JP2006101790A - Method for evaluating risk of hypertension - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、高血圧症のリスクの評価手段に関する。さらに詳しくは、本発明は、高血圧症のリスクの評価方法、高血圧症のリスクの評価用試薬及び高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法に関する。 The present invention relates to a means for evaluating the risk of hypertension. More specifically, the present invention relates to a method for evaluating the risk of hypertension, a reagent for evaluating the risk of hypertension, and a method for selecting a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension.
生活習慣病の1つである高血圧症は、血圧が正常域を超えている状態であり、動脈硬化性疾患を引き起こしうる最大の危険因子であると考えられている。前記高血圧症のうち、原因疾患が明らかなものを二次性高血圧症といい、明らかでないものを本態性高血圧という。 Hypertension, which is one of lifestyle-related diseases, is a state in which blood pressure exceeds the normal range, and is considered to be the largest risk factor that can cause arteriosclerotic disease. Among the above-mentioned hypertension, those in which the causative disease is clear are referred to as secondary hypertension, and those that are not clear are referred to as essential hypertension.
高血圧関連遺伝子変異動物を用いた研究により、例えば、アンジオテンシノーゲン遺伝子、アンジオテンシン変換酵素遺伝子、α−アデューシン遺伝子等が、高血圧症に関連する可能性が示唆されている。 Studies using hypertensive-related gene-mutated animals suggest that, for example, angiotensinogen gene, angiotensin converting enzyme gene, α-adducin gene, and the like may be related to hypertension.
前記アンジオテンシノーゲン遺伝子について、遺伝子改変動物を用いた研究及びヒトにおける罹患同胞対解析、関連研究等において、遺伝子異常が見られた場合、血中濃度が上昇し、高血圧のリスクの増加を招くことが示されている〔例えば、非特許文献1参照〕。また、前記アンジオテンシン変換酵素遺伝子にコードされるアンジオテンシン変換酵素は、降圧薬の標的とされているものの、アンジオテンシン変換酵素遺伝子の多型と高血圧との相関は、男性においてのみ認められるという報告もされている〔例えば、非特許文献2参照〕。前記α−アデューシン遺伝子は、ミラノ高血圧ラットの原因遺伝子として調べられている〔非特許文献3〕が、日本人における高血圧との関連性はないものと考えられている。
本発明は、1つの側面では、高血圧症のリスクを、簡便に、迅速に判定することを可能にする、高血圧症のリスクの評価方法を提供することにある。また、本発明は、他の側面では、高血圧症のリスクを、簡便に、迅速に評価することを可能にする、高血圧症のリスクの評価用試薬を提供することにある。さらに、本発明は、別の側面では、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料を、簡便に、迅速に選別することを可能にする、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法を提供することにある。 In one aspect, the present invention is to provide a method for evaluating the risk of hypertension, which makes it possible to easily and quickly determine the risk of hypertension. Another object of the present invention is to provide a reagent for evaluating the risk of hypertension, which makes it possible to easily and quickly evaluate the risk of hypertension. Furthermore, the present invention, in another aspect, enables a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension to be easily and quickly selected from a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension. It is to provide a sorting method.
すなわち、本発明の要旨は、
〔1〕 核酸試料について、
a) CASTタンパク質バリアント(配列番号:2)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
b) CASTタンパク質バリアント(配列番号:4)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
c) CASTタンパク質バリアント(配列番号:6)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
d) CASTタンパク質バリアント(配列番号:8)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
e) LIPAタンパク質(配列番号:10)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
f) LIPCタンパク質(配列番号:12)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
g) SLC4A1タンパク質(配列番号:14)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
h) TRHタンパク質(配列番号:16)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
i) VWFタンパク質(配列番号:18)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
j) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:11536における多型、
k) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:71198における多型、
l) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:110190における多型、
m) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:111525における多型、及び
n) HPCAL1タンパク質をコードする核酸(配列番号:20)の塩基配列の塩基番号:96514における多型、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を検出し、該多型が存在する場合、高血圧症のリスクがあることの指標として評価することを特徴とする、高血圧症のリスクの評価方法、
〔2〕 (1)核酸試料から、下記a’)〜n’):
a’) 配列番号:1に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1336を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
b’) 配列番号:3に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1311を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
c’) 配列番号:5に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:494を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
d’) 配列番号:7に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1165を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
e’) 配列番号:9に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:86を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
f’) 配列番号:11に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:340を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
g’) 配列番号:13に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:280を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
h’) 配列番号:15に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:134を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
i’) 配列番号:17に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:2675を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
j’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:11536を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
k’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:71198を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
l’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:110190を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
m’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:111525を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
n’) 配列番号:20に示される塩基配列中における塩基番号:96514を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸を得るステップ、並びに
(2)(I)前記ステップ(1)で得られた核酸の塩基配列、及び/又は
(II)前記ステップ(1)で得られた核酸と該核酸に対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間の動態の相違、
に基づき、a)〜n)の多型を検出するステップ、
を含む、前記〔1〕記載の評価方法、
〔3〕 動態が、電気泳動における移動度、質量又はTm値を介して評価される、前記〔1〕又は〔2〕記載の評価方法、
〔4〕 下記a’)〜n’):
a’) 配列番号:1に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1336を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
b’) 配列番号:3に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1311を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
c’) 配列番号:5に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:494を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
d’) 配列番号:7に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1165を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
e’) 配列番号:9に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:86を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
f’) 配列番号:11に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:340を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
g’) 配列番号:13に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:280を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
h’) 配列番号:15に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:134を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
i’) 配列番号:17に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:2675を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
j’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:11536を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
k’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:71198を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
l’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:110190を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
m’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:111525を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
n’) 配列番号:20に示される塩基配列中における塩基番号:96514を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を含有してなる、高血圧症のリスクの評価用試薬、
〔5〕 1)配列番号:21に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:22に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
2)配列番号:23に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:24に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
3)配列番号:25に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:26に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
4)配列番号:27に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:28に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
5)配列番号:29に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:30に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
6)配列番号:31に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:32に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
7)配列番号:33に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:34に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
8)配列番号:35に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:36に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
9)配列番号:37に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:38に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
10)配列番号:39に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:40に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、及び
11)配列番号:41に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:42に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
からなる群より選ばれた少なくとも1種のプライマー対を含有してなる、前記〔4〕記載の評価用試薬、
〔6〕 下記オリゴヌクレオチド群1’)〜11’):
1’)配列番号:21に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:22に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:43に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:44に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
2’)配列番号:23に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:24に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:45に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:46に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
3’)配列番号:25に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:26に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:47に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:48に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
4’)配列番号:27に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:28に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:49に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:50に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
5’)配列番号:29に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:30に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:51に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:52に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
6’)配列番号:31に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:32に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:53に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:54に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
7’)配列番号:33に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:34に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:55に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:56に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
8’)配列番号:35に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:36に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:57に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:58に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
9’)配列番号:37に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:38に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:59に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:60に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
10’)配列番号:39に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:40に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:61に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:62に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;及び
11’)配列番号:41に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:42に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:63に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:64に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
からなる群より選ばれた少なくとも1種のオリゴヌクレオチド群を含有してなる、前記〔4〕記載の評価用試薬、
〔7〕 生検試料に含まれる核酸について、
a) CASTタンパク質バリアント(配列番号:2)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
b) CASTタンパク質バリアント(配列番号:4)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
c) CASTタンパク質バリアント(配列番号:6)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
d) CASTタンパク質バリアント(配列番号:8)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
e) LIPAタンパク質(配列番号:10)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
f) LIPCタンパク質(配列番号:12)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
g) SLC4A1タンパク質(配列番号:14)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
h) TRHタンパク質(配列番号:16)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
i) VWFタンパク質(配列番号:18)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
j) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:11536における多型、
k) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:71198における多型、
l) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:110190における多型、
m) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:111525における多型、及び
n) HPCAL1タンパク質をコードする核酸(配列番号:20)の塩基配列の塩基番号:96514における多型
からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を評価し、該多型が検出された試料を選別することを特徴とする、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法、
に関する。
That is, the gist of the present invention is as follows.
[1] About nucleic acid samples
a) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 408 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 2);
b) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 4),
c) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 6),
d) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 290 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 8),
e) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 16 of the amino acid sequence of the LIPA protein (SEQ ID NO: 10);
f) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence of the LIPC protein (SEQ ID NO: 12);
g) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 56 of the amino acid sequence of SLC4A1 protein (SEQ ID NO: 14),
h) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 8 of the amino acid sequence of the TRH protein (SEQ ID NO: 16);
i) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 789 of the amino acid sequence of the VWF protein (SEQ ID NO: 18);
j) a polymorphism at base number 11536 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
k) a polymorphism at base number 71198 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
l) a polymorphism at base number: 110190 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
m) a polymorphism in the base number: 111525 of the base sequence of the nucleic acid encoding the GREB1 protein (SEQ ID NO: 19), and n) the base number of the base sequence of the nucleic acid encoding the HPCAL1 protein (SEQ ID NO: 20): in 96514 Polymorphism,
Detecting the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of, and evaluating the risk of hypertension when the polymorphism is present as an indicator of the risk of hypertension, Evaluation methods,
[2] (1) From a nucleic acid sample, the following a ′) to n ′):
a ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 1336 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
b ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 1311 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
c ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 494 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof, And d ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the nucleotide number: 1165 in the nucleotide sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
e ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 86 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
f ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 340 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
g ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 280 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof, And h ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 134 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
i ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10-100 nucleotides fragment containing the base number: 2675 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
j ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the base number: 11536 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
k ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 71198 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
l ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising the nucleotide number: 110190 in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19, or an antisense nucleic acid thereof,
m ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides containing the base number: 111525 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof; and n ′) in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20. A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising base number: 96514 or an antisense nucleic acid thereof;
A step of obtaining a nucleic acid corresponding to at least one nucleic acid selected from the group consisting of: (2) (I) the base sequence of the nucleic acid obtained in step (1), and / or (II) the step ( The difference in kinetics between the nucleic acid obtained in 1) and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid,
Detecting a polymorphism of a) to n) based on
Including the evaluation method according to the above [1],
[3] The evaluation method according to [1] or [2], wherein the dynamics are evaluated through mobility, mass, or Tm value in electrophoresis,
[4] The following a ′) to n ′):
a ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 1336 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
b ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 1311 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
c ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 494 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof, And d ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the nucleotide number: 1165 in the nucleotide sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
e ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 86 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
f ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 340 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
g ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 280 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof, And h ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 134 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
i ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10-100 nucleotides fragment containing the base number: 2675 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
j ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the base number: 11536 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
k ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 71198 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
l ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising the nucleotide number: 110190 in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19, or an antisense nucleic acid thereof,
m ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides containing the base number: 111525 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof; and n ′) in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20. A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising base number: 96514 or an antisense nucleic acid thereof;
A reagent for evaluating the risk of hypertension, comprising at least one nucleic acid selected from the group consisting of:
[5] 1) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22;
2) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24;
3) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26;
4) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28;
5) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30;
6) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32;
7) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34;
8) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36;
9) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38;
10) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and 11) an oligo consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 A primer pair consisting of a nucleotide and an oligonucleotide consisting of the base sequence represented by SEQ ID NO: 42;
The evaluation reagent according to [4] above, comprising at least one primer pair selected from the group consisting of:
[6] The following oligonucleotide groups 1 ′) to 11 ′):
1 ′) a primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 22; and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 43 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 44;
2 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 24, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 45 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 46;
3 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 26, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 47 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 48;
4 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 28, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 49 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 50;
5 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 30 and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 51 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 52;
6 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 32, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 53 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 54;
7 ′) A primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 34, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 56;
8 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 36, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 57 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 58;
9 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 38, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 59 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 60;
10 ′) a primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 61 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 62; and 11 ′) a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 and the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 An oligonucleotide group consisting of a primer pair comprising the contained primer, a probe comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 63, and a probe comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 64;
The evaluation reagent according to [4] above, comprising at least one oligonucleotide group selected from the group consisting of:
[7] Regarding nucleic acids contained in biopsy samples,
a) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 408 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 2);
b) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 4),
c) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 6),
d) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 290 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 8),
e) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 16 of the amino acid sequence of the LIPA protein (SEQ ID NO: 10);
f) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence of the LIPC protein (SEQ ID NO: 12);
g) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 56 of the amino acid sequence of SLC4A1 protein (SEQ ID NO: 14),
h) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 8 of the amino acid sequence of the TRH protein (SEQ ID NO: 16);
i) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 789 of the amino acid sequence of the VWF protein (SEQ ID NO: 18);
j) a polymorphism at base number 11536 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
k) a polymorphism at base number 71198 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
l) a polymorphism at base number: 110190 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
m) a polymorphism at nucleotide number 1111525 of the nucleotide sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19); A biopsy sample derived from an individual at risk of hypertension characterized by evaluating the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of polymorphisms and selecting a sample from which the polymorphism was detected Sorting method,
About.
本発明の高血圧症のリスクの評価方法によれば、高血圧症のリスクを、簡便に、迅速に判定することができるという優れた効果を奏する。したがって、本発明の評価方法により、高血圧症を迅速に診断し、しいては、脳卒中、虚血性心疾患、腎不全等の発症予防につなげることができるという優れた効果を奏する。本発明の高血圧症のリスクの評価用試薬によれば、高血圧症のリスクを、簡便に、迅速に評価することができるという優れた効果を奏する。したがって、本発明の高血圧症の評価用試薬によれば、高血圧症を迅速に診断し、しいては、脳卒中、虚血性心疾患、腎不全等の発症予防につなげることができるという優れた効果を奏する。さらに、本発明の高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法によれば、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料を、簡便に、迅速に選別することができるという優れた効果を奏する。 According to the method for evaluating the risk of hypertension of the present invention, there is an excellent effect that the risk of hypertension can be determined simply and quickly. Therefore, the evaluation method of the present invention has an excellent effect that hypertension can be quickly diagnosed and can be used to prevent the onset of stroke, ischemic heart disease, renal failure and the like. According to the reagent for evaluating the risk of hypertension of the present invention, there is an excellent effect that the risk of hypertension can be easily and quickly evaluated. Therefore, according to the reagent for evaluating hypertension of the present invention, it has an excellent effect that it can quickly diagnose hypertension, and can lead to prevention of stroke, ischemic heart disease, renal failure and the like. Play. Furthermore, according to the method for selecting a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension according to the present invention, an excellent biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension can be easily and quickly selected. Has an effect.
本発明は、1つの側面では、核酸試料について、
a) CASTタンパク質バリアント(配列番号:2)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
b) CASTタンパク質バリアント(配列番号:4)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
c) CASTタンパク質バリアント(配列番号:6)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
d) CASTタンパク質バリアント(配列番号:8)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
e) LIPAタンパク質(配列番号:10)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
f) LIPCタンパク質(配列番号:12)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
g) SLC4A1タンパク質(配列番号:14)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
h) TRHタンパク質(配列番号:16)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
i) VWFタンパク質(配列番号:18)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
j) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:11536における多型、
k) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:71198における多型、
l) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:110190における多型、
m) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:111525における多型、及び
n) HPCAL1タンパク質をコードする核酸(配列番号:20)の塩基配列の塩基番号:96514における多型、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を検出し、該多型が存在する場合、高血圧症のリスクがあることの指標として評価することを特徴とする、高血圧症のリスクの評価方法に関する。
In one aspect, the invention relates to a nucleic acid sample,
a) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 408 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 2);
b) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 4),
c) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 6),
d) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 290 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 8),
e) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 16 of the amino acid sequence of the LIPA protein (SEQ ID NO: 10);
f) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence of the LIPC protein (SEQ ID NO: 12);
g) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 56 of the amino acid sequence of SLC4A1 protein (SEQ ID NO: 14),
h) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 8 of the amino acid sequence of the TRH protein (SEQ ID NO: 16);
i) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 789 of the amino acid sequence of the VWF protein (SEQ ID NO: 18);
j) a polymorphism at base number 11536 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
k) a polymorphism at base number 71198 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
l) a polymorphism at base number: 110190 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
m) a polymorphism in the base number: 111525 of the base sequence of the nucleic acid encoding the GREB1 protein (SEQ ID NO: 19), and n) the base number of the base sequence of the nucleic acid encoding the HPCAL1 protein (SEQ ID NO: 20): in 96514 Polymorphism,
Detecting the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of, and evaluating the risk of hypertension when the polymorphism is present as an indicator of the risk of hypertension, It relates to the evaluation method.
本発明の評価方法によれば、前記a)〜n)からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の存在を指標とするため、簡便に、迅速に高血圧症のリスクを判定することができるという優れた効果を発揮する。 According to the evaluation method of the present invention, since the presence of at least one polymorphism selected from the group consisting of a) to n) is used as an index, the risk of hypertension can be easily and quickly determined. Demonstrate the excellent effect of being able to.
本明細書において、「高血圧症」とは、収縮期血圧:140mmHg以上又は拡張期血圧:90mmHg以上又は降圧剤服用の状態をいう。また、「正常状態」とは、収縮期血圧:120mmHg以下、拡張期血圧:80mmHg以下の状態をいう。 In the present specification, “hypertension” refers to a systolic blood pressure: 140 mmHg or higher or a diastolic blood pressure: 90 mmHg or higher or a state of taking a hypotensive agent. The “normal state” refers to a state in which systolic blood pressure: 120 mmHg or less and diastolic blood pressure: 80 mmHg or less.
前記CASTタンパク質は、カルシウム依存性システインプロテアーゼ「カルパイン」の細胞内インヒビターである「カルパスタチン」である。前記CASTタンパク質には、少なくとも4種類のバリアントが存在する。前記CASTタンパク質は、配列番号:2(バリアント1ともいう)、配列番号:4(バリアント2ともいう)、配列番号:6(バリアント3ともいう)及び配列番号:8(バリアント4ともいう)のいずれかのアミノ酸配列を有する。また、前記CASTタンパク質は、ジーンバックアクセッション番号:NT_023148.12に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、バリアント1に関して、配列番号:2のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、バリアント2に関して、配列番号:4のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、バリアント3に関して、配列番号:6のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、バリアント4に関して、配列番号:8のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、すなわち、システイン残基の、セリン残基への置換を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記ミスセンス変異としては、バリアント1に関して、配列番号:1に示される塩基配列の塩基番号:1336、バリアント2に関して、配列番号:3に示される塩基配列の塩基番号:1311、バリアント3に関して、配列番号:5に示される塩基配列の塩基番号:494、バリアント4に関して、配列番号:7に示される塩基配列の塩基番号:1165のグアニン残基が、シトシン残基に置換していること等が挙げられる。 The CAST protein is “calpastatin”, an intracellular inhibitor of the calcium-dependent cysteine protease “calpain”. There are at least four variants of the CAST protein. The CAST protein is any one of SEQ ID NO: 2 (also referred to as variant 1), SEQ ID NO: 4 (also referred to as variant 2), SEQ ID NO: 6 (also referred to as variant 3), and SEQ ID NO: 8 (also referred to as variant 4). It has the amino acid sequence. In addition, the CAST protein is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT_023148.12. In the evaluation method of the present invention, with respect to variant 1, a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 408 of amino acid sequence of SEQ ID NO: 2, with respect to variant 2, the amino acid sequence of SEQ ID NO: 4 Polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386, variant 3 With respect to variant 3, polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 6, variant 4 The presence of a polymorphism that causes a missense mutation in the amino acid residue corresponding to amino acid number 290 of the amino acid sequence of SEQ ID NO: 8, ie, a polymorphism that causes a substitution of a cysteine residue with a serine residue, One indicator of having a risk of illness. As the missense mutation, the base number: 1336 of the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 with respect to variant 1; the base number: 1311 of the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 with respect to variant 2; : Regarding the base number: 494 of the base sequence shown in 5 and variant 4, the guanine residue at base number: 1165 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 7 is substituted with a cytosine residue, etc. .
前記LIPAタンパク質は、細胞内に取り込まれたリポタンパク質のコレステリルエステルやトリグリセリドの分解に関与するリゾリーマル酸リパーゼである。前記LIPAタンパク質は、配列番号:10に示されるアミノ酸配列を有し、ジーンバックアクセッション番号:NT_033890.3に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、前記配列番号:10に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するミスセンス変異(16位のスレオニン残基の、プロリン残基への置換)を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記アミノ酸番号:16に対応するミスセンス変異としては、例えば、配列番号:9に示される塩基配列の塩基番号:86のアデニン残基が、シトシン残基に置換していること等が挙げられる。なお、前記ミスセンス変異は、リゾリーマル酸リパーゼ前駆体のシグナル配列中に存在し、その産生に影響しうる。 The LIPA protein is a lysolimal acid lipase involved in the degradation of cholesteryl esters and triglycerides of lipoproteins taken up into cells. The LIPA protein has an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 10 and is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT — 0389890.3. In the evaluation method of the present invention, the presence of a polymorphism causing a missense mutation (substitution of threonine residue at position 16 to proline residue) corresponding to amino acid number: 16 of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 10 Is an indicator of having a risk of hypertension. Examples of the missense mutation corresponding to the amino acid number: 16 include that the adenine residue at the base number: 86 in the base sequence shown in the SEQ ID NO: 9 is substituted with a cytosine residue. The missense mutation is present in the signal sequence of the lysolimalate lipase precursor and can affect its production.
前記LIPCタンパク質は、リポタンパク質代謝に関与する肝性リパーゼである。前記LIPCタンパク質は、配列番号:12に示されるアミノ酸配列を有し、ジーンバックアクセッション番号:NT_010194.16に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、前記配列番号:12に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するミスセンス変異(95位のバリンの、メチオニンへの置換)を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記アミノ酸番号:95に対応するミスセンス変異としては、例えば、配列番号:11に示される塩基配列の塩基番号:340のグアニン残基が、アデニン残基に置換していること等が挙げられる。 The LIPC protein is a hepatic lipase involved in lipoprotein metabolism. The LIPC protein has an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 12, and is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT — 010194.16. In the evaluation method of the present invention, the presence of a polymorphism that causes a missense mutation (substitution of valine at position 95 to methionine) corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 12 is determined as hypertension. It is one indicator of having a risk. Examples of the missense mutation corresponding to the amino acid number: 95 include that the guanine residue of the base number: 340 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 is substituted with an adenine residue.
前記SLC4A1タンパク質は、赤血球の膜に多量に存在するband 3と呼ばれるアニオン交換機能を有する膜タンパク質である。前記SLC4A1タンパク質は、配列番号:14に示されるアミノ酸配列を有し、ジーンバックアクセッション番号:NT_010783.14に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、前記配列番号:14に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するミスセンス変異(56位のリジン残基の、グルタミン酸への置換)を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記アミノ酸番号:56に対応するミスセンス変異としては、例えば、配列番号:13に示される塩基配列の塩基番号:280のアデニン残基が、グアニン残基に置換していること等が挙げられる。 The SLC4A1 protein is a membrane protein having an anion exchange function called band 3, which is present in a large amount in a red blood cell membrane. The SLC4A1 protein has an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 14, and is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT — 010783.14. In the evaluation method of the present invention, the presence of a polymorphism causing a missense mutation (substitution of lysine residue at position 56 with glutamic acid) corresponding to amino acid number: 56 of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 14 is determined. One indicator of having a risk of hypertension. Examples of the missense mutation corresponding to the amino acid number: 56 include that the adenine residue at the base number: 280 in the base sequence represented by the sequence number: 13 is substituted with a guanine residue.
前記TRHタンパク質は、甲状腺刺激ホルモン放出ホルモンである。前記TRHタンパク質は、配列番号:16に示されるアミノ酸配列を有し、ジーンバックアクセッション番号:NT_005612.14に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、前記配列番号:16に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するミスセンス変異(8位のロイシンの、バリンへの置換)を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記アミノ酸番号:8に対応するミスセンス変異としては、例えば、配列番号:15に示される塩基配列の塩基番号:134のグアニン残基が、シトシン残基に置換していること等が挙げられる。 The TRH protein is a thyroid stimulating hormone releasing hormone. The TRH protein has an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 16 and is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT_005612.14. In the evaluation method of the present invention, the presence of a polymorphism causing a missense mutation (replacement of leucine at position 8 to valine) corresponding to amino acid number: 8 of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 16 is determined as hypertension. It is one indicator of having a risk. Examples of the missense mutation corresponding to amino acid number 8 include that the guanine residue at base number 134 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 is substituted with a cytosine residue.
前記VWFタンパク質は、内皮細胞で産生され分泌され、血小板血栓の形成に重要な役割を果たすvon Willebrand factorである。前記VWFタンパク質は、配列番号:18に示されるアミノ酸配列を有し、ジーンバックアクセッション番号:NT_009759.15に示される塩基配列によりコードされる。本発明の評価方法においては、前記配列番号:18に示されるアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するミスセンス変異(789位のロイシンの、バリンへの置換)を引き起こす多型の存在を、高血圧症のリスクを有することの1つの指標とする。前記アミノ酸番号:789に対応するミスセンス変異としては、例えば、配列番号:17に示される塩基配列の塩基番号:2675のアデニン残基が、グアニン残基に置換していること等が挙げられる。 The VWF protein is a von Willebrand factor that is produced and secreted by endothelial cells and plays an important role in the formation of platelet thrombi. The VWF protein has an amino acid sequence represented by SEQ ID NO: 18, and is encoded by a base sequence represented by Gene Back Accession Number: NT_009759.15. In the evaluation method of the present invention, the presence of a polymorphism causing a missense mutation (replacement of leucine at position 789 to valine) corresponding to amino acid number: 789 of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 18 is determined as hypertension. It is one indicator of having a risk. Examples of the missense mutation corresponding to the amino acid number: 789 include that the adenine residue at the base number: 2675 of the base sequence shown in the SEQ ID NO: 17 is substituted with a guanine residue.
前記GREB1をコードする核酸は、ホルモン感受性臓器やガン細胞の機能に重要な役割を果たすエストロゲン反応性遺伝子;gene regulated by estrogen in breast cancer 1であり、ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列を有する。本発明の評価方法においては、ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列の塩基番号:−13945〔配列番号:19に示される塩基配列の塩基番号:11536〕のアデニン残基が、チミン残基に置換していること、該ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列の塩基番号:45718〔配列番号:19の塩基番号:71198〕のアデニン残基が、グアニン残基に置換していること、該ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列の塩基番号:84710位〔配列番号:19の塩基番号:110190〕のグアニン残基が、シトシン残基に置換していること、該ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列の塩基番号:86045〔配列番号:19の塩基番号:111525〕のアデニン残基が、グアニン残基に置換していることが、高血圧症のリスクを有することの1つの指標となる。 The nucleic acid encoding GREB1 is an estrogen-responsive gene that plays an important role in the function of hormone-sensitive organs and cancer cells; gene regulated by estrogen in breast cancer 1, and is represented by Genebank Accession Number: NT_005334.14. Has a base sequence. In the evaluation method of the present invention, the adenine residue of the base sequence indicated by Genebank Accession No .: NT_005334.14: base number: 13945 [base No. of base sequence indicated by SEQ ID NO: 19: 11536] is: Substituting with a thymine residue, the adenine residue of the base sequence: 45718 [base number: 71198 of SEQ ID NO: 19] of the base sequence shown in the gene bank accession number: NT — 005334.14 is a guanine residue The guanine residue at base position: 84710 of the nucleotide sequence shown in the gene bank accession number: NT — 005334.14 (base number: 110190 of SEQ ID NO: 19) is replaced with a cytosine residue. Gene bank accession number: NT_005334. One index that the adenine residue of the base number: 86045 [base number: 1112525 of SEQ ID NO: 19] of the base sequence shown in FIG. 4 is substituted with a guanine residue has a risk of hypertension It becomes.
前記HPCAL1をコードする核酸は、カルシウム結合タンパク質であるヒポカルチン様1タンパク質をコードする核酸であり、ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列を有する。本発明の評価方法においては、ジーンバンクアクセッション番号:NT_005334.14に示される塩基配列の塩基番号:−22110位〔配列番号:20の塩基番号:96514〕のアデニン残基が、シトシン残基に置換していることが、高血圧症のリスクを有することの1つの指標となる。 The nucleic acid encoding HPCAL1 is a nucleic acid encoding a hypocalcin-like 1 protein that is a calcium binding protein, and has a base sequence represented by Genebank Accession Number: NT — 005334.14. In the evaluation method of the present invention, the adenine residue at the base number position: −22110 of the base sequence represented by Genebank accession number: NT — 005334.14 [base number: 96514 of SEQ ID NO: 20] is the cytosine residue. Substitution is an indicator of having a risk of hypertension.
本発明の評価方法としては、具体的には、
前記a)の多型について、a’) 配列番号:1に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1336を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記b)の多型について、b’) 配列番号:3に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1311を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記c)の多型について、c’) 配列番号:5に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:494を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
前記d)の多型について、d’) 配列番号:7に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1165を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記e)の多型について、e’) 配列番号:9に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:86を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記f)の多型について、f’) 配列番号:11に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:340を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記g)の多型について、g’) 配列番号:13に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:280を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
前記h)の多型について、h’) 配列番号:15に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:134を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記i)の多型について、i’) 配列番号:17に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:2675を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記j)の多型について、j’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:11536を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記k)の多型について、k’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:71198を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記l)の多型について、l’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:110190を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
前記m)の多型について、m’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:111525を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
前記n)の多型について、n’) 配列番号:20に示される塩基配列中における塩基番号:96514を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸を得るステップ、並びに
(2)(I)前記ステップ(1)で得られた核酸の塩基配列、及び/又は
(II)前記ステップ(1)で得られた核酸と該核酸に対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間の動態の相違、
に基づき、前記a)〜n)の多型を検出するステップ、
を含む方法が挙げられる。本発明には、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸からなり、前記a)〜n)のいずれかの多型を検出するためのプローブも含まれる。
As an evaluation method of the present invention, specifically,
Regarding the polymorphism of a), a ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 1, or an antisense nucleic acid thereof, or a continuous 10-100 nucleotide long fragment comprising the nucleotide number: 1336 in the nucleotide sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of b), b ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 3, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of 10 to 100 nucleotides long containing the nucleotide number: 1311 in the nucleotide sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of c), c ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 5, or an antisense nucleic acid thereof, or a continuous 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 494 in the base sequence A nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7, or the antisense nucleic acid thereof, or the nucleotide number: 1165 in the nucleotide sequence. A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides or an antisense nucleic acid thereof,
Regarding the polymorphism of e), e ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 9, or an antisense nucleic acid thereof, or a continuous 10-100 nucleotide long fragment comprising the base number: 86 in the base sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of f), f ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 11, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of 10 to 100 nucleotides in length containing the nucleotide number: 340 in the nucleotide sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of g), g ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 13, or an antisense nucleic acid thereof, or a continuous 10 to 100 nucleotide long fragment containing the nucleotide number: 280 in the nucleotide sequence Or the antisense nucleic acid thereof and the polymorphism of h) above include h ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 or an antisense nucleic acid thereof, or base number: 134 in the base sequence A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides or an antisense nucleic acid thereof,
Regarding the polymorphism of i), i ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 17, or an antisense nucleic acid thereof, or a continuous 10-100 nucleotide long fragment comprising the nucleotide number: 2675 in the nucleotide sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of j), j ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of 10 to 100 nucleotides long containing the base number: 11536 in the base sequence Or its antisense nucleic acid,
Regarding the polymorphism of k), k ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof or a continuous 10-100 nucleotide long fragment comprising the nucleotide number: 71198 in the nucleotide sequence Or its antisense nucleic acid,
For the polymorphism of l), l ′) a nucleic acid of a 10- to 100-nucleotide fragment containing the nucleotide number: 110190 in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof,
Regarding the polymorphism of m), m ′) a nucleic acid of a 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 111525 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, and the polymorphism of the n) N ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising the base number: 96514 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20, or an antisense nucleic acid thereof,
A step of obtaining a nucleic acid corresponding to at least one nucleic acid selected from the group consisting of: (2) (I) the base sequence of the nucleic acid obtained in step (1), and / or (II) the step ( A difference in kinetics between the nucleic acid obtained in 1) and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid;
Detecting the polymorphisms of a) to n) based on
The method containing is mentioned. The present invention also includes a probe that comprises at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) and that detects any of the polymorphisms of a) to n).
前記ステップ(1)において、被検試料である核酸試料から、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸を得る。 In the step (1), a nucleic acid corresponding to at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) is obtained from a nucleic acid sample as a test sample.
なお、後述のステップ(2)を、(II)前記ステップ(1)で得られた核酸と該核酸に対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間の動態の相違に基づき行なう場合において、ハイブリダイゼーション技術又はPCRに基づく評価手段を用いる場合等には、前記ステップ(1)を行なわなくてもよい場合がある。かかる態様も本発明に含まれる。 In addition, step (2), which will be described later, comprises (II) at least one nucleic acid selected from the group consisting of the nucleic acid obtained in step (1) and the a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid; When performing based on the difference in kinetics between the two, there may be a case where the step (1) may not be performed when using an evaluation means based on a hybridization technique or PCR. Such an embodiment is also included in the present invention.
前記核酸試料は、被検対象の個体由来の生検試料〔例えば、皮膚、血液、毛髪、口腔粘膜、各種組織、細胞等〕落屑から慣用の核酸抽出法により得られうる。 The nucleic acid sample can be obtained by a conventional nucleic acid extraction method from a biopsy sample (for example, skin, blood, hair, oral mucosa, various tissues, cells, etc.) derived from an individual to be examined.
前記ステップ(1)において、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸は、例えば、慣用の核酸増幅法(RT−PCR等)等を行なうことにより得られうる。かかる核酸増幅に用いられうるプライマー対としては、Tm値、二次構造の形成、公知配列等を考慮して、デザインされたオリゴヌクレオチドが用いられうる。前記プライマー対は、前記指標遺伝子の塩基配列と公知データベースに登録された配列とを参照して、慣用のプライマーデザイン用ソフトウェア等によりデザインされうる。前記プライマー対は、適宜、検出に適した標識物質(蛍光物質、放射性物質等)により標識されうる。プライマーの鎖長は、特に限定されないが、例えば、好ましくは、連続した少なくとも15ヌクレオチド、さらに好ましくは、15〜40ヌクレオチド、より好ましくは、17〜30ヌクレオチドであることが望ましい。前記プライマー対としては、例えば、
a’)〜d’)の核酸について、1)配列番号:21に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:22に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
e’)の核酸について、2)配列番号:23に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:24に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
f’)の核酸について、3)配列番号:25に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:26に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
g’)の核酸について、4)配列番号:27に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:28に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
h’)の核酸について、5)配列番号:29に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:30に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
i’)の核酸について、6)配列番号:31に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:32に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
j’)の核酸について、7)配列番号:33に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:34に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
k’)の核酸について、8)配列番号:35に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:36に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
l’)の核酸について、9)配列番号:37に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:38に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
m’)の核酸について、10)配列番号:39に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:40に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、及び
n’)の核酸について、11)配列番号:41に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:42に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
等が挙げられる。かかるプライマー対も本発明に含まれる。
In step (1), the nucleic acid corresponding to at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) is subjected to, for example, a conventional nucleic acid amplification method (RT-PCR or the like). Can be obtained. As a primer pair that can be used for such nucleic acid amplification, an oligonucleotide designed in consideration of Tm value, formation of secondary structure, known sequence and the like can be used. The primer pair can be designed by conventional primer design software or the like with reference to the base sequence of the indicator gene and the sequence registered in a known database. The primer pair can be appropriately labeled with a labeling substance (fluorescent substance, radioactive substance, etc.) suitable for detection. The chain length of the primer is not particularly limited. For example, it is preferably at least 15 consecutive nucleotides, more preferably 15 to 40 nucleotides, and more preferably 17 to 30 nucleotides. Examples of the primer pair include:
For the nucleic acids a ′) to d ′), 1) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22;
For the nucleic acid of e ′), 2) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24;
For the nucleic acid of f ′), 3) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26;
4) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28;
h) nucleic acid 5) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30;
For the nucleic acid i ′), 6) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32;
j ′) for the nucleic acid 7) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34;
For the nucleic acid of k ′), 8) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36,
1) For the nucleic acid of 1 ′), 9) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38
For the nucleic acid of m ′), 10) the primer pair consisting of the oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and the oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and the nucleic acid of n ′) 11) A primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 42
Etc. Such primer pairs are also included in the present invention.
ついで、(I)前記ステップ(1)で得られた核酸の塩基配列、及び/又は
(II)前記ステップ(1)で得られた核酸と該核酸に対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間の動態の相違、
に基づき、a)〜n)の多型を検出する〔ステップ(2)〕。
Next, (I) the base sequence of the nucleic acid obtained in the step (1), and / or (II) the nucleic acid obtained in the step (1) and the a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid. A kinetic difference between at least one nucleic acid selected from the group consisting of:
The polymorphisms a) to n) are detected based on [Step (2)].
前記(I)の塩基配列は、マキサムギルバート法、PCRを用いたダイレクトシークエンシング等の慣用の配列決定法により決定されうる。 The base sequence (I) can be determined by a conventional sequencing method such as Maxam Gilbert method or direct sequencing using PCR.
ここで、前記ステップ(1)で得られた核酸において、前記a)〜n)の多型の位置に対応する位置において、対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸とは異なる塩基が見出された場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。 Here, in the nucleic acid obtained in the step (1), at a position corresponding to the polymorphic positions of a) to n), at least selected from the group consisting of the corresponding a ′) to n ′) If a base different from one nucleic acid is found, a polymorphism is present and an individual from which the nucleic acid sample is sourced is judged as an indicator of having a risk of hypertension.
前記(II)の動態は、例えば、電気泳動における移動度、質量、Tm値等を介して評価される。 The kinetics of (II) is evaluated through, for example, mobility, mass, Tm value and the like in electrophoresis.
電気泳動における移動度は、例えば、一本鎖DNA高次構造多型解析等により評価されうる。 The mobility in electrophoresis can be evaluated by, for example, single-stranded DNA conformation polymorphism analysis.
具体的には、一本鎖DNA高次構造多型解析の場合、ポリアクリルアミドゲル上において、前記ステップ(1)で得られた核酸及び該核酸に対応して前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を泳動し、移動度を測定し、前記ステップ(1)で得られた核酸と前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間で移動度が異なる場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。 Specifically, in the case of single-stranded DNA conformation polymorphism analysis, on the polyacrylamide gel, the nucleic acid obtained in the step (1) and the above a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid. At least one nucleic acid selected from the group consisting of, and measuring the mobility, at least one selected from the group consisting of the nucleic acid obtained in the step (1) and the a ′) to n ′) If the mobility differs from that of the other nucleic acid, a polymorphism exists, and the individual as the source of the nucleic acid sample is judged as an indicator of having a risk of hypertension.
また、前記電気泳動における移動度は、PCRに基づく一本鎖DNA高次構造多型解析(PCR−SSCP)によっても行なうことができる。この場合、前記ステップ(1)を行なわなくてもよい。前記PCR−SSCPで用いうるプライマー対としては、前記と同様のものが挙げられる。なお、この場合、かかるプライマーは、蛍光物質等の慣用の標識物質で、それぞれのプライマーの末端が標識されたものであってもよい。 The mobility in the electrophoresis can also be performed by PCR-based single-stranded DNA conformation polymorphism analysis (PCR-SSCP). In this case, step (1) may not be performed. Examples of the primer pair that can be used in the PCR-SSCP include those described above. In this case, the primer may be a conventional labeling substance such as a fluorescent substance and the end of each primer is labeled.
前記質量は、例えば、マトリックス支援レーザーイオン化飛行時間質量分析計(MALDI TOF MS)、四重極質量分析計等により測定されうる。ここで、前記ステップ(1)で得られた核酸及び前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間で質量が異なる場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。 The mass can be measured by, for example, a matrix-assisted laser ionization time-of-flight mass spectrometer (MALDI TOF MS), a quadrupole mass spectrometer, or the like. Here, when the mass differs between the nucleic acid obtained in step (1) and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′), a polymorphism exists and the nucleic acid The individual of the sample source is determined as an indicator of having a risk of hypertension.
前記Tm値は、DNAアレイを用いたハイブリダイゼーション、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法等により評価されうる。 The Tm value can be evaluated by hybridization using a DNA array, denaturant concentration gradient gel electrophoresis, or the like.
前記DNAアレイを用いたハイブリダイゼーションの場合、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた核酸を固定化した支持体〔例えば、ガラス(例えば、スライドグラス)、シリコンチップ等〕が用いられうる。前記DNAアレイを用いたハイブリダイゼーションの場合、前記ステップ(1)において、核酸試料は、該試料中のmRNA、該mRNA由来のcDNAもしくは該cDNAより転写あるいは増幅された核酸を適切な標識物質で標識すればよい。前記標識物質としては、蛍光物質、化学発光物質、発光団を有する物質等が挙げられる。例えば、前記蛍光物質としては、Cy2、FluorX、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy7、イソチオシアン酸フルオレセイン(FITC)、テキサスレッド、ローダミン等が挙げられる。前記Cy3及びCy5を標識物質として用いた場合、Cy3は532nm、Cy5は635nmの波長でスキャンすることにより検出されうる。前記DNAアレイは、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた核酸に、支持体表面への固定化を容易にしうる修飾基を導入し、ついで、得られた修飾核酸を、慣用のDNAアレイ作製装置を用いて、DNAアレイによるハイブリダーゼションを行ないうる範囲の固定化量、固定化密度で、整列、固定化することにより作製されうる。DNAアレイを用いて、多型を検出する場合、ハイブリダイゼーションにおける条件は、好ましくは、高ストリンジェンシーであることが望ましい。ここで、DNAアレイ上の前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた核酸に、前記ステップ(1)で得られた核酸がハイブリダイズしない場合又は対照として前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた核酸を用いたハイブリダイゼーションに基づく場合の蛍光強度と比較して、前記ステップ(1)で得られた核酸のハイブリダイゼーションに基づく蛍光強度が減少した場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。なお、本発明には、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた核酸が固定化されたDNAアレイも含まれる。 In the case of hybridization using the DNA array, a support (for example, glass (for example, slide glass), silicon chip, etc.) on which a nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) is immobilized is used. Can be. In the case of hybridization using the DNA array, in the step (1), the nucleic acid sample is labeled with mRNA in the sample, cDNA derived from the mRNA or nucleic acid transcribed or amplified from the cDNA with an appropriate labeling substance. do it. Examples of the labeling substance include a fluorescent substance, a chemiluminescent substance, and a substance having a luminophore. For example, examples of the fluorescent material include Cy2, FluorX, Cy3, Cy3.5, Cy5, Cy5.5, Cy7, fluorescein isothiocyanate (FITC), Texas Red, rhodamine and the like. When Cy3 and Cy5 are used as labeling substances, Cy3 can be detected by scanning at a wavelength of 532 nm and Cy5 at a wavelength of 635 nm. In the DNA array, a modifying group capable of facilitating immobilization on the support surface is introduced into a nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′), and then the resulting modified nucleic acid is used in a conventional manner. The DNA array production apparatus can be used for alignment and immobilization with an immobilization amount and an immobilization density within a range where hybridization with a DNA array can be performed. When a polymorphism is detected using a DNA array, the hybridization conditions are preferably high stringency. Here, when the nucleic acid obtained in the step (1) does not hybridize to the nucleic acid selected from the group consisting of the above a ′) to n ′) on the DNA array, or as a control, the above a ′) to n ′. When the fluorescence intensity based on the hybridization of the nucleic acid obtained in the step (1) is reduced compared to the fluorescence intensity based on the hybridization using a nucleic acid selected from the group consisting of Present and the nucleic acid sample source individual is determined as an indicator of having a risk of hypertension. The present invention also includes a DNA array on which a nucleic acid selected from the group consisting of a ') to n') is immobilized.
前記変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法の場合、変性剤(例えば、尿素等)の濃度勾配により、Tm値の差が、電気泳動の移動度の違いとして検出される。したがって、前記ステップ(1)で得られた核酸及び前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を泳動し、移動度を測定し、前記ステップ(1)で得られた核酸及び前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間で移動度が異なる場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。 In the case of the denaturant concentration gradient gel electrophoresis, the difference in Tm value is detected as the difference in mobility of electrophoresis due to the concentration gradient of the denaturant (for example, urea). Therefore, the nucleic acid obtained in step (1) and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) are electrophoresed, the mobility is measured, and the nucleic acid obtained in step (1) is obtained. When the mobility differs between the selected nucleic acid and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′), a polymorphism exists and the individual of the source of the nucleic acid sample It is judged as an index of having the risk of symptom.
また、前記(II)の動態は、TaqMan法、インベーダー法、RNase Aミスマッチ切断法等によっても評価されうる。 The kinetics of (II) can also be evaluated by the TaqMan method, the invader method, the RNase A mismatch cleavage method, or the like.
前記TaqMan法の場合、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸をプローブとして用いればよい。ここで、前記プローブは、5’末端側をレポーターとなる蛍光物質で標識し、3’末端側をクエンチャーとなる物質で標識する。この場合、前記ステップ(1)を行なわなくてもよい。また、PCRの際には、核酸試料を鋳型とし、5’ヌクレアーゼ活性を有するDNAポリメラーゼ、例えば、Taq DNAポリメラーゼ等を用いて行なわれうる。TaqMan法に用いられうるプライマー対及びプローブとしては後述の表2に示されるオリゴヌクレオチドが挙げられ、具体的には、例えば、
前記a)〜d)の多型について、1’)配列番号:21に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:22に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:43に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:44に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記e)の多型について、2’)配列番号:23に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:24に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:45に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:46に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記f)の多型について、3’)配列番号:25に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:26に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:47に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:48に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記g)の多型について、4’)配列番号:27に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:28に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:49に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:50に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記h)の多型について、5’)配列番号:29に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:30に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:51に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:52に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記i)の多型について、6’)配列番号:31に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:32に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:53に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:54に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記j)の多型について、7’)配列番号:33に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:34に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:55に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:56に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記k)の多型について、8’)配列番号:35に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:36に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:57に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:58に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記l)の多型について、9’)配列番号:37に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:38に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:59に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:60に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
前記m)の多型について、10’)配列番号:39に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:40に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:61に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:62に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;及び
前記n)の多型について、11’)配列番号:41に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:42に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:63に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:64に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
In the case of the TaqMan method, at least one nucleic acid selected from the group consisting of the above a ′) to n ′) may be used as a probe. Here, the probe is labeled with a fluorescent substance serving as a reporter on the 5 ′ end side and labeled with a substance serving as a quencher on the 3 ′ end side. In this case, step (1) may not be performed. PCR can be performed using a nucleic acid sample as a template and a DNA polymerase having 5 ′ nuclease activity, such as Taq DNA polymerase. Examples of primer pairs and probes that can be used in the TaqMan method include oligonucleotides shown in Table 2 below. Specifically, for example,
For the polymorphisms a) to d), 1 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 22; and SEQ ID NO: : An oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence shown in 43 and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 44;
For the polymorphism of e), 2 ′) a primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 24; and SEQ ID NO: 45 A group of oligonucleotides consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 46;
Regarding the polymorphism of f), 3 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 26; and SEQ ID NO: 47 A group of oligonucleotides consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 48;
Regarding the polymorphism of g), 4 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 28, and SEQ ID NO: 49 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 50;
Regarding the polymorphism of h), 5 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 30, and SEQ ID NO: 51 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 52;
Regarding the polymorphism of i), 6 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 32; and SEQ ID NO: 53 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 54;
For the polymorphism of j), 7 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 34, and SEQ ID NO: 55 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 56;
Regarding the polymorphism of k), 8 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 36, and SEQ ID NO: 57 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 58;
For the polymorphism of l), 9 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 38, and SEQ ID NO: 59 A group of oligonucleotides comprising a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 60;
Regarding the polymorphism of m), 10 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and SEQ ID NO: 61 An oligonucleotide group consisting of a probe containing the nucleotide sequence shown and a probe containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 62; and the polymorphism of n) above, 11 ′) the base shown in SEQ ID NO: 41 A primer pair comprising a primer containing the sequence and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 42; a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 63; and a base sequence shown in SEQ ID NO: 64 A group of oligonucleotides comprising a probe containing
また、インベーダー法の場合、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に基づき設計されたインベーダープローブのレポーター蛍光が、多型により生じるミスマッチ部分に侵入することで、cleavaseが認識する構造が生成され、該cleavaseによるレポーター蛍光標識部分の切断によって遊離したレポーター蛍光を検出することにより行なわれうる。この場合、蛍光強度が、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を対照として用いた場合に比べ、増加した場合、多型が存在し、核酸試料の供給源の個体が、高血圧症のリスクを有することの指標として判断される。 In the case of the invader method, the reporter fluorescence of the invader probe designed based on at least one kind of nucleic acid selected from the group consisting of the above a ′) to n ′) enters the mismatch portion caused by the polymorphism. , A structure recognized by cleavase is generated, and the reporter fluorescence released by cleavage of the reporter fluorescent labeling moiety by the cleavase can be detected. In this case, when the fluorescence intensity is increased as compared with the case where at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) is used as a control, a polymorphism exists, and the supply of the nucleic acid sample The source individual is determined as an indicator of having a risk of hypertension.
なお、本明細書において、「a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸」とは、核酸試料中に含まれる核酸において、a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸の塩基配列の他、該塩基配列中、a)〜n)の多型を有する核酸、該多型の位置以外の位置における高血圧症に無関係である変異を有する核酸をも含むことを意図する。 In the present specification, a nucleic acid corresponding to at least one kind of nucleic acid selected from the group consisting of “a ′) to n ′)” means a nucleic acid contained in a nucleic acid sample, a ′) to n ′. In addition to the base sequence of at least one nucleic acid selected from the group consisting of)), a nucleic acid having the polymorphisms a) to n) in the base sequence, irrespective of hypertension at positions other than the position of the polymorphism It is intended to include nucleic acids having certain mutations.
なお、本発明においては、前記a)〜n)の多型により、翻訳産物の発現に影響を及ぼすものである場合、かかる発現産物を指標として、高血圧症のリスクを評価することもできる。この場合、前記翻訳産物に対する抗体又は抗体断片を用いて、発現量、翻訳産物の構造変化等を評価すればよい。前記抗体は、例えば、カレント・プロトコルズ・イン・イムノロジー〔Current Protocols in Immunology、ジョン・E・コリガン(John E. Coligan)編、ジョン・ワイリー&サンズ社(John Weily&Sons,Inc)発行、1992年〕に記載の方法により、前記多型に応じた翻訳産物を用いて、ウサギやマウス等を免疫することにより、容易に作製され得る。前記抗体は、前記翻訳産物に特異的に結合する能力を有するものであれば、ポリクローナル抗体であってもよく、モノクローナル抗体であってもよい。また、得られた抗体を精製後、ペプチダーゼ等により処理することにより、抗体断片が得られる。前記抗体の特異性は、例えば、前記多型に応じた翻訳産物を用い、オクタロニー法、ELISA等により評価されうる。例えば、前記オクタロニー法の場合、前記多型に応じた翻訳産物毎に適切な沈降線の形成を示すことを指標として評価されうる。したがって、前記ミスセンス変異に関する多型の場合、アミノ酸の変化に応じて、抗体を作製すればよく、かかる抗体を用いることにより、ミスセンス変異を検出し、高血圧症のリスクを評価することもできる。 In the present invention, when the polymorphisms a) to n) affect the expression of the translation product, the risk of hypertension can be evaluated using the expression product as an index. In this case, the expression level, the structural change of the translation product, etc. may be evaluated using an antibody or antibody fragment against the translation product. Examples of the antibody include, for example, Current Protocols in Immunology (published by John Wey & Sons, Inc., 1992), edited by John E. Coligan. Can be easily prepared by immunizing rabbits, mice, and the like using the translation product corresponding to the polymorphism. The antibody may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody as long as it has an ability to specifically bind to the translation product. Further, an antibody fragment can be obtained by treating the obtained antibody with a peptidase after purification. The specificity of the antibody can be evaluated by, for example, octalony method, ELISA, etc. using a translation product corresponding to the polymorphism. For example, in the case of the octalony method, it can be evaluated using as an index to show the formation of appropriate sedimentation lines for each translation product corresponding to the polymorphism. Therefore, in the case of the polymorphism related to the missense mutation, an antibody may be prepared according to the amino acid change. By using such an antibody, the missense mutation can be detected and the risk of hypertension can be evaluated.
また、本発明においては、前記抗体に代えて、DNAアプタマーを用いてもよい。前記発現産物に特異的なDNAアプタマーは、ランダムな配列のオリゴ核酸ライブラリーの作製と、標的となる発現産物に対する高い結合性を有するオリゴ核酸の選別と、選別されたオリゴ核酸の増幅とを含むサイクルを繰り返すこととにより得られうる。 In the present invention, a DNA aptamer may be used in place of the antibody. The DNA aptamer specific to the expression product includes generation of an oligonucleic acid library having a random sequence, selection of an oligonucleic acid having a high binding property to a target expression product, and amplification of the selected oligonucleic acid. It can be obtained by repeating the cycle.
また、本発明においては、前記a)〜n)の多型により、オルタナティブスプライシング等を介して転写産物の生成に影響を及ぼすものである場合、かかる転写産物を指標として、高血圧症のリスクを評価することもできる。 In the present invention, when the polymorphisms a) to n) affect the generation of a transcript through alternative splicing or the like, the risk of hypertension is evaluated using the transcript as an index. You can also
本発明は、他の側面では、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を含有した、本発明の評価方法を行なうための、高血圧症のリスクの評価用試薬(態様1);前記プライマー対の少なくとも1種を含有した、本発明の評価方法を行なうための、高血圧症のリスクの評価用試薬(態様2)に関する。 In another aspect, the present invention is for evaluating the risk of hypertension for carrying out the evaluation method of the present invention, comprising at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′). Reagent (Aspect 1); Reagent (Aspect 2) for evaluating the risk of hypertension for carrying out the evaluation method of the present invention, which contains at least one kind of the primer pair.
本発明の高血圧症のリスクの評価用試薬によれば、前記核酸又はプライマー対を含有しているため、高血圧症のリスクを、簡便に、迅速に評価することができるという優れた効果を発揮する。 According to the hypertension risk evaluation reagent of the present invention, since it contains the nucleic acid or primer pair, it exhibits an excellent effect that the risk of hypertension can be easily and rapidly evaluated. .
なお、本発明の評価用試薬には、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸と、前記プライマー対の少なくとも1種とを含有した、本発明の評価方法を行なうための、高血圧症のリスクの評価用試薬も含まれる。 The evaluation reagent of the present invention contains at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) and at least one of the primer pairs. Also included is a reagent for assessing the risk of hypertension.
本発明の評価用試薬は、適宜、検出用試薬、対照試料等を含有していてもよい。 The evaluation reagent of the present invention may appropriately contain a detection reagent, a control sample and the like.
前記態様1の評価用試薬は、前記DNAアレイとして、前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を含有していてもよい。かかる態様の評価用試薬によれば、ハイスループット解析が可能になる。 The evaluation reagent of aspect 1 may contain at least one nucleic acid selected from the group consisting of the above a ′) to n ′) as the DNA array. According to the evaluation reagent of this aspect, high-throughput analysis is possible.
態様2の評価用試薬においては、例えば、用いられる指標、該指標を評価するための手法に応じて、適切なプライマー対を選択できる。 In the evaluation reagent of aspect 2, for example, an appropriate primer pair can be selected according to the index used and the technique for evaluating the index.
また、態様2の評価用試薬は、DNAの可視化用の電気泳動用ゲル、反応容器、説明書等を適宜含有していてもよい。 Further, the evaluation reagent of aspect 2 may appropriately contain an electrophoresis gel for visualizing DNA, a reaction container, instructions, and the like.
本発明は、別の側面では、生検試料に含まれる核酸について、前記a)〜n)からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を評価し、該多型が検出された試料を選別することを特徴とする、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法に関する。 In another aspect of the present invention, the nucleic acid contained in the biopsy sample is evaluated for the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of a) to n), and the polymorphism is detected. The present invention relates to a method for selecting a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension, characterized by selecting the sample.
本発明の選別方法は、本発明の評価方法と同様の手順で行なうことができる。したがって、本発明の選別方法によれば、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料を、簡便に、迅速に選別することができる。 The screening method of the present invention can be performed in the same procedure as the evaluation method of the present invention. Therefore, according to the selection method of the present invention, a biopsy sample derived from an individual at risk for hypertension can be easily and quickly selected.
かかる選別方法によれば、医師による疾患の診断を必要とする現場の他、分析、研究等の分野において、多数の生検試料のなかから、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料を、簡便に、迅速に選別することができる。 According to such a screening method, in addition to the field where diagnosis of a disease by a doctor is required, in a field such as analysis and research, a biopsy sample derived from an individual at risk of hypertension is selected from a large number of biopsy samples. It can be easily and quickly sorted.
本発明の選別方法により得られた「高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料であること」を示す情報は、例えば、電磁的方法〔電気通信回線(単方向、相方向を含む)、電子媒体、書類等を介して、かかる情報を必要とする者、例えば、被検対象の個体、医師等に提供されうる。 Information indicating that the biopsy sample is derived from an individual at risk of hypertension obtained by the screening method of the present invention is, for example, an electromagnetic method [electric communication line (including unidirectional and phase directions), It can be provided to a person who needs such information, for example, an individual to be examined, a doctor, or the like via an electronic medium, a document, or the like.
以下、実施例により本発明を詳細に説明するが、本発明は、かかる実施例により限定されるものではない。 EXAMPLES Hereinafter, although an Example demonstrates this invention in detail, this invention is not limited by this Example.
吹田市在住の市民から、性及び年齢により階層的に選ばれた「吹田研究」の参加者のうち、国立循環器病センター 集団検診部に来診し、遺伝子解析に同意した1818人を対象者とした。 Among the participants of Suita Research, who were selected hierarchically by sex and age from citizens residing in Suita City, 1818 people who visited the National Cardiovascular Center's Group Screening Department and agreed to genetic analysis It was.
各対象者を、座位にて、少なくとも10分間安静にさせた。その後、水銀血圧計を用いて、各対象者の最高血圧〔収縮期血圧(SBP)〕及び最低血圧〔拡張期血圧(DBP)〕を、2回測定した。なお、各測定の間には、3分間の間隔を設けた。 Each subject was allowed to rest for at least 10 minutes in the sitting position. Thereafter, each subject's systolic blood pressure [systolic blood pressure (SBP)] and diastolic blood pressure [diastolic blood pressure (DBP)] were measured twice using a mercury sphygmomanometer. An interval of 3 minutes was provided between each measurement.
また、絶食から12時間後の対象者の血液試料を、EDTAを含む試験管内に回収した。自動分析装置(東芝株式会社製、商品名:TBA−80)を用いて、米国疾病予防管理センターの脂質標準化プログラムに従って総コレステロール値及びHDLコレステロール値を測定した。 Moreover, the blood sample of the subject 12 hours after fasting was collected in a test tube containing EDTA. Using an automatic analyzer (trade name: TBA-80, manufactured by Toshiba Corporation), the total cholesterol level and the HDL cholesterol level were measured according to the lipid standardization program of the US Center for Disease Control and Prevention.
かかる測定結果に基づき、対象者を、喫煙者;飲酒者;高血圧症群〔SBPが140mmHg以上であり、かつDBPが90mmHg以上である状態又は現在、降圧剤を用いている状態の対象者〕;高コレステロール血症群〔総コレステロール値が5.68mmol/L以上(220mg/dL以上)である状態又は現在、抗高脂血症薬を用いている状態の対象者〕;糖尿病群〔空腹時血漿血糖が7.0mmol/L(126mg/dL)以上若しくは非空腹時血糖が11.1mmol/L(200mg/dL)以上である状態、HbA1Cが6.5%を超過している状態又は現在、抗糖尿病薬を用いている状態〕に分類した。肥満度指数(BMI)は、体重(kg)/身長(m)2として算出した。 Based on the measurement results, the subjects were smokers; drinkers; hypertension group (subjects with SBP of 140 mmHg or more and DBP of 90 mmHg or more, or currently using antihypertensive agents); Hypercholesterolemia group [subjects with a total cholesterol level of 5.68 mmol / L or more (220 mg / dL or more) or currently using antihyperlipidemic drugs]; Diabetes group [fasting plasma The blood glucose is 7.0 mmol / L (126 mg / dL) or higher, or the non-fasting blood glucose is 11.1 mmol / L (200 mg / dL) or higher, HbA1C exceeds 6.5%, or currently The state of using a diabetic drug]. The body mass index (BMI) was calculated as body weight (kg) / height (m) 2 .
1818人の対象者の特徴を、表1に示す。 The characteristics of 1818 subjects are shown in Table 1.
これらの対象者から採血した血液を、商品名:NA−3000核酸分離システム(倉敷紡績株式会社)に供して、ゲノムDNAを抽出した。ついで、高血圧に関連する候補遺伝子を選抜し、ダイレクトシークエンス法により、塩基配列を決定し、多型を評価した。 Blood collected from these subjects was subjected to a trade name: NA-3000 nucleic acid separation system (Kurashiki Boseki Co., Ltd.) to extract genomic DNA. Subsequently, candidate genes related to hypertension were selected, the base sequence was determined by the direct sequencing method, and the polymorphism was evaluated.
また、得られたゲノムDNAを鋳型として用いて、TaqMan−PCR法により、数十種類の遺伝子における多型のタイピングを行なった。 Moreover, polymorphism typing in several tens of genes was performed by TaqMan-PCR method using the obtained genomic DNA as a template.
用いたプライマーの一例を、下記表2に示す。 An example of the primer used is shown in Table 2 below.
商品名:Sequencherソフトウェア(Ann ArborのGene Codes Corporation製)を用いることによって多型を評価した。遺伝子型を特定するための候補を、マイナーアレル頻度が5%よりも大きいSNPとした。SNPが、連鎖不平衡の状態(決定係数が0.5より大きい)の場合に、代表的なSNPの遺伝子型を特定した。ミスセンス変異を起こすSNP(以下、ミスセンスSNPという)は、直接高血圧の影響している場合があるため、マイナーアレル頻度が5%未満のミスセンスSNPについても遺伝子型を特定した。 Product name: The polymorphism was evaluated by using Sequencher software (Ann Arbor's Gene Codes Corporation). Candidates for identifying the genotype were SNPs with a minor allele frequency greater than 5%. A representative SNP genotype was identified when the SNP was in a linkage disequilibrium state (decision coefficient greater than 0.5). Since a SNP causing a missense mutation (hereinafter referred to as a missense SNP) may be directly affected by hypertension, the genotype was also identified for a missense SNP having a minor allele frequency of less than 5%.
分散分析を用いてグループ間の平均値を比較し、全体の有意性が実証されれば、一般線形モデルを利用してグループ間の差を評価した。χ2分析によって頻度を比較した。 Analysis of variance was used to compare mean values between groups, and if overall significance was demonstrated, a general linear model was used to assess differences between groups. Frequency was compared by χ 2 analysis.
男女別の年齢、BMI、現在の病気(高脂血症及び糖尿病)、ライフスタイル(喫煙及び飲酒)及び降圧剤の使用を含むリスクファクターにおける潜在的な交絡因子を考慮したロジスティック回帰分析によって、遺伝子型と血圧との関連解析を行なった。なお、多変量のリスクファクターについて、95%の信頼区間で調整オッズ比が与えられた。商品名:SAS統計学ソフトウェア(release 8.2、SAS Institute Inc製)を用いてすべての分析を行なった。また、商品名:SNPAlyze version 2.1(DYNACOM Co.,Ltd.製)を用いて、連鎖不平衡を計算した。 By logistic regression analysis considering potential confounding factors in gender age, BMI, current illness (hyperlipidemia and diabetes), lifestyle (smoking and drinking) and risk factors including use of antihypertensives The relationship between the blood pressure and the blood pressure was analyzed. For multivariate risk factors, the adjusted odds ratio was given with a 95% confidence interval. Product name: All analyzes were performed using SAS statistical software (release 8.2, manufactured by SAS Institute Inc). In addition, linkage disequilibrium was calculated using a trade name: SNP Alyze version 2.1 (manufactured by DYNACOM Co., Ltd.).
解析結果を表3に示す。 The analysis results are shown in Table 3.
その結果、表3に示されるように、CAST(カルパスタチン)遺伝子、LIPA(リソソーム酸リパーゼ)遺伝子、LIPC(肝性リパーゼ)遺伝子、SLC4A1(バンド3)遺伝子、TRH(甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン)遺伝子及びVWF(von Willebrand因子)遺伝子において、ミスセンス変異を引き起こすSNP、並びにGREB1遺伝子及びHPCAL1遺伝子において、SNPが見出された。 As a result, as shown in Table 3, CAST (calpastatin) gene, LIPA (lysosomal acid lipase) gene, LIPC (hepatic lipase) gene, SLC4A1 (band 3) gene, TRH (thyroid stimulating hormone releasing hormone) gene And SNPs that cause missense mutations in the VWF (von Willebrand factor) gene and SNPs in the GREB1 and HPCAL1 genes.
CAST遺伝子のrs754615は、女性の高血圧症と有意に関連があることが明らかになった(GG+GC対CC、p=0.0349、オッズ比=0.17、95%の信頼区間:0.03〜0.88)。また、SLC4A1遺伝子のrs5036は、男性の高血圧症と有意に関連があることが明らかになった(AA対AG+GG、p=0.0353、オッズ比=0.57、95%の信頼区間:0.34〜0.96)。さらに、VWF遺伝子のrs1063856は、男性の高血圧症と有意に関連があることが明らかになった(AA対AG+GG、p=0.0259、オッズ比=0.51、95%の信頼区間:0.28〜0.92)。 CAST gene rs754615 was found to be significantly associated with female hypertension (GG + GC vs CC, p = 0.0349, odds ratio = 0.17, 95% confidence interval: 0.03 0.88). It was also revealed that rs5036 of the SLC4A1 gene is significantly associated with male hypertension (AA vs. AG + GG, p = 0.0353, odds ratio = 0.57, 95% confidence interval: 0. 34-0.96). Furthermore, the VWF gene rs1063856 was found to be significantly associated with male hypertension (AA vs. AG + GG, p = 0.0259, odds ratio = 0.51, 95% confidence interval: .0. 28-0.92).
これらの遺伝子の遺伝子型による血圧の変動は、CAST遺伝子で、4.41mmHg、LIPA遺伝子で、1.12mmHg、LIPC遺伝子で、3.47mmHg、SLC4A1遺伝子で、1.56mmHg、TRH遺伝子で、4.51mmHg、VWF遺伝子で、5.45mmHgであった。 The changes in blood pressure depending on the genotypes of these genes were 4.41 mmHg, LIPA gene, 1.12 mmHg, LIPC gene, 3.47 mmHg, SLC4A1 gene, 1.56 mmHg, and TRH gene. It was 51 mmHg and 5.45 mmHg for the VWF gene.
これらの結果から、CAST遺伝子、LIPA遺伝子、LIPC遺伝子、SLC4A1遺伝子、TRH遺伝子及びVWF遺伝子のミスセンス変異は、日本人における本態性高血圧症の原因となる変異であることが示唆された。 From these results, it was suggested that the missense mutation of the CAST gene, LIPA gene, LIPC gene, SLC4A1 gene, TRH gene and VWF gene is a mutation causing essential hypertension in Japanese.
また、GREB1遺伝子において、−13945A>T(AA対AT+TT、p=0.006、オッズ比=2.28、95%の信頼区間:1.27〜4.08)、45718A>G(AA対AG+GG、p=0.011、オッズ比=0.65、95%の信頼区間:0.46〜0.90)は、男性の高血圧症と有意に関連があることが明らかになった。また、GREB1中の45718A>Gにおいて、AA+AGの遺伝子型(A/Gのアレル頻度:0.512/0.488)の男性のSBPは、GG遺伝子型の男性よりも2.78mmHg高かった(p=0.0265)。 Further, in the GREB1 gene, −13945A> T (AA vs. AT + TT, p = 0.006, odds ratio = 2.28, 95% confidence interval: 1.27 to 4.08), 45718A> G (AA vs. AG + GG) P = 0.011, odds ratio = 0.65, 95% confidence interval: 0.46-0.90) was found to be significantly associated with hypertension in men. In addition, in 45718A> G in GREB1, the SBP of the male of AA + AG genotype (A / G allele frequency: 0.512 / 0.488) was 2.78 mmHg higher than that of the male of GG genotype (p = 0.0265).
GREB1中のJST149390のAA+AG遺伝子型(A/Gのアレル頻度:0.803/0.197)の男性のSBPは、GG遺伝子型の男性よりも9.19mmHg高かった(p=0.0079)。 The SBP of males with AA + AG genotype of JST149390 (A / G allele frequency: 0.803 / 0.197) in GREB1 was 9.19 mmHg higher than that of males with GG genotype (p = 0.0079).
また、SBP 120mmHg以下であり、かつDBP 80mmHg以下である状態又は降圧剤を用いていない状態の対象者を、対照群とし、収縮期血圧160mmHg以上であり、かつ拡張期血圧100mmHg以上である状態又は現在、降圧剤を用いている状態の対象者を、高血圧症群とし、年齢、BMI、高脂血症、糖尿病、喫煙及び飲酒について補正した結果、45718A>Gは男性の高血圧症と有意な関連があることが明らかとなった(AA対AG+GG、p=0.002、オッズ比=0.42、95%の信頼区間:0.24〜0.72)。 In addition, a subject who is SBP 120 mmHg or less and DBP 80 mmHg or less or is not using an antihypertensive agent is used as a control group, and systolic blood pressure is 160 mmHg or more and diastolic blood pressure is 100 mmHg or more, or As a result of adjusting the age, BMI, hyperlipidemia, diabetes, smoking, and alcohol consumption to subjects who are currently using antihypertensive agents, 45718A> G is significantly associated with male hypertension (AA vs. AG + GG, p = 0.002, odds ratio = 0.42, 95% confidence interval: 0.24-0.72).
HPCAL1中のJST126186のAA+AC遺伝子型(A/Cのアレル頻度:0.880/0.120)の女性のSBPは、CC遺伝子型の女性よりも16.68mmHg高かった(p=0.0025)。 The SBP of women with JST126186 AA + AC genotype (A / C allele frequency: 0.880 / 0.120) in HPCAL1 was 16.68 mmHg higher than that of CC genotype women (p = 0.0025).
以上のように、CAST遺伝子、LIPA遺伝子、LIPC遺伝子、SLC4A1遺伝子、TRH遺伝子、VWF遺伝子、GREB1遺伝子及びHPCAL1遺伝子それぞれにおける遺伝子多型により、高血圧症を診断できることがわかる。 As described above, it can be seen that hypertension can be diagnosed by gene polymorphisms in the CAST gene, LIPA gene, LIPC gene, SLC4A1 gene, TRH gene, VWF gene, GREB1 gene and HPCAL1 gene.
本発明により、高血圧症及び関連する循環器疾患の診断を行なうことができ、しいては、脳卒中、虚血性心疾患、腎不全等の発症予防や治療につなげることができる。 According to the present invention, hypertension and related cardiovascular diseases can be diagnosed, and this can lead to the prevention and treatment of stroke, ischemic heart disease, renal failure and the like.
配列番号:1において、1336位の「s」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 1, “s” at position 1336 is the position of the SNP.
配列番号:2において、408位の「Xaa」は、Cys又はSerである。 In SEQ ID NO: 2, “Xaa” at position 408 is Cys or Ser.
配列番号:3において、1311位の「s」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 3, “s” at position 1311 is the position of the SNP.
配列番号:4において、386位の「Xaa」は、Cys又はSerである。 In SEQ ID NO: 4, “Xaa” at position 386 is Cys or Ser.
配列番号:5において、494位の「s」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 5, “s” at position 494 is the position of the SNP.
配列番号:6において、131位の「Xaa」は、Cys又はSerである。 In SEQ ID NO: 6, “Xaa” at position 131 is Cys or Ser.
配列番号:7において、1165位の「s」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 7, “s” at position 1165 is the position of the SNP.
配列番号:8において、290位の「Xaa」は、Cys又はSerである。 In SEQ ID NO: 8, “Xaa” at position 290 is Cys or Ser.
配列番号:9において、86位の「m」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 9, “m” at position 86 is the position of the SNP.
配列番号:10において、16位の「Xaa」は、Thr又はProである。 In SEQ ID NO: 10, “Xaa” at position 16 is Thr or Pro.
配列番号:11において、340位の「r」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 11, “r” at position 340 is the position of the SNP.
配列番号:12において、95位の「Xaa」は、Val又はMetである。 In SEQ ID NO: 12, “Xaa” at position 95 is Val or Met.
配列番号:13において、280位の「r」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 13, “r” at position 280 is the position of the SNP.
配列番号:14において、56位の「Xaa」は、Glu又はLysである。 In SEQ ID NO: 14, “Xaa” at position 56 is Glu or Lys.
配列番号:15において、134位の「s」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 15, “s” at position 134 is the position of the SNP.
配列番号:16において、8位の「Xaa」は、Val又はLeuである。 In SEQ ID NO: 16, “Xaa” at position 8 is Val or Leu.
配列番号:17において、2675位の「r」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 17, “r” at position 2675 is the position of the SNP.
配列番号:18において、789位の「Xaa」は、Ala又はThrである。 In SEQ ID NO: 18, “Xaa” at position 789 is Ala or Thr.
配列番号:19において、11536位の「w」、71198位の「r」、110190位の「s」、111525位の「r」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 19, “w” at position 11536, “r” at position 71198, “s” at position 110190, and “r” at position 11125 are the positions of SNPs.
配列番号:20において、96514位の「m」は、SNPの位置である。 In SEQ ID NO: 20, “m” at position 96514 is the position of the SNP.
配列番号:21は、CAST遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 21 is the sequence of a SNP detection primer in the CAST gene.
配列番号:22は、CAST遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 22 is the sequence of a SNP detection primer in the CAST gene.
配列番号:23は、LIPA遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 23 is a sequence of a SNP detection primer in the LIPA gene.
配列番号:24は、LIPA遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 24 is the sequence of a SNP detection primer in the LIPA gene.
配列番号:25は、LIPC遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 25 is the sequence of a primer for detection of SNP in the LIPC gene.
配列番号:26は、LIPC遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 26 is a sequence of a SNP detection primer in the LIPC gene.
配列番号:27は、SLC4A1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 27 is a sequence of a SNP detection primer in the SLC4A1 gene.
配列番号:28は、SLC4A1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 28 is the sequence of a primer for detection of SNP in the SLC4A1 gene.
配列番号:29は、TRH遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 29 is a sequence of a SNP detection primer in the TRH gene.
配列番号:30は、TRH遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 30 is a sequence of a primer for detection of SNP in the TRH gene.
配列番号:31は、VWF遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 31 is a sequence of a SNP detection primer in the VWF gene.
配列番号:32は、遺VWF伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 32 is the sequence of a primer for detection of SNPs in the legacy VWF gene.
配列番号:33は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 33 is a sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:34は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 34 is the sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:35は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 35 is the sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:36は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 36 is the sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:37は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 37 is a sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:38は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 38 is a sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:39は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 39 is a sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:40は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 40 is the sequence of a primer for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:41は、HPCAL1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 41 is the sequence of a primer for detection of SNP in the HPCAL1 gene.
配列番号:42は、HPCAL1遺伝子におけるSNPの検出用プライマーの配列である。 SEQ ID NO: 42 is the sequence of a primer for detection of SNP in the HPCAL1 gene.
配列番号:43は、CAST遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 43 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a CAST gene.
配列番号:44は、CAST遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 44 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a CAST gene.
配列番号:45は、LIPA遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 45 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a LIPA gene.
配列番号:46は、LIPA遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 46 is the sequence of the SNP detection probe in the LIPA gene.
配列番号:47は、LIPC遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 47 is the sequence of the probe for detecting SNP in the LIPC gene.
配列番号:48は、LIPC遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 48 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a LIPC gene.
配列番号:49は、SLC4A1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 49 is the sequence of the SNP detection probe in the SLC4A1 gene.
配列番号:50は、SLC4A1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 50 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in SLC4A1 gene.
配列番号:51は、TRH遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 51 is the sequence of a probe for detection of SNPs in the TRH gene.
配列番号:52は、TRH遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 52 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a TRH gene.
配列番号:53は、VWF遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 53 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a VWF gene.
配列番号:54は、VWF遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 54 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in a VWF gene.
配列番号:55は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 55 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:56は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 56 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:57は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 57 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:58は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 58 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:59は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 59 is a sequence of a probe for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:60は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 60 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:61は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 61 is the sequence of the probe for detection of SNP in the GREB1 gene.
配列番号:62は、GREB1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 SEQ ID NO: 62 is the sequence of the probe for detecting SNP in the GREB1 gene.
配列番号:63は、HPCAL1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 63 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in HPCAL1 gene.
配列番号:64は、HPCAL1遺伝子におけるSNPの検出用プローブの配列である。 The sequence number: 64 is the arrangement | sequence of the probe for a detection of SNP in HPCAL1 gene.
Claims (7)
a) CASTタンパク質バリアント(配列番号:2)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
b) CASTタンパク質バリアント(配列番号:4)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
c) CASTタンパク質バリアント(配列番号:6)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
d) CASTタンパク質バリアント(配列番号:8)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
e) LIPAタンパク質(配列番号:10)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
f) LIPCタンパク質(配列番号:12)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
g) SLC4A1タンパク質(配列番号:14)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
h) TRHタンパク質(配列番号:16)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
i) VWFタンパク質(配列番号:18)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
j) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:11536における多型、
k) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:71198における多型、
l) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:110190における多型、
m) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:111525における多型、及び
n) HPCAL1タンパク質をコードする核酸(配列番号:20)の塩基配列の塩基番号:96514における多型、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を検出し、該多型が存在する場合、高血圧症のリスクがあることの指標として評価することを特徴とする、高血圧症のリスクの評価方法。 For nucleic acid samples
a) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 408 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 2);
b) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 4),
c) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 6),
d) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 290 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 8),
e) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 16 of the amino acid sequence of the LIPA protein (SEQ ID NO: 10);
f) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence of the LIPC protein (SEQ ID NO: 12);
g) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 56 of the amino acid sequence of SLC4A1 protein (SEQ ID NO: 14),
h) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 8 of the amino acid sequence of the TRH protein (SEQ ID NO: 16);
i) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 789 of the amino acid sequence of the VWF protein (SEQ ID NO: 18);
j) a polymorphism at base number 11536 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
k) a polymorphism at base number 71198 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
l) a polymorphism at base number: 110190 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
m) a polymorphism in the base number: 111525 of the base sequence of the nucleic acid encoding the GREB1 protein (SEQ ID NO: 19), and n) the base number of the base sequence of the nucleic acid encoding the HPCAL1 protein (SEQ ID NO: 20): in 96514 Polymorphism,
Detecting the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of, and evaluating the risk of hypertension when the polymorphism is present as an indicator of the risk of hypertension, Evaluation methods.
a’) 配列番号:1に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1336を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
b’) 配列番号:3に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1311を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
c’) 配列番号:5に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:494を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
d’) 配列番号:7に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1165を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
e’) 配列番号:9に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:86を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
f’) 配列番号:11に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:340を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
g’) 配列番号:13に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:280を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
h’) 配列番号:15に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:134を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
i’) 配列番号:17に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:2675を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
j’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:11536を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
k’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:71198を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
l’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:110190を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
m’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:111525を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
n’) 配列番号:20に示される塩基配列中における塩基番号:96514を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸に対応する核酸を得るステップ、並びに
(2)(I)前記ステップ(1)で得られた核酸の塩基配列、及び/又は
(II)前記ステップ(1)で得られた核酸と該核酸に対応する前記a’)〜n’)からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸との間の動態の相違、
に基づき、a)〜n)の多型を検出するステップ、
を含む、請求項1記載の評価方法。 (1) From a nucleic acid sample, the following a ′) to n ′):
a ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 1336 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
b ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 1311 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
c ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 494 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof, And d ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the nucleotide number: 1165 in the nucleotide sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
e ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 86 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
f ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 340 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
g ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 280 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof, And h ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 134 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
i ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10-100 nucleotides fragment containing the base number: 2675 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
j ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the base number: 11536 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
k ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 71198 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
l ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising the nucleotide number: 110190 in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19, or an antisense nucleic acid thereof,
m ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides containing the base number: 111525 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof; and n ′) in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20. A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising base number: 96514 or an antisense nucleic acid thereof;
A step of obtaining a nucleic acid corresponding to at least one nucleic acid selected from the group consisting of: (2) (I) the base sequence of the nucleic acid obtained in step (1), and / or (II) the step ( The difference in kinetics between the nucleic acid obtained in 1) and at least one nucleic acid selected from the group consisting of a ′) to n ′) corresponding to the nucleic acid,
Detecting a polymorphism of a) to n) based on
The evaluation method according to claim 1, comprising:
a’) 配列番号:1に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1336を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
b’) 配列番号:3に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1311を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
c’) 配列番号:5に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:494を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
d’) 配列番号:7に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:1165を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
e’) 配列番号:9に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:86を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
f’) 配列番号:11に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:340を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
g’) 配列番号:13に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:280を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
h’) 配列番号:15に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:134を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
i’) 配列番号:17に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:2675を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
j’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:11536を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
k’) 配列番号:19に示される塩基配列を含有した核酸若しくはそのアンチセンス核酸又は該塩基配列中における塩基番号:71198を含む連続した10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
l’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:110190を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
m’) 配列番号:19に示される塩基配列中における塩基番号:111525を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、及び
n’) 配列番号:20に示される塩基配列中における塩基番号:96514を含む10〜100ヌクレオチド長の断片の核酸若しくはそのアンチセンス核酸、
からなる群より選ばれた少なくとも1種の核酸を含有してなる、高血圧症のリスクの評価用試薬。 A ′) to n ′) below:
a ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 1 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 1336 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
b ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 3 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 1311 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
c ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 5 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 494 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof, And d ′) a nucleic acid containing the nucleotide sequence shown in SEQ ID NO: 7, or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the nucleotide number: 1165 in the nucleotide sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
e ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 9 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 86 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
f ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 11 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 340 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
g ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 13 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 280 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof, And h ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 15 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide long fragment containing the base number: 134 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
i ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 17 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10-100 nucleotides fragment containing the base number: 2675 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
j ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a 10-100 nucleotide fragment containing the base number: 11536 in the base sequence or an antisense nucleic acid thereof,
k ′) a nucleic acid containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof, or a nucleic acid of a continuous 10 to 100 nucleotide fragment containing the base number: 71198 in the base sequence, or an antisense nucleic acid thereof,
l ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising the nucleotide number: 110190 in the nucleotide sequence represented by SEQ ID NO: 19, or an antisense nucleic acid thereof,
m ′) a nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides containing the base number: 111525 in the base sequence shown in SEQ ID NO: 19 or an antisense nucleic acid thereof; and n ′) in the base sequence shown in SEQ ID NO: 20. A nucleic acid having a length of 10 to 100 nucleotides comprising base number: 96514 or an antisense nucleic acid thereof;
A reagent for evaluating the risk of hypertension, comprising at least one nucleic acid selected from the group consisting of:
2)配列番号:23に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:24に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
3)配列番号:25に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:26に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
4)配列番号:27に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:28に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
5)配列番号:29に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:30に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
6)配列番号:31に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:32に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
7)配列番号:33に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:34に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
8)配列番号:35に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:36に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
9)配列番号:37に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:38に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
10)配列番号:39に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:40に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、及び
11)配列番号:41に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドと配列番号:42に示される塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとからなるプライマー対、
からなる群より選ばれた少なくとも1種のプライマー対を含有してなる、請求項4記載の評価用試薬。 1) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 22;
2) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 24;
3) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 26;
4) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 28;
5) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 30;
6) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 32;
7) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 34;
8) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 36;
9) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 38;
10) a primer pair consisting of an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and an oligonucleotide consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and 11) an oligo consisting of the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 A primer pair consisting of a nucleotide and an oligonucleotide consisting of the base sequence represented by SEQ ID NO: 42;
The evaluation reagent according to claim 4, comprising at least one primer pair selected from the group consisting of:
1’)配列番号:21に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:22に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:43に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:44に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
2’)配列番号:23に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:24に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:45に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:46に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
3’)配列番号:25に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:26に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:47に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:48に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
4’)配列番号:27に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:28に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:49に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:50に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
5’)配列番号:29に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:30に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:51に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:52に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
6’)配列番号:31に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:32に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:53に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:54に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
7’)配列番号:33に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:34に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:55に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:56に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
8’)配列番号:35に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:36に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:57に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:58に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
9’)配列番号:37に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:38に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:59に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:60に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
10’)配列番号:39に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:40に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:61に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:62に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;及び
11’)配列番号:41に示される塩基配列を含有したプライマーと配列番号:42に示される塩基配列を含有したプライマーとからなるプライマー対と、配列番号:63に示される塩基配列を含有したプローブと、配列番号:64に示される塩基配列を含有したプローブとからなるオリゴヌクレオチド群;
からなる群より選ばれた少なくとも1種のオリゴヌクレオチド群を含有してなる、請求項4記載の評価用試薬。 The following oligonucleotide groups 1 ′) to 11 ′):
1 ′) a primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 21 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 22; and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 43 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 44;
2 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 23 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 24, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 45 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 46;
3 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 25 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 26, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 47 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 48;
4 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 27 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 28, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 49 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 50;
5 ′) a primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 29 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 30 and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 51 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 52;
6 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 31 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 32, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 53 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 54;
7 ′) A primer pair consisting of a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 33 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 34, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 55 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 56;
8 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 35 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 36, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 57 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 58;
9 ′) A primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 37 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 38, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 59 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence represented by SEQ ID NO: 60;
10 ′) a primer pair comprising a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 39 and a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 40, and a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 61 And an oligonucleotide group consisting of a probe containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 62; and 11 ′) a primer containing the base sequence shown in SEQ ID NO: 41 and the base sequence shown in SEQ ID NO: 42 An oligonucleotide group consisting of a primer pair comprising the contained primer, a probe comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 63, and a probe comprising the base sequence represented by SEQ ID NO: 64;
The evaluation reagent according to claim 4, comprising at least one oligonucleotide group selected from the group consisting of:
a) CASTタンパク質バリアント(配列番号:2)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:408に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
b) CASTタンパク質バリアント(配列番号:4)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:386に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
c) CASTタンパク質バリアント(配列番号:6)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:131に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
d) CASTタンパク質バリアント(配列番号:8)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:290に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
e) LIPAタンパク質(配列番号:10)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:16に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
f) LIPCタンパク質(配列番号:12)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:95に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
g) SLC4A1タンパク質(配列番号:14)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:56に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
h) TRHタンパク質(配列番号:16)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:8に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
i) VWFタンパク質(配列番号:18)のアミノ酸配列のアミノ酸番号:789に対応するアミノ酸残基のミスセンス変異を引き起こす多型、
j) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:11536における多型、
k) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:71198における多型、
l) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:110190における多型、
m) GREB1タンパク質をコードする核酸(配列番号:19)の塩基配列の塩基番号:111525における多型、及び
n) HPCAL1タンパク質をコードする核酸(配列番号:20)の塩基配列の塩基番号:96514における多型
からなる群より選ばれた少なくとも1種の多型の有無を評価し、該多型が検出された試料を選別することを特徴とする、高血圧症のリスクのある個体由来の生検試料の選別方法。 About nucleic acids contained in biopsy samples
a) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 408 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 2);
b) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 386 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 4),
c) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 131 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 6),
d) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number: 290 of the amino acid sequence of the CAST protein variant (SEQ ID NO: 8),
e) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 16 of the amino acid sequence of the LIPA protein (SEQ ID NO: 10);
f) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 95 of the amino acid sequence of the LIPC protein (SEQ ID NO: 12);
g) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 56 of the amino acid sequence of SLC4A1 protein (SEQ ID NO: 14),
h) a polymorphism causing a missense mutation of the amino acid residue corresponding to amino acid number 8 of the amino acid sequence of the TRH protein (SEQ ID NO: 16);
i) a polymorphism causing a missense mutation of an amino acid residue corresponding to amino acid number 789 of the amino acid sequence of the VWF protein (SEQ ID NO: 18);
j) a polymorphism at base number 11536 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
k) a polymorphism at base number 71198 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
l) a polymorphism at base number: 110190 of the base sequence of the nucleic acid encoding GREB1 protein (SEQ ID NO: 19);
m) a polymorphism in the base number: 111525 of the base sequence of the nucleic acid encoding the GREB1 protein (SEQ ID NO: 19), and n) the base number of the base sequence of the nucleic acid encoding the HPCAL1 protein (SEQ ID NO: 20): in 96514 A biopsy sample derived from an individual at risk of hypertension characterized by evaluating the presence or absence of at least one polymorphism selected from the group consisting of polymorphisms and selecting a sample from which the polymorphism was detected Sorting method.
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