JP2019505498A - Nk細胞におけるサイトカイン誘導性sh2タンパク質の阻害 - Google Patents
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Abstract
【選択図】なし
Description
i)試験剤の存在下において、少なくとも1つのCIS結合パートナーとCISまたはその断片を接触させることと;
ii)試験剤が、CISまたはその断片への結合についてCISタンパク質結合パートナーと競合するかどうかを決定することと;
iii)随意に、ステップii)において、CISまたはその断片への結合についてCISタンパク質結合パートナーと競合することが示されるならば、試験剤をCIS阻害物質として同定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、CIS結合パートナーは、JAK1、JAK3及びIL−2Rβ、エロンギンB、エロンギンC及びカリン5またはその断片の中から選択される。
i)CISまたはその断片を試験剤と接触させることと;
ii)試験剤が、CISまたはその断片へ結合するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本方法は、試験剤が、CISまたはその断片への結合についてCIS PESTドメインペプチドまたはCIS N末端ペプチドと競合するかどうかを決定することを、さらに含む。いくつかの実施形態において、CIS PESTドメインペプチドの配列は、配列番号:29、配列番号:30、配列番号:32及び配列番号:37からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、N末端ペプチドの配列は、配列番号:31及び配列番号:34からなる群から選択される。
i)リン酸化JAK1タンパク質またはそのCIS結合断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB;ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)ユビキチン化混合物と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
ii)試験剤が、試験剤の非存在下におけるCIS誘導性ユビキチン化のレベルに比べて、リン酸化JAK1タンパク質または断片のCIS誘導性ユビキチン化を阻害するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、ユビキチン化混合物は、カリン5、Rbx2、E1、E2及び遊離ユビキチンを含む。
i)そのJH1キナーゼドメインを含むJAK1タンパク質またはその断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB;ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)JAK1キナーゼ基質と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
ii)試験剤が、試験剤の非存在下におけるJAK1キナーゼ基質のリン酸化に比べて、JAK1キナーゼ基質のリン酸化を増加させるかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、JAK1キナーゼ基質は、STAT5タンパク質またはSTAT5ペプチドである。
i)CISまたはその断片の三次元構造モデルを生成することと;
ii)モデル化された構造へ結合する試験剤についてインシリコでデザインまたはスクリーニングすることと、
を含む、CIS阻害物質をインシリコで同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、三次元構造モデルは、JAK1タンパク質もしくはそのCIS結合断片;またはJAK3タンパク質もしくはそのCIS結合断片へ結合された、CISまたはその断片の複合体である。
i)CISを発現する細胞を提供することと;
ii)試験剤が、試験剤と接触させない細胞に比較した場合に、細胞におけるCIS活性を低減するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、査定されるCIS活性は、JAK1キナーゼ活性の阻害、STAT5チロシンリン酸化の阻害、STAT5プロモーター活性のダウンレギュレーション、またはJAK1の分解の増加である。いくつかの実施形態において、この方法において使用される細胞はNK細胞である。いくつかの実施形態において、使用される細胞がNK細胞である場合に、ステップii)は、NK細胞におけるIL 15により誘導可能な応答に対する試験剤の効果を決定することを含む。いくつかの実施形態において、IL−15により誘導可能な応答は、NK細胞増殖、インターフェロン−γ(IFN−γ)産生、細胞内グランザイム発現、JAK1チロシンリン酸化、JAK1分解、遺伝子発現の修飾、または細胞傷害性である。
配列番号:1 JAK1活性化ループホスホペプチド
配列番号:2 JAK1リン酸化模倣ペプチド
配列番号:3 IL−2Rβホスホペプチド
配列番号:4 IL−2Rβホスホペプチド
配列番号:5 IL−2Rβホスホペプチド
配列番号:6 ヒトCISタンパク質アイソフォーム1
配列番号:7 ヒトCISタンパク質アイソフォーム1断片
配列番号:8 ヒトCISタンパク質アイソフォーム1SOCSボックス
配列番号:9 Mus musculus CISタンパク質アイソフォーム1
配列番号:10 Rattus norvegicus CISタンパク質
配列番号:11 Homo sapiens JAK1タンパク質
配列番号:12 Homo sapiens JAK3タンパク質
配列番号:13 Homo sapiens IL−2受容体サブユニットβ前駆体
配列番号:14 Homo sapiensエロンギンB
配列番号:15 Homo sapiensエロンギンC
配列番号:16 Homo sapiensカリン−5
配列番号:17 Homo sapiens JAK1タンパク質JH1キナーゼドメインペプチド
配列番号:18 STAT5bペプチド
配列番号:19 JAK1ペプチド
配列番号:20 JAK3ペプチド
配列番号:21 IL−2Rβホスホペプチド
配列番号:22 IL−2Rβホスホペプチド
配列番号:23 mIL−2Rβホスホペプチド
配列番号:24 IL2Rβホスホペプチド
配列番号:25 IL2Rγホスホペプチド
配列番号:26 IL2Rγホスホペプチド
配列番号:27 IL2Rγホスホペプチド
配列番号:28 IL2Rγホスホペプチド
配列番号:29 CIS PESTドメインペプチド
配列番号:30 CIS PESTドメインホスホペプチド
配列番号:31 CIS N末端ホスホペプチド
配列番号:32 CIS PESTドメインホスホペプチド
配列番号:33 CIS SH2/SBドメインホスホペプチド
配列番号:34 CIS N末端糖鎖付加ペプチド
配列番号:35 CIS SH2糖鎖付加ペプチド
配列番号:36 CIS SH2糖鎖付加ペプチド
配列番号:37 CIS PEST糖鎖付加ペプチド
配列番号:38 CIS SH2/SBドメイン糖鎖付加ペプチド
特別に具体的に定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語及び科学用語は、当業者(例えば細胞培養、細胞生物学、分子遺伝学、がん生物学及びその治療、感染性疾患、特に急性感染、免疫学、薬理学、タンパク質化学、ならびに生化学における)によって共通して理解されるものと同じ意味を有すると見なされるべきである。
本明細書において記載される方法は、治療有効量または予防有効量のCIS阻害物質を投与することによって、NK細胞応答性病態を患う被験体またはNK応答性病態を患うリスクがある被験体を治療することを包含する。本明細書において記載されるように、CIS(UniprotKB Q9NSE2)は、NK細胞においてIL−15誘導性応答の強力なチェックポイント抑制因子として作用する。理論に拘束されるものではないが、NK細胞においてCISの機能を阻害することは、これらの細胞にIL−15への高い感受性を与え、治療有効性を達成するようにそれらの活性化を継続させると考えられる。
本明細書において開示されるように、IL−15は、腫瘍へのNK細胞免疫応答を抑える負のフィードバックループの一部としてCish発現を誘導する。本明細書において開示されるように、IL−15のレベルが特定の腫瘍/腫瘍タイプの微小環境中で上昇される場合に、腫瘍浸潤NK細胞におけるCish発現も増加される。理論に拘束されることを望むものではないが、腫瘍浸潤NK細胞においてCish発現が増加することから、Cish阻害は、腫瘍へのNK媒介性免疫応答の促進において有効である尤度を増加させることが指摘されると考えられる。したがって、いくつかの実施形態において、腫瘍を患う患者において、患者におけるCish阻害による治療への応答性の尤度は、腫瘍微小環境中のIL−15のレベルを決定することによって(例えば腫瘍生検によって)査定され、そこで、IL−15の閾値レベルに比べた腫瘍微小環境中のIL−15のレベルの上昇が、治療への応答性の尤度がより高いことを指摘する。
CIS阻害は、本明細書において使用される時、正味のCish遺伝子発現、正味のCISタンパク質レベル、またはCIS活性(例えばJAK1キナーゼ活性の阻害またはタンパク質分解のためのJAK1の標的化)のうちの1つまたは複数を低減することを指す。CIS阻害は、その非存在下におけるCISの活性レベルに比べて、所与の用量のCIS阻害物質の存在下におけるCIS活性レベル、またはその用量のCIS阻害物質からもたらされるCIS活性レベル、の少なくとも約10%〜100%の低減(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、85%、90%、95%)または約10%〜約100%のCIS活性の別のパーセント低減を含み得る。いくつかの実施形態において、CIS阻害物質は、治療される被験体へ投与される。他の実施形態において、CIS阻害物質をNK細胞へエクスビボで適用してCISが阻害されたNK細胞を得て、それは続いて治療剤として被験体へ投与される。いくつかの実施形態において、CIS阻害物質は可逆的CIS阻害物質である。他の実施形態において、CIS阻害物質は不可逆的CIS阻害物質である。
いくつかの実施形態において、治療の方法において使用されるCIS阻害物質はペプチドである。好適なペプチドは、CISがJAK1のユビキチン化を増加させる能力を阻害することができる、及び/またはCISがJAK1キナーゼ酵素活性(例えばその標的タンパク質のリン酸化)を低減する能力を阻害する。いくつかの実施形態において、ペプチドはホスホペプチドであり、それはCISへ結合し、CISが内在的にリン酸化された標的タンパク質と相互作用する能力を競合的に阻害する。いくつかの実施形態において、ホスホペプチドはJAK1活性化ループのアミノ酸配列に由来し、JAK1のアミノ酸1027〜1042(以下で示される活性化ループ配列)へ対応し、そこで、Tyr1034は以下の通りリン酸化される。
(配列番号:1)A1027IETDKEpYYTVKDDRD
(配列番号:3)C352QVpYFTYDPYSE
(配列番号:4)Y358DPpYSEEDPDEG
(配列番号:5)D389DApYCTFPSRDD
いくつかの実施形態において、CIS阻害物質はペプチド模倣物である。すべてのペプチドは、酵素による分解にインビボで感受性がある。したがって、基本的なペプチドの生物学的活性を保持するかまたは促進さえするが、より高い循環半減期を有するペプチド模倣物は、本発明の治療方法における使用のために特に有利である。ペプチド模倣物(例えば配列番号:1〜5のうちの任意のもののアミノ酸配列を有するペプチドに基づくペプチド模倣物)で要求されるリン酸化模倣修飾は、非発酵方法によって多量に容易に合成され得る。
いくつかの実施形態において、CIS阻害物質は小分子である。いくつかの実施形態において、小分子はCISへ特異的に結合し、その活性(例えば結合パートナーまたは標的タンパク質とCISの相互作用)を低減する。本発明で使用される好適な小分子CIS阻害物質は、本明細書において定義されるスクリーニング方法を使用して同定することができる。例えば、化合物は、CISのSrc相同性2(SH2)ドメイン(ヒトCIS;UniprotKB Q9NSE2;及び配列番号:6のうちのアミノ酸66〜216)、SOCSボックス6)、またはCISのN末端領域(アミノ酸1〜65)へ結合し得る。
いくつかの実施形態において、CIS阻害物質はポリヌクレオチドであり、それは記載されるような数多くの異なるメカニズムのうちの少なくとも1つによってCIS活性を阻害し得る。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドCIS阻害物質は、そのmRNAの標的化によるCISタンパク質の発現の低減によって作用する。例えば、ポリヌクレオチドはRNAiでもあり得る。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドベースのCIS阻害物質はポリペプチドまたはポリペプチドをコードし、その結果、NK細胞へのポリヌクレオチドの送達は、コードされるペプチドまたはポリペプチドのCISタンパク質阻害物質の発現をもたらす。いくつかの実施形態において、NK細胞中で一旦発現されたコードされたペプチドまたはポリペプチドは、その相互作用パートナー(例えばエロンギンB、エロンギンCまたはカリン−5)または標的タンパク質(例えばTyr1034リン酸化JAK1、またはTyr355、Tyr361もしくはTyr392のうちの任意のものでリン酸化されたIL 2Rβ)のうちの1つまたは複数と内在性CISタンパク質の相互作用を阻害する。
いくつかの実施形態において、CIS阻害物質はポリペプチドであり、それは数多くの異なるメカニズム(例えば、CISもしくはCIS結合パートナーへ特異的に結合し、それによってCIS及び結合パートナーの相互作用を低減すること、またはあるいは、結合パートナーとの相互作用についてCISと競合すること)のうちの少なくとも1つによって、CIS活性を阻害し得る。
いくつかの実施形態において、CIS阻害物質は、CISへ結合し、結合パートナーまたは標的タンパク質とのその相互作用を阻害する、抗体またはそのCIS結合断片である。好ましくは、抗体は、哺乳動物細胞及び特にNK細胞を透過するか、またはそれらの細胞中に取り込まれる(受動的または能動的に)ように修飾された抗体である。
NK細胞におけるCISを、エクスビボで(例えば培養されたNK細胞で)阻害して、CISが阻害されたNK細胞を得るために好適な任意のCIS阻害物質は、NK応答性病態についての養子細胞療法のために使用することができる。いくつかの実施形態において、投与されるCISが阻害されたNK細胞は、自己由来、すなわち治療される被験体に由来する。他の実施形態において、投与されるCISが阻害されたNK細胞は同種異系のNK細胞である。
いくつかの実施形態において、NK応答性病態を患う被験体を治療するかまたはかかる病態を予防するための方法は、少なくとも1つのCIS阻害物質、またはその薬学的に許容される塩、薬学的に許容されるN−酸化物、薬学的に活性のある代謝物質、薬学的に許容されるプロドラッグ、もしくは薬学的に許容される溶媒和物を治療有効量で含有する医薬組成物の、前記被験体への投与を包含する。
当技術分野において公知であるようなNKが阻害された細胞(NK−inhibited cells)は、任意の好適な経路によって投与することができる。いくつかの実施形態において、細胞は、動脈内点滴または静脈内点滴として全身に投与される。当業者は、CISが阻害されたNK細胞の選択された投与経路は、治療される特定のNK応答性病態に部分的に依存するだろうことを認識するだろう。例えば、被験体が1つまたは複数の腫瘍の存在を患う場合に、いくつかの実施形態において、経路投与は腫瘍内の投与及び/または腫瘍周囲の投与を包含するだろう。他の例示的な投与経路としては、腹腔内、髄腔内及びリンパ管内が挙げられる。
CIS阻害物質及びCISが阻害されたNK細胞組成物は、NK応答性健康状態(例えばがん及びウイルス感染)の治療において治療価値のある他の薬剤と組み合わせても使用され得る。一般に、他の薬剤は、必ずしも同じ医薬組成物中で投与される必要がなく、異なる物理的特徴及び化学的特徴があるので、好ましくは異なる経路によって投与され得る。投与モードの決定及び同じ医薬組成物中の投与(可能な場合には)の妥当性は、熟練臨床医の十分に知識内である。最初の投与は当技術分野において公知の確立されたプロトコルに従って行うことができ、次いで観察された効果に基づいて、投薬量、投与モード及び投与の時間は熟練臨床医によって変更され得る。
本発明のために有用な組成物は、任意の従来の手段(経口、非経口(例えば静脈内、皮下または筋肉内)、頬腔、吸入、鼻腔内、直腸、経皮の投与経路が含まれるがこれらに限定されない)経由で被験体への投与のために製剤化され得る。
筋肉内、皮下、静脈内の注射のために好適な製剤には、生理学的に許容される滅菌された水性溶液または非水性溶液、分散液、懸濁液またはエマルション、及び滅菌された注射可能な溶液または分散液への再構成のための滅菌された粉末が含まれ得る。好適な水性担体及び非水性担体、希釈剤、溶媒またはベヒクルの例としては、水、エタノール、ポリオール(プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、グリセロール、クレモフォール及び同種のもの)、好適なその混合物、植物油(オリーブ油等)及び注射可能な有機エステル(オレイン酸エチル等)が挙げられる。適切な流動性は、例えばコーティング(レシチン等)の使用によって、分散液の事例では要求される粒子サイズの維持によって、及び界面活性剤の使用によって、維持することができる。皮下注射のために好適な製剤は、添加物(保存剤、湿潤剤、乳化剤及び分配剤等)も含有し得る。微生物の増殖の防止は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤(パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール、及び同種のもの等)によって確実にすることができる。等張剤(糖、塩化ナトリウム、及び同種のもの等)も含むことが所望され得る。注射可能な医薬形態の持続吸収は、吸収を遅延させる薬剤(モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチン等)の使用によって行われ得る。
CIS阻害物質を同定するための方法(すなわち「スクリーニング」方法)も提供される。いくつかの実施形態において、スクリーニング方法は、少なくとも以下のステップ:(i)試験剤の存在下において、少なくとも1つのCIS結合パートナーとCISまたはその断片を接触させることと;(ii)試験剤が、CISまたはその断片への結合についてCISタンパク質結合パートナーと競合するかどうかを決定することと、を含む。いくつかの実施形態において、アッセイにおいて使用されるCIS結合パートナーは、JAK1、IL−2Rβ、エロンギンB、エロンギンC及びカリン5、またはその断片の中から選択される。
(i)リン酸化JAK1タンパク質(例えばTyr1034リン酸化JAK1)またはそのCIS結合断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB、ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)ユビキチン化混合物と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
(ii)試験剤が、試験剤の非存在下におけるCIS誘導性ユビキチン化のレベルに比べて、リン酸化JAK1タンパク質またはそのCIS結合断片のCIS誘導性ユビキチン化を阻害するかどうかを決定することと、
を包含する。JAK1または断片のCIS依存性ユビキチン化を減少させる試験剤は、候補CIS阻害物質と判断される。
i)JH1キナーゼドメインを含むJAK1タンパク質またはその断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB、ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)JAK1キナーゼ基質と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
ii)試験剤が、試験剤の非存在下におけるJAK1キナーゼ基質のリン酸化に比べて、JAK1キナーゼ基質のリン酸化を増加させるかどうかを決定することと、
を包含する。試験剤の非存在下におけるJAK1キナーゼ活性と比べて、JAK1キナーゼ活性のCIS依存性阻害を減少させる(すなわちJAK1キナーゼ活性を増加させる)試験剤は、候補CIS阻害物質と判断される。
マウス
Cish−/−は、St.Jude Children’s Research Hospital(Memphis、USA)のJames Ihle教授及びEvan Parganas博士によって惜しみなく提供され、C57BL/6バックグラウンド上で維持した。Cish+/+はC57BL/6野生型対照マウスを指す。Rosa26−CreERT2マウス(TaconicArtemis)、Socs3−loxPマウス(Croker et al.,2003)、Ifng−/−Socs1−/−マウス(Alexander et al.,1999)、及びNcr1−iCreマウス(Narni−Mancinelli et al.,2011)は以前に記載されていた。オスマウス及びメスマウスを6〜14週齢の間で使用した。すべてのマウスをWalter and Eliza Hall Instituteで交配及び維持した。動物実験はNational Health and Medical Research Council(NHMRC)Code of Practice for the Care and Use of Animals for Scientific Purposesのガイドラインに従い、Walter and Eliza Hall Institute Animal Ethics CommitteeまたはQIMR Berghofer Medical Research Institute Animal Ethics Committeeによって承認された。
マウスのナチュラルキラー細胞を様々な器官(脾臓、骨髄、血液)から採取し、器官を70μmのふるいを強制的に通すことによって単一細胞懸濁液を調製した。等張のパーコール(Amersham Pharmacia Biotech)中での懸濁及び1800×gでの遠心分離によって肝臓からリンパ球を単離した。製造者の仕様書に従って、抗CD49b(DX5)マイクロビーズ(Miltenyi Biotec)を使用して、NK細胞を精製した。NK細胞を、10%(v/v)のウシ胎仔血清(FCS)、L−グルタミン(1mM;Gibco)、ストレプトマイシン(100μg/mL;Sigma)、ペニシリン(100IU/mL;Sigma)、ゲンタマイシン(50ng/ml;Sigma)及び組換えhIL−15(50ng/ml;Peprotech)を補足したIscove改変Dulbecco培地(IMDM)中の培養によって、5〜10日間増殖させた。
100塩基対シングルエンドRNAシーケンシングを、Australia Genomic Research Facility(Melbourne)のIllumina HiSeq2000を使用して、50ng/mlのIL−15中で7日間増殖させた1×106のCish+/+NK1.1+NKp46+TCRb−NK細胞及びCish−/−NK1.1+NKp46+TCRb−NK細胞の2つの生物学的反復、ならびに1×106の新鮮分離したCish+/+NK1.1+NKp46+TCRβ−NK細胞及びCish−/−NK1.1+NKp46+TCRβ−NK細胞の2つの生物学的反復で遂行した。リードを、Subreadアライナーを使用して、Mus musculusゲノムのGRCm38/mm10ビルドへアライメントさせた。GenewiseカウントはFeatureCountsを使用して得られた。NCBI RefSeqデータベースのアノテーションビルド38.1中のエクソンにオーバーラップするリードが含まれていた。遺伝子が少なくとも2つのライブラリー中で少なくとも0.5のCPM(100万のマップされたリードあたりのカウント)値を達成しなかったならば、遺伝子を下流の分析からフィルタリングした。カウントを100万あたりのlog2カウントに変換し、クオンタイル正規化し、limmaパッケージのvoom関数により正確性の重み付けを行った。線形モデル及び経験ベイズ法を使用して、RNAseq実験中の差異的発現を査定した。遺伝子が0.1以下の偽発見率を達成し、比較されている2つの細胞タイプのうちの1つまたは両方ともにおいて少なくとも8のFPKM(100万のマップされたリードあたりの1キロベースあたりの断片)も有していたならば、その遺伝子は差異的に発現されるとコールされる。負のlog2 FPKM値をゼロへリセットして、gplotsパッケージを使用してヒートマップを生成した。すべての分析をBioconductor Rパッケージを使用して実行した。
標的細胞(CHO、B16F10)を、100μlの培地の中で96X E−プレートのウェルの中へ播種した。細胞が対数増殖相に達して単層を形成するまで(およそ24時間)、細胞増殖をインピーダンスベースのRT−CES(登録商標)システムによりダイナミックモニタリングした。次いで異なる濃度で培養されたCish+/+NK細胞及びCish−/−NK細胞を、標的細胞を含有する個別のウェルへ直接添加した。バックグラウンド対照のために、NK細胞を標的細胞を含有しないウェルへ添加し、標的細胞をNK細胞の添加なしにウェルへ添加した。NK細胞の添加後に、この系で、48時間までの間15分ごとに測定をとり続けた。
単一細胞懸濁液を、2%(v/v)のFCSを含有するリン酸緩衝食塩水(PBS)中で適切なモノクローナル抗体により染色した。必要な場合に、細胞内染色を、製造者の指示に従って、FoxP3/Transcription Factor Staining Buffer Set(eBioscience)の使用によって遂行した。FACS Verse、Fortessa、及びAriaII(BD Biosciences)を細胞選別及び分析のために使用し、死細胞をヨウ化プロピディウム染色またはフルオロ−ゴールド染色によって除外した。すべての単一細胞懸濁液を分析の前にPBS中で希釈し、Advia血液分析器(Siemens)を使用して数えた。NK1.1(PK136;1:100)、CD19(1D3;1:500)、CD3(17A2;Biolegend;1:400)、CD122(TM−b1;1:200)、CD132(4G3;1:200)、NKp46(29A1.4;1:100)、TCR−β(H57−5921;1:500)、KLRG1(2F1;1:100)、CD27(LG.7F9;1:200)、FoxP3(FJK16s;eBioscience;1:400)、CD25(PC61;BioLegend;1:100)、Sca−1(D7;1:100)、B220(RA3−6B2;eBioscience;1:100)、Gr−1(1A8;1:200)、グランザイムA(GzA3G8.5;eBioscience;1:200)、グランザイムB(NGZB;eBioscience;1:200)、CD107a(104B;1:100)、及びIFN−γ(XMG1.2;1:100)について特異的な抗体は、特別に明記されない限り、BD Pharmingenからのものであった。
製造者の指示に従って、全RNAをRNeasy plus kit(QIAGEN)を使用して単離し、cDNA合成をSuperscript III(Invitrogen)により遂行した。PCR反応を10μL(5μLのFastStart SYBR Green Master Mix(Roche)、0.5pmolのフォワードプライマー及びリバースプライマーならびに4μLのcDNA)中で遂行した。プライマー配列及びPCR条件は記載されている(Kolesnik and Nicholson,2013)。リアルタイムQ−PCRを、ABI Prism 7900HT sequence detection system(Applied Biosystems)上で遂行した。各々の増幅されたPCR断片へ対応するオリゴヌクレオチドの連続的な希釈を使用しSDS2.2ソフトウェア(Applied Biosystems)を使用して生成された標準的な曲線に対して、mRNAのレベルを定量化した。相対的発現を、対象となる各々の遺伝子の量をハウスキーピング遺伝子グリセルアルデヒド3−リン酸デヒドロゲナーゼ(GAPDH)へ正規化することによって、決定した。各々の条件は3つの生物学的反復を有し、測定は二重で遂行した。統計解析を95%の信頼レベルによる非対合t検定を使用して遂行した。
およそ1サンプルあたり1.5×108のNK細胞を収集し、プロテアーゼ阻害物質(Complete Cocktail tablets、Roche)、1mMのPMSF、1mMのNa3VO4、及び1mMのNaFを補足した、2.5mLのKALB溶解バッファー(Nicholson et al.,1995)中で溶解し、氷上で1時間インキュベーションした。溶解物を16,060×gで4℃で15分間の遠心分離によって清澄化した。タンパク質濃度をBCA方法(Pierce、Rockford)によって決定した。293T細胞を100U/mLペニシリン、0.1ng/mlのストレプトマイシン及び10%のFCSを補足したDMEM中で維持し、製造者の指示に従ってFuGene6(Promega)を使用して、ベクター単独、またはフラッグタグ付けされたマウスJak1、Jak3、CishもしくはCish突然変異体またはMycタグ付けされたマウスCishを発現するcDNAにより一過性にトランスフェクションした。いくつかの事例において、細胞を10μMのMG132により4時間前処理して、プロテアソーム分解をブロックした。トランスフェクションの48時間後に、細胞をKALBバッファー中で溶解した(Nicholson et al.,1995)。フラッグタンパク質をM2ビーズ(Sigma)を使用して免疫沈降させ、タンパク質をSDSサンプルバッファー中で溶出させた。免疫沈降、ゲル電気泳動及びウエスタンブロットは、本質的には記載されるように遂行された(Linossi et al.,2013)。以下の一次抗体を使用した。CIS(クローンD4D9)、ホスホ−STAT3;ホスホ−AKT1(Ser473)、AKT、及びMAPK(Y705)への抗体は、Cell Signalling Technologyから得た。ホスホ−STAT5A/B(Y694/699)への抗体はMilliporeから、ホスホ−JAK1(Y1022/1023)及びSTAT5Aへの抗体はInvitrogenから、ならびにJAK1、STAT3及びβ−アクチンへの抗体はSanta Cruz Biotechnology Inc.から得た。ラット抗フラッグ抗体は、D.Huang教授及びL.O’Reilly博士(Walter and Eliza Hall Institute)からの好意による寄贈であった。
アミノ官能化CYT−387誘導体を、CYT−387の合成のために記載されたものに類似する手順を使用して調製した(図6を参照)。修飾されたCYT 387化合物を、以前に記載されるように、NHS活性化セファロース4 Fast Flow beads(GE Healthcare)の上へ固定化した(Schirle et al.,2012)。簡潔には、1mLのNHS−セファロースビーズのスラリーを5mLのDMSOにより2回洗浄し、80×gで3分間遠心分離して洗浄と洗浄の間にマトリックスをペレットにした。1つにパックされたマトリックス体積(500μL)をDMSOにより再懸濁して、50%のスラリーを製作した。CYT−387(2μM、最終的)、後続して20μLのトリエチルアミンを1mLのNHSビーズのスラリーへ添加し、反転によって混合した。反応スラリーを光から保護された転倒回転機上で室温で一晩インキュベーションした。翌日、25μLのエタノールアミンを反応物へ添加し、再び、光から保護された転倒回転機上で室温で一晩インキュベーションしたままにした。CYT−387をカップリングしたNHS−セファロースビーズを、5mLのDMSOにより2回洗浄し、マトリックスをエタノール中で再懸濁し、光から保護して4℃で貯蔵した。
CYT−387−結合樹脂を、キナーゼエンリッチメントの前にKALB溶解バッファーにより2回洗浄した。6つの個別のキナーゼエンリッチメントを、2mLのタンパク質溶解物(約10mg)によりインキュベーションされた160μLの50%のCyt387結合樹脂により遂行した(Cish−/−またはCish+/+あたり3)。インキュベーションを、光から保護された回転ホイール上で4℃で3時間遂行した。インキュベーションに後続して、タンパク質結合Cyt387樹脂をKALBバッファーにより3回洗浄し、0.5%のSDS/5mMのDTTによる60℃で3分間の連続する3ラウンド(200μL、100μL、100μL)のインキュベーションにより溶出した。
樹脂に捕捉されたタンパク質の溶出物を、等しい量(約400μg)の各々の生物学的反復に由来する全細胞溶解物と一緒に、以前に記載されるように(Wisniewski et al.,2009)、以下の修飾により、FASP protein digestion kit(Protein Discovery、Knoxville、TN)を使用して、質量分析による分析のために調製した。タンパク質をトリス−(2−カルボキシエチル)ホスフィン(TCEP)(5mMの最終濃度)により還元し、50mMのNH4HCO3中の4μgの配列グレードの修飾されたTrypsin Gold(Promega)により消化し、37℃で一晩インキュベーションした。次いでペプチドを40μLの50mMのNH4HCO3の2回の連続的な洗浄により溶出し、1%のギ酸(最終濃度)中で酸性化した。
酸性化されたペプチド混合物を、自動化MS/MS(Thermo Fisher Scientific、Bremen、Germany)のためのナノエレクトロスプレーイオン源を装備したQ−Exactive質量分析計へカップリングされた、nanoAcquity system(Waters、Milford、MA、USA)上のナノフロー逆相液体クロマトグラフィータンデム型質量分析(LC−MS/MS)によって分析した。ペプチド混合物を、バッファーA(0.1%のギ酸、3%のアセトニトリル、Milli−Q水)中で、180μmの内径の20mmのトラップカラム(nanoAcquity UPLC 2G−V/MTrap 5mm Symmetry C18)上にロードし、400nL/分の一定の流速で設定した3〜55%のバッファーB(0.1%のギ酸、80%のアセトニトリル、Milli−Q水)の60分間の直線的勾配で、75μmの内径の150mmのカラム(nanoAcquity UPLC 1.7μm BEH130 C18)を使用する逆相クロマトグラフィーによって分離した。Q−Exactiveをデータ依存モードで操作し、1つのフルスキャンと続いて行われる10の最大のピークのMS/MSスキャンとの間で自動的に切り替えた。Exactiveシリーズバージョン2.1ビルド1502及びXcalibur 3.0を使用して、装置を制御した。フルスキャン(m/z 350−1,850)を、200m/zで70,000の解像度により取得した。10の最も強いイオンが、10000イオンの標的値及び2m/zの単離幅により連続して単離され、19.5の正規化衝突エネルギー及び15%のステップ状衝突エネルギー(stepped collision energy)によるHCDを使用して、断片化された。最大イオン蓄積時間27を、MSのフルスキャンについては50ms及びMS/MSについては200msへ設定した。アンダーフィル比を5%に設定し、ダイナミックエクスクルージョンを可能にし90秒へ設定した。高解像度MS/MSのスペクトルからなる生のファイルを、Andromeda search engine36を使用して、フィーチャ検出及びタンパク質同定のために、MaxQuant(バージョン1.5.0.25)によりプロセシングした。抽出したピークリストを、UniProtKB/Swiss−ProtのMus musculusデータベース(LudwigNR)及び分離したリバースデコイデータベースに対してサーチして、最大3の切断に失敗したサイト(missed cleavage)を許容する厳格なトリプシン特異性を使用して、経験的に偽発見率(FDR)を査定した。最小の要求されるペプチド長さを7アミノ酸に設定した。修飾:Cysのカルバミドメチル化(carbamidomethylation)を固定修飾として設定したが、タンパク質のN−アセチル化、Metの酸化、ピログルタメートの付加(N末端のGlu及びGlnでの)、リン酸化(Ser、Thr及びTyr)、脱アミド化(Asn、Gln及びArg)を、可変修飾として設定した。前駆イオンについての質量許容差及び断片イオンはそれぞれ20ppm及び0.5Daであった。MaxQuantにおいて「ラン間の一致(match between runs)」オプションを使用して、高い質量正確性により一致した前駆体に基づいてラン間で行われた同定を移す(Cox et al.,2014)。PSM及びタンパク質同定は、1%の偽発見率(FDR)で標的デコイアプローチを使用して、フィルタリングされる。タンパク質同定は最低2つのユニークなペプチドに基づいていた。
Pipeline Pilot(Biovia)及びR中で開発されたカスタムパイプライン(これは、MaxQuantアウトプットファイルのallPeptides.txt、peptides.txt、及びevidence.txtを利用する)を使用して、さらなる分析を遂行した。フィーチャは、ペプチド配列、電荷及び修飾の組み合わせとして定義された。各々の群における反復のうちの少なくとも半分の数において見出されないフィーチャを除去した。リバースデータベースへのヒットから同定されたタンパク質及び1つのみのユニークなペプチドのタンパク質も除去した。注入量変動について修正するために、フィーチャ強度を、2を底とする対数に変換すること、及び次いで、各々の値に、反復のメジアン強度に対するすべての反復の最大のメジアン強度の比を掛けることによって正規化した。同じタンパク質へアサインされたフィーチャは、それらの物理化学的特性及び荷電状態に起因する強度の範囲において異なる。これらの差についてさらに修正するために、各々の強度値に、フィーチャのメジアン強度に対するタンパク質についてのすべてのフィーチャのメジアン強度の最大値の比を掛けた。欠損値は、値の実際の分布の平均−1.8標準偏差で設定された平均、及び測定された強度の分布の標準偏差の0.5倍の標準偏差、による値のランダムな正規分布を使用して補完された(Cox et al.,2014)。群間の差異的発現の確率は、酸化及びカルバミドメチル化以外の修飾による、任意のユニークでない配列及び任意のフィーチャを除外して、Wilcoxon順位和検定を使用して計算された。確率値はBenjamini−Hochberg方法を使用して、多重検定について補正された。関数y=−log10(0.05)+c/(x−x0)(Keilhauer et al.,2015)によるカットオフラインを導入して、有意にエンリッチされたタンパク質を同定した。cは0.2へ設定される一方で、x0は1へ設定され、それぞれタンパク質発現における2倍(1以上のlog2タンパク質比)または4倍(2のlog2タンパク質比)の変化のあるタンパク質を表わす。log2変換された合計のペプチド強度(補完されない)は、ワン−マトリックスCIMminer(Genomics and Bioinformatics Group(Laboratory of Molecular Pharmacology、Center for Cancer Research、National Cancer Institute)によって開発されたプログラム)において生成されたヒートマップにおいて可視化された。
ヒトCishの部分(残基66〜258をコードする)をベクターpGTVL2の中へクローン化した。ヒトエロンギンC(残基17〜112)及び全長エロンギンBを、以前に記載されるように、ベクターpACYCDUETの中へクローン化した(Bullock et al.,2006)。両方のプラスミドを、CIS/エロンギンC/エロンギンB三成分複合体(CIS−SH2−BC)の共発現のためにBL21(DE3)の中へ形質転換した。Luriaブロス培地中の培養物を、0.4mMのイソプロピルβ−D−1−チオガラクトピラノシド(IPTG)により18℃で一晩誘導し、細胞を遠心分離によって採取した。ペレットを、50mMのHEPES、500mMのNaCl、5mMのイミダゾール、5%のグリセロール(pH7.5)中で再懸濁し、細胞を音波処理によって溶解した。DNAを0.15%のポリエチレンイミン(pH8)の添加によって沈殿させ、不溶性物質を21,000rpmでの遠心分離によって除去した。GSTタグ付けされたCISタンパク質複合体をグルタチオンセファロースカラム上で精製し、50mMのHEPES、300mMのNaCl、0.5mMのTCEPを含むバッファー中の20mMの還元されたグルタチオンにより溶出した。精製タンパク質を0.75mg/mlへ濃縮し、−80℃で貯蔵した。
ペプチドアレイを、記載されるように、Invatisスポットアレイシンセサイザーを使用して、官能化ニトロセルロース膜上で合成した(Li and Wu,2009)。アレイプロービングのために、膜結合ペプチドを、トリス緩衝食塩水/0.05%のツイーン−20(TBS−T)(pH7.2)の5%のスキムミルク中で5時間室温でブロックした。TBS−Tによる洗浄後に、0.8ng/mlのGST−CIS−SH2−BC複合体をブロッキングバッファー中に添加し、4℃で一晩インキュベーションした。同時に、4ng/mlのGSTタンパク質を、同じ実験条件下で陰性対照として、分離したペプチドアレイへ添加した。ペプチドアレイ膜をTBS−Tにより3×洗浄し、ペルオキシダーゼ標識抗GST抗体(Bio−Rad)を室温で1時間添加し、その後に化学発光基質(Bio−Rad Clarity Western ECL Substrate)による検出を行い、それをMolecular Imager(ChemiDoc XRS;Biorad)を使用して可視化した。
等温熱量滴定をMicrocal ITC200(GE Healthcare)により遂行した。ホスホペプチドはGenscriptから得た。至適化されたGST−CISタンパク質コンストラクト(内部のPEST領域(Δ174202)を欠失させた)を調製した。もたらされた三成分GST−CIS−SH2−SB複合体を、バッファー(20mMのトリス(pH8.0)、100mMのNaCl、2mMの2−メルカプトエタノール)に対して透析した。特別に明記されない限り、実験を298Kで遂行した。典型的には、12× 3.15μlの300μMのホスホペプチドの注入を、30μMのGST−CIS−SH2−SB三成分複合体の溶液の中へ滴定した。GST−CIS−SH2−BCの希釈熱は結合実験の生データから引いた。評価ソフトウェア(Microcal Originバージョン5.0)を使用して、データを分析した。結合曲線は単一部位の結合モードにフィットし、すべてのKD値は二重実験から決定した。
JAK1のCIS媒介性ユビキチン化を、本質的に以前に記載されるように遂行した(Babon et al.,2013)。CIS E3リガーゼ複合体(カリン5及びRbx2と一緒のCIS−SH2−BC;2.5μM)を、2.5mMのMg/ATPの存在下において、ユビキチン(50μM)、ヒトE1(100nM)、精製された組換えE2(UbcH5c、2.5μM)、及び全長JAK1により、37℃で変動する時間でインキュベーションした。フラッグタグ付けされたJAK1を、293T細胞中での発現によって生成し、抗フラッグ免疫沈降及び遊離フラッグペプチドによる溶出を使用して回収した。JAK1ユビキチン化を、4〜20%のトリス/グリシンゲル上での分離に後続する、抗リン酸化JAK1によるウエスタンブロットによって可視化した。
キナーゼ阻害アッセイを、本質的に記載されるように遂行した(Babon et al.,2012)。簡潔には、130μMのSTAT5bペプチド(配列番号:18 RRAKAADGYVKPQIKQVV)を、20mMのトリス(pH8.0)、100mMのNaCl、5mMの2−メルカプトエタノール、0.2mg/mlのウシ血清アルブミン、2mMのMgCl2、100μMのATP、及び1mCiのγ−[32P]ATP中で、5nMのJAK1により、25℃で30〜60分間インキュベーションした。組換えCIS−SH2−BCは0〜30μMの範囲の濃度で存在した。インキュベーション後に、反応物をP81フォスフォセルロースペーパー上にスポットし、5%のH3PO4中でクエンチングした。次いで、ペーパーを5%のH3PO4により洗浄し(4×200ml、15分間)、ホスフォイメージャープレート(Fuji)へ露光した。定量をFujiソフトウェアを使用して遂行し、IC50曲線をGraphpad Prismを使用して計算した。
C57BL/6マウスリンパ腫細胞株RMAは、Rauscherマウス白血病ウイルス誘導性RBL−5細胞株に由来するT細胞リンパ腫である。細胞株RMA−mCherry及びm157+RMA−GFPは、それぞれmCherryまたはGFPをコードするレトロウイルスベクター(マウス幹細胞ベクター)による形質導入によって生成された。B16F10メラノーマ、E0771及びE0771.LMB mCherry+乳癌、LWT1メラノーマ、ならびにRM−1前立腺癌細胞株を、以前に記載されるように維持した(Ferrari de Andrade et al.,2014;Gilfillan et al.,2008;Stagg et al.,2011a and b;Swann et al.,2007;Rautela et al.,2005;Johnstone et al.,2015)。
1実験あたり6〜14匹のマウスの群を実験的な腫瘍転移のために使用した。これらの群サイズを使用して、生物学的差を検出するのに適切な検出力を確実にした。この研究において前もって確立された基準に基づいて除外されるマウスはおらず、能動的無作為化(active randomization)は実験群へ適用されなかった。調査者は、実験の間及び/または転帰を査定する場合に、群割付けに対して盲検化されなかった。すべての腫瘍実験は、具体的に示されない限り、1回遂行した。B16F10メラノーマ、RM−1前立腺癌、またはLWT1メラノーマ細胞の単一細胞懸濁液を、マウスの指摘された系統の尾静脈の中へ静脈注射した(2.5〜7.5×105細胞/マウス)。何匹かのマウスに、以前に記載されるように、100μgの抗CD8β(53.5.8)(CD8+T細胞を枯渇させることが指摘される)、50μgの抗アシアロGM1(NK細胞を枯渇させるため)、または250μgの抗−IFN−γ(H22)(IFN−γを中和するため)のいずれかを、追加で投与した(Chan et al.,2014;Allard et al.,2013)。マウスのいくつかの群に、腫瘍接種(0日目)に対して、0、3及び6日目に、対照Ig(500μg腹腔内、cIg、1−1)、または抗PD−1(RMP1−14)/抗CTLA−4(UC10−4F10)(各々250μg腹腔内)の組み合わせのいずれかを投与した。肺を14日目に採取し、Bouin液中で固定しB16F10の転移をカウントするか44、またはフローサイトメトリーによってNK細胞増幅について分析するかのいずれかを行った。養子移入モデルのために、Mcl1f/fNcr1−iCreマウス(Sathe et al.,2014)に、3×106のインビトロで増殖させたCish+/+NK細胞もしくはCish−/−NK細胞またはPBSを静脈注射した。次いで8時間後に、マウスに、1×105のB16F10メラノーマ細胞を注射した。続いて1日目に、マウスを、1.5×106のインビトロで増殖させたCish+/+NK細胞もしくはCish−/−NK細胞またはPBSにより静脈送達で処理した。腫瘍注射後18日目にマウスを屠殺し、肺灌流を実行した。次いで肺を採取し、転移をカウントした。
原発性腫瘍を生成するために、1×105のE0771.LMB mCherry+腫瘍細胞を、8〜10週齢のメスのCish−/−マウスまたはCish+/+マウスの第4鼠径部乳腺の中へ移植した[20μlのPBS中で]。原発性腫瘍体積を、電子キャリパーを使用して1週間あたり3回測定した。最大の縦径(長さ)及び最大の横径(幅)を測定した。腫瘍体積は、以下の改変楕円体計算式:体積=1/2(長さ×幅2)によって推定した。自然転移実験については、原発性腫瘍を400〜600mm3のサイズで外科的に切除した。肺を14日後に採取し、以前に記載されるように、IVIS Lumina XR−III(Caliper Life Sciences)を使用するエクスビボでの画像化によって、またはビメンチンに比べたmCherryの発現についてのデュプレックスQ−PCRによって、転移量を定量化した(Rautela et al.,2005)。
液体クロマトグラフィー質量分光法(LCMS)を、逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)分析(カラム:Gemini 3μC18 20×4.0mm 110A)を使用するFinnigan LCQ Advantage Maxを使用して実行した。溶媒A:水、0.1%のギ酸、溶媒B:アセトニトリル、0.1%のギ酸、勾配:10分間にわたって10〜100%のB、検出:100〜600nm及びエレクトロスプレーイオン化(ESI)。生化学アッセイを受けたすべての化合物は、254nmのUV吸光度でのHPLC分析によって測定されるように、≧95%の純度を有すると評価された。プレパックされたシリカゲルカラム(粒子サイズ0.040〜0.063mm)を備えたCombiFlash(登録商標)Rf精製システム(Teledyne、ISCO、Lincon、NE、USA)を使用して、クロマトグラフィーを遂行した。すべての市販の試薬は受け取ったままで使用した。Cbz=カルボキシベンジル。ベンジル4−(4−アミノフェニル)ピペラジン−1−カルボキシレート(S1)及びエチル4−(4−クロロピリミジン−2−イル)ベンゾエート(S2)は、以前に記載されるように、調製することができる(WO2014/26242及びWO2008/109943)。
p−TsOH(0.978g、5.13mmol)を、ジオキサン(20mL)中のピリミジンS2(1.50g、5.71mmol)及びアニリンS1(2.31g、7.42mmol)の磁石で撹拌された懸濁液へ添加した。混合物を24時間加熱還流した。混合物を冷却し、DCM(250mL)中で希釈し、NaHCO3(100mL)により洗浄し、水層を分離しEtOAc(3×50mL)により抽出した。合わせた有機層を乾燥し(Na2SO4)、濾過し、シリカの上で濃縮し、材料をフラッシュクロマトグラフィー(1:9〜1:0、v/v、EtOAc:シクロヘキサン)にかけた。このようにして得られた画分を濃縮し、黄色沈殿物を濾過し、メタノールにより洗浄し、黄色固体として表題化合物(S3)(1.61g、52%)を得た。1H NMR (600 MHz, DMSO−d6): δ 9.51 (s, 1H), 8.52 (d, J = 5.1 Hz, 1H), 8.25 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 8.08 (d, J = 8.4 Hz, 2H), 7.65 (d, J = 9.0 Hz, 2H), 7.37−7.35 (m, 5H), 7.31 (q, J = 4.4 Hz, 1H), 6.93 (d, J = 9.0 Hz, 2H), 5.09 (s, 2H), 4.33 (q, J = 7.1 Hz, 2H), 3.58−3.48 (m, 4H), 3.04−3.03 (m, 4H), 1.33 (t, J = 7.1 Hz, 3H). LCMS: tR = 6.14分, m/z = 538.0 [M+H]+.
化合物S3(500mg、0.93mmol)をMeOH(75mL)及びTHF(50mL)中で溶解し、Pd/C(10%)カートリッジを45℃で使用して、フルH2モードで1mL/分で「H−cube」を介して、溶液を通過させた。生成物を収集し減圧下で濃縮して、黒っぽい固体として表題化合物(S4)(352mg、94%)を得た。1H NMR (600 MHz, CDCl3): δ 8.46 (dd, J = 8.0, 5.2 Hz, 1H), 8.16−8.14 (m, 2H), 8.11 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 7.59 (dd, J = 8.9, 1.9 Hz, 1H), 7.55 (d, J = 8.9 Hz, 1H), 7.16−7.13 (m, 1H), 6.96 (dt, J = 9.1, 4.6 Hz, 2H), 4.41 (q, J = 7.1 Hz, 2H), 3.36−3.28 (m, 4H), 3.25−3.18 (m, 4H), 1.42 (t, J = 7.1 Hz, 3H). LCMS: tR = 5.78分, m/z = 404.0 [M+H]+.
DMF(2mL)中のN−Boc−アミノ吉草酸(194mg、0.96mmol)、EDCI(201mg、1.05mmol)、HOBt(146mg、1.05mmol)、Et3N(232μL、1.75mmol)の磁石で撹拌された溶液へ、化合物S4(350mg、0.87mmol)をN2下で添加し、混合物を12時間撹拌した。反応混合物を水(2mL)により洗浄し、水性洗浄物をEtOAc(2×2mL)により抽出した。有機画分を合わせ、乾燥し(Na2SO4)、濾過し、濃縮した。粗製材料をフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、淡黄色固体(373mg)を得た。この材料をTHF/MeOH(2mLの1:3混合物)中で溶解し、水酸化リチウム(123mg、3.09mmol)を添加し、混合物を2時間撹拌還流した。混合物を黄色固体へ濃縮し、水中で懸濁し、HCl(5%の水溶液)によりpH=2に酸性化した。沈殿物を濾過によって収集し、MeOH(1mL)次いでEt2O(2×1mL)により洗浄し、減圧下で乾燥し、赤色固体として表題化合物(S5)(224mg、60%)を得た。1H−NMR (600 MHz, DMSO−d6): δ 9.49 (s, 1H), 8.52−8.51 (m, 1H), 8.22 (t, J = 6.8 Hz, 2H), 8.06 (d, J = 8.1 Hz, 2H), 7.65−7.64 (m, 2H), 7.36 (dd, J = 4.7, 0.3 Hz, 1H), 6.94−6.91 (m, 2H), 6.77−6.75 (m, 1H), 3.57−3.55 (m, 4H), 3.36 (td, J = 1.1, 0.5 Hz, 2H), 3.05−2.99 (m, 4H), 2.91−2.87 (m, 2H), 2.33−2.31 (m, 2H), 1.46−1.45 (m, 2H), 1.34 (s, 9H). LCMS: tR = 6.34分, m/z = 575.0 [M+H]+.
N2下の室温のDMF(6mL、無水)中の化合物S5(190mg、0.33mmol)の磁石で撹拌された溶液へ、トリエチルアミン(264μL、1.99mmol)を添加し、混合物を5分間超音波で処理した。次いでEDCI(76mg、0.40mmol)及びHOBt(54mg、0.40mmol)を添加し、混合物をN2下で5分間撹拌した。次いでアミノアセトニトリル塩酸塩(61mg、0.66mmol)を添加し、反応物をN2下で室温で12時間撹拌した。反応混合物を濃縮し、粗製材料をフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、黄色固体としてカップリングされた生成物(155mg、76%)を得た。この材料を直ちにジオキサン(0.5mL)中で溶解し、次いでHClを添加し(1mLのジオキサン中の4Mの溶液)、反応混合物を室温で2時間撹拌した。次いで沈殿物を濾過によって収集し、ジオキサンにより洗浄し、その後にMeOH中で溶解し、NH3(MeOH中の4Mの溶液)によりクエンチングし、次いで濃縮した。粗製材料をフラッシュクロマトグラフィーによって精製して、黄色固体(51mg、40%)として表題アミン(S6)を得た。1H−NMR (600 MHz, CD3OD): δ 8.37 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 8.16 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 7.91 (d, J = 8.3 Hz, 2H), 7.57 (d, J = 8.8 Hz, 2H), 7.20 (d, J = 5.2 Hz, 1H), 6.93 (d, J = 8.9 Hz, 2H), 4.34 (s, 2H), 3.69 (t, J = 5.1 Hz, 2H), 3.63 (t, J = 5.0 Hz, 2H), 3.30−3.29 (m, 2H), 3.07 (t, J = 5.0 Hz, 2H), 3.03 (t, J = 5.1 Hz, 2H), 2.67 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 2.41 (t, J = 7.4 Hz, 2H), 1.62 (dt, J = 15.3, 7.6 Hz, 2H), 1.51 (td, J = 11.3, 6.1 Hz, 2H). LCMS: tR = 4.18分, m/z = 513.0 [M+H]+.
今日まで、NK細胞応答を抑制する阻害シグナルの理解への大きな関心があったが、細胞内のIL−15シグナリングのスイッチがどのようにオフにされるのかは、まだ依然として理解されていない。サイトカインシグナリングの抑制因子(SOCS)遺伝子ファミリーのメンバーはSTAT5応答遺伝子であり、多くの場合、誘導されて、古典的な負のフィードバックシステムの一部としてサイトカイン受容体シグナリングの程度を限定する。どのSOCSタンパク質が、IL−15シグナリング、そしてしたがってNK細胞の発生及び機能を調節し得るかを調査するために、本発明者は、最初に、培養されたNK細胞中のIL−15誘導性SOCS発現をプロファイリングした。Cish、Socs1、Socs2及びSocs3のmRNAはIL−15処理の2時間以内にNK細胞中で誘導され、Cishは早期且つ一過性に誘導され、その標的サイトカインによるSocs誘導を代表していた(図1a)。IL−15の飽和濃度におけるmRNAの迅速誘導と一致して、CISタンパク質は刺激の60分以内にNK細胞溶解物中で検出された(図1b)。
IL−15シグナリングにおけるCISの生理的役割を調査するために、本発明者は生殖細胞系列のCish欠失マウス(Cish−/−)(Palmer et al.,2015)を利用し、最初に、Cish mRNA及びCishタンパク質がNK細胞に存在しないことを確認した(図5a)。10か月齢まで、Cishヌルマウスは健康で、妊性があり、いかなる表現型の異常も現れなかった。造血細胞の頻度及び機能(従来のCD4+T細胞及びCD8+T細胞9、調節性T細胞ならびに2型自然リンパ球(ILC2)のものが含まれる)は、正常であると思われた(図5b〜g)。NK細胞は、Socs1及びSocs3の単一欠損マウスまたは二重欠損マウス(図6a)の事例のように、Cish−/−マウス(図1c、図5b)においても正常に発生した。しかしながら、Socs1欠損NK細胞またはSocs3欠損NK細胞とは対照的に、Cish−/−NK細胞は、IL−15に応答してインビトロで大規模な過増殖を提示した(図1d、図6b)。Cish−/−NK細胞及び対照C57BL/6のNK細胞(Cish+/+)をIL−15の漸増において1:1で共培養した場合に、Cish−/−NK細胞は5ng/mlを超える濃度で増殖の促進を実証した(図1d)。さらに、Cish−/−NK細胞は、非細胞分裂促進性のIL−15濃度における共培養から回収された細胞のうちの約95%を表わし、したがってCISの非存在下におけるIL−15媒介性のNK細胞の優れた生存を実証した(図1d)。Cish−/−NK細胞の過感受性は、IL−15駆動性IFN−γ産生の促進においても現われ、それは、受容体のNKp46及びNK1.1の活性化経由の共刺激によりさらに強まり、これらの受容体との相乗作用におけるIL−15の重要な役割を示唆した(図1e)。チャイニーズハムスター卵巣(CHO)標的細胞と共培養した場合に、Cish−/−NK細胞は、Cish+/+NK細胞へ比較した場合に、NK細胞:標的細胞の低い比でより大きな細胞傷害性を提示した(図1f及び図6c)。Cish−/−NK細胞はさらに、Cish+/+NK細胞よりもより効率的にB16F10メラノーマ細胞を死滅させ、RMA−m157細胞により攻撃接種した場合により高いレベルの細胞内グランザイムを示し、NK細胞がCishの非存在下において幅広く非常に細胞毒性であるという証拠であった(図6c、d)。
SOCSタンパク質はE3ユビキチンリガーゼ複合体のためのアダプターであり、SOCS相互作用タンパク質をユビキチン化し、それらをプロテアソーム分解のために標的化する(Zhang et al.,1999)。CISは最初に見出されたSOCSファミリータンパク質であり(Matsumoto et al.,1997)、IL−2受容体複合体と会合することが報告されたが(Aman et al.,1999)、正確にこの相互作用がどのように媒介されるかは明らかでないままであった。Cish−/−NK細胞の過増殖及びエフェクター能力の促進は、受容体レベル及び/または細胞内シグナリング構成要素の変化から示すことができた。しかしながら、IL−15の存在下において培養された場合に、Cish+/+脾臓NK細胞及びCish−/−脾臓NK細胞は、同等の受容体レベルを発現した(図2a)。したがって、本発明者は受容体近位のシグナリング事象を検査した。新鮮分離されたCish−/−NK細胞及び培養されたCish−/−NK細胞の両方において、IL−15で刺激したJAK1チロシンリン酸化の大きさは、対照細胞に比較して増加し、リン酸化動態の延長とカップリングしていた(図2b、c及び図8a)。興味深いことには、全JAK1タンパク質のレベルはCish−/−NK細胞において上昇し、これは刺激の前の静止細胞において明らかであった(図2b、c)。JAKリン酸化の増加は、その基質(STAT5)のリン酸化の増加と相関した。これとは対照的に、Cishの非存在はIL−15依存性AKTリン酸化に対して効果がなく(図2b、c及び図8a)、IL−15駆動性のJAK/STAT経路とPI3K/mTOR/AKT経路の間のユニークな断絶が示唆される。このことは、正常なミトコンドリア呼吸及び解糖(AKT活性によって調節されることが公知の応答)によってさらに確認された(図8b)。
他のSOCSタンパク質のように、CISは、SH2ドメイン(それは標的タンパク質中のリン酸化チロシンモチーフへ結合する)及びSOCSボックス(それはエロンギンB及びエロンギンC、スキャフォールドタンパク質カリン5、ならびにRINGタンパク質Rbx2と一緒に、E3ユビキチンリガーゼを構成する)を含有する。Cish−/−NK細胞において観察された全JAK1/3タンパク質のレベルの増加が、RNAレベルの増加に起因しなかったことを考慮して(図9a)、本発明者は、CISがユビキチン化及びプロテアソーム分解を介して直接的にJAKタンパク質レベルを低減させ得る可能性を調査した。以前に、CISはIL−2Rβと相互作用することが示されており、受容体複合体へのSTATタンパク質の動員をブロックすることによって、シグナリングを調節することが提案された(Matsumoto et al.,1997;Aman et al.,1999)。しかしながら、後者の提案を支持する証拠は限定的である。CISによって調節されていたタンパク質標的の同定への予備的ステップとして、本発明者は、ヒトGST−CISコンストラクト(hCIS−SH2;残基66〜258)ならびにエロンギンB及びエロンギンC(hCIS−SH2−BC)からなる組換え三量体複合体を使用して、IL−2受容体複合体内のチロシンへ対応するホスホチロシンペプチドのパネルに対して、スクリーニングを遂行した(図示せず)。次いで等温熱量測定(ITC)を使用して、スクリーニングにおいて同定されたホスホペプチドへの結合を検証した。hCIS−SH2−BC複合体は、IL−2Rβ細胞質ドメイン内のチロシンへ対応する合成のリン酸化されたペプチド(Tyr355、Tyr361及びTyr392)へ、ならびにJAK1及びJAK3の活性化ループ(それぞれTyr1034及びTyr980)内に、高親和性(0.8〜2.1μM)で結合した(図3a;図9c)。
本発明者は、次にCISがIL−2受容体複合体の非存在下においてJAKレベルを調節することができるかどうかを調査した。293T細胞(それはIL−2Rを欠如する)におけるJAKの過剰発現は、構成的JAK自己リン酸化をもたらす。CISまたはSOCS1の共発現は、同等の程度へJAK1レベルを低減させ、JAK1リン酸化の対応する減少が伴っていた。これとは対照的に、SOCS3は、このアッセイにおけるJAK活性を阻害することができなかった(SOCS3は受容体結合を要求する)(図3b)。意外にも、本発明者はJAK3 Tyr980ペプチドへのCISの結合を観察したが(図3a)、JAK3リン酸化はこのアッセイにおいて阻害されなかった(図3b)。
以前に、SOCS1及びSOCS3のみがJAKへ結合し、活性を調節することが示されている。SOCS1及びSOCS3は、JAK1、JAK2及びTyk2の挿入ループ中に存在する「GQM」モチーフへの非カノニカルなSH2結合ならびに触媒クレフトへのキナーゼ阻害領域(KIR)の結合経由で、JAKを阻害する(Kershaw et al.,2013)。CISは「KIR」領域を含有せず、それがJAK酵素活性を調節できたという従来の示唆はなかった。しかしながら、いくつかの証拠は、追加の機構が関与することを示唆した。第一に、本発明者は、時々、全JAK1レベルの変化の非存在下においてJAK1リン酸化の阻害を観察した(例えば図3c)。第二に、内在性JAK1のリン酸化の増加をもたらす野生型NK細胞のMG132処理にもかかわらず、本発明者は延長された動態を観察せず、実際JAKリン酸化は急速に抑えられた。これはCISの発現の増加と相関し、それはプロテアソーム分解から保護された(図9d)。したがって本発明者はCISがJAK1キナーゼ活性を阻害できるかどうかを問うた。インビトロのキナーゼアッセイを使用して、CIS−SH2−BC複合体は、0.12±0.02μMのIC50で、基質ペプチドのJAK1リン酸化を阻害することができた。JAK1のCIS阻害は、JAK2、JAK3またはTYK2の阻害よりも20倍以上大きく(図3f、上部パネル)、JAK1とのユニークな境界に加えて、保存されたJAK活性化ループのチロシンとのカノニカルなSH2相互作用を示唆する。この概念は、JAK1活性化ループペプチドが競合物として使用された場合に見られる、阻害の部分的のみの低減によって支持された(図9e)。CISはJAK1への特異性を提示したが、SOCS1よりも約100倍低い効率でJAK1を阻害した(図3f、下部パネル)。これは、CIS vs SOCS1の絶対レベルが特異性及び優位性の両方に寄与するだろうということを示唆する。この文脈において、CISの受容体動員はCISの局所濃度を増加させることができ、それがJAK1活性を効率的に阻害することを可能にする(図3g)。CISのレベルの翻訳後調節は、たとえプロテアソームまたはプロテアーゼであろうと、制御についての別の精巧な層を加える。これらのデータは、CISの作用のための新しい標的(JAK1)及びメカニズム(キナーゼ阻害)を示唆し、CISが以前に考えられたよりもSOCS1へ基本的により類似する可能性を高める。
IL−15の高濃度へ曝露されたCish−/−NK細胞の生物学的応答の著しい促進、及び恒常的条件下の健康なCish−/−マウスにおけるNK細胞表現型の欠如は、インビボの定常状態のIL−15レベルがCish発現を誘導するのに要求されるもの未満であることを示唆する。腫瘍形成と関連する炎症は、間質または浸潤する骨髄系系譜によるIL−15トランス提示を増加させ、常在NK細胞活性を増大するだろう(Mlecnik et al.,2014)。
阻害性受容体PD−1及びCTLA−4に対する抗体を使用する、組み合わせ免疫療法は、現在ヒトにおける進行性メラノーマに対して最も有効な治療である(Larkin et al.,2015;Postow et al.,2015;Yoshimura et al.,2015)。このベンチマーク免疫療法を、NK細胞におけるCish欠失と比較するために、Cish−/−マウス及びCish+/+マウスに高用量のB16F10メラノーマを注射し(NK細胞及びCD8 T細胞の両方の応答を誘発するため)、抗PD−1/CTLA−4抗体の組み合わせまたはcIgにより処理した。Cish+/+マウスにおいて、cIgに比較した場合に抗PD−1/CTLA−4処理はメラノーマ転移を有意に低減したが、これは、Cish欠失単独(Cish−/−マウス+cIg;図4g)によって提供された保護より劣っていた。顕著なことには、抗PD−1/CTLA−4により処理されたCish−/−マウスは、cIgにより処理されたCish−/−マウスよりもさらに少数の転移を起こし(図4g)、抗CTLA−4/PD−1療法がCIS機能の喪失と組み合わせられたならば、可能性のある治療利益を達成できることが強調された。
CISのN末端領域及びPESTモチーフの役割を調査するために、本発明者は、PESTモチーフ(残基173〜202;ΔPEST)、最初の24残基(ΔN34)、N末端領域(残基1〜66)及びPESTモチーフ(ΔNTΔPEST)のいずれかを欠如するか、または全長タンパク質(CIS)へ対応するヒトCISについてのE.coli発現コンストラクトを生成した。すべてのCISタンパク質をエロンギンB及びCと一緒に発現させ、記載されるように三量体複合体を精製した。次いでJAK1キナーゼドメイン(JH1)を阻害する能力を、インビトロのキナーゼ反応を使用して査定した。以前のデータと一致して(図3F)、CIS−ΔNTΔPESTは約0.6μMのIC50でJAK1を阻害した。これとは対照的に、CIS−ΔN34が示したように(IC50約96.77)、全長タンパク質はJAK1を阻害する能力の大幅な低減を示し(IC50約32.3)、N末端内の領域(残基35〜66)が自己阻害性であることを示唆した。PEST単独の欠失はIC50を3.32mMへ増加させるのに十分であった(全長CISに比較して)(図11A)。
インビトロのキナーゼ反応の中へのリン酸フェニル(PP)の添加は、すべてのCISコンストラクトがJAK1キナーゼ活性を阻害する能力を無効にした(図11B)。同様に、単一リン酸化JAK1または二重リン酸化JAK3(活性化ループ)へ対応する遊離ホスホペプチドの添加は、CISがJAK1キナーゼ活性を阻害する能力を劇的に低減した(図11C)。これらのデータは、ホスホチロシンモチーフへのSH2ドメインのカノニカルな結合は、CISがJAK1活性を阻害することに要求されることをさらに確認する。
PESTモチーフ(残基173〜202;ΔPEST)、最初の24の残基(ΔN34)、N末端領域(残基1〜66)及びPESTモチーフ(ΔNTΔPEST)のいずれかを欠如するか、または全長CISへ対応する、CISコンストラクトを、エロンギンB及びエロンギンCと一緒に発現させ、JAK1ホスホペプチドを結合するそれらの能力についてITCを使用して試験した。すべてコンストラクトはホスホペプチドを2.2〜10μMの親和性で結合し、N末端の34残基の欠失で最も大きな結合の低減が観察された(図12A)。同様に、全長CIS及びCIS−ΔNTΔPESTはJAK3ホスホペプチドを同等の親和性で結合した(図12B)。
ITCを使用して、ホスホチロシン(JAK1 Y1034)に隣接する残基のどれが結合親和性(及び特異性)に寄与するかを調査した。+5、+3または−3の位置でのアラニンの置換は、結合に対して中等度のみの効果があった(+3で約4倍の低減)(図13)。これは、CIS−SH2ドメインがその標的ペプチド配列と複数の接触をすることを示唆する。
CISの小分子阻害物質は、恐らくCISの機能の完全な喪失を再現しない。本発明者は、したがって、1つの対立遺伝子の喪失が、IL−15へのNK細胞応答を促進するのに十分だったかどうかを調査した。NK細胞をCish+/+マウス、Cish+/−マウス、及びCish−/−マウスから精製し、CTVにより標識し、IL−15の増加する濃度の存在下においてインビトロで増殖させ、その後にフローサイトメトリーによる分析を行った。Cish−/−NK細胞の増殖の促進が再現された一方で、Cish+/−NK細胞は中間の表現型を示し、野生型細胞に比較して増殖が促進されたが、それでもCish−/−細胞について観察されたもの以下であった(特に低いIL−15レベルで)(図14A)。この結果は培養後の細胞の絶対数に反映され(図14B)、イムノブロットにより、1つのCISの対立遺伝子の喪失はCISタンパク質の対応する喪失(およそ50%)をもたらしたことが、確認された(図14C)。これらのデータは、CIS機能を阻害する有用性を指摘する。
CRISPR技術を使用して、本発明者は、Cish遺伝子における生殖細胞系列突然変異を保有する、「ノックイン」変異マウスを生成した。この突然変異は、SH2ドメイン中のArg107をLysへ変化させ、ホスホペプチドへのSH2の結合を無効にする。突然変異の効果は組換えタンパク質及びITC結合を使用して実証され(図示せず)、図3C中のデータ(それは、この突然変異がCISがJAK1リン酸化を阻害する能力を無効にすることを示す)と一致する。NK細胞をSH2変異マウス(CishR107K)から精製し、インビトロで10日間増殖し、絶対的な細胞数をCish+/+マウス、Cish+/−マウス、及びCish−/−マウスに由来するNK細胞に比較した。CishR107KのNK細胞数は、Cish−/−マウスに由来したものに最も近かった(図14B)。CIS−R107Kタンパク質は、野生型タンパク質に同等のレベルで発現され(図14C)、細胞数の増加がCIS−SH2機能の喪失から生じるという証拠であった。これらの予備的データは、ホスホペプチド結合の喪失がCish欠失を再現するのに十分であることを指摘し、SH2機能(特にホスホペプチドを結合する能力)をブロックする化合物が薬物開発のための有効な開始点であるだろうことをさらに指摘する。
ヒト及びマウスのCISはアミノ酸レベルで90.7%同一である。同様に、ヒト及びマウスのJAK1は94.4%同一である一方で、活性化ループは100%保存される。初代ヒトNK細胞及び様々なヒトNK細胞株のイムノブロット分析は、1〜2時間のIL−15処理によるCISの誘導を、JAK1及びSTAT5のリン酸化の付随する減少と一緒に示した。これらのデータは、CISがJAK/STATシグナリングを阻害することと一致する(図15)。さらに、IL−15及びプロテアソーム阻害物質(MG−132)による初代ヒトNK細胞の2時間の処理は、JAK1及びCISの全レベルを増加させるのに十分だったが、JAK1リン酸化は低減されたままであった(図15A)。このことは、マウスNK細胞を使用する我々の結果と一致して、JAK1のユビキチン化及びJAK自己リン酸化阻害の両方経由で、CISが、ヒトNK細胞におけるIL−15シグナリングを阻害するという前提を支持する。
本発明者は、CISそれ自体がプロテアソーム分解によって調節されたことを示し(図9D及び図15A)、CISの翻訳後修飾がN末端/PEST媒介性自己阻害を調節し得ることをさらに提案した。可能性のあるリン酸化部位及びユビキチン化部位を同定するために、フラッグタグ付けされたCISを293T細胞中で発現させ親和性精製し、その後に質量分析による分析を行った。6つのリン酸化部位が同定され、マウスとヒトのCISの間で保存された部位が5つあった(図17及び表3)。リン酸化事象のうちの3つはPESTモチーフ(pSDpSPDPAPpT)内に検出され、リン酸化が、分子内ポジショニング及び/またはこのモチーフの結合相互作用ならびにしたがってCIS機能を変更し得るという見解と一致する。3つのユビキチン化部位も同定され(図17、表3)、以前の報告と合致していた(Jensik et al.,2015)。これらの結果は、ユビキチン化またはリン酸化のいずれかによって修飾され得るCIS内の多くの残基を同定する。
抗TGF−βを使用してEMT(上皮間葉転換)を予防するいくつかの臨床試験は進行中であるが、TGF−βは強力な免疫抑制剤でもある(Chen et al.,2016)。本発明者は、CISヌルNK細胞がTGF−βによってインビトロで媒介される増殖の抑制へ概して不応性であることを見出した(図18)。
本発明者は、次に、B16F10実験的転移モデルにおいて、Cish欠損を最新の免疫療法(免疫チェックポイント遮断(抗PD−1、抗CTLA−4、抗CD96)及びサイトカイン(IFNα/β、IL−2)が含まれ、それらはNK細胞機能を促進する)と比較しようとした。顕著なことに、Cish欠損マウスは、抗PD−1、I型IFN(IFN−αβ)またはIL−2のレジメンにより処理された野生型マウスよりも、B16F10肺転移に、より耐性があった(図20A)。これらの免疫療法のすべては進行性ヒトメラノーマの治療において使用され、ある程度の成功を収めていた。B16F10転移のレベルはcIg処理Cish−/−マウスにおいて低かったが、I型IFN及びIL−2治療の両方は転移をさらに低減するように思われた(図20A)。さらなる実験は、B16F10によるより高い用量の攻撃投与を査定し、本明細書において、抗PD−1/抗CTLA−4の組み合わせ及びIL−2の両方は、Cish−/−マウスにおけるcIgよりも有効だったことが明らかになった(図20B)。特に、低用量のIL−2はWTマウスにおいて有効ではなかったが、Cish−/−マウスにおいて有効であった。WTマウスと比較してCish−/−マウスにおけるIL−2のこの効果の改善は、RMA−S腹腔内リンパ腫モデルにおいても観察された(図20C)。WTマウス及びCish−/−マウスにおけるNK細胞媒介性制御が、無処理マウスまたはPBSにより処理された対照処理マウスにおいて等しかったので、これは興味深い(図20C)。第2の実験的転移モデル(RM−1)において遂行された追加の実験は、抗PD−1/抗CTLA−4または抗CD96処理と組み合わせられたCish欠損の優れた抗転移性活性を指摘した(図20D)。Cish−/−マウスにおける抗CD96の優れた活性もB16F10実験的転移モデルにおいて観察された(図20E)。
Cish−/−マウスは、メチルコラントレン(MCA)誘導性線維肉腫形成に高度に耐性があった(図22A)。NK細胞の枯渇またはIFNγの中和は、再びWT及びCish−/−マウスの生存を有意に低減し、Cish欠損の保護的効果を完全に消失させた(図22B)。Cish−/−マウスにおいて観察された実験的転移及びデノボ発癌からの保護の程度は目覚ましく、CISの標的化がNK細胞ベースの免疫療法のための新規標的として将来性があることを明確に指摘した。これらの結果は、NK細胞におけるCISの発現のIL−15誘導、及びCishの喪失がNK細胞をIL−15へ過感受性にするという観察と一致する(Delconte et al.,2016)。
NK細胞の抗腫瘍有効性の先駆的な例は、ドナーNK細胞が宿主急性骨髄白血病(AML)に対して強く反応する、ハプロ同一性骨髄移植におけるものであり(Ruggeri et al.,2016)、自己NK細胞が十分に活性化されるならば、AMLはかかるNK細胞に対して免疫原性であり得ることを示唆する。本発明者は、自己骨髄がAML誘導性腫瘍誘発遺伝子MLL−AF9をコードするレンチウイルスにより感染され、WTマウスの中へ注射された場合に、これらのマウスが注射後約40日目でAMLにより死亡することを見出した(図23)。これとは対照的に、Cish−/−宿主にMLL−AF9発現骨髄を注射したならば、AML発症は有意に遅延し、WTマウスの100%に比較して、マウスは約30%のみがAMLにより死亡した(図23)。これらのデータは、MLL−AF9+ AMLがNK細胞によって検出され殺されること、及びこれは、CISの非存在下において有意に促進されることを示唆する。
最初の実験は、インビボの恒常的条件下でCish−/−マウスがCish+/+マウスに類似するNK細胞数を有することを指摘した。NK細胞をより詳細に検査した場合に、Cish−/−NK細胞がより成熟すること(M2、DNAM1+KHLRG1+;図24A、B)、及び野生型細胞よりもより急速に細胞周期が進むこと(Ki67+;図24C)は明らかであった。合計数が一定のままであることを考慮すると(図24A)、これは、Cish−/−NK細胞が死滅する及び/または体からより急速に除去されることも指摘する。
免疫原性MCA誘導性線維肉腫(MCA1956)を皮下注射した場合に、Cish−/−マウスはWTマウスよりも良好な腫瘍制御を示した(図25)。1/10のWTマウスのみが自然に腫瘍を拒絶したが、5/10のCish−/−マウスが移植後に30日目までに首尾よく原発性腫瘍を除去した(図25)。NK細胞またはCD8β+T細胞のいずれかの枯渇は、腫瘍増殖を加速し、WT及びCish欠損マウスにおいて見出された差を無効にした(図25)。NK細胞がMCA1956腫瘍の増殖を直接的に制御するかどうか、またはそれらがT細胞活性の修飾によって間接的役割を果たすかどうかは、依然として不明である。総合すると、これらのデータは、NK細胞が重要な場合にCish欠損が主として皮下腫瘍の自然増殖を変更することを示唆する。
インビボの明らかなCD8 T細胞表現型の欠如は、NK細胞とCD8 T細胞の転写調節、エフェクタープログラム及びサイトカイン依存性の間の類似性を考慮すると、多少意外であった。CD8 T細胞がIL−15または抗原受容体刺激に過応答性かどうかを特異的に試験するために、6〜8週齢のWT−Ly5.1マウス(n=3)及びCish−/−−Ly5.2マウス(n=3)からの末梢リンパ節(プールした、腸間膜リンパ節は除外)を、単一細胞懸濁液にプロセシングした。サンプルを、磁気ビーズの負の選択によってCD8+T細胞についてエンリッチした。次いでもたらされた細胞を5μMのCTVにより標識した。WT細胞及びCish−/−細胞を、IMDM+10%のFCS中で、IL−2+αCD3、IL−15+αCD3、IL−2+αCD28+αCD3、及びIL−15+αCD28+αCD3の条件下で、96ウェルプレート中で共培養した。すべての条件について、αCD3−ウェルを対照として含めた(図示せず)。ウェルは、統計解析のために技術的に三重で設定された。コンジェニックマーカーは、単一ウェル内の両方の遺伝子型の検査を可能にした。細胞を5%のCO2により37℃で培養した。
本発明者は、IL−15が培養されたNK細胞においてCish発現を急速に誘導すること、及びCISタンパク質発現はIL−15刺激に後続して1時間以内に誘導されることを確立した。インビボでのCish発現を可視化するために、Cish−lacZレポーター(CishLacZ/+)マウス系統を利用した。IL−15+/+マウスまたはIL−15−/−マウス(間質のIL−15ステータスがそれぞれ+または−である)を、致死量照射し、CishLacZ/+骨髄により再構成した。10週間後に、これらのキメラマウスに、乳腺脂肪体中に注射される1×105のE0771乳癌細胞による攻撃接種を行ったか、または攻撃接種を行わないままであった。1週間後に、マウスを屠殺し、乳腺腫瘍を採取及び分離し、腫瘍常在NK細胞をβ−ガラクトシダーゼ(Cish発現)について染色し、フローサイトメトリーによって分析した。間質のIL−15の存在はNK細胞におけるCish発現を約2倍有意に増大させることが観察された(図28)。乳腺腫瘍(そこではIL−15が間質中に存在した)浸潤NK細胞はCish発現の増加を提示し、これは、間質がIL−15を欠いていたマウスにおける乳腺腫瘍浸潤NK細胞において最も明らかであった。両方の状況において、NK細胞のCishレベルは、乳腺脂肪体NK細胞に比較して、腫瘍常在NK細胞において最も高く、EO771腫瘍内微小環境中でIL−15レベルがより高いことを示唆した。この腫瘍がNK細胞によって厳密に制御されること及びCIS機能喪失に非常に応答性のモデルを考慮すると、これらのデータは、腫瘍におけるIL−15レベルの上昇及び腫瘍常在NK細胞におけるCish発現の増加は、小分子CIS阻害物質におそらく応答する腫瘍タイプについての予後徴候であることを示唆する。
ヒトCish−/−NK細胞が、腫瘍増殖及び転移に対抗するマウスCish−/−NK細胞の効果をどのくらいよくインビボで再現するかどうかを評価するために、本発明者は、リンパ性マウス(lymphoid mice)(NOD/SCID/γC;NSG)における養子細胞移入実験を遂行するだろう。養子移入モデルのために、NSGマウスに、5×106のインビトロで増殖させたヒトCish+/+もしくは同種同系のCish−/−ヒトNK細胞またはPBSを静脈注射する。次いで8時間後に、マウスに、1×106の我々の研究室において細胞株として維持されるBRAF突然変異体患者由来メラノーマ細胞を注射する。続いて1日目に、マウスを、1.5×106のインビトロで増殖させたCish+/+NK細胞もしくはCish−/−NK細胞またはPBSにより静脈送達で処理する。腫瘍注射後18日目にマウスを屠殺し、肺灌流を実行する。次いで肺及び肝臓を採取し、転移をカウントする。
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Claims (64)
- CIS阻害物質を被験体へ投与することを含む、NK細胞応答性病態を患う被験体またはNK細胞応答性病態を患うリスクがある被験体を治療するための方法。
- NK細胞応答性病態を患う被験体またはNK細胞応答性病態を患うリスクがある被験体へCISが阻害されたNK細胞を投与することを含む、養子細胞療法または予防のための方法。
- 前記CISが阻害されたNK細胞が自己由来である、請求項2に記載の方法。
- 前記CISが阻害されたNK細胞が同種異系である、請求項2に記載の方法。
- 前記CISが阻害されたNK細胞が、CIS阻害物質と接触させたNK細胞である、請求項2〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CISが阻害されたNK細胞が、CISの発現が低減されるように遺伝的に修飾されたNK細胞である、請求項2〜4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CISが阻害されたNK細胞がCish−/−である、請求項6に記載の方法。
- 前記CIS阻害物質が、ペプチド、ペプチド模倣物、小分子、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドである、請求項1または請求項5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ペプチドがホスホペプチドまたはリン酸化模倣ペプチドである、請求項8に記載の方法。
- 前記ポリペプチドが抗CIS抗体またはその抗原結合断片である、請求項8に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドがdsRNAである、請求項8に記載の方法。
- 前記dsRNAが、shRNA、siRNA、またはmiRNAである、請求項11に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドが、ポリヌクレオチドの発現のためのベクターとして提供される、請求項8に記載の方法。
- 前記ベクターがウイルスベクターである、請求項13に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドが化学的に修飾されたmRNAである、請求項8に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドがCISのドミナントネガティブ阻害物質をコードする、請求項13または請求項15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記コードされたドミナントネガティブ阻害物質がCIS−R107Kである、請求項16に記載の方法。
- 前記CIS阻害物質が、JAK1及び/またはJAK3へCISの結合を競合的に阻害する、請求項8〜10のいずれか一項に記載の方法。
- JAK1がリン酸化されたJAK1である、及び/またはJAK3がリン酸化されたJAK3である、請求項18に記載の方法。
- リン酸化JAK1がTyr1034でリン酸化される、及び/またはリン酸化JAK3がTyr980でリン酸化される、請求項19に記載の方法。
- 前記CIS阻害物質が、Tyr355、Tyr361及びTyr392のうちの1つまたは複数でリン酸化されたIL−2RβへのCISの結合を競合的に阻害する、請求項8〜10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CIS阻害物質が、エロンギンB、エロンギンCまたはカリン−5のうちの1つまたは複数へのCISの結合を競合的に阻害する、請求項8〜10のいずれか一項に記載の請求項の方法。
- IL−15またはIL−15アゴニストを前記被験体へ投与することをさらに含む、請求項1〜22のいずれか一項に記載の方法。
- B−Rafプロテインキナーゼ阻害物質またはMEKプロテインキナーゼ阻害物質を投与することをさらに含む、請求項1〜23のいずれか一項に記載の方法。
- 免疫療法剤を投与することをさらに含む、請求項1〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記免疫療法剤が、プログラム細胞死1受容体(PD−1)に対する抗体、プログラム死リガンド1(PD−L1)に対する抗体、細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4(CTLA−4)に対する抗体、トランスフォーミング増殖因子β(TGF−b)に対する抗体、タクタイル(Tactile)(CD96)に対する抗体、またはその組み合わせを含む、請求項25に記載の方法。
- 前記被験体ががんもしくは感染を患うか、またはがんもしくは感染を患うリスクがあることが決定される、請求項1〜26のいずれか一項に記載の方法。
- 前記がんが腫瘍を含む、請求項27に記載の方法または使用。
- 前記がんが、転移性メラノーマ、転移性前立腺癌、転移性乳癌、トリプルネガティブ乳癌、膀胱癌、脳腫瘍、食道癌、肝臓癌、頭頸部癌、肺扁平上皮細胞癌、非小細胞肺癌、メルケル細胞癌、肉腫、肝細胞癌、多発性骨髄腫、膵臓癌、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、腎臓癌、転移性腎細胞癌、白血病、卵巣癌及び悪性神経膠腫である、請求項27または28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記がんが、転移性メラノーマ、転移性前立腺癌または転移性乳癌である、請求項29に記載の方法。
- 前記被験体が、がんのための治療と関連する同種異系の組織移植を受けている、請求項27〜30のいずれか一項に記載の方法。
- 前記感染がウイルス感染である、請求項27に記載の方法。
- 前記ウイルス感染が、単純ヘルペスウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、インフルエンザウイルス、ポックスウイルス、またはパピローマウイルスによる感染である、請求項32に記載の方法または使用。
- i)試験剤の存在下において、少なくとも1つのCIS結合パートナーとCISまたはその断片を接触させることと;
ii)前記試験剤が、CISまたはその断片への結合について前記CIS結合パートナーと競合するかどうかを決定することと;
iii)随意に、ステップii)において、CISまたはその断片への結合について前記CIS結合パートナーと競合することが示されるならば、前記試験剤をCIS阻害物質として同定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法。 - 前記CIS結合パートナーが、JAK1、JAK3及びIL−2Rβ、エロンギンB、エロンギンC、カリン5、及びその断片の中から選択される、請求項34に記載の方法。
- i)CISまたはその断片を試験剤と接触させることと;
ii)前記試験剤が、CISまたはその断片へ結合するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法。 - 前記試験剤が、CISまたはその断片への結合についてCIS PESTドメインペプチドまたはCIS N末端ペプチドと競合するかどうかを決定することを、さらに含む、請求項36に記載の方法。
- 前記CIS PESTドメインペプチドの配列が、配列番号:29、配列番号:30、配列番号:32及び配列番号:37からなる群から選択される、請求項37に記載の方法。
- 前記CIS N末端ドメインペプチドの配列が、配列番号:31及び配列番号:34からなる群から選択される、請求項37に記載の方法。
- i)リン酸化JAK1タンパク質またはそのCIS結合断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB;ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)ユビキチン化混合物と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
ii)前記試験剤が、前記試験剤の非存在下におけるCIS誘導性ユビキチン化のレベルに比べて、前記リン酸化JAK1タンパク質または断片のCIS誘導性ユビキチン化を阻害するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法。 - 前記ユビキチン化混合物が、カリン5、Rbx2、E1、E2及び遊離ユビキチンを含む、請求項40に記載の方法。
- i)JH1キナーゼドメインを含むJAK1タンパク質またはその断片を、
(a)少なくともSH2ドメイン及びSOCSボックスを含むCISまたはその断片;エロンギンB、ならびにエロンギンCを含む、三量体複合体と;
(b)JAK1キナーゼ基質と;
(c)試験剤と
の存在下において、インビトロでインキュベーションすることと;
ii)前記試験剤が、前記試験剤の非存在下における前記JAK1キナーゼ基質のリン酸化に比べて、前記JAK1キナーゼ基質のリン酸化を増加させるかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法。 - 前記JAK1キナーゼ基質がSTAT5タンパク質またはSTAT5ペプチドである、請求項42に記載の方法。
- i)CISまたはその断片の三次元構造モデルを生成することと;
ii)前記モデル化された構造へ結合する試験剤についてインシリコでデザインまたはスクリーニングすることと、
を含む、CIS阻害物質をインシリコで同定するための方法。 - 前記三次元構造モデルが、JAK1タンパク質もしくはそのCIS結合断片;またはJAK3タンパク質もしくはそのCIS結合断片へ結合された、CISまたはその断片の複合体である、請求項44に記載の方法。
- i)CISを発現する細胞を提供することと;
ii)試験剤が、前記試験剤と接触させない細胞に比較した場合に、前記細胞におけるCIS活性を低減するかどうかを決定することと、
を含む、CIS阻害物質を同定するための方法。 - 前記細胞がNK細胞である、請求項46に記載の方法。
- ステップii)が、NK細胞におけるIL 15により誘導可能な応答に対する試験剤の効果を決定することを含む、請求項47に記載の方法。
- 前記IL−15により誘導可能な応答が、NK細胞増殖、インターフェロン−γ(IFN−γ)産生、細胞内グランザイム発現、JAK1チロシンリン酸化、JAK1分解、遺伝子発現の修飾、または細胞傷害性である、請求項48に記載の方法。
- 前記試験剤が、請求項34〜42のいずれか一項に記載の方法においてCIS阻害物質として同定された、請求項46〜49のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CIS活性が、JAK1キナーゼ活性の阻害、STAT5チロシンリン酸化の阻害、STAT5プロモーター活性のダウンレギュレーション、またはJAK1の分解の増加である、請求項46〜50のいずれか一項に記載の方法。
- 前記CISまたはその断片のアミノ酸配列が、配列番号:6〜10のうちの任意の1つへ少なくとも80%同一のアミノ酸配列を含む、請求項34〜51のいずれか一項に記載の方法。
- 被験体におけるNK細胞応答性病態の治療または予防のための医薬品の製造における、CIS阻害物質の使用。
- 被験体におけるNK細胞応答性病態の治療または予防のための医薬品の製造における、CISが阻害されたNK細胞の使用。
- 被験体におけるNK細胞応答性病態の治療または予防のための医薬品としての、CIS阻害物質の使用。
- 被験体におけるNK細胞応答性病態の治療または予防のための医薬品としての、CISが阻害されたNK細胞の使用。
- NK細胞応答性病態の治療または予防における使用のためのCIS阻害物質。
- 腫瘍を患う患者において、CIS阻害による治療への応答性の尤度を決定するための方法であって、腫瘍微小環境中のIL−15を1レベル決定することを含み、そこで、IL−15の閾値レベルに比べた前記腫瘍微小環境中のIL−15のレベルの上昇が、前記治療への応答性の尤度がより高いことを指摘する、前記方法。
- 腫瘍を患う被験体において、腫瘍浸潤NK細胞におけるCish発現の上昇の誘導を査定するための方法であって、腫瘍微小環境中のIL−15を1レベル決定することを含み、そこで、IL−15の閾値レベルに比べた前記腫瘍微小環境中のIL−15のレベルの上昇が、前記腫瘍浸潤NK細胞におけるCish発現の上昇の誘導を指摘する、前記方法。
- NK細胞のIL−15への応答性を増加させる方法であって、前記NK細胞におけるCISを阻害することを含む、前記方法。
- 被験体においてNK細胞の応答性を増加させるのに十分な量でCIS阻害物質を前記被験体へ投与することを含む、請求項60に記載の方法。
- 前記方法が前記NK細胞におけるCISの発現を低減することを含む、請求項60に記載の方法。
- 前記CISの発現の低減が前記NK細胞においてエクスビボで実行される、請求項62に記載の方法。
- 前記CISの発現の低減が前記NK細胞においてインビボで実行される、請求項62に記載の方法。
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