JP2005517395A - ヒト前立腺から単離したヒト遺伝子および遺伝子発現産物 - Google Patents

Abstract

本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびそれらの改変体、それらのコードされるポリペプチドおよびそれらの改変体に関し、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子に関し、そしてこれらの遺伝子によって発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、プローブ、アンチセンスヌクレオチド、および抗体を含む、このような新規なヒトポリヌクレオチド、それらの対応する遺伝子または遺伝子産物を含む診断剤および治療剤に関する。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１〜１４７７のうちの少なくとも１つの配列情報を含むポリヌクレオチドに対応する。本発明のポリペプチドは、配列番号１４７８〜１５６８のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列情報を含むポリペプチドに対応する。

Description

（発明の分野）
本発明は、ヒト起源、特にヒト前立腺起源のポリヌクレオチドおよびコードされた遺伝子産物に関する。

（発明の背景）
新規のポリヌクレオチド、特に、発現された遺伝子産物をコードするポリヌクレオチドの同定は、薬物送達、診断技術、ならびに癌のような複雑な疾患の進行および性質の理解の進歩において重要である。疾患の状態または疾患の段階、発生段階、種々の環境因子への曝露、起源の組織、組織を単離した種などが異なる供給源から単離された異なる細胞型で発現された遺伝子の同定は、種々の差異に関連する表現型を担う遺伝因子を同定するための鍵となる。

本発明は、新規のヒトポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドによりコードされたポリペプチド、およびこれらの新規のポリヌクレオチドに対応する遺伝子およびタンパク質を提供する。

（発明の要旨）
本発明は、新規のヒトポリヌクレオチドおよびそれらの改変体、それらのコードされたポリペプチドおよびそれらの改変体、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子、ならびにこの遺伝子により発現されたタンパク質に関する。本発明はまた、このような新規のヒトポリヌクレオチド、それらに対応する遺伝子または遺伝子産物（プローブ、アンチセンスヌクレオチド、および抗体を含む）を含む、診断剤および治療剤に関する。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１〜１４７７の少なくとも１つの配列情報を含むポリヌクレオチドに対応する。本発明のポリペプチドは、配列番号１４７８〜１５６８の少なくとも１つのアミノ酸配列情報を含むポリペプチドに対応する。

本発明の種々の局面および実施形態は、本明細書中で提供された記載を読む際に、当業者にとって容易に明白になる。

（発明の詳細な説明）
本発明を記載する前に、本発明が記載された特定の実施形態（それ自体もちろん変わり得る）に限定されないことが理解されるべきである。本明細書中で使用される用語法は、特定の実施形態のみを記載する目的のためであり、制限することを意図しないこともまた理解されるべきである。

他に定義されない限り、本明細書中で使用される全ての専門用語および科学用語は、本発明が属する当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載されたものと類似または等しい任意の方法および物質が、本発明の実行または試験で使用され得るが、好ましい方法および物質を、ここに記載する。

各個々の刊行物または特許出願が具体的かつ個々に参考として援用されることが示されるかのように、本明細書中で引用された全ての刊行物および特許出願は、参考として本明細書中で援用される。任意の刊行物の引用は、出願日より前の開示についてであり、そして本発明が、先願発明によりこのような刊行物の日付を早める権利を与えられないことの承認として解釈されるべきではない。

本明細書中および添付の特許請求の範囲で使用される場合、文脈が他に明確に示さない限り、単数形「ａ」、「ａｎｄ」および「ｔｈｅ」は、複数の言及を含むことに留意すべきである。したがって、例えば、「ポリヌクレオチド（ａ ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」に対する言及は、複数のこのようなポリヌクレオチドを含み、そして「大腸癌細胞（ｔｈｅ ｃｏｌｏｎ ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ）」に対する言及は、１つ以上の細胞および当業者に公知のそれらの対応物などに対する言及を含む。

本明細書中で論じられた刊行物および出願は、本出願の出願日より前の開示に対してのみ提供される。本明細書中では、本発明が先願発明によりこのような刊行物の日付を早める権利を与えられないことの承認として解釈されることはない。さらに提供された刊行物の日付は、独立して確かめられる必要があり得る事実上の刊行日とは異なり得る。

（定義）
本明細書中で交換可能に使用される用語「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、任意の長さのリボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドのいずれかのヌクレオチドの重合体形態をいう。したがって、これらの用語には、以下のものが挙げられるがこれらには限らない：一本鎖ＤＮＡまたは一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＤＮＡまたは二本鎖ＲＮＡ、あるいは複数鎖ＤＮＡまたは複数鎖ＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、分枝核酸（例えば、米国特許第５，１２４，２４６号；同第５，７１０，２６４号；および同第５，８４９，４８１号を参照のこと）、あるいはプリン塩基およびピリミジン塩基または他の天然のヌクレオチド塩基、化学的または生化学的に修飾された非天然または誘導体化されたヌクレオチド塩基を含むポリマー。これらの用語にはさらに、以下のものが挙げられるがこれらには限らない：イントロン配列を含むｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ（例えば、Ｎｉｗａら（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９（７）：６９１−７０２を参照のこと）。ポリヌクレオチドの骨格は、糖およびリン酸基（代表的に、ＲＮＡまたはＤＮＡで見出され得るような）、あるいは修飾されるかまたは置換された糖およびリン酸基を含み得る。あるいは、ポリヌクレオチドの骨格は、合成サブユニット（例えば、ホスホラミダイト）のポリマーを含み得、従って、オリゴデオキシヌクレオシドホスホラミダイトオリゴマーまたは混合されたホスホラミダイト−リン酸ジエステルオリゴマーであり得る。Ｐｅｙｒｏｔｔｅｓら（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：１８４１−１８４８；Ｃｈａｔｕｒｖｅｄｉら（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２４：２３１８−２３２３。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド（例えば、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログ、ウラシル、他の糖、および連結基（例えば、フルオロリボースおよびチオエート）、およびヌクレオチド分枝を含み得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分により中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば標識成分との結合体化によって、重合後にさらに修飾され得る。この定義に含まれる他の型の修飾は、キャップ、アナログによる１つ以上の天然に存在するヌクレオチドの置換、およびタンパク質、金属イオン、標識成分、他のポリヌクレオチド、または固体支持体にポリヌクレオチドを付着する手段の導入である。

本明細書中で交換可能に使用される用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、コードされたアミノ酸およびコードされないアミノ酸、化学的または生化学的に修飾されたアミノ酸あるいは化学的または生化学的に誘導体化されたアミノ酸、および修飾されたペプチド骨格を有するポリペプチドを含み得る任意の長さのアミノ酸の重合体形態をいう。この用語は融合タンパク質を含み、以下のものが挙げられるがこれらには限らない：異種アミノ酸配列を有する融合タンパク質、Ｎ−末端メチオニン残基を含むかまたは含まない、異種リーダー配列および相同リーダー配列を有する融合物；免疫学的に標識化されたタンパク質；など。

本明細書中で使用される場合、「診断」には、一般的に、疾患または障害に対する被験体の感受性の決定、被験体が現在疾患または障害に罹患しているかどうかについての決定、疾患または障害により罹患した被験体の予後（例えば、前転移性または転移性癌の状態、癌の段階、または治療に対する癌の応答性の同定）、および治療測定規準（ｔｈｅｒａｍｅｔｒｉｃｓ）（例えば、治療の効果または効力についての情報を提供する被験体の状態のモニタリング）が挙げられる。

本明細書中で使用される場合、「サンプル」または「生物学的なサンプル」は、種々のサンプル型を包含し、そして一般的に、生物学的な体液または組織のサンプル、特に組織から得られたサンプル、特に診断的適用が設計される疾患または状態に関連する型の細胞から得られたサンプル（例えば、腺管腺癌）、などをいうことを意味する。「サンプル」または「生物学的サンプル」は、血液および生物学的起源の他の液体サンプル、固体組織サンプル（例えば、生検標本もしくは組織培養物またはそれらに由来する細胞およびそれらの子孫）を包含することを意味する。これらの用語は、サンプルの獲得後に多少なりとも操作されたサンプルならびにサンプルの誘導体および画分を包含し、ここでサンプルは、例えば、試薬を用いた処置、可溶化、または特定の成分についての富化により操作され得る。この用語はまた、臨床的なサンプルを包含し、そしてまた細胞培養物、細胞上清、細胞溶解物、血清、血漿、生物学的体液、および組織サンプルにおける細胞を含む。サンプルが固体組織である場合、組織の細胞は分離され得るか、または組織断片は分析され得る。

用語「処置」、「処置すること」、「処置する」などは、本明細書中で使用され、所望の薬理学的効果および／または生理学的効果を得ることを一般的にいう。この効果は、それらの疾患または症状を完全または部分的に予防するという点で予防的であり得、そして／あるいは疾患および／もしくは疾患に帰する有害な効果についての部分的あるいは完全な安定化または治療という点で治療的であり得る。本明細書中で使用される場合、「処置」は、哺乳動物、特にヒトにおける疾患の任意の処置を包含し、そしてこの処置は以下に挙げられる：（ａ）疾患または症状を有するとしてまだ診断されていないが、症状または疾患にかかりやすくあり得る被験体に、疾患または症状を生じさせないこと；（ｂ）疾患症状を阻害すること（すなわち、その発症を阻止すること）；または疾患症状を軽減すること（すなわち、疾患または症状の退行を引き起こすこと）。

用語「個体」、「被験体」、「宿主」および「患者」は、本明細書中で交換可能に使用され、そして診断、処置または治療が望ましい任意の哺乳動物被験体、特にヒトをいう。他の被験体には、ウシ、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマなどが挙げられ得る。

本明細書中で使用される場合、用語「単離された」は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または宿主細胞が天然に存在する環境とは異なる環境下にあるポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または宿主細胞をいう。一般的に、単離されたポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体または宿主細胞は、実質的に精製される。本明細書中で使用される場合、用語「実質的に精製された」は、その天然の環境から取り出された化合物（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたは抗体のいずれか）をいい、そして天然に関連する他の化合物を少なくとも６０％含まず、好ましくは７５％含まず、そして最も好ましくは９０％含まない。したがって、例えば、組成物中の総Ａ＋Ｂの重量で少なくとも８５％がＡである場合、Ａを含む組成物は、Ｂを「実質的に含まない」。好ましくは、Ａは、組成物中の総Ａ＋Ｂの重量で少なくとも約９０％、さらに好ましくは重量で少なくとも約９５％を含むか、または重量で９９％までをも含む。

本明細書中で使用される場合「宿主細胞」は、組換えベクターもしくは他の転移ポリヌクレオチドのレシピエントとして使用され得るかまたは使用されてきた単細胞の実体として培養された、微生物または真核の生物細胞または細胞株をいい、そしてトランスフェクトされた元の細胞の子孫を含む。単細胞の子孫は、自然変異、偶発変異、故意の変異に起因して、形態学的またはゲノムもしくは総ＤＮＡの相補体において、必ずしも元の親と完全に同一でなくてもよいことが理解されている。

用語「癌」、「新生物」、「腫瘍」および「癌腫」は、本明細書中で交換可能に使用され、比較的自律的な増殖を示す細胞をいい、その結果、これらは、細胞増殖の制御の有意な喪失により特徴付けられる異常な成長表現型を示す。一般的に、本出願における検出または処置についての目的の細胞には、前癌細胞（例えば、良性細胞）、悪性細胞、転移性細胞、および非転移性細胞が挙げられる。癌細胞の検出は、特に目的の検出である。

１０ｅ−３で見られるような「ｅ」の使用は、「ｅ」の左側の数が、「ｅ」の右側の数に累乗されることを示す（したがって、１０ｅ−３は、１０^−３である）。

例えば、異種核酸配列または異種アミノ酸配列、異種ポリペプチド、または異種核酸の文脈において本明細書中で使用される場合、用語「異種」は、連結されるかまたは結合された供給源とは異なる供給源が起源である物質をいうことを意味する。例えば、配列が異なる遺伝子または異なる種由来である場合、２つのＤＮＡ配列は、互いに異種である。宿主細胞に対して異種である配列を含む組換え宿主細胞は、例えば、ヒトポリペプチドをコードする配列を含む細菌細胞であり得る。

本発明は、開示されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド、これらの配列およびこれらの縮重改変体に対応する全長ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ゲノム配列、および遺伝子、ならびに本発明のポリヌクレオチドによりコードされたポリペプチドおよびポリペプチド改変体に関する。以下の詳細な説明は、本発明により包含されるポリヌクレオチド組成物、全長遺伝子産物をコードするｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを得る方法、これらのポリヌクレオチドおよび遺伝子の発現、ポリヌクレオチドおよび遺伝子の構造モチーフの同定、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によりコードされた遺伝子産物の機能の同定、プローブとしての、ならびにマッピングおよび組織プロファイリングにおける、提供されたポリヌクレオチドの使用、抗体を惹起するための対応するポリペプチドおよび他の遺伝子産物の使用、そして治療目的および診断目的のためのポリヌクレオチドおよびこれらがコードする遺伝子産物の使用を記載する。

（ポリヌクレオチド組成物）
ポリヌクレオチド組成物に関する本発明の範囲には、以下のものが含まれるがこれらには限らない：配列番号１〜１４７７のいずれかひとつに示される配列を有するポリヌクレオチド；ストリンジェントな条件下（特に高いストリンジェンシーの条件）でのハイブリダイゼーションにより本明細書中で記載された生物学的物質または他の生物学的供給源（特にヒトの供給源）から得られたポリヌクレオチド；提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子；提供されたポリヌクレオチドの改変体およびこれらの対応する遺伝子の改変体、特に、コードされた遺伝子産物の生物学的活性（例えば、タンパク質ファミリーに対する遺伝子産物の割り当ておよび／または遺伝子産物に存在する機能的なドメインの存在の同定の結果として、提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子産物に基づいた生物学的活性）を保持するこれらの改変体。本発明の範囲により企図された他の核酸組成物および本発明の範囲内で企図された他の核酸組成物は、本明細書の開示と共に提供された場合、当業者に容易に明白である。組成物の核酸への言及に関して本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、特に示さない限り、核酸の長さまたは構造に関して限定することを意図しない。

本発明は、ヒト組織（特にヒトの大腸、前立腺、胸部、肺および／または内皮組織）で発現したポリヌクレオチドを特徴とする。特定の目的の本発明の新規の核酸組成物は、配列番号１〜１４７７のいずれかひとつに示される配列またはこれらの同定配列を含む。「同定配列」は、ポリヌクレオチド配列を独自に同定する、少なくとも約１０ｎｔ長〜約２０ｎｔ長、通常は少なくとも約５０ｎｔ長〜約１００ｎｔ長の残基の連続配列である（例えば、約２０ｎｔより大きな任意の連続ヌクレオチド配列に対する、９０％未満、通常は約８０％〜８５％未満の配列同一性を示す）。したがって、目的の新規な核酸組成物には、配列番号１〜１４７７のいずれかひとつ由来の連続ヌクレオチドの同定配列を包含する全長ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡが含まれる。

本発明のポリヌクレオチドはまた、配列類似性または配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。配列類似性を有する核酸は、低いストリンジェンシー条件下（例えば、５０℃および１０×ＳＳＣ（０．９Ｍ生理食塩水／０．０９Ｍクエン酸ナトリウム））で、ハイブリダイゼーションにより検出され、そして５５℃で１×ＳＳＣ内での洗浄に供される場合、結合を保持する。配列同一性は、ストリンジェントな条件下（例えば、５０℃以上、および０．１×ＳＳＣ（９ｍＭ生理食塩水／０．９ｍＭクエン酸ナトリウム））で、ハイブリダイゼーションにより決定され得る。ハイブリダイゼーション方法およびハイブリダイゼーション条件は、当該分野で周知である（例えば、米国特許第５，７０７，８２９号を参照のこと）。提供されたポリヌクレオチド配列（例えば、対立遺伝子改変体、遺伝的に変えられたバージョンの遺伝子など）に実質的に同一である核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、提供されたポリヌクレオチド配列（配列番号１〜１４７７）に結合する。プローブ、特にＤＮＡ配列の標識されたプローブの使用により、相同遺伝子または関連した遺伝子を単離し得る。相同な遺伝子の供給源は、任意の種（例えば、霊長類、特にヒト；げっ歯類（例えば、ラットおよびマウス）；イヌ；ネコ；ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫など）であり得る。

好ましくは、ハイブリダイゼーションは、配列番号１〜１４７７の少なくともひとつの少なくとも１５連続ヌクレオチド（ｎｔ）を使用して、実施される。すなわち、開示された配列番号のひとつの少なくとも１５連続ｎｔが、プローブとして使用される場合、このプローブは、選択されたプローブに独自にハイブリダイズする核酸の同定および検索を可能にする、相補的配列を含む核酸と優先的にハイブリダイズする。１つより多い配列番号由来のプローブは、これらが由来したｃＤＮＡが１つのｍＲＮＡに対応する場合、同じ核酸とハイブリダイズし得る。１５ｎｔより長いプローブ（例えば、約１８ｎｔから約１００ｎｔまでのプローブ）が使用され得るが、１５ｎｔは独自の同定のために十分な配列を示す。

本発明のポリヌクレオチドはまた、ヌクレオチド配列の天然に存在する改変体を含む（例えば、縮重改変体、対立遺伝子改変体など）。本発明のポリヌクレオチドの改変体は、本明細書中で開示されたヌクレオチド配列を有する推定改変体のハイブリダイゼーションにより、好ましくはストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションにより、同定される。例えば、適切な洗浄条件の使用により、本発明のポリヌクレオチドの改変体は、同定され得、ここで対立遺伝子改変体は、選択されたポリヌクレオチドプローブに対して、最大で約２５〜３０％の塩基対（ｂｐ）の不一致を示す。一般的に、対立遺伝子改変体は１５〜２５％ｂｐの不一致を含み、そして５〜１５％、または２〜５％、または１〜２％ｂｐ程度の少ない不一致ならびに単一ｂｐの不一致を含み得る。

本発明はまた、配列番号１〜１４７７のポリヌクレオチドに対応するホモログを包含し、ここで、相同遺伝子の供給源は、任意の哺乳動物種（例えば、霊長類、特にヒト；げっ歯類（例えば、ラット）；イヌ；ネコ；ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫など）であり得る。哺乳動物種の間（例えば、ヒトとマウスとの間で）で、ホモログは一般的に、実質的な配列類似性を有する（例えば、ヌクレオチド配列の間で、少なくとも７５％、通常は少なくとも９０％、さらに通常では少なくとも９５％の配列同一性）。配列類似性は、より大きな配列（例えば、保存モチーフ、コード領域、隣接領域など）のサブセットであり得る参照配列に基づいて計算される。参照配列は、通常では少なくとも約１８連続ｎｔ長、さらに通常では少なくとも約３０ｎｔ長であり、そして比較される完全な配列まで伸長し得る。配列分析についてのアルゴリズムは、当該分野で公知である（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２で記載されたギャップトＢＲＡＳＴまたはＴｉｍｅＬｏｇｉｃ Ｃｏｒｐ．（Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａ）から入手可能なＴｅｒａＢＬＡＳＴ）。

一般的に、本発明の改変体は、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７５％、さらに好ましくは少なくとも約８５％より高い配列同一性を有し、そしてＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）で実施されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定されるように、少なくとも約９０％以上より高くなり得る。本発明の目的について、同一性の％を計算する好ましい方法は、以下を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムである。全体的なＤＮＡ配列の同一性は、以下の検索パラメーター（ギャップオープンペナルティ、１２；およびギャップ伸長ペナルティー、１）と共にアフィンギャップ検索を使用してＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）で実施されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムにより決定されるように、６５％より高くならなければならない。

目的の核酸は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ、ならびにこれらのフラグメント、特に生物学的に活性な遺伝子産物をコードするフラグメントであり得、そして／あるいは本明細書中で開示された方法において有用である（例えば、目的の差示的に発現される遺伝子の独自の識別子などとして、診断において）。本明細書中で使用される場合、用語「ｃＤＮＡ」は、天然の成熟ｍＲＮＡ種で見出される配列エレメントの配列を共有する全ての核酸を含むことを意図し、ここで配列エレメントは、エキソンならびに３’および５’の非コード領域である。正常なｍＲＮＡ種は、連続エキソンを有し、介在するイントロンは、存在する場合、核のＲＮＡスプライシングにより取り除かれ、本発明のポリペプチドをコードする連続オープンリーディングフレームを作成する。

目的のゲノム配列は、天然の染色体に通常存在するイントロンの全てを含む、列挙された配列で定義されるように、開始コドンと終止コドンとの間に核酸の存在を含む。それは、成熟ｍＲＮＡで見出される３’および５’の非翻訳領域をさらに含み得る。それは、転写領域の５’および３’末端のいずれかに隣接ゲノムＤＮＡの約１ｋｂ（しかしおそらくそれ以上）を含む、特異的な転写調節配列および翻訳調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）をさらに含み得る。ゲノムＤＮＡは、１００ｋｂｐ以下のフラグメントとして単離され得る；そして実質的に隣接染色体配列を含まない。ゲノムＤＮＡ隣接コード領域（イントロンで時々見出されるような３’および５’調節配列または内部調節配列のいずれか）は、適切な組織での発現、段階特異的な発現、または疾患段階特異的発現について必要とされる配列を含む。

本発明の核酸組成物は、目的のポリペプチドの全てまたは１部分をコードし得る。二本鎖フラグメントまたは一本鎖フラグメントは、従来の方法に従って化学的にオリゴヌクレオチドを合成すること、制限酵素消化、ＰＣＲ増幅などによりＤＮＡ配列から得られ得る。本発明の単離されたポリヌクレオチドおよびポリヌクレオチドフラグメントは、配列番号１〜１４７７に示されるようなポリヌクレオチド配列から選択される、少なくとも約１０、約１５、約２０、約３５、約５０、約１００、約１５０〜約２００、約２５０〜約３００または約３５０連続するｎｔを含む。ほとんどの部分について、フラグメントは、少なくとも１５ｎｔ長、通常は少なくとも１８ｎｔ長または２５ｎｔ長、および少なくとも約５０までの連続ｎｔ長以上である。好ましい実施形態において、ポリヌクレオチド分子は、配列番号１〜１４７７で示されたポリヌクレオチドからなる群から選択される少なくとも１２ｎｔの連続配列を含む。

本発明のポリヌクレオチドに特異的なプローブは、配列番号１〜１４７７で開示されたポリヌクレオチド配列を使用して生成され得る。プローブは、好ましくは、配列番号１〜１４７７の対応する連続配列の、少なくとも約１２、１５、１６、１８、２０、２２、２４または２５ｎｔのフラグメントであり、１０、５、２、１、０．５、０．１または０．０５ｋｂ長未満であり得る。このプローブは、化学的に合成され得るか、または制限酵素を使用して、より長いポリヌクレオチドから生成され得る。このプローブは標識され得る（例えば、放射活性、ビオチン化、または蛍光タグを用いて）。好ましくは、プローブは、配列番号１〜１４７７のひとつのポリヌクレオチドの同定配列に基づいて設計される。さらに好ましくは、プローブは、配列に対して低い複雑性をマスキングするためのマスキングプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ、ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒ、など）の適用後にマスキングされないままである目的のポリヌクレオチドのひとつの連続配列に基づいて設計される（すなわち、マスキングプログラムにより産生されたマスキングされた配列のポリ−ｎストレッチの外側のポリヌクレオチドにより示されるような、マスキングされない領域を選択する）。

本発明のポリヌクレオチドは、一般的に、インタクトな染色体以外として、実質的に純粋に単離され、そして得られる。通常は、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかの、他の天然に存在する核酸配列を実質的に含まないポリヌクレオチドが得られ、一般的に少なくとも約５０％、通常は少なくとも約９０％純粋であり、そして代表的に「組換え体」（例えば、天然に存在する染色体に通常は関連しない、ひとつ以上のヌクレオチドにより隣接されたもの）である。

本発明のポリヌクレオチドは、線状分子としてまたは環状分子内に提供され得、そして自己複製分子（ベクター）内または複製配列を含まない分子内に提供され得る。ポリヌクレオチドの発現は、それら自身または当該分野で公知の他の調節配列により調節され得る。本発明のポリヌクレオチドは、当該分野で利用可能な種々の技術（例えば、トランスフェリンポリカチオン媒介ＤＮＡ転移、裸の核酸またはカプセル化された核酸を用いたトランスフェクション、リポソーム媒介ＤＮＡ転移、ＤＮＡをコートしたラテックスビーズの細胞内輸送、プロトプラスト融合、ウイルス感染、エレクトロポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介トランスフェクションなど）を使用して、適切な宿主細胞に導入され得る。

目的の核酸組成物は、例えば、ポリペプチドを産生するため、ポリヌクレオチドのさらなるコピーを生成するために生物学的なサンプル（例えば、ヒト細胞の抽出物）における本発明のｍＲＮＡの検出のためのプローブとして、リボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドを生成するため、および一本鎖ＤＮＡプローブとしてまたは３本鎖形成オリゴヌクレオチドとして使用され得る。本明細書中に記載されたプローブは、例えば、サンプル中の、配列番号１〜１４７７に示されるようなポリヌクレオチド配列またはこれらの改変体の存在または欠失の決定のために使用され得る。これらの使用および他の使用は、以下にさらに詳細に記載される。

（全長ｃＤＮＡ、遺伝子、およびプロモーター領域を得るためのポリヌクレオチドの使用）
ひとつの実施形態において、ポリヌクレオチドは、より大きい分子を構築するための出発物質として有用である。ひとつの例において、本発明のポリヌクレオチドを、より大きいポリペプチド（例えば、全長のネイティブポリペプチドならびにネイティブポリペプチドの全てまたは１部分を含む融合タンパク質まで）をコードするポリヌクレオチドを構築するために使用するか、またはポリペプチドのハプテン（例えば、抗体を産生するのに有用なポリペプチド）を産生するために使用し得る。

ひとつの特定の例において、本発明のポリヌクレオチドを、天然に存在するポリペプチドの全てまたは部分をコードするｃＤＮＡ分子を作製または単離するために使用する。開示されたポリヌクレオチドを含む全長ｃＤＮＡ分子を、以下のようにして得る。配列番号１〜１４７７のひとつの配列を有するポリヌクレオチド、または少なくとも１２、１５、１８、または２０ｎｔを含むこれらの一部分を、プローブ設計方法、クローニング方法、およびクローン選択技術（例えば、米国特許第５，６５４，１７３号で記載された方法）を使用して、ｃＤＮＡライブラリーのハイブリダイズするメンバーを検出するためにハイブリダイゼーションプローブとして使用する。ｃＤＮＡのライブラリーを、選択された組織（例えば、正常な組織または腫瘍組織）または例えば、薬学的因子を用いて処置された哺乳動物の組織から作成する。好ましくは、本明細書中で記載されるポリヌクレオチドとｃＤＮＡの両方が、発現した遺伝子を表わす場合、この組織は、本発明のポリヌクレオチドが単離された組織と同じである。最も好ましくは、ｃＤＮＡライブラリーを、実施例で本明細書中に記載された生物学的な物質から作成する。ライブラリー構築のための細胞型の選択は、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によりコードされたタンパク質の身元が公知になる後に、なされ得る。これは、関連した遺伝子を発現しそうな組織および細胞型を示しており、したがってｃＤＮＡを生成するためのｍＲＮＡに適した供給源を表わす。提供されたポリヌクレオチドが、ｃＤＮＡライブラリーから単離される場合、このライブラリーは、ヒト前立腺細胞、さらに好ましくは、ヒト前立腺癌細胞のｍＲＮＡから調製される。

核酸配列のライブラリーを産生およびプローブする技術は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋらにおける、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹで記載されている。ｃＤＮＡは、配列番号１〜１４７７の配列を含むポリヌクレオチドに基づくプライマーを使用することにより調製され得る。ひとつの実施形態において、ｃＤＮＡライブラリーは、ポリアデニル化ｍＲＮＡのみから作成され得る。したがって、ポリ−Ｔプライマーは、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製するために使用され得る。

提供されたポリヌクレオチドより長いライブラリーのメンバー、および好ましくは天然のメッセンジャーの完全なコード配列を包含するライブラリーのメンバーが、得られる。全体のｃＤＮＡが得られたことを確認するために、ＲＮＡ保護実験を、以下のように実施する。ｍＲＮＡに対する全長ｃＤＮＡのハイブリダイゼーションは、ＲＮａｓｅ分解からＲＮＡを保護する。ｃＤＮＡが全長でない場合、ハイブリダイズされないｍＲＮＡの部分は、ＲＮａｓｅ分解に供される。これは、ポリアクリルアミドゲル上での電気泳動移動度における変化により、または放出されたモノリボヌクレオチドの検出により、当該分野で公知であるように、アッセイされる。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、第２版（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ。部分的なｃＤＮＡの末端に対して５’側のさらなる配列を得るために、５’ＲＡＣＥ（ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）が、実施され得る。

ゲノムＤＮＡは、全長ｃＤＮＡの単離に類似する様式で、提供されたポリヌクレオチドを使用して単離される。簡潔には、提供されたポリヌクレオチド、またはこれらの部分は、ゲノムＤＮＡのライブラリーに対するプローブとして使用される。好ましくは、ライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを生成するために使用された細胞型から得られるが、これは必須ではない。最も好ましくは、ゲノムＤＮＡは、実施例で本明細書中に記載された生物学的物質から得られる。このようなライブラリーは、ゲノムのより大きなセグメント（例えば、Ｓａｍｂｏｏｋら、上出９．４〜９．３０で詳細に記載されるような、Ｐ１またはＹＡＣ）を保有するのに適したベクター内に存在し得る。さらに、ゲノム配列は、ヒトＢＡＣライブラリーから単離され得、このライブラリーは、例えば、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，Ａｌａｂａｍａ，ＵＳＡから市販されている。さらなる５’または３’配列を得るために、染色体歩行は、Ｓａｍｂｒｏｏｋらで記載されたように実施される、その結果、ゲノムＤＮＡの隣接するフラグメントおよび重複するフラグメントが単離される。これらは、制限消化酵素およびＤＮＡリガーゼを使用して、当該分野で公知のように、マッピングされかつ一緒につなぎあわされる。

本発明のポリヌクレオチド配列を使用し、対応する全長遺伝子は、ｃＤＮＡライブラリーを構築およびプローブするために古典的な方法とＰＣＲ法の両方を使用して、単離され得る。いずれかの方法を使用して、好ましくは、ノーザンブロット法は、細胞株が最も高いレベルで目的の遺伝子を発現することを決定するために多数の細胞型に対して実施される。ｃＤＮＡライブラリーを構築する古典的な方法は、Ｓａｍｂｏｏｋら、上出に教示じされる。これらの方法に関して、ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡから産生され得、そしてウイルスベクターまたは発現ベクター内に挿入され得る。代表的に、ポリ（Ａ）テイルを含むｍＲＮＡのライブラリーは、ポリ（Ｔ）プライマーを用いて産生され得る。同様に、ｃＤＮＡライブラリーは、プライマーとして即席の配列を使用して産生され得る。

ＰＣＲ法は、所望の挿入を含むｃＤＮＡライブラリーのメンバーを増幅するために使用される。この場合、所望の挿入は、即席ポリヌクレオチドに対応する全長ｃＤＮＡ由来の配列を含む。このようなＰＣＲ法には、遺伝子トラッピングおよびＲＡＣＥ法が挙げられる。遺伝子トラッピングは、ベクターにｃＤＮＡライブラリーのメンバーを挿入することを必要とする。次いで、ベクターは、変性され、一本鎖の分子を産生する。次に、基材結合プローブ（例えば、ビオチン化オリゴ）は、目的のｃＤＮＡ挿入をトラップするために使用される。ビオチン化プローブは、アビジン結合固体基材に連結され得る、ＰＣＲ法は、トラップされたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。全長遺伝子に対応する配列をトラップするために、標識化プローブ配列は、本発明のポリヌクレオチド配列に基づく。ランダムプライマーまたはライブラリベクターに特異的なプライマーは、トラップされたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。このような遺伝子トラッピング技術は、Ｇｒｕｂｅｒら、ＷＯ９５／０４７４５およびＧｒｕｂｅｒら、米国特許第５，５００，３５６号で記載されている。キットは、例えば、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍａｒｙｌａｎｄ，ＵＳＡから遺伝子トラッピング実験を実施するために市販されている。

「ｃＤＮＡ末端の迅速な増幅」すなわちＲＡＣＥは、多数の異なるＲＮＡからｃＤＮＡを増幅するＰＣＲ法である。ｃＤＮＡは、オリゴヌクレオチドリンカーに連結され、そして２つのプライマーを使用するＰＣＲにより増幅される。ひとつのプライマーは、全長配列が所望される即席のポリヌクレオチド由来の配列に基づいており、そして第２のプライマーは、ｃＤＮＡを増幅するためにオリゴヌクレオチドリンカーにハイブリダイズする配列を含む。この方法の詳細は、ＷＯ９７／１９１００で報告されている。ＲＡＣＥの好ましい実施形態において、共通のプライマーは、ｃＤＮＡ末端に連結された任意のアダプター配列にアニールするように設計される（ＡｐｔｅおよびＳｉｅｂｅｒｔ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９３）１５：８９０−８９３；Ｅｄｗａｒｄｓら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９１）１９：５２２７−５２３２）。ひとつの遺伝子特異的ＲＡＣＥプライマーが、共通のプライマーと対形成する場合、ひとつの遺伝子特異的プライマーと共通のプライマーの間に配列の優先的な増幅が生じる。ＲＡＣＥでの使用のために改変された市販のｃＤＮＡプールは、入手可能である。

別のＰＣＲに基づく方法は、ｃＤＮＡ配列の特定の知識を必要とすることなく固着された末端を有する全長ｃＤＮＡライブラリーを生成する。この方法は、ロックドッキング（ｌｏｃｋ−ｄｏｃｋｉｎｇ）プライマー（Ｉ−ＶＩ）を使用し、ここでひとつのプライマーであるポリＴＶ（Ｉ−ＩＩＩ）は、真核生物のｍＲＮＡのポリＡ末端に関してロックして、第一鎖合成を生じ、そして第２のプライマーであるポリＧＨ（ＩＶ−ＶＩ）は、末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ（ＴｄＴ）により付加されたポリＣテイル上にロックする（例えば、ＷＯ９６／４０９９８を参照のこと）。

遺伝子のプロモーター領域は、一般的にＲＮＡポリメラーゼＩＩのための開始部位に対して５’側に位置する。数百のプロモーター領域は、例えば、ＴＡＴＴＡまたはＴＡＴＡＡのような配列である、「ＴＡＴＡ」ボックスを含み、これは突然変異に感受性である。プロモーター領域は、遺伝子のコード領域由来のプライマーを使用して、５’ＲＡＣＥを実施することにより得られ得る。あるいは、ｃＤＮＡは、ゲノム配列に対するプローブとして使用され得、そしてコード領域に対して５’側の領域は、「ウォーキングアップ（Ｗａｌｋｉｎｇ ｕｐ）」により同定される。遺伝子が高く発現するかまたは差示的に発現する場合、遺伝子由来のプロモーターは、異種遺伝子のための調節構築物において使用されるものであり得る。

一旦全長ｃＤＮＡまたは遺伝子が得られると、改変体をコードするＤＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１５．３〜１５．６３で詳細に記載された部位特異的変異誘発により調製され得る。置換されるべきコドンまたはヌクレオチドの選択は、変えられたタンパク質の構造および／または機能を達成するためのアミノ酸における最適な変化についての本明細書中の開示に基づき得る。

生物学的な材料からＤＮＡまたはＲＮＡを得る代替の方法として、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドの配列を有するヌクレオチドを含む核酸が、合成され得る。従って、本発明は、核酸分子の１つ以上の生物学的な操作（複製および発現を含む）に適切な１５ｎｔ長（配列番号１〜１４７７の１つの少なくとも１５連続するｎｔに対応する）から最大長までの範囲である核酸分子を包含する。本発明には以下のものが含まれるがこれらには限らない：（ａ）全遺伝子のサイズを有し、配列番号１〜１４７７の少なくとも１つを含む核酸；（ｂ）融合タンパク質の発現を可能にするように作動可能に連結された、少なくとも１つのさらなる遺伝子もまた含む（ａ）の核酸；（ｃ）（ａ）または（ｂ）を含む発現ベクター；（ｄ）（ａ）または（ｂ）を含むプラスミド；および（ｅ）（ａ）または（ｂ）を含む組換えウイルス粒子。いったん本明細書中で開示されたポリヌクレオチドが提供されると、（ａ）〜（ｅ）の構築物または調製物は、当業者に周知となる。

配列番号１〜１４７７の少なくともいずれか１つの少なくとも１５連続ｎｔを含む核酸の配列、好ましくは配列番号１〜１４７７の少なくともいずれか１つの全体の配列は、制限されず、そしてＡ、Ｔ、Ｇおよび／またはＣ（ＤＮＡについて）ならびにＡ、Ｕ、Ｇおよび／またはＣ（ＲＮＡに対して）あるいはイノシンおよびプソイドウリジンを含む、それらの改変された塩基の任意の配列であり得る。配列の選択は、所望の機能に依存し、そして所望されるコード領域、所望されるイントロン様領域、および所望される調節領域により指示され得る。配列番号１〜１４７７のいずれかひとつの全体の配列が、核酸の範囲内である場合、得られた核酸は、配列番号１〜１４７７のいずれかひとつの配列を含むポリヌクレオチドと、本明細書中でいわれる。

（全長ｃＤＮＡまたは全長遺伝子によりコードされたポリペプチドの発現）
ｃＤＮＡに対応する提供されたポリヌクレオチド（例えば、配列番号１〜１４７７のひとつの配列を有するポリヌクレオチド）または全長遺伝子は、部分的または完全な遺伝子産物を発現するために使用される。配列番号１〜１４７７の配列を有するポリヌクレオチドの構築物はまた、合成的に生成され得る。あるいは、多数のオリゴデオキシリボヌクレオチドからの遺伝子および全体のプラスミドの単一工程アセンブリは、例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒら、Ｇｅｎｅ（Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）（１９９５）１６４（１）：４９〜５３により記載されている。この方法において、アセンブリＰＣＲ（多数のオリゴデオキシリボヌクレオチド（オリゴ）からの長いＤＮＡ配列の合成）は、記載されている。この方法は、ＤＮＡシャッフリング（Ｓｔｅｍｍｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ（１９９４）３７０：３８９〜３９１）由来であり、そしてＤＮＡリガーゼに頼らないが、代わりにアセンブリプロセスの間、ますますより長いＤＮＡフラグメントを組み立てるためにＤＮＡポリメラーゼに頼る。

適切なポリヌクレオチド構築物は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．第２版（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹで記載されるような標準的な組換えＤＮＡ技術を使用するか、またはＵｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ Ｄｅｐｔ．ｏｆ ＨＨＳ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ（ＮＩＨ）Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｒｅｓｅａｒｃｈで記載されるような現在の規制下で精製される。本発明のポリヌクレオチドによりコードされた遺伝子産物は、例えば、細菌系、酵母系、昆虫系、両生類系および哺乳動物系を含む任意の発現系で発現される。同様な発現を得るためのベクター、宿主細胞および方法は、当該分野で周知である。適切なベクターおよび宿主細胞は、米国特許第５，６５４，１７３号で記載されている。

本明細書中で提供されるポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子は、一般的にベクター内に分子を配置することにより増殖される。ウイルスおよび非ウイルスベクターは、使用され、これはプラスミドを含む。プラスミドの選択は、増殖が所望される細胞の型および増殖の目的に依存する。特定のベクターは、大量の所望のＤＮＡ配列を増幅および作製するために有用である。他のベクターは、培地中の細胞における発現に適している。さらに他のべクターは、動物またはヒト全体において細胞での移入および発現に適している。適切なベクターの選択は、当業者には周知である。多数のこのようなベクターは、市販されている。所望の配列を含むベクターの調製方法は、当該分野で周知である。

配列番号１〜１４７７で示されるポリヌクレオチドまたはこれらの対応する全長ポリヌクレオチドは、所望の発現性質を得るのに適切であるような調節配列に連結される。これらには、プロモーター（センス鎖の５’末端またはアンチセンス鎖の３’末端のいずれかにおいて付着される）、エンハンサー、ターミネーター、オペレーター、リプレッサー、およびインデューサーが挙げられ得る。このプロモーターは、調節され得るかまたは構成的であり得る。いくつかの状況において、活性プロモーター（例えば、組織特異的プロモーターまたは発育段階特異的プロモーター）を条件的に使用することが所望であり得る。これらは、ベクターへの連結について上記で記載される技術を使用して、所望のヌクレオチド配列に連結される。当該分野で公知である任意の技術が、使用され得る。

上記宿主細胞のいずれか、または他の適切な宿主または生物が、本発明のポリヌクレオチドまたは核酸を複製および／または発現するために使用される場合、生じる複製された核酸、ＲＮＡ、発現されたタンパク質またはポリペプチドは、宿主細胞または生物体の産物として本発明の範囲内である。この産物は、当該分野で公知な任意の適切な手段により回収される。

一旦、選択されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子が同定されると、その発現は、遺伝子が天然である細胞内で調節され得る。例えば、細胞の内因性遺伝子は、米国特許第５，６４１，６７０号で記載されるような外因性調節配列により調節され得る。

（機能的モチーフおよび構造的モチーフの同定）
提供されたポリヌクレオチド、ｃＤＮＡまたは全長遺伝子のヌクレオチド配列の翻訳は、個々の公知の配列と整列され得る。個々の配列の類似性は、本発明のポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの活性を決定するために使用され得る。また、ひとつより多い個々の配列との類似性を示す配列は、個々の配列のいずれかまたは両方の特徴である活性を示し得る。

例えば、ＢＬＡＳＴに基づく検索を介して同定されるような隣接するポリヌクレオチド配列の全長配列およびフラグメントは、提供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列を同定および単離するためにプローブおよびプライマーとして使用され得る。この隣接部は、提供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列についてのライブラリーを構築するために使用されるべき組織または細胞型を示し得る。

代表的に、選択されたポリヌクレオチドは、６つのフレーム全てにおいて翻訳され、個々の配列との最もよい整列を決定する。配列表で本明細書中に開示される配列は、５’から３’の配向であり、そして３つのフレームでの翻訳が、十分であり得る（実施例で記載されるような少数の特定の例外がある）。これらのアミノ酸配列は、一般的に問い合わせ配列とよばれ、これは個々の配列と整列される。個々の配列に関するデータベースは、「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６，Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｈａｒｃｏｕｒｔ Ｂｒａｃｅ＆Ｃｏ．の一部門，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡに記載される。データベースには、ＧｅｎＢａｎｋ、ＥＭＢＬおよびＤＮＡ Ｄａｔａｂａｓｅ ｏｆ Ｊａｐａｎ（ＤＤＢＪ）が挙げられる。

問い合わせおよび個々の配列は、上記で記載される方法およびコンピュータープログラムを使用して整列され得、そしてＮａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎにより支持されるサイトでのワールドワイドウェブで利用可能なＢＬＡＳＴ２．０（これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ ＭｅｄｉｃｉｎｅおよびＮａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈにより支持される）またはＴｉｍｅＬｏｇｉｃ Ｃｏｒｐ．（Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ Ｎｅｖａｄａ）から利用可能なＴｅｒａＢＬＡＳＴを含む。Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２を参照のこと。別のアライメントアルゴリズムは、Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ．の完全所有の子会社である、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）ｐａｃｋａｇｅ，Ｍｄｉｏｓｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ，ＵＳＡで利用可能なＦａｓｔａである。アライメントのための他の技術は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、上出で記載されている。好ましくは、配列中のギャップを許容するアライメントプログラムは、配列を整列するために使用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは、配列のアライメント中のギャップを許容するアルゴリズムのひとつの型である。Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９７）７０：１７３〜１８７．を参照のこと。また、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈのアライメント方法を使用するＧＡＰプログラムは、配列を整列させるために使用され得る。代替の検索ストラテジーは、ＭＰＳＲＣＨソフトウェアを使用し、これはＭＡＳＰＡＲコンピューター上で作動する。ＭＰＳＲＣＨは、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して、大規模並列処理コンピューターで配列をスコアする。このアプローチは、遠くに関連する一致がある配列を同定する能力を改良し、そして小さなギャップおよびヌクレオチド配列の誤差に特に許容性である。提供されたポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列は、タンパク質およびＤＮＡのデータベースの両方を検索するために使用され得る。特許データベース（例えば、ＧｅｎｅＳｅｑ）を含む、ＤＮＡ配列データベースまたはタンパク質配列データベースのいずれかにより、本願の出願日までに公表された全ての配列が本明細書中で参考として援用される。本願の出願日後まで公表されていないが、本願の出願日の時点においてこれらのデータベースに提示された配列もまた、参考として援用される。

個々の配列と問い合わせ配列とのアライメントの結果は、以下の３つのカテゴリーに分割され得る：高い類似性、弱い類似性、および類似性なし。高い類似性から弱い類似性までの範囲である個々のアライメントの結果は、ポリペプチドの活性および／または構造を決定するための基礎を提供する。カテゴリー化される個々の結果に対するパラメーターには、以下が挙げられる：最も強いアライメントで見出されるアライメント領域長の％、配列同一性％、およびｐ値。アライメント領域長の％は、最も強いアライメントの領域（例えば、整列された問い合わせ配列の対応する領域の残基に同一な、最も多数の残基を含む個々の配列の連続領域）で見出された個々の配列の残基の数を数えることにより算出される。この数を、％を算出するために、問い合わせ配列の総残基長により除算される。例えば、２０アミノ酸残基の問い合わせ配列は、個々の配列の２０アミノ酸の領域と整列され得る。個々の配列は、問い合わせ配列のアミノ酸残基５、９〜１５および１７〜１９に同一であり得る。したがって、最も強いアライメントの領域は、１１アミノ酸のストレッチである、残基９〜１９にわたる領域である。アライメント領域長の％は：（問い合わせ配列長）２０により除算された１１（最も強いアライメントの領域の長さ）、すなわち５５％である。

配列同一性％は、問い合わせと個々の配列との間のアミノ酸の一致の数を数えること、および最も強いアライメントの領域で見出される個々の配列の残基の数により一致の総数を除算することにより算出される。したがって、上記の例における同一性の％は、１１アミノ酸により除算された１０の一致、すなわちおよそ９０．９％である。

Ｐ値は、このアライメントが、偶然により生成される確率である。ひとつのアライメントについて、このＰ値は、Ｋａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９０）８７：２２６４およびＫａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９３）９０に従い算出され得る。同じ問い合わせ配列を使用する多数のアライメントのｐ値は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ（１９９４）６：１１９に記載される発見的アプローチを使用して算出され得る。アライメントプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴまたはＴｅｒａＢＬＡＳＴ）は、ｐ値を算出し得る。Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２もまた参照のこと。

同一性または類似性を決定するために考慮する別の因子は、類似性または同一性の局在である。強い局所的アライメントは、アライメントの長さが、短い場合でさえも類似性を示し得る。問い合わせ配列の長さの全体に渡って分散された配列の同一性はまた、問い合わせ配列とプロファイル配列との間の類似性を示し得る。この配列が整列する領域の境界は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、上出；ＢＬＡＳＴ２．０（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２を参照のこと）、ＴｅｒａＢＬＡＳＴ（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ Ｃｏｒｐ．，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａから入手可能）、またはＦＡＳＴプログラムに従い決定され得るか；または配列の同一性が最も高い領域を決定することにより決定され得る。

（高い類似性）
一般的に、高い類似性となるように考慮されたアライメントの結果において、アライメント領域長の％は、代表的に、問い合わせ配列の全長の少なくとも約５５％；さらに代表的には、少なくとも約５８％；さらにより代表的には；問い合わせ配列の全残基長の少なくとも約６０％である。通常は、アライメント領域長の％は、約６２％程度；さらに通常では、約６４％程度；さらに通常でも、約６６％程度であり得る。さらに、高い類似性について、アライメントの領域は、代表的に、少なくとも約７５％の配列の同一性；さらに代表的には、少なくとも約７８％の配列の同一性；さらにより代表的には、少なくとも約８０％の配列同一性を示す。通常は、配列同一性の％は、約８２％程度であり、さらに通常では、約８４％程度であり、さらにより通常では、約８６％程度である。

ｐ値は、これらの方法と共に使用される。高い類似性が見出される場合、この問い合わせ配列は、ｐ値が約１０ｅ−２以下；さらに通常では；約１０ｅ−３以下；さらにより通常では；約１０ｅ−４以下である場合、プロファイル配列に関する高い類似性を有するとみなされる。さらに代表的には、高い類似性とみなされるべき問い合わせ配列に対して、ｐ値は約１０ｅ−５以下であり；さらに代表的には；約１０ｅ−１０以下であり；さらに代表的でも；約１０ｅ−１５以下である。

（弱い類似性）
概して、アライメントの結果が弱い親和性であると考えられる場合、アライメント領域の最小パーセント長もアライメントの最小長のいずれも存在しない。弱い類似性のよりよい表示は、アライメント領域が、代表的には少なくとも約１５アミノ酸残基長；より代表的には少なくとも約２０アミノ酸残基長；なおより代表的には少なくとも約２５アミノ酸残基長である場合に考慮される。アライメント領域の長さは、通常には約３０アミノ酸残基であり得；より通常には約４０アミノ酸残基であり得；なおより通常には約６０アミノ酸残基程度であり得る。さらに、弱い親和性に対して、アライメント領域は、代表的には少なくとも約３５％の配列同一性；より代表的には少なくとも約４０％の配列同一性；なおより代表的には少なくとも約４５％の配列同一性を示す。配列同一性パーセントは、通常には約５０％程度であり得；より通常には約５５％程度であり得；なおより通常には約６０％程度であり得る。

低い類似性が発見された場合、ｐ値が、通常には約１０ｅ−２以下；より通常には約１０ｅ−３以下；なおより通常には約１０ｅ−４以下である場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列と弱い類似性を有するとみなされる。より代表的には、このｐ値は、弱い親和性とみなされる問い合わせ配列に対して、約１０ｅ−５未満であり；より通常には、約１０ｅ−１０以下であり；さらにより通常には、約１０ｅ−１５以下である。

（配列同一性単独で決定された類似性）
配列同一性は単独で、問い合わせ配列の個々の配列に対する類似性を決定するために使用され得、そしてその配列の活性を示し得る。好ましくは、このようなアライメントは、ギャップが配列と整列するのを許容する。問い合わせ配列全体にわたる配列同一性が、代表的には少なくとも約１５％；より代表的には少なくとも約２０％；なお代表的には少なくとも約２５％；さらにより代表的には少なくとも約５０％である場合、この問い合わせ配列が、プロフィール配列に関する。類似性の指標としての単独での配列同一性は、この問い合わせ配列が通常少なくとも８０％アミノ酸残基長；より通常には少なくとも９０％アミノ酸残基長；さらにより通常には少なくとも９５％アミノ酸残基長である場合、最も有用である。より代表的には、類似性は、問い合わせ配列は、好ましくは１００アミノ酸残基長；より好ましくは１２０アミノ酸残基長；さらに好ましくは１５０アミノ酸残基長である場合に、配列同一性のみに基づいて結論付けられ得る。

（プロフィール配列および多重整列配列とのアライメント）
提供されたポリヌクレオチドの翻訳産物は、タンパク質ファミリーか共通のモチーフのいずれかを規定する、アミノ酸プロフィールと整列され得る。また、提供されたポリヌクレオチドの翻訳産物は、タンパク質ファミリーまたはモチーフのメンバーのポリペプチド配列を含む多重配列アライメント（ＭＳＡ）に整列され得る。プロフィール配列またはＭＳＡとの類似性または同一性は、提供されたポリヌクレオチドまたは対応するｃＤＮＡもしくは遺伝子によってコードされる遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）の活性を決定するために使用され得る。例えば、ケモカインプロフィールまたはＭＳＡとの同一性または類似性を示す配列が、ケモカイン活性を示し得る。

プロフィールは、（１）このファミリーに属するメンバーのアミノ酸配列のアライメントである、ＭＳＡを作製することによって、そして（２）このアライメントの統計的表示を構築することによって手動で設計され得る。そのような方法は、例えば、Ｂｉｒｎｅｙら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（１９９６）２４（１４）：２７３０−２７３９に記載される。いくつかのタンパク質ファミリーおよびモチーフのＭＳＡは、公に入手可能である。例えば、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ ＭｅｄｉｃｉｎｅのＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒは、ＭＳＡの５４７の異なるファミリーおよびモチーフを提供する、ウェブセット（Ｐｆａｍ）を提供する。これらＭＳＡは、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９７）２８：４０５−４２０にもまた記載される。ＷＷＷ（ワールドワイドウェブ）上の他の供給源は、ドイツ、ハイデルベルグのＥｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓによって後援されるサイトを含む。これらＭＳＡの簡単は記述は、Ｐａｓｃａｒｅｌｌａら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９（３）：２４９−２５１で報告される。ＭＳＡからのプロフィールを構築する技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、（上述）；Ｂｉｒｎｅｙら、（上述）；および「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６，Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡに記載される。

問い合わせ配列とタンパク質のファミリーまたはモチーフとの間の類似性は、（ａ）問い合わせ配列をプロフィールと比較することによって、および／または（ｂ）この問い合わせ配列をそのファミリーまたはモチーフのメンバーと整列させることによって、決定され得る。代表的には、Ｓｅａｒｃｈｗｉｓｅのようなプログラムが、問い合わせ配列を多重アライメントの統計的表示（プロフィールとしても知られる）と比較するために使用される（Ｂｉｒｎｅｙら、（上述）を参照のこと）。配列およびプロフィールを比較するための他の技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、（上述）およびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、（上述）に記載される。

次に、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１およびＨｉｇｇｉｎｓら、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）５：１５１によって記載される方法が、問い合わせ配列を、ＭＳＡとしても知られるファミリーまたはモチーフのメンバーと整列させるために使用され得る。配列アライメントは、種々のソフトウェアツールの任意のものを使用して生成され得る。例として、多重配列アライメントを作製するＰｉｌｅＵｐが挙げられ、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１に記載される。別の方法、ＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３のアライメント方法を使用する。ＧＡＰは、配列の全体的なアライメントに対して最も適切である。第３の方法、ＢｅｓｔＦｉｔは、ギャップを挿入することによって、Ｓｍｉｔｈら、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．（１９８１）２：４８２の局所的相同性アルゴリズムを使用して、一致の数を最大化するように機能する。概して、以下の因子が、問い合わせ配列とプロフィールまたはＭＳＡとの類似性が存在するかどうかを決定するために使用される：（１）問い合わせ配列中に見られる保存された残基の数、（２）問い合わせ配列中に見られる保存された残基のパーセンテージ、（３）フレームシフトの数、および（４）保存された残基間の間隔。

配列を翻訳し、整列させるいくつかのアライメントプログラムは、ヌクレオチド配列を最良のアライメントを生成するよう翻訳する場合、任意の数のフレームシフトを生成し得る。アライメントを生成するために必要なフレームシフトが少なければ少ないほど、クエリとプロフィールまたはＭＳＡとの間の類似性または同一性は強い。例えば、フレームシフトゼロから得られる弱い類似性は、２つのフレームシフトから得られる強い類似性よりも、問い合わせ配列の活性または構造のより良い指標であり得る。好ましくは３個以下のフレームシフトが、アライメント中に見られる；より好ましくは２個以下のフレームシフト；さらにより好ましくは１以下のフレームシフト；さらにより好ましくは０個のフレームシフトが、クエリとプロフィールまたはＭＳＡのアライメント中に見られる。

保存された残基は、ファミリーまたはモチーフのメンバーの全てまたはいくつかにおいて特定の位置で見られるアミノ酸である。あるいは、特定のクラスのアミノ酸のみが、ファミリーのメンバーの全てまたはいくつかにおいて特定の位置で見られる場合、位置は保存されていると考えられる。例えば、Ｎ末端位置は、リジン、アルギニン、またはヒスチジンのような、正に荷電したアミノ酸を含み得る。

ポリペプチドの残基は、アミノ酸のクラスまたは単一のアミノ酸が、全てのクラスのメンバーの中の、代表的には少なくとも約４０％；より代表的には少なくとも約５０％；なおより代表的には少なくとも約６０％において特定の位置で見られる場合に保存されている。ある残基は、クラスまたは単一のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの中の、通常には少なくとも約７０％；より通常には少なくとも約８０％；なおより通常には少なくとも約９０％；なおより通常には少なくとも約９５％において見られる場合に保存されている。

残基は、３つの無関係なアミノ酸；より通常には２つの無関係なアミノ酸が、メンバーのいくつかまたは全てにおいて特定の位置で見られる場合、保存されていると考えられる。これらの残基は、無関係なアミノ酸が、全てのクラスのメンバーの少なくとも約４０％；より代表的には少なくとも約５０％；なおより代表的には少なくとも約６０％において特定の位置で見られる場合に保存されている。残基は、あるクラスのアミノ酸または単一のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの中の、通常には少なくとも約７０％；より通常には少なくとも約８０％；なおより通常には少なくとも約９０％；なおより通常には少なくとも約９５％において特定の位置で見られる場合に保存されている。

ある問い合わせ配列は、問い合わせ配列がプロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の少なくとも約２５％を；より通常には少なくとも約３０％を；なおより通常には少なくとも約４０％を含む場合、プロフィールまたはＭＳＡと類似性を有する。問い合わせ配列は、問い合わせ配列がプロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の、代表的には少なくとも約４５％を；より代表的には少なくとも約５０％を；なおより代表的には少なくとも約５５％を含む場合、プロフィール配列またはＭＳＡと強い類似性を有する。

（分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドの同定）
本発明の分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドの両方が、特に興味深い。例えば、分泌ポリペプチドのレベルは、血液、血漿、血清、ならびに他の体液（例えば、尿、前立腺液および精液）のような、便利な体液中でアッセイされ得る。膜結合ポリペプチドは、ワクチン抗原の構築または免疫応答の誘導に対して有用である。そのような抗原は、膜結合ポリペプチドの全てまたは一部の細胞外領域を含む。分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドの両方が、連続的な疎水性アミノ酸のフラグメントを含むので、疎水性予想アルゴリズムを、そのようなポリペプチドの同定に使用し得る。

シグナル配列は、ポリペプチドを細胞の表面に指向するために、分泌ポリペプチド遺伝子および膜結合ポリペプチド遺伝子の両方によって、通常コードされる。シグナル配列は、通常疎水性残基のストレッチを含む。そのようなシグナル配列は、ヘリックス構造に折りたたみ得る。膜結合ポリペプチドは、代表的には、膜を横断し得る疎水性アミノ酸のストレッチを有する、少なくとも１つの膜貫通領域を含む。いくつかの膜貫通領域はまた、ヘリックス構造を示す。ポリペプチド内の疎水性フラグメントは、コンピューターアルゴリズムを使用することによって、同定され得る。そのようなアルゴリズムは、Ｈｏｐｐ＆Ｗｏｏｄｓ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８１）７８：３８２４−３８２８；Ｋｙｔｅ＆Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８２）１５７：１０５−１３２；およびＲＡＯＡＲ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ，Ｄｅｇｌｉ Ｅｓｐｏｓｔｉら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）１９０：２０７−２１９を含む。

分泌ポリペプチドおよび膜結合ポリペプチドを同定する別の方法は、６フレーム全てで、本発明のポリヌクレオチドを翻訳し、そして、少なくとも８個の連続した疎水性アミノ酸が存在するかどうかを決定することである。少なくとも８個；より代表的には１０個；さらにより代表的には１２個の連続した疎水性アミノ酸を有する、これらの翻訳されたアミノ酸は、推定される分泌ポリペプチドまたは推定される膜結合ポリペプチドのいずれかであると考えられる。疎水性アミノ酸としては、アラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、およびバリンが挙げられる。

（全長遺伝子の発現産物の機能の同定）
リボザイム、アンチセンス構築物、およびドミナントネガティブ変異体は、本明細書中で提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の、発現産物の機能を決定するために使用され得る。これらの方法および組成物は、提供される新規のポリヌクレオチドが、既知の機能の遺伝子をコードする配列に、有意なまたは実質的な相同性を示さない場合、特に有用である。アンチセンス分子およびリボザイムは、合成ポリヌクレオチドからの構築され得る。代表的には、オリゴヌクレオチド合成のホスホルアミダイト方法を使用する。Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．（１９８１）２２：１８５９および米国特許第４，６６８，７７７号を参照のこと。合成のための自動化されたデバイスは、この化学を使用してオリゴヌクレオチドを作製するために使用可能である。そのようなデバイスの例としては、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｃｏｒｐ．の一部門であるＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡ）による、Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ ８６００、Ｍｏｄｅｌ ３９２および３９４、ならびにＰｅｒｃｅｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡによるＥｘｐｅｄｉｔｅが挙げられる。合成ＲＮＡ、リン酸アナログオリゴヌクレオチド、および化学的に誘導体化されたオリゴヌクレオチドはまた生成され得、他の分子に共有結合的に結合され得る。ＲＮＡオリゴヌクレオチドは、例えば、ＲＮＡホスホルアミダイトを使用して、合成され得る。この方法は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｏｄｅｌｓ ３９２および３９４（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡ）のような、自動化された合成機で実行され得る。

ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを、アンチセンス構築物についてもまた合成し得る。アセトニトリル中の二硫化テトラエチルチウラム（ＴＥＴＤ）のような、硫化試薬を、ヌクレオチド間亜リン酸シアノエチルを、室温で１５分以内に、ホスホロチオエートトリエステルに転換するために使用し得る。ＴＥＴＤをヨウ素試薬に置換する一方で、標準的なホスホルアミダイト化学に使用される他の全ての試薬は、同一のままである。そのような合成方法は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓによるＭｏｄｅｌｓ ３９２および３９４を使用して自動化され得る。

２００ｎｔまで、より代表的には、１００ｎｔ；より代表的には５０ｎｔ；なおより代表的には３０〜４０ｎｔのオリゴヌクレオチドを、合成し得る。これらの合成フラグメントは、アニール化され、一緒に結合してより大きなフラグメントを構築する。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上述）を参照のこと。トランス切断する触媒ＲＮＡ（リボザイム）は、エンドリボヌクレアーゼ活性を有するＲＮＡ分子である。リボザイムは、特定の標的に対して詳細に設計され、標的メッセージは、特定のヌクレオチド配列を含まなければならない。これらは、細胞ＲＮＡのバックグラウンドにおいて、部位特異的に任意のＲＮＡ種を切断するように遺伝子操作され得る。断片化事象は、ｍＲＮＡを不安定化し、そしてタンパク質発現を阻害する。重要なことに、リボザイムは、表現型の影響を検出することによって、インビボ背景またはインビトロ背景において、その機能を決定する目的のために、未知の機能の遺伝子の発現を阻害するために使用され得る。一般的に使用されるリボザイムモチーフは、基質配列要求性が最小であるために、ハンマーヘッドである。ハンマーヘッドリボザイムの設計およびリボザイムの治療的使用は、Ｕｓｍａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９６）６：５２７において開示される。ヘアピン構造リボザイムフラグメントを含む、リボザイムの生成のための方法、およびリボザイム特異性を増大する方法などは、技術分野で公知である。

リボザイムのハイブリダイズ領域は、改変され得るか、またはＨｏｒｎおよびＵｒｄｅａ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９８９）１７：６９５９に記載されるように、分枝構造として調製され得るかいずれかである。リボザイムの基本的な構造はまた、当業者が精通する方法で化学的に改変され得、そして化学的に合成されたリボザイムは、単量体単位で改変された合成オリゴヌクレオチド誘導体として投与され得る。治療の背景において、リボザイムのリポソーム媒介送達は、Ｂｉｒｉｋｈら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９７）２４５：１に記載されるように細胞の取り込みを改善する。

アンチセンス核酸は、ＲＮＡに特異的に結合するように設計され、ＤＮＡ複製、逆転写またはメッセンジャーＲＮＡ翻訳の停止を伴うＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッドまたはＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの形成を得る。選択されるポリヌクレオチド配列に基づく、アンチセンスポリヌクレオチドは、対応する遺伝子の発現を妨害し得る。アンチセンスポリヌクレオチドは、代表的には、転写された鎖としてのアンチセンス鎖を含むアンチセンス構築物からの発現によって、細胞内で生成される。開示されたポリヌクレオチドに基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、アンチセンスポリヌクレオチドに相補的な配列を含むｍＲＮＡに結合し、そして／またはその翻訳を妨害する。コントロール細胞およびアンチセンス構築物で処理された細胞の発現産物は、アンチセンス構築物が基礎とするポリヌクレオチドに対応する遺伝子のタンパク質生成物を検出するために比較される。このタンパク質は、慣用的な生化学的方法を使用して、単離され、同定される。

広範な背景の文献およびアンチセンス療法における臨床経験が与えられると、当業者は、さらなる潜在的な治療法として、本発明の選択されたポリヌクレオチドを使用し得る。ポリヌクレオチドの選択は、それらが癌細胞のゲノムの「ホットスポット」領域に結合することについて、最初に試験することによって、狭められ得る。ポリヌクレオチドが、「ホットスポット」に結合するとして同定された場合、対応する癌細胞におけるアンチセンス化合物として、ポリヌクレオチドを試験することが、保証される。

本明細書中で開示されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の機能を同定するための代替的な方法として、ドミナントネガティブ変異体が、ホモ多量体として活性である対応するタンパク質に対して迅速に生成される。変異体ポリペプチドは、（他の対立遺伝子から産生される）野生型ポリペプチドと相互作用し、そして非機能的多量体を形成する。従って、変異は、基質結合ドメイン、触媒ドメイン、または細胞局在化ドメインに存在する。好ましくは、変異ポリペプチドが、過剰発現される。そのような変異を有する点変異体が、作製される。さらに、種々の長さの異なるポリペプチドのタンパク質の末端への融合により、ドミナントネガティブ変異体が産生され得る。一般的な戦略は、ドミナントネガティブ変異体を作製するために利用可能である（例えば、Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ，Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：２１９を参照のこと）。そのような技術は、機能変異体の損失を作製するために使用し得、このような変異体は、タンパク質融合体を決定するために有用である。

（ポリペプチドおよびその改変体）
本発明のポリペプチドは、開示されたポリヌクレオチド、および遺伝的コードの縮重によって、開示されたポリヌクレオチドと配列が同一でない核酸によってコードされるポリペプチドを含む。従って、本発明は、その範囲内に、配列番号１〜１４７７の任意の１つの配列またはその改変体を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含む。配列番号１４７８〜１５６８のアミノ酸配列を含むポリペプチドもまた、本発明中に含まれる。

一般的に、本明細書中で使用される場合、用語「ポリペプチド」は、列挙されるポリヌクレオチドによってコードされる全長ポリペプチド、列挙されるポリヌクレオチドによって示される遺伝子によってコードされるポリペプチド、およびその一部またはフラグメントの両方をいう。「ポリペプチド」はまた、天然に存在するタンパク質の改変体を含み、ここで、そのような改変体は、天然に存在するタンパク質に相同または実質的に類似する。そして、このポリペプチドは、天然に存在するタンパク質と同一種または異種（例えば、ヒト、マウス、または列挙されるポリペプチドを天然で発現する、通常、哺乳動物種である、他のいくつかの種）の起源のポリペプチドであり得る。一般的に、改変体ポリペプチドは、本発明の差別的に発現されるポリペプチドと、（上に記載されるパラメーターを使用するＢＬＡＳＴ２．０またはＴｅｒａＢＬＡＳＴによって測定される値として）少なくとも約８０％、通常には少なくとも約９０％、より通常には少なくとも約９８％の配列同一性を有する。改変体ポリペプチドは、天然または非天然にグリコシル化される。すなわち、このポリペプチドは、対応する天然に存在するタンパク質で見られるグリコシル化パターンと異なるグリコシル化パターンを有する。

本発明はまた、ホモログが他の種（すなわち、他の動物種または植物種のそのようなホモログ、通常、哺乳動物種（例えば、齧歯類（例えば、マウス、ラット）；家畜（例えば、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ））；およびヒト）から単離される、開示されるポリペプチド（またはそのフラグメント）のホモログを含む。「ホモログ」によって、上で同定された、特定の別個に発現されるタンパク質と、少なくとも３５％、通常には少なくとも４０％、より通常には少なくとも６０％同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドが意味され、ここで、配列同一性は、上記のパラメーターを用いて、ＢＬＡＳＴ２．０またはＴｅｒａＢＬＡＳＴを使用して決定される。

一般的に、本発明のポリペプチドは、例えば、天然に存在する環境から隔離された、天然に存在しない環境で、提供される。特定の実施形態において、本発明のタンパク質は、コントロールと比較されるタンパク質に対して濃縮された組成物に存在する。精製されたポリペプチドは、それ自体、提供され、ここで、精製される、によって、タンパク質が、非差示的に発現されるポリペプチドを実質的に含まない組成物中に存在することが意味され、そして、ここで、実質的に含まない、によって、組成物の少なくとも９０％、通常には少なくとも６０％、およびより通常には少なくとも５０％が、非差示的に発現されるポリペプチドからなることが意味される。

改変体もまた本発明の範囲内にあり、ポリペプチドの改変体は、変異体、フラグメント、および融合体を含む。変異体はまた、アミノ酸置換、付加または欠失を含む。アミノ酸置換は、保存的なアミノ酸置換または非必須アミノ酸を除去するための置換であり、グリコシル化部位、リン酸化部位またはアセチル化部位を改変するため、または機能に必要でない１つ以上のシステイン残基の置換または除去によるミスフォールディングを最小化するためのような置換であり得る。保存的なアミノ酸置換とは、置換されたアミノ酸の全電荷、疎水性度／親水性度、および／または立体化学的容積を保存するアミノ酸置換である。改変体は、タンパク質の特定の領域の生物学的活性を保持または強化するように、設計され得る（例えば、機能的ドメインおよび／またはポリペプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合、コンセンサス配列に関連する領域）。改変体を作製するためのアミノ酸改変の選択は、アミノ酸の接近可能性（内部対外部）（例えば、Ｇｏら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．（１９８０）１５：２１１を参照のこと）、改変体ペプチドの熱安定性（例えば、Ｑｕｅｒｏｌら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２６５を参照のこと）、所望のグリコシル化部位（例えば、ＯｌｓｅｎおよびＴｈｏｍｓｅｎ，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９を参照のこと）、所望のジスルフィド架橋（例えば、Ｃｌａｒｋｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９４）７：１３７９を参照のこと）、所望の金属結合部位（例えば、Ｔｏｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：９７，およびＨａｅｚｅｒｂｒｏｕｃｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．（１９９３）６：６４３を参照のこと）、およびプロリンループ内の所望の置換（例えば、Ｍａｓｕｌら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９を参照のこと）に基づき得る。システイン欠乏ムテインは、米国特許第４，９５９，３１４号に記載されるように作製され得る。

改変体はまた、本明細書中で開示されるポリペプチドのフラグメント（特に、ハプテン、生物学的に活性なフラグメント、および／または機能的ドメインに対応するフラグメント）もまた含む。目的のフラグメントは、代表的には、少なくとも約１０アミノ酸長〜少なくとも約１５アミノ酸長、通常には、少なくとも約５０アミノ酸長であり、３００アミノ酸長以上であり得るが、通常には、約１０００アミノ酸長を超えない。ここで、このフラグメントは、配列番号１〜１４７７の任意の配列を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、配列番号１４７８〜１５６８の少なくとも１つの配列を含むポリペプチド、またはそのホモログと同一のアミノ酸のストレッチを有する。本明細書に記載されるタンパク質改変体は、本発明の範囲内にあるポリヌクレオチドによってコードされる。遺伝的コードは、適切なコドンを選択するために使用され、対応する改変体を構築し得る。

（コンピューター関連実施形態）
一般的に、ポリヌクレオチドのライブラリーは、配列情報のコレクションであり、この情報は、生化学的形態（例えば、ポリヌクレオチド分子のコレクションとして）または電子化形態（例えば、コンピューターシステムおよび／またはコンピュータープログラムの一部のような、コンピューター読み取り可能な形態で保存されたポリヌクレオチド配列のコレクションとして）のいずれかとして提供される。ポリヌクレオチドのこの配列情報は、例えば、遺伝子発見の供給源として、選択された細胞型（例えば、細胞型マーカー）において発現された配列の提示として、および／または所定の疾患状態または障害状態のマーカーとして、種々の方法で使用され得る。一般的に、疾患マーカーは、正常な細胞（例えば、疾患によって実質的に影響されない、同一形態または類似形態の細胞）と比較して上昇したレベルまたは減少したレベルいずれかでの疾患によって影響される、全ての細胞に存在する遺伝子産物の提示である。例えば、ライブラリー中のポリヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡ、ポリペプチド、またはポリヌクレオチドによってコードされる他の遺伝子産物を示すポリヌクレオチドであり得、このポリヌクレオチドは、正常な（すなわち、疾患に罹患していない）乳細胞に比べて、癌によって影響を受けた乳管細胞において、過剰発現されているかまたは過少発現されている。

ライブラリーのヌクレオチド配列情報は、任意の適切な形態（例えば、電子化形態または生化学的形態）において実施され得る。例えば、電子化形態で実施された配列情報のライブラリーは、例えば、以下の細胞間のように、示差的に発現（例えば、過剰発現または過少発現）される遺伝子の代表的なヌクレオチド配列を含む、アクセス可能なコンピューターデータファイル（または、生化学的形態における、核酸分子のコレクション）を含む：ｉ）癌細胞と正常細胞；ｉｉ）癌細胞と形成異常細胞；ｉｉｉ）癌細胞と疾患もしくは癌以外の状態によって影響を受けた細胞；ｉｖ）転移性癌細胞と正常細胞および／もしくは非転移性癌細胞；ｖ）悪性癌細胞および非悪性癌細胞（もしくは正常細胞）ならびに／またはｖｉ）正常細胞に対する形成異常の細胞。種々の疾患または種々の疾患の状態によって影響を受けた細胞の他の組合せおよび細胞の他の比較は、当業者に容易に明らかになる。ライブラリーの生化学的な実施形態は、ライブラリーにおける遺伝子の配列を有する核酸のコレクションを含み、ここで、この核酸は、以下のより詳細に記載されるように、ライブラリー中の遺伝子全体またはそのフラグメントに対応し得る。

本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、一般的に複数のポリヌクレオチド配列の配列情報を含み、ここで少なくとも１つのポリヌクレオチドは、配列番号１〜１４７７の任意の配列を有する。複数によって、少なくとも２、通常には３が意味され、配列番号１〜１４７７の全てまでを含み得る。ライブラリーにおいて、ポリヌクレオチドの長さおよび数は、例えば、ライブラリーが、オリゴヌクレオチドアレイ、ｃＤＮＡアレイ、配列情報のコンピューターデータベースなどである場合、ライブラリーの特性と共に変化する。

ライブラリーが、電子化ライブラリーである場合、核酸配列情報は、種々の媒体中に存在し得る。「媒体」は、本発明の配列情報を含む、単離された核酸分子以外の製品をいう。そのような製品は、核酸中に存在するような配列を直接適用しない手段によって試験され得る形態における、ゲノム配列またはそのサブセットを提供する。例えば、本発明の核酸配列（例えば、配列番号１〜１４７７の任意のポリヌクレオチドの核酸配列）は、コンピューター読み取り可能な媒体（例えば、コンピューターによって読まれ得かつ直接アクセスされ得る任意の媒体）に保存され得る。そのような媒体としては、磁気記憶媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープ）；光学記憶媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）；電子記憶媒体（例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ）；ならびにカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学記憶媒体）が挙げられるが、それらに限定されない。当業者は、任意の、現在公知のコンピューター読み取り可能な媒体が、本発明の配列情報の記録を含む製品の製造に、どのように使用され得るかを容易に理解する。「記録された」は、技術分野で公知の任意の方法を使用して、コンピューター読み取り可能な媒体に情報を保存するためのプロセスをいう。任意の便利なデータ保存構造は、保存された情報にアクセスするために使用される手段に基づいて、選択され得る。種々のデータプロセッサープログラムおよびフォーマット（例えば、ワードプロセシングテキストファイル、データベースフォーマットなど）が、保存のために使用され得る。この配列情報に加えて、本発明のライブラリーの電子化バージョンは、他のコンピューター読み取り可能な情報および／または他の型のコンピューター読み取り可能なファイルと共に提供され得る検索可能なファイル、実行可能なファイルなど（例えば、（例えば、検索プログラムソフトウェアなどが挙げられるがそれに限定されない））。

コンピューター読み取り可能な形態において、核酸配列を提供することによって、情報は、種々の目的についてアクセスされ得る。配列情報にアクセスするためのコンピューターソフトウェアは、公に入手可能である。例えば、ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２）およびＳｙｂａｓｅシステムにおけるＢＬＡＺＥ（Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：２０３）検索アルゴリズム、またはＴｉｍｅＬｏｇｉｃから入手可能な特別なコンピュータープラットフォームで必要に応じて作動するＴｅｒａＢＬＡＳＴ（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａ）プログラムは、他の生物体由来のＯＲＦに対する相同性を含むゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を同定するために使用され得る。

本明細書で使用される場合、「コンピューターベースのシステム」は、本発明のヌクレオチド配列情報を分析するために使用される、ハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ保存手段をいう。本発明のコンピューターベースのシステムの最小のハードウェアは、中央演算処理装置（ＣＰＵ）、入力手段、出力手段、およびデータ保存手段を含む。当業者は、現在入手可能なコンピューターベースのシステムの任意の１つが、本発明での使用に適切であることを容易に理解する。このデータ保存手段は、上に記載されるように本発明の配列情報の記録を含む任意の製品、またはそのような製品にアクセス可能なメモリーアクセス手段を含み得る。

「検索手段」は、標的配列もしくは標的構造モチーフ、またはサンプル中のポリヌクレオチドの発現レベルを保存された配列情報と比較するための、コンピューターベースのシステム上で実行される１つ以上のプログラムをいう。検索手段は、特定の標的配列または標的モチーフに一致するゲノムのフラグメントまたは領域を同定するために使用され得る。種々の公知のアルゴリズムは、公に知られており市販されている（例えば、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢＬ），ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ），ＴｅｒａＢＬＡＳＴ（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａ）。「標的配列」は、６以上の連続的なヌクレオチドまたは２以上のアミノ酸、好ましくは、約１０〜１００アミノ酸または約３０〜３００ｎｔの任意のポリヌクレオチドまたはアミノ酸であり得る。種々の比較手段は、データ保存手段を用いてサンプルからの配列情報の比較を達成するために（例えば、標的配列、標的モチーフ、または相対発現レベルを分析するために）使用され得る。当業者は、任意の公に入手可能な相同性検索プログラムが、標的配列および標的モチーフの比較を達成するために、本発明のコンピューターベースのシステムの検索手段として使用され得ることを容易に理解する。サンプルおよびコントロール中の発現レベルを分析するためのコンピュータープログラムもまた当該分野で公知である。

「標的構造モチーフ」または「標的モチーフ」は、合理的に選択された任意の配列または配列の組合せをいい、ここで、配列は、標的モチーフの折りたたみに基づいて形成される三次元的配置、または調節部位もしくは活性部位のコンセンサス配列に基づいて選択される。種々の標的配列が当該分野で公知である。タンパク質標的モチーフとしては、酵素活性部位およびシグナル配列が挙げられるが、これらに限定されない。核酸標的モチーフとしては、ヘアピン構造、プロモーター配列および転写因子の結合部位のような他の発現要素が挙げられるが、これらに限定されない。

入力手段および出力手段に関する種々の構造フォーマットは、本発明のコンピューターベースのシステムにおいて、情報を入力および出力するために使用され得る。出力手段の１つのフォーマットは、異なるポリヌクレオチドの相対的発現レベルをランク付けする。そのような表示は、当業者に遺伝子発現プロフィールを決定するための相対的発現レベルのランキングを提供する。

上に議論されるように、本発明の「ライブラリー」は、配列番号１〜１４７７のポリヌクレオチドの生化学的ライブラリー（例えば、提供されたポリヌクレオチドを示す核酸のコレクション）もまた含む。生化学的ライブラリーは、種々の形態（例えば、ｃＤＮＡの溶液、固相支持体の表面に安定に結合されたプローブ核酸のパターンなど（すなわち、アレイ））をとりえる。配列番号１〜１４７７のうちの１つ以上が、アレイ上に示される核酸アレイが、特に興味深い。アレイによって、その表面の１つに少なくとも２つの核酸標的を伴う少なくとも１つの基材を有する製品が意味され、ここで、異なる核酸の数は、かなり高くあり得、代表的には少なくとも１０、通常には少なくとも２０、頻繁には、少なくとも２５の異なる核酸分子であり得る。種々の異なるアレイのフォーマットが開発され、それは当業者に公知である。本発明のアレイは、上に列挙された例示的な特許文書において開示されるように、遺伝子発現分析、薬物スクリーニング、変異分析などを含む、種々の適用における使用を見出す。

上の核酸ライブラリーに加えて、ポリヌクレオチドのアナログライブラリーもまた提供され、ここで、ライブラリーのポリペプチドは、配列番号１〜１４７７の１つ以上に対応する遺伝子によってコードされるポリペプチドの少なくとも一部を示す。

（有用性）
本発明のポリヌクレオチドは、種々の適用において有用である。本発明のポリペプチドの有用性の例は、以下に記載される。

（より大きな分子の構築物：組換えＤＮＡおよび核酸マルチマー）
特に興味深い１つの実施形態において、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドは、大きな分子に対するビルディングブロックとして有用である。１つの例において、ポリヌクレオチドは、宿主細胞（例えば、細菌宿主細胞または真核生物（例えば、酵母または哺乳動物）宿主細胞）における発現に順に適合され得るより大きなｃＤＮＡ分子の成分である。ｃＤＮＡは、出発物質のポリヌクレオチド（すなわち、本明細書に記載されるポリヌクレオチド）によりコードされるポリペプチドに加えて、本明細書に記載されるポリヌクレオチド（例えば、融合タンパク質をコードする配列内のような）によってコードされるポリペプチドに相同なアミノ酸配列を含み得る。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドは、記載されるポリヌクレオチドが対応する遺伝子の全てまたは一部を合成するための出発物質ポリヌクレオチドとして使用される。例えば、全長ヒトポリペプチドをコードするＤＮＡ分子は、出発物質として本明細書中に記載されるポリヌクレオチドを使用して、構築され得る。

別の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、核酸マルチマーとして使用される。核酸マルチマーは、同一の反復する一本鎖オリゴヌクレオチド単位または別個の一本鎖オリゴヌクレオチド単位の、直鎖ポリマーまたは分枝鎖ポリマーであり得る。分子が分枝している場合、マルチマーは、一般的に，［フォーク」構造または「コーム」構造のいずれかとして記載される。マルチマーのオリゴヌクレオチド単位は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、改変ヌクレオチドまたはその組合せで構成され得る。単位の少なくとも１つは、目的の第１の一本鎖ヌクレオチド配列（代表的には、検体、または検体に結合するオリゴヌクレオチド）に特異的に結合することを可能にする配列、長さ、および組成を有する。そのような特異性および安定性を達成するために、この単位は、通常には、１５〜５０ｎｔ長、好ましくは、１５〜３０ｎｔ長であり、４０％〜６０％のＧＣ含量を有する。そのような単位に加えて、このマルチマーは、目的の第２の一本鎖ヌクレオチド（代表的には、標識されたオリゴヌクレオチドまたは別のマルチマー）に、特異的にかつ安定にハイブリダイズし得る複数の単位を含む。これらの単位はまた、通常には、１５〜５０ｎｔ長、好ましくは、１５〜３０ｎｔ長であり、４０％〜６０％のＧＣ含量を有する。マルチマーが、別のマルチマーにハイブリダイズするように設計される場合、第１および第２のオリゴヌクレオチド単位は、異種（異なる）である。本明細書に記載される１つ以上のポリヌクレオチドまたは本明細書に記載されるポリヌクレオチドの一部分は、そのような核酸マルチマーの反復単位として使用され得る。

マルチマーにおけるオリゴヌクレオチド単位の総数は、通常には３〜５０の範囲、より通常には１０〜２０の範囲である。目的のヌクレオチド配列にハイブリダイズする単位が、標識されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする単位と異なるマルチマーにおいて、後者の前者に対する比は、通常には２：１〜３０：１、より通常には５：１〜２０：１、および好ましくは１０：１〜１５：１である。

マルチマーのオリゴヌクレオチド単位は、ホスホジエステル結合、または介入架橋薬剤（例えば、核酸、アミノ酸、炭化水素もしくはポリオール架橋）、あるいは核酸または改変核酸鎖を架橋し得る他の架橋薬剤を通して、互いに直接共有結合され得る。連結の部位は、単位の末端（通常の３、−５’方向またはランダムな方向のいずれかにおいて）および／または鎖上の１つ以上内部ヌクレオチドにあり得る。直鎖状マルチマーにおいて、個々の単位は、直鎖状ポリマーを形成するように、末端対末端で結合する。分枝マルチマーの１つの型は、３以上のオリゴヌクレオチド単位が、起点から出て、分枝構造を形成する。起点は、別のオリゴヌクレオチド単位または多機能分子であり得、これに対して少なくとも３つの単位が共有結合し得る。別の型において、１つ以上のペンダントオリゴヌクレオチド単位を有するオリゴヌクレオチド単位骨格が存在する。これらの後者の型のマルチマーは、構造が、「フォーク型」、「コーム型」または「フォーク様」および「コーム様」の組合せである。ペンダント単位は、通常には、改変ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドが結合され得るかそうでなければ付着され得る適切な機能部分を有する他の有機部分から垂れ下がる。マルチマーは、全体として直線であるか、全体として分枝しているか、または直線部分および分枝部分の組合せであり得る。好ましくは、マルチマーにおける少なくとも２個、より好ましくは、少なくとも３個、好ましくは、５〜１０個の分枝点が存在する。マルチマーは、二重鎖配列の１つ以上のセグメントを含み得る。

多量体の核酸分子は、１つのマルチマー分子の第１の配列の標的配列へのハイブリダイゼーションから生じるシグナルの増幅に有用である。増幅は、第２のセグメントの繰り返しの数に理論的に比例する。

理論に拘束されることなく、約８より多い分枝を有するフォーク構造は、標識化プローブのマルチマーへの結合を阻害する立体障害を示す。一方で、コーム構造は、立体的な問題をほとんどまたは全く示さず、従って、この構造は、分枝マルチマーの好ましい型である。フォーク型およびコーム型両方の分枝核酸マルチマーならびに使用および合成の方法の記載については、例えば、米国特許第５，１２４，２４６号（フォーク型構造）；同第５，７１０，２６４号（コーム構造の合成）；および同第５，８４９，４８１号を参照のこと。

（マッピングおよび組織プロファイリングにおけるポリヌクレオチドプローブの使用）
配列表に列挙されるように、一般的に、少なくとも１２連続ｎｔのポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドプローブは、ポリヌクレオチドの染色体マッピングおよび転写レベルの検出のような、種々の目的に対して使用される。開示されたポリヌクレオチドの好ましい領域についてのさらなる開示は、実施例において見出される。本明細書中に開示されたポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするプローブは、他の関連しない配列によって提供されるバックグラウンドハイブリダイゼーションより少なくとも５、１０、または２０倍高い検出シグナルを提供するはずである。

（発現レベルの検出）
ヌクレオチドプローブは、提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現を検出するために使用される。ノーザンブロットにおいて、ｍＲＮＡは、電気泳動的に分離され、プローブと接触される。プローブは、特定の大きさのｍＲＮＡ種にハイブリダイズする場合に検出される。ハイブリダイゼーションの量は、例えば、特定の条件下で、発現の相対量を決定するために定量される。プローブは、発現を検出するための細胞へのインサイチュハイブリダイゼーションのために使用される。プローブはまた、ハイブリダイズする配列の診断的検出のためにインビボで使用され得る。プローブは、代表的に、放射性同位体で標識される。発色団、蛍光団、および酵素のような、他の型の検出可能な標識が、使用され得る。ヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイの他の例は、Ｗ０９２／０２５２６号および米国特許第５，１２４，２４６号に記載される。

あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出するための別の手段である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８７）１５５：３３５；米国特許第４，６８３，１９５号；および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）。標的核酸とハイブリダイズする２つのプライマーポリヌクレオチドヌクレオチドが、反応を開始するために使用される。プライマーは、配列表のポリヌクレオチド内の配列またはその３’および５’側の配列で構成され得る。あるいは、プライマーがこれらのポリヌクレオチドの３’および５’側である場合、これらプライマーは、ポリヌクレオチドまたはその相補体にハイブリダイズする必要はない。熱安定性ポリメラーゼを使用した標的の増幅の後、増幅された核酸配列は、例えば、サザンブロットのような技術分野で公知の方法によって検出され得る。ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡはまた、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」（Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８９）（例えば、ＰＣＲ増幅を使用しない）に記載される従来のブロッティング技術（例えば、サザンブロット、ノーザンブロットなど）によって検出され得る。一般的に、ポリメラーゼ酵素を使用してｍＲＮＡから生成されるｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、ゲル電気泳動を使用して精製および分離され得、ニトロセルロースのような固相支持体に移され得る。固相支持体は、標識化されたプローブに曝され、ハイブリダイズしていない任意のプローブを除去するために洗浄され、そして、標識化されたプローブを含む二重鎖が検出される。

（マッピング）
本発明のポリヌクレオチドは、対応遺伝子が存在する染色体を同定するために使用され得る。そのようなマッピングは、既知の機能を有する他の遺伝子の近似性によって、このポリヌクレオチドに関連する遺伝子の機能を同定するために使用され得る。機能はまた、特定の症候群または疾患を同じ染色体にマップする場合、このポリヌクレオチドに関連する遺伝子として指定される。例えば、核酸配列異常の同定および定量におけるポリヌクレオチドプローブの使用は、米国特許第５，７８３，３８７号に記載される。例示的なマッピング方法は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）であり、この方法は、ＤＮＡ配列の相対コピー数における変化の全ゲノム評価を可能にする比較ゲノムハイブリダイゼーションを容易にする（例えば、Ｖａｌｄｅｓら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９７）６８：１を参照のこと）。ポリヌクレオチドはまた、例えば、放射性ハイブリッドまたは染色体特異的ハイブリッドパネルを使用して特定の染色体にマップされ得る。Ｌｅａｃｈら、Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，（１９９５）３３：６３−９９；Ｗａｌｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）７：２２；ＷａｌｔｅｒおよびＧｏｏｄｆｅｌｌｏｗ，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９２）９：３５２を参照のこと。放射性ハイブリッドマッピングに対するパネルは、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，Ａｌａｂａｍａ， ＵＳＡから入手可能である。種々のパネルを使用したマーカーのデータベースは、Ｓｔａｎｆｏｒｄ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｃｅｎｔｅｒ（Ｓｔａｎｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）およびｔｈｅ Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ／ＭＩＴ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈに後援されるウェブサイトを介して入手可能である。統計プログラムＲＨＭＡＰは、１つの順番と別の順番の相対的見込みの基準を有する、放射ハイブリダイゼーションからのデータに基づくマップを構築するために使用され得る。ＲＨＭＡＰは、ミシガン大学によって後援されるウェブサイトを介して入手可能である。さらに、市販のプログラムは、癌のような疾患に一般的に関連する染色体の領域を同定するために利用可能である。

（組織分類または組織プロファイリング）
提供されるポリヌクレオチドに対応する特定のｍＲＮＡの発現は、異なる細胞型で変化し得、組織特異的であり得る。異なる細胞型におけるｍＲＮＡレベルのこの変化は、核酸プローブアッセイにより利用され得、組織型を決定する。例えば、ＰＣＲ、分枝ＤＮＡプローブアッセイ、または配列表に列挙されるポリヌクレオチドに実質的に同一または相補的な核酸プローブを利用するブロッティング技術は、対応するｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在または非存在を決定し得る。

組織分類は、その器官または組織の特定のマーカーの発現を同定することによって、転移性損傷の発達性の器官供給源または発達性の組織供給源を同定するために使用され得る。ポリヌクレオチドが、特定の組織型においてのみ発現され、そして転移性損傷がそのポリヌクレオチドを発現することが見出された場合、損傷の発達性供給源は、同定される。特定のポリヌクレオチドの発現は、対応するｍＲＮＡまたはタンパク質産物のいずれかの検出によってアッセイされ得る。任意の法医学者に即座に明らかなように、本明細書中に開示された配列は、非ヒト組織からヒト組織を区別する際に有用である。特に、これらの配列は、例えば、鳥類組織、爬虫類組織、および両生類組織からヒト組織を区別するのに有用である。

（多型の使用）
本発明のポリヌクレオチドは、法的応用、遺伝的分析応用、マッピング応用、および診断的応用において有用であり得、ここで、遺伝子の対応する領域は、ヒト集団において多型である。タンパク質多型改変体の電気泳動、制限酵素切断に対する異なる感受性、および対立遺伝子特異的プローブへのハイブリダイゼーションが挙げられるが、これらに限定されない遺伝子における多型を検出するための任意の方法が、使用され得る。

（抗体産出）
本発明はさらに、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド（例えば、配列番号１−１４７７に対応する配列によってコードされるポリペプチド、配列番号１４７８−１５６８のアミノ酸配列を含むポリペプチド）に特異的である抗体を提供し、それは単離された抗体であり得る。抗体は、抗体ならびに緩衝液および／または薬学的に受容可能な賦形剤を含む組成物において提供され得る。前立腺癌に関連するポリペプチドに対して特異的な抗体は、本明細書において、詳細に記載されるように、種々の診断的方法および治療的方法において有用である。

本発明のポリヌクレオチドの発現産物および対応するｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子が、調製され得、実験目的、診断的目的、および治療的目的で抗体を惹起するために使用され得る。対応する遺伝子が指示されていないポリヌクレオチドに対して、これにより、対応する遺伝子を同定するさらなる方法が提供される。ポリヌクレオチドまたは関連するｃＤＮＡは、上に記載されるように発現され、抗体が調製される。これらの抗体は、ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド上のエピトープに特異的で、細胞もしくは組織調製物またはインビトロ発現系の無細胞抽出物において、対応するネイティブのタンパク質を沈殿させるかまたはそれに結合し得る。

選択された抗原を特異的に結合する抗体を産出するための方法は、当該分野で公知である。抗体を惹起するための免疫原は、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドをアジュバントと混合することによって、および／またはより大きな免疫原タンパク質との融合タンパク質を作製することによって調製され得る。ポリペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシアニンのような、他のより大きな免疫原タンパク質と共有結合され得る。免疫原は、代表的には、ウサギ、ヒツジ、およびマウスのような実験動物に、経皮的に、皮下的に、または筋肉的に投与され、抗体を産生する。モノクローナル抗体は、脾臓細胞を単離し、ミエローマ細胞と融合してハイブリドーマを形成することによって、生成され得る。あるいは、選択されるポリヌクレオチドは、例えば筋肉内注射によって、直接投与され、インビボで発現される。発現されたタンパク質は、タンパク質の投与に匹敵する、抗体産生を含む種々のタンパク質特異的免疫応答を生じる。

選択されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに対して特異的なポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製は、当該分野で公知の標準的な方法を使用して作製され得る。この抗体は、配列表に開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに存在するエピトープに、特異的に結合する。代表的には、少なくとも６、８、１０、または１２の連続するアミノ酸が、エピトープを形成するために要求される。非連続的なアミノ酸を含むエピトープは、例えば、少なくとも１５、２５、または５０アミノ酸の、より長いポリペプチドを要求し得る。提供されるポリペプチドによってコードされるヒトポリペプチドに特異的に結合する抗体は、ウェスタンブロットまたは他の免疫化学的アッセイにおいて使用される場合、他のタンパク質によって提供される検出シグナルより少なくとも５、１０、または２０倍高い検出シグナルを提供するはずである。好ましくは、本発明によって企図されるポリペプチドに特異的に結合する抗体は、検出可能なレベルでの免疫化学的アッセイにおける他のタンパク質に結合しないが、溶液から特異的なポリペプチドを免疫沈降し得る。

本発明はまた、本発明のポリペプチドに対して特異的な、天然に存在する抗体を企図する。例えば、ヒト集団における、本発明のポリペプチドに対する血清抗体は、対応する選択されたポリペプチドまたは融合タンパク質が結合するカラムにわたって、抗血清を通過させることによるような、当該分野で公知の方法によって精製され得る。次いで、結合抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を使用して、カラムから溶出され得る。

上に記載される抗体に加えて、本発明はまた、当該分野で周知の方法に従って、遺伝子操作された抗体（例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、トランスジェニック動物（例えば、ＸｅｎｏｍｏｕｓＴＭのようなトランスジェニックマウス）によって産生されるヒト抗体、抗体誘導体（例えば、単鎖抗体、抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂなど）））を企図する。

本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに特異的に結合し得る他の分子を企図する。そのような分子の例としては、単鎖結合タンパク質（例えば、一価および多価単鎖抗原結合タンパク質（例えば、米国特許第４，７０４，６９２号；同第４，９４６，７７８号；同第４，９４６，７７８号；同第６，０２７，７２５号；同第６，１２１，４２４号を参照のこと））、オリゴヌクレオチドベースの合成抗体（例えば、オリゴ体（ｏｌｉｇｏｂｏｄｙ）（例えば、Ｒａｄｒｉｚｚａｎｉら、Ｍｅｄｉｃｉｎａ（Ｂ Ａｉｒｅｓ）（１９９９）５９：７５３−８；Ｒａｄｒｉｚｚａｎｉら、Ｍｅｄｉｃｉｎａ（Ｂ Ａｉｒｅｓ）（２０００）６０（補遺２）：５５−６０を参照のこと））、アプタマー（例えば、Ｇｅｎｉｎｇら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（２００１）３：８２８，８３０，８３２，８３４；ＣｏｘおよびＥｌｌｉｎｇｔｏｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．（２００１）９：２５２５−３１を参照のこと）などが挙げられるがそれらに限定されない。

（診断のためのポリヌクレオチドまたはアレイ）
ポリヌクレオチドアレイは、サンプル中の多数のポリヌクレオチドをアッセイし得るハイスループット技術を提供する。この技術は、差示的な発現について試験するための（例えば、コードタンパク質の機能を決定するための）診断指標および手段として使用され得る。アレイを生成する種々の方法、およびこれらの方法の変更は、当該分野において公知であり、そして本発明における使用について企図される。例えば、アレイは、二次元マトリクスまたは結合プローブを有するアレイ中の基板（例えば、ガラス、ニトロセルロースなど）上にポリヌクレオチドプローブをスポットすることにより作製され得る。このプローブは、共有結合によるか、または非特異的な相互作用（例えば、疎水性相互作用）によるかのいずれかで基板に対して結合され得る。ポリヌクレオチドのサンプルは、検出可能に標識化（例えば、放射活性標識または蛍光標識を用いて）され得、次いでプローブにハイブリダイズされ得る。プローブポリヌクレオチドに結合した標識化したサンプルポリヌクレオチドを含有する、二本鎖のポリヌクレオチドは、このサンプルの未結合の部分が洗い流されるとすぐに検出され得る。代替的に、この試験サンプルのポリヌクレオチドは、アレイ上に固定化され得、そしてこのプローブは、検出可能に標識化される。アレイを構築するための技術およびこれらのアレイを使用する方法は、例えば、Ｓｃｈｅｎａら、（１９９６）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．９３（２０）：１０６１４−９；Ｓｃｈｅｎａら、（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７０（５２３５）：４６７−７０；Ｓｈａｌｏｎら、（１９９６）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．６（７）：６３９−４５、米国特許第５，８０７，５２２号、ＥＰ７９９ ８９７；ＷＯ９７／２９２１２；ＷＯ９７／２７３１７；ＥＰ７８５ ２８０；ＷＯ９７／０２３５７；米国特許第５，５９３，８３９号；米国特許第５，５７８，８３２号；ＥＰ７２８ ５２０；米国特許第５，５９９，６９５号；ＥＰ７２１ ０１６；米国特許第５，５５６，７５２号；ＷＯ９５／２２０５８；および米国特許第５，６３１，７３４号に記載される。

アレイは、例えば、遺伝子の差示的な発現を試験するために使用され得、そして遺伝子機能を決定するために使用され得る。例えば、アレイは、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の差示的な発現を検出するために使用され得、ここで、発現は、試験細胞とコントロール細胞（例えば、癌細胞と正常細胞）との間で比較される。例えば、対応する正常細胞において観察されない、癌細胞における特定のメッセージ（ｍｅｓｓａｇｅ）の高い発現は、癌特異的な遺伝子産物を示し得る。アレイの例示的な使用は、さらに、例えば、Ｐａｐｐａｌａｒａｄｏら、Ｓｅｍ．Ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｏｎｃｏｌ．（１９９８）８：２１７；およびＲａｍｓａｙ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９８）１６：４０に記載される。さらに、アレイを使用する検出の方法に関する多数の変更は、当該分野において周知であり、そして本発明の範囲に包含される。例えば、固体支持体にプローブを固定化するのではなく、試験サンプルは、固体支持体上に固定化され得、次いでこれはプローブと接触される。

（診断における差示的発現）
本発明のポリヌクレオチドはまた、（例えば、ヒトにおける異常または疾患の組織を同定するための方法のように）２つの細胞の間の発現レベルにおける差を検出するために使用され得る。タンパク質ファミリーのプロフィールに対応するポリヌクレオチドについて、組織の選択は、推定の生物学的機能に従って選択され得る。一般には、特定のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現は、疾患であると疑われる第一の組織と第二のヒトの正常組織との間で比較される。異常または疾患であると疑われる組織は、ヒトの異なる組織型から誘導され得るが、好ましくは、同一の組織型から誘導され；例えば、腸管ポリープまたは他の異常増殖は、正常な腸管組織と比較されるべきである。正常な組織は、試験サンプルの組織と同じ組織か、患者の任意の正常組織、特に、目的のポリヌクレオチド関連遺伝子を発現する組織（例えば、脳、胸腺、精巣、心臓、前立腺、胎盤、脾臓、小腸、骨格筋、膵臓、および結腸の粘膜管壁）であり得る。比較される２つの組織におけるポリヌクレオチド関連遺伝子、ｍＲＮＡ、またはタンパク質の間の、例えば、分子量、アミノ酸もしくはヌクレオチドの配列、または相対量における差は、疾患であると疑われるヒトの組織における、遺伝子、またはそれを調節する遺伝子の変化を示す。差示的な発現の検出および癌の診断におけるその使用の例は、米国特許第５，６８８，６４１号および同第５，６７７，１２５号に記載される。

ヒトにおける疾患に対する遺伝的素因はまた、胎児組織における本発明のポリヌクレオチドに対応するｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルを、正常な胎児組織に関するレベルと比較することにより検出され得る。この目的のために使用される胎児組織としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：羊水、絨毛膜絨毛、血液およびインビトロで受精された胚の割球。比較可能な正常ポリヌクレオチド関連遺伝子は、任意の組織から入手される。ｍＲＮＡまたはタンパク質は、ポリヌクレオチド関連遺伝子が発現される、ヒトの正常組織から入手される。胎児ポリヌクレオチド関連遺伝子もしくはｍＲＮＡのヌクレオチド配列もしくは大きさにおける変更、または胎児タンパク質の分子量、アミノ酸配列、もしくは相対量における変更のような差は、胎児のポリヌクレオチド関連遺伝子における生殖系列の変異を示し得、これは、疾患に対する遺伝的素因を示す。一般的には、差示的発現に基づく、本発明の診断、予後、および他の方法は、疾患（例えば、乳癌、肺癌、結腸癌および／またはそれらの転移性形態）を有するか、またはそれらに対して感受性であると疑われる患者から入手した試験サンプル中の、遺伝子産物、（特に、差示的に発現した遺伝子産物）のレベルまたは量の検出に関し、そして正常な細胞（例えば、癌を実質的に患っていない細胞）および／または他のコントロール細胞（例えば、異形成を患う細胞由来の癌性細胞を分化させること）で見出されるそれらのレベルに対する検出されたレベルを比較することに関する。さらに、疾患の重症度は、差示的に発現した遺伝子産物の検出されたレベルを、疾患の重症度の変動した程度に関する差示的に発現した遺伝子産物のレベルを示すサンプル中で検出されたそれらのレベルと比較することによって評価され得る。本明細書における用語「診断の」の使用は、必ずしも「予後の」または「予後」を排除するための意味ではなく、むしろ便宜上の問題として使用される。

用語「差示的に発現された遺伝子」とは、一般には、例えば、遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに／またはコード領域を越える約２０ｋｂまでだが、いずれかの方向にさらに可能な、発現の調節に関わる、このような遺伝子および隣接する５’および３’の非コードヌクレオチド配列のイントロンを含み得る、ポリヌクレオチドを包含することが意図される。遺伝子は、染色体外の維持のためか、または宿主ゲノム中への組込みのための適切なベクター中に導入され得る。一般には、少なくとも約２５％、通常には少なくとも約５０〜約７５％、より通常には少なくとも９０％以上の発現レベルの減少に関連する発現レベルにおける差は、差示的に発現された目的の遺伝子（すなわち、コントロールサンプルと比較して試験サンプル中で過少発現またはダウンレギュレーションされた遺伝子）を示す。さらに、少なくとも約２５％、通常には少なくとも約５０〜約７５％、より通常には少なくとも約９０％の発現の増加に関連し、そしてコントロールサンプルと比較して少なくとも約１．５倍、通常には少なくとも約２倍〜約１０倍および約１００倍〜約１，０００倍増加され得る発現レベルにおける差は、差示的に発現された目的の遺伝子（すなわち、過剰発現またはアップレギュレーションされた遺伝子）を示す。

本明細書中で使用される場合、「差示的に発現されたポリヌクレオチド」とは、核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を意味し、差示的に発現される遺伝子（例えば、配列（遺伝子産物をコードするオープンリーディング）を含有する差示的に発現されるポリヌクレオチド）を示す配列を含み、これは、サンプル中で差示的に発現されるポリヌクレオチドの検出がサンプル中に差示的に発現される遺伝子の存在と相関するように、差示的に発現される遺伝子を一義的に同定する。「差示的に発現されたポリヌクレオチド」はまた、本開示のポリヌクレオチド（例えば、生物学的活性を保持するフラグメント、および本開示のポリヌクレオチドに対して実質的に類似かまたは実質的に同一（例えば、約９０％の配列同一性を有する）な核酸ホモログ）のフラグメントを含むことを意味する。

診断または予後において有用な本発明の方法は、典型的には、目的のサンプル中に選択された差示的に発現した遺伝子産物の量を、コントロールの量と比較して、遺伝子産物の発現における任意の相対的な差を決定することを包含し、ここでこの差は、定性的および／または定量的に測定され得る。定量化は、例えば、サンプル中に検出される発現産物のレベルを、標準曲線に存在する産物の量と比較することによって達成され得る。比較は、コンピューター化された補助があるかなしかのデンシトメトリーのような技術の使用；試験サンプルから単離されたｍＲＮＡのｃＤＮＡクローンの代表的なライブラリーの作成、同じ遺伝子産物に対応するｃＤＮＡクローンの数を決定するためのライブラリー中のクローンの配列決定、およびコントロールサンプル中の同じ遺伝子産物のクローンの数に関連する、同じ遺伝子産物に対応するクローンの数の分析；または選択した配列もしくは配列のセットへのハイブリダイゼーションの相対的なレベルを検出するためのアレイの使用、およびこのハイブリダイゼーションパターンとコントロールのハイブリダイゼーションパターンとの比較、によって視覚的になされ得る。次いで、発現における差は、異常な発現パターンの存在か非存在かで関連付けられる。サンプル中の核酸量を決定するための種々の異なる方法は、当業者に公知である（例えば、ＷＯ９７／２７３１７を参照のこと）。

一般的には、本発明の診断アッセイは、配列番号：１〜１４７７の配列に対応するポリヌクレオチド配列（例えば、ｍＲＮＡまたはポリペプチド）の遺伝子産物の検出を含む。サンプルが入手される患者は、明らかに健康であり得、疾患に感受性であり得（例えば、家族暦または特定の環境因子への曝露によって決定されるような）、または既に、本発明の遺伝子産物の変更された発現が関係付けられる状態を有するとして同定され得る。

診断は、配列番号：１〜１４７７に記載される配列を有するポリヌクレオチドの、少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つ以上、少なくとも３つ以上、または少なくとも４つ以上によってコードされる遺伝子産物の検出された遺伝子産物発現レベルに基づいて決定され得、そして全ての配列番号：１〜１４７７に対応する遺伝子、ならびに／またはさらなる診断マーカーおよび／もしくは参照配列として役立ち得るさらなる配列の発現の検出を含み得る。診断方法が、癌の存在または患者の癌に対する感受性を決定するために設計される場合、このアッセイは、好ましくは、癌において差示的に発現されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の検出を含む。このような差示的に発現したポリヌクレオチドの例は、以下の実施例において記載される。本明細書中に提供されるポリヌクレオチドおよび提供されるそれらの相対発現レベルに関する情報が与えられると、このようなポリヌクレオチドを使用するアッセイならびに診断および予後におけるそれらの発現レベルの検出は、当業者に容易に明らかである。

任意の種々の検出可能な標識は、本発明の診断方法の種々の実施形態と関連して使用され得る。適切な検出可能な標識としては、以下が挙げられる：蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィコエリスリン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオレセイン、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシフルオレセイン（５−ＦＡＭ）またはＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射活性標識（例えば、３２Ｐ、３５Ｓ、３Ｈなど）など。検出可能な標識は、２段階システム（例えば、ビオチン−アビジン、ハプテン−抗ハプテン抗体など）を含み得る。

本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに特異的な試薬（例えば、抗体およびヌクレオチドプローブ）は、生物学的サンプルにおける発現産物の存在を検出するためのキットに供給され得る。このキットはまた、緩衝液または標識成分、ならびに生物学的サンプルにおける発現産物を検出および定量化するための試薬を用いるための説明書を含み得る。本発明の診断方法の例示的な実施形態は、以下により詳細に記載される。

（診断におけるポリペプチドの検出） １つの実施形態において、試験サンプルは、差示的に発現されたポリペプチド（例えば、配列番号：１〜１４７７に対応する遺伝子のポリペプチドおよび/または配列番号：１４７８〜１５６８の配列を含有するポリペプチド）のレベルについてアッセイされる。診断は、試験サンプル中の差示的に発現されたポリペプチドの不在または存在または変更された量を決定するための多数の方法のいずれかを用いて達成され得る。例えば、検出は、標識化抗体での細胞または組織学的切片の染色に利用し得、慣用的な方法に従って実施される。細胞は、細胞質分子を染色するために透過され得る。一般的には、本発明の差示的に発現したポリペプチドに特異的に結合する抗体は、サンプルに添加され、そしてエピトープに結合させるために十分な期間（通常、少なくとも約１０分間）インキュベートされる。この抗体は、直接的な検出（例えば、放射性同位体、酵素、蛍光剤、化学発光剤など）のために検出可能に標識化され得るか、または結合を検出するための第二期（ｓｅｃｏｎｄ ｓｔａｇｅ）抗体もしくは試薬（例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ結合体化アビジンを有するビオチン、蛍光化合物（例えば、フルオレセイン、ローダミン、テキサスレッドなど）に結合体化した二次抗体）とともに使用され得る。抗体結合がないかあるかは、解離細胞のフローサイトメトリー、顕微鏡法、ラジオグラフィー、シンチレーション計数法などを含む、種々の方法によって決定され得る。差示的に発現したポリペプチドのレベルまたは量の定性的または定量的な検出の任意の適切な代替的な方法としては、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、免疫沈降、ラジオイムノアッセイなどが使用され得る。

（ｍＲＮＡの検出） 本発明の診断方法はまた、または代替的に本発明の差示的に発現したポリヌクレオチドに対応する遺伝子によりコードされるｍＲＮＡの検出に関する。特定のｍＲＮＡを検出するために、当該分野において公知の任意の適切な定性的または定量的な方法が、使用され得る。ｍＲＮＡは、例えば、組織切片におけるインサイチュハイブリダイゼーション、逆転写酵素−ＰＣＲ、またはｐｏｌｙＡ＋ｍＲＮＡを含むノザンブロットによって検出され得る。当業者は、２つのサンプル間でｍＲＮＡ転写物の大きさまたは量における差を決定するためのこれらの方法を容易に使用し得る。サンプルにおけるｍＲＮＡの発現レベルはまた、サンプル由来の発現配列タグ（ＥＳＴ）のライブラリーの生成によって決定され得、ここでＥＳＴライブラリーは、このサンプル中に存在する配列を代表する（Ａｄａｍｓら、（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：１６５１）。ライブラリー中のＥＳＴの相対的表示の計数は、開始サンプル内の遺伝子転写物の相対的表示を近似するために使用され得る。次いで、試験サンプルのＥＳＴ分析の結果は、選択されたポリヌクレオチド、特に、本明細書中に記載される１つ以上の差示的に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの相対発現レベルを決定するための参照サンプルのＥＳＴ分析と比較され得る。代替的に、試験サンプル中の遺伝子発現は、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）方法論（例えば、Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９５）２７０：４８４）または差示的ディスプレイ（ＤＤ）方法論（例えば、米国特許第５，７７６，６８３号および米国特許第５，８０７，６８０号を参照のこと）を使用して実施され得る。

あるいは、遺伝子発現は、ハイブリダイゼーション分析を用いて分析され得る。オリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡは、特異的な配列組成物のＤＮＡまたはＲＮＡを選択的に同定または捕捉するために使用され得、そして既知の捕捉配列にハイブリダイズしたＲＮＡまたはｃＤＮＡの量は、定性的または定量的に決定されて、サンプル中の細胞性メッセージのプール内の特定のメッセージの相対的表示についての情報を提供し得る。ハイブリダイゼーション分析は、例えば、フィルター、顕微鏡スライド、もしくはマイクロチップを備える高密度形式を有するアレイベースの技術、または分光学的な分析（例えば、質量分析法）を使用する溶液ベースの技術の使用によって、数百から数千の遺伝子の相対発現の同時配列決定を可能にするように設計され得る。本発明の診断方法におけるアレイの１つの例示的な使用は、以下により詳細に記載される。

（診断適用における単一遺伝子の使用） 本発明の診断方法は、単一の差示的に発現した遺伝子の発現に焦点を合わせ得る。例えば、この診断方法は、疾患に関連する、差示的に発現した遺伝子、またはこのような遺伝子の多型性（例えば、コード領域またはコントロール領域における多型）の検出を含み得る。疾患関連多型は、遺伝子の欠失または切断、発現レベルを変更する変異および／またはコードタンパク質の活性に影響する変異などを含み得る。

特定の遺伝子（例えば、疾患関連多型）の存在について核酸を分析するための多数の方法が、利用可能である。大量のＤＮＡが利用可能な場合、ゲノムＤＮＡは、直接的に使用される。代替的に、目的の領域が、適切なベクター中にクローン化され、そして分析のために十分な量で増殖される。差示的に発現した遺伝子を発現する細胞は、ｍＲＮＡの供給源として使用され得、これは、分析のために、直接的にアッセイされ得るか、またはｃＤＮＡ中に逆転写され得る。核酸は、慣用的な技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））により増幅されて、分析について十分な量を提供し得、そして検出可能な標識は、増幅反応（例えば、検出可能に標的化されたプライマー、検出可能に標識化されたオリゴヌクレオチドを用いる）に含まれて、検出を容易にし得る。代替的に、種々の方法はまた当該分野において公知であり、これらは、多型を検出するための手段としてオリゴヌクレオチドの連結を利用する（例えば、Ｒｉｌｅｙら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（１９９０）１８：２８８７；およびＤｅｌａｈｕｎｔｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９６）５８：１２３９を参照のこと）。

増幅またはクローン化されたサンプル核酸は、当該分野に公知の多数の方法の１つによって分析され得る。核酸は、ジデオキシ法または他の方法によって配列決定され得、そして塩基の配列は、選択された配列（例えば、野生型配列）と比較される。多型または改変体配列とのハイブリダイゼーションはまた、サンプルにおけるその存在を決定するために（例えば、サザンブロット、ドットブロットなどによって）使用され得る。米国特許第５，４４５，９３４号またはＷＯ９５／３５５０５に記載されるように、固体支持体上に固定化されたオリゴヌクレオチドプローブのアレイへの、多型または改変体配列およびコントロール配列のハイブリダイゼーションパターンはまた、疾患に関連する多型または改変体配列を同定する手段として使用され得る。ゲルマトリクスにおける一本鎖配座多型（ＳＳＣＰ）分析、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、およびヘテロ二重鎖分析は、電気泳動度における変更としてＤＮＡ配列の改変によって引き起こされる配座の変化を検出するために使用される。あるいは、多型が、制限エンドヌクレアーゼについての認識部位を生成または破壊する場合、このサンプルは、そのエンドヌクレアーゼで消化され、そしてその産物の大きさは、そのフラグメントが消化されたか否かを決定するために分画化される。分画化は、ゲル電気泳動またはキャピラリー電気泳動、特にアクリルアミドゲルまたはアガロースゲルによって実施される。

（遺伝子における変異についてのスクリーニングは、そのタンパク質の機能的特性または抗原性特性に基づき得る） タンパク質切断アッセイは、タンパク質の生物学的活性に影響し得る欠失を検出するのに有用である。タンパク質における多型を検出するために設計された種々のイムノアッセイが、スクリーニングにおいて使用され得る。ここで、多種多様な遺伝的変異が、特定の疾患の表現型を導く場合、機能性タンパク質アッセイは、有効なスクリーニング手段であることが証明されている。コードされたタンパク質の活性は、野生型タンパク質との比較によって決定され得る。

（治療（治療剤）の診断、予後、評価、および癌の処置）
本発明のポリヌクレオチドおよびそれらの遺伝子産物は、発癌経路に沿った初期変化の検出および／もしくは種々の治療的処置および予後的処置の有効性をモニターするための遺伝的マーカーまたは生化学的マーカー（例えば、血液または組織中）として特に興味深い。例えば、特定のポリヌクレオチドの発現のレベルは、より乏しい予後を示し得、従って患者に対する、より積極的な化学治療または放射線治療を保証し、逆のことも同様である。患者における処置および結果に応答する新たな代替的な腫瘍特異的な特徴の関係は、腫瘍の分子プロフィールに基づく変更された治療の設計を可能にする予後的指示薬を規定し得る。これらの治療は、抗体標的化、アンタゴニスト（例えば、低分子）および遺伝子治療を含む。特定のポリヌクレオチドの発現の決定、ならびに正常組織および疾患の改変体における公知の発現を用いる患者のプロフィールの比較は、処置の特異性の面および患者の快適度の面の両方で、患者に対して最良の可能な処置の決定を可能にする。代替的な腫瘍マーカー（例えば、ポリヌクレオチドの発現）はまた、よりよい分類をするために使用されて、従って癌の異なる形態および疾患状態を診断および処置し得る。本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現レベルの同定から利益が得られ、腫瘍学において広範に使用される２つの分類は、癌性障害の病期分類、および癌性組織の性質の類別である。

差示的に発現した遺伝子、およびそれらがコードされた遺伝子産物に対応するポリヌクレオチドは、それらが全体の形態学的なレベルで検出可能となる前に、分子レベルで潜在的に悪性の事象を検出するために、癌を有するかまたは癌に感受性の患者をモニターするのに有用であり得る。さらに、本発明のポリヌクレオチド、およびこのようなポリヌクレオチドに対応する遺伝子は、例えば、ポリヌクレオチド、またはそれらのコードされた遺伝子産物を使用することによる治療の有効性を評価するため、例えば、治療前、治療中、および治療後の患者における腫瘍の荷重を評価するための、治療学（ｔｈｅｒａｍｅｔｒｉｃｓ）として有用であり得る。

さらに、癌の１つの型において、差示的に発現され、従って重要である遺伝子に対応するとして同定されたポリヌクレオチドはまた、例えば、ポリヌクレオチドが、種々の癌の型にわたって差示的に発現される遺伝子を示す場合、他の型の癌の発生または発生の危険性についての関連を有し得る。従って、例えば、転移性結腸癌についての臨床的関連を有する遺伝子に対応するポリヌクレオチドの発現はまた、胃癌または子宮内膜癌についての臨床的関連を有し得る。

（病期分類） 病期分類は、癌性状態が患者においてどの程度進行したかを記載するような、医師により用いられるプロセスである。病期分類は、予後の決定、処置の計画、およびこのような処置の結果の評価の際に医師を助ける。病期分類システムは、癌の型で異なるが、一般には、以下の「ＴＮＭ」システムを含む：Ｔにより示される腫瘍の型；Ｎにより示される、癌がリンパ節近傍に転移したかどうか；そしてＭにより示される、癌が身体のより離れた部分に転移したかどうか。一般的には、癌が、任意のリンパ節にまで広がることなしに一次病巣の領域においてのみ検出可能である場合、それはステージ（ｓｔａｇｅ）Ｉと呼ばれる。癌が、最も近いリンパ節にのみ広がった場合、それはステージＩＩと呼ばれる。ステージＩＩＩにおいて、癌は、一般的には、一次病巣の部位に対して近い近傍におけるリンパ節にまで広がっている。身体の離れた部分（例えば、肝臓、骨、脳または他の部位）にまで広がった癌は、最も進行した段階のステージＩＶである。

本発明のポリヌクレオチドは、癌の攻撃力（例えば、転移の可能性）、および身体の異なる領域においての存在についてのマーカーの同定による病期分類のプロセスの微調整を容易にし得る。従って、高い転移可能性の癌を示すポリヌクレオチドを有するステージＩＩの癌は、ステージＩＩの腫瘍からステージＩＩＩの腫瘍へと境界を変更して、より積極的な治療を正当化するために使用され得る。逆に、低い転移可能性を示すポリヌクレオチドの存在は、より控えめな腫瘍の病期分類を可能にする。

（癌の類別（ｇｒａｄｅ）） 類別は、腫瘍が、その同じ型の正常組織にどの程度近い共通点があるかを説明するために使用される用語である。腫瘍の顕微鏡的な外見は、細胞形態学、細胞性組織化、および他の分化のマーカーのようなパラメーターに基づく腫瘍類別を同定するために使用される。一般的な基準として、腫瘍の類別は、その増殖速度または攻撃性に対応し、未分化または高い類別の腫瘍は、十分に分化したかまたは低い類別の腫瘍よりもより攻撃的である。以下の指針が、一般的に、腫瘍の類別のために使用される：１）ＧＸ（類別が評価され得ない）；２）Ｇ１（十分に分化した）；３）Ｇ２（中程度に十分に分化した）；４）Ｇ３（不十分に分化した）；５）Ｇ４（未分化）。本発明のポリヌクレオチドは、それらが、腫瘍細胞の分化状態の決定に役立ち得るだけでなく、腫瘍の攻撃性（例えば、転移可能性）の決定に価値のある分化以外の因子を同定し得るので、腫瘍の類別の決定において特に有益であり得る。

前立腺癌について、グリーソンのグレード／スコアシステムは、最も一般的に使用される。前立腺生検組織サンプルは、顕微鏡下で試験され、そして類別は、１）細胞の外見、および２）細胞の配列に基づいて組織に割り当てられる。それぞれのパラメーターは、１（細胞がほとんど正常である）〜５（異常）までの尺度で評価され、そして個々のグリーソングレードは、「＋」の符号によって分離して示される。あるいは、２つの類別は、組合わされて、２〜１０のグリーソンスコアを与える。従って、それぞれのパラメーターについて３の類別を受けた組織サンプルについて、グリーソングレードは、３＋３であり、グリーソンスコアは、６である。より低いグリーソンスコアは、十分に分化した腫瘍を示し、一方、より高いグリーソンスコアは、より広がりそうな不十分に分化した癌を示す。生検の大多数は、一般的には、グリーソンスコア５、６および７である。

配列表のポリヌクレオチド、ならびにそれらの対応する遺伝子および遺伝子産物は、それらが、腫瘍細胞の分化状態の決定に役立ち得るだけでなく、腫瘍の攻撃性（例えば、転移可能性）の決定に価値のある分化以外の因子を同定し得るので、腫瘍の類別の決定において特に有益であり得る。

（結腸癌の検出） 適切な発現パターンを示す遺伝子に対応するポリヌクレオチドは、被験体における結腸癌を検出するために使用され得る。結腸直腸癌は、ヒトにおいて最も一般的な新生物の１つであり、そしておそらく遺伝性新生物の最も頻繁な形態である。予防および早期発見は、結腸直腸癌を制御および治療する際に重要な因子である。結腸直腸癌は、ポリープとして始まり、ポリープは、小さく、結腸の内層上に形成する細胞の良性の増殖である。数年の期間にわたって、これらのポリープのいくつかは、さらなる変異を蓄積して、そして癌性になる。複数の家族性の結腸直腸癌障害が、同定され、これらは、以下のようにまとめられる：１）家族性腺腫様ポリープ（ＦＡＰ）；２）ガードナー症候群；３）遺伝性非ポリープ性結腸癌（ＨＮＰＣＣ）；および４）Ａｓｈｋｅｎａｚｉユダヤ人（Ｊｅｗ）における家族性結腸直腸癌。本発明の適切なポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸癌の診断、予後および処置において使用され得る。結腸癌の検出は、いずれかのこれらの配列単独の発現レベルまたは発現レベルの組合わせを用いて決定され得る。結腸癌の攻撃的な性質および／または転移可能性の決定は、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルの比較、および癌性組織において変化することが知られる別の配列（例えば、ｐ５３、ＤＣＣ ｒａｓ、ｌｏｒ ＦＡＰの発現（例えば、Ｆｅａｒｏｎ ＥＲら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＳＲら、Ｃａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ Ｗ．ら、Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ、Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと））の全体のレベルの比較によって決定され得る。例えば、結腸癌の発生は、癌遺伝子（例えば、ｒａｓ）または腫瘍抑制遺伝子（例えば、ＦＡＰまたはｐ５３）のレベルに対する本発明のポリヌクレオチドのいずれかの割合を、試験することによって検出され得る。従って、特定のマーカーポリヌクレオチドの発現は、正常結腸組織と癌性結腸組織との間を区別するため、異なる細胞起源を有する結腸癌の間の区別のため、異なる潜在的転移速度を有する結腸癌の間を区別するためなどに使用され得る。癌のマーカーの総説については、例えば、Ｈａｎａｈａｎら、（２０００）Ｃｅｌｌ １００：５７−７０を参照のこと。

（前立腺癌の検出） 適切な差示的な発現パターンを示すポリヌクレオチドならびにそれらに対応する遺伝子および遺伝子産物は、被験体における前立腺癌を検出するために使用され得る。前立腺癌は、ヒトにおいて非常に一般的であり、生涯で全ての男性６人のうち１人が前立腺癌についての危険性を有し、そして比較的無害または非常に攻撃的であり得る。いくつかの前立腺腫瘍は、遅い増殖であり、ほとんど臨床症状を引き起こさないが、攻撃的な腫瘍は、リンパ節、他の器官および特に骨に急速に広がる。原発性前立腺癌の９５％以上は、腺癌である。徴候および症状は、特に夜の頻尿；排尿困難；排尿の開始もしくは制御（ｈｏｌｄ ｂａｃｋ）の障害；弱いもしくは断続性の尿流量；および背下部、臀部もしくは大腿上部における頻繁な痛みまたは凝りを含み得る。

前立腺は、３つ全てを取り囲む組織の層と共に、末梢（ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ）帯、移行（ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）帯、および中心（ｃｅｎｔｒａｌ）帯３つの領域に分類される。大部分の前立腺腫瘍は、末梢帯（より大きく、器官の腺性部分）において形成する。前立腺癌はまた、中心帯の組織において形成し得る。前立腺の周囲は、前立腺被膜（ｃａｐｓｕｌｅ）（残りの身体から前立腺を分離する組織）である。前立腺癌が前立腺被膜の内側にとどまる場合、前立腺癌は、局在化し、そして手術で処置可能であると考えられる。一旦、癌が被膜を穿刺し、そして外側に広がると、処置の選択肢は、より限定される。予防および早期発見は、前立腺癌を制御および治療する重要な因子である。

前立腺癌のグリーソンのグレードまたはスコアは、前立腺癌の適切な処置を決定するのに有用な情報を提供し得るが、前立腺癌の大部分は、予想不可能な挙動を示すグリーソンスコア５、６、および７である。これらの癌は、低い危険性の低い類別の癌のようにか、または非常に危険な高い類別の癌のように挙動し得る。結果として、中程度の類別の前立腺癌と共に生存する患者は、高い類別の癌が発生する一定の危険にある。

適切なポリヌクレオチドの発現は、前立腺癌の診断、予後および処置において使用され得る。前立腺癌の検出は、いずれかのこれらの配列単独の発現レベルまたは任意の他のヌクレオチド配列の発現レベルの組合わせを用いて決定され得る。前立腺癌の攻撃的な性質および／または前立腺癌の転移可能性の決定は、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の１つ以上の遺伝子産物のレベルの比較、および癌性組織において変化することが知られる別の配列（例えば、ｐ５３、ＤＣＣ、ｒａｓ、ＦＡＰの発現（例えば、Ｆｅａｒｏｎ ＥＲら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ ＳＲら、Ｃａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ Ｗ．ら、Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ ＥＲ、Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと））の全体のレベルの比較によって決定され得る。

例えば、前立腺癌の発生は、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現のレベルを、癌遺伝子（例えば、ｒａｓ）または腫瘍抑制遺伝子（例えば、ＦＡＰまたはｐ５３）のレベルに対して試験することによって検出され得る。従って、特定のマーカーポリヌクレオチドの発現は、正常前立腺組織と癌性前立腺組織との間を区別するため、異なる細胞起源を有する前立腺癌の間の区別のため、異なる潜在的転移速度を有する前立腺癌の間を区別するためなどに使用され得る。癌のマーカーの総説については、例えば、Ｈａｎａｈａｎら、（２０００）Ｃｅｌｌ １００：５７−７０を参照のこと。

さらに、前立腺癌の多数の徴候および症状は、種々の他の非癌性状態により引き起こされ得る。例えば、これらの徴候および症状の多くについて１つの共通の原因は、良性前立腺肥大症、すなわちＢＰＨと呼ばれる状態である。ＢＰＨにおいて、前立腺は、より大きくなり、そして尿の流れを阻害するかまたは性的機能を妨害し得る。本発明の方法および組成物は、前立腺癌とこのような非癌性状態との間を区別するために使用され得る。本発明の方法は、診断の慣用的な方法（例えば、デジタル直腸診および／または前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）（前立腺により生成および分泌される物質）のレベルの検出）と組合わせて使用され得る。

（乳癌の検出） 乳癌の大多数は、腺癌サブタイプであり、これは、以下のようにまとめられ得る：１）コメド癌を含むインサイチュでの腺管癌（ＤＣＩＳ）；２）潤滑性（または浸潤性）腺管癌（ＩＤＣ）；３）上皮内小葉癌（ＬＣＩＳ）；４）潤滑性（または浸潤性）小葉癌（ＩＬＣ）；５）炎症性乳癌；６）髄様癌；７）粘液性癌腫；８）乳頭のパジェット病；９）葉状腫瘍；および１０）管状腺癌。

本発明のポリヌクレオチドの発現は、乳癌の診断および処置、ならびに乳癌の型の間を区別するために使用され得る。乳癌の検出は、単独または組合わせのいずれかで、本発明のいずれかの適切なポリヌクレオチドの発現レベルを用いて決定され得る。乳癌の攻撃的性質および／または転移可能性の決定はまた、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルの比較および癌性組織において変化することが知られる別の配列のレベルの比較（例えば、ＥＲ発現）によって決定され得る。さらに、乳癌の発生は、ステロイドホルモン（例えば、テストステロンまたはエストロゲン）または他のホルモン（例えば、増殖ホルモン、インスリン）のレベルに対する、差示的に発現したポリヌクレオチドの発現の割合を試験することにより検出され得る。従って、特定のマーカーポリヌクレオチドの発現は、正常胸部組織と癌性胸部組織との間を区別するため、異なる細胞起源を有する乳癌の間を区別するため、異なる潜在的転移速度を有する乳癌の間を区別するためなどに使用され得る。

（肺癌の検出） 本発明のポリヌクレオチドは、被験体における肺癌を検出するために使用され得る。１２種類よりも多い異なる肺癌が存在するが、肺癌の２つの主要な型は、全ての肺癌の症例の約９０％を包含する、小細胞および非小細胞である。小細胞癌（燕麦細胞癌とも呼ばれる）は、通常、より大きな気管支の１つにおいて発生し、かなり急激に増殖し、そして診断の時期により大きくなり得る。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、肺癌の一般的な３つのサブタイプから構成されている。類表皮癌（扁平上皮癌とも呼ばれる）は、通常、より大きな気管支の１つにおいて発生し、そして比較的ゆっくりと増殖する。これらの腫瘍の大きさは、非常に小さなものからかなり大きいものまでの範囲であり得る。腺癌は、肺の外側表面近傍で増殖し、そして大きさおよび増殖速度の両方において変動し得る。いくつかのゆっくりと増殖する腺癌は、肺胞細胞癌として記載される。大細胞癌は、肺の表面近傍で発生し、急速に増殖し、そしてこの増殖は、通常、診断した場合にかなり大きい。他の一般的でない肺癌の形態は、カルチノイド、円柱腫、粘膜表皮、および悪性中皮腫である。

本発明のポリヌクレオチド（例えば、癌性肺細胞（例えば、高いまたは低い転移可能性の腫瘍細胞）に対して正常細胞において差示的に発現したポリヌクレオチド、または癌性肺細胞の型（例えば、低い転移性に対する高い転移性）の間で差示的に発現したポリヌクレオチド）は、肺癌の型の区別、ならびに特定の患者の癌に特異的な特徴の同定および適切な治療の選択のために使用され得る。例えば、患者の生検が、低い転移可能性に関連するポリヌクレオチドを発現する場合、このことは、手術で患者の肺のより大きな部分を残して病巣を除去することを正当化し得る。あるいは、高い転移可能性に関連するポリヌクレオチドの発現を有するより小さな病巣は、たとえ転移が病理学的試験を介して同定され得なくても、肺組織および／または周囲のリンパ節のより根治的な除去を正当化し得る。

（治療的標的および抗癌治療剤の同定）
本発明はまた、癌（特に、前立腺癌）の処置のための治療的標的として、差示的に発現した遺伝子産物の活性を調節する能力を有する薬剤の同定についての方法、および差示的に発現した遺伝子産物を同定するための方法を包含する。

（候補薬剤）
差示的に発現した遺伝子産物の活性を調節する化合物の同定は、任意の種々の薬物スクリーニング技術を使用して達成され得る。このような薬剤は、癌治療の開発についての候補である。特に興味深いのは、正常な非癌性ヒト細胞に対して許容される毒性を有する薬剤についてのスクリーニングアッセイである。本発明のスクリーニングアッセイは、一般的には、差示的に発現した遺伝子産物の活性を調節するか、および／または癌に関連する現象（例えば、細胞増殖、コロニー形成、細胞周期停止、転移など）を阻害もしくは抑制する薬剤の能力に基づく。

本明細書中に使用される場合、用語「薬剤」とは、任意の分子（例えば、差示的に発現した遺伝子の遺伝子産物の生物学的活性を調節し得る、タンパク質または医薬品）を記載する。一般的に、複数のアッセイ混合物は、種々の濃度に対して差示的な応答を得るために異なる薬剤濃度で並行して実行される。典型的に、これらの濃度の１つは、ネガティブコントロール、すなわち、ゼロ濃度または検出レベル以下として役立つ。

候補薬剤は、典型的に、それらが、有機分子、好ましくは、５０ダルトンより大きくそして約２，５００ダルトンよりも小さい分子量を有する小さな有機化合物であるが、多数の化学的分類を包含する。候補薬剤は、タンパク質との構造的相互作用、特に、水素結合のために必要な官能基を含有し、そして典型的には、少なくとも、アミン基、カルボニル基、ヒドロキシル基またはカルボキシル基、好ましくは、少なくとも２つの機能的化学基を含む。候補薬剤は、しばしば、１つ以上の上記官能基で置換された環状の炭素構造もしくは複素環式構造および／または芳香族構造もしくは多芳香族（ｐｏｌｙａｒｏｍａｔｉｃ）構造を含む。候補薬剤はまた、生体分子の中で見出され、これらは、ペプチド、サッカリド、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造的アナログまたはそれらの組合わせを含むがこれらに限定されない。

候補薬剤は、合成化合物または天然化合物のライブラリーを含む多種多様な供給源から入手される。例えば、多数の手段は、ランダム化されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴペプチドの発現を含む、多種多様な有機化合物および生体分子のランダムおよび直接的な合成に利用可能である。あるいは、細菌、真菌、植物および動物の抽出物（差示的に発現した遺伝子産物に影響する内因性因子を同定するためのヒト組織由来の抽出物を含む）の形態における天然化合物のライブラリーは、入手可能かまたは容易に生成される。さらに、天然または合成的に生成したライブラリーおよび化合物は、慣用的な化学的手段、物理的手段および生化学的手段を介して容易に修飾され、そしてコンビナトリアルライブラリーを生成するために使用され得る。既知の薬理学的な薬剤は、直接的またはランダムな化学修飾（例えば、アシル化、アルキル化、エステル化、アミド化（ａｍｉｄｉｆｉｃａｔｉｏｎなど））に供され、構造的アナログを生成し得る。

特定の目的の例示的な候補薬剤としては、アンチセンスポリヌクレオチド、および抗体、可溶性レセプターなどが挙げられるが、これらに限定されない。抗体および可溶性レセプターは、標的の差示的に発現した遺伝子産物が、細胞表面に分泌または到達可能である場合（例えば、細胞膜外側に安定に結合したレセプターおよび他の分子）、候補薬剤として特に興味深い。

（候補薬剤のスクリーニング）
スクリーニングアッセイは、当業者に容易に利用可能でかつ公知な任意の種々の技術に基づき得る。一般的に、スクリーニングアッセイは、癌性細胞（好ましくは、癌性前立腺細胞）を、候補薬剤と接触させて、そして差示的に発現した遺伝子産物の生物学的活性に対する効果を評価することを含む。生物学的活性に対する効果は、例えば、差示的に発現した遺伝子の遺伝子産物の発現の検出により決定され得る（例えば、ｍＲＮＡまたはポリペプチドのレベルにおける減少は、言い換えると、その遺伝子産物の生物学的活性における減少を引き起こす）。あるいはまたはさらに、候補薬剤の効果は、機能的アッセイにおける候補薬剤の効果を試験することによって評価され得る。例えば、差示的に発現した遺伝子産物が酵素である場合、生物学的活性に対する効果は、差示的に発現した遺伝子産物に関連する酵素活性のレベルを検出することによって評価され得る。この機能的アッセイは、差示的に発現した遺伝子産物に従って選択される。一般的には、差示的に発現した遺伝子が、癌性細胞における発現を増加させる場合、目的の薬剤は、差示的に発現した遺伝子産物の活性を減少させる薬剤である。

以下に記載されるアッセイは、本発明のスクリーニングアッセイの実施形態において容易に適応され得る。候補薬剤のスクリーニングにおいて有用な例示的なアッセイとしては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ハイブリダイゼーションベースのアッセイ（例えば、発現レベルを評価するための核酸プローブまたはプライマーの使用）、抗体ベースのアッセイ（例えば、ポリペプチド遺伝子産物のレベルを評価すること）、結合アッセイ（例えば、候補薬剤と差示的に発現したポリペプチドとの相互作用を検出し、このアッセイは、ポリペプチドに対して天然または合成的なリガンドが利用可能である場合、競合アッセイであり得る）など。さらなる例示的なアッセイとしては、以下が挙げられるが、必ずしもこれらに限定されない：細胞増殖アッセイ、アンチセンスノックアウトアッセイ、細胞周期の阻害を検出するためのアッセイ、細胞死／アポトーシスの誘導のアッセイなど。一般的にこのようなアッセイは、インビトロで実施されるが、多くのアッセイは、インビボでの分析（例えば、癌の動物モデルにおいて）について適応され得る。

（治療的標的の同定）
別の実施形態において、本発明は、治療的標的として、差示的に発現した遺伝子および遺伝子産物の同定を企図する。いくつかの点において、これは、差示的に発現した遺伝子産物の活性を調節する（例えば、減少または増加させる）活性を有する薬剤の同定についての上記に記載されるアッセイの逆である。

この実施形態において、治療的標的は、癌性表現型を調節することが示され得るか、または示されている（例えば、癌性表現型の発生を阻害または抑制または予防する）薬剤の効果を試験することによって同定される。このような薬剤は、一般的に、本明細書中において「抗癌剤」として言及され、この薬剤は、化学療法剤を包含する。例えば、この薬剤は、選択された遺伝子転写物に特異的なアンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載される差示的に発現される遺伝子の配列（例えば、配列番号：１〜２１６４の１つの配列）に対応する配列を有し得る。

治療的標的の同定のためのアッセイは、当業者に周知である方法を使用する種々の方法で実施され得る。例えば、差示的に発現した遺伝子を発現または過剰発現する試験癌性細胞は、抗癌剤と接触され、癌性表現型および候補遺伝子産物の生物学的活性に対する効果を評価される。候補遺伝子産物の生物学的活性は、例えば、候補遺伝子産物をコードする遺伝子の発現の調節（例えば、転写レベルもしくはポリペプチドレベルの増加または減少によって検出されるような）、または遺伝子産物の酵素的活性もしくは他の活性の調節を試験してアッセイされ得る。癌性表現型は、例えば、細胞性増殖、増殖の接触阻害の損失（例えば、コロニー形成）、腫瘍増殖（インビトロまたはインビボ）などであり得る。あるいはまたはさらに、細胞死／アポトーシスまたは細胞周期調節に対する候補標的遺伝子の生物学的活性の調節の効果が、評価され得る。

候補遺伝子産物の生物学的活性の調節の結果として、癌性表現型の阻害もしくは抑制、または細胞死／アポトーシスにおける増加は、その候補遺伝子産物が、癌治療について適切な標的であることを示す。以下に記載されるアッセイは、治療的標的の同定のためのアッセイにおいて容易に適応され得る。一般的には、このようなアッセイは、インビトロで実施されるが、多数のアッセイが、インビトロでの分析（例えば、適切な癌の分野で受容可能な動物モデルにおいて）に適応され得る。

（ペプチドアナログおよびアンタゴニストについてのスクリーニングのためのポリヌクレオチドの使用）
インスタント（ｉｎｓｔａｎｔ）ポリヌクレオチドおよび対応する全長遺伝子によってコードされるポリペプチドは、結合パートナー（例えば、コードされるペプチドの中からのレセプター）を同定するためにペプチドライブラリーをスクリーニングするために使用され得る。ペプチドライブラリーは、当該分野に公知の方法に従って合成され得る（例えば、米国特許第５，０１０，１７５号、およびＷＯ９１／１７８２３を参照のこと）。

本発明のポリペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストは、当該分野において利用可能な任意の方法（例えば、シグナル伝達、抗体結合、レセプター結合、マイトジェニックアッセイ、化学走性アッセイなど）を使用してスクリーニングされ得る。アッセイ条件は、理想的には、ネイティブな活性がインビボで示す条件、すなわち、生理学的なｐＨ、温度、およびイオン強度の条件に類似しているべきである。適切なアゴニストまたはアンタゴニストは、被験体において毒性の副作用を引き起こさない濃度でネイティブな活性の強い阻害または増強を示す。ネイティブなポリペプチドへの結合について競合するアゴニストまたはアンタゴニストは、ネイティブな濃度と等しいかまたはそれよりも高い濃度を必要とし得るが、ポリペプチドに対して不可逆的に結合し得るインヒビターは、ネイティブな濃度のオーダーの濃度で添加され得る。

このようなスクリーニングおよび実験は、新規のポリペプチドの結合パートナー（例えば、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子またはｃＤＮＡによってコードされるレセプター）、およびこの新規の結合パートナーの少なくとも１つのペプチドのアゴニストまたはアンタゴニストの同定をもたらし得る。このようなアゴニストおよびアンタゴニストは、レセプターがネイティブである細胞においてか、または遺伝子工学の結果としてこのレセプターを保有する細胞において、レセプター機能を調節、増強、または阻害するために使用され得る。さらに、この新規のレセプターが、既知のレセプターと生物学的に重要な特徴を共有する場合、アゴニスト／アンタゴニストの結合についての情報は、既知のレセプターの改善されたアゴニスト／アンタゴニストの開発を容易にし得る。

（ワクチンおよび使用）
差示的に発現された核酸および本発明の核酸によって生成されたポリペプチドはまた、癌を予防するかまたは処置するために、１次免疫応答を調節することに使用され得る。あらゆる免疫応答は、様々な細胞型に関する、入り組んだ、複雑に調節された一連の事象である。この免疫応答は、抗原が体に入りそして細胞の特定のクラス（抗原提示細胞（ＡＰＣ）と呼ばれる）に遭遇したときに引き起こされる。これらのＡＰＣは、微量の抗原を獲得し、そして抗原特異的ヘルパーＴリンパ球によって認識され得る形態において抗原を表示する。ヘルパー（Ｔｈ）細胞は活性化され、結果として、他のクラスのリンパ球（例えば、Ｂ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞）の活性化を促進する。次いで、活性化リンパ球は増殖し、そして、それらの特定のエフェクター機能（多くの場合、抗原を効果的に活性化するかまたは除去する）を行なう。従って、癌細胞に関連する特定の抗原への免疫応答を活性化することは、癌の発達から患者を保護し得るか、または、その抗原を発現する癌細胞を排除するリンパ球を生じ得る。

遺伝子産物（ポリペプチド、ｍＲＮＡを（特に明瞭な二次構造および／または三次構造を有するｍＲＮＡ）、ｃＤＮＡまたは完璧な遺伝子を含む）は、調製され得、そして、高増殖障害および癌の処置または予防のためのワクチン中で使用され得る。核酸およびポリペプチドは、免疫応答を高めるため、腫瘍進行を防ぐため、高増殖細胞の増殖を防ぐためなどに利用され得る。免疫応答を高め得る核酸およびポリペプチドを選択する方法は、当該分野で公知である。好ましくは、ワクチンでの使用のための遺伝子産物は、細胞の表面上に存在し、そしてリンパ球および抗体により認識可能な遺伝子産物である。

遺伝子産物は、当該分野で公知である方法によって、薬学的に受容可能なキャリアを用いて薬学的組成物へ処方され得る。この組成物は、癌を予防するかまたは処置するためのワクチンとして有用である。この組成物はさらに、少なくとも１種の共免疫活性化（ｃｏ−ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ）分子（１つ以上の主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子（例えば、クラスＩまたはクラスＩＩ分子、好ましくは、クラスＩ分子）が挙げられるが、これらに限定されない）を含み得る。この組成物はさらに、以下を含む他の刺激因子分子を含み得る：Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＬＦＡ−１、ＬＦＡ−３，ＣＤ７２など、免疫刺激ポリヌクレオチド（５’−ＣＧ−３’を含み、ここで、システインはメチル化されていない）、および、免疫増強のためのＩＬ−１〜ＩＬ−１５，ＴＮＦ−α、ＩＦＮ−γ、ＲＡＮＴＥＳ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＦＮ−α、ＣＴＡＰ ＩＩＩ、ＥＮＡ−７８、ＧＲＯ、Ｉ−３０９、ＰＦ−４、ＩＰ−１０、ＬＤ−７８、ＭＧＳＡ，ＭＩＰ−Ｉα、ＭＩＰ−１β、またはこれらの組合せなどが挙げられるがこれらに限定されないサイトカイン。１つの実施形態において、特に興味深い免疫増強物質は、Ｔｈ１免疫応答を促進する免疫増強物質である。

遺伝子産物はまた、体からの迅速な排泄に対して遺伝子産物を保護するキャリア（例えば、制御放出処方物（移植物およびマイクロカプセル化された送達システムを含む））を用いて調製され得る。生物分解性ポリマー（例えば、エチレン酢酸ビニル、ポリ無水物、ポリグルコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、ポリ乳酸、など）は、使用され得る。このような処方物の調製方法は、当該分野で公知である。

癌を予防するかまたは処置する方法において、遺伝子産物は以下が挙げられるがこれらに限定されない種々の経路の１つを介して投与されられ得る：経皮的、経粘膜、静脈内、筋内、皮下、皮内、腹腔内、鞘内、胸腔内、子宮内、直腸、膣、局所的、腫瘍内など。経粘膜または経皮的な投与のために、浸透されるバリアに適切な浸透剤が処方物中で使用される。このような浸透剤は、一般に当該分野で公知であり、そして、例えば投与胆汁酸塩およびフンジン酸誘導体を含む。さらに、界面活性剤が浸透を容易するために使用され得る。経粘膜投与は、スプレー式点鼻薬または坐剤によるものであり得る。経口投与のために、遺伝子産物は従来の経口投与形態（例えば、カプセル、錠剤および有害物質）へ処方される。

遺伝子産物は、癌を予防するかまたは処置するための有効量で患者に投与される。一般に、レシピエントのｋｇ体重あたり少なくとも約１ｐｇ、好ましくはｋｇ体重あたり少なくとも約１ｎｇ、より好ましくは体重１ｋｇあたり少なくとも約１μｇ以上の遺伝子産物の用量を患者に投与することが望ましい。より少ない用量またはより多い用量が投与され得るが、Ｋｇ体重あたり約１ｎｇ〜Ｋｇ体重あたり約１００ｍｇの範囲が好ましい。用量は、抗原特異的Ｔリンパ球、好ましくは細胞傷害性Ｔリンパ球のクローン増殖をプライムするため、刺激するため、そして／または引き起こすため（結果として、レシピエントの癌を予防するかまたは処置し得る）に有効である。用量は少なくとも一度投与され、そして、ボーラス投与または連続的投与として提供され得る。数週間〜数ヶ月の期間にわたる用量の複数投与が好まれ得る。引き続く用量は、示されるように投与されられ得る。

処置の別の方法において、自己移植した細胞傷害性リンパ球または腫瘍が侵入するリンパ球は、癌を有する患者から取得さられ得る。リンパ球は培養で増殖して、そして、抗原特異的リンパ球は、特定の遺伝子産物単独の存在、またはサイトカインを有する少なくとも１種の協免疫活性化分子との組合せの存在下で培養することによって、増大される。次いで、抗原特異的リンパ球は、患者中の腫瘍を減少するかまたは排除するための有効量で患者に注入されて戻される。癌ワクチンおよびそれらの使用はさらに、米国特許第５，９６１，９７８号；同第５，９９３，８２９号；同第６，１３２，９８０号；およびＷＯ ００／３８７０６中に記載される。

（薬学的組成物および使用）
薬学的組成物は、治療有効量のポリペプチド、本発明で特許請求された差示的に発現される遺伝子によって生成されるポリペプチドに特異的に結合するレセプター（例えば、抗体またはポリヌクレオチド（アンチセンスヌクレオチドおよびリボザイムを含む）を含み得る。この組成物は原発腫瘍ならびに原発腫瘍の転移を処置するために使用され得る。さらに、薬学的組成物は癌処置の従来の方法（例えば、放射線療法または従来の化学療法に対して腫瘍を敏感にすること）と合わせて使用され得る。

薬学的組成物が、差示的に発現される遺伝子によってコードされた遺伝子産物に特異的に結合するレセプター（例えば、抗体）を含む場合、このレセプターは処置部位への送達のための薬物に結合される得か、または結腸癌細胞を含む部位の画像化を容易にするための検出可能なラベルに結合され得る。薬物および検出可能なラベルに抗体を結合する方法は、検出可能なラベルを使用する画像化の方法と同様に、当該分野で周知である。

本明細書中で使用する場合、用語「治療有効量」は、所望の疾患または状態を処置するか、改善するか、もしくは予防するため、または検出可能な治療効果もしくは予防効果を示すための治療因子の量をいう。この効果は、例えば化学的マーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療効果としてはまた、物理的な症状（例えば、体温の低下）における減少を含む。

被検体のための正確な有効量は、被検体の大きさおよび健康、状態の性質および状態の重篤度、ならびに投与のために選択された治療薬または治療薬の組合せに依存する。従って、前もって正確な有効量を特定することは有用でない。しかし、所定の状況のための有効量は、慣用的な実験によって決定されて、臨床医の判断の範囲内にある。本発明の目的のために、有効用量は、一般に、投与される個体中のＤＮＡ構成物の約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇまたは０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。

薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的に受容可能なキャリア」は、治療因子（例えば、抗体またはポリペプチド、遺伝子、および他の治療因子）の投与のためのキャリアをいう。この用語は、その組成物を受ける個人に有害な抗体の生成をそれ自体が誘発しない任意の薬学的キャリアをいい、過度の毒性なしで投与され得る。適当なキャリアは、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合体のアミノ酸、アミノ酸コポリマー、および不活発なウイルス粒子のような大きくて、ゆっくり代謝される高分子であり得る。このようなキャリアは、当業者に周知である。治療組成物中の薬学的に受容可能なキャリアはとしては、水、生理食塩液、グリセロール、およびエタノールのような液体が挙げられ得る。補助物質（湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝化物質など）はまた、このようなビヒクル中に存在し得る。

典型的に、治療組成物は、液体の溶液か懸濁液のいずれかとしての注入可能物質として調製される；注入前の液体ビヒクル中の溶液または懸濁液に適した固体形態としてもまた、調製され得る。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの定義の範囲内に含まれる。薬学的に受容可能な塩はまた、薬学的組成物中に存在し得る（例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩などのような鉱酸塩；および、酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸塩）。薬学的に受容可能な賦形剤についての完璧な論議が、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．Ｃｏ．，Ｎ．Ｊ．１９９１）中で利用可能である。

（送達方法）
いったん処方されると、本発明の組成物は、（１）被検体に直接投与され得る（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとして）；または（２）被検体由来の細胞に、エキソビボで送達され得る（例えば、エキソビボ遺伝子治療におけるように）。組成物の直接送達は、一般に、例えば以下の非経口注入によって達成される：（例えば、皮下、腹膜内、静脈内もしくは筋内、腫瘍内、または組織の間質スペースに）。投与の他の方式としては、経口投与および肺投与、坐剤、および経皮適用、針、ならびに遺伝子銃または皮下噴射が挙げられる。投薬処置は、単一の用量スケジュールまたは複数の用量スケジュールであり得る。

エキソビボ送達の方法、および被検体への形質転換細胞の再移植の方法が、当該分野に公知であり、そして、例えば、ＷＯ ９３／１４７７８中に記載される。エキソビボ適用に役立つ細胞の例としては、例えば、幹細胞（特に造血細胞）、リンパ球、マクロファージ、樹状細胞、または腫瘍細胞が挙げられる。一般に、エキソビボおよびインビボでの両方の適用のための核酸の送達は、例えば以下によって達成され得る：デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソームへのポリヌクレオチド（単数または複数）のカプセル化、および核へのＤＮＡの直接極微注射（全て当該分野で周知である）。

いったん、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の差示的な発現が、増殖障害（例えば、新生組織形成、異形成および過形成）と関連することが見出されると、この障害は、提供されたポリヌクレオチド、対応するポリペプチド、または他の対応する分子（例えば、アンチセンス、リボザイムなど）に基づく治療因子の投与による処置の影響を受けやすくなり得る。他の実施形態において、この障害は、例えば、正常細胞に対して癌細胞で発現が増大する遺伝子にコードされた遺伝子産物の機能のインヒビター（アンタゴニスト）として、または癌細胞において発現が減少する遺伝子産物のアゴニストとして（例えば、腫瘍抑制因子として作用する遺伝子産物の活性を促進するように）役立つ、低分子薬物の投与による処置の影響を受けやすくなり得る。

本発明の薬学的組成物の用量および投与法は、治療組成物の特定の性質、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連した因子に基づいて決定される。例えば、本発明のポリヌクレオチド治療組成物因子の投与としては、以下が挙げられる：局部投与もしくは全身投与（注射、経口投与、粒子銃を含む）、またはカテーテルを挿入された投与、および局所投与。好ましくは、治療ポリヌクレオチド組成物は、本発明のポリヌクレオチドの少なくとも１２、２２、２５、３０または３５の隣接しているヌクレオチドのポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターを含有する発現構成物を含む。様々な方法が、治療組成物を直接的に体の特定の部位に投与するために使用され得る。例えば、小さい転移性病巣の位置が確認され、そして治療組成物は、腫瘍の本体内の数箇所の異なる位置に、数回注入される。あるいは、腫瘍に供給する動脈が確認されて、そして腫瘍に組成物を直接送達するために、治療組成物はこのような動脈に注入される。壊死的な中核を有する腫瘍が吸引され、この組成物は、今や空の腫瘍の中核に直接注入される。アンチセンス組成物は、例えば、組成物の局所適用によって腫瘍の表面に直接投与される。Ｘ線画像化が特定の上記の送達方法を介助するために使用される。

特定の組織への治療組成物（アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチド、または抗体を含む）の標的化送達もまた、使用され得る。レセプター媒介ＤＮＡ送達技術は、例えば以下に記載される：Ｆｉｎｄｅｉｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２、Ｃｈｉｏｕら、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ Ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ Ｏｆ Ｄｉｒｅｃｔ Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ編）（１９９４）；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）２６３：６２１；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：５４２；Ｚｅｎｋｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）８７：３６５５；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３８。ポリヌクレオチドを含む治療組成物は、遺伝子治療プロトコルにおける局所投与のために、約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲で投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇの濃度範囲のＤＮＡもまた、遺伝子治療プロコルの間で使用され得る。作用方法（例えば、コードされた遺伝子産物のレベルを高めるかまたは抑えることのため）、ならびに形質転換および発現の効能のような因子は、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドの最終的な効能に必要とされる投薬量に影響する考慮すべき事である。

より高い発現が組織のより大きな領域で所望される場合、例えば、腫瘍部位に隣接するかまたは近位のことなる組織部分に、連続する投与プロトコルまたは数回の投与において投与されるより多量のアンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドまたは同量のアンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドは、ポジティブな治療結果を成し遂げるために必要とされ得る。全ての場合において、臨床試験の慣用的な実験は、最適な治療効果のための特定の範囲を決定する。抗炎症活性を有するポリペプチドまたはタンパク質をコードする遺伝子に関するポリヌクレオチドについて、適切な使用、用量、および投与が、米国特許第５，６５４，１７３号に記載される。

本発明の治療ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、遺伝子送達ビヒクルを使用して送達され得る。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルス起源または非ウイルス起源であり得る（一般に、Ｊｏｌｌｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９５）１：１８５；およびＫａｐｌｉｔｔ，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。このようなコード配列の発現は、内因性哺乳動物または異種のプロモーターを使用して誘導され得る。このコード配列の発現は、構成的であるかまたは調節されるかのいずれかであり得る。

所望のポリヌクレオチドの送達および所望の細胞における発現のためのウイルスに基づくベクターは、当該分野で周知である。例示的なウイルスに基づくビヒクルとしては以下が挙げられるが、これらに限定されない：組換えレトロウイルス（例えば、ＷＯ ９０／０７９３６；ＷＯ ９４／０３６２２；ＷＯ ９３／２５６９８；ＷＯ ９３／２５２３４；米国特許第５，２１９，７４０号；ＷＯ ９３／１１２３０；ＷＯ ９３／１０２１８；米国特許第４，７７７，１２７号；英国特許第２，２００，６５１号；欧州特許第０ ３４５ ２４２号；およびＷＯ ９１／０２８０５を参照のこと）、アルファウイルスに基づくベクター（例えば、Ｓｉｎｄｂｉｓウイルスベクター、Ｓｅｍｌｉｋｉ森林熱ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４７），Ｒｏｓｓ Ｒｉｖｅｒウイルス （ＡＴＣＣ ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２４６）およびＶｅｎｅｚｕｅｌａｎウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ ＶＲ １２４９；ＡＴＣＣ ＶＲ−５３２），およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、ＷＯ ９４／１２６４９、ＷＯ ９３／０３７６９；ＷＯ ９３／１９１９１；ＷＯ ９４／２８９３８；ＷＯ ９５／１１９８４およびＷＯ ９５／００６５５を参照のこと）。死滅アデノウイルス連結されたＤＮＡの投与（Ｃｕｒｉｅｌ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７中に記載されるように）もまた使用される。

非ウイルス性の送達ビヒクルおよび方法はまた、以下が挙げられるがこれらに限定されないものを使用し得る：死滅アデノウイルス単独に連結されるかまたは連結されないポリカチオン性濃縮ＤＮＡ（例えば、Ｃｕｒｉｅｌ，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７を参照のこと）；リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８９）２６４：１６９８５を参照のこと）；真核細胞送達ビヒクル細胞（例えば、米国特許第５，８１４，４８２号；ＷＯ ９５／０７９９４；ＷＯ ９６／１７０７２；ＷＯ ９５／３０７６３；およびＷＯ ９７／４２３３８を参照のこと）および核荷電の中性化または細胞膜との融合。裸のＤＮＡもまた使用され得る。例示的な裸のＤＮＡ導入法は、ＷＯ ９０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５９号中に記載される。遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソームは、以下中に記載される：米国特許第５，４２２，１２０号；ＷＯ ９５／１３７９６；ＷＯ ９４／２３６９７；ＷＯ ９１／１４４４５；および欧州特許第０５２４９６８号。さらなるアプローチが、以下に記載される：Ｐｈｉｌｉｐ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９４）１４：２４１１およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１。

使用に適するさらなる非ウイルス性送達としては、以下に記載されるアプローチのような機械的送達系が挙げられる：Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９４）９１（２４）：１１５８１。さらに、コード配列およびその発現の産物は、光重合（ｐｈｏｔｏｐｏｌｙｍｅｒｉｚｅ）されたヒドロゲル物質の蒸着または電離放射線を介して送達され得る（例えば、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ ９２／１１０３３を参照のこと）。コード配列の送達のために使用され得る遺伝子送達の他の従来の方法としては、例えば、以下が挙げられる：手持ち式の遺伝子移動粒子銃の使用（例えば、米国特許第５，１４９，６５５号を参照のこと）；移動される遺伝子の活性化のための電離放射線の使用（例えば、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ ９２／１１０３３を参照のこと）。

本発明はここで、特に有利な実施形態を記載する以下の実施例を参照して、説明される。しかし、これらの実施形態は具体例であり、いかなる方法でも発明に制限することとして解釈されないことは、注意されるべきである。

（実施例）
以下の実施例を、当業者に完全な開示および本発明の作製方法および使用方法の説明を提供するために提案し、そして、本発明者らが、本発明者らの発明と見なす範囲を限定することも、以下の実験が全てかまたは実施された実験のみを表示することも企図しない。本発明の処方、投薬、投与方法および他のパラメーターはさらに、本発明の意図および範囲から逸脱することなく種々の方法で改変または置換され得るということは、当業者に容易に明白である。使用する数（例えば、量、温度など）に関しての正確さを確実にするために努力がなされたが、いくらかの実験的誤差および偏差値が考慮されるべきである。他に示さない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度は、摂氏温度であり、そして、圧力は、大気圧であるかまたはそれに近い。

（実施例１：生物学的物質の供給源および生物学的物質によって発現された新規ポリヌクレオチドの概要）
新規ポリヌクレオチドを示し得る候補ポリヌクレオチドを、選択された細胞株および患者の組織から生成したｃＤＮＡライブラリーより取得した。候補ポリヌクレオチドを取得するために、ｍＲＮＡを、種々の選択された細胞株および患者組織から単離し、そして、ｃＤＮＡライブラリーを構築するために使用した。これらのｃＤＮＡライブラリーのための供給源として機能する細胞および組織を、以下の表１に要約する。

ヒト結腸癌細胞株Ｋｍ１２Ｌ４−Ａ（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９８８）４８：６８６３）は、ＫＭ１２Ｃ細胞株由来である。転位性に乏しい（低転位性の）ＫＭ１２Ｃ細胞株（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８８）４８：１９４３〜１９４８）を、Ｄｕｋｅｓ’ｓｔａｇｅ Ｂ２外科用検体由来の培養物において樹立した（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８８）４８：６８６３）。このＫＭ１２Ｌ４−Ａは、ＫＭ１２Ｃ由来の高転位性のサブラインである（Ｙｅａｔｍａｎら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．（１９９５）２３：４００７；Ｂａｏ−Ｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ａｎｎｕ．Ｍｅｅｔ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｒｅｓ．（１９９５）２１：３２６９）。このＫＭ１２ＣおよびＫＭ１２Ｃ由来細胞株（例えば、ＫＭ１２Ｌ４、ＫＭ１２Ｌ４−Ａなど）は、結腸癌の研究のためのモデル細胞株として当該分野において充分に認識されている（例えば、Ｍｏｒｉａｋａｗａら、前出；Ｒａｄｉｎｓｋｙら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９５）１：１９；Ｙｅａｔｍａｎら、（１９９５）前出；Ｙｅａｔｍａｎら、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ（１９９６）１４：２４６を参照のこと）。

ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株（Ｂｒｉｎｋｌｅｙら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９８０）４０：３１１８〜３１２９）は、最初は胸膜の浸出液から単離された（Ｃａｉｌｌｅａｕ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｓｔ．（１９７４）５３：６６１）。これは転移性能力が高く、そして乳癌に一致するヌードマウスにおけるわずかに分化した第二段階の腺癌を形成する。このＭＣＦ７細胞株は、乳房腺癌の胸膜浸出液に由来しており、そして非転移性である。このＭＶ−５２２細胞株は、ヒト肺癌腫に由来し、そして転移能力が高い。このＵＣＰ−３細胞株は、低い転移性のヒト肺癌腫細胞株である；ＭＶ−５２２はＵＣＰ−３の高い転移性改変体である。これらの細胞株は、ヒトの乳癌および肺癌の研究のためのモデルとして当該分野で広く認知されている（例えば、以下を参照のこと：Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９７９）３９：８７０（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｇａｓｔｐａｒら、Ｊ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ（１９９８）４１：４９６５（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｒａｎｓｏｎら、Ｂｒ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（１９９８）７７：１５８６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｋｕａｎｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（１９９８）２６：１１１６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｖａｒｋｉら，Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ（１９８７）４０：４６（ＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら、Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏｌ．（１９９０）１１：３２７；（ＭＶ−５２２およびＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．（１９９０）１０：６３７；（ＭＶ−５２２）；Ｋｅｌｎｅｒら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ（１９９５）１５：８６７（ＭＶ−５２２）；およびＺｈａｎｇら、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇｓ（１９９７）８：６９６（ＭＶ５２２））。

ライブラリー１５〜２０のサンプルは、２人の異なる患者（ＵＣ＃２およびＵＣ＃３）に由来する。ｂＦＧＦ処置ＨＭＶＥＣを、１０ｎｇ／ｍｌで２時間、ｂＦＧＦとインキュベーションすることで調製した；ＶＥＧＦ処置ＨＭＶＥＣを、２０ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦと２時間インキュベーションすることで調製した。各増殖因子を用いたインキュベーションに続いて、細胞を洗浄し、そして、溶解緩衝液をＲＮＡ調製のために添加した。

ＧＲＲｐｚは、正常前立腺上皮由来である。ＷＯｃａ細胞株は、Ｇｌｅａｓｏｎ Ｇｒａｄｅ４細胞株である。

ライブラリー２５および２６の正常化前立腺ライブラリーを生成するための原料物質は、Ｇｌｅａｓｏｎグレード３＋３腺癌を有する患者由来の、凍結保存された前立腺腫瘍組織であり、そして、医療的監視下で危険な状態にある被験体のプール由来の正常前立腺生検と一致した。ライブラリー３０および３１の正常化前立腺ライブラリーを生成するための原料物質は、Ｇｌｅａｓｏｎグレード４＋４腺癌を有する患者由来の凍結保存された前立腺腫瘍組織であり、そして、医療的監視下で危険な状態にある被験体のプール由来の正常前立腺生検と一致した。

ライブラリー２７、２８および２９の正常化胸部ライブラリーを生成するための原料物質は、一次胸部腫瘍（浸潤腺管癌）（ライブラリー２８）、リンパ節転移（ライブラリ２９）由来の凍結保存された胸部組織であるか、または医療的監視下で危険な状態にある被験体のプール由来の正常胸部生検と一致した。各場合において、前立腺上皮または胸部上皮を、レーザー捕獲顕微分解（ＬＣＭ、Ａｒｃｔｕｒｕｓ Ｅｎｇｉｎｅｒｉｎｇ Ｉｎｃ．，Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ）によって組織の凍結切片から直接的に収集し、当該分野で周知の方法（Ｓｉｍｏｎｅら、Ａｍ Ｊ Ｐａｔｈｏｌ．１５６（２）：４４５〜５２（２０００）を参照のこと）に従って実施し、実質的に均質な細胞サンプルを提供した。

（ライブラリー中の配列の特徴付け）
最高の質の配列を有するポリヌクレオチドを選択するためにソフトウェアプログラムＰｈｒｅｄ（ｖｅｒ．０．０００９２５．ｃ、ＧｒｅｅｎおよびＷｅｉｎｇ、（Ｃ）１９９３〜２０００）を使用した後、このポリヌクレオチドを、公開データベースに対して比較し、任意の相同配列を同定した。単離されたポリヌクレオチドの配列を、最初にマスクし、ＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒマスキングプログラム（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎにより支援されるウェブサイトを介して一般に利用可能である（Ｓｍｉｔ，Ａ．Ｆ．ＡおよびＧｒｅｅｎ，Ｐ（出版されていない結果）もまた参照のこと））を使用して、低度の複雑配列を削除した。一般に、マスキングは、それらの低い複雑性に起因して比較的に目的でない配列を削除すること、および複数の配列に共通の各領域（例えば、Ａｌｕリピート）への類似性に基づいて複数の「該当」を削除することを除いては、最後の検索結果に影響しない。

次いで、残った配列を、ＴｅｒａＢＬＡＳＴプログラム（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａ）を使用するＧｅｎＢａｎｋデータベースのホモロジー検索において、使用した。ＴｅｒａＢＬＡＳＴは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙにより開発された、一般に利用可能なＢＬＡＳＴ検索アルゴリズムの１バージョンであり、加速された速さで、特殊化されたコンピューターハードウェアプラットフォームに対して増加した感度で操作するように改変された。このプログラムを、ＴｉｍｅＬｏｇｉｃによって推奨されたデフォルトパラメーターを用いて実行し、ＤＮＡおよびタンパク質配列を検索するために、最高の感度およびスピードを提供した。７０％よりも高い重複、９９％の同一性、および１×１０^−４０よりも低いｐ値を示す配列を、破棄した。この検索からの配列をまた、包括的なパラメーターを満足させるが、この配列がリボソーム由来またはベクター由来である場合は、切り捨てた。

前述の検索により得られた配列は、３つのグループ（以下に示す、１、２および３）に分類され、そしてＴｅｒａＢＬＡＳＴＸ ｖｓ．ＮＲＰ（非縮重タンパク質）データベース検索によって検索された：（１）不明（ＧｅｎＢａｎｋ検索による該当無し）、（２）弱い類似性（同一性は、４５％より大きく、そしてｐ値は、１×１０^−５未満である）、および（３）高い類似性（６０％より大きい重複、８０％より大きい同一性、および１×１０^−５未満のｐ値）。７０％より大きい重複、９９％より大きい同一性、および１×１０^−４０未満のｐ値を有する配列を破棄した。

残った配列は、不明（該当無し）、弱い類似性、および高い類似性（上述のパラメータ）に分類された。２つの検索がこれらの配列において実行された。初めに、ＴｅｒａＢＬＡＳＴ ｖｓ．ＥＳＴデータベース検索を行い、９９％より大きい重複、９９％より大きい類似性、および１×１０^−４０未満のｐ値を有する配列を破棄した。ヒト起源のデータベース配列と比較した場合、１×１０^−６５未満のｐ値を示す配列もまた破棄した。第２にＴｅｒａＢＬＡＳＴＮ ｖｓ．Ｐａｔｅｎｔ ＧｅｎｅＳｅｑデータベースを実施し、９９％より大きい同一性、１×１０^−４０未満のｐ値および９９％より大きい重複を有する配列を破棄した。

残っている配列は、他の方法およびデータセットにおける重複性を用いてスクリーニングに供した。ヒト起源のデータベース配列との関係における１×１０^−１１１未満のｐ値を有する配列が、特に排除された。最終的に結果は、添付した配列表の配列番号１〜１２６７として記載の配列を提供し、そして、表２（請求項の前に挿入された）中に要約した。同定されたそれぞれのポリヌクレオチドは、少なくとも一部のｍＲＮＡ転写産物からの配列を示す。

（本発明のポリヌクレオチドの概要）
表２（請求項の前に挿入する）は、記載したように単離したポリヌクレオチドの概要を提供する。特に、表２は、１）本明細書中で使用するために各配列に割り当てられた配列番号（「配列番号（ＳＥＱ ＩＤ）」）；２）クラスター同定番号（「クラスター（ＣＬＵＳＴＥＲ）」）；３）各配列に割り当てられた配列名；３）この配列の内部識別子として使用される配列名（「配列名（ＳＥＱＮＡＭＥ）」）；４）配列の方向（「方向（ＯＲＩＥＮＴ）」）（順方向（Ｆ）または逆方向（Ｒ）のいずれか）；５）配列が単離されたクローンに割り当てられた名称（「クローン番号（ＣＬＯＮＥ ＩＤ）」）；および６）配列が単離されたライブラリーの名称（「ライブラリー（ＬＩＢＲＡＲＹ）」）、を提供する。少なくともいくつかの提供されたポリヌクレオチドは、部分的ｍＲＮＡの転写産物を表すので、２つ以上のポリヌクレオチドは、同一のｍＲＮＡ転写産物および同一の遺伝子の異なる領域を表し得、そして／または同一のクローン内に含まれ得る。従って、例えば、２つ以上の配列番号を同一のクローンに属すると同定する場合、いずれかの配列を使用し得、全長ｍＲＮＡもしくは遺伝子を取得し得る。本明細書中で記載する配列を含むクローンは、以下に示す表中に記載のように、寄託された（「寄託情報」の表題の実施例を参照のこと）。

（実施例２：コンティグの構築）
本発明中で提供されるポリヌクレオチドの配列を使用して、ポリヌクレオチドが対応する遺伝子（例えば、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドの配列を有する遺伝子、またはその遺伝子によってコードされたｍＲＮＡ）の配列情報を拡大し得る。この拡大された配列情報を同様に使用し、さらに対応する遺伝子の特徴付けをし得、これは、同様に、遺伝子産物の性質についてのさらなる情報（例えば、遺伝子産物の正常な機能）を提供する。さらなる情報は、治療標的としての遺伝子産物の有用性のさらなる証明を提供し、そして、その活性を調節し得る型の因子に関する手引書をさらに提供するために、役立ち得る。

例えば、コンティグを、本明細書中に記載するポリヌクレオチドの配列を使用して構築した。「コンティグ」は、重複する（例えば、共有するかまたは実質的に類似の）配列情報を有する核酸配列から構築されるヌクレオチドの隣接した配列である。公開されて利用可能なＥＳＴ（発現配列タグ）の配列および種々の上記したポリヌクレオチドの配列を、コンティグ構築において使用した。コンティグを、ソフトウェアプログラムＳｅｑｕｅｃｈｅｒバージョン４．０５を使用して、製造者の説明書に従って、構築した。次いで、コンティグ構築中で取得した配列情報を使用して、Ｓｅｑｕｅｎｃｈｅｒプログラムを使用するコンティグから誘導されるコンセンサス配列を取得した。生じたコンセンサス配列を使用して、公開されたデータベースならびに出願人に対して内部的なデータベースの両方を検索し、相同性データおよび／または異なる遺伝子発現データにコンセンサスポリヌクレオチドを一致させた。

最終的な結果は、添付の配列表中の配列番号１２６８〜１３８５として列挙し、そして、表３（請求項の前に挿入した）中に要約した配列を示す。表３は、記載されたように構築したコンセンサス配列の要約を提供する。特に、表３は、：１）本明細書中での使用のための各配列に割り当てられた配列番号（「配列番号（ＳＥＱ ＩＤ）」）；２）この配列の内部識別子として使用されるコンセンサス配列名（「コンセンサス配列名（ＣＯＮＳＥＮＳＵＳ ＳＥＱ ＮＡＭＥ）」）；および３）そのコンセンサス配列の構築で使用される配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列名（「ポリヌクレオチド配列名（ＰＯＲＹＮＴＤ ＳＥＱ ＮＡＭＥ）」）を提供する。

（実施例３：さらなる遺伝子特徴付け）
配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列を、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ，Ｉｎｃ，．Ｏａｋｌａｎｄ，ＣＡ）のＴｅｒａＢＬＡＳＴＮ検索（ヒトゲノムの隣接モデルへ構築された全てのヒトゲノム配列を含む）において、問い合わせ配列（ｑｕｅｒｙ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）として使用した。本発明のポリヌクレオチドが予想全長遺伝子配列と相同であるような、予想ｃＤＮＡ配列およびタンパク質配列を取得した。あるいは、本明細書中に記載したコンティグ配列またはコンセンサス配列を、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ＤａｔａｂａｓｅのＴｅｒａＢＬＡＳＴＮ検索において、問い合わせ配列として、直接的に使用し得た。

検索の最終的な結果は、添付の配列表中に配列番号１３８６〜１４７７として列挙し、そして、表４（請求項の前に挿入した）中に要約した予想ｃＤＮＡ配列を提供し、そして、添付の配列表中の配列番号１４７８〜１５６８として列挙し、そして、表５（請求項の前に挿入した）中に要約した予想タンパク質配列を提供する。特に、表４は、：１）本明細書中での使用のための各ｃＤＮＡ配列に割り当てられた配列番号（「配列番号」）；２）この配列の内部識別子として使用されるｃＤＮＡ配列名（「ｃＤＮＡ配列名」）；３）ｃＤＮＡをマッピングする配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列名（「ポリヌクレオチド配列名」）；４）ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ予想遺伝子の遺伝子番号（遺伝子）；５）ｃＤＮＡ配列に対応する遺伝子を含む染色体（「染色体」）；を提供し、表５は：１）本明細書中での使用のための各タンパク質配列に割り当てられた配列番号（「配列番号」）；２）この配列の内部識別子として使用されるタンパク質配列名（「タンパク質配列名」）；３）タンパク質をマッピングする配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列名（「ポリヌクレオチド配列名」）；４）ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ予想遺伝子の遺伝子番号（遺伝子）；５）ｃＤＮＡ配列に対応する遺伝子を含む染色体（「染色体」）；を提供する。

上記したような問い合わせ配列として使用するポリヌクレオチドと、対応する予想ｃＤＮＡ配列およびタンパク質配列との間の相関を、表６に示す。特に、表６は：１）ｃＤＮＡの配列番号（「ｃＤＮＡ配列番号」）；２）この配列の内部識別子として使用されるｃＤＮＡ配列名（「ｃＤＮＡ配列名」）；３）このｃＤＮＡ配列によってコードされるタンパク質の配列番号（「タンパク質配列番号」）；４）このｃＤＮＡ配列によってコードされるタンパク質の配列名（「タンパク質配列名」）；５）このｃＤＮＡおよびタンパク質をマッピングする配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列番号（「ポリヌクレオチド配列番号」）；および６）このｃＤＮＡおよびタンパク質をマッピングする配列番号１〜１２６７のポリヌクレオチドの配列名（「ポリヌクレオチド配列名」）を提供する。

接近配列およびコンセンサス配列の構築およびホモロジー検索ソフトウェアプログラムの使用を介して、本明細書中で提供した配列情報を容易に拡大し、本発明中に記載したポリヌクレオチドの配列を有する遺伝子または予想遺伝子を確認し得る。さらに、取得した情報を使用し、本明細書中に記載したポリヌクレオチドに対応する遺伝子の遺伝子産物の機能を同定し得る。本発明の実施に必要ではないが、対応する遺伝子の機能の同定は、その活性を調節し、そして、癌性の表現型を調節する（例えば、転移、増殖などの阻害）ような遺伝子を標的化する治療剤の設計において、手引きを提供する。

（実施例４：遺伝子産物の機能を同定するための公開データベース検索の結果）
配列番号１〜１４７７を全３つのリーディングフレームを翻訳し、そして、ヌクレオチド配列および翻訳アミノ酸配列を、ＧｅｎＢａｎｋ（ヌクレオチド配列）データベース中の相同配列について検索するための問い合わせ配列として使用した。問い合わせ配列および個々の配列を、ＴｅｒａＢＬＡＳＴプログラム（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ，Ｎｅｖａｄａから利用可能）を使用して整列した。この配列を種々の程度までマスクし、上記のような低複雑性をマスクするためのＲｅｐｅａｔＭａｓｋｅｒマスキングプログラムを使用して、反復配列またはポリ−Ａ配列の検索を防止した。

表７（請求項の前に挿入した）は、本発明の配列と示された公開データベースの配列との間の実質的な類似性を示す、１×１０^−２以下のｐ値を有するアラインメント概要を提供する。特に、表７は：１）問い合わせ配列の配列番号（「配列番号（ＳＥＱ ＩＤ）」）；２）この問い合わせ配列の内部識別子として使用される配列名（「配列名（ＳＥＱ ＮＡＭＥ）」）；３）相同配列のＧｅｎＢａｎｋデータベース登録の登録番号（「ＡＣＣＥＳＳＩＯＮ」）；４）ＧｅｎＢａｎｋ配列の説明（「ＧＥＮＢＡＮＫ ＤＥＳＣＲＩＰＴＩＯＮ」）；および５）ポリヌクレオチド配列およびＧｅｎＢａｎｋ配列の類似性のスコア（「ＧＥＮＢＡＮＫ ＳＣＯＲＥ」）を提供する。表７中に提供されるアラインメントは、本明細書の提出の直前時に、ＤＮＡ配列に対してもっとも利用可能なアラインメントである。表６中に列挙された配列およびそれらに関する配列に関して、全ての公開利用可能な情報はまた、参考として援用される。アラインメントならびにｐ値の算出のために使用する検索プログラムおよびデータベースをまた、示す。ポリヌクレオチド配列の全長配列またはフラグメントを、プローブおよびプライマーとして使用し得、対応するポリヌクレオチドの全長配列を同定し、そして単離する。

（実施例５：タンパク質ファミリーのメンバー）
配列番号１〜１４７７を使用して、上記の明細書中に記載したようなプロフィール検索を実施した。本発明の種々のポリヌクレオチドが、既知のタンパク質ファミリーに属する（従って、これらのタンパク質ファミリーの一員を表す）か、および／または既知の機能的ドメインを含むポリペプチドの特徴を有するポリペプチドをコードすることを見出した。表８（請求項の前に挿入した）は、：１）問い合わせポリヌクレオチド配列の配列番号（「配列番号（ＳＥＱ ＩＤ）」）；２）この問い合わせ配列の内部識別子として使用される配列名（「配列名（ＳＥＱ ＮＡＭＥ）」）；３）タンパク質ファミリープロフィールヒットの登録番号（「ＰＦＡＭ ＩＤ」）；４）このプロフィールヒットの簡単な説明（「ＰＦＡＭ ＤＥＳＣＲＩＰＴＩＯＮ」）；５）このプロフィールヒットのスコア（「ＳＣＯＲＥ」）；６）このプロフィールヒットの開始ヌクレオチド（「ＳＴＡＲＴ」）；および７）このプロフィールヒットの終結ヌクレオチド（「ＥＮＤ」）を提供する。

さらに、配列番号１４７８〜１５６８をまた使用して、上記のようなプロフィール検索を実施した。本発明の種々のポリペプチドが、既知のタンパク質ファミリーに属する（従って、これらのタンパク質ファミリーの一員を代表する）か、および／または既知の機能的ドメインを含むポリペプチドの特徴を有することを見出した。表９（請求項の前に挿入した）は、：１）問い合わせタンパク質配列の配列番号（「配列番号（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ）」）；２）この問い合わせ配列の内部識別子として使用される配列名（「タンパク質配列名（）」）；３）タンパク質ファミリープロフィールヒットの登録番号（「ＰＦＡＭ番号」）；４）このプロフィールヒットの簡単な説明（「ＰＦＡＭの説明」）；５）このプロフィールヒットのスコア（「スコア」）；６）このプロフィールヒットの開始残基（「開始」）；および７）このプロフィールヒットの終結残基（「終結」）を提供する。

いくつかの配列番号は、問い合わせ配列が重複したプロフィール領域を含み、そして／またはこの配列が２つの異なる機能的ドメインを含むような、複数のプロフィールヒット示した。表８および表９の各々のプロフィールヒットを、以下にさらに詳細に記載する。このプロフィールのためのアクロニム（括弧中に提供される）は、Ｐｆａｍ、ＰｒｏｓｉｔｅおよびＩｎｔｅｒＰｒｏデータベース中のプロフィールを同定するために使用される、アクロニムである。Ｐｆａｍデータベースを、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ ＭｅｄｉｃｉｎｅのＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ＣｅｎｔｅｒまたはＨｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，ＧｅｒｍａｎｙのＥｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓによって支援されるウェブサイトを介して、アクセスし得る。Ｐｒｏｓｉｔｅデータベースを、インターネット上のＥｘＰＡＳｙ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｓｅｒｖｅｒでアクセスし得る。ＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースを、ＥＭＢＬ Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによって支援されるウェブサイトでアクセスし得る。種々のプロフィールに関するＰｆａｍ ＰｒｏｓｉｔｅおよびＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースで利用可能な公開情報（種々のタンパク質ファミリーおよびタンパク質ドメインの活性、機能およびコンセンサス配列が挙げられるが、これらに限定されない）は、本明細書中で参考として援用される。

（Ａｎｋリピート（ＡＮＫ：Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００２３））配列番号４８２，８１８，９１４，１２１６，１４８４，１５３７および１５６４は、Ａｎｋリピート含有タンパク質を代表する。アンキリンモチーフは、２４タンデムの３３アミノ酸モチーフを有するタンパク質アンキリンにちなんで命名された３３アミノ酸配列である。Ａｎｋリピートは、当初、細胞周期制御タンパク質ｃｄｃ１０において同定された（Ｂｒｅｅｄｅｎら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：６５１）。アンキリンリピートを含むタンパク質としては、アンキリン、ミオトロピン、Ｉ−κＢタンパク質、細胞周期タンパク質ｃｄｃ１０、Ｎｏｔｃｈレセプター（Ｍａｔｓｕｎｏら、Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（１９９７）１２４（２１）：４２６５）；主要組織適合性複合体のクラスＩＩＩ領域のＧ９ａ（またはＢＡＴ８）（Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．（１９９３）２９０：８１１〜８１８）；ＦＡＢＰ、ＧＡＢＰ、５３ＢＰ２、Ｌｉｎ１２、ｇｌｐ−１、ＳＷ１４およびＳＷ１６が挙げられる。アンキリンリピートの機能は、タンパク質−タンパク質相互作用における役割と適合性である（Ｂｏｒｋ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９３）１７（４）：３６３；ＬａｍｂｅｒｔおよびＢｅｎｎｅｔ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：１；Ｋｅｒｒら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．（１９９２）４：４９６；Ｂｅｎｎｅｔら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８０）２５５：６４２４）。

（上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００００８））配列番号９６７は、ＥＧＦファミリーのタンパク質のメンバーをコードするポリヌクレオチドを代表する。このファミリーの顕著な特徴は、上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ）において見出された約３０〜４０のアミノ酸残基の配列の存在であり、これは、多少は保存的形態で、他の多くのタンパク質中に存在することが示された（Ｄａｖｉｓ，Ｎｅｗ Ｂｉｏｌ．（１９９０）２：４１０〜４１９；Ｂｌｏｍｑｕｉｓｔら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ（１９８４）８１：７３６３〜７３６７；Ｂａｒｋｅｒｔら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｅｎｚ．（１９８６）２９：５４〜８６；Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅら、Ｎａｔｕｒｅ．（１９８４）３０７：５５８〜５６０；Ａｐｐｅｌｌａら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３１：１〜４；ＣａｍｐｂｅｌｌおよびＢｏｒｋ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９３）３：３８５〜３９２）。このドメインの通常の特徴は、保存されたパターンが、一般に、膜結合タンパク質の細胞外ドメイン、または分泌されることが知られているタンパク質中に見出されるということである。ＥＧＦドメインは、ジスルフィド結合に関することが示されている６つのシステイン残基を含む。この主要な構造は、２本鎖βシートに続くＣ末端短型２本鎖シートへのループである。保存システイン間のサブドメインは、その長さが非常に変化する。これらのコンセンサスパターンを使用して、このファミリー：Ｃ−ｘ−Ｃ−ｘ（５）−Ｇ−ｘ（２）−ＣおよびＣ−ｘ−Ｃ−ｘ（ｓ）−［ＧＰ］−［ＦＹＷ］−ｘ（４，８）−Ｃのメンバーを同定する。

（ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ Ｃ２Ｈ２；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００９６））配列番号５２１は、Ｃ２Ｈ２型ジンクフィンガータンパク質ファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドと一致し、これは、核酸結合を促進するジンクフィンガードメインを有する（Ｋｌｕｇら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８７）１２：４６４；Ｅｖａｎｓら、Ｃｅｌｌ（１９８８）５２：１；Ｐａｙｒｅら、ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３４：２４５；Ｍｉｌｌｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８５）４：１６０９およびＢｅｒｇ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８８）８５：９９）。保存ジンクリガンド残基に加えて、多数の他の位置もまた、Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーの構造的完全性にために重要である（Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．（１９９３）１１：５５７）。最も良く保存された位置（一般に、芳香族残基または脂肪族残基である）は、２番目のシステインの４つ後の残基に位置する。Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーについてのコンセンサスパターンは、：Ｃ−ｘ（２，４）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣ］−ｘ（８）−Ｈ−ｘ（３，５）−Ｈである。この２つのＣおよび２つのＨが、ジンクリガンドである。

（ＰＤＺドメイン（ＰＤＺ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００５９５号））配列番号５２７、１５２３および１５５１は、ＰＤＺドメイン（ＤＨＲまたはＧＬＧＦドメインとしてもまた知られる）を含む遺伝子と一致する。ＰＤＺドメインは、８０〜１００残基のリピートを含み、このうちの数個は、イオンチャンネルおよび／またはレセプターのＣ末端テトラペプチドモチーフＸ−Ｓｅｒ／Ｔｈｒ−Ｘ−Ｖａｌ−ＣＯＯ−と相互作用し、そして、哺乳動物のタンパク質ならびに細菌、酵母および植物中で見出される（Ｐｏｎｔｉｎｇら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ（１９９７）６（２）：４６４〜８）。１つ以上のＰＤＺドメインを含むタンパク質は、多様な膜関連タンパク質（ＭＡＧＵＫファミリーのメンバーのグアニル化キナーゼホモログ、様々なタンパク質ホスファターゼおよびキナーゼ、ニューロンの一酸化窒素シンターゼを含む）、および種々のディストロフィン関連タンパク質（正確にはシントロフィンとして知られる）中で見出される（Ｐｏｎｔｉｎｇら、Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ（１９９７）１９（６）：４６９〜７９）。多くのＰＤＺドメイン含有タンパク質は、高度に特殊化した亜膜性部位に局在化し、これは、細胞接合形成、レセプターまたはチャンネル集団化、および細胞内シグナル伝達事象への関与を示唆する。例えば、種々のＭＡＧＵＫのＰＤＺドメインは、ＮＭＤＡレセプターサブユニットの一部のＣ末端ポリペプチドと、および／またはＳｈａｋｅｒ−型Ｋ^＋チャンネルと相互作用する。他のＰＤＺドメインは、他の膜貫通レセプターの類似したリガンドに結合することが示された。細胞間結合関連タンパク質において、ＰＤＺは、膜イオンチャンネルのＣ末端に結合することによって、この膜イオンチャンネルのクラスター形成を媒介する。ＰＤＺドメインを含むいくつかのタンパク質のＸ腺結晶構造を解析した（例えば、Ｄｏｙｌｅら、Ｃｅｌｌ（１９９６）８５（７）：１０６７〜７６を参照のこと）。

（ジンクナックル、ＣＣＨＣ型（Ｚｆ−ＣＣＨＣ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００９８））配列番号５４３および１０６９は、ＣＣＨＣジンクフィンガーのファミリーのメンバーをコードする遺伝子と一致する。プロトタイプのＣＣＨＣ型ジンクフィンガー構造は、ＨＩＶタンパク質由来なので、このドメインはまた、レトロウイルス型ジンクフィンガードメインと称される。このファミリーはまた、真核生物遺伝子調節に関するタンパク質（例えば、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ ＧＬＨ−１）を含む。この構造は、１８残基のジンクフィンガーであり；アライメント中にモデル（ｉｎｄｅｌ）例はない。ＣＣＨＣ型ジンクフィンガードメインを定義するこのモチーフは：Ｃ−Ｘ２−Ｃ−Ｘ４−Ｈ−Ｘ４−Ｃである（Ｓｕｍｍｅｒｓ Ｊ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ １９９１ Ｊａｎ；４５（１）：４１〜８）。このドメインは、例えば、ＨＩＶ−１ヌクレオカプシドタンパク質、モロニーマウス白血病ウイルスヌクレオカプシドタンパク質ＮＣｐ１０（Ｄｅ Ｒｏｃｑｕｉｇｎｙら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（１９９３）２１：８２３〜９）およびミエリン転写因子１（Ｍｙｔ１）（Ｋｉｍら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｒｅｓ．（１９９７）５０：２７２〜９０）において見出される。

（ＲＮＡ認識モチーフ（ｒｒｍ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００７６））配列番号５１４および９１０は、ＲＮＡ認識モチーフをコードする配列と一致し、また、ＲＲＭドメイン、ＲＢＤドメインまたはＲＮＰドメインとして知られる。このドメイン（約９０アミノ酸長）は、１本鎖ＲＮＡに結合する真核生物タンパク質に含まれる（Ｂａｎｄｚｉｕｌｉｓら、Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．（１９８９）３：４３１〜４３７；Ｄｒｅｙｆｕｓｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８８）１３：８６〜９１）。ＲＮＡ結合ドメインの２つの領域は、高度に保存されている：１番目は、６つの残基の疎水性セグメント（ＲＮＰ−２モチーフと呼ばれる）で、２番目は、オクタペプチドモチーフ（ＲＮＰ−１またはＲＮＰ−ＣＳと呼ばれる）である。このコンセンサスパターンは、：［ＲＫ］−Ｇ−｛ＥＤＲＫＨＰＣＧ｝−［ＡＧＳＣＩ］−［ＦＹ］−［ＬＩＶＡ］−ｘ−［ＦＹＬＭ］である。

（メタロチオネイン（メタルチオネイン；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１３１）） 配列番号３３５は、チオレート結合を介して重金属（例えば、亜鉛、銅、カドミウム、ニッケルなど）に結合する小タンパク質である、メタロチオネイン（ＭＴ）タンパク質ファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する（Ｈａｍｅｒ Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８６）５５：９１３〜９５１；およびＫａｇｉら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９８８）２７：８５０９〜８５１５）。ＭＴは、動物界全体にわたって存在し、そして高等植物、真菌類およびいくつかの原核生物においてもまた見出される。構造的関係に基づいて、ＭＴは、３つのクラスに細分化される。クラスＩは、哺乳動物のＭＴならびに甲殻類および軟体動物由来のＭＴだが、明らかに始源的構造と関係づけられるＭＴを含む。クラスＩＩは、クラスＩのＭＴと離れない一致を示すかほんのわずかに離れた一致を示す種々の種（例えば、ウニ、真菌、昆虫およびシアノバクテリア）由来のＭＴと一緒に分類する。クラスＩＩＩのＭＴは、γ−グルタミルシステニルユニットを含む異常なポリペプチドである。このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスパターンは：Ｃ−ｘ−Ｃ−［ＧＳＴＡＰ］−ｘ（２）−Ｃ−ｘ−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ−Ｋである。

（トリプシン（トリプシン；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００８９）） 配列番号４２２および１５５８は、トリプシンファミリーの新規セリンプロテアーゼに対応する。トリプシンファミリー由来のセリンプロテアーゼの触媒活性は、それ自体がセリンに水素結合されるヒスチジンに水素結合したアスパラギン酸残基を含む荷電中継方式（ｃｈａｒｇｅ ｒｅｌａｙ ｓｙｓｔｅｍ）によって提供される。活性部位のセリン残基およびヒスチジン残基の近傍における配列は、このファミリーのプロテアーゼに良好に保存される（Ｂｒｅｎｎｅｒ Ｓ．，Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３４：５２８）。このトリプシンタンパク質ファミリーについてのコンセンサスパターンは、以下である：１）［ＬＩＶＭ］−［ＳＴ］−Ａ−［ＳＴＡＧ］−Ｈ−Ｃ（ここで、Ｈは活性部位残基である）；および２）［ＤＮＳＴＡＧＣ］−［ＧＳＴＡＰＩＭＶＱＨ］−ｘ（２）−Ｇ−［ＤＥ］−Ｓ−Ｇ−［ＧＳ］−［ＳＡＰＨＶ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＨ］−［ＬＩＶＭＦＹＳＴＡＮＱＨ］（ここで、Ｓは活性部位残基である）である。このファミリーに属することが公知の全ての配列が、第１に保存されたグリシンを損失している１８の異なるプロテアーゼを除いて、上記のコンセンサス配列によって検出される。タンパク質が、セリン活性部位の特徴およびヒスチジン活性部位の特徴の両方を含む場合、これがトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼである可能性は、１００％である。

（ＨＳＰ７０タンパク質（ＨＳＰ７０；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００１２）） 配列番号９５２および１４８２は、７０ｋＤの平均分子量を有するＡＴＰ結合熱ショックタンパク質のファミリーのメンバーに対応する（Ｐｅｌｈａｍ，Ｃｅｌｌ（１９８６）４６：９５９〜９６１；Ｐｅｌｈａｍ，Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３２：７７６〜７７；Ｃｒａｉｇ，ＢｉｏＥｓｓａｙｓ（１９８９）１１：４８〜５２）。ほとんどの種において、ｈｓｐ７０ファミリーに属する多くのタンパク質があり、これらのうちいくつかは、ストレスのない条件下で発現される。Ｈｓｐ７０タンパク質は、核、細胞質ゾル、ミトコンドリア、小胞体などを含む、異なる細胞区分中に見出され得る。種々の機能が、ｈｓｐ７０タンパク質について仮定されている。いくつかは、膜を横切るタンパク質の輸送において重要な役割を果たし（Ｄｅｓｈａｉｅｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８８）１３：３８４〜３８８）、その一方で他は、タンパク質の折り畳み、およびタンパク質複合体の構築／分解に関する（ＣｒａｉｇおよびＧｒｏｓｓ、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９１）１６：１３５〜１４０）。

ｈｓｐ７０ファミリーのタンパク質について３つの特徴的パターンがある。第１は、これらのタンパク質のＮ末端区分において見出される保存されたペンタペプチド上に集められ、そして保存領域にある他の２つは、この配列の中心部分に配置される。このコンセンサスパターンは、以下である：１）［ＩＶ］−Ｄ−Ｌ−Ｇ−Ｔ−［ＳＴ］−ｘ−［ＳＣ］；２）［ＬＩＶＭＦ］−［ＬＩＶＭＦＹ］−［ＤＮ］−［ＬＩＶＭＦＳ］−Ｇ−［ＧＳＨ］−［ＧＳ］−［ＡＳＴ］−ｘ（３）−［ＳＴ］−［ＬＩＶＭ］−［ＬＩＶＭＦＣ］；および３）［ＬＩＶＭＹ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−Ｇ−Ｇ−ｘ−［ＳＴ］−ｘ−［ＬＩＶＭ］−Ｐ−ｘ−［ＬＩＶＭ］−ｘ−［ＤＥＱＫＲＳＴＡ］。

（ＷＤドメイン（ＷＤ４０）、Ｇ−β繰り返し（ＷＤドメイン；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００４００）） 配列番号１５１０および１５３６は、ＷＤドメイン／Ｇ−β繰り返しファミリーのメンバーを表す。β−トランスデューシン（Ｇ−β）は、膜貫通レセプターによって生成されるシグナルの変換における媒介として作用する、グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）の３つのサブユニット（α、βおよびγ）の１つである（Ｇｉｌｍａｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８７）５６：６１５）。αサブユニットは、ＧＴＰに結合し、そしてＧＴＰを加水分解し；βおよびγサブユニットは、ＧＴＰによるＧＤＰの置換、ならびに膜固着およびレセプター認識のために必要とされる。高等真核生物において、Ｇ−βは、約３４０アミノ酸残基の高度に保存されたタンパク質の小さい多重遺伝子ファミリーとして存在する。構造上、Ｇ−βは、約４０残基の８つの直列の繰り返しを有し、それぞれ中心のＴｒｐ−Ａｓｐモチーフ（この型の繰り返しは、時々ＷＤ−４０繰り返しと呼ばれる）を含む。ＷＤドメイン／Ｇ−β繰り返しファミリーについてのコンセンサスパターンは、以下である：［ＬＩＶＭＳＴＡＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＮ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＷＳＴＡＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧ］−Ｗ−［ＤＥＮ］−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧＣＮ］。

（プロテインキナーゼ（プロテインキナーゼ；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００６９） 配列番号１５４０は、プロテインキナーゼを表す。プロテインキナーゼは、種々の経路におけるタンパク質のリン酸化を触媒し、そして癌に関係づけられる。真核生物のプロテインキナーゼ（Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６；Ｈｕｎｔｅｒ Ｔ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３８；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：３６９；Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８）２４１：４２）は、セリン／スレオニンプロテインキナーゼおよびチロシンプロテインキナーゼの両方に共通の保存された触媒核を共有する、非常に広範なファミリーのタンパク質に属する酵素である。プロテインキナーゼの触媒ドメインにおいて、多数の保存領域がある。触媒ドメインのＮ終末末端に配置される、第１の領域は、リジン残基の近傍における残基のグリシンリッチストレッチの残基であり、これは、ＡＴＰ結合に関することが示されている。触媒ドメインの中心部分に配置される、第２の領域は、酵素の触媒活性のために重要である、保存されたアスパラギン酸残基を含む（Ｋｎｉｇｈｔｏｎ Ｄ．Ｒ．ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０７）。このプロテインキナーゼのプロフィールは、この第２の領域について２つの特徴的パターンを含み；１つは、セリン／スレオニンキナーゼについて特異的であり、そして他方は、チロシンキナーゼについて特異的である。第３のプロフィールは、整列に基づき（Ｈａｎｋｓ Ｓ．Ｋ．ら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．（１９９５）９：５７６）そして触媒ドメイン全体を覆う。

このコンセンサスパターンは以下のとおりである：１）［ＬＩＶ］−Ｇ−｛Ｐ｝−Ｇ−｛Ｐ｝−［ＦＹＷＭＧＳＴＮＨ］−［ＳＧＡ］−｛ＰＷ｝−［ＬＩＶＣＡＴ］−｛ＰＤ｝−ｘ−［ＧＳＴＡＣＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（５，１８）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣＳＴＡＲ］−［ＡＩＶＰ］−［ＬＩＶＭＦＡＧＣＫＲ］−Ｋ（ここでＫはＡＴＰに結合する）；２）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｋ−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣＴ］（３）（ここで、Ｄは、活性部位残基である）；および３）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−［ＲＳＴＡＣ］−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］（ここで、Ｄは活性部位残基である）。

分析されたタンパク質が、２つの上記プロテインキナーゼの特徴を含む場合、これがプロテインキナーゼである可能性は、１００％に近い。真核生物型のプロテインキナーゼもまた、原核生物（例えば、Ｍｙｘｏｃｏｃｃｕｓ ｘａｎｔｈｕｓ（Ｍｕｎｏｚ−Ｄｏｒａｄｏ Ｊ．ら、Ｃｅｌｌ（１９９１）６７：９９５）およびＹｅｒｓｉｎｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓにおいて見出されている。上記に示されるパターンは、その公開（Ｂａｉｒｏｃｈ Ａ．ら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３１：２２）から更新されている。

（Ｃ２ドメイン（Ｃ２；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１６８）） 配列番号１５５０は、Ｃ２ドメインに対応し、これは、カルシウム依存性リン脂質結合（Ｄａｖｌｅｔｏｖ Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）２６８：２６３８６〜２６３９０）またはカルシウムに結合しないタンパク質に関し、このドメインは、イノシトール−１，２，３，４，５−四リン酸への結合を容易にし得る（Ｆｕｋｕｄａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：２９２０６〜２９２１１；Ｓｕｔｔｏｎら、Ｃｅｌｌ（１９９５）８０：９２９〜９３８）。このコンセンサス配列は、以下である：［ＡＣＧ］−ｘ（２）−Ｌ−ｘ（２，３）−Ｄ−ｘ（１，２）−［ＮＧＳＴＬＩＦ］−［ＧＴＭＲ］−ｘ−［ＳＴＡＰ］−Ｄ−［ＰＡ］−［ＦＹ］。

（ミオシンヘッド（モータードメイン）（ミオシンヘッド；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００６３） 配列番号１８９、１５４８および１５５７は、代表的にβ鎖とαヘリックスとの間に可撓性ループを形成するグリシンリッチ領域である、ミオシンヘッドドメインに対応する。このループは、ヌクレオチドへのタンパク質の結合において、ＡＴＰまたはＧＴＰのリン酸基の１つと相互作用する。このミオシンヘッド配列モチーフは、一般に、「Ａ」コンセンサス配列（Ｗａｌｋｅｒら、ＥＭＢＯ Ｊ．（１９８２）１：９４５〜９５１）または「Ｐループ」（Ｓａｒａｓｔｅら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９０）１５：４３０〜４３４）といわれる。このコンセンサス配列は：［ＡＧ］−ｘ（４）−Ｇ−Ｋ−［ＳＴ］である。

（糖（および他の）トランスポーター（糖トランスポーター；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００８３） 配列番号３３４、１２４４および１５１２は、糖（および他の）トランスポーターファミリーのメンバーを表す。哺乳動物細胞において、グルコースの取込みは、グルコーストランスポーターと呼ばれる密接に関連する輸送タンパク質のファミリーによって媒介される（Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９１）６０：７５７〜７９４；ＧｏｕｌｄおよびＢｅｌｌ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９０）１５：１８〜２３；Ｂａｌｄｗｉｎ，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ（１９９３）１１５４：１７〜４９）。これらのトランスポーターの少なくとも７つが、存在することが現在公知であり、そしてヒトにおいて、ＧＬＵＴ１〜ＧＬＵＴ７遺伝子によってコードされる。これらの必須の膜タンパク質は、１２の膜架橋ドメインを含み、そして多数の他の糖輸送タンパク質または代謝物輸送タンパク質と配列類似性を示すと予想される（Ｍａｉｄｅｎら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２５：６４１〜６４３；Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：５９０〜６０１）。

２つのパターンが、このファミリーのタンパク質を検出するために開発されている。第１のパターンは、Ｇ−Ｒ−［ＫＲ］モチーフに基づくが；このモチーフは、非常に短くてこのファミリーのタンパク質に特異的であり得ないため、第２のパターンが、このモチーフの第２のコピーに集められたより大きな領域から誘導されている。第２のパターンは、第４の膜貫通セグメントの末端、および第４のセグメントと第５のセグメントとの間の短いループ領域に位置する多数の保存された残基に基づく。この２つのコンセンサス配列は、以下である：１）［ＬＩＶＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＦＳＡＧ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＳＡ］−［ＤＥ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＷＡ］−Ｇ−Ｒ−［ＲＫ］−ｘ（４，６）−［ＧＳＴＡ］；および２）［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−Ｇ−［ＬＩＶＭＦＡ］−ｘ（２）−Ｇ−ｘ（８）−［ＬＩＦＹ］−ｘ（２）−［ＥＱ］−ｘ（６）−［ＲＫ］。

（ＨＳＰ９０タンパク質（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１８３） 配列番号１５３８は、Ｈｓｐ９０タンパク質ファミリーメンバーのコンセンサス配列を有するポリペプチドを表す。Ｈｓｐ９０タンパク質は、熱ショックタンパク質（ｈｓｐ）として集団で公知のタンパク質の合成の誘導によって、熱ショックまたは他の環境ストレスに応答する、約９０ｋＤａの平均分子量のタンパク質である（Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔら、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２２：６３１〜６７７（１９８８））。このファミリーに属することが公知のタンパク質としては、脊椎動物ｈｓｐ ９０−α（ｈｓｐ８６）およびｈｓｐ ９０−β（ｈｓｐ ８４）；ショウジョウバエｈｓｐ ８２（ｈｓｐ ８３）；および小胞体タンパク質「エンドプラズミン（ｅｎｄｏｐｌａｓｍｉｎ）」（マウスにおけるＥｒｐ９９、ハムスターにおけるＧＲＰ９４、およびニワトリにおけるｈｓｐ １０８としてもまた公知である）が挙げられる。Ｈｓｐ９０タンパク質は、ステロイドホルモンレセプター、様々なレトロウイルスのチロシンキナーゼオンコジーン産物、ｅＩＦ２αキナーゼ、ならびにアクチンおよびチューブリンと関連することが見出されている。理論に固執せず、Ｈｓｐ９０タンパク質は、おそらくＡＴＰａｓｅ活性を有するシャペロニンである（Ｎａｄｅａｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１４７９〜１４８７（１９９３）；Ｊａｋｏｂら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ １９：２０５〜２１１（１９９４））。Ｈｓｐ９０ファミリータンパク質は、以下の特徴的パターンを有し、これらは、これらのたんぱく質のＮ末端部分において見出される高度に保存された領域を表す：Ｙ−ｘ−［ＮＱＨ］−Ｋ−［ＤＥ］−［ＩＶＡ］−Ｆ−［ＬＭ］−Ｒ−［ＥＤ］。

（ＫＯＷモチーフ（リボソームタンパク質Ｌ２４特徴；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００４６７） 配列番号１５５３は、大きなリボソームのサブユニット由来のタンパク質の１つであるＫＯＷモチーフ（例えば、リボソームタンパク質Ｌ２４において見出されるような）を有するポリペプチドを表す。Ｌ２４は、リボソームタンパク質のファミリーに属する。これらの成熟形態において、これらのタンパク質は、１０３〜１５０アミノ酸残基を有する。特徴的パターンとして、このコンセンサス配列は、Ｎ末端区分において２０残基の保存ストレッチに基づく：［ＧＤＥＮ］−Ｄ−ｘ−［ＩＶ］−ｘ−［ＩＶ］−［ＬＩＶＭＡ］−ｘ−Ｇ−ｘ（２）−［ＫＲＡ］−［ＧＮＱ］−ｘ（２，３）−［ＧＡ］−ｘ−［ＩＶ］。

（ＴＰＲドメイン（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００５１５）） 配列番号１５３２は、少なくとも１つ以上のテトラトリコペプチド繰り返し（ＴＰＲ）ドメインを有するポリペプチドを表す。ＴＰＲは、３〜１６モチーフの直列アレイに存在する、広く多様なタンパク質において同定された縮重３４アミノ酸配列であり、これは、タンパク質−タンパク質相互作用を媒介する骨格、およびしばしば多タンパク質複合体のアセンブリを形成する。ＴＰＲ含有タンパク質としては、分裂後期促進複合体（ＡＰＣ）サブユニットｃｄｃ１６、ｃｄｃ２３およびｃｄｃ２７、ＮＡＤＰＨオキシダーゼサブユニットｐ６７ ｐｈｏｘ，ｈｓｐ９０結合イムノフィリン、転写因子、ＰＫＲプロテインキナーゼインヒビター、ならびにペルオキシソーム輸入タンパク質およびミトコンドリア輸入タンパク質が挙げられる（例えば、Ｄａｓら、ＥＭＢＯ Ｊ；１７（５）：１１９２〜９（１９９８）；およびＬａｍｂ Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ ２０：２５７〜２５９（１９９５）を参照のこと）。

（ｔＲＮＡシンテターゼクラスＩＩ核ドメイン（Ｇ、Ｈ、Ｐ、ＳおよびＴ）（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００５８７）） 配列番号１４８１は、ｔＲＮＡシンテターゼクラスＩＩ核ドメインを有するポリペプチドを表す。アミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＥＣ６．１．１．−）（Ｓｃｈｉｍｍｅｌ Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５６：１２５〜１５８（１９８７））は、アミノ酸を活性化し、そしてタンパク質生合成の第１工程として、これらを特定のｔＲＮＡ分子に移す酵素の群である。原核生物において、少なくとも２０の異なる型のアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼがあり、互いに異なるアミノ酸である、真核生物において、一般に、互いに異なるアミノ酸の２つのアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼがあり：１つは細胞質ゾル形態およびミトコンドリア形態である。これら全ての酵素が、共通の機能を有する一方で、これらは、サブユニットサイズおよび４次元構造の点で広く多様性である。

アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、ヒスチジン、リジン、フェニルアラニン、プロリン、セリンおよびスレオニンに特異的なシンテターゼは、クラスＩＩシンテターゼといわれ、そしておそらくＡＴＰおよびアミノ酸の結合のためのこれらの触媒ドメインにおいて共通の折り畳みパターンを有し、これは、クラスＩシンテターゼについて観察されるロスマンフォールドとは異なる。クラスＩＩ ｔＲＮＡシンテターゼは、高程度の類似性を共有しないが、少なくとも３つの保存領域が存在する（Ｄｅｌａｒｕｅら、ＢｉｏＥｓｓａｙｓ １５：６７５〜６８７（１９９３）；Ｃｕｓａｃｋら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９：３４８９〜３４９８（１９９１）；Ｌｅｖｅｑｕｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１８：３０５〜３１２（１９９０））。このコンセンサス配列は、以下の３つの領域に由来する：［ＦＹＨ］−Ｒ−ｘ−［ＤＥ］−ｘ（４，１２）−［ＲＨ］−ｘ（３）−Ｆ−ｘ（３）−［ＤＥ］（アラニン、グリシンおよび細菌のヒスチジンに特異的なものを除く、クラスＩＩ ｔＲＮＡシンテターゼの大部分において見出される）；ならびに［ＧＳＴＡＬＶＦ］−｛ＤＥＮＱＨＲＫＰ｝−［ＧＳＴＡ］−［ＬＩＶＭＦ］−［ＤＥ］−Ｒ−［ＬＩＶＭＦ］−ｘ−［ＬＩＶＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＦＹ］（セリンおよびプロリンに特異的なものを除く、クラスＩＩのｔＲＮＡシンテターゼの大部分において見出される）。

（ＩＱカルモジュリン結合モチーフ（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００６１２）） 配列番号１８９および１５４８は、ＩＱカルモジュリン結合モチーフを有するポリペプチドを表す。ＩＱモチーフは、約２３のアミノ酸の非常に基本的なユニットであり、これらの保存された核は、通常、コンセンサスＡ−ｘ（３）−Ｉ−Ｑ−ｘ（２）−Ｆ−Ｒ−ｘ（４）−Ｋ−Ｋに適合する。１つ以上のコピーで存在し得るＩＱモチーフは、必須のミオシン軽鎖および調節ミオシン軽鎖、カルモジュリン（ＣａＭ）、およびＣａＭ様タンパク質を含む異なるＥＦ−ハンドタンパク質についての結合部位として役立つ（例えば、Ｃｈｅｎｅｙら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．４：２７〜３５（１９９２）；およびＲｈｏａｄｓら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．１１：３３１〜３４０（１９９７）を参照のこと）。多くのＩＱモチーフは、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）リン酸化部位である（Ｂａｕｄｉｅｒら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：２２９〜２３７（１９９１）；およびＣｈｅｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２：１０３２〜１０３９（１９９３））。ホタテガイミオシンの３Ｄ構造の分解能は、ＩＱモチーフが、塩基性両親媒性ヘリックスを形成することを示している（Ｘｉｅら、Ｎａｔｕｒｅ ３６８：３０６−３１２（１９９４））。ＩＱモチーフを含む例示的なタンパク質としては、ニューロモジュリン（ＧＡＰ−４３）、ニューログラニン（ＮＧ／ｐ１７）、精子表面タンパク質Ｓｐ１７、およびＲａｓ ＧＴＰａｓｅ活性様タンパク質ＩＱＧＡＰ１が挙げられる。ＩＱＧＡＰ１は、４つのＩＱモチーフを含む。

（ホスホチロシン相互作用ドメイン（ＰＴＢ／ＰＩＤ）（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００６４０）） 配列番号１５２３は、ホスホチロシン相互作用ドメイン（ＰＩＤドメインまたはＰＩドメイン）を有するポリペプチドを表す。ＰＩＤは、形質転換タンパク質Ｓｈｃにおいて見出される第２のホスホチロシン結合ドメインである（Ｋａｖａｎａｕｇｈら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６６：１８６２〜１８６５（１９９４）；Ｂｌａｉｋｉｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：３２０３１〜３２０３４（１９９４）；およびＢｏｒｋら、Ｃｅｌｌ ８０：６９３〜６９４（１９９５））。Ｓｈｃは、哺乳動物細胞の増殖を調節するシグナル伝達経路に対する活性化増殖因子レセプターと結合し、そしてこれは、オンコジーンのチロシンキナーゼの形質転換活性に関係する。ＳｈｃのＰＩＤは、増殖因子レセプターを含む多くのチロシンリン酸化タンパク質において見出されるＡｓｎ−Ｐｒｏ−Ｘａａ−Ｔｙｒ（Ｐ）モチーフに特異的に結合する。ＰＩＤはまた、例えば、ヒトＳｈｃ関連タンパク質Ｓｃｋ、神経系において顕著に発現される哺乳動物タンパク質Ｘ１１、ラットＦＥ６５、肝臓において優先的に発現される転写因子活性化因子、哺乳動物のＧタンパク質シグナル伝達１２（ＲＧＳ１２）の調節因子、およびＮ末端インスリン型ドメインにおいて見出される。ＰＩＤは、約１６０アミノ酸の平均長を有する。これは、おそらく逆平行βシートを有する球状ドメインである。このドメインの機能は、ホスホチロシン結合であり得る。これは、調節のタンパク質／タンパク質結合に関することが、少なくとも予想される（Ｂｏｒｋら、Ｃｅｌｌ ８０：６９３〜６９４（１９９５））。

（シンタキシン（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００８０４） 配列番号１０３９および１４９６は、シンタキシンタンパク質ファミリーに類似の配列を有するポリペプチドを表す。シンタキシンファミリーのタンパク質のメンバーとしては、例えば、エピモルヒネ（またはシンタキシン２）、上皮形態形成において必須の役割を果たす哺乳動物の間葉タンパク質；シナプス前活性帯でのシナプスの小胞のドッキングに関するシナプスのタンパク質である、シンタキシン１Ａ、シンタキシン１Ｂ、およびシンタキシン４；シンタキシン３；ゴルジ体への小胞体の輸送を媒介する、シンタキシン５；ならびに細胞内の小胞輸送に関する、シンタキシン６が挙げられる（Ｂｅｎｎｅｔｔら、Ｃｅｌｌ ７４：８６３〜８７３（１９９３）；Ｓｐｒｉｎｇら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１８：１２４〜１２５（１９９３）；Ｐｅｌｈａｍら、Ｃｅｌｌ ７３：４２５〜４２６（１９９３））。各サイズの範囲が３０Ｋｄ〜４０Ｋｄのシンタキシンファミリーのタンパク質は、高い疎水性のＣ終末末端を有し、そしてタンパク質を膜（コイルドコイル高次構造で存在し得る、中心の良好に保存された領域）に固定することに関する。このファミリーに特異的なパターンは、コイルドコイルドメインの最も保存された領域に基づく：［ＲＱ］−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＡ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］−［ＥＳＨ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＴ］−ｘ−［ＤＥＶＭ］−［ＬＩＶＭ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］−［ＦＳ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］−ｘ（３）−［ＬＩＶＴ］−ｘ（２）−Ｑ−［ＧＡＤＥＱ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］−［ＤＮＱＴ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］−［ＤＥＳＶ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］。

（リボソームＬ１０（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００８２６） 配列番号７５９、１２０７および１５６６は、リボソームＬ１０タンパク質ファミリーに類似の配列を有するポリペプチドを表す（例えば、Ｃｈａｎら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．２２５：９５２〜９５６（１９９６）を参照のこと）。このファミリーのメンバーは、一般に１７４〜２３２アミノ酸残基を有し、そして以下の特徴的パターン（タンパク質の中心区分に配置される保存領域に基づく）を含む：Ａ−Ｄ−Ｒ−ｘ（３）−Ｇ−Ｍ−Ｒ−ｘ−［ＳＡＰ］−［ＦＹＷ］−Ｇ−［ＫＲＶＴ］−［ＰＡ］−ｘ−［ＧＳ］−ｘ（２）−Ａ−［ＫＲＬＶ］−［ＬＩＶ］。

（ＧＴＰ１／ＯＢＧファミリー（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１０１８） 配列番号１２６、７２１および１５１８は、ＧＴＰ結合タンパク質の広範なファミリーである、ＧＴＰ１／ＯＢＧファミリーのメンバーに類似性を有するポリペプチドを表す（Ｓａｚｕｋａら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１８９：３６３〜３７０（１９９２）；Ｈｕｄｓｏｎら、Ｇｅｎｅ １２５：１９１〜１９３（１９９３））。このファミリーとしては、例えば、タンパク質ＤＲＧ（マウス、ヒトおよびゼノパスにおいて見出される）、核分裂酵母タンパク質ｇｔｐ１、およびＢａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓタンパク質ｏｂｇ（ＧＴＰに結合する）が挙げられる。ファミリーメンバーは、一般に約４０Ｋｄ〜４８Ｋｄであり、そしてＧＴＰ結合タンパク質に特有の５つの小さい配列エレメントを含む（Ｂｏｕｒｎｅら、Ｎａｔｕｒｅ ３４９：１１７〜１２７（１９９１））。この特徴的パターンは、ＡＴＰ／ＧＴＰ Ｂモチーフ（ＧＴＰ結合タンパク質においてＧ−３ともまた呼ばれる）に対応する：Ｄ−［ＬＩＶＭ］−Ｐ−Ｇ−［ＬＩＶＭ］（２）−［ＤＥＹ］−［ＧＮ］−Ａ−ｘ（２）−Ｇ−ｘ−Ｇ。

（ＫＲＡＢボックス（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１３５２）） 配列番号１５５６および３４９は、Ｋｒｕｅｐｐｅｌ関連ボックス（ＫＲＡＢ）を有するポリペプチドを表す。ＫＲＡＢボックスは、約３分の１の真核生物のＫｒｕｐｐｅｌ型Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）のＮ末端部分において見出される約７５のアミノ酸のドメインである。これは、荷電されたアミノ酸中で富化され、そして小領域ＡおよびＢに分配され得、これらは、２つの両親媒性αヘリックスに折りたたまれると予想される。このＫＲＡＢ ＡボックスおよびＫＲＡＢ Ｂボックスは、可変性スペーサーセグメントによって分離され得、そして多くのＫＲＡＢタンパク質は、Ａボックスのみを含む。

このＫＲＡＢドメインは、ＤＮＡ結合ドメインによってテンプレートＤＮＡに束縛される場合、転写リプレッサーとして機能する。ＫＲＡＢ Ａサブドメインにおける４５アミノ酸の配列は、転写抑制のために必要であり、そして十分であることが示されている。Ｂボックスは、それ自体によって抑制しないが、ＫＲＡＢ Ａサブドメインによって及ぼされる抑制を可能にする。遺伝子サイレンシングは、ＫＲＡＢドメインが、ＫＡＰ−１／ＴＩＦ１−βコリプレッサーのＲＩＮＧ−Ｂボックスコイルドコイル（ＲＢＣＣ）ドメインに結合することを必要とする。ＫＡＰ−１が、ヘテロクロマチンタンパク質ＨＰ１に結合する場合、ＫＲＡＢ−ＺＦＰ結合標的遺伝子が、ヘテロクロマチンに対する補填に続いてサイレンシングされ得ることが提唱されている。

ＫＲＡＢ−ＺＦＰは、ヒトゲノム内の単一の最も大きなクラスの転写因子の１つを構築し、そして細胞分化および細胞増殖の間に重要な役割を果たすことを表す。ＫＲＡＢドメインは、一般に２つのエキソンによってコードされる、２つのエキソンによってコードされる領域は、ＫＲＡＢ−ＡおよびＫＲＡＢ−Ｂとして公知である。

（小リボヌクレオタンパク質（Ｓｍタンパク質：Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１４２３） 配列番号１４９５は、小リボヌクレオタンパク質（Ｓｍタンパク質）に類似の配列を有するポリペプチドを表す。前ｍＲＮＡスプライシングに関するＵ１、Ｕ２、Ｕ４／Ｕ６およびＵ５小核リボヌクレオタンパク質粒子（ｓｎＲＮＰ）は、共通して７つのＳｍタンパク質（Ｂ／Ｂ’、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３、Ｅ、ＦおよびＧ）を含み、これらは、４つの主要なスプライセオソームの小核ＲＮＡに存在するＳｍ部位の周りに構築する（Ｈｅｒｍａｎｎら、ＥＭＢＯ Ｊ．１４：２０７６〜２０８８（１９９５））。Ｓｍタンパク質は、前ｍＲＮＡスプライシングに必須であり、そして安定で、生化学的に活性なｓｎＲＮＰ構造体の形成に関する。

（カチオン流出ファミリー（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１５４５） 配列番号５６３、７６６および１５４５は、カチオン流出ファミリーのメンバーに類似の配列を有するポリペプチドを表す。このファミリーのメンバーは、二価の金属イオン（例えば、カドミウム、亜鉛およびコバルト）に対する耐性を増加する、内在膜タンパク質である。これらのタンパク質は、細胞からこれらのイオンを除く流出ポンプである（Ｘｉｏｎｇら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８０：４０２４〜４０２９（１９９８）；Ｋｕｎｉｔｏら、Ｂｉｏｓｃｉ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６０：６９９〜７０４（１９９６））。

（ＦＧ−ＧＡＰ繰り返し（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１８３９） 配列番号１４８６は、ＦＧ−ＧＡＰ繰り返しを有するポリペプチドを表す。このファミリーは、αインテグリン中に７つまでのコピーで見出される細胞外繰り返しを含む。この繰り返しは、βプロペラ構造に折り畳まれると予測されている（Ｓｐｒｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １９９７；９４：６５〜７２）。この繰り返しは、繰り返しにおける２つの保存モチーフの後のＦＧ−ＧＡＰ繰り返しと呼ばれる（Ｓｐｒｉｎｇ，同書）。このＦＧ−ＧＡＰ繰り返しは、リガンド結合のために重要であることが示されている領域である、インテグリンα鎖のＮ末端に見出される（Ｌｏｆｔｕｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ １９９４；２６９：２５２３５〜２５２３８）。推定のＣａ２＋結合モチーフが、いくつかの繰り返しにおいて見出される。

（希釈（ＤＩＬ）ドメイン（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０１８４３） 配列番号１５４８は、ＤＩＬドメインを有するポリペプチドを表す。希釈は、尾部、またはＩＩ型（αヘリックスコイルドコイル）およびＩ型（非コイルドコイル）ミオシン重鎖の両方の要素を有する領域であるＣ末端を有する、ミオシン重鎖の型をコードする。このＤＩＬ非αヘリックスドメインは、希釈ミオシン重鎖タンパク質および他のミオシンにおいて見出される。マウスにおいて、希釈タンパク質は、メラノサイトおよびニューロンの細胞内プロセスの同化、維持、または機能において役割を果たす（Ｍｅｒｃｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ ３４９（６３１１）：７０９〜７１３（１９９１））。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＤＩＬ含有ＭＹＯ２タンパク質は、ベクターの小胞輸送に関連し、そして事実上その全長にわたって希釈タンパク質と相同性である（Ｊｏｈｎｓｔｏｎら、Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１１３（３）：５３９〜５５１（１９９１））。

（ユビキノール−シトクロムＣレダクターゼ複合体１４ｋＤサブユニット（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０２２７７１） 配列番号４１９および１５１９は、ユビキノール−シトクロムＣレダクターゼ複合体１４ｋＤサブユニットに類似の配列を有するポリペプチドを表す。シトクロムｂｄ型末端オキシダーゼは、キノール依存性、Ｎａ＋非依存性酸素取り込みを触媒する。このファミリーのメンバーは、必須の膜タンパク質であり、そしてプロトヘム（ｐｒｏｔｏｈｅａｍｅ）ＩＸ中心Ｂ５５８を含む。シトクロムｂｄは、腸内細菌Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅにおける微好気性窒素固定において役割を果たし、ここで、これは、ジアゾ栄養性を容認にする全ての条件下で発現される。複合体の１４ｋＤ（またはＶＩ）サブユニットは、直接電子伝達に関連しないが、複合体の構築における役割を有する（Ｂｒａｕｎら、Ｐｌａｎｔ Ｐｈｙｓｉｏｌ．１０７（４）：１２１７〜１２２３（１９９５））。

（シチジルトランスフェラーゼ（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０２３４８） 配列番号１０９、３９４、５６９、１１２８および１５３５は、シチジルトランスフェラーゼファミリーのタンパク質に類似の配列を有するポリペプチドを表し、これらは、リポ多糖の生合成に関する。このファミリーは、２つの主要なシチジルトランスフェラーゼ活性体：１）反応：−ＣＴＰ＋３−デオキシ−Ｄ−マンノ−オクツロソン酸塩←→二リン酸＋ＣＭＰ−３−デオキシ−Ｄ−マンノ−オクツロソン酸塩、を触媒する３−デオキシ−マンノ−オクツロン酸シチジルトランスフェラーゼ（Ｓｔｒｏｈｍａｉｅｒら、Ｊ Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ １９９５；１７７：４４８８〜４５００）ＥＣ：２．７．７．３８；および２）反応：−ＣＴＰ＋Ｎ−アシルノイラミン酸塩←→二リン酸＋ＣＭＰ−Ｎ−アシルノイラミン酸Ｎ−アセチルノイラミン酸、を触媒するアシルノイラミン酸シチジルトランスフェラーゼ ＥＣ：２．７．７．４３（Ｍｕｎｓｔｅｒら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １９９８；９５：９１４０〜９１４５；Ｔｕｌｌｉｕｓら、Ｊ．Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ １９９６；２７１：１５３７３〜１５３８０）からなり、シチジルトランスフェラーゼ（ＥＣ ２．７．７．４３）（ＣＭＰ−ＮｅｕＡｃシンテターゼ）は、ＣＴＰおよびＮｅｕＡｃの反応を触媒してＣＭＰ−ＮｅｕＡｃを形成し、これはシアルトランスフェラーゼによって使用されるヌクレオチド糖ドナーである。いくつかの微生物の外膜リポ多糖は、Ｎ−アセチルラクトサミンに結合した末端シアル酸を含み；故に、この改変は、病原体において重要であり得る。

（ラミニンＧドメイン（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０００５４）） 配列番号１５２１は、ラミニンの長腕球状ドメインにおいて、最初に記載された相同ドメインであるラミニン−Ｇドメインを有するポリペプチドを表す（Ｖｕｏｌｔｅｅｎａｈｏら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１５６１１〜１５６１６（１９９０））。類似の配列がまた、多数の細胞外タンパク質に存在する。ラミニンは、ヘパリンに結合する（Ｙｕｒｃｈｅｎｃｏら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８（１１）：８３５６〜８３６５（１９９３）；Ｓｕｎｇら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２５０（１）：１３８〜１４３（１９９７））。ラミニン−Ｇドメインの構造は、ペントラキシンの構造に似ていると予想されている（Ｂｅｃｋｍａｎｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２７５:７２５〜７３０（１９９８））。ラミニンＧドメインを有する例示的なタンパク質としては、ラミニン、メロシン、アグリン、ニューレキシン、ビタミンＫ依存性タンパク質Ｓ、および性ステロイド結合タンパク質ＳＢＰ／ＳＨＢＧが挙げられる。

（４Ｆｅ−４Ｓ鉄硫黄クラスター結合タンパク質、ＮｉｆＨ／ｆｒｘＣファミリー（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１４２）） 配列番号１１００は、４Ｆｅ−４Ｓ鉄硫黄クラスター結合タンパク質、ＮｉｆＨ／ｆｒｘＣファミリーに類似の配列を有するポリペプチドを表す。窒素固定細菌は、２つの成分を含むニトロゲナーゼ酵素複合体（ＥＣ １．１８．６．１）を有し、これは分子窒素のアンモニアへの還元を触媒し：成分Ｉ（ニトロゲナーゼＭｏＦｅタンパク質またはジニトロゲナーゼ）は、２つそれぞれが非同一のサブユニットである２つの分子を含み；成分ＩＩ（ニトロゲナーゼＦｅタンパク質またはジニトロゲナーゼレダクターゼ）は、一量体がｎｉｆＨ遺伝子によってコードされるホモ二量体である。成分ＩＩは、１つのホモ二量体当たり、２つのＡＴＰ結合ドメインおよび１つの４Ｆｅ−４Ｓクラスターを有し：これはＡＴＰ加水分解によってエネルギーを供給し、そして分子窒素をアンモニアに還元するために、電子を、還元されたフェレドキシンまたはフラボドキシンから成分Ｉに伝達する。これらのタンパク質の配列中には、多数の保存領域があり：Ｎ末端区分中に、１つのＡＴＰ結合部位モチーフ「Ａ」（Ｐ−ループ）があり、そして中心区分中に、ｎｉｆＨにおいて４Ｆｅ−４Ｓクラスターのリガンドであると示されている、２つの保存されたシステインがある。

（サイクロフィリン型ペプチジルプロリルシス−トランスイソメラーゼ（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１６０）） 配列番号１３４、２５９、３６３、１１０１、および１２６７は、シクロフィリン型ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼタンパク質ファミリーに類似の配列を有するポリペプチドを表す。シクロフィリン（Ｓｔａｍｎｅｓら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．２：２７２〜２７６（１９９２））は、免疫抑制薬シクロスポリンＡ（ＣＳＡ）のための脊椎動物における主要な高親和性結合タンパク質であるが、他の生物においてもまた見出される。これは、ペプチジル−プロリルシス−トランスイソメラーゼ活性（ＥＣ ５．２．１．８）（ＰＰＩａｓｅまたはロタマーゼ（ｒｏｔａｍａｓｅ））を示す。ＰＰＩａｓｅは、オリゴペプチドにおけるプロリンイミドペプチド結合のシス−トランス異性化を触媒することによってタンパク質の折り畳みを加速する酵素である（Ｆｉｓｃｈｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２９：２２０５〜２２１２（１９９０））。おそらくＣＳＡは、ＰＰＩａｓｅに対する阻害作用を介していくつかのその効果を媒介する。シクロフィリンＡは、細胞質ゾルであり、そして非常に豊富なタンパク質である。このタンパク質は、アイソザイムのファミリーに属し、シクロフィリンＢおよびシクロフィリンＣ、ならびにナチュラルキラー細胞シクロフィリン関連タンパク質を含む（Ｔｒａｎｄｉｎｈら、ＦＡＳＥＢ Ｊ．６：３４１０〜３４２０（１９９２）；Ｇａｌａｔ Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２１６：６８９〜７０７（１９９３）；Ｈａｃｋｅｒら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１０：４４５〜４５６（１９９３））。主要なイソ型が、ＥＲを含む細胞を全体にわたって見出されており、そしていくつかは分泌さえされる。シクロフィリン型ＰＰＩａｓｅの異なる形態の配列が、良好に保存される。

（ユビキチン結合酵素（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００１７９）） 配列番号７は、ユビキチン結合酵素に類似の配列を有するポリペプチドを表す。ユビキチン結合酵素（ＥＣ ６．３．２．１９）（ＵＢＣまたはＥ２酵素）（Ｊｅｎｔｓｃｈら、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ １０８９：１２７〜１３９（１９９１）；Ｊｅｎｔｓｃｈら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１５：１９５〜１９８（１９９０）；Ｈｅｒｓｈｋｏら、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１６：２６５〜２６８（１９９１））は、標的タンパク質へのユビキチンの共有結合を触媒する。活性化ユビキチン部分は、ユビキチン活性化酵素（Ｅ１）からＥ２へ移され、これは後にユビキチンを、「Ｎ末端」認識タンパク質（Ｅ３）の助けを用いてまたは助けなしで基質タンパク質に直接結合する。システイン残基が、ユビキチンチオエステル形成のために必要とされる。ＵＢＣ中に単一の保存されたシステインがあり、そしてこの残基のまわりの領域が、公知のＵＢＣアイオソザイムの配列中に保存される。しかし、例外があり、乳ガン遺伝子産物ＴＳＧ１０１は、この活性部位システインを欠くいくつかのＵＢＣホモログの１つである（Ｐｏｎｔｉｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．７５：４６７〜４６９（１９９７）；Ｋｏｏｎｉｎら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．１６：３３０〜３３１（１９９７））。ほとんどの種において、多様な細胞機能に関する多くの形態のＵＢＣがある。

（ＮＡＤＨユビキノン／プラストキノンオキシドレダクターゼ鎖６（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００４９９）） 配列番号５０７および１００２は、ＮＡＤＨ−ユビキノン／プラストキノンオキシドレダクターゼ鎖６タンパク質ファミリーと配列類似性を有するポリペプチドを表す。細菌において、プロトン転移ＮＡＤＨ−キノンオキシドレダクターゼ（ＮＤＨ−１）は、１４の異なるサブユニットからなる。このファミリーに属する鎖は、複合体の膜セクターを構築するサブユニットである。これは、ＮＡＤＨを利用してユビキノンをユビキノールに還元する。植物において、葉緑体ＮＡＤＨ−プラストキノンオキシドレダクターゼは、プラストキノンをプラストキノールに還元する。種々の供給源からのミトコンドリアＮＡＤＨ−ユビキノンオキシドレダクターゼは、ユビキノンをユビキノールに還元する。

（ＡＰエンドヌクレアーゼファミリー１（Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ００８９５）） 配列番号１０および１１０７は、ＡＰエンドヌクレアーゼファミリー１のメンバーに類似の配列を有するポリペプチドを表す。ＤＮＡ損傷因子（例えば、抗腫瘍薬ブレオマイシンおよびネオカルチノスタチン、または活性酸素ラジカルを生成する因子）は、ＤＮＡにおいて種々の損傷を生成する。これらのほとんどは、塩基を損失し、アプリン／アピリミジン（ＡＰ）部位または異常な３’末端での鎖の切断を形成する。ＡＰ部位でのＤＮＡ修復は、ホスホジエステル骨格の特異的エンドヌクレアーゼ切断によって開始される。このようなエンドヌクレアーゼはまた、一般にＤＮＡ鎖切断の３’末端からブロック基を除き得る。

ＡＰエンドヌクレアーゼは、配列類似性に基づいて２つのファミリーに分類され得る。このファミリーは、ＡＰエンドヌクレアーゼファミリー１のメンバーを含む。Ｒｒｐ１およびａｒｐを除いて、これらの酵素は、約３００アミノ酸残基のタンパク質である。Ｒｒｐ１およびａｒｐの両方は、そのＮ末端部分（Ｒｒｐ１について約４００残基およびａｒｐについて約２７０残基）においてさらなる配列および関連しない配列を含む。このタンパク質はグルタミン酸塩を含み、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉにおいて酵素が二価の金属イオン（例えば、マグネシウムまたはマンガン）に結合することが示されている（Ｍｏｌら、Ｎａｔｕｒｅ ３７４：３８１〜３８６（１９９５））。

（後期発現因子２（ｌｅｆ−２；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０３０４１）） 配列番号４０５は、後期発現因子２ファミリーのポリペプチドのメンバーをコードするポリヌクレオチドを表す。バキュロウイルス由来のｌｅｆ−２遺伝子は、後期遺伝子の発現のために必要とされ、そしてｖｐ３９およびｐｏｌｈプロモーターからの発現に特に必要とされることが示されている（ＰａｓｓａｒｅｌｌｉおよびＭｉｌｌｅｒ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９３）Ａｐｒ；６７（４）：２１４９〜５８）。Ｌｅｆ−２は、Ｌｙｍａｎｔｒｉａ ｄｉｓｐａｒ多カプシド核多核体病ウイルス（ＬｄＭＮＰＶ）およびＯｒｇｙｉａ ｐｓｅｕｄｏｔｓｕｇａｔａ多カプシド多核体病ウイルス（ＯｐＭＮＰＶ）の両方において見出されている。

（パピローマウイルスＥ５（パピローマ Ｅ５；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０３０２５）） 配列番号１０５１は、パピローマウイルスＥ５ファミリーのポリペプチドのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する。パピローマウイルス由来のＥ５タンパク質は、約８０アミノ酸長であり、そして膜貫通αヘリックスであると予想されている３つの領域を含む。

（雄性不妊タンパク質（不妊；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０３０１５）） 配列番号３９１は、雄性不妊タンパク質ファミリーのメンバーをコードする。このファミリーは、多数の生物における雄性不妊タンパク質のＣ末端領域を表す。このファアミリーの１員である、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ雄性不妊２（ＭＳ２）タンパク質は、雄の生殖子発生に関連する。ＭＳ２タンパク質は、伸長／縮合複合体におけるレダクターゼ（例えば、ろう状脂肪酸を脂肪アルコールに転換するアシルＣｏＡレダクターゼであるホホバタンパク質（またこの群のメンバー））に類似の配列を示す。ＭＳ２タンパク質は、花粉壁基質の形成に関する脂肪アシルレダクターゼであり得る（Ａａｒｔｓら、Ｐｌａｎｔ．Ｊ．（１９９７）Ｓｅｐ；１２（３）：６１５〜２３）。

（チトクロムＣオキシダーゼサブユニットＩＩ、膜貫通ドメイン（ＣＯＸ２ ＴＭ；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０２７９０）） 配列番号１１８３は、チトクロムＣオキシダーゼサブユニットＩＩ膜貫通ドメイン（ＣＯＸ２＿ＴＭ）を含む遺伝子に対応する。チトクロムＣオキシダーゼは、呼吸鎖の成分であるオリゴマーの酵素複合体であり、そしてチトクロムＣから酸素への電子の伝達に関する（Ｃａｐａｌｄｉら、Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ（１９８３）７２６：１３５〜１４８；Ｇａｒｃｉａ−Ｈｏｒｓｍａｎら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９４）１７６：５５８７〜５６００）。真核生物において、この酵素複合体は、ミトコンドリアの内膜に配置され；好気性原核生物において、これは原形質膜において見出される。この酵素複合体は、３〜４のサブユニット（原核生物）から１３のポリペプチドまで（哺乳動物）からなる。

チトクロムＣオキシダーゼ（ＣＯＸ２＿ＴＭ）のサブユニット２は、電子を、チトクロムＣから触媒サブユニット１に伝達する。これは、そのＮ末端における２つの隣接する膜貫通領域を含み、そしてこのタンパク質の主要な部分が、それぞれペリプラズムまたはミトコンドリアの内膜空間に曝露される。ＣＯＸ２＿ＴＭは、基質結合部位を提供し、そしておそらくチトクロムＣオキシダーゼの主な受容体である、Ｃｕ（Ａ）と呼ばれる銅中心を含む。いくつかの細菌のＣＯＸ２＿ＴＭは、共有結合ヘムｃを含むＣ末端伸長を有する。このコンセンサスパターンは、以下である：Ｖ−ｘ−Ｈ−ｘ（３３，４０）−Ｃ−ｘ（３）−Ｃ−ｘ（３）−Ｈ−ｘ（２）−Ｍ、ここで２つのＣおよび２つのＨは、銅リガンドである。

（特徴付けされていないＡＣＲ、ＹｇｇＵファミリーＣＯＧ１８７２（ＤＵＦ１６７；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０２５９４）） 配列番号４６、８１３、９３５および１２２５は、Ｅ．ｃｏｌｉの特徴付けされていないＡＣＲ、ＹｇｇＵファミリーＣＯＧ１８７２のタンパク質のメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する。Ｅ．ｃｏｌｉにおけるこのタンパク質は、ＧＳＨＢ−ＡＮＳＢ遺伝子間領域における仮定の１０．５ｋＤａタンパク質である。

（フォスデューシン（フォスデューシン；Ｐｆａｍ 登録番号 ＰＦ０２１１４）） 配列番号２６７および７７１は、フォスデューシンモチーフをコードする配列に対応する。脊椎動物の棒状光受容体細胞の外側セグメントおよび内側セグメントはフォスデューシン、ＧＴＰ結合タンパク質のβ／γサブユニットと複合体化する可溶性ホスホタンパク質、トランスデューシンを含む（Ｌｅｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９０）２６５：１５８６７〜１５８７３）。環式ヌクレオチドレベルにおける光誘導変化は、プロテインキナーゼＡによってフォスデューシンのリン酸化を調節する（Ｌｅｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９０）２６５：１５８６７〜１５８７３）。このタンパク質は、可視の光伝達の調節または光レセプター代謝の統合に関係すると考えられる。類似のタンパク質が、松果体から単離されており（Ａｂｅら、Ｇｅｎｅ（１９９０）９１：２０９〜２１５）：この３３ｋＤａのタンパク質は、同じ配列および同じリン酸化部位を有し、タンパク質の機能的役割が、網膜および松果体の両方において同じであることを示唆する。

フォスデューシンモチーフは、フォスデューシンについての特徴を提供する８要素のフィンガープリントである。このフィンガープリントは、７つの配列の最初の整列から誘導され、ここでこのモチーフは、実質的に整列の全長を架橋する保存領域から得られる。この８つの要素の配列は以下のとおりである：

（実施例６：アレイおよび患者組織サンプルの供給源を用いる差示的発現の検出）
患者から得られたガンおよび正常な胸部、結腸、および前立腺組織サンプルから単離したｍＲＮＡを、分析してガン細胞および正常細胞において差示的に発現される遺伝子を同定した。正常組織およびガン組織を、当該分野において周知の技術である、レーザー捕獲顕微解剖（ＬＣＭ）技術を用いて患者から収集した（例えば、Ｏｈｙａｍａら、（２０００）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２９：５３０〜６；Ｃｕｒｒａｎら、（２０００）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．５３：６４〜８；Ｓｕａｒｅｚ−Ｑｕｉａｎら、（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２６：３２８〜３５；Ｓｉｍｏｎｅら（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ １４：２７２〜６；Ｃｏｎｉａら、（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｌａｂ．Ａｎａｌ．１１：２８〜３８；Ｅｍｍｅｒｔ−Ｂｕｃｋら、（１９９６）Ｓｃｉｅｎｃｅ２７４：９９８〜１００１を参照のこと）。

表１０（特許請求の範囲の前に挿入される）は、結腸組織サンプルを単離した各患者についての情報を提供し、以下を含む：患者ＩＤ（「ＰＴ ＩＤ」）および病状報告ＩＤ（「病状ＩＤ」）、これは、識別の目的のために患者および病状報告に割り当てられた番号であり；患者が割り当てられている群（「群（Ｇｒｐ）」）；腫瘍の解剖学的位置（「解剖学的位置（Ａｎａｔｏｍ Ｌｏｃ）」）；最初の腫瘍サイズ（「サイズ（Ｓｉｚｅ）」）；最初の腫瘍の分類（「分類（Ｇｒａｄｅ）」）；組織病理学的分類の識別（「組織病理学的分類（Ｈｉｓｔｏ Ｇｒａｄｅ）」）；腫瘍が浸潤した局部の記載（「局部浸潤（Ｌｏｃａｌ Ｉｎｖａｓｉｏｎ）」）；リンパ節転移の存在（リンパ節転移（Ｌｙｍｐｈ Ｍｅｔ））；リンパ節転移の発生率（試験されたリンパ節の数にわたる転移について陽性のリンパ節の数として提供される）（「リンパ節転移発生率（Ｌｙｍｐｈ Ｍｅｔ Ｉｎｃｉｄ）」）；局部のリンパ節分類（「局部のリンパ節分類（Ｒｅｇ Ｌｙｍｐｈ Ｇｒａｄｅ）」）；腫瘍およびその位置に遠い部位への転移の同定または検出（「遠隔転移および位置（Ｄｉｓｔ Ｍｅｔ ＆Ｌｏｃ）」）；遠隔転移の分類（「遠隔転移分類（Ｄｉｓｔ Ｍｅｔ Ｇｒａｄｅ）」）ならびに患者または腫瘍についての一般の所見（「所見（Ｃｏｍｍｅｎｔ）」）。腫瘍を発生した全ての最初の腫瘍の組織分類学は、患者ＩＤ番号１３０（これに対して何の情報も提供されていない）、３９２（ここで、細胞の５０％以上が粘液性癌腫）、および７８４（腺扁平上皮癌）を除いて腺癌であった。結節外延長を、３人の患者、患者ＩＤ番号７８４、７８９、および７９１に記載した。リンパ管浸潤を、患者ＩＤ番号１２８、２７８、５１７、５３４、７８４、７８６、７８９、７９１、８９０および８９２において記載した。クローン様浸潤を、７人の患者、患者ＩＤ番号５２、２６４、２６８、３９２、３９３、７８４および７９１に記載した。

表１１は、以下に前立腺組織サンプルを単離した各患者についての情報を提供し、以下を含む：１）「患者ＩＤ（Ｐａｔｉｅｎｔ ＩＤ）」、これは識別の目的のために患者に割り当てられた番号であり；２）「組織型（Ｔｉｓｓｕｅ Ｔｙｐｅ）」；および３）腫瘍の「グレーソンの分類（Ｇｌｅａｓｏｎ Ｇｒａｄｅ）」。腫瘍を示す全ての腫瘍の組織病理学は、腺癌であった。

（表１１ 前立腺患者データ）

表１２は、胸部組織サンプルを単離した各患者についての情報を提供し、以下を含む：１）「患者番号（Ｐａｔ Ｎｕｍ）」、識別の目的のために患者に割り当てられた番号；２）「組織病理学（Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ）」、これは、腫瘍が腺管内癌（ＩＤＣ）またはインサイチュでの腺管癌（ＤＣＩＳ）として特徴づけられるか否かを示し；３）患者において試験された総数からの転移に対する陽性のリンパ節の数として表される、リンパ節転移の発生率（ＬＭＦ）；４）「腫瘍サイズ（Ｔｕｍｏｒｔ Ｓｉｚｅ）」；５）「ＴＮＭ段階（ＴＮＭ Ｓｔａｇｅ）」、これは、腫瘍の分類（Ｔ＃）を提供し、ここで、数は分類を示し、そして「ｐ」は、腫瘍の分類が、病理学的分類であることを示す；局部的リンパ節転移（Ｎ＃）、ここで「０」は、リンパ節の転移が見出されなかったことを示し、「１」は、リンパ節転移が見出されたことを示し、そして「Ｘ」は、情報が有効でないことを意味し、そして；遠隔転移がないことを示す「Ｘ」を用いて、腫瘍およびその位置（Ｍ＃）に遠い部位への転移の同定または検出を報告し；そして腫瘍の段階（「段階分類（Ｓｔａｇｅ Ｇｒｏｕｐｉｎｇ）」）「ｎｒ」は、「報告がいない」ことを示す。

（表１２ 乳癌患者データ）

（差示的発現される遺伝子の同定）
ｃＤＮＡプローブを、上記の患者細胞から単離した総ＲＮＡから調製した。ＬＣＭが、実質的に相同な細胞サンプルを提供する特定の細胞型の単離を提供するため、これは同様に純粋なＲＮＡサンプルを提供する。

総ＲＮＡを、第１に、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むプライマーを用いてｃＤＮＡに逆転写し、続いて第２に鎖ＤＮＡを合成した。次いで、ｃＤＮＡを、インビトロで転写し、Ｔ７プロモーター媒介発現を用いてアンチセンスＲＮＡを生成し（例えば、Ｌｕｏら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ５：１１７〜１２２を参照のこと）、次いでアンチセンスＲＮＡをｃＤＮＡに転換した。第２セットのｃＤＮＡを、Ｔ７プロモーターを用いて再度インビトロで転写し、アンチセンスＲＮＡを提供した。必要に応じて、ＲＮＡを再度ｃＤＮＡに転換し、３回までＴ７媒介増幅を許容してより多くのアンチセンスＲＮＡを生成した。従って、２回または３回のインビトロでの転写を提供して蛍光標識のために使用される最終ＲＮＡを生成した。

蛍光プローブを、第１にアンチセンスＲＮＡ混合物にコントロールＲＮＡを添加することによって生成し、そしてＲＮＡ開始材料から蛍光標識ｃＤＮＡを作製した。腫瘍ＲＮＡサンプルから調製した蛍光標識ｃＤＮＡを、正常細胞ＲＮＡサンプルから調整した蛍光標識ｃＤＮＡと比較した。例えば、正常細胞由来のｃＤＮＡプローブを、Ｃｙ３蛍光色素（緑）を用いて標識し、そして腫瘍細胞から調製したｃＤＮＡプローブを、Ｃｙ５蛍光色素（赤）を用いて標識し、そしてその逆でも標識した。

使用された各アレイは、同一の空間配置およびコントロールスポットセットを有していた。各マイクロアレイを２つの領域に分け、各領域の各半分に、各アレイ上の総数約９，２１６スポットについて、１２の分類の３２×１２スポットを有していた。この２つの領域を、アレイ当たり少なくとも２つの各クローンの複写を提供するように同一にスポットする。

アレイにおける使用のためのポリヌクレオチドを、公的に使用可能な供給源ならびに選択された細胞株および患者組織から作製されたｃＤＮＡライブラリーの両方から得た。これらの供給源から増幅された約０．５ｋｂ〜２．０ｋｂのＰＣＲ産物を、製造者の推薦に従ってＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ ＧｅｎＩＩＩ ｓｐｏｔｔｅｒを用いてアレイ上にスポットした。アレイ上の２４の領域のそれぞれの第１列は、約３２のコントロールスポットを有し、４つの陰性コントロールスポットおよび８つの試験ヌクレオチドを含んでいた。この試験ポリヌクレオチドを、２〜６００ｐｇ／スライドおよび１：１の比の濃度範囲で標識反応する前に、各サンプル中に入れた。各アレイ設計について、２つのスライドを、標識反応において逆標識されるサンプルとハイブリダイズした。これは、各クローンについて約４つの複製測定値、各サンプルについて２つのうち１つは色でそして２つはその他であるものを提供した。

差示発現アッセイを、同じ患者の腫瘍細胞および正常細胞由来の等量のプローブを混合することによって、実行した。アレイを、５×ＳＳＣ／０．２％ＳＤＳ／１ｍＭ ＥＤＴＡ中で６０℃で約２時間プレハイブリダイズし、次いで水中で３回およびイソプロパノール中で２回洗浄した。アレイのプレハイブリダイゼーションに続いて、次いでプローブ混合物を、高いストリンジェンシー（５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、および０．２％ＳＤＳ中で４２℃で一晩）の条件下でハイブリダイズした。ハイブリダイゼーション後、アレイを以下のように５５℃で３回洗浄した：１）第１に１×ＳＳＣ／０．２％ＳＤＳ中で洗浄し；２）第２に０．１×ＳＳＣ／０．２％ＳＤＳ中で洗浄し；そして３）第３に０．１×ＳＳＣ中で洗浄した。

次いで、このアレイを、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ＩＩＩ 二重色レーザー走査器／検出器を用いて緑および赤の蛍光について走査した。この画像を、ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ Ａｕｔｏｇｅｎｅソフトウェアを用いて処理し、そして各走査セットからのデータを、標準化して正常なものと比較した発現の比を提供した。マイクロアレイ実験からのデータを、Ｅ．Ｊ．Ｍｏｌｅｒ，Ｍ．Ａ．ＢｏｙｌｅおよびＦ．Ｍ．Ｒａｎｄａｚｚｏによって２０００年１１月２０日に提出し、そして「Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ａｎｄ ａｃｃｕｒａｃｙ ｉｎ ｃＤＮＡ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ｄａｔａ」と題された、米国特許出願番号６０／２５２，３５８に記載されたアルゴリズムに従って分析した。この出願は、特に本明細書中で参考として援用される。

実験を繰り返した（このとき、両方の「色方向」でアッセイを実行するために、２つのプローブを反対の色で標識した）。各実験を、ときどき、さらに２つのスライド（各色方向のスライド）で繰り返した。アレイ上の各配列についての蛍光レベルを、８複製スポット／４つのアレイからの遺伝子、または４複製スポット／２つのアレイからの遺伝子、またはいくつかの他の組み合わせの幾何平均の比として表した。データは、各２連の領域に存在するスパイクした（ｓｐｉｋｅｄ）ポジティブコントロールを用いて正規化し、そしてこの正規化の精度を各差異の有意さの最終的な決定に含めた。各スポットの蛍光強度もまた、各２連の領域においてネガティブコントロールに対して比較し、どのスポットが各サンプルにおいて有意な発現レベルを検出したかを決定した。

蛍光強度の統計学的な分析を２連スポットの各セットに適用し、各異なる測定の正確さおよび有意さを評価し、各患者の腫瘍サンプルと正常サンプルとの間の発現レベルに差異が存在しないという拘束力のない仮説を試験するｐ値を得る。マイクロアレイの最初の分析の間に、ｐ＞１０^−３という仮説を受け入れ、そして差異の比は、これらのスポットに対して１，０００に設定した。全ての他のスポットが、腫瘍サンプルと正常サンプルとの間で発現に有意な差異を有する。腫瘍サンプルが検出可能な発現を有し、そして正常サンプルがそうでない場合、この比は、１０００で切り捨てられる。なぜなら、正常サンプルにおける発現についての値が０であり、そしてこの比は数理的に有用な値ではないからである（例えば、無限大）。正常サンプルが検出可能な発現を有し、そして腫瘍サンプルがそうでない場合、この比は、０．００１まで切り捨てられる。なぜなら、腫瘍サンプルにおける発現についての値が０であり、そしてこの比は数理的に有用な値ではないからである。これらの後者の２つの状況を、本明細書中において「オン／オフ（ｏｎ／ｏｆｆ）」と称する。データベースの表は、９５％の信頼水準を使用して構成させた（ｐ＞０．０５）。

表１３（以下に挿入する）は、試験される患者の少なくとも２０％において、正常な組織サンプルと比較して、癌性前立腺組織サンプル、癌性結腸組織サンプル、または癌性胸部組織サンプル中で少なくとも２倍以上遺伝子産物が発現されるという結果を提供する。表１２は、１）本明細書における使用のための各配列に割当てられた配列番号（「配列ＩＤ」）；２）クラスター同定番号（「ＣＬＵＳＴＥＲ」）；３）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常組織と比較して癌性乳房組織において少なくとも２倍大きかった試験患者のパーセンテージ（「ＢＲＥＡＳＴ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＞＝２ｘ」）；４）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常乳房細胞における発現レベルの１／２以下であった試験患者のパーセンテージ（「ＢＲＥＡＳＴ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＜＝ｈａｌｆｘ」）；５）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常組織と比較して癌性結腸組織において少なくとも２倍大きかった試験患者のパーセンテージ（「ＣＯＬＯＮ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＞＝２ｘ」）；６）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常結腸細胞における発現レベルの１／２以下であった試験患者のパーセンテージ（「ＣＯＬＯＮ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＜＝ｈａｌｆｘ」）；７）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常組織と比較して癌性前立腺組織において少なくとも２倍大きかった試験患者のパーセンテージ（「ＰＲＯＳＴＡＴＥ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＞＝２ｘ」）および；８）遺伝子の発現レベル（例えば、メッセージレベルとして）が適合する正常前立腺細胞における発現レベルの１／２以下であった試験患者のパーセンテージ（「ＰＲＯＳＴＡＴＥ ＰＡＴＩＥＮＴＳ＜＝ｈａｌｆｘ」）を含む。

これらのデータは、示された配列を有するポリヌクレオチドによって表される遺伝子が、正常な非癌性胸部組織と比較して乳癌において差示的に発現されること、正常な非癌性結腸組織と比較して結腸癌において差示的に発現されること、正常な非癌性前立腺組織と比較して前立腺癌において差示的に発現されることの証拠を提供する。

（実施例７：遺伝子発現のアンチセンス調節）
癌性細胞においてこれらのポリヌクレオチドによって表される差示的に発現される遺伝子の発現を、アンチセンスノックアウト技術を用いてさらに分析し、腫瘍形成（例えば、転移表現型の促進）における遺伝子産物の役割および機能を確認し得る。

アンチセンス技術を用いる分析のための方法は、当該分野で周知である。例えば、本明細書中で同定された差示的に発現される遺伝子によって生成されるｍＲＮＡに相補的な多数の異なるオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチドとして設計され得、そしてそれらの遺伝子の発現を抑制するそれらの能力について試験され得る。各候補標的に特異的なアンチセンスオリゴマーのセットを、差示的に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの配列およびソフトウェアプログラムＨＹＢｓｉｍｕｌａｔｏｒ Ｖｅｒｓｉｏｎ ４（Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標） ９５／Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標） ＮＴに対して利用可能であるか、またはＰｏｗｅｒ Ｍａｃｉｎｔｏｓｈに対して利用可能である、ＲＮＡｔｕｒｅ，Ｉｎｃ．１００３ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｒｏａｄ．Ｗｅｓｔ，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ ９２６１２ ＵＳＡ）を用いて設計する。アンチセンスオリゴヌクレオチドを設計する場合に考慮する因子としては、以下が挙げられる：１）癌性細胞においてこれらのポリヌクレオチドによって表される差示的に発現される遺伝子の発現が、アンチセンスノックアウト技術を用いてさらに分析され、腫瘍形成（例えば、転移表現型の促進）における遺伝子産物の役割および機能を確認し得る。

本明細書中で同定された差示的に発現される遺伝子によって生成されるｍＲＮＡに相補的な多数の異なるオリゴヌクレオチドが、可能性のあるアンチセンスオリゴヌクレオチドとして設計され得、そしてそれらの遺伝子の発現を抑制するそれらの能力について試験され得る。各候補標的に特異的なアンチセンスオリゴマーのセットを、差示的に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの配列およびソフトウェアプログラムＨＹＢｓｉｍｕｌａｔｏｒ Ｖｅｒｓｉｏｎ ４（Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標） ９５／Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標） ＮＴに対して利用可能であるか、またはＰｏｗｅｒ Ｍａｃｉｎｔｏｓｈに対して利用可能である、ＲＮＡｔｕｒｅ，Ｉｎｃ．１００３ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｒｏａｄ．Ｗｅｓｔ，Ｉｒｖｉｎｅ，ＣＡ ９２６１２ ＵＳＡ）を用いて設計する。アンチセンスオリゴヌクレオチドを設計する場合に考慮する因子としては、以下が挙げられる：１）オリゴヌクレオチドの二次構造；２）標的遺伝子の二次構造；３）他の発現される遺伝子に対して皆無または最小の交差ハイブリダイゼーションを伴なう、特異性；４）安定性；５）長さ、および６）末端ＧＣ含量。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、高いストリンジェンシーの条件下で生理学的温度（例えば、細胞におけるハイブリダイゼーションを提供するための培養物中での細胞に対して最適な温度（例えば、約３７℃））においてその標的配列にハイブリダイズするが、ホモダイマーは最小限に形成するように、設計される。

これらのオリゴマーセットおよびＨＹＢｓｉｍｕｌａｔｏｒプログラムを用いて、３〜１０個のアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびこれらの逆コントロールを、各候補ｍＲＮＡ転写物について設計し、そして合成した（この転写物は、目的の標的ポリヌクレオチド配列に対応する遺伝子から得られる）。一旦合成し、そして定量すれば、これらのオリゴマーを、癌細胞株のパネルにおいて転写物ノックアウトの効率についてスクリーニングする。ノックアウトの効率は、光サイクラー（ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ）定量を用いてｍＲＮＡレベルを分析することによって決定する。最も高いレベルの転写ノックアウトを生じるオリゴマー（ここで、このレベルは、少なくとも約５０％、好ましくは約８０〜９０％、９５％まで、またはさらに検出不可能なメッセージまで）を、細胞に基づく増殖アッセイ、足場非依存性増殖アッセイ、およびアポトーシスアッセイにおいて使用するために選択する。

遺伝子発現を阻害するように各々設計されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの能力を、ＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５前立腺癌腫細胞へのトランスフェクションを介して試験する。各トランスフェクション混合物において、キャリア分子（例えば、脂質、脂質誘導体、脂質様分子、コレステロール、コレステロール誘導体、またはコレステロール様分子）を、水中で０．５ｍＭの作動濃度に調製し、均一な溶液を得るために超音波処理し、そして０．４５μｍ ＰＶＤＦ膜を通して濾過する。次いで、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはコントロールオリゴヌクレオチドを、滅菌Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ水中で１００μＭの作動濃度に調整する。このオリゴヌクレオチドをさらに、微量遠心管においてＯｐｔｉＭＥＭ^ＴＭ（Ｇｉｂｃｏ／ＢＲＬ）中に２μＭまで希釈するか、または約２０μｇ オリゴ／ＯｐｔｉＭＥＭ^ＴＭ ｍｌに希釈する。別の微量遠心管において、キャリア分子（代表的に、１．５〜２ｎｍｏｌキャリア／μｇ アンチセンスオリゴヌクレオチドの量である）を、オリゴヌクレオチドを希釈するために使用するＯｐｔｉＭＥＭ^ＴＭの同じ容量に希釈する。この希釈したアンチセンスオリゴヌクレオチドを、希釈キャリアにすぐに添加し、そして上下にピペッティングすることによって混合する。オリゴヌクレオチドを、３０ｎＭの最終濃度まで細胞に添加する。

トランスフェクトされた細胞における目的の標的遺伝子に対応する標的ｍＲＮＡのレベルを、Ｒｏｃｈｅ ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ^ＴＭリアルタイムＰＣＲ機器を用いて癌細胞株中で定量する。標的ｍＲＮＡについての値を、内部コントロール（例えば、β−アクチン）に対して正規化する。各２０μｌの反応について、抽出したＲＮＡ（一般的に、総量０．２〜１μｇ）を、０．５ｍｌまたは１．５ｍｌの滅菌微量遠心チューブに配置し、そして水を総量１２．５μｌまで添加する。各チューブに対し、７．５μｌの緩衝液／酵素混合液を添加し、この緩衝液／酵素混合液は、（列挙される順に）２．５μｌ Ｈ_２Ｏ、２．０μｌ １０×反応緩衝液、１０μｌ オリゴｄＴ（２０ｐｍｏｌ）、１．０μｌ ｄＮＴＰｍｉｘ（各１０ｍＭ）、０．５μｌ ＲＮＡｓｉｎ（登録商標）（２０ｕ）（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．，Ｈｉａｌｅａｈ，ＦＬ）、および０．５μｌ ＭＭＬＶ逆転写酵素（５０ｕ）（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．）を混合することによって調製する。内容物を上下にピペッティングすることによって混合し、そしてこの反応混合物を、４２℃で１時間インキュベートする。各チューブの内容物を、増幅する前に遠心分離する。

増幅混合物を、以下の順序で混合することによって調製する：１×ＰＣＲ緩衝液ＩＩ、３ｍＭ ＭｇＣｌ_２、１４０μＭ 各ｄＮＴＰ、０．１７５ｐｍｏｌ 各オリゴ、１：５０，０００ｄｉｌのＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ、０．２５ｍｇ／ｍｌ ＢＳＡ、１単位のＴａｑポリメラーゼ、および２０μｌまでのＨ_２Ｏ。（ＰＣＲ緩衝液ＩＩは、１０×濃縮物でＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴから入手可能である）。１×濃縮物において、これは、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．３）および５０ｍＭ ＫＣｌを含む。ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）は、二本鎖ＤＮＡに結合した場合に蛍光を発する色素である。二本鎖ＰＣＲ産物が増幅の間に生成されるので、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎからの蛍光は増大する。増幅混合物の各２０μｌアリコートに対して、２μｌのテンプレートＲＴを添加し、そして増幅を、標準的なプロトコルに従って実行する。この結果は、トランスフェクトされていない細胞、ビヒクルのみがトランスフェクトされた（ｍｏｃｋトランスフェクトされた）細胞、または逆コントロールオリゴヌクレオチドがトランスフェクトされた細胞に関する、対応する遺伝子産物の発現における低下のパーセントとして表す。

（実施例８：増幅に対する発現の効果）
細胞増殖の阻害に対する遺伝子発現の効果を、転移乳癌細胞株（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（「２３１」））；ＳＷ６２０結腸直腸癌種細胞；ＳＫＯＶ３細胞（ヒト卵巣癌腫細胞株）；またはＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、もしくはＤＵ１４５前立腺癌腫細胞において評価し得る。

細胞を、９６ウェルプレートにおいて約６０〜８０％のコンフルエンスに播く。アンチセンスまたは逆コントロールオリゴヌクレオチドを、ＯｐｔｉＭＥＭ^ＴＭ中で２μＭに希釈する。次いで、このオリゴヌクレオチド−ＯｐｔｉＭＥＭ^ＴＭを、送達ビヒクルに添加し、この送達ビヒクルは、そのアッセイに使用される特定の細胞型に対して最適化されるように選択され得る。次いで、このオリゴ／送達ビヒクル混合物は、それらの細胞に対する血清を含む培地中にさらに希釈される。全ての実験に対してオリゴヌクレオチドの最終濃度は、約３００ｎＭであり得る。

アンチセンスオリゴヌクレオチドを、上記（実施例３を参照のこと）のように調製する。細胞を一晩３７℃にてトランスフェクトし、そしてこのトランスフェクション混合物を翌朝に新しい培地で置換する。トランスフェクションを実施例８において、上記のように実行する。

ＳＷ６２０細胞の増殖阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、対応する遺伝子が癌性結腸細胞において癌性の表現性の生成または維持において機能することを示す。ＳＫＯＶ３において増殖を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性乳癌細胞において癌性の表現型の生成または維持において機能する遺伝子を示す。ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞の増殖の阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、対応する遺伝子が、癌性卵巣細胞において癌性の表現型の生成または維持において機能することを示す。ＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５細胞において増殖を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性前立腺細胞における癌性の表現性の生成または維持において機能する遺伝子を表す。

（実施例９：細胞移動に対する遺伝子発現の効果）
細胞移動の阻害における遺伝子発現の効果を、静的（ｓｔａｔｉｃ）内皮細胞結合アッセイ、非静的（ｎｏｎ−ｓｔａｔｉｃ）内皮細胞結合アッセイ、および移行アッセイを用いて、ＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５前立腺癌細胞において評価し得る。

静的内皮細胞結合アッセイについて、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、上記のように調製する（実施例８を参照のこと）。使用の２日前、前立腺癌細胞（ＣａＰ）を、プレートに播き、そして上記のようにアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてトランスフェクションする（実施例３および４を参照のこと）。使用する前の日に、培地を新しい培地と置換し、使用する日に、その培地を２μＭ ＣａｌｌＴｒａｃｋｅｒ ｇｒｅｅｎ ＣＭＦＤＡ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．）を含む新しい培地と置換し、そして細胞を３０分間インキュベートする。インキュベーション後、ＣａＰ培地を新しい培地（ＣＭＦＤＡを含まない）で置換し、そして細胞をさらに３０〜６０分間インキュベートする。ＣａＰ細胞をＣＭＦ ＰＢＳ／２．５ｍＭ ＥＤＴＡまたはトリプシンを用いて剥がし、スピンし、そしてＤＭＥＭ／１％ ＢＳＡ／１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．０）中に再懸濁する。最後に、ＣａＰ細胞を計数し、そして１×１０^６細胞／ｍｌの濃度で再懸濁する。

内皮細胞（ＥＣ）を、使用する３日前に、４０〜５０％のコンフルエンスで９６ウェルプレートに播く。使用する日に、ＥＣをＰＢＳを用いて１回洗浄し、そして５０λ ＤＭＤＭ／１％ＢＳＡ／１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７）を各ウェルに添加する。次いで、各ウェルに、ＤＭＥＭ／１％ ＢＳＡ／１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７）中の５０Ｋ（５０λ）ＣａＰ細胞を添加する。このプレートをさらに３０分間インキュベートし、そしてＣａ^＋＋およびＭｇ^＋＋を含むＰＢＳを用いて５回洗浄する。最後の洗浄後、１００μＬのＰＢＳを各ウェルに添加し、そして蛍光プレートリーダー（Ａｂ４９２／Ｅｍ ５１６ｎｍ）にて蛍光を読み取る。

非静的内皮細胞結合アッセイについて、ＣａＰを上記のように調製する。ＥＣを使用する３日前に３０〜４０％のコンフルエンスで２４ウェルプレートに播く。使用する日に、ＥＣのサブセットをサイトカインで６時間処理し、次いで、ＰＢＳを用いて２回洗浄する。次いで、各ウェルに対して、ＤＭＥＭ／１％ ＢＳＡ／１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７）中の１５０−２００Ｋ ＣａＰ細胞を添加する。プレートを回転シェーカー（７０ＲＰＭ）上に３０分間置き、次いで、Ｃａ^＋＋およびＭｇ^＋＋を含むＰＢＳを用いて３回洗浄する。最後の洗浄後、５００μＬのＰＢＳを各ウェルに添加し、そして蛍光プレートリーダー（Ａｂ４９２／Ｅｍ ５１６ｎｍ）にて蛍光を読み取る。

移動アッセイについて、ＣａＰを、以下のように変更させながら上記のように調製する。使用する日に、ＣａＰ培地を５μＭ ＣｅｌｌＴｒａｃｋｅｒ ｇｒｅｅｎ ＣＭＦＤＡ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．）を含む新しい培地で置換し、そして細胞を３０分間インキュベートする。インキュベーション後、ＣａＰ培地を、新しい培地（ＣＭＦＤＡを含まない）で置換し、そして細胞をさらに３０〜６０分間インキュベートする。ＣａＰ細胞をＣＭＦ ＰＢＳ／２．５ｍＭ ＥＤＴＡまたはトリプシンを用いて剥がし、スピンし、そしてＥＧＭ−２−ＭＶ培地中に再懸濁する。最後に、ＣａＰ細胞を計数し、そして１×１０^６細胞／ｍｌの濃度に再懸濁する。

ＥＣを、使用する５〜７日前に３０〜４０％のコンフルエンスでＦｌｕｏｒＢｌｏｋトランスウェル（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）上に播く。培地を使用する３日前および使用する日に新しい培地で置換する。次いで、各トランスウェルに対して、５０Ｋ標識ＣａＰを添加する。最初の蛍光読み取りの３０分前に、１０μｇのＦＩＴＣ−デキストラン（１０Ｋ ＭＷ）をＥＣプレートフィルターに添加する。次いで、蛍光プレートリーダー（Ａｂ４９２／Ｅｍ ５１６ｎｍ）にて複数の時点で蛍光を読み取る。

内皮細胞に対するＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５前立腺癌細胞の結合の阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、その対応する遺伝子が、癌性前立腺細胞において癌性の表現型の生成または維持において機能することを示す。ＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５前立腺癌細胞による内皮細胞移動の阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、対応する遺伝子が癌性前立腺細胞において癌性の表現型の生成または維持において機能することを示す。

（実施例１０：コロニー形成に対する遺伝子発現の効果）
ＳＷ６２０細胞、ＳＫＯＶ３細胞、ＭＤ−ＭＢＡ−２３１細胞、ＬＮＣａＰ細胞、ＰＣ３細胞、２２Ｒｖ１細胞、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ細胞、およびＤＵ１４５細胞のコロニー形成に対する遺伝子発現の効果を、軟寒天アッセイにおいて試験し得る。軟寒天アッセイは、０．６％寒天を含む培地２ｍｌの底部層を最初に確立し、細胞に対する層の形成は数時間以内にすぐにプレート（ｐｌａｔｅｄ ｆｒｅｓｈ）する。細胞層は、トランスフェクトした細胞を上記のように０．０５％ トリプシンを用いてプレートから除去し、そして培地中で２回洗浄することによって、下の層の上に形成する。細胞をＣｏｕｌｔｅｒカウンターにおいて計数し、そして培地中１０^６／ｍｌに再懸濁する。１０μｌのアリコートを、９６ウェルプレートにおいて培地を用いて配置し（ＷＳＴ１での計数をチェックするために）、または軟寒天アッセイのためにさらに希釈する。８００μｌの０．４％寒天中の２０００個の細胞を、上記の０．６％寒天底部層の上に２連のウェルで配置する。細胞層の寒天を固形化した後、２ｍｌの培地を上に滴らせ、そしてアンチセンスまたは逆コントロールオリゴ（実施例８において上記のように生成する）を送達ビヒクル無しで添加する。新しい培地およびオリゴを３〜４日毎に添加する。コロニーが１０日〜３週間で形成される。コロニーの広がりを目でカウントする。Ｗｓｔ−１代謝値を使用して、開始細胞数における小さな差異について補正し得る。大きい広がりを、差異の視覚的な記録についてスキャンし得る。

ＳＷ６２０細胞のコロニー形成の阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、その対応する遺伝子が癌性結腸細胞における癌性の表現型の生成または維持において機能することを示す。ＳＫＯＶ３細胞においてコロニー形成を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性乳房細胞における癌性表現性の生成または維持において機能する遺伝子を示す。ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞のコロニー形成の阻害を生じるこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、対応する遺伝子が癌性卵巣細胞における癌性表現型の生成または維持に機能することことを示す。ＬＮＣａＰ、ＰＣ３、２２Ｒｖ１、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ、またはＤＵ１４５細胞におけるコロニー形成を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性前立腺細胞における癌性表現型の生成または維持において機能する遺伝子を表す。

（実施例１１：ｍＲＮＡの涸渇によるポリペプチドの涸渇に対する細胞死の誘導（アンチセンスノックアウト））
細胞死に対する標的メッセージの涸渇の効果を評価するために、ＬＮＣａＰ細胞、ＰＣ３細胞、２２Ｒｖ１細胞、ＭＤＡ−ＰＣＡ−２ｂ細胞、もしくはＤＵ１４５細胞、または目的の癌由来の他の細胞を、増殖アッセイのためにトランスフェクトし得る。シスプラチン（ｃｉｓ）の存在下での細胞傷害性効果について、細胞を２μＭの薬物の存在下に置いておく以外は、同じプロトコルに従う。各日に、膜損傷に起因して培地中に放出されるＬＤＨ酵素の量を測定することによって、細胞傷害性をモニターする。ＬＤＨの活性を、Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ製のＣｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔを用いて測定する。データを、培地中に放出されたＬＤＨ 対 同じ時点および処置におけるそのウェル中に存在する総ＬＤＨの比（ｒＬＤＨ／ｔＬＤＨ）として提供する。ＢＣＬ２（既知の抗アポトーシス遺伝子）に対するアンチセンスおよび逆コントロールオリゴヌクレオチドを用いたポジティブコントロールを含ませ；ＢＣＬ２に対するメッセージの損失は、コントロールオリゴヌクレオチドを用いた処理と比較した、細胞死の増加を導く（トランスフェクションに起因するバックグラウンドの細胞傷害性）。

（実施例１２：癌において差示的に発現される遺伝子産物の機能分析）
癌性細胞において差示的に発現される遺伝子配列の遺伝子産物をさらに、腫瘍形成（例えば、転移表現型の発達の促進または阻害）におけるその遺伝子産物の役割および機能を確認するために分析し得る。例えば、本明細書中に同定される遺伝子に対応する遺伝子産物の機能は、細胞中の遺伝子産物の機能をブロックすることによって評価され得る。例えば、遺伝子産物が分泌されるかまたは細胞表面膜と会合する場合、ブロッキング抗体を作製し、そしてこれを細胞に添加して、例えば、細胞の癌性（特に転移性）表現型へのトランスフォーメーションに関する細胞表現性に対する効果を調べ得る。抗体を作製するために、選択された遺伝子産物に対応するクローンを選択し、そして部分コード配列もしくは完全なコード配列を表す配列を得る。得られるクローンを発現させ、産生されるポリペプチドを単離し、そして抗体を作製する。次いでこの抗体を、細胞をあわせ、腫瘍形成に対するその効果を評価する。

本明細書中で同定された差示的に発現される遺伝子の遺伝子産物が既知の機能のタンパク質（例えば、特定のキナーゼまたはプロテアーゼ）および／または既知の機能のタンパク質ファミリーに対する配列相同性を示す場合（例えば、プロテアーゼファミリーまたはキナーゼファミリー中に存在するドメインまたは他のコンセンサス配列を含む場合）、腫瘍形成における遺伝子産物の役割および遺伝子産物の活性を、その対応するタンパク質またはタンパク質ファミリーの機能を阻害または増強する低分子を用いて調べ得る。

さらなる機能アッセイとしては、細胞周期および細胞移動に対する対応する遺伝子の発現の効果を分析するアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。このようなアッセイを実行するための方法は、当該分野で周知である。

（実施例１３：寄託情報）
以下に参照する表中の生物学的材料の寄託は、本出願の出願日または本出願の出願日前に、ブダペスト条約の規定の下、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｒｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｌｖｄ．，Ｍａｎａｓａｓ，ＶＡ ２０１１０−２２０９に行った。表示する登録番号は、好首尾な生存性試験の後に割当てられ、必要な費用は支払っている。これらの培養物に対するアクセスは、３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．の第１．１４節および３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．の第１２２節などの下で与えられる委員会によって決定されるものに対して、本出願の係属中に入手可能である。公に対するこの培養物の入手可能性に対する全ての制限は、本出願に基づく特許の許可の際に取り消し不可能に取り外される。さらに、示された寄託は、寄託日から３０年の期間にわたってか、または寄託についての最後の要求から５年間か；または米国特許の施行期間にわたってかの、いずれかより長い期間に維持される。培養物が生存不能になるかもしくは偶然に破壊された場合か、またはプラスミド含有株の場合にその株がプラスミドを失った、これは、同じ分類種の生存培養物で置換されなければならない。

これらの寄託物は単に、当業者に対する便益として提供され、寄託が必要とされることを承認するわけではない。寄託された材料を作製、使用、または販売するためにはライセンスが必要であり得、そしてこのようなライセンスは、ここでは認められていない。以下の寄託は、本出願の出願日または本出願の出願日前にＡＴＣＣによって受領された。

（表１４Ａ．ＡＴＣＣに寄託された細胞株）

さらに、選択されたクローンのプール、および特定のクローンを含むライブラリーを、「ＥＳ」番号（内部の参照番号）を割り当て、そしてＡＴＣＣに寄託した。以下の表１４は、ライブラリー名ＥＳ２１７として寄託されたクローンのＡＴＣＣ登録番号を提供する。この寄託は、２００１年１月１８日に行った。表１５（以下に挿入する）は、ライブラリー名ＥＳ２１０−ＥＳ２１６として２０００年７月２５日に寄託されたクローンのＡＴＣＣ登録番号を提供する。

（表１４Ｂ．２００１年１月１８日以前にＡＴＣＣにライブラリー番号ＥＳ２１７として寄託されたクローン）

（プールされたクローンの寄託物からの個々のクローンの回復）
ＡＴＣＣ寄託物がｃＤＮＡクローンのプールまたはｃＤＮＡクローンのライブラリーを含む場合、この寄託物を、各クローンをまず別々の細菌細胞にトランスフェクトすることによって調製した。次いで、プールまたはライブラリー中のクローンを、混成寄託物中の均等な混合物のプールとして配置した。特定のクローンを当該分野で周知の方法を用いて混成寄託物から獲得し得る。例えば、単一コロニーを単離し、そして標準的なコロニーハイブリダイゼーション技術を介してコロニー挿入物の配列に特異的にハイブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドプローブを用いて（例えば、示される配列番号を有するコードされるポリヌクレオチドのマスクされていない配列に基づく、プローブ）特定のクローンを含むコロニーを同定することによって、特定のクローンを含む細菌細胞を同定し得る。プローブは、約８０℃のＴ_ｍを有するように設計されなければならない（各ＡまたはＴについて２℃、そして各ＧまたはＣに対して４℃と想定する）。次いで、ポジティブコロニーをピックアップし、培養物中で増殖させ得、そして組換えクローンを単離する。あるいは、この様式で設計されたプローブをＰＣＲに使用して、当該分野で周知の方法に従って、例えば、寄託された培養プールからｃＤＮＡを精製し、そしてＰＣＲ反応においてプローブして使用して、対応する所望のポリヌクレオチド配列を有する増幅産物を生成することによって、プールされたクローンから核酸分子を単離し得る。

本発明は理解の明確化のために例示および実施例によっていくらか詳細に記載されているが、本発明の教示を鑑みれば、添付の特許請求の範囲の精神または範囲から逸脱することなく本発明に対して特定の変更および改変がなされ得ることが、当業者に容易に明らかである。当業者は、せいぜい慣用的な実験を用いて、本明細書中に記載される本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するか、または確認し得る。このような特定の実施形態および等価物は、上記の特許請求の範囲によって含まれるべきであることが意図される。

Claims (26)

1. 配列番号１〜１４７７からなる群から選択される配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、単離したポリヌクレオチド。
2. 配列番号１〜１４７７、配列番号１〜１４７７の縮重改変体、配列番号１〜１４７７のアンチセンスおよび配列番号１〜１４７７の相補体からなる群より選択される配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列の、少なくとも１５連続したヌクレオチドを含む、単離したポリヌクレオチド。
3. 配列番号１〜１４７７、配列番号１〜１４７７の縮重改変体、配列番号１〜１４７７のアンチセンスおよび配列番号１〜１４７７の相補体からなる群より選択されるヌクレオチド配列の、少なくとも１５連続したヌクレオチドを含む、単離したポリヌクレオチド。
4. 前記ポリヌクレオチドが、前記ヌクレオチド配列の少なくとも１００連続したヌクレオチドを含む、請求項３に記載の単離したポリヌクレオチド。
5. 前記ポリヌクレオチドが、前記選択されるヌクレオチド配列の少なくとも２００連続したヌクレオチドを含む、請求項３に記載の単離したポリヌクレオチド。
6. 配列番号１〜１４７７、配列番号１〜１４７７の縮重改変体、配列番号１〜１４７７のアンチセンスおよび配列番号１〜１４７７の相補体からなる群より選択される配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性のヌクレオチド配列を含む、単離したポリヌクレオチド。
7. 前記ポリヌクレオチドが、前記選択されるヌクレオチド配列に対して、少なくとも９５％配列同一性のヌクレオチド配列を含む、請求項６に記載の単離したポリヌクレオチド。
8. 前記ポリヌクレオチドが、前記選択されるヌクレオチド配列に対して同一なヌクレオチド配列を含む、請求項６に記載の単離したポリヌクレオチド。
9. ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−２９１８として寄託されたクローンに含まれる挿入物のヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
10. 配列番号１〜１４７７からなる群より選択される配列の、少なくとも１５連続したヌクレオチドのヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを使用して、増幅プロセスによって獲得される、単離したｃＤＮＡ。
11. 前記ポリヌクレオチドが、選択されるヌクレオチド配列の少なくとも２５連続したヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の単離したｃＤＮＡ。
12. 前記ポリヌクレオチドが、選択されるヌクレオチド配列の少なくとも１００連続したヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の単離したｃＤＮＡ。
13. 増幅がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅である、請求項１０、１１または１２に記載の単離したｃＤＮＡ。
14. 請求項１、２、３、６、９または１０に記載のポリヌクレオチドを含む、単離した組換え宿主細胞。
15. 請求項１、２、３、６、９または１０に記載のポリヌクレオチドを含む、単離したベクター。
16. ポリペプチドを生成する方法であって、該方法は以下の工程：
    請求項１、２、３、６、９または１０に記載のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞を培養する工程であって、該培養する工程が、コードされたポリペプチドの発現にとって適切な条件下にある、工程；および
    該宿主細胞培養物から該ポリペプチドを回収する工程、
    を包含する、方法。
17. 請求項１、２、３、６、９または１０に記載のポリヌクレオチドによってコードされる、単離したポリペプチド。
18. 配列番号１４７８〜１５６８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離したポリペプチド。
19. 請求項１７または１８に記載のポリペプチドに特異的に結合する、抗体。
20. 哺乳動物細胞の癌性状態に関連して、差示的に発現した遺伝子を検出する方法であって、該方法は以下の工程：
    癌性と推測される細胞に由来した試験サンプルにおいて、少なくとも１つの差示的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、ここで、該遺伝子産物が、配列番号１〜１４７７の少なくとも１つの同定配列を含む遺伝子によってコードされる、工程、
    を包含し、
    ここで、該差示的に発現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来した細胞の癌性状態と関連する、方法。
21. 哺乳動物細胞の癌性状態に関連して、差示的に発現した遺伝子を検出する方法であって、該方法が以下の工程：
    癌性と推測される細胞に由来した試験サンプルにおいて、少なくとも１つの差示的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、ここで、該遺伝子産物が、配列番号１４７８〜１５６８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、工程、
    を包含し、
    ここで、該差示的に発現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来した細胞の癌性状態と関連する、方法。
22. ポリヌクレオチドの少なくとも１つが、請求項１、２、３、６、９または１０に記載のポリヌクレオチドの配列情報を含む、ポリヌクレオチドライブラリー。
23. 前記ライブラリーが核酸アレイで提供される、請求項２２に記載のライブラリー。
24. 前記ライブラリーがコンピューターで読み取り可能な形式において提供される、請求項２２に記載のライブラリー。
25. 遺伝子産物の発現を調節することにより腫瘍の増殖を阻害する方法であって、該遺伝子産物が、配列番号１〜１４７７からなる群より選択される配列により同定される遺伝子によってコードされる、方法。
26. 遺伝子産物の発現を調節することにより腫瘍の増殖を阻害する方法であって、該遺伝子産物が、配列番号１４７８〜１５６８からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。