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JP2005506033A - 前立腺癌の診断法、前立腺癌モジュレータースクリーニングの組成物及び方法 - Google Patents

前立腺癌の診断法、前立腺癌モジュレータースクリーニングの組成物及び方法 Download PDF

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JP2005506033A JP2002533718A JP2002533718A JP2005506033A JP 2005506033 A JP2005506033 A JP 2005506033A JP 2002533718 A JP2002533718 A JP 2002533718A JP 2002533718 A JP2002533718 A JP 2002533718A JP 2005506033 A JP2005506033 A JP 2005506033A
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ピーター ヘベズィー
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イーオーエス バイオテクノロジー インコーポレイテッド
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Abstract

本明細書において、その発現が前立腺癌において上方制御又は下方制御される遺伝子が説明されている。更に、その発現が薬物耐性前立腺癌細胞において上方制御又は下方制御される遺伝子が説明されている。前立腺癌の診断及び処置に使用することができる関連のある方法及び組成物が明らかにされている。更に本明細書において、前立腺癌のモジュレーターを同定するために使用することのできる方法が説明されている。

Description

【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、下記出願からの優先権を主張するものである：２０００年１０月１３日に出願された米国特許出願第０９／６８７，５７６号；２００１年３月１６日に出願された米国特許出願第６０／２７６，７９１号；２００１年５月４日に出願された米国特許出願第６０／２８８，５８９号；２０００年１２月８日に出願された米国特許出願第０９／７３３，７４２号；２０００年１２月８日に出願された米国特許出願第０９／７３３，２８８号；２００１年４月３０日に出願された米国特許出願第０９／８４７，０４６号；２００１年３月１６日に出願された米国特許出願第６０／２７６，８８８号；２００１年４月２４日に出願された米国特許出願第６０／２８６，２１４号；２００１年４月６日に出願された米国特許出願第６０／２８１，９２２号；２００１年１月２４日に出願された米国特許出願第６０／２６３，９５７号、これらはその全体が本明細書に参照として組入れられている。
【０００２】
発明の技術分野
本発明は、前立腺癌に関連している核酸及びタンパク質の発現プロフィールの同定並びに核酸、産物及びそれへの抗体の同定；並びに、前立腺癌の診断、予後判定及び治療におけるこのような発現プロフィール及び組成物の使用に関する。本発明は更に、前立腺癌を阻害する物質及び／又は標的を同定及び使用する方法に関する。
【０００３】
発明の背景
前立腺癌は、米国において、最も一般的に診断が下される内科的悪性疾患であり、男性の癌死因の第二位であり、結果的に毎年およそ４０，０００名が死亡し（Ｌａｎｄｉｓら、ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ． Ｃｌｉｎ．、４８：６−２９（１９９８）；Ｇｒｅｅｎｌｅｅら、ＣＡ Ｃａｎｃｅｒ Ｊ． Ｃｌｉｎ．、５０（１）：７−１３（２０００））、前立腺癌の罹患率は、世界中の多くの地域において過去２０年間にわたり急激に上昇しつつある（Ｎａｋａｔａら、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｕｒｏｌ．、７（７）：２５４−２５７（２０００）；Ｍａｊｅｅｄら、ＢＪＵ Ｉｎｔ．、８５（９）：１０５８−１０６２（２０００））。これは正常な前立腺細胞の病的悪性転換の結果発症する。腫瘍発生に関して、この癌細胞は、イニシエーション、増殖、接触阻止の喪失を受け、周辺組織への浸潤が最高度に達し、究極的には転移する。
【０００４】
前立腺癌による死亡は、前立腺腫瘍の転移の結果である。従って前立腺癌発生の早期検出は、本疾患による死亡率の低下において重要である。前立腺特異抗原（ＰＳＡ）レベルの測定は、早期検出及びスクリーニングにとって非常に一般的な方法であり、近年の前立腺癌死亡率のわずかな低下に寄与しているであろう（Ｎｏｗｒｏｏｚｉら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｏｎｔｒｏｌ、５（６）：５２２−５３１（１９９８））。しかし多くの症例は、本疾患が進行した病期に進むまで診断されていない。
【０００５】
手術（前立腺摘出）、放射線療法、及び化学療法のような治療は、癌が前立腺に限られている場合には治癒できる可能性がある。従って、前立腺癌を早期検出することは、治療のための陽性診断にとって重要である。転移性前立腺癌の全身治療は、ホルモン療法及び化学療法に限られている。化学的又は外科的去勢は、５０歳を過ぎた場合の症候性転移性前立腺癌の第一の治療である。この精巣アンドロゲン枯渇療法は、通常本疾患の安定化又は退縮を生じる（患者の８０％）が、転移性前立腺癌への進展が最終的にはもたらす（Ｐａｎｖｉｃｈｉａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｏｎｔｒｏｌ、３（６）：４９３−５００（１９９６））。転移性疾患は現在不治と考えられ、治療の主要目的は延命と生活の質の改善である（Ｒａｇｏ、Ｃａｎｃｅｒ Ｃｏｎｔｒｏｌ、５（６）：５１３−５２１（１９９８））。
【０００６】
従って、特に転移性前立腺癌を含む、前立腺癌の診断及び予後判定並びに前立腺癌の効果的治療に使用することができる方法が望まれている。従って、本明細書において前立腺癌の診断及び予後判定に使用することができる方法が提供される。更に前立腺癌を変調する（ｍｏｄｕｌａｔｅ）、例えば前立腺癌を治療する能力に関する候補生体活性物質のスクリーニングに使用することができる方法が提供される。加えて、本明細書において前立腺癌及び他の癌の治療的介入の分子標的及び組成物が提供される。
【０００７】
発明の概要
従って本発明は、前立腺癌細胞において上方制御及び下方制御される遺伝子のヌクレオチド配列を提供する。このような遺伝子は、診断目的に、更にはホルモン又は抗体のような、前立腺癌を変調する治療用化合物のスクリーニングの標的としても有用である。本発明の別の局面は、以下の本発明の説明により当業者に明らかとなると思われる。
【０００８】
ひとつの局面において、本発明は、患者からの細胞において前立腺癌に関連した転写物を検出する方法を提供し、この方法は、患者からの生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触させる段階を含む。
【０００９】
ある態様において、本発明は、患者の細胞において前立腺癌に関連した転写物のレベルを検出する方法を提供する。
【００１０】
ある態様において、本発明は、患者の細胞において前立腺癌に関連した転写物を検出する方法を提供し、この方法は、患者からの生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触させる段階を含む。
【００１１】
ある態様において、このポリヌクレオチドは、表１〜１６で示す配列と少なくとも９５％同一の配列に選択的にハイブリダイズする。別の態様において、このポリヌクレオチドは、表１〜１６に示す配列を含む。
【００１２】
ある態様において、生物学的試料は組織試料である。別の態様において、生物学的試料は、単離された核酸、例えばｍＲＮＡを含む。
【００１３】
ある態様において、ポリヌクレオチドは、例えば蛍光標識により標識される。
【００１４】
ある態様において、ポリヌクレオチドは、固体表面に固定される。
【００１５】
ある態様において、患者は、前立腺癌を治療するために治療的投薬管理を受けている。別の態様において、患者は、転移性前立腺癌を有する疑いがある。
【００１６】
ある態様において、患者はヒトである。
【００１７】
ある態様において、患者は、タキソール抵抗性癌を有する疑いがある。
【００１８】
ある態様において、前立腺癌に関連した転写物はｍＲＮＡである。
【００１９】
ある態様において、方法は更に、生物学的試料を、ポリヌクレオチドと接触させる段階の前に核酸を増幅する段階を含む。
【００２０】
別の局面において、本発明は、前立腺癌の治療的処置の効力をモニタリングする方法を提供し、この方法は、（ｉ）治療的処置を受けている患者から生物学的試料を調達する段階；及び、（ｉｉ）生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触することにより、生物学的試料における前立腺癌に関連した転写物のレベルを決定し、これにより療法の効力をモニタリングする段階を含む。更なる態様において、患者は、転移性前立腺癌を有する。更なる態様において、患者は前立腺癌の薬物耐性（例えば、タキソール抵抗性）型を有する。
【００２１】
ある態様において、方法は更に、（ｉｉｉ）前立腺癌に関連した転写物のレベルを、治療的処置の前の患者又は初期の患者からの生物学的試料における前立腺癌に関連した転写物のレベルと比較する段階を含む。
【００２２】
加えて、薬物を患者へ投与し及び患者から細胞試料を採取する段階を含む、候補前立腺癌の薬物の作用を評価する方法が提供される。その後細胞の発現プロフィールが決定される。この方法は更に、この発現プロフィールを、健常個体の発現プロフィールと比較する段階を含む。 好ましい態様において、発現プロフィールは、表１〜１６の遺伝子を含む。
【００２３】
ある局面において、本発明は、表１〜１６に示すポリヌクレオチド配列からなる単離された核酸分子を提供する。
【００２４】
ある態様において、発現ベクター又は細胞は、単離された核酸を含む。
【００２５】
ある局面において、本発明は、表１〜１６に示すポリヌクレオチド配列を有する核酸分子によりコードされる単離されたポリペプチドを提供する。
【００２６】
別の局面において、本発明は、表１〜１６に示すポリヌクレオチド配列を有する核酸分子によりコードされる単離されたポリペプチドと特異的に結合する抗体を提供する。
【００２７】
ある態様において、抗体は、例えば蛍光標識、放射性同位元素又は細胞傷害性化学物質のような、エフェクター成分と複合されている。
【００２８】
ある態様において、抗体は、抗体断片である。別の態様において、抗体はヒト化されている。
【００２９】
ひとつの局面において、本発明は、患者からの生物学的試料中の前立腺癌細胞を検出する方法を提供し、この方法は、生物学的試料を本明細書に説明されるように抗体と接触することを含む。
【００３０】
別の局面において、本発明は、患者の前立腺癌に特異的な抗体を検出する方法を提供し、この方法は、患者からの生物学的試料を、表１〜１６からの配列を含む核酸によりコードされるポリペプチドと接触させる段階を含む。
【００３１】
別の局面において、本発明は、前立腺癌に関連したポリペプチドを変調する化合物を同定する方法を提供し、この方法は、（ｉ）化合物を、前立腺癌に関連したポリペプチドと接触させ、ここでこのポリペプチドは、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされている段階；及び、（ｉｉ）化合物のポリペプチドに対する機能的作用を決定する段階を含む。
【００３２】
ある態様において、機能的作用は、物理的作用、酵素作用又は化学的作用である。
【００３３】
ある態様において、このポリペプチドは、真核宿主細胞又は細胞膜において発現される。別の態様において、このポリペプチドは組換え体である。
【００３４】
ある態様において、機能的作用は、ポリペプチドに結合するリガンドを測定することにより決定される。
【００３５】
別の態様において、本発明は、患者において前立腺癌を治療するために、前立腺癌に関連した細胞の増殖を阻害する方法を提供し、この方法は、本明細書に記されるように同定される化合物の治療的有効量を対象に投与する段階を含む。
【００３６】
ある態様において、化合物は抗体である。
【００３７】
別の局面において、本発明は、（ｉ）試験化合物を、前立腺癌を有する哺乳類またはそこから単離された細胞試料に投与する段階；（ｉｉ）処置した細胞又は哺乳類中の、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドの遺伝子発現レベルを、対照細胞又は哺乳類のポリヌクレオチドの遺伝子発現レベルと比較する段階を含み、ここでポリヌクレオチドの発現レベルを変調する試験化合物は前立腺癌の治療のための候補である、薬物スクリーニングアッセイ法を提供する。
【００３８】
ある態様において、対照は、試験化合物で治療されていない前立腺癌を有する哺乳類又はそこからの細胞試料である。別の態様において、対照は正常な細胞又は哺乳類である。
【００３９】
ある態様において、試験化合物は、異なる量又は濃度で投与される。別の態様において、試験化合物は、期間を変動させて投与される。別の態様において、この比較は、薬物候補の添加又は除去後に行うことができる。
【００４０】
ある態様において、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする複数のポリヌクレオチドのレベルが、対照細胞試料又は哺乳類中のそれらの各レベルと個別に比較される。好ましい態様において、複数のポリヌクレオチドとは、３〜１０種である。
【００４１】
別の局面において、本発明は、本明細書に記載のアッセイ法により同定された化合物を投与する段階を含む、前立腺癌を有する哺乳類を治療する方法を提供する。
【００４２】
別の局面において、本発明は、前立腺癌を有する哺乳類を治療するための薬学的組成物を提供し、この組成物は、本明細書に記載のアッセイ法により同定される化合物及び生理学的に許容できる賦形剤を含む。
【００４３】
ある局面において、本発明は、前立腺癌において上方制御及び下方制御される遺伝子を発現している細胞を提供することによる、薬物候補をスクリーニングする方法を提供する。ある態様において、遺伝子は表１〜１６から選択される。この方法は更に、薬物候補を細胞に添加し、発現プロフィール遺伝子の発現に対する薬物候補の作用を決定する段階を含む。
【００４４】
ある態様において、薬物候補のスクリーニング法は、薬物候補の非存在下での発現レベルを、この薬物候補の存在下での発現レベルと比較する段階を含み、ここで薬物候補が存在する場合には濃度を変動させ、ここでこの比較は薬物候補の添加後でも除去後でも行うことができる。好ましい態様において、細胞は少なくとも２種の発現プロフィール遺伝子を発現する。これらのプロフィール遺伝子は、増加を示しても減少を示してもよい。
【００４５】
更に、前立腺癌モジュレータータンパク質を発現又は過剰発現しているトランスジェニック動物、又は例えば遺伝子ノックアウトの結果として前立腺癌モジュレータータンパク質を欠いている動物へ薬物を投与する段階を含む、候補前立腺癌薬物の作用を評価する方法も提供される。
【００４６】
更に、表１〜１６の核酸セグメントを１種又は複数種含むバイオチップが提供され、ここでバイオチップは、１０００種よりも少ない核酸プローブを含む。好ましくは少なくとも２種の核酸セグメントが含まれる。より好ましくは、少なくとも３種の核酸セグメントが含まれる。
【００４７】
更に、前立腺癌に関連した疾患を診断する方法が提供される。この方法は、第一の個体の第一の組織型中の表１〜１６の遺伝子発現を決定し、及びこの分布を、第一の個体又は第二の罹患していない個体からの第二の正常な組織型の遺伝子発現と比較する段階を含む。発現の差異は、第一の個体が、前立腺癌に関連した疾患を有することを示している。
【００４８】
更なる態様において、バイオチップは更に、前立腺癌において上方制御及び下方制御されない遺伝子のポリヌクレオチド配列も含む。
【００４９】
ある態様において、方法は、前立腺癌を変調するタンパク質（前立腺癌モジュレータータンパク質）又はそれらの断片、及び前立腺癌モジュレータータンパク質又はそれらの断片と結合する抗体との結合による妨害が可能である生体活性物質のスクリーニング法である。好ましい態様において、この方法は、前立腺癌モジュレータータンパク質又はそれらの断片を、前立腺癌モジュレータータンパク質又はそれらの断片と結合する候補生体活性物質及び抗体と一緒にする段階を含む。この方法は更に、前立腺癌モジュレータータンパク質又はそれらの断片と抗体との結合を決定する段階を含む。結合に変化がある場合、物質は妨害物質として同定される。妨害物質は、アゴニスト又はアンタゴニストでありうる。好ましくはこの物質は、前立腺癌を阻害する。
【００５０】
更に本明細書において、個体における免疫応答を惹起する方法が提供される。ある態様において、本明細書で提供される方法は、前立腺癌変調タンパク質、又はそれらの断片を含有する組成物を個体に投与する段階を含む。別の態様において、このタンパク質は、表１〜１６から選択される核酸によりコードされている。
【００５１】
更に個人において免疫応答を惹起することが可能である組成物が、本明細書において提供される。ある態様において、本明細書に提供される組成物は、好ましくは表１〜１６の核酸によりコードされた、前立腺癌変調タンパク質又はそれらの断片、及び薬学的に許容できる担体を含有している。別の態様において、組成物は、好ましくは表１〜１６の核酸から選択された、前立腺癌変調タンパク質をコードしている配列を含む核酸、及び薬学的に許容できる担体を含有している。
【００５２】
前立腺癌タンパク質又はそれらの断片の作用を中和する方法であり、タンパク質に特異的な物質を、タンパク質と、中和に作用するのに十分量で接触することを含む方法も提供されている。別の態様において、タンパク質は、表１〜１６のものから選択された核酸によりコードされている。
【００５３】
本発明の別の局面において、前立腺癌について個体を治療する方法が提供されている。ある態様において、この方法は、前立腺癌変調タンパク質のインヒビターを個体に投与することを含む。別の態様において、この方法は、前立腺癌を有する患者に、治療的部分に複合された前立腺癌変調タンパク質に対する抗体を投与することを含む。このような治療的部分は、細胞傷害性物質又は放射性同位元素であることができる。
【００５４】
発明の詳細な説明
先に概説した目的に従い、本発明は、転移性前立腺癌を含む、前立腺癌（ＰＣ）の診断及び予後判定評価のための新規方法に加え、前立腺癌を変調する組成物のスクリーニング法を提供する。前立腺癌を治療する方法も提供する。
【００５５】
本発明は、その他の核酸及びペプチド配列に加え、前立腺癌患者組織において高度に過剰発現されている遺伝子としてのＰＡＡ２の同定にも関連している。ＰＡＡ２配列は、亜鉛輸送体ＺＮＴ４と同じである。本明細書に記された結果から、ＰＡＡ２／ＺＮＴ４は前立腺癌細胞において高度に発現されていることが明らかである。前立腺は、体内の臓器中で最高の亜鉛蓄積能を有する点が独特である。亜鉛の取込みは、プロラクチン及びテストステロンにより調節され、これは亜鉛輸送体のＺＩＰファミリーのメンバーの発現を誘導する（Ｃｏｓｔｅｌｌｏら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２７４：１７４９９−１７５０４（１９９９））。前立腺における亜鉛の蓄積は、クエン酸酸化を阻害するように機能し、これは細胞ＡＴＰ産生の低下を生じる（Ｃｏｓｔｅｌｌｏ及びＦｒａｎｋｌｉｎ、Ｐｒｏｓｔａｔｅ、３５：２８５−２９６（１９９８））。癌細胞は、低下したＡＴＰ産生により感受性があり、亜鉛蓄積の妨害に発展する。理論的裏付けを欲するものではないが、前立腺癌細胞におけるＺＮＴ４の上方制御は、細胞から蓄積された亜鉛をポンプ輸送するその能力により、結果として高亜鉛レベルから細胞を保護する。
【００５６】
本発明は、ＰＢＨ１をコードしている核酸配列にも関する。ＰＢＨ１は、脳において高度に発現された推定カルシウムチャネルである、ヒトＴＲＰＣ７（一過性受容体電位関連チャネル（ｔｒａｎｓｉｅｎｔ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ−ｒｅｌａｔｅｄ ｃｈａｎｎｅｌｓ）、ＮＰ＿００３２９８）である（Ｎａｇａｍｉｎｅら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、５４：１２４−１３１（１９９８））。Ｔｒｐは、転移性黒色腫において下方制御された遺伝子であるメラスタチン（Ｄｕｎｃａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、５８：１５１５−１５２０（１９９８））、及びベクウィス−ビーデマン症候群／ウイルムス腫瘍の罹病領域において局在化されている遺伝子であるＭＴＲ１に関連している（Ｐｒａｗｉｔｔら、Ｈｕｍ． Ｍｏｌ． Ｇｅｎｅｔ．、９：２０３−２１６（２０００））。理論的裏付けを欲するものではないが、ＰＢＨ１はカルシウムチャネルとして機能すると考えられている。
【００５７】
カルシウムチャネルとしてのＰＢＨ１は、チャネル機能を破壊する、小分子治療、又は治療的抗体の理想的標的である。非ホジキンリンパ腫におけるＲｉｔｕｘｉｍａｂの標的であるＣＤ２Ｏ（Ｍａｌｏｎｅｙら、Ｂｌｏｏｄ、９０：２１８８−２１９５（１９９７）；Ｌｅｇｅｔ及びＣｚｕｃｚｍａｎ、Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｏｎｃｏｌ．、１０：５４８−５５１（１９９８））は、Ｂ細胞において発現された形質膜カルシウムチャネルである（Ｔｅｄｄｅｒ及びＥｎｇｅｌ、Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｔｏｄａｙ、１５：４５０−４５４（１９９４））。同様に、カルシウムシグナルを阻害又は変更する小分子又は抗体は、ＰＢＨ１により媒介され、前立腺癌細胞の死をもたらすであろう。
【００５８】
ＰＥＨ１及び他の本発明の遺伝子は、細胞傷害性Ｔリンパ球の標的としても有用である。腫瘍特異的である遺伝子、又は免疫特権臓器において発現される遺伝子は、現在可能性のあるワクチン標的として使用されている（Ｖａｎ ｄｅｎ Ｅｙｎｄｅ及びＢｏｏｎ、Ｉｎｔ． Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｌａｂ． Ｒｅｓ．、２７：８１−８６（１９９７））。ＰＢＨ１の発現パターンは、これが、細胞傷害性Ｔ−リンパ球の理想的標的であることを示している。従って、前立腺癌細胞死を誘導するためにＰＢＨ１特異的細胞傷害性Ｔリンパ球を利用する療法も、本発明において提供される。例えば米国特許第６，０５１，２２７号及び国際公開公報第００／３２２３１号を参照し、これらの開示は本明細書に参照として組入れられている。
【００５９】
本発明は、前立腺癌及び／又は乳癌の変調において重要である遺伝子としてのＰＡＡ３の同定にも関連している。
【００６０】
表１〜１６は、前立腺癌試料において発現の増加又は減少を示す遺伝子の、Ｕｎｉｇｅｎｅクラスタ同定番号、典型的アクセッション番号、又はゲノムヌクレオチド位置番号を提供する。
【００６１】
定義
「前立腺癌タンパク質」又は「前立腺癌ポリヌクレオチド」又は「前立腺癌に関連した転写物」という用語は、（１）表１〜１６のｕｎｉｇｅｎｅクラスタのヌクレオチド配列又はこれに関連したヌクレオチド配列と、好ましくは少なくとも約２５、５０、１００、２００、５００、１０００個又はそれ以上のヌクレオチドの領域について、約６０％を超えるヌクレオチド配列同一性、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、好ましくは９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％又はそれよりも大きいヌクレオチド配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し；（２）表１〜１６のｕｎｉｇｅｎｅクラスタのヌクレオチド配列又はそれに関連したヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列を含む免疫原に対して生じた抗体、例えばポリクローナル抗体と結合し、それらの変種を保存的に修飾し；（３）表１〜１６の核酸配列、又はそれらの相補体及び保存的に修飾されたそれらの変種に、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で特異的にハイブリダイズし；又は、（４）表１〜１６のｕｎｉｇｅｎｅクラスタのヌクレオチド配列又はこれに関連したヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸と、好ましくは少なくとも約２５、５０、１００、２００、５００、１０００個又はそれ以上のアミノ酸領域について、約６０％を超えるアミノ酸配列同一性、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、好ましくは９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％もしくは９９％又はそれよりも多いアミノ配列同一性を有するアミノ酸配列を有するような、核酸及びポリペプチドの多型変種、対立遺伝子、変異体、種間相同体を意味する。ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列は、典型的には、霊長類、例えばヒト；齧歯類、例えばラット、マウス、ハムスター；ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、又は他の哺乳類を含むが、これらに限定されるものではない哺乳類に由来する。「前立腺癌ポリペプチド」及び「前立腺癌ポリヌクレオチド」は、天然型又は組換え型の両方を含む。
【００６２】
「完全長」前立腺癌タンパク質又は核酸は、１種又は複数種の天然の野生型前立腺癌ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列中に通常含まれたエレメントの全てを含む、前立腺癌ポリペプチドもしくはポリヌクレオチド配列、又はそれらの変種を意味する。例えば、完全長前立腺癌核酸は、典型的には完全長の天然のタンパク質をコードしているエキソンの全てを含むであろう。「完全長」は、選択的スプライシングを含む、翻訳後プロセシング又はスプライシングの様々な段階の前又は後であることができる。
【００６３】
本明細書において使用される「生物学的試料」は、例えば前立腺癌タンパク質、ポリヌクレオチド又は転写物のような、核酸又はポリペプチドを含む、生物学的組織又は液体の試料である。このような試料は、霊長類、例えばヒト、又は齧歯類、例えばマウス及びラットから単離された組織を含むが、これらに限定されるものではない。生物学的試料は更に、生検試料及び剖検試料のような組織切片、組織学的目的で採取した凍結切片、血液、血漿、血清、喀痰、糞便、涙液、粘膜、毛髪、皮膚なども含む。生物学的試料は更に、患者組織に由来した外植片及び初代及び／又は形質転換した細胞培養物も含む。生物学的試料は、典型的には、真核生物から、最も好ましくは哺乳類、例えばチンパンジー又はヒトのような霊長類；ウシ；イヌ；ネコ；モルモット、ラット、マウスのような齧歯類；ウサギ；又は鳥類；爬虫類；又は魚類から得られる。
【００６４】
「生物学的試料の提供」は、本発明に記載の方法において使用するための生物学的試料を得ることを意味する。最も頻繁には、これは、動物からの細胞試料の採取により行われるが、予め単離された細胞（例えば、別のヒト、別の時点、及び／又は別の目的で単離されたもの）を用いることによって、又はインビボにおける本発明の方法を行うことによって、実現することもできる。治療又は転帰に関する病歴を有する集積された組織は、特に有用であろう。
【００６５】
２種以上の核酸又はポリペプチド配列に関連して、「同一の（ｉｄｅｎｔｉｃａｌ）」又は％「同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）」という用語は、ＢＬＡＳＴ又はＢＬＡＳＴ ２．０配列比較アルゴリズムを下記のデフォルトパラメータで用いて測定した場合、もしくは手作業で並置し及び目視検査した場合に、同じであるか、又は同じであるアミノ酸残基もしくはヌクレオチドの特定の割合（すなわち、比較ウインドウについて又は指定された領域について最大一致するように比較及び並置した場合に、特定の領域について、約６０％同一性、好ましくは７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はそれよりも高い同一性）を有するような、２種以上の配列又は部分配列を意味する（例えば、ＮＣＢＩウェブサイト、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／などを参照）。その後このような配列は「実質的に同じ」と称される。この同定は、試験配列の相補物（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔ）とも称され、もしくはそれに適用することができる。この定義は更に、欠失及び／又は付加を有する配列に加え、置換を有するもの、更には天然の例えば多型変種又は対立遺伝子変種、並びに人工の変種も含む。以下に説明するように、好ましいアルゴリズムは、ギャップなどを説明することができる。好ましくは同一性は、長さが少なくとも約２５個のアミノ酸又はヌクレオチドである領域について、もしくはより好ましくは長さが５０〜１００個のアミノ酸又はヌクレオチドである領域について存在している。
【００６６】
配列比較のために、典型的にはひとつの配列が、参照配列として働き、これと試験配列が比較される。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列がコンピュータに入力され、必要ならば部分配列座標が指定され、及び配列アルゴリズムプログラムパラメータが指定される。好ましくは、デフォルトのプログラムパラメータを使用するか、又は別のパラメータを指定することができる。次にこの配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータを基に、試験配列について、参照配列に対する配列同一性の割合を計算する。
【００６７】
本明細書において使用される「比較ウインドウ」には、典型的には２０〜６００個、通常約５０〜約２００個、より一般的には約１００〜約１５０個からなる群より選択される連続位置の数のひとつのセグメントに対して参照することが含まれ、参照においては、２種の配列を最適に並置した後、配列を連続位置が同数の参照配列と比較する。比較のための配列並置の方法は、当技術分野において周知である。比較のための配列の最適な並置は、例えばスミス（Ｓｍｉｔｈ）及びウォーターマン（Ｗａｔｅｒｍａｎ）のローカルホモロジーアルゴリズム（Ａｄｖ． Ａｐｐｌ． Ｍａｔｈ．、２：４８２（１９８１））、ニードルマン（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ）及びブンシュ（Ｗｕｎｓｃｈ）のホモロジーアラインメントアルゴリズム（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、４８：４４３（１９７０））、ピアソン（Ｐｅａｒｓｏｎ）及びリプマン（Ｌｉｐｍａｎ）の類似性検索法（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８５：２４４４（１９８８））、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ中のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＬＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．， Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）、又は手作業による並置及び目視検査により行うことができる（例えば、「分子生物学最新プロトコール（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」（Ａｕｓｕｂｅｌら編、１９９５年、補遺）参照）。
【００６８】
％配列同一性及び配列類似性を決定するのに適しているアルゴリズムの好ましい例は、ＢＬＡＳＴ及びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズムを含み、これらはＡｌｔｓｃｈｕｌらの論文（Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２５：３３８９−３４０２（１９７７））及びアルツシュル（Ａｌｔｓｃｈｕｌ）らの論文（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２１５：４０３４１０（１９９０））に記されている。ＢＬＡＳＴ及びＢＬＡＳＴ ２．０は、本明細書に記したパラメータと共に使用され、本発明の核酸及びタンパク質に関する％配列同一性が決定される。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、米国バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）から公に入手可能である。このアルゴリズムは、最初に、データベース配列中の同じ長さのワード（ｗｏｒｄ）を並置した場合にいくつかの正値閾値スコアＴにマッチするか又は満足するかのいずれかである、問い合わせ配列中の長さＷの短いワードを同定することにより、高スコアリングセグメント対（ＨＳＰ）を同定することに関与する。Ｔは、隣接ワードスコア閾値と称される（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、前掲）。これらの初期隣接ワードヒットは、これらを含むより長いＨＳＰを見つけるために検索を開始する際の種として作用する。これらのワードヒットは、累積アラインメントスコアが増大し得る限りは、各配列に沿って両方向へ拡張される。累積スコアは、例えばヌクレオチド配列については、パラメータＭ（マッチする残基対のリウォード（ｒｅｗａｒｄ）スコア；常に＞０）及びＮ（ミスマッチ残基のペナルティー（ｐｅｎａｌｔｙ）スコア；常に＜０）を用い算出される。アミノ酸配列について、スコアマトリックスを用い、累積スコアを算出した。各方向のワードヒットの拡張は、以下の場合に停止した：累積アラインメントスコアがその最大達成値からＸ量下落した場合；１種又は複数の負のスコア化（ｎｅｇａｔｉｖｅ−ｓｃｏｒｉｎｇ）残基アラインメントのために、累積スコアがゼロ又はそれ以下になった場合；もしくは、配列のいずれかの端に達した場合。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメータであるＷ、Ｔ及びＸは、並置の感度及びスピードを決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、デフォルトとして、ワード長（Ｗ）１１、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４及び両鎖の比較を用いた。アミノ酸配列について、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、ワード長３、及び期待値（Ｅ）１０を用い、並びにＢＬＯＳＵＭ６２スコアマトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ及びＨｅｎｉｋｏｆｆ、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８９：１０９１５（１９８９）参照）アラインメント（Ｂ）５０、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、及び両鎖の比較を用いた。
【００６９】
ＢＬＡＳＴアルゴリズムは更に、２つの配列間の類似性について統計解析も行った（例えば、Ｋａｒｌｉｎ及びＡｌｔｓｃｈｕｌ、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９０：５８７３−５７８７（１９９３）参照）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供された類似性のひとつの測定は、最小和確率（ｓｍａｌｌｅｓｔ ｓｕｍ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙ）（Ｐ（Ｎ））であり、これにより２つのヌクレオチド又はアミノ酸の配列間でマッチが偶然生じる確率の指標が提供される。例えば、試験核酸と参照核酸の比較における最小和確率が約０．２未満、より好ましくは約０．０１未満、及び最も好ましくは約０．００１未満である場合に、核酸は、参照配列に類似しているとみなされる。対数値は、負数よりも大きく、例えば５、１０、２０、３０、４０、４０、７０、９０、１１０、１５０、１７０などである。
【００７０】
実質的に同じである２つの核酸配列又はポリペプチドの同定は、以下に説明したように、第一の核酸でコードされたポリペプチドが第二の核酸によりコードされたポリペプチドに対して生じた抗体と免疫学的に交差反応することである。従って、例えばこれらの２個のペプチドは、保存的置換によってのみ異なる場合、ポリペプチドは、典型的には第二のポリペプチドと実質的に同じである。２個の核酸配列が実質的に同じである別の指標は、以下に説明するように、２個の分子又はそれらの相補体がストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。更に２個の核酸配列が実質的に同じである別の指標は、同じプライマーをこれらの配列の増幅に使用することができることである。
【００７１】
「宿主細胞」は、天然の細胞又は発現ベクターを含む形質転換された細胞であり、発現ベクターの複製又は発現を支援している。宿主細胞は、培養された細胞、外植片、インビボにおける細胞などがありうる。宿主細胞は、大腸菌のような原核細胞、又は酵母、昆虫、両生類もしくは哺乳類の細胞のような真核細胞であってもよく、例としてＣＨＯ、ＨｅＬａなどがある（例えば、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクションのカタログ又はウェブサイト（ｗｗｗ．ａｔｃｃ．ｏｒｇ）を参照）。
【００７２】
「単離された」、「精製された」又は「生物学的に純粋」という用語は、その未変性状態において認められるような通常不随している成分を実質的又は本質的に含まない材料を意味する。純度及び均質性は、典型的にはポリアクリルアミドゲル電気泳動又は高速液体クロマトグラフィーのような分析化学技術を用いて決定される。調製物中に存在する主要種であるタンパク質又は核酸は、実質的に精製される。特に、単離された核酸は、遺伝子に自然にフランキングしかつその遺伝子によりコードされるタンパク質以外のタンパク質をコードしている一部のオープンリーディングフレームから分離されている。一部の態様において「精製された」という用語は、核酸又はタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に１本のバンドで出現することを意味する。好ましくは、これは核酸又はタンパク質が、少なくとも８５％の純度、より好ましくは少なくとも９５％の純粋、及び最も好ましくは少なくとも９９％の純度であることを意味する。別の態様において「精製する」又は「精製」とは、精製されるべき組成物から少なくとも１種の夾雑物を除去することを意味する。この意味において、精製は、精製された化合物が均質、例えば１００％の純度であることを必要としない。
【００７３】
「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書においてアミノ酸残基のポリマーを意味するように互換的に使用される。これらの用語は、１個又は複数のアミノ酸残基が、対応する天然のアミノ酸の人工的な化学擬似物（ｍｉｍｅｔｉｃｓ）であるアミノ酸ポリマーに加え、天然のアミノ酸ポリマーで修飾された残基、及び非天然のアミノ酸ポリマーを含むものに適用される。
【００７４】
「アミノ酸」という用語は、天然及び合成のアミノ酸に加え、天然のアミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸擬似物を意味する。天然のアミノ酸は、遺伝暗号によりコードされたものに加え、後に修飾されるアミノ酸、例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、及びＯ−ホスホセリンなどである。アミノ酸類似体は、天然のアミノ酸と同じ基本的化学構造、例えば、水素、カルボキシル基、アミノ基、及びＲ基に結合したα炭素を有する化合物、例えばホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムなどを意味する。このような類似体は、修飾されたＲ基（例えばノルロイシン）又は修飾されたペプチド骨格を有するが、天然のアミノ酸と同じ基本的化学構造は維持している。アミノ酸擬似物とは、アミノ酸の一般的化学構造とは異なる構造を有するが、天然のアミノ酸と同様に機能する化学化合物を意味する。
【００７５】
本明細書においてアミノ酸は、それらの通常知られている３文字表記又はＩＵＰＡＣ−ＩＵＢの生化学命名に関する委員会（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ）が推奨している１文字表記のいずれかで表記することができる。同様にヌクレオチドは、通常受け入れられている１文字コードで表記することができる。
【００７６】
「保存的に修飾された変種」は、アミノ酸配列及び核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に修飾された変種は、同じもしくは本質的に同じアミノ酸配列をコードしているような核酸、又は核酸がアミノ酸配列をコードしていないような場合は本質的に同じ又は関連した配列、例えば天然のコンティグ配列に言及している。遺伝暗号の縮重のために、ほとんどのタンパク質は、非常に多数の機能的に同じ核酸でコードされている。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧ及びＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードしている。従って、アラニンがコドンにより特定化される位置毎に、そのコドンは、コードされたポリペプチドを変更することなく、説明された対応する別のコドンに変更することができる。このような核酸の変異は「サイレント変異」であり、これは保存的に修飾された変異の一種である。本明細書のポリペプチドをコードしているどの核酸配列も、核酸のサイレント変異を説明している。当業者は、ある状況において、核酸の各コドン（通常メチオニンに対してのみのコドンであるＡＵＧ、及び通常トリプトファンに対するのみのコドンであるＴＧＧを除く）を修飾し、機能的に同じ分子を得ることができることを認めるであろう。従って、ポリペプチドをコードしている核酸のサイレント変異は、発現産物に関して説明された配列の暗示であるが、実際のプローブ配列についてはそうではないことが多い。
【００７７】
アミノ酸配列に関する限りは、当業者は、コードされた配列中の１個のアミノ酸又は小さい割合のアミノ酸を変更、付加又は欠失する核酸、ペプチド、ポリペプチド又はタンパク質配列への個々の置換、欠失又は付加は、この変更がアミノ酸の化学的に類似したアミノ酸との置換を生じる「保存的に修飾された変種」であることを認めるであろう。機能的に類似したアミノ酸を供する保存的置換の表は、当技術分野において周知である。このような保存的に修飾された変種は、本発明の多型変種、種間相同体、及び対立遺伝子に加えられるが、これらを排除するものではなく、典型的には以下の互いの保存的置換である：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；及び８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎの「タンパク質（Ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」（１９８４）を参照）。
【００７８】
ポリペプチド構造のような巨大分子構造は、組織化（ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ）の様々なレベルに関して説明することができる。この組織化に関する一般的考察については、例えば、アルバーツ（Ａｌｂｅｒｔｓ）らの「細胞の分子生物学（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ」（第３版、１９９４）及びカンター（Ｃａｎｔｏｒ）及びシメール（Ｓｃｈｉｍｍｅｌ）の「生物物理化学（Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ）」のパートＩ：生物学的巨大分子のコンホメーション（１９８０）を参照のこと。「一次構造」とは、特定のペプチドのアミノ酸配列を意味する。「二次構造」とは、ポリペプチド内で局所的に配列された三次元構造を意味する。これらの構造は、通常ドメインとして知られている。ドメインは、そのポリペプチドのコンパクトな単位を形成することが多いポリペプチドの一部であり、典型的には２５〜およそ５００個のアミノ酸長である。典型的ドメインは、βシート及びαヘリックスの伸展といった、より少ない組織化の区画で作り上げられる。「三次構造」とは、ポリペプチドモノマーの完全な三次元構造を意味する。「四次構造」とは、通常独立した三次元単位の非共有結合の会合により構成された三次元構造を意味する。異方性の用語は、エネルギー用語としても知られている。
【００７９】
本発明において使用される「核酸」又は「オリゴヌクレオチド」又は「ポリヌクレオチド」又は文法上の同等物は、互いに共有結合した少なくとも２個のヌクレオチドを意味する。オリゴヌクレオチドは、典型的には、約５、６、７、８、９、１０、１２、１５、２５、３０、４０、５０個又はそれ以上のヌクレオチド長、最大約１００個のヌクレオチド長である。核酸及びポリヌクレオチドは、より長い長さ、例えば２００、３００、５００、１０００、２０００、３０００、５０００、７０００、１０，０００個などを含む、いずれかの長さのポリマーである。本発明の核酸は、一般にホスホジエステル結合を含むが、場合によっては例えばホスホロアミデート、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、又はＯ−メチルホスホロアミデート連結（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ、「オリゴヌクレオチド及び類似体：実践的方法（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）」、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ社を参照）；並びに、ペプチド核酸骨格及び連結などを含む代わりの骨格を有することができる核酸類似体が含まれるであろう。他の核酸類似体は、正の骨格（ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｂａｃｋｂｏｎｅ）；非イオン性骨格、及び非リボース骨格を伴う核酸類似体を含み、これは米国特許第５，２３５，０３３号及び第５，０３４，５０６号に開示された核酸類似体、並びにＡＳＣシンポジウムシリーズ５８０「アンチセンス検索における糖修飾（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）」６及び７章、サンギ（Ｓａｎｇｈｕｉ）及びクック（Ｃｏｏｋ）編に記載の核酸類似体を含む。１種又は複数の炭素環式糖を含む核酸も、核酸のひとつの定義中に含まれる。リボース−リン酸骨格の修飾は、例えば、生理的環境におけるこのような分子の安定性及び半減期を増すために、もしくはバイオチップのプローブとしてなど、様々な理由から行いうる。天然の核酸及び類似体の混合物を作成することができ；あるいは、様々な核酸類似体の混合物、及び天然の核酸及び類似体の混合物を作成することができる。
【００８０】
このような核酸類似体に関する様々な参考文献が明らかにされており、これらは、例えば、ホスホロアミデート結合（Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ、４９（１０）：１９２５（１９９３）及びその中の参考文献；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ、Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．、３５：３８００（１９７０）；Ｓｐｒｉｎｚｌら、Ｅｕｒ． Ｊ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、８１：５７９（１９７７）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１４：３４８７（１９８６）；Ｓａｗａｉら、Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．、８０５（１９８４）、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１０：４４７０（１９８８）；及び、Ｐａｕｗｅｌｓら、Ｃｈｅｍｉｃａ Ｓｃｒｉｐｔａ、２６：１４１（１９８６））、ホスホロチオエート結合（Ｍａｇ ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１９：１４３７（１９９１）；及び、米国特許第５，６４４，０４８号）、ホスホロジチオエート結合（Ｂｒｉｕら、Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１１：２３２１（１９８９））、Ｏ−メチルホスホロアミダイト結合（Ｅｃｋｓｔｅｉｎ、「オリゴヌクレオチド及び類似体：実践的方法（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）」、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ社参照）、及びペプチド核酸骨格及び結合（Ｅｇｈｏｌｍ、Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１４：１８９５（１９９２）；Ｍｅｉｅｒら、 Ｃｈｅｍ． Ｉｎｔ． Ｅｄ． Ｅｎｇｌ．、３１：１００８（１９９２）；Ｎｉｅｌｓｅｎ、Ｎａｔｕｒｅ、３６５：５６６（１９９３）；Ｃａｒｌｓｓｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ、３８０：２０７（１９９６）参照、全て本明細書に参照として組入れられている）を含む。その他の核酸類似体は、正の骨格（Ｄｅｎｐｃｙら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９２：６０９７（１９９５））；非イオン性骨格（米国特許第５，３８６，０２３号、第５，６３７，６８４号、第５，６０２，２４０号、第５，２１６，１４１号及び第４，４６９，８６３号；Ｋｉｅｄｒｏｗｓｈｉら、Ａｎｇｅｗ． Ｃｈｅｍ． Ｉｎｔｌ． Ｅｄ． Ｅｎｇｌｉｓｈ、３０：４２３（１９９１）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１０：４４７０（１９８８）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ、１３：１５９７（１９９４）；ＡＳＣシンポジウムシリーズ５８０、「アンチセンス検索における糖修飾（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）」２及び３章、Ｙ．Ｓ． Ｓａｎｇｈｕｉ及びＰ． Ｄａｎ Ｃｏｏｋ編；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒら、Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ ＆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍ． Ｌｅｔｔ．、４：３９５（１９９４）；Ｊｅｆｆｓら、Ｊ． Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ＮＭＲ、３４：１７（１９９４）；Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．、３７：７４３（１９９６））、及び非リボース骨格で、米国特許第５，２３５，０３３号及び第５，０３４，５０６号、並びに、ＡＳＣシンポジウムシリーズ５８０、「アンチセンス検索における糖修飾（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）」６及び７章、サンギ（Ｙ．Ｓ． Ｓａｎｇｈｕｉ）及びクック（Ｐ． Ｄａｎ Ｃｏｏｋ）編に記されたものを含む。１個又は複数の炭素環式糖含む核酸も、核酸のひとつの定義に含まれる（Ｊｅｎｋｉｎｓら、Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． Ｒｅｖ．、１６９−１７６（１９９５）参照）。いくつかの核酸類似体が、Ｒａｗｌｓ， Ｃ ＆ Ｅ Ｎｅｗｓ、１９９７年６月２日号、３５頁に記されている。これらの参考文献は全て本明細書に参照として明確に組入れられている。
【００８１】
特に好ましいのは、ペプチド核酸類似体を含むペプチド核酸（ＰＮＡ）である。天然の核酸の高度に帯電したホスホジエステル骨格とは対照的に、これらの骨格は、中性条件下で実質的に非イオン性である。このことは２つの利点を生じる。第一にＰＮＡ骨格は、改善されたハイブリダイゼーション速度論を示す。ＰＮＡは、ミスマッチの塩基対を完全にマッチした塩基対と比べ融点（Ｔｍ）に関してより大きい変化を有する。ＤＮＡ及びＲＮＡは、内部ミスマッチに関して、典型的にはＴｍの２〜４℃の低下を示す。非イオン性ＰＮＡ骨格によるこの低下は７〜９℃に近い。同様に、それらの非イオン性の性質のために、これらの骨格に結合した塩基のハイブリダイゼーションは、塩濃度に対し比較的感度が悪い。加えて、ＰＮＡは、細胞酵素により分解されず、その結果、より安定であることができる。
【００８２】
核酸は、特定すると、１本鎖又は２本鎖であることができ、もしくは、１本鎖又は２本鎖の両配列の一部を含むことができる。当業者には理解されるように、１本鎖の描写は、相補鎖の配列も定義し；従って、本明細書に記載の配列は、その配列の相補物も提供する。この核酸は、ゲノム及びｃＤＮＡの両方のＤＮＡ、ＲＮＡ又は核酸がデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの組合せを含むことができるハイブリッド、並びに、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、イソグアニンなどを含む塩基の組合せであることができる。「転写物」は、典型的には天然のＲＮＡ、例えばｐｒｅ−ｍＲＮＡ、ｈｎＲＮＡ、又はｍＲＮＡなどを意味する。本明細書において使用されるように、「ヌクレオシド」という用語は、ヌクレオチド並びにヌクレオシド類似体及びヌクレオチド類似体、並びにアミノ修飾されたヌクレオシドのような修飾されたヌクレオシドを含む。加えて、「ヌクレオシド」は、非天然の類似体構造を含む。従って例えば各々塩基を含む、ペプチド核酸の個別の単位は、本明細書においてヌクレオシドと称される。
【００８３】
「標識」又は「検出可能部分」は、顕微鏡的、光化学的、生化学的、免疫化学的、化学的又は他の物理的手段により検出可能な組成物である。例えば、有用な標識は、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素（例えば通常ＥＬＩＳＡにおいて使用されるもの）、ビオチン、ジゴキシゲニン、又はハプテン並びに例えばペプチドへの放射性標識の組込みにより検出可能に作成されたもしくはこのペプチドと特異的に反応する抗体を検出するために使用されるようなタンパク質もしくは他の実体を含む。放射性同位元素は、例えば３Ｈ、１４Ｃ、３２Ｐ、３５Ｓ、又は１２５Ｉでありうる。場合によっては、特に本発明のタンパク質に対する抗体を使用し、下に説明するように、これらの放射性同位元素を毒性部分として使用することができる。これらの標識は、前立腺癌の核酸、タンパク質及び抗体にいずれかの位置で組込むことができる。抗体を標識へ複合する当技術分野において公知のいずれかの方法を使用することができ、これらはハンター（Ｈｕｎｔｅｒ）ら、Ｎａｔｕｒｅ、１４４：９４５（１９６２）；デビッド（Ｄａｖｉｄ）ら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、１３：１０１４（１９７４）；ペイン（Ｐａｉｎ）ら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈ．、４０：２１９（１９８１）；及び、ニグレン（Ｎｙｇｒｅｎ）、Ｊ． Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ． ａｎｄ Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．、３０：４Ｏ７（１９８２）に記載の方法を含む。放射標識されたペプチド又は放射標識された抗体組成物の寿命は、放射標識されたペプチド又は抗体を安定化し及びその分解を妨害する物質の添加により延長することができる。米国特許第５，９６１，９５５号に開示された物質を含む、放射標識されたペプチド又は抗体を安定化する物質又は物質の組合せのいずれかを使用することができる。
【００８４】
「エフェクター」又は「エフェクター部分」又は「エフェクター成分」は、リンカーもしくは化学結合を介して共有的に、又はイオン結合、ファンデルワールス結合、静電結合もしくは水素結合を介して非共有的に、抗体に結合した（又は連結、もしくは複合した）分子である。「エフェクター」は、例えば、放射性化合物、蛍光化合物、酵素又は基質、エピトープタグのようなタグ、毒素を含む検出部分；化学療法剤のような活性化部分；リパーゼ；抗生物質；又は、例えば「硬（ｈａｒｄ）」β線を放出する放射性同位元素を含む様々な分子であることができる。
【００８５】
「標識した核酸プローブ又はオリゴヌクレオチド」は、プローブへ結合した標識の存在の検出によりプローブの存在が検出されるように、リンカー又は化学結合を介して共有結合的に、又はイオン結合、ファンデルワールス結合、静電結合又は水素結合を介して非共有結合的に、標識に結合したものである。あるいは、高親和性相互作用を使用する方法は、例えばビオチン、ストレプトアビジンのような、結合パートナー対の一方が他方へ結合するような同じ結果を実現することができる。
【００８６】
本明細書において使用される「核酸プローブ又はオリゴヌクレオチド」は、１種又は複数種の化学結合を介し、通常は相補的塩基対形成を介し、通常は水素結合形成を介し、相補的配列の標的核酸へ結合することが可能な核酸として定義される。本明細書において使用されるように、プローブは、天然の塩基（すなわち、Ａ、Ｇ、Ｃ、もしくはＴ）又は修飾された塩基（７−デアザグアノシン、イノシンなど）を含むことができる。加えて、プローブ中の塩基は、それがハイブリダイゼーションを機能的に妨害しない限りは、ホスホジエステル結合以外の結合により連結される。従って、例えばプローブは、構成的塩基がホスホジエステル結合以外のペプチド結合により連結されているようなペプチド核酸であることができる。当業者には、これらのプローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーに応じて、プローブ配列との完全な相補性を欠いている標的配列に結合することができることは理解されるであろう。これらのプローブは、同位元素、発色団、発ルミネセンス団、色原体により直接標識されるか、もしくは例えばストレプトアビジン複合体が後に結合するビオチンにより、間接的に標識されることが好ましい。プローブの存在又は非存在をアッセイすることにより、選択された配列又は部分配列の存在又は非存在を検出することができる。診断又は予後判定は、ゲノムレベルでの、又はＲＮＡもしくはタンパク質発現レベルで基礎とされうる。
【００８７】
「組換え体」という用語は、細胞、又は核酸、タンパク質、もしくはベクターに関して使用される場合、細胞、核酸、タンパク質又はベクターが、異種核酸もしくはタンパク質の導入又は未変性の核酸もしくはタンパク質の変更により修飾されていること、もしくは細胞がそのように修飾された細胞に由来することを示す。従って、例えば組換細胞は、未変性（ｎａｔｉｖｅ）の（非組換え）型細胞では認められない遺伝子を発現しているか、もしくはさもなければ異常発現されるか、過小発現されるか又は全く発現されない未変性の遺伝子を発現している。本明細書において「組換え核酸」という用語は、自然には通常認められない形状の、概して、核酸の操作、例えばポリメラーゼ及びエンドヌクレアーゼの使用により、当初インビトロにおいて形成された核酸を意味する。この方法において、異なる配列の操作可能な連結が実現される。従って、線状型で単離された核酸、又は通常は結合されないＤＮＡ分子のライゲーションによりインビトロにおいて形成された発現ベクターは、両方とも本発明の目的に関して組換え体と見なされる。一旦組換え核酸が作出され、宿主細胞又は生体に再導入されたならば、これは、非組換え的に、すなわちインビトロ操作ではなくむしろ宿主細胞のインビボ細胞機構を用いて複製する；しかし、このような核酸は、一度組換え的に作出され、その後非組換え的に複製するとしても、依然本発明の目的に関して組換え体と見なされることは理解される。同様に、「組換えタンパク質」は、組換え技術を用いて、すなわち前述の組換核酸の発現により作出されたタンパク質である。
【００８８】
「異種」という用語は、核酸の一部に関して使用される場合、この核酸が、通常は天然においては互いに同じ関係では認められない２種以上の部分配列を含むことを示している。例えば核酸は、典型的には組換えにより作出され、例えばひとつの給源からのプロモーター及び別の給源からのコード領域のように、例えば新たな機能性核酸を作成するようにアレンジされた無関係の遺伝子由来の２種以上の配列を有する。同様に、異種タンパク質は、天然においては互いに同じ関係では認められない２種以上の部分配列を意味することが多い（例えば、融合タンパク質）。
【００８９】
「プロモーター」は、核酸の転写を指示する核酸制御配列のアレイとして定義される。本明細書において使用されるように、プロモーターは、ポリメラーゼＩＩ型プロモーターの場合、ＴＡＴＡエレメントのような、転写開始部位近傍の必要な核酸配列を含む。プロモーターは、任意にこれは転写開始部位から数千個も離れた塩基対に位置する遠位エンハンサー又はリプレッサーエレメントも含むことができる。「構成的」プロモーターは、ほとんどの環境的及び発生的条件下で活性があるプロモーターである。「誘導可能な」プロモーターは、環境的又は発生的な調節下で活性があるプロモーターである。「操作可能な連結」という用語は、核酸発現制御配列（プロモーター、又は転写因子結合部位のアレイなど）と第二の核酸配列の間の機能性連結を意味し、ここで発現制御配列は、第二の配列に相当する核酸の転写を指示する。
【００９０】
「発現ベクター」は、宿主細胞における特定の核酸の転写を可能にする一連の特定化された核酸エレメントを伴う、組換え的又は合成的に作出された核酸構築物である。発現ベクターは、プラスミド、ウイルス又は核酸断片の一部であることができる。典型的には、発現ベクターは、プロモーターへ操作可能に連結された転写されるべき核酸を含む。
【００９１】
「選択的（又は特異的）にハイブリダイズする」という語句は、核酸及び他の生物学的なもの（ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ）の不均一集団（例えば総細胞又はＤＮＡもしくはＲＮＡのライブラリー）における、ヌクレオチド配列の存在の決定要因である特定のヌクレオチド配列へ、分子が結合、二重化又はハイブリダイズすることを意味する。同様に抗体への「特異的（又は選択的）結合」もしくは「特異的（又は選択的）免疫反応」という語句は、タンパク質又はペプチドに関して述べる場合、タンパク質及び他の生物学的なものの不均一集団における、タンパク質の存在の決定要因である結合反応を意味する。従って、指定されたイムノアッセイ条件下又は核酸ハイブリダイゼーション条件下で、特定化された抗体又は核酸プローブは、特定のタンパク質ヌクレオチド配列に、バックグラウンドの少なくとも２倍、より典型的にはバックグラウンドの１０〜１００倍で結合する。
【００９２】
このような条件下での抗体への特異的結合は、特定のタンパク質に関するその特異性について選択される抗体を必要としている。例えば、特定のタンパク質、多型変種、対立遺伝子、オルソログ、及び保存的に修飾された変種、もしくはスプライシング変種、又はそれらの一部に対して生じたポリクローナル抗体を選択し、望ましい前立腺癌タンパク質とは特異的に免疫反応性であるが他のタンパク質とはそうではないようなポリクローナル抗体のみを得ることができる。この選択は、他の分子と交差反応する抗体を差し引くことにより実現することができる。様々なイムノアッセイ様式を用い、特定のタンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択することができる。例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイ法は、タンパク質と特異的に免疫反応性である抗体を選択するために日常的に使用される（特異的免疫反応性を決定するために使用することができるイムノアッセイ様式及び条件の説明については例えば、ハーロウ（Ｈａｒｌｏｗ）及びレーン（Ｌａｎｅ）、「抗体：実験マニュアル（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ）」（１９８８）を参照のこと）。
【００９３】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という語句は、プローブが、典型的には核酸の複合混合物中のそれの標的部分配列へはハイブリダイズするが、他の配列にはしないような条件を意味する。ストリンジェントな条件は、配列によって決まり、かつ異なる環境においては異なるであろう。より長い配列は、より高温で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションへの広範な指針は、ティッセン（Ｔｉｊｓｓｅｎ）、「生化学及び分子生物学の技術−核酸ブローブとのハイブリダイゼーション（Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ−−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ｐｒｏｂｅｓ）」、「ハイブリダイゼーションの原理及び核酸アッセイ戦略の概略（Ｏｖｅｒｖｉｅｗ ｏｆ ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｓｉｄ ａｓｓａｙｓ）」（１９９３）を参照のこと。一般に、ストリンジェントな条件は、指定されたイオン強度のｐＨにおいて、特異的配列の融点（Ｔｍ）よりも約５〜１０℃低いように選択される。このＴｍは、標的に相補的なプローブの５０％が、平衡化した時点で標的配列へハイブリダイズする温度（指定されたイオン強度、ｐＨ及び核酸濃度での温度）である（Ｔｍで標的配列は過剰に存在し、プローブの５０％は平衡化時点で占拠される）。ストリンジェントな条件とは、塩濃度が、ｐＨ７．０〜８．３において、約１．０Ｍナトリウムイオン未満、典型的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン濃度（又は他の塩）であり、並びに温度が短プローブ（例えば、１０〜５０ヌクレオチド）について低くとも約３０℃、及び長プローブ（例えば５０ヌクレオチドより長い）について低くとも約６０℃である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドのような不安定化剤の添加によっても実現することができる。選択的又は特異的ハイブリダイゼーションに関して、陽性シグナルは、バックグラウンドの少なくとも２倍であり、好ましくはバックグラウンドハイブリダイゼーションの１０倍である。例示的ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は以下のものである：５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ、及び１％ＳＤＳ、４２℃でのインキュベーション、又は、５ｘＳＳＣ、１％ＳＤＳ、６５℃でのインキュベーション、０．２ｘＳＳＣによる洗浄、６５℃での０．１％ＳＤＳである。ＰＣＲに関して、約３６℃の温度は、典型的には低ストリンジェンシー増幅であるが、アニーリング温度は、プライマー長に応じて約３２℃〜４８℃で変動することができる。高ストリンジェンシーＰＣＲ増幅に関して、約６２℃の温度が典型であるが、高ストリンジェンシーアニーリング温度は、プライマー長及び特異性に応じて、約５０℃〜約６５℃までの範囲であることができる。典型的には、高及び低の両ストリンジェンシー増幅に関するサイクル条件は、９０℃〜９５℃の３０秒〜２分の変性相、３０秒〜２分続くアニーリング相、及び約７２℃で１〜２分の伸長相を含む。低及び高ストリンジェンシー増幅反応のプロトコール及び指針は、例えばＩｎｎｉｓらの「ＰＣＲプロトコール：方法及び適用の指針（ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）、（１９９０）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ社、Ｎ．Ｙ．）に提供されている。．
【００９４】
ストリンジェントな条件下では互いにハイブリダイズしない核酸は、それがコードしているこれらのポリペプチドが実質的に同じである場合は、依然実質的に同じである。これは、例えば核酸のコピーが遺伝暗号によりもたらされる最大のコドン縮重を用いて作成される場合に生じる。このような場合、核酸は、典型的には、中等度のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。例えば「中等度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、４０％ホルムアミド、１Ｍ ＮａＣｌ、１％ＳＤＳの緩衝液中での、３７℃でのハイブリダイゼーション、及び１ｘＳＳＣ中４５℃での洗浄を含む。陽性ハイブリダイゼーションは、バックグラウンドの少なくとも２倍である。当業者は、選択的（ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ）ハイブリダイゼーション及び洗浄条件を利用し、類似したストリンジェンシーの条件を提供することができることを容易に認識すると思われる。ハイブリダイゼーションパラメータの決定に関する追加の指針は、多くの参考文献に提供されており、例えばオースベル（Ａｕｓｕｂｅｌ）らの 「最新分子生物学プロトコール（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」に記されている。
【００９５】
前立腺癌タンパク質の活性を変調する化合物の試験に関するアッセイ法についての文脈上、「機能的作用」という語句は、前立腺癌を減少する能力のような、例えば機能的、物理的又は化学的作用のような、前立腺癌タンパク質又は核酸の間接的又は直接的影響下にあるパラメータを決定することを含む。これは、リガンド結合活性；軟寒天上での細胞成長；足場依存性；成長の接触阻止及び密度限界；細胞増殖；細胞の悪性転換；成長因子又は血清依存性；腫瘍特異マーカーレベル；マトリゲル（Ｍａｔｒｉｇｅｌ）への浸潤性；インビボにおける腫瘍成長及び転移；転移を受けている細胞におけるｍＲＮＡ及びタンパク質発現、及び前立腺癌細胞の他の特徴を含む。「機能的作用」は、インビトロ、インビボ、及びエクスビボ活性を含む。
【００９６】
「機能的作用の決定」とは、例えば機能的、酵素的、物理的又は化学的作用のような、前立腺癌タンパク質配列の間接的又は直接的影響下で、パラメータが増大又は減少する化合物をアッセイすることを意味する。このような機能的作用は、当業者に公知のいずれかの手段、例えば、タンパク質の分光学的特徴（例えば、蛍光、吸光度、屈折率）、水力学的特徴（例えば、形状）、クロマトグラフィー又は溶解度特性の変化、前立腺癌タンパク質の誘導可能なマーカー又は転写活性化の測定；結合活性の測定又は結合アッセイ法、例えば抗体又は他のリガンドへの結合、並びに細胞増殖の測定により決定することができる。前立腺癌に対する化合物の機能的作用の決定も、当業者に公知のインビトロアッセイ法のような前立腺癌アッセイ法を用いて行うことができ、例えば軟寒天上での細胞成長；足場依存性；成長の接触阻止及び密度限界；細胞増殖；細胞の悪性転換；成長因子又は血清依存性；腫瘍特異マーカーレベル；マトリゲルへの浸潤性；インビボにおける腫瘍成長及び転移；転移を受けている細胞におけるｍＲＮＡ及びタンパク質発現、及び前立腺癌細胞の他の特徴を含む。この機能的作用は、当業者に公知の多くの手段により評価することができ、例えば形態学的特徴の変化の定量的又は定性的測定のための顕微鏡検査、前立腺癌に関連した配列のＲＮＡ又はタンパク質レベルの変化の測定、ＲＮＡ安定性の測定、例えば化学発光、蛍光、比色反応、抗体結合、誘導可能なマーカー、及びリガンド結合アッセイ法などによる、下流またはレポーター遺伝子発現（ＣＡＴ、ルシフェラーゼ、β−ｇａｌ、ＧＦＰなど）の同定である。
【００９７】
前立腺癌ポリヌクレオチド及びポリペプチド配列の「インヒビター」、「アクチベーター」及び「モジュレーター」は、前立腺癌ポリヌクレオチド配列及びポリペプチド配列のインビトロアッセイ法及びインビボアッセイ法を用いて同定された分子又は化合物の活性化、阻害又は変調に関して使用される。インヒビターは、例えば、前立腺癌タンパク質に結合し、活性を部分的又は全体的にブロックし、活性又は発現を低下、妨害、活性化の遅延、失活、減感又はダウンレギュレートする化合物、例えばアンタゴニストである。アンチセンス核酸は、タンパク質の発現及びその後の機能を阻害するように見える。「アクチベーター」は、前立腺癌タンパク質活性を増大、開放（ｏｐｅｎ）、活性化、促進、活性増強、増感、作動又はアッップレギュレートする化合物である。インヒビター、アクチベーター又はモジュレーターも、前立腺癌タンパク質の遺伝的に修飾された型、例えば変更された活性を伴う型に加え、天然及び合成のリガンド、アンタゴニスト、アゴニスト、抗体、小化学分子などを含む。このようなインヒビター及びアクチベーターのアッセイ法は、例えば、インビトロ、細胞内又は細胞膜において前立腺癌タンパク質を発現すること、推定モジュレーター化合物を適用すること、及び次に活性に対する機能的作用を前述のように決定することを含む。前立腺癌細胞を試験化合物と共にインキュベーションし、表１〜１６に記した配列によりコードされた前立腺癌タンパク質のような、１種又は複数の前立腺癌タンパク質、例えば１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０種又はそれ以上の前立腺癌タンパク質の発現の増加又は減少を決定することにより、前立腺癌のアクチベーター及びインヒビターを同定することもできる。
【００９８】
可能性のあるアクチベーター、インヒビター、又はモジュレーターで処理することを含む前立腺癌タンパク質を含む試料又はアッセイ法は、阻害の程度を試験するために、インヒビター、アクチベーター、又はモジュレーターを含まない対照試料と比較される。対照試料（インヒビターで未処理）は、相対タンパク質活性値１００％に割当てられる。ポリペプチドの阻害は、対照に対する活性値が約８０％、好ましくは５０％、より好ましくは２５〜０％の場合に達成される。前立腺癌ポリペプチドの活性化は、対照（アクチベーターで未処理）に対する活性値が１１０％、より好ましくは１５０％、より好ましくは２００〜５００％（すなわち、対照に対して２〜５倍高い）、より好ましくは１０００〜３０００％高い場合に達成される。
【００９９】
「細胞成長の変化」という語句は、増殖巣の形成）、足場非依存性、半−固形又は軟寒天成長、成長の接触阻止及び密度限界の変化、成長因子又は血清要求の喪失、細胞の形態学的変化、不死化の獲得又は喪失、腫瘍特異マーカーの獲得又は喪失、適当な動物宿主へ注入した場合の腫瘍の形成又は抑制の能力、及び／又は細胞の不死化などの、インビトロ又はインビボにおける細胞成長及び増殖の特性のあらゆる変化を意味する。例えば、フレシュニー（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ）、「動物細胞の培養、基本技術マニュアル（Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）」、２３１−２４１頁（第３版、１９９４年）。
【０１００】
「腫瘍細胞」は、腫瘍における前癌性、癌性、及び正常細胞を意味する。
【０１０１】
「癌細胞」、「悪性転換された」細胞又は組織培養物における「悪性転換」は、新規遺伝物質の取込みに必ずしも関係するものではない自然発生又は誘導された表現型の変化を意味する。悪性転換は、形質転換しているウイルスによる感染及び新規ゲノムＤＮＡの組込み、又は外来ＤＮＡの取込みから生じるが、これは自然発生的に生じるか又は発癌性物質への曝露後に生じ、これにより内在性遺伝子が変異し得る。悪性転換は、細胞の不死化、異常な成長の制御、非形態学的変化、及び／又は悪性疾患のような、表現型の変化に関連している（例えば、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ、「動物細胞の培養、基本マニュアル（Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）」、（第３版、１９９４年）参照）。
【０１０２】
「抗体」とは、抗原と特異的に結合及び認識する免疫グロブリン遺伝子又はそれらの断片のフレームワーク領域を含むポリペプチドを意味する。認識された免疫グロブリン遺伝子は、κ、λ、α、γ、δ、ε、及びμ定常領域遺伝子に加え、無数の免疫グロブリン可変領域遺伝子を含む。軽鎖は、κ又はλのいずれかに分類される。重鎖は、γ、μ、α、δ又はεとして分類され、これは次に各々、免疫グロブリンクラスＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥを定義する。典型的には、抗体の抗原結合領域又はその機能的同等物は、結合の特異性及び親和性において最も重要である。ポール（Ｐａｕｌ）の「免疫学基礎（Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ）」を参照のこと。
【０１０３】
例示的免疫グロブリン（抗体）構造単位は、四量体を含む。各四量体は、２個のポリペプチド鎖の同一対で構成され、各対はひとつの「軽」鎖（約２５ｋＤ）及びひとつの「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端は、抗原認識に主に寄与する約１００〜１１０個又はそれよりも多いアミノ酸の可変領域を定義する。これらの用語可変軽鎖（ＶＬ）及び可変重鎖（ＶＨ）は、各々、これらの軽鎖及び重鎖を意味する。
【０１０４】
抗体は、例えば無傷の免疫グロブリンとして又は様々なペプチダーゼによる消化により産生される多数のよく特徴付けられた断片として存在する。従って例えばペプシンは、ヒンジ領域のジスルフィド結合の下側で抗体を消化し、Ｆ（ａｂ）’２である、Ｆａｂ二量体を形成し、これはそれ自身がジスルフィド結合によりＶＨ−ＣＨ１に連結した軽鎖である。このＦ（ａｂ）’２は、中等度の条件下で還元され、ヒンジ領域のジスルフィド結合を破壊し、これによりＦ（ａｂ）’２二量体をＦａｂ’単量体へ転化する。Ｆａｂ’単量体は、本質的にヒンジ領域の一部を伴うＦａｂである（「基礎免疫学」参照（Ｐａｕｌ編、第３版、１９９３年））。様々な抗体断片は、完全な抗体の消化に関して定義されるが、当業者は、このような断片は化学的又は組換えＤＮＡ技法を用いるかのいずれかで新規（ｄｅ ｎｏｖｏ）に合成され得ることを理解するであろう。従って、本明細書において使用される抗体という用語は、全抗体の修飾により作成されたか又は組換えＤＮＡ技法を用い新規に合成された抗体断片（例えば、単鎖Ｆｖ）もしくはファージディスプレイライブラリーを用い同定された抗体断片のいずれかをも含む（例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ、３４８：５５２−５５４（１９９０）参照）。
【０１０５】
例えば組換え体、モノクローナル抗体、又はポリクローナル抗体などの抗体の調製に関して、当技術分野において公知の多くの技術を使用することができる（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４９５−４９７（１９７５）；Ｋｏｚｂｏｒら、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ、４：７２（１９８３）；Ｃｏｌｅら、７７−９６頁、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ（１９８５）；Ｃｏｌｉｇａｎ、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（１９９１）；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８８）；及び、Ｇｏｄｉｎｇ、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ（第２版、１９８６）参照）。単鎖抗体の作成技術（米国特許第４，９４６，７７８号）は、本発明のポリペプチドに対する抗体を作出するために適用することができる。更に、トランスジェニックマウス又は他の哺乳類のようなその他の生物は、ヒト化された抗体を発現するために使用することができる。あるいは、ファージディスプレイ技術を、選択された抗原に特異的に結合する抗体及びヘテロマーＦａｂ断片を同定するために使用することができる（例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、Ｎａｔｕｒｅ、３４８：５５２−５５４（１９９０）；Ｍａｒｋｓら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１０：７７９−７８３（１９９２）参照）。
【０１０６】
「キメラ抗体」は、（ａ）定常領域、又はそれらの一部が変更、置換又は交換され、抗原結合部位（可変領域）が異なる又は変更されたクラス、エフェクター機能及び／もしくは種の定常領域、又はキメラ抗体に、例えば、酵素、毒素、ホルモン、成長因子、薬物などの新たな特性を付与する全体が異なる分子に連結され；又は、（ｂ）可変領域、又はそれらの一部が、異なる又は変更された抗原特異性を有する可変領域により変更、置換又は交換されるような、抗体分子である。
【０１０７】
前立腺癌に関連した配列の同定
ある局面において、遺伝子の発現レベルは、診断情報が望ましい様々な患者試料において発現プロフィールを提供するために決定される。特定の試料の発現プロフィールは、本質的に試料の状態の「フィンガープリント」であり；２つの状態は、同様に発現されたいずれか特定の遺伝子を有するが、多くの遺伝子の評価は、細胞の状態を特徴付けている遺伝子発現プロフィールの同時作成を可能にする。すなわち、正常組織（例えば、正常前立腺又は他の組織）は、前立腺の癌性又は転移性癌性組織から識別することができ、もしくは前立腺癌組織又は転移性前立腺癌性組織は、生存している癌患者からの前立腺の組織試料及び他の組織と比較することができる。わかっている様々な前立腺癌状態における組織の発現プロフィールを比較することにより、これらの状態の各々においてどの遺伝子が重要であるか（遺伝子の上方制御及び下方制御の両方を含む）に関する情報が得られる。
【０１０８】
非前立腺癌組織に対する前立腺癌において示差的に発現された配列の同定は、多くの方法でのこの情報の使用を可能にする。例えば、特定の治療方式を、評価することができ：化学療法薬は、特定の患者における前立腺癌を、従って腫瘍成長又は再発をダウン−レギュレートするように作用する。同様に、診断及び治療の転帰は、患者試料のわかっている発現プロフィールとの比較により行う又は確認することができる。転移性組織を分析し、組織の前立腺癌病期を決定することもできる。更に、これらの遺伝子発現プロフィール（又は個別の遺伝子）は、特定の発現プロフィールの模倣又は変更を視野に入れつつ、薬物候補のスクリーニングを可能にし；例えば、スクリーニングは、前立腺癌発現プロフィールを抑制する薬物について行うことができる。これは、重要な前立腺癌遺伝子のセットを含むバイオチップを作成することにより行うことができ、次にこれらのスクリーニングにおいて使用することができる。これらの方法は更に、タンパク質を基本に行うこともでき；すなわち、前立腺癌タンパク質のタンパク質発現レベルは、診断目的又は候補物質をスクリーニングするために評価することができる。加えて、前立腺癌核酸配列は、遺伝子療法目的に投与することができ、これは治療薬として投与されるアンチセンス核酸、又は前立腺癌タンパク質（抗体及び他のモジュレーターを含む）の投与を含む。
【０１０９】
従って本発明は、ここでは「前立腺癌配列」と称される、前立腺癌において示差的に発現された核酸及びタンパク質配列を提供する。以下に概説するように、前立腺癌配列は、前立腺癌において上方制御される（すなわち、より高いレベルで発現される）配列に加え、下方制御される（すなわち、より低いレベルで発現される）配列を含む。好ましい態様において、前立腺癌配列は、ヒトに由来するが；しかし、当業者には、他の生体の前立腺癌配列も、疾患及び薬物評価の動物モデルにおいて有用であることは理解されるであろう；従って、他の前立腺癌配列が、齧歯類（ラット、マウス、ハムスター、モルモットなど）、霊長類、家畜（ヒツジ、ヤギ、ブタ、ウシ、ウマなど）及びペットなど（イヌ、ネコなど）の哺乳類を含む脊椎動物から提供される。他の生体由来の前立腺癌配列は、以下に概説した技術を用いて得ることができる。
【０１１０】
前立腺癌配列は、核酸及びアミノ酸の両配列を含む。当業者に理解され、より詳細に以下に概説されるように、前立腺癌核酸配列は、様々な用途に有用であり、これは天然の核酸を検出する診断用途に加え、スクリーニング用途を含み；例えば、核酸プローブ又は選択された前立腺癌配列に対するプローブを伴うＰＣＲマイクロタイタープレートを含むバイオチップを作成することができる。
【０１１１】
前立腺癌配列は、本明細書に概説した前立腺癌配列に対する実質的核酸及び／又はアミノ酸配列の相同性により、最初に同定することができる。このような相同性は、核酸又はアミノ酸配列全体を基にすることができ、及び一般的にはホモロジープログラム又はハイブリダイゼーション条件のいずれかを用い、以下に概説するように決定される。
【０１１２】
前立腺癌に関連した配列を同定するためには、前立腺癌スクリーニングは、典型的には、例えば、正常組織及び癌性組織、又は転移性疾患を有する患者由来の腫瘍組織試料、対、非転移性組織のような、異なる組織において同定された遺伝子の比較を含む。別の適当な組織比較は、前立腺癌試料の、例えば肺癌、乳癌、消化器癌、卵巣などの他の癌の転移性癌試料との比較を含む。異なる病期の前立腺癌、例えば生存組織、薬物耐性状態、及び転移している組織などが、核酸プローブを含むバイオチップに適用される。これらの試料は、適用可能であるならば、最初に顕微解剖（ｍｉｃｒｏｄｉｓｓｅｃｔ）され、かつｍＲＮＡの調製について当技術分野において公知のように処理される。適当なバイオチップが、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社から市販されている。本明細書に記載のような遺伝子発現プロフィールが作成され、そのデータが解析される。
【０１１３】
ある態様において、正常及び疾患状態の間に発現の変化を示す遺伝子は、他の正常組織において、好ましくは正常前立腺であるが、肺、心臓、脳、肝臓、乳房、腎臓、筋肉、結腸、小腸、大腸、脾臓、骨及び胎盤も含み、これらに限定されるものではないものにおいて発現された遺伝子と比較される。好ましい態様において、他の組織において顕著な量で発現する前立腺癌スクリーニング中に同定される遺伝子は、このプロフィールから取り除かれるが、一部の態様においては、これは不要である。すなわち、薬物がスクリーニングされる場合、通常可能性のある副作用を最小化するために、標的は疾患特異的であることが好ましい。
【０１１４】
好ましい態様において、前立腺癌配列は、前立腺癌において上方制御され；すなわち、これらの遺伝子の発現は、非癌性組織に比べ前立腺癌組織においてより高い。本明細書において使用される「上方制御」は、少なくとも約２倍の変化、好ましくは少なくとも約３倍の変化を意味することが多く、少なくとも約５倍又はそれよりも多いことが好ましい。本明細書における全てのｕｎｉｇｅｎｅクラスタ同定番号及びアクセッション番号は、ＧｅｎＢａｎｋ配列データベースに関し、及びアクセッション番号の配列は、本明細書に参照として明確に組入れられている。ＧｅｎＢａｎｋは、当技術分野において公知であり、例えば、ベンソン（Ｂｅｎｓｏｎ， ＤＡ）ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２６：１−７（１９９８）及びｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／を参照のこと。配列は更に、他のデータベースにおいても利用可能であり、例としてヨーロッパ分子生物学研究所（Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、ＥＭＢＬ）及び日本のＤＮＡデータベース（ＤＤＢＪ）がある。
【０１１５】
別の好ましい態様において、前立腺癌配列は、前立腺癌において下方制御されるものであり；すなわち、これらの遺伝子の発現は、非癌性組織と比べ前立腺癌組織においてより低い（例えば、表８、１２及び１４参照）。本明細書において使用される「下方制御」は、少なくとも約１．５倍の変化、より好ましくは２倍の変化、好ましくは少なくとも約３倍の変化であることを意味することが多く、及び少なくとも約５倍又はそれを越える変化が最も好ましい。
【０１１６】
インフォマティクス
前立腺癌において過剰又は過小発現される遺伝子を同定する能力は、診断、治療、薬物開発、薬理遺伝学、タンパク質構造、バイオセンサーの開発の分野、及び他の関連する分野において使用することができる高解像度、高感度のデータベースを追加的に提供することができる。例えば、発現プロフィールは、前立腺癌患者の診断又は予後評価に使用することができる。さもなければ別の例として、細胞レベル以下の毒性情報は、薬物構造と活性の相関のより良く指示するよに作成することができる（Ａｎｄｅｒｓｏｎ、「薬学的プロテオミクス：標的、機構、及び機能（Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ： Ｔａｒｇｅｔｓ， Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ， ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ）」、ＩＢＣ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ会議、コロナド、ＣＡ（１９９８年６月１１〜１２日）参照）。細胞下レベルの毒性情報は、恐らく化学曝露の毒性作用及び可能性のある忍容可能な曝露閾値を推定するために、生物学的センサー装置において利用することもできる（米国特許第５，８１１，２３１号参照）。同様の利点が、他の生体分子及び生物活性物質（例えば、核酸、糖、脂質、薬物など）に関するデータベースから生み出される。
【０１１７】
従って別の態様において、本発明は、アッセイデータの少なくともひとつのセットを含むデータベースを提供する。このデータベースに含まれるデータは、例えば、単独で又はライブラリーフォーマットのいずれかのアレイ解析を用いて獲得される。このデータベースは、データが維持されかつ伝達される実質的ないずれかの形であることができるが、好ましくは電子データベースである。本発明の電子データベースは、例えばパーソナルコンピュータのようなデータベースへの保存及びアクセスを可能にする電子装置に維持することができるが、 ワールドワイドウェブ（ＷＷＷ）のような広域ネットワークに配布されることが好ましい。
【０１１８】
ペプチド配列データを含むデータベースに関する本項目は、説明を明確にすることのみに焦点を当てている。当業者には、同様のデータベースが、本発明のアッセイ法を用いて獲得されたアッセイデータについて集成することができることも理解されると思われる。
【０１１９】
前立腺癌である生物学的試料由来の相対的及び／又は絶対的に豊富な多種多様な分子種及び巨大分子種を同定及び／又は定量、すなわち本明細書に記された前立腺癌に関連した配列を同定するための組成物及び方法は、豊富な情報を提供し、これは病態、疾病素因、薬物試験、治療モニタリング、遺伝病と因果関係のある連鎖、免疫及び生理的状態との相関の確定などと関連づけることができる。本発明のアッセイから作成されたデータは哺乳類の検証及び分析に適しているが、好ましい態様において、高速コンピュータを用いて処理している先行データが利用される。
【０１２０】
生体分子情報を指標化しかつ検索する一連の方法は、当技術分野において公知である。例えば、米国特許第６，０２３，６５９号及び第５，９６６，７１２号は、配列が１種又は複数のタンパク質機能の階層に従いカタログ化及び検索されることを可能にする方法で生体分子配列情報を保存するリレーショナルデータベースシステムを開示している。米国特許第５，９５３，７２７号は、部分長配列の収集から完全長配列を得るために、１種又は複数の配列決定プロジェクトとの関係に従いカタログ化及び検索される部分長のＤＮＡ配列の収集を可能にするフォーマットに、情報を含む配列記録を有するリレーショナルデータベースを開示している。米国特許第５，７０６，４９８号は、キー（ｋｅｙ）配列と標的配列の間の類似性の程度を基にした遺伝子データベース中の配列データ項目に、類似した遺伝子配列の検索を行うための遺伝子データベース検索システムを開示している。米国特許第５，５３８，８９７号は、ｃｌｏｓｅｎｅｓｓ−ｏｆ−ｆｉｔ測定を使用する、推定された質量スペクトルの経験的に誘導された質量スペクトルとの比較により、コンピュータデータベースにおいてアミノ酸配列を同定するために、ペプチドの質量分析フラグメンテーションパターンを用いる方法を開示している。米国特許第５，９２６，８１８号は、ひとつより多い統合パス（ｃｏｎｓｏｌｉｄａｔｉｏｎ ｐａｔｈ）又は寸法に従い見積られた実際のデータの統合を必然的に伴う、オンライン解析処理（ＯＬＡＰ）として説明される多次元データ解析の相関関係（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｔｙ）を含む多次元データベースを開示している。米国特許第５，２９５，２６１号は、各データベース記録のフィールドが２つのクラス、すなわちナビゲーションデータ及びインフォメーショナルデータに分割されたハイブリッドデータベース構造を開示しており、このナビゲーションフィールドは、樹状構造としてもしくは２個以上のこのような樹状構造の合体として見ることができる階層性位相幾何学的マップの形で保存されている。
【０１２１】
同じくマウント（Ｍｏｕｎｔ）ら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２００１）；「生物学的配列解析：タンパク質及び核酸の確率論的モデル（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ： Ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ Ｍｏｄｅｌｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ）」（Ｄｕｒｂｉｎら編、１９９９）；「バイオインフォマティクス：遺伝子及びタンパク質解析の実践ガイド（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」（Ｂａｘｅｖａｎｉｓ及びＯｅｕｌｌｅｔｔｅ編、１９９８））；Ｒａｓｈｉｄｉ及びＢｕｅｈｌｅｒ、「バイオインフォマティクス：生物科学及び医薬における基本的応用（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ： Ｂａｓｉｃ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）」（１９９９）；「コンピュータ分子生物学への道（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」（Ｓｅｔｕｂａｌら編、１９９７）；「バイオインフォマティクス：方法及びプロトコール（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）」（Ｍｉｓｅｎｅｒ及びＫｒａｗｅｔｚ編、２０００）；「バイオンフォマティクス：配列、構造及びデータバンク：実践法（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ： Ｓｅｑｕｅｎｃｅ， Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ， ａｎｄ Ｄａｔａｂａｎｋｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）（Ｈｉｇｇｉｎｓ及びＴａｙｌｏｒ編、２０００）；Ｂｒｏｗｎ、「バイオインフォマティクス：バイオコンピューティングとインターネットに関する生物学者への指針（Ｂｉｏｉｎｆｏｍａｔｉｃｓ： Ａ Ｂｉｏｌｏｇｉｓｔ’ｓ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ ａｎｄ ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎｅｔ）」（２００１）；Ｈａｎ及びＫａｍｂｅｒ、「データ探索：概念と技術（Ｄａｔａ Ｍｉｎｉｎｇ： Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）」（２０００）；及び、Ｗａｔｅｒｍａｎ、「コンピュータ生物学の導入：マップ、配列及びゲノム（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ｍａｐｓ， Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ， ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅｓ）」（１９９５）も参照のこと。
【０１２２】
本発明は例えば、そこから各配列の特異性記録が得られた標的含有試料の給源を特定化するデータにより、クロス集計されたコンピュータで検索可能な形のアッセイデータ記録を保存してるコンピュータ及びソフトウェアを含むコンピュータデータベースを提供する。
【０１２３】
例示的態様において、少なくとも１種の標的含有試料の給源は、病理学的疾患とは無関係であることがわかっている対照組織試料に由来している。変型において、少なくとも１種の給源は、公知の病理学的組織標本であり、例えば新生物形成性病巣又は前立腺癌について分析されるべき別の組織標本である。別の変型において、アッセイ記録は、試料中の各標的標本について１種又は複数の下記のパラメータをクロス集計する：（１）例えば標的分子構造座標及び／又は特徴的分離座標（例えば、電気泳動座標）を含むことができる、独自の同定コード；（２）試料給源；並びに、（３）試料中に存在する標的種の絶対量及び／又は相対量。
【０１２４】
本発明は更に、コンピュータデータ保存装置中での標的データの収集の保存及び検索のためにも供され、これは磁気ディスク、光学ディスク、光磁気ディスク、ＤＲＡＭ、ＳＲＡＭ、ＳＧＲＡＭ、ＳＤＲＡＭ、ＲＤＲＡＭ、ＤＤＲＲＡＭ、磁気バブルメモリー装置、並びにＣＰＵレジスター及びｏｎ−ＣＰＵデータ保存アレイを含むその他のデータ保存装置である。典型的には、標的データ記録は、磁化可能媒体上の磁気ドメインのアレイ中にビットパターンとして又は電荷状態もしくはトランジスタゲート状態のアレイとして、例えばＤＲＡＭ装置のセルのアレイ（例えば、各セルはトランジスタ、及びトランジスタ上に位置することができる蓄電領域で構成される）として保存される。ある態様において、本発明は、このような記憶装置、及びそれらの間に構築されたコンピュータシステムを提供し、これは標的給源とクロス集計された少なくとも１０個の標的データ記録に関する独自の識別子を含むタンパク質発現フィンガープリント記録をコードしているビットパターンを含む。
【０１２５】
標的がペプチド又は核酸である場合、本発明は、好ましくは関連したペプチド又は核酸の配列を同定する方法を提供し、これは、コンピュータ記憶装置又はデータベースに保存されたもしくはそれから検索されたペプチド又は核酸配列アッセイ記録と、少なくとも１個の他の配列の間のコンピュータによる比較を実行する段階を含む。この比較は、配列解析又は比較アルゴリズム又はそれらの態様としてのコンピュータプログラム（例えば、ＦＡＳＴＡ、ＴＦＡＳＴＡ、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ）を含むことができ、及び／又はこの比較は、標本のポリペプチド又は核酸試料から決定された配列のプールにおけるペプチド又は核酸配列の相対量であることができる。
【０１２６】
本発明は、コンピュータ入力した配列の解析、比較、又は相対定量法における検索及び処理に適したファイルフォーマットで本発明のアッセイのデータをコードしているビットパターンを含む、ＩＢＭ互換性（ＤＯＳ、Ｗｉｎｄｏｗｓ、Ｗｉｎｄｏｗｓ９５／９８／２０００、Ｗｉｎｄｏｗｓ ＮＴ、ＯＳ／２）又は他のフォーマット（例えば、Ｌｉｎｕｘ、ＳｕｎＯＳ、Ｓｏｌａｒｉｓ、ＡＩＸ、ＳＣＯ Ｕｎｉｘ、ＶＭＳ、ＭＶ、Ｍａｃｉｎｔｏｓｈなど）フロッピーディスケット又はハード（内蔵型、Ｗｉｎｃｈｅｓｔｅｒ）ディスクドライブのような、磁気ディスクを提供することも好ましい。
【０１２７】
本発明は更に、イーサーネットケーブル（同軸又は１０ＢａｓｅＴ）、電話線、ＩＳＤＮ線、無線ネットワーク、光ケーブル、又は他の適当なシグナル送信媒体などのデータリンクを介して連結された複数のコンピュータ装置を備えた、ネットワークも提供し、これにより少なくとも１種のネットワーク装置（例えば、コンピュータ、ディスクアレイなど）は、本発明のアッセイから獲得されたデータをコードしているビットパターンを構成している、磁気ドメイン（例えば、磁気ディスク）及び／又は電荷ドメイン（例えば、ＤＲＡＭセルのアレイ）を含む。
【０１２８】
本発明は、モデム、ＩＳＤＮターミナルアダプター、ＤＳＬ、ケーブルモデム、ＡＴＭスイッチなどの電子通信装置上に電子シグナルを作成することを含むアッセイデータを送信するための方法も提供し、ここでシグナルは、（ネイティブ又は暗号化されたフォーマットで）アッセイからのデータ又は本発明の方法により得られた複数のアッセイ結果を含むデータベースをコードしているビットパターンを含む。
【０１２９】
好ましい態様において、本発明は、問い合せ標的を、本発明の方法により得られたアッセイ結果のような、データ構造のアレイを含むデータベースと比較し、かつ標的データの同一性及びギャップ重みの程度を基にデータベース標的をランキング化するためのコンピュータシステムを提供する。中央演算装置が初期化され、アッセイ結果の並置及び／又は比較のためのコンピュータプログラムが読込み及び実行される。問い合せ標的のデータは、Ｉ／Ｏ装置を介して中央演算装置に入力される。コンピュータプログラムの実行は、中央演算装置にデータファイルからアッセイデータを検索させることを生じ、これはアッセイ結果のバイナリー既述を含む。
【０１３０】
標的データ又は記録及びコンピュータプログラムは、二次メモリーへ転送することができ、これは典型的にはランダムアクセスメモリー（例えば、ＤＲＡＭ、ＳＲＡＭ、ＳＧＲＡＭ、又はＳＤＲＡＭ）である。標的は、選択されたアッセイ特性（例えば、選択された親和性部分への結合）及び問い合せ標的との同じ特性の一致の程度に従いランク化され、結果はＩ／Ｏ装置を介して出力される。例えば、中央演算装置は、通常のコンピュータ（例えば、Ｉｎｔｅｌ Ｐｅｎｔｉｕｍ、ＰｏｗｅｒＰＣ、Ａｌｐｈａ、ＰＡ−８０００、ＳＰＡＲＣ、ＭＩＰＳ ４４００、ＭＩＰＳ １００００、ＶＡＸなど）であることができ；プログラムは、市販又は公開のドメインの分子生物学ソフトウェアパッケージ（例えば、ＵＷＧＣＧ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｄａｒｗｉｎ）であることができ；データファイルは、光学又は磁気ディスク、データサーバー、メモリー装置（例えば、ＤＲＡＭ、ＳＲＡＭ、ＳＧＲＡＭ、ＳＤＲＡＭ、ＥＰＲＯＭ、バブルメモリー、フラッシュメモリーなど）であることができ；Ｉ／Ｏ装置は、ビデオディスプレイ及びキーボード、モデム、ＩＳＤＮターミナルアダプター、イーサーネットポート、パンチカードリーダー、磁気ストリップリーダー、又は他の適当なＩ／Ｏ装置を備えるターミナルであることができる。
【０１３１】
本発明は更に、前述のようなコンピュータシステムの使用を提供することも好ましく、これは以下を含む：（１）コンピュータ；（２）コンピュータ内に保存することができる、本発明の方法により得られたペプチド配列特異性記録の収集をコードしている保存されたビットパターン；（３）問い合せ標的のような、比較標的；及び、（４）典型的にはコンピュータ処理した類似性値を基にした比較結果の順位検定（ｒａｎｋ−ｏｒｄｅｒｉｎｇ）による、並置及び比較のためのプログラムである。
【０１３２】
前立腺癌に関連したタンパク質の特徴
本発明の前立腺癌タンパク質は、分泌タンパク質、膜貫通タンパク質又は細胞内タンパク質として分類することができる。ある態様において、前立腺癌タンパク質は、細胞内タンパク質である。細胞内タンパク質は、細胞質及び／又は核において認めることができる。細胞内タンパク質は、細胞機能及び複製（例えばシグナル伝達経路を含む）の全ての局面に関与し；このようなタンパク質の異常な発現は、未調節又は非調節の細胞プロセスを生じることも多い（例えば、「細胞の分子生物学（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ）」（Ａｌｂｅｒｔｓ編、第３版、１９９４）参照）。多くの細胞内タンパク質は、例えばプロテインキナーゼ活性、タンパク質リン酸化活性、プロテアーゼ活性、ヌクレオチドシクラーゼ活性、ポリメラーゼ活性などの酵素活性を有する。細胞内タンパク質は、タンパク質の複合体の組織化、又は様々な細胞下局在へのタンパク質の標的化に関連し、かつオルガネラの構造完全性の維持に関連しているドッキングタンパク質としても利用することができる。
【０１３３】
タンパク質の特徴決定における次第に理解されつつある概念は、定義された機能が貢献している１種又は複数のモチーフのタンパク質の存在である。タンパク質の酵素ドメインにおいて認められた高度に保存された配列に加え、タンパク質−タンパク質相互作用に関連したタンパク質において、高度に保存された配列が同定される。例えば、Ｓｒｃ−ホモロジー２（ＳＨ２）ドメインは、配列に依存型の様式でチロシンリン酸化標的に結合する。ＳＨ２ドメインとは区別されるＰＴＢドメインも、チロシンリン酸化標的に結合する。ＳＨ３ドメインは、プロリンリッチ標的へ結合する。加えてほんのわずかが命名されたＰＨドメイン、テトラトリコペプチド（ｔｅｔｒａｔｒｉｃｏｐｅｐｔｉｄｅ）反復配列及びＷＤドメインは、タンパク質−タンパク質相互作用を媒介することが示されている。これらの一部は、リン脂質又は他のセカンドメッセンジャーへの結合にも関連している。当業者には理解されるように、これらのモチーフは、一次配列を基に同定することができ；従って、タンパク質配列の分析は、分子及び／又はタンパク質と会合し得る分子の両方の酵素的可能性に関する洞察を提供することができる。ひとつの有用なデータベースは、Ｐｆａｍ（タンパク質ファミリー）であり、これは複数の配列アラインメント及び多くの共通タンパク質ドメインを対象とする隠れたマルコフモデルの大きな収集である。バージョンは、ワシントン大学（Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）（セントルイス）、サンガー研究所（ｔｈｅ Ｓａｎｇｅｒ Ｃｅｎｔｅｒ）（英国）、及びキャロラインスカ研究所（Ｋａｒｏｌｉｎｓｋａ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）（スウェーデン）からインターネットで入手可能である（例えば、Ｂａｔｅｍａｎら、Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２８：２６３−２６６（２０００）；Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、２８：４０５−４２０（１９９７）；Ｂａｔｅｍａｎら、Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２７：２６０−２６２（１９９９）；及び、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２６：３２０−３２２（１９９８）を参照）。
【０１３４】
別の態様において、前立腺癌配列は、膜貫通タンパク質である。膜貫通タンパク質は、細胞のリン脂質二重層にまたがる分子である。これらは、細胞内ドメイン、細胞外ドメイン、又は両方を有する。このようなタンパク質の細胞内ドメインは、細胞内タンパク質について既に説明されたものを含む多くの機能を有することができる。例えば、細胞内ドメインは、酵素活性を有し、及び／又は追加タンパク質の結合部位として利用することができる。膜貫通タンパク質の細胞内ドメインは、両方の役割を果たすことが多い。例えばある受容体チロシンキナーゼは、プロテインキナーゼ活性及びＳＨ２の両ドメインを有する。加えて、チロシンの受容体分子それ自身に対する自己リン酸化は、追加のＳＨ２ドメインを含むタンパク質の結合部位を形成する。
【０１３５】
膜貫通タンパク質は、ひとつから多数の膜貫通ドメインを含み得る。例えば、受容体チロシンキナーゼ、ある種のサイトカイン受容体、受容体グアニリルシクラーゼ及び受容体セリン／トレオニンプロテインキナーゼは、１個の膜貫通ドメインを含む。しかし、チャネル及びアデニリルシクラーゼを含む様々な他のタンパク質は、複数の膜貫通ドメインを含む。Ｇタンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）のような多くの重要な細胞表面受容体は、７個の膜を貫通する領域を含むので、これらは「７回膜貫通ドメイン」タンパク質として分類される。膜貫通ドメインの特徴は、およそ２０個の連続的疎水性アミノ酸を含み、それに帯電したアミノ酸が続く。従って特定のタンパク質のアミノ酸配列の分析時には、タンパク質内の膜貫通ドメインの局在化及び数を推定することができる（例えば、ＰＳＯＲＴウェブサイト参照、ｈｔｔｐ：／／ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ／）。重要な膜貫通タンパク質受容体は、インスリン受容体、インスリン様成長因子受容体、ヒト成長ホルモン受容体、グルコース輸送体、トランスフェリン受容体、上皮増殖因子受容体、低密度リポタンパク質受容体、上皮増殖因子受容体、レプチン受容体、インターロイキン受容体、例えばＩＬ−１受容体、ＩＬ−２受容体などを含むが、これらに限定されるものではない。
【０１３６】
膜貫通タンパク質の細胞外ドメインは多様であるが；しかし、保存されたモチーフは、様々な細胞外ドメイン間で繰り返し認められる。保存された構造及び／又は機能は、異なる細胞外モチーフによるものである。多くの細胞外ドメインは、他の分子への結合に関連している。ある局面において、細胞外ドメインは、受容体上に認められる。受容体ドメインに結合した因子は、循環（ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ）リガンドを含み、これはペプチド、タンパク質又はアデノシンなどのような小分子であることができる。例えば、ＥＧＦ、ＦＧＦ及びＰＤＧＦのような増殖因子は、それらのコグネイト受容体に結合し、様々な細胞反応を開始する循環増殖因子である。他の因子は、サイトカイン、分裂促進因子、神経栄養因子などを含む。細胞外ドメインも、細胞に会合した分子に結合する。この点において、これらは細胞−細胞相互作用を媒介する。細胞に会合したリガンドは、例えばグリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）アンカーにより、細胞に束縛されるか、もしくはそれら自身膜貫通タンパク質であることができる。細胞外ドメインは、細胞外マトリックスにも関連し、細胞構造の維持に貢献している。
【０１３７】
膜貫通している前立腺癌タンパク質は、本明細書に記載のように、免疫療法に関して容易に接近可能な標的であるので、これらは本発明において特に好ましい。加えて以下に概説するように、膜貫通タンパク質は、画像形成のモダリティにおいても有用である。抗体を用い、このようなインサイチュで容易に接近可能なタンパク質を標識することができる。あるいは、抗体は、細胞内タンパク質を標識することもでき、この場合試料は典型的には細胞内タンパク質へ接近させるために透過性を上昇させる。
【０１３８】
膜貫通タンパク質は、例えば組換え法により、膜貫通配列を除去することにより可溶性とすることができることも当業者には理解されるであろう。更に、可溶性とされた膜貫通タンパク質は、適当なシグナル配列を加えることにより、組換え手段を通じ分泌することができる。
【０１３９】
別の態様において、前立腺癌タンパク質は、分泌タンパク質であり；その分泌は、構成的であるか又は調節されるかのいずれかであることができる。これらのタンパク質は、この分子を分泌経路へと標的化するシグナルペプチド又はシグナル配列を含む。分泌されたタンパク質は、多くの生理的事象に関連し；それらの循環の性質によって、これらは、様々な他の細胞型へのシグナル伝達に利用される。この分泌タンパク質は、オートクリン方式（その因子を分泌した細胞に作用する）、パラクリン方式（その因子を分泌した細胞に非常に近傍にある細胞に作用する）又はエンドクリン方式（遠い細胞に作用する）で機能することができる。従って、分泌された分子は、多くの生理的局面を変調又は変更することでの使用が認められる。分泌タンパク質である前立腺癌タンパク質は、例えば血液、血漿、血清又は糞便試験のような、診断マーカーの良好な標的として利用されるので、本発明において特に好ましい。
【０１４０】
前立腺癌核酸の使用
前述のように、前立腺癌配列は、ここで概説された前立腺癌配列との実質的核酸及び／又はアミノ酸配列の相同性又は連結により、最初に同定される。このような相同性は、全般的核酸又はアミノ酸配列を基にすることができ、及び一般には以下に概説したように、相同性プログラム又はハイブリダイゼーション条件のいずれかを用い決定される。典型的には、ｍＲＮＡ上に連結された配列は、同じ分子上で認められる。
【０１４１】
例えば表１〜１６の配列のような、本発明の前立腺癌核酸配列は、比較的大きい遺伝子の断片であることができ、すなわち、これらは核酸セグメントである。この状況における「遺伝子」は、コード領域、非コード領域、並びにコード及び非コード領域の混合物を含む。従って、当業者に理解されるように、本明細書に提供された配列を用い、前立腺癌遺伝子のいずれかの方向へ拡張された配列を、比較的長い配列又は完全長配列のいずれかをクローニングするための当技術分野において周知の技術を用いて得ることができる。これはオースベル（Ａｕｓｕｂｅｌ）らの論文（前掲）を参照のこと。多くは、インフォマティクスにより行うことができ、多くの配列は、例えばＵｎｉＧｅｎｅのようなシステムのように、単独の遺伝子に対応する複数の配列を含むようにクラスタ化される（ｈｔｔｐ／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＵｎｉＧｅｎｅ／参照）。
【０１４２】
一旦前立腺癌核酸が同定されたならば、これはクローニングすることができ、必要ならば、その構成的部分は組換えられ、前立腺癌核酸コード領域全体又はｍＲＮＡ配列全体を形成する。一旦その天然の給源から単離され、例えばプラスミド又は他のベクター内に含まれるか、又は線状核酸セグメントとしてそれらから切り出されると、この組換え前立腺癌核酸は、プローブとして、例えば拡張されたコード領域のように、他の前立腺癌核酸を同定及び単離するために更に使用することができる。これは、「前駆体」核酸として、修飾された又は変種前立腺癌核酸及びタンパク質を作成するためにも使用することができる。
【０１４３】
本発明の前立腺癌核酸は、いくつかの方法で使用される。第一の態様において、以下に概説されるように、前立腺癌核酸に対する核酸プローブを作成し、スクリーニング及び診断法において使用されるバイオチップに付着されるか、もしくは例えば遺伝子療法、ワクチン及び／又はアンチセンス用途のために投与される。あるいは、前立腺癌タンパク質のコード領域を含む前立腺癌核酸は、前立腺癌タンパク質の発現のため、更にはスクリーニング目的のため又は患者への投与のために、発現ベクターに組込むことができる。
【０１４４】
好ましい態様において、前立腺癌核酸に対する核酸プローブ（図に概説した核酸配列及び／又はそれらの相補体の両方）が作成される。バイオチップに結合された核酸プローブは、前立腺癌核酸と実質的に相補的、すなわち、標的配列（例えばサンドイッチアッセイ法において、試料の標的配列又は他のプローブ配列のいずれか）であるように設計され、その結果標的配列と本発明のプローブとのハイブリダイゼーションが生じる。以下に概説したように、この相補性の必要性は完全ではなく；標的配列と本発明の１本鎖核酸の間のハイブリダイゼーションを妨害するであろういくつかの塩基対ミスマッチが存在してもよい。しかし、変異の数があまりにも多いと、ハイブリダイゼーション条件が最低のストリンジェントであっても、ハイブリダイゼーションは生じず、この配列は相補的標的配列ではない。従って本明細書における「実質的相補性」は、以下に概説するように、正常な反応条件下で、特に高ストリンジェント条件下で、プローブが標的配列に対してハイブリダイズするのに十分に相補性であることを意味する。
【０１４５】
核酸プローブは、一般に１本鎖であるが、一部１本鎖及び一部２本鎖であることもできる。このプローブの鎖形成は、標的配列の構造、組成、及び特性により指定される。一般に、核酸プローブは約８〜約１００塩基長の範囲であり、約１０〜約８０塩基が好ましく、約３０〜約５０塩基が特に好ましい。すなわち、一般に全遺伝子は使用されない。一部の態様において、非常に長い核酸を使用することができ、最大数百塩基に及ぶ。
【０１４６】
好ましい態様において、重複するプローブ又は使用される標的の異なる区画へのプローブのいずれかである、１配列につき１個よりも多いプローブが使用される。すなわち、２、３、４個又はそれよりも多いプローブであり、好ましくは３個を使用し、特定の標的の重複性を構築する。これらのプローブは、重複する（すなわち、共通するいくつかの配列を有する）、又は分離することができる。場合によっては、ＰＣＲプライマーを、より高い感度のシグナルを増幅するために使用することができる。
【０１４７】
当業者に理解されるように、核酸は、多種多様な方法で固相支持体に結合又は固定することができる。本明細書において「固定された」及び文法上の同等物は、核酸プローブと固相支持体の間の会合又は結合を意味し、及び固相支持体は、以下に概説するように、結合、洗浄、分析及び除去の条件下で安定であるのに十分である。この結合は、典型的には共有的又は非共有的であることができる。本明細書における「非共有結合」及び文法上の同等物は、１種又は複数の静電気的、親水性及び疎水性相互作用を意味する。非共有結合に含まれるのは、例えばストレプトアビジンの支持体へのような分子の共有付着（ｃｏｖａｌｅｎｔ ａｔｔａｃｈｍｅｎｔ）、及びビオチン化されたプローブのストレプトアビジンへの非共有的結合である。本明細書における「共有結合」及び文法上の同等物は、固相支持体及びプローブの２個の部分が少なくとも１個の結合により付着されることを意味し、これはσ結合、π結合及び配位結合を含む。共有結合は、プローブと固相支持体の間に直接形成することができるか、あるいは固相支持体上もしくはプローブ上のいずれか又は両分子上において特異的反応基の架橋又は包接（ｉｎｃｌｕｓｉｏｎ）により形成することができる。固定は更に、共有的及び非共有的相互作用の組合せに関与することもできる。
【０１４８】
一般に、これらのプローブは、当業者に理解されるように、多種多様な方法でバイオチップに付着することができる。本明細書に記されているように、核酸は、最初に合成され、その後バイオチップへ付着されるか、もしくは直接バイオチップ上に合成されるかのいずれであってもよい。
【０１４９】
バイオチップは、適当な固相基体を含む。本明細書における「基体」又は「固相支持体」又は他の文法上の同等物は、核酸プローブの付着又は会合に適した個別の個々の部位を含むように修飾することができ、少なくとも１種の検出法に基づいて吟味可能である材料を意味する。当業者に理解されるように、可能性のある基体の数は、非常に大きく、並びにガラス、及び改質又は機能化されたガラス、プラスチック（アクリル、ポリスチレン、並びにスチレン及び他の材料のコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、ＴｅｆｌｏｎＪなど）、多糖類、ナイロン又はニトロセルロース、樹脂、シリカ又はシリコーン及び改質されたシリコーン、炭素、金属、無機ガラス、プラスチックを含むシリカ−ベースの材料などを含むが、これらに限定されるものではない。一般に、これらの基体は、光学的検出が可能であり、認知できるようには発蛍光しない。好ましい基体は、１９９９年３月１５日に出願された継続出願である米国特許出願第０９／２７０，２１４号、名称「再利用可能な低蛍光プラスチック製バイオチップ（Ｒｅｕｓａｂｌｅ Ｌｏｗ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｌａｓｔｉｃ Ｂｉｏｔｉｐ）」に開示されており、これは本明細書に参照として組入れられている。
【０１５０】
一般に、基体は平板であるが、当業者に理解されるように、更に他の基体の形状も使用することができる。例えば、これらのプローブは、試料容量を最小化するための試料解析のフロースルーに関して、チューブの内面に配置することができる。同様にこれらの基体は、特定のプラスチックで製造された独立気泡を含む、軟質フォームのように柔軟性であることができる。
【０１５１】
好ましい態様において、バイオチップ及びプローブの表面は、これら２種の引き続きの付着のための化学官能基により誘導体化することができる。従って、例えば、バイオチップは、アミノ基、カルボキシル基、オキソ基及びチオール基を含むが、これらに限定されるものではないような化学官能基により誘導体化することができ、アミノ基が特に好ましい。これらの官能基の使用により、プローブは、プローブ上の官能基を用いて付着される。例えば、アミノ基を含む核酸は、例えば当技術分野において公知のリンカーを用い、アミノ基を含む表面に付着することができ；例えば、ホモ二官能性又はヘテロ二官能性のリンカーも周知である（１９９４年、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ社カタログ、クロス−リンカーの技術編、１５５−２００頁参照）。加えて、場合によっては、追加のリンカー、例えばアルキル基（置換された及びヘテロアルキル基を含む）を使用することができる。
【０１５２】
この態様において、オリゴヌクレオチドは、当技術分野において公知のように合成され、その後固相支持体の表面に付着される。当業者に理解されるように、５’又は３’末端のいずれかを固相支持体に付着させても、または付着は内部ヌクレオシドを介していてもよい。
【０１５３】
別の態様において、固相支持体への固定は、非常に強力であるが、依然非共有的である。例えば、ビオチン化されたオリゴヌクレオチドを作成することができ、これはストレプトアビジンで共有的に被覆された表面に結合し、付着を生じる。
【０１５４】
あるいは、オリゴヌクレオチドは、当技術分野において公知であるように、表面で合成することができる。例えば、光重合化合物及び技術を使用する光活性化技術が使用される。好ましい態様において、これらの核酸は、国際公開公報第９５／２５１１６号；国際公開公報第９５／３５５０５号；米国特許第５，７００，６３７号及び第５，４４５，９３４号のような、周知の写真平板技法を用い、インサイチュで合成することができ；並びにそこに引用された参考文献は全て明確に本明細書に参照として組入れられており；これらの付着形成法は、Ａｆｆｉｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）技術の基礎を形成している。
【０１５５】
しばしば、前立腺癌に関連した配列の発現レベルを測定するために、増幅−ベースのアッセイ法が行われる。これらのアッセイ法は、典型的には逆転写と組合せて行われる。このようなアッセイ法において、前立腺癌に関連した核酸配列は、増幅反応において鋳型として作用する（例えばポリメラーゼ連鎖反応、又はＰＣＲ）。定量的増幅において、増幅産物の量は、当初の試料中の鋳型の量に比例すると思われる。適当な対照との比較は、前立腺癌に関連したＲＮＡの量の測定を提供する。定量的増幅の方法は、当業者には周知である。定量的ＰＣＲに関する詳細なプロトコールは、例えば、Ｉｎｎｉｓら、「ＰＣＲプロトコール、方法及び適用の指針（ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）」（１９９０年）を参照のこと。
【０１５６】
一部の態様において、ＴａｑＭａｎベースのアッセイ法が、発現の測定に使用される。ＴａｑＭａｎベースのアッセイ法は、５’側に蛍光色素及び３’側に消光剤を含む蛍光オリゴヌクレオチドプローブを使用する。このプローブは、ＰＣＲ産物にハイブリダイズするが、３’末端のブロック剤のために、それ自身は伸長できない。ＰＣＲ産物が連続サイクルにおいて増幅される場合、ポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性、例えばＡｍｐｌｉＴａｑは、ＴａｑＭａｎプローブの切断を生じる。この切断は、５’側蛍光色素と３’側消光剤とを分離し、これにより増幅の関数としての蛍光の増加を生じる（例えば、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ社により提供された文献、ｗｗｗ２．ｐｅｒｋｉｎ−ｅｌｍｅｒ．ｃｏｍを参照のこと）。
【０１５７】
他の適当な増幅方法は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（Ｗｕ及びＷａｌｌａｃｅ、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ、４：５６０（１９８９）、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４１：１０７７（１９８８）、及びＢａｒｒｉｎｇｅｒら、Ｇｅｎｅ、８９：１１７（１９９０））、転写増幅（Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８６：１１７３（１９８９））、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８７：１８７４（１９９０））、ドットＰＣＲ、及びリンカーアダプターＰＣＲなどを含むが、これらに限定されるものではない。
【０１５８】
核酸からの前立腺癌タンパク質の発現
好ましい態様において、例えば前立腺癌タンパク質をコードしている前立腺癌核酸を用い、以下に説明するような、前立腺癌タンパク質を発現しその後スクリーニングアッセイ法に使用するための様々な発現ベクターが作出される。発現ベクター及び組換えＤＮＡ技術は、当業者に周知であり（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ、前掲、及び「遺伝子発現システム（Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ）」（Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ及びＨｏｅｆｆｌｅｒ編、１９９９年）参照）、及びタンパク質を発現するために使用することができる。発現ベクターは、自己複製する染色体外ベクターであるか、又は宿主ゲノムへ組込まれるベクターのいずれかであることができる。一般に、これらの発現ベクターは、前立腺癌タンパク質をコードしている核酸に操作可能に連結された転写及び翻訳調節核酸を含む。「制御配列」という用語は、特定の宿主生物内で操作可能に連結されたコード配列の発現に使用されるＤＮＡ配列を意味する。原核細胞に適している制御配列は、例えばプロモーターを、任意にオペレーター配列、及びリボソーム結合部位を含む。真核細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーを利用することがわかっている。
【０１５９】
核酸は、別の核酸配列と機能性の関係に置かれた場合に、「操作可能に連結される」。例えばプレ配列又は分泌リーダーのためのＤＮＡは、これがこのポリペプチドの分泌に参加するプレタンパク質として発現される場合、ポリペプチドのＤＮＡに操作可能に連結され；プロモーター又はエンハンサーは、これがその配列の転写に影響を及ぼす場合は、コード配列に操作可能に連結されるか；又は、リボソーム結合部位は、これが翻訳を促進するように位置した場合には、コード配列に操作可能に連結される。一般に、「操作可能に連結される」とは、連結されたＤＮＡ配列が、隣接であり、並びに分泌リーダーの場合隣接しリーディング相にあることを意味する。しかし、エンハンサーは隣接している必要はない。連結は、典型的には都合の良い制限部位のライゲーションにより達成される。このような部位が存在しない場合は、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーが、通常の実践に従い使用される。転写及び翻訳調節核酸は、一般に前立腺癌タンパク質を発現するために使用される宿主細胞に適している。多くの種類の適当な発現ベクター、及び適当な調節配列が、様々な宿主細胞について当技術分野において公知である。
【０１６０】
一般に、転写及び翻訳調節配列は、プロモーター配列、リボソーム結合部位、転写開始及び停止配列、翻訳開始及び停止配列、並びにエンハンサー又はアクチベーター配列を含むことができるが、これらに限定されるものではない。好ましい態様において、調節配列は、プロモーター及び転写開始及び停止配列を含む。
【０１６１】
プロモーター配列は、構成的又は誘導的プロモーターのいずれかをコードしている。これらのプロモーターは、天然のプロモーター又はハイブリッドプロモーターのいずれかである。ハイブリッドプロモーターは、１種よりも多いプロモーターのエレメントを組合わせているが、これも当技術分野において公知であり、本発明において有用である。
【０１６２】
加えて、発現ベクターは、追加のエレメントを含むことができる。例えば発現ベクターは、２種の複製システムを有することがあり、従って例えば発現のためには哺乳類又は昆虫細胞において並びにクローニング及び増幅のためには原核宿主においてのように、２種の生体において維持されることができる。更に、発現ベクターを組込むために、この発現ベクターは、宿主細胞ゲノムに対する少なくとも１種の配列相同性を有し、好ましくは発現構築物にフランキングしている２種の相同配列を有する。組込みベクターは、ベクター内の封入のための適当な相同配列の選択により、宿主細胞の特異的座に指示することができる。ベクター組込みのための構築物は、当技術分野において周知である（例えば、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ及びＨｏｅｆｆｌｅｒ、前掲）。
【０１６３】
加えて、好ましい態様において、発現ベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を可能にする選択マーカー遺伝子を含む。選択遺伝子は、当技術分野において周知であり、かつ使用される宿主細胞によって異なるであろう。
【０１６４】
本発明の前立腺癌タンパク質は、前立腺癌タンパク質の発現を誘導又は惹起するのに適した条件下での、前立腺癌タンパク質をコードしている核酸を含む発現ベクターにより形質転換された宿主細胞の培養により作出される。前立腺癌タンパク質発現に適した条件は、発現ベクター及び宿主細胞の選択により変動し、当業者はこれを日常的な実験又は最適化を通じて容易に確かめるであろう。例えば、発現ベクターにおける構成的プロモーターの使用は、宿主細胞の成長及び増殖を最適化するために必要である一方で、誘導可能なプロモーターの使用は、誘導のための適当な成長条件を必要とする。加えて、一部の態様において、回収の時期が重要である。例えば、昆虫細胞発現に使用されるバキュロウイルスシステムは、溶解性ウイルスであり、その結果回収時期の選択は、産物収量にとって決定的である。
【０１６５】
適当な宿主細胞は、酵母、細菌、古細菌、真菌、並びに昆虫及び動物の細胞であり、哺乳類細胞を含む。特に興味深いのは、サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）及び他の酵母、大腸菌、バシラスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｓｆ９細胞、Ｃ１２９細胞、２９３細胞、アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ＢＨＫ、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ細胞、ＨＵＶＥＣ（ヒト臍帯静脈上皮細胞）、ＴＨＰ１細胞（マクロファージ細胞株）及び様々なその他のヒト細胞及び細胞株である。
【０１６６】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質は、哺乳類細胞において発現される。哺乳類発現システムも、当技術分野において公知であり、レトロウイルス及びアデノウイルスシステムを含む。ひとつの発現ベクターシステムは、一般にＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０１９号及びＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０４８号に開示されるような、レトロウイルスベクターシステムであり、両方とも本明細書に明確に参照として組入れられている。特に哺乳類プロモーターとして利用されるのは、哺乳類ウイルス遺伝子由来のプロモーターであり、その理由はこのウイルス遺伝子は高度に発現されることが多く及び広い宿主領域を有するからである。例は、ＳＶ４０初期プロモーター、マウス乳癌ウイルスＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター、単純ヘルペスウイルスプロモーター、及びＣＭＶプロモーターがある（例えば、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ及びＨｏｅｆｆｌｅｒ、前掲参照）。典型的には、哺乳類細胞により認識された転写終結配列及びポリアデニル化配列は、停止コドンを翻訳するために３’側に位置した調節領域であり、従って、プロモーターエレメントと共に、コード配列にフランキングしている。転写ターミネーターシグナル及びポリアデニル化シグナルの例は、ＳＶ４０由来のものを含む。
【０１６７】
外来性核酸を哺乳類宿主に加えその他の宿主へ導入する方法は、当技術分野において周知であり、使用される宿主細胞により変動するであろう。技術は、デキストラン媒介型トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿法、ポリブレン−媒介型トランスフェクション、プロトプラスト融合法、電気穿孔、ウイルス感染、リポソーム内へのポリヌクレオチドの封入、及びＤＮＡの核への直接の微量注入を含む。
【０１６８】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質は、細菌システムにおいて発現される。細菌発現システムは、当技術分野において周知である。バクテリオファージ由来のプロモーターも使用され、当技術分野において公知である。加えて合成プロモーター及びハイブリッドプロモーターも有用であり；例えば、ｔａｃプロモーターは、ｔｒｐプロモーター配列とｌａｃプロモーター配列のハイブリッドである。更に、細菌プロモーターは、細菌ＲＮＡポリメラーゼへ結合しかつ転写を開始する能力を有する細菌起源でない天然のプロモーターを含むことができる。機能性プロモーター配列に加え、効率的リボソーム結合部位が望ましい。この発現ベクターも、細菌における前立腺癌タンパク質の分泌を提供するシグナルペプチド配列を含む。このタンパク質は、増殖培地へ分泌されるか（グラム陽性菌）又は細胞の内膜と外膜の間に位置した細胞周辺腔へ分泌される（グラム陰性菌）。細菌の発現ベクターは更に、形質転換された細菌種の選択を可能にする選択マーカー遺伝子を含むことができる。適当な選択遺伝子は、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン、ネオマイシン及びテトラサイクリンのような薬剤に対する細菌抵抗性を付与する遺伝子を含む。選択マーカーは更に、ヒスチジン、トリプトファン及びロイシンの生合成経路におけるもののような、生合成遺伝子も含む。これらの成分は、発現ベクターへ集成される。細菌の発現ベクターは当技術分野において周知であり、及びバシラス・サブチリス、大腸菌、ストレプトコッカス・クレモリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｃｒｅｍｏｒｉｓ）、及びストレプトコッカス・リビダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌｉｖｉｄａｎｓ）などを含む（例えば、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ及びＨｏｅｆｆｌｅｒ、前掲参照）。細菌発現ベクターは、塩化カルシウム処理、電気穿孔などの当技術分野において周知の技術を用い、細菌宿主細胞に形質転換される。
【０１６９】
ある態様において、前立腺癌タンパク質は、昆虫細胞において作出される。昆虫細胞の形質転換のための発現ベクター、特にバキュロウイルス−ベースの発現ベクターは、当技術分野において周知である。
【０１７０】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質は、酵母細胞において作出される。酵母発現システムは当技術分野において周知であり、サッカロミセス・セレビシエ、カンジダ・アルビカンス及びＣ．マルトーサ（Ｃ． ｍａｌｔｏｓａ）、ハンセヌラ・ポリモルファ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ）、クリーベロマイセス・フラギリス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｆｒａｇｉｌｉｓ）及びＫ．ラクチス（Ｋ． ｌａｃｔｉｓ）、ピキア・グレリモンディ（Ｐｉｃｈｉａ ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉ）及びＰ．パストリス（Ｐ． ｐａｓｔｏｒｉｓ）、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）、及びヤロウイア・リポライチカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）の発現ベクターを含む。
【０１７１】
前立腺癌タンパク質は、当技術分野において周知の技術を用い、融合タンパク質として作出することもできる。従って例えば、モノクローナル抗体の産生について、所望のエピトープが小さい場合は、免疫原を形成するために、この前立腺癌タンパク質は、担体タンパク質に融合される。あるいは、前立腺癌タンパク質は、発現を増大するか又は他の理由のために、融合タンパク質として作成される。例えば、前立腺癌タンパク質が前立腺癌ペプチドである場合、このペプチドをコードしている核酸は、発現目的の他の核酸に連結することができる。
【０１７２】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質は、発現後に精製又は単離される。前立腺癌タンパク質は、試料中に存在する他の成分に応じて、当業者に公知の様々な方法で単離又は精製される。標準精製法は、電気泳動的、分子的、免疫学的及びクロマトグラフィー的技術を含み、これはイオン交換、疎水性、アフィニティー、及び逆相ＨＰＬＣクロマトグラフィー、並びに等電点電気泳動を含む。例えば前立腺癌タンパク質は、標準の抗前立腺癌タンパク質抗体カラムを用い精製することができる。タンパク質濃度と関連して、限外濾過及びダイアフィルトレーション技術も有用である。適当な精製技術の一般的指針については、スコープス（Ｓｃｏｐｅｓ）の「タンパク質精製（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）」（１９８２）を参照のこと。必要な精製の程度は、前立腺癌タンパク質の用途によって変動するであろう。場合によっては、精製が不要なこともあるであろう。
【０１７３】
必要に応じ一旦発現され精製されたならば、この前立腺癌タンパク質及び核酸は、多くの用途において有用である。これらは、免疫選択試薬、ワクチン試薬、スクリーニング剤などとして有用である。
【０１７４】
前立腺癌タンパク質変種
ある態様において、前立腺癌タンパク質は、野生型配列と比べ、誘導体又は変種前立腺癌タンパク質である。すなわち、以下に詳述するように、誘導体前立腺癌ペプチドは、少なくとも１個のアミノ酸の置換、欠失又は挿入を含むことが多く、アミノ酸置換が特に好ましい。アミノ酸の置換、挿入又は欠失は、前立腺癌ペプチド内のいずれかの残基において生じ得る。
【０１７５】
更に本発明の前立腺癌タンパク質のひとつの態様に含まれるのは、アミノ酸配列変種である。これらの変種は、典型的には３種類のクラスの１種又は複数種に収まる：置換変種、挿入変種又は欠失変種。これらの変種は、通常、カセットもしくはＰＣＲ突然変異誘発又は当技術分野において周知の他の技術を使用する、前立腺癌タンパク質をコードしているＤＮＡのヌクレオチドの位置指定突然変異誘発により調製され、この変種をコードしているＤＮＡを作出し、その後前述のように組換え細胞培養物においてこのＤＮＡを発現させる。しかし、最大約１００〜１５０個の残基を有する変種前立腺癌タンパク質断片は、確立された技術を使用するインビトロ合成により調製することができる。アミノ酸配列変種は、異形の予め決定された性質、これらを天然の対立遺伝子から離れてセットする性質、又は前立腺癌タンパク質アミノ酸配列の種間変動により特徴付けることができる。これらの変種は、典型的には天然の類似体と同じ性質の生物学的活性を示すが、以下により詳細に概説するような修飾された特徴を有する変種が選択されることもできる。
【０１７６】
アミノ酸配列変異を導入する位置又は領域は予め決定されているが、突然変異それ自身は予め決定される必要はない。例えば、所定の位置での突然変異の実行を最適化するために、ランダム突然変異誘発を、標的コドン又は領域において行い、発現された前立腺癌変種を所望の活性の最適な組合せについてスクリーニングすることができる。配列がわかっているＤＮＡにおいて予め定められた位置に置換突然変異を作成する技術は周知であり、例としてＭ１３プライマー突然変異誘発及びＰＣＲ突然変異誘発がある。これらの変異体のスクリーニングは、前立腺癌タンパク質活性のアッセイ法を用い行われる。
【０１７７】
アミノ酸置換は、典型的には１個の残基についてであり；挿入は通常、約１〜２０個の桁のアミノ酸で行われるが、かなり大きい挿入にも耐えられる。欠失は約１〜約２０個の残基の範囲であるが、場合によっては、より大きい欠失であることがある。
【０１７８】
置換、欠失、挿入又はそれらのいずれかの組合せを使用し、最終誘導体に到達することができる。一般にこれらの変化は、分子の変更を最小化するために２、３個のアミノ酸において行われる。しかし比較的大きい変化が、ある特定の状況においては忍容できる。前立腺癌タンパク質の特徴の小さい変更が望ましい場合、定義の項に記したようなアミノ酸置換の関係に従い行われる。
【０１７９】
これらの変種は、典型的には天然の類似体と同じ性質の生物学的活性を示し、同じ免疫応答を惹起するが、変種は必要とされる前立腺癌タンパク質の特徴を修飾するようにも選択される。あるいは、この変種は、前立腺癌タンパク質の生物学的活性が変更されるように設計してもよい。例えば、グリコシル化部位は、変更し除去することができる。
【０１８０】
機能的又は免疫学的同一性の実質的変化は、前述のものよりも保存が少ないような置換を選択することにより行うことができる。例えば、下記のものにより顕著に影響を及ぼす置換を行うことができる：例えばαヘリックス又はβシート構造のような、変更部分のポリペプチド骨格の構造；標的部位での分子の電荷又は疎水性；又は、側鎖の嵩（ｂｕｌｋ）。一般にポリペプチドの特性に最大の変化をもたらすことが期待される置換は、（ａ）親水性残基、例えばセリル又はトレオニルが、疎水性残基、例えばロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、又はアラニルに対して（によって）置換されること；（ｂ）システイン又はプロリンが、いずれか他の残基に対して（によって）置換されること；（ｃ）正帯電側鎖を有する残基、例えばリシル、アルギニル又はヒスチジルが、負帯電側鎖を有する残基、例えばグルタミル又はアスパルチルに対して（によって）置換されること；もしくは、（ｄ）嵩のある側鎖有する残基、例えばフェニルアラニンが、側鎖を有さないもの、例えばグリシンに対して（によって）置換されることである。
【０１８１】
前立腺癌ポリペプチドの共有結合性修飾は、本発明の範囲内に含まれる。共有結合性修飾のひとつの型は、前立腺癌ポリペプチドの標的化されたアミノ酸残基が、前立腺癌ポリペプチドの選択された側鎖又はＮ末端もしくはＣ末端残基との反応が可能である有機誘導体化剤と反応することを含む。二官能性試薬による誘導体化は、以下により詳述するように、例えば抗前立腺癌ポリペプチド抗体の精製法又はスクリーニングアッセイ法で使用するための、前立腺癌ポリペプチドの水溶性支持体マトリックス又は表面への架橋について有用である。通常使用される架橋剤は、例えば、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば４−アジドサリチル酸とのエステル、例えば３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）のようなジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタンのような二官能性マレイミド、及びメチル−３−（（ｐ−アジドフェニル）ジチオ）プロピオイミデートのような試薬を含む。
【０１８２】
他の修飾は、グルタミニル及びアスパラギニル残基の各々対応するグルタミル及びアスパルチル残基への脱アミド化、プロリン及びリシンの水酸化、セリル、トレオニル又はチロシル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リシン、アルギニン及びヒスチジン側鎖のアミノ基のメチル化（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ、「タンパク質：構造及び分子特性（Ｐｒｏｔｅｉｎｓ： Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ）」７９−８６頁（１９８３））、Ｎ末端アミンのアセチル化、並びにＣ末端カルボキシル基のアミド化を含む。
【０１８３】
本発明の範囲に含まれる前立腺癌ポリペプチドの別の種類の共有結合性修飾は、ポリペプチドの自然のグリコシル化パターンの変更を含む。「自然のグリコシル化パターンの変更」は、本明細書の目的では、未変性の配列の前立腺癌ポリペプチドにおいて認められる１個又は複数の糖部分の欠失、及び／又は未変性の配列の前立腺癌ポリペプチドには存在しない１個又は複数のグリコシル化部位の付加を意味することが意図されている。グリコシル化パターンは、多くの方法で変更することができる。例えば前立腺癌に関連した配列を発現するための異なる細胞型の使用は、異なるグリコシル化パターンを生じることができる。
【０１８４】
前立腺癌ポリペプチドのグリコシル化部位の付加は、それらのアミノ酸配列の変更によっても実現することができる。この変更は、例えば１個又は複数のセリン又はトレオニン残基による未変性の配列の前立腺癌ポリペプチドの付加又は置換によって行うことができる（Ｏ−連結型グリコシル化部位）。この前立腺癌アミノ酸配列は、ＤＮＡレベルの変更により、特に予め選択された塩基での前立腺癌ポリペプチドをコードしているＤＮＡの変異により任意に変更することができ、その結果所望のアミノ酸へと翻訳されるコドンが作成される。
【０１８５】
前立腺癌ポリペプチド上の糖部分の数を増大する別の手段は、グリコシドのポリペプチドへの化学的又は酵素的カップリングによる。このような方法は当技術分野において説明されており、例えば国際公開公報第８７／０５３３０号、並びにアプリン（Ａｐｌｉｎ）及びリストン（Ｗｒｉｓｔｏｎ）の論文（ＣＲＣ Ｃｒｉｔ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、２５９−３０６（１９８１））に記されている。
【０１８６】
前立腺癌ポリペプチドに存在する糖部分の除去は、グリコシル化の標的として役立つアミノ酸残基をコードしているコドンの化学的又は酵素的又は変異的置換により実現することができる。化学的脱グリコシル化技術は、当技術分野において公知であり、例えばハキムディン（Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ）ら、Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ．、２５９：５２（１９８７）及びエッジ（Ｅｄｇｅ）ら、Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１１８：１３１（１９８１）に記載されている。ポリペプチド上の糖部分の酵素切断は、トタクラ（Ｔｈｏｔａｋｕｒａ）ら、Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１３８：３５０（１９８７）に記されたような、様々なエンドグリコシダーゼ及びエキソグリコシダーゼの使用により実現することができる。
【０１８７】
別の種類の前立腺癌の共有結合性修飾は、米国特許第４，６４０，８３５号；第４，４９６，６８９号；第４，３０１，１４４号；第４，６７０，４１７号；第４，７９１，１９２号又は第４，１７９，３３７号に開示されたような方法で、前立腺癌ポリペプチドを、様々な非タンパク質性ポリマー、例えばポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール又はポリオキシアルキレンなどのひとつに連結することを含む。
【０１８８】
本発明の前立腺癌ポリペプチドは、別の異種ポリペプチド又はアミノ酸配列に融合された前立腺癌ポリペプチドを含むキメラ分子を形成する方法で修飾することもできる。ある態様において、このようなキメラ分子は、前立腺癌ポリペプチドの、抗タグ抗体が選択的に結合することができるようなエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合を含む。このエピトープタグは一般に、前立腺癌ポリペプチドのアミノ末端又はカルボキシル末端に配置される。このような前立腺癌ポリペプチドのエピトープタグ付けした形の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を用いて検出することができる。更に、エピトープタグの供給は、前立腺癌ポリペプチドを、抗タグ抗体を使用するアフィニティー精製又は別の型のエピトープタグに結合するアフィニティーマトリックスにより容易に精製され得るようにすることができる。別の態様において、このキメラ分子は、前立腺癌ポリペプチドの免疫グロブリン又は免疫グロブリンの特定領域との融合も含み得る。キメラ分子の二価の形について、このような融合は、ＩｇＧ分子のＦｃ領域である。
【０１８９】
様々なタグポリペプチド及びそれらの各抗体は当技術分野において周知である。例として、ポリヒスチジン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ）タグ又はポリヒスチジングリシン（ｐｏｌｙ−ｈｉｓ−ｇｌｙ）タグ；ＨＩＳ６及び金属キレートタグ、ｆｌｕ ＨＡタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５（Ｆｉｅｌｄら、Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．、８：２１５９−２１６５（１９８８））；ｃ−ｍｙｃタグ及びそれらの８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７及び９Ｅ１０抗体（Ｅｖａｎら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、５：３６１０−３６１６（１９８５））；並びに、単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグ及びその抗体（Ｐａｂｏｒｓｋｙら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、３（６）：５４７−５５３（１９９０））。別のタグポリペプチドは、Ｆｌａｇペプチド（Ｈｏｐｐら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、６：１２０４−１２１０（１９８８））；ＫＴ３エピトープペプチド（Ｍａｒｔｉｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５５：１９２−１９４（１９９２））；チューブリンエピトープペプチド（Ｓｋｉｎｎｅｒら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２６６：１５１６３−１５１６６（１９９１））；並びに、Ｔ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ（Ｌｕｔｚ−Ｆｒｅｙｅｒｍｕｔｈら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８７：６３９３−６３９７（１９９０））がある。
【０１９０】
他に含まれるのは、前立腺癌ファミリーの他の前立腺癌タンパク質、及び他の生体由来の前立腺癌タンパク質であり、これらは以下に概説されるようにクローニングされ発現される。従って、プローブ又は縮重（ｄｅｇｅｎｅｒａｔｅ）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プライマー配列を用い、ヒト又は別の生体から他の関連前立腺癌タンパク質を見つけることができる。当業者により理解されるように、特に有用なプローブ及び／又はＰＣＲプライマー配列は、前立腺癌核酸配列の独自の領域を含む。当技術分野において一般に公知であるように、好ましいＰＣＲプライマーは、長さ約１５〜約３５個のヌクレオチドであり、約２０〜約３０個が好ましく、必要に応じイノシンを含み得る。ＰＣＲ反応の条件は当技術分野において周知である（例えば、Ｉｎｎｉｓ、ＰＣＲプロトコール、前掲）。
【０１９１】
前立腺癌タンパク質に対する抗体
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質が、例えば免疫療法又は免疫診断などのための抗体産生に使用される場合、前立腺癌タンパク質は、少なくとも１個のエピトープ又は決定基を完全長タンパク質と共有しなければならない。本明細書における「エピトープ」又は「決定基」は、典型的にはＭＨＣに関連して抗体又はＴ細胞受容体を産生及び／又は結合するであろうタンパク質の一部を意味する。従ってほとんどの場合に、比較的小さい前立腺癌タンパク質に対して形成された抗体は、完全長タンパク質、特に線状エピトープに結合することができるであろう。好ましい態様において、エピトープは独自であり；すなわち、独自のエピトープに対して作成された抗体は、ほどんど又は全く交差反応性を示さない。
【０１９２】
ポリクローナル抗体の調製法は、当業者に公知である（例えば、Ｃｏｌｉｇａｎ、前掲；並びに、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、前掲）。ポリクローナル抗体は、例えば免疫感作物質及び望ましいならばアジュバントの１回又は複数回の注射により、哺乳類において生じうる。典型的には、免疫感作物質及び／又はアジュバントは、複数回の皮下注射又は腹腔内注射により哺乳類に注射されると思われる。免疫感作物質は、図の核酸もしくはそれらの断片又はそれらの融合タンパク質によりコードされたタンパク質を含むことができる。これは、免疫感作された哺乳類において免疫原性であることがわかっているタンパク質への免疫感作物質の複合化において有用である。このような免疫原性タンパク質の例は、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシのチログロブリン、及びダイズトリプシンインヒビターを含むが、これらに限定されるものではない。使用することができるアジュバントの例は、フロイントの完全アジュバント及びＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート）を含む。免疫感作プロトコールは、当業者により必要以上の実験を行うことなく選択される。
【０１９３】
あるいは抗体は、モノクローナル抗体であることができる。モノクローナル抗体は、ケーラー（Ｋｏｈｌｅｒ）及びミルスタイン（Ｍｉｌｓｔｅｉｎ）、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４９５（１９７５）に記されたような、ハイブリドーマ法を用いて調製することができる。ハイブリドーマ法において、マウス、ハムスター又は他の適当な宿主動物は、典型的には、免疫感作物質により免疫感作され、この免疫感作物質に特異的に結合する抗体を産生する又は産生することが可能であるリンパ球を誘起する。あるいは、これらのリンパ球は、インビトロにおいて免疫感作される。この免疫感作物質は、典型的には表１〜１６の核酸とそれらの断片によりコードされたポリペプチド、又はそれらの融合タンパク質を含むであろう。一般に、ヒト起源の細胞が望ましい場合は末梢血リンパ球（「ＰＢＬ」）のいずれかが使用され、又は非ヒト哺乳類起源が望ましい場合は、脾細胞もしくはリンパ節細胞が使用される。その後リンパ球は、ポリエチレングリコールのような適当な融合剤を用い、不死化された細胞株に融合され、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ、「モノクローナル抗体：原理及び実践（Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ）」、５９−１０３頁（１９８６））。不死化された細胞株は、通常形質転換された哺乳類細胞、特に齧歯類、ウシ及びヒト起源の骨髄腫細胞である。通常ラット又はマウスの骨髄腫細胞株が使用される。このハイブリドーマ細胞は、好ましくは融合されない不死化された細胞の増殖又は生存を阻害する物質を１種又は複数種含む適当な培養培地において培養することができる。例えば、親細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）を欠損している場合、このハイブリドーマのための培養培地は、典型的にはヒポキサンチン、アミノプテリン及びチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、これらの物質は、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を妨害するであろう。
【０１９４】
ある態様において、この抗体は、二重特異性抗体である。二重特異性抗体は、少なくとも２種の異なる抗原に対する結合特異性を有するか、又は同じ抗原上の２種のエピトープに対する結合特異性を有するモノクローナル性の、好ましくはヒト又はヒト化された抗体である。ある態様において、結合特異性のひとつは、表１〜１６の核酸又はそれらの断片によりコードされたタンパク質に関するものであり、別のものは、いずれか他の抗原、及び好ましくは細胞−表面タンパク質又は受容体もしくは受容体サブユニットに対するものであり、好ましくは腫瘍特異性のものである。あるいは、四量体型の技術は多価試薬を作成することができる。
【０１９５】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質に対する抗体は、以下に説明するように、前立腺癌タンパク質の生物機能を低下又は排除することが可能である。すなわち、抗前立腺癌タンパク質抗体（ポリクローナル又は好ましくはモノクローナルのいずれか）の前立腺癌組織（又は前立腺癌を含む細胞）への添加は、前立腺癌を低下又は排除することができる。一般に、活性、増殖、サイズなどの、少なくとも２５％の低下が好ましく、少なくとも約５０％が特に好ましく、及び約９５〜１００％の低下が特別に好ましい。
【０１９６】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質に対する抗体は、ヒト化抗体（例えば、Ｘｅｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社、Ｍｅｄｅｒｅｘ社、Ａｂｇｅｎｉｘ社、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄｅｓｉｇｎ Ｌａｂｓ社）である。非ヒト（例えばマウス）抗体のヒト化型は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小配列を含む、免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖又はそれらの断片（例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２又は他の抗体の抗原結合部分配列）のキメラ分子である。ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、望ましい特異性、親和性及び能力（ｃａｐａｃｉｔｙ）を有するマウス、ラット又はウサギのような非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基で交換されているような、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含む。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基が、対応する非ヒト残基により置き換えられる。ヒト化抗体も、レシピエント抗体においても、外来性（ｉｍｐｏｒｔｅｄ）ＣＤＲ又はフレームワーク配列においても認められない残基を含むことができる。一般にヒト化抗体は、少なくとも１個、及び典型的には２個の可変ドメインの全てを実質的に含み、ここでＣＤＲ領域の全て又は実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応しており、並びに全て又は実質的に全てのフレームワーク（ＦＲ）領域は、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンのものを含むことが最も適しているであろう（Ｊｏｎｅｓ ら、Ｎａｔｕｒｅ、３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ、３３２：３２３−３２９（１９８８）；及び、Ｐｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ． Ｏｐ． Ｓｔｒｕｃｔ． Ｂｉｏｌ．、２：５９３−５９６（１９９２））。ヒト化は、齧歯類ＣＤＲ又はＣＤＲ配列を対応するヒト抗体の配列と置換することにより、本質的にＷｉｎｔｅｒとその同僚の方法に従い行うことができる（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ、３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ、３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２３９：１５３４−１５３６（１９８８））。従って、このようなヒト化抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）であり、ここでは実質的に完全よりも少ないヒト可変ドメインが、対応する非ヒト種の配列で置換される。
【０１９７】
ヒト抗体も、当技術分野において公知である様々な技術を用いて産生することができ、これはファージディスプレイライブラリーを含む（Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ及びＷｉｎｔｅｒ、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．、２２２：５８１（１９９１））。Ｃｏｌｅら及びＢｏｅｒｎｅｒらの技術も、ヒトモノクローナル抗体の調製に利用可能である（Ｃｏｌｅら、「モノクローナル抗体及び癌療法（Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ）」７７頁及びＢｏｅｒｎｅｒら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１４７（１）：８６−９５（１９９１））。同様に、ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の、トランスジェニック動物、例えば内在性免疫グロブリン遺伝子が部分的又は完全に不活性化されているようなマウスへの導入により作出することができる。チャレンジ時に、ヒト抗体産生が認められ、これは、遺伝子再構成、集成及び抗体レパートリを含む全ての点においてヒトにおいて認められるものによく似ている。この方法は、例えば米国特許第５，５４５，８０７号；第５，５４５，８０６号；第５，５６９，８２５号；第５，６２５，１２６号；第５，６３３，４２５号；第５，６６１，０１６号、及び以下の科学刊行物：マークス（Ｍａｒｋｓ）ら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１０：７７９−７８３（１９９２）；ロンバーグ（Ｌｏｎｂｅｒｇ）ら、Ｎａｔｕｒｅ、３６８：８５６−８５９（１９９４）；モリソン（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ）、Ｎａｔｕｒｅ、３６８：８１２−１３（１９９４）；フィッシュワイルド（Ｆｉｓｈｗｉｌｄ）ら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：８４５−５１（１９９６）；ニューバーガー（Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ）、Ｎａｔｕｒｅ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：８２６（１９９６）；ロンバーグ（Ｌｏｎｂｅｒｇ）及びフーザー（Ｈｕｓｚａｒ）、Ｉｎｔｅｒｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１３：６５−９３（１９９５）に記されている。
【０１９８】
免疫療法は、前立腺癌タンパク質に対して生じた抗体による、前立腺癌の治療を意味する。本明細書において使用される免疫療法は、受動的又は能動的であることができる。本明細書において定義されるように、受動免疫療法は、抗体をレシピエント（患者）へ受動的に移す。能動免疫感作は、レシピエント（患者）に抗体及び／又はＴ細胞応答を誘導することである。免疫応答の誘導は、それに対し抗体が生じた抗原を伴うレシピエントを提供した結果である。当業者には理解されるように、この抗原は、それに対する抗体がレシピエントに生じることが望ましいようなポリペプチドの注射、又はレシピエントと抗原を発現することが可能である核酸の、抗原発現のための条件下での接触により、提供することができ、これは免疫応答につながる。
【０１９９】
好ましい態様において、それに対して抗体が生じる前立腺癌タンパク質は、前述のような分泌タンパク質である。理論的裏付けはないが、治療に使用される抗体は、分泌タンパク質に結合し、それが受容体へ結合することを妨害し、これにより分泌前立腺癌タンパク質を失活させる。
【０２００】
別の好ましい態様において、それに対して抗体が生じる前立腺癌タンパク質は、膜貫通タンパク質である。理論的裏付けはないが、治療に使用される抗体は、前立腺癌タンパク質の細胞外ドメインに結合し、それが循環リガンド又は細胞に関連した分子のような他のタンパク質と結合することを妨害する。この抗体は、膜貫通前立腺癌タンパク質の下方制御を引き起し得る。当業者には理解されるように、この抗体は、前立腺癌タンパク質の細胞外ドメインに結合するタンパク質の競合的、非競合的又は未競合的インヒビターである。この抗体は、前立腺癌タンパク質のアンタゴニストでもある。更にこの抗体は、膜貫通前立腺癌タンパク質の活性化を妨害する。ある局面において、抗体が前立腺癌タンパク質への他の分子の結合を妨害する場合、この抗体は、細胞の成長を妨害する。この抗体は、ＴＮＦ−α、ＴＮＦ−β、ＩＬ−１、ＩＮＦ−γ及びＩＬ−２を含むが、これらに限定されるものではない細胞傷害性物質、又は５ＦＵ、ビンブラスチン、アクチノマイシンＤ、シスプラチン、メトトレキセートなどの化学療法剤に対する、細胞の標的化又は増感にも使用することができる。場合によっては、この抗体は、膜貫通タンパク質と複合化された場合に血清補体を活性化する亜型に属し、これにより細胞傷害性又は抗原−依存型細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を媒介する。従って、前立腺癌は、患者への膜貫通型前立腺癌タンパク質に対する抗体の投与により治療される。抗体の標識化により、共通毒素（ｃｏ−ｔｏｘｉｎ）を活性化し、毒素の最大積載（ｐａｙｌｏａｄ）を局在化し、さもなければ局所的に細胞を除去する手段が提供される。
【０２０１】
別の好ましい態様において、この抗体は、エフェクター部分に複合される。エフェクター部分は、放射標識又は蛍光標識のような標識化部位を含む、多くの分子であってもよく、治療的部分であってもよい。ある局面において、治療的部分は、前立腺癌タンパク質の活性を変調する小分子である。別の局面において、治療的部分は、前立腺癌タンパク質に関連した又は密に近接した分子の活性を変調する。この治療的部分は、前立腺癌に関連したプロテアーゼ又はコラゲナーゼ又はプロテインキナーゼ活性のような酵素活性を阻害することができる。
【０２０２】
好ましい態様において、治療的部分は、細胞傷害性物質であることもできる。この方法において、細胞傷害性物質の前立腺癌組織又は細胞への標的化は、罹患した細胞数を減少させ、これにより前立腺癌に関連した症状を軽減する。細胞傷害性物質は、多数であり、変動し、及び細胞傷害性薬物又は毒素もしくはこのような毒素の活性断片を含むが、これらに限定されるものではない。適当な毒素及びそれらの対応する断片は、ジフテリアＡ鎖、外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン、フェノマイシン、エノマイシンなどを含む。細胞傷害性物質は、放射性同位元素の前立腺癌タンパク質に対して生じた抗体への複合化、又は放射性核種の抗体に共有結合しているキレート剤との結合により作成された放射化学物質も含む。膜貫通型前立腺癌タンパク質への治療的部分の標的化は、前立腺癌に罹患した部分における治療的部分の局所濃度を増加するためだけではなく、治療的部分に関連し得る有害な副作用の低下にも役立つ。
【０２０３】
別の好ましい態様において、それに対し抗体が生じる前立腺癌タンパク質は、細胞内タンパク質である。この場合、抗体は、細胞への侵入を促進するタンパク質と複合し得る。ある場合は、この抗体は、エンドサイトーシスにより、細胞へ侵入する。別の態様において、この抗体をコードしている核酸が、個体又は細胞へ投与される。更に前立腺癌タンパク質が細胞内、すなわち核内で標的化される場合、抗体はその上、標的局在化のシグナル、すなわち核局在化シグナルを含む。
【０２０４】
本発明の前立腺癌抗体は、前立腺癌タンパク質に特異的に結合する。本明細書において「特異的結合」とは、Ｋｄが少なくとも約０．１ｍＭ、より一般的には少なくとも約１μＭ、好ましくは少なくとも約０．１μＭ又はそれ以上、もしくは最も好ましくは０．０１μＭ又はそれ以上で、抗体がタンパク質に結合することを意味する。結合の選択性も重要である。
【０２０５】
診断及び治療用途のための前立腺癌配列の検出
ある局面において、遺伝子のＲＮＡ発現レベルは、前立腺癌表現型の異なる細胞状態について決定される。正常組織（すなわち、前立腺癌ではない）及び前立腺癌組織（及び場合によっては、以下に概説するように予後判定に関連した前立腺癌の変動する重症度について）における遺伝子の発現レベルが評価され、発現プロフィールを提供する。特定の細胞状態又は出現点（ｐｏｉｎｔ ｏｆ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）の発現プロフィールは、本質的にその状態の「フィンガープリント」である。２つの状態は同様に発現された特定の遺伝子を有する一方で、多くの遺伝子の評価は、同時に細胞の状態を反映している遺伝子発現プロフィールの作成を可能にする。異なる状態の細胞の発現プロフィールを比較することにより、これらの状態の各々においてどの遺伝子が重要であるかに関する情報（遺伝子の上方制御及び下方制御の両方を含む）が得られる。次に、診断が下されるか、もしくは組織試料が正常又は癌性組織の遺伝子発現プロフィールを有するかどうかの決定が確認される。これは、関連する状態の分子診断を提供するであろう。
【０２０６】
本明細書で使用される「示差的発現」又は文法上の同等物は、細胞及び組織の内側及び間での一時的な及び／又は細胞の遺伝子発現パターンにおける定性的又は定量的差異を意味する。従って、示差的に発現された遺伝子は、定性的に変更されたその発現を有することができ、これは例えば正常対前立腺癌組織における、活性化又は失活を含む。遺伝子は、別の状態に比べ、特定の状態で作動又は停止されるような、従って、２種以上の状態の比較を可能にする。定性的に調節された遺伝子は、標準技法により検出可能な状態又は細胞型において、発現パターンを示すであろう。一部の遺伝子は、ひとつの状態又は細胞型において発現されるが、両方においては発現されない。あるいは、発現の差異は、例えば発現は増加又は減少する点で定量的であり；すなわち、遺伝子発現は、上方制御され、増加量の転写物を生じるか、もしくは下方制御され、減少量の転写物を生じる。発現が異なる程度は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）発現アレイ（Ｌｏｃｋｈａｒｔ、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：１６７５−１６８０（１９９６）、これは明確に参照として組入れられている）のような、以下に詳述する、標準の特徴決定技法により定量するのに十分な大きさであることのみが必要とされる。他の技法は、定量的逆転写酵素ＰＣＲ、ノーザン分析、及びＲＮアーゼプロテクションを含むが、これらに限定されるものではない。先に概説したように、好ましい発現の変化（すなわち、上方制御又は下方制御）は、少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約１００％、より好ましくは少なくとも約１５０％、より好ましくは少なくとも約２００％であり、３００〜少なくとも１０００％が特に好ましい。
【０２０７】
評価は、遺伝子転写物、又はタンパク質レベルについて行うことができる。遺伝子発現の量は、遺伝子転写物のＤＮＡ又はＲＮＡ同等物への核酸プローブ、もしくは遺伝子発現レベルの定量を用いモニタリングすることができるか、あるいは、最終の遺伝子産物それ自身（タンパク質）を、例えば前立腺癌タンパク質に対する抗体及び標準イムノアッセイ法（ＥＬＩＳＡなど）、もしくは質量分析アッセイ法、２Ｄゲル電気泳動アッセイ法などを含む他の技術により、モニタリングすることができる。前立腺癌遺伝子に相当しているタンパク質、すなわち前立腺癌表現型において重要であると同定されたものを、前立腺癌診断試験において評価することができる。
【０２０８】
好ましい態様において、遺伝子発現モニタリングは、多くの遺伝子において同時に行われる。加えて複数のタンパク質発現のモニタリングも行うことができる。同様に、これらのアッセイ法は、個体ベースでも行うことができる。
【０２０９】
この態様において、前立腺癌核酸プローブは、特定の細胞中の前立腺癌配列の検出及び定量のために本明細書において概説されたバイオチップに付着される。このアッセイ法は更に、下記実施例において説明されている。ＰＣＲ技法を用い、より良い感度を提供することができる。
【０２１０】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質をコードしている核酸が検出される。前立腺癌タンパク質をコードしているＤＮＡ又はＲＮＡを検出することはできるが、特に興味深いのは、前立腺癌タンパク質をコードしているｍＲＮＡが検出される方法である。ｍＲＮＡを検出するプローブは、ｍＲＮＡに相補的でありかつハイブリダイズするヌクレオチド／デオキシヌクレオチドプローブであり、並びにオリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ又はＲＮＡを含むが、これらに限定されるものではない。同じくプローブは、本明細書に定義されたように、検出可能な標識を含むのがよい。ある方法において、ｍＲＮＡは、被験核酸が、ナイロン膜のような固相支持体上に固定され、及びプローブが試料とハイブリダイズした後に検出される。非特異的に結合したプローブを洗浄除去後、この標識が検出される。別法において、ｍＲＮＡの検出はインサイチュで行われる。この方法において、透過性上昇した細胞又は組織試料は、検出可能な標識された核酸プローブと、プローブが標的ｍＲＮＡとハイブリダイズするのに十分な時間接触される。非特異的に結合したプローブを洗浄除去した後、標識が検出される。例えば、前立腺癌タンパク質をコードしているｍＲＮＡに相補的であるジゴキシゲニンで標識したリボプローブ（ＲＮＡプローブ）は、ジゴキシゲニンの抗ジゴキシゲニン二次抗体との結合、並びにニトロブルーテトラゾリウム及び５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル（ｉｎｄｏｙｌ）リン酸による呈色により検出される。
【０２１１】
好ましい態様において、本明細書に記されたタンパク質の３クラス（分泌、膜貫通又は細胞内タンパク質）由来の様々なタンパク質を診断アッセイ法に使用することができる。前立腺癌のタンパク質、抗体、核酸、修飾されたタンパク質及び前立腺癌配列を含む細胞が、診断アッセイ法において使用される。これは個々の遺伝子又は対応するポリペプチドレベルで行うことができる。好ましい態様において、発現プロフィールが使用され、好ましくは発現プロフィール遺伝子及び／又は対応するポリペプチドのモニタリングを可能にするハイスループットスクリーニング技術と組合わせて使用される。
【０２１２】
本明細書に説明されかつ定義されたように、細胞内、膜貫通又は分泌タンパク質を含む前立腺癌タンパク質は、前立腺癌のマーカーとしての用途が見いだされた。前立腺癌と予想される組織におけるこれらのタンパク質の検出は、前立腺癌の検出又は診断を可能にする。ある態様において、抗体を使用し、前立腺癌タンパク質を検出する。好ましい方法は、ゲル上の電気泳動（典型的には変性及び還元タンパク質ゲルであるが、等電点ゲルなどを含む別のゲル型であることもできる。）により、試料からタンパク質を分離する。タンパク質の分離後、例えば前立腺癌タンパク質に対する抗体によるイムノブロッティングにより、前立腺癌タンパク質が検出される。イムノブロッティング法は、当業者には周知である。
【０２１３】
別の好ましい方法において、前立腺癌タンパク質に対する抗体は、例えば組織学でのインサイチュ画像形成技術における用途を見いだす（例えば「細胞生物学における方法：細胞生物学における抗体（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ）」第３７巻（Ａｓａｉ編、１９９３））。この方法において、細胞は、前立腺癌タンパク質に対する１種〜数種の抗体と接触される。非特異的抗体結合の洗浄除去後、１種又は複数の抗体の存在が検出される。ある態様において、抗体は、検出可能な標識を含む二次抗体とインキュベーションすることにより検出される。別法において、前立腺癌タンパク質に対する一次抗体は、検出可能な標識、例えば基質に作用することができる酵素マーカーを含む。別の好ましい態様において、複数の一次抗体の各々は、識別されかつ検出可能な標識を含む。この方法は、複数の前立腺癌タンパク質の同時スクリーニングにおける用途を見いだす。当業者に理解されるように、多くの他の組織学的画像形成技術も、本発明により提供される。
【０２１４】
好ましい態様において、標識は、様々な波長の発光を検出及び識別する能力を有する蛍光光度計により検出される。加えて、蛍光活性化細胞選別機（ＦＡＣＳ）を本方法において使用することができる。
【０２１５】
別の好ましい態様において、抗体は、血液、血清、血漿、糞便、及び他の試料からの前立腺癌の診断における用途を見いだす。従ってこのような試料は、前立腺癌タンパク質の存在についてプロービング又は試験される試料として有用である。抗体は、ＥＬＩＳＡ、イムノブロッティング（ウェスタンブロッティング）、免疫沈降、ＢＩＡＣＯＲＥ技法などを含む先に説明されたイムノアッセイ技術により、前立腺癌タンパク質の検出に使用することができる。対照的に、抗体の存在は、内因性前立腺癌タンパク質に対する免疫応答を示し得る。
【０２１６】
好ましい態様において、標識化された前立腺癌核酸プローブの組織アレイに対するインサイチュハイブリダイゼーションが行われる。例えば、前立腺癌組織及び／又は正常組織を含む組織試料アレイが作成される。インサイチュハイブリダイゼーション（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ、前掲参照）が次に行われる。個体と標準の間のフィンガープリントを比較する際に、当業者は、所見を基に診断、予後判定、又は予測することができる。更にこの診断を示している遺伝子は、予後判定を示すものとは異なることがあること、及び細胞状態の分子プロファイリングは治療反応性又は治療抵抗性の状態の間を識別するか、もしくは転帰を予測できることも理解される。
【０２１７】
好ましい態様において、前立腺癌のタンパク質、抗体、核酸、修飾されたタンパク質及び前立腺癌配列を含む細胞は、予後判定アッセイ法において使用される。前述のように、長期の予後判定に関し、前立腺癌に相関している遺伝子発現プロフィールを作成することができる。再度これも、タンパク質又は遺伝子レベルのいずれかで行うことができ、遺伝子の使用が好ましい。前述のように、前立腺癌プローブは、組織又は患者中の前立腺癌配列の検出及び定量のために、バイオチップに付着することができる。このアッセイ法は、診断について先に概説したように進められる。ＰＣＲ法はより感度が良く正確な定量を提供することができる。
【０２１８】
治療的化合物のアッセイ法
好ましい態様において、本明細書に説明したタンパク質、核酸及び抗体の一員が、薬物スクリーニングアッセイ法において使用される。前立腺癌タンパク質、抗体、核酸、修飾されたタンパク質及び前立腺癌配列を含む細胞が、薬物スクリーニングアッセイ法において、又は「遺伝子発現プロフィール」もしくはポリペプチドの発現プロフィールに対する薬物候補の作用の評価により、使用される。好ましい態様において、発現プロフィールが使用され、好ましくは候補物質による処理後の発現プロフィール遺伝子のモニタリングを可能にするハイスループットスクリーニング技術と組合わせて使用される（例えば、Ｚｌｏｋａｒｎｉｋら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７９：８４−８（１９９８）；Ｈｅｉｄ、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．、６：９８６−９４（１９９６））。
【０２１９】
好ましい態様において、前立腺癌のタンパク質、抗体、核酸、修飾されたタンパク質及び未変性の又は修飾された前立腺癌タンパク質を含む細胞が、スクリーニングアッセイにおいて使用される。すなわち本発明は、前立腺癌表現型を変調する組成物又は同定された前立腺癌タンパク質の生理的機能の新規スクリーニング法を提供する。前述のように、これは、個々の遺伝子レベルで、又は「遺伝子発現プロフィール」に対する薬物候補の作用の評価により、行うことができる。好ましい態様においては、発現プロフィールが使用され、好ましくは候補物質による処理後の発現プロフィール遺伝子のモニタリングを可能にするハイスループットスクリーニング技術と組合わせて使用され、これはツロカニク（Ｚｌｏｋａｒｎｉｋ）らの論文（前掲）を参照のこと。
【０２２０】
本明細書において示差的に発現された遺伝子を同定し、様々なアッセイ法を実行することができる。好ましい態様において、アッセイ法は、個々の遺伝子又はタンパク質レベルで試行することができる。すなわち、前立腺癌における上方制御として特定の遺伝子が同定されると、試験化合物を、遺伝子発現を変調する又は前立腺癌タンパク質に結合する能力についてスクリーニングすることができる。従って「変調」は、遺伝子発現の増加及び減少の両方を含む。好ましい変調量は、正常対前立腺癌組織における遺伝子発現の当初の変化に応じて決まり、この変化は少なくとも１０％、好ましくは５０％、より好ましくは１００〜３００％、及び一部の態様においては３００〜１０００％又はそれよりも多いと思われる。従って、遺伝子が前立腺癌組織において正常組織と比べ４倍の増加を示すならば、およそ４倍の減少が望ましいことが多く；同様に、前立腺癌組織において正常組織と比べ１０倍の減少は、その試験化合物により誘導されるべき発現における１０倍増加の目標値を提供することが多い。
【０２２１】
遺伝子発現の量は、核酸プローブを用いてモニタリングされ、及び遺伝子発現レベル、あるいは遺伝子産物それ自身の定量は、例えば、前立腺癌タンパク質に対する抗体の使用及び標準のイムノアッセイによりモニタリングされる。プロテオミクス及び分離技術も、発現の定量を可能にする。
【０２２２】
好ましい態様において、多くの実体の遺伝子発現又はタンパク質モニタリング、すなわち発現プロフィールは、同時にモニタリングされる。このようなプロフィールは、典型的には、本明細書において説明した複数のそれらの実体に関連していると思われる。
【０２２３】
この態様において、前立腺癌核酸プローブは、特定の細胞中の前立腺癌配列の検出及び定量のために、以下に概説したようにバイオチップに付着される。あるいは、ＰＣＲを利用することができる。従って例えば、一連のマイクロタイタープレートを、望ましいウェル中に分配されたプライマーと共に使用することができる。次にＰＣＲ反応が、各ウェルについて行われ分析される。
【０２２４】
発現モニタリングを行い、１種又は複数の前立腺癌に関連した配列、例えば表１〜１６に示されたポリヌクレオチド配列の発現を修飾する化合物を同定することができる。一般に、好ましい態様において、分析前に試験モジュレーターが細胞に添加される。更に前立腺癌を変調する物質、前立腺癌タンパク質を変調する物質、前立腺癌タンパク質に結合する物質、もしくは前立腺癌タンパク質及び抗体又は他の結合のパートナーとの結合を妨害する物質を同定するための、スクリーニングも提供される。
【０２２５】
本明細書において使用される「試験化合物」又は「薬物候補」又は「モジュレーター」という用語又は文法上の同等物は、前立腺癌表現型又は前立腺癌配列の発現、例えば核酸もしくはタンパク質配列の発現を直接的又は間接的に変更する能力について試験されるいずれかの分子、例えばタンパク質、オリゴペプチド、小有機分子、多糖類、ポリヌクレオチド等を説明する。好ましい態様において、モジュレーターは、発現プロフィール、又は本明細書において提供される発現プロフィールの核酸もしくはタンパク質を変更する。ある態様において、モジュレーターは、例えば正常組織フィンガープリントに対し、前立腺癌表現型を抑制する。別の態様において、モジュレーターは、前立腺癌表現型を誘導する。一般に、複数のアッセイ混合物が、様々な濃度に対する示差的反応を得るために、異なる物質濃度で、平行して試行される。典型的には、これらの濃度のひとつを、陰性対照、すなわちゼロ濃度又は検出レベル以下として利用する。
【０２２６】
薬物候補は、多くの化学クラスを包含しているが、典型的にはこれらは有機分子、好ましくは分子量１００ダルトンより多く及び約２，５００ダルトン未満である小有機化合物である。好ましい小分子は、２０００Ｄ未満、又は１５００Ｄ未満、もしくは１０００Ｄ未満又は５００Ｄ未満である。候補物質は、タンパク質との構造的相互作用、特に水素結合に必要な官能基を含み、典型的には少なくともアミン、カルボニル、ヒドロキシル又はカルボキシル基を含み、好ましくは少なくとも２個の官能化学基を含む。この候補物質は、１個又は複数の前記官能基で置換された環状炭素又はヘテロ環式構造及び／又は芳香族もしくはポリ芳香族構造を含むことが多い。候補物質は、ペプチド、糖質、脂肪酸、ステロイド、プリン、ピリミジン、誘導体、構造類似体又はそれらの組合せを含む、生体分子においても見つけられる。特に好ましいのはペプチドである。
【０２２７】
ある局面において、モジュレーターは、前立腺癌タンパク質の作用を中和すると思われる。「中和」とは、タンパク質の活性が阻害又はブロックされ、結果として細胞に対する作用が生じることを意味する。
【０２２８】
ある態様において、可能性のあるモジュレーターのコンビナトリアルライブラリーが、前立腺癌ポリペプチドに結合する能力又は活性を変調する能力についてスクリーニングされる。通常、有用な特性を伴う新規化学実体は、化学化合物（「リード化合物」と称される）を、いくつかの望ましい特性又は活性、例えば阻害活性について同定し、リード化合物の変種を生成し、及びこれらの変種化合物の特性及び活性を評価することにより、作出される。しばしば、このような分析のために、ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）法が利用される。
【０２２９】
ある好ましい態様において、ハイスループットスクリーニング法は、非常に多数の可能性のある治療的化合物（候補化合物）を含むライブラリーを提供する。このような「コンビナトリアルケミカルライブラリー」は、その後、望ましい特徴的活性を示すライブラリーメンバー（特定の化学種又はサブクラス）を同定する１種又は複数のアッセイ法によりスクリーニングされる。こうして同定された化合物は、通常の「リード化合物」として利用することができるか、又はそれら自身見込みのある又は実際の治療において使用され得る。
【０２３０】
コンビナトリアルケミカルライブラリーは、試薬のような多くのケミカル「ビルディングブロック」の組合せにより、化学合成又は生物学的合成のいずれかにより作成された多様な化学化合物の集合である。例えば、ポリペプチド（例えば突然変異タンパク質）ライブラリーのような、線形（ｌｉｎｅａｒ）コンビナトリアルケミカルライブラリーが、所定の化合物長（すなわち、ポリペプチド化合物中のアミノ酸の数）に関する可能性のある各方法で、アミノ酸と称されるケミカルビルディングブロックのセットの組合せにより作成される。数百万にも及ぶ化学化合物が、ケミカルビルディングブロックのこのようなコンビナトリアル混合を通じて合成され得る（Ｇａｌｌｏｐら、Ｊ． Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ．、３７（９）：１２３３−１２５１（１９９４））。
【０２３１】
コンビナトリアルケミカルライブラリーの調製及びスクリーニングは、当業者に周知である。このようなコンビナトリアルケミカルライブラリーは、ペプチドライブラリー（例えば、米国特許第５，０１０，１７５号、Ｆｕｒｋａ、Ｐｅｐｔ． Ｐｒｏｔ． Ｒｅｓ．、３７：４８７−４９３（１９９１）、Ｈｏｕｇｈｔｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ、３５４：８４−８８（１９９１））、ペプトイド（ＰＣＴ国際公開公報第９１／１９７３５号）、コードされたペプチド（ＰＣＴ国際公開公報第９３／２０２４２号）、ランダムバイオオリゴマー（ＰＣＴ国際公開公報第９２／０００９１号）、ベンゾジアゼピン（米国特許第５，２８８，５１４号）、ヒダントイン、ベンゾジアゼピン及びジペプチドのようなダイバーソマー（ｄｉｖｅｒｓｏｍｅｒ）（Ｈｏｂｂｓら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９０：６９０９−６９１３（１９９３））、ビニル系ポリペプチド（Ｈａｇｉｈａｒａら、Ｊ． Ａｍｅｒ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１４：６５６８（１９９２））、β−Ｄ−グルコース足場を伴う非ペプチド系ペプチド擬似物（Ｈｉｒｓｃｈｍａｎｎら、Ｊ． Ａｍｅｒ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１４：９２１７−９２１８（１９９２））、小化合物ライブラリーの類似体有機合成（Ｃｈｅｎら、Ｊ． Ａｍｅｒ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．、１１６：２６６１（１９９４））、オリゴカルバメート（Ｃｈｏら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２６１：１３０３（１９９３））、及び／又はペプチジルリン酸（Ｃａｍｐｂｅｌｌら、Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．、５９：６５８（１９９４））を含むが、これらに限定されるものではない。一般に、ゴードン（Ｇｏｒｄｏｎ）らの論文（Ｊ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ．、３７：１３８５（１９９４））、核酸ライブラリー（例えばＳｔｒａｔｅｇｅｎｅ社参照）、ペプチド核酸ライブラリー（例えば米国特許第５，５３９，０８３号参照）、抗体ライブラリー（例えばＶａｕｇｈｎら、Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４（３）：３０９−３１４（１９９６）、及びＰＣＴ／ＵＳ９６／１０２８７号参照）、糖質ライブラリー（例えばＬｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２７４：１５２０−１５２２（１９９６）、及び米国特許第５，５９３，８５３号参照）、並びに小有機分子ライブラリー（例えば、ベンゾジアゼピン、Ｂａｕｍ， Ｃ＆ＥＮ、１月１８日、３３頁（１９９３）；イソプレノイド、米国特許第５，５６９，５８８号；チアゾリジノン及びメタチアゾノン、米国特許第５，５４９，９７４号；ピロリジン、米国特許第５，５２５，７３５号及び第５，５１９，１３４号；モルホリノ化合物、米国特許第５，５０６，３３７号；ベアゾジアゼピン、米国特許第５，２８８，５１４号；など）を参照のこと。
【０２３２】
コンビナトリアルライブラリー調製のための装置は、市販されている（例えば、３５７ ＭＰＳ、３９０ ＭＰＳ、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｈｅｍ Ｔｅｃｈ社、ルイスビル（ＫＹ）、Ｓｙｍｐｈｏｎｙ、Ｒａｉｎｉｎ社、ウォーバーン（ＭＡ）、４３３Ａ、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社、フォスターシティー（ＣＡ）、９０５０ Ｐｌｕｓ、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ社、ベッドフォード（ＭＡ）参照のこと）。
【０２３３】
多くの周知のロボット型システムも、液相化学のために開発されている。これらのシステムは、武田化学工業（大阪、日本）により開発された自動合成装置のような、自動化されたワークステーションを備え、並びに多くのロボット型システムは、ロボットアームを使用し（Ｚｙｍａｔｅ ＩＩ、Ｚｙｍａｒｋ社、ホプキントン、ＭＡ；Ｏｒｃａ、Ｈｅｗｌｅｔｔ−Ｐａｃｋａｒｄ社、パロアルト、ＣＡ）、これは化学者により行われる手動合成操作を模倣している。前記装置のいずれかが、本発明での使用に適している。本明細書に記載のように操作することができるためのこれらの装置の改良の性質及び実行（存在するならば）は、関連技術分野の業者には明らかであろう。加えて多くのコンビナトリアルライブラリーが、それら自身市販されている（例えば、ＣｏｍＧｅｎｅｘ社、プリンストン（ＮＪ）、Ａｓｉｎｅｘ社、モスクワ（ロシア）、Ｔｒｉｐｏｓ社、セントルイス（ＭＯ）、ＣｈｅｍＳｔａｒ社、モスクワ（ロシア）、３Ｄ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ社、エクストン（ＰＡ）、Ｍａｒｔｅｋ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ社、コロンビア（ＭＤ）など）
【０２３４】
モジュレーターを同定するアッセイ法は、ハイスループットスクリーニングに順応し易い。従って好ましいアッセイ法は、前立腺癌遺伝子転写の増強又は阻害、ポリペプチド発現の阻害又は増強、及びポリペプチド活性の阻害又は増強を検出する。
【０２３５】
特定の核酸又はタンパク質産物の存在、非存在、定量、又は他の特性に関するハイスループットアッセイ法は、当業者には周知である。同様に結合アッセイ法及びレポーター遺伝子アッセイ法が同様に周知である。従って例えば、米国特許第５，５５９，４１０号は、タンパク質のハイスループットスクリーニング法を開示し、米国特許第５，５８５，６３９号は、核酸結合（すなわちアレイ内）に関するハイスループットスクリーニング法を開示している一方で、米国特許第５，５７６，２２０号及び第５，５４１，０６１号は、リガンド／抗体結合のスクリーニングのためのハイスループット法を開示している。
【０２３６】
加えて、ハイスループットスクリーニングシステムが市販されている（例えば， Ｚｙｍａｒｋ社、ホプキントン、ＭＡ；Ａｉｒ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ社、メントール、ＯＨ； Ｂｅｃｋｍａｎ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社、フレルトン、ＣＡ；Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ社、ナチック、ＭＡなど参照）。これらのシステムは、典型的には、試料及び試薬の全てのピペッティング、液体分配、一定時間のインキュベーション、及びアッセイ法に適した検出器におけるマイクロプレートの最終読み取りを含む、全段階が自動化されている。これらの構築可能なシステムは、ハイスループット及び迅速な始動、更には高度の柔軟性及び特注生産を提供する。このようなシステムの製造業者は、様々なハイスループットシステムのための詳細なプロトコールを提供している。従って例えば、Ｚｙｍａｒｋ社は、遺伝子転写、リガンド結合などの変調を検出するスクリーニングシステムを説明している技術報を提供している。
【０２３７】
ある態様において、モジュレーターはタンパク質であり、多くは天然のタンパク質又は天然のタンパク質の断片である。従って、例えば、タンパク質を含有する細胞抽出物、又はタンパク質性細胞抽出物のランダムもしくは指定された消化物を使用することができる。この方法において、本発明の方法でのスクリーニングのためのタンパク質ライブラリーが、作成される。この態様において特に好ましいのは、細菌、真菌、ウイルス、及び哺乳類タンパク質のライブラリーであり、後者が好ましく、かつヒトタンパク質が特に好ましい。特に有用な試験化合物は、標的が属するタンパク質の種類、例えば酵素又はリガンドの基質及び受容体に関するであろう。
【０２３８】
好ましい態様において、モジュレーターは、約５〜約３０個のアミノ酸のペプチドであり、約５〜約２０個のアミノ酸が好ましく、約７〜約１５個が特に好ましい。これらのペプチドは、前述のような天然のタンパク質の消化物、ランダムペプチド、又は「バイアスがかかった（ｂｉａｓｅｄ）」ランダムペプチドであってもよい。本明細書における「ランダム化された」又は文法上の同等物は、各核酸及びペプチドが、本質的に、各々、ランダムヌクレオチド及びアミノ酸からなることを意味している。一般にこれらのランダムペプチド（又は以下に論ずる核酸）は化学的に合成されるので、これらは、いずれかの位置でいずれかのヌクレオチド又はアミノ酸に取込まれる。この合成プロセスは、配列の長さを超える全て又はほとんどの可能な組合せの形成を可能にするために、ランダム化されたタンパク質又は核酸を作成するように設計することができ、その結果ランダム化された候補生物活性タンパク質性物質のライブラリーが形成される。
【０２３９】
ある態様において、ライブラリーは、完全にランダム化され、いずれの位置においても配列の優先傾向（ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ）又は不変のもの（ｃｏｎｓｔａｎｔ）はない。好ましい態様において、ライブラリーはバイアスがかかっている。つまり、配列内のいくつかの位置は、一定に維持されるか又は現定数の可能性から選択されるかのいずれかである。例えば好ましい態様において、ヌクレオチド又はアミノ酸残基は、例えば疎水性アミノ酸、親水性残基、立体的にバイアスがかかった（小又は大いずれかの）残基、ある種の核酸結合ドメインに向けて、システインの形成、架橋、ＳＨ−３ドメインのためのプロリン、リン酸化部位のためのセリン、トレオニン、チロシンもしくはヒスチジンなど、又はプリンなどのような、限定された種類にランダム化されている。
【０２４０】
前立腺癌のモジュレーターは、以下に定義するように核酸であってもよい。概してタンパク質に関して先に示したように、核酸変調物質は、天然の核酸、ランダム核酸、又は「バイアスがかかった」ランダム核酸であることができる。例えば、原核ゲノム又は真核ゲノムの消化を、先にタンパク質について概説したように使用することができる。
【０２４１】
ある態様において、前立腺癌に関連したタンパク質の活性は、アンチセンスポリヌクレオチド、すなわち、前立腺癌タンパク質ｍＲＮＡのような、コードしているｍＲＮＡ核酸配列又はそれらの部分配列に相補的な核酸、及びこれらに優先的に特異的にハイブリダイズする核酸の使用により、下方制御されるか、又は全く阻害される。アンチセンスポリヌクレオチドのｍＲＮＡへの結合は、ｍＲＮＡの翻訳及び／又は安定性を低下する。
【０２４２】
本発明の状況において、アンチセンスポリヌクレオチドは、天然のヌクレオチド、又は天然のサブユニットもしくはそれらの密接な相同体から形成された合成種を含み得る。アンチセンスポリヌクレオチドは、変更された糖部分又は内部糖連結も有し得る。これらの中の好例は、当技術分野における使用が公知である、ホスホロチオエート及び他のイオウ含有種である。類似体は、前立腺癌タンパク質ｍＲＮＡにハイブリダイズするよう効果的に機能する限りは、本発明に包含される。例えば、Ｉｓｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ社、カールスパッド、ＣＡ；Ｓｅｑｕｉｔｏｒ社、ナチック、ＭＡ参照のこと。
【０２４３】
このようなアンチセンスポリヌクレオチドは、組換え手段を用い容易に合成するか、もしくはインビトロ合成することができる。このような合成装置は、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社を含むいくつかの専門業者から販売されている。ホスホロチオエート及びアルキル化された誘導体のような他のオリゴヌクレオチドの調製も、当業者には周知である。
【０２４４】
本明細書において使用されるアンチセンス分子は、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを含む。センスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス鎖への結合による転写をブロックするために使用することができる。アンチセンス及びセンスオリゴヌクレオチドは、前立腺癌分子の標的ｍＲＮＡ（センス）又はＤＮＡ（アンチセンス）配列に結合することが可能である１本鎖核酸配列（ＲＮＡ又はＤＮＡのいずれか）を含む。本発明に従い、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドは、断片、一般には少なくとも約１４個のヌクレオチド、好ましくは約１４〜３０個のヌクレオチドを含む。所定のタンパク質をコードしているｃＤＮＡ配列を基に、アンチセンス又はセンスオリゴヌクレオチドを誘導する能力は、例えばステイン（Ｓｔｅｉｎ）及びコーエン（Ｃｏｈｅｎ）の論文（Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、４８：２６５９（１９８８））及びファンデルクロール（ｖａｎ ｄｅｒ Ｋｒｏｌ）らの論文（ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、６：９５８（１９８８））に記されている。
【０２４５】
アンチセンスポリヌクレオチドに加え、リボザイムを、前立腺癌に関連したヌクレオチド配列の標的化及び転写の阻害に使用することができる。リボザイムは、他のＲＮＡ分子を触媒的に切断するＲＮＡ分子である。様々な種類のリボザイムが説明されており、これはグループＩリボザイム、ハンマーヘッド型リボザイム、ヘアピン型リボザイム、ＲＮアーゼ Ｐ、及び斧頭型リボザイムを含む（様々なリボザイムの特性の全般的検証については、例えば、Ｃａｓｔａｎｏｔｔｏら、Ａｄｖ．、Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ、２５：２８９−３１７（１９９４）参照）。
【０２４６】
ヘアピン型リボザイムの一般的特徴は、例えば、ハンペル（Ｈａｍｐｅｌ）らの論文（Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、１８：２９９−３０４（１９９０））；欧州特許公開第０ ３６０ ２５７号；米国特許第５，２５４，６７８号に開示されている。調製法は、当業者に周知である（例えば、国際公開公報第９４／２６８７７号；Ｏｊｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９０：６３４０−６３４４（１９９３）；Ｙａｍａｄａら、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ、１：３９−４５（１９９４）；Ｌｅａｖｉｔｔら、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ． ＵＳＡ、９２：６９９−７０３（１９９５）；Ｌｅａｖｉｔｔら、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ、５：１１５１−１２０（１９９４）；及び、Ｙａｍａｄａら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、２０５：１２１−１２６（１９９４）参照）。
【０２４７】
前立腺癌のポリヌクレオチドモジュレーターは、国際公開公報第９１／０４７５３号に開示されたような、リガンド結合分子との複合体の形成により、標的ヌクレオチド配列を含む細胞へ導入することができる。適当なリガンド結合分子は、細胞表面受容体、増殖因子、他のサイトカイン、又は細胞表面受容体に結合する他のリガンドを含むが、これらに限定されるものではない。好ましくは、このリガンド結合分子の複合体は、リガンド結合分子のその対応する分子又は受容体に結合する能力を実質的に妨害せず、又はセンスもしくはアンチセンスオリゴヌクレオチド又はその複合体化されたものの細胞への侵入をブロックしない。あるいは、前立腺癌のポリヌクレオチドモジュレーターは、例えば、国際公開公報第９０／１０４４８号に開示されたように、ポリヌクレオチド−脂質複合体の形成により、標的核酸配列を含む細胞へ導入することができる。アンチセンス分子又はノックアウト及びノックインモデルの使用も、治療法に加え、前述のようなスクリーニングアッセイ法において使用することができることが理解される。
【０２４８】
前記のように、遺伝子発現モニタリングは、候補モジュレーター（例えば、タンパク質、核酸又は小分子）の試験に都合良く使用される。候補物質が添加され及び細胞がある期間インキュベーションされた後、分析される標的配列を含む試料が、バイオチップに添加される。必要に応じて、この標的配列は、公知の技術を用いて調製される。例えばこの試料は、適宜行われるＰＣＲのような精製及び／又は増幅により、公知の溶解緩衝液、電気穿孔などを用い、細胞を溶解するように処理することができる。例えば、ヌクレオチドに共有結合した標識によるインビトロ転写が実行される。一般に、核酸は、ビオチンＦＩＴＣもしくはＰＥ、又はｃｙ３もしくはｃｙ５により標識される。
【０２４９】
好ましい態様において、標的配列は、例えば、蛍光、化学発光、化学的、又は放射性シグナルにより標識され、プローブへの標的配列の特異的結合を検出する手段を提供する。この標識は、アルカリホスファターゼ又は西洋ワサビペルオキシダーゼのような、酵素であることもでき、これが適当な基質と共に提供された場合には、検出することができる生成物を生成する。あるいは、標識は、酵素に結合するが、これを触媒も変更もしないような、酵素インヒビターのような標識された化合物又は小分子であることができる。標識は同じく、エピトープタグ又はストレプトアビジンに特異的に結合するビオチンのような部分又は化合物であることもできる。ビオチンの例に関し、ストレプトアビジンが前述のように標識され、これにより結合した標的配列についての検出可能なシグナルが提供される。未結合の標識されたストレプトアビジンは、典型的には分析前に除去される。
【０２５０】
当業者に理解されるように、これらのアッセイ法は、直接ハイブリダイゼーションアッセイ法であるか、又は複数のプローブの使用を含む「サンドイッチアッセイ法」を含むことができ、これらは概して米国特許第５，６８１，７０２号、第５，５９７，９０９号、第５，５４５，７３０号、第５，５９４，１１７号、第５，５９１，５８４号、第５，５７１，６７０号、第５，５８０，７３１号、第５，５７１，６７０号、第５，５９１，５８４号、第５，６２４，８０２号、第５，６３５，３５２号、第５，５９４，１１８号、第５，３５９，１００号、第５，１２４，２４６号及び第５，６８１，６９７号に開示されており、これらは全て本明細書に参照として組入れられている。この態様において、一般に、標的核酸が前述のように調製され、次に複数の核酸プローブを含むバイオチップへ、ハイブリダイゼーション複合体を形成することができるような条件下で、添加される。
【０２５１】
様々なハイブリダイゼーション条件を、本発明において使用することができ、これは、先に概説したような、高、中及び低ストリンジェンシー条件を含む。これらのアッセイ法は、一般に標的が存在する場合にのみ標識プローブのハイブリダイゼーション複合体を形成するようなストリンジェンシー条件下で行われる。ストリンジェンシーは、温度、ホルムアミド濃度、塩濃度、カオトロピック塩濃度、ｐＨ、有機溶媒濃度などを含むが、これらに限定されるものではないような、熱力学的変数である段階パラメータを変更することにより制御することができる。
【０２５２】
これらのパラメータは、更に一般に米国特許第５，６８１，６９７号に開示されたような、非特異的結合の制御のためにも使用することができる。従って、非特異的結合を低下するような比較的高ストリンジェンシー条件で、段階を実行することが望ましい。
【０２５３】
本明細書に概説した反応は、様々な方法で実現することができる。この反応の成分は、以下に概説した好ましい態様により、同時に、又は逐次、異なる順で添加することができる。加えて、この反応は様々な他の試薬を含むことができる。これらは、塩、緩衝液、中性タンパク質、例えばアルブミン、界面活性剤などを含み、これは最適なハイブリダイゼーション及び検出を促進し、並び／又は非特異的もしくはバックグランド相互作用を低下させるために使用される。さもなければアッセイ効率を向上する試薬、例えばプロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗微生物剤なども、試料調製法及び標的の純度に応じて、適宜利用することができる。
【０２５４】
このアッセイデータは、個々の遺伝子の、発現レベル、状態間の発現レベルの変化を決定し、遺伝子発現プロフィールを形成するために解析される。
【０２５５】
スクリーニングは、前立腺癌表現型のモジュレーターを同定するために行われる。ひとつの態様において、スクリーニングは、特定の発現プロフィールを誘導又は抑制することができるモジュレーターを同定する、従って好ましくは関連した表現型を作成するために行われる。例えば診断用途のような別の態様において、特定の状態において重要である示差的に発現された遺伝子が同定され、個々の遺伝子の発現を変更するモジュレーターを同定するために、スクリーニングを行うことができる。別の態様において、スクリーニングは、示差的に発現された遺伝子の発現産物の生物学的機能を変更するモジュレーターを同定するために実行される。更に、特定の状態における遺伝子の重要性が同定され、遺伝産物に結合する及び／又は生物学的活性を変調する物質を同定するために、スクリーニングが実行される。
【０２５６】
加えて、候補物質に対する反応が誘導される遺伝子についてスクリーニングを行うことができる。モジュレーターを、正常発現パターンにつながる前立腺癌発現パターンを抑制する能力、又は正常組織由来の遺伝子の発現を模倣するために単独の前立腺癌遺伝子発現プロフィールを変調する能力を基に同定した後、前述のスクリーニングを、この物質に反応して特異的に変調された遺伝子を同定するために実行することができる。正常組織と物質で処理した前立腺癌組織の間の発現プロフィールの比較は、正常組織又は前立腺癌組織においては発現されないが、物質で処理された組織においては発現される遺伝子を明らかにしている。これらの物質特異的配列は、前立腺癌遺伝子又はタンパク質について、本明細書に記載の方法により、同定されかつ使用される。特にこれらの配列及びこれがコードしているタンパク質は、物質で処理された細胞の印付け又は同定における用途が見いだされている。加えて、抗体を、この物質が誘導したタンパク質に対し生じ、かつ処置した前立腺癌組織試料に対する新規治療の標的化に使用することができる。
【０２５７】
従ってある態様において、試験化合物は、関連した前立腺癌発現プロフィールを有する、前立腺癌細胞の集団に投与される。本明細書における「投与」又は「接触」とは、候補物質が、取込み及び細胞内作用によるか、もしくは細胞表面での作用のいずれかにより、細胞に作用することを可能にする方法で、物質が細胞へ添加されることを意味する。一部の態様において、例えばＰＣＴ／ＵＳ９７／０１０１９号に記されたように、タンパク質性候補物質（すなわちペプチド）をコードしている核酸が、アデノウイルス又はレトロウイルス構築物のようなウイルス構築物に入れられ、かつ細胞に追加され、その結果このペプチド物質の発現が実現される。調節可能な遺伝子療法システムも使用することができる。
【０２５８】
一旦試験化合物が細胞に投与されたならば、これらの細胞は、望ましいならば洗浄され、かつ好ましくは生理的条件下である期間インキュベーションすることができる。次にこれらの細胞は収集され、及び本明細書に概説したように、新規遺伝子発現プロフィールが作成される。
【０２５９】
従って例えば、前立腺癌組織は、前立腺癌表現型を変調、例えば誘導又は抑制する物質についてスクリーニングされる。発現プロフィールの少なくとも１種、好ましくは多くの遺伝子の変化は、この物質が前立腺癌活性に作用を有することを示している。このような前立腺癌表現型の痕跡（ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を定義することにより、表現型を変更する新規薬物のスクリーニングを考案することができる。この方法では、この薬物標的は、公知である必要はなく、当初の発現スクリーニングプラットフォームにおいて提示される必要はないばかりか、標的タンパク質の転写物レベルが変化する必要もない。
【０２６０】
好ましい態様において、先に概説したように、スクリーニングは、個々の遺伝子及び遺伝子産物（タンパク質）について行うことができる。すなわち、特定の示差的に発現された遺伝子が特定の状態において重要であると同定され、遺伝子又は遺伝子産物のいずれかのそれ自身の発現のモジュレーターのスクリーニングを行うことができる。示差的に発現された遺伝子の遺伝子産物は、本明細書において時には、「前立腺癌タンパク質」又は「前立腺癌変調タンパク質」と称される。この前立腺癌変調タンパク質は、表１〜１６の核酸によりコードされた断片であるか、あるいは断片に対する完全長タンパク質であることができる。好ましくは、前立腺癌変調タンパク質は断片である。好ましい態様において、配列同一性又は類似性を決定するために使用される前立腺癌アミノ酸配列は、表１〜１６の核酸によりコードされている。別の態様において、これらの配列は、表１〜１６の核酸によりコードされたタンパク質の天然の対立遺伝子変種である。別の態様において、これらの配列は、本明細書において更に説明される配列変種である。
【０２６１】
好ましくは、前立腺癌変調タンパク質は、長さがおよそ１４〜２４個のアミノ酸の断片である。より好ましくは、この断片は可溶性断片である。好ましくは、この断片は、非膜貫通領域を含む。好ましい態様において、この断片は、溶解度を補助するためのＮ末端Ｃｙｓを有する。ある態様において、この断片のＣ末端は遊離酸として維持され、Ｎ末端はカップリングを補助するための遊離アミン、すなわちシステインである。
【０２６２】
ある態様において、前立腺癌タンパク質は、本明細書において考察したように、免疫原性物質に複合される。ある態様において、前立腺癌タンパク質はＢＳＡに複合される。
【０２６３】
前立腺癌ポリペプチド活性、又は前立腺癌もしくは前立腺癌表現型の測定は、様々なアッセイ法を用いて行うことができる。例えば、前立腺癌ポリペプチドの機能に対する試験化合物の作用は、前記のようなパラメータを試験することにより測定することができる。活性に影響を及ぼす適当な生理的変化を用い、試験化合物の本発明のポリペプチドに対する影響を評価することができる。機能性の結果が無傷の細胞又は動物を用いて決定された場合、腫瘍、腫瘍成長、腫瘍転移、血管新生、ホルモン放出、既知だが特徴決定されていない遺伝的マーカーへの転写変化（例えばノーザンブロット）、細胞の成長又はｐＨの変化のような細胞代謝の変化、並びにｃＧＭＰのような細胞内二次メッセンジャーの変化に関連した前立腺癌症例における、様々な作用も測定することができる。本発明のアッセイ法において、例えばマウス、好ましくはヒトである、哺乳類前立腺癌ポリペプチドが典型的には使用される。
【０２６４】
活性を変調している化合物を同定するアッセイ法は、インビトロにおいて行うことができる。例えば、前立腺癌ポリペプチドは最初に、可能性のあるモジュレーターと接触され、適当な時間、例えば０．５〜４８時間インキュベーションされる。ある態様において、前立腺癌ポリペプチドレベルは、タンパク質又はｍＲＮＡのレベルの測定により、インビトロで決定される。タンパク質のレベルは、前立腺癌ポリペプチド又はそれらの断片と選択的に結合する抗体との、ウェスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡなどのイムノアッセイ法を用いて測定される。ｍＲＮＡの測定のためには、例えばＰＣＲ、ＬＣＲを用いる増幅、又はハイブリダイゼーションアッセイ法、例えばノーザンハイブリダイゼーション、ＲＮアーゼプロテクション、ドットブロッティングが好ましい。タンパク質又はｍＲＮＡのレベルは、直接的又は間接的に標識された検出物質を用いて検出され、例えば、蛍光的又は放射性に標識された核酸、放射性又は酵素的に標識された抗体などが本明細書において説明されている。
【０２６５】
あるいは、レポーター遺伝子システムを、ルシフェラーゼ、グリーン蛍光タンパク質、ＣＡＴ、又はβ−ｇａｌのようなレポーター遺伝子に操作可能に連結された前立腺癌タンパク質プロモーターを用い考案することができる。このレポーター構築物は、典型的には細胞にトランスフェクションされる。可能性のあるモジュレーターによる処理後、レポーター遺伝子の転写、翻訳又は活性の量が、当業者に公知の標準技術に従い測定される。
【０２６６】
好ましい態様において、先に概説したように、スクリーニングを、個々の遺伝子及び遺伝子産物（タンパク質）について行うことができる。すなわち、特定の示差的に発現された遺伝子は特定の状態において重要であることが同定され、遺伝子又は遺伝子産物それ自身の発現のモジュレーターのスクリーニングを行うことができる。示差的に発現された遺伝子の遺伝子産物は、本明細書においては時には「前立腺癌タンパク質」と称される。前立腺癌タンパク質は、断片であるか、あるいは本明細書に示された断片に対する完全長タンパク質であることができる。
【０２６７】
ある態様において、特異的遺伝子の発現のモジュレーターに関するスクリーニングが実行される。典型的には、わずかにひとつ又は数種の遺伝子の発現が評価される。別の態様において、スクリーニングは、最初に示差的に発現されたタンパク質に結合する化合物を発見するように設計されている。これらの化合物は、次に示差的に発現された活性を変調する能力について評価される。更に、一旦最初の候補化合物が同定されたならば、構造活性相関をより良く評価するために、変種が更にスクリーニングされる。
【０２６８】
好ましい態様において、結合アッセイ法が行われる。一般に、精製又は単離された遺伝子産物が使用され、すなわち、１種又は複数の示差的に発現された核酸の遺伝子産物が作成される。例えば、抗体がタンパク質遺伝子産物に対して作成され、かつ標準イムノアッセイ法が、存在するタンパク質量を決定するために試行される。あるいは、前立腺癌タンパク質を含む細胞を、これらのアッセイ法において使用することができる。
【０２６９】
従って好ましい態様において、これらの方法は、前立腺癌タンパク質と候補化合物を組合わせる段階、及びこの化合物の前立腺癌タンパク質への結合を決定する段階を含む。好ましい態様は、ヒト前立腺癌タンパク質を利用するが、例えばヒト疾患の動物モデルの開発において他の哺乳類タンパク質も使用することができる。一部の態様において、本明細書に概説したように、変種又は誘導体前立腺癌タンパク質を使用することができる。
【０２７０】
一般に、本明細書の方法の好ましい態様において、前立腺癌タンパク質又は候補物質は、独立した試料受取り領域（例えば、マイクロタイタープレート、アレイなど）を有する不溶性支持体へ、非拡散性に（ｎｏｎ−ｄｉｆｆｕｓａｂｌｙ）結合される。この不溶性支持体は、組成物が結合し、可溶性物質から容易に分離され、さもなければスクリーニングの方法全般と適合性のあるようないずれかの組成物から製造することができる。このような支持体の表面は、固形又は多孔質であり及び都合の良い形状であることができる。適当な不溶性支持体の例は、マイクロタイタープレート、アレイ、膜及びビーズである。これらは典型的には、ガラス、プラスチック（例えばポリスチレン）、多糖類、ナイロン、又はニトロセルロース、テフロン（登録商標）などで製造されている。マイクロタイタープレート及びアレイは、特に都合が良く、その理由は少量の試薬及び試料を用い、非常に多数のアッセイ法を同時に行うことができるからである。具体的な組成物の結合法は、これが本発明の試薬及び方法全般と適合性があり、組成物の活性を維持し、かつ非拡散性である限りは、重要ではない。結合の好ましい方法は、抗体の使用（タンパク質が支持体に結合した場合に、リガンド結合部位も活性化配列のいずれも立体的に妨害しない）、「粘着性」又はイオン性支持体への直接結合、化学架橋結合、その表面上でのタンパク質又は物質の合成などを含む。タンパク質又は物質の結合後、過剰な未結合の材料が洗浄除去される。次に試料受取り領域は、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、カゼイン又は他の無害のタンパク質もしくは他の部分とのインキュベーションによりブロックすることができる。
【０２７１】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質は、支持体へ結合され、及び試験化合物はこのアッセイへ添加される。あるいは、この候補物質は、支持体へ結合され、かつ前立腺癌タンパク質が添加される。新規結合物質は、特異的抗体、化学ライブラリーのスクリーニングにおいて同定された非天然の結合物質、ペプチド類似体などである。特に興味深いのは、ヒト細胞にとって低い毒性を有する物質のスクリーニングアッセイ法である。標識されたインビトロタンパク質−タンパク質結合アッセイ法、電気泳動移動度シフトアッセイ法、タンパク質結合のイムノアッセイ法、機能アッセイ法（リン酸化アッセイ法など）などを含む、多種多様なアッセイ法を、この目的のために使用することができる。
【０２７２】
試験変調する化合物の前立腺癌タンパク質への結合の決定は、多くの方法で行うことができる。好ましい態様において、この化合物は標識化され、例えば、前立腺癌タンパク質の全て又は一部の固相支持体への付着、標識された候補物質（例えば蛍光標識）の添加、過剰な試薬の洗浄除去、及び標識が固相支持体上に存在するかどうかの決定により、結合が直接決定される。様々なブロック段階及び洗浄段階を、適宜利用することができる。
【０２７３】
一部の態様において、わずかにひとつの成分が標識され、例えばタンパク質（又はタンパク質性候補化合物）が標識され得る。あるいは、１種よりも多い成分が、例えばタンパク質については１２５Ｉ、及び化合物については発蛍光団体のように、異なる標識により標識されることもできる。近接試薬（ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ ｒｅａｇｅｎｔ）、例えば消光剤又はエネルギー転移剤も有用である。
【０２７４】
ある態様において、試験化合物の結合は、競合的結合アッセイ法により決定される。競合対象（ｃｏｍｐｅｔｉｔｏｒ）は、標的分子（すなわち前立腺癌タンパク質）に結合することがわかっている結合部分であり、例えば抗体、ペプチド、結合パートナー、リガンドなどである。ある環境下において、化合物と結合部分の間で競合的に結合し、この結合部分は化合物と置き換わる。ある態様において、この試験化合物は標識されている。この化合物、競合対象のいずれか、又は両方を、最初にタンパク質に、これが存在する場合に結合を可能にするのに十分な時間添加する。最適活性を促進する温度、典型的には４〜４０℃で、インキュベーションが行われる。インキュベーション時間は、典型的には、例えば迅速ハイスループットスクリーニングを促進するために最適化される。典型的には０．１〜１時間で十分であると考えられる。過剰な試薬は、一般に除去又は洗浄される。次に第二の成分が添加され、標識化された成分の存在又は非存在に従い結合が示される。
【０２７５】
好ましい態様において、競合対象が最初に添加され、それに試験化合物が続く。競合対象の置き換えは、試験化合物が前立腺癌タンパク質に結合し、その結果前立腺癌タンパク質活性への結合、及び可能性のある変調が可能であることの指標である。この態様において、いずれかの成分が標識され得る。従って、例えば競合対象が標識されている場合、洗浄液中の標識の存在は、この物質と置き換わったことの指標である。あるいは、試験化合物が標識されている場合、支持体上の標識の存在は、置き換えの指標である。
【０２７６】
代替の態様において、試験化合物が最初に添加され、それに競合対象が続き、インキュベーション及び洗浄される。競合対象による結合が存在しないということは、試験化合物が前立腺癌タンパク質へ高親和性で結合したことを示し得る。従って試験化合物が標識された場合、競合対象の結合を欠いた支持体上の標識の存在は、この試験化合物は前立腺癌タンパク質への結合が可能であることを示し得る。
【０２７７】
好ましい態様において、これらの方法は、前立腺癌タンパク質の活性を変調することが可能である物質を同定するための示差的スクリーニングを含む。この態様において、これらの方法は、第一の試料中での前立腺癌タンパク質及び競合対象の組合せを含む。第二の試料は、試験化合物、前立腺癌タンパク質、及び競合対象を含む。競合対象の結合は、両試料について決定され、及び２つの試料間の結合の変化、又は差異は、前立腺癌タンパク質に結合することが可能でありかつその活性を変調する可能性のある物質の存在を示している。すなわち、競合対象の結合が第一の試料と比べ第二の試料において異なる場合、この物質は前立腺癌タンパク質に結合することが可能である。
【０２７８】
あるいは、示差的スクリーニングを用い、未変性の前立腺癌タンパク質に結合するが、修飾された前立腺癌タンパク質には結合しない薬物候補を同定する。前立腺癌タンパク質の構造はモデル化され、その部位と相互作用する物質を合成するための、理論的薬物設計において使用されている。前立腺癌タンパク質の活性に影響を及ぼす薬物候補も、このタンパク質の活性を増強又は低減するいずれかの能力に関する薬物のスクリーニングにより同定される。
【０２７９】
陽性対照及び陰性対照を、これらのアッセイ法において使用することができる。好ましくは、統計学的に有意な結果を得るために、対照試料及び試験試料が、少なくとも３つ組で実行される。全ての試料のインキュベーションは、物質がタンパク質に結合するのに十分な時間行う。インキュベーション後、試料は非特異的に結合した材料を含まぬよう洗浄され、結合した量、一般には標識された物質の量が決定される。例えば、放射性標識が使用される場合、試料はシンチレーションカウンターで計数され、結合した化合物量が決定される。
【０２８０】
様々な他の試薬を、スクリーニングアッセイ法において含むことができる。これらは、塩、中性タンパク質、例えばアルブミン、界面活性剤などの試薬を含み、これらは、最適なタンパク質−タンパク質結合を促進し、及び／又は、非特異的もしくはバックグラウンド相互作用を低下させるために使用される。他方でプロテアーゼインヒビター、ヌクレアーゼインヒビター、抗微生物剤などのようなアッセイ効率を向上させる試薬も使用することができる。成分の混合物を、必要な結合を提供する順番で添加することができる。
【０２８１】
好ましい態様において、本発明は、前立腺癌タンパク質の活性を変調することが可能である化合物をスクリーニング方法を提供する。これらの方法は、前述のような、試験化合物を、前立腺癌タンパク質を含む細胞へ添加することを含む。好ましい細胞型は、ほとんどあらゆる細胞を含む。これらの細胞は、前立腺癌タンパク質をコードしている組換え核酸を含む。好ましい態様において、候補物質のライブラリーが、複数の細胞について試験される。
【０２８２】
ある局面において、これらのアッセイ法は、例えばホルモン、抗体、ペプチド、抗原、サイトカイン、増殖因子、活動電位、化学療法剤を含む薬理学的物質、放射線、発癌物質、又は他の細胞（すなわち、細胞−細胞接触）などの、生理的シグナルの存在もしくは非存在又は以前のもしくは引き続きの曝露を評価する。別の例において、これらの決定は、細胞周期進行の異なる期において決定される。
【０２８３】
この方法において、前立腺癌物質を変調する化合物が同定される。薬理学的活性を伴う化合物は、前立腺癌タンパク質の活性を増強又は妨害することができる。一旦同定されると、化合物の重要な構造的特徴を確定するために、同様の構造が評価される。
【０２８４】
ある態様において、前立腺癌細胞の分裂を阻害する方法が提供される。この方法は、前立腺癌インヒビターの投与を含む。別の態様において、前立腺癌を阻害する方法が提供される。この方法は、前立腺癌インヒビターの投与を含む。更なる態様において、前立腺癌を伴う細胞又は個体の治療法が提供される。この方法は、前立腺癌インヒビターの投与を含む。
【０２８５】
ある態様において、前立腺癌インヒビターは、前述の抗体である。別の態様において、前立腺癌インヒビターは、アンチセンス分子である。
【０２８６】
以下に説明するように、様々な細胞の成長、増殖及び転移アッセイが、当業者に公知である。
【０２８７】
軟寒天増殖又は懸濁液中のコロニー形成
正常細胞は、接着及び増殖するために固形基体を必要とする。細胞が形質転換された場合、これらはこの表現型を失い、基体から離れて増殖する。例えば、形質転換された細胞は、攪拌している懸濁培養液中で増殖させるか、又は半固形もしくは軟寒天のような半固形培地において懸濁される。形質転換された細胞が、腫瘍抑制遺伝子によりトランスフェクションされた場合は、これは正常表現型を再生し、接着及び増殖するために固形基体を必要とする。軟寒天増殖又は懸濁アッセイ法におけるコロニー形成を用い、前立腺癌配列のモジュレーターを同定することができ、これは宿主細胞において発現された場合に、異常細胞の増殖及び形質転換を阻害する。治療的化合物は、攪拌している懸濁培養液において増殖する又は半固形又は軟質のような半固形培地において懸濁される宿主細胞の能力を低下又は排除するであろう。
【０２８８】
軟寒天増殖又は懸濁アッセイ法におけるコロニー形成の技術は、フレシュニーの「動物細胞の培養、基本技術マニュアル（Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ）」（第３版、１９９４年）を参照し、これは本明細書に参照として組入れられている。同じく、本明細書に参照として組入れられているガーカブツセブ（Ｇａｒｋａｖｔｓｅｖ）らの論文（１９９６、前掲）の「方法」の項目も参照のこと。
【０２８９】
増殖の接触阻止及び密度限界
正常細胞は、典型的には、他の細胞に接触するようになるまで、ペトリ皿内で平板かつ方向性のあるパターンで増殖する。細胞が別の細胞に接触するようになると、これらは接触阻止され、増殖を停止する。しかし細胞が悪性転換された場合、これらの細胞は、接触阻止されず、無方向性の増殖巣で高密度になるまで増殖し続ける。従って悪性転換された細胞は、正常細胞よりも高い飽和濃度まで増殖する。これは、正常な周辺細胞の規則的パターン内の増殖巣内に細胞又は円形細胞の方向性のない単層を形成することにより、形態学的に検出することができる。あるいは、飽和密度での（３Ｈ）−チミジンによる標識指標を用い、増殖の密度限界を測定することができる。フレシュニーの論文（１９９４）前掲を参照のこと。悪性転換された細胞は、腫瘍抑制遺伝子でトランスフェクションされた場合には、正常表現型を再生し、接触阻止され始め、及びより低い密度まで増殖すると思われる。
【０２９０】
このアッセイ法において、飽和密度での（３Ｈ）−チミジンによる標識指標は、増殖の密度限界測定の好ましい方法である。形質転換された宿主細胞は、前立腺癌に関連した配列でトランスフェクションされ、非限定培地条件において飽和密度で２４時間増殖される。（３Ｈ）−チミジンによる細胞標識の割合（％）は、オートラジオグラフィーにより決定される。フレシュニーの論文（１９９４）前掲を参照のこと。
【０２９１】
増殖因子又は血清依存
悪性転換された細胞は、それらの正常な対応物よりも低い血清依存性を有する（例えば、Ｔｅｍｉｎ、Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉ、３７：１６７−１７５（１９６６）；Ｅａｇｌｅら、Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ．、１３１：８３６−８７９（１９７０））；Ｆｒｅｓｈｎｅｙ、前掲参照）。これは、一部、悪性転換された細胞による様々な増殖因子の放出に起因している。悪性転換された宿主細胞の増殖因子又は血清依存は、対照のそれと比較することができる。
【０２９２】
腫瘍特異マーカーレベル
腫瘍細胞は、それらの正常な対応物よりも増加量のある種の因子（以後「腫瘍特異マーカー」）を放出する。例えばプラスミノーゲン活性化因子（ＰＡ）は、ヒト神経膠腫から正常脳細胞よりも高いレベルで放出される（例えば、Ｇｕｌｌｉｎｏ、「血管新生、腫瘍性血管形成、及び可能性のある腫瘍増殖妨害（Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ， ｔｕｍｏｒ ｖａｓｃｕｌａｒｉｚａｔｉｏｎ， ａｎｄ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｗｉｔｈ ｔｕｍｏｒ ｇｒｏｗｔｈ）」、Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ、１７８−１８４頁、（Ｍｉｈｉｃｈ編、１９８５）参照）。同様に、腫瘍性血管形成因子（ＴＡＦ）が、腫瘍細胞において正常な対応物よりもより高いレベルで放出される。例えば、フォルクマン（Ｆｏｌｋｍａｎ）、「血管新生及び癌（Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ）」、Ｓｅｍ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌ．、（１９９２）参照）。
【０２９３】
これらの因子の放出を測定する様々な技術は、フレシュニー（１９９４）、前掲に記載されている。更に、アンクレス（Ｕｎｋｌｅｓｓ）ら、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２４９：４２９５−４３０５（１９７４）；ストリックランド（Ｓｔｒｉｃｋｌａｎｄ）及びビアーズ（Ｂｅｅｒｓ）、Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．、２５１：５６９４−５７０２（１９７６）；フー（Ｗｈｕｒ）ら、Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ、４２：３０５−３１２（１９８０）；グリノ（Ｇｕｌｌｉｎｏ）、「血管新生、腫瘍性血管形成、及び可能性のある腫瘍増殖妨害（Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ， ｔｕｍｏｒ ｖａｓｃｕｌａｒｉｚａｔｉｏｎ， ａｎｄ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｗｉｔｈ ｔｕｍｏｒ ｇｒｏｗｔｈ）」、Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ、１７８−１８４頁、（Ｍｉｈｉｃｈ編、１９８５）参照）；フレシュニー、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、５：１１１−１３０（１９８５）参照のこと。
【０２９４】
マトリゲルへの浸潤
マトリゲル又はいくつかの他の細胞外マトリックス構成要素への浸潤の程度は、前立腺癌に関連した配列を変調する化合物を同定するアッセイ法として用いることができる。腫瘍細胞は、悪性度とマトリゲル又はいくつかの他の細胞外マトリックス構成要素への細胞浸潤の間に良好な相関関係を示す。このアッセイ法において、腫瘍形成性細胞は、典型的には宿主細胞として使用される。これらの宿主細胞における腫瘍抑制遺伝子の発現は、宿主細胞の浸潤を減少するであろう。
【０２９５】
フレシュニーの論文（１９９４、前掲）に記された技術を用いることができる。簡単に述べると、宿主細胞の浸潤レベルは、マトリゲル又はいくつかの細胞外マトリックス構成要素により被覆されたフィルターを用いて測定することができる。ゲルへの、又はフィルターの遠位側への浸透は、浸潤度として等級化され、細胞の数及び移動距離により、もしくは１２５Ｉによる細胞の予備標識及びフィルターの遠位側又は皿の底での放射能の計測により、組織学的に等級化される。例えば、フレシュニーの論文（１９８４、前掲）参照。
【０２９６】
インビボにおける腫瘍増殖
前立腺癌に関連した配列の細胞成長に対する影響を、トランスジェニック又は免疫抑制したマウスにおいて試験することができる。前立腺癌遺伝子が破壊されたか、又は前立腺癌遺伝子が挿入されたノックアウトトランスジェニックマウスを作出することができる。ノックアウトトランスジェニックマウスは、相同的組換えによる、マウスゲノムの内因性前立腺癌遺伝子部位への、マーカー遺伝子又は他の異種遺伝子の挿入により作出することができる。このようなマウスは、内因性前立腺癌遺伝子の前立腺癌遺伝子の変異した型との置換により、又は内因性前立腺癌遺伝子の、例えば発癌物質への曝露による変異によっても作出することができる。
【０２９７】
ＤＮＡ構築物は、胚性幹細胞の核に導入される。新たに遺伝子操作した遺伝的病巣を含む細胞が宿主マウス胚に注入され、これがレシピエントの雌に再移植される。これらの胚の一部は、この変異体細胞株に一部由来した生殖細胞を有するキメラマウスを発生する。こうしてキメラマウスを繁殖させることにより、導入された遺伝的病巣を含むマウスの新規株を得ることが可能である（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４４：１２８８（１９８９）参照）。キメラ標的化されたマウスは、ホーガン（Ｈｏｇａｎ）らの論文（「マウス胚操作：実験マニュアル（Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ ｔｈｅ Ｍｏｕｓｅ Ｅｍｂｒｙｏ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ）」、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ社（１９８８））、及び「奇形癌腫及び胚性幹細胞：実践的方法（Ｔｅｒａｔｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ ａｎｄ Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）」、ロバートソン（Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ）編、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ社、ワシントンＤ．Ｃ．、（１９８７）に従い、誘導することができる。
【０２９８】
あるいは様々な、免疫抑制された又は免疫欠損した宿主動物を使用することができる。例えば、遺伝的胸腺欠損「ヌード」マウス（例えばＧｉｏｖａｎｅｌｌａら、Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．、５２：９２１（１９７４）参照）、ＳＣＩＤマウス、胸腺摘出マウス、又は放射線照射マウス（例えば、Ｂｒａｄｌｅｙら、Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ、３８：２６３（１９７８）；Ｓｅｌｂｙら、Ｂｒ． Ｊ． Ｃａｎｃｅｒ、４１：５２（１９８０））を、宿主として使用することができる。同質遺伝子系宿主へ注入された移植可能な腫瘍細胞（典型的には約１０６個細胞）は、症例の高い比率で浸潤性腫瘍を形成する一方で、同様の起源の正常細胞は生じないであろう。浸潤性腫瘍を発生した宿主において、前立腺癌に関連した配列を発現している細胞が、皮下注射される。適当な期間、好ましくは４〜８週間の後、腫瘍の成長が測定され（例えば、容量又は二方向最大寸法により）、及び対照と比較された。統計学的に有意な減少（例えばスチューデントＴ検定を使用）を示す腫瘍は、成長が阻害されたと称される。
【０２９９】
変種前立腺癌に関連した配列の同定法
理論的裏付けはないが、様々な前立腺癌配列の発現は、前立腺癌に相関している。従って、変異体又は変種の前立腺癌遺伝子を基にした障害を決定することができる。ある態様において、本発明は、例えば細胞内の少なくとも１種の内因性前立腺癌遺伝子の配列を全て又は一部決定する、変種前立腺癌遺伝子を含む細胞を同定する方法を提供する。これは、かなり多くの配列決定技術を使用し実現される。好ましい態様において、本発明は、例えば、個体の少なくとも１種の前立腺癌遺伝子の配列を全て又は一部決定する、個体の前立腺癌遺伝子型の同定法を提供する。これは一般に、個体の少なくとも１種の組織において実行され、多くの組織又は同じ組織の異なる試料の評価を含むことができる。この方法は、配列決定された前立腺癌遺伝子の配列を、公知の前立腺癌遺伝子、すなわち野生型遺伝子と比較することを含む。
【０３００】
次に前立腺癌遺伝子の全て又は一部の配列は、何らかの差異が存在するかどうかを決定するために、公知の前立腺癌遺伝子配列と比較することができる。これは、Ｂｅｓｔｆｉｔのような、かなり多数の公知の相同性プログラムを用いて行うことができる。好ましい態様において、患者の前立腺癌遺伝子と公知の前立腺癌遺伝子の間の配列の差異の存在は、本明細書に概説するように、病態又は病態の傾向に相関している。
【０３０１】
好ましい態様において、前立腺癌遺伝子は、ゲノム内の前立腺癌遺伝子のコピー数を決定するためのプローブとして使用される。
【０３０２】
別の好ましい態様において、前立腺癌遺伝子は、前立腺癌遺伝子の染色体局在化を決定するためのプローブとして使用される。染色体局在化のような情報は、特に転座などの染色体異常が前立腺癌遺伝子座において同定された場合に、診断又は予後判定を提供する際の用途が見いだされる。
【０３０３】
薬学的組成物及びワクチン組成物の投与
ひとつの態様において、治療的有効量の前立腺癌タンパク質又はそれらのモジュレーターが、患者に投与される。本明細書において「治療的有効量」は、投与されるものに対する作用を生じる用量を意味する。正確な用量は、治療目的によって決まり、かつ公知の技術を用い当業者は確かめることができるであろう（例えば、Ａｎｓｅｌら、「医薬剤形及び薬物送達；（Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ）」； Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ、「医薬剤形（Ｐｈａｒｍａｃｏｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ）（１−３巻、１９９２）、Ｄｅｋｋｅｒ、ＩＳＢＮ０８２４７７０８４６、０８２４７６９１８Ｘ、０８２４７１２６９２、０８２４７１６９８１；Ｌｌｏｙｄ、「医薬配合の技術、科学及び技法（Ｔｈｅ Ａｒｔ， Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ）」（１９９９）；並びに、Ｐｉｃｋａｒ、「用量決定（Ｄｏｓａｇｅ Ｃａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ）、（１９９９））。当技術分野において公知であるように、前立腺癌縮退、全身的対局所的送達、及び新規プロテアーゼ合成速度の調節に加え、年齢、体重、全身の状態、性別、食事、投与時間、薬物相互作用及び状態の重症度が、必要であり、及び当業者は通常の実験により確認することができるであろう。米国特許出願第０９／６８７，５７６号は、更に、前立腺癌における診断及び処置の組成物の使用及び方法を開示しており、これは本明細書に参照として組入れられている。
【０３０４】
本発明の目的に関する「患者」は、ヒト及び他の動物の両方を含み、特に哺乳類である。従って、これらの方法は、臨床治療及び獣医学用途の両方に適用可能である。好ましい態様において、患者は哺乳類、好ましくは霊長類であり、及び最も好ましい態様において患者はヒトである。
【０３０５】
本発明の前立腺癌タンパク質及びそれらのモジュレーターの投与は、前述のように、経口、皮下、静脈内、点鼻、経皮、腹腔内、筋肉内、肺内、経膣、経直腸、又は眼内投与を含むが、これらに限定されるものではない様々な方法で行うことができる。例えば創傷及び炎症の治療のように、場合によっては、前立腺癌タンパク質及びモジュレーターを、溶液又はスプレイとして直接塗布することができる。
【０３０６】
本発明の薬学的組成物は、患者への投与に適した形状内に前立腺癌タンパク質を含有している。好ましい態様において、薬学的組成物は、水溶性の形であり、例えば薬学的に許容できる塩として存在し、これは酸及び塩基付加塩の両方を含むことを意味している。「薬学的に許容できる酸付加塩」とは、遊離塩基の生物学的有効性を維持している塩、並びに塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機酸、及び酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、サリチル酸などのような有機酸により形成された生物学的でない又はさもなければ望ましくない塩を意味する。「薬学的に許容できる塩基付加塩」には、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウム塩などのような無機塩基由来の塩が含まれる。特に好ましいのは、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、カルシウム、及びマグネシウム塩である。薬学的に許容できる有機非毒性塩基由来の塩には、１級、２級及び３級アミン、天然の置換されたアミンを含む置換されたアミン、環状アミン、及び塩基性イオン交換樹脂、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、及びエタノールアミンの塩が含まれる。
【０３０７】
この薬学的組成物は、以下のものを１種又は複数含むこともできる：血清アルブミンのような担体タンパク質；緩衝液；微晶質セルロース、乳糖、コーンスターチ及び他のスターチのような充填剤；結合剤；甘味剤及び他の矯味矯臭剤；着色剤；及び、ポリエチレングリコール。
【０３０８】
薬学的組成物は、投与法に応じ様々な単位剤形で投与することができる。例えば、経口投与に適した単位剤形は、散剤、錠剤、丸剤、カプセル剤及びトローチ剤を含むが、これらに限定されるものではない。前立腺癌タンパク質モジュレーター（例えば、抗体、アンチセンス構築物、リボザイム、小有機分子など）は、経口投与された場合に、消化から保護されなければならないことは認められる。これは典型的には、これらの分子の酸及び酵素による加水分解に対する抵抗性を付与するための組成物との複合体化によるか、又はリポソームもしくはタンパク質障壁のような適切な抵抗性の担体中のこれらの分子のパッケージングのいずれかにより達成される。消化から物質を保護する手段は、当技術分野において周知である。
【０３０９】
投与組成物は、通常、薬学的に許容できる担体、好ましくは水性担体中に溶解された前立腺癌タンパク質モジュレーターを含むであろう。様々な水性担体を使用することができ、例えば緩衝化された生理食塩水などである。これらの溶液は無菌であり、及び一般には望ましくない物質（ｍａｔｔｅｒ）を含まない。これらの組成物は、従来の周知の滅菌技術により滅菌することができる。これらの組成物は、ｐＨ調節剤及び緩衝剤、毒性調節剤などのような、生理的条件に近づけるのに必要である薬学的に許容できる補助物質を含有することができ、これは例えば酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、乳酸ナトリウムなどである。これらの処方中の有効成分濃度は、広く変動することができ、主に液体容積、粘度、体重などを基に、選択された投与の具体的様式及び患者の必要性に従い選択される（例えば、「レミントン薬科学（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ）」（第１５版、１９８０）、並びにＧｏｏｄｍａｎ及びＧｉｌｉｍａｎ、「治療の薬理学的基礎（Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）」（Ｈａｒｄｍａｎら編、１９９６）参照）。
【０３１０】
従って、静脈内投与のための典型的薬学的組成物は、１日に患者１人当り約０．１〜１０ｍｇである。特にこの薬物が、隔離された部位に投与され、体腔又は臓器管腔などの血流には投与されない場合には、１日に患者１人当り０．１から最大約１００ｍｇの用量を使用することができる。実質的により高い用量が、局所投与において可能である。非経口投与可能な組成物を調製する実際の方法は、前掲の「レミントン薬科学」並びにグッドマン（Ｇｏｏｄｍａｎ）及びギルマン（Ｇｉｌｉｍａｎ）「治療の薬理学的基礎（Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）」などで、当業者には公知であるか、又は明らかであろう。
【０３１１】
前立腺癌タンパク質のモジュレーターを含むこれらの組成物は、治療的又は予防的処置のために投与することができる。治療的用途において、組成物は、疾患（例えば癌）に罹った患者へ、疾患及びその合併症を治癒又は少なくとも部分的に抵抗するのに十分量で投与される。これを達成するのに適当な量は、「治療的有用量」として定義される。この使用のための有効量は、疾患の重症度及び患者の全般的健康状態に応じて変動するであろう。組成物の単回又は反復投与が、必要な用量及び頻度並びに患者の忍容性に応じて投与される。あらゆる事象において、この組成物は、患者を効果的に治療するために、本発明の物質を十分量を提供しなければならない。哺乳類における癌発症の妨害又は遅延を可能にするモジュレーター量は、「予防的有効量」と称されている。予防的処置に必要な具体的投与量は、哺乳類の医学的状態及び病歴、妨害される具体的癌に加え、他の要因、例えば年齢、体重、性別、投与経路、効能などによって決まるであろう。このような予防的処置を、例えば癌の再発を防止するために癌の既応のある哺乳類において、又は有意な尤度で癌発症の疑いがある哺乳類において使用することができる。
【０３１２】
本発明の前立腺癌タンパク質変調化合物は、単独で、又は追加的前立腺癌変調化合物又は他の治療剤、例えば他の抗癌剤又は処置と併用して投与することができることは理解されるであろう。
【０３１３】
多くの態様において、１種又は複数種の核酸、例えばアンチセンスポリヌクレオチド又はリボザイムのような、表１〜１６に示す核酸配列を含むポリヌクレオチドは、インビトロ又はインビボにおいて細胞へ導入されるであろう。本発明は、インビトロ（細胞非含有）、エクスビボ又はインビボ（細胞又は生体ベース）の組換え体発現システムを用い、前立腺癌に関連したポリペプチド及び核酸の発現に有用な方法、試薬、ベクター、及び細胞を提供する。
【０３１４】
タンパク質又は核酸の発現のための核酸の宿主細胞への導入のために使用される具体的手法は、用途によって固有である。外来ヌクレオチド配列の宿主細胞への導入には多くの手法が使用される。これらは、クローニングされたゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成ＤＮＡ又は他の外来遺伝子材料の宿主細胞への導入のための、リン酸カルシウムトランスフェクション、スフェロプラスト、電気穿孔、リポソーム、微量注入、プラズマベクター（ｐｌａｓｍａ ｖｅｃｔｏｒ）、ウイルスベクター及び他の周知の方法のいずれかの使用を含む（例えば、Ｂｅｒｇｅｒ及びＫｉｍｍｅｌ、「分子クローニング法指針；酵素的方法（Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ）」、第１５２巻（Ｂｅｒｇｅｒ）、Ａｕｓｕｂｅｌら編、「最新プロトコール（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）」（１９９９年の補遺）、並びにＳａｍｂｒｏｏｋら、「分子クローニング−実験マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ − Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ）」（第２版、１−３巻、１９８９年））。
【０３１５】
好ましい態様において、前立腺癌タンパク質及びモジュレーターは、治療薬として投与され、先に概説したように処方され得る。同様に、前立腺癌遺伝子（前立腺癌コード領域の完全長配列、部分配列、又は調節配列を含む）は、遺伝子治療用途において投与することができる。これらの前立腺癌遺伝子は、当業者により理解されるように、遺伝子療法（すなわち、ゲノムへの組込み）として、又はアンチセンス組成物としてのいずれかのアンチセンス用途を含む。
【０３１６】
前立腺癌ポリペプチド及びポリヌクレオチドも、ＨＴＬ、ＣＴＬ及び抗体反応を刺激するために、ワクチン組成物として投与することができる。このようなワクチン組成物は、例えば、リピド化された（ｌｉｐｉｄａｔｅｄ）ペプチド（例えば、Ｖｉｔｉｅｌｌｏ， Ａ．ら、Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ．、９５：３４１（１９９５）参照）、ポリ（ＤＬ−ラクチド−コ−グリコリド）（「ＰＬＧ」）ミクロスフェア中に封入されたペプチド組成物（例えば、Ｅｌｄｒｉｄｇｅら、Ｍｏｌｅｃ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、２８：２８７−２９４（１９９１）；Ａｌｏｎｓｏら、Ｖａｃｃｉｎｅ、１２：２９９−３０６（１９９４）；Ｊｏｎｅｓら、Ｖａｃｃｉｎｅ、１３：６７５−６８１（１９９５）参照）、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）中に含まれたペプチド組成物（例えば、Ｔａｋａｈａｓｈｉら、Ｎａｔｕｒｅ、３４４：８７３−８７５（１９９０）；Ｈｕら、Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１１３：２３５−２４３（１９９８）参照）、マルチ抗原ペプチドシステム（ＭＡＰ）（例えば、Ｔａｍ、Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ Ｓｃｉ． ＵＳＡ、８５：５４０９−５４１３（１９８８）；Ｔａｍ、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ、１９６：１７−３２（１９９６）参照）、多価ペプチドとして処方されたペプチド；遺伝子銃（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ）による送達システムで使用するペプチド、典型的には結晶化したペプチド、ウイルス送達ベクター（Ｐｅｒｋｕｓら、「ワクチン開発の概念（Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）」（Ｋａｕｆｍａｎｎ編、３７９頁、１９９６）；Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｉら、Ｎａｔｕｒｅ、３２０：５３５（１９８６）；Ｈｕら、Ｎａｔｕｒｅ、３２０：５３７（１９８６）；Ｋｉｅｎｙら、ＡＩＤＳ Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、４：７９０（１９８６）；Ｔｏｐら、Ｊ． Ｉｎｆｅｃｔ． Ｄｉｓ．、１２４：１４８（１９７１）；Ｃｈａｎｄａら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ、１７５：５３５（１９９０））、ウイルス又は合成起源の粒子（例えばＫｏｆｌｅｒら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｍｅｔｈｏｄｓ、１９２：２５（１９９６）；Ｅｌｄｒｉｄｇｅら、Ｓｅｍ． Ｈｅｍａｔｏｌ、３０：１６（１９９３）；Ｆａｌｏら、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄ．、７：６４９（１９９５））、アジュバント（Ｗａｒｒｅｎら、Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、４：３６９（１９８６）；Ｇｕｐｔａら、Ｖａｃｃｉｎｅ、１１：２９３（１９９３））、リポソーム（Ｒｅｄｄｙら、Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１４８：１５８５（１９９２）；Ｒｏｃｋ、Ｉｍｍｕｎｏｌ． Ｔｏｄａｙ、１７：１３１（１９９６））、又は裸のもしくは粒子吸収したｃＤＮＡ（Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２５９：１７４５（１９９３）；Ｒｏｂｉｎｓｏｎら、Ｖａｃｃｉｎｅ、１１：９５７（１９９３）；Ｓｈｉｖｅｒら、「ワクチン開発の概念（Ｃｏｎｃｅｐｔｓ ｉｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）」（Ｋａｕｆｍａｎｎ編、４２３頁、１９９６）；Ｃｅａｓｅ及びＢｅｒｚｏｆｓｋｙ、Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１２：９２３（１９９４）、並びにＥｌｄｒｉｄｇｅら、Ｓｅｍ． Ｈｅｍａｔｏｌ．、３０：１６（１９９３））を含むことができる。毒素を標的化した送達技術も、受容体媒介型標的化として公知であり、Ａｖａｎｔ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ社（ニードハム、ＭＡ）のものも使用することができる。
【０３１７】
ワクチン組成物は、アジュバントを含むことが多い。多くのアジュバントが、水酸化アルミニウム又は鉱油のような、抗原を迅速な代謝から保護するために、及びリピドＡ、百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）又は結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）由来のタンパク質のような、免疫応答の刺激剤のように設計された物質を含む。ある種のアジュバントは市販されており、例えばフロイント不完全アジュバント及び完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ社、デトロイト、ＭＩ）；メルク（Ｍｅｒｃｋ）アジュバント６５（Ｍｅｒｃｋ社、ラーウェイ、ＮＪ）；ＡＳ−２（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ社、フィラデルフィア、ＰＡ）；水酸化アルミニウムゲル（ミョウバン）又はリン酸アルミニウムのようなアルミニウム塩；カルシウム、鉄又は亜鉛の塩；アシル化されたチロシンの不溶性懸濁液；アシル化された糖質；カチオン性又はアニオン性に誘導された多糖；ポリホスファゼン；生分解性ミクロスフェア；モノホスホリルリピドＡ及びクイル（ｑｕｉｌ）Ａがある。サイトカイン、例えばＧＭ−ＣＳＦ、インターロイキン−２、インターロイキン−７、インターロイキン−１２、及び他の増殖因子なども、アジュバントとして使用することができる。
【０３１８】
ワクチンは、１種又は複数のポリペプチド、又はその断片をコードしているＤＮＡ又はＲＮＡが患者に投与されるような核酸組成物として投与することができる。この方法は、例えばウォルフ（Ｗｏｌｆｆ）ら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４７：１４６５（１９９０）に加え、米国特許第５，５８０，８５９号；第５，５８９，４６６号；第５，８０４，５６６号；第５，７３９，１１８号；第５，７３６，５２４号；第５，６７９，６４７号；国際公開公報第９８／０４７２０号に開示され；及び以下により詳細に説明されている。ＤＮＡベースの送達技術の例は、「裸のＤＮＡ」、促進型（ブピビカイン（ｂｕｐｉｖｉｃａｉｎｅ）、ポリマー、ペプチド媒介型）送達、カチオン性脂質複合体、及び粒子媒介型（「遺伝子銃」）又は圧力媒介型送達（例えば、米国特許第５，９２２，６８７号参照）がある。
【０３１９】
治療的又は予防的免疫感作を目的として、本発明のペプチドは、ウイルスベクター又は細菌ベクターにより発現することができる。発現ベクターの例は、ワクシニア又は鶏痘などの弱毒化されたウイルス宿主を含む。この方法は、ワクシニアウイルスの、例えば前立腺癌ポリペプチド又はポリペプチド断片をコードしているヌクレオチド配列を発現するベクターとしての使用に関連している。宿主への導入時、この組換えワクシニアウイルスは、免疫原性ペプチドを発現し、これにより免疫応答を惹起する。免疫感作プロトコールにおいて有用なワクシニアベクター及び方法は、例えば米国特許第４，７２２，８４８号に開示されている。別のベクターは、ＢＣＧ（バシル・カルメット・ゲラン）である。ＢＣＧベクターは、シュテーバー（Ｓｔｏｖｅｒ）ら、Ｎａｔｕｒｅ、３５１：４５６−４６０（１９９１）に説明されている。治療的投与又は免疫処置に有用な多種多様なその他のベクター、例えばアデノ随伴ウイルスベクター及びアデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、腸チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉ）ベクター、解毒した炭疽菌毒素ベクターなどが、ここでの説明から当業者には明らかであろう（例えば、Ｓｈａｔａら、Ｍｏｌ Ｍｅｄ Ｔｏｄａｙ、６：６６−７１（２０００）；Ｓｈｅｄｌｏｃｋら、Ｊ Ｌｅｕｋｏｃ Ｂｉｏｌ、６８：７９３−８０６（２０００）；Ｈｉｐｐら、Ｉｎ Ｖｉｖｏ、１４：５７１−８５（２０００）参照）。
【０３２０】
遺伝子のＤＮＡワクチンとしての使用法は周知であり、これは前立腺癌遺伝子又は前立腺癌遺伝子の一部を、前立腺癌患者における発現のために調節可能なプロモーター又は組織特異的プロモーターの制御下に配置することを含む。ＤＮＡワクチンに使用される前立腺癌遺伝子は、完全長前立腺癌タンパク質をコードすることができるが、より好ましくは前立腺癌タンパク質由来のペプチドを含む前立腺癌タンパク質の一部をコードしている。ある態様において、患者は、前立腺癌遺伝子由来の複数のヌクレオチド配列を含むＤＮＡワクチンで免疫感作される。例えば、前立腺癌に関連した遺伝子又は前立腺癌タンパク質の小断片をコードしている配列が、発現ベクターに導入され、ＭＨＣクラスＩに関連したそれらの免疫原性及び細胞傷害性Ｔ細胞応答を生じる能力について試験される。この手法は、細胞内エピトープを含む、抗原を提示している細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答の作出を提供する。
【０３２１】
好ましい態様において、ＤＮＡワクチンは、ＤＮＡワクチンを伴うアジュバント分子をコードしている遺伝子を含む。このようなアジュバント分子は、ＤＮＡワクチンによりコードされた前立腺癌ポリペプチドに対する免疫原性応答を増強するサイトカイン類を含む。追加の又は代替のアジュバントが利用可能である。
【０３２２】
別の好ましい態様において、前立腺癌遺伝子は、前立腺癌の動物モデルの作出における用途が見いだされている。同定された前立腺癌遺伝子が、癌組織において抑制又は減退される場合、例えばアンチセンスＲＮＡが前立腺癌遺伝子に対するような遺伝子療法技術も、この遺伝子の発現を減退又は抑制するであろう。前立腺癌の動物モデルは、前立腺癌に関連した配列のモジュレーター又は前立腺癌のモジュレーターのスクリーニングにおける用途が見いだされている。同様に、遺伝子ノックアウト技術を含むトランスジェニック動物技術は、例えば適当な遺伝子標的化ベクターによる相同的組換えの結果として、前立腺癌タンパク質の非存在又は増大した発現を生じるであろう。望ましいならば、前立腺癌タンパク質の組織特異的発現又はノックアウトが必要であることがある。
【０３２３】
前立腺癌においては前立腺癌タンパク質が過剰発現されることも可能性がある。従って、前立腺癌タンパク質を過剰発現しているトランスジェニック動物を作出することができる。望ましい発現レベルに応じて、様々な強度のプロモーターを用い、この導入遺伝子を発現することができる。更に、組込まれた導入遺伝子のコピー数を決定し、導入遺伝子の発現レベルの決定と比較することができる。このような方法で作出された動物は、前立腺癌の動物モデルとしての用途が見いだされており、更に前立腺癌治療のためのモジュレーターのスクリーニングにおいて有用である。
【０３２４】
診断及び／又は予後判定用途における使用のためのキット
先に示唆した診断、研究及び治療の用途における使用のために、本発明によりキットも提供される。診断及び研究の用途において、このようなキットは、以下のいずれか又は全てを含み得る：アッセイ試薬、緩衝液、前立腺癌に特異的な核酸又は抗体、ハイブリダイゼーションプローブ及び／又はプライマー、アンチセンスポリヌクレオチド、リボザイム、ドミナントネガティブ前立腺癌ポリペプチド又はポリヌクレオチド、前立腺癌に関連した配列の小分子インヒビターなど。治療的製品は、滅菌生理食塩水又は他の薬学的に許容できる乳剤及び懸濁剤の基剤を含み得る。
【０３２５】
加えて、これらのキットは、本発明の方法の実践に関する指示書（すなわちプロトコール）を含む産業用資料を備えている。指示用資料は典型的には書面による又は印刷された資料を含むが、これらはこのようなものに限定されない。このような指示の保存及び末端の使用者へのそれらの伝達が可能なあらゆる媒体が、本発明に包含されている。このような媒体は、電子保存媒体（例えば、磁気ディスク、テープ、カートリッジ、チップ）、光学媒体（例えば、ＣＤ ＲＯＭ）、などを含むが、これらに限定されるものではない。このような媒体は、指示用資料を提供するインターネット上のアドレスを含み得る。
【０３２６】
本発明は、前立腺癌に関連した配列のモジュレーターのスクリーニングのためのキットも提供する。このようなキットは、容易に入手できる材料及び試薬から調製することができる。例えばこのようなキットは、下記の材料を１種又は複数種含み得る：前立腺癌に関連したポリペプチド又はポリヌクレオチド、反応チューブ、及び前立腺癌に関連した活性の試験のための指示書。任意に、このキットは、生物学的に活性のある前立腺癌タンパク質を含む。多種多様なキット及び成分は、意図されたキットの使用者及び使用者の具体的な必要性に応じ、本発明に従い調製することができる。診断は、典型的には複数の遺伝子又は産物の評価に関連している。これらの遺伝子は、既往歴又は転帰に関するデータで確認することができる疾患の重要なパラメータとの相関を基に選択されると思われる。
【０３２７】
実施例
実施例１：組織調製、標識チップ、及びフィンガープリント
ＴＲＩｚｏｌ 試薬を使用する組織試料からの総 ＲＮＡ の精製
試料重量を最初に測定した。この組織試料を、組織５０ｍｇ当りＴＲＩｚｏｌ １ｍｌ中で、ホモジナイザー（例えば、Ｐｏｌｙｔｒｏｎ３１００）を用いてホモジナイズした。使用したジェネレーター／プローブのサイズは、試料の量によって決まった。ホモジナイズされる組織量にとって余りにも大きいジェネレーターは、試料の損失及びより低いＲＮＡ収量をもたらす。比較的大きいジェネレーター（例えば、２０ｍｍ）は、０．６ｇより多いと秤量された組織試料に適している。充填用チューブ（ｆｉｌｌ ｔｕｂｅ）は、溢れないようにしなければならない。作業容量は２ｍｌより多く、１０ｍｌを超えない、１５ｍｌのポリプロピレン製チューブ（Ｆａｌｃｏｎ ２０５９）がホモジナイゼーションに適している。
【０３２８】
組織は、ホモジナイズする時まで凍結保存した。ＴＲＩｚｏｌは、ホモジナイズする前に凍結組織へ直接添加した。ホモジナイズした後、不溶性材料を、ソーバル（Ｓｏｒｖａｌｌ）スーパースピードにおける７５００ｘｇで１５分間又はエッペンドルフ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ）遠心機における１２，０００ｘｇで１０分間の４℃での遠心により、ホモジネートから除去した。次に透明になったホモジネートを、新たなチューブに移した。試料は凍結し、−６０〜−７Ｏ℃で、少なくとも１ヶ月間保存するか、もしくは精製を続けた。
【０３２９】
次の段階は、相分離である。ホモジナイズした試料を、室温で５分間インキュベーションした。その後、ホモジネーション混合液へ、ＴＲＩｚｏｌ試薬１ｍｌにつきクロロホルム０．２ｍｌを添加した。これらのチューブを、キャップで密閉し、１５秒間手で激しく振盪した（ボルテックスしない）。これらの試料は、次に、室温で２〜３分間インキュベーションし、次にソーバル（Ｓｏｒｖａｌｌ）スーパースピードにて、６５００ｒｐｍで３０分間４℃で遠心した。
【０３３０】
次の段階は、ＲＮＡ沈殿である。水相を、新たなチューブに移した。ＤＮＡ又はタンパク質の単離が望ましい場合は、有機相を確保しておくことができる。その後当初のホモジナイゼーションにおいて使用したＴＲＩｚｏｌ試薬１ｍｌにつきイソプロピルアルコール０．５ｍｌを添加した。次にこれらのチューブを、キャップで密閉し、倒置し混合した。これらの試料を次に室温で１０分間インキュベーションし、ソーバル（Ｓｏｒｖａｌｌ）において６５００ｒｐｍで２０分間４℃で遠心した。
【０３３１】
次にＲＮＡを洗浄した。上清を、注ぎ捨て、ペレットを、冷７５％エタノールで洗浄した。最初のホモジナイゼーションにおいて使用したＴＲＩｚｏｌ試薬１ｍｌにつき７５％エタノール１ｍｌを使用した。これらのチューブを、キャップで密閉し、数回倒置し、ボルテックスすることなくペレットをゆるめた。次にこれらを、＜８０００ｒｐｍ（＜７５００ｘｇ）で５分間４℃で遠心した。
【０３３２】
ＲＮＡ洗浄液をデカントした。このペレットを慎重にエッペンドルフチューブに移した（このチューブを、必要ならばそれに道筋をつけ補助するためにピペットチップを用い、新たなチューブへと滑り落とした）。ＲＮＡ沈殿用のチューブサイズは、作業容量に応じて決定した。より大きいチューブは乾燥により長い時間がかかる。ペレットを乾燥した。その後ＲＮＡを、ＤＥＰＣ Ｈ２Ｏの適量（例えば２〜５μｇ／μｌ）中に再懸濁した。その後吸光度を測定した。
【０３３３】
次に、Ｑｉａｇｅｎ社ＲＮｅａｓｙキットなどの他の方法により、総ＲＮＡから、ポリＡ＋ｍＲＮＡを精製した。ポリＡ＋ｍＲＮＡは、３７℃で加熱したオリゴテックス（Ｏｌｉｇｏｔｅｘ）懸濁液の添加、及びＲＮＡへの添加前に混合により、総ＲＮＡから精製した。溶離緩衝液を、７０℃でインキュベーションした。緩衝液中に沈殿が存在する場合は、２ｘ結合緩衝液を６５℃に温めた。総ＲＮＡを、ＤＥＰＣ処理水、２ｘ結合緩衝液、及びオリゴテックスハンドブックの１６頁表２記載のオリゴテックスと混合し、次に６５℃で３分間及び室温で１０分間インキュベーションした。
【０３３４】
調製物を、１４，０００〜１８，０００ｇで２分間、好ましくは「ソフト設定」で遠心した。上清を、オリゴテックスペレットを乱さないように取り除いた。オリゴテックスの喪失を少なくするために、わずかな溶液は残した。この上清は、ポリＡ＋ｍＲＮＡの満足のいく結合及び溶離が認められるまでとっておいた。
【０３３５】
次に、この調製物を、洗浄緩衝液０Ｗ２中に穏やかに再懸濁し、スピンカラム上にピペティングし、最高速で１分間遠心した（可能であるならばソフト設定）。
【０３３６】
次に、スピンカラムを、新たな収集管に移し、洗浄緩衝液０Ｗ２中で穏やかに再懸濁し、ここに記したように遠心した。
【０３３７】
次にスピンカラムを、新たなチューブに移し、予め加熱した（７０℃）溶離緩衝液２０〜１００μｌで溶離した。オリゴテックス樹脂は、ピペッティングにより上下することで穏やかに再懸濁した。前述の遠心を繰り返し、新鮮な溶離緩衝液で溶離を繰り返すか、もしくは最初の溶離液を溶離容量を少なくするようにした。
【０３３８】
次に希釈した溶離緩衝液をブランクとして用い、吸光度を読み、収量を決定した。
【０３３９】
ｃＤＮＡ合成に進む前に、残りの成分又はオリゴテックス精製手法からの溶離緩衝液中の成分は、ｍＲＮＡの下流の酵素反応を阻害するので、このｍＲＮＡを沈殿し、その後ｃＤＮＡ合成に進んだ。０．４容量の７．５Ｍ ＮＨ４ＯＡｃ＋２．５容量の冷１００％エタノールを添加し、調製物を、−２０℃で１時間〜一晩（又は−７０℃で２０〜３０分間）沈殿させ、１４，０００〜１６，０００ｘｇにて３０分間４℃で遠心した。次にこのペレットを、８０％エタノール（−２０℃）０．５ｍｌで洗浄し、その後１４，０００〜１６，０００ｘｇで５分間室温で遠心した。次に８０％エタノールによる洗浄を繰り返した。ペレットからの最後の少量のエタノールは、高速減圧（ｓｐｅｅｄ ｖａｃｕｕｍ）を使用せずに乾燥し、ペレットをその後ＤＥＰＣ Ｈ２Ｏ中に濃度１μｇ／μｌで再懸濁した。
【０３４０】
代替の別法 （ 例えば Ｑｉａｇｅｎ 社 ＲＮｅａｓｙ キット ） を用いる ＲＮＡ の精製
ＲＮｅａｓｙカラムに、１００μｇを超えないよう添加した。この試料容量は、ＲＮアーゼ非含有水で１００μｌに調節した。試料に、３５０μｌ緩衝液ＲＬＴ、次に２５０μｌエタノール（１００％）を添加した。次にこの調製物を、ピペッティングにより混合し、遠心（＞１０，０００ｒｐｍで１５秒）のためにＲＮｅａｓｙミニスピンカラムに載せた。収量が低いならば、カラムにフロースルーを再度載せ、再遠心した。
【０３４１】
その後カラムを新たな２ｍｌ収集管に移し、５００μｌ緩衝液ＲＰＥを添加し、＞１０，０００ｒｐｍで１５秒間遠心した。フロースルーは廃棄した。その後５００μｌ緩衝液ＲＰＥを添加し、この調製物を＞１０，０００ｒｐｍで１５秒間遠心した。フロースルーは廃棄し、カラム膜を、最高速で２分間の遠心により乾燥した。このカラムを、新たな１．５ｍｌ収集管に移した。３０〜５０μｌのＲＮアーゼ非含有水を、直接カラム膜に載せた。このカラムを次に、＞１０，０００ｒｐｍで１分間遠心し、溶離段階を繰り返した。
【０３４２】
その後吸光度を読み取り、収量を決定した。必要であるならば、これらの材料は、酢酸アンモニウム及び２．５Ｘ容量の１００％エタノールで、エタノール沈殿することができる。
【０３４３】
第一鎖 ｃＤＮＡ の合成
第一鎖を、Ｇｉｂｃｏ社の「ｃＤＮＡ合成のためのスーパースクリプトチョイスシステム（ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ Ｃｈｏｉｃｅ Ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）」キットを用いて作成することができる。出発材料は、総ＲＮＡの５μｇ又はポリＡ＋ｍＲＮＡの１μｇである。総ＲＮＡについて、スーパースクリプト（ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ）ＲＴの２μｌを使用し；ポリＡ＋ｍＲＮＡについては、スーパースクリプトＲＴの１μｌを使用した。第一鎖合成混合物の最終容量は、２０μｌであった。ＲＮＡ容量は、１０μｌを超えてはならない。ＲＮＡを、１００ｐｍｏｌのＴ７−Ｔ２４オリゴ１μｌと共に、７０℃で１０分間インキュベーションした後、氷上で以下の７μｌを添加した：４μｌの５ｘ第一鎖緩衝液、２μｌの０．１Ｍ ＤＴＴ、及び１μｌの１０ｍＭ ｄＮＴＰ混合物。次にこの調製物を、３７℃で２分間インキュベーションし、その後スーパースクリプトＲＴに添加し、３７℃で１時間インキュベーションした。
【０３４４】
第二鎖の合成
第二鎖合成のために、氷上に第一鎖反応液を置き、以下を添加した：９１μｌ ＤＥＰＣ Ｈ２Ｏ；３０μｌ ５Ｘ第二鎖緩衝液；３μｌ １０ｍＭ ｄＮＴＰ混合物；１μｌ １０Ｕ／μｌ大腸菌ＤＮＡリガーゼ；４μｌ １０Ｕ／μｌ大腸菌ＤＮＡポリメラーゼ；並びに、１μｌ ２Ｕ／μｌ ＲＮアーゼ Ｈ。混合及びインキュベーションは、１６℃で２時間で行った。２μｌのＴ４ ＤＮＡポリメラーゼを添加した。１６℃で５分間インキュベーションした。１０μｌの０．５Ｍ ＥＤＴＡを添加した。
【０３４５】
ｃＤＮＡ の精製
ｃＤＮＡを、フェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）及びＰｈａｓｅ−Ｌｏｃｋゲルチューブを用いて精製した。これらのＰＬＧチューブを、最高速で３０秒間遠心した。ｃＤＮＡ混合物を次に、ＰＬＧチューブに移した。等容量のフェノール：クロロホルム：イソアミルアルコールを添加し、この調製物を激しく振盪し（ボルテックスはしない）、最高速で５分間遠心した。一番上の水溶液を、新たなチューブに移し、７．５ｘ ５Ｍ ＮＨ４ＯＡｃ及び２．５ｘ容量の１００％エタノールの添加により、エタノール沈殿した。直ぐ次に、最高速で、室温で２０分間遠心した。上清を除去し、ペレットを、２ｘ冷８０％エタノールで洗浄した。できる限り多くのエタノール洗浄液を、ペレットの風乾前に除去し；３μｌ ＲＮアーゼ非含有水で再懸濁した。
【０３４６】
インビトロ転写 （ＩＶＴ） 及びビオチン標識
インビトロ転写（ＩＶＴ）及びビオチン標識を、以下のように行った：ｃＤＮＡの１．５μｌの、薄壁ＰＣＲ管へのピペッティング。ＮＴＰ標識混合物の作成は、２μｌ Ｔ７ １０ｘＡＴＰ（７５ｍＭ）（Ａｍｂｉｏｎ）；２μｌ Ｔ７ １０ｘＧＴＰ（７５ｍＭ）（Ａｍｂｉｏｎ）；１．５μｌ Ｔ７ １０ｘＣＴＰ（７５ｍＭ）（Ａｍｂｉｏｎ）；１．５μｌ Ｔ７ １０ｘＵＴＰ（７５ｍＭ）（Ａｍｂｉｏｎ）；３．７５μｌ １０ｍＭ Ｂｉｏ−１１−ＵＴＰ（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ−Ｍａｎｎｈｅｉｍ／Ｒｏｃｈｅ又はＥｎｚｏ）；３．７５μｌ １０ｍＭ Ｂｉｏ−１６−ＣＴＰ（Ｅｎｚｏ）；２μｌ １０ｘ Ｔ７転写緩衝液（Ａｍｂｉｏｎ）；及び、２μｌ １０ｘＴ７酵素混合液（Ａｍｂｉｏｎ）の組合せによる。最終容量は２０μｌであった。ＰＣＲ装置において、３７℃で６時間インキュベーションした。ＲＮＡは、更に精製した。精製は、ＲＮｅａｓカラムに関する先の指示又はＱｉａｇｅｎ社ＲＮｅａｓｙプロトコールハンドブックに従った。ｃＲＮＡは、断片化段階に適合性のある容量中での再懸濁による、エタノール沈殿が必要であることが多い。
【０３４７】
断片化は、以下のように行った。標識されたＲＮＡ １５μｇを通常に断片化した。断片化反応容量を最小化するよう試みるには１０μｌ容量を推奨するが、２０μｌでも構わない。断片化緩衝液中に存在するマグネシウムは、ハイブリダイゼーション緩衝液の沈殿に寄与するので、２０μｌを超えてはならない。ＲＮＡの断片化は、１ｘ断片化緩衝液（５ｘ断片化緩衝液は、２００ｍＭ Ｔｒｉｓ酢酸、ｐＨ８．１；５００ｍＭ ＫＯＡｃ；１５０ｍＭ ＭｇＯＡｃ）中での９４℃で３５分間のインキュベーションによる。標識したＲＮＡ転写物は、断片化の前後に分析することができる。試料を、６５℃で１５分間加熱し、１％アガロース／ＴＢＥゲル上で電気泳動し、転写物サイズ範囲のおおよその見当を得た。
【０３４８】
ハイブリダイゼーションのために、ハイブリダイゼーション混合液２００μｌ（１０μｇ ｃＲＮＡ）をチップ上に置いた。複数回のハイブリダイゼーションを行うならば（例えば５チップセットでのサイクリング）、最初のハイブリダイゼーション混合液は３００μｌ又はそれよりも多くを作成することが推奨される。ハイブリダイゼーション混合液を以下に示す：標識されたＲＮＡ断片（５０ｎｇ／μｌ最終濃縮液）；５０ｐＭ ９４８−ｂ対照オリゴ；１．５ｐＭ ＢｉｏＢ；５ｐＭ ＢｉｏＣ；２５ｐＭ ＢｉｏＤ；１００ｐＭ ＣＲＥ；０．１ｍｇ／ｍｌニシン精子ＤＮＡ；０．５ｍｇ／ｍｌアセチル化されたＢＳＡ；及び、３００μｌの１ｘＭＥＳ ｈｙｂ緩衝液。
【０３４９】
ハイブリダイゼーション反応は、ビオチン化されていないＩＶＴ（ＲＮｅａｓｙカラムにより精製）で行った（組織からのＩＶＴ段階については実施例１参照）：下記の混合液を調製した：
Figure 2005506033
前記１４μｌ混合液を７０℃で１０分間インキュベーションし、その後氷上に置いた。
【０３５０】
逆転写法には、下記の混合液を用いた：
Figure 2005506033
前記溶液を、ハイブリダイゼーション反応液に加え、４２℃で３０分間インキュベーションした。その後、ＳＳＩＩ １μｌを添加し、更に１時間インキュベーションし、その後氷上に置いた。
【０３５１】
５０ｘｄＮＴＰ混合液は、２５ｍＭの冷ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、及びｄＧＴＰ、１０ｍＭ ｄＴＴＰを含有し、及び１００ｍＭ ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、及びｄＧＴＰを各々２５μｌ；１００ｍＭ ｄＴＴＰ １０μｌを、Ｈ２Ｏ １５μｌに添加することにより作成した。
【０３５２】
ＲＮＡ分解を以下のように行った。８６μｌのＨ２Ｏに、１．５μｌ １Ｍ ＮａＯＨ／２ｍＭ ＥＤＴＡを添加し、６５℃で１０分間インキュベーションした。Ｕ−Ｃｏｎ ３０については、５００μｌ ＴＥ／試料を、７０００ｇで１０分間回転し、精製のためにフロースルーを使用した。キアゲン精製については、ｕ−ｃｏｎ回収した材料を、５００μｌの緩衝液ＰＢ中に懸濁し、Ｑｉａｇｅｎプロトコールを用いて進めた。ＤＮＡｓｅ消化については、ＤＮＡｓｅ／３０μｌ Ｒｘの１／１００希釈物を１μｌ添加し、３７℃で１５分間インキュベーションした。９５℃で５分間インキュベーションし、ＤＮＡｓｅを変性した。
【０３５３】
試料調製
試料調製のために、Ｃｏｔ−１ ＤＮＡ、１０μｌ；５０ｘ ｄＮＴＰ、１μｌ；２０ｘ ＳＳＣ、２．３μｌ；ピロリン酸ナトリウム、７．５μｌ；１０ｍｇ／ｍｌニシン精子ＤＮＡ；１／１０希釈物１μｌを添加し、最終容量２１．８とした。高速減圧下で乾燥した。Ｈ２Ｏ １５μｌ中に再懸濁した。１０％ＳＤＳ ０．３８μｌを添加した。９５℃で２分間加熱し、２０分間かけて緩徐に室温まで冷却した。スライド上に置き、６４℃で一晩ハイブリダイズした。ハイブリダイゼーション後洗浄した：３ｘＳＳＣ／０．０３％ＳＤＳ：２分間、Ｈ２Ｏ ２５０ｍｌ中２０ｘＳＳＣ ３７．５ｍｌ＋１０％ＳＤＳ ０．７５ｍｌ；１ｘＳＳＣ：５分間、Ｈ２Ｏ ２５０ｍｌ中２０ｘＳＳＣ １２．５ｍｌ；０．２ｘＳＳＣ：５分間、Ｈ２Ｏ ２５０ｍｌ中２０ｘＳＳＣ ２．５ｍｌ。スライドを乾燥し、適当なＰＭＴ及びチャネルで走査した。
【０３５４】
実施例２：ヒト前立腺癌のタキソール抵抗性異種移植片モデル
パクリタキセル（タキソール；Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ社、プリンストン、ＮＪ）を含む治療投薬管理は、ホルモン治療抵抗性前立腺癌の臨床試験第ＩＩ相の治療において特に成功している（Ｓｍｉｔｈら、Ｓｅｍｉｎ． Ｏｎｃｏｌ．、２６（１ Ｓｕｐｐｌ ２）：１０９−１１（１９９９））。しかし、多くの患者が、最初に又は後にタキソール抵抗性となる腫瘍を発生している。タキソールに対する抵抗性に関連した遺伝子、又はタキソール抵抗性に対する反応を調節し、その結果治療に使用することができる遺伝子、又は患者におけるタキソール抵抗性を同定するために、下記の実験を行った。
【０３５５】
アンドロゲン非依存型ヒト細胞株ＣＷＲ２２Ｒを、ヌードマウスにおいて異種移植片として増殖した（Ｎａｇａｂｈｕｓｈａｎら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．、５６（１３）：３０４２−３０４６（１９９６）；Ａｇｕｓら、Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．、９１（２１）：１８６９−１８７６（１９９９）；Ｂｕｂｅｎｄｏｒｆら、Ｊ． Ｎａｔｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．、９１（２０）：１７５８−１７６４（１９９９））。最初に、これらの異種移植片腫瘍は、治療用量のタキソールに対し感受性であった。このマウスを、治療用量を下回る量で連続処置し、その腫瘍を３〜４週間成長させ、その後外科的に腫瘍を摘出した。その後個々のマウスからの腫瘍を細断し、小さい部分を健常なヌードマウスに注射し、腫瘍の第二継代を確立した。次にこのマウスを同じ治療用量を下回る量のタキソールで連続処置した。この過程を１４回反復し、異種移植片腫瘍の各世代の一部を収集した。各世代で、治療用量のタキソールに対する抵抗性は増加した。この過程の最後までに、腫瘍は治療用量のタキソールに対し完全に抵抗性となった。次に各世代の腫瘍から得たＲＮＡを単離し、個々のｍＲＮＡ種を、およそ３５，０００種の独自のｍＲＮＡ転写物を問い合わせるためにプローブで、特注のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いて定量した。漸増するタキソール−抵抗性腫瘍の引き続きの継代期間において、統計学的に有意な上方制御、又は下方制御を示した遺伝子を、選択した。ただひとつの遺伝子が、有意に上方制御されたのに対し、２４種の遺伝子が下方制御された。これらを、表１０に示す。
【０３５６】
前立腺癌において過剰発現されていることが同定された遺伝子配列を使用し、公開のＤＮＡデータベースからコード領域を同定した。これらの配列は、公知のタンパク質をコードしている遺伝子の同定に使用するか、又はこれらは、ＦＧＥＮＥＳＨ（Ｓａｌａｍｏｖ及びＳｏｌｏｖｙｅｖ、Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．、１０：５１６−５２２（２０００））のようなエキソン推定アルゴリズムを用い、ゲノムＤＮＡからのコード領域の推定に使用するかのいずれかであった。加えて、当業者には、表１〜１６に提供された典型的アクセッション番号に従い、いかにしてｕｎｉｇｅｎｅクラスタの同定及び配列情報を得るかが理解されると思われる（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＵｎｉＧｅｎｅ／）。
【０３５７】
【表１】発現配列タグを含み、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０１ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常組織と比べ示差的に発現された遺伝子を示す。遺伝子の最高発現を示している前立腺腫瘍試料及び様々な正常組織試料において発現された各遺伝子の相対量を示す。
Figure 2005506033
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Figure 2005506033
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３５８】
【表１Ａ】表１のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３５９】
【表２】前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べ示差的に発現された表１に示した遺伝子の寄託番号の好ましいサブセットを示す。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３６０】
【表２Ａ】表２のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
【０３６１】
【表３】発現配列タグを含み、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０２ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常組織と比べ示差的に発現された遺伝子を示す。遺伝子の最高発現を示している前立腺腫瘍試料及び様々な正常組織試料において発現された各遺伝子の相対量を示す。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
Figure 2005506033
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Figure 2005506033
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【０３６２】
【表３Ａ】表３のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３６３】
【表３Ｂ】ｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び表３の寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３６４】
【表４】前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べ示差的に発現されている、表３において認められた遺伝子の寄託番号の好ましいサブセットを示す。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３６５】
【表４Ａ】表４のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
【０３６６】
【表４Ｂ】表４のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
Figure 2005506033
【０３６７】
【表５】前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた１１７０種の遺伝子
表５は、前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた１１７０種の遺伝子を示している。これらは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０３ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイ上の５９６８０のプローブセットから選択し、「平均」前立腺癌対「平均」正常成人組織の比は、３．４４より大きいか又は等しかった。「平均」前立腺癌レベルは、７３種の前立腺癌中の８５ｔｈパーセンタイル値に設定した。「平均」正常成人組織レベルは、１６２種の非悪性組織の中の８５ｔｈパーセンタイル値に設定した。非特異的ハイブリダイゼーションの遺伝子特異的バックグラウンドレベルを取除くために、１６２種の非悪性組織の中の７．５ｔｈパーセンタイル値を、分子及び分母の両方から減じ、その後この比について評価した。
Figure 2005506033
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Figure 2005506033
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【０３６８】
【表５Ａ】表５、６及び７のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３６９】
【表５Ｂ】表５、６及び７のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
Figure 2005506033
【０３７０】
【表６】前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた細胞外又は細胞表面タンパク質をコードしている２８６種の遺伝子
表６は、恐らく細胞外又は細胞表面タンパク質である、前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた２８６種の遺伝子を示している。これらは、表５についてのように選択され、及び推定されたタンパク質は、細胞外局在の指標である構造ドメイン（例えば、ｅｇｆ、７ｔｍドメイン）を含んだ。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
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Figure 2005506033
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【０３７１】
【表７】前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた小分子標的をコードしている４２種の遺伝子
表７は、恐らく小分子標的である、前立腺癌において正常成人組織と比べアップレギュレーションされた４２種の遺伝子を示している。これらは、表５についてのように選択され、及び推定されたタンパク質には、薬物となりうる（ｄｒｕｇａｂｌｅ）構造の指標である構造ドメイン（例えば、プロテアーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ受容体）が含まれた。機能ドメインは各遺伝子について示されている。
Figure 2005506033
【０３７２】
【表８】前立腺癌において正常成人組織と比べ有意にダウンレギュレーションされた１３６種の遺伝子
表８は、前立腺癌において正常成人組織と比べ有意にダウンレギュレーションされた１３６種の遺伝子を示している。これらは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０３ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイ上の５９６８０のプローブセットから選択し、「平均」正常前立腺対「平均」前立腺癌組織の比は、２より大きいか又は等しかった。「平均」正常前立腺レベルは、４種の正常前立腺組織の平均に設定した。「平均」前立腺癌レベルは、７３種の前立腺癌中の８５ｔｈパーセンタイル値に設定した。非特異的ハイブリダイゼーションの遺伝子特異的バックグラウンドレベルを取除くために、全ての組織の中の１０ｔｈパーセンタイル値を、分子及び分母の両方から減じ、その後この比について評価した。
Figure 2005506033
Figure 2005506033
Figure 2005506033
【０３７３】
【表８Ａ】表８のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
【０３７４】
【表８Ｂ】表８のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
Figure 2005506033
【０３７５】
【表９】正常前立腺において前立腺癌と比べ有意にアップレギュレーションされた１００１種の遺伝子
表９は、前立腺癌において正常前立腺と比べ有意にアップレギュレーションされた１００１種の遺伝子を示している。これらは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０３ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイ上の５９６８０のプローブセットから選択し、「平均」正常前立腺対「平均」前立腺癌組織の比は、８．１４より大きいか又は等しかった。「平均」正常前立腺レベルは、４種の正常前立腺組織の平均に設定した。「平均」前立腺癌レベルは、７３種の腫瘍試料中の８５ｔｈパーセンタイル値に設定した。非特異的ハイブリダイゼーションの遺伝子特異的バックグラウンドレベルを取除くために、全ての組織の中の１０ｔｈパーセンタイル値を、分子及び分母の両方から減じ、その後この比について評価した。
Figure 2005506033
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Figure 2005506033
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【０３７６】
【表９Ａ】表９のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
Figure 2005506033
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【０３７７】
【表９Ｂ】表９のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
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【０３７８】
【表１０】タキソール抵抗性前立腺腫瘍異種移植片においてタキソール感受性前立腺腫瘍異種移植片と比べ示差的に発現された発現配列タグを含む遺伝子を示す。これらの遺伝子は、移植片の逐次継代中にタキソール抵抗性が誘導される間に、アップレギュレーション又はダウンレギュレーションのいずれかであることが示されている。
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【０３７９】
【表１１】Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０１ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べアップレギュレーションされた発現配列タグを含む遺伝子を示す。「平均」正常前立腺の「平均」前立腺癌組織に対する比を示した。
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【０３８０】
【表１１Ａ】表１１のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
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【０３８１】
【表１２】Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０１ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べダウンレギュレーションされた発現配列タグを含む遺伝子を示す。「平均」正常前立腺の「平均」前立腺癌組織に対する比を示した。
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【０３８２】
【表１２Ａ】表１２のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
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【０３８３】
【表１３】Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０２ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べアップレギュレーションされた発現配列タグを含む遺伝子を示す。「平均」正常前立腺の「平均」前立腺癌組織に対する比を示した。
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【０３８４】
【表１３Ａ】表１３のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
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【０３８５】
【表１３Ｂ】表１３のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列の給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
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【０３８６】
【表１４】Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ／Ｅｏｓ Ｈｕ０２ ＧｅｎｅＣｈｉｐアレイを用いて分析した時、前立腺腫瘍組織において正常前立腺組織と比べダウンレギュレーションされた発現配列タグを含む遺伝子を示す。「平均」正常前立腺の「平均」前立腺癌組織に対する比を示した。
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【０３８７】
【表１４Ａ】表１４のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
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【０３８８】
【表１４Ｂ】表１４のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
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【０３８９】
【表１５】表１６に示された配列情報を伴う１６９種の遺伝子
表１５は、表１６の配列全てに関する、ｕｎｉｇｅｎｅＩＤ、ｕｎｉｇｅｎｅタイトル、プライムキー、推定された細胞局在、及び典型的寄託番号を示している。表１５の情報は、表１６のＥｏｓＣｏｄｅにリンクしている。
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【０３９０】
【表１５Ａ】表１５のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーの寄託番号を示す。本発明者らは、各プローブセットについて、そこからオリゴヌクレオチドをデザインした遺伝子クラスタ番号を列記した。遺伝子クラスタは、Ｇｅｎｂａｎｋ ＥＳＴ及びｍＲＮＡ由来の配列を用いて集計した。これらの配列は、クラスタリングアンドアライメントツール（Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ａｎｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｔｏｏｌｓ、ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ社、オークランド、ＣＡ）を用い、配列類似性を基にクラスタ化した。各クラスタを含む配列のＧｅｎｂａｎｋ寄託番号は、「Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ」欄に列記した。
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【０３９１】
【表１５Ｂ】表１５のｕｎｉｇｅｎｅＩＤを欠いているこれらのプライムキーのゲノム位置及び寄託番号を示す。各々推定されたエキソンについて、本発明者らは、推定に使用したゲノム配列給源を列記した。各推定されたエキソンのヌクレオチド位置も列記した。
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【０３９２】
表１１及び配列表
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【０３９３】
先に説明した実施例は、いかなる様式においても、本発明の真の範囲を限定するためには利用されず、むしろ例示を目的として示されていることが理解される。各々の刊行物又は特許出願が参照として組入れられることを具体的かつ個別に示されているように、本明細書に引用される全ての刊行物、配列寄託番号、及び特許明細書は、本明細書に参照として組入れられる。

Claims (70)

  1. 患者の細胞において前立腺癌に関連した転写物を検出する方法であり、患者からの生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触させる段階を含む、方法。
  2. ポリヌクレオチドが、表１〜１６で示す配列と少なくとも９５％同一の配列に選択的にハイブリダイズする、請求項１記載の方法。
  3. 生物学的試料が組織試料である、請求項１記載の方法。
  4. 生物学的試料が単離された核酸を含む、請求項１記載の方法。
  5. 核酸がｍＲＮＡである、請求項４記載の方法。
  6. 生物学的試料をポリヌクレオチドと接触させる段階の前に、核酸を増幅する段階を更に含む、請求項４記載の方法。
  7. ポリヌクレオチドが表１〜１６に示す配列を含む、請求項１記載の方法。
  8. ポリヌクレオチドが標識されている、請求項１記載の方法。
  9. 標識が蛍光標識である、請求項８記載の方法。
  10. ポリヌクレオチドが固体表面に固定されている、請求項１記載の方法。
  11. 患者が、前立腺癌を治療するために治療的投薬管理を受けている、請求項１記載の方法。
  12. 患者が前立腺癌を有する疑いがある、請求項１記載の方法。
  13. 前立腺癌の治療的処置の効力をモニタリングする方法であり、
    （ｉ）治療的処置を受けている患者から生物学的試料を調達する段階；及び
    （ｉｉ）生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触させ、生物学的試料における前立腺癌に関連した転写物のレベルを決定し、これによりこの療法の効力をモニタリングする段階を含む、方法。
  14. （ｉｉｉ）前立腺癌に関連した転写物のレベルを、治療的処置の前の患者又は初期の患者からの生物学的試料における前立腺癌に関連した転写物のレベルと比較する段階を更に含む、請求項１３記載の方法。
  15. 患者がヒトである、請求項１３記載の方法。
  16. 前立腺癌の治療的処置の効力をモニタリングする方法であり、
    （ｉ）治療的処置を受けている患者から生物学的試料を調達する段階；及び
    （ｉｉ）生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドと接触させ、ここで該ポリペプチドは前立腺癌に関連した抗体と特異的に結合する、生物学的試料における前立腺癌関連抗体のレベルを決定し、これによりこの療法の効力をモニタリングする段階を含む方法。
  17. （ｉｉｉ）前立腺癌に関連した抗体のレベルを、治療的処置の前の患者又は初期の患者からの生物学的試料における前立腺癌に関連した抗体のレベルと比較する段階を更に含む、請求項１６記載の方法。
  18. 患者がヒトである、請求項１６記載の方法。
  19. 前立腺癌の治療的処置の効力をモニタリングする方法であり、
    （ｉ）治療的処置を受けている患者から生物学的試料を調達する段階；及び
    （ｉｉ）生物学的試料を、抗体と接触させ、ここで抗体が、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドと特異的に結合する、生物学的試料における前立腺癌に関連したポリペプチドのレベルを決定し、これによりこの療法の効力をモニタリングする段階を含む方法。
  20. （ｉｉｉ）前立腺癌に関連したポリペプチドのレベルを、治療的処置の前の患者又は初期の患者の生物学的試料における前立腺癌に関連したポリペプチドのレベルと比較する段階を更に含む、請求項１９記載の方法。
  21. 患者がヒトである、請求項１９記載の方法。
  22. 表１〜１６に示すポリヌクレオチド配列からなる単離された核酸分子。
  23. 標識されている、請求項２２記載の核酸分子。
  24. 標識が蛍光標識である、請求項２３記載の核酸。
  25. 請求項２２記載の核酸を含む発現ベクター。
  26. 請求項２５記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  27. 表１〜１６に示すポリヌクレオチド配列を有する核酸分子によりコードされる単離されたポリペプチド。
  28. 請求項２７記載のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
  29. エフェクター成分に更に複合された、請求項２８記載の抗体。
  30. エフェクター成分が蛍光標識である、請求項２９記載の抗体。
  31. エフェクター成分が、放射性同位元素又は細胞傷害性化学物質である、請求項２９記載の抗体。
  32. 抗体断片である、請求項２９記載の抗体。
  33. ヒト化された抗体である、請求項２９記載の抗体。
  34. 患者からの生物学的試料中の前立腺癌細胞を検出する方法であり、生物学的試料を、請求項２８記載の抗体と接触させる段階を含む、方法。
  35. 抗体がエフェクター成分に更に複合されている、請求項３４記載の方法。
  36. エフェクター成分が蛍光標識である、請求項３５記載の方法。
  37. 患者において前立腺癌に特異的な抗体を検出する方法であり、患者からの生物学的試料を、表１〜１６からの配列を含む核酸によりコードされるポリペプチドと接触させる段階を含む、方法。
  38. 前立腺癌に関連したポリペプチドを変調する化合物を同定する方法であり、
    （ｉ）化合物を、前立腺癌に関連したポリペプチドと接触させ、ここでポリペプチドは、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドによりコードされている段階；及び
    （ｉｉ）化合物のポリペプチドに対する機能的作用を決定する段階を含む方法。
  39. 機能的作用が物理的作用である、請求項３８記載の方法。
  40. 機能的作用が化学的作用である、請求項３８記載の方法。
  41. ポリペプチドが、真核宿主細胞又は細胞膜において発現される、請求項３８記載の方法。
  42. 機能的作用が、ポリペプチドに結合するリガンドを測定することにより決定される、請求項３８記載の方法。
  43. ポリペプチドが組換え体である、請求項３８記載の方法。
  44. 患者において前立腺癌を治療するために、前立腺癌に関連した細胞の増殖を阻害する方法であり、請求項３８記載の方法を用いて同定された化合物の治療的有効量を対象に投与する段階を含む方法。
  45. 化合物が抗体である、請求項４４記載の方法。
  46. 患者がヒトである、請求項４５記載の方法。
  47. （ｉ）試験化合物を、前立腺癌を有する哺乳類またはそこから単離された細胞に投与する段階；
    （ｉｉ）処置した細胞又は哺乳類における表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドの遺伝子発現のレベルを、対照細胞又は哺乳類のポリヌクレオチドの遺伝子発現レベルと比較する段階であり、ここでポリヌクレオチドの発現のレベルを変調する試験化合物は前立腺癌治療の候補である段階を含む、薬物スクリーニングアッセイ法。
  48. 対照が試験化合物で処理されていない前立腺癌を有する哺乳類又はそこからの細胞である、請求項４７記載のアッセイ法。
  49. 対照が正常細胞又は哺乳類である、請求項４７記載のアッセイ法。
  50. 請求項４７記載のアッセイ法により同定された化合物を投与することを含む、前立腺癌を有する哺乳類を治療する方法。
  51. 前立腺癌を有する哺乳類を治療するための薬学的組成物であり、請求項４７記載のアッセイ法により同定された化合物及び生理学的に許容できる賦形剤を含む、組成物。
  52. 生物学的試料が、表１〜１６で示す第一の配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする第一のポリヌクレオチド；及び、表１〜１６で示す第二の配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする第二のポリヌクレオチドを含む複数のポリヌクレオチドと接触する、請求項１記載の方法。
  53. 複数のポリヌクレオチドが、表１〜１６で示す第三の配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする第三のポリヌクレオチドを含む、請求項５２記載の方法。
  54. 前立腺癌に関連した転写物を検出する方法であり、患者からの生物学的試料を複数のポリヌクレオチドと接触させ、ここで少なくとも２種の該ポリヌクレオチドは、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の異なる配列に選択的にハイブリダイズする段階を含む方法。
  55. 前立腺癌を検出する方法であり、
    （ｉ）患者から生物学的試料を調達する段階；
    （ｉｉ）生物学的試料における前立腺癌に関連した転写物のレベルを決定するために、生物学的試料を、表１〜１６で示す第一の配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする第一のポリヌクレオチドと接触させ；かつ、生物学的試料における対照転写物の発現レベルを決定するために、表１〜１６に示していない配列と少なくとも８０％同一の第二の配列に選択的にハイブリダイズする第二のポリヌクレオチドを接触させる段階であり；ここで該第二の配列の発現は、前立腺癌において実質的に変化しない段階；及び
    （ｉｉｉ）前立腺癌に関連した転写物のレベルを、生物学的試料中の正常組織に関連した転写物のレベルと比較する段階を含む方法。
  56. 患者の細胞において前立腺癌に関連した転写物を定量する方法であり、患者からの生物学的試料を、表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチドと接触させる段階を含む、方法。
  57. ポリヌクレオチドが、表１〜１６で示す配列と少なくとも９５％同一の配列に選択的にハイブリダイズする、請求項５６記載の方法。
  58. 生物学的試料が組織試料である、請求項５６記載の方法。
  59. 生物学的試料が、単離された核酸を含む、請求項５６記載の方法。
  60. 核酸がｍＲＮＡである、請求項５６記載の方法。
  61. 生物学的試料をポリヌクレオチドと接触させる段階の前に、核酸を増幅する段階を更に含む、請求項５９記載の方法。
  62. ポリヌクレオチドが、表１〜１６に示す配列を含む、請求項５６記載の方法。
  63. ポリヌクレオチドが標識される、請求項５６記載の方法。
  64. 標識が蛍光標識である、請求項６３記載の方法。
  65. ポリヌクレオチドが固体表面上に固定される、請求項５６記載の方法。
  66. 患者が、転移性前立腺癌の治療のための治療的投薬管理を受けている、請求項５６記載の方法。
  67. 患者が、転移性前立腺癌を有する疑いがある、請求項５６記載の方法。
  68. 表１〜１６で示す配列と少なくとも８０％同一の配列に選択的にハイブリダイズする複数のポリヌクレオチドを含むバイオチップ。
  69. ｉ）表１〜１６に示す発現プロフィール遺伝子又はそれらの断片からなる群より選択された発現プロフィール遺伝子を発現している細胞を提供する段階；
    ｉｉ）薬物候補を該細胞へ添加する段階；及び
    ｉｉｉ）該発現プロフィール遺伝子の発現に対する該薬物候補の作用を決定する段階を含む、薬物候補をスクリーニングする方法。
  70. 決定が、薬物候補の非存在下での発現レベルを、該薬物候補の存在下での発現のレベルと比較する段階を含む、請求項５９記載の方法。
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