JP2011212013A - Bacteriological testing method by means of film-type culture medium, and image loading tool used for the bacteriological testing method - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、フィルム型培地による微生物検査方法およびこの微生物検査方法に用いる画像取込ツ−ルに関する。 The present invention relates to a microorganism inspection method using a film-type medium and an image capturing tool used in the microorganism inspection method.
近年ますます食品衛生に関する要求が高まっており、様々な国から食品の輸入・輸出が行われているグロ−バル環境の下で、食品の安心と安全は全世界の共通課題として今後より一層クロ−ズアップされるものと思われる。 In recent years, the demand for food sanitation has been increasing, and in the global environment where food is imported and exported from various countries, food safety and security are becoming more common issues around the world. -It seems to be up.
食品衛生検査の主要な一手段として、検体を培地で培養した後に検体内のコロニー数をカウントするコロニーカウント処理が広く行われている。この培地としては、古くからシャ−レに充填した寒天培地が使用されてきたが、近年、これに代えて、フィルムないしシ−ト状の乾燥培地の使用が徐々に普及してきている。このフィルム型培地は、基材シ−トと、該基材シ−ト上に形成される枠と、該枠内に設けられる培養層と、該培養層を被覆するカバ−シ−トとを有して構成されるものであり、下記特許文献1〜4などに公知である。
As a main means of food hygiene inspection, colony counting processing is widely performed in which the number of colonies in a specimen is counted after the specimen is cultured in a medium. As this medium, an agar medium filled in a chalet has been used for a long time, but in recent years, the use of a film or a sheet-shaped dry medium has gradually become widespread. The film-type medium comprises a base sheet, a frame formed on the base sheet, a culture layer provided in the frame, and a cover sheet covering the culture layer. It is known to be disclosed in
このようなフィルム型培地を用いることで、培養層に検体を接種した後、カバ−シ−トを被せて所定温度で所定時間インキュベ−トし、これをコロニーカウント装置に投入して、インキュベ−ト後の発生コロニー数をカウントして、検体中の一般生菌数、大腸菌群数などを測定することができる。 By using such a film-type medium, the culture layer is inoculated with a specimen, covered with a cover sheet and incubated at a predetermined temperature for a predetermined time. The number of colonies generated can be counted, and the number of general viable bacteria and coliform bacteria in the sample can be measured.
しかしながら、フィルム型培地を用いたとしても、コロニーカウントのためのシグナル解析には専用の機器とオペレ−タの知識・経験を必要とする。 However, even if a film-type medium is used, signal analysis for colony counting requires specialized equipment and the knowledge and experience of an operator.
そこで、本発明者らは、インキュベ−ト済のフィルム型培地を専用の高価なコロニーカウント装置に投入して熟練オペレ−タによって解析することに代えて、汎用の安価なフラットベッドスキャナやデジタルカメラを利用して誰でも簡便に且つ低コストで微生物検査を行うことについて検討した。フラットベッドスキャナはデジタルカメラの普及などに伴って現在では各社から多種多様な製品がきわめて安価に提供されており、その操作も容易であるから、ユ−ザサイドにおいてこれを用いるだけでコロニーカウント処理が行われるようになれば、大規模ラボのみならず、小規模ラボやラボを持たない新興国などにおいても容易に導入可能である。 Therefore, instead of putting the incubated film-type medium into a dedicated expensive colony counting device and analyzing it by a skilled operator, the present inventors replaced a general-purpose inexpensive flatbed scanner or digital camera. Using this, anyone examined the microbe inspection easily and at low cost. With the spread of digital cameras, flat-bed scanners are now offering a wide variety of products from various companies at a very low price, and their operations are easy, so colonies can be counted just by using them on the user side. Once implemented, it can be easily introduced not only in large-scale laboratories but also in small-scale laboratories and emerging countries that do not have laboratories.
したがって、本発明が解決しようとする課題は、ユ−ザサイドでは安価で汎用性の高いフラットベッドスキャナやデジタルカメラを用い、スキャナの場合は、インキュベ−ト済のフィルム型培地を載せて画像デ−タを取り込み、デジタルカメラの場合は、三脚にて垂直にフィルム型培地を配置して撮影するだけで、正確なコロニーカウント測定結果を取得することができるような新規なシステムを構築することである。 Accordingly, the problem to be solved by the present invention is that the user side uses an inexpensive and highly versatile flatbed scanner or digital camera, and in the case of a scanner, an image data medium is placed on an incubated film type medium. In the case of a digital camera, it is necessary to construct a new system that can obtain accurate colony count measurement results simply by placing a film-type medium vertically on a tripod and taking a picture. .
また、本発明が解決しようとするもう一つの課題は、上記システムにおいてインキュベ−ト済のフィルム型培地をフラットベッドスキャナに載せたりデジタルカメラで撮影して画像デ−タを取り込む際に好適に用いられる画像デ−タ取込用ツ−ルを提供することである。 In addition, another problem to be solved by the present invention is preferably used when the film type culture medium which has been incubated in the above system is placed on a flatbed scanner or photographed with a digital camera to capture image data. To provide a tool for capturing image data.
上記課題を解決するため、請求項1に係る本発明は、フィルム型培地の培養層で検体をインキュベ−トした後の該フィルム型培地の元画像データをユーザからのデータ送信によって取得する元画像データ取得ステップと、取得した元画像データの傾きを補正する第一の補正ステップと、取得した元画像データの画質を補正する第二の補正ステップと、これら第一および第二の補正ステップで得た補正画像データを用いて培養層中のコロニー数をカウントする測定ステップと、を含むことを特徴とするフィルム型培地による微生物検査方法である。
In order to solve the above-mentioned problem, the present invention according to
請求項2に係る本発明は、請求項1記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記第一の補正ステップは、前記第一の補正ステップは、前記元画像データに含まれる位置情報から特定される矩形の傾き角度を補正する処理を含み、前記測定ステップは、前記第一の補正ステップで補正された後の矩形内においてフィルム型培地の培養層に対応する画像領域内でコロニー数をカウントすることを特徴とする。
The present invention according to claim 2 is the microorganism testing method according to
請求項3に係る本発明は、請求項1または2記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記第二の補正ステップは、前記元画像データの各画素を明度補正する処理を含み、前記測定ステップは、補正された明度が閾値より大きいときにその画素がコロニーの存在を示すものと判定することを特徴とする。 According to a third aspect of the present invention, in the microorganism testing method using the film-type medium according to the first or second aspect, the second correction step includes a process of correcting the brightness of each pixel of the original image data, and the measurement The step is characterized in that it is determined that the pixel indicates the presence of a colony when the corrected lightness is greater than a threshold value.
請求項4に係る本発明は、請求項3記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記第二の補正ステップは、さらに前記元画像データの各画素を色相補正する処理を含み、前記測定ステップは、補正された色相を基にしてコロニーの菌種を判定し、補正された明度を基にして菌種ごとのコロニー数をカウントすることを特徴とする。 According to a fourth aspect of the present invention, in the microorganism testing method using the film-type medium according to the third aspect, the second correction step further includes a process of correcting the hue of each pixel of the original image data, and the measuring step Is characterized by determining the bacterial species of a colony based on the corrected hue, and counting the number of colonies for each bacterial species based on the corrected lightness.
請求項5に係る本発明は、請求項1ないし4のいずれか記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記元画像データは、一または複数の前記インキュベート済フィルム型培地が装着されたトレイを描写する画像データであり、前記第一の補正ステップにおける補正処理に用いられる位置情報および前記第二の補正ステップにおける補正処理に用いられるカラーチャートおよびグレースケールチャートがいずれも前記トレイにあらかじめ表示されていることを特徴とする。 According to a fifth aspect of the present invention, in the microorganism testing method using the film-type medium according to any one of the first to fourth aspects, the original image data is obtained from a tray on which one or a plurality of the incubated film-type mediums are mounted. The image data to be drawn, the position information used for the correction process in the first correction step and the color chart and the gray scale chart used for the correction process in the second correction step are both displayed in advance on the tray. It is characterized by being.
請求項6に係る本発明は、請求項1ないし4のいずれか記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記元画像データは、一または複数の前記インキュベート済フィルム型培地と該フィルム型培地とは別体として用意されたチャートシートとを含めて描写する画像データであり、前記第一の補正ステップにおける補正処理に用いられる位置情報は各フィルム型培地にあらかじめ表示されており、前記第二の補正ステップにおける補正処理に用いられるカラーチャートおよびグレースケールチャートは前記チャートシートにあらかじめ表示されていることを特徴とする。
The present invention according to
請求項7に係る本発明は、請求項1ないし4のいずれか記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記元画像データは、一または複数の前記インキュベート済フィルム型培地を描写する画像データであり、前記第一の補正ステップにおける補正処理に用いられる位置情報および前記第二の補正ステップにおける補正処理に用いられるカラーチャートおよびグレースケールチャートがいずれも各フィルム型培地にあらかじめ表示されていることを特徴とする。 According to a seventh aspect of the present invention, in the microorganism testing method using the film-type medium according to any one of the first to fourth aspects, the original image data is image data describing one or a plurality of the incubated film-type culture media. Yes, the position information used for the correction process in the first correction step and the color chart and the gray scale chart used for the correction process in the second correction step are both displayed in advance on each film type medium. Features.
請求項8に係る本発明は、請求項1ないし4のいずれか記載のフィルム型培地による微生物検査方法において、前記元画像データは、一または複数の前記インキュベート済フィルム型培地と共に前記第一の補正ステップにおける補正処理に用いられる位置情報を描写する第一の元画像データと、前記第二の補正ステップにおける補正処理に用いられるカラーチャートおよびグレースケールチャートを描写する第二の元画像データとからなり、前記元画像データ取得ステップは、前記第一の元画像データを取得する第一の元画像データ取得ステップと、前記第二の元画像データを取得する第二の元画像データ取得ステップとからなり、前記第一の元画像データ取得ステップで前記第一の元画像データを取得する都度前記第一の補正ステップを行って第一の元画像データについて各々第一の補正画像データを作成し、前記第二の元画像データ取得ステップで取得した前記第二の元画像データに基づいて行われる前記第二の補正ステップの処理結果を各第一の補正画像データに一元的に適用して第二の補正画像データを作成することを特徴とする。 According to an eighth aspect of the present invention, in the microorganism testing method using the film-type medium according to any one of the first to fourth aspects, the original image data includes the one or more of the incubated film-type medium and the first correction. The first original image data describing the position information used for the correction process in the step, and the second original image data describing the color chart and the gray scale chart used for the correction process in the second correction step. The original image data acquisition step includes a first original image data acquisition step for acquiring the first original image data and a second original image data acquisition step for acquiring the second original image data. The first correction step is performed each time the first original image data is acquired in the first original image data acquisition step. First correction image data is created for each of the first original image data, and the second correction step is performed based on the second original image data acquired in the second original image data acquisition step. The second correction image data is created by applying the processing result to each of the first correction image data in a unified manner.
請求項9に係る本発明は、請求項5記載のフィルム型培地による微生物検査方法においてユーザが前記元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールであって、該画像取込ツールが前記トレイからなり、該トレイは、インキュベート済フィルム型培地を装着可能な培地収容部を複数備えると共に、前記位置情報と、前記カラーチャートおよびグレースケールチャートがあらかじめ表示されていることを特徴とする。
The present invention according to
請求項10に係る本発明は、請求項6記載のフィルム型培地による微生物検査方法においてユーザが前記元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールであって、該画像取込ツールは、前記フィルム型培地にあらかじめ表示された前記位置情報と、前記フィルム型培地とは別体として用意された前記チャートシートとからなることを特徴とする画像取込ツール。
The present invention according to
請求項11に係る本発明は、請求項10記載の画像取込ツールにおいて、前記チャートシートにも前記第一の補正ステップにおける補正処理に用いられる位置情報があらかじめ表示されていることを特徴とする。 According to an eleventh aspect of the present invention, in the image capturing tool according to the tenth aspect, position information used for correction processing in the first correction step is also displayed in advance on the chart sheet. .
請求項12に係る本発明は、請求項7記載のフィルム型培地による微生物検査方法においてユーザが前記元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールであって、該画像取込ツールが、あらかじめ前記フィルム型培地自体に表示された前記位置情報と前記カラーチャートおよびグレースケールチャートとからなることを特徴とする画像取込ツール。
The present invention according to
請求項13に係る本発明は、請求項8記載のフィルム型培地による微生物検査方法においてユーザが前記第一の元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールであって、該画像取込ツールが前記トレイからなり、該トレイは、インキュベート済フィルム型培地を装着可能な培地収容部を複数備えると共に、前記位置情報があらかじめ表示されていることを特徴とする。
The present invention according to
本発明によれば、ユ−ザサイドでは安価で汎用性の高いフラットベッドスキャナやデジタルカメラを用い、スキャナの場合は、インキュベ−ト済のフィルム型培地を載せて画像デ−タを取り込み、デジタルカメラの場合は、三脚にて垂直にフィルム型培地を配置して撮影して元画像データを取得し、これを処理サーバを備える解析センターに送信するだけで、正確なコロニーカウント測定結果を取得することができる。したがって、大規模ラボのみならず、小規模ラボやラボを持たない新興国などにおいても容易に微生物検査を行うことができ、きわめて利便性が高い。 According to the present invention, an inexpensive and versatile flatbed scanner or digital camera is used on the user side, and in the case of a scanner, image data is captured by placing an incubated film-type medium on the digital camera. In this case, the film-type culture medium is placed vertically on a tripod and photographed to acquire the original image data, and by sending this to an analysis center equipped with a processing server, an accurate colony count measurement result can be acquired. Can do. Therefore, microorganism testing can be easily performed not only in large-scale laboratories but also in small-scale laboratories and emerging countries that do not have laboratories, which is extremely convenient.
さらに、本発明によれば、ユーザがスキャナやデジタルカメラを用いて画像データを取り込む作業を容易にするための画像取込ツールが提供されるので、ユーザはこの画像取込ツールを用いて、簡単に画像データを取得することができる。 Furthermore, according to the present invention, an image capture tool is provided for facilitating the user's task of capturing image data using a scanner or digital camera. Therefore, the user can easily use the image capture tool. Image data can be acquired.
処理サーバには多数のユーザから多種多様な機器(スキャナやデジタルカメラ)を用いて取り込まれた画像データが送られ、画像データ取込の際の位置ずれ(傾き)なども含まれる可能性があるが、取得した元画像データの傾きを補正する第一の補正ステップと、取得した元画像データの画質を補正する第二の補正ステップとを通じて、処理サーバが備えるコロニーカウントシステムや関連ソフトウェアでの解析に適した補正画像データに変換されるので、ユーザサイドにおける画像取込機器の機種や画像取込時の位置ずれなどに起因するバラツキがあっても、これを解消して、正確なコロニーカウント測定結果を得ることができる。元画像データ送信元のユーザは、これをPCのディスプレイ上で確認し、必要に応じてデータ保存することができる。 The processing server receives image data captured from a large number of users using a variety of devices (scanners and digital cameras), and may include misalignment (tilt) when capturing the image data. However, through the first correction step for correcting the inclination of the acquired original image data and the second correction step for correcting the image quality of the acquired original image data, the analysis by the colony counting system and related software provided in the processing server is performed. Because it is converted into corrected image data suitable for the user, even if there are variations due to the model of the image capture device on the user side or the positional deviation at the time of image capture, this is eliminated and accurate colony count measurement is performed The result can be obtained. The user of the original image data transmission source can confirm this on the display of the PC and can save the data as necessary.
まず、本発明で用いるフィルム型培地の一例について図1を参照して説明する。このフィルム型培地10は、特許文献1〜4に示される公知のものと同様に、基材シ−ト11と、基材シ−ト11上に形成される枠12と、枠12内に設けられる培養層13と、培養層13を被覆するカバ−シ−ト14とを有して構成される。
First, an example of a film-type medium used in the present invention will be described with reference to FIG. This film
基材シ−ト11はたとえばポリエチレンテレフタレ−ト(PET)で形成される。枠12はたとえばホットメルト樹脂などにより円形に形成され、その中に、たとえばポリビニルピロリドン(PVP)にゲル化剤を配合した培養層13が設けられる。カバ−シ−ト14にはたとえばOPPなどの透明軟質フィルムが用いられ、本例では基材シ−ト11と略同サイズにカットして用いて基材シ−ト11の上端縁部分にラミネ−トなどにより接着されている。
The
本例のフィルム型培地10の基材シ−ト11には、培養層13でインキュベ−トした検体の希釈率をマーク式で記入する希釈率記入欄15、任意の検体情報をマーク式で記入する検体情報記入欄16、各フィルム型培地10を特定する(したがって該フィルム型培地10の培養層13でインキュベ−トした検体を特定する)シリアルナンバ−が格納されたシリアルナンバ−バ−コ−ド17が印刷表示されている。希釈率は検体情報の一つとして検体情報記入欄に含めても良く、この場合は希釈率表示欄15を設ける必要はない。また、検体情報のうち培地種別や消費期限などの各検体に固有のデ−タではなく多数の検体に共用できるデ−タについては、検体情報バ−コ−ド18を設けて印刷表示しても良い。
In the
このフィルム型培地10を使用して、所定の希釈率で希釈した所定量(たとえば1mL)の検体を培養層13に注入した後、孵卵器に入れて所定温度(たとえば36℃)および所定期間(たとえば48時間)インキュベ−トし、インキュベ−ト後のコロニー数をカウントするが、このコロニーカウント処理を行うに先立ってユーザが元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールとして、インキュベ−ト済フィルム型培地10を所定個数載置可能なトレイ20を使用することが好ましい。このトレイ20の一例について図2を参照して説明する。
Using this film-
このトレイ20は、6個のフィルム型培地10,10・・・を載置収容可能に構成されており、PETなどの樹脂から所定サイズ(A4など)の平板状に成形されたベ−ス21には、フィルム型培地10の形状およびサイズ(基材シ−ト11の形状およびサイズ)に対応した所定数の培地収容部22,22・・・が形成されている。本例では、図示のように、3段×2列に形成された計6個の培地収容部22,22・・・を有している。
The
具体的には、図3に示すように、フィルム型培地10の外寸より若干小さい寸法の矩形収容部22をベ−ス21の所定箇所に凹設すると共に、その外周縁下方部を外側に向けて切除して、フィルム型培地10と略同一の厚さ(深さ)および略同一の外寸(外径)を有する係止溝23を周設する。このような構成において、フィルム型培地10を収容部22に嵌め込んでその外周縁を係止溝23に嵌着させることにより、フィルム型培地10を収容部22に載置収容可能である。また、このようにして一旦収容部22に収容されたフィルム型培地10は、その後にトレイ20を裏返しても脱落することなく収容部22内に保持されるので、画像取込の際に、フィルム型培地10を載置収容したトレイ20を裏返した状態でスキャナにセットする作業を簡単に行うことができる。
Specifically, as shown in FIG. 3, a rectangular
なお、図3に示す構造は、トレイ20を裏返したときにも収容部22に収容されたフィルム型培地10を脱落させずに保持するために採用し得る構造の一例にすぎず、同様の作用を果たすものであれば他の任意の構造を採用して良いことはもちろんである。たとえば、トレイ20の表面側に収容部22の一部、たとえば各辺の中央から内方に突出する係合爪を突出させておき、これら係合爪をトレイ裏返し時の脱落防止片として使用することができる。
Note that the structure shown in FIG. 3 is merely an example of a structure that can be employed to hold the film-
また、フィルム型培地10の外寸法と略同寸法の矩形開口をトレイ20に形成して培地収容部22としても良い。この構成にあっては、スキャナで画像取込するときは、トレイ20を裏返してスキャナの原稿台に置いた後、各培地収容部22の開口内にインキュベート済の矩形フィルム型培地10を裏返して嵌め込むようにして使用する。デジタルカメラで使用する場合は裏返す必要はなく、机などの上に表向きにして配置したトレイ20の各培地収容部22の開口内にインキュベート済の矩形フィルム型培地10を表向きに嵌め込むようにして使用する。
Further, a rectangular opening having substantially the same dimensions as the outer dimensions of the film-
また、ベ−ス21には、これら培地収容部22,22・・・の余白部の四隅に各々位置認識c24a〜24dが表示されている。これら4つの位置認識マ−カのうちの一つ、図3において左下の位置認識マ−カ24cは天地認識用の反転マ−カであり、他の3つの位置認識マ−カ24a,24b,24dとは異なる色(たとえば白色の位置認識マ−カ24a,24b,24dに対して反転マ−カ24cは黒色)に印刷されていて輝度が明確に異なるものとされている(詳細は後述)。
Further, the
さらに、ベ−ス21には、各段の培地収容部22,22間の余白部を利用して、カラ−チャ−ト25とグレ−スケ−ルチャ−ト26が表示されている。カラ−チャ−ト25はいわゆる色見本配列表であり、グレ−スケ−ルを除く基本12色を含むカラ−配列として表示されている。本例では18色のカラ−チャ−ト25が採用されている。グレ−スケ−ルチャ−ト26は白から黒までの無彩色を明暗で階調表示したものである。これらカラ−チャ−ト25およびグレ−スケ−ルチャ−ト26はベ−ス21上の上記所定箇所に印刷して表示しても良いし、市販されているものを貼着しても良い。
Further, on the
次に、このトレイを用いて行うコロニーカウント処理システムの概要について図4を参照して説明する。 Next, an outline of the colony count processing system performed using this tray will be described with reference to FIG.
このシステムにおいて、ユ−ザは、インキュベ−ト済のフィルム型培地10を載置収容したトレイ20を裏返した状態でフラットベッドスキャナ30(以下単に「スキャナ」と言う。)のガラス原稿台にセットして、該スキャナ30の用法に従ってスキャンする。そして、このスキャン画像デ−タを、スキャナ30にパラレルポ−トやUSBなどを介して接続されているPC40からインタ−ネットなどのネットワ−クNETを通じて解析センタ50に送信する。
In this system, the user sets the
なお、この図ではユーザがスキャナ30を用いて画像データを取得しているが前述したように、デジタルカメラによる撮影画像データを取得しても良い。この場合は、インキュベ−ト済のフィルム型培地10を載置収容したトレイ20を、必要に応じて三脚やスタンドなどを使用して正面からデジタルカメラで撮影し、その画像データをSDカードやUSBを介して上記同様に解析センタ50に送信する。
In this figure, the user acquires the image data using the
したがって、ユ−ザにおいては、フィルム型培地10と、インキュベ−ト済のフィルム型培地10を載置収容するためのトレイ20と、このトレイ20の画像デ−タを取り込むためのスキャナ30またはデジタルカメラと、スキャナ30またはデジタルカメラに接続されると共に解析センタ50とのデ−タ送受信を可能にするためのネットワ−クNET環境に接続可能なPC40を備えるだけで良い。ここで、PC40およびネットワ−クNET環境は既にほとんどのユ−ザが所持および設定済であり、画像データの取得についても既述したように安価に市販されていて容易に入手可能な汎用的なスキャナやデジタルカメラを機種を問わずに使用することができ、新たなコスト負担をほとんど必要とせずにシステム構築が可能である。
Therefore, in the user, the film-
解析センタ50は、ネットワ−クNETを介してユ−ザPC40とのデ−タ送受信を実行するウエブサ−バ51と、ユ−ザPC40からネットワ−クNETおよびウエブサ−バ51を介して受信したスキャン画像デ−タを後述のようにして補正した上でコロニーカウントする処理サ−バ52と、処理サ−バ52で処理した後のコロニーカウントデ−タを保存するデ−タベ−ス53を備えている。
The
ここで、ユ−ザインタ−フェ−ス(UI)はJAVA(登録商標)アプレットやFLASH(登録商標)などのブラウザ上で動作するアプリケーションとし、ユーザは特別なソフトウェアをスト−ルする必要なしに、ウエブサ−バ51とネットワ−クNET接続されている環境において所定のウエブサイトから所定のソフトウェアをPC40にダウンロ−ドすることができる。
Here, the user interface (UI) is an application that runs on a browser such as JAVA (registered trademark) applet or FLASH (registered trademark), and the user does not need to install special software. Predetermined software can be downloaded from the predetermined web site to the
次に、図4のシステム構成においてコロニーカウント処理を行うときの概略的なフロ−を図5を参照して説明する。 Next, a schematic flow when the colony counting process is performed in the system configuration of FIG. 4 will be described with reference to FIG.
前述したように、ユ−ザは、図1のフィルム型培地10を用い、所定の希釈率で希釈された検体を滅菌ピペットなどで培養層13に所定量(たとえば1mL)滴下した後、このフィルム型培地10を孵卵器に入れて所定温度(たとえば36℃)および所定期間(たとえば48時間)インキュベ−トする(図5:S1)。
As described above, the user uses the film-
各フィルム型培地10にはあらかじめシリアルナンバ−が二次元コ−ド17として表示され、また、該培地10の培養層13の培地種類や消費期限その他の検体情報を示すデ−タがあらかじめバ−コ−ド18として表示され、あるいは検体情報記入欄16にユ−ザが書き込むことによって表示されている。また、各フィルム型培地10の培養層13でインキュベ−トした検体の希釈率がユ−ザによる書き込みで希釈率記入欄15(または検体情報記入欄16)に表示されている。
Each film-
そして、インキュベ−ト済のフィルム型培地10をトレイ20の培地収容部22に載置収容する(図5:S2)。本例のトレイ20は6個の培地収容部22を有するので、最大6個のフィルム型培地10を載置収容可能であり、これによって同時に最大6個のフィルム型培地10についてインキュベ−ト済検体を解析処理することができる。
Then, the incubated
図6には、6個の培地収容部22の各々にインキュベ−ト済フィルム型培地10を載置収容したトレイ20が示されている。
FIG. 6 shows a
次いで、このトレイ20を裏返した状態、すなわちトレイ20に載置収容したフィルム型培地10が透明カバ−シ−ト14を介してフラットベッドスキャナ30(以下単に「スキャナ」と言う。)のガラス原稿台に向き合った状態にして、スキャナ30にセットする(図5:S3)。
Then, the
そして、使用したスキャナ30の通常の用法に従ってスキャニングして画像デ−タを取得する(図5:S4)。このようにして取得した画像デ−タ(元画像データ)は、図6に示されるトレイ平面図と実質的に同様の二次元画像デ−タである。
Then, scanning is performed according to the normal usage of the used
なお、ここではスキャナ30を用いて元画像データを取得しているが、前述したように、培地収容部22の各々にインキュベ−ト済フィルム型培地10を載置収容したトレイ20をデジタルカメラで撮影することによって元画像データを取得しても良い。この場合は、三脚などを用いて、トレイ20に対してトレイ中心からの垂線上に配置したデジタルカメラで撮影することが好ましい。
Here, the original image data is acquired by using the
取得した元画像デ−タを、スキャナ30またはデジタルカメラに接続したユ−ザPC40からネットワ−クNETを介して解析センタ50に送信する(図5:S5)。元画像データを一旦SDカードなどの記録媒体に保存し、これをユーザPCから解析センタ50に送信しても良い。解析センタ50は、受信した元画像データを処理サ−バ52で補正処理した上でコロニーカウントする(図5:S6)。
The acquired original image data is transmitted from the
処理サ−バ52での解析の結果取得されたコロニーカウントデ−タは、検査対象の培地を表示したカラー画像(コロニーを確認できる画像)と一意に対応付けた計測結果データとして、解析センタ50が備えるデ−タベ−ス53に格納されると共に、ウエブサ−バ51に収載されて送信元のユ−ザPC40に送信される(図5:S7)。これによりユ−ザは各フィルム型培地10でインキュベ−ト後の検体に含まれる培地に存在するコロニーの種類や菌数などの解析結果をリアルタイムに知ることができ、また、デ−タベ−ス53に格納されたデ−タをネットワ−クNETを通じていつでも取得することができる。
The colony count data acquired as a result of the analysis by the
このようなシステムは、いわゆるクラウドコンピュ−ティングとして構築することが、ユ−ザの利便性を図る上で好ましい形態である(図4参照)。ユ−ザは、解析センタ50によって提供されるサ−ビスを該センタが備えるサ−バ群(デ−タベ−スも含む)を意識することなく、また処理のためのソフトウエアをあらかじめダウンロ−ドする必要もなしに、あたかも自らのPC40上で処理していると同様の感覚で実行できるメリットがある。また、解析センタ50が提供する画像処理やUIアプリケーションのソ−スなどは随時保守またはアップグレ−ド可能であり、これによってユ−ザは常に最新のサ−ビスを受けることができる。
Such a system is preferably constructed as a so-called cloud computing in terms of convenience for the user (see FIG. 4). The user is not aware of the server group (including the database) provided with the service provided by the
より具体的には、ユ−ザによる本サ−ビスの利用時間に応じた課金システムを導入することが好ましい。すなわち、本サ−ビスの利用を希望するユ−ザは、あらかじめ登録して顧客IDを取得した上で、PC40からネットワ−クNETを通じて解析センタ50のウエブサ−バ51にアクセスして本サ−ビス利用のためのソフトウエアをダウンロ−ドして起動させ、所要の画面にて顧客IDを入力する。これによって本サ−ビスの利用が開始される。
More specifically, it is preferable to introduce a billing system according to the usage time of this service by the user. That is, a user who wishes to use this service registers in advance and obtains a customer ID, and then accesses the
その後、当該ソフトウエアによって画面表示される処理手順に従って、インキュベ−ト済フィルム型培地10を載置収容したトレイ20をスキャナ30にセットし(図5:S3)、元画像デ−タを取得し(図5:S4)、これを解析センタ40にアップロ−ドして(図5:S5)、解析センタ40の処理サ−バ52による解析処理(図5:S7)を待つ。解析によって得られたコロニーカウントデ−タはウエブサ−バ51に収載され、送信元ユ−ザPC30に画面表示される(図5:S7)ので、ユ−ザはこれを確認して本サ−ビスの利用を終了する。
Thereafter, according to the processing procedure displayed on the screen by the software, the
上記において、本サ−ビスの利用開始から利用終了までの時間に応じたサ−ビス利用料がユ−ザに課金される。 In the above, a service usage fee according to the time from the start of use of this service to the end of use is charged to the user.
また、解析結果としてのコロニーカウントデ−タを分析(合否判定)や報告書作成などの追加処理をユ−ザが希望する場合は、該処理のために必要な別のソフトをダウンロ−ドして実行させることができ、その利用時間に応じた追加サ−ビス利用料をユ−ザに課金するようにしても良い。 In addition, if the user wishes to perform additional processing such as analysis of the colony count data as the analysis result (pass / fail judgment) or report creation, download other software necessary for the processing. The user may be charged an additional service usage fee according to the usage time.
時間に応じた課金システムを採用することに代えて、またはこれと併用して、ユーザに提供するサービスの内容(コロニーカウント処理する培地数、上記合否判定や報告書作成などの追加処理の有無など)に応じた課金システムを採用しても良い。また、単位処理ごとに課金したり、月極や年間一括払いなど、各種の短期・長期契約で課金システムを実行することが可能である。 Instead of using a billing system according to the time, or in conjunction with this, the contents of the service provided to the user (number of culture media for colony count processing, presence / absence of additional processing such as pass / fail judgment and report creation, etc.) ) May be adopted. In addition, it is possible to execute the charging system with various short-term and long-term contracts such as charging for each unit processing, monthly payment or annual lump sum payment.
ところで、コロニーカウント処理においては、画素ごとの明度を比較することによって画像上のコロニーを認識している。すなわち、処理画像データ中の各画素について明度を測定し、所定の閾値より大きい明度を有する画素がコロニーの存在を示すものと判断する。しかしながら、本システムではユ−ザが手持ちのスキャナ30でインキュベ−ト済フィルム型培地10をスキャニングして取得した画像データや、手持ちのデジタルカメラで撮影した画像データが元画像デ−タとしてそのまま解析センタ50に送られてくる。処理サ−バ52においては、ユーザが元画像デ−タ取得に使用した機種や仕様を特定することができず、様々な機器を用いて様々なユーザからアップロードされてくる元画像データは解像度や画質の個体差がきわめて大きいものとなっている。したがって、正確なコロニーカウント数を計測するためには、処理画像データ中の画素の明度を統一的な基準で判定することが要求される。
By the way, in the colony count process, the colonies on the image are recognized by comparing the brightness of each pixel. That is, the brightness is measured for each pixel in the processed image data, and it is determined that a pixel having a brightness greater than a predetermined threshold indicates the presence of a colony. However, in this system, the image data acquired by scanning the incubated
また、フィルム型培地10の培養層13には検査対象とする菌種によって異なる培地が用いられ、たとえば一般生菌の場合は培地にTTC(トリフェニルテトラゾリウムクロライド)を含ませておくことによりTTCを還元して赤色のTPF(トリフェニルフォルマザン)を生じさせて赤色集落として観察され、黄色ブドウ球菌は酸性フォスファターゼにより酵素基質X−Phos(5ブロモ4クロロ3インドリルフォスフェート)を分解して青色のインディゴを生成する。大腸菌群は培地中の酵素基質が大腸菌群の持つβ−ガラクトシダーゼに反応してX−Gal(5ブロモ4クロロ3インドリルβ−ガラクトシダーゼ)またはMagenta−Gal(5ブロモ6クロロ3インドリルβ−ガラクトシダーゼ)を加水分解し、酸化重合を経て赤紫ないし紫色のブロモクロロインディゴを生成し、大腸菌は特異的に持つβ−グルクロニダーゼが酵素基質X−GLUC(5ブロモ4クロロ3インドリルβ−グルクロニダーゼ)を上記同様に分解して青色のブロモクロロインディゴを生成する。
Further, different culture media are used for the
ここで、単一菌種のコロニー数を計測する場合や菌種を区別する必要なくトータルのコロニー数を把握すれば十分な場合であれば色の判定は必須ではないが、たとえば大腸菌群と大腸菌の両方を同じ培地でインキュベートする場合において各菌種ごとにコロニー数を計測するためには、大腸菌群の赤紫〜紫の集落と大腸菌の青色集落とを判別しなければならない。しかしながら、前述のように、本システムにおいてユーザから処理サーバ52にアップロードされる元画像データは画質の個体差がきわめて大きく、これらの異なる菌種の色相の閾値を正確に把握することができない。したがって、菌種ごとのコロニーカウント計測を正確に行うためには、処理画像データ中の画素の色相についても統一的な基準で判定することが要求される。また、培養層13に含まれる残渣などの異物と測定対象微生物とを識別するためにも色相を補正することが好ましい。
Here, when measuring the number of colonies of a single bacterial species or when it is sufficient to know the total number of colonies without having to distinguish the bacterial species, color determination is not essential. In order to count the number of colonies for each bacterial species when both are incubated in the same medium, it is necessary to discriminate between the purple-purple to purple colonies of the coliform group and the blue colonies of E. coli. However, as described above, the original image data uploaded from the user to the
また、ユーザが元画像データを取得するためにトレイ20をスキャナ30にセットする(図5:S3)際に、正しい位置にセットされなかったり傾いた状態でセットされることがあり、元画像データに位置ずれや傾きの誤差が含まれている可能性も考慮しなければならない。
Further, when the user sets the
そこで、本発明では、処理サ−バ52は、取得した元画像デ−タに含まれる位置認識マ−カ24a〜24dにより該元画像デ−タの傾きを補正する処理を行い、さらに、該補正後の画像デ−タに含まれるカラ−チャ−ト25およびグレ−スケ−ルチャ−ト26を参照することにより元画像デ−タの色相および明度の個体差を極小化する処理を行う。これらの処理は図5:S6で行われるが、その詳細を別途図7のフロ−を参照して説明する。
Therefore, in the present invention, the
まず、ユ−ザがスキャナ30で取得してウエブサ−バ51にアップロ−ドした元画像デ−タを取得する(図7:S61)。既述したように、この元画像デ−タには、ユ−ザが使用したスキャナ30の機種依存性に伴う明度や色相などの個体差や、トレイ20をスキャナ30にセットする際の傾きや位置ずれなどの不統一要因が含まれている。
First, original image data acquired by the user with the
そこで、最初の補正処理として、図7:S61で取得した元画像デ−タの傾きを補正する処理を行う(図7:S62)。この処理は、トレイ20の四隅余白部に印刷されている位置認識マ−カ24a〜24dの元画像デ−タ中の位置を検出することによって行う。たとえば図5に示すように、位置認識マーカ24a〜24dが円とその中に表示される十字線とで構成されている場合、元画像データの各画素について外側に向かうにつれて輝度が所定の条件で変化するか否かを判定し、この条件を満たす画素を位置認識マーカ24a〜24dの中心位置(座標)にあるものと判断する。
Therefore, as an initial correction process, a process of correcting the inclination of the original image data acquired in FIG. 7: S61 is performed (FIG. 7: S62). This process is performed by detecting the positions in the original image data of the
すなわち、元画像デ−タの各画素を公知の変換式によりRGB表色系から輝度(Y)に変換する。ここで、2つの画素同士の輝度の差が所定の閾値より小さいときに、それらは同一の輝度を有するものと判断する。そして、元画像デ−タの各画素について、以下の判定をおこなう。なお、ここでは輝度値レンジを0〜255としている。 That is, each pixel of the original image data is converted from the RGB color system to luminance (Y) by a known conversion formula. Here, when the difference in luminance between the two pixels is smaller than a predetermined threshold, it is determined that they have the same luminance. Then, the following determination is performed for each pixel of the original image data. Here, the luminance value range is set to 0 to 255.
まず、対象画素を中心とし、垂直から複数の角度方向に移動しながら輝度を調べていく。移動するにつれて中心の輝度が一旦異なる値となった後に再び中心の輝度と同一になり、さらに4方向の距離(半径)が一致したら、中心と半径から得られる円を仮定する(図8(a))。 First, the luminance is examined while moving from the vertical to a plurality of angular directions with the target pixel as the center. As the center moves, the center brightness once becomes a different value and then becomes the same as the center brightness again. If the distances (radius) in the four directions coincide with each other, a circle obtained from the center and the radius is assumed (FIG. 8 (a )).
さらに、対象画素から隣接する同一輝度の画素を次々に繋げていくと、90度間隔の4方向で円周に到達する(図8(b))。 Furthermore, when adjacent pixels of the same luminance are connected one after another from the target pixel, the circle reaches the circumference in four directions at intervals of 90 degrees (FIG. 8B).
以上の条件が満たされた場合、その画素は位置認識マ−カ24a〜24dの中心であると判断する。なお、本実施例で用いるトレイ20においては、位置認識マ−カ24a〜24dのうち天地認識用の反転マーカ24cは中心が白色、その他の位置認識マーカ24a,24b,24dは中心が黒色で表示されているので、位置認識マーカと判断されたもののうち、中心画素の輝度が所定の閾値(たとえば上記レンジの中間値)以上のものを白色表示の天地認識用反転マ−カ24cと判断する。
When the above conditions are satisfied, it is determined that the pixel is the center of the
各位置認識マ−カから同一輝度で伸びる線分の一つをさらに伸ばしていくと、4つの位置認識マ−カ24a〜24dが一組になって、中心座標を(cx,cy)とする長方形が特定される(図8(c))ので、このときの各位置認識マ−カ24a〜24dの中心画素の座標(x1,y1),(x2,y2),(x3,y3),(x4,y4)からこの長方形Rの傾きθを求める(数1)。スキャナによる読み取り精度の問題やデジカメ撮影画像などの場合に4つの位置認識マーカ24a〜24dの座標を頂点とする矩形が正しい長方形にならずに歪むことも考えられるが、その場合には近似値から長方形Rを仮定する。
When one of the line segments extending at the same luminance is further extended from each position recognition marker, the four
ユーザから取得した元画像データ中のすべての画素について、傾きθを逆方向に回転させた補正座標を求めることを繰り返す。元画像データの座標(X1,Y1)の補正座標を(X2,Y2)とし、傾き補正された長方形R’の幅をWIDTH、高さをHEIGHTとすると、数2が得られる。傾き補正後の長方形R’の頂点の座標は、左上頂点を原点として、右上頂点(WIDTH−1,0)、左下頂点(0,HEIGHT−1)、右下頂点(WIDTH−1,HEIGHT−1)で表すことができるので、この補正後の長方形R’の中の各座標(X2,Y2)から逆に補正前の座標(X1,Y1)を数2で求めていく。求めたX1,Y1の値は公知の丸め処理により整数化したものである。 It repeats to obtain the corrected coordinates obtained by rotating the inclination θ in the reverse direction for all the pixels in the original image data acquired from the user. Assuming that the correction coordinates of the coordinates (X1, Y1) of the original image data are (X2, Y2), the width of the rectangle R ′ whose inclination is corrected is WIDTH, and the height is HEIGHT, Expression 2 is obtained. The coordinates of the vertexes of the rectangle R ′ after the inclination correction are set with the upper left vertex as the origin, the upper right vertex (WIDTH-1, 0), the lower left vertex (0, HEIGHT-1), and the lower right vertex (WIDTH-1, HEIGHT-1). ), The coordinates (X1, Y1) before correction are obtained from the coordinates (X2, Y2) in the corrected rectangle R ′ by the following equation (2). The obtained values of X1 and Y1 are converted to integers by a known rounding process.
上記処理によって得られた補正画像データAは、元画像データの長方形R内の各画素座標(X1,Y1)が傾き補正された長方形R’内の補正座標(X2,Y2)に変換された画素の集合体であり、たとえばユ−ザから取得した元画像デ−タが図9(a)のように傾いていた場合であっても、図9(b)のように傾き補正した補正画像デ−タAが得られる。 The corrected image data A obtained by the above processing is a pixel obtained by converting the pixel coordinates (X1, Y1) in the rectangle R of the original image data into correction coordinates (X2, Y2) in the rectangle R ′ obtained by correcting the inclination. For example, even when the original image data acquired from the user is tilted as shown in FIG. 9A, the corrected image data corrected in tilt as shown in FIG. -A is obtained.
この補正画像デ−タAは、数2から明らかなようにサイズ(幅と高さ)および中心座標(cx,cy)で定められる傾きのない長方形にトリミングされている。処理サーバ52は、トレイ20におけるインキュベート済フィルム型培地10の領域(すなわち培地収容部22の領域)および各インキュベート済フィルム型培地10に含まれる培養層13の領域、カラーチャート25およびグレースケールチャート26の領域ならびにこれらチャートにおける各色表示領域などを、あらかじめ位置認識マーカ24a〜24dで特定される長方形に対応付けた相対的位置(論理座標)のデータを保有している。したがって、元画像データを取り込む際にユーザが正しい位置にトレイ20をセットしなかったり、その際に用いた機種の精度が低いような場合であっても、各領域を正確に把握することができる。
The corrected image data A is trimmed into a rectangle having no inclination defined by the size (width and height) and the center coordinates (cx, cy), as is clear from Equation (2). The
また、ユーザがトレイ20を天地逆にしてスキャナ30にセットしたような場合、上記処理により傾き補正して得られる補正画像データの長方形も天地逆になるが、この場合は、長方形の頂点となる4つの位置認識マーカ24a〜24dにおける反転マーカ24cの位置関係(座標)から元画像データにおいて天地が逆になっていると判断することができるので、得られた補正画像データをさらに180度回転させて天地補正したものとを補正画像データAとする。
In addition, when the user sets the
なお、トレイ20では四隅に位置認識マーカ24a〜24dを設け、元画像データにおけるこれら位置マーカ24a〜24dの画素座標から長方形Rを特定した上で傾き補正処理を行っているが、上記処理において明度変化に基づいて座標位置および徴兵系を特定できるものであれば位置マーカ24a〜24dの具体的構成は問われない。たとえば、トレイ20の外縁部を囲むように黒塗りされた枠や、四隅に表示した四角形や二等辺三角形あるいは「+」印などを位置情報(目印)として傾き補正処理に用いても良い。
In the
次に、この補正画像デ−タAについて画質補正処理を行う(図7:S63)。一例として、スキャナ30で取得した画像デ−タは各画素デ−タがRGB表色系によって表されているが、これを一旦色相(H)・明度(L)・彩度(S)により表現したHLS表色系に変換し、テ−ブル値との比較および線形補間して画質補正を行った後に再びRGB表色系に変換することで、画質補正処理を行うことができる。
Next, image quality correction processing is performed on the corrected image data A (FIG. 7: S63). As an example, the image data acquired by the
まず、トレイ20に印刷表示されているカラ−チャ−ト25の各色に色相順に1から番号を付け、これに基準値と計測値とを対応付けてカラ−比較テ−ブルを作成し、処理サ−バ52が備えるメモリに格納しておく。カラ−比較テ−ブルの一例を表1に示す。
First, each color of the
同様に、トレイ20に印刷表示されているグレ−スケ−ルチャ−ト26の各色に明度順に1から番号を付け、これに基準値と計測値とを対応付けてグレ−スケ−ル比較テ−ブルを作成し、処理サ−バ52が備えるメモリに格納しておく。グレ−スケ−ル比較テ−ブルの一例を表2に示す。
Similarly, each color of the
ここで、基準値は、あらかじめ基準とする特定のスキャナでカラ−チャ−ト25の各色およびグレースケールチャート26の各色のデ−タを取得し、上記(1)の処理によりRGB表色系からHLS表色系に変換した値である。計測値は、ユ−ザPC40からアップロ−ドされた元画像デ−タに含まれるカラーチャート25の各色およびグレースケールチャートの各色(グレースケール)に対応する部分の各画素をRGB表色系からHLS表色系に変換した値である。
Here, the reference value is obtained from the RGB color system by obtaining the data of each color of the
なお、各色のデ−タとは、その領域に含まれる複数画素のRGB各要素を平均化した値とする。 The data of each color is a value obtained by averaging RGB elements of a plurality of pixels included in the area.
その後、画像デ−タの各画素をHLS表色系に変換した値H,L,Sについて、以下のようにして色相および明度を補正する。 Thereafter, the hue and lightness of the values H, L, and S obtained by converting each pixel of the image data into the HLS color system are corrected as follows.
色相Hについては、前述のカラー比較テーブルを参照して、たとえば次のようにして補正色相値hを求めることができる。なお、ここでは色相値レンジを1〜360としている。 For the hue H, the corrected hue value h can be obtained, for example, as follows by referring to the color comparison table described above. Here, the hue value range is set to 1 to 360.
H≧H’maxのときは、
h0=Hmax
h1=H1+360
h’0=H’max
h’1=H’1
であり、ここでもしも h’0 >h’1ならば、h’1=h’1+360 とする。
H<H’1のときは、
h0=Hmax−360
h1=H1
h’0=H’max
h’1=H’1
であり、ここでもしも h’0 >h’1ならば、h’0=h’0−360 とする。
When H ≧ H ′ max ,
h 0 = H max
h 1 = H 1 +360
h ′ 0 = H ′ max
h ′ 1 = H ′ 1
Here, if h ′ 0 > h ′ 1, then h ′ 1 = h ′ 1 +360.
When H <H ' 1 ,
h 0 = H max −360
h 1 = H 1
h ′ 0 = H ′ max
h ′ 1 = H ′ 1
Here, if h ′ 0 > h ′ 1, then h ′ 0 = h ′ 0 −360.
上記以外の場合は、H’n≦H<H’n+1となるnを1から増分して見つける。
h0=Hn
h1=Hn+1
h’0=H’n
h’1=H’n+1
In cases other than the above, n satisfying H ′ n ≦ H <H ′ n + 1 is incremented from 1.
h 0 = H n
h 1 = H n + 1
h ′ 0 = H ′ n
h ′ 1 = H ′ n + 1
そして、次の数式から補正色相値hを求める。 Then, a corrected hue value h is obtained from the following formula.
ここで、もしも h<0ならば、h=h+360 とする。もしも h>360ならば、h=h−360 とする。 Here, if h <0, h = h + 360. If h> 360, set h = h−360.
明度についても、前述のグレースケール比較テーブルを参照して、上記と略同様にして補正明度値lを求めることができる。 Regarding the brightness, the corrected brightness value l can be obtained in substantially the same manner as described above with reference to the above-described gray scale comparison table.
このようにして補正されたHLS表色系の値であるh,l,s(ここでは彩度補正は行っていないのでl=L)をRGB表色系の値に変換する。 The HLS color system values h, l, and s corrected in this way (here, l = L because saturation correction is not performed) are converted into RGB color system values.
以上により、傾き補正された補正画像デ−タAをさらに画質補正処理して機種依存による画質個体差を解消した補正画像デ−タBを得ることができる。傾き補正を行うことで、ユーザが元画像データ取り込みの際の位置ずれや使用機器の精度誤差などがあっても、補正画像データA中の相対座標を把握することで、検査対象となる培養層13やチャート25,26その他の解析を要する領域を正確に特定することができる。また、画質補正処理を行うことで、大腸菌群と大腸菌の両方を同じ培地でインキュベートするような場合であっても、機種依存性を排して、大腸菌群の赤紫〜紫の集落と大腸菌の青色集落とを色相の閾値で判別することができ、各菌種ごとにコロニー数を計測することが可能となり、さらには培養層13に含まれる残渣などの異物との識別も可能となる。
As described above, it is possible to obtain the corrected image data B in which the corrected image data A subjected to the inclination correction is further subjected to image quality correction processing to eliminate individual image quality differences depending on the model. By performing tilt correction, the culture layer to be inspected can be obtained by grasping the relative coordinates in the corrected image data A, even if the user has a positional deviation at the time of capturing the original image data or an accuracy error of the device used. 13 and
処理サーバ52は、この補正画像データBについてコロニーカウント処理を行う(図7:S64)。具体的には、補正画像データBの長方形において相対座標で特定される培養層13について、所定の順序で移動させながら、各培養層画像領域に含まれるコロニー数を(必要に応じて菌種ごとに)測定する。このコロニーカウント処理については、出願人である株式会社エルメックスが提供するコロニーカウンティングシステム「アイザック/iSac」(登録商標)などを使用して行うことができ、該処理自体は公知であるので、詳細な説明を省略する。
The
なお、上記説明においては元画像データの補正処理として、まず傾きを補正して補正画像データAを得た(図7:S62)後に、この補正画像データAを基にして画質補正して補正画像データB(最終的な補正画像データ)を得る(図7:S63)ものとしているが、この補正処理の順序は限定的ではなく、取得した元画像データについて、最初に画質補正処理を行い、次に傾き補正処理を行っても良い。ただし、画質補正処理は元画像データ中の培養層13に対応する領域およびカラースケール25,グレースケール26に対応する領域について行えば良いので、上記したように、まず傾き補正処理を行ってこれらの領域を正確に特定した上で画質補正処理を行うことが好ましい。
In the above description, as the correction process of the original image data, first, the corrected image data A is obtained by correcting the inclination (FIG. 7: S62), and then the corrected image is corrected based on the corrected image data A. Data B (final corrected image data) is obtained (FIG. 7: S63). However, the order of this correction processing is not limited, and the obtained original image data is first subjected to image quality correction processing and then the next. Alternatively, the tilt correction process may be performed. However, since the image quality correction process may be performed for the area corresponding to the
以上の説明では、複数のインキュベート済みフィルム型培地10をトレイ20に載置収容して元画像データを取得するものとしたが、一またはごく少数のフィルム型培地だけを検査することが多い運用の場合は、処理する元画像データ上での無駄が多くなり、トレイ20を使用することの利便性が薄れる。このような場合に適した本発明の実施形態について以下に詳述する。
In the above description, the plurality of incubated film-
この実施形態では、既述実施例1で使用した複数のフィルム型培地10を載置収容可能なトレイ20を使用しないが、処理サーバ52で傾き補正を行う(図7:S62)ために使用する位置認識マーカ24a〜24dと、画質補正を行う(図7:S63)ために使用するカラーチャート25およびグレースケールチャート26が、処理サーバが取得する元画像データに含まれていなければならない。
In this embodiment, the
このため、まず画質補正用のツールとして、カラーチャート25およびグレースケールチャート26が表示されたチャートシート27(図10)を用いる。カラーチャート25およびグレースケールチャート26は、既述実施例1においてトレイ20に表示されたものと同一であって良い。チャートシート27には、周囲余白部の四隅に位置認識マーカ28a〜28dがあらかじめ表示されており、そのうちの一つ28cが天地認識用の反転マーカである。
For this reason, first, a chart sheet 27 (FIG. 10) on which the
また、フィルム型培地10Aとして、既述実施例1で使用したフィルム型培地10の構成に加えて、周囲余白部の四隅に位置認識マーカ19a〜19dがあらかじめ表示されており、そのうちの一つ19cが天地認識用の反転マーカである(図11)。位置認識マーカ19a〜19d,28a〜28dは、既述実施例1においてトレイ20に表示された位置認識マーカ24a〜24dと実質的に同一であって良い。
Further, as the film-
すなわち、ユーザが元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールとして、既述実施例1では位置認識マーカ24a〜24dと、カラーチャート25およびグレースケールチャート26とがあらかじめ表示されたトレイ20を使用したが、この実施形態では、フィルム型培地10Aにあらかじめ表示された位置認識マーカ19a〜19dと、このフィルム型培地10Aとは別体として用意されたチャートシート27にあらかじめ表示された位置認識マーカ28a〜28dとカラーチャート25、グレースケールチャート26とからなる該画像取込ツールを使用するものである。
That is, as an image capturing tool used when the user captures original image data, the
この実施形態によるコロニーカウント処理も、既述実施例1の場合と同様にして行うことができる。すなわち、位置認識マーカ19a〜19d付きのフィルム型培地10Aを用いて所定条件でインキュベートし(図5:S1)、この一またはごく少数のインキュベート済フィルム型培地10Aを、位置認識マーカ28a〜28d付きのチャートシート27と共に、いずれも裏返した状態にしてスキャナ30のガラス原稿台にセットする(図5:S3)。以下同様にして図5:S4〜S7の処理を実行する。異なるインキュベート済フィルム型培地10Aを順次に処理する場合は、チャートシート27はスキャナ30に置いたままにして、インキュベート済フィルム型培地10Aを交換してスキャニングすれば良い。スキャナ30に代えてデジタルカメラで撮影して元画像データを取得しても良いことも、既述実施例1で説明したと同様である。
The colony counting process according to this embodiment can also be performed in the same manner as in Example 1 described above. That is, the film-
この場合も、ユーザPC40からウエブサーバ51を介して処理サーバ52に送信される元画像データには、フィルム型培地10Aの四隅に表示された位置認識マーカ19a〜19dおよびチャートシート27に表示されたカラーチャート25,グレースケールチャート26が含まれているので、これらを用いて傾き補正処理(図7:S62)および画質補正処理(図7:S63)を行って、元画像データの機種依存性ないし個体差を極小化することができる。これらの補正処理は図7を参照して既述したと同様にして行うことができるので、説明を省略する。
Also in this case, the original image data transmitted from the
既述実施例1で詳しく説明したように、インキュベート済フィルム型培地10Aおよびチャートシート27の位置およびそれらの中の各領域(培養層13やチャート内の各色など)は、位置認識マーカ19a〜19d,28a〜28dで定義される長方形の画像データ中の相対位置で自動認識されるので、元画像データにおけるフィルム型培地10Aとチャートシート27の配置は自由である。たとえば、スキャナ30にインキュベート済フィルム型培地10Aとチャートシート27とをセットする際に、これらをラフに並べて図12に例示するような元画像データとして取得されたような場合であっても、各パーツそれぞれに設けられた位置認識マーカ19a〜19d,28a〜28dを基にして処理サーバ52が傾き補正処理(図7:S62)および画質補正処理(図7:S63)を行うことができる。
As described in detail in the first embodiment, the positions of the incubated film-
なお、図10ではカラーチャート25とグレースケールチャート26の両方が表示されたチャートシート27とされているが、カラーチャート25とグレースケールチャート26とで別々のチャートシートを作成して使用しても良い。別々のチャートシートとする場合は、各チャートシートに位置認識マーカを表示させておく必要がある。
In FIG. 10, the
この実施形態は既述実施例2の変形例であり、位置認識マーカ19a〜19dに加えてカラーチャート25およびグレースケールチャート26をも表示したフィルム型培地10B(図13)を用いるものである。このフィルム型培地10Bは、既述実施例1におけるトレイ20の機能をフィルム型培地自体に包含させたものと言える。すなわち、この実施形態では、ユーザが元画像データを取り込む際に使用する画像取込ツールを構成する位置認識マーカ19a〜19dと、カラーチャート25およびグレースケールチャート26が、いずれもフィルム型培地10B自体にあらかじめ表示されている。
This embodiment is a modification of Example 2 described above, and uses a film-
このフィルム型培地10Bを用いた場合の処理は既述実施例2と同様であるので、説明を省略する。
The processing when this film-
既述実施形態では、処理サーバ52がユーザから取得する各元画像データには、インキュベート済フィルム型培地10,10A,10Bの画像に加えて、傾き補正処理(図7:S62)を行うための位置情報(すなわち位置認識マーカ24a〜24dあるいは所定の長方形)および画質補正処理(図7:S63)を行うための画質情報(カラーチャート25,グレースケールチャート26)が含まれている。したがって、処理サーバ52は、ユーザから元画像データを取得する都度、その元画像データに基づいて傾き補正を行うと共に画質補正処理を行う。
In the above-described embodiment, in addition to the images of the incubated film-
傾き補正については、元画像データ取込の際に使用するスキャナ30などの機種が本来的・固有的に有している機種依存性による変動要因だけでなく、ユーザが元画像データを取り込むときにインキュベート済フィルム型培地収容トレイ20やインキュベート済フィルム型培地10A,10Bをスキャナ30にセットする際の位置ずれなども起こり得るので、正確なコロニーカウント処理を行うためにはその都度傾き補正を行う必要があり、したがって、ユーザから取得する元画像データには常にこの傾き補正を行うための位置情報が含まれている必要がある。
Regarding the tilt correction, not only the variation factor due to the model dependency inherent in the model of the
一方、画質補正については、ユーザが使用する機器の機種依存性による変動要因と、当該機器の経年による解像度などの性能変化を考慮すれば十分であり、ユーザから順次に送信されてくるインキュベート済フィルム型培地の画像データについてその都度画質補正処理を行う必要性に乏しいと考えられる。したがって、より簡便なシステム構成においては、たとえば既述したようにクラウドコンピューティングによるサービス提供を受けようとするユーザは、最初に使用機器の機種依存性に基づく画質補正に必要な情報を送信し、その後、傾き補正に必要な情報と共にインキュベート済フィルム型培地の画像データを順次に送信する。あるいは、逆に、傾き補正に必要な情報と共にインキュベート済フィルム型培地の画像データを順次に送信し終えた後に、使用機器の機種依存性に基づく画質補正に必要な情報を送信する。 On the other hand, for image quality correction, it is sufficient to consider fluctuation factors due to the model dependence of the device used by the user and changes in performance such as resolution of the device over time. Incubated film sent sequentially from the user It is considered that there is little need to perform image quality correction processing each time on the image data of the mold medium. Therefore, in a simpler system configuration, for example, as described above, a user who wants to receive service provision by cloud computing first transmits information necessary for image quality correction based on the model dependence of the device used, Thereafter, the image data of the incubated film type medium is sequentially transmitted together with information necessary for tilt correction. Or, conversely, after the image data of the incubated film-type medium is sequentially transmitted together with the information necessary for the inclination correction, the information necessary for the image quality correction based on the model dependence of the device used is transmitted.
この場合のシステム構成におけるコロニーカウント処理は図5のフローに示される通りであるが、そのS6で行われる具体的処理として、図7:S61で取得する元画像データは、インキュベート済フィルム型培地の撮像データと共に傾き補正用に必要な位置情報を含む第一の元画像データと、画質補正用に必要な画質情報を含む第二の元画像データとからなる。そして、ユーザは一連のインキュベート済フィルム型培地について処理サーバ52によるコロニーカウント処理を依頼する場合、第一の元画像データを必要分だけ順次に送信する前または後に、一回だけ、第二の元画像データを送信すれば良い。
The colony counting process in the system configuration in this case is as shown in the flow of FIG. 5, but as a specific process performed in S6, FIG. 7: The original image data acquired in S61 is the incubation film type medium. It consists of first original image data including position information necessary for tilt correction together with imaging data, and second original image data including image quality information necessary for image quality correction. And when a user requests colony counting processing by the
上記のようにシステム構成した場合、第一の元画像データには画質補正用の情報(カラーチャート25,グレースケールチャート26)を必要としない。したがって、第一の元画像データを順次に取り込む際には既述実施例2で用いたフィルム型培地10A(図10)を使用し、第二の元画像データを取り込む際(最初または最後の一回のみ)には既述実施例2で用いたチャートシート27(図11)を使用することができる。すなわち、この場合は、図12に示すようにフィルム型培地10Aとチャートシート27の両方をスキャナ30にセットして画像を取り込むのではなく、第一の元画像データを順次に取り込む際には培養層13でインキュベートした後のフィルム型培地10Aのみを任意数だけスキャナ30にセットして画像を取り込み、第二の元画像データを一回取り込む際にはチャートシート27のみをセットして画像を取り込む。
When the system is configured as described above, the first original image data does not require image quality correction information (
この場合の具体的処理について、図14のフローを参照して説明する。処理サーバ52は、インキュベート済フィルム型培地の撮像データと共に傾き補正用に必要な位置情報を含む第一の元画像データを順次に取得し(図14:S601)、これら第一の元画像データについて各々傾き補正処理を行って、各第一の元画像データについて傾き補正された補正画像データAを得る(図14:S602)。このときの傾き補正処理については既述したと同様にして行うことができるので、説明を省略する。
Specific processing in this case will be described with reference to the flow of FIG. The
第一の元画像データの取得後、画質補正用の情報を含む第二の元画像データを取得し(図14:S603)、これに基づいて画質補正処理を行う(図14:S604)。このときの画質補正処理についても既述したと同様にして行うことができるので、説明を省略する。この画質補正処理結果を全ての補正画像データAに一元的に適用して補正画像データBを得る(図14:S605)。これによってユーザ使用機器の機種依存性による画質変動要因が排除されるので、後のコロニーカウント処理(図14:S606)における正確性が担保される。 After the acquisition of the first original image data, second original image data including information for image quality correction is acquired (FIG. 14: S603), and image quality correction processing is performed based on this (FIG. 14: S604). Since the image quality correction processing at this time can be performed in the same manner as described above, description thereof is omitted. This image quality correction processing result is applied to all corrected image data A in a unified manner to obtain corrected image data B (FIG. 14: S605). As a result, the image quality variation factor due to the model dependence of the user device is eliminated, so that accuracy in the subsequent colony counting process (FIG. 14: S606) is ensured.
なお、図14のフローでは第一の元画像データを順次取得した後に第二の元画像データを取得するものとしているが、最初に第二の元画像データを取得してその画質処理結果を保持しておき、その後に順次取得する第一の元画像データを傾き補正すると共に画質処理結果を一元適用する処理フローを採用しても良い。 In the flow of FIG. 14, the first original image data is sequentially acquired and then the second original image data is acquired. However, the second original image data is first acquired and the image quality processing result is retained. In addition, it is possible to employ a processing flow in which the first original image data sequentially acquired thereafter is tilt-corrected and the image quality processing result is applied in a unified manner.
この場合に用いるチャートシート27についても、図11に示すようにカラーチャート25とグレースケールチャート26の両方が一つのチャートシート27に表示されているものであっても良いし、カラーチャート25とグレースケールチャート26が別々のチャートシートとして作成されたものであっても良い。いずれの場合であってもチャートシート27の構成は任意であり、既述の傾き補正処理(図14:S602)を行うための位置情報(位置認識マーカ28a〜28dなどの目印となるもの)を有し且つ既述の画質補正処理(図14:S605)を行うことができるものであればいかなる構成を有するものであっても良い。
As for the
図15は上記実施例4において使用可能なトレイ60を示す。このトレイ60は、所定数のフィルム型培地10(図1)を載置収容可能に構成されており、PETなどの樹脂シートや厚紙などから所定サイズ(A4など)の平板状に成形されたベース61に、フィルム型培地10の形状およびサイズに応じた形状およびサイズの培地収容部62,62・・・が所定の位置および配列で設けられている。本例では、最大8個のフィルム型培地10を載置収容可能とするべく、4段×2列に形成された計8個の培地収容部62,62・・・を有している。
FIG. 15 shows a
各培地収容部62の一つの対角線位置にスリット63a,63bが形成されていて、これらスリット63a,63bにインキュベート済のフィルム型培地10の対角部を差し込むことによってフィルム型培地10を所定位置に保持するようにしている。対角部をスリット63a,63bに差し込んで保持するので、スキャナ30にセットする際に裏返しても脱落することなくしっかり保持することができる。図示例では一方のスリット63aを円弧状に切り抜いて形成することによってフィルム型培地10の角部の挿入を容易にしているが、スリット63a,63bの形状は任意であり特に限定されない。あるいは、このようなスリットを省略し、インキュベート済のフィルム型培地10を両面テープや接着剤などで培地収容部62に貼り付けるようにしても良い。
トレイ60の外周部は黒塗りされた枠部64とされ、中央には同様に黒塗りされた帯状部65が形成されている。実施例1のトレイ20には位置認識マーカ24a〜24dが設けられ(図2)、処理サーバ52が第一の元画像データの傾きを補正する(図7:S62)際の位置情報として用いられるが、この実施例のトレイ60では位置認識マーカ24a〜24dが省略され、代わりに枠部64を設けて傾き補正用の位置情報として用いるものとしている。この実施形態の場合においても、実施例1において説明したと同様に、第一の元画像データに含まれる各画素について所定方向に移動させたときの輝度変化を測定することによって枠部64に囲まれる長方形Rを特定することができるので、図8(c)および図9を参照して既述したと同様の手法により、第一の元画像データ中の長方形Rに傾きや歪みがあっても適正に補正処理することができる。また、中央の帯状部65を位置情報として傾き補正処理を行うことも可能である。
The outer peripheral portion of the
図16は上記実施例5のトレイ60の変形例によるトレイ70を示す。このトレイ70も、トレイ60と同様に、所定数のフィルム型培地10(図1)を載置収容可能に構成されており、PETなどの樹脂シートや厚紙などから所定サイズ(A4など)の平板状に成形されたベース71に、フィルム型培地10の形状およびサイズに応じた形状およびサイズの培地収容部72,72・・・が所定の位置および配列で設けられている。本例では、最大6個のフィルム型培地10を載置収容可能とするべく、3段×2列に形成された計6個の培地収容部72,72・・・を有している。
FIG. 16 shows a
このトレイ70は、3つの異なるタイプのフィルム型培地を載置収容可能な兼用型として構成されている。すなわち、各培地収容部72にはスリット73a〜73eが形成されていて、スリット73cはスリット73bの対角位置に設けられ、スリット73dとスリット73eはスリット73aの対角位置に設けられている。そして、第一のタイプのフィルム型培地80Aはスリット73a,73bおよび73cを利用して保持可能であり、第二のタイプのフィルム型培地80Bはスリット73aおよび73dを利用して保持可能であり、第三のタイプのフィルム型培地80Cはスリット73aおよび73eを利用して保持可能である。図16には、便宜的に、各1個のフィルム型培地80A,80B,80Cをこれらスリットを利用して右列中段、右列下段および左列下段の各培地収容部72に保持した状態が示されている。いずれのフィルム型培地80A,80B,80Cも少なくとも一つの対角部がスリットに挿入されるので、既述のトレイ60と同様にスキャナ30にセットする際に裏返しても脱落することなくしっかり保持することができる。
The
図示例では片側のスリット73a,73bを直線状に形成しながら、他側のスリット73c〜73eを円弧状に形成してフィルム型培地10の角部の挿入を容易にしているが、各スリット73a〜73eの形状は任意であり特に限定されない。あるいは、このようなスリットを省略し、フィルム型培地80A,80B,80Cを両面テープや接着剤などで各培地収容部72における対応区画に貼り付けるようにしても良い。
In the illustrated example, the
トレイ70の外周部は黒塗りされた枠部74とされ、これが傾き補正用の位置情報として用いられることについては上記実施例5のトレイ60と同様であり、その際の傾き補正処理も同様であるので、説明を省略する。
The outer peripheral portion of the
なお、実施例5のトレイ60および実施例6のトレイ70にはいずれも天地補正用の位置情報(実施例1のトレイ10における反転マーカ24c)が含まれていないので、スキャナ30へのセットやデジカメでの撮影時には、規定の天地が得られるように注意して画像取込を行う必要がある。もちろん、これらのトレイ60,70に天地補正用の位置情報を設けることも可能である。
Note that neither the
10,10A,10B フィルム型培地
11 基材シート
12 枠
13 培養層
14 カバーシート
15 希釈率記入欄
16 検体情報記入欄
17 シリアルナンバーバーコード
18 検体情報バーコード
19a〜19d 位置認識マーカ
19c 天地認識用の反転マーカ
20 トレイ
21 ベース
22 フィルム型培地の収容部
23 係止溝
24a〜24d 位置認識マーカ
24c 天地認識用の反転マーカ
25 カラーチャート
26 グレースケールチャート
27 チャートシート
30 フラットベッドスキャナ
40 PC
50 解析センタ
51 ウエブサーバ
52 処理サーバ
53 データベース
60 トレイ
61 ベース
62 フィルム型培地の収容部
63a,63b スリット
64 枠部
65 帯状部
70 トレイ
71 ベース
72 フィルム型培地の収容部
73a〜73e スリット
74 枠部
80A,80B,80C フィルム型培地
10, 10A, 10B Film type medium 11
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