JP2015500013A - 胎盤組織におけるmiRNAの発現 - Google Patents
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Abstract
免疫修飾に使用するための、妊娠中の免疫寛容の発現に関連づけられるヒトmiRNAならびにそれらの断片、誘導体および変異体を提供する。miRNAは、脱調節化免疫応答に関連づけられる障害、自己免疫障害、妊娠関連疾患、胎盤形成の不全または問題、および同種移植に起因する合併症の診断および処置に使用することができる。加えて、障害の診断および治療に使用するための新規医薬組成物および診断組成物を記載する。
Description
本発明は、概して、免疫修飾に有用な結合分子、特に、免疫系の修飾に関与するまたは使用できるヒトmiRNAならびにそれらの前駆体、誘導体、変異体およびミミックに関する。加えて、本発明は、かかる結合分子、それらの前駆体およびミミックを含む、医薬組成物および診断組成物であって、妊娠中の母体免疫系の修飾に関与する転写ユニットにおける突然変異を同定するための診断ツールとしても、およびまた誤調節された免疫系もしくは過活動免疫系に関連した障害、例えば、妊娠関連疾患、胎盤形成の不全もしくは問題、自己免疫疾患を処置するための戦略にも、または移植片対宿主反応の予防もしくは処置においても役立つものである組成物に関する。
妊娠成功には、母体免疫系の修飾が必要である。胎盤の胚/胎児部および特にその栄養膜が、母体免疫系と局所的に、すなわち、脱落膜内はもちろんその周辺でも相互作用することにより胚の拒絶を防止することができる因子を生産できることは、公知である。しかし、免疫修飾は、既に妊娠初期に効率的に作用しなければならない。妊娠第1三半期には、脱落膜の30〜40%以上が母体免疫細胞から成り、それらの大部分(約70%)はNK細胞であるが、マクロファージおよびT細胞が少なからぬ割合で存在することも公知である(Warning et al.,2001)。
免疫修飾を媒介するこれらの因子の一部は公知であるが、他のものは、まだ同定されていないままである。母体免疫系を修飾する能力は栄養膜に限定されず、胎児間質細胞も母体の免疫系の細胞との効率的なクロストークを実行することができる(Roelen et al.,2009)。母体免疫系の修飾に責任を負うメカニズムの同定を目的とした実験は、可溶性因子はもちろん、このプロセスにおいて重要な役割を果たす粒子も示しているようである。後者には、エキソソーム、すなわち、様々な細胞タイプから放出され得る小さい膜小胞であって、タンパク質、脂質ならびにmRNAおよびマイクロRNAから成る多様なカーゴを含有することができるものである膜小胞がある(Valadi et al.,2007)。妊娠中、栄養膜の細胞はエキソソームを分泌することができ、それらのエキソソームが母体免疫系を抑制するようである(Southcombe et al.,2011)。しかし、どのようにしてこの抑制が実際に果たされるのか、およびどの因子が正確にそれに関与するのかは不明である。かかる因子の同定は、妊娠関連障害または妊娠中の合併症の分野内の治療および診断戦略に新たな手段をもたらすことになり、ならびに脱調節化または過活動免疫系に関連づけられる幾つかの疾患の処置にも有用であり得る。
この技術的問題を、請求項に特徴を記載するおよび下でさらに説明するような実施形態によって解決した。
本明細書に、妊娠初期におけるおよび胎盤間質細胞におけるC19MC miRNAの初期機能を有意に特定するデータを提示する。このデータは、C19MCのmiRNAはもちろん、miR−371−3クラスタのmiRNAも、重要な免疫修飾因子であることを含意する。両方のクラスタをコードする遺伝子は、染色体19のロングアーム上に互いに極めて近接して割り当てられている(図1)。本明細書に提供するデータについては、本発明は、概して、免疫修飾に使用するためのC19MCのmiRNA、それらの前駆体、ならびにmiR−371−3クラスタのmiRNA、それらの前駆体の提供に関する。さらに、共通シード配列AAGTGCを共有するmiRNA、およびこれらのmiRNAの標的遺伝子の遺伝子発現に干渉することができる結合分子も、これに関連して提供する。さらに、本発明は、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのmiRNA分子の核酸配列を含む核酸、ベクターおよび宿主細胞であって、前記核酸配列が、前記宿主細胞おけるおよび/または患者における上述のmiRNA分子、それらの前駆体またはさらに本発明の結合分子の発現の誘導および制御のために使用される調節配列、例えば、プロモーター、エンハンサーに作動可能に連結されているものである、核酸、ベクターおよび宿主細胞を提供する。これに関連して、本発明は、自己免疫疾患、妊娠関連疾患、胎盤形成または着床の不全または問題の場合のような、脱調節化免疫系に一般に結びつけられる障害の処置または診断、および同種移植片(移植物)の拒絶反応または移植片対宿主反応に起因する拒絶反応の処置または予防に有用な医薬組成物および診断組成物をさらに提供する。さらに、本発明は、例えば、自己免疫疾患に冒された細胞の処置、または自己免疫疾患の場合の自家組織の破壊の予防もしくは処置に有用な薬剤も提供する。本発明によって提供されるおよび上述の組成物に使用される薬剤は、種々の投与形態、例えば、局所または全身投与用に設計される。
miR−371−373(371−3)クラスタは、7つのマイクロRNAしか含有しないが、C19MCは、ともかく現在分かっている最大のヒトmiRNAクラスタであり、おおよそ60の異なるmiRNAを有する(表1)。C19MCのメンバーは、栄養膜において豊富に発現されるが、胎盤の間質部においてはされないと、および妊娠中に発現増加があると報告されている(Luo et al.,2009)。胎盤におけるmiR371−373クラスタの発現に関しては、詳細はまだ不明である。
しかし、両方のクラスタのマイクロRNAは、母体免疫系を修飾できる候補としてはまだ論じられていない。母体免疫修飾へのそれらの関与に対して語る強い主張は、既存の文献に基づく。第一に、C19MCクラスタのメンバーの発現は、栄養膜に限定されるようである(Luo et al.,2009)が、胎盤間質細胞は免疫抑制機能を有するとも記載されている(Roelen et al.,2009)。第二に、C19MCクラスタのmiRNAメンバーの発現の増加(Luo et al.,2009)は、これらのmiRNAが、むしろ妊娠後期に関連した機能を有するという結論につながる。
しかし、本発明の中で提示するデータは、上記のこととは対照的に、妊娠初期におけるおよび胎盤間質細胞におけるC19MC miRNAの初期機能を的確に指摘する(実施例1から4を参照)。下でさらに詳細に説明するこれらの実験結果に関連して、C19MCのmiRNAはもちろん、miR−371−3クラスタのmiRNAも、本明細書にて母体免疫系の重要な修飾因子として提供する。
1つより多くの標的と相互作用する単一のmiRNAの能力のため、ならびにmiR−371−3クラスタ内のおよび−さらにいっそう大きな程度に−C19MCクラスタ内の様々なmiRNAについての多様性のため、miRNAの免疫修飾機能は、様々なメカニズムに基づき得る。理論により拘束されることを望まないが、単に一例として、アポトーシス促進機能を実施例8において叙述し、それによって、C19MCクラスタのメンバーが、Fas−FasL誘導アポトーシスに拮抗する様々なmRNAと相互作用することを証明する。しかし、細胞老化の誘導ならびに可逆的な細胞周期停止およびアネルギーを含む他の関連メカニズムもmiRNAによる影響を受ける場合がある。したがって、これらの所見の治療との関連については、本発明の1つの実施形態において、本明細書に記載する両方のクラスタの単一miRNA、単一クラスタごとのmiRNA、ならびにそれらの様々な組み合わせを、所期の治療目的に合うように使用する。
表1:染色体バンド19q13に割り当てられるC19MCおよびmiR−371−3クラスタのマイクロRNA(図1参照)。miRBase Release 18(2011年11月)における記載事項によるID番号;Bentwich et al.,Nat Genet 37(2005),766−770およびLandgraf et al.,Cell 129(2007),1401−1414も参照。この表に収載するmiRNAの前駆体の配列は、それぞれのmiRNAについてのmiRBase記載事項から得ることができる。
この実験データに基づき、本発明は、一般に、免疫修飾に使用するためのmiRNAであって、上の表1に収載したようなC19MCクラスタまたはmiR−371−373クラスタに含まれる転写ユニットのいずれか1つによってコードされているmiRNAから選択されるものであるmiRNAに関する。
本発明の1つの実施形態において、上述のマイクロRNAは、配列番号1から66を有する、hsa−miR−498、hsa−miR−512−3p、hsa−miR−512−5p、hsa−miR−515−3p、hsa−miR−515−5p、hsa−miR−516a−3p、hsa−miR−516a−5p、hsa−miR−516b−3p、hsa−miR−516b−5p、hsa−miR−517−5p、hsa−miR−517a−3p、hsa−miR−517b−3p、hsa−miR−517c−3p、hsa−miR−518a−3p、hsa−miR−518a−5p、hsa−miR−518b、hsa−miR−518c−3p、hsa−miR−518c−5p、hsa−miR−518d−3p、hsa−miR−518d−5p、hsa−miR−518e−3p、hsa−miR−518e−5p、hsa−miR−518f−3p、hsa−miR−518f−5p、hsa−miR−519a−3p、hsa−miR−519a−5p、hsa−miR−519b−3p、hsa−miR−519b−5p、hsa−miR−519c−3p、hsa−miR−519c−5p、hsa−miR−519d、hsa−miR−519e−3p、hsa−miR−519e−5p、hsa−miR−520a−3p、hsa−miR−520a−5p、hsa−miR−520b、hsa−miR−520c−3p、hsa−miR−520c−5p、hsa−miR−520d−3p、hsa−miR−520d−5p、hsa−miR−520e、hsa−miR−520f、hsa−miR−520g、hsa−miR−520h、hsa−miR−521、hsa−miR−522−3p、hsa−miR−522−5p、hsa−miR−523−3p、hsa−miR−523−5p、hsa−miR−524−3p、hsa−miR−524−5p、hsa−miR−525−3p、hsa−miR−525−5p、hsa−miR−526a、hsa−miR−526b−3p、hsa−miR−526b−5p、hsa−miR−527、hsa−miR−1283、hsa−miR−1323、hsa−miR−371a−3p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−371b−3p、hsa−miR−371b−5p、hsa−miR−372、hsa−miR−373−3p、hsa−miR−373−5pから成る群より選択される。
シード配列は、miRNAのmRNAへの結合に不可欠である。本発明の中で言及する場合の「シード配列」または「シード領域」は、miRNA 5’末端から2〜7番目の位置に主として位置する保存ヘプタマー配列である。miRNAとその標的mRNAの塩基対合が、完全にマッチしなかったとしても、「シード配列」は、完全に相補的でなければならない。したがって、本発明は、クラスタC19MCまたはmiR−371−3からコードされるmiRNAと共有のシード配列を有するmiRNAであって、
a)配列番号67から78を有するhsa−miR−302a−3p、hsa−miR−302a−5p、hsa−miR−302b−3p、hsa−miR−302b−5p、hsa−miR−302c−3p、hsa−miR−302c−5p、hsa−miR−302d−3p、hsa−miR−302d−5pから成る群より選択される;および/または
b)コンセンサスシード配列AAGTGCを特徴とする、
マイクロRNAに、さらに関する。
hsa−miR−302a−3p、hsa−miR−302a−5p、hsa−miR−302b−3p、hsa−miR−302b−5p、hsa−miR−302c−3p、hsa−miR−302c−5p、hsa−miR−302d−3p、hsa−miR−302d−5pから成る上述の群のmiRNAおよびそれらの前駆体は、クラスタmiR−302−367からコードされ、それらの配列およびアクセッション番号を下の表2に収載する。
a)配列番号67から78を有するhsa−miR−302a−3p、hsa−miR−302a−5p、hsa−miR−302b−3p、hsa−miR−302b−5p、hsa−miR−302c−3p、hsa−miR−302c−5p、hsa−miR−302d−3p、hsa−miR−302d−5pから成る群より選択される;および/または
b)コンセンサスシード配列AAGTGCを特徴とする、
マイクロRNAに、さらに関する。
hsa−miR−302a−3p、hsa−miR−302a−5p、hsa−miR−302b−3p、hsa−miR−302b−5p、hsa−miR−302c−3p、hsa−miR−302c−5p、hsa−miR−302d−3p、hsa−miR−302d−5pから成る上述の群のmiRNAおよびそれらの前駆体は、クラスタmiR−302−367からコードされ、それらの配列およびアクセッション番号を下の表2に収載する。
表2.:クラスタC19MCまたはmiR−371−3からコードされるmiRNAのシード配列と共通のシード配列AAGTGCを有するクラスタmiR−302−367のmiRNAおよびそれらの前駆体;Landgraf et al.,Cell 129(2007),1401−1414およびSuh et al.,Dev Biol.270(2004),488−498も参照。
さらに下でより詳細に説明するように、miRNAは、幾つかの成熟miRNAの配列を含み得るより長い一次転写産物、前駆体RNA分子、から細胞内で生産される(Kim,Nature Rev.Mol.Cell Biol.6(2005),376−385)。したがって、一実施形態において、本発明は、免疫修飾に使用するための、上文にて定義したとおりのmiRNAの核酸配列を含むmiRNA前駆体を提供する。表1および2に示したmiRNAのそれぞれのmiRNA前駆体の配列は、ここに既に示されていない場合には、miRBaseにおけるそれぞれの記載事項から得ることができる。
miRNAは、mRNAの標的遺伝子への結合により遺伝子発現を調節する。この領域が、通常の場合はmiRNAによって誘導される調節効果を果たすために、他の結合分子の標的にされることもあることは、公知である。したがって、一実施形態において、本発明は、免疫修飾に使用するための、上文にて定義したとおりのmiRNAの標的遺伝子の遺伝子発現に干渉することができる結合分子であって、免疫修飾に使用するための合成miRNAミミック、RNA−分子、抗体、アプタマー、スピーゲルマーを含む分子の群から選択されるものである結合分子に関する。
一部の実施形態において、本発明は、前記miRNAもしくはmiRNA前駆体の核酸配列または上文にて定義したとおりの結合分子の核酸配列を含む、二本鎖核酸をさらに提供する。
さらに、一実施形態において、本発明は、核酸配列をコードする本発明のmiRNA、前駆体miRNAおよび/または他の結合分子が、少なくとも1つの発現制御配列に作動的に連結されている、上文にて定義したとおりの配列の、上で定義したとおりの二本鎖核酸のうちの1つ以上を提供する。かかる発現制御配列の例は、本発明のmiRNA、前駆体miRNAおよび/または他の結合分子の発現に用いることができる、当該技術分野において公知のプロモーター、オペレーター、エンハンサー、サイレンサー配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位および他の核酸配列である。
前記発現制御配列は、作動的に連結されている核酸配列をコードするmiRNAの発現レベルを向上させることもあり、またはダウンレギュレートすることもある。ヌクレオチド配列をコードする本発明のmiRNA、前駆体miRNAおよび/または他の結合分子の発現のために使用する細胞タイプ(例えば、原核細胞もしくは真核細胞)または生物に依存して、1つまたは幾つかの発現制御配列を、互いに併用、ならびに/または本発明の中で定義するとおりの二本鎖核酸(ヌクレオチド配列)をコードする本発明のmiRNA、前駆体miRNAおよび/もしくは他の結合分子のうちの1つ以上と併用することができる。前記発現調節配列を時期(すなわち、発達段階)、細胞タイプ、ならびに/または一般的状況、例えば、1つ以上の特異的物質の存在および/もしくは不在(上文にて定義したとおりのヌクレオチド配列によってコードされるmiRNAおよび/またはmiRNA前駆体分子は、ヌクレオチド配列をコードするポリペプチドおよび/またはペプチドに作動可能に連結された前記調節配列がそれらの発現を可能にするときには前述の状況の1つ以上状況に対応するので、発現され、発現を可能にする状況に対応しないときには発現されない)の点で選択することもできる。
使用する発現制御配列は、上文にて定義したとおりの本発明のヌクレオチド配列をコードする本発明のmiRNA、前駆体miRNAおよび/もしくは他の結合分子と同じ生物に由来することもあり、またはそれらは、異質であることもある、すなわち、生物分類学または系統発生学上異なるという意味で別の生物に由来することもある。一実施形態において、本発明は、ヌクレオチド配列をコードするポリペプチドおよび/またはペプチドを含む核酸分子であって、少なくとも1つの発現制御配列が、ヌクレオチド配列をコードする前記ポリペプチドおよび/またはペプチドとは異質である核酸分子を提供する。
本発明に従って用いる場合のポリヌクレオチドであって、本発明の上記miRNA、前駆体miRNAおよび/または他の結合分子をコードするポリヌクレオチドは、例えば、それらのポリヌクレオチドのいずれかを単独で含むか、組み合わせで含むDNA、cDNA、RNAまたは合成生産DNAもしくはRNAまたは組換え生産キメラ核酸分子であり得る。好ましくは、前記ポリヌクレオチドは、原核または真核細胞における発現を可能にする発現制御配列に作動的に連結されている。前記ポリヌクレオチドの発現は、翻訳可能なmRNAへの前記ポリヌクレオチドの転写を含む。本発明のポリヌクレオチドの発現を説明する詳細は、本明細書において下でさらに説明することにする。
これに関連して、本発明は、一実施形態において上文にて定義したとおりの二本鎖核酸を含むベクターを提供する。さらに、本発明の一実施形態では、前記ベクターを含む宿主細胞を提供する。本発明の一実施形態において、上文にて定義したおよび下で定義するとおりの宿主細胞は、ヒト細胞であり、好ましくは、該細胞は、患者の自家細胞の群から選択される。
もう1つの実施形態において、本発明は、上文にて定義したおよび下で定義するとおりの少なくとも1つのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、二本鎖核酸、ベクターおよび/または宿主細胞を薬剤として含む、医薬組成物または診断薬に関する。
前記医薬組成物または診断薬の1つの実施形態において、活性薬剤は、人工エキソソームに包埋される(実施例4も参照)。
一実施形態において、本発明は、自己免疫疾患の処置に使用するための、上文にて定義したとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子または医薬組成物を提供する。
1つの実施形態において、本発明は、前記自己免疫疾患が、急性散在性脳脊髄炎(Acute disseminated encephalomyelitis:ADEM)、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群(Antiphospholipid syndrome:APS)、自己免疫性心筋症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群(Autoimmune lymphoproliferative syndrome:ALPS)、自己免疫性末梢神経障害、自己免疫性膵炎、自己免疫性多内分泌腺症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、セリアック病、寒冷凝集素症、クローン病、皮膚筋炎、I型糖尿病、子宮内膜症、好酸球性筋膜炎、胃腸類天疱瘡、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群(Guillain−Barre syndrome:GBS)、橋本脳症、橋本甲状腺炎、特発性血小板減少性紫斑病(自己免疫性血小板減少性紫斑病)、エリテマトーデス、ミラー・フィッシャー症候群(ギラン・バレー症候群)、混合性結合組織病、重力筋無力症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、再発性多発性軟骨炎、関節リウマチ、シェーグレン症候群、側頭動脈炎(「巨細胞性動脈炎」)、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織病(混合性結合組織病)、血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む疾患の群から選択される、上文にて定義したとおりの使用に関する。
もう1つの実施形態において、本発明は、妊娠関連疾患の処置または診断に使用するための、上文にて定義したとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、医薬組成物または診断薬を提供する。
上文にて定義したとおりの妊娠関連疾患の処置または診断における使用の一実施形態において、前記妊娠関連疾患は、子癇、子癇前症、HELLP症候群、および胎盤形成または着床の不全または問題から成る疾患の群より選択される。子癇、子癇前症およびHELLP症候群がすべて、胎盤機能不全に関連づけられることは当該技術分野において公知である;例えば、Benedetto et al.,Adv Clin Chem 53(2011),85−104を参照。
「同種移植片」は、ある個体から異なる遺伝子型を有する同じ種の別の個体への器官、組織または細胞の移植物と本明細書では定義する。かかる移植の場合、宿主の免疫系による異物としての移植物の認識およびそれに対する免疫反応の開始のため、拒絶反応を非常によく認めることができる。それ故、急性拒絶の低減のために同種移植片の移植後に免疫抑制処置が必要とされる。これに関連して、1つの実施形態において、本発明は、同種移植片の拒絶の予防または処置に使用するための、上文にて定義したとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、医薬組成物を提供する。同種移植片の拒絶反応の予防および/または処置、両方またはいずれか、を、本発明の分子または組成物を使用して行うことができるので、これらの分子/組成物を使用して、実際の移植の前および/もしくは後に、または生きている生物、例えばヒト患者、体内およびまた体外の処置位置に関して、前記拒絶反応を未然に防ぐことおよび/または緩和することができる。したがって、1つの実施形態において、本発明は、同種移植片のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、ベクター、医薬組成物または診断分子を提供する。
拒絶反応の特異的形態、「移植片対宿主反応」は、例えば、骨髄、幹細胞移植または輸血の場合のように、免疫担当細胞が異なる遺伝子型の患者間で移植されたときに発生する。宿主が、ドナー移植片に欠けている重要な同種抗原を保有する場合、その宿主は、その移植片とは異質であるとすぐ分かり、したがって、それを抗原的に刺激し得る。したがって、1つの実施形態において、本発明は、移植片対宿主反応の予防または処置に使用するための、上文にて定義したとおりの、請求項に記載の、miRNA、miRNA前駆体、結合分子、医薬組成物を提供する。
もう1つの実施形態において、本発明は、自己免疫疾患に冒された細胞または組織のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、ベクター、医薬組成物または診断薬を提供する。さらに、1つの実施形態において、本発明は、自家細胞または組織のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、ベクター、医薬組成物または診断薬も提供する。
本発明は、被定義細胞および/または組織に対する生物の免疫応答を増加させるおよび/または免疫寛容を低下させることによる免疫系の修飾に有用な方法、分子および組成物にさらに関する。特に、本発明は、癌療法のための新規方法、分子および組成物にも関する。腫瘍抗原の遺伝学的および生化学的特性評価は、大部分の癌患者が、発生中の新生物に対して何らかの形態の免疫応答を開始させるという発見をもたらした。しかし、臨床的に明らかな疾患の形成および進行は、内因性反応が典型的に無効であることを含意する。腫瘍細胞生物学の幾つかの特徴は、比較的に弱い抗腫瘍応答の一因となる。第一に、腫瘍細胞は、正常な非異質細胞に由来するので、免疫系は腫瘍細胞を危険または異質と認識することができない。第二に、腫瘍細胞は、免疫応答を活性化するために身体が依存する受容体および分子の補体を少なく発現する傾向がある。本発明は、第三のメカニズム、すなわち、癌細胞によるそれら自体を保護するための特定のmiRNAの使用に関する。
抗腫瘍免疫を刺激および強化するための幾つかのアプローチ、例えば、特異的腫瘍細胞抗原または全腫瘍細胞に対する癌ワクチン、モノクローナル抗体、組換えサイトカインおよび適応細胞注入(Pandolfi et al,2011)があるが、これに関しては新たな方法がなお求められている。本発明の中で提示するデータは、上文にて定義したとおりの特定のmiRNAおよびmiRNA前駆体分子についての免疫系の修飾における重要な役割を的確に指摘し、腫瘍療法における標的としてのそれらの可能性も示す。
したがって、1つの実施形態において、本発明は、甲状腺腫瘍、乳癌、結腸癌、肺癌、卵巣癌、生殖細胞腫瘍、肝細胞癌、白血病およびリンパ腫を含む群から選択される良性および悪性腫瘍の処置に使用するための、合成miRNAミミック、RNA−分子、抗体、アプタマー、スピーゲルマーおよび小分子を含む分子の群から選択される、上文にて定義したとおりのmiRNAに対するおよび/またはmiRNA前駆体に対するアンタゴニストを提供する。
上文にて定義したとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、医薬組成物または診断薬を、当該技術分野において公知の様々な形態で適用することができ、および様々な投与形態のために設計することができる。本発明の1つの実施形態では、上文にて定義したとおりのmiRNA、miRNA前駆体、結合分子、医薬組成物または診断薬を局所投与用に設計する。しかし、別の実施形態では、それらを全身投与用に設計する。
本発明は、生体試料、例えば、細胞、組織、血液、吸引液、羊水および、例えば細胞または細胞培養物の、上清からエキソソームを得る、産生する、単離するおよび/または精製するための新規方法および材料にさらに関する。エキソソームおよびそれらの内容物、例えばmiRNA、の一般的単離および精製方法は、当該技術分野において公知である。加えて、さらに下のセクション「エキソソーム」において言及するならびに例えば国際公開第99/03499号、同第00/44389号および同第97/05900号パンフレットに記載されている方法に類似してまたはそれらの代替として、エキソソームを生体試料から超遠心分離法によって単離してもよく、およびそれらの内容物、すなわちmiRNAを、TRIZOL試薬(Invitrogen、カリフォルニア州カールズバッド)をその製造業者によって提供されたプロトコルに従って用いて精製することができ、そしてGallo et al.(2012),PLoS One.;7(3):e30679の4から5頁のサブセクション「Exosome isolation」および「RNA Extraction and Reverse Transription」に記載されているように特異的miRNAプライマーを使用するPCRによるcDNAへの逆転写後に同定することができる(前記参照資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている)。miRNA定量は、Gallo et al.(2012)の5頁のサブセクション「miRNA quantification」に記載されているように行うことができる(前記参照資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている)。あるいは、数社の製造業者、例えばNorgen Bioteck Corp(カナダ国ソロルド)、によって提供されているエキソソームRNA単離キット、例えば、尿および組織培養培地からのエキソソームの単離および濃縮のためのNorgenのUrine Exosome RNA Isolation Kit(Norgen;カタログ番号47200)、または血漿、血清および腹水からのエキソソームRNAの単離および濃縮のためのPlasma/Serum Exosome RNA Isolation Kit(Norgen;カタログ番号49200)によりその供給業者のマニュアルに従ってmiRNAを単離することができる。さらに、超遠心分離法の代わりに、Gentaur(ベルギー国カンペンホウト)からのExoQuick−TC(登録商標)などのさらなるキットをその供給業者のマニュアルに従って使用することにより、エキソソームを単離することができる。
これらの濃縮試料を使用して、特定のタイプのエキソソームの存在もしくは不在を判定すること、または哺乳動物(例えば、ヒト)体内に存在する特定のタイプのエキソソームの量を決定することができる。エキソソーム含有試料の中の特定のタイプの別個の産物、例えばmiRNA、の量は、その哺乳動物が特定の疾患または障害を有することを示すことができる。上文にて示したように、妊娠成功には、母体免疫系の修飾が必要である。さらに下で詳細に説明する実験結果は、特異的のmiRNA、例えば、C19MCのmiRNAはもちろん、miR−371−3クラスタのmiRNAも、母体免疫系のかかる重要な修飾因子であることを示す。それ故、エキソソーム含有試料の中の特定のタイプのこれらのmiRNAの量は、それらのエキソソームを胚盤胞または胚の細胞培養培地の上清から単離した場合、胚の着床能力または精子試料の受精能力の推定に用いることができる。したがって、本発明は、免疫修飾に使用するためのエキソソームを得るための方法であって、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのならびに上の表1および2に収載したようなC19MC、miR−371−373および/またはmiR302−367クラスタのmiRNAを発現する胚または胎児細胞の細胞培養物の上清からのエキソソームの単離および精製を含む方法にも関する。
本発明の方法により、胚の着床および発育に関連した細胞タイプを含む様々な細胞タイプの細胞培養物からエキソソームを単離することができる。生体試料からの臍帯、羊膜、胎盤および絨毛膜細胞の単離、精製および培養方法は、当該技術分野において公知であり、例えば、国際出願・国際公開第2005/001081号、同第2000/073421号、同第2002/046373号および同第2003/042405号パンフレット(これらの開示内容は、参照により本明細書に援用されている)に記載されており、ならびにエキソソームの単離のための対象となる細胞培養物を得るためにそれらの方法を用いることができる。本発明の1つの実施形態では、エキソソームを得るための上述の方法であって、前記細胞培養物が、臍帯、羊膜、胎盤および絨毛膜からの細胞を含む細胞の群から選択される方法を提供する。
さらに、本発明は、免疫修飾に使用するためのエキソソームを生体試料から得るための方法であって、生体試料から細胞培養物を準備する段階、前記細胞培養物の上清を回収する段階、およびそのエキソソームを単離および精製する段階を含む方法に関する。
エキソソームを得るための前記生体試料は、得られるエキソソームもしくはそれらの内容物での免疫修飾処置が考えられるものと同じ遺伝的背景を有する細胞、細胞培養物、組織、動物またはヒト患者から単離してもよいし、または前記処置が考えられるものとは異なる遺伝的背景を有する細胞、細胞培養物、組織、動物またはヒト患者から単離してもよい。これに関連して、1つの実施形態では、生体試料からの免疫修飾に使用するためのエキソソームの単離方法であって、前記生体試料が、自家細胞、組織試料または吸引液を含む方法を提供する。もう1つの実施形態では、生体試料からの免疫修飾に使用するためのエキソソームの単離方法であって、前記生体試料が、同種(allologous)細胞、組織試料または吸引液を含む方法を提供する。
本発明は、免疫修飾に使用するための、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのmiRNA、結合分子および/または二本鎖核酸を含むエキソソームならびに上述の方法に従って得られるエキソソームのin vitro産生方法にさらに関する。人工エキソソームの生産方法も当該技術分野において公知である。かかる人工エキソソームを、De La Pena et al.,J.Immunol.Methods.344(2009),121−132に記載されているような被覆リポソームから誘導することができる。
本発明の方法に従って得られるエキソソームを、幾つかの疾患および疾患タイプに罹患している患者における免疫修飾に使用することができる。本発明の1つの実施形態では、上述の方法に従って得られるエキソソームを、自己免疫疾患の処置に使用するために提供する。
特定の疾患の処置に関しては、本発明のエキソソームを、別個の投与経路で、その効果が局所的であるのか(「局所」投与で)または全身的であるのかに依存して(「腸管」もしくは「非経口」投与で)、投与することができ、およびその具体的な投与経路要件に従って調合することができる。したがって、本発明の1つの実施形態では、上述の方法に従って得られるエキソソームであって、局所投与による自己免疫疾患の処置に使用するために調製されるエキソソームを提供する。本発明のもう1つの実施形態では、自己免疫疾患の処置に使用するために調製されたエキソソームを、関節注射、好ましくは関節内注射、または鼻腔内適用を用いて投与する。本発明のさらなる実施形態では、上述の方法に従って得られるエキソソームを、全身投与による自己免疫疾患の処置に使用するために調製する。
エキソソームの単離前に、それらのエキソソームを単離する細胞、組織、器官または動物を、上述のmiRNAなどの特異的miRNAを発現するようにもしくは過発現するように遺伝子操作することができ、および/または細胞のエキソソーム分泌能力を強化することもできる1つ以上の薬剤、例えばアザシチジン(5−アザ−2’−デオキシシチジン)もしくは他のDNA脱メチル化剤、に曝露してもよい(例えば、Xiao et al.,(2010)“Effect of 5−aza−2’−deoxycytidine on immune−associated proteins in exosomes from hepatoma.”.World J Gastroenterol.16,2371−2377を参照)。かかる薬剤への曝露は、アザシチジンについてはXiao et al.,(2010)の2372頁、セクション「Materials and Methods」のサブセクション「Cell culture」に記載されているように行うことができる(前記参照資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている)。
したがって、本発明は、エキソソームを得るまたは産生するための上述の方法において細胞培養物をそれらの細胞のエキソソーム分泌能力を強化するように処置するための、アザシチジンまたは他のDNA脱メチル化剤の使用にさらに関する。
さらに、本発明は、組織を、上文にて定義したおよび下で定義するとおりのならびに上の表1および2に収載したようなC19MC、miR−371−373および/またはmiR302−367クラスタのmiRNAが増されたエキソソームを分泌するそれらの能力を強化するようにin vivoで処置する際に使用するための、アザシチジンまたは他のDNA脱メチル化剤にも関する。
上に示したように、エキソソーム含有試料の中の特定のタイプのこれらのmiRNAの存在または量を、胚の着床能力の推定に用いることができる。これに関連して、例えば、それぞれの細胞培養培地の上清を単離し、上の表1において定義したとおりのmiR−371−3およびC19MCクラスタのmiRNAの存在および量について分析することができる。その後、この分析結果を使用して、胚の着床確率を推定することができる。
したがって、本発明は、胚の着床能力または精子試料の受精能力を診断する方法であって、胚盤胞もしくは胚の細胞培養培地または精液それぞれにおける上文にて定義したおよび下で定義するとおりのならびに上の表1に収載したようなC19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの同定を含む方法にさらに関する。
本発明の1つの実施形態では、上で定義したとおりの診断方法であって、対照試料と比較して本明細書中で定義するとおりのおよび表1に収載したようなC19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの同等のまたは増加したレベルが、正常なまたは増加した胚着床能力または精子試料受精能力を示し、ならびに対照試料と比較して前記少なくとも1つのmiRNAの減少したレベルが、低下した胚着床能力または精子試料受精能力を示すものである方法を提供する。
本明細書中で定義するとおりのおよび表1に収載したようなC19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの存在が、正常なまたは増加した胚着床能力または精子試料受精能力を示し、ならびに前記クラスタの少なくとも1つのmiRNAの不在が、低下した胚着床能力または精子試料受精能力を示す、上で定義したとおりの診断方法。
定義および実施形態:
用語「a」または「an」エンティティーは、そのエンティティーの1つ以上を指す;例えば、「ポリペプチド(an polypeptide)」は、1つ以上のポリペプチド(one or more polypeptide)を表すと解されることに留意しなければならない。したがって、用語「a」(または「an」)、「1つ以上の(one or more)」および「少なくとも1つの(at least one)」を本明細書では交換可能に用いることができる。
用語「a」または「an」エンティティーは、そのエンティティーの1つ以上を指す;例えば、「ポリペプチド(an polypeptide)」は、1つ以上のポリペプチド(one or more polypeptide)を表すと解されることに留意しなければならない。したがって、用語「a」(または「an」)、「1つ以上の(one or more)」および「少なくとも1つの(at least one)」を本明細書では交換可能に用いることができる。
別段の記述がない限り、用語「障害」および「疾患」を本明細書では交換可能に用いている。「被検体」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳動物」は、診断、予後判定、予防または治療が望まれる任意の被検体、特に哺乳動物被検体、例えばヒト患者を意味する。
本明細書において用いる場合の用語「マイクロRNA」(miRNA)は、13〜35、18〜25または21〜24ヌクレオチドを含み得る、一般には約19ヌクレオチドと約25ヌクレオチドの間の、好ましくは殆どの天然に存在するmiRNAのように約22ヌクレオチドの、非タンパク質コーディングRNAであって、標的転写産物のtransでの切断を導き、その結果、様々な調節および発生経路に関与する遺伝子の発現を負に調節するものであるRNA(Bartel DP.,Cell 116(2004),281−297;He and Hannon,Nat.Rev.Genet.5(2004),522−531;Lagos−Quintana et al.,Science 294(2001),853−858;Ambros V.,Cell,113(2003),673−676)に関する。成熟miRNAの塩基2−8を本明細書では「miRNAシード配列」と定義する。標的RNA配列とmiRNAシード配列間の6から8bpの完全相補性は、miRNA標的認識の主要決定因子である。Younger and Corey,Nucleic Acids Res.39(2011),5682−5691。認識部位への成熟miRNA結合のための配列要件、および所与の配列へのmiRNA結合の予測方法は、例えば、Lewis et al.,Cell 115(2003),787−798;John et al.,PLoS Biol 2(11):e363(2004)において論じられている。
一部のmiRNA遺伝子(MIR遺伝子)は、同定されており、データベース(オンライン上でmicrorna.sanger.ac.uk/ sequencesにて利用できる、「miRBase」)において公的に利用できるようにされている。さらなるMIR遺伝子および成熟miRNAが米国特許出願公開第2005/0120415号明細書にも記載されている。MIR遺伝子は、遺伝子間領域に、そのゲノム内で孤立した状態およびクラスタの状態両方で現れるが、他の遺伝子(タンパク質コーディング遺伝子と非タンパク質コーディング遺伝子の両方)のイントロン内に完全にまたは部分的に位置する場合もあると報告されている(Saini et al.,Proc Natl Acad Sci U S A 104(2007),17719−17724)。miRNA生物発生の最近のレビューについては、Kim VN.,Nature Rev.Mol.Cell Biol.6(2005),376−385を参照。MIR遺伝子の転写は、少なくとも一部のケースでは、MIR遺伝子自体のプロモーターの促進的制御下にある場合がある。その場合、転写は、おそらく一般にはRNAポリメラーゼIIによって媒介される(Lee et al.,Embo J 23(2004),4051−4060)。「pri−miRNA」と呼ばれる一次転写産物(これは、多シストロン性であることがある)、すなわち、相当大きい(数キロ塩基)ことがあるmiRNA前駆体分子であって、1つ以上の局所二本鎖または「ヘアピン」領域ならびにmRNAの通常の5’「キャップ」およびポリアデニル化されたテールを含有するものであるmiRNA前駆体分子。例えば、Kim,Nature Rev.Mol.Cell Biol.6(2005),376−385における図1を参照。このpri−miRNAは、「pre−miRNA」として公知のより短い(≒70ヌクレオチド)miRNA前駆体分子を生じさせるように核内RNase IIIドローシャ(Drosha)によって「クロッピングされる」と考えられている。ドローシャによる核内プロセッシング後、pre−miRNAは核に曝露され、そこで酵素ダイサー(Dicer)が短い、成熟miRNAを生成する。例えば、Lee et al.EMBO Journal 21(2002),4663−4670;Reinhart et al.,Genes & Dev.,16(2002):1616−1626;Lund et al.,Science 303(2004),95−98;およびMillar and Waterhouse,Funct.Integr Genomics 5 (2005),129−135を参照。このようにマイクロRNAを、RNA(例えば、成熟miRNAまたはmiRNA前駆体RNA分子のRNA配列)の点から説明することができ、またはDNA(例えば、成熟miRNA、RNA配列に対応するDNA配列、またはMIR遺伝子もしくはMIR遺伝子の断片もしくはmiRNA前駆体をコードするDNA配列)の点から説明することができる。
MIR遺伝子ファミリーは、かなり大きいようであり、少なくとも一部のゲノムの1%を占めると推定されるようであり、すべての遺伝子の約3分の1の発現に影響することまたはそれらを調節することができるようである(例えば、Tomari et al.,Curr.Biol.,15(2005),R61−64;Tang G.,Trends Biochem.Sci.,30(2005),106−14;Kim Nature Rev.Mol.Cell Biol.,6(2005),376−385を参照。)。miRNAは、例えば、細胞の分化、増殖およびアポトーシスに関与し、ならびにmiRNAが癌遺伝子としてまたは腫瘍サプレッサーとして様々に機能することができる、癌をはじめとする、少なくとも一部の疾患の病状におそらく関与する。例えば、O’Donnell et al.,Nature 435(2005),839−843;Cai et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,102(2005),5570−5575;Morris and McManus(2005)Sci.STKE,pe41(オンライン上でstke.sciencemag.org/cgi/reprint/sigtrans;2005/297/pe41.pdfにて入手可能)を参照。マイクロRNA(MIR)遺伝子は、植物種間での保存、安定な折り畳み構造、およびダイサー様酵素による特異的miRNA/miRNA*二重鎖のプロセッシングをはじめとする、同定特性を有する(Ambros et al.(2003)RNA,9:277−279)。これらの特性を用いて、後生動物miRNAヘアピン前駆体に特有である配列および二次構造保存のパターンについて検索することにより進化的に保存されるmiRNAを同定する系統的な計算論的アプローチによって分子クローニングを補足することにより、miRNAおよびそれらの対応する遺伝子を同定することができる(Ambros et al.,Curr.Biol.,13(2003),807−818;Grad et al.,Mol.Cell 11(2003),1253−1263;Lai et al.,Curr.Biol.13(2003),R925−R936;Lim et al.,Science 299(2003),1540およびLim et al.,Genes Dev.,17(2003),991−1008。公的に利用できるマイクロRNA遺伝子は、miRBaseに目録が作成されている(Griffiths−Jones et al.(2003)Nucleic Acids Res.,31:439−441)。本発明によると、用語「miRNA前駆体」は、成熟miRNAのすべての前駆形態、すなわち、pri−miRNAおよびpre−miRNA、を交換可能に指す。
miRNAの認識部位は、5’非翻訳領域、コーディング領域および3’非翻訳領域をはじめとするmRNAのすべての領域において検証されており、これは、コーディング配列に対するmiRNA標的部位の位置が、抑制に必ずしも影響を及ぼさないことを示す(例えば、Rhoades et al.(2002)Cell,110:513−520;Yekta et al.,Science 304(2004),pp.594−596;Davis et al.Curr.Biol.,15(2005),743−749;Lewis et al.,Cell 115(2003),787−798;Lewis et al.,Cell 120(2005),15−20;Baek et al.,Nature 455(2008),64−71 and Selbach et al.,Nature 455 (2008),58−63を参照)。
mRNAとmiRNA間の結合は完璧である必要はなく、多少のミスマッチが、miRNA効率に対して一切影響なく観察されている。これに関連して、実験により検証され,このmiRNAのその5’端を示すmiRNA標的部位は、その標的に対して相補的な塩基をその3’末端より多く有する傾向があることを示す(Moss et al.,Cell 88(1997),637−646;Johnston and Hobert,Nature 426(2003),845−849;John et al.,PLoS Biol 2(11):e363(2004))。したがって、配列番号1から66および68、69、71、72、74、75、77および78のいずれか1つのヌクレオチド配列との80%以上の同一性を有するヌクレオチド配列から成るマイクロRNA、好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の同一性を有するヌクレオチド配列から成るマイクロRNAを、本発明のマイクロRNAとして挙げることもあり、その変異体と呼ぶこともある。
表1に示した本発明のそれぞれのmiRNA分子の中でmiRBaseに示されているような配列番号1から66の、および配列番号67、70、73または76の、いずれか1つの前駆体miRNAヌクレオチド配列との80%以上の同一性を有するヌクレオチド配列から成る前駆体マイクロRNA、好ましくは90%以上、さらに好ましくは95%以上の同一性を有するヌクレオチド配列から成るマイクロRNAを、本発明の前駆体マイクロRNAとして挙げることもあり、その変異体と呼ぶこともある。
前記変異体は、ストリンジェントな条件下で参照ヌクレオチド配列に、その補体に、またはそれと実質的に同一のヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列であることもある。当業者には理解されるであろうが、一本鎖の描写は、相補鎖の配列も規定する。したがって、核酸は、描写する一本鎖の相補鎖も包含する。当業者には同じく理解されるであろうが、核酸の多くの変異体を、所与の核酸と同じ目的で使用することができる。したがって、核酸は、実質的に同一の核酸およびその補体を包含する。当業者には同じく理解されるであろうが、一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的配列にハイブリダイズすることができるプローブのためのプローブを提供する。したがって、核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。
本明細書において用いる場合の「プローブ」は、1つ以上のタイプの化学結合によって、通常は相補塩基対合によって、通常は水素結合形成によって、相補配列の標的核酸に結合できるオリゴヌクレオチドを意味し得る。プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーに依存して、プローブ配列との完全相補性を欠く標的配列を結合することができる。標的配列と本発明の一本鎖核酸間のハイブリダイゼーションに干渉することになる任意の数の塩基対ミスマッチがあってよい。しかし、ストリンジェンシーが最も低いハイブリダイゼーション条件下でさえハイブリダイゼーションが起こることができないほど突然変異の数が多い場合、その配列は、相補標的配列ではない。
本明細書において用いる「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、第一の核酸配列(例えば、プローブ)が、核酸混合物中のものなどの、第二の核酸配列(例えば、標的)にハイブリダイズすることになるが、他の配列にはハイブリダイズすることにならない条件を意味し得る。ストリンジェントな条件は、配列依存性であり、状況が異なれば異なることになる。一般に、ストリンジェントな条件は、被定義イオン強度pHでのその具体的な配列の融点(thermal melting point:Tm)より約5〜10℃低いように選択される。前記Tmは、(被定義イオン強度、pH、および核酸濃度(nucleic concentration)下で)標的に相補的なプローブの50%が平衡時にその標的配列にハイブリダイズする(標的配列が過剰に存在する場合、Tmで、前記プローブの50%が平衡時に占有される)温度であり得る。ストリンジェントな条件は、塩濃度が、pH7.0から8.3で約1.0Mナトリウムイオン未満、典型的には0.01〜1.0Mナトリウムイオン濃度(または他の塩)であり、ならびに温度が、短いプローブ(例えば、約10〜50ヌクレオチド)については少なくとも約30℃、および長いプローブ(例えば、約50ヌクレオチドより大きいもの)については少なくとも約60℃である条件であり得る。ストリンジェントな条件をホルムアミドなどの不安定化剤の添加で達成することもできる。選択的または特異的ハイブリダイゼーションについての陽性シグナルは、バックグラウンドハイブリダイゼーションの少なくとも2から10倍であり得る。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては次のものが挙げられる:50%ホルムアミド、5×SSC、および1%SDS、42℃でのインキュベーション、または5×SSC、1%SDS、65℃でのインキュベーションと、65℃で0.2×SSCおよび0.1%SDS中での洗浄。
本明細書において用いる「実質的に相補的」は、第一の配列が、第二の配列の補体と8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50ヌクレオチド以上の領域にわたって少なくとも60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%もしくは99%同一であること、または前記2つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味し得る。
本明細書において用いる「実質的に同一の」は、第一および第二の配列が、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45、50ヌクレオチドもしくはアミノ酸以上の領域にわたって、または第一の配列が第二の配列の補体と実質的に相補的である場合には核酸に対して、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、97%、98%または99%同一であることを意味し得る。
本明細書において用いる場合、用語「結合分子」は、対象となる標的に特異的に結合する任意の薬剤(例えば、ペプチド、タンパク質、核酸ポリマー、アプタマー、スピーゲルマーまたは小分子)を指す。特定の好ましい実施形態において、本発明の意味での用語「結合分子」は、合成miRNAミミック、RNA−分子、抗体、アプタマー、スピーゲルマー、およびsiRNA、miRNAまたはそれらの変異体の修飾変異体を含む。かかる変異体を化学合成することができ、およびかかる変異体は、RNAサイレンシング関連プロセスに有利な点を有し得る。これらの修飾の一部、例えば、2’−o−メチル、2’−o−アリル、2’−デオキシ−フルオロウリジン修飾、またはホスホチオエートは、miRNA関連分子を分解しないように保護するのに役立ち得る。他の修飾、例えば、メチレン架橋をリボース環の4’−炭素で2’−酸素と連結させるロックト核酸修飾は、miRNA関連分子のその標識に対する親和性を増加させることまたはそのオフターゲット効果を低減させることにも役立つ。他の修飾は、アルゴノート(Argonaute)複合体(Hammell CM.,RNA Biol.5(2008),123−127)へのsiRNAまたはmiRNAの正確な鎖の負荷を、例えば5’リン酸またはメチルを二本鎖miRNA/miRNA*複合体(miRNA*は、その前駆体の反対側のアームから生ずるmiRNAのパートナー鎖である)の一方の鎖に付加させることにより、増進することができる。
対象となる標的を、本明細書では、上文にて定義したとおりの本発明のmiRNA分子の、好ましくは核酸内の、最も好ましくはpre−mRNAまたはmRNA−分子の認識部位と定義する。標的核酸の機能へのかかる干渉の総合効果は、前記遺伝子の発現の特異的修飾である。本発明に関連して、「修飾」は、遺伝子の発現の増加(刺激)または減少(阻害)のいずれかを意味する。本発明に関連して、特に「免疫修飾」に関して、阻害は、遺伝子発現の好ましい修飾形態である。マイクロRNAの5’末端側のヌクレオチド2から8(シード配列)に相補的なヌクレオチド配列を有するmRNAは、該マイクロRNAによるその翻訳の抑制を受ける(Current Biology,15,R458−R460(2005))ので、本発明のマイクロ−RNAのシード配列に相補的なヌクレオチド配列を、本発明のマイクロ−RNAまたは結合分子の標的ヌクレオチド配列として挙げることもある。
「miRNAミミック」は、非天然二本鎖miRNA様RNA断片である。それらは、標的遺伝子に特有の3’UTRにおける選択配列に対して部分的に相補的なモチーフを保有する5’末端を有するように設計される。細胞に導入されると、miRNAミミックは、その標的遺伝子に特異的に結合することができ、その遺伝子の転写後抑制、より具体的にはその遺伝子の翻訳阻害を生じさせることができる。幾つかの遺伝子を一度に標的にすることができる内因性miRNAとは異なり、miR−ミミックは、遺伝子特異的様式で作用する(Wang,Methods Mol Biol.676(2011),211−223;Xiao et al.,J Cell Physiol 212(2007),285−292)。
本明細書において用いる場合、用語「アプタマー」は、標的分子との非ワトソン・クリック相互作用に基づく高い親和性特異性で他の分子を結合するそれらの能力に基づいてランダムプールから選択されたDNAまたはRNA分子を指す(例えば、Cox and Ellington,Bioorg.Med.Chem.9(2001),2525−2531;Lee et al.,Nuc.Acids Res.32(2004),D95−D100を参照)。核酸、タンパク質、小有機化合物、ビタミン、無機化合物、細胞およびさらには生物全体を結合するアプタマーを選択することができる。
本発明のペプチドおよびアプタマーは、任意の適する方法によって合成される。例えば、本発明の標的指向性ペプチドおよびアプタマーを固相ペプチド合成によって化学合成することができる。固相合成のための技法は、例えばBarany and Merrifield(1979)Solid−Phase Peptide Synthesis;pp.1−284 in The Peptides:Analysis,Synthesis,Biology,(Gross. and Meinehofer, eds.),Academic,New York,Vol.2,Special Methods in Peptide Synthesis,Part A.;Merrifield,J.Am.Chem.Soc,85(1963),2149−2154;およびStewart and Young (1984) Solid Phase Peptide Synthesis,2nd ed.Pierce Chem.Co.,Rockford,Illinoisによって記載されている。
スピーゲルマーは、標的またはその一部分に対して結合活性を示す多数のL−ヌクレオチドを含む核酸である。基本的なスピーゲルマー産生方法は、国際特許出願・国際公開第1998/008856号パンフレットに従い、前記特許出願の開示は参照により本明細書に援用されている。基本的に、この方法は、例えば米国特許第5,475,096号明細書に記載されているような、いわゆるSELEX法に依存する。前記方法は、5’および3’末端における2つのプライマー結合領域が隣接する約10から約100ヌクレオチドのランダム化ストレッチを含むコンビナトリアルDNAまたはRNAライブラリーを使用する。かかるコンビナトリアルライブラリの産生は、例えば、Conrad et al.,Methods Enzymol.,267(1996),336−367に記載されている。かかる化学合成一本鎖DNAライブラリーをポリメラーゼ連鎖反応によって二本鎖ライブラリーに変換することができる。
かかるライブラリーを既に選択のために使用することができる。この選択は、ライブラリー、典型的には一本鎖ライブラリーを標的分子と接触させ、その後、そのライブラリーの結合要素を増幅させるようにして行われる。これらの段階を数回繰り返すことにより、使用する標的に対して有意な結合活性を有するオリゴヌクレオチド分子を産生することができる。
「抗体」は、例えばTijssen(Tijssen,P.,Practice and theory of enzyme immunoassays,11,Elsevier Science Publishers B.V.,Amsterdam,the whole book,especially pages 43−78)に記載されているような、従来技術の手順によって産生される。本発明の抗体は、完全な抗体に加えて、例えばF(ab’)断片、F(ab)断片およびF(ab’)2断片、または任意の他の抗原結合断片をはじめとする様々な形態で存在することがあることはもちろん、一本鎖で存在することもある;例えば、国際出願・国際公開88/09344号、同第2005/003169号、同第2005/003170号および同第2005/003171号パンフレットを参照。
本発明に従って使用することができる抗体は、免疫グロブリン分子、すなわち、抗原を特異的に結合する抗原結合部位を含有する分子、および免疫グロブリン分子の免疫活性部分を含む。本発明の免疫グロブリン分子は、免疫グロブリン分子のいずれのクラス(例えば、IgG、IgE、IgM、IgDもしくはIgA)またはサブクラスのものであってもよい。
ポリヌクレオチド:
用語「ポリヌクレオチド」は、単数の核酸はもちろん複数の核酸も包含することを意図したものであり、単離された核酸分子または構築物、例えば、メッセンジャーRNA(mRNA)またはプラスミドDNA(pDNA)を指す。ポリヌクレオチドは、従来的ホスホジエステル結合または非従来的結合(例えば、アミド結合、例えば、ペプチド核酸(peptide nucleic acids:PNA)において見いだされるもの)を含むことがある。用語「核酸」または「二本鎖核酸」は、本発明の少なくとも1つのmiRNA分子をコードする配列を好ましくは含む、ポリヌクレオチド中に存在する任意の1つ以上の核酸セグメント、例えば、DNAまたはNRA断片を指す。「単離された」核酸またはポリヌクレオチドは、その天然の環境から除去された核酸分子、DNAまたはRNAを意図したものである。例えば、ベクターに含有される少なくとも1つのmiRNAまたは抗体をコードする組換えポリヌクレオチドは、本発明の目的では単離されていると見なされる。単離されたポリヌクレオチドのさらなる例としては、異種宿主細胞内に維持されている組み換えポリヌクレオチド、または溶解状態の(部分的にもしくは実質的に)精製されたポリヌクレオチドが挙げられる。単離されたRNA分子は、本発明のポリヌクレオチドのin vivoまたはin vitro RNA転写産物を含む。本発明による単離されたポリヌクレオチドまたは核酸は、さらに、合成生産されたかかる分子を含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、調節要素、例えばプロモーター、リボース結合部位、または転写ターミネーターでありうるか、またはそれらを含みうる。
用語「ポリヌクレオチド」は、単数の核酸はもちろん複数の核酸も包含することを意図したものであり、単離された核酸分子または構築物、例えば、メッセンジャーRNA(mRNA)またはプラスミドDNA(pDNA)を指す。ポリヌクレオチドは、従来的ホスホジエステル結合または非従来的結合(例えば、アミド結合、例えば、ペプチド核酸(peptide nucleic acids:PNA)において見いだされるもの)を含むことがある。用語「核酸」または「二本鎖核酸」は、本発明の少なくとも1つのmiRNA分子をコードする配列を好ましくは含む、ポリヌクレオチド中に存在する任意の1つ以上の核酸セグメント、例えば、DNAまたはNRA断片を指す。「単離された」核酸またはポリヌクレオチドは、その天然の環境から除去された核酸分子、DNAまたはRNAを意図したものである。例えば、ベクターに含有される少なくとも1つのmiRNAまたは抗体をコードする組換えポリヌクレオチドは、本発明の目的では単離されていると見なされる。単離されたポリヌクレオチドのさらなる例としては、異種宿主細胞内に維持されている組み換えポリヌクレオチド、または溶解状態の(部分的にもしくは実質的に)精製されたポリヌクレオチドが挙げられる。単離されたRNA分子は、本発明のポリヌクレオチドのin vivoまたはin vitro RNA転写産物を含む。本発明による単離されたポリヌクレオチドまたは核酸は、さらに、合成生産されたかかる分子を含む。加えて、ポリヌクレオチドまたは核酸は、調節要素、例えばプロモーター、リボース結合部位、または転写ターミネーターでありうるか、またはそれらを含みうる。
本明細書において用いる場合、「コーディング領域」は、アミノ酸に翻訳されたコドンから成る、または機能性RNA、例えばtRNA、rRNA、触媒RNA、miRNA分子の前駆体、miRNA、siRNAおよびアンチセンスRNAの配列を含む、核酸の一部分である。「終止コドン」(TAG、TGAまたはTAA)は、アミノ酸に翻訳されないが、コーディング領域の一部とみなすことができ、しかし、いずれの隣接配列も、例えば、プロモーター、リボース結合部位、転写ターミネーター、イントロンおよびこれらに類するものは、コーディング領域の一部ではない。もちろん、この区別は、miRNAをコードする配列であって、かかる種類の配列、例えばタンパク質コーディング遺伝子のイントロンの配列、内のそれらの元の遺伝子座から抽出されたものである配列を指すのではなく、本発明のポリヌクレオチド構築物内の配列の機能を指す。コーディング領域は、それらに連結された5’または3’非翻訳配列を場合によっては含むコーディング配列(例えば、エキソンおよびmiRNA)に対応するmRNAまたはcDNAであってもよい。コーディング領域は、コーディング領域のすべてもしくは一部および/またはそれに連結された5’もしくは3’非翻訳配列を含む、in vitroで生産された増幅核酸分子であってもよい。
本発明の2つ以上のコーディング領域が単一のポリヌクレオチド構築物中に、例えば単一のベクター上に、存在する場合もあり、または別々のポリヌクレオチド構築物中に、例えば別々の(異なる)ベクター上に、存在する場合もある。さらに、いずれのベクターも、単一のコーディング領域を含有することがあり、または2つ以上のコーディング領域を含むこともある、例えば、単一のベクターが、免疫グロブリン重鎖可変領域および免疫グロブリン軽鎖可変領域を別々にコードすることもある。加えて、本発明のベクター、ポリヌクレオチドまたは核酸は、結合分子、抗体、またはその断片、変異体もしくは誘導体をコードする核酸に融合している、または融合していない、異種コーディング領域をコードすることがある。異種コーディング領域としては、限定ではないが、特殊要素またはモチーフ、例えば、分泌シグナルペプチドまたは異種機能性ドメインが挙げられる。
いくつかの実施形態において、前記ポリヌクレオチドまたは核酸は、DNAである。DNAの場合、miRNAまたはポリペプチドをコードする核酸を含むポリヌクレオチドは、1つ以上のコーディング領域と作動可能に会合しているプロモーターおよび/または他の転写もしくは翻訳制御要素を通常は含むであろう。作動可能な会合は、遺伝子産物、例えばポリペプチド、についてのコーディング領域が、1つ以上の調節配列と、その(それらの)調節配列の影響または制御下でその遺伝子産物の発現が起こるように会合しているときに存在する。2つのDNA断片(例えば、miRNA/ポリペプチドコーディング領域およびそれと会合しているプロモーター)は、プロモーター機能の誘導が、所望の遺伝子産物をコードするmRNAの転写を生じさせる結果となる場合、および2つのDNA断片間の連結が、遺伝子産物の発現を命令する発現調節配列の能力に干渉しない、またはDNAテンプレートの被転写能力に干渉しない場合、「作動可能に会合している」または「作動可能に連結されている」。したがって、プロモーター領域は、miRNA/ポリペプチドをコードする核酸と、そのプロモーターがその核酸の転写に影響を及ぼすことができる場合、作動可能に会合していることになる。前記プロモーターは、所定の細胞内のみでのDNAの実質的転写を命令する細胞特異的プロモーターであってよい。プロモーターに加えて、他の転写制御要素、例えば、エンハンサー、オペレーター、レプレッサーおよび転写終結シグナルをポリヌクレオチドと動作可能に会合させて、細胞特異的転写を命令することができる。適するプロモーターおよび他の転写制御領域をここで説明する。
様々な転写制御領域が当業者には公知である。これらとしては、限定ではないが、脊椎動物細胞において機能する転写制御領域、例えば、サイトメガロウイルスからのプロモーターおよびエンハンサーセグメント(イントロン−Aとともに、最初期プロモーター)、シミアンウイルス−40からのプロモーターおよびエンハンサーセグメント(初期プロモーター)、ならびにレトロウイルス(例えば、ラウス肉腫ウイルス)からのプロモーターおよびエンハンサーセグメント(しかしこれらに限定されない)が挙げられる。他の転写制御領域としては、脊椎動物遺伝子に由来するもの、例えばアクチン、熱ショックタンパク質、ウシ成長ホルモンおよびウサギβ−グロブリン、ならびに真核細胞における遺伝子発現を制御することができる他の配列が挙げられる。さらなる適する転写制御領域としては、組織特異的プロモーターおよびエンハンサー、ならびにリンホカイン誘導性プロモーター(例えば、インターフェロンまたはインターロイキンによって誘導され得るプロモーター)が挙げられる。
同様に、様々な翻訳制御要素が通常の当業者には公知である。これらとしては、リボース結合部位、翻訳開始および終結コドン、ならびにピコナウイルスに由来する要素(特に、配列内リボソーム進入部位(internal ribosome entry site)、すなわちIRES;CITE配列とも呼ばれる)が挙げられるが、これらに限定されない。
特に好ましい実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、RNA、例えば、メッセンジャーRNA(mRNA)、マイクロRNA(miRNA)、miRNA前駆体、短鎖ヘアピンRNA(shRNA)、短鎖干渉RNA(siRNA)または任意の他のRNA産物の形態でのRNAである。
分子の類似性および/または同一性の決定:
2ペプチド間の「類似性」は、あるペプチドのアミノ酸配列を第二のペプチドの配列と比較することによって決定する。あるペプチドのアミノ酸は、第二のペプチドの対応するアミノ酸と、それが同一または保存的アミノ酸置換である場合、類似している。保存的置換は、Dayhoff,M.O.,ed.,The Atlas of Protein Sequence and Structure 5,National Biomedical Research Foundation,Washington,D.C.(1978)に、およびArgos,EMBO J.8(1989),779−785に記載されているものを含む。例えば、次の群のうちの1つに属するアミノ酸が保存的変化または置換の代表である:−Ala、Pro、Gly、Gln、Asn、Ser、Thr;−Cys、Ser、Tyr、Thr;−Val、Ile、Leu、Met、Ala、Phe;−Lys、Arg、His;−Phe、Tyr、Trp、His;および−Asp、Glu。
2ペプチド間の「類似性」は、あるペプチドのアミノ酸配列を第二のペプチドの配列と比較することによって決定する。あるペプチドのアミノ酸は、第二のペプチドの対応するアミノ酸と、それが同一または保存的アミノ酸置換である場合、類似している。保存的置換は、Dayhoff,M.O.,ed.,The Atlas of Protein Sequence and Structure 5,National Biomedical Research Foundation,Washington,D.C.(1978)に、およびArgos,EMBO J.8(1989),779−785に記載されているものを含む。例えば、次の群のうちの1つに属するアミノ酸が保存的変化または置換の代表である:−Ala、Pro、Gly、Gln、Asn、Ser、Thr;−Cys、Ser、Tyr、Thr;−Val、Ile、Leu、Met、Ala、Phe;−Lys、Arg、His;−Phe、Tyr、Trp、His;および−Asp、Glu。
2配列間の同一性または類似性パーセントの決定は、好ましくは、Karlin and Altschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci USA 90:5873−5877の数学的アルゴリズムを用いて果たす。かかるアルゴリズムは、NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cge)で入手できるAltschul et al.(1990)J.Mol.Biol.215:403−410のBLASTnおよびBLASTpプログラムに組み込まれている。
同一性または類似性パーセントの決定は、BLASTnおよびBLASTpプログラムの標準パラメータを用いて、具体的な長さおよび組成の配列に関してNCBIウェブページ上でおよび「BLAST Program Selection Guide」の中で推奨されているとおりに行う。
BLASTポリヌクレオチド検索は、BLASTnプログラムを用いて行う。一般パラメータについては、「Max Target Sequences」ボックスを100に設定してよく、「Short queries」ボックスにチェックマークを付けてよく、NCBIウェブページ上で短い配列(20塩基未満)について推奨されているように、「Expect threshold」ボックスを1000に設定してよく、および「Word Size」ボックスを7に設定してもよい。より長い配列については、「Expect threshold」ボックスを10に設定してよく、および「Word Size」ボックスを11に設定してよい。スコアリングパラメータについては、「Match/mismatch Scores」を1、−2に設定してよく、および「Gap Costs」ボックスを線形に設定してよい。フィルターおよびマスキングパラメータについては、「Low complexity regions」ボックスにチェックマークを付けなくてよく、「Species−specific repeats」ボックスにチェックマークを付けなくてよく、「Mask for lookup table only」ボックスにチェックマークを付けてよく、「DUST Filter Settings」にチェックマークを付けてよく、および「Mask Lower case letters」ボックスにチェックマークを付けなくてよい。一般に、これに関しては、上に示した設定の大部分を規定する「Search for short nearly exact matches」を用いてもよい。これについてのさらなる情報は、NCBIウェブページ上で公開されている「BLAST Program Selection Guide」の中で見つけることができる。
BLASTタンパク質検索は、BLASTpプログラムを用いて行う。一般パラメータについては、「Max Target Sequences」ボックスを100に設定してよく、「Short queries」ボックスにチェックマークを付けてよく、「Expect threshold」ボックスを10に設定してよく、および「Word Size」ボックスを「3」に設定してもよい。スコアリングパラメータについては、「Matrix」ボックスを「BLOSUM62」に設定してよく、「Gap Costs」ボックスを「Existence:11 Extension:1」に設定してよく、「Compositional adjustments」ボックスを「Conditional compositional score matrix adjustment」に設定してよい。フィルターおよびマスキングパラメータについては、「Low complexity regions」ボックスにチェックマークを付けなくてよく、「Mask for lookup table only」ボックスにチェックマークを付けなくてよく、および「Mask Lower case letters」ボックスにチェックマークを付けなくてよい。
両方のプログラムの、例えば検索配列の長さに関しての、変更は、NCBIウェブページ上にHTMLおよびPDF版で公開されている「BLAST Program Selection Guide」における推奨に従って行う。
疾患および障害
別段の記述がない限り、用語「障害」および「疾患」を本明細書では交換可能に用いる。本明細書において用いる場合の用語「自己免疫障害」は、個体自体の組織もしくは器官もしくは共分離系から生ずるもしくはそれらに対する疾患もしくは障害、またはその症状発現、またはその結果として生ずる病態である。自己免疫疾患は、主として、適応免疫応答の調節不全によって引き起こされ、自己構造に対する自己抗体または自己反応性T細胞が形成される。ほぼすべての自己免疫疾患は、炎症性成分も有する。自己炎症性疾患は、主として炎症性であり、一部の古典的自己炎症性疾患は、先天的炎症経路の遺伝的欠陥によって引き起こされる。自己炎症性疾患では、自己反応性T細胞または自己抗体は形成されない。これらの自己免疫および自己炎症性障害の多くに、高ガンマグロブリン血症、高い自己抗体レベル、組織内の抗原−抗体複合体沈着、コルチコステロイドまたは免疫抑制処置からの恩恵、および罹患組織内のリンパ球様細胞凝集体をはじめとする(しかしこれらに限定されない)、多数の臨床および検査マーカーが存在し得る。理論に限定されないが、B細胞媒介自己免疫障害に関して、B細胞は、自己抗体生産、免疫複合体形成、樹状およびT細胞活性化、サイトカイン合成、直接ケモカイン放出および異所新生リンパ球産生巣の提供を含む多数のメカニズムの経路によって、ヒト自己免疫疾患において病原効果を明示すると考えられる。これらの経路の各々が、様々な程度に、自己免疫疾患の病状に関与し得る。
別段の記述がない限り、用語「障害」および「疾患」を本明細書では交換可能に用いる。本明細書において用いる場合の用語「自己免疫障害」は、個体自体の組織もしくは器官もしくは共分離系から生ずるもしくはそれらに対する疾患もしくは障害、またはその症状発現、またはその結果として生ずる病態である。自己免疫疾患は、主として、適応免疫応答の調節不全によって引き起こされ、自己構造に対する自己抗体または自己反応性T細胞が形成される。ほぼすべての自己免疫疾患は、炎症性成分も有する。自己炎症性疾患は、主として炎症性であり、一部の古典的自己炎症性疾患は、先天的炎症経路の遺伝的欠陥によって引き起こされる。自己炎症性疾患では、自己反応性T細胞または自己抗体は形成されない。これらの自己免疫および自己炎症性障害の多くに、高ガンマグロブリン血症、高い自己抗体レベル、組織内の抗原−抗体複合体沈着、コルチコステロイドまたは免疫抑制処置からの恩恵、および罹患組織内のリンパ球様細胞凝集体をはじめとする(しかしこれらに限定されない)、多数の臨床および検査マーカーが存在し得る。理論に限定されないが、B細胞媒介自己免疫障害に関して、B細胞は、自己抗体生産、免疫複合体形成、樹状およびT細胞活性化、サイトカイン合成、直接ケモカイン放出および異所新生リンパ球産生巣の提供を含む多数のメカニズムの経路によって、ヒト自己免疫疾患において病原効果を明示すると考えられる。これらの経路の各々が、様々な程度に、自己免疫疾患の病状に関与し得る。
本明細書において用いる場合、「自己免疫障害」は、器官特異的疾患である(すなわち、免疫応答が、特異的に器官系、例えば内分泌系、造血系、皮膚、心肺系、胃腸および肝臓系、腎臓系、甲状腺、耳、筋神経系、中枢神経系など、に向けられる)こともあり、または多数の器官系を罹患させ得る全身疾患(例えば、全身性エリテマトーデス(systemic lupus erythematosus:SLE)、関節リウマチ、多発性筋炎、自己免疫性多腺性内分泌不全症候群など)であることもある。好ましいそのような疾患としては、急性散在性脳脊髄炎(ADEM)、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群(APS)、自己免疫性心筋症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群(ALPS)、自己免疫性末梢神経障害、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、セリアック病、寒冷凝集素症、クローン病、皮膚筋炎、I型糖尿病、子宮内膜症、好酸球性筋膜炎、胃腸類天疱瘡、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群(GBS)、橋本脳症、橋本甲状腺炎、特発性血小板減少性紫斑病(自己免疫性血小板減少性紫斑病)、エリテマトーデス、ミラー・フィッシャー症候群(ギラン・バレー症候群)、混合性結合組織病、重力筋無力症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、再発性多発性軟骨炎、関節リウマチ、シェーグレン症候群、側頭動脈炎(「巨細胞性動脈炎」)、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織病(混合性結合組織病)、血管炎、ウェゲナー肉芽腫症が挙げられる。
処置および薬:
本明細書において用いる場合、用語「処置する」または「処置」は、治療的処置と予防または防止措置の両方を指し、その目的は、望ましくない生理変化または障害、例えば自己免疫および/または自己炎症性疾患の発現、を予防するまたは減速する(減らす)ことである。有益なまたは望ましい臨床結果としては、検出可能であるにせよ、検出不能であるにせよ、症状の緩和、疾病度の減少、安定化された(すなわち、悪化しない)疾病状態、疾患進行の遅延または減速、疾病状態の改善または一時的緩和、および(部分的であるにせよ、全体的であるにせよ)寛解が挙げられるが、これらに限定されない。「処置」は、処置を受けていない場合に予想される生存と比較したときの生存の延長も意味する。処置を必要とする者は、既に前記病態もしくは障害を有する者はもちろん、前記病態もしくは障害を有しやすい者、または前記病態または障害の症状発現を予防すべき者も含む。
本明細書において用いる場合、用語「処置する」または「処置」は、治療的処置と予防または防止措置の両方を指し、その目的は、望ましくない生理変化または障害、例えば自己免疫および/または自己炎症性疾患の発現、を予防するまたは減速する(減らす)ことである。有益なまたは望ましい臨床結果としては、検出可能であるにせよ、検出不能であるにせよ、症状の緩和、疾病度の減少、安定化された(すなわち、悪化しない)疾病状態、疾患進行の遅延または減速、疾病状態の改善または一時的緩和、および(部分的であるにせよ、全体的であるにせよ)寛解が挙げられるが、これらに限定されない。「処置」は、処置を受けていない場合に予想される生存と比較したときの生存の延長も意味する。処置を必要とする者は、既に前記病態もしくは障害を有する者はもちろん、前記病態もしくは障害を有しやすい者、または前記病態または障害の症状発現を予防すべき者も含む。
別段の記述がない場合、用語「薬」、「医薬」または「薬物」は、本明細書では交換可能に用いており、これらに限定されるものではないが(A)内用または外用の物品、医薬および調製物、ならびに人間または他の動物いずれかの疾患の診断、治癒、軽減、処置または予防に使用することを意図した任意の物質または物質の混合物;および(B)人間または他の動物の身体の構造または任意の機能に作用することを意図した物品、医薬および調製物(食品以外);および(C)条項(A)および(B)にて指定した任意の物品の成分として使用することを意図した物品、すべてを含むものとする。用語「薬」、「医薬」または「薬物」は、人間または他の動物に使用することを意図した完全処方の調製物であって、1つ以上の「薬剤」、「化合物」、「物質」または「(化学)組成物」をそのまま含有する、ならびに一部の他の状況では、フィラー、崩壊剤、滑沢剤、滑剤、結合剤のような、または人間もしくは他の動物の体内の所期の標的位置での、例えば皮膚、胃もしくは腸内での、「薬」、「医薬」もしくは「薬物」の容易な輸送、崩壊、解凝集、溶解および生物学的利用能を確実なものにする、他の医薬的に不活性な賦形剤も含有するものである調製物を含むものとする。用語「薬剤」、「化合物」または「物質」を本明細書では交換可能に用いており、これらの用語は、より特別な状況では、医薬活性薬剤、すなわち、所望の生物学的もしくは薬理学的効果を誘導する薬剤、または本発明の方法によるそのような可能な薬理学的効果の誘導能力について調査または試験される薬剤を含むものとする(しかしこれらに限定されない)。
本明細書に従って用いる場合の用語「免疫修飾」は、抗体または感作細胞であって、それらの生産を開始させる抗原を認識し、該抗原と反応するものである抗体または感作細胞を生産する免疫系の能力を増強すること(免疫強化)または低下させること(免疫抑制)による、免疫応答の改変を指す。免疫修飾に適する幾つかの物質、例えば、細胞傷害剤、チモシンおよび免疫グロブリンは、当該技術分野において公知である。
医薬担体:
医薬的に許容され得る担体および投与経路は、当業者に公知の対応する文献から得ることができる。本発明の医薬組成物を、当該技術分野において周知の方法に従って調合することができる;例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy(2000)by the University of Sciences in Philadelphia,ISBN 0−683−306472,Vaccine Protocols.2nd Edition by Robinson et al.,Humana Press,Totowa,New Jersey,USA,2003;Banga,Therapeutic Peptides and Proteins:Formulation,Processing,and Delivery Systems.2nd Edition by Taylor and Francis.(2006),ISBN:0−8493−1630−8を参照。適する医薬担体の例は、当該技術分野において周知であり、それらとしては、リン酸緩衝食塩液、水、エマルジョン、例えば油/水型エマルジョン、様々なタイプの湿潤剤、無菌液などが挙げられる。かかる担体を含む組成物を、周知の従来的方法によって調合することができる。これらの医薬組成物を被検体に適する用量で投与することができる。適する組成物の投与を様々な経路で果たすことができる。例としては、医薬的に許容され得る担体を含有する組成物の経口、鼻腔内、直腸内、局所、腹腔内、静脈内、筋肉内、皮下、真皮下、経皮、クモ膜下および頭蓋内法による投与が挙げられる。鼻腔スプレー製剤などのエアロゾル製剤は、保存薬および等張剤を伴う活性薬剤の精製水溶液または他の溶液を含む。かかる製剤を、好ましくは、鼻粘膜と適合性のpHおよび等張状態に調整する。経口投与のための医薬組成物、例えば、単一ドメイン抗体(例えば、「nanobodies(登録商標)」)なども、本発明の中で構想される。かかる経口製剤は、例えば、錠剤、カプセル、粉末、液体または半固体形態であり得る。錠剤は、固体担体、例えばゼラチン、またはアジュバントを含むことがある。直腸内または膣内投与用の製剤は、適する担体を用いて坐剤として提供することができる;O’Hagan et al.,Nature Reviews,Drug Discovery 2(9)(2003),727−735も参照。様々なタイプの投与に適している製剤に関するさらなるガイダンスは、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mace Publishing Company,Philadelphia,PA,17th ed.(1985)および対応する最新版において見つけることができる。薬物送達方法の簡潔なレビューについては、Langer,Science 249(1990),1527−1533を参照。
医薬的に許容され得る担体および投与経路は、当業者に公知の対応する文献から得ることができる。本発明の医薬組成物を、当該技術分野において周知の方法に従って調合することができる;例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy(2000)by the University of Sciences in Philadelphia,ISBN 0−683−306472,Vaccine Protocols.2nd Edition by Robinson et al.,Humana Press,Totowa,New Jersey,USA,2003;Banga,Therapeutic Peptides and Proteins:Formulation,Processing,and Delivery Systems.2nd Edition by Taylor and Francis.(2006),ISBN:0−8493−1630−8を参照。適する医薬担体の例は、当該技術分野において周知であり、それらとしては、リン酸緩衝食塩液、水、エマルジョン、例えば油/水型エマルジョン、様々なタイプの湿潤剤、無菌液などが挙げられる。かかる担体を含む組成物を、周知の従来的方法によって調合することができる。これらの医薬組成物を被検体に適する用量で投与することができる。適する組成物の投与を様々な経路で果たすことができる。例としては、医薬的に許容され得る担体を含有する組成物の経口、鼻腔内、直腸内、局所、腹腔内、静脈内、筋肉内、皮下、真皮下、経皮、クモ膜下および頭蓋内法による投与が挙げられる。鼻腔スプレー製剤などのエアロゾル製剤は、保存薬および等張剤を伴う活性薬剤の精製水溶液または他の溶液を含む。かかる製剤を、好ましくは、鼻粘膜と適合性のpHおよび等張状態に調整する。経口投与のための医薬組成物、例えば、単一ドメイン抗体(例えば、「nanobodies(登録商標)」)なども、本発明の中で構想される。かかる経口製剤は、例えば、錠剤、カプセル、粉末、液体または半固体形態であり得る。錠剤は、固体担体、例えばゼラチン、またはアジュバントを含むことがある。直腸内または膣内投与用の製剤は、適する担体を用いて坐剤として提供することができる;O’Hagan et al.,Nature Reviews,Drug Discovery 2(9)(2003),727−735も参照。様々なタイプの投与に適している製剤に関するさらなるガイダンスは、Remington’s Pharmaceutical Sciences,Mace Publishing Company,Philadelphia,PA,17th ed.(1985)および対応する最新版において見つけることができる。薬物送達方法の簡潔なレビューについては、Langer,Science 249(1990),1527−1533を参照。
修飾されていない裸のアンチセンス分子は、それらが負の電荷を有していようと、いまいと、細胞によってあまり内在化されないと報告されている(Grey et al.,Biochem.Pharmacol.53(1997).1465−1476,Stein et al.,Biochemistry 32(1993),4855−4861.Bennet et al.,Mol.Pharmacol.41 (1992),1023−1033)。したがって、他の薬剤、例えば、脂質担体(Fattal et al.,Adv.Drug Deliv.Rev.56(2004),931−946)、微粒子(Khan et al.,J.Drug Target 12(2004),393−404)、小胞、例えばエキソソーム(実施例4を参照)を用いて、または細胞膜を通してアンチセンス分子を転座させる細胞貫通ペプチド(cell−penetrating peptides:CPP)への共有結合コンジュゲーションによって、オリゴヌクレオチドを修飾し、組成物に使用することができる;レビューについては、Lysik and Wu−Pong,J.Pharm.Sci.92(2003),1559−1573を参照。
エキソソーム:
これに関連して、小胞またはエキソソームも使用することができる。「エキソソーム」は、後期エンドソーム多胞体と形質膜の融合後に細胞外環境に分泌される約30〜100nmのエンドソーム由来の小胞である(Garin et al.,J Cell Biol 152(2001),165−180)。様々な組織タイプからの細胞、例えば、樹状細胞、Bリンパ球、腫瘍細胞および肥満細胞などが、エキソソームを分泌することは証明されている。異なる起源からのエキソソームは、別個のセットのタンパク質および脂質部分を呈示する(J Thery et al.,Cell Biol 147(1999),599−610;Thery et al.,J Immunol 166(2001),7309−7318)。それらは、抗原提示および免疫修飾に関与するタンパク質を著しく含有し、これは、エキソソームが細胞間コミュニケーションに一定の役割を果たし(Simons and Raposo,Curr.Opin.Cell Biol.21(2009),575−581;Thery et al.,Nat.Rev.Immunol.9(2009),581−593)、それによって免疫応答の修飾をもたらすことを示唆する。治療目的でのまたは研究ツールとしてのエキソソームの生産、精製または使用方法は、例えば、国際公開第99/03499号、同第00/44389号および同第97/05900号パンフレットに記載されており、これらの開示内容は、参照により本明細書に援用されている。さらに、人工エキソソームの生産方法も当該技術分野において公知である。かかる人工エンドソームは、De La Pena et al.,J Immunol Methods.344(2009),121−132に記載されているように、被覆リポソームから誘導することができる。
これに関連して、小胞またはエキソソームも使用することができる。「エキソソーム」は、後期エンドソーム多胞体と形質膜の融合後に細胞外環境に分泌される約30〜100nmのエンドソーム由来の小胞である(Garin et al.,J Cell Biol 152(2001),165−180)。様々な組織タイプからの細胞、例えば、樹状細胞、Bリンパ球、腫瘍細胞および肥満細胞などが、エキソソームを分泌することは証明されている。異なる起源からのエキソソームは、別個のセットのタンパク質および脂質部分を呈示する(J Thery et al.,Cell Biol 147(1999),599−610;Thery et al.,J Immunol 166(2001),7309−7318)。それらは、抗原提示および免疫修飾に関与するタンパク質を著しく含有し、これは、エキソソームが細胞間コミュニケーションに一定の役割を果たし(Simons and Raposo,Curr.Opin.Cell Biol.21(2009),575−581;Thery et al.,Nat.Rev.Immunol.9(2009),581−593)、それによって免疫応答の修飾をもたらすことを示唆する。治療目的でのまたは研究ツールとしてのエキソソームの生産、精製または使用方法は、例えば、国際公開第99/03499号、同第00/44389号および同第97/05900号パンフレットに記載されており、これらの開示内容は、参照により本明細書に援用されている。さらに、人工エキソソームの生産方法も当該技術分野において公知である。かかる人工エンドソームは、De La Pena et al.,J Immunol Methods.344(2009),121−132に記載されているように、被覆リポソームから誘導することができる。
それらの免疫原特性および治療特性を考えると、エキソソームの内容物を、それらの特性を変えるように修飾できることは、特に有用であるだろう。これに関しては、組換えタンパク質をコードするプラスミドがトランスフェクトされた細胞に由来する組換えエキソソームが当該技術分野において記載されている。かかる組換えエキソソームは、プラスミドにコードされた組換えタンパク質を含有する(国際公開第00/28001号パンフレット)。
発現:
本明細書において用いる場合の用語「発現」は、遺伝子が生化学物質、例えばRNA、miRNAまたはポリペプチド、を生産するプロセスを指す。このプロセスは、限定ではないが、遺伝子ノックダウンならびに一過的発現と安定した発現の両方を含めて、細胞内での遺伝子の機能的存在の一切の顕在化を含む。それは、限定ではないが、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA(tRNA)、短鎖ヘアピンRNA(shRNA)、短鎖干渉RNA(siRNA)または任意の他のRNA産物への遺伝子の転写、およびかかるmRNAのポリペプチド(単数または複数)への翻訳を含む。最終的に望まれる産物が生化学物質である場合、発現は、その生化学物質および任意の前駆体の生成を含む。遺伝子の発現は、「遺伝子産物」を生産する。本明細書において用いる場合、遺伝子産物は、核酸、例えば、マイクロRNA(miRNA)、遺伝子の転写によって生産されるメッセンジャーRNA、または転写産物から翻訳されるポリペプチドのいずれかであり得る。本明細書に記載する遺伝子産物は、転写後修飾、例えばポリアデニル化、を有する核酸、または翻訳後修飾、例えばメチル化、グリコシル化、脂質の付加、他のタンパク質サブユニットとの会合、タンパク質分解性切断およびこれらに類するもの、を有するポリペプチドをさらに含む。
本明細書において用いる場合の用語「発現」は、遺伝子が生化学物質、例えばRNA、miRNAまたはポリペプチド、を生産するプロセスを指す。このプロセスは、限定ではないが、遺伝子ノックダウンならびに一過的発現と安定した発現の両方を含めて、細胞内での遺伝子の機能的存在の一切の顕在化を含む。それは、限定ではないが、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA(tRNA)、短鎖ヘアピンRNA(shRNA)、短鎖干渉RNA(siRNA)または任意の他のRNA産物への遺伝子の転写、およびかかるmRNAのポリペプチド(単数または複数)への翻訳を含む。最終的に望まれる産物が生化学物質である場合、発現は、その生化学物質および任意の前駆体の生成を含む。遺伝子の発現は、「遺伝子産物」を生産する。本明細書において用いる場合、遺伝子産物は、核酸、例えば、マイクロRNA(miRNA)、遺伝子の転写によって生産されるメッセンジャーRNA、または転写産物から翻訳されるポリペプチドのいずれかであり得る。本明細書に記載する遺伝子産物は、転写後修飾、例えばポリアデニル化、を有する核酸、または翻訳後修飾、例えばメチル化、グリコシル化、脂質の付加、他のタンパク質サブユニットとの会合、タンパク質分解性切断およびこれらに類するもの、を有するポリペプチドをさらに含む。
ポリヌクレオチド配列を含有するおよび発現させるために、様々な発現ベクター/宿主系を利用することができる。これらとしては、微生物、例えば、組換えバクテリオファージ、プラスミドまたはコスミドDNA発現ベクターがトランスフェクトされた細菌;酵母発現ベクターがトランスフェクトされた酵母;ウイルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染した昆虫細胞系;ウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス(cauliflower mosaic virus)、CaMV;タバコモザイクウイルス(tobacco mosaic virus)、TMV)がまたは細菌発現ベクター(例えば、TiもしくはpBR322プラスミド)がトランスフェクトされた植物細胞系;動物またはヒト細胞系が挙げられるが、これらに限定されない。
宿主細胞においてmiRNA、ペプチド、ポリペプチドまたは融合タンパク質(本明細書では以後「産物」と呼ぶ)を発現させるために、次のものなどの手順を用いることができる。前記産物をコードするDNA配列を含有する制限断片を、宿主細胞において機能する複製起点を含有する適切な組換えプラスミド、および適切な選択マーカーにクローニングすることができる。前記プラスミドは、前記産物の誘導性発現のためのプロモーター(例えば、pTrc(Amann et al,Gene 69(1988),301 315)およびpETl Id(Studier et al.,Gene Expression Technology:Methods in Enzymology 185,Academic Press,San Diego,Calif.(1990),60 89)を含むことができる。前記組換えプラスミドを例えばエレクトロポレーションによって宿主細胞に導入することができ、その組換えプラスミドを含有する細胞を、そのプラスミド上のマーカーについての選択によって同定することができる。その産物に特異的なアッセイを使用して、その産物の発現をその宿主細胞において誘導し、検出することができる。
一部の実施形態では、前記産物/miRNA/ポリペプチドをコードするDNAを前記宿主細胞における発現について最適化することができる。例えば、前記DNAは、前記宿主細胞内のプレドメインである1つ以上のアミノ酸についてのコドンを、同じアミノ酸についての他のコドンに相対して含むことができる。
誘導性プロモーターの一例は、最小プロモーター、例えば、上流エンハンサー配列(原CMVプロモーターからの+75から−53の配列)がないCMVプロモーター(Gossen and Bujard,Proc Natl Acad Sci U S A.89(1992),5547−5551を参照)と、様々なテトラサイクリン/ドキシサイクリン濃度の存在下で濃度依存性活性を示すテトラサイクリン耐性オペロン配列プロモーターとの組み合わせである。非変性CMVプロモーターが構成的発現に使用されうる。
誘導性プロモーターの使用は、miRNA発現細胞におけるRNA蓄積または過飽和の細胞毒性低減をもたらすことができる。あるいは、本発明に従って、一定の期間、所期のmiRNAエフェクターを一貫して発現することができる構成的発現系を使用することができる。好ましくは、miRNAまたはそれらの類似体の発現をCMVプロモーターによって駆動し、これは、多くの場合、ヒト細胞内で約1ヶ月の活性化後、DNAメチル化のため発現停止される。かかる1ヶ月活性化メカニズムは、処置細胞におけるRNA蓄積または過飽和を防止する点で有益であり得る。
ヒト細胞へのmiRNA発現核酸組成物の送達は、リポソーム/ポリソーム/化学的トランスフェクション、DNA組換え、エレクトロポレーション、遺伝子銃貫通、トランスポゾン/レトロトランスポゾン挿入、ジャンピング遺伝子組み込み、マイクロインジェクション、ウイルス感染、レトロウイルス/レンチウイルス感染、およびこれらの組み合わせから選択される非遺伝子導入または遺伝子導入法を用いて果たすことができる。ランダムな導入遺伝子挿入および細胞突然変異の危険を防ぐために、リポソームまたはポリソームトランスフェクションを用いて、miRNA配列含有ベクターを標的ヒト細胞(例えば、患者の自己細胞)に送達することができる。特に好ましい実施形態では、人工エキソソームを使用することができる;これに関しては実施例4も参照。選ばれた少なくとも1つのmiRNA、その前駆体、変異体または類似体の発現は、選ばれたプロモーターに依存し、例えば、構成的であることもあり、誘導性であることもあり、または一時的であることもある。
本発明は、本発明の核酸を次のもののいずれかまたはすべてと一緒に含むキットにも関する:アッセイ試薬、緩衝液、プローブおよび/またはプライマー、ならびに無菌食塩水または別の医薬的に許容され得る担体。加えて、前記キットは、本発明の方法の実施のための用法(例えば、プロトコル)を含む説明書を含むことがある。
これらおよび他の実施形態を本発明の記載および実施例によって開示し、包含する。本発明に従って用いる材料、方法、使用および化合物のいずれか1つに関するさらなる文献を、例えば電子デバイスを使用して、公的ライブラリーおよびデータベースから検索することができる。例えば、米国国立衛生研究所(National Institutes of Health)の国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology Information)および/または国立医学図書館(National Library of Medicine)主催の公的データベース「Medline」を利用することができる。さらなるデータベースおよびウェブアドレス、例えば、欧州分子生物学研究所(European Molecular Biology Laboratory:EMBL)の一部門である欧州バイオインフォマティクス研究所(European Bioinformatics Institute:EBI)のものは、当業者に公知であり、インターネット検索エンジンを用いてそれらを得ることもできる。生物工学に関する特許情報の概観、ならびに遡及検索におよび文献速報に有用な適切な特許情報源の通覧は、Berks,TIBTECH 12(1994),352−364に与えられている。
上の開示は、本発明を一般に説明するものである。別段の記述がない限り、本明細書において用いる場合の用語には、2000年に改訂され、2003年に再版された、Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology,Oxford University Press,1997,ISBN 0 19 850673 2に提供されているとおりの定義が与えられている。本明細書の本文全体を通して、幾つかの文書を引用している。全書誌的引用は、特許請求の範囲の直前の本明細書の最後に見つけることができる。すべての引用した参照資料(本願全体を通して引用している文献参照資料、発行特許、公開特許出願、および製造業者の仕様書、説明書など)は、参照により本明細書に特別に援用されている;しかし、引用したいずれかの文書が実際に本発明についての先行技術であるという承認ではない。
以下の具体的な実施例を参照することによって、より完全な理解を得ることができる。これらの実施例は、単に例証を目的として本明細書に提供するものであり、本発明の範囲を制限することを意図したものではない。
実施例
続く実施例は、本発明のさらなる例証となるが、いかなる点においても本発明の範囲を制限するとみなしてはならない。以下の実施例1から12における実験は、miRNA−遺伝子クラスタ;胎盤試料において同定されるような個々のmiRNA遺伝子;ならびに例えば妊娠中の、脱調節化免疫に関連づけられる幾つかの疾患の処置および診断におけるこれらのmiRNA、それらの前駆体、変異体および類似体の新規使用に関して、例証し、説明する。これに関連して図および表1から3も参照。
続く実施例は、本発明のさらなる例証となるが、いかなる点においても本発明の範囲を制限するとみなしてはならない。以下の実施例1から12における実験は、miRNA−遺伝子クラスタ;胎盤試料において同定されるような個々のmiRNA遺伝子;ならびに例えば妊娠中の、脱調節化免疫に関連づけられる幾つかの疾患の処置および診断におけるこれらのmiRNA、それらの前駆体、変異体および類似体の新規使用に関して、例証し、説明する。これに関連して図および表1から3も参照。
妊娠週との関連での胎盤組織におけるmiR−520c−3pの相対発現
材料および方法
RNA単離
妊娠第7週と第33週の間で起きた自然流産および人工流産からの52のホルマリン固体・パラフィン包埋(formalin fixed and paraffin embedded:FFPE)胎盤組織から、全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro KitからのTLS溶解溶液(TLS−Lysis Solution)およびプロテイナーゼK(Proteinase K)中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
RNA単離
妊娠第7週と第33週の間で起きた自然流産および人工流産からの52のホルマリン固体・パラフィン包埋(formalin fixed and paraffin embedded:FFPE)胎盤組織から、全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro KitからのTLS溶解溶液(TLS−Lysis Solution)およびプロテイナーゼK(Proteinase K)中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−520cおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ;CGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCGTTCCATATTTTT 配列番号79)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(relative quantification:RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−520cおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ;CGCAAGGATGACACGCAAATTCGTGAAGCGTTCCATATTTTT 配列番号79)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(relative quantification:RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
結果
miR−520c−3pの相対発現を妊娠週に対してプロットした(図2)。データは、妊娠の進行に伴ってmiR−520c−3pの発現のわずかな減少を示し、これは、妊娠の進行に伴う染色体19 miRNAの発現の増加を述べたLuo et al.(2009)とは対照的である。
miR−520c−3pの相対発現を妊娠週に対してプロットした(図2)。データは、妊娠の進行に伴ってmiR−520c−3pの発現のわずかな減少を示し、これは、妊娠の進行に伴う染色体19 miRNAの発現の増加を述べたLuo et al.(2009)とは対照的である。
参考文献
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Luo, S. S., O. Ishibashi, et al. (2009). "Human villous trophoblasts express and secrete placenta-specific microRNAs into maternal circulation via exosomes." Biol Reprod 81(4): 717-729.
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Luo, S. S., O. Ishibashi, et al. (2009). "Human villous trophoblasts express and secrete placenta-specific microRNAs into maternal circulation via exosomes." Biol Reprod 81(4): 717-729.
胎盤組織におけるmiR−520c−3pとmiR−371−3p、miR−372およびmiR−373の相対発現の相関関係
材料および方法
RNA単離
自然流産および人工流産からの52のホルマリン固体・パラフィン包埋(FFPE)胎盤組織から、全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro Kit(Analytik Jena)からのTLS溶解溶液およびプロテイナーゼK中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
RNA単離
自然流産および人工流産からの52のホルマリン固体・パラフィン包埋(FFPE)胎盤組織から、全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro Kit(Analytik Jena)からのTLS溶解溶液およびプロテイナーゼK中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−520c、miR−371−3p、miR−372、miR−373およびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−520c、miR−371−3p、miR−372、miR−373およびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
統計分析
線形回帰t検定を用いて、発現データの回帰分析を行った。
線形回帰t検定を用いて、発現データの回帰分析を行った。
結果
回帰分析の結果を表3に要約する。miR−371−3p、miR−372およびmiR−373の相対発現は、miR−520c−3pの発現とそれぞれ非常に相関した。この相関関係は、これらのmiRNAの協調発現を示し、したがって、それらが類似した機能を共有することを示唆する。
回帰分析の結果を表3に要約する。miR−371−3p、miR−372およびmiR−373の相対発現は、miR−520c−3pの発現とそれぞれ非常に相関した。この相関関係は、これらのmiRNAの協調発現を示し、したがって、それらが類似した機能を共有することを示唆する。
参考文献
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
間質および栄養膜細胞におけるmiR−371−3p、miR−372、miR−373およびmiR−520c−3pの相対発現の比較
材料および方法
マイクロダイセクション
正常に見える第1三半期胎盤(妊娠第8週)のホルマリン固定・パラフィン包埋試料の1つを間質および栄養膜区画についての別々の分析に使用した。
マイクロダイセクション
正常に見える第1三半期胎盤(妊娠第8週)のホルマリン固定・パラフィン包埋試料の1つを間質および栄養膜区画についての別々の分析に使用した。
製造業者による記載(2011年11月17日にアクセスしたhttp://www.leica−microsystems.com/products/light−microscopes/life−science−research/laser−microdissection/details/product/leica−lmd7000/downloads/)のとおりのレーザーマイクロダイセクションについての標準的手順を用いて、間質コアと栄養膜層を分離した(図3)。ちなみに、レーザーマイクロダイセクションをGrundemann et al.Nucleic Acids Res 36(2008),e38に、特にセクション「UV−Laser−microdissection and cDNA synthesis of microdissected cells」の3頁に記載されているように行うこともでき、前記参考資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている。
RNA単離
QIAGEN miRNEasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、間質および栄養膜細胞から全RNAを単離した。
QIAGEN miRNEasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、間質および栄養膜細胞から全RNAを単離した。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、10ngの全RNAを使用してmiR−520c、miR−371−3p、miR−372、miR−373およびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、10ngの全RNAを使用してmiR−520c、miR−371−3p、miR−372、miR−373およびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
結果
栄養膜層でのみC19MC miRNAを検出し、間質細胞では検出しなかったLuo et al.,(2009)によって以前に得られた結果とは対照的に、本明細書に提示する結果は、間質細胞におけるmiR−520c−3pの発現が、栄養膜細胞におけるもと比較できるほどに高いことを示す。miR−371−3pおよびmiR−372についても同じことが言える。miR−373は、栄養膜細胞におけるより間質細胞におけるほうがよりいっそう高度に発現される(図4)。
栄養膜層でのみC19MC miRNAを検出し、間質細胞では検出しなかったLuo et al.,(2009)によって以前に得られた結果とは対照的に、本明細書に提示する結果は、間質細胞におけるmiR−520c−3pの発現が、栄養膜細胞におけるもと比較できるほどに高いことを示す。miR−371−3pおよびmiR−372についても同じことが言える。miR−373は、栄養膜細胞におけるより間質細胞におけるほうがよりいっそう高度に発現される(図4)。
本発明のmiRNAおよび結合分子の免疫修飾特性の試験
本明細書において上で定義したとおりの本発明のマイクロRNAまたは結合分子の免疫系を抑制する能力を、間葉幹細胞または栄養膜細胞へのマイクロRNAのトランスフェクション、およびこれらの細胞によって放出されたエキソソームの単離により、これらのエキソソームの標的細胞の免疫修飾を目的とした実験で使用するために試験した。エキソソームの抽出方法は、例えば、Hedlund et al.(2009)におけるMaterials and Methods partに、特に、342から343頁、セクション「Isolation of exosomes from supernatants of placental explant cultures」に記載されているように、またはTaylor et al.(2006)における1535頁、セクション「Isolation of circulating exosomes」に記載されているように、当該技術分野において公知であり、用いられている(両方の開示内容は参照により本明細書に援用されている)。あるいは、Hela細胞および線維芽細胞についてと類似に、例えばMarasa et al.(2010)により、340頁、セクション「Cell culture, transfections and b−galactosidase staining」に概説されているような常例的方法に従ってマイクロRNAを直接使用して、例えばリンパ球または樹状細胞であり得る標的細胞をトランスフェクトする(前記参照資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている)。レシピエント細胞レベルでマイクロRNAの免疫修飾能力を試験する幾つかの方法がある。マイクロRNAの免疫抑制能を評価するために用いる適切な標的細胞、トランスフェクション方法およびパラメータは、例えば、Sabapatha et al.,2006;Taylor et al.,2006;Hegmans et al.,2008;Hedlund et al.,2009;Ren et al.,2011;Zhang et al.,2011により、特に、それぞれの「Materials and Methods」セクションに記載されているように、当該技術分野において公知であり、用いられてる(前記参照資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている)。
T細胞活性を抑制するためのmiRNAミミックの使用
エレクトロポレーションを用いて、T細胞およびT細胞由来細胞系にC19MCのmiRNAのミミック(Qiagen、ドイツ国ヒルデン)を適切な濃度でトランスフェクトして、それらの増殖能力およびサイトカイン発現を試験した。陰性対照としてスクランブルsiRNA(Qiagen)を使用する。AllStars Hs Cell Death siRNA(Qiagen)を使用して、トランスフェクション効率を試験する。
妊娠末期胎盤および羊膜組織におけるmiR−517a−3p、miR−519a−3pおよびmiR−520c−3pの相対発現
羊膜からの間葉細胞は、例えば同種抗原によって誘導されるT細胞増殖の能動的抑制による、強い免疫修飾特性を有するようである(Wolbank et al.,2007)。それ故、miR−517a−3p、miR−519a−3pおよびmiR−520c−3pの発現を妊娠末期羊膜において測定し、対応する胎盤組織の発現レベルと比較した。
材料および方法
RNA単離
出産直後に得たホルマリン固定・パラフィン包埋(FFPE)妊娠末期胎盤組織および隣接羊膜組織から全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro Kit(Analytik Jena)からのTLS溶解溶液およびプロテイナーゼK中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
RNA単離
出産直後に得たホルマリン固定・パラフィン包埋(FFPE)妊娠末期胎盤組織および隣接羊膜組織から全RNAを単離した。innuPREP Micro RNA Kit(Analytik Jena AG、ドイツ国イェーナ)を、FFPE組織について次の変更を加えてその製造業者の説明書に従って使用して、RNA単離を行った:パラフィン切片の溶解を、innuPREP DNA Micro Kit(Analytik Jena)からのTLS溶解溶液およびプロテイナーゼK中でそれらの切片を60℃で1時間および80℃で15分間インキュベートすることによって行った。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−517a−3p、miR−519a−3p、miR−520c−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−517a−3p、miR−519a−3p、miR−520c−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcNDAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
結果
miR−517a−3p、miR−519a−3pおよびmiR−520c−3pの相対発現を妊娠末期羊膜組織において測定し、対応する胎盤組織と比較した。得られたRQ(相対定量)値を下の表4に与える。
miR−517a−3p、miR−519a−3pおよびmiR−520c−3pの相対発現を妊娠末期羊膜組織において測定し、対応する胎盤組織と比較した。得られたRQ(相対定量)値を下の表4に与える。
これらのデータは、羊膜におけるmiR−517a−3p、miR−519a−3pおよびmiR−520c−3pの発現が、胎盤組織におけるもと比較できるほどに高いことを示す。
参考文献
Hedlund, M., A. C. Stenqvist, et al. (2009). "Human placenta expresses and secretes NKG2D ligands via exosomes that down-modulate the cognate receptor expression: evidence for immunosuppressive function." J Immunol 183(1): 340-351.
Hegmans, J. P., P. J. Gerber, et al. (2008). "Exosomes." Methods Mol Biol 484: 97-109.
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Marasa, B. S., S. Srikantan, et al. (2010). "MicroRNA profiling in human diploid fibroblasts uncovers miR-519 role in replicative senescence." Aging (Albany NY) 2(6): 333-343.
Ren, Y., J. Yang, et al. (2011). "Exosomal-like vesicles with immune-modulatory features are present in human plasma and can induce CD4+ T-cell apoptosis in vitro." Transfusion 51(5): 1002-1011.
Sabapatha, A., C. Gercel-Taylor, et al. (2006). "Specific isolation of placenta-derived exosomes from the circulation of pregnant women and their immunoregulatory consequences." Am J Reprod Immunol 56(5-6): 345-355.
Taylor, D. D., S. Akyol, et al. (2006). "Pregnancy-associated exosomes and their modulation of T cell signaling." J Immunol 176(3): 1534-1542.
Wolbank, S., A. Peterbauer, et al. (2007). "Dose-dependent immunomodulatory effect of human stem cells from amniotic membrane: a comparison with human mesenchymal stem cells from adipose tissue." Tissue Engineering 13(6): 1173-1183.
Zhang, H., Y. Xie, et al. (2011). "CD4(+) T cell-released exosomes inhibit CD8(+) cytotoxic T-lymphocyte responses and antitumor immunity." Cell Mol Immunol 8(1): 23-30.
Hedlund, M., A. C. Stenqvist, et al. (2009). "Human placenta expresses and secretes NKG2D ligands via exosomes that down-modulate the cognate receptor expression: evidence for immunosuppressive function." J Immunol 183(1): 340-351.
Hegmans, J. P., P. J. Gerber, et al. (2008). "Exosomes." Methods Mol Biol 484: 97-109.
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Marasa, B. S., S. Srikantan, et al. (2010). "MicroRNA profiling in human diploid fibroblasts uncovers miR-519 role in replicative senescence." Aging (Albany NY) 2(6): 333-343.
Ren, Y., J. Yang, et al. (2011). "Exosomal-like vesicles with immune-modulatory features are present in human plasma and can induce CD4+ T-cell apoptosis in vitro." Transfusion 51(5): 1002-1011.
Sabapatha, A., C. Gercel-Taylor, et al. (2006). "Specific isolation of placenta-derived exosomes from the circulation of pregnant women and their immunoregulatory consequences." Am J Reprod Immunol 56(5-6): 345-355.
Taylor, D. D., S. Akyol, et al. (2006). "Pregnancy-associated exosomes and their modulation of T cell signaling." J Immunol 176(3): 1534-1542.
Wolbank, S., A. Peterbauer, et al. (2007). "Dose-dependent immunomodulatory effect of human stem cells from amniotic membrane: a comparison with human mesenchymal stem cells from adipose tissue." Tissue Engineering 13(6): 1173-1183.
Zhang, H., Y. Xie, et al. (2011). "CD4(+) T cell-released exosomes inhibit CD8(+) cytotoxic T-lymphocyte responses and antitumor immunity." Cell Mol Immunol 8(1): 23-30.
脱落膜および栄養膜細胞におけるmiR−520c−3pおよびmiR−517a−3pの相対発現の比較
材料および方法
マイクロダイセクション
正常に見える第1三半期胎盤(妊娠第9週)のホルマリン固定・パラフィン包埋試料を栄養膜および脱落膜についての別々の分析に使用した。
マイクロダイセクション
正常に見える第1三半期胎盤(妊娠第9週)のホルマリン固定・パラフィン包埋試料を栄養膜および脱落膜についての別々の分析に使用した。
製造業者による記載(2011年11月17日にアクセスしたhttp://www.leica−microsystems.com/products/light−microscopes/life−science−research/laser−microdissection/details/product/leica−lmd7000/downloads/;またはAsztalos et al.,(2010)の303頁における左欄のセクション「Materials and methods」、サブセクション「Laser microdissection」;これらの開示内容は参照により本明細書に援用されている)のとおりのレーザーマイクロダイセクションについての標準的手順を用いて、栄養膜および脱落膜組織を分離し、間質コアと栄養膜層を分離した(図3)。ちなみに、レーザーマイクロダイセクションをGrundemann et al.Nucleic Acids Res 36(2008),e38に、特にセクション「UV−Laser−microdissection and cDNA synthesis of microdissected cells」の3頁に記載されているように行うこともでき、前記参考資料の開示内容は、参照により本明細書に援用されている。
RNA単離
QIAGEN miRNEasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、脱落膜および栄養膜細胞から全RNAを単離した。
QIAGEN miRNEasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、脱落膜および栄養膜細胞から全RNAを単離した。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、10ngの全RNAを使用してmiR−520c−3p、miR−517a−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcDNAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。その発現を、低レベルでmiR−520c−3pおよびmiR−517a−3pを発現する甲状腺腫瘍と比較した。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、10ngの全RNAを使用してmiR−520c−3p、miR−517a−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcDNAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。その発現を、低レベルでmiR−520c−3pおよびmiR−517a−3pを発現する甲状腺腫瘍と比較した。
結果
本明細書に提示する結果は、miR−520c−3pおよびmiR−517a−3pが栄養膜細胞に存在するばかりでなく脱落膜細胞にも存在することを示す(図5)。脱落膜は、C19MCマイクロRNAを発現しない母体メチル化パターンを有する母体細胞から成る。したがって、本明細書に提示するデータは、これらの組織におけるmiR−517a−3pおよびmiR−520c−3p細胞の存在が、脱落膜細胞または、より具体的には、脱落膜免疫細胞による(元々、胎盤細胞によりエキソソーム経由で放出された)miRNAの取り込みに起因することを示す。
本明細書に提示する結果は、miR−520c−3pおよびmiR−517a−3pが栄養膜細胞に存在するばかりでなく脱落膜細胞にも存在することを示す(図5)。脱落膜は、C19MCマイクロRNAを発現しない母体メチル化パターンを有する母体細胞から成る。したがって、本明細書に提示するデータは、これらの組織におけるmiR−517a−3pおよびmiR−520c−3p細胞の存在が、脱落膜細胞または、より具体的には、脱落膜免疫細胞による(元々、胎盤細胞によりエキソソーム経由で放出された)miRNAの取り込みに起因することを示す。
C19MC マイクロRNA、それらの検証済み標的および免疫修飾における潜在的役割についてのインシリコ解析
材料および方法
マイクロRNAレジストリーmiRBase(http://www.mirbase.org/)をC19MCのマイクロRNAの検証済み標的について検索した。その後、関連文献をこれらの検証済み標的の公知の機能について検索した。
マイクロRNAレジストリーmiRBase(http://www.mirbase.org/)をC19MCのマイクロRNAの検証済み標的について検索した。その後、関連文献をこれらの検証済み標的の公知の機能について検索した。
結果
本明細書に提示する結果は、C19MC標的遺伝子のマイクロRNAの大部分がアポトーシスおよび免疫修飾に関連づけられることを示す。一例として、Fas−FasL誘導アポトーシスの阻害剤として作用する検証済み標的がある。これらの標的およびC19MCクラスタの対応するmiRNAを図6に図示する。
本明細書に提示する結果は、C19MC標的遺伝子のマイクロRNAの大部分がアポトーシスおよび免疫修飾に関連づけられることを示す。一例として、Fas−FasL誘導アポトーシスの阻害剤として作用する検証済み標的がある。これらの標的およびC19MCクラスタの対応するmiRNAを図6に図示する。
参考文献
"miRBase (Release 18)." from http://www.mirbase.org.
Asztalos S, Gann PH, Hayes MK, Nonn L, Beam CA, Dai Y, Wiley EL, Tonetti DA: "Gene expression patterns in the human breast after pregnancy" Cancer Prev Res (Phila). 2010 Mar;3(3):301-11
Bentwich I, Avniel A, Karov Y, Aharonov R, Gilad S, Barad O, Barzilai A, Einat P, Einav U, Meiri E, Sharon E, Spector Y, Bentwich Z (2005). "Identification of hundreds of conserved and nonconserved human microRNAs" Nat Genet. 37:766-770.
Griffiths-Jones S, Grocock RJ, van Dongen S, Bateman A, Enright AJ. (2006). "miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature." Nucl. Acids Res. 34 (suppl 1) (Database Issue):D140-D144
Griffiths-Jones S. (2004). "The microRNA Registry." Nucl. Acids Res. 32 (suppl 1) (Database Issue):D109-D111
Griffiths-Jones S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ. (2008). "miRBase: tools for microRNA genomics." Nucl. Acids Res. 36 (suppl 1) (Database Issue):D154-D158
Kozomara A, Griffiths-Jones S. (2011). "miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data." Nucl. Acids Res. 39 (suppl 1) (Database Issue):D152-D157
Landgraf P, Rusu M, Sheridan R, Sewer A, Iovino N, Aravin A, Pfeffer S, Rice A, Kamphorst AO, Landthaler M, Lin C, Socci ND, Hermida L, Fulci V, Chiaretti S, Foa R, Schliwka J, Fuchs U, Novosel A, Muller RU, Schermer B, Bissels U, Inman J, Phan Q, Chien M (2007). "A mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing" Cell. 129:1401-1414.
Livak, K. J. and T. D. Schmittgen (2001). "Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta C(T)) Method." Methods 25(4): 402-408.
Luo, S. S., O. Ishibashi, et al. (2009). "Human villous trophoblasts express and secrete placenta-specific microRNAs into maternal circulation via exosomes." Biol Reprod 81(4): 717-729.
Pandolfi F, Cianci R, Pagliari D, Casciano F, Bagala C, Astone A, Landolfi R, Barone C.
"The immune response to tumors as a tool toward immunotherapy." Clin Dev Immunol.; 2011:894704. Epub 2011 Dec 5.
Roelen, D. L., B. J. van der Mast, et al. (2009). "Differential immunomodulatory effects of fetal versus maternal multipotent stromal cells." Hum Immunol 70(1): 16-23.
Southcombe, J., D. Tannetta, et al. (2011). "The immunomodulatory role of syncytiotrophoblast microvesicles." PLoS One 6(5): e20245.
Valadi, H., K. Ekstrom, et al. (2007). "Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism of genetic exchange between cells." Nat Cell Biol 9(6): 654-659.
Warning, J. C., S. A. McCracken, et al. (2011). "A balancing act: mechanisms by which the fetus avoids rejection by the maternal immune system." Reproduction 141(6): 715-724.
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ウシ羊膜からの細胞は、混合リンパ球反応を阻害することができない
ヒト羊膜細胞が混合リンパ球反応(mixed lymphocyte reactions:MLR)に対する阻害効果を誘導することは公知である(Magatti et al.,2008)。本発明の中で提供する実験は、これらの細胞もC19MCマイクロRNAを豊富に発現することを実証する(実施例6参照)。C19MC マイクロRNAを発現しないウシ羊膜細胞(bAMC)は、阻害効果を発揮しない、またはあまり顕著でない効果を発揮するはずである。それ故、bAMCの存在下およびPBMC(peripheral blood mononuclear cells:末梢血単核細胞)の増殖下で果たされるMLRをBrdUアッセイによって測定した。
材料および方法
細胞培養
ウシ羊膜由来細胞(bAMC)をRPMI完全培地中で次のもののいずれかと共培養した:
・あるドナー(ドナーA)からのPBMC
・別のドナー(ドナーB)からのPBMC
・両方のドナー(ドナーA+ドナーB)からのPBMC(混合リンパ球反応(MLR))
・ドナーAからのPBMC+T細胞刺激物質conA(コンカナバリンA);または
・ドナーBからのPBMC+T細胞刺激物質conA。
細胞培養
ウシ羊膜由来細胞(bAMC)をRPMI完全培地中で次のもののいずれかと共培養した:
・あるドナー(ドナーA)からのPBMC
・別のドナー(ドナーB)からのPBMC
・両方のドナー(ドナーA+ドナーB)からのPBMC(混合リンパ球反応(MLR))
・ドナーAからのPBMC+T細胞刺激物質conA(コンカナバリンA);または
・ドナーBからのPBMC+T細胞刺激物質conA。
陽性対照として、bAMCの代わりにJEG−3細胞を用いて同じ実験準備を行った。絨毛癌由来細胞系JEG−3は、C19MCマイクロRNAを豊富に発現する(Morales−Prieto et al.,2012)。さらに、この細胞系がT細胞に対して阻害効果を発揮することは公知である(Hammer et al.,2002)。細胞系S40.2は甲状腺腺腫に由来し、この細胞系がクラスタC19MCおよびmiR−371−373のマイクロRNAを過発現することは公知である(Rippe et al.,2010)。
JEG−3およびbAMCに3000Gyを照射して、観察される増殖がリンパ球によるものであることを確実にした。PBMCの刺激能を制御するために、二人の異なるドナーからのPBMCを使用してbAMCまたはJEG−3細胞を添加せずに混合リンパ球反応(MLR)を準備した。すべての実験を96時間および120時間行い、すべての培養を3反復で行った。
BrdUアッセイ
実験終了24時間前に、BrdUを細胞培養物に添加した。96時間および72時間後それぞれに、上清(浮遊状態のPBMCを含有)を回収し、PBMCの増殖をBrdUアッセイ(Roche Applied Science、ドイツ国マンハイム)によって測定した。
実験終了24時間前に、BrdUを細胞培養物に添加した。96時間および72時間後それぞれに、上清(浮遊状態のPBMCを含有)を回収し、PBMCの増殖をBrdUアッセイ(Roche Applied Science、ドイツ国マンハイム)によって測定した。
結果
bAMCは、Con Aで刺激されたMLRまたはPBMCに対して阻害効果を誘導できなかったが、JEG−3細胞は、PBMC活性化を有効に抑制した(図7)。本発明の中で使用したPBMCは、MLRにおいておよびCon Aでの刺激によって十分に活性化された(図8)。同様に、甲状腺腺腫細胞系S40.2の細胞をJEG−3細胞の代わりに使用して、混合リンパ球反応を抑制するそれらの能力を実証することができる。
bAMCは、Con Aで刺激されたMLRまたはPBMCに対して阻害効果を誘導できなかったが、JEG−3細胞は、PBMC活性化を有効に抑制した(図7)。本発明の中で使用したPBMCは、MLRにおいておよびCon Aでの刺激によって十分に活性化された(図8)。同様に、甲状腺腺腫細胞系S40.2の細胞をJEG−3細胞の代わりに使用して、混合リンパ球反応を抑制するそれらの能力を実証することができる。
参考文献
Hammer, A., M. Hartmann, et al. (2002). "Expression of functional Fas ligand in choriocarcinoma." American Journal of Reproductive Immunology 48(4): 226-234.
Magatti, M., S. De Munari, et al. (2008). "Human amnion mesenchyme harbors cells with allogeneic T-cell suppression and stimulation capabilities." Stem Cells 26(1): 182-192.
Morales-Prieto, D. M., W. Chaiwangyen, et al. (2012). "MicroRNA expression profiles of trophoblastic cells." Placenta.
Rippe, V., L. Dittberner, et al. (2010). "The two stem cell microRNA gene clusters C19MC and miR-371-3 are activated by specific chromosomal rearrangements in a subgroup of thyroid adenomas." PLoS One 5(3): e9485.
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クラスタC19MCを含有するBACクローン
BACクローンBC280273(GenBankアクセッション番号Ac011453)は、隣接CpGアイランド、すなわちその推定プロモーター領域、を含むC19MCの全染色体領域にわたる(BC280723)(図9)。この配列をpBACe3.6ベクターに挿入する。
ウシ羊膜からの細胞にトランスフェクトされた全C19MCクラスタを含有するBACクローンからのC19MC miRNAの発現
材料および方法
トランスフェクション
標準的な細胞培養技術/手順を用いて、ウシ羊膜に由来する細胞培養物に、クラスタC19MCを挿入物として含有するBACベクターをトランスフェクトした(上の実施例10を参照)。QIAGEN(ドイツ国ヒルデン)のAttractene Transfection Reagentをその製造業者の説明書に従って使用して、トランスフェクションを行った。陰性対照として、BACベクターDNAを含有しないトランスフェクション複合体を細胞にモックトランスフェクトした。トランスフェクション後24時間、48時間および6日(144時間)の時点で細胞を採取した。
トランスフェクション
標準的な細胞培養技術/手順を用いて、ウシ羊膜に由来する細胞培養物に、クラスタC19MCを挿入物として含有するBACベクターをトランスフェクトした(上の実施例10を参照)。QIAGEN(ドイツ国ヒルデン)のAttractene Transfection Reagentをその製造業者の説明書に従って使用して、トランスフェクションを行った。陰性対照として、BACベクターDNAを含有しないトランスフェクション複合体を細胞にモックトランスフェクトした。トランスフェクション後24時間、48時間および6日(144時間)の時点で細胞を採取した。
逆転写およびリアルタイムPCR
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−517a−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcDNAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
TaqMan microRNA Assays(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)からのTaqMan microRNA Reverse Transcription KitおよびRTプライマーをその製造業者の説明書に従って用いて、200ngの全RNAを使用してmiR−517a−3pおよびRNU6B(これは、相対定量のための内部対照として役立つ)に対して特異的なcDNAを産生させた。反応物をサーマルサイクラーにおいて16℃で30分間、42℃で30分間、および85℃で5分間インキュベートした。TaqMan microRNA Assaysに含まれているmiRNA特異的プローブおよびプライマーとTaqMan Universal PCR Master Mix(Applied Biosystems、米国カリフォルニア州フォスターシティー)とを使用して、リアルタイムPCR反応を準備した。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。RNU6Bを正規化のための内因性対照として役立てた。
結果
マイクロRNAクラスタC19MCは霊長類特異的であるので、ウシ細胞では発現されない。ウシ羊膜由来細胞へのBACベクターのトランスフェクションは、モックトランスフェクト細胞と比較して高いmiR−517a−3p発現をもたらし、これは、少なくとも6日まで続く;図10も参照。
マイクロRNAクラスタC19MCは霊長類特異的であるので、ウシ細胞では発現されない。ウシ羊膜由来細胞へのBACベクターのトランスフェクションは、モックトランスフェクト細胞と比較して高いmiR−517a−3p発現をもたらし、これは、少なくとも6日まで続く;図10も参照。
これらの結果は、C19MCマクロRNAの発現を、これらのマイクロRNAを発現しない細胞において達成できること、および利用可能なBACベクターがこの目的に適するベクターの一例であることを示す。
JEG−3細胞培養物からの上清とともにインキュベートしたジャーカット細胞におけるcFLIP mRNAのダウンレギュレーション
多数のC19MCマイクロRNAが、Fas−FasL誘導アポトーシスに関与する抗アポトーシス遺伝子を標的にするようである(上の実施例8を参照)。その標的の1つがc−FLIP(CFLAR)である。C19MCマイクロRNAは、多くの場合、エキソソームに封入され、それらのエキソソームが細胞によって分泌される。細胞培養の場合、これらのエキソソームは、培養培地中に蓄積される。
材料および方法
細胞培養
JEG−3は、C19MCマイクロRNAを高度に発現する絨毛癌由来細胞系である。HCT−116は、C19MCマイクロRNAを有意に発現しない結腸癌腫由来細胞系である(図11Aを参照)。ジャーカットは、T細胞白血病由来細胞系であり、これもまたC19MCマイクロRNAを有意に発現しない。用いた3つの細胞系すべてが市販されている。10%ウシ胎仔血清と抗生物質(ペニシリン/ストレプトマイシン)とを補足したRPMIですべての細胞系を成長させた。
細胞培養
JEG−3は、C19MCマイクロRNAを高度に発現する絨毛癌由来細胞系である。HCT−116は、C19MCマイクロRNAを有意に発現しない結腸癌腫由来細胞系である(図11Aを参照)。ジャーカットは、T細胞白血病由来細胞系であり、これもまたC19MCマイクロRNAを有意に発現しない。用いた3つの細胞系すべてが市販されている。10%ウシ胎仔血清と抗生物質(ペニシリン/ストレプトマイシン)とを補足したRPMIですべての細胞系を成長させた。
JEG−3およびHCT−116細胞の細胞培養物からの上清を、培養中、3日後に回収した。その後、その回収したJEG−3上清の4mLを、3mLの培地で成長させたジャーカット細胞に添加した。HCT−116細胞の上清とともにインキュベートしたジャーカット細胞培養物を対照として役立てた。両方の調製物のジャーカット細胞を、前記上清添加の24時間後に採取した。
RNA単離
QIAGEN miRNeasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、ジャーカット細胞から全RNAを単離した。
QIAGEN miRNeasy Mini Kit(QIAGEN、ドイツ国ヒルデン)をその製造業者の説明書に従って使用して、ジャーカット細胞から全RNAを単離した。
逆転写およびリアルタイムPCR
M−MLV Reverse Transcriptase(Invitrogen、ドイツ国カールスルーエ)と150ngのランダムヘキサマーおよびRNaseOUT(登録商標)組換えリボヌクレアーゼ阻害剤を製造業者の説明書に従って使用して、250ngの全RNAを用いて逆転写を行った。
M−MLV Reverse Transcriptase(Invitrogen、ドイツ国カールスルーエ)と150ngのランダムヘキサマーおよびRNaseOUT(登録商標)組換えリボヌクレアーゼ阻害剤を製造業者の説明書に従って使用して、250ngの全RNAを用いて逆転写を行った。
c−FLIP(CFLAR)についてのリアルタイムPCRは、TaqMan Gene Expression Assay CFLAR(Hs00153439_m1) (Life Technologies、ドイツ国ダルムシュタット;Cat#4331182)およびTaqMan Universal PCR Master Mix(Life Technologies、ドイツ国ダルムシュタット)を製造業者の指示書に従って使用して行った。反応物を96ウェルプレートにおいて95℃で10分間インキュベートし、続いて、95℃で15秒そして60℃で1分というサイクルのインキュベーションを40サイクル行った。Applied Biosystems 7300 Fast Real Time PCRシステムを用いて、すべての反応を3反復で実行した。ΔΔCt法(Livak and Schmittgen,2001)を用いて、相対定量(RQ)を計算した。HPRTを正規化のための内因性対照として役立てた。
結果
JEG−3細胞の上清で処置したジャーカット細胞は、HCT−116上清で処置したジャーカット細胞と比較してc−FLIPの発現減少を示した(図11B)。JEG−3細胞は、C19MC miRNAを過発現し、その上清は、本実施例ではジャーカット細胞に由来するこれらのマイクロRNAを有するエキソソームを含有する。したがって、c−FLIP mRNAは、ダウンレギュレートされる。
JEG−3細胞の上清で処置したジャーカット細胞は、HCT−116上清で処置したジャーカット細胞と比較してc−FLIPの発現減少を示した(図11B)。JEG−3細胞は、C19MC miRNAを過発現し、その上清は、本実施例ではジャーカット細胞に由来するこれらのマイクロRNAを有するエキソソームを含有する。したがって、c−FLIP mRNAは、ダウンレギュレートされる。
参考文献
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Claims (38)
- 免疫修飾に使用するためのmiRNAであって、C19MCクラスタまたはmiR−371−373クラスタに含まれる転写ユニットのいずれか1つによってコードされているmiRNAから選択されるものであるmiRNA。
- 配列番号1から66を有する、hsa−miR−498、hsa−miR−512−3p、hsa−miR−512−5p、hsa−miR−515−3p、hsa−miR−515−5p、hsa−miR−516a−3p、hsa−miR−516a−5p、hsa−miR−516b−3p、hsa−miR−516b−5p、hsa−miR−517−5p、hsa−miR−517a−3p、hsa−miR−517b−3p、hsa−miR−517c−3p、hsa−miR−518a−3p、hsa−miR−518a−5p、hsa−miR−518b、hsa−miR−518c−3p、hsa−miR−518c−5p、hsa−miR−518d−3p、hsa−miR−518d−5p、hsa−miR−518e−3p、hsa−miR−518e−5p、hsa−miR−518f−3p、hsa−miR−518f−5p、hsa−miR−519a−3p、hsa−miR−519a−5p、hsa−miR−519b−3p、hsa−miR−519b−5p、hsa−miR−519c−3p、hsa−miR−519c−5p、hsa−miR−519d、hsa−miR−519e−3p、hsa−miR−519e−5p、hsa−miR−520a−3p、hsa−miR−520a−5p、hsa−miR−520b、hsa−miR−520c−3p、hsa−miR−520c−5p、hsa−miR−520d−3p、hsa−miR−520d−5p、hsa−miR−520e、hsa−miR−520f、hsa−miR−520g、hsa−miR−520h、hsa−miR−521、hsa−miR−522−3p、hsa−miR−522−5p、hsa−miR−523−3p、hsa−miR−523−5p、hsa−miR−524−3p、hsa−miR−524−5p、hsa−miR−525−3p、hsa−miR−525−5p、hsa−miR−526a、hsa−miR−526b−3p、hsa−miR−526b−5p、hsa−miR−527、hsa−miR−1283、hsa−miR−1323、hsa−miR−371a−3p、hsa−miR−371a−5p、hsa−miR−371b−3p、hsa−miR−371b−5p、hsa−miR−372、hsa−miR−373−3p、hsa−miR−373−5pから成る群より選択される、請求項1に記載のマイクロRNA。
- クラスタC19MCまたはmiR−371−373からコードされるmiRNAと共有のシード配列を有するマイクロRNAであって、
a)配列番号67から78を有する、hsa−miR−302a−3p、hsa−miR−302a−5p、hsa−miR−302b−3p、hsa−miR−302b−5p、hsa−miR−302c−3p、hsa−miR−302c−5p、hsa−miR−302d−3p、hsa−miR−302d−5pから成る群より選択される;および/または
b)コンセンサスシード配列AAGTGCを特徴とする、
請求項1または2に記載のマイクロRNA。 - 免疫修飾に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNAの核酸配列を含むmiRNA前駆体。
- 免疫修飾に使用するための、請求項1から4のいずれか一項に記載のmiRNA分子の標的遺伝子の遺伝子発現に干渉することができる結合分子であって、免疫修飾に使用するための合成miRNAミミック、RNA−分子、抗体、アプタマー、スピーゲルマーを含む分子の群から選択されるものである結合分子。
- 請求項1から4のいずれか一項に記載のmiRNAもしくはmiRNA前駆体または請求項5に記載の結合分子の核酸配列を含む二本鎖核酸。
- 請求項6に記載の二本鎖核酸を含むベクター。
- 請求項7に記載のベクターを含む宿主細胞。
- ヒト細胞である宿主細胞であって、好ましくは患者の自家細胞の群から選択される、請求項8に記載の宿主細胞。
- 請求項1から3のいずれか一項に記載の少なくとも1つのmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項6に記載の二本鎖核酸、請求項7に記載のベクターおよび/または請求項8もしくは9に記載の宿主細胞を薬剤として含む、医薬組成物または診断薬。
- 活性薬剤が、人工エキソソームに包埋される、請求項10に記載の医薬組成物または診断薬。
- 自己免疫疾患の処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子または請求項10もしくは11に記載の医薬組成物。
- 前記自己免疫疾患が、急性散在性脳脊髄炎(ADEM)、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質症候群(APS)、自己免疫性心筋症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性内耳疾患、自己免疫性リンパ増殖症候群(ALPS)、自己免疫性末梢神経障害、自己免疫性膵炎、多腺性自己免疫症候群、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性血小板減少性紫斑病、自己免疫性蕁麻疹、自己免疫性ブドウ膜炎、セリアック病、寒冷凝集素症、クローン病、皮膚筋炎、I型糖尿病、子宮内膜症、好酸球性筋膜炎、胃腸類天疱瘡、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群(GBS)、橋本脳症、橋本甲状腺炎、特発性血小板減少性紫斑病(自己免疫性血小板減少性紫斑病)、エリテマトーデス、ミラー・フィッシャー症候群(ギラン・バレー症候群)、混合性結合組織病、重力筋無力症、尋常性天疱瘡、悪性貧血、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、再発性多発性軟骨炎、関節リウマチ、シェーグレン症候群、側頭動脈炎(「巨細胞性動脈炎」)、横断性脊髄炎、潰瘍性大腸炎、未分化結合組織病(混合性結合組織病)、血管炎、ウェゲナー肉芽腫症を含む疾患の群から選択される、請求項12に記載の使用。
- 妊娠関連疾患の処置または診断に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項10もしくは11に記載の診断薬。
- 前記妊娠関連疾患が、子癇、子癇前症、HELLP症候群、および胎盤形成または着床の不全または問題から成る疾患の群より選択される、請求項14に記載の、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項請求項10もしくは11に記載の診断薬。
- 同種移植片拒絶の予防または処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物。
- 移植片対宿主反応の予防または処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物。
- 局所投与用に設計される、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項10に記載の診断薬。
- 全身投与用に設計される、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項10に記載の診断薬。
- 同種移植片のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項7に記載のベクター、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項請求項10もしくは11に記載の診断薬。
- 自家細胞または組織のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項7に記載のベクター、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項請求項10もしくは11に記載の診断薬。
- 自己免疫疾患により攻撃された細胞または組織のex vivoおよび/またはin vivo処置に使用するための、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNA、請求項4に記載のmiRNA前駆体、請求項5に記載の結合分子、請求項7に記載のベクター、請求項10もしくは11に記載の医薬組成物または請求項請求項10もしくは11に記載の診断薬。
- 甲状腺腫瘍、乳癌、結腸癌、肺癌、卵巣癌、生殖細胞腫瘍、肝細胞癌、白血病およびリンパ腫を含む群から選択される良性および悪性腫瘍の処置に使用するための、合成miRNAミミック、RNA−分子、抗体、アプタマー、スピーゲルマーおよび小分子を含む分子の群から選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載のmiRNAに対するおよび/または請求項4に記載のmiRNA前駆体に対するアンタゴニスト。
- 免疫修飾に使用するためのエキソソームを得るための方法であって、請求項1から3のいずれか一項に記載のC19MC、miR−371−373および/またはmiR302−367クラスタのmiRNAを発現する胚または胎児細胞の細胞培養物の上清からのエキソソームの単離および精製を含む方法。
- 前記細胞培養物が、臍帯、羊膜、胎盤および絨毛膜からの細胞を含む細胞の群から選択される、請求項24に記載の方法。
- 免疫修飾に使用するためのエキソソームを生体試料から得るための方法であって、生体試料から細胞培養物を準備する段階、前記細胞培養物の上清を回収する段階、およびそのエキソソームを単離および精製する段階を含む方法。
- 前記生体試料が、自家細胞、組織試料または吸引液を含む、請求項26に記載の方法。
- 前記生体試料が、同種(allologous)細胞、組織試料または吸引液を含む、請求項26に記載の方法。
- 免疫修飾に使用するための、請求項1から3、5および6のいずれか一項に記載のmiRNA、結合分子および/または二本鎖核酸を含むエキソソーム、ならびに請求項24から28のいずれか一項に従って得られるエキソソームの、in vitro産生方法。
- 自己免疫疾患の処置に使用するための、請求項24から29のいずれか一項に記載の方法に従って得られるエキソソーム。
- 局所投与による自己免疫疾患の処置に使用するための、請求項24から29のいずれか一項に記載の方法に従って得られるエキソソーム。
- 関節注射、好ましくは関節内注射、または鼻腔内適用を用いて投与される、請求項31に記載のエキソソーム。
- 全身投与による自己免疫疾患の処置に使用するための、請求項24から29のいずれか一項に記載の方法に従って得られるエキソソーム。
- 請求項24から28のいずれか一項に記載の方法において細胞培養物をそれらの細胞のエキソソーム分泌能力を強化するように処置するための、アザシチジンまたは他のDNA脱メチル化剤の使用。
- 組織を、請求項1から3のいずれか一項に記載のC19MC、miR−371−373および/またはmiR302−367クラスタのmiRNAが増されたエキソソームを分泌するそれらの能力を強化するようにin vivoで処置する際に使用するための、アザシチジンまたは他のDNA脱メチル化剤。
- 胚の着床能力または精子試料の受精能力を診断する方法であって、胚盤胞もしくは胚の細胞培養培地または精液それぞれにおける請求項1から3のいずれか一項に記載のC19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの同定を含む方法。
- 対照試料と比較して前記C19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの同等のまたは増加したレベルが、正常なまたは増加した胚着床能力または精子試料受精能力を示し、ならびに対照試料と比較して前記少なくとも1つのmiRNAの減少したレベルが、低下した胚着床能力または精子試料受精能力を示す、請求項36に記載の方法。
- 前記C19MCクラスタおよび/またはmiR−371−373クラスタの少なくとも1つのmiRNAの存在が、正常なまたは増加した胚着床能力または精子試料受精能力を示し、ならびに前記クラスタの少なくとも1つのmiRNAの不在が、低下した胚着床能力または精子試料受精能力を示す、請求項36に記載の方法。
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