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JP2022504472A - Her2結合四量体ポリペプチド - Google Patents

Her2結合四量体ポリペプチド Download PDF

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JP2022504472A
JP2022504472A JP2021519147A JP2021519147A JP2022504472A JP 2022504472 A JP2022504472 A JP 2022504472A JP 2021519147 A JP2021519147 A JP 2021519147A JP 2021519147 A JP2021519147 A JP 2021519147A JP 2022504472 A JP2022504472 A JP 2022504472A
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マルティン、シュビル
アンネマリー、オネゲル
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ラスティスラブ、タマスコビック
アンドレアス、プリュックトゥン
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ウニベルシテート チューリッヒ
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Abstract

Figure 2022504472000001
本発明は、四量体ポリペプチドに関し、前記四量体ポリペプチドは第1のVL抗原結合ドメイン及び第1のCL定常ドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、第1のVH抗原結合ドメイン、第1のCH1定常ドメイン、第1のCH2定常ドメイン及び第1のCH3定常ドメインを含む第2のポリペプチド鎖と、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第1のVL抗原結合ドメイン又は前記第1のVH抗原結合ドメインのN末端に連結されるHER2 D4エピトープに結合する第1のリガンドと、第2のVL抗原結合ドメイン及び第2のCL定常ドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、第2のVH抗原結合ドメイン、第2のCH1定常ドメイン、第2のCH2定常ドメイン及び第2のCH3定常ドメインを含む第4のポリペプチド鎖と、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第2のVL抗原結合ドメイン又は前記第2のVH抗原結合ドメインのN末端に連結されるHER2 D4エピトープに結合する第3のリガンドと、を含み、VL抗原結合ドメイン及びVH抗原結合ドメインは共にHER2 D1エピトープに結合する第2のリガンド及び第4のリガンドを構成する。本発明は、更に四量体ポリペプチドの悪性腫瘍性疾患の予防又は治療方法における応用、単離された核酸及びポリペプチド発現用の宿主細胞並びにポリペプチドの取得方法に関する。

Description

本発明は、2つのHER2エピトープD1に対する結合部位及び2つのHER2エピトープD4に対する結合部位を有する四量体ポリペプチドに関する。
受容体型チロシンキナーゼのHERファミリーのメンバーは、細胞の成長、分化、遊走及び生存にとって重要な媒体である。受容体ファミリーは、上皮成長因子受容体(EGFR、ErbB1又はHER1)、HER2(ErbB2又はp185<neu>)、HER3(ErbB3)及びHER4(ErbB4)を含む4つの異なるメンバーを含む。EGFRファミリーのメンバーは、密接に関連した一本鎖モジュラー糖タンパク質であり、細胞外リガンド結合領域、単一膜貫通ドメイン及び細胞内チロシンキナーゼを有し、その後に下流シグナルタンパク質のドッキングに重要な特定のリン酸化部位が続く。
HER受容体ファミリーの細胞外領域は、受容体の二量体化に重要な2つの相同リガンド結合ドメイン(ドメイン1及び3)及び2つのシステインリッチドメイン(ドメイン2及び4)を含む。リガンドがない場合、HER受容体は、通常、ドメイン2と4の密接な相互作用を特徴とする「テザー」構造として知られている不活性モノマーとして存在する。リガンドが細胞外ドメインに結合することによって、立体配座再配列が引き起こされ、二量体化ドメイン2及び4が露出する。従って、成長因子のHER受容体への結合によって、受容体の二量体化を可能にする立体配座の変化が誘導される。細胞外受容体が二量体化した後、膜貫通ヘリックスは、細胞内キナーゼドメインが互いにトランス自己リン酸化することを可能にするように、活性立体配座に切り替える。このリン酸化によって、特定の下流シグナル伝達タンパク質の動員を可能にする。
上皮成長因子受容体1(EGFR)は、原因としてヒト悪性腫瘍に関与している。特に、乳癌、膀胱癌、肺癌、頭部癌、頸部癌、胃癌及び神経膠芽腫でEGFRの発現の増加が観察された。
ヒト上皮成長因子受容体2(HER2、ErbB2又はNeuとしても知られ、UniProtKB/Swiss-Prot No. P04626)は、1233個のアミノ酸からなり、構造的にはEGFRに類似し、4つのサブドメイン1~4からなる細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、膜近傍ドメイン、細胞内細胞質チロシンキナーゼ及び調節性C末端領域を有する。しかしながら、HER2の細胞外領域の構造は、重要な面で他のEGF受容体と異なる。他のEGF受容体では、非活性化状態で、ドメイン2がドメイン4に結合する。ドメイン1及び3に結合する際に、活性化成長因子(リガンド)は、ErbB二量体パートナーと相互作用するように二量体化アームがドメイン2から伸びることを可能にする立体配座を選択して安定的にする。一方、HER2は、他の受容体メンバーのリガンド活性化状態に似ている固定的立体配座を有する。即ち、ドメイン2~4の相互作用がなく、ドメイン2における二量体化ループが持続的に露出する。HER2は、他のErbBファミリーメンバーと共にヘテロ二量体複合体を形成することにより活性化され、EGFR及びHER3リガンドによって間接調節される。HER2は、他の3つのErbB受容体にとって好ましいヘテロ二量体化パートナーであり、リガンド-受容体複合体の解離速度を遅くすることにより、他のErbB受容体のリガンドに対する親和性を補強し、よって、HER2はシグナル伝達を補強して延長する。
細胞表面のHER2が過剰であると、複数の組織からの上皮細胞の形質転換が引き起こされる。neu遺伝子のヒトホモログ(HER2としても知られている)の増幅は、乳癌及び卵巣癌で観察され、予後不良に関連している(US4,968,603)。HER2の過剰発現は、胃癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、肺癌、腎臓癌、結腸癌、甲状腺癌、膵臓癌及び膀胱癌を含む他の癌でも観察された。
HER2を標的とする抗体
Drebinと同僚は、US6,733,752に開示されているラットneu遺伝子産物p185<neu>に対する抗体を提案した。
Hudziakら(1989,Mol.Cell.Biol.9(3),1165-1172)は、ヒト乳房腫瘍細胞株SkBr-3により特徴付けられるHER2抗体グループの生成について説明した。細胞増殖アッセイを使用し、4D5と呼ばれる抗体によって最大限の阻害が得られた。更に、抗体4D5がHER2過剰発現乳房腫瘍細胞株をTNF-[α]の細胞毒性効果に敏感にすることが見出され、US5,677,171をも参照する。マウスHER2抗体4D5の組換えヒト化形態(huMAb4D5-8、rhuMAb HER2、トラスツズマブ又はハーセプチン;US5,821,337)は、以前に広範な抗癌療法を受けたHER2過剰発現転移性乳癌患者に対して臨床的に有効である。ハーセプチンは、化学療法と組み合わせてHER2陽性転移性胃(胃部)癌患者に使用されることが承認された。
ハーセプチンは、腫瘍がHER2タンパク質を過剰発現する、及び/又はHER2遺伝子が増幅する早期及び転移性乳癌患者に対する治療に広く用いられている。ハーセプチン/トラスツズマブによる乳癌患者の治療は、例えばHER2陽性疾患の患者に推奨され、且つ、現在、日常的に行われており、US2002/0064785、US2003/0170234A1、US2003/0134344及びUS2003/0147884を参照する。従って、従来技術では、高いHER2タンパク質発現量(例えば、免疫組織化学(IHC)によってHER2(3+)として定義される)に基づくトラスツズマブ/ハーセプチン療法に対する乳癌患者の適格性に注目している。免疫組織化学的方法によって乳房組織生検や乳房組織切片などの患者から得られたサンプル、又は転移性部位に由来する組織において高いHER2(タンパク質)発現量を検出した場合(例えば、HER2(+++)又はHER2遺伝子増幅(例えば、HER2遺伝子コピー数が腫瘍細胞あたりに4コピーのHER2遺伝子よりも高い)又はその両方)、乳癌にHER2陽性疾患が存在すると定義する。遺伝子レベルでHER2の過剰発現及び増幅を検出するために頻繁に使用されている方法の1つは、US2003/0152987にも記載されている蛍光インサイツハイブリダイゼーション(FISH)である。
ヒト化抗体であるペルツズマブは、HER二量体化阻害剤(HDI)として知られている最初の新しいクラスの薬剤である。ペルツズマブは、その二量体化ドメインでHER2に結合することにより、活性ヘテロ二量体受容体複合体を形成する能力を阻害し、最終的に細胞の成長と分裂を引き起こす下流シグナルカスケードを遮断する。ペルツズマブは、HER2の細胞外ドメイン2に対するものである。HER2のドメイン4に結合することによって作用するトラスツズマブと比べれば、ペルツズマブは、対応する活性化リガンドの存在下で、HER2とHER3及びEGFR受容体ファミリーの他のメンバーとの二量体化を阻害するHER二量体化阻害剤である。ペルツズマブは、複合体形成を遮断することで、HER1、HER3及びHER4のリガンドによって活性化された成長刺激効果及び細胞生存シグナルを阻止する。ペルツズマブは、Perjetaという名前で、以前に抗HER2療法又は転移性疾患に対する化学療法を受けたことのないHER2陽性転移性乳癌患者のためにトラスツズマブ及びドセタキセルと併用して治療することに用いられると、FDAによって承認された。ペルツズマブは、ヒトIgG1([κ])フレームワーク配列に基づく完全ヒト化組換えモノクローナル抗体である。ペルツズマブ及びそれによる療法の対象患者の選択に関する特許公報は、US20060073143A1、US20030086924、US20040013667A1及びUS20040106161A1を含む。
トラスツズマブについて、化学療法のみの場合に比べて、化学療法と併用する場合は、例えば生存期間の延長の面で臨床的有用性を示したことが分かったが、殆どのHER2陽性乳癌患者は非応答者であることが発見された(ハーセプチンと化学療法を併用した場合、全体の応答率が45%であり、化学療法のみの場合、29%である)。
従って、HER2に対するモノクローナル抗体療法は、例えばHER2を過剰発現する転移性乳癌に対して改良治療を提供できることを示したが、まだ相当な改良余地がある。
HER2を標的とする非抗体足場
最近、代替の標的タンパク質が提案され、ヒト免疫グロブリン由来の抗体フラグメント及び抗体由来の構築物とフォーマットに比べて、分子構造がより多様であり、ヘテロ二量体及び多量体アセンブリを作製することによってより多くの分子フォーマットを可能にし、新しい生物学的機能をもたらす。このような標的タンパク質はたくさん記載されている((Binz et al.,2005,Nat.Biotech,23,1257-1268)で総説された)。このような標的タンパク質の非限定的な例として、ラクダ抗体、タンパク質Aドメインに由来するタンパク質足場(「アルファボディ」と呼ばれ、Affibody AB)、テンダミスタット(αアミラーゼ阻害剤、ストレプトマイセス・テンダエからの74個のアミノ酸のβシートタンパク質)、フィブロネクチン、リポカリン(「Anticalins」,Pieris)、T細胞受容体、アンキリン(「DARPins」と呼ばれる設計アンキリンリピートタンパク質,Univ.Zurich and Molecular Partners;US20120142611を参照)、いくつかの受容体のAドメイン(「Avimers」,Avidia)及びPDZドメイン、フィブロネクチンドメイン(FN3)(「Adnectins」,Adnexus)、コンセンサスフィブロネクチンドメイン(「Centyrins」,Centyrex/Johnson&Johnson)、ユビキチン(「Affilins」,SCILタンパク質)及びノッチン(Moore and Cochrane,2012, Methods in Enzymology 503,223-251及びその中に引用された参考文献)が挙げられる。
これらのタンパク質から、多量体及び多特異性アセンブリを構築することができる(Caravella and Lugovskoy,2010,Current Opinions in Chemical Biology,14,520-528;Vanlandschoot et al.,2011,Antiviral Research 92,389-407;Lofblom et al.,2011,Current Opinion in Biotechnology,22,843-848,Boersma et al.,2011,Curr.Opin.Biotechnol.,22,849-857)。これら及び他のペプチドドメインを抗体に融合して、所謂Zybodies(Zyngenia Inc.,Gaithersburg,MD)を作製することも可能である。
これらの異なる固有特性を有する足場の共通点としては、当業者に公知の選択技術を使用することによって、特異的エピトープに結合するようにすることができる(Binz et al.,ibid.)。
例えば、HER2の異なるドメインのそれぞれは、ドメイン1及びドメイン4の場合に証明されたように、バキュロウイルス発現システムを利用して昆虫細胞で個別に発現可能である(Frei et al.,2012,Nat Biotechnol.,30,997-1001)。それにより、選択されたバインダーが対象ドメインに向けられることが保証される。次に、HER2ドメインは、前述したようにビオチン化され(Zahnd et al.,2006,J.Biol.Chem.281(46),35167-75)、ストレプトアビジンをコートした磁気ビーズ、或はストレプトアビジン又はニュートラアビジンをコートしたマイクロタイタープレートに固定化されることができる(Steiner et al.,2008,J.Mol.Biol.382,1211-1227;Zahnd et al.,2007,J.Mol.Biol.369,1015-1028.)。そのように固定化されたHER2ドメインは、ファージディスプレイフォーマット又はリボソームディスプレイフォーマットの多様なタンパク質ライブラリーの標的として役割を果たすことができる。多種多様な異なる抗体ライブラリーが既に公開され(Mondon P.et al.,2008,Frontiers in Bioscience.13,1117-1129)、結合抗体の選択技術は、当業者に公知のものである。ファージディスプレイは、抗体フラグメント(Fabフラグメント、scFvフラグメント、又は単一ドメイン抗体)(Hoogenboom,2005,Nature Biotechnology.,23(9),1105-1116)及びジスルフィド結合を含む他の足場に適するフォーマットであるが、ジスルフィド結合を含まない足場にも適用可能である(例えば、Steiner et al.,2008,J.Mol.Biol.,382,1211-1227)(Rentero et al.,2011,Chimia.,65(11),843-5,Skerra A.,2007,Current Opinion in Biotechnology., 18(4), 295-304)。同様に、リボソームディスプレイは、抗体フラグメント(Hanes et al.,2000,Nat.Biotechnol.,18,1287-1292)及び他の足場に適用可能である(Zahnd et al.,2007,Nat.Methods,4,269-279;Zahnd et al.,2007,J.Mol.Biol.,369,1015-28.)。3つ目の強力な技術は、酵母ディスプレイである(Pepper et al.,2008,Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening,11(2),127-134)。この場合、対象結合タンパク質のライブラリーは、酵母の表面にディスプレイされ、HER2のドメインのそれぞれは、蛍光色素で直接標識されるか、抗Hisタッグ抗体でそのHisタグが検出され、抗Hisタッグ抗体は、また二次抗体で検出される。このような方法は、当業者に公知のものである(Boder et al.,2000,Methods in Enzymology,328,430-44)。
エンジニアリングの別の可能性は、二重特異性又はそれ以上の多価結合分子を作製するためにこれらのバインダーを接続することである。このような接続は、遺伝的にこれらの結合分子の2つ以上を融合することによって、又は化学的に別々に発現される分子を架橋することによって、又は二量体化ドメインを追加することによって(それぞれの又はその任意の組み合わせの独立した従属請求項を含む)、実現可能である(例えば、Stefan et al.,2011,J.Mol Biol.,413,826-843;Boersma et al.,2011,J.Biol.Chem.,286,41273-41285を参照)。
二重特異性抗HER2ラクダ科抗体構築物(二重特異性ナノボディ)は、US20110059090に示されている。この文献は、ペルツズマブとの競合で定義される細胞外ドメイン2及びトラスツズマブとの競合で定義されるドメイン4で同時にHER2を標的とする二重特異性分子に関する。この分子は、SkBr3細胞株を使用した生体外細胞培養モデルで直接比較した結果、トラスツズマブ(ハーセプチン)よりも強い抗増殖活性を示すと述べられている。
既知のHER2特異的リガンドが一切存在しないため、現在のHER2標的戦略は、相互作用表面に結合して受容体の二量体化を遮断することを目的としている。現在のHER2受容体の二量体化に関する知見は、殆どEGFRホモ二量体のリガンド結合型結晶構造に基づいており、当該結晶構造は、全てのEGF受容体ファミリーメンバーの活性モードとして広く認められている(Garret et al.,2002,Cell,110,763-773)。2つのEGFR分子は、背面同士の相互作用を示す。この発見を、HER2及びEGFRファミリーの他のメンバーとの可能性のある相互作用へと展開すると、1つの相互作用界面は、HER2の細胞外部分のドメイン2に存在する。ペルツズマブは、ドメイン2に結合し、この界面で受容体の相互作用を確実に遮断することが知られている。他の知られている相互作用は、HER2の細胞外部分のドメイン4に存在する。この相互作用界面はトラスツズマブによって遮断されることが考えられている。しかし、ペルツズマブとトラスツズマブとの2つの抗体は、同時に使用されたとしても、全てのHER2相互作用を完全に遮断することができない。細胞外部分とHER2のキナーゼドメインの相互作用は、ペルツズマブやトラスツズマブに遮断された状態でも一部の残留相互作用が可能であるように連結されていると考えられ、これは結晶構造データに合致する(Lu et al.,2010,Mol.Cell.Biol.,22,5432-5443)。2つのエピトープ(ペルツズマブ及びトラスツズマブ)に同時に結合する上記二重特異性リガンド(US2011/0059090)によれば、細胞培養モデルでの細胞の成長は約50%減少するが、トラスツズマブによる効果では、約40%減少する。しかしながら、トラスツズマブとペルツズマブの混合物で処理することによっても、同じ効果を実現することができる。
特許出願WO2014/060365には、HER2細胞外ドメイン1(D1エピトープ)に結合する第1のポリペプチドリガンド及びHER2細胞外ドメイン4(D4エピトープ)に結合する第2のポリペプチドリガンドを含み、第1のポリペプチドリガンドと第2のポリペプチドリガンドがリンカーによって分離している二重特異性HER2標的薬剤が記載されている。これらのバイパラトピック結合剤のうち活性の最も高いものは、主に分子間結合モードで2つの分離しているHER2分子に結合する。それにより、これらのバイパラトピック二価結合剤は、これらのパラトープ及び好ましくは短いペプチドリンカーによって、1つのHER2のHER2_ECD1と他のHER2分子のHER2_ECD4を架橋し、分子内結合よりも分子間結合に一層寄与する。バイパラトピック結合剤の二価結合モードは、細胞表面でHER2受容体の重合を誘導するため、生産的なHER2/HER3又はHER2/EGFRヘテロ二量体又はHER2/HER2ホモ二量体を形成することができない(Tamaskovic et al.,2016,Jost et al.,2013)。そのため、HER2過剰発現癌細胞においてHER2及びHER3リン酸化が阻害され、続いて、HER2/HER3受容体からの増殖と抗アポトーシスシグナル伝達を停止させ、最終的にアポトーシスによって細胞死が誘導される。しかしながら、これらのバイパラトピック結合剤は、HER2受容体の総発現量に影響しない(Tamaskovic et al.,2016)。HER2受容体の総発現は、依然として比較的に高く、HER2受容体の不完全な不活性化を引き起こす可能性がある。更に、これらの構築物は、全身適用に必要な所望の薬物動態特性を示していない。血流中の長い血清半減期やFcRn受容体への結合によるタンパク質リサイクルメカニズムのような所望の機能は、これらの構築物では実現されていない。更に、これらのバイパラトピック構築物は、補体依存性細胞傷害(CDC)や抗体依存-細胞媒介細胞傷害(ADCC)のような抗体エフェクター機能を利用していない。これらのエフェクター機能は、バイパラトピック結合剤の生体内での抗腫瘍活性を更に高めることに寄与することができる。最後に、これらのバイパラトピック結合剤は、T細胞エピトープを回避するように更に改変されていないため、潜在的に免疫応答を誘導する傾向がある。これによって、免疫能の正常な患者の反復投与後の忍容性と血清値が大幅に低減する可能性がある。
更に、HER2のD4とD2エピトープに結合するトラスツズマブと39S抗体可変配列の融合体を含む四価バイパラトピックHER2標的抗体薬物複合体が記載されている(Li et al.,2016,Cancer Cell,29,117-129)。この複合体は、MedimmuneによってMEDI4276という名前で商品化され、第1/2相臨床試験(NCT02576548)でテストされた。しかしながら、ツブリシン毒性ペイロードを融合していないアーム無し形態のバイパラトピックIgG融合構築物は、癌細胞増殖の阻害を誘導するには十分ではない。逆に、このIgG融合分子の非複合形態は、HER2過剰発現癌細胞モデルにおいて高濃度で癌細胞増殖の活性化を誘導する。これは、シグナル伝達能力を有するHER2ホモ二量体及びヘテロ二量体の形成を増やすようにHER2_ECD2及びHER2_ECD4に結合することによって引き起こされる可能性がある。一方、この四価バイパラトピックHER2標的抗体の非複合IgG融合タンパク質形態は、HER2受容体発現のダウンレギュレーションを誘導することができる(Li et al.,2016,Cancer Cell,29,117-129)。纏めていえば、四価scFv_4D5-IgG_39S融合タンパク質は、HER2発現をダウンレギュレートするが、HER2シグナル伝達に対する阻害を示しておらず、その代わりに特定のHER2過剰発現モデルで癌細胞増殖の活性化を招く。これは、HER2のダウンレギュレーションと癌細胞の成長に対する阻害が簡単に関連しているわけではないことも示している。明らかに、HER2標的薬剤のHER2依存性シグナル伝達経路に対する阻害は、臨床応用に必須のものである。例えば、トラスツズマブ(ハーセプチン)は、HER3のシグナル伝達を確かに遮断し、PI3K経路活性化突然変異のないHER2過剰発現癌において細胞増殖を確かに大幅に減少している。
上記した従来技術に基づき、本発明の目的は、従来技術の上記欠点を鑑みて改善されたHER2標的薬剤を提供するための手段及び方法を提供し、特に、HER2標的薬剤に結合する他の小分子毒素がない場合、改善されたHER2シグナル伝達阻害、発現ダウンレギュレーション、重合及びクラスタリング、受容体拡散の阻害、分解及び/又はリサイクルの阻害を示すHER2標的薬剤を提供することである。この目的は、本明細書の独立請求項の主題によって達成される。
本発明は、四量体ポリペプチドに関し、
NからCの方向に第1のVL抗原結合ドメイン及び第1のCL定常ドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、
NからCの方向に第1のVH抗原結合ドメイン、第1のCH1定常ドメイン、第1のCH2定常ドメイン及び第1のCH3定常ドメインを含む第2のポリペプチド鎖と、
HER2 D4エピトープに特異的に結合する第1のリガンドであって、第1のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第2のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第1のリガンドと、
第1のポリペプチド鎖の第1のVL抗原結合ドメイン及び第2のポリペプチド鎖の第1のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第2のリガンド、特にFabドメインと、
NからCの方向に第2のVL抗原結合ドメイン及び第2のCL定常ドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、
NからCの方向に第2のVH抗原結合ドメイン、第2のCH1定常ドメイン、第2のCH2定常ドメイン及び第2のCH3定常ドメインを含む第4のポリペプチド鎖と、
HER2 D4エピトープに特異的に結合する第3のリガンドであって、第3のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第4のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第3のリガンドと、
第3のポリペプチド鎖の第2のVL抗原結合ドメイン及び第4のポリペプチド鎖の第2のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第4のリガンド、特にFabドメインと、を含むか、又はそれらからなる。
従って、本発明による四量体ポリペプチドは、2倍の2つの異なるHER2結合パラトープを含み、つまり、四価である。当該ポリペプチドは、単一の分子でD1とD4という2つの異なるHER2エピトープへの結合部位を含むため、バイパラトピックである。
驚くべきことに、当該ポリペプチドは、従来の抗体及び二価バイパラトピックポリペプチド(合わせて2つの結合パラトープからなる)に比べて、優れたHER2不活性化を示し、細胞の成長と増殖、アポトーシス及び他の形態の細胞死、HER2内在化及びHER2リサイクル阻害、HER2発現ダウンレギュレーション及びHER2分解、HER2架橋、HER2二量体化の阻害及びHER2受容体表面移動度の低下にも効果がある。更に、分子サイズの増加によって腎臓濾過が除外され、FcRnにより媒介されるリサイクルによって薬物動態特性が増やされる。最後に、Fc部分が存在するため、抗体依存-細胞媒介細胞傷害(ADCC)及び補体依存性細胞傷害(CDC)が発生する場合もある。最後に、全ての配列がヒト抗体の配列であるため、構築物は非免疫原性配列からなる。纏めていえば、本発明による四量体ポリペプチドは、HER2発現癌の全身療法の有望な候補である。
別の実施形態において、本発明は、本発明の化合物又はその医薬的に許容される塩、及び少なくとも1つの医薬的に許容される担体、希釈剤又は賦形剤のうちの少なくとも1つを含む医薬組成物に関する。
本発明は、更に、四量体ポリペプチドの悪性腫瘍性疾患の予防又は治療方法における応用、ポリペプチドをコードする単離された核酸、ポリペプチドを産生するための宿主細胞、及びポリペプチドの取得方法に関する。
バイパラトピック抗HER2結合剤のスキームを示す。 バイパラトピック抗HER2結合剤の更なるスキームを示す。 CHO細胞において構築物441の軽鎖と重鎖を共発現するためのプラスミドのベクターマップ(二重発現カセットを有するPymex10に基づくベクター[CMV GOI polyA])を示す。 CHO細胞において構築物47C2の軽鎖と重鎖を共発現するためのプラスミドのベクターマップ(二重発現カセットを有するPymex10に基づくベクター[CMV GOI polyA])を示す。 CHO細胞において構築物841を発現するためのプラスミドのベクターマップを示す。 タンパク質Aアフィニティークロマトグラフィーからの構築物441の溶出プロファイルを示す。 カチオン交換クロマトグラフィーからの構築物441の溶出プロファイルを示す。 サイズ排除クロマトグラフィーからの構築物441の溶出プロファイルを示す。 構築物441の精製からの画分のクーマシー染色SDS-PAGEゲルを示す。 構築物441(scFV-IgG)の発現中におけるCHOの生死判別試験を示す。示された時間でCHO細胞における構築物441の発現最適化を行った。細胞をMIrusからのCHOgro培地(MIR 6260)で培養し、更にそれぞれ遊離システイン(還元型)(2)、グルタチオン(3)、ウシ胎児血清(4)、又は全ての添加剤(5)を加えた。CHO細胞をCASYセルカウンター(Scharfe System)で分析した。 示された時間後にCHO細胞の培地に分泌された構築物441発現のウェスタンブロットを示す。細胞をMIrusからのCHOgro培地(MIR6260)で培養し(1)、更にそれぞれ遊離システイン(還元型)(2)、グルタチオン(3)、ウシ胎児血清(4)、又は全ての添加剤(5)を加えた。アセトン沈殿により培地からタンパク質を沈殿させ、SDS PAGEバッファーに再溶解させた。タンパク質を4~12%の勾配ゲルで分離し、Odysseyシステム(LI-COR)でウェスタンブロットを分析した。精製された無傷の全長構築物441は、対照(A)として示され、170kDaのマーカーを超える。Thermo Scientific製の分子量マーカーであるPage rulerは赤で示される。 4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示す。トラスツズマブ(TZB)、バイパラトピックDARPin(6L1G)、及びバイパラトピック構築物の異なる融合変異体が示される。LF IgG HL(構築物441のネズミ親)、HF IgG HL(構築物241のネズミ親)は、バイパラトピックDARPin 6L1Gに比べて同様な抗増殖活性を示し、トラスツズマブ(TZB)より優れている。HF IgG LH(ネズミ変異体、配列なし)及びLF IgG LH(ネズミ配列、配列なし)は、バイパラトピックDARPinに比べて低下した抗増殖活性及びより高いIC50濃度を示す。 リンカーの長さの影響をテストするために4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示す。バイパラトピックDARPin(6L1G)とバイパラトピック構築物(441のネズミ親構築物)の異なる融合リンカー変異体とを比較する。2-AAリンカー(GS)は、最も高い抗増殖活性を示す。4-AA、7-AA及び12-AAリンカーは同様な活性を示す。22-AAリンカー変異体は低下した活性を示す。 4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示す。バイパラトピックDARPin(6G; 6L1G)、バイパラトピック構築物441(441)、バイパラトピック構築物411(ヒト化κ1 VH1)及びバイパラトピック構築物443(ヒト化κ4 VH3)が示される。443が低下した活性を示した以外、他の全てが同様なプラトーレベルの抗増殖活性を示す。 TZB scFvに融合した場合、異なるヒト化形態のA21 IgGで4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示す。ヒト化の戦略は前述した通りである。異なる変異体は、ヒト化κ1 VH3又はヒト化κ1 VHコア移植組織を使用する。 4日間処理した後のBT474細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。四価IgG(HF IgG HL及びLF IgG HLネズミ)と二価Fab融合体(HF Fab HL及びLF Fab HLネズミ)とを比較する。全ての構築物は同様なプラトー値とIC50値を示す。 4日間処理した後のSKBR3細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。バイパラトピックDARPin(6G)、バイパラトピック構築物(441 tf)、トラスツズマブ(TZB)が示される。 4日間処理した後のCALU-3細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示す。バイパラトピックDARPin(6G)、バイパラトピック構築物(構築物441(441tf))、トラスツズマブ(TZB)が示される。 4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示し、ドメイン1結合ユニットの効果をテストする。A21(構築物441tf)又は7C2融合体を有するバイパラトピック構築物は、異なるIC50及びプラトーレベルを示す。 4日間処理した後のBT474細胞を用いた細胞増殖アッセイ(XTT)を示し、ドメイン1結合ユニットの効果をテストする。A21(構築物441)又は39S(39s HF IgG HL)を含むバイパラトピック構築物が示される。 4日間処理した後のHCC1419細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。バイパラトピックDARPin(6G; 6L1G)、バイパラトピック構築物441(441tf)及び二価LF-oaFabFc(A21-TZB-4oa)が示される。441及び6Gは、4日後に細胞増殖に対して同様な阻害を示す。441に比べて、LF-oaFabFcは、細胞増殖に対する阻害が少々低下する。 4日間処理した後のBT474及びHCC1419細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。全てヒトに由来するものである。 4日間処理した後のBT474及びHCC1419細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。全てヒトに由来するものである。 a)4日間処理した後のBT474(左)及びHCC1419(右)細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイの上部パネル、及び4日間処理した後のBT474(左)及びHCC1419(右)細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイ(より高い親和性を有する変異体(NGS及びGGG))の下部パネル、b)NGSの新しい発現を用いて繰り返して行った実験を示す。 4日間処理した後のBT474(左)及びHCC1419(右)細胞を用いたXTT細胞増殖アッセイを示す。 HCC1419細胞を3Dスフェロイドに成長させたXTT細胞増殖アッセイを示す。 示された薬剤(ネズミ)により24時間後処理(BT474)を行った後のウェスタンブロットを示す。 3日間処理した後のBT474細胞におけるアポトーシスの誘導の上部パネルを示す。ヨウ化プロピジウム(PI)陽性細胞の平均数を4回繰り返してから決定し、Cell Profilerによりカウントし、スチューデントのt検定により分析した。トラスツズマブ(TZB)に比べて、バイパラトピック構築物(441,441tf)は、明らかにより多くの細胞死を誘導した。441とバイパラトピックDARPin(6L1G)は、同様なレベルの細胞死を示す。また、3日間処理した後のBT474細胞におけるアポトーシスの誘導の下部パネルを示す。アネキシンV陽性細胞の平均数を3~4回繰り返してから決定し、Cell Profilerによりカウントし、スチューデントのt検定で分析した。トラスツズマブ(TZB)に比べて、バイパラトピック構築物441は、明らかにより多くのアポトーシスを誘導した。構築物441と6L1Gは同様なレベルのアポトーシスを示す。 示された薬剤で3日間処理した後のBT474細胞の画像を示す。 Alexa647標識トラスツズマブ(TZB)、バイパラトピック構築物441及びバイパラトピック片腕構築物oaLF及びoaHFを、100nMの濃度で300万のBT474細胞と共にNaN3(0.1%)及びBSA(1%)を含む3mlのPBSにおいて4℃で1時間インキュベートした結果を示す。結合前に、内在化を遮断するために、0.1%のNaN3で1%のBSAを含むPBSにおいてBT474細胞を前処理したことに留意されない。その後、CyFlow Space機器(Partec)により細胞を分析した。全ての結合剤は、HER2陽性BT474細胞の表面への特異的な結合を示す。 100 nMの示された薬剤で処理した後の細胞死の誘導を示す。処理時点の24時間前にBT474、N87、HCC1419及びSKBR3細胞を96黒色クリアウェルの顕微鏡プレート(Nunc)に接種し、3日間連続して処理し、全細胞をHOECHST-33342(Invitrogen)で染色し、ヨウ化プロピジウム(Sigma)で膜透過性の死細胞を染色した。細胞をLionheart FX自動顕微鏡(BioTek Instruments)により分析し、Gen5ソフトウェア(BioTek Instruments)によりヨウ化プロピジウム及びHOECHST-33342陽性細胞の数を定量した。ヨウ化プロピジウムとHOECHST-33342陽性細胞の比率は、生物学的反復を3回行ってから計算され、平均値及びSDは、対応する棒グラフに示される。トラスツズマブ(TZB)又はトラスツズマブとペルツズマブの組み合わせ(TZB+PZB)に比べて、HER2のドメイン1及び4に結合するバイパラトピック結合剤(6L1G、441、841、LFoa、241、641、HFoa、7C2LF)は、HER2陽性癌細胞でより多くの死細胞を持続的に誘導する。 NSGマウスの血清における構築物441の半減期を示す。サンドイッチELISA法により先に441を注射(3mg/kg)したマウスの採取された血清を分析した。441は約4.3時間のアルファ相を示し、引き続き45時間以上のベータ相を示した。 SCIDベージュマウス内のN87異種移植片に対する441の生体内活性を示す。N87腫瘍のサイズが150mm3に達した後、マウスに441(10mg/kg)を4週間に8回注射して処理する。未処理のマウス及びTZB(10mg/kg)又はhuA21G(10mg/kg)で処理したマウスに比べて、441は、腫瘍のサイズを明らかに減少する。 トラスツズマブ(TZB)、huA21G(A21)、それらの組み合わせ又は441で2時間処理した後のBT-474細胞、及び対照とされる未処理(抗ヒト一次抗体を加えるか、又は加えない)の細胞の代表的な顕微鏡画像を示す。2-(4-アミジノフェニル)-1H-インドール-6-カルボキシミドアミド(DAPI)で核を染色し、ヤギ由来の抗ヒトFc抗体で抗体を検出し、抗LAMP1抗体でリソソームコンパートメントを検出した。 構築物441及び841、hA21G、トラスツズマブ(TZB)、トラスツズマブとhA21Gの組み合わせ(TZB+hA21G)、ペルツズマブ(PZB)、トラスツズマブとペルツズマブの組み合わせ(TZB+PZB)、及びHSP90阻害剤であるゲルダナマイシン(GA)の経時的処理及び後続の表面タンパク質内在化及び分解アッセイの結果を示す。
発明の具体的説明
用語及び定義
別途定義されていない限り、本明細書で使用される全ての技術的用語及び科学的用語は、本分野(例えば、細胞培養、分子遺伝学、核酸化学、ハイブリダイゼーション技術及び生化学)の当業者が普通に認識しているものと同じ意味を有する。標準的な技術は、分子的、遺伝的、生化学的方法(一般的に、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,2d ed.(1989)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.and Ausubel et al.,Short Protocols in Molecular Biology(1999)4th Ed,John Wiley & Sons, Inc.を参照)及び化学的方法に適用される。
本明細書の文脈における「ある主題はある対象を含む」という用語は、当該主題が当該対象からなり、つまり、「含む」という用語が「からなる」と同義である個別の実施形態を含む。他の個別の実施形態において、対象は、主題に含まれるいくつかの異なるもののうちの1つである。
本明細書の文脈におけるリガンドという用語は、標的、特にHER2に結合するポリペプチドの領域に関する。
本明細書の文脈におけるドメイン間アミノ酸リンカーという用語は、第1のポリペプチドドメインのC末端を第2のポリペプチドドメインのN末端に共有結合させるポリペプチドリンカーに関する。
本明細書の文脈におけるエピトープという用語は、抗体が結合する抗原分子の領域に関する。
本明細書の文脈におけるFabドメインという用語は、C末端でCLドメインに(共有結合)連結されるVLドメインからなる第1の鎖と、C末端でCH1ドメインに(共有結合)連結されるVHドメインからなる第2の鎖とを含み、CLドメインとCH1ドメインがジスルフィド結合によって連結される抗体分子に関する。
本明細書の文脈におけるVL抗原結合ドメインという用語は、抗体の軽鎖、特に免疫グロブリンG軽鎖の可変ドメインに関する。
本明細書の文脈におけるVH抗原結合ドメインという用語は、抗体の重鎖、特に免疫グロブリンG重鎖の可変ドメインに関する。
本明細書の文脈におけるCL定常ドメインという用語は、抗体の軽鎖、特に免疫グロブリンG軽鎖の定常ドメインに関する。
本明細書の文脈におけるCH1定常ドメインという用語は、抗体の重鎖、特に免疫グロブリンG重鎖の第1の定常ドメインに関する。
本明細書の文脈におけるCH2定常ドメインという用語は、抗体の重鎖、特に免疫グロブリンG重鎖の第2の定常ドメインに関する。
本明細書の文脈におけるCH3定常ドメインという用語は、抗体の重鎖、特に免疫グロブリンG重鎖の第3の定常ドメインに関する。
本明細書の文脈における一本鎖可変フラグメントという用語は、ポリペプチドリンカー(scFvリンカー鎖)によりVL抗原結合ドメイン(scFv軽鎖とも称される)に共有結合するVH抗原結合ドメイン(scFv重鎖とも称される)に関する。
本明細書において、陽性という用語は、マーカーの発現の文脈で用いられる場合、蛍光標識抗体により測定された抗原の発現を指し、標識の「陽性」と言われる構造(例えば、細胞)上における蛍光は、同一の標的に特異的に結合していないアイソタイプ適合蛍光標識抗体で染色した場合に比べて、蛍光強度の中央値が少なくとも30%高く(≧30%)、特に≧50%又は≧80%である。マーカーのこのような表現は、マーカーの名前の後に続く上付き文字の「プラス」()で示され、例えばCD4である。
本明細書において、陰性という用語は、マーカーの発現の文脈で用いられる場合、蛍光標識抗体により測定された抗原の発現を指し、蛍光強度の中央値は、同一のターゲットに特異的に結合していないアイソタイプ適合抗体の蛍光強度の中央値よりも30%未満高く、特に15%未満高い。マーカーのこのような表現は、マーカーの名前の後に続く上付き文字のマイナス()で示され、例えばCD127である。
マーカーの高発現について、例えば、CD25の高発現とは、FACSによって検出された明らかに区別可能な細胞集団におけるマーカーの発現量が、細胞あたりにより低い蛍光強度によって特徴付けられる他の集団に比べて、細胞あたりに最も高い蛍光強度を示すことを指す。高表現は、マーカーの名前の後に続く上付き文字の「high」又は「hi」で示され、例えばCD25highである。「高く発現される」という用語は、同じ特徴を指す。
マーカーの低発現について、例えば、CD25の低発現とは、FACSによって検出された明らかに区別可能な細胞集団におけるマーカーの発現量が、細胞あたりにより高い蛍光強度によって特徴付けられる他の集団に比べて、細胞あたりに最も低い蛍光強度を示すことを指す。低発現は、マーカーの名前の後に続く上付き文字の「low」又は「lo」で示され、例えばCD25lowである。「低く発現される」という用語は、同じ特徴を指す。
マーカーの発現は、蛍光顕微鏡法、フローサイトメトリー、ELISPOT、ELISA又は多重分析などの技術によって測定することができる。
本明細書の文脈におけるポリペプチドという用語は、アミノ酸がペプチド結合によって接続される線形鎖を形成する50個以上のアミノ酸からなる分子に関する。ポリペプチドのアミノ酸配列は、(生理学的に発見された)タンパク質全体又はその断片のアミノ酸配列を表すことができる。本明細書において、「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、互換可能に使用され、タンパク質及びそのフラグメントを含む。本明細書において、ポリペプチドは、アミノ酸残基配列として開示されている。
本明細書の文脈におけるペプチドという用語は、アミノ酸がペプチド結合によって接続される線形鎖を形成する、最大50個のアミノ酸、特に8~30個のアミノ酸、より特に8~15個のアミノ酸からなる分子に関する。
アミノ酸残基配列は、アミノ末端からカルボキシル末端まで提供される。配列位置の大文字は、1文字のコードのL-アミノ酸を指す(Stryer,Biochemistry,3rd ed.p.21)。アミノ酸配列位置の小文字は、対応するD-又は(2R)-アミノ酸を指す。配列は、アミノ末端からカルボキシ末端の方向に左から右へ書かれている。標準名称法によると、アミノ酸残基配列は、アラニン(Ala,A)、アルギニン(Arg,R)、アスパラギン(Asn,N)、アスパラギン酸(Asp,D)、システイン(Cys,C)、グルタミン(Gln,Q)、グルタミン酸(Glu,E)、グリシン(Gly,G)、ヒスチジン(His,H)、イソロイシン(Ile,I)、ロイシン(Leu,L)、リジン(Lys,K)、メチオニン(Met,M)、フェニルアラニン(Phe,F)、プロリン(Pro,P)、セリン(Ser,S)、スレオニン(Thr,T)、トリプトファン(Trp,W)、チロシン(Tyr,Y)、及びバリン(Val,V)のように、3文字又は1文字のコードで命名される。Jは、ロイシン又はイソロイシンである。
遺伝子という用語は、転写・翻訳された後に特定のポリペプチド又はタンパク質をコード可能な少なくとも1つのオープンリーディングフレーム(ORF)を含むポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチド配列は、関連する遺伝子のより大きな断片又は全長コード配列を同定するために用いられることができる。より大きなフラグメント配列の単離方法は、当業者に公知のものである。
遺伝子発現或は遺伝子産物という用語は、遺伝子が転写・翻訳される際に核酸(RNA)又はアミノ酸(例えば、ペプチド又はポリペプチド)を生成するプロセス及びその産物を指す。
本明細書で使用されるように、発現は、DNAがmRNAに転写されるプロセス、及び/又は転写されたmRNAが引き続きペプチド、ポリペプチド又はタンパク質に翻訳されるプロセスを指す。ポリヌクレオチドがゲノムDNAに由来する場合、発現は真核細胞でのmRNAのスプライシングを含んでもよい。発現は、転写及び翻訳のレベルで、即ち、mRNA及び/又はタンパク質産物で測定されることができる。
本明細書に開示される配列と類似する又は相同である(例えば、少なくとも約70%の配列同一性)配列も、本発明の一部である。いくつかの実施形態では、アミノ酸レベルで、配列同一性は、約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上とすることができる。核酸レベルで、配列同一性は、約70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又はそれ以上とすることができる。また、核酸セグメントが選択的ハイブリダイゼーション条件下(例えば、高度に厳密なハイブリダイゼーション条件下)でストランドの補体にハイブリダイズされる場合、実質的同一性が存在する。核酸は、全細胞、細胞溶解物、或は部分的に精製された、又は実質的に純粋な形態で存在してよい。
2つの配列間の「相同性」又は「配列同一性」又は「類似性」の計算(これらの用語は、本明細書で交換可能に使用される)は、以下のように実行される。最適に比較するために配列をアライメントする(例えば、比較するために、最適にアライメントするように第1及び第2のアミノ酸又は核酸配列の1つ又は両方にギャップを導入してもよく、非相同配列を無視してもよい)。具体的な実施形態において、比較するためにアライメントされた参照配列の長さは、当該参照配列の長さの少なくとも30%、特に少なくとも40%、より特に少なくとも50%、更に特に少なくとも60%、更に特に少なくとも70%、80%、90%、100%である。続いて、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置にあるアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第1の配列の位置が第2の配列の対応する位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドと同じものによって占められている場合、分子はその位置で同一であるとする(本明細書で使用されるように、アミノ酸又は核酸の「相同性」はアミノ酸又は核酸の「同一性」に相当する)。2つの配列間の同一性パーセントは、2つの配列を最適にアライメントするために導入される必要のあるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮して、配列に共有される同一の位置の数の関数である。循環して関連するタンパク質の場合、同一性パーセントを計算するために必要な機能的に同等の残基の最適なアライメントを達成するために、パートナーのうちの1つの配列を適切に分割して2つのセクションにおいてアライメントする必要がある。
本明細書の文脈において、配列同一性及び配列同一性のパーセントという用語は、2つのアライメントされた配列を比較することにより決定された値を指す。比較用の配列アライメント方法は、当分野において公知のものである。比較用の配列アライメントは、Smith and Waterman,1981,Adv.Appl.Math.,2,482の局所相同性アルゴリズム、Needleman and Wunsch,1970,J.Mol.Biol.,48,443のグローバルアライメントアルゴリズム、Pearson and Lipman,1988,Proc.Nat.Acad.Sci.,85,2444の類似性検索方法、又はこれらのアルゴリズムのコンピュータ化実装によって実施されることができ、CLUSTAL、GAP、BESTFIT、BLAST、FASTA及びTFASTAを含むが、これらに限定されない。BLAST分析を実行するためのソフトウェアは、例えば、アメリカ国立生物工学情報センター(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)によって公開されている。
アミノ酸配列を比較するための1つの例は、以下のデフォルト設定を使用したBLASTPアルゴリズムである:期待閾値(Expect threshold):10、ワードサイズ(Word size):3、クエリー範囲内の最大マッチ(Max matches in a query range):0、マトリックス(Matrix):BLOSUM62、ギャップコスト(Gap Costs):存在(Existence)11、伸長(Extension)1、組成調整(Compositional adjustments):条件付き組成スコアマトリックス補正(Conditional compositional score matrix adjustment)。核酸配列を比較するための1つの例は、以下のデフォルト設定を使用したBLASTNアルゴリズムである:期待閾値(Expect threshold):10、ワードサイズ(Word size):28、クエリー範囲内の最大マッチ(Max matches in a query range):0、マッチ/ミスマッチスコア(Match/Mismatch Scores):1.-2、ギャップコスト(Gap Costs):線形。特に説明しない限り、本明細書で提供される配列同一性値は、タンパク質及び核酸の比較を行うためにそれぞれ上記デフォルトパラメータを用いたBLASTプログラム一式(Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.,215,403-410)を使用して得られた値を指す。
本明細書の文脈において、抗体という用語は、全抗体を指し、免疫グロブリンタイプG(IgG)、タイプA(IgA)、タイプD(IgD)、タイプE(IgE)又はタイプM(IgM)、任意の抗原結合フラグメント又はその一本鎖、及び関連する又はそれに由来する構築物を含むが、これらに限定されない。全抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも2つの重(H)鎖及び2つの軽(L)鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域(V)及び重鎖定常領域(C)で構成される。重鎖定常領域は、C1、C2及びC3の3つのドメインで構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域(本明細書ではVと略称する)及び軽鎖定常領域(C)で構成される。軽鎖定常領域は、1つのドメインCで構成される。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の種々の細胞(例えば、エフェクター細胞)及び古典的補体系の第1の成分を含む宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を媒介することができる。同様に、この用語は、単一の単量体可変抗体ドメインからなる抗体フラグメントである所謂ナノボディ又は単一ドメイン抗体を包含する。
本明細書の文脈において、ヒト化抗体という用語は、最初に非ヒト種の免疫細胞によって産生され、そのタンパク質配列がヒトで自然に産生された抗体変異体との類似性を高めるように修飾された抗体を指す。本明細書で使用されるヒト化抗体という用語は、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するCDR配列をヒトフレームワーク配列に移植した抗体を含む。ヒトフレームワーク配列内、及び別の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するCDR配列内で、フレームワーク領域を別途修飾してもよい。
本明細書の文脈における抗体様分子という用語は、高い親和性(Kd≦10E-8 mol/l)で別の分子又は標的に特異的に結合可能な分子を指す。抗体様分子は、抗体の特異的結合と同じようにその標的に結合する。抗体様分子という用語は、設計アンキリンリピートタンパク質(Molecular Partners,Zurich)などのリピートタンパク質、高い特異性と高親和性の標的タンパク質結合を示す改変抗体模倣タンパク質を含む(US2012/142611,US2016/250341,US2016/075767及びUS2015/368302を参照し、その全てが参照により本明細書に組み込まれる)。抗体様分子という用語は、アルマジロリピートタンパク質に由来するポリペプチド、ロイシンリッチリピートタンパク質に由来するポリペプチド、及びテトラトリコペプチドリピートタンパク質に由来するポリペプチドを更に包含するが、これらに限定されない。
抗体様分子という用語は、以下のものに由来する特異的結合ポリペプチドを更に包含する。
・タンパク質Aドメイン、
・フィブロネクチンドメインFN3、
・コンセンサスフィブロネクチンドメイン、
・リポカリン(Skerra,2000,Biochim.Biophys.Acta,1482(1-2),337-50を参照)、
・ジンクフィンガータンパク質に由来するポリペプチド(Kwan et al.,2003,Structure,11(7),803-813を参照)、
・Src相同ドメイン2(SH2)又はSrc相同ドメイン3(SH3)、
・PDZドメイン、
・ガンマクリスタリン、
・ユビキチン、
・システインノットポリペプチド又はノッチン、
・シスタチン、
・Sac7d、
・三重ヘリックスコイルドコイル(アルファボディとしても知られている)、
・クニッツドメイン又はクニッツ型プロテアーゼ阻害剤、及び
・炭水化物結合モジュール32-2。
タンパク質Aドメインに由来するポリペプチドという用語は、プロテインAの誘導体であって、免疫グロブリンのFc領域及びFab領域に特異的に結合可能な分子を指す。
アルマジロリピートタンパク質という用語は、ヘアピン構造を形成する一対のアルファヘリックスにより特徴付けられる少なくとも1つのアルマジロリピートを含むポリペプチドを指す。
本明細書の文脈におけるヒト化ラクダ抗体という用語は、重鎖又は重鎖の可変ドメイン(VHHドメイン)のみからなり、そのアミノ酸配列がヒトで自然に産生された抗体との類似性を高めるように修飾されたため、ヒトに投与される場合、低下した免疫原性を示す抗体を指す。ラクダ抗体をヒト化する一般的な策略は、Vincke et al.,2009,J Biol Chem.,284(5),3273-3284及びUS2011/165621に示す通りである。
本明細書の文脈において、フラグメント結晶化可能(Fc)領域という用語は、細胞生物学及び免疫学の分野における公知の意味で使用され、ジスルフィド結合により共有結合されるC2ドメインとC3ドメインで構成される2つの同一の重鎖フラグメントを含む抗体画分を指す。
本発明の文脈における特異的結合という用語は、所定の親和性及び標的特異性でそれらの標的に結合するリガンドの特性を指す。このようなリガンドの親和性は、リガンドの解離定数で示される。特異的に反応するリガンドは、その標的に結合する時に≦10-7mol/Lの解離定数を有するが、解離定数は分子との相互作用において少なくとも3桁も高く、当該分子は、化学組成が全体的に標的に類似するが、三次元構造が異なる。
本明細書の文脈において、解離定数(KD)という用語は、化学及び物理学の分野における公知の意味で使用され、[殆ど2つの]異なる成分で構成される複合体がその構成成分に可逆的に解離する傾向を測定する平衡定数を指す。当該複合体は、例えば、抗体Abと抗原Agで構成される抗体-抗原複合体AbAgであってよい。Kは、モル濃度[mol/l]で表され、[Ag]の結合部位の半分が占められている場合の[Ab]の濃度に対応する。つまり、未結合の[Ab]の濃度は、[AbAg]複合体の濃度に等しい。解離定数は、下記式に基づいて計算されることができる。
Figure 2022504472000002
[Ab]は抗体の濃度であり、[Ag]は抗原の濃度であり、[AbAg]は、抗体抗原複合体の濃度である。
本明細書の文脈において、解離速度(Koff,[1/秒])及び結合速度(Kon,[1/秒*M])という用語は、化学及び物理学の分野における公知の意味で使用され、抗体とその標的抗原との解離(Koff)又は会合(Kon)を測定する速度定数を指す。Koff及びKonは、当分野で既に確立された方法を利用して実験的に決定することができる。抗体のKoff及びKonを決定するための方法として、表面プラズモン共鳴を採用する。これは、Biacore(商標)又はProteOn(商標)システムなどのバイオセンサシステムにおける原理である。それらは、下記式を使用して解離定数KDを決定するためにも用いられる。
Figure 2022504472000003
本明細書で使用されるように、医薬組成物という用語は、本発明の化合物又はその医薬的に許容される塩、及び少なくとも1つの医薬的に許容される担体を指す。いくつかの実施形態において、本発明による医薬組成物は、局所、非経口又は注射可能な投与に適する形態で提供される。
本明細書で使用されるように、医薬的に許容される担体という用語は、当業者に公知のように、任意の溶媒、分散媒体、コーティング、界面活性剤、抗酸化剤、防腐剤(例えば、抗菌剤、抗真菌剤)、等張剤、吸収遅延剤、塩、防腐剤、薬物、薬物安定剤、バインダー、賦形剤、崩壊剤、潤滑剤、甘味剤、香味剤、染料など及びそれらの組み合わせを含む(例えば、Remington: the Science and Practice of Pharmacy,ISBN 0857110624を参照)。
本明細書で使用されるように、任意の疾患又は障害(例えば、癌)の治療という用語は、1つの実施形態において、疾患又は障害を改善する(例えば、疾患又はその臨床症状の少なくとも1つを遅延するか、又は阻止するか、又は減少する)ことを指す。別の実施形態において、「治療」は、患者が識別できない可能性のあるものを含め、少なくとも1つの物理的パラメータを軽減又は改善することを指す。更に別の実施形態において、「治療」は、身体上(例えば、識別可能な症状の安定化)、生理学上(例えば、身体的パラメータの安定化)又はその両方の疾患又は障害を調節することを指す。以下に特に説明しない限り、疾患の治療及び/又は予防を評価する方法は、当分野における公知のものである。
本明細書の文脈において、二量体という用語は、2つのサブユニットからなるユニットを指す。
本明細書の文脈において、ホモ二量体という用語は、同一であるか、又は同類サブユニットの高度に類似するメンバーである2つのサブユニットで構成される二量体を指す。
本明細書の文脈において、アミノ酸リンカーという用語は、一本鎖ポリペプチドを生成するために2つのポリペプチドを接続するための可変長のポリペプチドを指す。本明細書で詳しく説明されている発明を実施するためのリンカーの例示的な実施形態は、1、2、3、4、5、10、20、30、40又は50個のアミノ酸からなるオリゴペプチド鎖である。アミノ酸リンカーの非限定的な例は、ポリペプチドGGGGSGGGGS(配列番号83)である。
本発明の第1の側面は、四量体ポリペプチドに関する。
第1の側面の第1の代替案によれば、四量体ポリペプチドは、
・NからCの方向に第1のVL抗原結合ドメイン及び第1のCL定常ドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、
・NからCの方向に第1のVH抗原結合ドメイン、第1のCH1定常ドメイン、第1のCH2定常ドメイン及び第1のCH3定常ドメインを含む第2のポリペプチド鎖と、
・HER2 D4エピトープに特異的に結合する第1のリガンドであって、第1のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第2のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第1のリガンドと、
・第1のポリペプチド鎖の第1のVL抗原結合ドメイン及び第2のポリペプチド鎖の第1のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第2のリガンド、特にFabドメインと、
・NからCの方向に第2のVL抗原結合ドメイン及び第2のCL定常ドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、
・NからCの方向に第2のVH抗原結合ドメイン、第2のCH1定常ドメイン、第2のCH2定常ドメイン及び第2のCH3定常ドメインを含む第4のポリペプチド鎖と、
・HER2 D4エピトープに特異的に結合する第3のリガンドであって、第3のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第4のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第3のリガンドと、
・第3のポリペプチド鎖の第2のVL抗原結合ドメイン及び第4のポリペプチド鎖の第2のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第4のリガンド、特にFabドメインと、を含むか、又はそれらからなる。
第1の側面の第2の代替案によれば、四量体ポリペプチドは、
・NからCの方向に第1のVL抗原結合ドメイン及び第1のCL定常ドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、
・NからCの方向に第1のVH抗原結合ドメイン及び第1のCH1定常ドメインを含み、特に第1のCH2定常ドメインを更に含み、より特に第1のCH2定常ドメインがそのC末端で欠損する第2のポリペプチド鎖と、
・HER2 D4エピトープに特異的に結合する第1のリガンドであって、第1のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第2のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより第1のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第1のリガンドと、
・第1のポリペプチド鎖の第1のVL抗原結合ドメイン及び第2のポリペプチド鎖の第1のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第2のリガンド、特にFabドメインと、
・NからCの方向に第2のVL抗原結合ドメイン及び第2のCL定常ドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、
・NからCの方向に第2のVH抗原結合ドメイン及び第2のCH1定常ドメインを含み、特に第2のCH2定常ドメインを更に含み、より特に第2のCH2定常ドメインがそのC末端で欠損する第4のポリペプチド鎖と、
・HER2 D4エピトープに特異的に結合する第3のリガンドであって、第3のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、第4のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより第2のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第3のリガンドと、
・第3のポリペプチド鎖の第2のVL抗原結合ドメイン及び第4のポリペプチド鎖の第2のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第4のリガンド、特にFabドメインと、を含むか、又はそれらからなる。
以下の全ての実施形態は、本発明の第1の側面の第1の代替案及び第2の代替案の両方と組み合わせることができる。
第1及び第3のポリペプチド鎖のVL抗原結合ドメイン及びCL定常ドメインは、免疫グロブリンG軽鎖のドメインであり、第2及び第4のポリペプチドのVH抗原結合ドメイン及びCH1、CH2、CH3定常ドメインは、免疫グロブリンG重鎖のドメインである。言い換えれば、第1及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ免疫グロブリンG軽鎖を含み、第2及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ免疫グロブリンG重鎖を含む。本発明による四量体ポリペプチドの免疫グロブリン軽鎖及び重鎖は、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第2及び第4のリガンドを形成する。
更に、HER2 D4エピトープに特異的に結合する第1及び第3のリガンドを含むポリペプチドは、ドメイン間アミノ酸リンカーにより免疫グロブリンG重鎖又は免疫グロブリンG軽鎖のN末端に融合され、よって、4つのHER2結合部位を有する四量体ポリペプチドが形成され、4つのHER2結合部位のうち、2つがD4エピトープに結合し、2つがD1エピトープに結合する。
驚くべきことに、本発明による四量体ポリペプチドは、従来の抗体及び二価バイパラトピックポリペプチド(合わせて2つの結合領域を有する)などの他の抗体様分子に比べて、優れたHER2不活性化を示し、細胞増殖、アポトーシス、HER2内在化及びHER2分解にも効果がある。従って、本発明による四量体ポリペプチドは、HER2発現癌の療法の有望な候補である。
理論に束縛されないように、CH1、CH2、CH3及びCLドメイン、特にCH2及びCH3ドメインは、本発明の四量体ポリペプチドの更なる効果、特に細胞の成長と増殖の阻害、アポトーシス及び他の形態の細胞死の誘導、HER2内在化、HER2リサイクル阻害及びHER2分解、HER2架橋、HER2表面移動度の低下、HER2発現ダウンレギュレーション、及び可変ドメインを特定の角度及び距離に位置決めすることによるHER2二量体化及びシグナル伝達の阻害に寄与すると認められている。
いくつかの実施形態において、第1のポリペプチド鎖と第3のポリペプチド鎖は、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖と第3のポリペプチド鎖は、同一である。
いくつかの実施形態において、第1のポリペプチド鎖は、第3のポリペプチド鎖と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖と第4のポリペプチド鎖は、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖と第4のポリペプチド鎖は、同一である。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖は、第4のポリペプチド鎖と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、第1のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖と第3のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖は、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖と第3のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖は、同一である。
いくつかの実施形態において、第1のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖は、第3のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖と第4のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖は、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖と第4のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖は、同一である。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖は、第4のポリペプチド鎖の免疫グロブリン重鎖と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、第1のリガンドと第3のリガンドは、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のリガンドと第3のリガンドは、同一である。
いくつかの実施形態において、第1のリガンドは、第3のリガンドと70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
言い換えれば、第1のリガンは、第3のリガンドと実質的に同じである。
いくつかの実施形態において、第2のリガンドと第4のリガンドは、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のリガンドと第4のリガンドは、同一である。
いくつかの実施形態において、第2のリガンドは、第4のリガンドと70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
言い換えれば、第2のリガンドは、第4のリガンドと実質的に同じである。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖の第1のCH2定常ドメイン及び第1のCH3定常ドメインは、第4のポリペプチド鎖の第2のCH2定常ドメイン及び第2のCH3定常ドメインと相互作用して、四量体ポリペプチドを形成する。特に、第2及び第4のポリペプチド鎖のCH2及びCH3定常ドメインは、二量体化される。特に、第1及び第2のポリペプチド鎖と第3及び第4のポリペプチド鎖との相互作用と組み合わせて、特に対応するVL及びVH抗原結合ドメインとCL及びCH1定常ドメインの二量体化によって、第1、第2、第3及び第4のポリペプチドの四量体が形成される。従って、多量体形成の面から、本発明の四量体ポリペプチドは、抗体に類似する。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖は、第1のCH1定常ドメインと第1のCH2定常ドメインの間に第1のヒンジ領域を含み、第4のポリペプチド鎖は、第2のCH1定常ドメインと第2のCH2定常ドメインの間に第2のヒンジ領域を含み、第1のヒンジ領域及び第2のヒンジ領域は、特に少なくとも1つのジスルフィド結合により、より特に第1のジスルフィド結合及び第2のジスルフィド結合により、第2のポリペプチド鎖と第4のポリペプチド鎖の間の複合体形成を媒介して、四量体ポリペプチドを形成する。CH1とCH2定常ドメインの複合体形成は、ヒンジ領域によって、すなわち、抗体にある時と同じように、システイン残基間のジスルフィド結合の形成によって、発生可能である。
いくつかの実施形態において、第2のポリペプチド鎖のCH2定常ドメイン及び/又はCH3定常ドメインは、そのC末端で欠損する。
いくつかの実施形態において、第4のポリペプチド鎖のCH2定常ドメイン及び/又はCH3定常ドメインは、そのC末端で欠損する。
いくつかの実施形態において、第1のリガンドは、scFv重鎖、scFvリンカー鎖及びscFv軽鎖を含む一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態において、scFv重鎖は、4D5のVHドメイン(特に配列番号80)であり、scFv軽鎖は、4D5のVLドメイン(特に配列番号81)である。
いくつかの実施形態において、一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖は、NからCの方向にscFv重鎖、scFvリンカー鎖及びscFv軽鎖を含む。
いくつかの実施形態において、一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖は、NからCの方向にscFv軽鎖、scFvリンカー鎖及びscFv重鎖を含む。
言い換えれば、scFv重鎖及びscFv軽鎖は、一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖において任意の方向で提供されてもよい。
いくつかの実施形態において、第3のリガンドは、NからCの方向にscFv重鎖、scFvリンカー鎖及びscFv軽鎖を含む一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖を含むか、又はそれからなる。いくつかの実施形態において、scFv重鎖は、4D5のVHドメイン(特に配列番号80)であり、scFv軽鎖は、4D5のVLドメイン(特に配列番号81)である。
いくつかの実施形態において、
・第1のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第1のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第1のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第1のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態において、
・第1のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第1のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態において、
・第3のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第3のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第3のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第3のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態において、・第3のリガンドのscFv重鎖は、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第3のリガンドのscFv軽鎖は、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態において、
・第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv重鎖は、それぞれ配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv重鎖は、それぞれ配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv軽鎖は、それぞれ配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、最も特に、第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv軽鎖は、それぞれ配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
いくつかの実施形態において、
・第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv重鎖は、それぞれ配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなり、
・第1のリガンド及び第3のリガンドのscFv軽鎖は、それぞれ配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
scFv軽鎖及び重鎖は、完全に上記に定義されたペプチド配列からなってもよく、又はscFv軽鎖及び重鎖は、上記に定義されたペプチド配列を含んでもよく、ここで、scFv軽鎖及び重鎖は他のペプチド配列を含んでもよい。
いくつかの実施形態において、第1のリガンドのscFv軽鎖は、抗体4D5のVL抗原結合ドメインを含むか、又はそれからなり、第1のリガンドのscFv重鎖は、抗体4D5のVH抗原結合ドメインを含むか、又はそれからなる。
いくつかの実施形態において、第3のリガンドのscFv軽鎖は、抗体4D5のVL抗原結合ドメインを含むか、又はそれからなり、第3のリガンドのscFv重鎖は、抗体4D5のVH抗原結合ドメインを含むか、又はそれからなる。
本明細書の文脈において、4D5という用語は、ヒト化モノクローナル抗体トラスツズマブを指し、ハーセプチンとしても知られ、本明細書で、HER2の膜近位ドメインIVに対する「TZB」とも呼ばれる(Cho et al.,2003)。
いくつかの実施形態において、scFvリンカー鎖は、配列番号16と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、scFvリンカー鎖は、ペプチド配列と同一の配列番号16を含む。
いくつかの実施形態において、scFvリンカー鎖は、配列番号16と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第1のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第2のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第3のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含み、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第4のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
従って、第1、第2、第3及び第4のポリペプチド鎖のVL及びVH抗原結合ドメインは、HER2のドメインIに特異的に結合するA21(Hu S.et al.,2008,Proteins,70,938-949)と呼ばれるscFvフラグメントのVL及びVH抗原結合ドメインと実質的に同一であってもよい。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第1のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と同一のペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第2のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第3のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と同一のペプチド配列を含み、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第4のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と同一のペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有するペプチド配列を含み、最も特に、第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と同一のペプチド配列を含む。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含み、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有するペプチド配列を含む。
従って、第1、第2、第3及び第4のポリペプチド鎖の免疫グロブリン軽鎖及び重鎖は、HER2のドメインIに特異的に結合する7C2(US 7,371,376)と呼ばれるErbB2抗体の対応するドメインと実質的に同一のIgGドメイン(VL、CL、VH、CH1、CH2及び/又はCH3)を含んでもよい。
いくつかの具体的な実施形態において、本発明による四量体ポリペプチドは、本質的に2つの同一の重鎖及び2つの同一の軽鎖を有する免疫グロブリンG型抗体(特に、ヒト又はヒト化モノクローナルIgG抗体)であり、抗原特異的可変重鎖及び軽鎖は共にHer2のD1ドメインに特異的に反応するリガンド(第2及び第4のリガンド)を形成し、各軽鎖又は各重鎖は、N末端で連結されたポリペプチドを含み、当該ポリペプチドは、scFvリンカー鎖により連結された重鎖と軽鎖可変領域で構成されるscFvポリペプチド鎖を含み、scFvポリペプチド鎖は、1~20個のアミノ酸からなるドメイン間アミノ酸リンカーにより免疫グロブリン重鎖又は軽鎖のN末端に連結される。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号1と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖は、配列番号1と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号2と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖は、配列番号2と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号1と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号2と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号1と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第3のポリペプチド鎖は、配列番号1と同一であり、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号2と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第4のポリペプチド鎖は、配列番号2と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号1と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号2と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号1と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号1と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号2と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号2と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号1と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号2と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
得られた四量体ポリペプチドは、(同一性のため)「441」と呼ばれる。この構築物において、抗体A21のVL抗原結合ドメインを含む(第1及び第3のポリペプチド鎖の)IgG軽鎖は、4D5(トラスツズマブ又はハーセプチン、HER2 D4バインダー)のVL及びVH抗原結合ドメインを含むscFvフラグメントにN末端で融合され、且つ抗体A21のVH抗原結合ドメインを含むIgG重鎖(第2及び第4のポリペプチド鎖)と組み合わせられる。A21のVL及びVH抗原結合ドメインは、共にHER2 D1バインダーを構成する。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号3と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖は、配列番号3と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号4と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖は、配列番号4と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号3と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号4と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号3と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第3のポリペプチド鎖は、配列番号3と同一であり、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号4と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第4のポリペプチド鎖は、配列番号4と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号3と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号4と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号3と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号3と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号4と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号4と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号3と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号4と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
得られた四量体ポリペプチドは、(同一性のため)「47C2」と呼ばれる。この構築物において、抗体7C2のVL抗原結合ドメインを含む(第1及び第3のポリペプチド鎖の)IgG軽鎖は、4D5(トラスツズマブ又はハーセプチン、HER2 D4バインダー)のVL及びVH抗原結合ドメインを含むscFvフラグメントにN末端で融合され、且つ抗体7C2のVH抗原結合ドメインを含むIgG重鎖(第2及び第4のポリペプチド鎖)と組み合わせられる。7C2のVL及びVH抗原結合ドメインは、共にHER2 D1バインダーを構成する。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号11と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖は、配列番号11と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号12と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖は、配列番号12と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖は、配列番号11と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖は、配列番号12と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号11と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第3のポリペプチド鎖は、配列番号11と同一であり、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号12と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第4のポリペプチド鎖は、配列番号12と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第3のポリペプチド鎖は、配列番号11と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第4のポリペプチド鎖は、配列番号12と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号11と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号11と同一であり、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号12と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性を有し、最も特に、第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号12と同一である。
いくつかの実施形態において、
・第1のポリペプチド鎖及び第3のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号11と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有し、
・第2のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖は、それぞれ配列番号12と70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する。
得られた四量体ポリペプチドは、(同一性のため)「241」と呼ばれる。この構築物において、抗体A21のVH抗原結合ドメインを含む(第2及び第4のポリペプチド鎖の)IgG重鎖は、4D5(トラスツズマブ又はハーセプチン、HER2 D4バインダー)のVL及びVH抗原結合ドメインを含むscFvフラグメントにN末端で融合され、且つ抗体A21のVL抗原結合ドメインを含むIgG 軽鎖(第1及び第3のポリペプチド鎖)と組み合わせられる。A21のVL及びVH抗原結合ドメインは、共にHER2 D1バインダーを構成する。
いくつかの実施形態において、VH抗原結合ドメインは、A21のVH抗原結合ドメイン(特に配列番号40、42、51、52又は77)、及び7C2のVH抗原結合ドメイン(特に配列番号79)から選択され、VL抗原結合ドメインは、A21のVL抗原結合ドメイン(特に配列番号39、41、50又は76)及び7C2のVL抗原結合ドメイン(特に配列番号78)から選択される。
いくつかの実施形態において、第1及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号1、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一であり、第2及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号2、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一である(配列同一性の場合、構築物441である)。
いくつかの実施形態において、第1及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号3、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一であり、第2及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号4 、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一である(配列同一性の場合、構築物47C2である)。
いくつかの実施形態において、第1及び第3のポリペプチド鎖は、配列番号11、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一であり、第2及び第4のポリペプチド鎖は、配列番号12、又は少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%又は99%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列と同一である(配列同一性の場合、構築物241である)。
ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸組成の面で制限されないが、本明細書で想定された具体的な実施形態において、リンカーの柔軟性に寄与することが示されるアミノ酸を選択する。本発明者らは、既に(GGS)及び(GGT)のリピートなどのG、S及び/又はT残基からなるリンカーが機能することを示し、mは1から3から選択され、リンカー全体の長さは、20、25、ひいては30を超えない。1つ又は2つのアミノ酸の短いドメイン間リンカーが機能することが示された。第1及び第3のポリペプチドは、同じドメイン間アミノ酸リンカーを含んでもよく、又は異なるドメイン間アミノ酸リンカーを含んでもよい。
いくつかの実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24又は25個のアミノ酸からなる。
ドメイン間アミノ酸リンカーの長さ及び配列組成に関して、本発明者らによる結果から分かるように、構造予測のため、得られたタンパク質の溶解性を妨害しないと予想される、最大25アミノ酸の同等の長さを有するリンカーが機能すると予想される。
前記実施形態のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸G、A、J、S、T、P、C、V、M及びEを含むか、又はそれらからなり、特にドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸G、S、A及びTを含むか、又はそれらからなる。
具体的な実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、(GGΣ)であり、nは整数であり、n≧4であり(特にnは4、5、6、7又は8である)、ΣはS及びTから選択される。
具体的な実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、(GGS)であり、nは整数であり、n≧4である(特にnは4、5、6、7又は8である)。
具体的な実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、(GGT)であり、nは整数であり、n≧4である(特にnは4、5、6、7又は8である)。
具体的な実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、(GΣG)であり、nは整数であり、n≧4であり(特にnは4、5、6、7又は8である)、ΣはS及びTから選択される。
具体的な実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、(ΓΓΣ)であり、nは整数であり、n≧4であり(特にnは4、5、6、7又は8である)、各Γは、他のΓと独立してA、G及びVから選択され、及びΣは、S及びTから選択される。
リンカー配列を選択する際の重要な考慮点は、溶解性と柔軟性である。当業者は、Chen et al.,2013,Advanced Drug Delivery Reviews,65,1357-1369 and Evers et al.,2006,Biochemistry,45,13183-13192に例示されたように、本明細書の教示及びリンカー設計に利用可能な知識に基づいて、この配列の組成及び長さを容易に変えることができる。
いくつかの実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸配列(GGGGS)により特徴付けられ、nは1、2、3、4又は5である。
いくつかの実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、配列番号17、配列番号55~配列番号69及び配列番号82~配列番号91のうちの1つにより特徴付けられる配列を含むか、又はそのような配列である。
いくつかの実施形態において、ドメイン間アミノ酸リンカーは、配列番号17、配列番号55~配列番号69及び配列番号82~配列番号91のうちの1つから選択されるペプチド配列、又は少なくとも70%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
本発明の第2の側面は、第1の側面によるポリペプチドのHER2の発現に関連する悪性腫瘍性疾患の予防又は治療方法における応用(HER2陽性癌)に関する。
同様に、本発明の四量体ポリペプチドを含む、HER2の発現に関連する悪性腫瘍性疾患を予防又は治療するための剤形が提供される。
当業者であれば、具体的に言及された任意の薬物が、前記薬物の医薬的に許容される塩として存在可能であることが理解される。医薬的に許容される塩は、イオン型薬物及び逆帯電した対イオンを含む。医薬的に許容されるアニオン性塩形態の非限定的な例は、酢酸塩、安息香酸塩、ベシル酸塩、酒石酸水素塩、臭化物、炭酸塩、塩化物、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エンボン酸塩(embonate)、エストレート、フマル酸塩、グルセプテート、グルコン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化物、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、臭化メチル、硫酸メチル、ムケート(mucate)、ナプシル酸塩(napsylate)、硝酸塩、パモ酸塩、リン酸塩、二リン酸塩、サリチル酸塩、ジサリチル酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、トシル酸塩、トリエチオダイド及び吉草酸塩を含む。医薬的に許容されるカチオン性塩形態の非限定的な例は、アルミニウム、ベンザチン、カルシウム、エチレンジアミン、リジン、マグネシウム、メグルミン、カリウム、プロカイン、ナトリウム、トロメタミン及び亜鉛を含む。
剤形は、経鼻、バッカル、直腸、経皮又は経口投与などの経腸投与に用いられてもよく、又は吸入型又は坐薬としてもよい。選択的に、皮下、静脈内、肝臓内又は筋肉内注射型などの非経口投与を使用してもよい。必要に応じて、医薬的に許容される担体及び/又は賦形剤が存在してもよい。
局所投与も、本発明の有利な用途の範囲内にある。Benson and Watkinson(Eds.),Topical and Transdermal Drug Delivery:Principles and Practice(1st Edition,Wiley 2011,ISBN-13:978-0470450291)、及びGuy and Handcraft: Transdermal Drug Delivery Systems:Revised and Expanded(2nd Ed.,CRC Press 2002,ISBN-13:978-0824708610)、Osborne and Amann(Eds.):Topical Drug Delivery Formulations(1st Ed.CRC Press 1989;ISBN-13:978-0824781835)の内容にて例示されたように、局所製剤を提供するための幅広い可能な処方は、当業者に公知のものである。
本発明の第3の側面は、本発明の第1の側面による四量体ポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つをコードする単離された核酸に関する。特に、単離された核酸は、細菌又は真核生物の宿主細胞で発現されるようにプラスミドに含まれてもよい。第1、第2、第3及び第4のポリペプチドをコードする核酸配列は、同一のホストで共発現されるように、同一のプラスミド又は別体のプラスミド上で提供されてもよい。
本発明の第4の側面は、本発明の第1の側面による四量体ポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つの産生に適合する宿主細胞に関する。特に、宿主細胞は、細菌細胞又は真核細胞である。より特に、宿主細胞は、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞である。
いくつかの実施形態において、本発明の第1の側面によるポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つを産生できるように、本発明の第3の側面による単離された核酸を含む。特に、第1、第2、第3及び第4のポリペプチドは、同一の細胞で共同産生されてもよく、又は別々に産生されて生体外で組み合わせられてもよい。
本発明の第5の側面は、本発明の第1の側面によるポリペプチドの取得方法に関し、本発明の第1の側面によるポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つを産生するように、本発明の第4の側面による宿主細胞を培養することを含む。
医薬組成物及び投与
本発明の別の側面は、本発明の四量体ポリペプチド、又はその医薬的に許容される塩、及び医薬的に許容される担体を含む医薬組成物に関する。更なる実施形態において、当該組成物は、本明細書に記載された少なくとも2つの医薬的に許容される担体を含む。
本発明のいくつかの実施形態において、本発明の四量体ポリペプチドは、典型的には、薬物の投薬量を制御しやすく、患者に上品で取り扱いやすい製品を与えるように、医薬剤形に製剤化される。
本発明の四量体ポリペプチドの局所使用に関する本発明の実施形態において、医薬組成物は、水溶液、懸濁液、軟膏、クリーム、ゲル又はエアロゾルなどにより送達されるスプレー可能な製剤などの局所投与に適する形で製剤化され、活性成分と、当業者に公知の可溶化剤、安定剤、張性強化剤(tonicity enhancing agent)、バッファー及び防腐剤の1つ又は複数とを含む。
医薬組成物は、経口投与、非経口投与又は直腸投与のために製剤化されることができる。更に、本発明の医薬組成物は、固体形態(カプセル、錠剤、丸薬、顆粒剤、粉薬又は坐薬を含むが、これらに限定されない)、又は液体形態(溶液、懸濁剤又は乳剤を含むが、これらに限定されない)とすることができる。
本発明の化合物の投与計画は、特定の薬剤の薬力学的特性及びその投与モードと経路、受容者の種、年齢、性別、健康状態、身体疾患及び体重、症状の性質と程度、併用療法の種類、治療の頻度、投与経路、患者の腎機能と肝機能、並びに望ましい効果などの既知の要因に応じて変化する。いくつかの実施形態において、本発明の化合物は、1日1回の用量で投与されてもよく、又は1日の総投与量を1日2、3、又は4回の分割量に分けて投与されてもよい。
本発明の医薬組成物には、滅菌などの通常の製薬工程を行うことができ、及び/又は通常の不活性希釈剤、平滑剤、又は緩衝剤、及び防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤やバッファーなどのアジュバントを含むことができる。それらは、通常の混合、造粒、溶解又は凍結乾燥プロセスのような標準プロセスによって製造されてよい。医薬組成物を調製するための多くの手順及び方法は、当分野における公知のものであり、例えば、L.Lachman et al.The Theory and Practice of Industrial Pharmacy,4th Ed,2013(ISBN 8123922892)を参照する。
本発明は、更に特許請求の範囲として明確に述べられる下記の項目に関する。
項目1:HER2 D4エピトープに結合する第1のリガンド、ドメイン間アミノ酸リンカー及び第1の免疫グロブリンドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、
第2の免疫グロブリンドメインを含む第2のポリペプチド鎖であって、第1の免疫グロブリンドメイン及び第2の免疫グロブリンドメインが共にHER2 D1エピトープに結合する第2のリガンド、特にFabドメインを構成する第2のポリペプチド鎖と、
HER2 D4エピトープに結合する第3のリガンド、ドメイン間アミノ酸リンカー及び第3の免疫グロブリンドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、
第4の免疫グロブリンドメインを含む第4のポリペプチド鎖であって、第3の免疫グロブリンドメイン及び第4の免疫グロブリンドメインが共にHER2 D1エピトープに結合する第4のリガンド、特にFabドメインを構成する第4のポリペプチド鎖と、を含むか、又はそれらからなる四量体ポリペプチド。
項目2:項目1に記載のポリペプチドにおいて、前記第1の免疫グロブリンドメインは、前記第3の免疫グロブリンドメインと実質的に同じであり、及び/又は前記第2の免疫グロブリンドメインは、前記第4の免疫グロブリンドメインと実質的に同じである。
項目3:項目1又は2に記載のポリペプチドにおいて、前記第1のリガンドは、前記第3のリガンドと実質的に同じである。
項目4:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドは、scFv重鎖、scFvリンカー鎖及びscFv軽鎖を含む一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖を含むか、又はそれからなる。
項目5:項目4に記載のポリペプチドにおいて、前記scFv重鎖は、4D5のVHドメインであり、前記scFv軽鎖は、4D5のVLドメインである。
項目6:項目1~5のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、
-前記第1の免疫グロブリンドメインはVLドメインであり、前記第2の免疫グロブリンドメインはVHドメインであり、及び/又は前記第3の免疫グロブリンドメインはVLドメインであり、前記第4の免疫グロブリンドメインはVHドメインであり、又は
-前記第1の免疫グロブリンドメインはVHドメインであり、前記第2の免疫グロブリンドメインはVLドメインであり、及び/又は前記第3の免疫グロブリンドメインはVHドメインであり、前記第4の免疫グロブリンドメインはVLドメインである。
項目7:項目6に記載のポリペプチドにおいて、前記VHドメインは、C末端でCH1ドメインに連結される。
項目8:項目7に記載のポリペプチドにおいて、前記CH1ドメインは、C末端でCH2ドメイン又はCH2ドメイン及びCH3ドメインに連結される。
項目9:項目6~8のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記VLドメインは、C末端でCLドメインに連結される。
項目10:項目6~9のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記VHドメインは、A21のVHドメイン及び7C2のVHドメインから選択され、前記VLドメインは、A21のVLドメイン及び7C2のVLドメインから選択される。
項目11:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のアミノ酸からなる。
項目12:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸G、A、J、S、T、P、C、V、M及びEを含むか、又はそれらからなり、特に、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸G、S、A及びTを含むか、又はそれらからなる。
項目13:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、アミノ酸配列(GGGGS)により特徴付けられ、nは、1、2、3、4又は5である。
項目14:前記項目のいずれか一項に記載の二重特異性HER2ポリペプチドにおいて、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、配列番号17、配列番号55~配列番号69及び配列番号82~配列番号91のいずれか1つにより特徴付けられる配列を含むか、又はそのような配列である。
項目15:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドにおいて、前記ドメイン間アミノ酸リンカーは、配列番号17、配列番号55~配列番号69及び配列番号82~配列番号91のうちの1つから選択されるペプチド配列、又は少なくとも70%の配列同一性を有する機能的に同等のペプチド配列を含むか、又はそれらからなる。
項目16:前記項目のいずれか一項に記載のポリペプチドのHer2の発現に関連する悪性腫瘍性疾患の予防又は治療方法における応用。
例えば、アイソタイプタンパク質又はコード配列、リガンドタイプ又は医学的適応症などの単一の分離可能な特徴の代替案は、本明細書において「実施形態」としてレイアウトされているが、本明細書に開示される本発明の別個の実施形態を形成するように、そのような代替案を自由に組み合わせることができることが理解される。従って、任意の検出可能なラベルの代替実施形態は、任意のリガンドの代替実施形態と組み合わせることができ、これらの組み合わせは、本明細書に記載された任意の医学的適応症又は診断方法と組み合わせることができる。
本発明について下記の例及び図面を通じて更に説明し、更なる実施形態及び利点が得られる。これらの例は、本発明を説明する旨であるが、その範囲を限定するものではない。
配列リスト:
Figure 2022504472000004
Figure 2022504472000005
Figure 2022504472000006
Figure 2022504472000007
Figure 2022504472000008
Figure 2022504472000009
Figure 2022504472000010
Figure 2022504472000011
Figure 2022504472000012
Figure 2022504472000013
Figure 2022504472000014
Figure 2022504472000015
Figure 2022504472000016
実施例1:バイパラトピック抗HER2結合剤
本発明者らは、バイパラトピックIgG誘導体を生成した。Medimmune MEDI4276からの抗体薬物複合体(ADC)(Li et al.,2016)のような他の利用可能なバイパラトピックHER2標的抗体と比較すれば、これらのIgGは、薬物が付着していない(Kast et al.,調製中)「裸の」結合タンパク質として、非常に強い抗腫瘍活性を示す。従って、これらの新規のバイパラトピック抗HER2 IgGは、単一の分子でトラスツズマブとペルツズマブの作用メカニズム、及びHER2に対する小分子キナーゼ阻害剤の作用メカニズムを組み合わせたと認められている。更に、ADCがその毒素によって多くの健康な組織で作用できることに対し、バイパラトピック抗HER2 IgGは、HER2中毒細胞のみに作用できるため、その潜在的なオフターゲット効果が、T-DM1やMEDI4276などのADC融合体の効果より遥かに低いと予想される。よって、新しい併用療法の治療濃度域が開拓される。更に、HER2受容体の重合によるpan-ErbB阻害は、他の受容体型チロシンキナーゼ(RTK)の代償性活性化を受動的に遮断する可能性がある。バイパラトピック抗HER2結合剤は、他のRTKの活性化を遮断する可能性のあるシグナル伝達能力を有する複合体を誘導することなく、HER2増幅癌の細胞表面でのHER2受容体の自由な横移動を干渉する。その結果、バイパラトピック抗HER2結合剤は、小分子阻害剤との強い相乗効果を示すことができ、当該小分子阻害剤は、最終的に治療から逃げるように働く代償性RTKの発現を誘導する傾向がある。従って、幅広いHER2増幅癌では、バイパラトピック抗HER2 IgGは、小分子阻害剤と組み合わせることで強い抗腫瘍相乗効果を引き出す潜在能力が非常に高い。小分子阻害剤との相乗効果の潜在能力は、現在の単一特異性抗体又は抗体の組み合わせより優れている。
好ましいバイパラトピックIgG構築物の例示的なスキームは、図1及び2に示される。
バイパラトピックIgG構築物の調製及び生物活性に関するデータは、図3~26に示される。
CHO細胞においてバイパラトピックIgGを産生するための実験計画
ベクターの設計
同時トランスフェクションのために、2つの発現カセット又は2つのベクターシステムを含むバイシストロニックプラスミドを構築する。プラスミドpYMex10(Morphosys)の誘導体をバイシストロニック戦略に用いる。得られたプラスミド構築物において、多量体構築物のポリペプチド鎖のコード配列は、それぞれ各々のCMVプロモーターにより制御され、例えばウシ成長ホルモン又はシミアンウイルス40から得られたポリAテールシグナルによって終わる(図3及び図4を参照)。pcDNA3.1(Thermo)に由来するベクターを同時トランスフェクションに用いる。ここで、各々のポリペプチド鎖は、別々のプラスミドにあり、相同要素の組換えのリスクが低減され、更に収量を改善するようにトランスフェクション用プラスミドのモル比が調整可能になる。標準クローニング技術によって対象遺伝子の交換を行うことができる。得られた構築物の例は図5に示される。
CHO-Sでの発現
TPP600バイオリアクタにおいて、指数関数的に成長するCHO-S細胞(Thermo)を、1mlあたりに400万の密度でCHOgro(Mirrus)に接種する。1mlの培養物あたりに、3μgの線状ポリエチレンイミン(MW25,000,PolySciences Inc)と1.25μgの高純度プラスミドDNAを混合しながら添加する。最後に、最終濃度が1mMになるように培養物にバルプロ酸を追加する。Kuhner ISF1-Xシェーカーにおいて、31℃又は37℃、8%のCO2、180rpm、及び50mmの振幅で12日間もタンパク質を発現する。
分子の精製
1400rpm及び4℃で30分間遠心分離することによって発現培養物が得られる。上澄み液を0.22μmの濾過によって更に清澄し、pHを7に調整する。全ての後続の精製ステップは4℃で実施される。上澄み液を、AEKTA Pureシステムで操作されてPBSで平衡化したrProteinAカラム(GE)に注ぐ。PBSで洗浄した後、結合したタンパク質を0.1Mのグリシン(pH2.75)で溶出する(図6のクロマトグラム)。対象画分を合わせ、バッファーを20mMのBis/Trisメタン、20mMのNaCl(pH6.75)に交換する。濾過後のタンパク質溶液をResource S(GE)カラムにロードし、100%の20mMのBis/Trisメタン、1000mMのNaCl(pH6.75)になるように勾配で溶出する(図7を参照)。所望の画分を合わせ、必要に応じて、高純度を得るようにSEC(適切なサイズのSuperdex200カラム,GE)で仕上げる(図8)。単量体画分を合わせ、濾過し、SDSPAGEで純度を分析する(図9)。最後に、純粋なタンパク質は、生化学及び細胞アッセイ、ならびに生体内研究に用いられる。
四価バイパラトピックIgGのHER2関連効果
当業者に公知の様々なアッセイで、四量体(四価及びバイパラトピック)ポリペプチド構築物441及び47C2をテストし、且つ、四価IgG融合体MEDI4276(毒素無し)、二量体二価バイパラトピックポリペプチド構築物841、87C2及びそれらのFc融合体、二価バイパラトピックDARPin構築物6L1G(特許出願WO2014/060365A1を参照)、単一のIgG(TZB、PZB、A21及び7C2)及びそれらの組み合わせと比較する。
生細胞ハイコンテント顕微鏡法、Hoechst染色及び細胞計数を用いたXTT細胞生存率アッセイで、成長阻害をテストする。表1に示すように、構築物441、47C2、841、87C2、及び841と87C2のFc融合体、6L1G、及びTZBとA21の組み合わせによって、成長を完全に阻害するが、単一抗体及びTZBとPZBの組み合わせによって、部分的に阻害する。驚くべきことに、細胞傷害性薬剤が存在しない場合、抗体MEDI4276はXTT細胞の成長を刺激する。
アネキシンV及びPI染色を用いた生細胞ハイコンテント顕微鏡法によって、又はPARP分裂を分析するためにウェスタンブロットにより細胞溶解物における分裂されたPARPを検出することによって、構築物のアポトーシス/細胞死に対する効果を分析する。
構築物441、47C2、841、87C2及びそれらのFc融合体、6L1Gは、アポトーシスに影響するが、MEDI4276、単一抗体は、アポトーシスに影響せず、TZB及びA21は、部分的に影響する。TZB+PZBの組み合わせは、非常に少数の細胞又は脆弱な細胞株でアポトーシスを誘導することができる。
「ロックダウン」とも呼ばれる細胞表面でのHER2架橋は、光退色後の蛍光回復(FRAP)及び単一細胞局在性顕微鏡法により測定される。FRAPシグナルの減少は、細胞の移動度が低いことを示す。そのため、ポリペプチド構築物に応答して架橋する。
441、47C2及び6L1Gは、受容体のロックダウンを招き、841、87C2及びそれらのFc融合体、ならびにTZB+PZB及びTZB+A21という抗体の組み合わせに対して、一部の架橋効果を測定する。単一抗体は、架橋に対して効果がない。
更に、実施例2に詳しく記載されるように、表面タンパク質内在化及び分解アッセイ、共焦点顕微鏡法及びフローサイトメトリーにより、細胞へのHER2の内在化を分析する。
四価バイパラトピック構築物441、47C2及びMEDI4276は、HER2内在化に対して強い効果を示したが、TZB+PZB及びTZB+A21の組み合わせでは、リサイクル阻害が検出された。他の構築物は効果を示しなかった。
総HER2の表面タンパク質内在化と分解アッセイ及びウェスタンブロット検出により、HER2分解をテストする。ここで、441及び47C2によって、迅速で強い分解が起こされる。MEDI4276は、分解に対して効果があるが、441及び47C2に比べて、それ程強くではない。それに対して、抗体の組み合わせは、遅い分解を招き、他の構築物は、効果がない。
Figure 2022504472000017
表2は、上記した実験と同じ構築物を用いて実施したHER2結合研究の結果を示す。フローサイトメトリーにより、更に、バイパラトピックIgG構築物とHER2との複合体が形成された場合、サイズ排除クロマトグラフィー/多角度光散乱(SEC-MALS)により、結合を決定する。
全ての構築物は、予想通りに細胞外ドメイン1、2、及び/又は4に結合した(表2を参照)。441、47C2及びTZB+A21の組み合わせは、極めて遅い解離速度を示し、他の構築物よりも遅い。
面白いことに、全てのバイパラトピック構築物は、1:1に近いHER2結合化学量論をもたらす。単一抗体と抗体の組み合わせは、およそ1:2だけの化学量論をもたらす。
更に、NSGマウスへの静脈注射、及びELISAによる血液サンプルにおけるバイパラトピックIgGの時間分解検出により、構築物441の血清半減期をテストする。441の半減期を決定するために、3mg/kgの精製構築物をNSGマウスに静脈注射する。示された時点で、マウスから採血し、全血を凝固させ、遠心分離されたサンプルの上澄み液を収集することで血清が得られる。標準的捕捉ELISAを使用して441の血清レベルを評価する(図32)。マウスからの抗ヒトFc抗体をマキシソーブプレート(maxisorb plate)に直接塗る。結合441及び血清スパイク441の標準品は、アルカリホスファターゼに接合したヤギからの抗κ鎖抗体によって明らかになる。二相崩壊モデルによりデータをフィッティングした結果、得られた半減期は、4.3+45.3時間(α相とβ相)であると計算された。
Figure 2022504472000018
驚くべきことに、四量体四価バイパラトピック構築物441及び47C2は、HER2への優れた結合特性を有する他、細胞増殖を強く阻害し、アポトーシスにより細胞死を引き起こし、細胞表面でのHER2の架橋を招き、強いHER2内在化及び強いHER2分解を引き起こす。441及び47C2は、全てのカテゴリの他の構築物のいずれかよりも優れているか、スコアが同等である。
TZB+PZB及びTZB+A21は、総HER2の減少を招き(TZB+PZBの場合、非常に弱い)、これは、リサイクル阻害、即ちHER2が事前の細胞内蓄積のない状態で分解するメカニズムによるものである(図35を参照)。
構築物441の腫瘍成長に対する効果を決定するために、SCIDベージュ(Charles River)マウスの右脇腹に、50%のマトリゲル(Corning)にある500万個のN87細胞を接種する。腫瘍が約150mmに達した後、10mg/kgの441で3~4日間の間隔をあけてマウスを8回処理する。処理されたマウスは、441に応答して腫瘍量が減少する。TZB(10mg/kg)及びhA21G(10mg/kg)で処理されたマウスにおいて、成長停止が最初に見られ、対照マウス(図33で「PBS」と標識されている)の腫瘍は、妨害されずに発展し続けることを示した(図33)。
実施例2:開示された分子441により補強されたHER2の内在化、リソソーム輸送及び分解
BT-474及びHCC1419乳癌細胞を用いた顕微鏡検査
固定サンプルに顕微鏡検査を行うために、細胞を4・10cm-2の密度で完全培地のμスライド(Ibidi,cat.no.80824)に接種する。翌日、対応する分子で細胞を処理する。2時間後、ダルベッコリン酸緩衝生理食塩水(DPBS)で細胞を一回洗浄し、DPBSに溶解した4%(w/v)のパラホルムアルデヒドを添加し、室温で10分間インキュベートすることで固定する。次に、PBSBA+T(1%(w/v)のウシ血清アルブミン(BSA)、0.1%(w/v)のアジ化ナトリウム、及び0.5%(w/v)のTween-20を追加したDPBS)で細胞を2回洗浄する。その後、1:150(v/v)でPBSBA+Tに溶解し、更に100ng ml-1の2-(4-アミジノフェニル)-1H-インドール-6-カルボキシミドアミド(DAPI)を追加した抗LAMP抗体(Cell Signaling Technology,cat.no.D401S)において、室温で細胞を30分間インキュベートする。次に、PBSBA+Tで細胞を2回洗浄し、続いてAlexa Fluor 488(Thermo Fisher Scientific,cat.no.A11001)に接合する抗マウス抗体、及びAlexa Fluor 647(Thermo Fisher Scientific,cat.no.A-21445)に接合してPBSBA+Tに溶解したヤギ由来の抗ヒト抗体を添加し、室温で30分間インキュベートする。次に、PBSBA+Tで細胞を2回洗浄し、DPBSに溶解した4%(w/v)のパラホルムアルデヒドを添加して再度固定し、室温で10分間インキュベートし、最後にPBSAで1回洗浄し、測定するまでに4℃でPBSA(0.1%(w/v)のアジ化ナトリウムを追加したDPBS)で保存する。SP5共焦点レーザー走査型顕微鏡(Leica)に画像を形成する。画像から、2つの細胞株に対して、441のみがその急速な内在化を誘導することができ、リソソーム(LAMP1陽性)コンパートメントとの強い共局在性を示していることが分かる。
表面タンパク質の内在化と分解アッセイ
治療時のHER2の内在化と分解を定量化するために、定量的な表面タンパク質の内在化と分解アッセイを実施した。簡潔に言えば、メーカーの説明書に基づいて、安定したFlp-In TREx HEK293細胞株(Thermo Fisher Scientific,cat.no.K650001)を生成し、誘導時にHaloTag-HER2受容体融合体を過剰発現することができる。アッセイについて、初回の処理時点の2日前に細胞を接種し、処理時点の1日前にドキシサイクリンを添加して安定した過剰発現を24時間誘導する。細胞標識の時間を参照して、示された時点で処理物(100nM)を添加する。
処理時間間隔が経った後、2段階法で細胞を標識する。第1の標識段階において、Alexa Fluor 660(HTL-AF660,Promega,cat.no.G8472)を含むHaloTagリガンドを結合し、当該リガンドは、完全に細胞非透過性であるため、表面受容体のみを染色する。第2の段階において、テトラメチルローダミンを含む細胞透過性HaloTagリガンド(HTL-TMR,Promega,cat.no.G8252)を、細胞内コンパートメントに存在する全ての受容体融合体を染色するために用いる。それにより、表面と内部受容体からのシグナルは、フローサイトメーターの別々のチャネルで検出される。従って、局在性に関する情報を得て、且つ、以下に説明される再スケーリング手順で定量的分布に関する情報を得ることができる。全ての受容体が表面に出現するため、市販の死細胞染色剤を使用して、透過性(死んだ)細胞を分析から除外する。LSR II Fortessa(BD)を使用して、2,000~10,000個のセルの各チャネルでの蛍光強度を記録し、単一の非透過性細胞をゲーティングする。これらの集団の平均蛍光強度は、FlowJo 10.4(FlowJo)を使用して得られる。
データ処理
フローサイトメトリー機器のAF660及びTMRチャネルでの異なる検出効率を補正するために、データをスケーリングして、相対的存在量を算出する。そのために、第1の(HTL-AF660標識)段階が省略された対照サンプル(utr.,s.)が必要となる。このサンプルでは、全てのHaloTag分子は、その局在性を問わず、この「単一」(s.)の標識手順でHTL-TMRと反応する。一重項非透過性細胞集団の平均蛍光強度(MFI)を使用して、単一標識の未処理対照サンプル(utr.,s.)の正規化及びバックグラウンド除去によって、サンプルのTMRチャネルの正規化(特徴スケーリング)シグナルSTMRを取得する。
Figure 2022504472000019
ただし、utr.,unlab.は、未処理の非標識の対照を表す(自家蛍光のみを示す)。
細胞非透過性染料を用いた第1の表面標識段階は、完全な2段階(ダブル)の標識手順で実質的に充分である。従って、正規化された表面シグナルSAF660は、次のように定義することができる。
Figure 2022504472000020
サンプルのシグナルを二重標識対照(utr.,d.)からの表面シグナルに関連付けることができ、且つ、HTL-AF660が内部受容体にアクセスできないため、染色できず、別々の単一染色サンプルは不要である。
ΔSTMRは、TMRチャネルでの単一標識手順とダブル標識手順の違いであり、第1の表面特異的段階で遮断された分子の数に正確に対応する。同じ二重標識実験のAF660チャネルでの信号も、分子のこの数に直接関連する。
Figure 2022504472000021
従って、補正因子Cを定義することができ、当該補正因子によって、測定された強度SAF660(utr.,d.)(AF660チャネルに記録)をSAF660,スケーリング(utr.,d.)(TMRチャネルの縮尺で)に関連付ける。
Figure 2022504472000022
単一標識及び二重標識の未処理細胞からのシグナルを使用して、Cを次のように計算することができる。
Figure 2022504472000023
単一標識の未処理細胞のTMRシグナルがこの前に式S1によって100%にスケーリングされたことを考慮し、処理されたサンプルに関して、AF660チャネルに記録された信号の補正は、次のように行うことができる。
Figure 2022504472000024
続いて、STMR(tre.,d.)及びSAF660,スケーリング(tre.,d.)は、それぞれ内部タンパク質と表面タンパク質の存在量を表し、SAF660,スケーリング(tre.,d.)+STMR(tre.,d.)の和は、二重標識の処理済みサンプルの総タンパク質の量を表し、常に未処理の対照サンプルに対するものである。
前述したデータスケーリングを実行し、MATLAB R2017b(MathWorks)、R3.5.1、Prism6.07(GraphPad)及びExcel2016(Microsoft)により結果をプロットする。結果を図35に示す。全ての他の構築物に比べて、構築物441は5分間内で殆どHER2の内在化を示した。

Claims (15)

  1. (a)第1のVL抗原結合ドメイン及び第1のCL定常ドメインを含む第1のポリペプチド鎖と、
    (b)第1のVH抗原結合ドメイン、第1のCH1定常ドメイン、第1のCH2定常ドメイン及び第1のCH3定常ドメインを含む第2のポリペプチド鎖と、
    (c)HER2 D4エピトープに特異的に結合する第1のリガンドであって、前記第1のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第1のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、前記第2のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第1のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第1のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第1のリガンドと、
    (d)第1のポリペプチド鎖の第1のVL抗原結合ドメイン及び第2のポリペプチド鎖の第1のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第2のリガンド、特にFabドメインと、
    (e)第2のVL抗原結合ドメイン及び第2のCL定常ドメインを含む第3のポリペプチド鎖と、
    (f)第2のVH抗原結合ドメイン、第2のCH1定常ドメイン、第2のCH2定常ドメイン及び第2のCH3定常ドメインを含む第4のポリペプチド鎖と、
    (g)HER2 D4エピトープに特異的に結合する第3のリガンドであって、前記第3のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第2のVL抗原結合ドメインのN末端に連結され、あるいは、前記第4のポリペプチド鎖に含まれ、かつ、第2のドメイン間アミノ酸リンカーにより前記第2のVH抗原結合ドメインのN末端に連結される、第3のリガンドと、
    (h)第3のポリペプチド鎖の第2のVL抗原結合ドメイン及び第4のポリペプチド鎖の第2のVH抗原結合ドメインが一緒になって構成する、HER2 D1エピトープに特異的に結合する第4のリガンド、特にFabドメインと、
    を含むか、又はそれらからなる、四量体ポリペプチド。
  2. 前記第1のポリペプチド鎖と前記第3のポリペプチド鎖、及び/又は前記第2のポリペプチド鎖と前記第4のポリペプチド鎖は、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に前記第1のポリペプチド鎖と前記第3のポリペプチド鎖、及び/又は前記第2のポリペプチド鎖と前記第4のポリペプチド鎖は同一であり、及び/又は、前記第1のリガンドと前記第3のリガンドは、互いに70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に前記第1のリガンドと前記第3のリガンドは同一である、請求項1に記載のポリペプチド。
  3. 前記第2のポリペプチド鎖の前記第1のCH2定常ドメイン及び前記第1のCH3定常ドメインが、前記第4のポリペプチド鎖の前記第2のCH2定常ドメイン及び前記第2のCH3定常ドメインと相互作用し、特に共有結合することで、四量体ポリペプチドが形成される、請求項1又は2に記載の四量体ポリペプチド。
  4. 前記第2のポリペプチド鎖が、前記第1のCH1定常ドメインと前記第1のCH2定常ドメインの間に第1のヒンジ領域を含み、前記第4のポリペプチド鎖が、前記第2のCH1定常ドメインと前記第2のCH2定常ドメインの間に第2のヒンジ領域を含み、前記第1のヒンジ領域及び前記第2のヒンジ領域が、特に少なくとも1つのジスルフィド結合により、前記第2のポリペプチド鎖と前記第4のポリペプチド鎖の間の複合体形成を媒介することで、四量体ポリペプチドが形成される、請求項1~3のいずれか一項に記載の四量体ポリペプチド。
  5. 前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドが、scFv重鎖、scFvリンカー鎖及びscFv軽鎖を含む一本鎖可変フラグメントポリペプチド鎖を含むか、又はそれらからなり、特に、
    (a)前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドの前記scFv重鎖が、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドの前記scFv重鎖が、配列番号15、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号44、配列番号53、配列番号54及び配列番号80から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含み、
    (b)前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドの前記scFv軽鎖が、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第1のリガンド及び/又は前記第3のリガンドの前記scFv軽鎖が、配列番号14、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号43及び配列番号81から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含む、
    請求項1~4のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  6. 前記scFvリンカー鎖が、配列番号16と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記scFvリンカー鎖が、配列番号16と同一のペプチド配列を含む、請求項5に記載のポリペプチド。
  7. (a)前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号18、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号39、配列番号41、配列番号50及び配列番号76から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含み、
    (b)前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号19、配列番号20、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号40、配列番号42、配列番号51、配列番号52及び配列番号77から選択されるペプチド配列と同一のペプチド配列を含む、
    請求項1~6のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  8. (a)前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号36、配列番号37、配列番号38及び配列番号78と同一のペプチド配列を含み、
    (b)前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられるペプチド配列を含み、最も特に、前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号33、配列番号34、配列番号35及び配列番号79と同一のペプチド配列を含む、
    請求項1~7のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  9. (a)前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号1と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に、前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号1と同一であり、
    (b)前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号2と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に、前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号2と同一である、
    請求項1~8のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  10. (a)前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号3と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に、前記第1のポリペプチド鎖及び/又は前記第3のポリペプチド鎖が、配列番号3と同一であり、
    (b)前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号4と70%以上、特に80%以上、より特に90%以上、更に特に95%以上の配列同一性により特徴付けられ、最も特に、前記第2のポリペプチド鎖及び/又は前記第4のポリペプチド鎖が、配列番号4と同一である、
    請求項1~9のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  11. 前記第1のドメイン間アミノ酸リンカー及び/又は前記第2のドメイン間アミノ酸リンカーが、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は20個のアミノ酸からなり、前記第1のドメイン間アミノ酸リンカー及び/又は前記第2のドメイン間アミノ酸リンカーが、アミノ酸G、A、J、S、T、P、C、V、M及びEを含むか、又はそれらからなり、特に、前記第1のドメイン間アミノ酸リンカー及び/又は前記第2のドメイン間アミノ酸リンカーが、アミノ酸G、S、A及びTを含むか、又はそれらからなり、特に、前記第1のドメイン間アミノ酸リンカー及び/又は前記第2のドメイン間アミノ酸リンカーが、アミノ酸配列(GGGGS)nにより特徴付けられ、nは、1、2、3、4又は5であり、あるいは、前記第1のドメイン間アミノ酸リンカー及び/又は前記第2のドメイン間アミノ酸リンカーが、配列番号17、配列番号55~配列番号69及び配列番号82~配列番号91のいずれか1つから選択されるペプチド配列、又は少なくとも70%の配列同一性により特徴付けられる機能的同等ペプチド配列を含むか、又はそれらからなる、請求項1~10のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  12. HER2の発現に関連する悪性腫瘍性疾患の予防又は治療方法に用いるための、請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチド。
  13. 請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つをコードする、単離された核酸。
  14. 請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つの生成に適合する宿主細胞であって、特に、請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つを生成できるように、請求項13に記載の単離された核酸を含む、宿主細胞。
  15. 請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチドを取得する方法であって、請求項1~11のいずれか一項に記載のポリペプチドの第1のポリペプチド鎖、第2のポリペプチド鎖、第3のポリペプチド鎖及び第4のポリペプチド鎖の少なくとも1つを生成するように、請求項14に記載の宿主細胞を培養することを含む、方法。
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