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関連出願への相互参照
この出願は、2015年5月12日に出願された国際出願第PCT/US2016/032011号の国内移行であり、2015年5月12日に出願された米国仮出願第62/160,591号(これらは、参考として本明細書に援用される)の優先権の利益を主張する。
この出願は、2015年5月12日に出願された国際出願第PCT/US2016/032011号の国内移行であり、2015年5月12日に出願された米国仮出願第62/160,591号(これらは、参考として本明細書に援用される)の優先権の利益を主張する。
上記方法のうちの一実施形態において、上記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムである。一局面において、上記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、上記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含む。一態様において、前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である。一局面において、前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する。一局面において、前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する。一局面において、前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na2、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na2およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−Na 2は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である。一局面において、前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(w/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である。範囲は、範囲中の全ての整数および小数を含む。
上記方法のうちの一実施形態において、前記緩衝剤は、TRIS緩衝剤である。一局面において、前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する。一局面において、上記TRIS緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で、上記試薬中に存在する。一局面において、上記試薬は、TRIS緩衝剤を含み、塩化マグネシウムである塩化物塩をさらに含み、そして上記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、上記試薬中に存在する。一局面において、前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(w/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である。範囲は、範囲中の全ての整数および小数を含む。
上記試薬のうちの一実施形態において、前記LLSは、約4%(w/v)〜約15%(w/v)の濃度で、または約10%(w/v)の濃度で、または約8%(w/v)の濃度で、または約6%(w/v)の濃度で、または約5%(w/v)の濃度で、前記試薬中に存在する。一局面において、前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウム緩衝剤である。一局面において、前記緩衝剤は、TRIS緩衝剤である。範囲は、範囲中の全ての整数および小数を含む。
一実施形態において、前記試薬は、リン酸ナトリウム緩衝剤を含み、約10%(w/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na2、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na2およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−Na 2は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである。
いくつかの実施形態において、界面活性剤は、ラウリル硫酸リチウム(LLS)、ノニルフェノキシポリエトキシルエタノール(NP 40)、ドデシル硫酸ナトリウム(SDS)、およびTriton−X 100のうちの1種である。いくつかの実施形態において、界面活性剤は、アニオン性界面活性剤である。いくつかの実施形態において、界面活性剤は、LLSまたはSDSである。いくつかの実施形態において、界面活性剤は、約1.5%(v/vまたはw/v)より高い濃度で試薬中に存在する。一部の実施形態において、界面活性剤は、約15.5%(v/vまたはw/v)未満の濃度で試薬中に存在する。一部の実施形態において、界面活性剤は、約2%〜約15%(v/vまたはw/v)の濃度で試薬中に存在する。一部の実施形態において、界面活性剤は、約2%〜約15%(v/vまたはw/v)の濃度で試薬中に存在する。一部の実施形態において、界面活性剤はLLSであり、試薬中のLLSの濃度は、約2%〜約15%(w/v)、約4%〜約10%(w/v)、または約5%〜約8%(w/v)である。一部の実施形態において、界面活性剤はLLSであり、約14mM〜約50mMで試薬中に存在する。範囲は、範囲中の全ての整数および小数を含む。
試薬のいくつかの実施形態において、炭酸水素ナトリウムの濃度は、14mMであり、塩化アンモニウムの濃度は、250mMであり、LLSの濃度は、8%(w/v)であり、EDTAの濃度は、約0.1mM〜約10mMであり、pHは、7.2〜7.6である。試薬のいくつかの実施形態において、緩衝剤は、炭酸水素ナトリウム、リン酸ナトリウムおよびTRISからなる群より選択され、界面活性剤は、約5%〜約10%(v/vまたはw/v)であり、pHは、約6.5〜約8.0であり、塩は、塩化マグネシウム、塩化アンモニウム、および塩化カリウムからなる群より選択される。試薬のいくつかの実施形態において、緩衝剤は、リン酸ナトリウムおよびTRISからなる群より選択され、塩は、塩化マグネシウムおよび塩化アンモニウムからなる群より選択される。この実施形態のうちのいくつかの局面において、抗凝固薬の濃度は、約0mM〜約1mMである。この実施形態のうちのいくつかのさらなる局面において、界面活性剤は、約6%〜約10%(w/v)の濃度のLLSである。この実施形態のうちのいくつかのさらなる局面において、緩衝剤は、約90mM〜約110mMの濃度でのTRISであり、試薬のpHは、約7.2〜約7.5である。この実施形態のうちのいくつかのさらなる局面において、抗凝固薬は、約0.1mM〜約5mMの濃度にあり、そしてEGTA、EDTA、EDTA−Na2またはこれらの組み合わせである。
本発明は、理解を明瞭にする目的で詳細に記載されてきたが、ある種の改変が、添付の請求項の範囲内で実施され得る。本出願において引用されるアクセッション番号、ウェブサイトなどを含む全ての刊行物、および特許文書は、引用により各々が個々に援用されると示されているのと同程度まで、全ての目的のためにそれらの全体において参考として援用される。配列、ウェブサイトまたは他の参考文献の種々のバージョンが、種々の時間で存在し得る程度まで、有効な出願日での上記参考文献と関連するバージョンが意味を持つ。有効な出願日は、発行時のアクセッション番号が開示される最も早い優先日を意味する。文脈から別段明らかでなければ、本発明の任意の要素、実施形態、工程、特徴または局面が、任意の他のものと組み合わせて実施され得る。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
病原体の存在に関して、血球を含むサンプルアリコートを試験する方法であって、前記方法は、
(a)複数のサンプルの各々からサンプルアリコートを提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記複数のサンプルアリコートのうちのサンプルアリコートの各々と、溶解試薬とを別個に接触させる工程であって、それによって、第1のおよび第2のサンプルアリコートの各々の中の前記血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)工程(b)の前記溶解したサンプルアリコートをプールして、プールした溶解物を形成する工程;
(d)前記プールした溶解物を病原体の存在に関して試験する工程であって、それによって、前記プールした溶解物中の前記病原体の存在の同定が、前記サンプルアリコートのうちの少なくとも1つにおける前記病原体の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
(項目2)
前記溶解試薬は、(i)緩衝剤;(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS);および(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの一方または両方を含み、そして前記試薬は、5.5より高いpHを有する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目3または項目4に記載の方法。
(項目6)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目2〜5のいずれか1項に記載の方法。
(項目7)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目2に記載の方法。
(項目8)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目2に記載の方法。
(項目9)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目2または項目8に記載の方法。
(項目10)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目2〜6および8〜9のいずれか1項に記載の方法。
(項目12)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目2に記載の方法。
(項目13)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積全体がプールされる、項目1に記載の方法。
(項目14)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積のうちの25%までがプールされる、項目1に記載の方法。
(項目15)
前記複数のサンプルアリコートは、少なくとも2個のサンプルアリコートである、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目16)
前記複数のサンプルアリコートは、4個のサンプルアリコートから200個のサンプルアリコートまでである、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目17)
前記複数のサンプルアリコートは、20個までのサンプルアリコートである、項目16に記載の方法。
(項目18)
前記複数のサンプルアリコートは、16個までのサンプルアリコートである、項目16に記載の方法。
(項目19)
前記試験する工程(d)において、病原体が前記プールした溶解物に存在することが決定される場合、前記方法は、前記サンプルアリコートを個々に試験して、前記サンプルのうちのどれが前記病原体に感染しているのかを同定する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目20)
前記サンプルアリコートの各々は、全血である、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目21)
前記全血は、ヒト全血、非ヒト全血、またはこれらの混合物である、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記サンプルアリコートは、赤血球を含む、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目23)
前記サンプルアリコートは、白血球を含む、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目24)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で、前記溶解試薬と接触される、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目25)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目24に記載の方法。
(項目28)
前記試験する工程(d)は、前記試薬によって前記血球から放出される病原体由来の標的の存在に関して試験する、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目29)
前記病原体由来の標的は、核酸標的である、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目28または29に記載の方法。
(項目31)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記病原体由来の標的は、RNA標的である、項目29〜31のいずれか1項に記載の方法。
(項目33)
前記病原体は、Babesia microtiである、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目32または33に記載の方法。
(項目35)
前記RNA標的は、18SリボソームRNA標的である、項目32または33に記載の方法。
(項目36)
前記RNA標的は、Plasmodium属の病原体に由来する、項目32に記載の方法。
(項目37)
前記RNA標的は、細菌のAnaplasma属に由来する、項目32に記載の方法。
(項目38)
前記試験する工程(d)は、プールした溶解物と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程であって、前記捕捉プローブは、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有する工程を包含し、ここで前記核酸標的は、前記捕捉プローブに結合し、そしてここで前記結合した捕捉プローブは、前記固定化プローブに結合する、項目29〜37のいずれか1項に記載の方法。
(項目39)
前記固定化プローブは、固体支持体に付着される、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記核酸標的の転写媒介性増幅を行う工程および得られた増幅生成物を検出プローブで検出する工程をさらに包含する、項目29〜39のいずれか1項に記載の方法。
(項目41)
前記試験する工程(d)は、核酸増幅および検出反応を行って、前記プールした溶解物中の病原体由来の標的を検出する工程を包含する、項目1に記載の方法。
(項目42)
前記方法は、遠心分離工程なしで行われる、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目43)
サンプルアリコート中の標的を検出するための方法であって、前記方法は、
(a)サンプルアリコートを、複数の全血サンプルの各々から提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記サンプルアリコートの各々に対して溶解する反応を別個に行う工程であって、ここで前記溶解する工程は、前記サンプルアリコートの各々と以下:
(i)緩衝剤、
(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および
(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの少なくとも1つ;
を含む溶解試薬とを接触させる工程を包含し、
ここで前記試薬は、5.5より高いpHを有し、それによって、前記サンプルアリコートの各々における血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)前記溶解したサンプルアリコートを、単一のプールしたサンプルへと合わせて、プールした溶解物を形成する工程;
(d)前記プールした溶解物から標的を分離する工程;ならびに
(e)工程(d)からの前記分離した標的を検出するために反応を行う工程であって、ここで前記プールした溶解物中の前記標的の存在の検出は、工程(a)において提供された前記サンプルアリコートのうちの少なくとも1つの中に前記標的が存在することを示す、工程
を包含する、方法。
(項目44)
前記標的が工程(e)において検出される場合、別個の前記全血サンプルを個々に試験して、前記全血サンプルのうちのどれが前記標的を含むのかを同定する工程をさらに包含する、項目43に記載の方法。
(項目45)
試験されかつ前記標的を含まないことが決定された別個の前記全血サンプルは、血液バンクサンプルとして貯蔵される、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記標的は、核酸標的であり、そして前記プールした溶解物は、核酸増幅反応および検出反応を使用して、前記核酸標的の存在または非存在に関して試験される、項目43に記載の方法。
(項目47)
前記増幅反応は、等温増幅反応である、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記増幅反応は、転写媒介性増幅反応を行って、増幅生成物を生成する工程を包含し、そして前記検出反応は、前記増幅生成物を検出プローブで検出する工程を包含する、項目46に記載の方法。
(項目49)
前記増幅反応および前記検出反応は、同時に行われる、項目46〜48のいずれか1項に記載の方法。
(項目50)
前記増幅反応および前記検出反応は、自動化デバイスで行われる、項目46〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目51)
工程(d)は、自動化デバイスで行われる、項目50に記載の方法。
(項目52)
工程(b)〜(e)は、自動化デバイスで行われる、項目43〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目53)
工程(b)において、前記溶解する反応は、少なくとも16個のサンプルアリコートに対して行われる、項目43に記載の方法。
(項目54)
工程(b)において、前記溶解する反応は、少なくとも20個のサンプルアリコートに対して行われる、項目43に記載の方法。
(項目55)
工程(b)において、前記溶解する反応は、200個までのサンプルアリコートに対して行われる、項目43〜54のいずれか1項に記載の方法。
(項目56)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目43に記載の方法。
(項目57)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目56または項目57に記載の方法。
(項目59)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目43〜58のいずれか1項に記載の方法。
(項目60)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目43に記載の方法。
(項目61)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目43に記載の方法。
(項目62)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目43または項目61に記載の方法。
(項目63)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目62に記載の方法。
(項目64)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目43〜59および61〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目65)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目43に記載の方法。
(項目66)
前記全血サンプルは、各ヒト全血サンプル、各非ヒト全血サンプル、またはヒト全血サンプルおよび非ヒト全血サンプルの組み合わせである、項目43〜65のいずれか1項に記載の方法。
(項目67)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で前記溶解試薬と接触される、項目43〜66のいずれか1項に記載の方法。
(項目68)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目67に記載の方法。
(項目69)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目67に記載の方法。
(項目70)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目67に記載の方法。
(項目71)
前記標的は、赤血球から放出される、項目43〜70のいずれか1項に記載の方法。
(項目72)
前記標的は、病原体由来の標的である、項目43〜71のいずれか1項に記載の方法。
(項目73)
前記標的は、RNA標的である、項目43〜72のいずれか1項に記載の方法。
(項目74)
前記病原体由来の標的は、Babesia属の病原体に由来するRNA標的である、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目73または74に記載の方法、
(項目76)
前記RNA標的は、18SリボソームRNA標的である、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記RNA標的は、Babesia microti種の病原体に由来する、項目74〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記病原体由来の標的は、Plasmodium属の病原体に由来するRNA標的である、項目72に記載の方法。
(項目79)
前記病原体由来の標的は、細菌のAnaplasma属に由来する核酸標的である、項目72に記載の方法。
(項目80)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目72に記載の方法。
(項目81)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記血球のうちの少なくとも50%は、前記サンプルアリコートと前記溶解試薬とを接触させた後に、5分間もしくは5分未満で溶解される、項目43に記載の方法。
(項目83)
前記標的が核酸標的であり、前記分離する工程(d)は、プールした溶解物と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程であって、前記捕捉プローブは、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有する工程を包含し、ここで前記核酸標的は、前記捕捉プローブに結合し、そしてここで前記結合した捕捉プローブは、前記固定化プローブに結合する、項目43〜82のいずれかに記載の方法。
(項目84)
前記固定化プローブは、固体支持体に付着される、項目83に記載の方法。
(項目85)
前記方法は、遠心分離工程なしで行われる、項目43〜84のいずれか1項に記載の方法。
(項目86)
前記溶解したサンプルアリコートの容積全体が合わされる、項目43〜85のいずれか1項に記載の方法。
(項目87)
前記溶解したサンプルアリコートの容積のうちの25%または25%未満が合わされる、項目43〜85のいずれか1項に記載の方法。
(項目88)
複数のサンプルアリコートから標的を分離する方法であって、前記方法は、
(a)サンプルアリコートを、複数の全血サンプルの各々から提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記サンプルアリコートの各々に対して溶解する反応を別個に行う工程であって、ここで前記溶解する工程は、前記サンプルアリコートの各々と以下:
(i)緩衝剤、
(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および
(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの少なくとも1つ;
を含む溶解試薬とを接触させる工程を包含し、
ここで前記試薬は、5.5より高いpHを有し、それによって、前記サンプルアリコートの各々における血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)前記溶解したサンプルアリコートを、単一のプールしたサンプルへと合わせて、プールした溶解物を形成する工程;ならびに
(d)前記プールした溶解物から標的を分離する工程;
を包含する、方法。
(項目89)
前記プールした溶解物と、前記標的を固定化するように構成された固体支持体とを接触させる工程;および前記固定化された標的を前記プールした溶解物から分離する工程をさらに包含する、項目88に記載の方法。
(項目90)
前記標的は、核酸標的であり、そして前記固体支持体は、付着された固定化プローブを含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
前記プールした溶解物と、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的異な第2のセグメントを含む捕捉プローブとを接触させる工程をさらに包含する、項目90に記載の方法。
(項目92)
前記捕捉プローブの第1のセグメントと前記核酸標的との間でのハイブリダイゼーション複合体の形成に都合の良いハイブリダイゼーション条件を提供する工程をさらに包含する、項目91に記載の方法。
(項目93)
前記捕捉プローブの第2のセグメントと前記固体支持体に付着した前記固定化プローブとの間でのハイブリダイゼーション複合体の形成に都合の良いハイブリダイゼーション条件を提供する工程をさらに包含する、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記固体支持体は、磁性ビーズ固体支持体である、項目89〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目95)
前記固体支持体は、シリカ固体支持体である、項目89〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目96)
前記シリカ固体支持体は、ガラスウールである、項目95に記載の方法。
(項目97)
前記シリカ固体支持体は、ビーズである、項目95に記載の方法。
(項目98)
前記固体支持体は、カラム内に収容される、項目89〜97のいずれか1項に記載の方法。
(項目99)
前記標的は、病原体由来の標的である、項目88〜98のいずれか1項に記載の方法。
(項目100)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目100に記載の方法。
(項目102)
前記標的は、RNA標的である、項目88〜101のいずれか1項に記載の方法。
(項目103)
前記寄生生物は、Babesia属に由来し、そして前記標的は、リボソームRNA標的である、項目101に記載の方法。
(項目104)
前記寄生生物は、Babesia microtiである、項目103に記載の方法。
(項目105)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目104に記載の方法。
(項目106)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目107)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目106に記載の方法。
(項目108)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目106または項目107に記載の方法。
(項目109)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目106〜108のいずれか1項に記載の方法。
(項目110)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目88〜106のいずれか1項に記載の方法。
(項目111)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目112)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目88〜106および111のいずれか1項に記載の方法。
(項目113)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目88〜109および111〜112のいずれか1項に記載の方法。
(項目115)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積全体がプールされる、項目88〜115のいずれか1項に記載の方法。
(項目117)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積のうちの25%までがプールされる、項目88〜115のいずれか1項に記載の方法。
(項目118)
前記複数のサンプルアリコートは、少なくとも2個のサンプルアリコートである、項目88〜117のいずれか1項に記載の方法。
(項目119)
前記複数のサンプルアリコートは、4個のサンプルアリコートから200個のサンプルアリコートまでである、項目88〜118のいずれか1項に記載の方法。
(項目120)
前記複数のサンプルアリコートは、20個までのサンプルアリコートである、項目119に記載の方法。
(項目121)
前記複数のサンプルアリコートは、16個までのサンプルアリコートである、項目119に記載の方法。
(項目122)
前記全血サンプルは、各ヒト全血サンプル、各非ヒト全血サンプル、またはヒト全血サンプルおよび非ヒト全血サンプルの組み合わせである、項目88〜121のいずれか1項に記載の方法。
(項目123)
前記サンプルアリコートは、赤血球を含む、項目88〜122のいずれか1項に記載の方法。
(項目124)
前記サンプルアリコートは、白血球を含む、項目88〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で前記溶解試薬と接触される、項目88〜124のいずれか1項に記載の方法。
(項目126)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目125に記載の方法。
(項目127)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目125に記載の方法。
(項目128)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目125に記載の方法。
(項目129)
標的分析の反応を行うための方法であって、前記方法は、
(a)項目83〜128のいずれか1項に記載の方法に従って、標的を全血サンプルから分離する工程;および
(b)前記分離した標的の分析の反応を行って、標的の特徴を決定する工程、
を包含する、方法。
(項目130)
前記標的の特徴は、前記標的が病原体由来の標的であることを決定することである、項目129に記載の方法。
(項目131)
前記標的は、核酸標的である、項目129または項目130に記載の方法。
(項目132)
前記分析の反応は、核酸分析の反応である、項目129〜131のいずれか1項に記載の方法。
(項目133)
前記核酸分析の反応は、核酸増幅、等温増幅、ポリメラーゼ連鎖反応、配列決定、リアルタイム核酸増幅、核酸ハイブリダイゼーション、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、項目132に記載の方法。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
病原体の存在に関して、血球を含むサンプルアリコートを試験する方法であって、前記方法は、
(a)複数のサンプルの各々からサンプルアリコートを提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記複数のサンプルアリコートのうちのサンプルアリコートの各々と、溶解試薬とを別個に接触させる工程であって、それによって、第1のおよび第2のサンプルアリコートの各々の中の前記血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)工程(b)の前記溶解したサンプルアリコートをプールして、プールした溶解物を形成する工程;
(d)前記プールした溶解物を病原体の存在に関して試験する工程であって、それによって、前記プールした溶解物中の前記病原体の存在の同定が、前記サンプルアリコートのうちの少なくとも1つにおける前記病原体の存在を示す、工程、
を包含する、方法。
(項目2)
前記溶解試薬は、(i)緩衝剤;(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS);および(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの一方または両方を含み、そして前記試薬は、5.5より高いpHを有する、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目3または項目4に記載の方法。
(項目6)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目2〜5のいずれか1項に記載の方法。
(項目7)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目2に記載の方法。
(項目8)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目2に記載の方法。
(項目9)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目2または項目8に記載の方法。
(項目10)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目2〜6および8〜9のいずれか1項に記載の方法。
(項目12)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目2に記載の方法。
(項目13)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積全体がプールされる、項目1に記載の方法。
(項目14)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積のうちの25%までがプールされる、項目1に記載の方法。
(項目15)
前記複数のサンプルアリコートは、少なくとも2個のサンプルアリコートである、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目16)
前記複数のサンプルアリコートは、4個のサンプルアリコートから200個のサンプルアリコートまでである、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目17)
前記複数のサンプルアリコートは、20個までのサンプルアリコートである、項目16に記載の方法。
(項目18)
前記複数のサンプルアリコートは、16個までのサンプルアリコートである、項目16に記載の方法。
(項目19)
前記試験する工程(d)において、病原体が前記プールした溶解物に存在することが決定される場合、前記方法は、前記サンプルアリコートを個々に試験して、前記サンプルのうちのどれが前記病原体に感染しているのかを同定する工程をさらに包含する、項目1に記載の方法。
(項目20)
前記サンプルアリコートの各々は、全血である、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目21)
前記全血は、ヒト全血、非ヒト全血、またはこれらの混合物である、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記サンプルアリコートは、赤血球を含む、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目23)
前記サンプルアリコートは、白血球を含む、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目24)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で、前記溶解試薬と接触される、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目25)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目24に記載の方法。
(項目26)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目24に記載の方法。
(項目27)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目24に記載の方法。
(項目28)
前記試験する工程(d)は、前記試薬によって前記血球から放出される病原体由来の標的の存在に関して試験する、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目29)
前記病原体由来の標的は、核酸標的である、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目28または29に記載の方法。
(項目31)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目30に記載の方法。
(項目32)
前記病原体由来の標的は、RNA標的である、項目29〜31のいずれか1項に記載の方法。
(項目33)
前記病原体は、Babesia microtiである、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目32または33に記載の方法。
(項目35)
前記RNA標的は、18SリボソームRNA標的である、項目32または33に記載の方法。
(項目36)
前記RNA標的は、Plasmodium属の病原体に由来する、項目32に記載の方法。
(項目37)
前記RNA標的は、細菌のAnaplasma属に由来する、項目32に記載の方法。
(項目38)
前記試験する工程(d)は、プールした溶解物と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程であって、前記捕捉プローブは、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有する工程を包含し、ここで前記核酸標的は、前記捕捉プローブに結合し、そしてここで前記結合した捕捉プローブは、前記固定化プローブに結合する、項目29〜37のいずれか1項に記載の方法。
(項目39)
前記固定化プローブは、固体支持体に付着される、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記核酸標的の転写媒介性増幅を行う工程および得られた増幅生成物を検出プローブで検出する工程をさらに包含する、項目29〜39のいずれか1項に記載の方法。
(項目41)
前記試験する工程(d)は、核酸増幅および検出反応を行って、前記プールした溶解物中の病原体由来の標的を検出する工程を包含する、項目1に記載の方法。
(項目42)
前記方法は、遠心分離工程なしで行われる、前出の項目のいずれか1項に記載の方法。
(項目43)
サンプルアリコート中の標的を検出するための方法であって、前記方法は、
(a)サンプルアリコートを、複数の全血サンプルの各々から提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記サンプルアリコートの各々に対して溶解する反応を別個に行う工程であって、ここで前記溶解する工程は、前記サンプルアリコートの各々と以下:
(i)緩衝剤、
(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および
(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの少なくとも1つ;
を含む溶解試薬とを接触させる工程を包含し、
ここで前記試薬は、5.5より高いpHを有し、それによって、前記サンプルアリコートの各々における血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)前記溶解したサンプルアリコートを、単一のプールしたサンプルへと合わせて、プールした溶解物を形成する工程;
(d)前記プールした溶解物から標的を分離する工程;ならびに
(e)工程(d)からの前記分離した標的を検出するために反応を行う工程であって、ここで前記プールした溶解物中の前記標的の存在の検出は、工程(a)において提供された前記サンプルアリコートのうちの少なくとも1つの中に前記標的が存在することを示す、工程
を包含する、方法。
(項目44)
前記標的が工程(e)において検出される場合、別個の前記全血サンプルを個々に試験して、前記全血サンプルのうちのどれが前記標的を含むのかを同定する工程をさらに包含する、項目43に記載の方法。
(項目45)
試験されかつ前記標的を含まないことが決定された別個の前記全血サンプルは、血液バンクサンプルとして貯蔵される、項目44に記載の方法。
(項目46)
前記標的は、核酸標的であり、そして前記プールした溶解物は、核酸増幅反応および検出反応を使用して、前記核酸標的の存在または非存在に関して試験される、項目43に記載の方法。
(項目47)
前記増幅反応は、等温増幅反応である、項目46に記載の方法。
(項目48)
前記増幅反応は、転写媒介性増幅反応を行って、増幅生成物を生成する工程を包含し、そして前記検出反応は、前記増幅生成物を検出プローブで検出する工程を包含する、項目46に記載の方法。
(項目49)
前記増幅反応および前記検出反応は、同時に行われる、項目46〜48のいずれか1項に記載の方法。
(項目50)
前記増幅反応および前記検出反応は、自動化デバイスで行われる、項目46〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目51)
工程(d)は、自動化デバイスで行われる、項目50に記載の方法。
(項目52)
工程(b)〜(e)は、自動化デバイスで行われる、項目43〜49のいずれか1項に記載の方法。
(項目53)
工程(b)において、前記溶解する反応は、少なくとも16個のサンプルアリコートに対して行われる、項目43に記載の方法。
(項目54)
工程(b)において、前記溶解する反応は、少なくとも20個のサンプルアリコートに対して行われる、項目43に記載の方法。
(項目55)
工程(b)において、前記溶解する反応は、200個までのサンプルアリコートに対して行われる、項目43〜54のいずれか1項に記載の方法。
(項目56)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目43に記載の方法。
(項目57)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目56に記載の方法。
(項目58)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目56または項目57に記載の方法。
(項目59)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目43〜58のいずれか1項に記載の方法。
(項目60)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目43に記載の方法。
(項目61)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目43に記載の方法。
(項目62)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目43または項目61に記載の方法。
(項目63)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目62に記載の方法。
(項目64)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目43〜59および61〜62のいずれか1項に記載の方法。
(項目65)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目43に記載の方法。
(項目66)
前記全血サンプルは、各ヒト全血サンプル、各非ヒト全血サンプル、またはヒト全血サンプルおよび非ヒト全血サンプルの組み合わせである、項目43〜65のいずれか1項に記載の方法。
(項目67)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で前記溶解試薬と接触される、項目43〜66のいずれか1項に記載の方法。
(項目68)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目67に記載の方法。
(項目69)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目67に記載の方法。
(項目70)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目67に記載の方法。
(項目71)
前記標的は、赤血球から放出される、項目43〜70のいずれか1項に記載の方法。
(項目72)
前記標的は、病原体由来の標的である、項目43〜71のいずれか1項に記載の方法。
(項目73)
前記標的は、RNA標的である、項目43〜72のいずれか1項に記載の方法。
(項目74)
前記病原体由来の標的は、Babesia属の病原体に由来するRNA標的である、項目72に記載の方法。
(項目75)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目73または74に記載の方法、
(項目76)
前記RNA標的は、18SリボソームRNA標的である、項目75に記載の方法。
(項目77)
前記RNA標的は、Babesia microti種の病原体に由来する、項目74〜76のいずれか1項に記載の方法。
(項目78)
前記病原体由来の標的は、Plasmodium属の病原体に由来するRNA標的である、項目72に記載の方法。
(項目79)
前記病原体由来の標的は、細菌のAnaplasma属に由来する核酸標的である、項目72に記載の方法。
(項目80)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目72に記載の方法。
(項目81)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目80に記載の方法。
(項目82)
前記血球のうちの少なくとも50%は、前記サンプルアリコートと前記溶解試薬とを接触させた後に、5分間もしくは5分未満で溶解される、項目43に記載の方法。
(項目83)
前記標的が核酸標的であり、前記分離する工程(d)は、プールした溶解物と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程であって、前記捕捉プローブは、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有する工程を包含し、ここで前記核酸標的は、前記捕捉プローブに結合し、そしてここで前記結合した捕捉プローブは、前記固定化プローブに結合する、項目43〜82のいずれかに記載の方法。
(項目84)
前記固定化プローブは、固体支持体に付着される、項目83に記載の方法。
(項目85)
前記方法は、遠心分離工程なしで行われる、項目43〜84のいずれか1項に記載の方法。
(項目86)
前記溶解したサンプルアリコートの容積全体が合わされる、項目43〜85のいずれか1項に記載の方法。
(項目87)
前記溶解したサンプルアリコートの容積のうちの25%または25%未満が合わされる、項目43〜85のいずれか1項に記載の方法。
(項目88)
複数のサンプルアリコートから標的を分離する方法であって、前記方法は、
(a)サンプルアリコートを、複数の全血サンプルの各々から提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記サンプルアリコートの各々に対して溶解する反応を別個に行う工程であって、ここで前記溶解する工程は、前記サンプルアリコートの各々と以下:
(i)緩衝剤、
(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および
(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na 2 、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの少なくとも1つ;
を含む溶解試薬とを接触させる工程を包含し、
ここで前記試薬は、5.5より高いpHを有し、それによって、前記サンプルアリコートの各々における血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)前記溶解したサンプルアリコートを、単一のプールしたサンプルへと合わせて、プールした溶解物を形成する工程;ならびに
(d)前記プールした溶解物から標的を分離する工程;
を包含する、方法。
(項目89)
前記プールした溶解物と、前記標的を固定化するように構成された固体支持体とを接触させる工程;および前記固定化された標的を前記プールした溶解物から分離する工程をさらに包含する、項目88に記載の方法。
(項目90)
前記標的は、核酸標的であり、そして前記固体支持体は、付着された固定化プローブを含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
前記プールした溶解物と、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的異な第2のセグメントを含む捕捉プローブとを接触させる工程をさらに包含する、項目90に記載の方法。
(項目92)
前記捕捉プローブの第1のセグメントと前記核酸標的との間でのハイブリダイゼーション複合体の形成に都合の良いハイブリダイゼーション条件を提供する工程をさらに包含する、項目91に記載の方法。
(項目93)
前記捕捉プローブの第2のセグメントと前記固体支持体に付着した前記固定化プローブとの間でのハイブリダイゼーション複合体の形成に都合の良いハイブリダイゼーション条件を提供する工程をさらに包含する、項目92に記載の方法。
(項目94)
前記固体支持体は、磁性ビーズ固体支持体である、項目89〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目95)
前記固体支持体は、シリカ固体支持体である、項目89〜93のいずれか1項に記載の方法。
(項目96)
前記シリカ固体支持体は、ガラスウールである、項目95に記載の方法。
(項目97)
前記シリカ固体支持体は、ビーズである、項目95に記載の方法。
(項目98)
前記固体支持体は、カラム内に収容される、項目89〜97のいずれか1項に記載の方法。
(項目99)
前記標的は、病原体由来の標的である、項目88〜98のいずれか1項に記載の方法。
(項目100)
前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、項目99に記載の方法。
(項目101)
前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、項目100に記載の方法。
(項目102)
前記標的は、RNA標的である、項目88〜101のいずれか1項に記載の方法。
(項目103)
前記寄生生物は、Babesia属に由来し、そして前記標的は、リボソームRNA標的である、項目101に記載の方法。
(項目104)
前記寄生生物は、Babesia microtiである、項目103に記載の方法。
(項目105)
前記RNA標的は、リボソームRNA標的である、項目104に記載の方法。
(項目106)
前記緩衝剤は、炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目107)
前記塩化アンモニウムは、約100mM〜約500mMの濃度で、または約250mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目106に記載の方法。
(項目108)
前記炭酸水素ナトリウムは、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目106または項目107に記載の方法。
(項目109)
前記試薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTAを含むか、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである抗凝固薬である、項目106〜108のいずれか1項に記載の方法。
(項目110)
前記溶解試薬は、(i)約14mM 炭酸水素ナトリウム、(ii)約5%(v/v) LLS、(iii)塩化物含有塩および抗凝固薬を含み、ここで前記塩化物含有塩は、塩化アンモニウムであり、前記塩化アンモニウムは、約250mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記抗凝固薬は、EDTAであり、前記EDTAは、約0.1mM〜約10mMの濃度で前記試薬中に存在し、そしてここで前記試薬のpHは、約7.2〜約7.5である、項目88〜106のいずれか1項に記載の方法。
(項目111)
前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤である、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目112)
前記試薬は、塩化マグネシウムである塩化物塩を含み、そして前記塩化マグネシウムは、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で、前記試薬中に存在する、項目88〜106および111のいずれか1項に記載の方法。
(項目113)
前記溶解試薬は、約100mM TRIS緩衝剤および約6%(v/v) LLSを含み、ここで前記試薬のpHは、約7.5である、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記LLSは、約4%(v/v)〜約15%(v/v)の濃度で、または約10%(v/v)の濃度で、または約8%(v/v)の濃度で、または約6%(v/v)の濃度で、または約5%(v/v)の濃度で、前記試薬中に存在する、項目88〜109および111〜112のいずれか1項に記載の方法。
(項目115)
前記試薬は、(i)リン酸ナトリウムを含む緩衝剤、約10%(v/v) LLS、および抗凝固薬を含み、ここで前記抗凝固薬は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEDTA−Na 2 、約1mMの濃度で前記試薬中に存在するEGTA、またはEDTA−Na 2 およびEGTAの組み合わせであって、ここで前記EDTA−NA 2 は、約1mMの濃度で前記試薬中に存在し、そして前記EGTAは、約1mMの濃度で前記試薬中に存在する組み合わせである、項目88〜105のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積全体がプールされる、項目88〜115のいずれか1項に記載の方法。
(項目117)
前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積のうちの25%までがプールされる、項目88〜115のいずれか1項に記載の方法。
(項目118)
前記複数のサンプルアリコートは、少なくとも2個のサンプルアリコートである、項目88〜117のいずれか1項に記載の方法。
(項目119)
前記複数のサンプルアリコートは、4個のサンプルアリコートから200個のサンプルアリコートまでである、項目88〜118のいずれか1項に記載の方法。
(項目120)
前記複数のサンプルアリコートは、20個までのサンプルアリコートである、項目119に記載の方法。
(項目121)
前記複数のサンプルアリコートは、16個までのサンプルアリコートである、項目119に記載の方法。
(項目122)
前記全血サンプルは、各ヒト全血サンプル、各非ヒト全血サンプル、またはヒト全血サンプルおよび非ヒト全血サンプルの組み合わせである、項目88〜121のいずれか1項に記載の方法。
(項目123)
前記サンプルアリコートは、赤血球を含む、項目88〜122のいずれか1項に記載の方法。
(項目124)
前記サンプルアリコートは、白血球を含む、項目88〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で前記溶解試薬と接触される、項目88〜124のいずれか1項に記載の方法。
(項目126)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、1:2(v/v)、1:3(v/v)、1:4(v/v)、1:5(v/v)、1:6(v/v)、1:7(v/v)、1:8(v/v)、1:9(v/v)、および1:10(v/v)からなる群より選択される、項目125に記載の方法。
(項目127)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:3(v/v)である、項目125に記載の方法。
(項目128)
前記サンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比は、約1:4(v/v)である、項目125に記載の方法。
(項目129)
標的分析の反応を行うための方法であって、前記方法は、
(a)項目83〜128のいずれか1項に記載の方法に従って、標的を全血サンプルから分離する工程;および
(b)前記分離した標的の分析の反応を行って、標的の特徴を決定する工程、
を包含する、方法。
(項目130)
前記標的の特徴は、前記標的が病原体由来の標的であることを決定することである、項目129に記載の方法。
(項目131)
前記標的は、核酸標的である、項目129または項目130に記載の方法。
(項目132)
前記分析の反応は、核酸分析の反応である、項目129〜131のいずれか1項に記載の方法。
(項目133)
前記核酸分析の反応は、核酸増幅、等温増幅、ポリメラーゼ連鎖反応、配列決定、リアルタイム核酸増幅、核酸ハイブリダイゼーション、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される、項目132に記載の方法。
Claims (20)
- 病原体の存在に関して、血球を含むサンプルアリコートを試験する方法であって、前記方法は、
(a)複数のサンプルの各々からサンプルアリコートを提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記複数のサンプルアリコートのうちのサンプルアリコートの各々と、溶解試薬とを別個に接触させる工程であって、それによって、前記複数のサンプルアリコートの各々の中の前記血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)工程(b)の前記溶解したサンプルアリコートをプールして、プールした溶解物を形成する工程;
(d)前記プールした溶解物を病原体の存在に関して試験する工程であって、それによって、前記プールした溶解物中の前記病原体の存在の同定が、前記サンプルアリコートのうちの少なくとも1つにおける前記病原体の存在を示す、工程、
を包含する、方法。 - 前記溶解試薬は、(i)緩衝剤;(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS);および(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na2、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの一方または両方を含み、そして前記試薬は、5.5より高いpHを有する、請求項1に記載の方法。
- 前記緩衝剤は、約5mM〜約30mMの濃度で、または約14mMの濃度で前記試薬中に存在する炭酸水素ナトリウムであり、前記試薬は、約100mM〜約500mMの濃度、または約250mMの濃度の塩化アンモニウムである塩化物含有塩を含み、前記試薬のpHは、約7.0〜約8.0である、請求項2に記載の方法。
- 前記緩衝剤は、約75mM〜約150mMの濃度で、または約100mMの濃度で前記試薬中に存在するTRIS緩衝剤であり、前記塩化物含有塩は、約20mM〜約35mMの濃度で、または約30mMの濃度で前記試薬中に存在する塩化マグネシウムであり、前記LLSは、約4%(w/v)〜約15%(w/v)の濃度で前記試薬中に存在する、請求項2に記載の方法。
- 前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積全体がプールされるか、または前記溶解したサンプルアリコートの各々の容積のうちの25%までがプールされる、請求項1に記載の方法。
- 前記複数のサンプルアリコートは、4個のサンプルアリコートから200個のサンプルアリコートまでである、請求項1に記載の方法。
- 前記複数のサンプルアリコートは、20個までのサンプルアリコートであるか、または前記複数のサンプルアリコートは、16個までのサンプルアリコートである、請求項6に記載の方法。
- 前記試験する工程(d)において、病原体が前記プールした溶解物に存在することが決定される場合、前記方法は、前記サンプルアリコートを個々に試験して、前記サンプルのうちのどれが前記病原体に感染しているのかを同定する工程をさらに包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記サンプルアリコートの各々は、全血、赤血球を含むサンプルアリコートおよび白血球を含むサンプルアリコートからなる群から選択される、請求項1に記載の方法。
- 各サンプルアリコートは、約1:2〜約1:10(v/v)であるサンプルアリコート 対 溶解試薬の容積比で、前記溶解試薬と接触される、請求項1に記載の方法。
- 前記試験する工程(d)は、前記試薬によって前記血球から放出される病原体由来の標的の存在に関して試験し、前記病原体由来の標的は、肝炎ウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、フラビウイルス、ジカウイルス、および寄生生物からなる群より選択される病原体に由来する、請求項1に記載の方法。
- 前記病原体由来の標的は、核酸標的である、請求項11に記載の方法。
- 前記病原体は、Babesia属に由来する寄生生物、Plasmodium属に由来する寄生生物、Trypanosoma属に由来する寄生生物、Leishmania属に由来する寄生生物、Anaplasma属に由来する寄生生物、Toxoplasma属に由来する寄生生物、Babesia microti、Babesia divergens、Babesia duncani、Plasmodium falciparum、Plasmodium malariae、Plasmodium ovale、Plasmodium vivax、およびPlasmodium knowlesiからなる群より選択される寄生生物である、請求項11に記載の方法。
- 前記病原体由来の標的は、RNA標的である、請求項12に記載の方法。
- 前記試験する工程(d)は、プールした溶解物と、捕捉プローブおよび固定化プローブとを接触させる工程であって、前記捕捉プローブは、前記核酸標的に相補的な第1のセグメントおよび前記固定化プローブに相補的な第2のセグメントを有する工程を包含し、ここで前記核酸標的は、前記捕捉プローブに結合し、そしてここで前記結合した捕捉プローブは、前記固定化プローブに結合する、請求項12に記載の方法。
- 前記核酸標的の転写媒介性増幅を行う工程および得られた増幅生成物を検出プローブで検出する工程をさらに包含する、請求項12に記載の方法。
- 前記試験する工程(d)は、核酸増幅および検出反応を行って、前記プールした溶解物中の病原体由来の標的を検出する工程を包含する、請求項1に記載の方法。
- 前記方法は、遠心分離工程なしで行われる、請求項1に記載の方法。
- 複数のサンプルアリコートから標的を分離する方法であって、前記方法は、
(a)サンプルアリコートを、複数の全血サンプルの各々から提供し、それによって、複数のサンプルアリコートを提供する工程;
(b)前記サンプルアリコートの各々に対して溶解する反応を別個に行う工程であって、ここで前記溶解する工程は、前記サンプルアリコートの各々と以下:
(i)緩衝剤、
(ii)ラウリル硫酸リチウム(LLS)、および
(iii)塩化物含有塩ならびにEDTA、EDTA−Na2、EGTA、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される抗凝固薬のうちの少なくとも1つ;
を含む溶解試薬とを接触させる工程を包含し、
ここで前記試薬は、5.5より高いpHを有し、それによって、前記サンプルアリコートの各々における血球のうちの少なくとも一部が溶解する、工程;
(c)前記溶解したサンプルアリコートを、単一のプールしたサンプルへと合わせて、プールした溶解物を形成する工程;ならびに
(d)前記プールした溶解物から標的を分離する工程;
を包含する、方法。 - 前記分離する工程(d)は、前記プールした溶解物と、前記標的を固定化するように構成された固体支持体とを接触させる工程を包含し、前記固体支持体は、磁性ビーズ固体支持体であるか、または前記固体支持体は、シリカ固体支持体である、請求項19に記載の方法。
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