトを確認する。
本研究では、その結果を図10に示すが、標的細胞株Nalm-6、WT、CD19ノックアウト、又はBAFF-Rノックアウト変異体をクロミウム-51で標識し、エフェクターCAR T細胞とインキュベートした。CARにはBAFF-R/CD19の二重標的CARが含まれた。1250の二重CAR CTLデータは、BAFF-R標的欠損の可能性を示唆する。
図11A-11Bは、1.5×105のRFP陰性、ルシフェラーゼを発現するNalm-6-CD19KO+2.5×105のRFP陽性、ルシフェラーゼを発現するNalm-6-BAFF-RKO腫瘍細胞の混合物を用いて、0日目の腫瘍誘発のIV後の1316二重CAR及び1296NSGマウスの影響を調べる研究の結果を示す。次いで、5匹の腫瘍マウス群を、各々、単回注入として、10日目に2.5×106個のCD4 TN CAR-T + 106個のCD8 TN 1296又は1316個の二重CAR T細胞/マウスIVのいずれかによる治療に無作為に割り付けた。同一ドナー由来の非形質導入CD4/CD8 T細胞を同種対照(非CAR)として用いた。図からわかるように、1316の治療による延命効果は、1296の治療と比較して有意であった。
CD107a脱顆粒を用いて、ノックアウト腫瘍に対する1316二重CARの効力を評価した。CD4又はCD8 BAFF-R CAR T細胞を、CD19BAFF-R+ Nalm-6又はCD19+ BAFF-RNalm-6系のいずれかとインキュベートした。単一標的CD19又はBAFF-R CAR T細胞を対照として用いた。
0日目に、NSGマウスに、1×105のRFP陰性、ルシフェラーゼ発現Nalm-6-CD19KO+1×105のRFP陽性、ルシフェラーゼ発現Nalm-6-BAFF-RKO腫瘍細胞の混合物を投与した。次いで、各群5匹の腫瘍マウスを、低用量(2.8×106 TN/MEM)、高用量(5.6×106 TN/MEM)のいずれかを単回注入し、それぞれ1×106及び2×106 BAFF-R CAR T細胞を産生させ、9日目に1316二重CAR T細胞/マウス静脈内投与に無作為に割り付けた。又は同一ドナー由来の5×106個の非形質導入TN/MEM細胞を同種対照(非CAR)として用いた。1316二重CARの延命効果は有意であった。2回の投与間で生存率に有意差は認められなかった。
Claims (33)
- BAFF-R及びCD19をともに標的とするキメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記キメラ抗原受容体は、CD19結合scFvのVLドメイン、CD19結合scFvのVHドメイン、BAFF-R結合scFvのVLドメイン、BAFF-R結合scFvのVHドメインをいかなる順序で含み、次いで、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む、核酸分子。
- BAFF-R及びCD19をともに標的とするキメラ抗原受容体をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ここで、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって:a)BAFF-Rを標的とするscFv及びCD19を標的とするscFv;又はb)CD19を標的とするscFv及びBAFF-Rを標的とするscFv;スペーサードメイン;膜貫通ドメイン;共刺激ドメイン;及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む標的化ドメインを含む核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:CD19結合scFvのVLドメイン、BAFF-R結合scFvのVHドメイン、BAFF-R結合scFvのVLドメイン、及びCD19結合scFvのVHドメインを含む、請求項1に記載の核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:CD19結合scFvのVHドメイン、BAFF-R結合scFvのVHドメイン、BAFF-R結合scFvのVLドメイン、及びCD19結合scFvのVLドメインを含む、請求項1に記載の核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:CD19結合scFvのVLドメイン、BAFF-R結合scFvのVLドメイン、BAFF-R結合scFvのVHドメイン、及びCD19結合scFvのVHドメインを含む、請求項1に記載の核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:CD19結合scFvのVHドメイン、BAFF-R結合scFvのVLドメイン、BAFF-R結合scFvのVHドメイン、及びCD19結合scFvのVLドメインを含む、請求項1に記載の核酸分子。
- BAFF-R VHは、配列番号13~16からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、BAFF-R VLは、配列番号17~20からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の核酸分子。
- BAFF-R VHは、配列番号21~24からなる群より選択されるアミノ酸配列を含み、BAFF-R VLは、配列番号25~28からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記キメラ抗原受容体は、配列番号58~63から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1記載の核酸分子。
- 前記VL及び前記VHドメインの各々の間に4~15個のアミノ酸を含むリンカーを含む、請求項1~9のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記リンカーは、G及びSのみを含む、請求項9に記載の核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:a)CD19 scFvのVLドメイン;BAFF-Rを標的化したscFv;及びCD19 scFvのVH;又はb)CD19 scFvのVHドメイン;BAFF-Rを標的化したscFv;及びCD19 scFvのVLを含む、請求項1記載の核酸分子。
- 前記標的化ドメインは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:a)BAFF-R scFvのVLドメイン;CD19を標的化したscFv;及びBAFF-R scFvのVH;又はb)BAFF-R scFvのVHドメイン;CD19を標的化したscFv;及びBAFF-R scFvのVLを含む、請求項1記載の核酸分子。
- BAFF-Rを標的とするキメラ抗原受容体とCD19を標的とするキメラ抗原受容体をともにコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記BAFF-Rを標的とするキメラ抗原受容体は、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:BAFF-R scFv、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含み、前記CD19を標的とするキメラ抗原受容体は、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の:CD19 scFv、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む核酸分子。
- 前記共刺激ドメインは、アミノ酸の1~5個が修飾されたCD28共刺激ドメイン又はその変異体、アミノ酸の1~5個が修飾された4-1BB共刺激ドメイン又はその変異体、及びアミノ酸の1~5個が修飾されたOX40共刺激ドメイン又はその変異体からなる群より選択される、請求項1~14のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記膜貫通ドメインは、アミノ酸の1~5個が修飾されたCD4膜貫通ドメイン又はその変異体、アミノ酸の1~5個が修飾されたCD8膜貫通ドメイン又はその変異体、アミノ酸の1~5個が修飾されたCD28膜貫通ドメイン又はその変異体、及びアミノ酸の1~5個が修飾されたCD3ζ膜貫通ドメイン又はその変異体、共刺激ドメイン、及びアミノ酸の1~5個が修飾されたその変異体のCD3ζシグナル伝達ドメインから選択される、請求項1~15のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記スペーサードメインは、IgG4ヒンジ(S→P)、IgG4ヒンジ、IgG4ヒンジ(S228P)+リンカー、CD28ヒンジ、CD8ヒンジ-48aa、CD8ヒンジ-45aa、IgG4(HL-CH3)、IgG4(L235E、N297Q)、IgG4(S228P、L235E、N297Q)、及びIgG4(CH3)、並びに、IgG4ヒンジ(S→P)、IgG4ヒンジ、IgG4ヒンジ(S228P)+リンカー、CD28ヒンジ、CD8ヒンジ-48aa、CD8ヒンジ-45aa、IgG4(HL-CH3)、IgG4(L235E、N297Q)、IgG4(S228P、L235E、N297Q)、及びIgG4(CH3)の各変異体、並びに、アミノ酸の1~5個が修飾されたIgG4(CH3)からなる群より選択される、請求項1~16のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記BAFF-R scFvは、軽鎖可変領域及び重鎖可変領域を含み、前記軽鎖可変領域はCDR L1(配列番号1)、CDR L2(配列番号2)及びCDR L3(配列番号3)を含み、前記重鎖可変領域がCDR H1(配列番号4)、CDR H2(配列番号5)及びCDR H3(配列番号6)を含む、請求項1~17のいずれか一項に記載の核酸分子。
- BAFF-R scFvは軽鎖可変領域及び重鎖可変領域を含み、前記軽鎖可変領域はCDR L1(配列番号7)、CDR L2(配列番号8)及びCDR L3(配列番号9)を含み、前記重鎖可変領域はCDR H1(配列番号10)、CDR H2(配列番号11)及びCDR H3(配列番号12)を含む、請求項1~18のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記BAFF-R scFvは、Chi90 HC、Hu90 HC-1、Hu90 HC-2、Hu90 HC-3、Chi55 HC、Hu55 HC-1、Hu55 HC-2、及びHu55 HC-3から選択される重鎖可変ドメイン、及びChi90 LC、Hu90 LC-1、Hu90 LC-2、Hu90 LC-3、Chi55 LC、Hu55 LC-1、Hu55 LC-2、及びHu55 LC-3から選択される軽鎖可変ドメインを含む、請求項1~19のいずれか一項に記載の核酸分子。
- BAFF-R scFvは、配列番号17~20及び25~28から選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメインを含む、請求項1~20のいずれか一項に記載の核酸分子。
- BAFF-R scFvは、配列番号13~16及び21~24から選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインを含む、請求項1~21のいずれか一項に記載の核酸分子。
- CD19 scFvは、配列番号30で表されるアミノ酸配列DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISKYLNWYQQKPDGTVKLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSGSGTDYSLTISNLEQEDIATYFCQQGNTLPYTFGGGTKLEITを含むVL及び配列番号31で表されるアミノ酸配列EVKLQESGPGLVAPSQSLSVTCTVSGVSLPDYGVSWIRQPPRKGLEWLGVIWGSETTYYNSALKSRLTIIKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTAIYYCAKHYYYGGSYAMDYWGQGTSVTVSSを含むVHを含む、請求項1~22のいずれか一項に記載の核酸分子。
- 前記請求項1~23のいずれか一項に記載の核酸分子を含むベクター。
- レンチウイルスベクターである、請求項24記載のベクター。
- 請求項25に記載のベクターによって形質導入されたヒトT細胞又はNK細胞の集団。
- 請求項17に記載されたヒトT細胞の集団を含む組成物の治療有効量を被験体に投与することを含み、それにより、被験体におけるがんを治療することを含む、それを必要とする被験体のがんを治療する方法。
- がんは、リンパ腫、白血病又は骨髄腫である、請求項27記載の方法。
- 前記リンパ腫は、マントル細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫又はバーキットリンパ腫である、請求項28に記載の方法。
- 前記白血病が急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ性白血病又は有毛細胞白血病である、請求項28記載の方法。
- 前記骨髄腫は、多発性骨髄腫である、請求項28に記載の方法。
- 前記T細胞の集団は、前記患者に対して自己又は同種である、請求項27~31のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヒトT細胞集団は、CD4+細胞及びCD8+細胞を含む、請求項27~32のいずれか一項に記載の方法。
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