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JP2009515831A - ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａｐｅｓｔｉｓ）抗原を含む組成物 - Google Patents

ペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａｐｅｓｔｉｓ）抗原を含む組成物 Download PDF

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Abstract

特に併用される場合に、予防接種の目的に特に適しているいくつかのペスト菌（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ）抗原が開示される。また、本発明によりＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物が提供され、上記組み合わせには、以下からなる群より選択される２つ以上（すなわち、２個または３個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；および（３）ＹＰＯ３４８９抗原。これらの３つの抗原は「第１の抗原のグループ」を形成する。

Description

本明細書中で引用される全ての文献はそれらの全体が引用により組み入れられる。
（政府による支援）
本発明は、全体または一部が、米国の国立アレルギー感染病研究所（ＵＳ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅ）による助成金番号１Ｕ０１ Ａ１５６５１３−０１によって支援された。米国政府は本発明において一定の権利を有し得る。
（技術分野）
本発明は、免疫学およびワクチン接種（ｖａｃｃｉｎｏｌｏｇｙ）の分野にある。具体的には、本発明はペスト菌（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ）由来の抗原と、予防接種におけるそれらの使用に関する。
（発明の背景）
ヒトのペストには３種類の明らかになっている形態：腺ペスト、敗血症ペスト、および肺ペストがある。全てがＹｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ細菌（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｅｓｔｉｓ、およびＰｅｓｔｉｓｅｌｌａ ｐｅｓｔｉｓとしても知られている）によって引き起こされる。Ｙ．ｐｅｓｔｉｓは、オーストラリアを除く世界中の全ての大陸上で流行しており［１］、毎年およそ１７００のペストの症例が生じている。これは、グラム陰性、非運動性の好気性細桿菌である。
腺ペストは最も一般的な疾患の形態であり、感染した動物に先についていたノミに噛まれた後に起こる。最初の感染部位から、細菌は広まって、リンパ節に流れ、リンパ節は腫れ、腫脹を起こす。
敗血症ペストは、腫脹の発症を伴わずに、菌血症が存在する場合に起こり、体温の上昇、悪寒、頭痛、倦怠感、および胃腸障害を特徴とする。これらの症状の広汎性の性質の理由から、ペストの診断は、多くの場合に遅れ、そして、医学的介入が行われてもなお、患者のうちの５０％が、おそらくは全身性炎症反応症候群の誘導の結果として、死亡する。
最も心配されるペストの形態は、肺炎を引き起こす肺胞腔のコロニー形成が存在する場合に起こり、肺ペストを生じる。肺ペストは、咳によって生じた細菌を含む飛沫（これは、感染しやすい個体によって吸い込まれ得る）によって広まる。この疾患の肺形態は、この疾患が発症する早さ（１〜３日）、感染した個体における高い死亡率（約１００％）、および人から人への疾患の迅速な拡散の理由から恐れられている。
肺ペストの高い感染性と死亡率の理由から、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓは、生物学的脅威となる可能性がある物質であると考えられている（非特許文献１）［２］。
米国で認可されている唯一のペストワクチンは「ＵＳＰワクチン」であるホルムアルデヒドで死滅させられたＹ．ｐｅｓｔｉｓの調製物であるが、これはもう生産されていない。このワクチンは、種となる免疫原としてＦ１被膜タンパク質に依存している。これは皮下でのチャレンジに対しては有効であると示されているが、エアロゾルでのチャレンジに対する有効性はなく［３］、そして不快な副作用が報告されている。このワクチンは、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＦ１−変異体に対しても防御することができない。Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＦ１−変異体は、齧歯類においても同様に伝染力が高く［４，５］、そして少なくとも１人の犠牲者から単離されている［６］。
より最近の研究は、組み換え体であるサブユニットワクチンに焦点が集まっている。精製された、または組み換え体Ｆ１抗原は、腺ペストと肺ペストの両方に対する防御を付与し得る［７］。なぜなら、Ｖ抗原であり得るからである［８］。Ｖ抗原は細胞表面上で見られ、そして良好なＹ．ｐｅｓｔｉｓの伝染に不可欠なマクロファージの活性化のブロックに関与している［１］ＩＬ−１０の合成の誘導に関係している。組み換え体Ｖ抗原は、Ｆ１＋株とＦ１−株のいずれによる非経口チャレンジおよびエアロゾルチャレンジに対しても防御を付与することが示されている［８］。Ｆ１抗原とＶ抗原の両方を含む完全な組み換え体サブユニットワクチンは、経皮的予防接種用および皮内予防接種用のいずかのコレラ毒素とともに処方されている［９］。このワクチンの３回の予防接種によって、動物は、伝染力の高いＹ．ｐｅｓｔｉｓが低用量で注射されたチャレンジから防御された。同じＦ１／Ｖの組み合わせが水酸化アルミニウムでアジュバント化されており、これにより、様々な遺伝的背景のマウス株においてエアロゾルチャレンジに対する良好な防御が付与された［１０］。重要なことは、防御は１用量のこのワクチンの後に得られたが、必要な用量は、２ヶ月以上にわたって生じさせることが必要なＶ抗原に対する高く、そして防御性の抗体力価である［１１］。ヒトにおいて安全に使用されるためには、参考文献１２は、Ｖ抗原が、免疫調節特性を低下させるためにアミノ酸残基２７１から３００を欠失させるように変更されるべきであることを示唆している。
これらの研究は、ヒトで使用される組換え体Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質をベースとする有効なサブユニットワクチンの開発が実現可能であることを示している。
Ｆ１抗原とＶ抗原は、予防用ワクチンに含められることが期待される候補であるが、これらは、この病原体に対する防御性の抗原であることが知られているにすぎず、これらの抗原が単独でヒトに十分な防御を与えられるかどうか、またはこれらが免疫療法用のワクチンにおいて有用であるかどうかは不明である。実際、ヒトでのＦ１に対する応答のばらつきが報告されている（非特許文献２）［１３］。参考文献１４は、ペストに対する最適なワクチンには、Ｆ１に加えて、不可欠な毒性因子が免疫原として含まれるべきであることを示唆している。さらに、自然界に存在しているＦ１−株は同様に伝染性であるようであり、現在の技術を用いて、そのような株を操作することは容易であり［５］、それにより、何らかのＦ１をベースとする免疫がバイパスされる。加えて、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの中のＬｃｒＶ遺伝子の、Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃｕｓのＬｃｒＶ遺伝子での置換が心配される。なぜなら、これらの異なる種間には少し交差防御が存在するからである［１５］。したがって、２価のＦ１／Ｖワクチンは、生物テロに対して使用するには不適切である。
Inglesbyら、Jama 2001 283：2281-90 Marshallら、J Infect Dis 1974 129：S26-29 Worshamら、Contib Microbiol Immunol13:325-328
したがって、Ｙｅｒｓｉｎｉａに対する予防接種に使用されるＦ１抗原およびＶ抗原に代わるものを同定すること、そして特に、全ての起こりうる変異体および操作された株に対する広く防御性の多価ワクチンの開発が依然として必要である［２］。
（発明の開示）
発明者らは、効果的なＹ．ｐｅｓｔｉｓワクチンにはいくつかの抗原性成分が必要であり、これらの成分にはＦ１抗原またはＶ抗原が含まれる場合も、また含まれない場合もあると考えている。
これを考慮して、彼らは、特に併用される場合に、予防接種の目的に特に適している様々な表面に露出しているＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を同定した。参考文献１６（毒性の強い株ＣＯ９２）、１７（毒性の強い株ＫＩＭ）、および１８（非病原性株９１００１）のゲノム配列の公開に基づいてこれらのタンパク質の存在が想定されているが、それらの免疫原性の使用は開示されていない。抗原は細菌表面上に露出しており、「表面削り（ｓｕｒｆａｃｅ ｓｈａｖｉｎｇ）」技術を使用するか、またはインサイチュで標識された細胞表面のＹ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質（例えば、ビオチニル化による）を検出すことによって、同定されている。
したがって、本発明によりＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物が提供され、上記組み合わせには、以下からなる群より選択される２つ以上（すなわち、２個または３個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；および（３）ＹＰＯ３４８９抗原。これらの３つの抗原は「第１の抗原のグループ」を形成する。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、以下からなる群より選択される２つ以上（すなわち、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；および（５）ＹＰＯ１６０４抗原。これらの５つの抗原は「第２の抗原のグループ」を形成し、これには、第１の抗原のグループの３つの抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、以下からなる群から１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および（２１）ＹＰＯ１０７０抗原。これらの２１個の抗原は「第３の抗原のグループ」を形成し、これには、第２の抗原のグループの５個の抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、以下からなる群から１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原。これらの３６個の抗原は「第４の抗原のグループ」を形成し、これは、第１、第２、または第３の抗原のグループとは重複しない。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）と、第４の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
生物学的機能がわかっている、および生物学的機能が不明である他のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の免疫原性は、第１の抗原のグループおよび／または第２の抗原のグループおよび／または第３の抗原のグループおよび／または第４の抗原のグループのいずれかによる１つ以上のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原との組み合わせによって改善され得る。生物学的機能がわかっている、および生物学的機能が不明であるそのような他のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原には、Ｆ１抗原および／またはＶ抗原が含まれる。これらの２つの抗原は「第５の抗原基」を形成する。
したがって、本発明により、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物が提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）と、第５の抗原のグループによる１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第４の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第５の抗原のグループによる１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）、第４の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第５の抗原のグループによる１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、以下からなる群より選択される１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および（２６）ＹＰＯ４０４０抗原。これらの２６個の抗原は「第６の抗原のグループ」を形成し、これは、第１、第２、第３、第４、または第５の抗原のグループとは重複しない。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）と、第６の抗原のグループの１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第４の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第６の抗原のグループの１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第６の抗原のグループから選択される１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第５の抗原のグループによる１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）、第４の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第５の抗原のグループによる１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第６の抗原のグループから選択される１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、以下からなる群より１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる：（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および（５）ＹＰＯ２１９０抗原。これらの５個の抗原は「第７の抗原のグループ」を形成し、これは、第１、第２、第３、第４、第５、または第６の抗原のグループと重複しない。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原が含まれ、そしてより好ましくは第１の抗原のグループによる抗原が含まれる）と、第７の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第４の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第７の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第５の抗原のグループから選択される１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第７の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第６の抗原のグループから選択される１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第７の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、または２１個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原（好ましくは、第２のグループによる抗原、より好ましくは、第１の抗原のグループからの抗原が含まれることが好ましい）、第４の抗原のグループから選択される１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、または３６個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第５の抗原のグループから１個または２個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原、第６の抗原のグループから選択される１つ以上の（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、または２６個全て）Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原と、第７の抗原のグループの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、または５個全て）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれる。本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む組成物も提供され、上記組み合わせには、第３の抗原のグループからａ抗原、第４の抗原のグループからｂ抗原、そして第５の抗原のグループからｃ抗原が含まれる。ここでは、ａは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、または２１から選択され；ｂは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、または３６から選択され；そしてｃは、０、１、または２から選択される；ただし、ａ＋ｂ＋ｃは少なくとも２（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）である。好ましくは、ａは０ではない。好ましくは、ｃは０ではない。
そのような組成物には、状況に応じて、第６の抗原のグループからｄ抗原が含まれる。ここでは、ｄは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、または２６から選択される；ただし、ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄは、少なくとも２（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）である。好ましくは、ａは０ではない。好ましくは、ｃは０ではない。
そのような組成物には、状況に応じて、第７の抗原のグループによるｅ抗原が含まれる。ここでは、ｅは、０、１、２、３、４、または５から選択される；ただし、ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ＋ｅは、少なくとも２（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）である。好ましくは、ａは０ではない。好ましくは、ｃは０ではない。
上記組成物には、第１、第２、第３、第４、第５、または第６の抗原のグループのいずれのメンバーでもない、さらなるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原も含まれ得る。例えば、組成物には、ペスチシン（ｐｅｓｔｉｃｉｎ）（ＹＰＰＣＰ１．０５ｃ）、Ｗ抗原、ｐＨ６抗原（ＹＰＯ１３０３）、ＦｅまたはＭｎスーパーオキシドジスムターゼ（Ｆｅ ＹＰＯ２３８６；Ｍｎ ＹＰＯ４０６１）、ＹＯＰ抗原（例えば、ＹＰＣＤ１．３４ｃ）、鉄調節膜タンパク質（ｉｒｏｎ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）（例えば、ＹＰＯ１３１３）、マウス毒素（ＹＰＭＴ１．７４）、ヘミン貯蔵タンパク質（例えば、ＹＰＯ０２８１）などが含まれ得る。好ましくは、本発明の組成物にはさらに、参考文献１９に記載されるようにＯｐｐＡ抗原（ＹＰＯ２１８２）が含まれ得る。
本発明の組成物の中に見ることができるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数には上限がある。好ましくは、本発明の組成物中のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数は、２０未満（例えば、１９未満、１８未満、１７未満、１６未満、１５未満、１４未満、１３未満、１２未満、１１未満、１０未満、９未満、８未満、７未満、６未満、５未満、４未満、または３未満）である。具体的には、本発明の組成物中のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の数は、６未満、５未満、または４未満が好ましい。
第３の抗原のグループから選択される好ましい抗原は、第２の抗原のグループに含まれるものであり、そして第２の抗原のグループから選択される好ましい抗原は、第１の抗原のグループに含まれるものである。
本発明の好ましい組成物には、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ４００３抗原のうちの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、または４個全て）が含まれ得る。
さらに好ましい本発明の組成物には、ＹＰＯ００６５抗原、ＹＰＯ００８６抗原、ＹＰＯ０４９６抗原、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０１抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ０８６０抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１２２４抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２５０６抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３０６１抗原、ＹＰＯ３０６５抗原、ＹＰＯ３３８２抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ３５５１抗原、ＹＰＯ３５５３抗原、ＹＰＯ３５７９抗原、ＹＰＯ３６３１抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ３９８７抗原、ＹＰＯ１３５４抗原、ＹＰＯ２１９０抗原、およびＹＰＯ３４１７抗原のうちの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、または３１個全て）が含まれ得る。
さらに好ましい本発明の組成物には、ＹＰＯ０４６８抗原（ＤｎａＫ）、ＹＰＯ０３５１抗原（ＧｒｏＥＬ）、ＹＰＯ０２０３抗原（ＥＦ−Ｔｕ）、およびＹＰＯ１２２２抗原（ＯｍｐＣ）のうちの１つ以上が含まれ得る。組成物にはまた、状況に応じて、ＹＰＯ１７９２抗原（ＦｌｈＥ）が含まれ得る。
第１の抗原のグループ
（１）ＹＰＯ０５１２
「ＹＰＯ０５１２」の配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８４３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５１２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１として示される。さらに、ＹＰＯ０５１２は３型分泌機構（Ｔｙｐｅ Ｔｈｒｅｅ Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（ＴＴＳＳ））の一部を形成すると仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５１２タンパク質には、（ａ）配列番号１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５１２タンパク質には、配列番号１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２）ＹＰＯ０５６３
「ＹＰＯ０５６３」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８９１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５６３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３として示される。このタンパク質は、推定の被輸出タンパク質（ｅｘｐｏｒｔｅｄ）であり、さらに、分泌モニター前駆体（Ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ Ｍｏｎｉｔｏｒ Ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ）（ＳｅｃＭ）タンパク質であると仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５６３タンパク質には、（ａ）配列番号３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５６３タンパク質には、配列番号３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３）ＹＰＯ３４８９
「ＹＰＯ３４８９」配列は、「リポタンパク質ＮｌｐＩ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３６３５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３４８９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３４８９タンパク質には、（ａ）配列番号１７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３４８９タンパク質には、配列番号１７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第２の抗原のグループ
（４）ＹＰＯ４００３
「ＹＰＯ４００３」配列は、「ペリプラズムジペプチド輸送タンパク質（ｐｅｒｉｐｌａｓｍｉｃ ｄｉｐｅｐｔｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられており（ＧＩ：１６１２４１２８を参照のこと）、ｄｐｐＡとしても知られている。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ４００３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ４００３タンパク質には、（ａ）配列番号２１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ４００３タンパク質には、配列番号２１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（５）ＹＰＯ１６０４
「ＹＰＯ１６０４」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１８７２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１６０４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号９として示される。このタンパク質は推定の被輸出タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１６０４タンパク質には、（ａ）配列番号９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１６０４タンパク質には、配列番号９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第３の抗原のグループ
（６）ＹＰＯ３０６１
「ＹＰＯ３０６１」配列は、「リポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられており（ＧＩ：１６１２３２３８を参照のこと）、ｎｌｐＢとしても知られている。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３０６１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３０６１タンパク質には、（ａ）配列番号１１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３０６１タンパク質には、配列番号１１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（７）ＹＰＯ３５５９
「ＹＰＯ３５５９」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７０３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３５５９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３５５９タンパク質には、（ａ）配列番号１８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３５５９タンパク質には、配列番号１８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（８）ＹＰＯ３３８２
「ＹＰＯ３３８２」配列は、「グローバルなストレス要求タンパク質（ｇｌｏｂａｌ ｓｔｒｅｓｓ ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＧｓｒＡ」と参考文献１６に注釈が付けられており（ＧＩ：１６１２３５３１を参照のこと）、ｈｔｒＡまたはｄｅｇＰとしても知られている。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３３８２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３３８２タンパク質には、（ａ）配列番号１５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３３８２タンパク質には、配列番号１５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（９）ＹＰＯ０８６０
「ＹＰＯ０８６０」配列は、「糖結合ペリプラズムタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１１６８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０８６０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０８６０タンパク質には、（ａ）配列番号５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０８６０タンパク質には、配列番号５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１０）ＹＰＯ００８６
「ＹＰＯ００８６」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０４３７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ００８６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２として示される。このタンパク質は推定の被輸出タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ００８６タンパク質には、（ａ）配列番号２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ００８６タンパク質には、配列番号２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１１）ＹＰＯ３６３１
「ＹＰＯ３６３１」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７７３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３６３１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１９として示される。このタンパク質は推定の被輸出タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３６３１タンパク質には、（ａ）配列番号１９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３６３１タンパク質には、配列番号１９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１２）ＹＰＯ２８８１
「ＹＰＯ２８８１」配列は、「推定の線毛生合成タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３０７３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２８８１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２８８１タンパク質には、（ａ）配列番号１０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２８８１タンパク質には、配列番号１０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１３）ＹＰＯ３３４３
「ＹＰＯ３３４３」配列は、「予想される細胞外溶質結合タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３４９３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３３４３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１３として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３３４３タンパク質には、（ａ）配列番号１３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３３４３タンパク質には、配列番号１３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１４）ＹＰＯ３３６１
「ＹＰＯ３３６１」配列は、「４−ジホスホシチジル−２Ｃ−メチル−Ｄ−エリスリトールシンターゼ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３５１１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３３６１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３３６１タンパク質には、（ａ）配列番号１４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３３６１タンパク質には、配列番号１４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１５）ＹＰＯ３４３０
「ＹＰＯ３４３０」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３５７９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３４３０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３４３０タンパク質には、（ａ）配列番号１６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３４３０タンパク質には、配列番号１６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１６）ＹＰＯ１４１１
「ＹＰＯ１４１１」配列は、「推定の外膜ポリンＣタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１６９１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１４１１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１４１１タンパク質には、（ａ）配列番号８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１４１１タンパク質には、配列番号８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１７）ＹＰＯ３９３５
「ＹＰＯ３９３５」配列は、「膜タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４０６３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３９３５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３９３５タンパク質には、（ａ）配列番号２０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３９３５タンパク質には、配列番号２０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１８）ＹＰＯ０８０９
「ＹＰＯ０８０９」配列は、「一般的な分泌経路のタンパク質Ｋ（ｇｅｎｅｒａｌ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ ｐａｔｈｗａｙ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｋ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１１２１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０８０９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０８０９タンパク質には、（ａ）配列番号４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０８０９タンパク質には、配列番号４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１９）ＹＰＯ１１２３
「ＹＰＯ１１２３」配列は、「ＴｏｌＡコリシン輸入膜タンパク質（ＴｏｌＡ ｃｏｌｉｃｉｎ ｉｍｐｏｒｔ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１４２３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１１２３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１１２３タンパク質には、（ａ）配列番号７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１１２３タンパク質には、配列番号７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２０）ＹＰＯ３０６５
「ＹＰＯ３０６５」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３２４２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３０６５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号１２として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３０６５タンパク質には、（ａ）配列番号１２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号１２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３０６５タンパク質には、配列番号１２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号１２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号１２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２１）ＹＰＯ１０７０
「ＹＰＯ１０７０」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられており（ＧＩ：１６１２１３７１を参照のこと）、ｒｃｓＦとしても知られている。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１０７０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１０７０タンパク質には、（ａ）配列番号６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１０７０タンパク質には、配列番号６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第４の抗原のグループ
（１）ＹＰＯ０１０２
「ＹＰＯ０１０２」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０４４９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０１０２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０１０２タンパク質には、（ａ）配列番号４４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０１０２タンパク質には、配列番号４４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２）ＹＰＯ０５７０
「ＹＰＯ０５７０」配列は、「推定の膜タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８９９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５７０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５７０タンパク質には、（ａ）配列番号３５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５７０タンパク質には、配列番号３５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３）ＹＰＯ１０５３
「ＹＰＯ１０５３」配列は、「陽イオン性の１９ｋＤａの外膜タンパク質前駆体」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１３５３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１０５３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３３として示される。このタンパク質は、タンパク質のＯｍｐＨファミリーのメンバーであると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１０５３タンパク質には、（ａ）配列番号３３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１０５３タンパク質には、配列番号３３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（４）ＹＰＯ１４３５
「ＹＰＯ１４３５」配列は、「推定の外膜ポリンＡタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１７１３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１４３５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３２として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１４３５タンパク質には、（ａ）配列番号３２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１４３５タンパク質には、配列番号３２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（５）ＹＰＯ２６７４
「ＹＰＯ２６７４」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２８７９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２６７４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２６７４タンパク質には、（ａ）配列番号２６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２６７４タンパク質には、配列番号２６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（６）ＹＰＯ２２９２
「ＹＰＯ２２９２」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２５１６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２２９２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２９として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２２９２タンパク質には、（ａ）配列番号２９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２２９２タンパク質には、配列番号２９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（７）ＹＰＯ３０５０
「ＹＰＯ３０５０」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３２２７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３０５０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３０５０タンパク質には、（ａ）配列番号２５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３０５０タンパク質には、配列番号２５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（８）ＹＰＯ２６１５
「ＹＰＯ２６１５」配列は、「推定のアミノ酸結合タンパク質前駆体」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２８２８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２６１５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２６１５タンパク質には、（ａ）配列番号２７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２６１５タンパク質には、配列番号２７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（９）ＹＰＯ１５０７
「ＹＰＯ１５０７」配列は、「ガラクトース結合タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１７８０を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１５０７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１５０７タンパク質には、（ａ）配列番号３１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１５０７タンパク質には、配列番号３１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１０）ＹＰＯ４１１１
「ＹＰＯ４１１１」配列は、「推定のペリプラズム溶質結合タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４２１９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ４１１１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ４１１１タンパク質には、（ａ）配列番号４７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ４１１１タンパク質には、配列番号４７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１１）ＹＰＯ００１５
「ＹＰＯ００１５」配列は、「分泌型チオール：ジスルフィド交換タンパク質ＤｓｂＡ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０３６９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ００１５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ００１５タンパク質には、（ａ）配列番号４６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ００１５タンパク質には、配列番号４６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１２）ＹＰＯ０１９５
「ＹＰＯ０１９５」配列は、「ペプチジル−プロピルシス−トランスイソメラーゼ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０５３４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０１９５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４３として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０１９５タンパク質には、（ａ）配列番号４３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０１９５タンパク質には、配列番号４３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１３）ＹＰＯ２３４２
「ＹＰＯ２３４２」配列は、「チオールペルオキシダーゼ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２５６６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２３４２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２３４２タンパク質には、（ａ）配列番号２８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２３４２タンパク質には、配列番号２８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１４）ＹＰＯ０５０１
「ＹＰＯ０５０１」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３７として示される。しかし、ＹＰＯ０５０１は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０１タンパク質には、（ａ）配列番号３７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０１タンパク質には、配列番号３７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１５）ＹＰＯ０５０２
「ＹＰＯ０５０２」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３６として示される。しかし、ＹＰＯ０５０２は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０２タンパク質には、（ａ）配列番号３６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０２タンパク質には、配列番号３６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１６）ＹＰＯ０８１９
「ＹＰＯ０８１９」配列は、「推定の炭酸脱水酵素」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１１３０を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０８１９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０８１９タンパク質には、（ａ）配列番号３４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０８１９タンパク質には、配列番号３４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１７）ＹＰＯ３６４４
「ＹＰＯ３６４４」配列は、「主要な低温ショックタンパク質Ｃｓｐａ１」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７８６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３６４４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２２として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３６４４タンパク質には、（ａ）配列番号２２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３６４４タンパク質には、配列番号２２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１８）ＹＰＯ１７４６
「ＹＰＯ１７４６」配列は、「低温ショックタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２００３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１７４６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１７４６タンパク質には、（ａ）配列番号３０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１７４６タンパク質には、配列番号３０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１９）ＹＰＯ０３５１
「ＹＰＯ０３５１」配列は、「６０ｋＤａのシャペロニン」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０６８６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０３５１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３９として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０３５１タンパク質には、（ａ）配列番号３９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０３５１タンパク質には、配列番号３９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。ＹＰＯ０３５１抗原は、参考文献２０において抗原性タンパク質としての使用に適している外膜タンパク質であることが示されている。
（２０）ＹＰＯ０４６８
「ＹＰＯ０４６８」配列は、「シャペロンタンパク質ＤｎａＫ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０７９７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０４６８のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号３８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０４６８タンパク質には、（ａ）配列番号３８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号３８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０４６８タンパク質には、配列番号３８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号３８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号３８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。ＹＰＯ０４６８抗原は、参考文献２０において抗原性タンパク質としての使用に適している外膜タンパク質であることが示されている。
（２１）ＹＰＯ０２０３
「ＹＰＯ０２０３」配列は、「伸張因子Ｔｕ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０５４２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０２０３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４２として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０２０３タンパク質には、（ａ）配列番号４２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０２０３タンパク質には、配列番号４２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。ＹＰＯ０２０３抗原は、参考文献２０において抗原性タンパク質としての使用に適している外膜タンパク質であることが示されている。
（２２）ＹＰＯ０２１６
「ＹＰＯ０２１６」配列は、「３０Ｓリポソームタンパク質Ｓ３」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０５５３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０２１６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０２１６タンパク質には、（ａ）配列番号４１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０２１６タンパク質には、配列番号４１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２３）ＹＰＯ３５３６
「ＹＰＯ３５３６」配列は、「５０Ｓリポソームタンパク質Ｌ９」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３６８２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３５３６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３５３６タンパク質には、（ａ）配列番号２４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３５３６タンパク質には、配列番号２４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２４）ＹＰＯ０２３３
「ＹＰＯ０２３３」配列は、「３０Ｓリポソームタンパク質Ｓ４」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０５７１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０２３３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０２３３タンパク質には、（ａ）配列番号４０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０２３３タンパク質には、配列番号４０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２５）ＹＰＯ００６７
「ＹＰＯ００６７」配列は、「タンパク質輸出タンパク質（ｐｒｏｔｅｉｎ−ｅｘｐｏｒｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０４１８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ００６７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ００６７タンパク質には、（ａ）配列番号４５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ００６７タンパク質には、配列番号４５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２６）ＹＰＯ０３６４３
「ＹＰＯ３６４３」配列は、「主要な低温ショックタンパク質Ｃｓｐａ２」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７８５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３６４３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号２３として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３６４３タンパク質には、（ａ）配列番号２３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号２３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３６４３タンパク質には、配列番号２３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号２３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号２３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２７）ＹＰＯ３３７５
「ＹＰＯ３３７５」配列は、「スーパーオキシドジスムターゼ［Ｃｕ−Ｚｎ］前駆体」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３５２４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３３７５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３３７５タンパク質には、（ａ）配列番号５８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３３７５タンパク質には、配列番号５８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２８）ＹＰＯ０４９４
「ＹＰＯ０４９４」配列は、「生存性タンパク質（ｓｕｒｖｉｖａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ）ＳｕｒＡ前駆体（ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８２４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０４９４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５３として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０４９４タンパク質には、（ａ）配列番号５３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０４９４タンパク質には、配列番号５３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２９）ＹＰＯ１０５２
「ＹＰＯ１０５２」配列は、「推定の表面抗原」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１３５２を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１０５２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１０５２タンパク質には、（ａ）配列番号５１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１０５２タンパク質には、配列番号５１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３０）ＹＰＯ１９０６
「ＹＰＯ１９０６」配列は、「ペスチシン／エルシニアバクチン（ｐｅｓｔｉｃｉｎ／ｙｅｒｓｉｎｉａｂａｃｔｉｎ）受容体タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２１５４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１９０６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１９０６タンパク質には、（ａ）配列番号５６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１９０６タンパク質には、配列番号５６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３１）ＹＰＯ０６６３
「ＹＰＯ０６６３」配列は、「ＡＢＣ輸送外膜成分」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０９８８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０６６３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５４として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０６６３タンパク質には、（ａ）配列番号５４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０６６３タンパク質には、配列番号５４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３２）ＹＰＯ１２２２
「ＹＰＯ１２２２」配列は、「外膜タンパク質Ｃ、ポリン」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１５１１を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１２２２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１２２２タンパク質には、（ａ）配列番号５５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１２２２タンパク質には、配列番号５５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。ＹＰＯ１２２２抗原は、参考文献２０に抗原性タンパク質としての使用に適している外膜タンパク質であることが示されている。
（３３）ＹＰＯ２９０５
「ＹＰＯ２９０５」配列は、「付着侵襲遺伝子座タンパク質（ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｉｎｖａｓｉｏｎ ｌｏｃｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３０９６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２９０５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２９０５タンパク質には、（ａ）配列番号５７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２９０５タンパク質には、配列番号５７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３４）ＹＰＯ４０７０
「ＹＰＯ４０７０」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４１８３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ４０７０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５２として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ４０７０タンパク質には、（ａ）配列番号５２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ４０７０タンパク質には、配列番号５２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７
「ＹＰＰＣＰ１．０７」配列は、「プラスミノーゲン活性化因子プロテアーゼ前駆体」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６０８２６８６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＰＣＰ１．０７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＰＣＰ１．０７タンパク質には、（ａ）配列番号５０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＰＣＰ１．０７タンパク質には、配列番号５０の変異体（例えば、対立遺伝子変異体、多形形態、ホモログ、オルトログ、パラログ、突然変異体など）が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３６）ＹＰＭＴ１．４２
「ＹＰＭＴ１．４２」配列は、「推定のペリプラズムタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６０８２８２８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＭＴ１．４２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号５９として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＭＴ１．４２タンパク質には、（ａ）配列番号５９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号５９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＭＴ１．４２タンパク質には、配列番号５９の変異体（例えば、対立遺伝子変異体、多形形態、ホモログ、オルトログ、パラログ、突然変異体など）が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号５９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号５９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第５の抗原のグループ
（１）Ｆ１抗原
「Ｆ１」抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのエンベロープタンパク質または莢膜タンパク質であり、その名称は「画分１（ｆｒａｃｔｉｏｎ １）」に由来する。これはまた「ｃａｆ１」としても知られており、プラスミド上にコードされる。Ｆ１遺伝子のクローニングおよび配列決定は、１９９０年に参考文献２１（ＧＩ：１１５４３７）に報告された。参考文献１６では、Ｆ１抗原は「ＹＰＭＴ１．８４」と呼ばれている（ＧＩ：１６０８２８７６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株に由来する全長のＦ１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＦ１タンパク質には、（ａ）配列番号４８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＦ１タンパク質には、配列番号４８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４８に由来するエピトープが含まれる。そして、参考文献４８には、アミノ酸１００から１５０の間に存在する領域にそのようなエピトープが含まれることが示唆されている。他の好ましい断片は、配列番号４８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。例えば、参考文献１０３には、２１マーのＮ末端シグナルペプチドが除去されたＦ１タンパク質が開示されている。
（２）Ｖ抗原
Ｖ抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの主要な伝染性因子と認識されている。参考文献１６では、Ｆ１抗原は「ＹＰＣＤ１．３１ｃ」と呼ばれ、「アンチホストタンパク質／調節因子（ａｎｔｉｈｏｓｔ ｐｒｏｔｅｉｎ／ｒｅｇｕｌａｔｏｒ）」」をコードする（ＧＩ：５８３２４５１を参照のこと）。これはまた、「低カルシウム応答Ｖ（ｌｏｗ−ｃａｌｃｉｕｍ−ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｖ）」について「ｌｃｒＶ」としても知られている。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株に由来する全長のＶ抗原のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号４９として示される。参考文献２２には、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの２２種類の株についてのＶ抗原が、同一である２つを除く全てが、報告されている。
本発明と共に使用される好ましいＶ抗原には、（ａ）配列番号４９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号４９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのタンパク質には、配列番号４９の変異体が含まれる。例えば、ＧＩ：１７３８０４０９には、配列変異体（Ｋ１８Ｎ、Ｋ７２Ｒ、Ｉ１３５Ｖ、Ｃ２７３Ｓ、および３２４ＳＧＫ３２６がＲで置換された変異体）が報告されている。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号４９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号４９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第６の抗原のグループ
（１）ＹＰＯ０４５７
「ＹＰＯ０４５７」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０７８６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０４５７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６１として示される。このタンパク質は、推定の外膜タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０４５７タンパク質には、（ａ）配列番号６１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０４５７タンパク質には、配列番号６１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２）ＹＰＯ０５１４
「ＹＰＯ０５１４」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８４５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５１４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６２として示される。このタンパク質は、推定の外膜タンパク質であると本明細書中で仮定される。しかし、ＹＰＯ０５１４が３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すること、そしてＯｍｐＡ−ファミリーのメンバーのタンパク質であることが本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５１４タンパク質には、（ａ）配列番号６２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５１４タンパク質には、配列番号６２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３）ＹＰＯ０６９４
「ＹＰＯ０６９４」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１０１５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０６９４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６３として示される。このタンパク質は、推定の膜タンパク質であり、さらに、線毛成分であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０６９４タンパク質には、（ａ）配列番号６３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０６９４タンパク質には、配列番号６３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（４）ＹＰＯ０８０５
「ＹＰＯ０８０５」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１１１７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０８０５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６４として示される。このタンパク質は、伝染性の関係している分泌組織のメンバーあると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０８０５タンパク質には、（ａ）配列番号６４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０８０５タンパク質には、配列番号６４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（５）ＹＰＯ０９８２
「ＹＰＯ０９８２」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１２８６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０９８２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６５として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０９８２タンパク質には、（ａ）配列番号６５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０９８２タンパク質には、配列番号６５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（６）ＹＰＯ１３５４
「ＹＰＯ１３５４」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１６３４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１３５４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１３５４タンパク質には、（ａ）配列番号６６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１３５４タンパク質には、配列番号６６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（７）ＹＰＯ１４０８
「ＹＰＯ１４０８」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１６８８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１４０８のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６７として示される。このタンパク質は、推定の被輸出タンパク質であり、そしてＩＶ型分泌システムのメンバーであると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１４０８タンパク質には、（ａ）配列番号６７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１４０８タンパク質には、配列番号６７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（８）ＹＰＯ１７９２
「ＹＰＯ１７９２」配列は、「鞭毛タンパク質ＦｌｈＥ前駆体」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２０４６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１７９２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１７９２タンパク質には、（ａ）配列番号６８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１７９２タンパク質には、配列番号６８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。ＹＰＯ１７９２抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓによる致死的な呼吸器への攻撃に対する予防接種にための有効な抗原であることが示されている［２３］。
（９）ＹＰＯ２５０６
「ＹＰＯ２５０６」配列は、「外膜タンパク質Ｘ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２７２７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２５０６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号６９として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２５０６タンパク質には、（ａ）配列番号６９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号６９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２５０６タンパク質には、配列番号６９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号６９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号６９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１０）ＹＰＯ２７１３
「ＹＰＯ２７１３」配列は、「ｓｉｇｍａＥのペリプラズムネガティブ調節因子」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２９１７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２７１３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７０として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２７１３タンパク質には、（ａ）配列番号７０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２７１３タンパク質には、配列番号７０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１１）ＹＰＯ２９５０
「ＹＰＯ２９５０」配列は、「推定の線毛タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３１３３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２９５０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２９５０タンパク質には、（ａ）配列番号７１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２９５０タンパク質には、配列番号７１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１２）ＹＰＯ３０２６
「ＹＰＯ３０２６」配列は、「推定のリポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３２０３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３０２６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７２として示される。このタンパク質は、ピリン（ｐｉｌｉｎ）成分であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３０２６タンパク質には、（ａ）配列番号７２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３０２６タンパク質には、配列番号７２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１３）ＹＰＯ３４１７
「ＹＰＯ３４１７」配列は、「ジヒドロリポアミドデヒドロゲナーゼ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３５６６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３４１７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７３として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３４１７タンパク質には、（ａ）配列番号７３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３４１７タンパク質には、配列番号７３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１４）ＹＰＯ３５５１
「ＹＰＯ３５５１」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３６９５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３５５１のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７４として示される。このタンパク質は、推定の被輸出タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３５５１タンパク質には、（ａ）配列番号７４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３５５１タンパク質には、配列番号７４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１５）ＹＰＯ３６４６
「ＹＰＯ３６４６」配列は、「外膜リポタンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７８８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３６４６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７５として示される。このタンパク質は、膜の完全性において役割を担っていると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３６４６タンパク質には、（ａ）配列番号７５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３６４６タンパク質には、配列番号７５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１６）ＹＰＯ３９８２
「ＹＰＯ３９８２」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４１０９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３９８２のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７６として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３９８２タンパク質には、（ａ）配列番号７６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３９８２タンパク質には、配列番号７６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１７）ＹＰＯ００６５
「ＹＰＯ００６５」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０４１６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ００６５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７７として示される。このタンパク質は、推定の膜タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ００６５タンパク質には、（ａ）配列番号７７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ００６５タンパク質には、配列番号７７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１８）ＹＰＯ０４９９
「ＹＰＯ０４９９」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８２９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０４９９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７８として示される。しかし、ＹＰＯ０４９９は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０４９９タンパク質には、（ａ）配列番号７８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０４９９タンパク質には、配列番号７８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（１９）ＹＰＯ０５０５
「ＹＰＯ０５０５」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３５を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０５のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号７９として示される。しかし、ＹＰＯ０５０５は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０５タンパク質には、（ａ）配列番号７９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号７９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０５タンパク質には、配列番号７９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号７９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号７９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２０）ＹＰＯ０５００
「ＹＰＯ０５００」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３０を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５００のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８０として示される。しかし、ＹＰＯ０５００は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５００タンパク質には、（ａ）配列番号８０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５００タンパク質には、配列番号８０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２１）ＹＰＯ０５０３
「ＹＰＯ０５０３」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８１として示される。しかし、ＹＰＯ０５０３は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０３タンパク質には、（ａ）配列番号８１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０３タンパク質には、配列番号８１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２２）ＹＰＯ０５０６
「ＹＰＯ０５０６」配列は、「推定のＣｌｐ ＡＴＰａｓｅ」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８２として示される。しかし、ＹＰＯ０５０６は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０６タンパク質には、（ａ）配列番号８２に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８２の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０６タンパク質には、配列番号８２の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８２に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８２のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２３）ＹＰＯ０５０８
「ＹＰＯ０５０８」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３８を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０８のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８３として示される。しかし、ＹＰＯ０５０８は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０８タンパク質には、（ａ）配列番号８３に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８３の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０８タンパク質には、配列番号８３の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８３に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８３のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２４）ＹＰＯ０５０９
「ＹＰＯ０５０９」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８３９を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０５０９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８４として示される。しかし、ＹＰＯ０５０９は３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０５０９タンパク質には、（ａ）配列番号８４に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８４の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０５０９タンパク質には、配列番号８４の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８４に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８４のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２５）ＹＰＯ３５７９
「ＹＰＯ３５７９」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３７２３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３５７９のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８５として示される。このタンパク質は、推定の被輸出タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３５７９タンパク質には、（ａ）配列番号８５に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８５の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３５７９タンパク質には、配列番号８５の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８５に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８５のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２６）ＹＰＯ４０４０
「ＹＰＯ４０４０」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４１６０を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ４０４０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８６として示される。このタンパク質は、推定の被輸出タンパク質であり、さらに、線毛タンパク質であると本明細書中で仮定される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ４０４０タンパク質には、（ａ）配列番号８６に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８６の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ４０４０タンパク質には、配列番号８６の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８６に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８６のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
第７の抗原のグループ
（１）ＹＰＯ０４９６
「ＹＰＯ０４９６」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２０８２６を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ０４９６のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８７として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ０４９６タンパク質には、（ａ）配列番号８７に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８７の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ０４９６タンパク質には、配列番号８７の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８７に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８７のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（２）ＹＰＯ１２２４
「ＹＰＯ１２２４」配列は、「推定のペニシリン結合タンパク質（ｐｕｔａｔｉｖｅ ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ−ｂｉｎｄｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２１５１３を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ１２２４のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８８として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ１２２４タンパク質には、（ａ）配列番号８８に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８８の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ１２２４タンパク質には、配列番号８８の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８８に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８８のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（３）ＹＰＯ３５５３
「ＹＰＯ３５５３」配列は、「リコピン生合成促進タンパク質２（ｅｎｈａｎｃｉｎｇ ｌｙｃｏｐｅｎｅ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｐｒｏｔｅｉｎ ２）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２３６９７を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３５５３のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号８９として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３５５３タンパク質には、（ａ）配列番号８９に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号８９の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３５５３タンパク質には、配列番号８９の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号８９に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号８９のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（４）ＹＰＯ３９８７
「ＹＰＯ３９８７」配列は、「仮想タンパク質」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２４１１４を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ３９８７のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号９０として示される。このタンパク質は被輸出タンパク質であることが示唆されている。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ３９８７タンパク質には、（ａ）配列番号９０に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号９０の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ３９８７タンパク質には、配列番号９０の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号９０に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号９０のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
（５）ＹＰＯ２１９０
「ＹＰＯ２１９０」配列は、「結合侵襲遺伝子座タンパク質前駆体（ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ ｉｎｖａｓｉｏｎ ｌｏｃｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎ）」と参考文献１６に注釈が付けられている（ＧＩ：１６１２２４２０を参照のこと）。参照の目的のために、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株の中で見られる全長のＹＰＯ２１９０のアミノ酸配列が、本明細書中に配列番号９１として示される。
本発明と共に使用される好ましいＹＰＯ２１９０タンパク質には、（ａ）配列番号９１に対して５０％またはそれ以上（例えば、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、またはそれ以上）の同一性を有しているアミノ酸配列；および／または（ｂ）配列番号９１の少なくともｎ個の連続しているアミノ酸の断片であり、ｎが７以上（例えば、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、またはそれ以上）であるアミノ酸配列が含まれる。これらのＹＰＯ２１９０タンパク質には、配列番号９１の変異体が含まれる。好ましい（ｂ）の断片には、配列番号９１に由来するエピトープが含まれる。他の好ましい断片は、配列番号９１のＣ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸、および／またはＮ末端から１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、またはそれ以上）のアミノ酸が欠失している。他の断片は、１つ以上のタンパク質ドメインが脱落している。
３型分泌機構
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０４、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０７、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１０、ＹＰＯ０５１１、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５１３、ＹＰＯ０５１４、ＹＰＯ０５１５、およびＹＰＯ０５１６は、３型分泌機構（ＴＴＳＳ）の一部を形成すると本明細書中で仮定される。分析により、これらのタンパク質と、Ｉｃｍ／Ｄｏｔ分泌機構のタンパク質（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａのＩｃｍＦ関連相同タンパク質（ＩＡＨＰ）遺伝子クラスターとしても知られている）の間での類似性が明らかにされている［２４〜２８］。さらに、ＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５０６は、Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ ｔａｒｄａの分泌機構を形成するＥＶＰクラスターのタンパク質と配列類似性がある［２９］。さらに別の３型分泌機構が、最近、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅに記載されている。このＶｉｂｒｉｏ機構の構成要素は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓクラスターＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５１６のタンパク質と同一性を共有しているシステムのタンパク質と同一性を共有している。
これらのタンパク質のうち、ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１２、およびＹＰＯ０５１４は表面に露出しており、したがって、予防接種用の抗原として有用であると考えられる。
したがって、特に好ましい本発明の組成物には、ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５００、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０３、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０６、ＹＰＯ０５０８、ＹＰＯ０５０９、ＹＰＯ０５１２、および／またはＹＰＯ０５１４のうちの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、または１１個全て）が含まれる。
融合ポリペプチドおよびハイブリッドポリペプチド
本発明で使用されるＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原は、個々の別々のポリペプチドとして組成物中に存在し得る。しかし、１つ以上の抗原が使用される場合には、これらは、必ずしも別々のポリペプチドとしては存在しない。代わりに、少なくとも２つ（例えば、２個、３個、４個、５個、またはそれ以上）の抗原を１つのポリペプチド鎖（「ハイブリッド」ポリペプチド）として発現させることができる。ハイブリッドポリペプチドは、２つの主要な利点を付与する：第１に、安定ではない可能性、またはその自身の上ではほとんど発現されない可能性があるポリペプチドを、その問題を克服する適切なハイブリッドパートナーに付加することによって支援することができる；第２に、市販されている製品は、いずれも抗原的に有用である２つのポリペプチドを生産するために使用される必要がある発現と精製をわずかに１つとして単純化させられていれる。例えば、Ｆ１抗原とＶ抗原をハイブリッドとして発現させることができる［３０］。
ハイブリッドポリペプチドには、第１の抗原のグループに由来する２つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第２の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第２の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１、第２、および／または第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第４の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１、第２、および／または第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第５の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１、第２、および／または第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第６の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。ハイブリッドポリペプチドには、第１、第２、および／または第３の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列と、第７の抗原のグループによる１つ以上のポリペプチド配列が含まれ得る。
本発明で使用されるハイブリッドにはまた、第２、第３、第４、第５、第６、および第７の抗原のグループから選択される抗原の組み合わせが含まれる場合もある。
２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい。具体的には、２個、３個、４個、または５個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが好ましい。２個または３個のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に由来するアミノ酸配列からなるハイブリッドが特に好ましい。
様々なハイブリッドポリペプチドが、１つの処方物となるように一緒に混合される場合がある。そのような組み合わせには、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が、１つ以上のハイブリッドポリペプチドの中に存在する場合も、および／またはハイブリッドではないポリペプチドとして存在する場合もある。しかし、抗原がハイブリッドとして、または非ハイブリッドとしてのいずれかで（しかし、兼ね備えることはない）存在することが好ましい。
ハイブリッドポリペプチドは、式ＮＨ２−Ａ−｛−Ｘ−Ｌ−｝ｎ−Ｂ−ＣＯＯＨによって示すことができる。式中、Ｘは上記に記載されたようなＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原のアミノ酸配列であり；Ｌは適切なリンカーアミノ酸配列であり；Ａは適切なＮ末端アミノ酸配列であり；Ｂは適切なＣ末端アミノ酸配列であり；ｎは２以上の整数（例えば、２、３、４、
５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５）である。最も好ましくは、ｎは２または３である。
−Ｘ−部分がその野生型形態においてリーダーペプチド配列である場合には、これは、ハイブリッドタンパク質に含まれ場合も、また、ハイブリッドタンパク質においては脱落させられる場合もある。いくつかの実施形態においては、リーダーペプチドは、ハイブリッドタンパク質のＮ末端にある−Ｘ−部分のリーダーペプチドを除いて、欠失させられるであろう。すなわち、Ｘ１のリーダーペプチドは残されるが、Ｘ２．．．Ｘｎのリーダーペプチドは脱落させられるであろう。これは、全てのリーダーペプチドを欠失させ、そして部分−Ａ−としてＸ１のリーダーペプチドを使用することに等しい。
ｎ個の｛−Ｘ−Ｌ｝のそれぞれについて、リンカーアミノ酸配列−Ｌ−は存在する場合も、また、存在しない場合もある。例えば、ｎ＝２である場合には、ハイブリッドは、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｌ１−Ｘ２−ＣＯＯＨ、ＮＨ２−Ｘ１−Ｘ２−Ｌ２−ＣＯＯＨなどであり得る。リンカーアミノ酸配列（単数または複数）−Ｌ−は、通常は短い（例えば、２０以下のアミノ酸、すなわち、２０個、１９個、１８個、１７個、１６個、１５個、１４個、１３個、１２個、１１個、１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、１個）。例としては、クローニングを容易にする短いペプチド配列、ポリ−グリシンリンカー（すなわち、Ｇｌｙｎが含まれ、式中、ｎ＝２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）、およびヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ、式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）が挙げられる。他の適切なリンカーアミノ酸配列は、当業者に明らかであろう。有用なリンカーは、ＢａｍＨＩ制限部位によって形成されるＧｌｙ−Ｓｅｒジペプチドを有しているＧＳＧＧＧＧ（配列番号６０）（それにより、クローニングおよび操作が補助される）、および通常はポリ−グリシンリンカーである（Ｇｌｙ）４テトラペプチドである。
−Ａ−は、適切なＮ末端アミノ酸配列である。これは、通常は短い（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、４０個、３９個、３８個、３７個、３６個、３５個、３４個、３３個、３２個、３１個、３０個、２９個、２８個、２７個、２６個、２５個、２４個、２３個、２２個、２１個、２０個、１９個、１８個、１７個、１６個、１５個、１４個、１３個、１２個、１１個、１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、１個）。例として、タンパク質輸送を指示するリーダー配列、またはクローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ、すなわち、Ｈｉｓｎ、式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）が挙げられる。他の適切なＮ末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。Ｘ１がその自身のＮ末端メチオニンを有していない場合には、−Ａ−は好ましくはオリゴペプチド（例えば、１、２、３、４、５、６、７、または８個のアミノ酸を有している）であり、これによってＮ末端メチオニンが提供される。
−Ｂ−は適切なＣ末端アミノ酸配列である。これは、通常は短い（例えば、４０以下のアミノ酸、すなわち、３９個、３８個、３７個、３６個、３５個、３４個、３３個、３２個、３１個、３０個、２９個、２８個、２７個、２６個、２５個、２４個、２３個、２２個、２１個、２０個、１９個、１８個、１７個、１６個、１５個、１４個、１３個、１２個、１１個、１０個、９個、８個、７個、６個、５個、４個、３個、２個、１個）。例として、タンパク質輸送を指示する配列、クローニングもしくは精製を容易にする短いペプチド配列（例えば、ヒスチジンタグ（すなわち、Ｈｉｓｎ、式中、ｎ＝３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上）が含まれる）、またはタンパク質の安定性を高める配列が挙げられる。他の適切なＣ末端アミノ酸配列は当業者に明らかであろう。
好ましい融合タンパク質には、０８０９＿ＧＳＴ、０８０９＿Ｈｉｓ、０４９９＿ＧＳＴ、０４９９＿Ｈｉｓ、１０７０＿ＧＳＴ、１０７０＿Ｈｉｓ、３４８９＿ＧＳＴ、３４８９＿Ｈｉｓ、１３５４＿ＧＳＴ、１３５４＿Ｈｉｓ、３６３１＿ＧＳＴ、３６３１＿Ｈｉｓ、１６０４＿ＧＳＴ、１６０４＿Ｈｉｓ、４００３＿ＧＳＴ、４００３＿Ｈｉｓ、０５００＿Ｈｉｓ、０５０１＿Ｈｉｓ、０５０２＿Ｈｉｓ、０５０２＿ＧＳＴ、０５０３＿Ｈｉｓ、０５０３＿ＧＳＴ、０５０５＿Ｈｉｓ、０５０５ＧＳＴ、０５０６＿Ｈｉｓ、０５０８＿ＧＳＴ、および／または０５０９＿ＧＳＴのうちの１つ以上（すなわち、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれ以上）が含まれる。この命名法にしたがうと、それぞれの抗原は、Ｎ末端ＧＳＴタグまたはＣ末端ｈｉｓタグを有し得る。したがって、例えば、３４８９＿Ｈｉｓは、Ｃ末端にｈｉｓタグを有しているＹＰＯ３４８９であり、そして０８０９＿ＧＳＴはＮ末端にＧＳＴタグを有しているＹＰＯ０８０９である。
特に好ましい組み合わせには、（１）０８０９＿ＧＳＴと０４９９＿ＧＳＴ、（２）１０７０＿ＧＳＴと３４８９＿Ｈｉｓ、（３）１３５４＿Ｈｉｓと３６３１＿Ｈｉｓ、および／または（４）１６０４＿Ｈｉｓと４００３＿Ｈｉｓが含まれる。そのような好ましい組み合わせは、さらにミョウバンおよび／またはＣｐＧが含まれている免疫原性組成物の中に見られ得る。
本発明によってはまた、本発明のハイブリッドポリペプチドをコードする核酸も提供される。用語「核酸」には、ＤＮＡとＲＮＡが含まれ、それらのアナログ（例えば、修飾された骨格（例えば、ホスホロチオエートなど）を含むアナログ）も、そしてペプチド核酸（ＰＮＡ）なども含まれる。
本発明と共に使用されるポリペプチド
本発明と共に使用されるポリペプチドは様々な形態（例えば、天然のもの、融合体、グリコシル化されたもの、グリコシル化されていないもの、脂質化されたもの、脂質化されていないもの、リン酸化されたもの、リン酸化されていないもの、ミリストイル化されたもの、ミリストイル化されていないもの、単量体、多量体、粒子状、変性させられたものなど）であり得る。Ｆ１は、例えば、多量体の糖タンパク質の形態を含む様々な形態で存在することが知られている。リポタンパク質は、免疫原としての使用に特に好ましい。
本発明とともに使用されるポリペプチドは、様々な手段（例えば、組み換え体の発現、細胞培養物からの精製、化学合成など）によって調製することができる。組み換えによって発現させられたタンパク質は、特に、ハイブリッドポリペプチドに好ましい。
本発明と共に使用されるポリペプチドは、好ましくは、精製された形態、または実質的に精製された形態（すなわち、他のポリペプチドを実質的に含まない（すなわち、自然界に存在しているポリペプチドを含まない）、特に、他のＹｅｒｓｉｎｉａまたは宿主細胞のポリペプチドを実質的に含まない）で提供され、一般的には、少なくとも約５０％（重量で）の純度であり、通常は、少なくとも約９０％の純度であり、すなわち、組成物のうちの約５０％未満、そしてより好ましくは約１０％未満（例えば、５％）が他の発現されたポリペプチドから構成される。したがって、組成物中の抗原は、分子が発現させられる生物全体から分離される。
本発明とともに使用されるポリペプチドは、好ましくは、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓポリペプチドである。
用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ酸のポリマーを意味する。ポリマーは直鎖である場合も、また、分岐している場合もあり、これには、修飾されたアミノ酸が含まれる場合があり、そしてこれには、アミノ酸以外のものが介在している場合もある。この用語にはまた、自然に、または介入（例えば、ジスルフィド結合の形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、または任意の他の操作もしくは修飾（例えば、標識成分との結合））によって修飾されたアミノ酸のポリマーも含まれる。例えば、１つ以上のアミノ酸のアナログ（例えば、自然界には存在しないアミノ酸などを含む）、ならびに当該分野で公知の他の修飾が含まれているポリペプチドもまた含まれる。ポリペプチドは、一本鎖として存在することも、また、会合した鎖として存在することもできる。
本発明により、配列−Ｐ−Ｑ−、または−Ｑ−Ｐ−を含むポリペプチドが提供される。式中、−Ｐ−は、上記で定義されたアミノ酸配列であり、−Ｑ−は上記で定義された配列ではない。すなわち、本発明により融合タンパク質が提供される。Ｆ１の融合タンパク質は、例えば、参考文献１０３から公知であり、ここでは、異種アンカードメインが、通常は分泌されるタンパク質の細胞表面提示を可能にするために結合させられている。−Ｐ−のＮ末端コドンがＡＴＧではなく、このコドンがポリペプチドのＮ末端には存在しない場合には、これは、Ｍｅｔではないそのコドンについての標準的なアミノ酸として翻訳されるであろう。しかし、このコドンがポリペプチドのＮ末端にある場合には、これはＭｅｔとして翻訳されるであろう。本発明と共に使用されるポリペプチドは、ＧＳＴ−融合タンパク質および／またはＨｉｓタグ融合タンパク質として調製され得る。
本発明によってはまた、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスも提供される。これには、本発明の核酸で形質転換された宿主細胞を、ポリペプチドの発現を誘導する条件下で培養する工程が含まれる。
本発明により、本発明のポリペプチドを生産するためのプロセスが提供される。これには、化学的手段によってポリペプチドの少なくとも一部を合成する工程が含まれる。
株
本発明のポリペプチドには、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの次亜種であるＡｎｔｉｑｕａ、Ｍｅｄｉａｅｖａｌｉｓ、Ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、および／またはＭｉｃｒｏｔｕｓの中で見られるアミノ酸配列が含まれ得、次亜種ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓが好ましい［３１］。
本発明のポリペプチドには、リボタイプＡ、Ｂ、Ｃ、Ｑ、Ｒ、および／またはＴのＹ．ｐｅｓｔｉｓにおいて見られるアミノ酸配列が含まれ得る。
本発明の好ましいポリペプチドには、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２株［１６］、ＫＩＭ株［１７］、９１００１株［１８］、６８５株など（参考文献３１および１００に列挙されている株を含む）において見られるアミノ酸配列が含まれる。配列は、他のＹｅｒｓｉｎｉａ種（例えば、Ｙ．ｐｅｓｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ＧＩ：５１５８７６４１として入手することができる全ゲノム配列［３２］）またはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）の中でも見られ得る。
ハイブリッドポリペプチドが使用される場合は、ハイブリッドの中の個々の抗原（すなわち、個々の−Ｘ−部分）は１つ以上の株に由来し得る。例えば、ｎ＝２である場合には、Ｘ２は、Ｘ１と同じ株に由来する場合も、また、異なる株に由来する場合もある。ｎ＝３の場合は、株は、（ｉ）Ｘ１＝Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｉ）Ｘ１＝Ｘ２≠Ｘ３、（ｉｉｉ）Ｘ１≠Ｘ２＝Ｘ３、（ｉｖ）Ｘ１≠Ｘ２≠Ｘ３、または（ｖ）Ｘ１＝Ｘ３≠Ｘ２などであり得る。
異種宿主
本発明のポリペプチドの発現はＹｅｒｓｉｎｉａの中で行われ得るが、本発明では異種宿主を利用することが好ましい。異種宿主は原核生物（例えば、細菌）である場合も、また、真核生物である場合もある。これはＥ．ｃｏｌｉであることが好ましいが、他の適切な宿主としては、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｌａｃｔａｍｉｃａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｃｉｎｅｒｅａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ（例えば、Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、酵母などが挙げられる。
免疫原性組成物および医薬品
本発明の組成物は、好ましくは、免疫原性組成物（例えば、ワクチン組成物）である。組成物のｐＨは、好ましくは６から８の間であり、約７が好ましい。ｐＨは、緩衝液の使用によって維持することができる。リン酸緩衝液が一般的である。組成物は滅菌である場合があり、そして／または発熱物質が含まれない場合がある。組成物にグルテンが含まれない場合がある。組成物には、ホルムアルデヒド、フェノール、ウシの心臓の抽出物、酵母抽出物、および／または寒天が実質的には含まれない場合がある。組成物には、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＤＮＡに由来するものは含まれない場合がある。組成物は、ヒトに関して等張性であり得る。
本発明のワクチンは、予防的（すなわち、感染を予防するため）または治療的（すなわち、感染を処置するため）のいずれかであり得るが、通常は予防的であろう。したがって、本発明には、Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染にかかりやすい動物におけるＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染の治療的または予防的処置のための方法が含まれる。この方法には、上記動物に、本発明の免疫原性組成物の治療有効量または予防有効量を投与する工程が含まれる。
組成物には、（特に、多用量の形式でパッケージされる場合には）保存剤が含まれ得る。
組成物には、界面活性剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）、例えば、Ｔｗｅｅｎ ８０）が含まれる場合がある。界面活性剤は、通常、低濃度（例えば、＜０．０１％）で存在する。
組成物には、等張性を得るためのナトリウム塩（例えば、塩化ナトリウム）が含まれる場合がある。１０±２ｍｇ／ｍｌのＮａＣｌの濃度が一般的である。
組成物には、特に、それらが凍結乾燥させられる場合、またはそれらに凍結乾燥させられた材料から再構成された材料が含まれる場合には、糖アルコール（例えば、マンニトール）またはニ糖（例えば、スクロースもしくはトレハロース）が、例えば、およそ１５〜３０ｍｇ／ｍｌ（例えば、２５ｍｇ／ｍｌ）で含まれる場合がある。
本発明の免疫原性組成物にはまた、１つ以上の免疫調節剤が含まれる場合がある。好ましくは、１つ以上の免疫調節剤には、１つ以上のアジュバントが含まれる。アジュバントには、以下でさらに議論されるＴＨ１アジュバントおよび／またはＴＨ２アジュバントが含まれ得る。
本発明の組成物において使用され得るアジュバントとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：
Ａ．ミネラルを含む組成物
本発明のアジュバントとしての使用に適しているミネラルを含む組成物としては、無機塩（例えば、アルミニウム塩およびカルシウム塩）が挙げられる。本発明には、無機塩（例えば、水酸化物（例えば、オキシ水酸化物）、リン酸塩（例えば、ヒドロキシリン酸塩、オルトリン酸塩）、硫酸塩など）［例えば、参考文献３３の第８章および第９章を参照のこと］、または、任意の適切な形態（例えば、ゲル、結晶、不定形など）をとる化合物を含み、そして吸収に好ましい様々なミネラル化合物の混合物が含まれる。ミネラルを含む組成物はまた、金属塩の粒子としても処方され得る［３４］。
リン酸アルミニウムが、特に、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ糖抗原を含む組成物に特に好ましく、典型的なアジュバントは、０．６ｍｇのＡｌ３＋／ｍｌで含まれる、０．８４から０．９２の間のＰＯ４／Ａｌモル比を有している不定形のヒドロキシリン酸アルミニウムである。低用量のリン酸アルミニウムを用いた吸収が、例えば、１用量あたりの結合体あたり５０から１００μｇの間のＡｌ３＋で使用され得る。１つ以上の結合体が組成物の中に存在する場合には、必ずしも全ての結合体が吸収される必要はない。
Ｂ．油乳剤
本発明においてアジュバントとしての使用に適している油乳剤組成物としては、スクワレン−水エマルジョン、例えば、ＭＦ５９［参考文献３３の第１０章；参考文献３５もまた参照のこと］（マイクロフルイダイザーを使用して１ミクロン未満の粒子になるように処方された５％のスクワレン、０．５％のＴｗｅｅｎ ８０、および０．５％のＳｐａｎ ８５）。完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）もまた、使用される場合がある。
Ｃ．サポニン処方物［参考文献３３の第２２章］
サポニン処方物もまた、本発明においてアジュバントとして使用することができる。サポニンは、多種多様な植物種の樹皮、葉、茎、根、さらには花において見られる、ステロールグリコシドおよびトリテルペノイドグリコシドの異種グループである。キラヤ（Ｑｕｉｌｌａｉａ ｓａｐｏｎａｒｉａ Ｍｏｌｉｎａ）の木の樹皮に由来するサポニンは、アジュバントとして広く研究されている。Ｓｍｉｌａｘ ｏｒｎａｔａ（サルサパリラ）、Ｇｙｐｓｏｐｈｉｌｌａ ｐａｎｉｃｕｌａｔａ（シュッコンカスミソウ）、およびＳａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉａｎａｌｉｓ（ソープワート）に由来するサポニンはまた、市販によって入手することができる。サポニンアジュバント処方物には、精製された処方物（例えば、ＱＳ２１）、ならびに脂質処方物（例えば、ＩＳＣＯＭ）が含まれる。ＱＳ２１はＳｔｉｍｕｌｏｎ（登録商標）として市販されている。
サポニン組成物は、ＨＰＬＣおよびＲＰ−ＨＰＬＣを使用して精製されている。特異的な精製された画分がこれらの技術を使用して同定されており、これには、ＱＳ７、ＱＳ１７、ＱＳ１８、ＱＳ２１、ＱＨ−Ａ、ＱＨ−Ｂ、およびＱＨ−Ｃが含まれる。好ましくは、サポニンはＱＳ２１である。ＱＳ２１の生産方法は、参考文献３６に開示されている。サポニン処方物にはまた、ステロール（例えば、コレステロール）が含まれる場合がある［３７］。
サポニンとコレステロールの組み合わせは、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）と呼ばれる特有の粒子を形成させるために使用することができる［参考文献３３の第２３章］。ＩＳＣＯＭには、通常、リン脂質（例えば、ホスファチジルエタノールアミンまたはホスファチジルコリン）も含まれる。任意の公知のサポニンをＩＳＣＯＭにおいて使用することができる。好ましくは、ＩＳＣＯＭには、ＱｕｉｌＡ、ＱＨＡ、およびＱＨＣのうちの１つ以上が含まれる。ＩＳＣＯＭは、参考文献３７〜３９にさらに記載されている。状況意応じて、ＩＳＣＯＭにはさらなる界面活性剤は含まれない場合がある［４０］。
サポニンをベースとするアジュバントの開発の概要は、参考文献４１および４２に見ることができる。
Ｄ．ヴィロソームおよびウイルス様粒子
ヴィロソームおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）もまた、本発明においてアジュバントとして使用することができる。これらの構造には、通常、状況に応じてリン脂質と組み合わせられた、またはリン脂質とともに処方されたウイルスに由来する１つ以上のタンパク質が含まれる。これらは、通常、非病原性であり、複製せず、そして一般的には、天然のウイルスゲノムは全く含まれない。ウイルスタンパク質は、組み換えによって生産することができ、また完全なウイルスから単離することもできる。ヴィロソームまたはＶＬＰにおける使用に適しているこれらのウイルスタンパク質には、インフルエンザウイルス（例えば、ＨＡまたはＮＡ）、Ｂ型肝炎ウイルス（例えば、コアタンパク質またはキャプシドタンパク質）、Ｅ型肝炎ウイルス、麻疹ウイルス、シンドビスウイルス、ロタウイルス、口蹄疫ウイルス、レトロウイルス、ノーウォークウイルス、ヒトパピローマウイルス、ＨＩＶ、ＲＮＡ−ファージ、Ｑβ−ファージ（例えば、外殻タンパク質）、ＧＡ−ファージ、ｆｒ−ファージ、ＡＰ２０５ファージ、およびＴｙ（例えば、レトロトランスポゾンＴｙタンパク質ｐ１）に由来するタンパク質が挙げられる。ＶＬＰは、参考文献４３〜４８においてさらに議論されている。ヴィロソームは、例えば、参考文献４９においてさらに議論されている。
Ｅ．細菌誘導体または微生物誘導体
本発明での使用に適しているアジュバントとしては、細菌誘導体または微生物誘導体（例えば、腸内細菌のリポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、Ｌｉｐｉｄ Ａ誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチド、ならびに、ＡＤＰ−リボシル化毒素およびそれらの解毒された誘導体）が挙げられる。
ＬＰＳの非毒性誘導体としては、モノホスホリルリピッドＡ（ＭＰＬ）、および３−Ｏ−脱アシル化ＭＰＬ（３ｄＭＰＬ）が挙げられる。３ｄＭＰＬは、４個、５個、または６個のアシル化された鎖を有している３つの脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピッドＡの混合物である。３つの脱−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピッドＡの好ましい「小さい粒子」形態は参考文献５０に開示されている。そのような３ｄＭＰＬの「小さい粒子」は、０．２２μｍの膜を介して濾過滅菌されるに十分に小さい［５０］。他の非毒性のＬＰＳ誘導体としては、モノホスホリルリピッドＡ模倣物（例えば、リン酸アミノアルキルグルコサミニド誘導体、例えば、ＲＣ−５２９）が挙げられる［５１、５２］。
Ｌｉｐｉｄ Ａ誘導体としては、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ由来のリピッドＡの誘導体、例えば、ＯＭ−１７４が挙げられる。ＯＭ−１７４は、例えば、参考文献５３および５４に記載されている。
本発明においてアジュバントとしての使用に適している免疫刺激オリゴヌクレオチドとしては、ＣｐＧモチーフが含まれているヌクレオチド配列（グアノシンに対してリン酸結合によって連結させられたメチル化されていないシトシンが含まれているジヌクレオチド配列）が挙げられる。パリンドロームまたはポリ（ｄＧ）配列を含む二本鎖のＲＮＡおよびオリゴヌクレオチドもまた、免疫刺激性であることが照明されている。
ＣｐＧには、ホスホロチオエート修飾のようなヌクレオチドの修飾／アナログが含まれ得、そして二本鎖でも、また一本鎖でもあり得る。参考文献５５、５６、および５７には、可能なアナログでの置換（例えば、２’−デオキシ−７−デアザグアノシンでのグアノシンの置換）が開示されている。ＣｐＧオリゴヌクレオチドのアジュバント効果は、参考文献５８〜６３でさらに議論されている。
ＣｐＧ配列は、ＴＬＲ９（例えば、モチーフＧＴＣＧＴＴまたはＴＴＣＧＴＴ）に対して指向させられ得る［６４］。ＣｐＧ配列は、Ｔｈ１免疫応答を誘導することについて特異的であり得る（例えば、ＣｐＧ−Ａ ＯＤＮ）か、またはこれは、Ｂ細胞応答を誘導することについてより特異的であり得る（例えば、ＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮ）。ＣｐＧ−ＡおよびＣｐＧ−Ｂ ＯＤＮは、参考文献６５〜６７で議論されている。好ましくは、ＣｐＧはＣｐＧ−Ａ ＯＤＮである。
好ましくは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、５’末端を受容体の認識のために利用できるように構築される。状況に応じて、２つのＣｐＧオリゴヌクレオチド配列をそれらの３’末端に結合させて、「イムノマー」を形成させることができる。例えば、参考文献６４および６８〜７０を参照のこと。
細菌のＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒された誘導体が、本発明においてアジュバントとして使用される場合がある。好ましくは、タンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｅ．ｃｏｌｉの熱不安定性腸毒素「ＬＴ」）、コレラ（「ＣＴ」）、または破傷風（「ＰＴ」）に由来する。解毒されたＡＤＰ−リボシル化毒素の粘膜アジュバントとしての使用は、参考文献７１に記載されており、そして非経口アジュバントとしての使用は参考文献７２に記載されている。毒素またはトキソイドは、好ましくは、ハロトキシンの形態であり、これには、ＡサブユニットとＢサブユニットの両方が含まれる。好ましくは、Ａサブユニットには、解毒変異体が含まれ；好ましくは、Ｂサブユニットは変異させられていない。好ましくは、アジュバントは、解毒させられたＬＴ変異体（例えば、ＬＴ−Ｋ６３、ＬＴ−Ｒ７２、およびＬＴ−Ｇ１９２）である。ＡＤＰ−リボシル化毒素およびその解毒された誘導体（特に、ＬＴ−Ｋ６３およびＬＴ−Ｒ７２）のアジュバントとしての使用は、参考文献７３〜８０に見ることができる。アミノ酸の置換についての多数の参考文献は、好ましくは、参考文献８１（その全体が引用により具体的に本明細書中に組み入れられる）に示されているＡＤＰ−リボシル化毒素のＡサブユニットとＢサブユニットのアラインメントに基づく。
Ｆ．ヒト免疫調節剤
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているヒト免疫調節剤としては、サイトカイン（例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２［８２］など）［８３］、インターフェロン（例えば、インターフェロン−γ）、マクロファージコロニー刺激因子、および腫瘍壊死因子が挙げられる。好ましい免疫調節剤はＩＬ−１２である。
Ｇ．生体接着剤（ｂｉｏａｄｈｅｓｉｖｅ）および粘膜接着剤
生体接着剤および粘膜接着剤もまた、本発明においてアジュバントとして使用される場合がある。適切な生体接着剤としては、エステル化されたヒアルロン酸マイクロスフェア「８４」、または粘膜接着剤（例えば、ポリ（アクリル酸）、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、多糖類、およびカルボキシメチルセルロースの架橋された誘導体）が挙げられる。キトサンおよびその誘導体もまた、本発明においてアジュバントとして使用される場合がある［８５］。
Ｈ．微粒子
微粒子もまた、本発明においてアジュバントとして使用される場合がある。ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）とともに、生体分解性であり非毒性の材料（例えば、ポリ（α−ヒドロキシ酸）、ポリヒドロキシ酪酸、ポリオルトエステル、ポリ無水物、ポリカプロラクトンなど）から形成された微粒子（すなわち、約１００ｎｍから約１５０μｍの直径、より好ましくは、約２００ｎｍから約３０μｍの直径、そして最も好ましくは、約５００ｎｍから約１０μｍの直径）が好ましく、状況に応じて、負電荷を有する表面（例えば、ＳＤＳを用いて）または正電荷を有する表面（例えば、陽イオン性界面活性剤（例えば、ＣＴＡＢ）を用いて）を持つように処理される。
Ｉ．リポソーム（参考文献３３の第１３章および第１４章）
アジュバントとしての使用に適しているリポソーム処方物の例は、参考文献８６〜８８に記載されている。
Ｊ．ポリオキシエチレンエーテルおよびポリオキシエチレンエステル処方物
本発明での使用に適しているアジュバントとしては、ポリオキシエチレンエーテルとポリオキシエチレンエステルが挙げられる［８９］。そのような処方物にはさらに、ポリオキしエチレンソルビタンエステル界面活性剤が、オクトキシノールと組み合わせて［９０］、さらには、ポリオキシエチレンアルキルエーテルまたはエステル界面活性剤が、オクトキシノールのような少なくとも１つのさらに別の非イオン性界面活性剤と組み合わせて［９１］含まれる。好ましいポリオキシエチレンエーテルは、以下のグループから選択される：ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）、ポリオキシエチレン−９−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−８−ステオリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。
Ｋ．ポリホスファゼン（ＰＣＰＰ）
ＰＰＣＰ処方物は、例えば、参考文献９２および９３に記載されている。
Ｌ．ムラミルペプチド
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているムラミルペプチドの例としては、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラムル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ｎｏｒ−ＭＤＰ）、およびＮ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミンＭＴＰ−ＰＥが挙げられる。
Ｍ．イミダゾキノロン化合物
本発明においてアジュバントとしての使用に適しているイミダゾキノロン化合物の例としては、参考文献９４および９５にさらに記載されている、イミキアモド（Ｉｍｉｑｕａｍｏｄ）およびそのホモログ（例えば、「Ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ ３Ｍ」）が挙げられる。
本発明にはまた、上記で同定された１つ以上のアジュバントについての複数の態様の組み合わせも含まれ得る。例えば、以下のアジュバント組成物が本発明において使用され得る：（１）サポニンと油中水エマルジョン［９６］；（２）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）［９７］；（３）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋非毒性ＬＰＳ誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）＋コレステロール；（４）サポニン（例えば、ＱＳ２１）＋３ｄＭＰＬ＋ＩＬ−１２（状況に応じて、＋ステロール）［９８］；（５）例えば、ＱＳ２１および／または油中水エマルジョンとの、３ｄＭＰＬの組み合わせ［９９］；（６）１０％のスクワレン、０．４％のＴｗｅｅｎ ８０（登録商標）、５％のプルロニック−ブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰを含むＳＡＦ（１ミクロン未満のエマルジョンになるようにマイクロフルイダイズされたか、またはより大きな粒子の大きさのエマルジョンを生じるようにボルテックスされたもののいずれか）；（７）２％のスクワレン、０．２％のＴｗｅｅｎ ８０と、モノホスホリルリピッドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）からなる群より選択される１つ以上の細菌細胞壁成分（好ましくは、ＭＰＬ＋ＣＷＳ（Ｄｅｔｏｘ（登録商標））を含む、Ｒｉｂｉ（登録商標）アジュバントシステム（ＲＡＳ）（Ｒｉｂｉ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ）；ならびに、（８）１つ以上の無機塩（例えば、アルミニウム塩）＋ＬＰＳの非毒性誘導体（例えば、３ｄＭＰＬ）。
免疫刺激剤として作用する他の物質は、参考文献３３の第７章に開示されている。
水酸化アルミニウムおよび／またはリン酸アルミニウムアジュバントの使用が特に好ましく、複数の抗原が通常はこれらの塩に吸着される。リン酸カルシウムは別の好ましいアジュバントである。他の好ましいアジュバントの組み合わせとしては、Ｔｈ１アジュバントとＴｈ２アジュバントの組み合わせ（例えば、ＣｐＧとミョウバン、またはレシキモッド（ｒｅｓｉｑｕｉｍｏｄ）とミョウバン）が挙げられる。
無機塩（例えば、アルミニウム塩）と、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドの組み合わせの使用によっては、高い免疫応答が提供される。したがって、本発明により、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド、アルミニウム塩のような無機塩と、上記で定義された１つ以上のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物が提供される。本発明によってはまた、ＡＤＰリボシル化毒素（例えば、解毒されたＡＤＰリボシル化毒素）、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチドと、上記で定義された１つ以上のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物も提供される。
本発明の組成物は、好ましくは、Ｙｅｒｓｉｎｉａの細胞内感染に対して効率よく対処するための、細胞媒介性免疫応答と体液性免疫応答の両方を誘発するであろう。この免疫応答は、好ましくは、Ｙｅｒｓｉｎｉａと接触すると迅速に応答することができる（例えば、中和）抗体および細胞媒介性免疫を長時間にわたって誘導するであろう。
Ｔ細胞の２つのタイプ（ＣＤ４とＣＤ８細胞）は、一般的には、細胞媒介性免疫および体液性免疫を開始させる、および／または高めるために不可欠であると考えられている。ＣＤ８ Ｔ細胞はＣＤ８共受容体を発現することができ、そして一般的には細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）と呼ばれている。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示された抗原を認識するか、またはそれと相互作用することができる。
ＣＤ４ Ｔ細胞はＣＤ４共受容体を発現することができ、一般的には、Ｔへルパー細胞と呼ばれている。ＣＤ４ Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合した抗原性ペプチドを認識することができる。ＭＨＣクラスＩＩ分子と相互作用すると、ＣＤ４細胞はサイトカインのような因子を分泌することができる。これらの分泌されたサイトカインはＢ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、マクロファージ、および免疫応答に関与している他の細胞を活性化させることができる。ヘルパーＴ細胞またはＣＤ４＋細胞は、さらに２つの機能的に異なるサブセットに分けることができる：ＴＨ１表現形およびＴＨ２表現形。これらは、それらのサイトカインおよびエフェクター機能が異なる。
活性化させられたＴＨ１細胞は細胞性免疫を高め（抗原特異的ＣＴＬ生産の増大を含む）、したがって、これは細胞内感染に反応する特定の値である。活性化させられたＴＨ１細胞は、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−βのうちの１つ以上を分泌し得る。ＴＨ１免疫応答によっては、マクロファージ、ＮＫ（ナチュラルキラー）細胞、およびＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の活性化による局所的な炎症反応が生じ得る。ＴＨ１免疫応答はまた、ＩＬ−１２でのＢ細胞およびＴ細胞の増殖の刺激により、免疫応答を拡大するようにも作用し得る。ＴＨ１によって刺激されたＢ細胞はＩｇＧ２ａを分泌し得る。
活性化させられたＴＨ２細胞は抗体の生産を促進し、したがってこれは、細胞外感染に反応する値である。活性化させられたＴＨ２細胞は、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０のうちの１つ以上を分泌し得る。ＴＨ２免疫応答によっては、さらなる防御のためのＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、およびメモリーＢ細胞の生産が生じ得る。
高い免疫応答には、高いＴＨ１免疫応答およびＴＨ２免疫応答の１つ以上が含まれ得る。
ＴＨ１免疫応答には、ＣＴＬの増加、ＴＨ１免疫応答に関係しているサイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γ、およびＴＮＦ−β）のうちの１つ以上の増加、活性化させられたマクロファージの増加、ＮＫ活性の増大、あるいはＩｇＧ２ａの生産の増大のうちの１つ以上が含まれ得る。好ましくは、高いＴＨ１免疫応答には、ＩｇＧ２ａの生産の増大が含まれるであろう。
ＴＨ１免疫応答は、ＴＨ１アジュバントを使用して誘発され得る。ＴＨ１アジュバントは、一般的には、アジュバントを伴わない抗原での予防接種と比較して、ＩｇＧ２ａの生産レベルの増大を誘発するであろう。本発明での使用に適しているＴＨ１アジュバントとしては、例えば、サポニン処方物、ヴィロソーム、およびウイルス様粒子、腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）の非毒性誘導体、免疫刺激オリゴヌクレオチドを挙げることができる。免疫刺激オリゴヌクレオチド（例えば、ＣｐＧモチーフを含むオリゴヌクレオチド）が、本発明での使用に好ましいＴＨ１アジュバントである。
ＴＨ２免疫応答には、ＴＨ２免疫応答に関係しているサイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、およびＩＬ−１０）のうちの１つ以上の増大、あるいは、ＩｇＧ１、ＩｇＥ、ＩｇＡ、およびメモリーＢ細胞の生産の増大のうちの１つ以上が含まれ得る。好ましくは、高いＴＨ２免疫応答には、ＩｇＧ１の生産の増大が含まれるであろう。
ＴＨ２免疫応答は、ＴＨ２アジュバントを使用して誘発され得る。ＴＨ２アジュバントは、通常、アジュバントを伴わない抗原での予防接種と比較して、ＩｇＧ１の高い生産レベルを誘発するであろう。本発明での使用に適しているＴＨ２アジュバントとしては、例えば、ミネラルを含む組成物、油乳剤、およびＡＤＰリボシル化毒素とその解毒された誘導体が挙げられる。ミネラルを含む組成物（例えば、アルミニウム塩）が、本発明での使用に好ましいＴＨ２アジュバントである。
好ましくは、本発明には、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントの組み合わせを含む組成物が含まれる。好ましくは、そのような組成物により、高いＴＨ１応答と高いＴＨ２応答が誘発される、すなわち、アジュバントを伴わない予防接種と比較して、ＩｇＧ１の生産とＩｇＧ２ａの生産の両方の増大が誘発される。なおさらに好ましくは、ＴＨ１アジュバントとＴＨ２アジュバントの組み合わせを含む組成物は、１つのアジュバントでの予防接種と比較して（すなわち、ＴＨ１アジュバントだけでの予防接種、またはＴＨ２アジュバントだけでの予防接種と比較して）高いＴＨ１免疫応答および／または高いＴＨ２免疫応答を誘発する。
免疫応答は、ＴＨ１免疫応答とＴＨ２免疫応答のうちの一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答によって、高いＴＨ１応答と高いＴＨ２応答のうちの一方または両方が提供される。
高い免疫応答は、全身的免疫応答および粘膜免疫応答のうちの一方または両方であり得る。好ましくは、免疫応答により、高い全身的免疫応答および高い粘膜免疫応答のうちの一方または両方が提供される。好ましくは、粘膜免疫応答はＴＨ２免疫応答である。好ましくは、粘膜免疫応答には、ＩｇＡの生産の増大が含まれる。
処置方法および医学的使用
本発明により、（ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つ以上が提供される。
本発明によってはまた、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つ以上の使用も提供される。
本発明により、（ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つ以上が提供される。
本発明によってはまた、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つ以上の使用も提供される。
本発明により、（ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つ以上が提供される。
本発明により、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つ以上の使用が提供される。
本発明により、（ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つ以上が提供される。
本発明により、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つ以上の使用が提供される。
これらの医薬品は好ましいワクチンである。
本発明によってはまた、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための方法も提供される。この方法には、有効量の本発明の組成物を投与する工程が含まれる。免疫応答は、好ましくは防御性であり、これには好ましくは、抗体および／または細胞媒介性免疫が含まれる。この方法により、追加免疫応答が惹起され得る。
これらの用途および方法によって哺乳動物において免疫応答を惹起させることにより、哺乳動物は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染に対して防御される。さらに具体的には、哺乳動物は、腺ペスト、敗血症ペスト、および／または肺ペストを含むペストに対して防御され得る。他の関連する疾患としては、皮膚結合織ペストおよびペスト髄膜炎が挙げられる。医薬品は、好ましくは、肺ペストに対して哺乳動物を防御するためのものである。
本発明の組成物は、好ましくは、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｑ、Ｒ、および／またはＴのうちの１つ以上を含むＹ．ｐｅｓｔｉｓリボタイプに対して防御することができる［１００、１０１］。
本発明の組成物は、好ましくは、ａｎｔｉｑｕａ、ｍｅｄｉａｅｖａｌｉｓ、ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ、および／またはｍｉｃｒｏｔｕｓの１つ以上を含むＹ．ｐｅｓｔｉｓの次亜種に対して防御することができる［１０２］
本発明によってはまた、第１の成分と第２の成分が含まれているキットも提供される。ここでは、第１の成分と第２の成分はいずれも、上記に記載された本発明の組成物ではないが、ここでは、第１の成分と第２の成分は上記に記載された本発明の組成物を提供するために混合され得る。このキットにはさらに、以下の１つ以上を含む第３の成分が含まれ得る：説明書、注射器または他の送達デバイス、アジュバント、あるいは薬学的に許容される処方用の溶液。
本発明によってはまた、本発明の免疫原性組成物があらかじめ充填された送達デバイスも提供される。
哺乳動物は好ましくはヒトである。ワクチンが予防的用途のためのものである場合には、ヒトは好ましくは、小児（例えば、２〜４歳の幼児または乳児）あるいは、１０代の子供である；ワクチンが治療的用途のためのものである場合には、ヒトは、好ましくは、１０代の子供または成人である。小児用に意図されるワクチンはまた、例えば、安全性、投与量、免疫原性などを評価するために成人に投与される場合がある。
治療的処置の効力を調べる１つの方法には、本発明の組成物の投与後のＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染をモニターする工程が含まれる。予防的処置の効力を調べる１つの方法には、組成物の投与後の、本発明の組成物中のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に対する、全身的免疫応答（例えば、ＩｇＧ１およびＩｇＧ２ａの生産レベルをモニターする）および／または粘膜免疫応答（例えば、ＩｇＡの生産レベルをモニターする）をモニターする工程が含まれる。通常、血清のＹｅｒｓｉｎｉａ特異的抗体応答は予防接種後であるがチャレンジ前に決定され、一方、粘膜のＹｅｒｓｉｎｉａ特異的抗体応答は、予防接種前とチャレンジ後に決定される。組成物の防御効果は、参考文献８のマウスのエアロゾルチャレンジモデルを含む標準的な動物モデルにおいて試験することができる。
本発明の組成物の免疫原性を評価する別の方法は、免疫ブロットおよび／またはマイクロアレイにより、患者の血清または粘膜分泌物をスクリーニングするために、組み換えによってタンパク質を発現させることである。タンパク質と患者の試料との間でのポジティブな反応は、患者が目的のタンパク質に対して高い免疫応答を有していることを示している。この方法は、免疫優性抗原および／または抗原の中のエピトープを同定するために使用される場合もある。
本発明のワクチン組成物は、宿主（例えば、ヒト）への投与のまえに、インビトロおよびインビボの動物モデルにおいて評価することができる。例えば、インビトロでの中和は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに対するワクチン組成物の試験に適している。
ワクチン組成物の効力もまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染の動物モデル（例えば、モルモットまたはマウス）をワクチン組成物でチャレンジすることによって、インビボで決定することができる。例えば、参考文献１０３には、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに対するマウスの予防接種、その後のＦ１抗原でのチャレンジが記載されている。投与される組成物は、チャレンジ株と同じ株に由来する場合も、また、同じ株には由来しない場合もある。組成物は、チャレンジ株と同じ株に由来することが好ましい。インビボでの効力のモデルとしては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：（１）ヒトについて伝染性であるＹ．ｐｅｓｔｉｓ株を使用するマウス感染モデル；（ｉｉ）マウス適応型のＹ．ｐｅｓｔｉｓ株（例えば、マウスにおいて特に伝染性である株）を使用するマウス疾患モデル；および（ｉｉｉ）ヒトの株を使用する霊長類モデル。
本発明の組成物は、一般的には、患者に直接投与されるであろう。直接の投与は、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内、筋肉内、または、組織の間質腔への）によって、あるいは、粘膜から（例えば、直腸、経口（例えば、錠剤、噴霧）、膣、局所、経皮（例えば、参考文献１０４を参照のこと）または経皮的（例えば、参考文献９、１０５、および１０６を参照のこと）、鼻腔内（例えば、参考文献１０７を参照のこと）、眼、耳、肺、あるいは他の粘膜への投与）行うことができる。
本発明は、全身的免疫および／または粘膜免疫を誘発するために、好ましくは、高い全身的免疫および／または粘膜免疫を誘発するために使用される場合もある。
好ましくは、高い全身的免疫および／または粘膜免疫は、高いＴＨ１および／またはＴＨ２免疫応答に反映される。好ましくは、高い免疫応答には、ＩｇＧ１および／またはＩｇＧ２ａおよび／またはＩｇＡの生産の増大が含まれる。
投与による処置は、１用量のスケジュールであっても、また、多用量のスケジュールであってもよい。多用量は、初回予防接種スケジュールにおいて、そして／または追加予防接種スケジュールにおいて使用され得る。多用量のスケジュールにおいては、様々な用量が同じ経路で投与される場合も、また、異なる経路（例えば、非経口での初回免疫と粘膜による追加免疫、粘膜による初回免疫と非経口での追加免疫など）によって投与される場合もある。
Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染は体の様々な部分に影響を及ぼし、その結果、本発明の組成物は様々な形態で調製され得る。例えば、組成物は、注射できるものとして、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され得る。注射の前に液体の媒体の中に溶液または懸濁液にされるのに適している固体の形態もまた、調製することができる（例えば、凍結乾燥させられた組成物または噴霧凍結乾燥させられた組成物）。組成物は、局所投与用に、例えば、軟膏、クリーム剤、または散剤として調製することもできる。組成物は、経口投与用に、例えば、錠剤もしくはカプセル剤として、噴霧剤として、またはシロップ剤（状況に応じて、香味付けされた）として調製することもできる。組成物は、肺投与用に、例えば、微粉末または噴霧を使用する吸入剤として調製される場合もある。組成物は、坐剤またはペッサリーとして調製される場合もある。組成物は、鼻腔、耳、または眼への投与のために、例えば、点滴剤として調製される場合もある。組成物は、組み合わせられた組成物が患者への投与の直前に再構成されるように設計されたキットの形態である場合がある。そのようなキットには、液体形態の１つ以上の抗原と、１つ以上の凍結乾燥させられた抗原が含まれ得る。
組成物が使用の前にその場で調製されるためのものであり（例えば、組成物が凍結乾燥させられた形態で提示される場合）、キットとして提示される場合には、キットには、２つのバイアルが含まれる場合も、また、キットには１つの予め充填された注射器と、注射前にバイアルの内容物をよく反応させるために使用される注射器の内容物を有している１つのバイアルが含まれる場合もある。
ワクチンとして使用される免疫原性組成物には、免疫学的有効量の抗原（単数または複数）、ならびに、必要に応じて任意の他の成分が含まれる。「免疫学的有効量」によっては、個体へのその量の投与（単回用量、またはシリーズの一部としてのいずれか）が処置または予防に有効であることを意味する。この量は、処置される個体の健康状態および体調、年齢、処置される個体の分類群（例えば、ヒト以外の霊長類、霊長類など）、抗体を合成する個体の免疫系の能力、所望される防御の程度、ワクチンの処方、処置を行う医師による医学的状況の評価、ならびに他の関連する要因に応じて様々である。この量は、日常的に行われる試験によって決定することができる比較的広い範囲に入るであろう。
組成物のさらなる成分
本発明のＹｅｒｓｉｎｉａ抗原は、薬学的に許容される担体と混合することができる。そのような担体には、それ自体は組成物が投与される個体に対して有害な抗体の生産を誘導しない任意の担体が含まれる。そのような担体は、当業者に周知である。組成物にはまた、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロールなど）が含まれる場合もある。加えて、補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）が存在する場合もある。滅菌の発熱物質を含まないリン酸緩衝化生理食塩水が典型的な担体である。薬学的に許容される賦形剤についての十分な議論は、参考文献１０８に見ることができる。
本発明によりさらに、薬学的製品を調製するための方法が提供される。この方法には：（ａ）上記のようなＹｅｒｓｉｎｉａ抗原を調製する工程；（ｂ）抗原を１つ以上の薬学的に許容される担体と混合する工程；および（ｃ）抗原／担体混合物を容器（例えば、バイアルまたは注射器）にパッケージングして、薬学的製品を得る工程が含まれる。注射器への挿入は、工場で、または手術室で行われ得る。
組成物にはまた、Ｙｅｒｓｉｎｉａ以外の免疫原も含めることができる。したがって、組成物には、以下の１つ以上が含まれ得る：炭疽菌感染に対する防御のためのＢａｃｉｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓに由来する免疫原（例えば、ＰＡ抗原［１０９］、胞子抗原など）；野兎病に対する防御のためのＦｒａｎｃｉｓｅｌｌａ属（例えば、Ｆ．ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）の細菌に由来する免疫原；Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ属の細菌に由来する免疫原；ブルセラ症に対する防御のためのＢｒｕｃｅｌｌａ属の細菌（例えば、Ｂ．ａｂｏｒｔｕｓ、Ｂ．ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、またはＢ．ｓｕｉｓ）に由来する免疫原；Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ属の細菌（例えば、鼻疽に対する防御のためのＢ．ｍａｌｌｅｉ、または類鼻疽症に対する防御のためのＢ．ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）に由来する免疫原；Ｃｈｌａｍｙｄｉａ属の細菌（例えば、オウム病に対する防御のためのＣｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ）に由来する免疫原；Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ属の細菌（例えば、ボツリヌス中毒症に対する防御のためのＣ．ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、またはイプシロン毒素に対する防御のためのＣ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）に由来する免疫原；Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ属の細菌（例えば、ツラレミアに対する防御のためのＦ．ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）に由来する免疫原；コレラに対する防御のためのＶｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅに由来する免疫原；Ｑ熱に対する防御のためのＣｏｘｉｅｌｌａ ｂｕｒｎｅｔｉｉ細菌に由来する免疫原；出血熱に対する防御のための、エボラウイルスおよび／またはマールブルグウイルスおよび／またはラッサ熱ウイルスおよび／またはマチュポウイルスに由来する免疫原；Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ属の細菌に由来する（例えば、発疹チフスに対する防御のためのＲ．ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ細菌に由来する）かまたはＲ．ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉに由来する免疫原；Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ属の真菌（例えば、Ｃ．ｉｍｍｉｔｉｓまたはＣ．ｐｏｓａｄａｓｉｉ）に由来する免疫原など。
染色体抗原および予防接種に使用されるエピトープ
上記のように、Ｆ１抗原およびＶ抗原が予防接種のために使用される。これらの２つの抗原は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓプラスミドによってコードされる。したがって、より一般的には、本発明により、１つ以上の染色体Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質を含む免疫原性組成物が提供される。免疫原として使用される染色体Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質もまた提供される。上記のように、医薬品の製造における染色体Ｙ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質の使用もまた提供される。
染色体タンパク質は、例えば、リボソームタンパク質であり得、例えば、５０Ｓまたは３０Ｓリボソームタンパク質であり得る。染色体タンパク質はリポタンパク質である場合もある。染色体タンパク質は、ペリプラズムタンパク質である場合もある。染色体タンパク質は膜タンパク質である場合もある。染色体タンパク質は、熱ショックタンパク質である場合も、また、低温ショックタンパク質である場合もある。染色体タンパク質は酵素である場合もある。染色体タンパク質はシャペロンである場合も、また、シャペロニンである場合もある。
組成物には、染色体によってコードされる全長のタンパク質、ハイブリッドタンパク質（上記）、または染色体タンパク質の断片（上記）の形態の染色体タンパク質が含まれる場合がある。
核酸の予防接種
上記免疫原性組成物には、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに由来するポリペプチド抗原が含まれる。しかし、全ての場合に、ポリペプチド抗原はこれらのポリペプチドをコードする核酸（通常はＤＮＡ）によって置き換えることができ、核酸での予防接種をベースとする組成物、方法、および使用が生じる。核酸での予防接種は現在開発されている分野であり（例えば、参考文献１０３および１１０から１１７などを参照のこと）、そしてＹ．ｐｅｓｔｉｓワクチンに適用されている［１１８〜１２３］。
免疫原をコードする核酸は、患者への投与後にインビボで発現され、そして発現された免疫原は、その後、免疫系を刺激する。有効成分は、通常、以下を含む核酸ベクターの形態をとるであろう：（ｉ）プロモーター；（ｉｉ）プロモーターに動作可能であるように連結された免疫原をコードする配列；および状況に応じて、（ｉｉｉ）選択マーカー。好ましいベクターにはさらに、（ｉｖ）複製起点と、（ｖ）（ｉｉ）に動作可能であるように連結された下流の転写終結因子が含まれる場合がある。一般的には、（ｉ）と（ｖ）は真核生物のものであり、そして（ｉｉｉ）と（ｉｖ）は原核生物のものであろう。
好ましいプロモーターはウイルスのプロモーターであり、例えば、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）に由来するプロモーターである。ベクターにはまた、プロモーターに加えて転写調節配列（例えば、エンハンサー）が含まれ、これは、プロモーターと機能的に相互作用する。好ましいベクターには、前初期ＣＭＶエンハンサー／プロモーターが含まれ、そしてさらに好ましいベクターには、ＣＭＶイントロンＡも含まれる。プロモーターは、免疫原をコードする下流の配列に動作可能であるように連結され、その結果、免疫原をコードする配列の発現はプロモーターの制御下にある。
マーカーが使用される場合には、これは微生物宿主の中（例えば、原核生物の中、細菌の中、酵母の中）で機能することが好ましい。マーカーは、好ましくは、原核生物の選択マーカーである（例えば、原核生物のプロモーターの制御下で転写される）。便宜上、典型的なマーカーは抗生物質耐性遺伝子である。
本発明のベクターは、好ましくは、自律複製するエピソームベクターまたは染色体外ベクター（例えば、プラスミド）である。
本発明のベクターには、複製起点が含まれることが好ましい。複製起点は、原核生物においては活性であるが、真核生物においては活性ではないことが好ましい。
したがって、好ましいベクターには、ベクターの選択のための原核生物のマーカー、原核生物の複製起点が含まれるが、免疫原をコードする配列の転写を駆動するための真核生物のプロモーターが含まれる。したがって、ベクターは、（ａ）ポリペプチドが発現されることなく原核生物である宿主の中で増幅させられ、そして選択されるであろうが、（ｂ）真核生物宿主の中では増幅されることなく発現される。この配置は、核酸での予防接種用ベクターにとって理想的である。
本発明のベクターには、コード配列の下流に真核生物の転写終結配列が含まれる場合がある。これは転写レベルを高めることができる。コード配列がその自身のものを有していない場合には、本発明のベクターには、好ましくは、ポリアデニル化配列が含まれる。好ましいポリアデニル化配列は、ウシの成長ホルモンに由来する。
本発明のベクターには、マルチクローニング部位が含まれる場合がある。
免疫原およびマーカーをコードする配列に加えて、ベクターには、第２の真核生物のコード配列が含まれる場合がある。ベクターにはまた、免疫原と同じ転写物からの第２の真核生物ポリペプチドの転写を可能にするための上記第２の配列の上流にＩＲＥＳも含まれる場合がある。あるいは、免疫原をコードする配列は、ＩＲＥＳの下流に存在し得る。
本発明のベクターには、メチル化されていないＣｐＧモチーフ（例えば、メチル化されていないＤＮＡ配列）が含まれる場合があり、これは、２つの５’プリンおよび２つの３’ピリミジンが隣接している、シトシンが前にあるグアノシンを、一般的には有する。それらのメチル化されていない形態において、これらのＤＮＡモチーフは、いくつかのタイプの免疫細胞の強力な刺激因子であることが明らかにされている。
ベクターは、標的化された方法で送達することができる。受容体媒介性のＤＮＡ送達技術は、例えば、参考文献１２４から１２９に記載されている。核酸を含む治療用組成物は、遺伝子治療プロトコールでの局所投与のために、約１００ｎｇから約２００ｍｇのＤＮＡの範囲で投与される。約５００ｎｇから約５０ｍｇ、約１μｇから約２ｍｇ、約５μｇから約５００μｇ、そして約２０μｇから約１００μｇのＤＮＡの濃度の範囲もまた、遺伝子治療プロトコールの間に使用することができる。作用方法（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを高めるまたは阻害するため）、ならびに、形質転換および発現の効率のような要因が、最終的な効率に必要な投与量に影響を与えるであろうと考えられる。より大きな組織の範囲にわたってより高い発現が所望される場合には、より多量のベクター、または良好な投与プロトコールにおいて再投与される同じ量、または様々なアジュバントもしくは近い組織部分への数回の投与が、ポジティブな治療結果を得るために必要である場合がある。全ての場合に、臨床試験において日常的に行われる実験によって、最適な治療効果のための特異的な範囲が決定されるであろう。
ベクターは、遺伝子送達媒体を使用して送達することができる。遺伝子送達媒体は、ウイルス起源のものであっても、また、ウイルス以外の起源のものであってもよい（一般的には、参考文献１３０から１３３を参照のこと）。
所望される核酸の送達、および所望される細胞の中での発現のためのウイルスをベースとするベクターは当該分野で周知である。例示的なウイルスをベースとする媒体としては、組み換え体レトロウイルス（例えば、参考文献１３４から１４４）、アルファウイルスをベースとするベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７）、ロス川ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ ＶＲ １２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２）；これらのウイルスのハイブリッドもしくはキメラもまた使用される場合がある）、ポックスウイルスベクター（例えば、ワクシニアウイルス、ニワトリポックスウイルス、カナリア痘ウイルス、修飾されたワクシニアＡｎｋａｒａウイルスなど）、アデノウイルスベクター、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＶＶ）ベクターが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、参考文献１４５から１５０を参照のこと）。死滅させられたアデノウイルスに連結させられたＤＮＡの投与［１５１］もまた使用することができる。
ウイルス以外の送達媒体および方法も使用することができ、これには、死滅させられたアデノウイルスだけに連結させられた、または連結させられていないポリカチオン性の縮合させられたＤＮＡ［例えば、１５１］、リガンドに連結させられたＤＮＡ［１５２］、真核生物細胞の送達媒体細胞［例えば、参考文献１５３から１５７］、および核電化の中和、あるいは細胞膜との融合が含まれるが、これらに限定されない。裸のＤＮＡもまた使用することができる。例示的な裸のＤＮＡの導入方法は、参考文献１５８および１５９に記載されている。遺伝子送達媒体として作用し得るリポソーム（例えば、免疫リポソーム）は、参考文献１６０から１６４に記載されている。さらなるアプローチが参考文献１６５および１６６に記載されている。
使用に適しているさらなるウイルス以外の送達としては、参考文献１６６に記載されているアプローチのような、機械による送達システムが挙げられる。さらに、そのようなコード配列および発現産物は、光重合させられたヒドロゲル材料の蒸着、または電離放射線の使用によって送達することができる［例えば、参考文献１６７および１６８］。コード配列の送達に使用することができる遺伝子送達のための他の従来の方法としては、例えば、手で握れる形の遺伝子導入用パーティクルガン［１６９］の使用、または、導入された遺伝子を活性化させるための電離放射線の使用［１６７および１７０］が挙げられる。
ＰＬＧ｛ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）｝微粒子を使用するＤＮＡの送達（例えば、微粒子の吸着による）が特に好ましい方法であり、これは状況に応じて、負電荷を有する表面（例えば、ＳＤＳで処理される）または正電荷を有する表面（例えば、陽イオン性界面活性剤（例えば、ＣＴＡＢ）で処理される）を持つように処理される。
抗体
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に対する抗体は、受動免疫に使用することができる［１７１］。したがって、本発明により、第１、第２、第３、または第４の抗原のグループの抗原に特異的な抗体が提供される。本発明によってはまた、治療におけるそのような抗体の使用も提供される。本発明によってはまた、医薬品の製造におけるそのような抗体の使用も提供される。本発明によってはまた、有効量の本発明の抗体を投与する工程を含む、哺乳動物を処置するための方法も提供される。免疫原性組成物について上記に記載されたように、これらの方法および使用により、哺乳動物をＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染に対して防御することができる。
用語「抗体」には、完全な免疫グロブリン分子、ならびにその断片が含まれ、これらは、抗原に結合することができる。これらには、ハイブリッド（キメラ）抗体分子［１７２、１７３］；Ｆ（ａｂ’）２およびＦ（ａｂ）断片、およびＦｖ分子；非共有ヘテロ二量体［１７４、１７５］；単鎖Ｆｖ分子（ｓＦｖ）［１７６］；二量体および三量体抗体断片構築物；ミニボディー［１７７、１７８］；ヒト化抗体分子［１７９〜１８１］、およびそのような分子から得られる任意の機能的断片、ならびに、ファージディスプレイのような非従来的プロセスによって得られる抗体が含まれる。好ましくは、抗体はモノクローナル抗体である。モノクローナル抗体を得る方法は当該分野で周知である。
ヒト化抗体または完全なヒト抗体が好ましい。
ノックアウト変異体
本発明によってはまた、第３または第４の抗原のグループの抗原をコードする遺伝子のうちの１つ以上を発現がノックアウトされているＹｅｒｓｉｎｉａ細菌も提供される。
細菌は、任意のＹｅｒｓｉｎｉａ種（Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ、Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、またはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃｕｓが含まれる）であり得る。しかし、好ましくは、これはＹ．ｐｅｓｔｉｓである。第３および第４の抗原のグループのｐｅｓｔｉｓ抗原をコードする遺伝子に対応する相同な非ｐｅｓｔｉｓ遺伝子は、配列類似性および／または染色体位置に基づいて容易に同定することができる。
細菌の中での遺伝子ノックアウトのための技術は周知であり、Ｙｅｒｓｉｎｉａノックアウト変異体は以前に報告されている（例えば、参考文献１８２〜１８６など）。
ノックアウトは、好ましくは、コード領域の同系欠失を使用して行われるが、任意の他の適切な技術（例えば、プロモーターの欠失もしくは変異、開始コドンの欠失もしくは変異、アンチセンス阻害、阻害性ＲＮＡなど）が使用される場合もある。しかし、得られる細菌においては、目的の抗原をコードするｍＲＮＡは存在せず、そして／または、その翻訳が阻害されるであろう（例えば、野生型のレベルの１％未満に）。
細菌には、ノックアウトされた遺伝子の代わりにマーカー遺伝子（例えば、抗生物質耐性マーカー）が含まれる場合がある。
ＹＰＯ０１５４のノックアウト、ならびに、ＹＰＯ１１２１、ＹＰＯ１１２２、ＹＰＯ１１２３、ＹＰＯ１１２４、およびＹＰＯ１１２５を含むオペロンの１つ以上の遺伝子のノックアウトがそうであるように、第３および第４のグループのＹｅｒｓｉｎｉａ抗原のノックアウトと同様に、ＹＰＯ１０２５のノックアウトもまた可能である。重ねて、Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃｕｓの相同遺伝子は容易に同定することができる。
本発明によってはまた、上記ノックアウト細菌から得ることができるタンパク質小胞も提供される。これらの小胞は、細菌の増殖の間に培養培地に自発的に放出され得る。小胞には、脂質とタンパク質が含まれ、これは免疫原として有用である。小胞を含む組成物には、好ましくは、いずれの生存している細菌および／または完全な細菌も含まれない。
小胞には、好ましくは、第３の抗原のグループおよび／または第４の抗原のグループおよび／または第５の抗原のグループに由来する抗原が（例えば、表面に露出している形態で）含まれる。
動物モデル
防御効力についての抗原の事前のスクリーニングのためには、単純な動物モデルが有用である。例えば、参考文献８には、マウスのエアロゾルチャレンジモデルが開示されている。本発明により、抗原の、または新規の抗原処方物（例えば、新しいアジュバント、または新しい組み合わせ）の防御効力を迅速に評価するために有用である、新規の動物モデルが提供される。
本発明により、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物（例えば、本発明の組成物）の防御効力を評価するための方法が提供される。ここでは、この方法には、動物に組成物を予防接種する工程；動物から抗血清を回収する工程；抗血清をＹ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ細菌と共に補体の存在下でインキュベートする工程；および細菌の増殖を評価する工程が含まれる。
本発明によってはまた、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原を含む組成物（例えば、本発明の組成物）の防御効力を評価するための方法も提供される。ここでは、この方法には、抗血清を、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ以外のＹｅｒｓｉｎｉａ細菌と共に補体の存在下でインキュベートする工程（ここでは、抗血清は、組成物が予防接種された動物から得られる）；および細菌の増殖を評価する工程が含まれる。
動物は、好ましくは齧歯類（例えば、マウス）であり、そして好ましくは、同系交配された研究用のマウス株である。
Ｙｅｒｓｉｎｉａ細菌は、好ましくは、Ｙ．ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａである。
補体は、好ましくは、ウサギの補体である。
細菌の増殖の評価においては、通常は、細菌が、いずれの抗血清も存在しない条件下、またはネガティブ対照である抗血清の存在下のいずれかで増殖させられた、ネガティブ対照または参照試料との比較が行われるであろう。ネガティブ対照と比較された増殖の阻害（または細菌の死滅）の程度は、組成物の防御効力の程度を示す。同様に、防御性であることが公知である物質（例えば、抗血清）の存在下のいずれかで細菌が増殖させられた、ポジティブ対照または参照試料との比較が行われる場合もある。
対照の増殖は、本発明の方法と平行して行われる場合も、また、別々に行われる場合もある。
抗血清は、様々な稀釈で試験され得、そしてアッセイの結果が、増殖の阻害が起こらない稀釈として提供される。細菌活性が失われる手前の必要な稀釈の程度は、組成物の防御効力の程度を示す。
細菌の増殖工程は、３７℃未満、例えば、２５〜３２℃、または約２８℃で行うことができる。
一般論
抗原は、「ＹＰＯ」（または場合によっては「ＹＰＰＣＰ」）の命名法を参照して上記で定義される。この命名法は、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓのＣＯ９２株の中のオープンリーディングフレームの一意的識別のための、参考文献１６において使用されている番号付けを意味する。任意の「ＹＰＯ」または「ＹＰＰＣＰ」番号についての基本となる参照配列は、公的な遺伝子データベースにおいて容易に見ることができる。例えば、登録番号ＮＣ＿００３１４３（ＧＩ：１６１２０３５３）は完全なＣＯ９２ゲノム配列（４，６５３，７２８ｂｐ）であり、そして個々のＹＰＯ配列は、ゲノム配列の「特徴的な」部分の「遺伝子座＿タグ（ｌｏｃｕｓ＿ｔａｇ）」部分として提供される。同様に、ＮＣ＿００３１３２（ＧＩ：１６０８２６７９）はｐＰＣＰ１プラスミドの完全な配列であり、「遺伝子座＿タグ」領域は、ＹＰＰＣＰ数を提供する。したがって、任意の所定のＹＰＯまたはＹＰＰＣＰ数についてのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、明白に確立することができる。
「ＧＩ」番号もまた、上記で使用される。ＧＩ番号、すなわち、「ＧｅｎＩｎｆｏ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ」は、配列がそのデータベースに加えられた時にＮＣＢＩによって処理され記録された、個々の配列に対する連続して割り当てられる一連の数字である。ＧＩ番号には、記録された配列の登録番号に対する類似性はない。配列がアップデートされると（例えば、補正のため、またはさらに注釈もしくは情報を付け加えるため）、これには新しいＧＩ番号が与えられる。したがって、配列は、ＧＩ番号が与えられた配列は決して変わることはない。
本発明が「エピトープ」に関係する場合には、このエピトープはＢ細胞エピトープおよび／またはＴ細胞エピトープであり得る。そのようなエピトープは経験によって（例えば、ＰＥＰＳＣＡＮ［１８７、１８８］または同様の方法を使用して）同定することができるか、あるいは、それらは、（例えば、Ｊａｍｅｓｏｎ−Ｗｏｌｆ抗原性指数［１８９］、マトリックスをベースとするアプローチ［１９０］、ＴＥＰＩＴＯＰＥ［１９１、１９２］、神経ネットワーク［１９３］、ＯｐｔｉＭｅｒ ＆ ＥｐｉＭｅｒ［１９４、１９５］、ＡＤＥＰＴ［１９６］、Ｔｓｉｔｅｓ［１９７］、親水性［１９８］、抗原性指数［１９９］、または参考文献２００に開示されている方法などを使用して）予測することができる。エピトープは、抗体またはＴ細胞受容体の抗原結合部位によって認識され、それに結合する抗原の一部であり、これらはまた、「抗原性決定基」と呼ばれる場合もある。
複数の配列番号の変異体には、対立遺伝子変異体、多形形態、ホモログ、オルトログ、パラログ、突然変異体などが含まれる。
本発明のポリペプチドは、ＣＯ９２の参照配列と比較される場合があり、これには、１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）の保存的アミノ酸置換（すなわち、関連する側鎖を有している別のアミノ酸での１つのアミノ酸の置換）が含まれる。遺伝的にコードされるアミノ酸は、一般的には、４つのファミリーに分けられる：（１）酸性、すなわち、アスパラギン酸、グルタミン酸；（２）塩基性、すなわち、リジン、アルギニン、ヒスチジン；（３）非極性、すなわち、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン；ならびに、（４）電荷を有していない極性、すなわち、グリシン、アスパラギン、グルタミン、システイン（ｃｙｓｔｉｎｅ）、セリン、スレオニン、チロシン。フェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、芳香族アミノ酸としてまとめられる場合もある。一般的には、これらのファミリーの中の１つのアミノ酸の置換は、生物学的活性に対しては主要な影響は及ぼさない。ポリペプチドにはまた、ＣＯ９２の配列と比較して、１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）の１アミノ酸の欠失が含まれる場合もある。ポリペプチドにはまた、ＣＯ９２配列と比較して１つ以上（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個など）の挿入（例えば、それぞれが１個、２個、３個、４個、または５個のアミノ酸のもの）が含まれる場合もある。
抗原「ドメイン」が脱落している場合には、これには、シグナルペプチドの脱落、細胞質ドメインの脱落、膜貫通ドメインの脱落、細胞外ドメインの脱落などが含まれ得る。
用語「含む」には、「含まれる」さらには「からなる」が含まれ、例えば、Ｘを「含む」組成物は、Ｘだけから構成される場合も、また、場合によってはさらに別のものが含まれる（例えば、Ｘ＋Ｙ）場合もある。
用語「約」は、数値ｘに関しては、例えば、ｘ±１０％を意味する。
所望される場合には、抗原を、免疫原性を高めるために担体タンパク質に結合させることができる。
２つのアミノ酸配列の間での配列同一性の割合（％）の言及は、アミノ酸のこの割合（％）は、アラインメントされた場合に２つの配列の比較において同じであることを意味する。このアラインメントおよび相同性の割合（％）、または配列同一性は、当該分野で公知のソフトウェアプログラム（例えば、参考文献２０１のセクション７．７．１８に記載されているもの）を使用して決定することができる。好ましいアラインメントは、１２のギャップ開放ペナルティーと２のギャップ伸張ペナルティー、６２のＢＬＯＳＵＭマトリックスを用いるアフィンギャップ検索（ａｆｆｉｎｅ ｇａｐ ｓｅａｒｃｈ）を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同検索アルゴリズムは、参考文献２０２に開示されている。
抗原の同定
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓゲノムには、４０００を超えるオープンリーディングフレームが含まれ、その注釈には、有用な免疫原の同定に有用な情報が少し含まれている。これらの４００もの可能性のあるものから有用な免疫原を同定するためには、４種類のアプローチを利用した。最初に、ゲノムのコンピューターによる分析を使用して有用な免疫原を同定した。第２に、転写プロフィールを使用して、インビトロおよびインビボの増殖条件下で、そして、特に、２８℃から３７℃に温度を変化させた（これは、ノミから哺乳動物への自然界での宿主の変化を模倣する）後に、高度に発現される遺伝子を同定した。第３に、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）を使用して、主要な次亜種の典型である様々なＹ．ｐｅｓｔｉｓの臨床単離物の中で保存されている遺伝子を同定した［２０３］。第４に、表面削り（ｓｕｒｆａｃｅ ｓｈａｖｉｎｇ）および標識を使用して、表面に露出しているタンパク質を同定した（例えば、参考文献２０４）。
最初の３つのアプローチによって、約９０％のＯＲＦを排除した。残りの約４００のＯＲＦを、（ａ）殺菌性の免疫応答を誘導することができる抗原を同定するためのインビトロおよびインビボモデルにおけるスクリーニング、ならびに（ｂ）細胞性の局在化を確認するためのＦＡＣＳ分析およびウェスタンブロットを一緒に用いて、クローニング、精製、および予防接種試験のために選択した。抗原を、通常は、Ｅ．ｃｏｌｉにおいてＮ末端ＧＳＴ融合体として、またはＣ末端もしくはＮ末端ヘキサ−Ｈｉｓ融合体として発現させ、これにより、増幅させられたコード配列からは通常はシグナルペプチドが脱落し、細胞内発現が生じた。しかし、ＧＳＴまたはＨｉｓ融合パートナーを伴わない発現もまた可能である。３６０のＯＲＦをうまくクローニングでき、２つの融合形態のうちの少なくとも１つで発現させた。個々の組み換え体タンパク質を使用して、４匹のＣＤ１マウスのグループに予防接種した。
ＦＡＣＳ
マウスに由来する血清を、最後の予防接種の２週間後に回収し、精製した組換え体タンパク質、およびＹ．ｐｅｓｔｉｓの全抽出物の両方に対して免疫ブロット分析によって試験した。一般的には、全ての血清が、予防接種に使用した対応する組換え体タンパク質と、全細胞抽出物中の予想される分子量を有しているタンパク質種を特異的に認識した。ポリクローナル抗体の特異性を確認し、血清を、完全な細菌についてのフローサイトメトリー分析（ＦＡＣＳ）に使用して、３６０個の発現させた抗原のうちのどれがそれらの特異的抗体と相互作用するために十分に接近できるかを定義した。ＣＯ９２ ｐＬＣＲ−株はｐＭＴ１プラスミドを有しており、Ｆ１莢膜抗原を発現するので、抗Ｆ１抗原抗体をそれぞれの実験においてポジティブ対照として使用した。ＧＳＴタグ化タンパク質とＨｉｓタグ化タンパク質の多量のＥ．ｃｏｌｉ混入物に対して惹起させた抗血清を得、これを使用してＦＡＣＳポジティブ抗原の実験によるカットオフを定義した。
分析した３６０個の血清のうちのおよそ１５０個が、ネガティブ対照血清よりも高い蛍光値を生じ、これは、対応する抗原がＹ．ｐｅｓｔｉｓの表面上に露出していることを示している。これらの１５０個の抗原を、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓに対する防御活性についてさらに分析した。
Ｙｅｒｓｉｎｉａ表面のタンパク質分解および得られるペプチドの分析
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓの感染性の形態を細胞培養物の中で増殖させ、文献に記載されているように勾配遠心分離によって精製した。輸送緩衝液（ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ｂｕｆｆｅｒ）の中でおよそ１０７ＩＦＵをトリプシンで消化させた（短く切った）。制限消化は、２０μｇのトリプシン（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ，ＵＳＡ）を用いて、３７℃で３０分間行った。
消化混合物を、表面でのタンパク質分解によって解離させられたペプチドからＹｅｒｓｉｎｉａ細胞を分離するために、４℃で３０分間、１４，０００ｇでＥｐｐｅｎｄｏｒｆ遠心分離機の中で遠心分離した。トリプシン消化によって解離させられたペプチドを含む上清を、Ｃｅｎｔｒｉｃｏｎチューブの中で４℃での遠心分離によって残りの細胞から濾過した。濾液をギ酸（０．１％のギ酸、最終濃度）で処理し、解離させられたペプチドの同定、および結果としてのＹｅｒｓｉｎｉａ表面に露出しているタンパク質の同定のためのプロテオーム解析を行った。
２つの異なる実験プラットフォームを、ペプチドのクロマトグラフィーによる分離のために使用して、さらなる同定をタンデムな質量スペクトル分析（ＭＳ／ＭＳ）によって行った。
第１のプラットフォームにおいては、分析の前に、０．１％のギ酸中の２〜８０％のアセトニトリル（ＡＣＮ）の７分間の勾配を用いてオフラインＨＰＬＣによって塩を除去した。ペプチド画分を、Ｓｐｅｅｄ−ｖａｃ遠心分離機（Ｓａｖａｎｔ，Ｈｏｌｂｒｏｏｋ，ＮＹ）で濃縮し、さらなる分析まで−２０℃で維持した。ペプチドを２次元（２−Ｄ）ナノ−液体クロマトグラフィー（Ｄｉｏｎｅｘ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）によって分離した。１つ目の容器（ｆｉｒｓｔ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ）では、ペプチドを強酸性カチオン交換（ＳＣＸ）カラム（１０ｃｍ×３２０μｇ ｉ．ｄ．）上にロードし、５種類の塩濃度（０．０１、０．０５、０．１、０．５、および１ＭのＮａＣｌ）によって溶出させた。２つ目の容器（ｓｅｃｏｎｄ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ）では、Ｃ１８トラップカラム（ＰｅｐＭａｐ（登録商標）Ｃ１８μ−プレカラム、３００μｍ ｉ．ｄ．×１ｍｍ、Ｄｉｏｎｅｘ）を介してペプチドを逆相Ｃ１８分析用カラム（１５ｃｍ×７５μｍ ｉ．ｄ．、Ｃ１８ ＰｅｐＭａｐ１００ＴＭ、３μｍ、１００Å）によって分離した。ペプチドを、０．１％のギ酸中の８０％のＡＣＮの、５から５０％までの４５分間の勾配を用いて溶出させた。流速は３０ｎｌ／分とした。溶出物を、アセトン中のα−シアノ−４−ヒドロキシ桂皮酸（ｈｙｄｒｏｘｙｃｙｎｎａｍｉｃ ａｃｉｄ）の飽和溶液の薄層を用いて調製したＡｎｃｈｏｒ−Ｃｈｉｐ（登録商標）ＭＡＬＤＩ標的上に、Ｐｒｏｔｅｉｎｅｅｒ ＦＣロボットを使用して６０ｓおきに連続してスポットした。画分の回収後、スポットを、０．６μｌのエタノール／アセトン／０．１％のトリフルオロ酢酸（６：３：１）を用いて再結晶化させた。質量スペクトル分析を、Ｕｌｔｒａｆｌｅｘ ＭＡＬＤＩ ＴＯＦ−ＴＯＦ装置を用いて、ＷＡＲＰ ＬＣソフトウェアの制御下で自動で行った。
第２のプラットフォームにおいては、ペプチドを、ナノスプレー源を取り付けたＱ−ＴｏＦ Ｍｉｃｒｏ ＥＳＩ質量スペクトル計につないだＣａｐＬＣ ＨＰＬＣシステム上のナノ−ＬＣによって分離した。試料を、Ｃ１８トラップカラム（３００μｍ ｉ．ｄ．×５ｍｍ）を介してＡｔｌａｎｔｉｓ Ｃ１８ ＮａｎｏＥａｓｅカラム（１００μｍ ｉ．ｄ．×１００ｍｍ）上にロードした。ペプチドを、４００ｎｌ／分の流速で、９５％のＡＣＮ、０．１％のギ酸の２％から６０％までの５０分間の勾配を用いて溶出させた。溶出させたペプチドについて、ＭａｓｓＬｙｎｘソフトウェアを使用する自動データ依存性収集（ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ）プログラムを行った。いずれのプラットフォームについても、ペプチドの検索および同定を、ローカルデータベースのＭＡＳＣＯＴの認可されたバージョンを用いて、バッチモードで行った。
そぎ落とし（ｓｈａｖｉｎｇ）によって以下の抗原を同定した：ＹＰＯ１５０７、ＹＰＯ２６７４、ＹＰＯ４１１１、ＹＰＯ１４３５、ＹＰＯ００１５、ＹＰＯ２２９２、ＹＰＯ３３７５、ＹＰＯ３０５０、およびＹＰＯ０４９４。加えて、ＹＰＯ０５０１およびＹＰＯ０５０２を、基準となるシグナルペプチドが欠けている表面成分として同定し、これは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏでの分析を使用しては予想することはできなかった。
細菌表面のビオチニル化
表面タンパク質を、細菌表面のビオチニル化、細菌の断片化、およびその後のビオチニル化されたタンパク質の単離によって得た。その後、これらのタンパク質をゲル上で分離させ、切り出し、そしてトリプシン消化を行った。その後、ペプチドの質量のフィンガープリントを使用して、タンパク質の断片を同定した。この技術によって以下の抗原を同定した：ＹＰＯ１０５２、ＹＰＯ１９０６、ＹＰＯ０６６３、ＹＰＯ１４３５、ＹＰＯ１２２２、ＹＰＯ１４１１、ＹＰＯ２９０５、ＹＰＯ４９０５、ＹＰＯ４０７０、およびＹＰＰＣＰ１．０７。
免疫原の使用のために選択したＯＲＦ
これらの様々な分析によって、以下の同定に至った：ＹＰＯ００１５、ＹＰＯ００６７、ＹＰＯ００８６、ＹＰＯ０１０２、ＹＰＯ０１９５、ＹＰＯ０２０３、ＹＰＯ０２１６、ＹＰＯ０２３３、ＹＰＯ０３５１、ＹＰＯ０４６８、ＹＰＯ０５０１、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５６３、ＹＰＯ０５７０、ＹＰＯ０８０９、ＹＰＯ０８１９、ＹＰＯ０８６０、ＹＰＯ１０５３、ＹＰＯ１０７０、ＹＰＯ１１２３、ＹＰＯ１４１１、ＹＰＯ１４３５、ＹＰＯ１５０７、ＹＰＯ１６０４、ＹＰＯ１７４６、ＹＰＯ２２９２、ＹＰＯ２３４２、ＹＰＯ２６１５、ＹＰＯ２６７４、ＹＰＯ２８８１、ＹＰＯ３０５０、ＹＰＯ３０６１、ＹＰＯ３０６５、ＹＰＯ３３４３、ＹＰＯ３３６１、ＹＰＯ３３８２、ＹＰＯ３４３０、ＹＰＯ３４８９、ＹＰＯ３５３６、ＹＰＯ３５５９、ＹＰＯ３６３１、ＹＰＯ３６４３、ＹＰＯ３６４４、ＹＰＯ３９３５、ＹＰＯ４００３、およびＹＰＯ４１１１。これらの４７個の抗原を、様々な技術を使用してさらに特性決定した。
機能についての実験
様々な抗原を、ＣＯ９２ ｐＬＣＲ−細胞に対して、ヒトの単球を使用してオプソニン食作用アッセイにおいて試験した。アッセイは、活性な補体と不活性な補体の両方を使用して行った。これによって、ＴＦＮγで活性化させられた単球によるＹ．ｐｅｓｔｉｓの食作用を増大させる抗体の能力が測定される。このアッセイを使用する合理性は、Ｖ抗原に対する抗血清が、マクロファージによる細菌の食作用を促進することが示されていることである［２０５、２０６］。したがって、オプソニン食作用はＹ．ｐｅｓｔｉｓ感染に対する防御の重要な機構であるようである。
アッセイにしたがって、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ｐＬＣＲ−細菌を、試験タンパク質に対して惹起させたそれぞれの血清と共にインキュベートし、続いて、Ｍｏｎｏｍａｃ ６細胞株（５０Ｕ／ｍｌのＩＦＮ−γで２日間予め刺激した）とともにインキュベートした。１時間のインキュベーション後、単球の表面に付着している細菌を抗生物質での処理によって死滅させ、インターナライズされた細菌の数を、１％のサポニンでの細胞の溶解後にコロニーをカウントすることによって決定した。
簡単に説明すると、このアッセイのプロトコールは以下である：９６ウェルプレートの中での細菌の様々な血清との混合（５．５μｌの稀釈していない血清を含む１６０μｌの細菌）、および３７℃で３０分間の攪拌（１２０ｒｐｍ）下でのインキュベーション；オプソニン化後に、細菌を細胞に直接加え（すなわち、洗浄工程を行わない）；２０μｌのそれぞれの試料を単球（６０μｌの培地の中に再懸濁した）を含むプレートに加え；２０μｌの補体を加え；３７℃で１時間、そして５％のＣＯ２を含むインキュベーターの中で３７℃で２０時間インキュベートし；１００μｌの２％のサポニン（ｋａｎを含まないＲＰＭＩの中に稀釈した）を加えることによって全ての細菌を評価し；そして３７℃で１５分間放置し、その後、１０−２および１０−３でプレートし；「ｕ底」の９６ウェルプレートの中に全量（１００μｌ）を移すことによってインターナライゼーションを評価し、ペレットを１００μｌのゲンタマイシン２００μｇ／ｍｌとともに再懸濁し、そして３７℃で１時間インキュベートし、１ウェルあたり２０μｌの培地で１回洗浄し、１００μｌの１％のサポニン（ｋａｎを含まないＲＰＭＩの中に稀釈した）を加え、そして３７℃で１０〜１５分間放置し、その後、混合した。
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ｐＬＣＲ−細菌を、完全な細菌およびＦ１タンパク質（ポジティブ対照）に対する血清でオプソニン化した場合には、Ｍｏｎｏｍａｃ ６細胞株の食作用能力の４０倍および１００倍の増大が、免疫前血清に関してそれぞれ観察された。したがって、食作用細胞による細菌の取り込みを増大させることができる血清の検索において、ＯＰＡアッセイを使用して、ＦＡＣＳ−ポジティブ抗原に特異的な抗血清をスクリーニングした。
３７℃での３時間の増殖を用いた実験の第１のセットによる結果を図１に示し、これは、使用した抗血清に対する食作用（倍数増加）として表した。３７℃で一晩の増殖を用いた実験の第２のセットによる結果を図２に示す。抗原の多くは、食作用の増大を導く血清応答を誘導することができた。以下の２１個の抗原に対して惹起させられた抗血清が最良の結果を生じた：ＹＰＯ４００３、ＹＰＯ３０６１、ＹＰＯ３５５９、ＹＰＯ３３８２、ＹＰＯ０８６０、ＹＰＯ００８６、ＹＰＯ３６３１、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ３４８９、ＹＰＯ２８８１、ＹＰＯ３３４３、ＹＰＯ３３６１、ＹＰＯ０５６３、ＹＰＯ３４３０、ＹＰＯ１４１１、ＹＰＯ３９３５、ＹＰＯ０８０９、ＹＰＭＴ１．８４、ＹＰＯ１１２３、ＹＰＯ３０６５、およびＹＰＯ１０７０。ＹＰＭＴ１．８４（例えば、Ｆ１抗原）をこのグループに含めることは、有用な確証的なポジティブ対照である。
食作用ポジティブである血清を、ｐＬＣＲ−株であるＣＯ９２に対して、３人のドナーに由来する血液を使用して血液細胞により細菌の死滅を誘導するそれらの能力について試験した。このアッセイでは、細菌細胞を、抗原特異的抗血清とともに３０分間インキュベートし、続いて、４人の異なる健常なドナー（２６歳から６５歳の年齢の範囲）に由来するヒトの血液に曝した。細菌の死滅を誘導する血清の能力を、３時間の間、様々な時点で３７℃で評価した。これらの実験条件下では、免疫前血清とのインキュベーションによっては血液中での細菌の増殖を防ぐことはできなかったが、抗Ｆ１タンパク質血清とのインキュベーションによっては、４つの血液試料のうちの３つにおいて、３時間のインキュベーション後に生存している細菌の１ ｌｏｇ１０を超える減少が生じた。
簡単に説明すると、このアッセイのプロトコールは以下のとおりである：１０μｌ（およそ１０００ＣＦＵ）のＹ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２ ＬＣＲ−ｐｇｍ−細菌を１０μｌの血清（５６℃で３０分間、除補体（ｄｅｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔｅｄ）させた）とともに３７℃で３０分間インキュベートし（「血清を含まない」対照試料には、抗生物質を含まない、１０μｌのＲＰＭＩ、１０％のＦＣＳを使用した）；ヘパリン（２００μｌのヘパリン「ｌｉｑｕｅｍｉｌ」／１０ｍｌの血液）を含む８０μｌの血液を添加し；０時点でマイクロタイタープレートの中で、２０μｌのＲＰＭＩ−１０％のＦＣＳ−ｇｌｎ−抗生物質なしの中に２０μｌを稀釈し（１：２）、そして１００、１０−１、１０−２、１０−３希釈物（２０μｌ）をプレートし；３７℃でプラットフォームを震盪させ、ピペッティングによって１時間後に混合し；プレーティングのために２０μｌを取り出し、そして震盪させているプラットフォームの中でインキュベーションを継続し；２時間後に再び混合し、そして震盪させているプラットフォーム上でのインキュベーションを続け；１時間後および３時間後のプレートし；先と同様に稀釈し（１：２）、そして１００、１０−１希釈物（２０μｌ）をプレートした。
結果を、免疫前血清と比較して、死滅した細菌の割合（％）として、図３（１時間でのアッセイ）および図４（３時間でのアッセイ）に示す。最も良い結果は、ＹＰＯ４００３、ＹＰＯ１６０４、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５６３、およびＹＰＯ３４８９を用いた場合に見られた。
死滅を、ヒトの血液を用いて、ＣＯ９２ ｐｇｍ−株とｐＬＣＲ−株の間で比較した。結果を図５に示す。最も良い結果は、ＹＰＯ０５１２、ＹＰＯ０５６３、およびＹＰＯ３４８９を用いた場合に見られた。これらの抗原に対して惹起させた血清は、抗Ｆ１抗血清を用いて観察されるレベルに匹敵するレベルで、３つの血液試料の全てにおいて細菌の死滅を促進した。具体的には、タンパク質ＹＰＯ０５１２およびＹＰＯ０５６３に対する血清は、試験した４つの血液試料の全てにおいてＹ．ｐｅｓｔｉｓを死滅させた。したがって、Ｆ１抗原よりもはるかにうまく機能した。注目すべきは、これらの２つの血清もまた、ヒトドナーのうちの１人の血液中で試験した際には、ほとんど弱毒化されていないＣＯ９２ ｐｇｍ−ｐｓｔ−株（１０２ｋｂの色素沈着遺伝子座が欠失させられたＣＯ９２由来の変異体）を死滅させることができたことである。
結論として、これらの機能についての実験により、Ｆ１に加えて、インビトロで食作用を促進する抗体を誘発することができる抗原の数が明らかになった。２つの既知の防御抗原（Ｖ抗原［２０６］およびＦ１抗原）に対する血清もまた食作用特性を有していることを考慮すると、同定された抗原は、抗Ｙ．ｐｅｓｔｉｓワクチンに含めるための非常に魅力的な候補である。さらに、５つの抗原（特に、ＹＰＯ４００３、ＹＰＯ１６０４、およびＹＰＯ３４８９）は、食作用を刺激することに加えて、ヒトの血液の存在下で実質的な細菌の死滅をも促進する血清を誘発する。
さらなる実験によって、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ｐＬＣＲ−細菌を、完全な細菌に対する血清、およびＦ１タンパク質に対する血清（ポジティブ対照）でそれぞれオプソニン化した場合には、免疫前血清に関するＭｏｎｏｍａｃ ６細胞株の食作用能力の５５倍および７０倍の増大が明らかになった。
さらなる実験によって、以下の２３個の抗原が、食作用の増大を導く特に良好な血清応答を誘導したことが明らかになった：ＹＰＯ４００３、ＹＰＯ１６０４、ＹＰＯ３０６１、ＹＰＯ００６５、ＹＰＯ３３８２、ＹＰＯ０８６０、ＹＰＯ００８６、ＹＰＯ１１２３、ＹＰＯ１２２４、ＹＰＯ３６３１、ＹＰＯ３５７９、ＹＰＯ３５５１、ＹＰＯ３５５３、ＹＰＯ０４９６、ＹＰＯ３４８９、ＹＰＯ２８８１、ＹＰＯ３０６５、ＹＰＯ１０７０、ＹＰＯ２５０６、ＹＰＯ１４１１、ＹＰＯ３９８２、ＴＰＯ０８０９、およびＹＰＯ３９３５（図１１を参照のこと）。上記のように、ＹＰＭＴ１．８４（Ｆ１抗原）を含めることは、確証的なポジティブ対照としてである。
ＦＡＣＳ−ポジティブである血清を、細菌の死滅を誘導するそれらの能力について試験した。細菌細胞を、抗原特異的血清と共にインキュベートし、その後、５人の様々な健常なドナーに由来するヒトの血液に曝した。免疫前血清とのインキュベーションによっては、血液中での細菌の増殖を防ぐことはできなかったが、抗Ｆ１タンパク質血清とのインキュベーションによって、試験した５つの血液試料のうちの３つにおいて生存している細菌の１ ｌｏｇ１０を超える減少が生じた。結果を図１２、６、および１０に、免疫前血清と比較した死滅した細菌の割合（％）として示す（上記と同じプロトコール）。最も良い結果は、ＹＰＯ４００３、ＹＰＯ１６０４、およびＹＰＯ３４８９を用いた場合に見られた。
さらなる実験
抗原のインビボでの防御活性の特異性を確認するために、抗原をコードする遺伝子をＹ．ｐｅｓｔｉｓ株から欠失させ、オプソニン食作用および／または死滅アッセイを、ノックアウト株に対して繰り返し行った。ノックアウト株は、血清のオプソニン食作用活性／死滅活性に対して鈍感であろうと予想した。Ｙ，ｐｅｓｔｉｓ変異体は、原則として、以前に記載された［１８６］とおりに作成されるであろう。簡単に説明すると、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２ ｐＬＣＲ−弱毒化株を、ａｒａ誘導性プロモーターの制御下にあるλファージＲｅｄリコンビナーゼ［２０７］とトリメトプリン（ｔｐ）耐性カセットを有しているプラスミドで形質転換した。アラビノース誘導性Ｒｅｄリコンビナーゼの存在が原因で高い組み換え頻度を有しているプラスミドを有している誘導体を、遺伝子変異体のレシピエントとして使用した。変異体の構築には、欠失させる遺伝子の上流と下流の５００ｂｐの領域を、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２ゲノムＤＮＡから増幅させ、ＰＣＲによってカナマイシン耐性カセットのいずれかの側に融合させた。得られたＰＣＲ産物を使用してｔｐ耐性Ｙ．ｐｅｓｔｉｓコンピテント細胞を形質転換し、ポジティブクローンを、ｋｍとｔｐを含むＢＨＩプレート上で同定した。遺伝子の欠失を、得られたｔｐｒ−ｋｍｒクローンのゲノムＤＮＡについてのＰＣＲによって確認した。最終的には、変異体は、Ｔｐを含まないＢＨＩプレート上での継代を繰り返すことにより、λファージＲｅｄリコンビナーゼをコードするプラスミドが回復する。欠失させた遺伝子に対応するタンパク質の発現がないことを、ウェスタンブロットおよび／またはＦＡＣＳ分析によって確認した。
ノックアウト変異体はまた、ノックアウトさせた遺伝子の生物学的役割を解明するためにも有用である。
それらのインビトロでの機能的活性の分析に加えて、抗原を、ＢＬ４施設においてエアロゾルチャレンジのマウスモデルを使用して、インビボでそれらの防御活性について試験した。
予防接種実験
抗原を、本発明の組成物を得るための組み合わせのために選択した。ＢＡＬＢ／ｃマウスを、以下のように９個のグループに分け、そして予防接種した：
Figure 2009515831
 マウスを２週間の間隔で予防接種した。最後の予防接種の２週間後または３週間後に、全てのマウスに、適切なＹ．ｐｅｓｔｉｓ株をチャレンジした。粘膜免疫（例えば、鼻腔内）を使用した場合には、動物モデルには、粘膜の免疫原の防御効果を試験するために、粘膜からもまたチャレンジした。チャレンジの直前に、投与した抗原に対する抗体力価を決定するために、マウスを採血した。
ＩｇＧサブタイプとＩｇＧ１／ＩｇＧ２Ａサブタイプの合計は、完全な細胞に対する、および精製した組み換え体タンパク質に対するＥＬＩＳＡアッセイを使用することによって、様々な予防接種レジュメによって得られたマウスの血清の中で測定することができる。さらに、予防接種したマウスから単離した脾臓細胞および／またはＰＢＭＣの中の抗原特異的ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔｈ−細胞の評価は、多パラメーターＦＡＣＳ分析によって行うことができ、抗原特異的Ｔ細胞のサイトカイン発現プロフィールを評価することができる。特に、ＩＦＮ−γおよびＩＬ−５の生産は、精製した抗原および／または完全なＹ．ｐｅｓｔｉｓ細胞でのＴ細胞のインビトロでの刺激後に測定することができる。加えて、個々の抗原／ワクチン処方物を予防接種したマウスに由来する脾臓細胞および／またはＰＢＭＣは、最後の予防接種の用量の１０〜１２日後に回収され得、そして完全なＹ．ｐｅｓｔｉｓ細菌で刺激され得る。刺激の４時間後に、Ｂｒｅｆｅｌｄｉｎ Ａが、その後の１２時間をかけて細胞に加えられて、サイトカインの分泌がブロックされる。その後、細胞が固定され、ＩＦＮ−γおよびＩＬ−５を発現しているＹ．ｐｅｓｔｉｓ特異的Ｔ細胞を検出するために抗体で染色される。
マウスのチャレンジのために、伝染性の強い細菌は、０．２％のキシロースを含む心臓注入液（ｈｅａｒｔ ｉｎｆｕｓｉｏｎ ｂｒｏｔｈ）（ＨＩＢ）の中で３０℃で増殖させられるであろう。細菌を遠心分離によって回収し、再懸濁させ、そしてチャレンジ接種のためにＨＩＢの中に段階稀釈した。ＢＡＬＢ／ｃマウスを、Ｃｌａｓｓ ＩＩＩバイオキャビネットの中に含まれる１μｍ−ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ Ｃｏｌｌｉｓｉｏｎネブライザーを使用してチャレンジした。マウスを、温度および湿度が制御されているｗｈｏｌｅ−ｂｏｄｙ暴露室で暴露させた。エアロゾルを、ＨＩＢを含む全てがガラス製のインピンジャー（ｉｍｐｉｎｇｅｒ）（ＡＧＩ）によって継続してサンプリングした。吸入量は、Ｇｕｙｔｏｎ［２０８］によって決定された式にしたがって、ＡＧＩ試料の段階稀釈物および培養物から決定した。マウスを、暴露後３０日間、毎日観察した。これらの最初の実験のために、伝染力の強いＣＯ９２株を、１００ＬＤ５０単位の用量で、チャレンジのために使用した。
外膜小胞
外膜小胞を、液体培養物の中での増殖の間に、多種多様なグラム陰性細菌によって生産させた。ＯＭＶが作成される機構は完全には解明されていないが、これらは、小胞を形成する傾向がある細菌膜の自発的な解離を示すようである。一般的には、解離されるＯＭＶの量は非常に少ない。しかし、膜および細胞壁のアセンブリに関係している複数のタンパク質における欠損は、ＯＭＶの生産に好ましいこと（ｆａｖｏｕｒ）が報告されている。具体的には、主要なリポタンパク質（Ｌｐｐ）のＥ．ｃｏｌｉ変異体においては、Ｔｏｌ−Ｐａｌシステムの５つのタンパク質のうちの任意のものが、培養上清中のＯＭＶの蓄積を促進する。Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｅｎｔｅｒｉｃａにおいては、ＤＮＡアデニンメチラーゼ（Ｄａｍ）変異体が、Ｐａｌ、ＴｏｌＢ、ＯｍｐＡ、およびＬｐｐの量の減少を示し、そしてＤａｍメチル化が生じないことの結果として、ＯＭＶが培養培地に放出される。Ｅ．ｃｏｌｉ ｍｌｔＡに相同な溶解性のトランスグリコシラーゼをコードするＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ ｇｎａ３３遺伝子の欠失によっては、大量の小胞が生じる。Δｇｎａ３３ Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ変異体に由来する小胞は、強い抗体媒介性の防御活性を誘発する。
この髄膜炎菌の作用と一致して、Ｔｏｌ−Ｐａｌシステムホモログ（ＹＰＯ１１２１−１１２５オペロン）をコードするＹ．ｐｅｓｔｉｓ遺伝子である、ＤＮＡアデニンメチラーゼホモログ（ＹＰＯ０１５４）、およびＧＮＡ３３ホモログ（ＹＰＯ０１０２５）をノックアウトさせ、そして変異体を、小胞を放出するそれらの能力について試験した。その後、小胞を、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ感染に対してマウスを防御するそれらの能力について試験した。
３型分泌機構
Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ遺伝子クラスターＹＰＯ０４９９〜ＹＰＯ０５１６は、他の生物体の同様の機構との相同性の理由から、３型分泌機構の一部であると本明細書中で仮定される。多数のこれらのタンパク質はまた表面に露出しており、したがって、免疫応答を惹起させるために有用である。
ＹＰＯ０５１０およびＹＰＯ０５１４を除き、このクラスターの遺伝子を全てクローニングし、精製した。抗血清もまた、これらのタンパク質のほとんどに対して惹起させた。得られた抗血清を、２８℃で一晩（Ｏ／Ｎ）、３７℃でＯ／Ｎ、および２８℃でＯ／Ｎ、続いて３７℃で２時間増殖させたＹ．ｐｅｓｔｉｓの全タンパク質抽出物に対するウェスタンブロットによって試験した。ウェスタンブロット分析はまた、ヒト細胞との相互作用がタンパク質発現レベルに影響を与えるかどうかを評価するために、ヒトＪ７７４．１マクロファージ細胞株の存在下またはそれが存在しない条件下でも行った。表１に示すように、マイクロアレイのデータ（表２を参照のこと）と一致して、一般的には、タンパク質は、３７℃ではなく、２８℃で最も高い発現を示した。いくつかの場合には、タンパク質は、両方の温度で高く発現された（ＹＰＯ０４９９、ＹＰＯ０５０２、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０８、およびＹＰＯ０５０９）。
その後、ウェスタンブロット分析を行って、マウスのマクロファージ細胞株とのＹ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２の相互作用がクラスターの成分の分泌を誘導することができるかどうかを確認した。ＢＨＩ培地中で２８℃または３７℃で一晩増殖させた細菌を、１日後に１：２０に稀釈し、同じ温度で、または２８℃から３７℃に変更して、Ｏ．Ｄ．６００＝０．４（＝対数期）に達するまで増殖させた。細菌を、３，５００ｇで１０分間の遠心分離によって回収し、ＤＭＥＭ高グルコース＋２％のＦＣＳ中で１回洗浄し、そして同じ細胞培地に再懸濁した。その後、細菌を、６ウェルプレートの中で、１×１０６細胞／ウェルの密度でプレートしたマウスのマクロファージ細胞株Ｊ７７４．１に、１０：１（細菌：細胞）のＭ．Ｏ．Ｉ．で加えた。細胞を含まないプレートの中でインキュベートした細菌もまた、並行して準備した。２５０ｇで５分間の遠心分離の後、プレートを３７℃、５％のＣＯ２で３０分間インキュベートした。細菌を遠心分離によって回収し、ＬＳＢ１Ｘの中に溶解させた；細菌から分離した上清をＴＣＡで沈殿させた。細胞の単層をＰＢＳ＋０．１％のｔｒｉｔｏｎ Ｘの中で溶解させた。試料を、クラスターに属する７つのタンパク質（＝ＹＰＯ０４９９〜０５００〜０５０１〜０５０２〜０５０３〜０５０５〜０５０６）とネガティブな溶解対照（＝ＹＰＯ０２１３、リボソームタンパク質）に対する抗血清を用いて、ウェスタンブロットにおいて試験した。上清の中で検出された唯一のタンパク質は、ＹＰＯ０５０２であった（図７を参照のこと）。
ＹＰＯ０５０２の構造の予想にしたがって、このタンパク質は宿主細胞の浸透性を変化させることにおいて役割を担うことができるとの仮説を立てた。このタンパク質が細菌の上清の中に分泌されるという事実は、この仮説を強固にする。これを確認するために、真核生物細胞と相互作用するタンパク質の能力を評価した。この目的のために、精製した組み換え体タンパク質を、様々な濃度のＪ７７４．１細胞の存在下でインキュベートした。Ｊ７７４．１表面に結合するＹＰＯ０５０２の能力を、特異的抗血清を使用する細胞内染色によって評価した。ネガティブ対照として、無関係なタンパク質（２６３４＿Ｈｉｓ）をアッセイに含めた。以下の方法を使用した。Ｊ７７４細胞を、２×１０６細胞／ウェルの濃度で１２ウェルプレートに播種し、３７℃、５％のＣＯ２でインキュベートした。２４時間のインキュベーションの後、組み換え体０５０２＿Ｈｉｓおよび２６３４＿Ｈｉｓの精製した調製物を、０、５、または１２μｇ／ｍｌの最終濃度で細胞に添加し、さらに１時間インキュベートした。０μｇ／ｍｌの０５０２＿Ｈｉｓについての対照として、細胞を、１２μｇ／ｍｌの２６３４＿Ｈｉｓと共にインキュベートした（そして逆に、０μｇ／ｍｌの２６３４＿Ｈｉｓ細胞を、１２μｇ／ｍｌの０５０２＿Ｈｉｓとともにインキュベートした）。その後、細胞をＰＢＳで洗浄し、そして２％のパラホルムアルデヒドで固定した（室温で１５分間）。次いで、細胞を透過溶液（ｐｅｒｍｉｅａｂｉｌｉｚｉｎｇ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）（ＰＳ：１％のウシ血清アルブミンおよび０．５％のサポニンを含むＰＢＳ）で透過化させた（室温で２０分間）。透過化の後、細胞をＰＳで洗浄し、ＰＳ中の２０％のウサギ血清と共に室温で１０分間、続いて、ＰＳ中の０５０２＿Ｈｉｓまたは２６３４＿Ｈｉｓ（１：２００）のいずれかに対して惹起させた抗マウス血清とともに室温で３０分間インキュベートした。その後、細胞をＰＳで洗浄し、続いて、二次抗体である（１：３００）Ｒ−Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ−ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅ Ｆ（ａｂ’）２ Ｆｒａｇｍｅｎｔ Ｇｏａｔ Ａｎｔｉ−Ｍｏｕｓｅ ＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．＃１１５−１１６−０７２）とともに室温で３０分間インキュベートした。１％のＢＳＡを含むＰＢＳでの洗浄後、試料を、ＦＡＣＳＣａｎｔｏ装置（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用して分析した。この分析により、ＹＰＯ０５０２がＪ７７４．１細胞に結合できることが明らかになった（図８を参照のこと）。
クラスターの様々なタンパク質を、それらの抗原性能力について試験した。クラスターの様々な抗原に特異的な抗血清を、ヒトの血液を用いたインビトロでの殺菌アッセイを使用して試験した。この分析により、ＹＰＯ０４９９抗血清（ｎａｔｉｓｅｒｕｍ）が、様々なドナーに由来する血液の存在下でＹ，ｐｅｓｔｉｓを死滅させることができることが明らかになった（図９を参照のこと）。さらに、ＹＰＯ０５０５、ＹＰＯ０５０２、およびＹＰＯ０５０１は、機能性の抗体を誘導することもできた（データは示さない）。
本発明は、例によって記載されているに過ぎず、変更を本発明の範囲および精神の中に留めたまま行うことができることが理解されるであろう。
配列表の簡単な説明
Figure 2009515831
 表１：３７℃で一晩の増殖、２８℃で一晩の増殖、または２８℃で一晩、その後３７℃で２時間の増殖後の様々なタンパク質の表面発現。ａ：Δ平均値は免疫血清と免疫前血清の間の差である；ｂ：精製したタンパク質の不溶性調製物に対して惹起させた血清；そして、ｃ：ＧＳＴを可溶性ＧＳＴ融合体のネガティブ対照として使用した。
Figure 2009515831
 表２：様々な温度での様々なタンパク質の発現プロフィールを決定するためのマイクロアレイ実験の結果
Figure 2009515831
 参考文献（これらの内容が、参考としてその全体が本明細書に援用される）
Figure 2009515831
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図１は、オプソニン食作用アッセイ（ｏｐｓｏｎｏｐｈａｇｏｃｙｔｏｓｉｓ）の結果を示す。２つの棒はそれぞれのアッセイを示す：左側は活性な補体を用い、そして右側は不活性な補体を使用した。Ｙ軸は、食作用の倍数増加を示し、Ｘ軸は抗血清を誘発させるために使用した抗原を示す。 図２は、オプソニン食作用アッセイ（ｏｐｓｏｎｏｐｈａｇｏｃｙｔｏｓｉｓ）の結果を示す。２つの棒はそれぞれのアッセイを示す：左側は活性な補体を用い、そして右側は不活性な補体を使用した。Ｙ軸は、食作用の倍数増加を示し、Ｘ軸は抗血清を誘発させるために使用した抗原を示す。 図３は、殺菌アッセイの結果を示す。細菌の死滅は、０の時点と３時間でのコロニー形成単位（ｃｆｕ）の差を示している。 図４は、殺菌アッセイの結果を示す。細菌の死滅は、０の時点と３時間でのコロニー形成単位（ｃｆｕ）の差を示している。 図５は、殺菌アッセイの結果を示す。細菌の死滅は、０の時点と３時間でのコロニー形成単位（ｃｆｕ）の差を示している。図５においては、黒色の棒はｐＬＣＲ−株についてのデータであり、灰色の棒は、ｐｇｍ−ｐｓｔ−株についてのデータである。 図６は、ヒトの血液を用いた血清の殺菌アッセイを示す。Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ ＣＯ９２ ｐＬＣＲ−ＢａｃｔｅｒｉａをＢＨＩ中で３７℃で増殖させたＯＮ培養物から再度接種し、ＯＤ６００＝０．４になるまで約４時間、３７℃でインキュベートした。細菌を、３７℃で３０’、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原に特異的なマウスの抗血清（１０μｌ）（表において報告する）でオプソニン化させ、続いて、５人の異なる健常なドナーの血液（８０μｌ）とともに、３７℃、６％のＣＯ２でインキュベートした。コロニーのカウントを、０時間と、血液との３時間のインキュベーション後に行った。全ての試料は２連とした。細菌の死滅を、０時間とおよび３時間での、ｌｏｇ１０として表したコロニー形成単位（ｃｆｕ）の差を決定することによって評価した。 図７は、ＹＰＯ０５０２の分泌を示しているウェスタンブロットを示す。Ａ：血清抗ＹＰＯ０５０２（１９ＫＤａ）、Ｂ：血清抗ＹＰＯ０５０３（１７ＫＤａ）、およびＣ：血清抗ＹＰＯ０２１３（３０ＫＤａ）。レーン１〜１３は以下のとおりである：（１）細菌抽出物、２８℃；（２）細胞溶解物、２８℃；（３）細菌抽出物、２８−３７℃に切り替え；（４）細胞溶解物、２８−３７℃に切り替え；（５）細菌抽出物、３７℃；（６）細胞溶解物、３７℃；（７）細菌上清、２８℃；（８）細胞上清、２８℃；（９）細菌上清、２８−３７℃に切り替え；（１０）細胞上清、２８−３７℃に切り替え；（１１）細菌上清、２８℃；（１２）細胞上清、２８℃；および（１３）細胞上清。 図８は、Ｊ７７４細胞との０５０２＿Ｈｉｓ（Ａ）および２６３４＿Ｈｉｓ（Ｂ）の結合を示す。細胞を、ネガティブ対照としての、０μｇ／ｍｌ、５μｇ／ｍｌ、または１２μｇ／ｍｌの組み換え体０５０２＿Ｈｉｓまたは２６３４＿Ｈｉｓとともに１時間インキュベートした。結合およびインターナライゼーションを、個々のそれぞれのタンパク質に対して惹起させた抗マウス血清を使用して、直接的な免疫蛍光によって定量した。 図９は、細菌の死滅を誘導するための０４９９＿ＧＳＴに対して惹起させた血清の能力を示す。 図１０は、ヒトの血液を用いた血清の殺菌アッセイを示す（図６と同じプロトコール）。 図１１は、ヒトのプロ−骨髄単球性Ｍｏｎｏｍａｃ ６細胞株を用いたオプソニン食作用アッセイを示す。Ｍｏｎｏｍａｃ ６細胞を、３７℃、６％のＣＯ２で、ＲＰＭＩ−１０％のＦＣＳ中で二次培養し、５０Ｕ／ｍｌのＩＦＮ−γで２日間刺激し、そして９６ｗプレートに分配した（４×１０５細胞／ウェル）。感染のために、細菌を、ＯＤ６００＝０．４になるまでＢＨＩ中で３７℃で増殖させた。細菌を、３７℃で３０’、特異的なもの（１：３０稀釈）でオプソニン化させ、細胞あたり１細菌の感染多重度（ＭＯＩ）で細胞に添加した。オプソニン化していない細菌、ならびに、Ｐｒｅ−Ｉｍｍｕｎｅ血清およびＩＭＡＣ−精製によって得られたＥ．ｃｏｌｉ混入タンパク質に対する抗血清に対する血清でオプソニン化した細菌を、アッセイのネガティブ対照として含めた。３７℃で１時間のインキュベーションの後、結合していない細菌を、十分な洗浄によって除去し、依然として強く結合している（ｅｘｔｅｒｎｏｔ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄｌｌｙ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）細菌を、２００μｇ／ｍｌのゲンタマイシンとの１時間のインキュベーションによって死滅させた。細胞内細菌を、１％のサポニンでの細胞溶解後に、生存している数をカウントすることによって測定した。全ての試料は３連とした。それぞれの試料について、食作用の割合（％）を、オプソニン化されていない細菌と比較して評価した。 図１２は、ヒトの血液を用いた血清の殺菌アッセイを示す（図６と同じプロトコール）。

Claims (40)

  1. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、およびＹＰＯ０４９９抗原からなる群より選択される２つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  2. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、ＹＰＯ００６５抗原、ＹＰＯ００８６抗原、ＹＰＯ０４９６抗原、ＹＰＯ０４９９抗原、ＹＰＯ０５０１抗原、ＹＰＯ０５０２抗原、ＹＰＯ０５０５抗原、ＹＰＯ０８０９抗原、ＹＰＯ０８６０抗原、ＹＰＯ１０７０抗原、ＹＰＯ１１２３抗原、ＹＰＯ１２２４抗原、ＹＰＯ１４１１抗原、ＹＰＯ１６０４抗原、ＹＰＯ２５０６抗原、ＹＰＯ２８８１抗原、ＹＰＯ３９３５抗原、ＹＰＯ３０６１抗原、ＹＰＯ３０６５抗原、ＹＰＯ３３８２抗原、ＹＰＯ３４８９抗原、ＹＰＯ３５５１抗原、ＹＰＯ３５５３抗原、ＹＰＯ３５７９抗原、ＹＰＯ３６３１抗原、ＹＰＯ３９８２抗原、ＹＰＯ４００３抗原、ＹＰＯ３９８７抗原、ＹＰＯ１３５４抗原、ＹＰＯ２１９０抗原、およびＹＰＯ３４１７抗原からなる群より選択される２つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  3. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；および（３）ＹＰＯ３４８９抗原からなる群より選択される２つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  4. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；および（５）ＹＰＯ１６０４抗原からなる群より選択される２つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  5. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および（２１）ＹＰＯ１０７０抗原からなる群より１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  6. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原からなる群より１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  7. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原からなる群より１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  8. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに：（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および（５）ＹＰＯ２１９０抗原からなる群より１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  9. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項６のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  10. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  11. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  12. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  13. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項７のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  14. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項７のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  15. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項７のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  16. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項７のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  17. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項８のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  18. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項８のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  19. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせに、請求項７のグループから選択される１つ以上の抗原と、請求項８のグループの１つ以上の抗原が含まれている、免疫原性組成物。
  20. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせに、請求項８のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  21. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項５のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項６のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項７のグループから選択される１つ以上の抗原、請求項８のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  22. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、該組み合わせに、請求項１のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  23. Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ抗原の組み合わせを含む免疫原性組成物であって、前記組み合わせに、請求項２のグループから選択される１つ以上の抗原と、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ Ｆ１抗原およびＶ抗原のうちの一方または両方が含まれている、免疫原性組成物。
  24. ２０個未満のＹ．ｐｅｓｔｉｓ抗原が含まれている、請求項１から２３のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  25. 少なくとも１つの前記抗原が融合タンパク質である、請求項１から２４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  26. 少なくとも２つの前記抗原が１つのポリペプチド鎖として発現される、請求項１から２４のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  27. 前記組成物に１つ以上の免疫調節剤が含まれている、請求項１から２６のいずれか１項に記載の免疫原性組成物。
  28. （ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つ以上。
  29. 哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０５１２抗原；（２）ＹＰＯ０５６３抗原；（３）ＹＰＯ３４８９抗原；（４）ＹＰＯ４００３抗原；（５）ＹＰＯ１６０４抗原；（６）ＹＰＯ３０６１抗原；（７）ＹＰＯ３５５９抗原；（８）ＹＰＯ３３８２抗原；（９）ＹＰＯ０８６０抗原；（１０）ＹＰＯ００８６抗原；（１１）ＹＰＯ３６３１抗原；（１２）ＹＰＯ２８８１抗原；（１３）ＹＰＯ３３４３抗原；（１４）ＹＰＯ３３６１抗原；（１５）ＹＰＯ３４３０抗原；（１６）ＹＰＯ１４１１抗原；（１７）ＹＰＯ３９３５抗原；（１８）ＹＰＯ０８０９抗原；（１９）ＹＰＯ１１２３抗原；（２０）ＹＰＯ３０６５抗原；および／または（２１）ＹＰＯ１０７０抗原のうちの１つ以上の使用。
  30. （ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つ以上。
  31. 哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０１０２抗原；（２）ＹＰＯ０５７０抗原；（３）ＹＰＯ１０５３抗原；（４）ＹＰＯ１４３５抗原；（５）ＹＰＯ２６７４抗原；（６）ＹＰＯ２２９２抗原；（７）ＹＰＯ３０５０抗原；（８）ＹＰＯ２６１５抗原；（９）ＹＰＯ１５０７抗原；（１０）ＹＰＯ４１１１抗原；（１１）ＹＰＯ００１５抗原；（１２）ＹＰＯ０１９５抗原；（１３）ＹＰＯ２３４２抗原；（１４）ＹＰＯ０５０１抗原；（１５）ＹＰＯ０５０２抗原；（１６）ＹＰＯ０８１９抗原；（１７）ＹＰＯ３６４４抗原；（１８）ＹＰＯ１７４６抗原；（１９）ＹＰＯ０３５１抗原；（２０）ＹＰＯ０４６８抗原；（２１）ＹＰＯ０２０３抗原；（２２）ＹＰＯ０２１６抗原；（２３）ＹＰＯ３５３６抗原；（２４）ＹＰＯ０２３３抗原；（２５）ＹＰＯ００６７抗原；（２６）ＹＰＯ３６４３抗原；（２７）ＹＰＯ３３７５抗原；（２８）ＹＰＯ０４９４抗原；（２９）ＹＰＯ１０５２抗原；（３０）ＹＰＯ１９０６抗原；（３１）ＹＰＯ０６６３抗原；（３２）ＹＰＯ１２２２抗原；（３３）ＹＰＯ２９０５抗原；（３４）ＹＰＯ４０７０抗原；（３５）ＹＰＰＣＰ１．０７抗原；および／または（３６）ＹＰＭＴ１．４２抗原のうちの１つ以上の使用。
  32. （ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つ以上。
  33. 哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０４５７抗原；（２）ＹＰＯ０５１４抗原；（３）ＹＰＯ０６９４抗原；（４）ＹＰＯ０８０５抗原；（５）ＹＰＯ０９８２抗原；（６）ＹＰＯ１３５４抗原；（７）ＹＰＯ１４０８抗原；（８）ＹＰＯ１７９２抗原；（９）ＹＰＯ２５０６抗原；（１０）ＹＰＯ２７１３抗原；（１１）ＹＰＯ２９５０抗原；（１２）ＹＰＯ３０２６抗原；（１３）ＹＰＯ３４１７抗原；（１４）ＹＰＯ３５５１抗原；（１５）ＹＰＯ３６４６抗原；（１６）ＹＰＯ３９８２抗原；（１７）ＹＰＯ００６５抗原；（１８）ＹＰＯ０４９９抗原；（１９）ＹＰＯ０５０５抗原；（２０）ＹＰＯ０５００抗原；（２１）ＹＰＯ０５０３抗原；（２２）ＹＰＯ０５０６抗原；（２３）ＹＰＯ０５０８抗原；（２４）ＹＰＯ０５０９抗原；（２５）ＹＰＯ３５７９抗原；および／または（２６）ＹＰＯ４０４０抗原のうちの１つ以上の使用。
  34. （ｉ）免疫原として、（ｉｉ）治療における、および／または（ｉｉｉ）哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における使用のための、（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つ以上。
  35. 哺乳動物において免疫応答を惹起させるための医薬品の製造における、（１）ＹＰＯ０４９６抗原；（２）ＹＰＯ１２２４抗原；（３）ＹＰＯ３５５３抗原；（４）ＹＰＯ３９８７抗原；および／または（５）ＹＰＯ２１９０抗原のうちの１つ以上の使用。
  36. 請求項１から２７のいずれか１項に記載の組成物の有効量を投与する工程が含まれる、哺乳動物において免疫応答を惹起させるための方法。
  37. 免疫原として使用される、染色体によってコードされるＹ．ｐｅｓｔｉｓタンパク質。
  38. 治療において使用される、請求項１から８のいずれか１項に列挙された抗原に特異的な抗体。
  39. 請求項１から８のいずれか１項に列挙された抗原をコードする遺伝子のうちの１つ以上の発現がノックアウトされている、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ細菌。
  40. ＹＰＯ１０２５、ＹＰＯ１１２１、ＹＰＯ１１２２、ＹＰＯ１１２３、ＹＰＯ１１２４、および／またはＹＰＯ１１２５の発現がノックアウトされている、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓ細菌。
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