JP2012210172A - 外部環境に応答して内部の物質組成を変えるリポソーム - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 上記課題は、以下:(a)プロモーター配列、リボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、ポリペプチドコード配列を含むDNA;(b)RNAポリメラーゼ;(c)リボヌクレオチド;ならびに、(d)無細胞蛋白質合成系、を含む、一枚膜リポソームを提供することによって解決された。本発明を用いることによって、外界からの物質に応答してレポーター遺伝子の発現を誘発するバイオセンサー、環境中の有害物質を認識して光るリポソーム、および、生体内の環境に応答して、有効成分を発現する医薬を提供することが可能となる。
【選択図】なし
Description
(項目1)
以下:
(a)プロモーター配列、リボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、ポリペプチドコード配列を含むDNA;
(b)RNAポリメラーゼ;
(c)リボヌクレオチド;ならびに、
(d)無細胞蛋白質合成系、
を含む、一枚膜リポソーム。
(項目2)
前記リボスイッチ配列が、テオフィリン、および、チアミンピロリン酸からなる選択される化合物に応答する配列である、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目3)
前記リボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目4)
前記リボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目5)
前記プロモーター配列および前記RNAポリメラーゼが、原核生物由来である、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目6)
前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列(配列番号3)、T5プロモーター配列(配列番号4)、Sp6プロモーター配列(配列番号5)、および、T3プロモーター配列(配列番号6)からなる群から選択される、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目7)
前記プロモーター配列が、T3プロモーター配列(配列番号6)である、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目8)
さらに、
(e)前記(a)と同一のポリメラーゼによって転写される第2のプロモーター配列、前記(a)のリボスイッチ配列と同一の化合物に対して応答する第2のリボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、前記(a)のプロモーター配列および該第2のプロモーター配列からの転写を行なうポリメラーゼのコード配列を含む第2のDNA
をさらに含む、項目1に記載の一枚膜リポソーム。
(項目9)
前記(a)のリボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、前記代2のリボスイッチ配列が、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目8に記載の一枚膜リポソーム。
(項目10)
前記(a)のリボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、前記代2のリボスイッチ配列が、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目8に記載の一枚膜リポソーム。
(項目11)
リポソーム内の物質組成を変化させる方法であって、以下:
(1)項目1または8に記載の一枚膜リポソームを提供する工程;および、
(2)前記リボスイッチ配列が応答する化合物と、該一枚膜リポソームとを接触させる工程;
を包含する、方法。
(項目12)
前記リボスイッチ配列が、テオフィリン、および、チアミンピロリン酸からなる選択される化合物に応答する配列である、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記リボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目11に記載の方法。
(項目14)
前記リボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、項目11に記載の方法。
(項目15)
前記プロモーター配列および前記RNAポリメラーゼが、原核生物由来である、項目11に記載の方法。
(項目16)
前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列(配列番号3)、T5プロモーター配列(配列番号4)、Sp6プロモーター配列(配列番号5)、および、T3プロモーター配列(配列番号6)からなる群から選択される、項目11に記載の方法。
(項目17)
前記プロモーター配列が、T3プロモーター配列(配列番号6)である、項目11に記載の方法。
本明細書において使用する場合、用語「微小区画」とは、脂質層、および、その内部の水層から構成される閉じられた微小な空間をいう。「微小区画」としては、例えば、リポソームが挙げられるがこれに限定されない。
・特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドが翻訳されてリポソーム内での量が増える;
・リポソーム内に存在しなかった特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドが、新たに翻訳される;
・特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドが分解されてリポソーム内での量が減少する;
・特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドが分解されてリポソーム内での量が「0」となる;ならびに、
・特定のアミノ酸配列からなるポリペプチドが分解されて、そのポリペプチドに由来する2つ以上のフラグメントとなる;
ことが挙げられる。
Tm(℃)=81.5+16.6(log[Na+])+0.41(%G+C)−600/N−0.72(%ホルムアミド)
ここで、Nは、形成される二重鎖の長さであり、[Na+]は、ハイブリダイゼーション溶液または洗浄溶液中のナトリウムイオンのモル濃度であり、%G+Cは、ハイブリッド中の(グアニン+シトシン)塩基のパーセンテージである。不完全に一致したハイブリッドに関して、融解温度は、各1%不一致(ミスマッチ)に対して約1℃ずつ減少する。
M 塩化ナトリウム、0.0015M クエン酸ナトリウム、および20%ホルムアミド、37〜50℃である。例として、0.015Mナトリウムイオン中、50℃の「中程度にストリンジェントな」条件は、約21%の不一致を許容する。
の配列に付加が含まれていればギャップが生じることもあるが、ここでの基準配列は付加も欠失もないものとする)と比較したときに、付加または欠失(すなわちギャップ)が含ま
れる場合がある。同一の核酸塩基またはアミノ酸残基がどちらの配列にも認められる位置の数を求めることによって、マッチ位置の数を求め、マッチ位置の数を比較ウィンドウ内の総位置数で割り、得られた結果に100を掛けて同一性のパーセンテージを算出する。検索において使用される場合、相同性については、従来技術において周知のさまざまな配列比較アルゴリズムおよびプログラムの中から、適当なものを用いて評価する。このようなアルゴリズムおよびプログラムとしては、TBLASTN、BLASTP、FASTA、TFASTAおよびCLUSTALW(Pearson and Lipman,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85(8):2444−2448、 Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215(3):403−410、Thompson et al.,1994,Nucleic Acids Res.22(2):4673−4680、Higgins et al.,1996,Methods Enzymol.266:383−402、Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215(3):403−410、Altschul et al.,1993,Nature Genetics 3:266−272)があげられるが、何らこれに限定されるものではない。特に好ましい実施形態では、従来技術において周知のBasic Local Alignment Search Tool(BLAST)(たとえば、Karlin and Altschul,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2267−2268、Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403−410、Altschul et al.,1993,Nature Genetics 3:266−272、Altschul et al.,1997,Nuc.Acids Res.25:3389−3402を参照のこと)を用いて蛋白質および核酸配列の相同性を評価する。特に、5つの専用BLASTプログラムを用いて以下の作業を実施することによって比較または検索が達成され得る。
(2) BLASTNでヌクレオチドのクエリー配列をヌクレオチド配列データベースと比較;
(3) BLASTXでヌクレオチドのクエリー配列(両方の鎖)を6つの読み枠で変換した概念的翻訳産物を蛋白質配列データベースと比較;
(4) TBLASTNで蛋白質のクエリー配列を6つの読み枠(両方の鎖)すべてで変換したヌクレオチド配列データベースと比較;
(5) TBLASTXでヌクレオチドのクエリ配列を6つの読み枠で変換したものを、6つの読み枠で変換したヌクレオチド配列データベースと比較。
本発明において使用する一枚膜リポソームは、実施例に記載する遠心沈降法を用いて調製することができるが、調製法は、これに限定されない。例えば、遠心沈降法の他にも、静置水和法(P.Mueller and T.F.Chien,Biophys.J.,1983,44,375−381)、および、エレクトロフォーメーション法(Miglena I.Angelove and Dimiter S.Dimitrov,Faraday Discuss.Chem.Soc.,1986,81,303−311)を利用することが可能である。
(a)プロモーター配列、リボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、ポリペプチドコード配列を含むDNA;
(b)RNAポリメラーゼ;
(c)リボヌクレオチド;ならびに、
(d)無細胞蛋白質合成系、
を用いて作製することができる。このDNA配列は、好ましくは、5’側から順番に、プロモーター配列、リボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、ポリペプチドコード配列を含む。リボスイッチ配列は、好ましくは、配列番号1からなるチアミンピロリン酸(TPP)に応答するリボスイッチ配列またはその改変体、あるいは、配列番号2からなるテオフィリンに応答するリボスイッチ配列またはその改変体である。
(i)配列番号1に記載の核酸配列に対して、高度にストリンジェントな条件でハイブリダイゼーションする核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列。
(i)配列番号2に記載の核酸配列に対して、高度にストリンジェントな条件でハイブリダイゼーションする核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列。
(リボスイッチ配列の設計法)
所定の化合物に応答するリボスイッチ配列は、例えば、以下の手順で設計することが可能である。
(1)例えば、以下の手順で、インビトロ選択法またはSELEX法により所定の化合物に結合するRNA配列を取得する:(a)200塩基程度のランダムRNAライブラリーを用意する;(b)固相(ビーズやレジン)に標的化号物を固定化する;(c)固相に結合したRNAを選択する;(d)得られたRNAを増幅する;(e)増幅したRNAに変異導入し、複数種類のRNA分子のプールを調製する;(f)工程(c)〜(e)を繰り返し、所定の化合物に強く結合するRNAを取得する。
(2)上記(1)で取得したRNAを、実施例で使用したリボスイッチ配列のTPP結合配列と入れ替える。その際に導入した配列と、導入元の配列の接合部位は数塩基のリンカー配列を入れる。リンカー配列は異なる種類を検討し、最もよく応答する配列を選択する。
本発明のリボスイッチ配列は、リボスイッチ活性を有する。所定の化合物に応答するリボスイッチ配列の活性(リボスイッチ活性)は、例えば、以下の方法で測定することが可能である。
上記の[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[レポーター遺伝子]とともに、ポジティブフィードバック回路、例えば、リボスイッチ配列上流のプロモーターからの転写を行なうポリメラーゼをコードする配列を、[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[プロモーターからの転写を行なうポリメラーゼをコードする配列]を用いてもよい。この[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[プロモーターからの転写を行なうポリメラーゼをコードする配列]は、リボスイッチ配列の応答の結果、プロモーターからの転写を行なうポリメラーゼを発現させ、その結果、[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[レポーター遺伝子]の応答のレベルが増加する。すなわち、[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[プロモーターからの転写を行なうポリメラーゼをコードする配列]は、ポジティブフィードバック回路として作用し、リボスイッチ配列の応答を、より急激なものにする。このポジティブフィードバック回路のポリメラーゼとして好ましいポリメラーゼは、T3ポリメラーゼである。
本発明において使用するリポソームは、例えば、以下の方法によって調製することが可能である。
・10mgの脂質(ホスファチジルコリン:コレステロール=9:1)を100μlクロロホルムに溶解し、2mlの流動パラフィンと混合した。
・80℃で30分インキュベーションした。
・リポソーム外液(200mM グルコース、無細胞翻訳系から翻訳タンパク質群とtRNAを除いたもの)、内液(200mM スクロース、無細胞翻訳系、40 U/μul RNaseインヒビター(Promega)、0.5〜5 U/μl T7 RNAポリメラーゼ、10 nM 鋳型DNA(T7プロモーター配列、リボスイッチ配列、GFP遺伝子を含むPCR産物:「T7−RSW−GFP」と称する)、0.1〜4mM TPP)を調製した。
・脂質を溶解した流動パラフィン400μlにリポソーム内液20μlを入れ、氷上で1分置いた。
・ボルテックスミキサーの最大強度で40秒攪拌しエマルションを調整後、氷上で10分置いた。
・新しいチューブにリポソーム外液150μlをいれ、その上に調製したエマルションを積層し、氷上で10分置いた。
・14k×g、4℃で30分遠心した。
・チューブの底に穴を開け、底に溜まったリポソーム懸濁液80μlを回収した。
・リポソーム懸濁液に2μlの5U/μl DNase、あるいは4mg/ml RNaseを添加した。
・リポソーム懸濁液を37℃で3〜24時間インキュベーションした。
各0.3 mM アミノ酸(アラニン、グリシン、ロイシン、イソロイシン、バリン、セリン、スレオニン、プロリン、トリプトファン、フェニルアラニン、グルタミン、グルタミン酸、アスパラギン、アスパラギン酸、リシン、アルギニン、ヒスチジン、メチオニン、システイン、チロシン)、3.6μg/μl tRNA、2mM ATP、2mM GTP、1mM CTP、1mM UTP、14mM 酢酸マグネシウム、50mM Hepes−KOH (pH7.8)、100mM グルタミン酸カリウム、2mM スペルミジン、20mM クレアチンリン酸、2mM ジチオスレイトール、10ng/μl 10−ホルミル−5.6.7.8.−テトラヒドロ葉酸、翻訳タンパク質群(2500nM IF1、411nM IF2、728nM IF3、247nM RF1、484nM RF2、168nM RF3、485nM RRF、727nM AlaRS、99nM ArgRS、420nM AsnRS、121nM AspRS、100nM CysRS、101nM GlnRS、232nM GluRS、86nM GlyRS、85nM HisRS、365nM IleRS、99nM LeuRS、115nM LysRS、109nM MetRS、134nM PheRS、166nM ProRS、99nM SerRS、84nM ThrRS、102nM TrpRS、101nM TyrRS、100nM ValRS、588nM MTF、926nM MK、465nM CK、1307nM NDK、621nM Ppiase2、1290nM EF−G、2315nM EF−Tu、3300nM EF−Ts、529nM Tig、22nM HrpA、1440nM TrxC)。
実施例1で調製したリポソームを含む溶液に、1mMのTPP(チアミンピロリン酸)を添加し、37℃で、24時間インキュベートした後、リポソームを明視野および蛍光視野において観察した。結果を図2に示す。
実施例1において使用したDNA構築物におけるT7プロモーター配列(配列番号3)を、T5プロモーター配列(配列番号10)、Sp6プロモーター配列(配列番号5)、または、T3プロモーター配列(配列番号6)のいずれかに置き換えたDNA構築物、T5−RSW−GFP、Sp6−RSW−GFP、および、T3−RSW−GFPを作製し、1mMのTPP(チアミンピロリン酸)を添加し、37℃で、各時間インキュベートした後、蛍光輝度を蛍光光度計(AgilentのMx3005P)によって測定した。その結果を図3に示す。図3において、「T7」はT7−RSW−GFPを用いた結果であり、「T5」はT5−RSW−GFPを用いた結果であり、「Sp6」はSp6−RSW−GFPを用いた結果であり、そして、「T3」はT3−RSW−GFPを用いた結果である。
実施例1では、[プロモーター配列]−[リボスイッチ配列]−[GFPコード領域]を含むPCR増幅産物を調製して使用した。本実施例では、実施例1で調製したPCR産物のGFPコード領域を、T3ポリメラーゼコード領域(配列番号10)で置換したPCR産物を、実施例1で調製したPCR産物とともにリポソーム内に封入して用いる。
配列番号2:テオフィリンに応答するリボスイッチの核酸配列
配列番号3:T7プロモーターの核酸配列
配列番号4:T5プロモーターの核酸配列
配列番号5:Sp6プロモーターの核酸配列
配列番号6:T3プロモーターの核酸配列
配列番号7:実施例1で使用したPCRプライマーの核酸配列
配列番号8:実施例1で使用したPCRプライマーの核酸配列
配列番号9:実施例1でPCRの鋳型として使用したプラスミドの核酸配列
配列番号10:実施例3で使用したT5プロモーターの核酸配列
配列番号11:T3ポリメラーゼコード領域の核酸配列
配列番号12:T3ポリメラーゼのアミノ酸配列
Claims (17)
- 以下:
(a)プロモーター配列、リボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、ポリペプチドコード配列を含むDNA;
(b)RNAポリメラーゼ;
(c)リボヌクレオチド;ならびに、
(d)無細胞蛋白質合成系、
を含む、一枚膜リポソーム。 - 前記リボスイッチ配列が、テオフィリン、および、チアミンピロリン酸からなる選択される化合物に応答する配列である、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。
- 前記リボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。 - 前記リボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。 - 前記プロモーター配列および前記RNAポリメラーゼが、原核生物由来である、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。
- 前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列(配列番号3)、T5プロモーター配列(配列番号4)、Sp6プロモーター配列(配列番号5)、および、T3プロモーター配列(配列番号6)からなる群から選択される、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。
- 前記プロモーター配列が、T3プロモーター配列(配列番号6)である、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。
- さらに、
(e)前記(a)と同一のポリメラーゼによって転写される第2のプロモーター配列、前記(a)のリボスイッチ配列と同一の化合物に対して応答する第2のリボスイッチ配列、翻訳開始配列、および、前記(a)のプロモーター配列および該第2のプロモーター配列からの転写を行なうポリメラーゼのコード配列を含む第2のDNA
をさらに含む、請求項1に記載の一枚膜リポソーム。 - 前記(a)のリボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、前記代2のリボスイッチ配列が、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項8に記載の一枚膜リポソーム。 - 前記(a)のリボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、前記代2のリボスイッチ配列が、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項8に記載の一枚膜リポソーム。 - リポソーム内の物質組成を変化させる方法であって、以下:
(1)請求項1または8に記載の一枚膜リポソームを提供する工程;および、
(2)前記リボスイッチ配列が応答する化合物と、該一枚膜リポソームとを接触させる工程;
を包含する、方法。 - 前記リボスイッチ配列が、テオフィリン、および、チアミンピロリン酸からなる選択される化合物に応答する配列である、請求項11に記載の方法。
- 前記リボスイッチ配列が、チアミンピロリン酸に応答する配列であって、以下:
(i)配列番号1に記載の核酸配列;
(ii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号1に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と144位との間の塩基対形成、
3位と143位との間の塩基対形成、
4位と142位との間の塩基対形成、
5位と141位との間の塩基対形成、
6位と140位との間の塩基対形成、
7位と139位との間の塩基対形成、
8位と138位との間の塩基対形成、
9位と137位との間の塩基対形成、
10位と136位との間の塩基対形成、
15位と131位との間の塩基対形成、
16位と130位との間の塩基対形成、
17位と129位との間の塩基対形成、
18位と128位との間の塩基対形成、
19位と127位との間の塩基対形成、
20位と126位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と124位との間の塩基対形成、
50位と86位との間の塩基対形成、
51位と85位との間の塩基対形成、
52位と84位との間の塩基対形成、
53位と83位との間の塩基対形成、
54位と82位との間の塩基対形成、
55位と80位との間の塩基対形成、
56位と73位との間の塩基対形成、
57位と72位との間の塩基対形成、
58位と71位との間の塩基対形成、
60位と69位との間の塩基対形成、
92位と117位との間の塩基対形成、
93位と116位との間の塩基対形成、
94位と115位との間の塩基対形成、
98位と111位との間の塩基対形成、
99位と110位との間の塩基対形成、
100位と109位との間の塩基対形成、および、
101位と108位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号1に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項11に記載の方法。 - 前記リボスイッチ配列が、テオフィリンに応答する配列であって、以下:
(i)配列番号2に記載の核酸配列;
(ii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列;
(iii)配列番号2に記載の核酸配列において、1または数個の欠失、付加、または、置換を有する核酸配列であって、ここで、
2位と97位との間の塩基対形成、
3位と96位との間の塩基対形成、
4位と95位との間の塩基対形成、
5位と94位との間の塩基対形成、
6位と93位との間の塩基対形成、
7位と92位との間の塩基対形成、
8位と91位との間の塩基対形成、
9位と90位との間の塩基対形成、
10位と89位との間の塩基対形成、
15位と84位との間の塩基対形成、
16位と83位との間の塩基対形成、
17位と82位との間の塩基対形成、
18位と81位との間の塩基対形成、
19位と80位との間の塩基対形成、
20位と79位との間の塩基対形成、
28位と41位との間の塩基対形成、
29位と40位との間の塩基対形成、
30位と39位との間の塩基対形成、
31位と38位との間の塩基対形成、
45位と77位との間の塩基対形成、
47位と75位との間の塩基対形成、
48位と74位との間の塩基対形成、
52位と70位との間の塩基対形成、
53位と69位との間の塩基対形成、
54位と68位との間の塩基対形成、
55位と64位との間の塩基対形成、
56位と63位との間の塩基対形成、
57位と62位との間の塩基対形成、
が維持される核酸配列;ならびに、
(iv)配列番号2に記載の核酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、核酸配列;
からなる群から選択される核酸配列からなる、請求項11に記載の方法。 - 前記プロモーター配列および前記RNAポリメラーゼが、原核生物由来である、請求項11に記載の方法。
- 前記プロモーター配列が、T7プロモーター配列(配列番号3)、T5プロモーター配列(配列番号4)、Sp6プロモーター配列(配列番号5)、および、T3プロモーター配列(配列番号6)からなる群から選択される、請求項11に記載の方法。
- 前記プロモーター配列が、T3プロモーター配列(配列番号6)である、請求項11に記載の方法。
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