JP2018537528A - Nlrp3遺伝子発現を阻害するための組成物およびその使用 - Google Patents
Nlrp3遺伝子発現を阻害するための組成物およびその使用 Download PDFInfo
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Abstract
本発明は、2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を用いて、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を調節するのに有用な化合物、組成物、および方法に向けられる。【選択図】なし
Description
関連出願
[0001]この出願は、2015年11月4日に出願された米国仮特許出願第62/250,796号の利益を主張し、その仮特許出願の内容は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。
[0001]この出願は、2015年11月4日に出願された米国仮特許出願第62/250,796号の利益を主張し、その仮特許出願の内容は、全体として参照により本明細書に組み入れられる。
[0002]本発明は、NLRファミリー、パイリンドメイン含有3(pyrin domain containing 3)(NLRP3;CIAS1としても知られている)遺伝子発現の阻害のための、またはNLRP3遺伝子発現の阻害に応答する疾患および/もしくは状態を診断、処置、および/もしくは防止するための化合物、組成物、および使用方法に関する。
[0003]NLRP3遺伝子は、NLR(ヌクレオチド結合ドメインおよびロイシンリッチリピート含有ファミリー)と呼ばれる遺伝子のファミリーに属する。NLRタンパク質は、免疫系に関与し、傷害、毒素、または微生物による侵入に対する免疫系の応答を開始し、かつ制御するのを助ける。これらのタンパク質は、特定の分子を認識し、活性化し、免疫系の要素を作動させるのを助けることにより応答する。
[0004]NLRP3遺伝子は、主に白血球および軟骨形成細胞(軟骨細胞)に見出されるクリオピリンと呼ばれるタンパク質の生成に関する命令を与える。クリオピリンは、細菌粒子、アスベスト、シリカ、および尿酸結晶などの化学物質、ならびに傷害細胞により放出された化合物を認識する。
[0005]いったん活性化されたならば、クリオピリン分子群は、他のタンパク質と共に集合して、炎症プロセスに関与するインフラマソームと呼ばれる構造になる。免疫系が、シグナル伝達分子および白血球を傷害または疾患の部位へ送って、侵入した微生物と戦い、組織修復を促進する時、炎症が起こる。
[0006]NLRP3遺伝子における変異は、家族性寒冷自己炎症症候群(FCAS)、マックル・ウェルズ症候群(MWS)、慢性乳児神経皮膚関節(CINCA)症候群、および新生児期発症多臓器系炎症性疾患(NOMID)に関連している。NLRP3はまた、間質性膀胱炎/膀胱痛症候群(IC/BPS)の発症機序に結びつけられている。したがって、NLRP3の発現の低下から、またはNLRP3活性の調節から恩恵を受けるだろう、疾患または障害の処置の必要性が存在する。
発明の概要
[0007]本発明は、2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物(「GSO」)を用いて、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を調節するのに有用な化合物、組成物、および方法に向けられる。本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を効果的に阻害し、または減少させる。
[0007]本発明は、2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物(「GSO」)を用いて、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を調節するのに有用な化合物、組成物、および方法に向けられる。本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を効果的に阻害し、または減少させる。
[0008]NLRP3 mRNAおよびタンパク質の発現を調節するための方法、化合物、および組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態において、NLRP3 mRNAおよびタンパク質の発現を調節するのに有用な化合物は遺伝子サイレンシング化合物である。
[0009]ある特定の実施形態において、調節は細胞または組織において起こり得る。ある特定の実施形態において、細胞または組織は動物内である。ある特定の実施形態において、動物はヒトである。ある特定の実施形態において、NLRP3 mRNAレベルが低下する。ある特定の実施形態において、NLRP3タンパク質レベルが低下する。そのような低下は、時間依存性様式で、または用量依存性様式で起こり得る。
[0010]疾患、障害、および状態を防止し、処置し、および改善するのに有用な方法、化合物、および組成物もまた提供される。
[0011]ある特定の実施形態において、処置の方法は、それを必要としている個体に、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現遺伝子サイレンシング化合物または組成物を投与するステップを含む。
[0011]ある特定の実施形態において、処置の方法は、それを必要としている個体に、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現遺伝子サイレンシング化合物または組成物を投与するステップを含む。
[0012]本発明の前述のおよび他の目的、特徴および利点は、添付の図面で図示されるように、以下に示す本発明の好ましい実施形態のより具体的な説明から明らかであり、図面において類似の参照符合は、様々な図面にわたり同じ部品を指す。図面は、必ずしも一定の縮尺であるとは限らず、それより、本発明の原理を説明することに重きを置く。
[0029]本発明は、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を下方制御するための遺伝子サイレンシング化合物の治療的および予防的使用に関する。そのような分子は、例えば、患者、対象、動物、または生物体において、NLRP3遺伝子発現の調節のための、またはNLRP3遺伝子発現の調節に応答することができる疾患および/もしくは状態を処置および/もしくは防止するための組成物を提供することに有用である。
[0030]本発明の目的、本発明の様々な特徴、加えて、本発明自体は、添付の図面と共に読む時、以下の説明からより完全に理解され得、その説明において、以下の用語は、割り当てられた意味をもつ。特定の定義が提供されない限り、本明細書に記載された、分析化学、合成有機化学、ならびに医薬品化学および薬化学に関連して利用される命名法、ならびにそれらの手順および技術は、当技術分野においてよく知られ、かつ一般的に用いられているものである。標準技術は、化学合成および化学分析に用いられ得る。許可されている場合、全ての特許、出願、公開された出願、および他の刊行物、GENBANK受託番号、ならびにNational Center for Biotechnology Information(NCBI)などのデータベースから入手できる関連した配列情報、および本明細書における開示を通して参照された他のデータは、本明細書で論じられた文書の部分として、および全体として、参照により組み入れられる。
[0031]用語「2’−O−置換型」は、ペントース部分の2’位置の、1〜6個の飽和もしくは不飽和炭素原子を含有する−O−低級アルキル基(例えば、限定されるものではないが、2’−O−メチル)での、または2〜6個の炭素原子を有する−O−アリールもしくはアリル基での置換(このようなアルキル基、アリール基、またはアリル基は、非置換であってもよいし、または置換されていてもよい(例えば、2’−O−メトキシエチル、エトキシ、メトキシ、ハロ、ヒドロキシル、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ、アシル、アシルオキシ、アルコキシ、カルボキシル、カルバルコキシル、またはアミノ基で置換されていてもよい));またはヒドロキシル、アミノ、もしくはハロ基での置換であるが、2’−H基での置換ではない、置換を意味する。いくつかの実施形態において、本発明のオリゴヌクレオチドは、その5’末端に4個もしくは5個の2’−O−アルキルヌクレオチド、および/またはその3’末端に4個もしくは5個の2’−O−アルキルヌクレオチドを含む。
[0032]方向として用いられる場合の用語「3’」は、一般的に、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドにおける、その同じポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドにおける別の領域または位置から3’(そのヌクレオチドの3’末端の方へ)の領域または位置を指す。
[0033]用語「3’末端」は、一般的に、オリゴヌクレオチド要素の3’末端のヌクレオチドを指す。「3’末端で連結された2つ以上のオリゴヌクレオチド」は、一般的に、直接的に5’、3’、もしくは2’ヒドロキシル基を介して、または間接的に非ヌクレオチドリンカーを介してであり得る、オリゴヌクレオチドの3’末端のヌクレオチド間の連結を指す。そのような連結はまた、ヌクレオシドを介してであり得、そのヌクレオシドの2’ヒドロキシル位置と3’ヒドロキシル位置の両方を利用する。そのような連結はまた、3’末端のヌクレオチドの官能化された糖または核酸塩基を利用し得る。
[0034]方向として用いられる場合の用語「5’」は、一般的に、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドにおける、その同じポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドにおける別の領域または位置から5’(そのヌクレオチドの5’末端の方へ)の領域または位置を指す。
[0035]用語「5’末端」は、一般的に、オリゴヌクレオチド要素の5’末端のヌクレオチドを指す。「5’末端で連結された2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、一般的に、直接的に5’、3’、もしくは2’ヒドロキシル基を介して、または間接的に非ヌクレオチドリンカーを介してであり得る、オリゴヌクレオチドの5’末端のヌクレオチド間の連結を指す。そのような連結はまた、ヌクレオシドを介してであり得、そのヌクレオシドの2’ヒドロキシル位置と3’ヒドロキシル位置の両方を利用する。そのような連結はまた、5’末端のヌクレオチドの官能化された糖または核酸塩基を利用し得る。
[0036]用語「約」は一般的に、正確な数値が臨界的ではないことを意味する。したがって、1個または2個少ないヌクレオシド残基、または1個から数個までの追加のヌクレオシド残基を有するオリゴヌクレオチドが、上記の実施形態のそれぞれの等価物として考慮される。
[0037]用語「アクセス可能な」は一般的に、本発明による化合物に関係する場合、分子の関連部分が、その化合物に対する意図された応答を誘発するのに必要な細胞要素により認識され得ることを意味する。
[0038]用語「アゴニスト」は一般的に、細胞の受容体と結合し、かつ応答を誘導する物質を指す。アゴニストは、リガンドなどの天然に存在する物質の作用を模倣する場合が多い。
[0039]用語「抗原」は一般的に、抗体により、またはT細胞抗原受容体により、認識され、かつ選択的に結合される物質を指す。抗原には、ペプチド、タンパク質、脂質、糖質、ヌクレオシド、ヌクレオチド、核酸、およびそれらの組合せが挙げられ得るが、それらに限定されない。抗原は、天然または合成であり得、一般的に、その抗原に特異的である免疫応答を誘導する。
[0040]「アンチセンス活性」は、遺伝子サイレンシング化合物のそれの標的核酸とのハイブリダイゼーションに起因しうる任意の検出可能または測定可能な活性を意味する。ある特定の実施形態において、アンチセンス活性は、そのような標的核酸によりコードされた標的核酸またはタンパク質の量または発現の減少である。
[0041]「遺伝子サイレンシング化合物」(本明細書で「GSO」とも呼ばれる)は、2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含むオリゴマー化合物を意味する。遺伝子サイレンシング化合物は、水素結合を通して標的核酸とのハイブリダイゼーションを受ける能力がある。本発明による遺伝子サイレンシング化合物には、天然に存在するヌクレオチド、修飾型ヌクレオチド、修飾型オリゴヌクレオチド、および/またはバックボーン修飾型オリゴヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドが挙げられるが、それらに限定されない。
[0042]「アンチセンス阻害」は、標的核酸に相補的な遺伝子サイレンシング化合物の存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルの、その遺伝子サイレンシング化合物の非存在下での標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較しての低下を意味する。
[0043]「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸の対応する領域またはセグメントとのハイブリダイゼーションを許容する核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。
[0044]用語「生物学的不安定性」は一般的に、インビボで分解され、その後、不活性化される分子の能力を指す。オリゴヌクレオチドについて、そのような分解は、エキソヌクレアーゼ活性および/またはエンドヌクレアーゼ活性の結果として生じ、エキソヌクレアーゼ活性はオリゴヌクレオチドの3’または5’末端からヌクレオチドを切断することを指し、エンドヌクレアーゼ活性は、オリゴヌクレオチドの末端以外の位置で、ホスホジエステル結合を切断することを指す。
[0045]用語「担体」は一般的に、薬学的製剤に用いられる、任意の賦形剤、希釈剤、増量剤、塩、バッファー、安定剤、可溶化剤、油、脂質、脂質含有ベシクル、マイクロスフェア、リポソーム封入、または他の材料を包含する。担体、賦形剤、または希釈剤の特性が特定の適用のための投与経路に依存することは理解されているだろう。これらの材料を含有する薬学的に許容される製剤の調製は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences、第18版、A.Gennaro編、Mack Publishing Co.,Easton、PA、1990に記載されている。
[0046]用語「共投与」または「共投与された」は一般的に、少なくとも2つの異なる物質の投与を指す。共投与は、少なくとも2つの異なる物質の、任意の順序で、単一用量かまたは分割用量のいずれかでの、同時の投与、加えて、最高数日間離れての時間的に間隔を置いた順序での投与を指す。
[0047]用語「と組み合わせて」は一般的に、本発明によるオリゴヌクレオチドに基づいた化合物、および患者を処置する過程においてその化合物の活性を無効にしない、疾患または状態を処置するのに有用な別の作用物質を投与することを意味する。そのような投与は、同時投与、加えて、数秒間から最高数日間まで離れて時間的に間隔を置いた順序を含む、任意の順序で行われ得る。そのような併用処置はまた、本発明による化合物および/または独立して、他の作用物質の単回より多い投与も含み得る。本発明による化合物および他の作用物質は、同じまたは異なる経路により得る。
[0048]用語「相補的な」は、第1の核酸の核酸塩基と第2の核酸の核酸塩基との間で対形成する能力を意味することを意図される。
[0049]「連続した核酸塩基」は、互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
[0049]「連続した核酸塩基」は、互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
[0050]用語「個体」または「対象」または「患者」は一般的に、ヒトなどの哺乳動物を指す。
[0051]「NLRP3核酸」は、NLRP3をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態において、NLRP3核酸には、NLRP3をコードするDNA配列、NLRP3をコードするDNA(イントロンおよびエクソンを含むゲノムDNAを含む)から転写されたRNA配列、NLRP3をコードするmRNA配列が挙げられる。「NLRP3 mRNA」は、NLRP3タンパク質をコードするmRNAを意味する。
[0051]「NLRP3核酸」は、NLRP3をコードする任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態において、NLRP3核酸には、NLRP3をコードするDNA配列、NLRP3をコードするDNA(イントロンおよびエクソンを含むゲノムDNAを含む)から転写されたRNA配列、NLRP3をコードするmRNA配列が挙げられる。「NLRP3 mRNA」は、NLRP3タンパク質をコードするmRNAを意味する。
[0052]「完全に相補的な」または「100%相補的な」は、第1の核酸の各核酸塩基が第2の核酸における相補的な核酸塩基を有することを意味する。ある特定の実施形態において、第1の核酸がアンチセンス化合物であり、標的核酸が第2の核酸である。
[0053]「ハイブリダイゼーション」は、相補的な核酸分子のアニーリングを意味する。ある特定の実施形態において、相補的な核酸分子は、アンチセンス化合物および標的核酸を含む。
[0054]「NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害すること」は、本発明による遺伝子サイレンシング化合物の非存在下でのNLRP3の発現および/またはタンパク質レベルと比較した、本発明による遺伝子サイレンシング化合物の存在下でのNLRP3 mRNAの発現および/またはタンパク質レベルの低下を意味する。
[0055]用語「直線的合成」は一般的に、オリゴヌクレオチドの一方の末端から開始し、他方の末端へ直線的に前進する合成を指す。直線的合成は、同一かまたは非同一(長さ、塩基組成、および/または組み込まれた化学修飾に関して)のいずれかの単量体単位のオリゴヌクレオチドへの取り込みも可能にする。
[0056]用語「哺乳動物」は、温血の脊椎動物を含むことを明確に意図され、それには、非限定的に、ヒト、非ヒト霊長類、ラット、マウス、ネコ、イヌ、ウマ、畜牛、乳牛、ブタ、ヒツジ、およびウサギが挙げられる。
[0057]用語「ヌクレオシド」は一般的に、糖、通常にはリボース、デオキシリボース、ペントース、アラビノース、またはヘキソース、およびプリンまたはピリミジン塩基からなる化合物を指す。
[0058]用語「ヌクレオチド」は一般的に、糖に付着したリン含有基を含むヌクレオシドを指す。
[0059]用語「修飾型ヌクレオシド」または「ヌクレオチド誘導体」は一般的に、修飾型複素環式塩基、修飾型糖部分、またはそれらの任意の組合せを含むヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、修飾型ヌクレオシドまたはヌクレオチド誘導体は、本明細書に記載されているように、非天然ピリミジンまたはプリンヌクレオシドである。本発明を目的として、修飾型ヌクレオシドまたはヌクレオチド誘導体、ピリミジンもしくはプリン類似体または天然に存在しないピリミジンもしくはプリンは、交換可能に用いることができ、天然に存在しない塩基および/または天然に存在しない糖部分を含むヌクレオシドを指す。本発明を目的として、塩基は、それがグアニン、シトシン、アデニン、チミン、またはウラシルではない場合には非天然であるとみなされ、糖は、それがβ−リボ−フラノシドまたは2’−デオキシリボ−フラノシドではない場合には非天然であるとみなされる。
[0059]用語「修飾型ヌクレオシド」または「ヌクレオチド誘導体」は一般的に、修飾型複素環式塩基、修飾型糖部分、またはそれらの任意の組合せを含むヌクレオシドである。いくつかの実施形態において、修飾型ヌクレオシドまたはヌクレオチド誘導体は、本明細書に記載されているように、非天然ピリミジンまたはプリンヌクレオシドである。本発明を目的として、修飾型ヌクレオシドまたはヌクレオチド誘導体、ピリミジンもしくはプリン類似体または天然に存在しないピリミジンもしくはプリンは、交換可能に用いることができ、天然に存在しない塩基および/または天然に存在しない糖部分を含むヌクレオシドを指す。本発明を目的として、塩基は、それがグアニン、シトシン、アデニン、チミン、またはウラシルではない場合には非天然であるとみなされ、糖は、それがβ−リボ−フラノシドまたは2’−デオキシリボ−フラノシドではない場合には非天然であるとみなされる。
[0060]本明細書に用いられる場合、用語「修飾型オリゴヌクレオチド」は、それのヌクレオチドのうちの少なくとも2個が合成的連結、すなわち、1つのヌクレオチドの5’末端と別のヌクレオチドの3’末端との間のホスホジエステル連結以外の連結を介して共有結合しているオリゴヌクレオチドを記載し、5’ヌクレオチドリン酸が任意の数の化学基に置き換えられている。用語「修飾型オリゴヌクレオチド」はまた、2’−O,4’−C−メチレン−b−D−リボフラノシル核酸、アラビノース核酸、置換型アラビノース核酸、ヘキソース核酸、ペプチド核酸、モルホリノ、ならびに2’−O−置換型、5−メチルシトシン、および/または3’−O−置換型リボヌクレオチドなどの修飾型塩基および/または糖を含む少なくとも1個のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドを包含する。
[0061]用語「核酸」は、ゲノム領域、またはそれから転写されたRNA分子を包含する。いくつかの実施形態において、核酸はmRNAである。
[0062]用語「リンカー」は一般的に、糖、塩基、またはバックボーンを通して共有結合または非共有結合によってオリゴヌクレオチドに付着することができる任意の部分を指す。非共有結合は、非限定的に、静電気的相互作用、疎水性相互作用、πスタッキング相互作用、水素結合、およびそれらの組合せであり得る。そのような非共有結合の非限定的例には、ワトソン・クリック塩基対形成、フーグスティーン塩基対形成、および塩基スタッキングが挙げられる。リンカーは2個以上のヌクレオシドを付着させるために用いることができ、またはオリゴヌクレオチドにおける5’および/もしくは3’末端ヌクレオチドに付着することができる。そのようなリンカーは、非ヌクレオチドリンカーかまたはヌクレオシドリンカーのいずれかであり得る。
[0062]用語「リンカー」は一般的に、糖、塩基、またはバックボーンを通して共有結合または非共有結合によってオリゴヌクレオチドに付着することができる任意の部分を指す。非共有結合は、非限定的に、静電気的相互作用、疎水性相互作用、πスタッキング相互作用、水素結合、およびそれらの組合せであり得る。そのような非共有結合の非限定的例には、ワトソン・クリック塩基対形成、フーグスティーン塩基対形成、および塩基スタッキングが挙げられる。リンカーは2個以上のヌクレオシドを付着させるために用いることができ、またはオリゴヌクレオチドにおける5’および/もしくは3’末端ヌクレオチドに付着することができる。そのようなリンカーは、非ヌクレオチドリンカーかまたはヌクレオシドリンカーのいずれかであり得る。
[0063]用語「非ヌクレオチドリンカー」は一般的に、共有結合または非共有結合によってオリゴヌクレオチドに付着することができる、2個のヌクレオチド間の直接的な連結以外の、化学的部分を指す。好ましくは、そのような非ヌクレオチドリンカーは、長さが約2オングストロームから約200オングストロームまでであり、シスまたはトランス配向のいずれでもよい。
[0064]用語「ヌクレオチド間連結」は一般的に、隣接したヌクレオシド間の、リン原子および荷電または中性の基からなる、糖を通して(例えば、3’−3’、2’−3’、2’−5’、3’−5’、5’−5’)の2個のヌクレオシドを接続するための化学的連結(例えば、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、またはメチルホスホネート)を指す。
[0065]用語「オリゴヌクレオチド」は、複数の連結されるヌクレオシド単位から形成されるポリヌクレオシドを指し、それは、例えば、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、合成もしくは天然のヌクレオチド、ホスホジエステルもしくは修飾型連結、天然塩基もしくは修飾型塩基、天然糖もしくは修飾型糖、またはこれらの要素の組合せを含み得る。ヌクレオシド単位は、ウイルス、細菌、細胞片、またはオリゴヌクレオチドに基づいた組成物(例えば、siRNAおよびマイクロRNA)の一部であり得る。そのようなオリゴヌクレオチドはまた、ゲノムDNAまたはcDNAを含む、既存の核酸源から得ることができるが、好ましくは、合成方法により作製される。ある特定の実施形態において、各ヌクレオシド単位は、複素環式塩基、およびペントフラノシル、トレハロース、アラビノース、2’−デオキシ−2’−置換型ヌクレオシド、2’−デオキシ−2’−置換型アラビノース、2’−O−置換型アラビノース、またはヘキソースの糖基を含む。ヌクレオシド残基は、多数の既知のヌクレオシド間連結のいずれかにより互いに連結することができる。そのようなヌクレオシド間連結には、非限定的に、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、アルキルホスホネート、アルキルホスホノチオエート、ホスホトリエステル、ホスホラミデート、シロキサン、カルボネート、カルボアルコキシ、アセトアミデート、カルバメート、モルホリノ、ボラノ、チオエーテル、架橋ホスホラミデート、架橋メチレンホスホネート、架橋ホスホロチオエート、およびスルホンヌクレオシド間連結が挙げられる。用語「オリゴヌクレオチド」はまた、1個または複数の立体特異的ヌクレオシド間連結(例えば、(Rp)−または(Sp)−ホスホロチオエート、アルキルホスホネート、またはホスホトリエステル連結)を有するポリヌクレオシドを包含する。本明細書に用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」および「ジヌクレオチド」は、連結がリン酸基を含むか含まないかに関わらず、任意のそのようなヌクレオシド間連結を有するポリヌクレオシドおよびジヌクレオシドを含むことを明確に意図される。ある特定の例示的な実施形態において、これらのヌクレオシド間連結は、ホスホロジエステル、ホスホロチオエート、もしくはホスホロジチオエート連結、またはそれらの組合せであり得る。例示的な実施形態において、合成オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間連結により連結されている。ホスホロチオエート連結は、RpエナンチオマーとSpエナンチオマーの混合であり得、またはそれらは、Rp形またはSp形のいずれかでの立体規則性または実質的に立体規則性であり得る(Iyerら(1995)Tetrahedron Asymmetry 6:1051〜1054参照)。ある特定の実施形態において、本発明のアンチセンス組成物内のオリゴヌクレオチドのうちの1つまたは複数は、1個または複数の2’−O,4’−C−メチレン−b−D−リボフラノシル核酸を含有し、そのリボースは、2’炭素と4’炭素の間の結合で修飾されており、それにより、そのリボースが3’末端構造のコンフォメーションに固定される。
[0066]用語「ペプチド」は一般的に、ペプチドがハプテンであるかどうかに関わらず、生物学的応答、例えば、抗体産生またはサイトカイン活性に影響するのに十分な長さおよび組成をもつアミノ酸のオリゴマーまたはポリマーを指す。用語「ペプチド」は、修飾型アミノ酸(天然に存在するかしないかに関わらない)を含み得、そのような修飾には、リン酸化、グリコシル化、ペグ化、脂質化(lipidization)、およびメチル化が挙げられるが、それらに限定されない。
[0067]用語「薬学的に許容される」は、本発明による化合物の有効性、または本発明による化合物の生物学的活性に干渉しない非毒性材料を意味する。
[0068]用語「生理学的に許容される」は、細胞、細胞培養物、組織、または生物体などの生物学的系と適合性である非毒性材料を指す。好ましくは、生物学的系は、哺乳動物、特にヒトなどの生きている生物体である。
[0068]用語「生理学的に許容される」は、細胞、細胞培養物、組織、または生物体などの生物学的系と適合性である非毒性材料を指す。好ましくは、生物学的系は、哺乳動物、特にヒトなどの生きている生物体である。
[0069]用語「予防的有効量」は一般的に、望ましくない生物学的効果の発生を防止し、または低下させるのに十分な量を指す。
[0070]「部分」は、核酸の既定数の連続した(すなわち、連結した)核酸塩基を意味する。ある特定の実施形態において、部分は、標的核酸の限定数の連続した核酸塩基である。ある特定の実施形態において、部分は、アンチセンス化合物の限定数の連続した核酸塩基である。
[0070]「部分」は、核酸の既定数の連続した(すなわち、連結した)核酸塩基を意味する。ある特定の実施形態において、部分は、標的核酸の限定数の連続した核酸塩基である。ある特定の実施形態において、部分は、アンチセンス化合物の限定数の連続した核酸塩基である。
[0071]「一本鎖オリゴヌクレオチド」は、相補鎖とハイブリダイズしていないオリゴヌクレオチドを意味する。
[0072]「特異的にハイブリダイズ可能な」は、所望の効果を誘導するための、アンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の十分な相補性の程度を有し、同時に、特異的結合が望まれる条件下、すなわち、インビボアッセイおよび治療的処置の場合における生理学的条件下で非標的核酸に最小効果を示し、または全く効果を示さない、遺伝子サイレンシング化合物を指す。
[0072]「特異的にハイブリダイズ可能な」は、所望の効果を誘導するための、アンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の十分な相補性の程度を有し、同時に、特異的結合が望まれる条件下、すなわち、インビボアッセイおよび治療的処置の場合における生理学的条件下で非標的核酸に最小効果を示し、または全く効果を示さない、遺伝子サイレンシング化合物を指す。
[0073]「ターゲティング」または「ターゲティングされる」は、標的核酸と特異的にハイブリダイズし、かつ所望の効果を誘導するだろう、遺伝子サイレンシング化合物の設計および選択のプロセスを意味する。
[0074]「標的核酸」、「標的RNA」、「標的mRNA」、および「標的RNA転写物」は全て、遺伝子サイレンシング化合物によりターゲティングされ得る核酸を指す。
[0075]「標的セグメント」は、遺伝子サイレンシング化合物がターゲティングされる標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「5’標的部位」は、標的セグメントの最も5’側のヌクレオチドを指す。「3’標的部位」は、標的セグメントの最も3’側のヌクレオチドを指す。
[0075]「標的セグメント」は、遺伝子サイレンシング化合物がターゲティングされる標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「5’標的部位」は、標的セグメントの最も5’側のヌクレオチドを指す。「3’標的部位」は、標的セグメントの最も3’側のヌクレオチドを指す。
[0076]用語「治療的有効量」または「薬学的有効量」は一般的に、有益な結果などの所望の生物学的効果に影響するのに十分な量を指し、その所望の生物学的効果には、非限定的に、疾患または障害の兆候または症状の防止、減少、改善、または排除が挙げられる。したがって、薬学的組成物または方法の各活性要素の総量は、有意義な患者への利益、例えば、限定されるものではないが、免疫刺激により特徴づけられる慢性状態の治癒を示すのに十分である。したがって、「薬学的有効量」は、それが投与されることになっている状況に依存する。薬学的有効量は、1回または複数回の予防的または治療的投与で投与され得る。単独で投与される個々の活性成分に適用される場合、その用語はその成分のみを指す。併用に適用される場合、その用語は、併用投与が連続的か同時かに関わらず、治療効果を生じる活性成分の組み合わされた量を指す。
[0077]用語「処置」は一般的に、症状の軽減、または疾患進行を遅らせ、もしくは改善することを含み得る、有益な、または所望の結果を得ることを意図されたアプローチを指す。
[0078]用語「遺伝子発現」は一般的に、遺伝子からの情報が、タンパク質であり得る機能性遺伝子産物の合成に用いられるプロセスを指す。その過程は、転写、RNAスプライシング、翻訳、およびタンパク質の翻訳後修飾に関わり得、mRNA、preRNA、リボソームRNA、およびタンパク質合成のための他の鋳型を含み得る。
[0079]ある特定の実施形態において、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害するための方法、化合物、および組成物が提供される。ある特定の実施形態において、その化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、二本鎖もしくは一本鎖siRNA化合物、または遺伝子サイレンシング化合物である。
[0080]本明細書に用いられる場合、本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、5’末端で連結された2つ以上の一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、その化合物は、2つ以上のアクセス可能な3’末端を有する。本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物の一般的な構造は、以下の式Iによって記載され得る:
3’−Nn...N1N2N3N4−5’−X−5’−N8N7N6N5...Nm−3’(式I)
式中、Xは、ヌクレオチドリンカーまたは非ヌクレオチドリンカーであり、各存在におけるN1〜N8は、独立して、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体であり、各存在におけるNmおよびNnは、独立して、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体であり、mおよびnは、独立して、0から約40までの数である。
3’−Nn...N1N2N3N4−5’−X−5’−N8N7N6N5...Nm−3’(式I)
式中、Xは、ヌクレオチドリンカーまたは非ヌクレオチドリンカーであり、各存在におけるN1〜N8は、独立して、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体であり、各存在におけるNmおよびNnは、独立して、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体であり、mおよびnは、独立して、0から約40までの数である。
[0081]オリゴヌクレオチド要素の5’末端における連結は、その他のオリゴヌクレオチド連結から独立しており、直接的に5’、3’、または2’ヒドロキシル基を介して、あるいは間接的に、非ヌクレオチドリンカー、またはヌクレオシドの2’もしくは3’のいずれかのヒドロキシル位置を利用するヌクレオシドを介してであり得る。連結はまた、5’末端ヌクレオチドの官能化された糖または核酸塩基を利用し得る。
[0082]ある特定の実施形態において、ヒトNLRP3核酸にターゲティングされる遺伝子サイレンシング化合物が提供される。ある特定の実施形態において、ヒトNLRP3核酸は、GENBANK受託番号NM_004895.4(本明細書において、配列番号95として組み入れられる)に示された配列である。
[0083]ある特定の実施形態において、マウスNLRP3核酸にターゲティングされる遺伝子サイレンシング化合物が提供される。ある特定の実施形態において、マウスNLRP3核酸は、GENBANK受託番号NM_145827.3(本明細書において、配列番号96として組み入れられる)に示された配列である。
[0084]ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号95の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する12〜30ヌクレオチドからなる、2つのオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を提供する。ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号95の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する15〜25ヌクレオチドからなる、2つのオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態は、配列番号95の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する18〜21ヌクレオチドからなる修飾型オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物の2つのオリゴヌクレオチド、それぞれは、独立して、配列番号95の等しい長さの部分と相補的な少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、または少なくとも19個の連続した核酸塩基を含む。
[0085]ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物の2つのオリゴヌクレオチド、それぞれは、独立して、配列番号95の等しい長さの部分と相補的な少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、または少なくとも23個の連続した核酸塩基を含む。
[0086]ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなる部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を提供する。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号95と少なくとも80%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号95と少なくとも85%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号95と少なくとも90%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号95と少なくとも95%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。
[0087]ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、独立して、それの全長にわたり、配列番号95の核酸塩基配列と少なくとも90%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、独立して、その全長にわたり、配列番号95の核酸塩基配列と少なくとも95%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、その全長にわたり、配列番号95と少なくとも99%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、その全長にわたり、配列番号95の核酸塩基配列と100%相補的である。
[0088]ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する12〜30ヌクレオチドからなる、2つのオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を提供する。ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する15〜25ヌクレオチドからなる、2つのオリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態は、配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する18〜21ヌクレオチドからなる修飾型オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物の2つのオリゴヌクレオチド、それぞれは、独立して、配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、または少なくとも21個の連続した核酸塩基を含む。
[0089]ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物の2つのオリゴヌクレオチド、それぞれは、独立して、配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも11個、少なくとも12個、少なくとも13個、少なくとも14個、少なくとも15個、少なくとも16個、少なくとも17個、少なくとも18個、少なくとも19個、少なくとも20個、少なくとも21個、少なくとも22個、または少なくとも23個の連続した核酸塩基を含む。
[0090]ある特定の実施形態は、それぞれが独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなる部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を提供する。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号96と少なくとも80%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号96と少なくとも85%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号96と少なくとも90%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれが独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基からなり、かつ配列番号96と少なくとも95%相補的である部分を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。
[0091]ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、独立して、その全長にわたり、配列番号96の核酸塩基配列と少なくとも90%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、独立して、その全長にわたり、配列番号96の核酸塩基配列と少なくとも95%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、その全長にわたり、配列番号96と少なくとも99%相補的である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドの核酸塩基配列は、その全長にわたり、配列番号96の核酸塩基配列と100%相補的である。
[0092]ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、独立して、4〜44ヌクレオチド長である。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、独立して、12〜30ヌクレオチド長である。言い換えれば、オリゴヌクレオチドは、12個から30個までの連結された核酸塩基である。他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、独立して、15〜28個、18〜24個、19〜22個、または20個の連結された核酸塩基からなる。ある特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、独立して、長さが8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、または上記の値の任意の2つによって定義される範囲の連結された核酸塩基からなる。
[0093]ある特定のそのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは長さが19個の連結された核酸塩基である。
[0094]ある特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に規定された領域である。例えば、標的領域は、3’UTR、5’UTR、エクソン、イントロン、エクソン/イントロン接合部、コード領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の規定された核酸領域を包含し得る。NLRP3についての構造的に規定された領域は、NCBIなどの配列データベースから受託番号より入手することができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み入れられる。ある特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の1つの標的セグメントの5’標的部位からその同じ標的領域内の別の標的セグメントの3’標的部位までの配列を包含し得る。
[0094]ある特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に規定された領域である。例えば、標的領域は、3’UTR、5’UTR、エクソン、イントロン、エクソン/イントロン接合部、コード領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の規定された核酸領域を包含し得る。NLRP3についての構造的に規定された領域は、NCBIなどの配列データベースから受託番号より入手することができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み入れられる。ある特定の実施形態において、標的領域は、標的領域内の1つの標的セグメントの5’標的部位からその同じ標的領域内の別の標的セグメントの3’標的部位までの配列を包含し得る。
[0095]ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物、またはその塩、および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む組成物を提供する。ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物、またはその塩、および薬学的に許容される担体または希釈剤を含む組成物を提供する。2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物は、同じ標的のmRNAもしくはタンパク質発現を阻害することができ、または異なる標的のmRNAもしくはタンパク質発現を阻害することができる。
[0096]ある特定の実施形態において、本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、ホスホジエステル、ホスホロチオエート、または非ヌクレオシドリンカーを介して、5’−5’末端で連結された2つの同一または異なる配列を含む。同一の配列を含む本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、ワトソン・クリック水素結合相互作用により特異的なmRNAと結合し、mRNAおよびタンパク質発現を阻害することができる。異なる配列を含む本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、1つまたは複数のmRNA標的のうちの2つ以上の異なる領域と結合し、mRNAおよびタンパク質発現を阻害することができる。そのような化合物は、標的mRNAと相補的なヘテロヌクレオチド配列で構成され、ワトソン・クリック水素結合を通して安定な二重鎖構造を形成する。
[0097]遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するようにそれらの5’末端を介して連結される。ある特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、表1に列挙された非ヌクレオチドリンカーのうちの1つまたは複数を通して連結される。ある特定の実施形態において、表1に列挙された単一のリンカーは、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドを連結するために用いられる。ある特定の実施形態において、リンカーは、式HO−(CH2)o−CH(OH)−(CH2)p−OHのグリセロールまたはグリセロール相同体などの小分子リンカーであり、式中、oおよびpは独立して、1から約6まで、1から約4まで、または1から約3までの整数である。いくつかの他の実施形態において、小分子リンカーは、1,3−ジアミノ−2−ヒドロキシプロパンの誘導体である。いくつかのそのような誘導体は、式HO−(CH2)m−C(O)NH−CH2−CH(OH)−CH2−NHC(O)−(CH2)m−OHを有し、式中、mは、0から約10まで、0から約6まで、2から約6まで、または2から約4までの整数である。代表的な非ヌクレオチドリンカーは表1に示されている。
[0098]いくつかの実施形態において、小分子リンカーは、式HO−(CH2)o−CH(OH)−(CH2)p−OHのグリセロールまたはグリセロール相同体であり、式中、oおよびpは独立して、1から約6まで、1から約4まで、または1から約3までの整数である。いくつかの他の実施形態において、小分子リンカーは、1,3−ジアミノ−2−ヒドロキシプロパンの誘導体である。いくつかのそのような誘導体は、式HO−(CH2)m−C(O)NH−CH2−CH(OH)−CH2−NHC(O)−(CH2)m−OHを有し、式中、mは、0から約10まで、0から約6まで、2から約6まで、または2から約4までの整数である。
[0099]ある特定の実施形態において、本発明の遺伝子サイレンシング化合物のうちの2つ以上のオリゴヌクレオチドは、表2に示されているように連結され得る。
[00100]式IIおよび/またはVのある特定の実施形態において、Lはリンカーまたはヌクレオチド連結であり、ドメインAおよび/またはドメインBは、同じ標的RNA配列または異なる標的RNA配列と選択的にハイブリダイズするように設計されているアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
[00101]式II、III、IV、またはVのある特定の実施形態において、Lはリンカーであり、ドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCおよび/またはドメインDは、同じ標的RNA配列または異なる標的RNA配列と選択的にハイブリダイズするように設計されているアンチセンスオリゴヌクレオチドである。例えば、一実施形態において、式IIおよび/または式IIIのドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCは、同じ標的RNA配列と選択的にハイブリダイズするように設計されているアンチセンスオリゴヌクレオチドである。この実施形態において、ドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCは、標的RNA配列上の同じ領域、またはその同じ標的RNA配列の異なる領域とハイブリダイズするように設計することができる。
[00102]本発明のこの態様のさらなる実施形態において、ドメインA、ドメインB、ドメインC、およびドメインDは、独立して、RNAまたはDNAに基づいたオリゴヌクレオチドである。この実施形態のある特定の態様において、そのオリゴヌクレオチドは、混合されたバックボーンオリゴヌクレオチドを含む。
[00103]別の実施形態において、ドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCおよび/またはドメインDのうちの1つまたは複数は、1つの標的RNA配列と選択的にハイブリダイズするように設計されているアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、残りのドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCおよび/またはドメインDのうちの1つまたは複数は、異なる標的RNA配列と選択的にハイブリダイズするように設計されているアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
[00104]別の実施形態において、ドメインAおよび/またはドメインBおよび/またはドメインCおよび/またはドメインDのうちの1つまたは複数は、そのドメインがsiRNA分子を含むように、相補的なRNAに基づいたオリゴヌクレオチドとハイブリダイズする、RNAに基づいたオリゴヌクレオチドである。
[00105]本発明のこれらの遺伝子サイレンシング化合物は、手作業で、または自動シンセサイザーにより行うことができる、ホスホラミデートまたはH−ホスホネート化学などの当技術分野で認識された方法により調製することができる。本発明の合成アンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、mRNAとハイブリダイズするそれらの能力を損なうことなく、いくつかの方法で修飾され得る。そのような修飾には、そのオリゴヌクレオチドの少なくとも1つのヌクレオチド間連結が、アルキルホスホネート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、メチルホスホネート、リン酸エステル、アルキルホスホノチオエート、ホスホラミデート、カルバメート、カルボネート、リン酸ヒドロキシル、アセトアミデート、もしくはカルボキシメチルエステル、またはこれらの組合せであること、および1つのヌクレオチドの5’末端と別のヌクレオチドの3’末端との間の他のヌクレオチド間連結であって、その5’ヌクレオチドホスホジエステル連結が任意の数の化学基に置き換えられている、ヌクレオチド間連結が挙げられ得る。
[00106]本発明の合成アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヌクレオチド間連結の組合せを含み得る。例えば、米国特許第5,149,797号は、メチルホスホネートまたはホスホラミデート隣接領域間に挿入されたホスホロチオエートコア領域を有する伝統的なキメラオリゴヌクレオチドを記載する。追加として、米国特許第5,652,356号は、オリゴヌクレオチドホスホロチオエートのうちの1つまたは複数の領域に隣接した1つまたは複数の非イオン性オリゴヌクレオチド領域(例えば、アルキルホスホネートおよび/またはホスホラミデートおよび/またはホスホトリエステルのヌクレオチド間連結)を含む「逆位」キメラオリゴヌクレオチドを記載する。修飾型ヌクレオチド間連結を有する様々な合成アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標準方法により調製することができる。ある特定の実施形態において、ホスホロチオエート連結は、RpおよびSpエナンチオマーの混合であり得、またはそれらは、Rp形またはSp形のいずれかでの立体規則性または実質的に立体規則性になり得る。
[00107]本発明の遺伝子サイレンシング化合物の他の修飾には、オリゴヌクレオチド分子の内部または末端における修飾が挙げられ、コレステロール、コレステリル、またはアミノ基間に様々な数の炭素残基を有するジアミン化合物などの、ヌクレオシド間リン酸連結の分子への付加、ならびに反対鎖、または関連酵素もしくはゲノムと結合する他のタンパク質を切断し、またはそれらと架橋する、末端リボース、デオキシリボース、およびリン酸の修飾が挙げられる。そのような修飾型オリゴヌクレオチドの例には、2’−O,4’−C−メチレン−b−D−リボフラノシル、またはリボースの代わりにアラビノース、または3’位置と5’位置の両方において、(3’位置において)ヒドロキシル基以外で、かつ(5’位置において)リン酸基以外の化学基に付着している糖を有する3’,5’−置換型オリゴヌクレオチドなどの、修飾型塩基および/または糖を有するオリゴヌクレオチドが挙げられる。
[00108]本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物の糖への修飾の他の例には、リボース部分の2’位置への修飾が挙げられ、それには、1〜6個の飽和もしくは不飽和炭素原子を含有する−O−アルキル基での、または2〜6個の炭素原子を有する−O−アリール基もしくは−O−アリル基での2’−O−置換型が挙げられるが、それらに限定されず、そのような−O−アルキル基、−O−アリール基、または−O−アリル基は、置換されていなくてもよいし、または、例えば、ハロ、ヒドロキシル、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ、アシル、アシルオキシ、アルコキシ、カルボキシ、カルバルコキシル、もしくはアミノ基で置換されていてもよい。これらの置換のいずれも、リボースの場合の天然2’−ヒドロキシル基、またはデオキシリボースの場合の2’H−を有する他の残基の存在を排除することを意図するものではない。
[00109]本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、1個または複数のリボヌクレオチドを含み得る。例えば、米国特許第5,652,355号は、DNAコア領域に隣接する2’−O−置換型リボヌクレオチドの領域を有する伝統的なハイブリッドオリゴヌクレオチドを開示する。米国特許第5,652,356号は、2つのオリゴデオキシリボヌクレオチド領域間にある2’−O−置換型(または2’OH、非置換型)RNA領域を含むオリゴヌクレオチドを含む「逆位」ハイブリッドオリゴヌクレオチド、すなわち「伝統的な」ハイブリッドオリゴヌクレオチドに対して「反転した」構造を開示する。本発明の特に有用なオリゴヌクレオチドの非限定的例は、3’末端、5’末端、または3’末端と5’末端において2’−O−アルキル化リボヌクレオチドを有し、少なくとも4個、およびいくつかの例示的実施形態においては5個の連続したヌクレオチドがそのように修飾されている。2’−O−アルキル化基の非限定的例には、2’−O−メチル、2’−O−エチル、2’−O−プロピル、2’−O−ブチル、および2’−O−メトキシ−エチルが挙げられる。
[00110]本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物は、便利には、実施例1にさらに記載された自動シンセサイザーおよびホスホラミダイトアプローチを用いて合成され得る。いくつかの実施形態において、本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物は、直線的合成アプローチにより合成される。
[00111]合成の代替様式は、合成が中央のリンカー部分から外側へ進む「パラレル合成」である。リンカーを付着した固体支持体が、米国特許第5,912,332号に記載されているように、パラレル合成に用いることができる。あるいは、万能型固体支持体(例えば、リン酸を付着した制御多孔性ガラスなど)を用いることができる。
[00112]本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物のパラレル合成は、直線的合成と比べて以下のいくつかの利点を有する:(1)パラレル合成は、同一の単量体単位の取り込みを可能にする;(2)直線的合成と違って、両方(または全部)の単量体単位が同時に合成され、それにより、合成ステップの数および合成に必要とされる時間が、単量体単位のそれと同じである;ならびに(3)合成ステップの減少が、最終の免疫調節性オリゴリボヌクレオチド産物の純度および収量を向上させる。
[00113]直線的合成かまたはパラレル合成のいずれかのプロトコールによる合成の終了時において、本発明のオリゴヌクレオチドに基づいた化合物は、便利には、修飾型ヌクレオシドが取り込まれている場合には、ホスホラミダイトの供給元により推奨されているように、濃縮アンモニア溶液で脱保護され得る。その生成物であるオリゴヌクレオチドベースの化合物は、好ましくは、逆相HPLC、脱トリチル化、脱塩化、および透析により精製される。
[00114]ある特定の実施形態において、本発明による遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、下記の表3に示されたオリゴヌクレオチドの非限定的リストから選択される。表3に示されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート(PS)連結を有するが、ホスホロジエステル連結を含んでもよい。しかしながら、ホスホジエステルまたは非ホスホジエステル部分に基づいた他の連結が含まれ得ることを当業者は認識しているだろう。
[00115]ヒトNLRP3へ向けられたGSOについての化合物名は、配列番号95に描かれているようなオリゴヌクレオチド標的部位に基づいている。マウスNLRP3へ向けられたGSOについての化合物名は、配列番号96のそれらの標的部位に基づいている。例えば、オリゴ#13の2つのコピーを含むGSO(例えば、3’−CAACCTGACCCGTGACCCT−5’−X−5’−TCCCAGTGCCCAGTCCAAC−3’、式中、Xは非ヌクレオチドリンカーを表す)は、本明細書において、例えば、「943」、または「m943」、または「GSO 934」、「mGSO−934」、または「GSO−m934」、または「NLRP−934」、または「GSO NLRP−934」と呼ばれる。追加として、オリゴ#93およびオリゴ#94などの2つの異なるオリゴヌクレオチドを含むGSO(例えば、3’−AGTCAATCTCCTACAAGGA−5’−X−5’−AGTTCTGTGTTATGGTCAG−3’、式中、Xは非ヌクレオチドリンカーを表す)は、本明細書において、例えば、「4101/4265」、「GSO 4101/4265」、または「NLRP−4101/4265」、または「GSO NLRP−4101/4265」と呼ばれる。
[00116]ある特定の実施形態は、表3に列挙されたオリゴヌクレオチドから独立して選択された2つのオリゴヌクレオチドを含む遺伝子サイレンシング化合物を提供する。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれ独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、もしくは94、またはそれらの組合せの配列を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれ独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、もしくは41、またはそれらの組合せの配列を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物は、それぞれ独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、もしくは94、またはそれらの組合せの配列を含む、2つのオリゴヌクレオチドを含む。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは、同じである。ある特定の実施形態において、遺伝子サイレンシング化合物のオリゴヌクレオチドは異なる。
[00117]ある特定の実施形態において、本発明は、本発明による遺伝子サイレンシング化合物、および1つもしくは複数のワクチン、抗原、抗体、細胞傷害性物質、化学療法剤(伝統的な化学療法と最新の標的療法の両方)、キナーゼ阻害剤、アレルゲン、抗生物質、アゴニスト、アンタゴニスト、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、RNAi分子、siRNA分子、miRNA分子、アプタマー、タンパク質、遺伝子治療ベクター、DNAワクチン、アジュバント、共刺激分子、またはそれらの組合せを含む組成物を提供する。
[00118]ある特定の実施形態において、本発明は、細胞を本発明による遺伝子サイレンシング化合物と接触させるステップを含む、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害するための方法を提供する。ある特定の実施形態において、細胞を、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物と接触させることができる。
[00119]ある特定の実施形態において、本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、NLRP3発現を阻害することが有益である疾患を処置し、および/または防止することに有用である。
[00120]ある特定の実施形態はさらに、動物においてNLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を低下させるために本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物または組成物を動物に投与するステップを含む、動物においてNLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を低下させるための方法を提供する。ある特定の実施形態において、動物はヒトである。ある特定の実施形態において、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現の低下が、疾患を防止し、処置し、改善し、またはその進行を遅らせる。ある特定の実施形態において、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物を投与することができる。
[00121]ある特定の実施形態において、動物においてNLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を低下させるために、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物または組成物を動物に投与するステップを含む、疾患または障害を処置するための方法が提供される。ある特定の実施形態において、動物はヒトである。NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物を投与することができる。
[00122]ある特定の実施形態において、それを必要とする個体におけるNLRP3に関連した疾患、障害、および状態の処置、防止、または改善のための方法、化合物、および組成物が提供される。NLRP3に関連した疾患、障害、および状態の処置、防止、または改善のための薬物の調製のための方法および化合物もまた企図される。ある特定の実施形態において、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物を投与することができる。
[00123]NLRP3関連疾患、障害、および状態には、家族性寒冷自己炎症症候群(FCAS)、マックル・ウェルズ症候群(MWS)、慢性乳児神経皮膚関節(CINCA)症候群、新生児期発症多臓器系炎症性疾患(NOMID)、間質性膀胱炎/膀胱痛症候群(IC/BPS)、多発性硬化症、関節リウマチ、痛風、アルツハイマー病、アレルギーおよび喘息、炎症性腸疾患、アテローム性動脈硬化症、II型糖尿病、ぶどう膜炎、高血圧、乾癬、肥満、慢性閉塞性肺疾患、非アルコール性脂肪性肝炎、粘膜炎、パーキンソン病、石綿症、肝細胞腫、中皮腫、慢性腎臓病、シュニッツラー症候群、蜂巣炎、結膜炎、眼乾燥症候群、壊疽性膿皮症、PAPA症候群(化膿性関節炎、膿皮症、およびざ瘡)、ならびにNLRP3 mRNAまたはタンパク質発現の調節から利益を得るだろう任意の他の疾患、障害、または状態が挙げられるが、それらに限定されない。
[00124]ある特定の実施形態において、NLRP3関連疾患を処置し、防止し、または改善するのに用いられるNLRP3遺伝子サイレンシング化合物が提供される。ある特定の実施形態において、NLRP3遺伝子サイレンシング化合物は、細胞、組織、または動物において、NLRP3 mRNAおよび/またはNLRP3タンパク質の発現を阻害する能力がある。
[00125]ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物を動物に投与するステップを含む方法を提供する。ある特定の実施形態において、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の遺伝子サイレンシング化合物を投与することができる。
[00126]疾患の処置、防止、または改善のための薬物の調製のための方法および遺伝子サイレンシング化合物もまた提供される。
[00127]ある特定の実施形態は、疾患を処置し、改善し、または防止するための薬物の製造における本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物の使用を提供する。
[00127]ある特定の実施形態は、疾患を処置し、改善し、または防止するための薬物の製造における本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物の使用を提供する。
[00128]ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような追加の作用物質または治療との併用療法により、本明細書に記載されているような疾患を処置し、防止し、または改善するのに用いられる、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物を提供する。作用物質または治療は、共投与し、または同時に投与することができる。
[00129]ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような追加の作用物質または治療との併用療法により、本明細書に記載されているような疾患を処置し、防止し、または改善するための薬剤の製造における、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物の使用を提供する。作用物質または治療は、共投与し、または同時に投与することができる。
[00130]ある特定の実施形態は、本明細書に記載されているような追加の作用物質または治療をその後、投与される患者において、本明細書に記載されているような疾患を処置し、防止し、または改善するための薬剤の製造における、本明細書に記載されているような遺伝子サイレンシング化合物の使用を提供する。
[00131]本発明による方法のいずれかにおいて、本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、単独で、および/または本発明による遺伝子サイレンシング化合物の遺伝子発現調節効果を減弱させない、疾患もしくは状態を処置し、もしくは防止するのに有用な任意の他の作用物質と組み合わせて、直接的な遺伝子発現調節効果を生じることにより様々に作用することができる。本発明による方法のいずれかにおいて、疾患または状態を処置し、または防止するのに有用な作用物質は、ワクチン、抗原、抗体、好ましくはモノクローナル抗体、細胞傷害性物質、キナーゼ阻害剤、アレルゲン、抗生物質、siRNA分子、アンチセンスオリゴヌクレオチド、TLRアンタゴニスト(例えば、TLR3および/もしくはTLR7のアンタゴニスト、ならびに/またはTLR8のアンタゴニスト、ならびに/またはTLR9のアンタゴニスト)、化学療法剤(伝統的な化学療法と最新の標的療法の両方)、標的療法剤、活性化細胞、ペプチド、タンパク質、遺伝子治療ベクター、ペプチドワクチン、タンパク質ワクチン、DNAワクチン、アジュバント、および共刺激分子(例えば、サイトカイン、ケモカイン、タンパク質リガンド、トランス活性化因子、ペプチド、または修飾型アミノ酸を含むペプチド)、またはそれらの組合せが挙げられるが、それらに限定されない。あるいは、本発明による遺伝子サイレンシング化合物は、本発明によるオリゴヌクレオチドに基づいた化合物の遺伝子発現調節の特異性または大きさを増強するために、他の化合物(例えば、脂質またはリポソーム)と組み合わせて投与することができる。
[00132]本発明による方法のいずれかにおいて、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、任意の適切な経路によることができ、その経路には、非限定的に、筋肉内、非経口、粘膜、経口、舌下、腫瘍内、経皮、局所的、吸入、髄腔内、鼻腔内、エアロゾル、眼内、気管内、直腸内、膣、遺伝子銃による、皮膚パッチ、または点眼薬もしくはうがい薬の形が挙げられる。本発明による方法のいずれかにおいて、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、眼、膀胱、肝臓、肺、腎臓、または肺などであるが、それらに限定されない組織または器官へ直接的であり得る。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、筋肉内投与による。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、粘膜投与による。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、眼内投与による。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、経口投与による。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、直腸内投与による。ある特定の実施形態において、単独での、または任意の他の作用物質と組み合わせての本発明による遺伝子サイレンシング化合物の投与は、髄腔内投与による。
[00133]本発明による遺伝子サイレンシング化合物の治療用組成物の投与は、有効量を用いる公知の手順を用い、かつ疾患の症状または代替マーカーを低下させるのに効果的な時間の間、行うことができる。例えば、疾患および/または障害を処置するための本発明による遺伝子サイレンシング化合物の有効量は、症状を軽減し、もしくは低下させ、または疾患および/もしくは障害を遅らせ、もしくは改善するのに必要なその量であり得る。遺伝子発現を調節する組成物を投与することに関して、本発明による遺伝子サイレンシング化合物の有効量は、本発明による遺伝子サイレンシング化合物の非存在下での遺伝子発現と比較して、所望の調節を達成するのに十分な量である。任意の特定の適用についての有効量は、処置されることになっている疾患もしくは状態、投与されることになっている特定の化合物、対象のサイズ、または疾患もしくは状態の重症度のような因子に依存して変わり得る。当業者は、過度の実験を必要とすることなく、特定の化合物の有効量を経験的に決定することができる。
[00134]全身投与される場合、その治療用組成物は、好ましくは、約0.0001マイクロモル/Lから約10マイクロモル/Lまでの本発明による遺伝子サイレンシング化合物の血中レベルに達するのに十分な用量で投与される。局所投与について、これよりはるかに低い濃度が有効であり得、かつはるかにより高い濃度が許容され得る。好ましくは、本発明による遺伝子サイレンシング化合物の総用量は、1人の患者あたり1日につき約0.001mgから1kg体重あたり1日につき約200mgまでの範囲である。ある特定の実施形態において、総用量は、毎日、週2回、または毎週、投与される1kg体重あたり0.08mg/kg、0.16mg/kg、0.32mg/kg、0.48mg/kg、0.32mg/kg、0.64mg/kg、1mg/kg、10mg/kg、または30mg/kgであり得る。本発明の治療用組成物のうちの1つまたは複数の治療的有効量を個体へ、単一の処置エピソードとして、同時に、または順次、投与することが望ましくあり得る。
[00135]本発明のこの態様による方法は、遺伝子発現のモデル研究に有用である。その方法はまた、ヒトまたは動物疾患の予防的または治療的処置にも有用である。例えば、その方法は、遺伝子発現阻害の小児科および獣医学的な適用に有用である。
[00136]下記の実施例は、本発明のある特定の好ましい実施形態をさらに例証することを意図され、本発明の範囲を限定することを意図するものではない。
細胞培養条件および試薬:
[00137]細胞溶解バッファー、NLRP3抗体、およびα/β−チューブリン抗体は、Cell Signaling Technology(Danvers、MA)製であった。抗ウサギIgG−西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲートはSanta Cruz Biotechnology,Inc.(Santa Cruz、CA)製であった。Bio−Radタンパク質試薬、Ready Gel、Laemmliサンプルバッファー、およびPVDF膜は、BioRad Laboratories(Hercules、CA)製であり、Western Lightning Plus ChemiluminescenceキットはPerkin Elmer Life Sciences(Waltham、MA)製であった。RNeasyキットおよびTaqman遺伝子発現アッセイおよびPCR試薬は、それぞれ、QiagenおよびThermoFisher Scientificから購入された。HyBlot CLオートラジオグラフィフィルムはDenville Scientific(Metuchen、NJ)から購入された。ヒトおよびマウスIL−18およびIL−1β ELISAキットはR&D Systems(Minneapolis、MN)から購入された。ATPはInvivogen(San Diego、CA)から購入された。全ての他の化学物質および試薬はいずれもSigma(St.Louis、MO)から購入された。
[00137]細胞溶解バッファー、NLRP3抗体、およびα/β−チューブリン抗体は、Cell Signaling Technology(Danvers、MA)製であった。抗ウサギIgG−西洋ワサビペルオキシダーゼ(HRP)コンジュゲートはSanta Cruz Biotechnology,Inc.(Santa Cruz、CA)製であった。Bio−Radタンパク質試薬、Ready Gel、Laemmliサンプルバッファー、およびPVDF膜は、BioRad Laboratories(Hercules、CA)製であり、Western Lightning Plus ChemiluminescenceキットはPerkin Elmer Life Sciences(Waltham、MA)製であった。RNeasyキットおよびTaqman遺伝子発現アッセイおよびPCR試薬は、それぞれ、QiagenおよびThermoFisher Scientificから購入された。HyBlot CLオートラジオグラフィフィルムはDenville Scientific(Metuchen、NJ)から購入された。ヒトおよびマウスIL−18およびIL−1β ELISAキットはR&D Systems(Minneapolis、MN)から購入された。ATPはInvivogen(San Diego、CA)から購入された。全ての他の化学物質および試薬はいずれもSigma(St.Louis、MO)から購入された。
[00138]マウスマクロファージ様細胞、J774A.1(American Type Culture Collection、Rockville、MD)を、10%熱失活合成FBS(Hyclone)および抗生物質(100IU/mLのペニシリンG/ストレプトマイシン)を追加したDulbeccoの改変イーグル培地中で培養した。全ての他の培養試薬は、Mediatech(Gaithersburg、MD)から購入された。
GSO/脂質複合体の調製
[00139]全ての遺伝子サイレンシング実験について、抗生物質を含まない培地を用いた。一次スクリーニングについて、表4に示された例示的なGSOを、5nMおよび25nM最終濃度でトランスフェクトし、一方、用量反応曲線実験について、GSOを、50nMまたは100nMから開始して段階的に希釈した。トランスフェクションについて、適切なGSO濃度を、培養培地(無血清)中かまたはOpti−MEM中のいずれで調製し、使用直前にリポフェクタミンRNAiMax(最終濃度、3μl/ml)と混合し、室温で20分間、インキュベートした。
[00139]全ての遺伝子サイレンシング実験について、抗生物質を含まない培地を用いた。一次スクリーニングについて、表4に示された例示的なGSOを、5nMおよび25nM最終濃度でトランスフェクトし、一方、用量反応曲線実験について、GSOを、50nMまたは100nMから開始して段階的に希釈した。トランスフェクションについて、適切なGSO濃度を、培養培地(無血清)中かまたはOpti−MEM中のいずれで調製し、使用直前にリポフェクタミンRNAiMax(最終濃度、3μl/ml)と混合し、室温で20分間、インキュベートした。
GSOで処置されたJ774、THP−1、またはPBMCにおける遺伝子発現のモニタリング
[00141]遺伝子サイレンシングについて、J774細胞を、12ウェル培養プレートにおいて0.3×106細胞/mlの濃度で一晩、プレーティングした。次の朝、培地を交換し、GSO/脂質複合体を加え、細胞を37℃で24時間、インキュベートした。
[00141]遺伝子サイレンシングについて、J774細胞を、12ウェル培養プレートにおいて0.3×106細胞/mlの濃度で一晩、プレーティングした。次の朝、培地を交換し、GSO/脂質複合体を加え、細胞を37℃で24時間、インキュベートした。
[00142]THP−1(12ウェルプレート中、100万細胞/ml)細胞を、ホルボールミリステートアセテート(PMA、500ng/ml)で3時間、分化させ、洗浄し、RPMI完全培地中に再懸濁し、一晩、インキュベートした。次の日、GSO/脂質複合体を加え、24時間、インキュベートを継続した。
[00143]6ウェル培養プレートにおける新鮮に単離されたヒトPBMC(10×106細胞/ml)を、GSO/脂質と共に24時間、インキュベートした。
[00144]実験の終了時、培地を除去し、ペレット化された細胞を溶解し、QIAshredderキットを用いて、ホモジナイズした。
[00144]実験の終了時、培地を除去し、ペレット化された細胞を溶解し、QIAshredderキットを用いて、ホモジナイズした。
RNA分析
[00145]Qiagen RNeasy Miniキットを用いて、製造元のプロトコールに従い、RNAを単離し、High−Capacity cDNA逆転写キットを用いて逆転写した。StepOnePlus TaqManリアルタイムPCRシステムにおいて、マウス(Mm00840904_ml)またはヒト(Hs00918082_ml)NLRP3に特異的なTaqMan Fast Universal PCR Master Mixおよびプローブ(Applied Biosystems、Carlsbad、CA)を用いて、生成されたcDNAにリアルタイムPCRを実施した。試料における標的mRNAレベルを、内因性対照としてペプチジルプロリルイソメラーゼB、PPIB(マウスおよびヒト、それぞれについて、Mm00478295_mlおよびHs00168719_ml)を用いて標準化した。発現データは、PBS対照と比較した、GSOで処理された試料における、NLRP3の相対量かまたはlog2FC(対照の倍数)のいずれかとして示されている。
[00145]Qiagen RNeasy Miniキットを用いて、製造元のプロトコールに従い、RNAを単離し、High−Capacity cDNA逆転写キットを用いて逆転写した。StepOnePlus TaqManリアルタイムPCRシステムにおいて、マウス(Mm00840904_ml)またはヒト(Hs00918082_ml)NLRP3に特異的なTaqMan Fast Universal PCR Master Mixおよびプローブ(Applied Biosystems、Carlsbad、CA)を用いて、生成されたcDNAにリアルタイムPCRを実施した。試料における標的mRNAレベルを、内因性対照としてペプチジルプロリルイソメラーゼB、PPIB(マウスおよびヒト、それぞれについて、Mm00478295_mlおよびHs00168719_ml)を用いて標準化した。発現データは、PBS対照と比較した、GSOで処理された試料における、NLRP3の相対量かまたはlog2FC(対照の倍数)のいずれかとして示されている。
タンパク質発現のウェスタンブロッティングおよび定量
[00146]タンパク質発現のモニタリングについて、実験の終了時点で、細胞を収集し、プロテアーゼ阻害剤を含有する冷却PBSで洗浄し、その後、プロテアーゼ阻害剤を含む細胞溶解バッファー中に懸濁した。細胞を、氷上で15分間、溶解し、短時間、超音波処理し、14000gで20分間、遠心分離した。上清を新たなバイアルへ移し、さらなる使用まで−70℃で保存した。試料中のタンパク質濃度を、Bio−Radタンパク質アッセイを用いるBradfordの方法により測定した。試料(20〜30μg/レーン)を、10%または4〜15%勾配Tris−HCl Readyゲルを用いたゲル電気泳動に供し、PVDF膜上にウェスタンブロットした。PBS−Tween 20中5%脱脂乳における1時間のブロッキング後、その膜を、適切な一次抗体と共に一晩、インキュベートした。標識されたタンパク質を、HRP連結二次抗体を用いる増強化学ルミネセンス方法により可視化し、Scion画像分析プログラム(Scion Corp.、Fredrick、MD)を用いて定量化した。ウェスタンブロットの再プロービングについて、ブロットをPBS中で洗浄し、ストリッピングバッファー(Thermo Scientific)中、30分間、インキュベートした。その後、それらを、PBST中で、徹底的に洗浄し、上記のプロトコールを用いて、別の一次抗体でプロービングした。
[00146]タンパク質発現のモニタリングについて、実験の終了時点で、細胞を収集し、プロテアーゼ阻害剤を含有する冷却PBSで洗浄し、その後、プロテアーゼ阻害剤を含む細胞溶解バッファー中に懸濁した。細胞を、氷上で15分間、溶解し、短時間、超音波処理し、14000gで20分間、遠心分離した。上清を新たなバイアルへ移し、さらなる使用まで−70℃で保存した。試料中のタンパク質濃度を、Bio−Radタンパク質アッセイを用いるBradfordの方法により測定した。試料(20〜30μg/レーン)を、10%または4〜15%勾配Tris−HCl Readyゲルを用いたゲル電気泳動に供し、PVDF膜上にウェスタンブロットした。PBS−Tween 20中5%脱脂乳における1時間のブロッキング後、その膜を、適切な一次抗体と共に一晩、インキュベートした。標識されたタンパク質を、HRP連結二次抗体を用いる増強化学ルミネセンス方法により可視化し、Scion画像分析プログラム(Scion Corp.、Fredrick、MD)を用いて定量化した。ウェスタンブロットの再プロービングについて、ブロットをPBS中で洗浄し、ストリッピングバッファー(Thermo Scientific)中、30分間、インキュベートした。その後、それらを、PBST中で、徹底的に洗浄し、上記のプロトコールを用いて、別の一次抗体でプロービングした。
機能阻害研究
[00147]細胞のGSOとの24時間のインキュベーション後、培地を交換し、細胞を、リポ多糖(100ng/ml)で4時間、プライミングし、ATP(5mM)で1時間、刺激した。培養上清を、ELISAによりIL−1βおよびIL−18分泌について分析した。細胞溶解物を、NLRP3についてのRNA単離および定量リアルタイムPCR分析のために処理した。
[00147]細胞のGSOとの24時間のインキュベーション後、培地を交換し、細胞を、リポ多糖(100ng/ml)で4時間、プライミングし、ATP(5mM)で1時間、刺激した。培養上清を、ELISAによりIL−1βおよびIL−18分泌について分析した。細胞溶解物を、NLRP3についてのRNA単離および定量リアルタイムPCR分析のために処理した。
間質性膀胱炎の動物モデルにおけるmNLRP3 GSO
1)皮下にGSOで処置された急性CYP−ICモデル
[00148]PBS中に希釈された200mg/kgのシクロホスファミド(Sigma、St.Louis、MO)での腹腔内注射により、週齢7〜9週齢の雌CD1マウス(Charles River Laboratories、Wilmington、MA)の4つの群(n=10)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1時間後、マウスを、異なる用量のNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの皮下注射により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。
1)皮下にGSOで処置された急性CYP−ICモデル
[00148]PBS中に希釈された200mg/kgのシクロホスファミド(Sigma、St.Louis、MO)での腹腔内注射により、週齢7〜9週齢の雌CD1マウス(Charles River Laboratories、Wilmington、MA)の4つの群(n=10)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1時間後、マウスを、異なる用量のNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの皮下注射により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。
[00149]全てのマウスを、疾患誘発後24時間目に、屠殺した。尿試料を収集し、後でのサイトカインアッセイのために−20℃で保存した。膀胱を収集し、重量測定し、組織学的プロセスのために10%中性緩衝ホルマリン中に保存し、または遺伝子発現分析のためにRNALater中に保存した。結果は図11〜図13に示されている。
2)皮下にGSOで処置された慢性CYP−ICモデル
[00150]0日目、1日目、および3日目における150mg/kgのシクロホスファミドでの腹腔内注射により、週齢7〜9週間の雌CD1マウスの2つの群(n=10)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1日後、2日後、および3日後、マウスを、25mg/kgのNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの皮下注射により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。結果は図14に示されている。
[00150]0日目、1日目、および3日目における150mg/kgのシクロホスファミドでの腹腔内注射により、週齢7〜9週間の雌CD1マウスの2つの群(n=10)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1日後、2日後、および3日後、マウスを、25mg/kgのNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの皮下注射により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。結果は図14に示されている。
3)GSOの膀胱内点滴注入で処置された急性CYP−ICモデル
[00151]PBS中に希釈された200mg/kgのシクロホスファミドでの腹腔内注射により、週齢7〜9週間の雌CD1マウスの4つの群(n=5)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1時間後、マウスを、異なる用量のNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの膀胱内(i.b.)点滴注入により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。
[00151]PBS中に希釈された200mg/kgのシクロホスファミドでの腹腔内注射により、週齢7〜9週間の雌CD1マウスの4つの群(n=5)において間質性膀胱炎を誘発した。シクロホスファミド投与の1時間後、マウスを、異なる用量のNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの膀胱内(i.b.)点滴注入により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブCD1マウスを対照として用いた。
[00152]全てのマウスを、疾患誘発後24時間目に、屠殺した。尿試料を収集し、後でのサイトカインアッセイのために−20℃で保存した。膀胱を収集し、重量測定し、組織学のために10%中性緩衝ホルマリン中に保存した。結果は図15AおよびBに示されている。
実験的自己免疫性ぶどう膜炎の動物モデルにおけるmNLRP3 GSO
[00153]実験的自己免疫性ぶどう膜炎を誘発するために、10mg/ml濃度までマイコバクテリウム・ツベルクローシス(Voigt Global Distribution Inc.、Lawrence、KS)を追加した完全フロイントアジュバント(Sigma、St Lois、MO)中1:1体積/体積で乳化した、100μgのIRBP161〜180ペプチド(AnaSpec、San Jose、CA)および1mgウシ眼ホモジネート(InVision BioResources、Seattle、WA)を、週齢6〜7週間の雄B10−RIIIマウス(Jackson Laboratories、Bar Harbor、ME、USA)の尾および2つの大腿部の付け根に注射した。最初の免疫化から4時間後、0.5μgの百日咳毒素(List Biological Laboratories、Campbell、California)をマウスに腹腔内注射した。
[00153]実験的自己免疫性ぶどう膜炎を誘発するために、10mg/ml濃度までマイコバクテリウム・ツベルクローシス(Voigt Global Distribution Inc.、Lawrence、KS)を追加した完全フロイントアジュバント(Sigma、St Lois、MO)中1:1体積/体積で乳化した、100μgのIRBP161〜180ペプチド(AnaSpec、San Jose、CA)および1mgウシ眼ホモジネート(InVision BioResources、Seattle、WA)を、週齢6〜7週間の雄B10−RIIIマウス(Jackson Laboratories、Bar Harbor、ME、USA)の尾および2つの大腿部の付け根に注射した。最初の免疫化から4時間後、0.5μgの百日咳毒素(List Biological Laboratories、Campbell、California)をマウスに腹腔内注射した。
[00154]全てのマウスは、7日目に、不完全フロイントアジュバント(Sigma)中1:1体積/体積で乳化した、100μgのIRBP/1mgウシ眼ホモジネートの追加免疫を受けた。
[00155]8日目、10日目、および13日目において、免疫化されたマウスを、15mg/kgのNLRP GSOまたは媒体としてのPBSの皮下注射により処置した。いかなる処置もない、同じ性別および週齢の5匹のナイーブB10.RIIIマウスを対照として用いた。
[00156]全てのマウスを、14日目に、血液試料を収集した後、屠殺した。各マウスからの左眼を収集し、組織診断法のために10%中性緩衝ホルマリン中に保存し、右眼を、遺伝子発現分析のためにRNALater中に保存した。結果は図16A〜図16Dに示されている。
等価物
[00157]当業者は、単に日常的な実験だけを用いて、本明細書に記載された特定の物質および手順との多数の等価物を認識し、または確認することができるだろう。例えば、オリゴヌクレオチドと重複するアンチセンスオリゴヌクレオチドが用いられ得る。そのような等価物は、この発明の範囲内であるとみなされ、以下の特許請求の範囲によって網羅される。
[00157]当業者は、単に日常的な実験だけを用いて、本明細書に記載された特定の物質および手順との多数の等価物を認識し、または確認することができるだろう。例えば、オリゴヌクレオチドと重複するアンチセンスオリゴヌクレオチドが用いられ得る。そのような等価物は、この発明の範囲内であるとみなされ、以下の特許請求の範囲によって網羅される。
[00158]この発明は、その好ましい実施形態を参照して具体的に示され、かつ記載されているが、添付の特許請求の範囲により包含される本発明の範囲から逸脱することなく、形および詳細の様々な変更がなされ得ることは当業者により理解されているだろう。
Claims (28)
- 2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つの一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む合成オリゴヌクレオチド化合物であって、各オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号95または配列番号96の等しい長さの部分と相補的な少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む核酸塩基配列を有する12〜30ヌクレオチドを含む、前記化合物。
- 前記オリゴヌクレオチドが同じ配列を含む、請求項1に記載の化合物。
- 前記オリゴヌクレオチドが、それぞれ独立して、15〜25ヌクレオチド長である、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、独立して、その全長にわたり、配列番号95の核酸塩基配列と少なくとも90%相補的である、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドの核酸塩基配列が、独立して、その全長にわたり、配列番号96の核酸塩基配列と少なくとも90%相補的である、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含む、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94の少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含み、配列番号95を有するその標的部位と少なくとも80%相補的である、請求項1に記載の化合物。
- 各オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41の少なくとも12個の連続した核酸塩基の部分を含み、配列番号96を有するその標的部位と少なくとも80%相補的である、請求項1に記載の化合物。
- 請求項1に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む組成物。
- 2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つの一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む合成オリゴヌクレオチド化合物であって、前記オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、または94から選択される配列を含む、前記化合物。
- 前記オリゴヌクレオチドが同じ配列を含む、請求項11に記載の化合物。
- 請求項11に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む組成物。
- 2つ以上のアクセス可能な3’末端が存在するように5’末端を介して連結されている2つの一本鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む合成オリゴヌクレオチド化合物であって、前記オリゴヌクレオチドが、独立して、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、または41から選択される配列を含む、前記化合物。
- オリゴヌクレオチドが同じ配列を含む、請求項14に記載の化合物。
- 請求項14に記載の化合物および薬学的に許容される担体を含む組成物。
- 1つもしくは複数のワクチン、抗原、抗体、細胞傷害性物質、化学療法剤、キナーゼ阻害剤、アレルゲン、抗生物質、アゴニスト、アンタゴニスト、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、RNAi分子、siRNA分子、miRNA分子、アプタマー、タンパク質、遺伝子治療ベクター、DNAワクチン、アジュバント、共刺激分子、またはそれらの組合せをさらに含む、請求項10に記載の組成物。
- 1つもしくは複数のワクチン、抗原、抗体、細胞傷害性物質、化学療法剤、キナーゼ阻害剤、アレルゲン、抗生物質、アゴニスト、アンタゴニスト、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、RNAi分子、siRNA分子、miRNA分子、アプタマー、タンパク質、遺伝子治療ベクター、DNAワクチン、アジュバント、共刺激分子、またはそれらの組合せをさらに含む、請求項13に記載の組成物。
- 1つもしくは複数のワクチン、抗原、抗体、細胞傷害性物質、化学療法剤、キナーゼ阻害剤、アレルゲン、抗生物質、アゴニスト、アンタゴニスト、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、RNAi分子、siRNA分子、miRNA分子、アプタマー、タンパク質、遺伝子治療ベクター、DNAワクチン、アジュバント、共刺激分子、またはそれらの組合せをさらに含む、請求項16に記載の組成物。
- 請求項1に記載の少なくとも1つの化合物と細胞を接触させるステップを含む、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害するための方法。
- 細胞を、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の化合物と接触させる、請求項20に記載の方法。
- 請求項11に記載の少なくとも1つの化合物と細胞を接触させるステップを含む、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害するための方法。
- 細胞を、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の化合物と接触させる、請求項22に記載の方法。
- 請求項14に記載の少なくとも1つの化合物と細胞を接触させるステップを含む、NLRP3 mRNAまたはタンパク質発現を阻害するための方法。
- 細胞を、NLRP3の異なる領域をターゲティングする2つ以上の化合物と接触させる、請求項24に記載の方法。
- 請求項1に記載の化合物を投与するステップを含む、それを必要とする個体におけるNLRP3に関連した疾患、障害、または状態の処置のための方法。
- 請求項11に記載の化合物を投与するステップを含む、それを必要とする個体におけるNLRP3に関連した疾患、障害、または状態の処置のための方法。
- 請求項14に記載の化合物を投与するステップを含む、それを必要とする個体におけるNLRP3に関連した疾患、障害、または状態の処置のための方法。
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