JP2021508439A - ポリオーマウイルス中和抗体 - Google Patents

Abstract

本発明は、抗ポリオーマウイルス抗体、抗体断片、およびＢＫまたはＪＣウイルス感染および関連疾患の予防および治療のためのそれらの使用に関する。

Description

本開示は、ポリオーマウイルス感染の治療またはその可能性の低減のための、抗ポリオーマウイルス抗体、抗体断片、およびその使用に関する。

ヒトポリオーママウイルスのうち、最初に同定されたのはＢＫウイルス（ＢＫＶ）とＪＣウイルス（ＪＣＶ）の２種類であった。これら２種類のポリオーマウイルスは免疫抑制患者から分離され、１９７１年、Ｌａｎｃｅｔ誌の同じ号に掲載された（Ｇａｒｄｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ １９７１ １：１２５３−１５２７、およびＰａｄｇｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ １９７１ １：１２５７−１２６０）。ポリオーマウイルスは、正二十面体型非エンベロープの二本鎖ＤＮＡウイルスである。ウイルスは、直径が４０〜４５ｎｍであり、８８％のタンパク質と１２％のＤＮＡで構成されている。

ＢＫＶゲノムは、長さが約５０００塩基対の環状二本鎖ＤＮＡであり、３つの主要な区画：初期コード領域、後期コード領域、非コード制御領域を含む。初期コード領域は、３つの制御タンパク質（ラージ腫瘍抗原［ＴＡｇ］、スモール腫瘍抗原［ｔＡｇ］、およびトランケート型腫瘍抗原［ｔｒｕｎｃＴＡｇ］）をコードし、これらは新たに感染した細胞で発現する最初のウイルスタンパク質であり、ウイルスＤＮＡの複製を促進し、良好な細胞環境を確立する役割を担う。後期コーディング領域は、ウイルスカプシドを構成する３つの構造タンパク質（ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３）、ならびにアグノタンパク質をコードするが、ウイルス複製の際の役割は、あまり明らかでない。非コード制御領域には、ゲノムの複製開始点、ならびにウイルス遺伝子産物の発現を駆動する初期および後期プロモーターが含まれる。

ＢＫＶは、腎臓の上皮細胞、膀胱および尿管（典型的な持続性部位）、扁桃組織およびリンパ球（提唱されている一次感染および播種部位）など、多くの異なる細胞型で検出されている（Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．２０００；６０：３５３−３６２、Ｇｏｕｄｓｍｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９８２；１０：９１−９９、Ｈｅｒｉｔａｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９８１；８：１４３−１５０、Ｓｈｉｎｏｈａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９９３；４１（４）：３０１−３０５）。ＢＫＶの主要な細胞表面受容体は、ガングリオシドＧＴ１ｂ、ＧＤ１ｂ、ＧＤ３であり、これらはすべて末端α２，８−結合シアル酸を有し、かなり広く分布しており、様々な細胞型の感染を可能にする（Ｎｅｕ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏｓ Ｐａｔｈｏｌｏｇ．２０１３；９（ｌ０）：ｅｌ１０３７１４およびｅ１００３６８８、また、Ｏ’Ｈａｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ．２０１４；１８９：２０８−２８５を参照のこと）。ＢＫＶの非エンベロープ正二十面体型ビリオンは、３つの異なるウイルスタンパク質から構成され、７２の五量体で配置された主要ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１が３６０コピーと、非主要ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ２およびＶＰ３を組み合わせた７２コピーがあり、各ＶＰ１五量体に１つのＶＰ２またはＶＰ３分子が結合している。移行時、ＶＰ１のみが、ビリオン表面に露出し、各五量体は、ガングリオシド受容体に対して５つの低親和性結合部位を有する。ＶＰ１五量体が細胞表面上のガングリオシド受容体に結合すると、カベオラを介したエンドサイトーシス経路を通じて内部移行が開始され、続いて、ウイルスが小胞体へ、最後に核へと輸送される（Ｔｓａｉ ａｎｄ Ｑｉａｎ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ ２０１０；８４（１９）：９８４０−９８５２）。

ＢＫＶによる感染は本質的に遍在性であり、世界の感染者人口の推定範囲は８０〜９０％である（Ｋｎｏｗｌｅｓ Ｗ．Ａ．，Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．２００６；５７７：１９−４５）。一次感染は、小児期（すなわち、１０歳以前）に最も多く見られ、軽度で非特異的で自己限定的な疾患につながるか、またはまったく無症状である。持続感染は、尿細管の上皮細胞、尿管、および膀胱で確立され、免疫系によって効果的に制御される。免疫適格性の成人の尿中における一過的で無症候性のウイルス排出は、散発的に発生するが、疾患または後遺症は発生しない。ただし、免疫機能の低下は、特に腎または造血幹細胞移植後の免疫抑制の際、ＢＫＶの複製が制御不能になり、最終的には、ＢＫＶ関連腎症（ＢＫＶＡＮ）または膀胱の疼痛性疾患である出血性膀胱炎（ＨＣ）につながる可能性がある。ＢＫＶに対する効果的な抗ウイルス療法はなく、現在の治療基準は免疫抑制の低減であるが、これは急性拒絶反応のリスクを高める。モニタリングおよび予防に対する現在のより積極的なアプローチをもってしても、腎移植患者の最大１０％がＢＫＶＡＮを発症し、その患者の１５〜３０％がＢＫＶＡＮによる移植片機能損失を被ることになる。ＢＫウイルス血症の検出時に免疫抑制療法で減量を行っていた患者のうち最大３０％が、結果として、急性拒絶反応の発症を経験する。

ＢＫＶは、１９７１年（上記）に最初に記載されたが、１９９０年代になるまで、腎臓移植損傷の原因として、ＢＫＶＡＮが文献で報告されたことはなかった（Ｐｕｒｉｇｈａｌｌａ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｋｉｄｎｅｙ Ｄｉｓ．１９９５；２６：６７１−６７３、およびＲａｎｄｈａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ １９９９；６７：１０３−１０９）。ＢＫＶＡＮの早期管理において、ＢＫの検査で陽性であった患者は深刻な事態を迎え、その５０％以上で移植片機能障害および移植片機能損失が見られた（Ｈｉｒｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．２００２；３４７：４８８−４９６）。ＢＫＶの再活性化と複製は、腎移植患者で確立された臨床経過を伴い、まず尿中でウイルスおよびウイルスＤＮＡが検出され（ウイルス尿症）、続いて血流にウイルスが検出され（ウイルス血症）、最後にウイルス複製の結果として腎症および腎機能低下が顕在化することで裏付けられる。通常、移植後の最初の３ヵ月以内に、腎移植患者の全体の約３０〜４０％がウイルス尿症を患い、１０〜２０％がＢＫウイルス血症を患うことになる（Ｓａｗｉｎｓｋｉ ａｎｄ Ｇｏｒａｌ，Ｎｅｐｈｒｏｌ Ｄｉａｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．２０１５；３０：２０９−２１７；Ｈｉｒｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．２０１３；１３：１３６−１４５；Ｄｈａｒｎｉｄｈａｒｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｅｄｉａｔｒ Ｎｅｐｈｒｏｌ．２０１１；２６：１７６３−１７７４；Ｂａｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．２００９；８８：８９−９５）。通常、移植後の１年以内に、腎移植患者全体の約１〜１０％が、ＢＫＶＡＮに進行する（Ｂｏｈｌ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎａｎ，Ｃｌｉｎ Ｊ Ａｍ Ｓｏｃ Ｎｅｐｈｒｏｌ．２００７；２（Ｓｕｐｐｌ １）：Ｓ３６−４６、Ｓａｗｉｎｓｋｉ ａｎｄ Ｇｏｒａｌ，Ｎｅｐｈｒｏｌ Ｄｉａｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．２０１５；３０：２０９− ２１７）。腎尿細管上皮細胞におけるＢＫＶ複製は、壊死と溶解性破壊を引き起こし、基底膜の剥皮、間質での尿細管液の蓄積、および最終的に間質性線維症と尿細管萎縮に至る（Ｎｉｃｋｅｌｅｉｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｒｏｌ．１９９９；１０（５）：１０８０−１０８９）。患者は、腎機能の悪化、尿細管間質性腎炎、尿管狭窄症を呈しうる（Ｇａｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ １９７１；１（７７１２）：１２５３−１２５７、およびＨｉｒｓｃｈ Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２００２；２（１）２５−３０）。

また、ＢＫＶは、免疫不全宿主において、間質性肺炎、網膜炎、髄膜脳炎を引き起こす可能性がある（Ｒｅｐｌｏｅｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．２００１；３３（２）：１９１−２０２）。造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）患者のＢＫＶ疾患は、典型的には、重症度は異なるが、出血性膀胱炎（ＨＣ）として顕在化する。ウイルス尿症（ただし、必ずしもウイルス血症とは限らない）および疼痛性血尿は、ＨＣの臨床症状と関連している。現在の治療基準は、本質的には支持的であり、主に強制水和／利尿と疼痛管理法が含まれる。最も重篤な症例では、輸血、血腫除去が必要であり、場合によっては死に至る。ＨＳＣＴ患者の間では、あらゆる原因のＨＣ（例えば、薬物、放射線、ウイルス）は比較的一般的であるが、ＢＫＶに関連するＨＣは、通常、移植後６ヵ月以内に患者の約１０〜１２％で発生する。ＨＣのウイルス性病因は他にも存在し、小児のＨＳＣＴ患者では、成人のＨＳＣＴ患者と比較して、アデノウイルスがより一般的なＨＣの原因となっている。また、ＢＫウイルスは、臓器移植などの他の免疫不全の状態、およびＨＩＶ／ＡＩＤＳ患者において観察されている（Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌ．２００９；３８４：２６６−２７３）。

現時点で、ＢＫＶＡＮの標準的な治療法は、移植片機能障害および移植片機能損傷を防止しようとする免疫抑制の低減である（Ｗｉｓｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｋｉｄｎｅｙ Ｄｉｓ．２００９；５４（１）：１３１−１４２、およびＨｉｒｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ ２００５；７９（１）：１２７７−１２８６）。免疫抑制の低減は、ウイルス血症から臨床的腎症に関連した甚大な損傷への進行を阻止するのに役立つものの、これによって急性臓器拒絶反応の危険性が高まるため、その低減に対する安定した臨床的治療計画は存在しない（Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２００５；５（３）：５８２− ５９４）。臨床医は、シドホビル、レフルノミド、キノロンなどの治療剤を、免疫抑制剤の低減と組み合わせた使用を報告したが、この方法は効果がなく、追加の副作用を管理する負担を増やした（Ｒａｎｄｈａｗａ ａｎｄ Ｂｒｅｎｎａｎ Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２００６；６（９）：２０００−２００５）。そのため、ＢＫＶなどのポリーマウイルスを中和し、免疫不全宿主で使用されうる治療法の分野において、未対処かつ有用なニーズが存在する。

ＪＣウイルス（ＪＣＶ）は、集団（８０％）において広く見られる別のヒトポリオーマウイルスであるが、ＪＣＶは一般的に、ＢＫＶよりも後に感染する（Ｐａｄｇｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１９７３；１２７（４）：４６７−４７０、およびＳａｂａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．２００２；１８６ Ｓｕｐｐｌ．２：５１８０−５１８６）。初感染後、ＪＣＶは、リンパ器官および腎臓で潜伏感染を成立させ、再活性化時、感染したＢリンパ球を介して中枢神経系（ＣＮＳ）に侵入する。一旦ＣＮＳに入ると、ＪＣＶは、進行性脱髄ＣＮＳ障害である進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）を引き起こす。ＰＭＬのほとんどの症例は、多発性硬化症（ナタリズマブ、フィンゴリモドなど）または関節リウマチ（リツキシマブなど）の治療に使用される免疫調節療法と関連しており、通常、治療の中断によって疾患の進行が停止する。ＰＭＬの進行性の性質を考慮すると、数ヶ月間にわたりＪＣＶ中和抗体を投与された患者において、臨床的基準によって、または多発性硬化症のモニタリングにすでに日常的に使用されているＭＲＩによって、数ヶ月間にわたりＪＣＶ中和抗体を投与された患者において、有意な改善を文書化できる可能性がある。ＰＭＬは、ＨＩＶ／ＡＩＤＳ患者でも顕在化し、免疫抑制患者においても報告されている（Ａｎｇｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ １９５８；８１（１）：９３−１１１、およびＧａｒｃｉａ−Ｓｕａｒｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．２００５；８０（４）：２７１−２８１）。ＰＭＬ患者では、錯乱、精神状態の変化、歩行失調、不全片麻痺、四肢麻痺、視覚変化などの局所神経障害が認められる（Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ Ｅ．Ｐ．，Ｎ．Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９６１；２６５：８１５−８２３）。．ＰＭＬ患者の予後は不良であり、ＨＩＶ／ＡＩＤＳ患者では特に不良である（Ａｎｔｉｎｏｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｖｉｒｏｌ．２００３；９ ｓｕｐｐｌ．１：４７−５３）。これは、ＪＣＶなどのポリオーマウイルスを中和する治療法の分野において、未対処かつ有用なニーズをさらに強調するものである。

本開示は、ヒトポリオーマウイルスに対する中和抗体、および／またはその断片、ＢＫウイルスおよび／またはＪＣウイルスを認識する抗体を対象とする。

抗体であって、前記抗体またはその抗原結合断片がＢＫウイルスおよび／またはＪＣウイルスに特異的に結合する、抗体。

抗体であって、前記抗体またはその抗原結合断片がＢＫウイルスおよび／またはＪＣウイルスに特異的に結合する、抗体。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＢＫＶ血清型ＩＩ、ＢＫＶ血清型ＩＩＩ、またはＢＫＶ血清型ＩＶ、あるいは血清型Ｉ〜ＩＶの組み合わせと結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＪＣウイルスにさらに結合する。

抗体であって、前記抗体または抗原結合断片がＢＫウイルスおよび／またはＪＣウイルスに特異的に結合する、抗体。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫ血清型Ｉに結合して中和する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩに結合して中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩＩに結合して中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＶに結合して中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩＩに結合して中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩＩおよびＢＫＶ血清型ＩＶに結合して中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型ＩおよびＪＣＶに結合して中和する。好ましい実施形態では、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶに結合して中和する。さらに、抗体またはその抗原結合断片が、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＩＩ、２３４ＩＩＩおよびＩＶ、ならびにＪＣＶに結合して中和する。

単離された抗体またはその抗原結合断片であって、表２に定める（ｉ）重鎖領域および（ｉｉ）軽鎖領域を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。

単離された抗体であって、前記抗体またはその抗原結合断片が、
（ｉ）（ａ）配列番号９のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号１０のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２７のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｉｉ）（ａ）配列番号４１のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４２のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４３のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号５７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５９のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｉｉｉ）（ａ）配列番号７３のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７４のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７５のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号８９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号９１のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｉｖ）（ａ）配列番号１０５のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０６のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０７のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１２１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１２３のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｖ）（ａ）配列番号１３７のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３８のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３９のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１５３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１５５のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｖｉ）（ａ）配列番号１６９のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７０のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７１のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１８５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１８７のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｖｉｉ）（ａ）配列番号２０１のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０２のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０３のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２１７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２１９のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号２３３のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３４のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２３５のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２４９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２５０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２５１のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
（ｘｉ）（ａ）配列番号２６５のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６６のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２６７のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２８１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２８２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２８３のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、を含む、単離された抗体。

ＣＤＲ内の１つまたは２つのアミノ酸が修飾、欠失、または置換されている抗体。

可変重鎖領域または可変軽鎖領域のいずれかにわたって、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を保持する抗体。

抗体であって、抗体がモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト改変抗体、ヒト抗体、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、または抗体断片である、抗体。

単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
（ｉ）配列番号１８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号３４を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｉｉ）配列番号５０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号６６を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｉｉｉ）配列番号８２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号９８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｉｖ）配列番号１１４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１３０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｖ）配列番号１４６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｖｉ）配列番号１７８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１９４を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｖｉｉ）配列番号２１０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２２６を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｖｉｉｉ）配列番号２４２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２５８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
（ｉｘ）配列番号２７４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２９０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）とを含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。

可変軽鎖領域または可変重鎖領域のいずれかにわたって、少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を保持する、抗体またはその断片。

可変軽鎖または可変重鎖領域内の１、２、３、４または５個の、ただし１０個未満のアミノ酸が、修飾、欠失、または置換されている抗体。

抗体であって、抗体がモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト改変抗体、ヒト抗体、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、または抗体断片である、抗体。

適切なＶＨおよび／またはＶＬ遺伝子セグメントに適合する天然シグナル／リーダーペプチド配列を使用する、抗体の単離および産生方法。

合成および／または最適化されたシグナル／リーダーペプチド配列を使用して、発現および収率を向上させる、抗体の単離および生産方法。

抗体またはその断片が、グリコシル化が減少した、またはグリコシル化されていない、または低フコシル化されている、抗体。

抗体またはその断片を含み、薬学的に許容される担体をさらに含む、医薬組成物。

薬学的に許容される担体がヒスタジンまたは糖質を含む、医薬組成物。

糖質がスクロースである、医薬組成物

複数の抗体または抗原結合断片を含む医薬組成物であって、組成物中の抗体の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、５％以上のα２，３−結合シアル酸残基を有する、医薬組成物。

複数の抗体または抗原結合断片を含む医薬組成物であって、いずれの抗体もバイセクト型ＧｌｃＮＡｃを含まない、医薬組成物。

抗体またはその断片を含む医薬組成物であって、組成物が凍結乾燥物として調製される、医薬組成物。

ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染を中和する方法であって、必要とする患者に有効量の抗体を、注射または注入を介して投与することを含む、方法。

必要とする患者がＢＫウイルス尿症またはＢＫウイルス血症と診断されている、方法。

必要とする患者がＪＣウイルス尿症またはＪＣウイルス血症と診断されている、方法。

ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス関連障害を治療またはその可能性を低減する方法であって、必要とする患者に有効量の抗体を注射または注入を介して投与することを含み、障害が、腎症、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロン障害（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄症、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）である、方法。

抗体または組成物が注射または注入の前に再構成される、方法。

抗体または医薬組成物が別の治療剤と組み合わせて投与される、方法。

治療剤が免疫抑制剤である、方法。

免疫抑制剤が、一リン酸脱水素酵素阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、方法。

免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、方法。

治療剤が追加の抗ＶＰ１抗体である、方法。

ＰＭＬが、多発性硬化症、関節リウマチ、または乾癬の治療に関連する、方法。

多発性硬化症治療が、ナタリズマブ、フィンゴリモド、またはフマル酸ジメチル、フマル酸ジメチル、フマル酸、またはアレムツズマブである、方法。

関節リウマチ治療が、リツキシマブである、方法。

乾癬治療が、エファリズマブである、方法。

薬剤としての使用のための、抗体またはその断片。

ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染の中和に使用するための、抗体またはその断片。

腎症、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロン障害（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄症、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）の治療またはその可能性の低減に使用するための抗体またはその断片。

別の治療剤と組み合わせて投与される、抗体またはその断片の使用。

治療剤が免疫抑制剤である、抗体またはその断片の使用。

免疫抑制剤が一リン酸脱水素酵素阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴｏｒ阻害剤である、抗体またはその断片の使用。

免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、抗体またはその断片の使用。

治療剤が追加の抗ＢＫ抗体である、抗体またはその断片の使用。

ＰＭＬが、多発性硬化症、関節リウマチ、または乾癬の治療に関連する、抗体またはその断片の使用。

多発性硬化症治療が、ナタリズマブ、フィンゴリモド、またはフマル酸ジメチル、フマル酸エステル、またはアレムツズマブである、使用。

関節リウマチ治療が、リツキシマブである、使用。

乾癬治療がエファリズマブである、使用。

抗体または抗原結合断片をコードする核酸。

核酸を含むベクター。

ベクターを含む宿主細胞。

標識された抗体またはその抗原結合断片を含む、診断薬。

標識が、放射性標識、フルオロフォア、発色団、イメージング剤、および金属イオンからなる群から選択される、診断薬。

定義
特に記載しない限り、本明細書で使用される以下の用語および句は、以下の意味を有することが意図される。

本明細書で使用される「抗体」という用語は、対応する抗原に非共有結合的、可逆的、および特異的な様式で結合することができる免疫グロブリンファミリーのポリペプチドを意味する。例えば、天然起源のＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合により相互接続された、少なくとも２つの重鎖（Ｈ）および２つの軽鎖（Ｌ）を含む四量体である。各重鎖は重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと略記する）および重鎖定常領域から構成される。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３から構成される。各軽鎖は軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと略記する）および軽鎖定常領域から構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメインＣＬから構成される。ＶＨ領域およびＶＬ領域は、さらに、相補性決定領域（ＣＤＲ）と名付けられた超可変性の領域にさらに分割され、これらは、フレームワーク領域（ＦＲ）と名付けられた、より保存された領域が散在している。各ＶＨおよびＶＬは、３つのＣＤＲ、およびアミノ末端からカルボキシ末端へ以下の順序で配列された４つのＦＲから構成される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫グロブリンが宿主組織または因子に結合するのを仲介することができ、それらには免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）および古典的補体系の第１の成分（Ｃｌｑ）が含まれる。

「抗体」という用語は、限定されないが、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ抗体、キメラ抗体、および抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、本開示の抗体に対する抗Ｉｄ抗体を含む）を含む。抗体は、任意のアイソタイプ／クラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＹ）、またはサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２）でありうる。

「相補性決定ドメイン」または「相補性決定領域」（「ＣＤＲ」）は、互換的に、ＶＬおよびＶＨの超可変領域を意味する。ＣＤＲは、そのような標的タンパク質に対する特異性を有する抗体鎖の標的タンパク質結合部位である。可変ドメインの約１５〜２０％を構成する各ヒトＶＬまたはＶＨには、３つのＣＤＲ（ＣＤＲ１〜３、Ｎ−末端から順次番号付けられる）が存在する。ＣＤＲは、それらの領域および順序によって参照されうる。例えば、「ＶＨＣＤＲ１」または「ＨＣＤＲ１」は、両方とも、重鎖可変領域の第１のＣＤＲを意味する。ＣＤＲは、標的タンパク質のエピトープに対して構造的に相補的であり、したがって、結合特異性に直接関与する。ＶＬまたはＶＨの残りの区間、いわゆるフレームワーク領域は、アミノ酸配列の変動が少ない（Ｋｕｂｙ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ ｅｄ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ４．Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２０００）。

ＣＤＲおよびフレームワーク領域の位置は、当技術分野で既知の様々な定義、例えばＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＩＭＧＴ、およびＡｂＭを使用して決定することができる（例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２９：２０５−２０６（２００１）、Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１−９１７（１９８７）、Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３４２：８７７−８８３（１９８９）、Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：７９９−８１７（１９９２）、Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．Ｐ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２９：２０７−２０９（２００１）、Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２７３：９２７−７４８（１９９７）を参照のこと）。また、抗原結合部位の定義は、以下に記載されている：Ｒｕｉｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２８：２１９−２２１（２０００）、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２６２：７３２−７４５（１９９６）、Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８６：９２６８−９２７２（１９８９）、Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２０３：１２１−１５３（１９９１）、および Ｒｅｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ Ｍ．Ｊ．Ｅ．（ｅｄ．），Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１４１−１７２（１９９６）。組み合わされたＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａ番号付けスキームにおいて、いくつかの実施形態では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲ、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ、またはその両方の一部であるアミノ酸残基に対応する。例えば、一部の実施形態において、ＣＤＲは、ＶＨ中のアミノ酸残基２６〜３５（ＨＣ ＣＤＲ１）、５０〜６５（ＨＣ ＣＤＲ２）、および９５〜１０２（ＨＣ ＣＤＲ３）に対応し、例えば、哺乳類ＶＨ、例えば、ヒトＶＨであり：ならびに、ＶＬ中のアミノ酸残基２４〜３４（ＬＣ ＣＤＲ１）、５０〜５６（ＬＣ ＣＤＲ２）、および８９〜９７（ＬＣ ＣＤＲ３）に対応し、例えば、哺乳類ＶＬ、例えばヒトＶＬである。ＩＭＧＴの下では、ＶＨ中のＣＤＲアミノ酸残基は、約２６〜３５（ＣＤＲ１）、５１〜５７（ＣＤＲ２）、および９３〜１０２（ＣＤＲ３）と番号付けられ、ＶＬ中のＣＤＲアミノ酸残基は、約２７〜３２（ＣＤＲ１）、５０〜５２（ＣＤＲ２）、および８９〜９７（ＣＤＲ３）と番号付けられている。ＩＭＧＴの下では、抗体のＣＤＲ領域は、プログラムＩＭＧＴ／ＤｏｍａｉｎＧａｐ Ａｌｉｇｎを使用して決定することができる。

軽鎖および重鎖の両方は、構造的および機能的な相同性の領域に分割される。「定常」および「可変」という用語は機能的に使用される。これに関して、軽鎖（ＶＬ）および重鎖（ＶＨ）部分の両方の可変ドメインは、抗原認識および特異性を決定することが理解されるであろう。反対に、軽鎖（ＣＬ）および重鎖（ＣＨ１、ＣＨ２、またはＣＨ３）の定常ドメインは、分泌、経胎盤移動度、Ｆｃ受容体結合、補体結合などの重要な生物学的特性を付与する。慣習により、定常領域ドメインの番号付けは、抗体の抗原結合部位またはアミノ末端からより遠位になるにつれて増加する。Ｎ−末端は可変領域であり、Ｃ−末端は定常領域であり、実際に、ＣＨ３およびＣＬドメインはそれぞれ重鎖および軽鎖のカルボキシ末端ドメインを含む。

本明細書で使用される「抗原結合断片」という用語は、抗原のエピトープと特異的に相互作用する能力を保持する（例えば、結合、立体障害、安定化／不安定化、空間的分布による）、抗体の１つ以上の部分を意味する。結合断片の例としては、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインからなる一価断片；Ｆ（ａｂ）２断片、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋により連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片；ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６，１９８９）；と、単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、または抗体の他のエピトープ結合断片、が挙げられるが、これらに限定されない。

さらに、Ｆｖ断片のＶＬおよびＶＨの２つのドメインは、別々の遺伝子によってコードされているが、これらは組換え法を使用して、合成リンカーによって結合することができ、ＶＬおよびＶＨ領域がペアになり一価の分子を形成する単一タンパク質鎖として作製することを可能にする（単鎖Ｆｖとして知られ、例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６，９８８、およびＨｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：５８７９−５８８３，１９８８、を参照のこと）。また、そのような単鎖抗体は、「抗原結合断片」という用語に包含されることが意図される。これらの抗原結合断片は、当業者に既知の従来の技術を用いて得られ、断片は、そのままの抗体と同様に有用性についてスクリーニングされる。

抗原結合断片はまた、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、ディアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ−ＮＡＲ、およびビス−ｓｃＦｖに組み込むことができる（例えば、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ａｎｄ Ｈｕｄｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２３：１１２６−１１３６，２００５を参照のこと）。抗原結合断片は、フィブロネクチン型ＩＩＩ（Ｆｎ３）のようなポリペプチドを基盤とする足場に移植することができる（フィブロネクチンポリペプチドのモノボディが記載された米国特許第６，７０３，１９９号を参照のこと）。

抗原結合断片は、単鎖分子に組み込むことができ、それは相補的軽鎖ポリペプチドとともに一対の抗原結合領域を形成する一対のタンデムＦｖセグメント（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）からなる（Ｚａｐａｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．８：１０５７−１０６２，１９９５、および米国特許第５，６４１，８７０号）。

本明細書で使用される「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」という用語は、実質的に同一のアミノ酸配列を有するまたは同一の遺伝子源から誘導される、抗体および抗原結合断片を含むポリペプチドを意味する。また、この用語は、単分子組成物の抗体分子の調製物を含む。モノクローナル抗体組成物は、特定のエピトープに対する単一の結合特異性および親和性を示す。

本明細書で使用される「ヒト抗体」という用語は、フレームワークおよびＣＤＲ領域の両方がヒト起源の配列から誘導される可変領域を有する抗体を含む。さらに、抗体が定常領域を含む場合、定常領域は、そのようなヒト配列、例えば、ヒト生殖系列配列または変異版のヒト生殖系列配列から、あるいはヒトフレームワーク配列分析から誘導されたコンセンサスフレームワーク配列を含む抗体から誘導される（例えば、Ｋｎａｐｐｉｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９６：５７−８６，２０００に記載されている）。

本開示のヒト抗体は、ヒト配列によってコードされていないアミノ酸残基を含む（例えば、インビトロにおけるランダムまたは部位特異的突然変異またはインビボでの体細胞突然変異により導入される突然変異、あるいは安定性または製造を促進するための保存的置換）。

本明細書で使用される「認識する」という用語は、そのエピトープを見つけて相互作用する（例えば、結合する）抗体またはその抗原結合断片を意味し、エピトープは、線状または立体構造的である。「エピトープ」という用語は、本開示の抗体または抗原結合断片が特異的に結合する抗原上の部位を意味する。エピトープは、隣接アミノ酸、またはタンパク質の三次折り畳みによって並置された非隣接アミノ酸の両方から形成されうる。隣接するアミノ酸から形成されるエピトープは、典型的には変性溶媒へ暴露されても保持されるが、三次元的な折り畳みによって形成されるエピトープは、典型的には変性溶媒を用いた処理で失われる。エピトープは、典型的には、特有の空間立体構造において、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個のアミノ酸を含む。エピトープの空間立体構造を決定する方法としては、当該技術分野における技術、例えば、Ｘ線結晶学および二次元核磁気共鳴（例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６，Ｇ．Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ，Ｅｄ．（１９９６）を参照のこと）、または電子顕微鏡法が挙げられる。「パラトープ」は、抗原のエピトープを認識する抗体の一部である。

「特異的に結合する」または「選択的に結合する」という語句は、抗原（例えば、タンパク質）と抗体、抗体断片、または抗体由来の結合剤との間の相互作用を説明する文脈で使用される場合、結合反応を意味しており、それは、不均一なタンパク質や生体物質の集合において（例えば、血液、血清、血漿または組織試料のような生物学的試料の中で）、抗原の存在を決定するものである。したがって、特定の指定されたイムノアッセイ条件下では、特定の結合特異性を有する抗体または結合剤は、バックグラウンドの少なくとも２倍で特定の抗原に結合し、実質的に試料中に存在する他の抗原に有意な量で結合しない。一態様では、指定されたイムノアッセイ条件下では、特定の結合特異性を有する抗体または結合剤は、バックグラウンドの少なくとも１０倍で特定の抗原と結合し、実質的に試料中に存在する他の抗原と有意な量で結合しない。このような条件下での抗体または結合剤に対する特異的結合は、特定のタンパク質に対するその特異性について、抗体または薬剤が選択されていること必要とする場合がある。この選択は、望むようにまたは適するように、他の種（例えば、マウスまたはラット）または他のサブタイプからの分子と交差反応する抗体を減じることによって達成することができる。あるいは、一部の態様では、抗体または抗体断片が、特定の所望の分子と交差反応するように選択される。

本明細書で使用される「親和性」という用語は、単一の抗原部位における抗体と抗原との間の相互作用の強度を意味する。各抗原性部位内では、抗体「アーム」の可変領域が多数の部位で抗原との弱い非共有結合力を介して相互作用し、相互作用が多いほど強い親和性を示す。

「単離された抗体」という用語は、実質的に、異なる抗原特異性を有する他の抗体を含んでいない抗体を意味する。しかしながら、１つの抗原に特異的に結合する単離された抗体は、他の抗原との交差反応性を有しうる。さらに、単離された抗体は、実質的に他の細胞材料および／または化学物質を含まなくてもよい。

「対応するヒト生殖系列配列」という用語は、ヒト可変領域アミノ酸配列または部分配列をコードする核酸配列を意味し、これは、ヒト生殖系列免疫グロブリン可変領域配列によってコードされる他のすべての既知のまたは推測された可変領域アミノ酸配列と比較して、参照可変領域アミノ酸配列または部分配列と最も高い決定されたアミノ酸配列同一性を共有する配列である。また、対応するヒト生殖系列配列は、他のすべての評価された可変領域アミノ酸配列と比較して、参照可変領域アミノ酸配列または部分配列と最も高いアミノ酸配列同一性を有する、ヒト可変領域アミノ酸配列または部分配列を意味する。対応するヒト生殖系列配列は、フレームワーク領域のみ、相補性決定領域のみ、フレームワークおよび相補的決定領域、可変セグメント（上に定義した通り）、または可変領域を含む配列または部分配列の他の組み合わせ、でありうる。配列同一性は、本明細書に記載の方法を使用して、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮ、または当該技術分野で既知の別の整列アルゴリズムを用いて２つの配列を整列させることで、決定されうる。対応するヒト生殖系列核酸またはアミノ酸配列は、参照可変領域核酸配列またはアミノ酸配列と、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有しうる。

種々のイムノアッセイ形式を使用して、特定のタンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択することができる。例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイは、タンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択するために日常的に使用される（特異的な免疫反応性を決定するために使用されうるイムノアッセイ形式および条件の記載については、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ＆ Ｌａｎｅ，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９９８）を参照のこと）。典型的には、特異的または選択的な結合反応は、バックグラウンドシグナルの少なくとも２倍、より典型的には、バックグラウンドの少なくとも１０〜１００倍のシグナルを生成する。

「平衡解離定数（ＫＤ、Ｍ）」という用語は、会合速度定数（Ｋａ、時間^−１、Ｍ^−１）で割った解離速度定数（Ｋｄ、時間^−１）を意味する。平衡解離定数は、当該技術分野で既知の方法を用いて測定することができる。本開示の抗体は、一般に、約１０^−７または１０^−８Ｍ未満、例えば、約１０^−９Ｍまたは１０^−１０Ｍ未満、の平衡解離定数を有し、一部の態様では、１０^−１１Ｍ、１０^−１２Ｍまたは１０^−１３Ｍ未満である。

「生物学的利用率」という用語は、患者に投与される所与量の薬物の全身的な利用可能性（すなわち、血液／血漿レベル）を意味する。生物学的利用率は、絶対項であり、投与された投与形態から一般的な循環に達する薬物の時間（速さ）および全量（程度）の両方の測定値を示す。

明細書で使用される場合、「本質的に〜からなる」という語句は、方法または組成物に含まれる活性薬剤の属または種、ならびに方法または組成物の意図された目的のために不活性な任意の賦形剤を意味する。一部の態様では、「本質的に〜からなる」という語句は、本開示の抗ＢＫまたはＪＣ抗体以外の１つ以上の追加の活性剤の包含を明示的に除外する。一部の態様では、「本質的に〜からなる」という語句は、本開示の抗ＢＫまたはＪＣ抗体および第２の同時投与剤以外の１つ以上の追加の活性剤を包含することを明示的に除外する。

「アミノ酸」という用語は、天然起源のアミノ酸、合成および非天然のアミノ酸、ならびに天然起源のアミノ酸と同様な様式で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣体をいう。天然起源のアミノ酸は、遺伝子コードによってコードされるアミノ酸、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸およびＯ−ホスホセリン、である。アミノ酸類似体は、天然起源のアミノ酸と同じ基本的な化学構造を有する化合物を意味し、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基に結合したα−炭素であり、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウム、が挙げられる。このような類似体は、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有しているが、天然起源のアミノ酸と同じ基本的な化学構造を保持する。アミノ酸模倣体は、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有する化学化合物を意味するが、天然起源のアミノ酸と同様な様式で機能する。

「保存的に修飾された変異体」という用語は、アミノ酸および核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に修飾された変異体は、同一または本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸、あるいは、核酸がアミノ酸配列をコードしない場合、本質的に同一の配列をコードする核酸をいう。遺伝子コードの縮重のために、多数の機能的に同一の核酸は、任意の所与のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ、およびＧＣＵは、すべて、アミノ酸のアラニンをコードする。したがって、アラニンがコドンによって特定されるあらゆる位置において、コドンは、コードされたポリペプチドを変えることなく、記載された対応するコドンのいずれかに変更されうる。そのような核酸の変異体は、「サイレント変異体」であり、保存的に修飾された変異体の一種である。また、ポリペプチドをコードする本明細書中のすべての核酸配列は、核酸のすべての可能なサイレント変異体を記載する。当業者は、核酸中の各コドン（通常はメチオニンの唯一のコドンであるＡＵＧ、および通常はトリプトファンの唯一のコドンであるＴＧＧを除く）が、機能的に同一の分子を与えるように改変されうることを認識するであろう。したがって、ポリペプチドをコードする核酸の各サイレント変異は、各記載された配列において暗黙的である。

ポリペプチド配列について、「保存的に修飾された変異体」は、化学的に類似したアミノ酸とのアミノ酸の置換をもたらすポリペプチド配列への個々の置換、欠失または付加を含む。機能的に類似したアミノ酸を与える保存的置換表は、当該技術分野において既知である。そのような保存的に修飾された変異体は、多型変異体、種間相同体、およびアリルに付加的であり、排除しない。以下の８群は、互いに保存的置換体であるアミノ酸を含む：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リジン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９８４）を参照のこと）。一部の態様では、「保存的配列修飾」という用語は、アミノ酸配列を含む抗体の結合特性を有意には影響または変化させないアミノ酸修飾を意味するために使用される。

本明細書で使用される「最適化された」という用語は、生産細胞または生物（一般に、真核細胞、例えば、酵母細胞、ピキア細胞、真菌細胞、トリコデルマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはヒト細胞）において好ましいコドンを用いてアミノ酸配列をコードするように改変されたヌクレオチド配列を意味する。最適化されたヌクレオチド配列は、「親配列」としても知られている最初のヌクレオチド配列によって本来コードされたアミノ酸配列を、完全にまたは可能な限り保持するように設計される。

「パーセント同一性」または「パーセント同一」という用語は、２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈において、２つ以上の配列または部分配列が同一である程度、を意味する。２つの配列は、比較される領域にわたって、それらが同じアミノ酸またはヌクレオチドの配列を有する場合に、「同一」である。２つの配列が「実質的に同じ」であるとは、以下の配列比較アルゴリズムの１つを用いて、または手動アライメントおよび目視検査による測定によって、比較ウインドウまたは指定領域にわたる最大相関について比較および整列したときに、２つの配列が、同一であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの指定されたパーセンテージを有する場合である（すなわち、６０％の同一性、任意選択的に、指定された領域にわたって、あるいは指定されていない場合は配列全体にわたって、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の同一性）。任意選択的に、同一性は、長さが少なくとも約３０ヌクレオチド（または１０アミノ酸）である領域にわたって存在し、より好ましくは、長さが１００〜５００または１０００以上のヌクレオチド（あるいは、２０、５０、２００またはそれ以上のアミノ酸）である領域にわたって存在する。

配列比較のために、典型的には、１つの配列を参照配列として作用させて、試験配列を比較する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験および参照配列をコンピュータに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定し、配列アルゴリズムのプログラムパラメータを指定する。既定値のプログラムパラメータを使用することができ、または他のパラメータを指定することができる。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。

本明細書で使用される場合、「比較ウインドウ」は、２０〜６００、通常は約５０〜約２００、より通常は約１００〜約１５０からなる群から選択される連続的な位置の数のいずれかのセグメントを参照することを含み、配列は、２つの配列が最適に整列された後、同じ数の隣接する位置の基準配列と比較されうる。比較のための配列のアライメント方法は、当該技術分野において既知である。比較のための最適な配列のアライメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ｃ（１９７０）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性検索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ化実装（ＧＡＰ，ＢＥＳＴＦＩＴ，ＦＡＳＴＡ，ａｎｄ ＴＦＡＳＴＡ ｉｎ ｔｈｅ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）によって、または手動アライメントおよび目視検査（例えば、Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００３）を参照のこと）によって、行うことができる。

配列同一性および配列類似性を決定するのに適したアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、それぞれＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９７７、およびＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０，１９９０に記載されている。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通して公的に入手可能である。このアルゴリズムは、最初に、クエリ配列中の長さＷの短いワードを識別することによって、高スコアの配列対（ＨＳＰ）を識別することを含み、データベース配列中の同じ長さのワードと整列させたときに、ある正の値の閾値スコアＴと一致するかそれを満たす。Ｔは、隣接ワードスコア閾値（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、上記）と呼ばれる。これらの初期の隣接ワードヒットは、検索を開始するためのシードとして作用し、それらを含むより長いＨＳＰを見出す。ワードヒットは、累積アライメントスコアが増加しうる限り、各配列に沿って両方向に拡張される。累積スコアは、ヌクレオチド配列については、パラメータＭ（整合する残基ペアに対する報酬スコア、常に＞０）およびＮ（不整合の残基に対するペナルティスコア、常に＜０）を使用して計算される。アミノ酸配列については、スコアリングマトリックスを用いて、累積スコアが計算される。各方向におけるワードヒットの拡張は、累積アライメントスコアがその最大獲得値から量Ｘだけ低下した場合、１つ以上の負のスコア残基アライメントの蓄積により累積スコアがゼロ以下になる場合、またはいずれかの配列の末端に到達した場合、に停止する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメータＷ、ＴおよびＸは、アライメントの感度および速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列に対して）は、ワード長（Ｗ）が１１、期待値（Ｅ）が１０、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両鎖の比較を既定値として使用する。アミノ酸配列については、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、ワード長が３、期待値（Ｅ）が１０、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：１０９１５を参照のこと）アライメント（Ｂ）が５０、期待値（Ｅ）が１０、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両鎖の比較を既定値として使用する。

また、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、２つの配列間の類似性の統計学的分析を行う（例えば、Ｋａｒｌｉｎ ａｎｄ Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５８７３−５７８７，１９９３を参照のこと）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムが提供する類似性の１つの尺度は、最小の合計確率（Ｐ（Ｎ））であり、２つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の間の一致が偶然に起こる可能性の指標を提供する。例えば、試験核酸と対照核酸との比較における最小の合計確率が約０．２未満、より好ましくは約０．０１未満、最も好ましくは約０．００１未満である場合、核酸は対照配列と類似しているとみなされる。

また、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ ２．０）に組み込まれたＥ．ＭｅｙｅｒｓとＷ．Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズムを使用して決定することができ（Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．４：１１−１７，１９８８）、ＰＡＭ１２０重み残基表、ギャップ長ペナルティが１２、およびギャップペナルティが４を用いている。さらに、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｏｕｔｈ Ｆｌｏｒｉｄａから入手可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４−４５３，１９７０）のアルゴリズムを使用しいて、２つのアミノ酸配列のパーセント同一性を決定することができ、ＢＬＯＳＵＭ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリクス、およびギャップ重みが１６、１４、１２、１０、８、６、または４および長さ重みが１、２、３、４、５、または６を用いている。

上に記載の配列同一性のパーセンテージ以外では、２つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一である別の指標は、第１の核酸によりコードされたポリペプチドが、第２の核酸によりコードされたポリペプチドに対して産生された抗体と免疫学的に交差反応することであり、下記の通りである。したがって、ポリペプチドは、典型的には、例えば、２つのペプチドが保存的な置換のみにより異なる場合、第２のポリペプチドと実質的に同一である。２つの核酸配列が実質的に同一である別の指標は、以下に示すように、２つの分子またはそれらの相補が厳しい条件下互いにハイブリダイズすることである。さらに、２つの核酸配列が実質的に同一であることを示す別の指標は、同じプライマーを使用して配列を増幅するために使用できることである。

「核酸」という用語は、本明細書では、用語「ポリヌクレオチド」と互換的に使用され、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよびそれらのポリマーを意味し、一本鎖または二本鎖形態のいずれかである。その用語は、既知のヌクレオチド類似体または修飾された骨格残基または連鎖を含む核酸を包含し、それらは合成、天然起源、および非天然起源であり、参照核酸と同様な結合特性を有し、および参照ヌクレオチドと同様な様式で代謝される。そのような類似体の例としては、ホスホロチオエート、ホスホロアミダート、メチルホスホナート、キラル−メチルホスホナート、２−Ｏ−メチルリボヌヌクレオチド、ペプチド−核酸（ＰＮＡ）などを含むが、これらに限定されない。

特に明記しない限り、特定の核酸配列は、その保存的に修飾された変異体（例えば、縮重コドン置換）および相補配列、ならびに明示的に示された配列も暗黙的に包含する。具体的には、以下に詳述するように、１つ以上の選択された（またはすべての）コドンの３番目の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって、縮重コドン置換を達成することができる（Ｂａｔｚｅｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１９：５０８１、Ｏｈｔｓｕｋａ ｅｔ ａｌ．，（１９８５）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：２６０５−２６０８、およびＲｏｓｓｏｌｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ ８：９１−９８）。

核酸の文脈において、「機能的に連結された」という用語は、２つ以上のポリヌクレオチドセグメント（例えば、ＤＮＡ）の間の機能的関係を意味する。典型的には、転写調節配列と転写された配列との機能的関係をいう。例えば、プロモーターまたはエンハンサー配列は、適切な宿主細胞または他の発現系におけるコード配列の転写を刺激または調節する場合に、コード配列に作動可能に連結される。一般に、転写された配列に作動可能に連結されたプロモーター転写調節配列は、転写された配列と物理的に隣接しており、すなわち、シス作用性である。しかし、エンハンサーのようないくつかの転写調節配列は、転写が増強するコード配列に近接して物理的に隣接または配置される必要はない。

「ポリペプチド」および「タンパク質」という用語は、本明細書では、アミノ酸残基のポリマーを指すために互換的に使用される。この用語は、１つ以上のアミノ酸残基が対応する天然起源のアミノ酸の人工化学的模倣体であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然起源のアミノ酸ポリマーおよび非天然起源のアミノ酸ポリマーに適用される。特に明記しない限り、特定のポリペプチド配列は、その保存的に修飾された変異体も暗黙的に包含する。

「対象」という用語は、ヒトおよび非ヒト動物を含む。非ヒト動物は、すべての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、および爬虫類のような、哺乳類および非哺乳類を含む。記載されている場合を除いて、「患者」または「対象」という用語は、本明細書では互換的に使用される。

「ＢＫＶ」または「ＢＫウイルス」という用語は、ポリオーマウイルス科、オルトポリオーマウイルス属のメンバーを意味する。ポリオーマウイルスは、約５，０００塩基対のゲノムを有する正二十面体型、非エンベロープ、二本鎖ＤＮＡウイルスである。それらは、直径が約４０〜４５ｎｍである（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｉｃｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．２０１２：１４（９）：６７２−６８３）。

「ＪＣＶ」または「ＪＣウイルス」という用語は、ポリオーマウイルス科、オルトポリオーマウイルス属のメンバーを意味する。ＪＣＶはＢＫＶに関連しており、約５，０００塩基対のゲノムを有する正二十面体型、非エンベロープ、二本鎖ＤＮＡウイルスでもある。それらは、直径が約４０〜４５ｎｍである（Ｊｏｈｎｅ ｅｔ ａｌ．，Ａｒｃｈ．Ｖｉｒｏｌ．２０１１；１５６（９）：１６２７−１６３４）。

「ＢＫＶ腎症」または「ＢＫＶ関連腎症」または「ＢＫＶＡＮ」という用語は、ＢＫＶによる溶解感染から生じる炎症性間質性腎症を意味し、主に腎尿細管上皮における、ウイルス性細胞変性変容およびウイルス遺伝子の発現を特徴とする。

「ＶＰ１」という用語は、主要なポリオーマウイルスカプシドのサブユニットタンパク質を意味する。「ＶＰ１五量体」は、ＶＰ１の５つの単量体から構成される。

「ウイルス様粒子」または「ＶＬＰ」は、ＶＰ１五量体のウイルスカプシドへの集合体である。ＶＬＰは７２個のＶＰ１五量体から構成される。ＶＬＰは、実際のウイルスと構造的に非常に類似しているが、非主要カプシドタンパク質（ＶＰ２、ＶＰ３）ならびにウイルスＤＮＡゲノムを欠き、したがって非感染性である。ＶＬＰは、ウイルスエピトープとして有用であり、実際のウイルスと同様の形態で提示される。

「ＩＣ５０」（半抑制濃度）とは、ベースラインコントロールと最大可能シグナルとの間の中間（５０％）のシグナルを誘起する、特定の抗体の濃度をいう。例えば、ＩＣ５０は、ＶＰ１抗原上の利用可能な結合部位の５０％が占有される抗体の濃度である。

「ＥＣ５０」（半有効濃度）は、特定の暴露または処理時間後のベースラインコントロールと最大可能効果との間の中間（５０％）の応答を誘導する、特定の抗体の濃度を意味する。例えば、ＥＣ５０は、ウイルス感染が５０％中和される抗体の濃度である。

「ＥＣ９０」は、特定の暴露または処理時間後の最大可能効果の９０％に対応する応答を誘導する、特定の抗体の濃度を意味する。例えば、ＥＣ９０は、ウイルス感染が９０％中和される抗体の濃度である。

「中和」は、ウイルス遺伝子発現の非存在によって示されるような、宿主細胞のウイルス感染の阻害を意味する。いずれの理論にも支持されることなく、特定の抗体による中和のメカニズムは、ウイルスゲノムを宿主細胞の核に送達する前に、ウイルスカプシドタンパク質と細胞表面受容体との相互作用を阻止すること、または侵入および輸送過程のいずれかの段階の破壊を阻止することを含みうる。

本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、または任意の疾患または障害の「治療」という用語は、一態様では、疾患または障害を寛解させる（すなわち、疾患またはその臨床症状の少なくとも１つを、遅延する、または抑止する、または減少させる）ことを意味する。別の態様では、患者が識別できないものを含む少なくとも１つの物理的パラメータを、軽減するまたは寛解することを意味する。さらに別の態様では、「治療する」、「治療すること」、または「治療」とは、物理的に（例えば、識別可能な症状の安定化）、生理学的に（例えば、物理的パラメータの安定化）、またはその両方のいずれかで、疾患または障害を調節することを意味する。

「可能性を低減させること」という語句は、疾患、感染または障害の発症または進行を遅延させることを意味する。

「治療的に許容される量」または「治療的に有効な量」という用語は、互換的に、所望の結果をもたらすのに十分な量を意味する（すなわち、腫瘍サイズの減少、腫瘍増殖の抑制、転移の阻止、ウイルス、細菌、真菌または寄生虫感染の抑制または阻止）。一部の態様では、治療的に許容される量は、望ましくない副作用を誘発しないか、または引き起こさない。治療的に許容される量は、最初に決定することができる低用量を投与し、次いで所望の効果が達成されるまでその用量を漸増的に増加させる。本開示の分子の「予防的に有効な投与量」、および「治療的に有効な投与量」は、それぞれ、ポリオーマウイルス感染に関連する症状を含む疾患症状の発症を阻止する、または重症度の低下をもたらすことができる。

「同時投与」という用語は、個体の血液中の２つの活性剤の同時存在を意味する。同時投与される活性剤は、同時または順次に送達されうる。

抗体のパネルのＥＬＩＳＡ結合特性およびウイルス中和能を図示し、各血清型に対するＩＣ５０がｎＭで示されている。 Ｋｄ−制御曲線の４−パラメータフィッティング（低濃度の抗体ＮＯＶ５８１に基づく）と、化学量論−制御曲線のフィッティングとを示す。 全４種類のＢＫ血清型にわたる３つの抗体について、ＫｄをｐＭで示す。 ＢＫＶと交差中和抗体との間の相互作用の低温電子顕微構造を示す。ＮＯＶ５３０ポリオーマウイルス交差中和抗体のｓｃＦｖと複合体化したＢＫＶ ＳＴ１ ＶＬＰの４．２４Å分解能ＥＭマップである。結合している抗体断片（印を付けたた領域、黒の矢印）が、カプシド五量体間の接合部のウイルスカプシドの周りに現れる。挿入図：エピトープに結合している単一ｓｃＦｖの拡大図。 それぞれ、ウイルス様粒子および抗体鎖の表面およびリボン可視化であり、ＮＯＶ５３０に対する４次ウイルスエピトープを含む密度マップ−適合構造モデル。ＶＬＰカプシドからの個々のＶＰ１単量体は、それらの各々の五量体中のそれらの幾何学的配向を表すために表示される。エピトープに寄与する隣接する五量体は、「五量体Ａ」（ＶＰ１鎖）および「五量体Ｂ」と表示されている。ＶＨ、重鎖可変ドメインおよびＶＫ、κ軽鎖可変ドメインがそれぞれ表示されている。 図３Ｂの拡大であり、重要な接触残基を強調している。 ＢＫＶ ＳＴ１上のＮＯＶ５３０エピトープに寄与する位置における、ＢＫＶサブタイプ１〜４、ＪＣＶおよびメルケル細胞ウイルス（ＭＣＶ）ＶＰ１タンパク質のアミノ酸アライメント（番号付け）である。強調された残基は、保存された位置を表し、ｓｃＦｖの半径５Å以内に位置すると予測される。図３Ｄ中の強調された残基３１６〜３３０は、図３Ｂに図示されたＶＰ１鎖五量体Ｂ_２に対応し一致する。図３Ｅ中の強調された残基１６９、１８２〜１９３は、図３Ｂからの五量体Ａ_４に対応する。図３Ｆ中の強調された残基５９〜６４、８１〜８７、１７２〜１７６および１９８〜２０１は、図３Ｂからの五量体Ａ_３に対応する。 上記と同様。 上記と同様。 ＶＫ−ＦＲ２に属するチロシン−４９（括弧内）を除いて、ＮＯＶ５３０重鎖および軽鎖相補性決定可変領域を示す。太字の残基は、ウイルスアミノ酸から半径５Å以内に位置すると予測される。体細胞的に過剰変異した残基は、変異位置の上の生殖系列アミノ酸によって示される。下線を引いた残基は、Ｖ（Ｄ）Ｊ組換え過程の際の接合部多様性によって生成されるＣＤＲ３配列を示す。 上記と同様。

本開示は、ＢＫＶに結合および中和する抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供する。さらに、本開示は、所望の薬物動態学的特性および他の望ましい属性を有する抗体を提供し、したがって、ＢＫウイルス関連腎症（例えば、ＢＫＶＡＮ）および／またはＪＣウイルス関連進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の治療するまたはその可能性を低減するために使用することができる。本開示は、さらに、抗体を含む医薬組成物、ならびに、ポリオーマウイルス感染および関連障害の予防および治療のために、そのような医薬組成物を製造および使用する方法を提供する。

抗ポリオーマウイルス抗体
本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供する。本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、以下の実施例に記載の単離されたヒトモノクローナル抗体またはその断片を含むが、これらに限定されない。

ある態様での本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、配列番号１８、５０、８２、１１４、１４６、１７８、２１０、２４２、および２７４（表２）のアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む。本開示はまた、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、表２に列挙されたＶＨ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有するＶＨ ＣＤＲを含む。特定の態様では、本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体は、表２に列挙されたＶＨ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有する１、２、３またはそれ以上のＶＨ ＣＤＲを含む（または、互換的に、それらからなる）。

本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、配列番号３４、６６、９８、１３０、１６２、１９４、２２６、２５８、および２９０（表２）のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む。本開示はまた、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、表２に列挙されたＶＬ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有するＶＬ ＣＤＲを含む。特に、本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供し、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、表２に列挙されたＶＬ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有する１、２、３個またはそれ以上のＶＬ ＣＤＲを含む（または、互換的に、それらからなる）。

本開示の他の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、変異されたアミノ酸を含むが、表２に記載された配列に示されたＣＤＲ領域において少なくとも６０、７０、８０、９０または９５％の同一性を有する。一部の態様では、表２に記載された配列に示されたＣＤＲ領域と比較した場合、ＣＤＲ領域において１、２、３、４または５個以上のアミノ酸が変異していないアミノ酸配列を含む。

本開示はまた、ＶＨ、ＶＬ、全長重鎖、およびＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体の全長軽鎖をコードする核酸配列を提供する。このような核酸配列は、哺乳類細胞における発現のために最適化され得る

本開示の他の抗体は、アミノ酸またはアミノ酸をコードする核酸が変異されたものを含むが、表２に記載された配列に対して少なくとも６０、７０、８０、９０または９５％の同一性を有している。一部の態様では、表２に記載された配列に示される可変領域と比較した場合、可変領域において１、２、３、４または５個以上のアミノ酸は変異されておらず、実質的に同一の治療活性を保持している変異アミノ酸配列を含む。

これらの抗体は、各々ＶＰ１に結合することができるため、ＶＨ、ＶＬ、全長軽鎖、および全長重鎖配列（アミノ酸配列およびアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列）が「混合され整合された」ことでＶＰ１−結合抗体を生成することができる。このような「混合され整合された」ＶＰ１−結合抗体は、当該技術分野で既知の結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡおよび実施例の節に記載された他のアッセイ）を用いて試験することができる。これらの鎖が混合され整合された場合、特定のＶＨ／ＶＬ対合からのＶＨ配列は、構造的に類似したＶＨ配列と置換されるべきである。同様に、特定の全長重鎖／全長軽鎖対合からの全長重鎖配列は、構造的に類似の全長重鎖配列と置換されなければならない。同様に、特定のＶＨ／ＶＬ対合からのＶＬ配列は、構造的に類似したＶＬ配列と置換されなければならない。同様に、特定の全長重鎖／全長軽鎖対合からの全長軽鎖配列は、構造的に類似した全長軽鎖配列と置換されなければならない。したがって、一態様では、本開示は、配列番号１８、５０、８２、１１４、１４６、１７８、２１０、２４２、および２７４（表２）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、ならびに配列番号３４、６６、９８、１３０、１６２、１９４、２２６、２５８、および２９０（表２）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、を有する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合領域を提供し、前記抗体は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する。

別の態様では、本開示は、（ｉ）表２から選択されるアミノ酸配列を含む全長重鎖、および表２から選択されるアミノ酸配列を含む全長軽鎖を有し、哺乳類細胞における発現のために最適化された配列を有する、単離されたモノクローナル抗体を提供する。同様の態様において、本開示は、（ｉ）配列番号２０、５２、８４、１１６、１４８、１８０、２１２、２４４、および２７６（表２）からなる群から選択され、哺乳類細胞における発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む全長重鎖、および配列番号３６、６８、１００、１３２、１６４、１９６、２２８、２６０、および２９２（表２）からなる群から選択され、哺乳類細胞における発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む全長軽鎖、を有する単離されたモノクローナル抗体、または、（ｉｉ）その抗原結合部分を含む機能性タンパク質、を提供する。

別の態様において、本開示は、表２に記載された重鎖および軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含むＢＫまたはＪＣウイルス結合抗体、またはその組み合わせを提供する。抗体のＶＨ ＣＤＲ１のアミノ酸配列は、配列番号９、４１、７３、１０５、１３７、１６９、２０１、２３３、および２６５に示される。抗体のＶＨ ＣＤＲ２のアミノ酸配列は、配列番号１０、４２、７４、１０６、１３８、１７０、２０２、２３４、および２６６に示される。抗体のＶＨ ＣＤＲ３のアミノ酸配列は、配列番号１１、４３、７５、１０７、１３９、１７１、２０３、２３５、および２６７に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ１のアミノ酸配列は、配列番号２５、５７、８９、１２１、１５３、１８５、２１７、２４９、および２８１に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ２のアミノ酸配列は、配列番号２６、５８、９０、１２２、１５４、１８６、２１８、２５０、および２８２に示される。抗体のＶＬ ＣＤＲ３のアミノ酸配列は、配列番号２７、５９、９１、１２３、１５５、１８７、２１９、２５１、および２８３に示される。

これらの抗体の各々が、ＢＫまたはＪＣウイルスに結合でき、その抗原結合特異性が主にＣＤＲ１、２、および３領域によって提供されると仮定した場合、ＶＨ ＣＤＲ１、２、および３配列、あるいはＶＬ ＣＤＲ１、２、および３配列は、「混合され整合され」うる（すなわち、各抗体は他のＶＰ１結合結合分子を生成するためにＶＨ ＣＤＲ１、２、および３、ならびにＶＬ ＣＤＲ１、２、および３を含んでいなければならないが、異なる抗体からのＣＤＲは混合され整合されうる）。このような「混合され整合された」ＶＰ１−結合抗体は、実施例に記載された当該技術分野で既知の結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を用いて試験することができる。ＶＨ ＣＤＲ配列が混合され整合された場合、特定のＶＨ配列からのＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３配列は、構造的に類似したＣＤＲ配列と置換されなければならない。同様に、ＶＬ ＣＤＲ配列が混合され整合された場合、特定のＶＬ配列からのＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３配列は、構造的に類似したＣＤＲ配列と置換されなければならない。本開示のモノクローナル抗体について、１つ以上のＶＨおよび／またはＶＬ ＣＤＲ領域配列を、本明細書中に示されるＣＤＲ配列からの構造的に類似した配列で置換することによって、新規のＶＨおよびＶＬ配列を生成することができることは、当業者には容易に明らかであろう。

したがって、本開示は、配列番号９、４１、７３、１０５、１３７、１６９、２０１、２３３、および２６５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１と、配列番号１０、４２、７４、１０６、１３８、１７０、２０２、２３４、および２６６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２と、配列番号１１、４３、７５、１０７、１３９、１７１、２０３、２３５、および２６７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３と、配列番号２５、５７、８９、１２１、１５３、１８５、２１７、２４９、および２８１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１と、配列番号２６、５８、９０、１２２、１５４、１８６、２１８、２５０、および２８２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２と、配列番号２７、５９、９１、１２３、１５５、１８７、２１９、２５１、および２８３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３と、を含む単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合領域を提供し、前記抗体は、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する。

ある態様では、ＢＫまたはＪＣウイルスに特異的に結合する抗体は、表２に記載される抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）である。

１．抗体の同定
本開示は、ＢＫまたはＪＣウイルスに結合する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供する。ある態様では、抗体および抗体断片は、４種類すべてのＢＫＶ血清型および／またはＪＣＶの中で同一のエピトープに結合することができる。

また、本開示は、表２に記載された抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体が結合するように、同じエピトープに結合する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合断片）を提供する。したがって、追加の抗体および抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、結合アッセイにおいて、他の抗体と交差競合する（例えば、統計学的に有意な様式での結合を競合的に阻害する）能力に基づいて同定することができる。ＢＫまたはＪＣウイルスに対する本開示の抗体および抗体断片（例えば、抗体断片）の結合を阻害する試験抗体の能力は、試験抗体が、ＢＫまたはＪＣウイルスに結合するための抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）と競合しうることを実証し、そのような抗体は、非限定的な理論によれば、それが競合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）としてＢＫまたはＪＣウイルス上の同じまたは関連する（例えば、構造的に類似したまたは空間的に近接した）エピトープに結合することができる。ある態様では、本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）として、ＢＫまたはＪＣウイルス上の同じエピトープに結合する抗体は、ヒトまたはヒト化モノクローナル抗体である。このようなヒトまたはヒト化モノクローナル抗体は、本明細書に記載されるように、調製および単離されうる。

２．Ｆｃ領域のフレームワークのさらなる改変
本開示は、特異的な抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体を開示する。これらの抗体は、ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワークの残基に対する修飾をさらに含み、修飾された抗体またはその抗原結合断片を含み、例えば、抗体の特性を改善する。典型的には、そのようなフレームワークの修飾は、抗体の免疫原性を低下させるようになされる。例えば、１つのアプローチは、１つ以上のフレームワーク残基を対応する生殖系列配列に「復帰突然変異させる」ことである。より具体的には、体細胞突然変異を受けた抗体は、抗体が由来する生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含んでもよい。そのような残基は、抗体フレームワーク配列を、抗体が由来する生殖系列配列と比較することによって同定することができる。フレームワーク領域配列をそれらの生殖系列の配置に戻すために、例えば、部位特異的突然変異誘発により、細胞突然変異を生殖系列配列に「復帰突然変異」させることができる。このような「復帰突然変異」抗体が包含されることも意図されている。

別のタイプのフレームワーク改変は、フレームワーク領域内の１つ以上の残基を変異させること、または１つ以上のＣＤＲ領域内でさえも変異させることを含み、Ｔ細胞のエピトープを除去し、それによって抗体の潜在的な免疫原性を減少させる。このアプローチは、「脱免疫化」とも呼ばれ、Ｃａｒｒらによる米国特許公開第２００３／０１５３０４３号にさらに詳細に記載されている。

フレームワークまたはＣＤＲ領域内になされた修飾に加えて、または代替的に、抗体は、Ｆｃ領域内の修飾を含むように設計することができ、典型的には、抗体の１つ以上の機能的特性、例えば、血清半減期、補体結合、Ｆｃ受容体結合、および／または抗原依存性細胞傷害性、を変化させる。さらに、抗体は、化学的に修飾されていてもよい（例えば、１つ以上の化学的部分を抗体に結合させることができる）、またはそのグリコシル化を変えるために修飾して、抗体の１つ以上の機能的特性を変えることができる。これらの態様の各々は、以下でさらに詳細に説明される。

１つの態様において、ＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域におけるシステイン残基の数を、例えば、増加または減少するよう変えることで改変される。このアプローチは、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号にさらに記載されている。ＣＨ１のヒンジ領域中のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖および重鎖の構築を容易にする、または抗体の安定性を増加または減少させるように変えられる。

別の態様では、抗体のｆｃヒンジ領域を変異させて、抗体の生物学的半減期を減少させる。より具体的には、１つ以上のアミノ酸変異をＦｃ−ヒンジ断片のＣＨ２−ＣＨ３ドメイン界面領域に導入することで、天然Ｆｃ−ヒンジドメインとブドウ球菌プロテインＡ（ＳｐＡ）の結合に対して、抗体のＳｐＡ結合が損なわれる。このアプローチは、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号にさらに詳細に記載されている。

さらに他の態様では、Ｆｃ領域は、少なくとも１つのアミノ酸残基を異なるアミノ酸残基と置換して抗体のエフェクター機能を変えることによって改変される。例えば、１つ以上のアミノ酸は、親抗体の抗原結合能が保持しながら、抗体がエフェクターリガンドに対して変化した親和性を有するように、異なるアミノ酸残基で置換され得る。親和性が変化したエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１成分でありうる。このアプローチは、例えば、Ｗｉｎｔｅｒらによる米国特許第５，６２４，８２１号および同第５，６４８，２６０号に記載されている。

別の態様では、アミノ酸残基から選択された１つ以上のアミノ酸を、抗体が変化したＣ１ｑ結合性および／または減少または消失した補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を有するように、異なるアミノ酸残基で置換することができる。このアプローチは、例えば、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらによる米国特許第６，１９４，５５１号に記載されている。

別の態様では、１つ以上のアミノ酸残基を改変することによって、補体を固定する抗体の能力が変更される。このアプローチは、例えば、Ｂｏｄｍｅｒらによる国際特許出願第ＷＯ９４／２９３５１号に記載されている。特定の態様では、本開示の抗体またはその抗原結合断片の１つ以上のアミノ酸は、ＩｇＧ１サブクラスおよびκアイソタイプ用に、１つ以上のアロタイプアミノ酸残基により置換される。また、アロタイプアミノ酸残基は、ＪｅｆｆｅｒｉｓらのＭＡｂｓ．１：３３２−３３８（２００９）に記載されているように、限定されないが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２およびＩｇＧ３サブクラスの重鎖の定常領域、ならびにκアイソタイプの軽鎖の定常領域を含む。

さらに別の態様において、Ｆｃ領域は、抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を媒介する抗体の能力を増加させるため、および／または１つ以上のアミノ酸を修飾することにより、Ｆｃγ受容体に対する抗体の親和性を増加させるために改変される。このアプローチは、例えば、Ｐｒｅｓｔａによる国際特許出願第ＷＯ００／４２０７２号に記載されている。さらに、ＦｃγＲｌ、ＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩＩおよびＦｃＲｎに対するヒトＩｇＧ１上の結合部位がマッピングされており、向上した結合を有する変異体が記載されている（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：６５９１−６６０４，２００１を参照のこと）。

さらに別の態様では、抗体のグリコシル化が修飾される。例えば、非グリコシル化抗体を作製することができる（すなわち、抗体がグリコシル化を欠いている）。グリコシル化は、例えば、「抗原」に対する抗体の親和性を増加するように変えられる。このような炭水化物修飾は、例えば、抗体配列内の１つ以上のグリコシル化の部位を変えることによって達成することができる。例えば、１つ以上のアミノ酸置換を行うことができ、その結果、１つ以上の可変領域フレームワークのグリコシル化部位が除去され、それにより、その部位でのグリコシル化を排除することができる。このようなグリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させることができる。このようなアプローチは、例えば、Ｃｏらによる米国特許第５，７１４，３５０号および同第６，３５０，８６１号に記載されている。

追加的に、または代替的に、減少した量のフコシル残基を有する低フコシル化抗体または増加したバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造を有する抗体のような、改変された型のグリコシル化を有する抗体を作製することができる。そのような改変されたグリコシル化パターンは、抗体のＡＤＣＣ能を増加させることが実証されている。そのような炭水化物修飾は、例えば、改変されたグリコシル化機構を有する宿主細胞で抗体を発現させることによって、達成することができる。改変されたグリコシル化機構を有する細胞は、当該技術分野で記載されており、宿主細胞として使用して組換え抗体を発現させることによって、改変されたグリコシル化を有する抗体を産生することができる。例えば、Ｈａｎｇらによる欧州特許第１，１７６，１９５号は、機能的に破壊されたフコシルトランスフェラーゼをコードするＦＵＴ８遺伝子を有する細胞株を記載しており、そのような細胞株で発現された抗体は、低フコシル化を示す。Ｐｒｅｓｔａによる国際特許出願第ＷＯ０３／０３５８３５号は、フコースをＡｓｎ（２９７）−連結炭水化物に結合させる能力が低減した変異ＣＨＯ細胞株、Ｌｅｃｌ３細胞を記載しており、結果として、その宿主細胞で発現された抗体が低フコシル化される（Ｓｈｉｅｌｄｓ ｅｔ ａｌ．，（２００２）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７７：２６７３３−２６７４０を参照のこと）。Ｕｍａｎａらによる国際特許出願第ＷＯ９９／５４３４２号は、糖タンパク質修飾糖転移酵素（例えば、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミン転移酵素ＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するように設計された細胞系を記載しており、改変細胞株で発現した抗体が、増加したバイセクト型ＧｌｃＮａｃ構造を示し、その結果、抗体のＡＤＣＣ活性が増加する（Ｕｍａｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１７：１７６−１８０，１９９９を参照のこと）。

別の態様では、抗体は、その生物学的半減期を増加させるように修飾される。種々のアプローチが可能である。例えば、Ｗａｒｄによる米国特許第６，２７７，３７５号に記載されているように、１つ以上の次の突然変異：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓ、Ｔ２５６Ｆ、を導入することができる。あるいは、生物学的半減期を増加させるために、Ｐｒｅｓｔａらによる米国特許第５，８６９，０４６号および同第６，１２１，０２２号に記載されているように、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから得られるサルベージ受容体結合エピトープを含むように、抗体をＣＨ１またはＣＬ領域内で改変することができる。

抗体のＡＤＣＣ活性を最小化するにあたり、Ｆｃ領域における特異的な変異により、エフェクター細胞との相互作用が最小である「Ｆｃサイレント」抗体が得られる。一般に、「ＩｇＧ Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域および変異体Ｆｃ領域を含め、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、一般に、ＩｇＧ抗体の位置Ｃ２２６またはＰ２３０からカルボキシル末端までのアミノ酸残基からなるものとして定義される。Ｆｃ領域における残基の番号は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスの番号である。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（残基Ｋ４４７）は、例えば抗体の産生または精製中に除去されうる。

抑制されたエフェクター機能は、抗体のＦｃ領域における変異によって得られ、当該技術分野において記載されている：ＬＡＬＡ ａｎｄ Ｎ２９７Ａ（Ｓｔｒｏｈｌ，Ｗ．，２００９，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．ｖｏｌ．２０（６）：６８５−６９１）、およびＤ２６５Ａ（Ｂａｕｄｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，２００８，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８１：６６６４−６９）。また、Ｈｅｕｓｓｅｒらの国際特許出願第ＷＯ２０１２／０６５９５０号を参照のこと。サイレントＦｃ ｌｇＧ１抗体の例は、ｌｇＧ１ Ｆｃアミノ酸配列におけるＬ２３４ＡおよびＬ２３５Ａ変異を含むＬＡＬＡ突然変異体である。サイレントｌｇＧ１抗体の他の例は、ＤＡＰＡ（Ｄ２６５Ａ、Ｐ３２９Ａ）突然変異（米国特許第ＵＳ６，７３７，０５６号）である。別のサイレントｌｇＧ１抗体は、Ｎ２９７Ａ変異を含み、非グリコシル化／無グリコシル化抗体が得られる。

Ｆｃサイレント抗体は、ＡＤＣＣ活性が無い、または低く、これは、Ｆｃサイレント抗体が、特異的細胞溶解が５０％未満（低いＡＤＣＣ活性）、または特異的細胞溶解が１％未満（ＡＤＣＣ活性がない）であるＡＤＣＣ活性を示すことを意味する。

３．抗体の生産
抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体および抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、限定されないが、組換え体発現、化学合成、および抗体四量体の酵素消化を含む、当該分野で既知の任意の手段によって生産することができ、一方、全長モノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ、または組換え体産生によって得ることができる。組換え体発現は、当該分野で既知の任意の適切な宿主細胞、例えば、哺乳類宿主細胞、細菌宿主細胞、酵母宿主細胞、昆虫宿主細胞などからなされる。

本開示は、本明細書に記載の抗体をコードするポリヌクレオチド、例えば、本明細書に記載の相補性決定領域を含む重鎖または軽鎖可変領域またはセグメントをコードするポリヌクレオチドを提供する。一部の態様では、重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１９、５１、８３、１１５、１４７、１７９、２１１、２４３、および２７５．からなる群から選択されるポリヌクレオチドと、少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。一部の態様では、軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号３５、６７、９９、１３１、１６３、１９５、２２７、２５９、および２９１からなる群から選択されるポリヌクレオチドと、少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。

一部の態様では、重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２１、５３、８５、１１７、１４９、１８１、２１３、２４５、２７７からなる群から選択されるポリヌクレオチドと、少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。一部の態様では、軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号３７、６９、１０１、１３３、１６５、１９７、２２９、２６１、および２９３からなる群から選択されるポリヌクレオチドと、少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。

本開示のポリヌクレオチドは、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体の可変領域配列のみをコードすることができる。それらはまた、抗体の可変領域および定常領域の両方をコードすることができる。ポリヌクレオチド配列のいくつかは、例示された抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体の１つの重鎖および軽鎖の両方の可変領域を含むポリペプチドをコードする。ポリヌクレオチド配列の他のいくつかは、マウス抗体の１つの重鎖および軽鎖の可変領域と、それぞれ実質的に同一である２つのポリペプチドセグメントをコードする。

ポリヌクレオチド配列は、デノボ固相ＤＮＡ合成により、あるいは、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体またはその結合断片をコードする既存配列のＰＣＲ突然変異誘発によって生産することができる。核酸の直接的な化学的合成は、Ｎａｒａｎｇらのリン酸トリエステル法（Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０，１９７９）、Ｂｒｏｗｎらのリン酸ジエステル法（Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９，１９７９）、Ｂｅａｕｃａｇｅらのジエチルホスホロアミダイト法（Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔ．，２２：１８５９，１９８１）、および米国特許第４，４５８，０６６号の固相支持法、のような当該技術分野で既知の方法によって達成することができる。ＰＣＲによりポリヌクレオチド配列に突然変異を導入することは、例えば、ＰＣＲ ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ（Ｅｄ．），Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ＮＹ，１９９２、ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．（Ｅｄ．），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，１９９０、Ｍａｔｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：９６７，１９９１、およびＥｃｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １：１７，１９９１、に記載されているように行うことができる。

また、本開示では、上記の抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体を産生するための発現ベクターおよび宿主細胞が提供される。様々な発現ベクターを用いて、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体鎖または結合断片をコードするポリヌクレオチドを発現させることができる。ウイルスに基づく発現ベクターおよび非ウイルス発現ベクターの両方を使用して、哺乳類宿主細胞において抗体を産生させることができる。非ウイルス性ベクターおよび系は、プラスミド、エピソームベクター、典型的には、タンパク質またはＲＮＡを発現する発現カセット、およびヒト人工染色体を含む（例えば、Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ １５：３４５，１９９７を参照のこと）。例えば、哺乳類（例えば、ヒト）細胞における抗ＢＫまたはＪＣウイルスポリヌクレオチドおよびポリペプチドの発現に有用な非ウイルス性ベクターは、ｐＴｈｉｏＨｉｓ Ａ，Ｂ ＆ Ｃ、ｐｃＤＮＡ３．１／Ｈｉｓ、ｐＥＢＶＨｉｓ Ａ，Ｂ ＆ Ｃ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、ＭＰＳＶベクター、および他のタンパク質を発現するための当該技術分野で既知の多数の他のベクター、を含む。有用なウイルスベクターとしては、レトロウイルスに基づくベクター、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、ＳＶ４０に基づくベクター、パピローマウイルス、ＨＢＰエプスタイン・バーウイルス、ワクシニアウイルスベクター、およびセムリキ森林ウイルス（ＳＦＶ）、が挙げられる。Ｂｒｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，上記、Ｓｍｉｔｈ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４９：８０７，１９９５、およびＲｏｓｅｎｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ６８：１４３，１９９２、を参照のこと。

発現ベクターの選択は、ベクターが発現されるべき意図される宿主細胞に依存する。典型的には、発現ベクターは、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体鎖または断片をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターおよび他の調節配列（例えば、エンハンサー）を含む。一部の態様では、誘導性プロモーターは、誘導条件下での挿入配列の発現を防止するために使用される。誘導性プロモーターとしては、例えば、アラビノース、ｌａｃＺ、メタロチオネインプロモーターまたは熱ショックプロモーターが挙げられる。形質転換された生物の培養物は、発現産物が宿主細胞によってより良好に許容されるコード配列の集団にバイアスをかけることなく、非誘導条件下で増殖させることができる。プロモーターに加えて、他の調節要素もまた、抗ＶＰ１抗体鎖または断片の効率的発現のために必要または所望されうる。これらの要素は、典型的には、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接するリボソーム結合部位または他の配列を含む。さらに、発現の効率は、使用中の細胞系に適切なエンハンサーを包含することによって促進されうる（例えば、Ｓｃｈａｒｆ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｓｕｌｔｓ Ｐｒｏｂｌ．Ｃｅｌｌ Ｄｉｆｆｅｒ．２０：１２５，１９９４；ａｎｄ Ｂｉｔｔｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＭｅｔｈＥｎｚｙｍｏｌ．，１５３：５１６，１９８７を参照のこと）。例えば、ＳＶ４０エンハンサーまたはＣＭＶエンハンサーは、哺乳類宿主細胞における発現を増加させるために使用されうる。

発現ベクターはまた、分泌シグナル配列位置を提供して、挿入された抗ＢＫ抗体配列によってコードされるポリペプチドと融合タンパク質を形成することができる。より多くの場合、挿入された抗ＢＫ抗体配列は、ベクター中に包含される前にシグナル配列に連結される。抗ＢＫ抗体軽鎖および重鎖可変ドメインをコードする配列を受容するために使用されるベクターは、定常領域またはその一部をもコードすることがある。このようなベクターは、定常領域を有する融合タンパク質としての可変領域の発現を可能にし、それにより、インタクトな抗体またはその断片の産生をもたらす。典型的には、このような定常領域はヒトである。

抗ＢＫまたはＪＣ抗体鎖を保有して発現する宿主細胞は、原核生物または真核細胞のいずれでもよい。Ｅ．ｃｏｌｉは、本開示のポリヌクレオチドをクローニングおよび発現するのに有用な原核生物宿主である。使用に適した他の微生物宿主としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓなどのＢａｃｉｌｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、およびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓの他の腸内細菌科などが挙げられる。これらの原核生物宿主において、発現ベクターを作製することもでき、典型的には、宿主細胞に適合する発現制御配列（例えば、複製起点）を含む。さらに、ラクトースプロモーター系、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系、β−ラクタマーゼプロモーター系、またはファージλからのプロモーター系のような、任意の数の既知のプロモーターが存在する。プロモーターは、典型的には任意選択的にオペレーター配列と発現を制御し、転写および翻訳を開始および終了するためのリボソーム結合部位配列などを有する。酵母のような他の微生物もまた、抗ＶＰ１ポリペプチドを発現するために使用することができる。バキュロウイルスベクターと組み合わせた昆虫細胞も使用することができる。

他の態様において、哺乳類宿主細胞は、本開示の抗ＶＰ１ポリペプチドを発現および産生するために使用される。例えば、それらは、内因性免疫グロブリン遺伝子を発現するハイブリドーマ細胞株（例えば、実施例に記載されるミエローマハイブリドーマクローン）、または外因性発現ベクターを有する哺乳類細胞株のいずれかでありうる。これらは、あらゆる正常細胞または正常または異常な不死化動物またはヒト細胞を含む。例えば、インタクトな免疫グロブリンを分泌することができる多くの適切な宿主細胞株が開発されており、ＣＨＯ細胞株、種々のＣＯＳ細胞株、ＨｅＬａ細胞、ミエローマ細胞株、形質転換されたＢ−細胞およびハイブリドーマが含まれる。ポリペプチドを発現するための哺乳類組織細胞培養の使用は、一般に、例えば、Ｗｉｎｎａｃｋｅｒ，Ｆｒｏｍ Ｇｅｎｅｓ ｔｏ Ｃｌｏｎｅｓ，ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎ．Ｙ．，Ｎ．Ｙ．，１９８７に記載されている。哺乳類宿主細胞の発現ベクターは、複製起点、プロモーター、およびエンハンサーのような発現制御配列（例えば、Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．８９：４９−６８，１９８６を参照のこと）、ならびにリボソーム結合部位、ＲＮＡスプライス部位、ポリアデニル化部位、および転写ターミネーター配列などの必要なプロセシング情報部位、を含むことができる。これらの発現ベクターは、通常、哺乳類遺伝子由来のプロモーター、または哺乳類ウイルス由来のプロモーターを含む。適切なプロモーターは、恒常的、細胞型特異的、ステージ特異的、および／または調節可能、あるいは制御可能であってもよい。有用なプロモーターとしては、限定されないがメタロチオネインプロモーター、恒常的アデノウイルス主要後期プロモーター、デキサメタゾン誘導性ＭＭＴＶプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＭＲＰ ｐｏｌＩＩＩプロモーター、恒常的ＭＰＳＶプロモーター、テトラサイクリン誘導性ＣＭＶプロモーター（ヒト最初期ＣＭＶプロモーターなど）、恒常的ＣＭＶプロモーター、および当該技術分野で知られているプロモーター−エンハンサーの組み合わせが挙げられる。

目的とするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを導入する方法は、細胞宿主の種類に応じて変化する。例えば、塩化カルシウムトランスフェクションは、一般的に原核細胞に利用され、一方、リン酸カルシウム処理またはエレクトロポレーションは、他の細胞宿主に使用され得る（一般に、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、上記）。他の方法としては、例えば、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム処理、リポソーム介在形質転換、注射、微量注入マイクロインジェクション、弾道法、ビロソーム、免疫リポソーム、ポリカチオン核酸共役複合体、ネイキッドＤＮＡ、人工ビリオン、ヘルペスウイルス構造タンパク質ＶＰ２２への融合（Ｅｌｌｉｏｔ ａｎｄ Ｏ’Ｈａｒｅ，Ｃｅｌｌ ８８：２２３，１９９７）、ＤＮＡの薬剤増強取り込み、およびエクスビボ形質導入、が挙げられる。組換えタンパク質の長期的、高収率生産のためには、しばしば安定した発現が望まれる。例えば、ウイルス起源の複製または内因性発現要素および選択可能なマーカー遺伝子を含む発現ベクターを用いて、安定的に抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体鎖または結合断片を発現する細胞株を調製することができる。ベクターの導入後、細胞を、選択的培地に切り替える前に、富化培地中で１−２日間増殖させることができる。選択可能なマーカーの目的は、選択に対する耐性を付与することであり、その存在は、選択的培地中で導入された配列をうまく発現する細胞の成長を可能にする。耐性で安定にトランスフェクトされた細胞は、細胞型に適した組織培養技術を用いて増殖させることができる。

治療および診断用途
本開示の抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、限定されないが、ポリオーマウイルス感染および疾患を含む様々な用途において有用である。ある態様では、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、ＢＫＶまたはＪＣＶ感染を中和するために有用であり、ＢＫウイルス腎症、例えばＢＫＶＡＮ）の予防または治療に有用である。使用方法は、インビトロ、エクスビボ、またはインビボの方法でありうる。

一態様において、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、生物学的試料中のＢＫＶの存在を検出するのに有用である。本明細書で使用される「検出する」という用語は、定量的または定性的な検出を包含する。ある態様では、生物学的試料は、細胞または組織を含む。ある態様では、そのような組織は、他の組織に対してより高いレベルでＢＫＶを発現する正常および／または癌組織を含む。

一態様では、本開示は、生物学的試料中のＢＫまたはＪＣウイルスの存在を検出する方法を提供する。ある態様では、本方法は、抗原に対する抗体の結合を許容的する条件下で、生物学的試料を抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体と接触させて、抗体と抗原との間で複合体が形成されているか否かを検出することを含む。生物学的試料は、限定されないが、尿また血液試料を含むことができる。

また、ＢＫまたはＪＣウイルスの発現に関連する障害を診断する方法が含まれる。ある態様では、本方法は、試験細胞を抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体と接触させること、ＢＫまたはＪＣウイルスに対する抗体の結合を検出することによって、試験細胞中のＢＫまたはＪＣウイルスの発現のレベル（定量的または定性的）を決定すること、および試験細胞での感染のレベルをコントロール細胞（例えば、試験細胞または非ウイルス感染細胞と同じ組織起源の正常細胞）でのＢＫまたはＪＣウイルスの感染のレベルと比較すること、を含み、コントロール細胞と比較したとき試験細胞におけるＢＫまたはＪＣウイルスのより高いレベルの存在が、ＢＫまたはＪＣウイルスの感染に関連する障害の存在を示す。ある態様では、試験細胞は、ＢＫまたはＪＣウイルス感染を有することが疑われる個体から得られる。

ある態様では、上記のような診断または検出の方法は、ウイルス感染細胞に対するＢＫまたはＪＣウイルス抗体の結合を検出することを含む。ＢＫまたはＪＣウイルス感染細胞に対する抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体の結合を検出するための例示的なアッセイは、「ＦＡＣＳ」アッセイである。

ある他の方法を使用して、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体の結合を検出することができる。そのような方法としては、限定されないが、当技術分野で既知の抗原結合アッセイ、例えば、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、蛍光イムノアッセイ、プロテインＡイムノアッセイ、および免疫組織化学（ＩＨＣ）、が挙げられる。

ある態様では、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体が標識される。標識は、直接的に検出される標識または部分（例えば、蛍光、発色団、高電子密度、化学発光、および放射性標識）、ならびに間接的に（例えば、酵素反応または分子相互作用を介して）検出される酵素またはリガンドのような部分を含むが、これらに限定されない。

ある態様では、抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体は、不溶性マトリックス上に固定化される。固定化は、溶液中に残存しない任意のＢＫＶまたはＪＣＶタンパク質から抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体を分離することを伴う。これは、アッセイ手順の前に水不溶性マトリックスまたは表面への吸着のように、抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体を不溶化する（Ｂｅｎｎｉｃｈらの米国特許第３，７２０，７６０号）、共有結合（例えば、グルタルアルデヒド架橋結合を用いた）により、あるいは、抗ＢＫまたはＪＣ抗体とＢＫＶまたはＪＣＶタンパク質との間で複合体を形成した後、抗ＢＫまたはＪＣ抗体を不溶化することにより（例えば、免疫沈降による）、達成される。

上記のいずれかの態様の診断または検出は、別の抗ＢＫまたはＪＣ抗体の代わりに、またはそれに加えて、本開示の抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体を使用して実施することができる。

一態様において、本開示は、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）を患者に投与して、疾患を治療する、その可能性を低減する、または寛解する方法を提供し、それによって疾患を治療する。ある態様では、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）で治療される疾患は、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染である。治療および／または予防することができるＢＫＶおよびＪＣＶ疾患の例としては、腎症、出血性膀胱炎、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、間質性腎疾患、尿管狭窄症、顆粒細胞ニューロン障害（ＧＣＮ）、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）が挙げられるが、これらに限定されない。ある態様では、感染は、抗ＢＫ抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）またはＪＣ抗体が特異的に結合しうるＢＫＶまたはＪＣＶ発現細胞によって特徴付けられる。

本開示は、ＢＫウイルス感染を治療する方法を提供し、ＢＫＶＡＮは、治療上有効な量の抗体、抗体断片（例えば、抗原結合断片）を投与することを含む。ある態様では、対象はヒトである。

ある態様では、ＢＫウイルス感染を低減する方法は、治療上有効な量の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）を対象に投与することを含む。ある態様では、対象はヒトである。ある態様では、対象は免疫抑制されている。免疫抑制された対象に対して、抗ＢＫ抗体の治療効果のために、免疫抑制の量を増加または減少させることができる。

ある態様では、移植された組織は、抗ＢＫ抗体が結合するＢＫウイルスに感染している。母集団におけるＢＫ感染の発生率が高いため、腎臓移植の場合には、腎臓を受容する患者がＢＫウイルス陽性であるか、腎臓を提供するドナーがＢＫウイルス陽性であるか、または両方がＢＫウイルス陽性である確率が高い。ＢＫＶＡＮを防止するために、腎臓ドナーまたは移植レシピエントの血清陽性に応じて、腎臓移植手順の前および／または後に、抗ＢＫ抗体を腎臓移植レシピエントに投与することができる。別の態様では、抗ＢＫ抗体は、ウイルスが尿に検出された場合（ウイルス尿症）、またはウイルスが血中に検出された場合（ウイルス血症）に、患者に投与され得る。

ＢＫまたはＪＣウイルス感染の治療のために、抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）の適切な投与量は、治療される感染のタイプ、感染の重症度および経過、感染の応答性、治療に対するウイルス耐性の生成、以前の治療、患者の病歴などの様々な因子に依存する。抗体は、１回または数日間から数ヶ月間持続する一連の治療にわたって、あるいは治癒がもたらされるまたは感染の減少が達成されるまで（例えば、腎臓に対するウイルス尿症またはウイルス障害の減少）、投与することができる。適切な投薬スケジュールは、患者の体内における薬物蓄積の測定値はから計算され、個々の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）の相対的な効力に依存して変化する。ある態様では、投与量は、体重１ｋｇ当たり、０．０１ｍｇ〜１０ｍｇ（例えば、０．０１ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．ｌｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、または１０ｍｇ）であり、１回またはそれ以上、毎日、毎週、毎月または毎年投与され得る。ある態様では、本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、２週間毎または３週間毎に１回投与される。治療医師は、測定された半減期に基づいて、投薬のための反復速度、および体液または組織における抗体の濃度を推定することができる。

併用療法
ある例では、本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合断片）は、他の抗ウイルス剤、抗アレルギー剤、抗悪心剤（または制吐薬）、鎮痛剤、細胞保護剤、免疫抑制剤およびそれらの組み合わせなどの他の治療剤と組み合わされる。

本明細書で使用される「薬学的な組み合わせ」という用語は、１つの投与量単位形態での確定した組み合わせ、あるいは非確定の組み合わせまたは組み合わせた投与の部分のキットのいずれかを意味し、２つ以上の治療剤が、独立して同時にまたは時間間隔内で別々に投与されてもよく、特に、組み合せ相手が協調的な効果（例えば相乗効果）を示すようにこれらの時間間隔を設ける。

「併用療法」という用語は、本開示に記載された治療的状況または感染を治療するために、２つ以上の治療剤の投与を意味する。このような投与は、活性成分が一定の比率を有する単一のカプセルのような、実質的に同時的な様式でこれらの治療剤の同時投与を包含する。あるいは、そのような投与は、各有効成分について、複数の、または別個の容器（例えば、カプセル、粉末、および液体）中で、同時投与することを包含する。粉末および／または液体は、投与前に所望の投与量に再構成または希釈され得る。さらに、そのような投与はまた、それぞれのタイプの治療剤の使用を、逐次的な様式で、ほぼ同時にまたは異なる時間に使用することを包含する。いずれの場合も、治療計画は、本明細書に記載された状態または障害を治療するにあたり、薬剤の組み合わせが有益な効果をもたらす。

併用療法は、「相乗作用」を提供することができ、すなわち、ともに使用される有効成分が、化合物を別々に使用することで得られる効果の合計よりも大きい場合、得られる効果が「相乗的」であることが分る。相乗効果は、活性成分が、（１）共製剤化され投与される、または組み合わされた単位投与製剤中で同時に送達される、（２）交互にまたは別個の製剤として並行して送達される、あるいは（３）他の投与計画によって送達される、場合に達成されうる。交互療法で送達される場合、化合物が、例えば別々の注射器により異なる注射で順次投与または送達されるときに、相乗効果が達成されうる。一般に、交互療法の間、各有効成分の有効な投与量は逐次的に、すなわち連続的に投与されるが、併用療法では、２種以上の有効成分の有効な投与量が一緒に投与される。

一態様では、本開示は、免疫抑制剤療法とともに、抗体を必要とする対象に投与することによってＢＫＶまたはＪＣＶ感染を治療する方法を提供する抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体は、移植前または移植後の免疫抑制剤療法から得られるＢＫＶまたはＪＣＶ一次感染またはウイルス再活性化を中和するために予防的に作用する。免疫抑制剤療法の例としては、一リン酸デヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない。免疫抑制治療剤の具体例としては、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスおよびシクロスポリンが挙げられるが、これらに限定されない。

医薬組成物
抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体を含む薬学的または無菌の組成物を調製するために、本開示の抗体は、薬学的に許容される担体または賦形剤と混合される。本組成物は、ＢＫＶまたはＪＣＶ感染を中和するのに適した１つ以上の他の治療剤をさらに含みうる。

治療剤および診断薬の製剤は、生理学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤を、例えば、凍結乾燥粉末、スラリー、水溶液、ローション、または懸濁液の形態で混合することによって調製することができる（例えば、Ｈａｒｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２００１、Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ，ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２０００；Ａｖｉｓ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ Ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９３、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｔａｂｌｅｔｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９０、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ：Ｄｉｓｐｅｒｓｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，ＮＹ，１９９０、Ｗｅｉｎｅｒ ａｎｄ Ｋｏｔｋｏｓｋｉｅ，Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔ Ｔｏｘｉｃｉｔｙ ａｎｄ Ｓａｆｅｔｙ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，２０００、を参照のこと）。

特定の態様では、抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体は、抗体を含有するバイアル内の凍結乾燥物である。凍結乾燥物は、水または注射に適した医薬担体で再構成することができる。その後の静脈内投与のために、得られた溶液は、通常、キャリア溶液中にさらに希釈される。

本明細書で開示される抗体は、免疫抑制可能な組織移植患者におけるＢＫＶまたはＪＣＶの中和に有用であり、ＣｙｔｏＧａｍ（登録商標）を受容する骨髄移植患者において以前に使用されているスクロースおよびヒトアルブミンの薬学的担体を使用することができる（ＤｅＲｉｅｎｚｏ ｅｔ ａｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ ２０００；２０：１１７５−８）。あるいは、抗ＢＫ抗体またはＪＣ抗体は、別の抗ウイルス抗体（国際特許出願第ＷＯ２００３／１０５８９４号に記載のＳｙｎａｇｉｓ（登録商標））に記載されているような薬学的担体を介して移植患者に導入され得る。その公報では、薬学的担体は、ヒスチジンおよび／またはグリシン、糖類（例：スクロース）およびポリオール（例：ポリソルベート）で構成されている。

治療のための投与計画を選択することは、感染の重篤度、症状のレベル、および生物学的マトリックス中の標的細胞の近づきやすさを含むいくつかの要因に依存する。ある態様では、投与計画は、許容可能な副作用のレベルと一致する患者に送達される治療量を最大化する。したがって、送達される生物学的送達の量は、部分的に、特定の実体および治療される状態の重篤度に依存する。適切な用量の抗体、サイトカイン、および小分子を選択する際のガイダンスは利用可能である（例えば、Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ，Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂｉｏｓ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂ．Ｌｔｄ，Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ，ＵＫ，１９９６、Ｋｒｅｓｉｎａ（ｅｄ．），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ａｎｄ Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９１、Ｂａｃｈ（ｅｄ．），Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｉｎ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９３、Ｂａｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：６０１−６０８，２００３、Ｍｉｌｇｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４１：１９６６−１９７３，１９９９、Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：７８３−７９２，２００１、Ｂｅｎｉａｍｉｎｏｖｉｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４２：６１３−６１９，２０００、Ｇｈｏｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：２４−３２，２００３、Ｌｉｐｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４３：１５９４−１６０２，２０００を参照のこと）。

適切な投与量の決定は、臨床医によって、例えば、治療に影響を与えることが当該分野で知られているまたは疑われる、あるいは治療に影響を与えることが予測される、パラメータまたは要因を用いて行われる。一般に、用量は、最適用量よりも幾分少ない量で開始し、その後、小さい増分で増加させ、任意の負の副作用に対して所望のまたは最適な効果が得られるまで行う。重要な診断尺度は、例えば、輸液反応の症状のものを含む。

抗ＢＫ抗体を有する医薬組成物中の活性成分の実際の投与量レベルは、特定の患者、組成物、および投与様式に対して、所望の治療反応を達成するのに有効である有効成分の量を、患者に毒性を与えることなく、得るように変化させることができる。選択された投与レベルは、様々な薬物動態因子に依存し、抗体の中和活性、投与経路、投与時間、患者における抗体の半減期、治療の持続時間、治療の持続時間、使用される特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物および／または物質、治療される患者の年齢、性別、体重、状態、健康全般および以前の病歴、および医療分野で既知の同様な因子が含まれる。

抗体またはその断片を含む組成物は、持続注入によって、あるいは、例えば、１日、１週間、または週１〜７回の間隔での用量によって提供することができる。用量は、静脈内、皮下、局所、経口、経鼻、直腸、筋肉内、脳内、または吸入によって提供することができる。特定の用量プロトコルは、顕著な望ましくない副作用を回避する、最大用量または投与頻度を含むものである。

本明細書に記載の抗体について、患者に投与される投与量は、患者の体重の０．０００１ｍｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇであってもよい。投与量は、患者の体重あたり、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜５ｍｇ／ｋｇ，、０．０００１〜２ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜１ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．７５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．２５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜０．１５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜０．１０ｍｇ／ｋｇ、０．００１〜０．５ｍｇ／ｋｇ、０．０１〜０．２５ｍｇ／ｋｇ、または０．０１〜０．１０ｍｇ／ｋｇの間であってもよい。抗体またはその断片の投与量は、投与される用量（ｍｇ／ｋｇ）で乗じた患者の体重（キログラムｋｇ）を用いて計算することができる。

次いで、抗体の用量を繰り返すことができ、投与は、少なくとも１日、２日、３日、５日、１０日、１５日、３０日、４５日、２ヶ月、７５日、３ヶ月、または少なくとも６ヶ月隔てられうる。

特定の患者の有効量は、治療される状態、患者の全体的な健康、方法、経路および投与量および副作用の重篤度などの要因に応じて変化することができる（例えば、Ｍａｙｎａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ａ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ＳＯＰｓ ｆｏｒ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｉｎｔｅｒｐｈａｒｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９９６、Ｄｅｎｔ，Ｇｏｏｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ａｎｄ Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ，Ｕｒｃｈ Ｐｕｂｌ．，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ，２００１を参照のこと）。

投与経路は、例えば、局所または皮膚適用、静脈内、腹腔内、脳内、筋肉内、眼内、動脈内、脳脊髄内、病巣内の注射または注入、あるいは持続放出システムまたはインプラントによることが可能である（例えば、Ｓｉｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ ２２：５４７−５５６，１９８３、Ｌａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ． Ｍａｔｅｒ． Ｒｅｓ．１５：１６７−２７７，１９８１、Ｌａｎｇｅｒ，Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．１２：９８−１０５，１９８２、Ｅｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：３６８８−３６９２，１９８５、Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７７：４０３０−４０３４，１９８０、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．６，３５０，４６６ ａｎｄ ６，３１６，０２４を参照のこと）。必要に応じて、組成物は、溶解剤または局所麻酔薬（例えば、リドカインで注射部位の疼痛を緩和する）、またはその両方含んでいてもよい。さらに、吸入器や噴霧器などを用いて、および組成物をエアロゾル化剤とともに使用して、経肺投与を利用することもできる。例えば、米国特許第６，０１９，９６８号、同第５，９８５，３２０号、同第５，９８５，３０９号、同第５，９３４，２７２号、同第５，８７４，０６４号、同第５，８５５，９１３号、同第５，２９０，５４０号、および同第４，８８０，０７８号、ならびに国際特許公報第ＷＯ９２／１９２４４号、同第ＷＯ９７／３２５７２号、同第ＷＯ９７／４４０１３号、同第ＷＯ９８／３１３４６号、および同第ＷＯ９９／６６９０３号、に記載されており、各々についてその全体が参照により本明細書に援用される。

また、本開示の組成物は、１つ以上の当該技術分野で既知の種々の方法を用いて、１つ以上の投与経路を介して投与することができる。当業者には理解されるように、投与の経路および／または様式は、所望の結果に応じて変化する。抗体のために選択された投与経路は、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊髄または他の非経口経路、例えば、注射または注入による投与、を含む。非経口投与は、腸内および局所投与以外の投与様式を表してもよく、通常注射によるが、限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、関節包内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、表皮下、鎖骨下、関節内、嚢下、くも膜下、脊髄内、硬膜外、および胸骨内注射および注入を含む。あるいは、本開示の組成物は、非経口経路、例えば、局所、上皮、または粘膜経路を介して、例えば、鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下または局所的に投与することができる。一態様では、本開示の抗体は、注入によって投与される。別の態様では、抗体は皮下投与される。

本開示の抗体が制御放出または持続放出システムで投与される場合、ポンプは、制御的または持続的な放出を達成するために使用されうる（Ｌａｎｇｅｒ、前記、Ｓｅｆｔｏｎ，ＣＲＣ Ｒｅｆ Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１４：２０，１９８７、Ｂｕｃｈｗａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ ８８：５０７，１９８０、Ｓａｕｄｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３２１：５７４，１９８９を参照のこと）。ポリマー材料は、抗体の治療の制御されたまたは持続的な放出を達成するために使用されうる（例えば、Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，Ｌａｎｇｅｒ ａｎｄ Ｗｉｓｅ（ｅｄｓ．），ＣＲＣ Ｐｒｅｓ．，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９７４、Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｂｉｏａｖａｉｌａｂｉｌｉｔｙ，Ｄｒｕｇ Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ，Ｓｍｏｌｅｎ ａｎｄ Ｂａｌｌ（ｅｄｓ．），Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８４、Ｒａｎｇｅｒ ａｎｄ Ｐｅｐｐａｓ，Ｊ．Ｍａｃｒｏｍｏｌ．Ｓｃｉ．Ｒｅｖ．Ｍａｃｒｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．２３：６１，１９８３、また、Ｌｅｖｙ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２８：１９０，１９８５、Ｄｕｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎｅｕｒｏｌ．２５：３５１，１９８９、Ｈｏｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．７ １：１０５，１９８９、米国特許第５，６７９，３７７号、同第５，９１６，５９７号、同第５，９１２，０１５号、同第５，９８９，４６３号、同第５，１２８，３２６号、国際特許公開第ＷＯ９９／１５１５４号、および同第ＷＯ９９／２０２５３号を参照のこと）。持続放出製剤に使用されるポリマーの例としては、ポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（アクリル酸）、ポリ（エチレン−コ−酢酸ビニル）、ポリ（メタクリル酸）、ポリグリコリド（ＰＬＧ）、ポリ酸無水物、ポリ（Ｎ−ビニルピロリドン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリアクリルアミド、ポリ（エチレングリコール）、ポリ乳酸（ＰＬＡ）、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）（ＰＬＧＡ）、およびポリオルトエステルが挙げられるが、これらに限定されない。一態様では、持続放出製剤で使用されるポリマーは、不活性であり、浸出性不純物を含まず、貯蔵上安定、無菌、および生分解性である。制御または持続放出システムは、予防または治療標的に近接して配置することができ、したがって、全身投与量の一部しか必要としない（例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，ｉｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，ｓｕｐｒａ，ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５−１３８，１９８４を参照のこと）。

制御放出システムは、Ｌａｎｇｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４９：１５２７−１５３３，（１９９０）に記載されている。当業者に既知の任意の技術を使用して、本開示の１つ以上の抗体を含む持続放出製剤を製造することができる。例えば、米国特許第４，５２６，９３８号、国際特許出願第ＷＯ９１／０５５４８号、同第ＷＯ９６／２０６９８号、Ｎｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｒａｄｉｏｔｈｅｒａｐｙ ＆ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ３９：１７９−１８９，１９９６、Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＤＡ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ５０：３７２−３９７，１９９５、Ｃｌｅｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏ． Ｉｎｔ’ｌ．Ｓｙｍｐ．Ｃｏｎｔｒｏｌ．Ｒｅｌ．Ｂｉｏａｃｔ．Ｍａｔｅｒ．２４：８５３−８５４，１９９７、およびＬａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ’ｌ．Ｓｙｍｐ．Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｒｅｌ．Ｂｉｏａｃｔ．Ｍａｔｅｒ．２４：７５９−７６０，１９９７に記載されており、各々についてその全体が参照により本明細書に援用される。

本開示の抗体が局所的に投与される場合、それらは、軟膏、クリーム、経皮パッチ、ローション、ゲル、スプレー、エアロゾル、溶液、エマルジョン、または当業者に周知の他の形態の形態で処方することができる。例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，１９ｔｈ ｅｄ．，Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａ．（１９９５）を参照のこと。非噴霧可能な局所投与形態については、局所適用に適合する担体または１種以上の賦形剤を含む半固体または固体形態の粘稠で、かつ、場合によっては水よりも大きい動的粘度を有する固体形態が典型的に使用される。適切な製剤には、溶液、懸濁液、乳濁液、クリーム、軟膏剤、粉末、リニメント、軟膏などが含まれ、必要に応じて、滅菌、または、例えば浸透圧のような様々な特性に影響を与える補助剤（例えば、防腐剤、安定剤、湿潤剤、緩衝液、または塩）との混合、を含むが、これらに限定されない。他の適切な局所投与形態は、噴霧可能なエアロゾル調製物を含み、場合によって、有効成分を、固体または液体の不活性担体と組み合わせ、混合物として圧縮揮発（例えば、フレオンのようなガス状の推進剤）ボトル、またはスクイズボトル中で包装される。必要に応じて、医薬組成物および剤形に保湿剤または保水剤を添加することもできる。そのような追加成分の例は、当該技術分野において既知である。

抗体を含む組成物を鼻腔内投与する場合、エアロゾル形態、噴霧、ミスト、または液滴の形態で処方することができる。特に、本開示による使用のための予防または治療剤は、適切な推進剤（例えば、ジクロロフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素、または他の適切なガス）を使用して、加圧包装パックまたは噴霧器からのエアロゾル噴霧提示の形態で好都合に送達することができる。加圧エアロゾルの場合には、計量された量を供給するバルブを設けることにより、投与量単位を決定することができる。吸入器または注入器に使用するためのカプセルおよびカートリッジ（例えば、ゼラチンからなる）は、化合物の粉末混合物と、ラクトースまたはデンプンのような適切な粉末ベースとを含有するように配合することができる。

第２の治療剤、例えば、免疫抑制剤、サイトカイン、ステロイド、化学療法剤、抗生物質または放射線の同時投与または治療のための方法は、当該技術分野において既知である（例えば、Ｈａｒｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（ｅｄｓ．）（２００１）Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，１０ｔｈ ｅｄ．，ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ、Ｐｏｏｌｅ ａｎｄ Ｐｅｔｅｒｓｏｎ（ｅｄｓ．）（２００１）Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｆｏｒ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａ．，Ｐａ、Ｃｈａｂｎｅｒ ａｎｄ Ｌｏｎｇｏ（ｅｄｓ．）（２００１）Ｃａｎｃｅｒ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｙ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａ．，Ｐａを参照のこと）。治療剤の有効量は、症状を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも約３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％減少させることができる。

抗ＢＫ抗体と組み合わせて投与されうるさらなる治療（例えば、予防または治療剤）は、本開示の抗ＶＰ１抗体から、５分未満間隔、３０分未満間隔、１時間間隔、約１時間間隔、約１時間〜約２時間間隔、約２時間〜約３時間間隔、約３時間〜約４時間間隔、約４時間〜約５時間間隔、約５時間〜約６時間間隔、約６時間〜約７時間間隔、約７時間〜約８時間間隔、約８時間〜約９時間間隔、約９時間〜約１０時間間隔、約１０時間〜約１１時間間隔、約１１時間〜約１２時間間隔、約１２時間〜約１８時間間隔、１８時間〜２４時間間隔、２４時間〜３６時間間隔、３６時間〜４８時間間隔、４８時間〜５２時間間隔、５２時間〜６０時間間隔、６０時間〜７２時間間隔、７２時間〜８４時間間隔、８４時間〜９６時間間隔、９６時間〜１２０時間間隔、で投与してもよい。２つ以上の治療は、同一の患者の来院中に投与されてもよい。

ある態様では、抗ＢＫ抗体は、インビボでの適切な分布を確実にするように処方され得る。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は、多くの高度に親水性の化合物を排除する。抗ＢＫ抗体がＢＢＢを通過することを確実にするために（必要であれば）、それらは、例えば、リポソームで処方することができる。リポソームの製造方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、同第５，３７４，５４８号、および同第５，３９９，３３１号を参照されたい。このリポソームは、特定の細胞または器官に選択的に輸送され、したがって標的化された薬物送達を増強する（１つ）または複数の部分を含むことができる（例えば、Ｒａｎａｄｅ，（１９８９）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２９：６８５を参照のこと）。例示的な標的化部分としては、葉酸またはビオチンが挙げられる（例えば、Ｌｏｗらへの米国特許第５，４１６，０１６号を参照のこと）、マンノシド（Ｕｍｅｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５３：１０３８）、抗体（Ｂｌｏｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３５７：１４０、Ｏｗａｉｓ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９：１８０）、サーファクタントプロテインＡ受容体（Ｂｒｉｓｃｏｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．１２３３：１３４）；ｐ １２０（Ｓｃｈｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：９０９０）、また、Ｋ．Ｋｅｉｎａｎｅｎ；Ｍ．Ｌ．Ｌａｕｋｋａｎｅｎ（１９９４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３４６：１２３、Ｊ．Ｊ．Ｋｉｌｌｉｏｎ；Ｉ．Ｊ．Ｆｉｄｌｅｒ（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２７３を参照のこと。

本開示は、抗体のみまたは他の治療との組み合わせを含む医薬組成物をそれを必要とする患者に投与するためのプロトコルを提供する。併用療法（例えば、予防または治療剤）は、同時にまたは連続的に被験体に投与されうる。併用療法（例えば、予防または治療剤）の療法は、周期的に投与することもできる。サイクリング療法は、第１の治療（例えば、第１の予防または治療剤）のある期間の投与、続いて、第２の治療（例えば、第２の予防または治療剤）のある期間の投与、およびこの逐次投与、すなわち、サイクルを繰り返すことを含み、治療（例えば、薬剤）の１つの副作用を回避または低減して治療（例えば、薬剤）の１つに対する耐性の発現を減少させる、および／または治療の有効性を改善する。

本開示の併用療法の治療（例えば、予防または治療剤）は、対象に同時に投与することができる。「同時に」という用語は、正確に同時での治療（例えば、予防または治療剤）の投与に限定されず、むしろ、抗体またはその断片を含む医薬組成物が、それらが他の方法で投与されるよりも増加した利益をもたらすよう抗体が他の治療とともに作用できるように、時間間隔で順次に対象に投与されることを意味する。例えば、各治療は、同時に、または異なる時点で任意の順序で順次に対象に投与されてもよいが、同時に投与されない場合には、所望の治療効果または予防効果を提供するために、十分に近い時間で投与されなければならない。各治療は、任意の適切な形態で、任意の適切な経路によって、別々に対象に投与することができる。様々な態様において、治療（例えば、予防または治療剤）が１５分未満、３０分未満、１時間未満の間隔、約１時間間隔、約１時間〜約２時間間隔、約２時間〜約３時間間隔、約３時間〜約４時間間隔、約４時間〜約５時間間隔、約５時間〜約６時間間隔、約６時間〜約７時間間隔、約７時間〜約８時間間隔、約８時間〜約９時間間隔、約９時間〜約１０時間間隔、約１０時間〜約１１時間間隔、約１１時間〜約１２時間間隔、２４時間間隔、４８時間間隔、７２時間間隔、または１週間間隔、で対象に投与される。他の態様では、２つ以上の治療（例えば、予防または治療剤）が、同じ患者の来院中に投与される。

併用療法の予防または治療剤は、同じ医薬組成物について対象に投与されうる。あるいは、併用療法の予防または治療剤は、別個の医薬組成物について対象に同時に投与されうる。予防または治療剤は、同じまたは異なる投与経路により対象に投与されうる。

実施例１：抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体の生成
抗ＢＫＶおよび／または抗ＪＣＶ抗体を発現するＢ細胞を溶解し、ＶＨ（重）およびＶＬ（軽）鎖をＲＴ−ＰＣＲによって増幅し、続いて配列決定および分析して、重要な翻訳後修飾（ＰＴＭ）部位を同定した。次いで、全ＩｇＧ１抗体の発現のためのＩｇＧ１骨格ベクターとして、ＶＨ鎖およびＶＬ鎖のプラスミドを、ＣＨＯ哺乳類細胞株にトランスフェクトした。

実施例２：ＶＬＰに対する抗ＢＫＶ抗体の結合体（ＥＬＩＳＡ）
ＶＬＰへの抗体の結合を、ＥＬＩＳＡ．で分析した。簡潔に、Ｎｕｎｃ ＭａｘｉＳｏｒｐ ３８４ウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、ＢＫ血清型Ｉ（ＳＴ１）または血清型ＩＶ（ＳＴ４）に対するＢＫＶ ＶＬＰ（１００ｎｇ／ウェル）で一晩コーティングした。抗体を、０．５％ＢＳＡを含むＰＢＳで連続的に希釈し、抗原被覆プレートに２時間結合させた。プレートをＰＢＳで洗浄し、次いで、０．５％ＢＳＡを含むＰＢＳで１：６０００に希釈された二次抗体（ＨＲＰ結合抗ヒトＩｇＧヤギ抗体、Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ ＃２０４０−０１）を用いて１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳで洗浄し、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）マイクロウェルペルオキシダーゼ基質（ＳｅｒａｍｕｎＢｌａｕ Ｆａｓｔ，Ｓｅｒａｍｕｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、反応を現像した。ＥＬＩＳＡ結合の結果を、図１に示す。例えば、抗体ＮＯＶ５３０は、ＢＫＶ ＳＴ１およびＢＫＶ ＳＴ４の両方に結合している。抗体ＮＯＶ６３８は、ＢＫＶ ＳＴ１のみに結合した。

実施例３：抗ＢＫＶ抗体によるウイルス感染の中和
感染性ＢＫＶ血清型Ｉ（ＳＴ１）およびキメラウイルス表現血清型ＩＩ（ＳＴ２）、ＩＩＩ（ＳＴ３）、およびＩＶ（ＳＴ４）を、精製した抗体で１時間プレインキュベートして、結合および中和に供した。次いで、一次腎近位尿細管上皮（ＲＰＴＥ）細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＰＣＳ−４００−０１０）をウイルス−抗体混合物に４時間暴露し、新しい培地に置換し、４８時間インキュベートしてウイルス侵入および遺伝子発現に供した。細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、免疫蛍光により分析してＴＡｇ発現を検出した（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ ＤＰ０２、ｐＡｂ４１６ マウス抗ＳＶ４０ ＴＡｇ抗体）。Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ ＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＶＴＩ ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒを使用したハイコンテント画像分析により免疫蛍光を分析し、ＢＫＶ感染細胞（ＴＡｇ−陽性、ＤＡＰ１−陽性）のパーセントを定量して、データを、未処理の対照ウェルに対する感染のパーセント阻害として提示した。データは、ウイルス感染が未処理の対照ウェルに対して５０％中和される抗体の濃度、ＥＣ５０として提示されている。

生理学的には、抗体は、進行性病原性反応を阻害するのに役立ついくつかの機能を発揮し、その１つは、ウイルスが標的細胞に結合および／または移行する能力を直接的に遮断することである。これらの「中和」抗体は、典型的には、抗原結合Ｉｇのサブセットのみを表す。本明細書に開示されたモノクローナルＩｇＧ抗−ＢＫＶ抗体の大部分は、一次腎細胞感染アッセイにおいて少なくともＢＫＶ ＳＴ１を中和することができ、一方、いくつかは、追加のＢＫＶサブタイプおよび／または関連するＪＣウイルスを中和することができる（図１）。例えば、抗体ＮＯＶ６３８は、ＢＫＶ ＳＴ１に結合および中和することができ、一方、抗体ＮＯＶ５３０は、ＢＫウイルスの４種の血清型のすべてに結合および中和することができ、また、ＪＣＶのサブｎＭのＥＣ５０を示した（図１）。

実施例４：ＢＫウイルスおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）の生成
ＢＫＶ ＳＴ１のゲノムクローンは、ＡＴＣＣ（ｐＢＲ３２２−ＢＫＶ ＭＭ，カタログ番号４５０２６、ｐＢＲ３２２−ＢＫＶ Ｄｕｎｌｏｐ，カタログ番号４５０２５）から得た。ＳＴ２、ＳＴ３、ＳＴ４のキメラウイルスの感染性ゲノムクローンを、先に記載のクローニング戦略を用いて生成した（Ｂｒｏｅｋｅｍａ ｅｔ ａｌ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２０１０ ４０７：３６８−３７３）。簡潔には、固有の制限部位（ＳａｃＩＩ、ＰｍｌＩ）を、部位特異的突然変異誘発を用いて、ＶＰ１−ＶＰ２−ＶＰ３コード領域に隣接するＢＫＶ血清型Ｉゲノムに導入した。ＳＴ２単離ＳＢ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＣＡＡ７９５９６．１）、血清型ＩＩＩ単離ＡＳ（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＡＡＡ４６８８２．１）およびＳＴ４単離ＩＴＡ−４（ＧｅｎＢａｎｋ受入番号ＢＡＦ７５１３２）からのＶＰ１のコード領域を、ＳＴ１単離（Ｇｅｎｅｗｉｚ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）からのＶＰ２／ＶＰ３コード領域の文脈で合成し、ＳａｃＩＩ−ＰｍｌＩ領域を包含する合成断片が、Ｂｒｏｅｋｅｍａら（前記）に記載されているスワップ組み合せに使えるようにした。次いで、得られたキメラゲノムクローンを用いて、先に記載されたように（Ａｂｅｎｄ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２００７ ８１：２７２−２７９）、一次腎近位尿細管上皮（ＲＰＴＥ）細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＰＣＳ−４００−０１０）で高力価の感染性ウイルスストックを生成した（Ａｂｅｎｄ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２００７ ８１：２７２−２７９）。

４つの各ＢＫＶ血清型を表すＶＬＰは、Ｓｆ９昆虫細胞でのＶＰ１の発現によって生成され、１Ｌ培養からの凍結細胞ペレットから抽出され、マイクロチップ超音波処理（３×４５秒パルス、パルスの間で氷上における５分間の休止）、２０％スクロースクッションを介してＶＬＰをペレット化（１１６，０００ｇ、２．５時間）、および５ｍｌのＧＥ ＨｉＴｒａｐＱ ＨＰカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）の陰イオン交換での精製、続いて１０ｍｌのＣａｐｔｏ（商標）Ｃｏｒｅ７００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）樹脂系のサイズ排除カラムを用いた精製し、最終的に精製し、最終的にＧＥ Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ Ｓ５００ ２６／６０（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）のサイズ排除カラムでの精製によった。調製したＶＬＰを、ＥＬＩＳＡおよびＳＥＴ系の結合アッセイに用いた。

実施例５：抗ＢＫ抗体の親和性測定（ＳＥＴアッセイ）
溶液平衡滴定（ＳＥＴ）アッセイを用いて、４つすべての血清型からのＢＫＶ ＶＬＰに対する抗体の相互作用親和性（Ｋ_ｄ）を決定した。抗体を１ｐＭ濃度（一定）でアッセイし、ＶＬＰを１０ｎＭの開始濃度から連続的に希釈した。抗体ＶＬＰ溶液を一晩インキュベートし、次いで、ＶＬＰで被覆されたＭＳＤアレイプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ カタログ番号Ｌ２１ＸＡ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ ＭＤ）を用いて、未結合抗体についてアッセイした。Ｋ_ｄは、プロットを１：１フィットモデルでフィッティングすることにより、決定した（Ｐｉｅｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ．１９９７；２０１（２）：１８９−２０６に従う）。

ＢＫＶ ＳＴ１のＶＬＰに対する抗ＢＫＶモノクローナルＩｇＧ（クローンＮＯＶ５８１）のＳＥＴを介する親和性決定に使用したサンプル曲線セットを、図２Ａに示す。下側の曲線は、Ｋ_ｄ制御曲線（抗体ＮＯＶ５８１の低濃度に基づく）の４パラメータフィッティングであり、一方、上側の曲線は、化学量論制御曲線（有効なリガンド濃度を推定するためのより高い一定の抗体濃度）のフィッティングである。シグナル強度は、溶液中にＢＫＶ ＶＬＰが無い初期状態に基準化されている（「１００％遊離抗体」）。

図２Ｂにおいて、結合親和性は、ＢＫＶウイルス様粒子（ＶＬＰ）に対する交差中和性モノクローナル抗ＢＫＶ ＩｇＧ抗体で決定された。試験されたすべての抗体は、ＢＫＶ ＳＴ１に対して５０ｐＭ未満のＫ_ｄ値を有した。このアッセイでは、抗体ＮＯＶ５８１は、ＢＫＶ血清型４．を除く、１、２、３に対して有意な親和性を有した。対照的に、抗体ＮＯＶ５３０は、４つすべての血清型に対して有意な親和性を有した（図２Ｂ）。

実施例６：低温電子顕微鏡
単離された交差中和抗体が複数のポリオーマウイルス株による感染を効果的に阻害するメカニズムを理解するために、本発明者らは、交差中和ＩｇＧ ＮＯＶ５３０の単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）型式と複合化されたＢＫＶ ＳＴ１ ＶＬＰの低温電子顕微鏡法（ｃｒｙｏＥＭ）を実施し、４．２４Åの分解能でクラス平均密度マップを得た（図３Ａ）。本発明者らは、個々のＶＰ１単量体のＣ末端を介してともに結合した連動五量体サブユニットを含むＶＬＰのカプシド構造をモデル化することができた。驚くべきことに、この四次構造は、アミノ酸残基に寄与する３つのＶＰ１サブユニットを有するＮＯＶ５３０（図３Ｂ〜Ｃ）によって結合された複合ウイルスエピトープの基礎を形成する。合計２０個のウイルス残基は抗体の５Å以内にあることが予測され、これらの残基はポリオーマウイルスの種にわたって高度に保存され、３個は保存的な相同性を示し、残り１７個はＪＣＶにおいて同一である（図３Ｄ〜Ｆ）。抗体からの相互作用位置は、重鎖および軽鎖の全体にわたって広がり、生殖系列コード化（ＣＤＲ１およびＣＤＲ２）および体細胞性組換え（ＣＤＲ３）ループの両方からの寄与があるる（図３Ｇ〜Ｈ）。ＢＫＶカプシドタンパク質に対するＮＯＶ５３０の複合体結合部位を同定することは、その四次構造要件のために他の方法では不可能であった。この結合様式は、ＮＯＶ５３０によるウイルス中和のメカニズムについてのさらなる興味深い問題を提起し、例えば、抗体がカプシドサブユニットを一緒に固着させることが可能であり、それにより、ウイルスの移行後の脱コート過程が阻止される。潜在的なエスケープ変異は、ビリオン安定性の低減を代償としてのみ生じるうる。実際に、ＮＯＶ５３０エピトープ内の３個のアミノ酸残基（Ｅ６１、Ｒ６４、およびＲ８３）に対する突然変異は、以前に報告されており、おそらく、それらが受容体の結合およびカプシド構造の完全性に影響することで、ウイルスの適合性を劇的に低下させる（Ｄｕｇａｎ Ａ．Ｓ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｉｎ ＢＫ ｖｉｒｕｓ ＶＰ１ ｔｈａｔ ａｒｅ ｃｒｉｔｉｃａｌ ｆｏｒ ｖｉａｂｉｌｉｔｙ ａｎｄ ｇｒｏｗｔｈ．Ｊ Ｖｉｒｏｌ ８１，１１７９８−１１８０８（２００７））。

ＣｙｒｏＥＭの方法
ＢＫＶ ＳＴ１ ＶＬＰを、ＮＯＶ５３０のｓｃＦｖ断片（ＶＬＰあたりｓｃＦｖが３６０分子、全タンパク質濃度１ｍｇ／ｍｌ）とともに室温で１時間インキュベートした。次いで、試料を１０倍に濃縮した。４．４μＬの濃縮されたＶＬＰ−ｓｃＦｖ複合体を、追加の薄い非晶質炭素層でコートしたグリッド（Ｒ１．２／１．３、Ｃｕ３００メッシュ、Ｑｕａｎｔｉｆｏｉｌ Ｍｉｃｒｏ Ｔｏｏｌｓ ＧｍｂＨ、Ｇｒｏｓｓｌｏｂｉｃｈａｕ、Ｇｅｒｍａｎｙ）上に塗布した。Ｌｅｉｃａ ＥＭ ＧＰプランジャーを用いて、グリッドをガラス化した。画像は、Ｑｕａｎｔｕｍ−ＬＳ Ｇａｔａｎ画像フィルタ（ＧＩＦ）を備え、３００ｋＶで操作されたＣｓ補正ＦＥＩ Ｔｉｔａｎ Ｋｒｉｏｓ ＴＥＭを用いて得られ、Ｇａｔａｎ Ｋ２−Ｓｕｍｍｉｔ直接電子検出器（Ｇａｔａｎ ＧｍｂＨ）上に記録された。画像は、電子計数モード（名目ポストＧＩＦ倍率ｘ１０５，０００、較正ピクセルサイズ１．１２Å）で、自動的に収集された（ＥＰＵ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）。７秒の露光を、４０フレームに線量分画した。総露光量は、約４０ｅ−／Å２であったデフォーカス値を、−０．８〜−２．５μｍで変化させた。

低温データは、以下のプロトコルを使用して画像化された。露光中のステージドリフトおよびビーム誘起運動を前処理し、ＵＮＢＬＵＲ（Ｇｒａｎｔ，Ｔ ａｎｄ Ｇｒｉｇｏｒｉｅｆｆ Ｎ．Ｍｅａｓｕｒｉｎｇ ｔｈｅ ｏｐｔｉｍａｌ ｅｘｐｏｓｕｒｅ ｆｏｒ ｓｉｎｇｌｅ ｐａｒｔｉｃｌｅ ｃｒｙｏ−ＥＭ ｕｓｉｎｇ ａ ２．６ Å ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｒｏｔａｖｉｒｕｓ ＶＰ６（ｅＬｉｆｅ．４（ｅ０６９８０）：１−１９（２０１５））を使用して全像ドリフト補正を自動化するパイプライン（ＳｔａｃｋＧＵＩ）を用いて整列させた。コントラスト伝達関数（ＣＴＦ）パラメータは、プログラムＣＴＦＦＩＮＤ４を用いて推定された（Ｍｉｎｄｅｌｌ ＪＡ，ａｎｄ Ｇｒｉｇｏｒｉｅｆｆ Ｎ．Ａｃｃｕｒａｔｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｌｏｃａｌ ｄｅｆｏｃｕｓ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｍｅｎ ｔｉｌｔ ｉｎ ｅｌｅｃｔｒｏｎ ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ．Ｊ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１４２：３３４−３４７（２００３））。粒子は、ＧＡＵＴＯＭＡＴＣＨを用いて各顕微鏡写真上で自動的に拾得された。全１，４００枚の顕微鏡写真が取得され、Ｒｅｌｉｏｎソフトウェアパッケージを用いる処理のために、６，０００個の粒子が抽出された（Ｓｃｈｅｒｅｓ，Ｓ．Ｈ．ＲＥＬＩＯＮ：ｉｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ ａ Ｂａｙｅｓｉａｎ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｃｒｙｏ−ＥＭ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｊ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１８０，５１９−５３０，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｓｂ．２０１２．０９．００６（２０１２））。粒子選別は、２サイクルの参照像を含まない２Ｄ分類によった。最良の２Ｄクラス中の５，０００個の粒子を、３Ｄ精密化に使用した。３Ｄ精密化のための初期モデルとして、球を使用した。本発明者らは、粒子ベースのビーム誘起運動補正および放射線損傷重みづけ（粒子ポリッシングとして知られている。Ｓｃｈｅｒｅｓ，Ｓ．Ｈ．，Ｂｅａｍ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｍｏｔｉｏｎ ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ ｆｏｒ ｓｕｂ−ｍｅｇａｄａｌｔｏｎ ｃｒｙｏ−ＥＭ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ．Ｅｌｉｆｅ ３、ｅ０３６６５、ｄｏｉ：１０．７５５４／ｅＬｉｆｅ０．０３６６５（（２０１４）を参照のこと）を、最初の２０フレーム上で実施した（約２０ｅ⁻／Å^２の総線量に相当する）。得られた５，０００個のポリッシングされた粒子は、全体的な分解能が４．５Åである再構成をもたらした。ＢＫ−ＶＬＰ＿ｓｃＦｖ複合体の周りのソフトマスクを有するポリッシングされた粒子の自動精密化により、４．２４Å分解能のマップが得られた。報告された分解能値は、０．１４３を基準としたｇｏｌｄ−ｓｔａｎｄａｒｄフーリエシェル相関曲線（ＦＳＣ）に基づく（Ｓｃｈｅｒｅｓ，Ｓ．Ｈ．ＲＥＬＩＯＮ：ｉｍｐｌｅｍｅｎｔａｔｉｏｎ ｏｆ ａ Ｂａｙｅｓｉａｎ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｃｒｙｏ−ＥＭ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｊ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１８０，５１９−５３０，ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｓｂ．２０１２．０９．００６（２０１２））．ＢＫビリオンのｃｒｙｏＥＭ構造およびｓｃＦｖの結晶構造（各ＰＤＢ ＩＤコード５ＦＵＡおよび４ＵＴ７）を、プログラムＣｏｏｔ（Ｅｍｓｌｅｙ Ｐ．ｅｔ ａｌ．，Ｆｅａｔｕｒｅｓ ａｎｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＣｏｏｔＡｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ６６：４８６−５０１（２０１０））を用いて、最終ｃｒｙｏＥＭマップに手動で適合させた。得られた原子モデルは、プログラムＣｏｏｔ（Ｅｍｓｌｅｙ Ｐ．ら、上記）を用いて、モデル再構築を複数回行い、プログラムＰｈｅｎｉｘ（Ａｄａｍｓ ＰＤ，ｅｔ ａｌ．ＰＨＥＮＩＸ：Ａ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｐｙｔｈｏｎ−ｂａｓｅｄ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ．Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ６６：２１３−２２１（２０１０））を用いて、マップに対して実際の空間精密化を行った。このプロセスにより、ｃｒｙｏ ＥＭ密度に良好に適合する五量体およびｓｃＦｖ複合体の原子モデルが得られた。ＰｙＭＯＬ（Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒより入手可能）を用いて構造図を準備した。

実施例７：製剤
本明細書に記載の抗ＢＫまたはＪＣウイルス抗体は、モノクローナル抗体、κまたはλ軽鎖のＩｇＧ１アイソタイプであり、凍結乾燥されうる。これらの抗体は、ヒスチジン−スクロース製剤緩衝液中で４週間可溶かつ安定である。さらに、抗ＶＰ１抗体は、最小限に処方された原薬（例えば、安定剤の非存在下のヒスチジン緩衝液中）として、＞２００ｍｇ／ｍｌで可溶であった。

その後の静脈内投与のために、得られた溶液は、通常、キャリア溶液中にさらに希釈されて、注入にすぐに使える抗体溶液になる。

最も安定な製剤を選択するための重要な安定性指標分析法は、とりわけ、凝集レベルを決定するためのサイズ排除クロマトグラフィー、非可視粒子状物質試験、および力価試験を含む。

本本明細書に記載された実施例および態様は、例示のためのものであり、その内容に照らして様々な変更または変更が当業者に示唆され、添付の特許請求の範囲の趣旨および目的に含まれるべきであることが理解される。

Claims (47)

1. 単離された抗体またはその抗原結合断片であって、表２に定める（ｉ）重鎖領域および（ｉｉ）軽鎖領域を含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。
2. 単離された抗体であって、前記抗体またはその抗原結合断片が、
   （ｉ）（ａ）配列番号９のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号１０のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１１のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２７のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｉｉ）（ａ）配列番号４１のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４２のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４３のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号５７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５９のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｉｉｉ）（ａ）配列番号７３のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号７４のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号７５のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号８９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号９１のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｉｖ）（ａ）配列番号１０５のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０６のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０７のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１２１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１２２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１２３のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｖ）（ａ）配列番号１３７のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１３８のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１３９のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１５３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１５５のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｖｉ）（ａ）配列番号１６９のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１７０のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１７１のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号１８５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１８６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１８７のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｖｉｉ）（ａ）配列番号２０１のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０２のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０３のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２１７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２１９のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号２３３のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２３４のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２３５のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２４９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２５０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２５１のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、
   （ｉｘ）（ａ）配列番号２６５のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６６のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２６７のＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変領域、ならびに（ｄ）配列番号２８１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２８２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２８３のＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変領域と、を含む単離された抗体。
3. ＣＤＲ内の１個または２個のアミノ酸が修飾、欠失、または置換されている、請求項２に記載の抗体。
4. 前記可変重鎖領域または前記可変軽鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を保持する、請求項２に記載の抗体。
5. 前記抗体がモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト改変抗体、ヒト抗体、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、または抗体断片である、請求項１に記載の抗体。
6. 単離された抗体またはその抗原結合断片であって、
   （ｉ）配列番号１８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号３４を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｉｉ）配列番号５０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号６６を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｉｉｉ）配列番号８２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号９８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｉｖ）配列番号１１４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１３０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｖ）配列番号１４６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｖｉ）配列番号１７８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号１９４を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｖｉｉ）配列番号２１０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２２６を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｖｉｉｉ）配列番号２４２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２５８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）と、
   （ｉｘ）配列番号２７４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）、および配列番号２９０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）とを含む、単離された抗体またはその抗原結合断片。
7. 前記可変軽鎖領域または可変重鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、または９９％の同一性を保持する、請求項６に記載の抗体またはその断片。
8. 前記可変軽鎖領域または可変重鎖領域内の１、２、３、４または５個の、ただし１０個未満のアミノ酸が、修飾、欠失、または置換されている、請求項６に記載の抗体。
9. 前記抗体がモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト改変抗体、ヒト抗体、単鎖抗体（ｓｃＦｖ）、または抗体断片である、請求項６に記載の抗体。
10. 前記抗体またはその断片が、グリコシル化が減少している、またはグリコシル化されていない、または低フコシル化されている、請求項１、２または６に記載の抗体。
11. 請求項１、２または６に記載の抗体またはその断片を含み、薬学的に許容される担体をさらに含む、医薬組成物。
12. 前記薬学的に許容される担体がヒスタジンまたは糖質を含む、請求項１１に記載の医薬組成物。
13. 前記糖質がスクロースである、請求項１２に記載の医薬組成物。
14. 請求項１、２または６に記載の複数の抗体または抗原結合断片を含む医薬組成物であって、前記組成物中の前記抗体の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、５％以上がα２，３−結合シアル酸残基を有する、医薬組成物。
15. 請求項１、２または６に記載の複数の抗体または抗原結合断片を含む医薬組成物であって、前記抗体のいずれもバイセクト型ＧｌｃＮＡｃを含まない、医薬組成物。
16. 請求項１、２または６に記載の抗体またはその断片を含む医薬組成物であって、前記組成物が凍結乾燥物として調製される、医薬組成物。
17. ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染を中和する方法であって、必要とする患者に有効量の請求項１、２または６に記載の抗体を、注射または注入を介して投与することを含む、。
18. 前記必要とする患者がＢＫウイルス尿症またはＢＫウイルス血症と診断されている、請求項１７に記載の方法。
19. 前記必要とする患者がＪＣウイルス尿症またはＪＣウイルス血症と診断されている、請求項１７に記載の方法。
20. ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス関連障害を治療またはその可能性を低減する方法であって、必要とする患者に有効量の請求項１、２または６に記載の抗体を注射または注入を介して投与することを含み、前記障害が、腎症、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロン障害（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄症、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）である、方法。
21. 前記抗体または組成物が注射または注入の前に再構成される、請求項２０に記載の方法。
22. 前記抗体または前記医薬組成物が別の治療剤と組み合わせて投与される、請求項２０に記載の方法。
23. 前記治療剤が免疫抑制剤である、請求項２２に記載の方法。
24. 前記免疫抑制剤が、一リン酸脱水素酵素阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、請求項２３に記載の方法。
25. 前記免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、請求項２３に記載の方法。
26. 前記治療剤が追加の抗ＢＫＶまたはＪＣＶ抗体である、請求項２２に記載の方法。
27. 前記ＰＭＬが、多発性硬化症、関節リウマチ、または乾癬の治療に関連する、請求項２０に記載の方法。
28. 多発性硬化症の治療が、ナタリズマブ、フィンゴリモド、フマル酸ジメチル、フマル酸エステル、またはアレムツズマブである、請求項２７に記載の方法。
29. 前記関節リウマチの治療がリツキシマブを用いる、請求項２７に記載の方法。
30. 前記乾癬の治療がエファリズマブを用いる、請求項２７に記載の方法。
31. 薬剤として使用するための、請求項１、２または６に記載の抗体またはその断片。
32. ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染の中和に使用するための、請求項１、２または６に記載の抗体またはその断片。
33. 腎症、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロン障害（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄症、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築炎症反応症候群（ＩＲＩＳ）の治療またはその可能性の低減に使用するための、請求項１、２または６に記載の抗体またはその断片。
34. 別の治療剤と組み合わせて投与される、請求項３３に記載の抗体またはその断片の使用。
35. 前記治療剤が免疫抑制剤である、請求項３３に記載の抗体またはその断片の使用。
36. 前記免疫抑制剤が、一リン酸脱水素酵素阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、請求項３５に記載の抗体またはその断片の使用。
37. 前記免疫抑制剤が、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、請求項３５に記載の抗体またはその断片の使用。
38. 前記治療剤が追加の抗ＢＫＶ抗体である、請求項３４に記載の抗体またはその断片の使用。
39. 前記ＰＭＬが、多発性硬化症、関節リウマチ、または乾癬の治療に関連する、請求項３３に記載の抗体またはその断片の使用。
40. 多発性硬化症の治療が、ナタリズマブ、フィンゴリモド、フマル酸ジメチル、フマル酸エステル、またはアレムツズマブを用いる、請求項３９に記載の使用。
41. 関節リウマチの治療が、リツキシマブを用いる、請求項３９に記載の使用。
42. 前記乾癬の治療がエファリズマブを用いる、請求項３９に記載の使用。
43. 請求項１、２または６に記載の抗体または抗原結合断片をコードする核酸。
44. 請求項４３に記載の核酸を含むベクター。
45. 請求項４４に記載のベクターを含む宿主細胞。
46. 標識された請求項１、２または６に記載の抗体またはその抗原結合断片を含む診断試薬。
47. 前記標識が、放射性標識、フルオロフォア、発色団、イメージング剤、および金属イオンからなる群から選択される、請求項４６に記載の診断薬。