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JP2005304497A - 特定の癌関連遺伝子を用いる癌の検出方法及び癌の抑制方法 - Google Patents

特定の癌関連遺伝子を用いる癌の検出方法及び癌の抑制方法 Download PDF

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JP2005304497A
JP2005304497A JP2005081250A JP2005081250A JP2005304497A JP 2005304497 A JP2005304497 A JP 2005304497A JP 2005081250 A JP2005081250 A JP 2005081250A JP 2005081250 A JP2005081250 A JP 2005081250A JP 2005304497 A JP2005304497 A JP 2005304497A
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Joji Inasawa
譲治 稲澤
Toshinari Imoto
逸勢 井本
Jun Inoue
純 井上
Akiko Furuhata
あき子 降旗
Sana Yokoi
左奈 横井
Itaru Sonoda
格 園田
Hideo Tanami
秀朗 田波
Hiroyuki Izumi
宏幸 和泉
Kuniyasu Saegusa
邦康 三枝
Fukashi Hayashi
深 林
Hisashi Takada
久 高田
Fumika Suzuki
文香 鈴木
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Abstract

【課題】細胞の癌化や癌の悪性度を検出する指標とすることが可能な癌関連遺伝子を見いだし、当該癌関連遺伝子を指標とする癌の検出方法を提供し、さらに、当該癌関連遺伝子を本質部分として用いる癌の抑制・治療方法を提供すること。
【解決手段】肺癌、胃癌、膵臓癌、大腸癌、胆管癌、脳腫瘍、骨髄種等の各種の癌において、正常細胞と比較して、増幅又は欠失している特定の遺伝子を網羅的に見いだし、これらの癌関連遺伝子の増幅又は欠失を指標とする癌の検出方法を提供することで、上記の課題を解決し得ることを見いだした。また、これらの癌関連遺伝子のうち、癌細胞において欠失する遺伝子を癌に導入し、同増幅する遺伝子の転写産物を阻害することにより、癌を抑制することをも見いだした。
【選択図】 なし

Description

本発明は、特定の癌関連遺伝子を指標として用いる癌化や癌の悪性度を検出可能な検出方法、及び、特定の癌関連遺伝子を本質部分として用いる癌の抑制・治療方法に関する発明である。
癌による死亡率は現在日本で第１位であり、全死亡原因の約３分の１を占めている。これまで、癌による死亡率は上昇の一途をたどり、１０年後には約５０％を占めると予測されている。癌は多数の遺伝子の異常が蓄積することが原因で発生し、悪性化して行くことが明らかになってきた。癌遺伝子の発現の亢進と癌抑制遺伝子の欠失に伴う発現の低下が癌化に関与することが報告されている。さらに、細胞の分化や増殖に直接関与している遺伝子、並びにDNA修復システムに関与する遺伝子の異常が癌化に関与することも知られている。
しかし、これまでの研究成果から癌患者における癌化の機構を説明するためには不十分である。癌の種類によって癌化に関与する遺伝子群が異なり、また同種の癌であっても癌の個性が異なるために、これまでどのような遺伝子群の異常が癌を引き起こすか系統的に解析することが困難であった。従って、癌細胞のゲノムを解析することによる癌の初期の診断並びに癌の悪性度を調べる診断手段は、未だ十分に提供されているとはいいがたい。
本発明が解決すべき課題は、細胞の癌化や癌の悪性度を検出する指標とすることが可能な癌関連遺伝子を見いだし、当該癌関連遺伝子を指標とする癌の検出方法を提供することにある。さらに、本発明は、当該癌関連遺伝子を本質部分として用いる癌の抑制・治療方法を提供することを課題とする。
通常、染色体異常が起こった時に細胞はアポトーシスにより死滅し、異常細胞の増殖は起こらない仕組みになっている。しかし、なんらかの原因で、染色体異常を有する細胞が厳密にコントロールされている生体の制御機構をすり抜けて細胞増殖を開始し、それが癌化のイニシエーションとなる。従って、染色体レベルでのゲノムの増幅と欠失は癌化の重要な要因であり、増幅の場合には増幅したゲノム領域に存在する遺伝子発現の亢進が起こり、欠失の場合には欠失したゲノム領域に存在する遺伝子の発現レベルの顕著な低下になり、それらの異常の蓄積が細胞の無秩序な増殖を引き起こすと考えられる。
Comparative Genomic Hybridization（CGH）はゲノム上で多数の遺伝子増幅並びに欠失に伴う遺伝子異常を解析するためには、簡便で迅速であり、最良の方法である。そして、癌化並びに癌の悪性化に関与するゲノム上の遺伝子異常を解析するためにはCGHマイクロアレイにプリントする遺伝子群の選別が極めて重要である。
本発明者らは癌化に関わる可能性の高い遺伝子群を「National Cancer for Biotechnology」並びに「University of California Santa Cruz Biotechnology」のデータベースより選別し、さらに、選択されたDNAをBLAST検索にかけ、癌の発症に重要と考えられる遺伝子を選び出した。そして、これらの候補となる癌関連遺伝子を含むBAC/PACクローンを厳選した上で、それぞれを増幅（無尽蔵化）し、これらの増幅したクローンを８００種余り搭載する「MCG癌アレイ」基盤を作出した（以下、「MCG癌アレイ」ともいう）。本発明は
、このMCG癌アレイを技術範囲として含むものである。
そうして本発明者らは、MCG癌アレイを用いて、いくつかの種類の癌において、これらの癌の検出指標となる癌関連遺伝子を見いだし、本発明の一つを完成した。
すなわち本発明は、特定の癌関連遺伝子を指標として用いた、癌の検出方法（以下、本検出方法ともいう）を提供する発明である。本検出方法において用いる癌関連遺伝子は、下記の遺伝子である。
１．細胞が癌化することにより、正常細胞のゲノムにおけるコピー数よりも増幅したコピー数が認められる癌関連遺伝子（以下、増幅癌遺伝子ともいう）：
MUC1遺伝子、PRCC遺伝子、EIF4G遺伝子、THPO遺伝子、TERT遺伝子、DAB2遺伝子、EGFR遺伝子、ELN遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、FACA遺伝子、PTPN1遺伝子、Livin遺伝子、MYCN遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子、CGI-147遺伝子、ESP15遺伝子、ARHGEF2遺伝子、ABCC5遺伝子、EIF4G1遺伝子、CDH12遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、ZNF131遺伝子、RAD52遺伝子、WNT3遺伝子、CDC27遺伝子、COL1A1遺伝子、ABCC3遺伝子、PPM1D遺伝子、ITGB4遺伝子、BIRC5遺伝子、SHGC-103396遺伝子、BCL2L1遺伝子、RBL1遺伝子、SRC遺伝子、TGIF2遺伝子、MYBL2遺伝子、BIRC7遺伝子、ARAF1遺伝子、CUL4B遺伝子、CTAG1遺伝子、TRIM33遺伝子、MYCL1遺伝子、RLF遺伝子、CCNE1遺伝子、PCTK1遺伝子、ETV5遺伝子、CDC10遺伝子、IGFBP1遺伝子、TCRG遺伝子、MYCLK1遺伝子、TAX1BP1遺伝子、IL6遺伝子、PMS2遺伝子、MET遺伝子、SMOH遺伝子、BRAF遺伝子、CDK5遺伝子、AR遺伝子、MCF2遺伝子、MAGEA2遺伝子、CTAG遺伝子、ALX遺伝子、PMF1遺伝子、NTRK1遺伝子、ERV5遺伝子、MUC4遺伝子、PDGFRA遺伝子、IGFBP7遺伝子、CDH10遺伝子、E2F3遺伝子、TPMT遺伝子、TFAP２A遺伝子、EEF1E1遺伝子、RREB1遺伝子、CDK6遺伝子、PRIM1遺伝子、GLI遺伝子、CDK4遺伝子、FUS遺伝子、CYLD遺伝子、GRB2遺伝子、TGFβR3遺伝子、PAX3遺伝子、MLL遺伝子、FKHR遺伝子、FOLR1遺伝子、PLUNC(LUNX)遺伝子、E2F1遺伝子、TNFRSF5遺伝子、NCOA3遺伝子、ELMO2遺伝子、NCOA3（AIB1）遺伝子、PRex1遺伝子、BCAS1遺伝子、ZNF217遺伝子、STK6(BTAK)遺伝子、SDC1遺伝子、DNMT3A遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、CCK遺伝子、EGR2遺伝子、KSAM（FGFR2）遺伝子、PKY（HIPK3）遺伝子、LMO2遺伝子、CD44遺伝子、KRAS遺伝子、KRAG（SSPN）遺伝子、CYP１A1遺伝子、IQGAP1遺伝子、FURIN（PACE）遺伝子、PPARBP遺伝子、KRAG遺伝子、KRAS2遺伝子、PTHLH遺伝子、BCLX遺伝子、DEK遺伝子、Livin-2遺伝子、TFAP2C遺伝子、TNFRSF6B遺伝子、HCK遺伝子、CDC2L1遺伝子、GLI3遺伝子、PPP1A遺伝子、SUPT５H遺伝子、AKT２遺伝子、TRRAP遺伝子、Smurf1遺伝子、PDAP1遺伝子、MIA遺伝子SERPINE1遺伝子、VGF遺伝子、HRAS遺伝子、BCL3遺伝子、LUNX遺伝子、AIB1遺伝子、NCOA遺伝子、SSX4遺伝子、SSX1遺伝子、MCL1遺伝子、CCND3遺伝子、FLT3遺伝子、DOC2遺伝子、BAI１遺伝子、PSCA遺伝子、MLZE遺伝子、RECQL4遺伝子、BCL1遺伝子、FGF4遺伝子、Survivin遺伝子、BCL9遺伝子、AF1Q遺伝子、DAP3遺伝子、BRAL1遺伝子、TRK遺伝子、CRP遺伝子、ATF6遺伝子、PBX1遺伝子、ABL2遺伝子、LAMC2遺伝子、TP遺伝子、ABL遺伝子、CAN遺伝子、NCOR1遺伝子、ZNF287遺伝子、D17S128遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子、PI5遺伝子、 p63遺伝子、NRG1遺伝子、YAP1遺伝子及びcIAP1遺伝子；
２．細胞が癌化することにより、正常細胞のゲノムには存在するはずの遺伝子に、ホモ接合体欠失又はヘテロ接合体欠失が認められる癌関連遺伝子（以下、欠失癌遺伝子ともいう）：
BAIAP1遺伝子、LZTS1遺伝子、AAC1遺伝子、BLK遺伝子、MTAP遺伝子、CDKN2A(p16)遺伝子、GPC5遺伝子、SNRPN遺伝子、SAMD4遺伝子、DCC遺伝子、ADRBK2遺伝子、DBCCR1遺伝子、RIZ遺伝子、CCK遺伝子、UBE2E1遺伝子、THRB遺伝子、RARB遺伝子、TGFβR2遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、VIPR1遺伝子、ZNF35遺伝子、TGM4遺伝子、TDGF1遺伝子、PTPRG遺伝子、FHIT遺伝子、MITF遺伝子、LOC151987遺伝子、EIF4E遺伝子、NFκB遺伝子、CCNA遺伝
子、PGRMC2遺伝子、VEGFC遺伝子、MSH3遺伝子、RASA1遺伝子、TPT1遺伝子、RB1遺伝子、AATF遺伝子、NR2F1遺伝子、AFP遺伝子、EGF5遺伝子、ABCG2遺伝子、BMI１遺伝子、PCDH15遺伝子、PGR遺伝子、FGF9遺伝子、ZNF198遺伝子、FLT1遺伝子、FLT3遺伝子、BRCA2遺伝子、KLF12遺伝子、PIBF１遺伝子、HNF3A遺伝子、MBIP遺伝子、FKHL1遺伝子、CDKN2A (p16)遺伝子、N33遺伝子、TEK遺伝子、MLLT3遺伝子、JAK2遺伝子、GASC1遺伝子、D9S913遺伝子、SMAD４遺伝子、MADH2遺伝子、MADH7（SMAD7）遺伝子、MALT1遺伝子、GRP遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子、SERPINB（PI5）遺伝子、CTDP１遺伝子、SMAD4-2遺伝子、D8S504遺伝子、NAT2遺伝子、TNFRSF10B遺伝子、MAP3K7遺伝子、DLC1遺伝子、stSG42796遺伝子、LPL遺伝子、NRG1遺伝子、SCCA1遺伝子、SCCA2遺伝子、NKX3A遺伝子、SMAD７遺伝子、MLL１遺伝子、PI5遺伝子、Casp3遺伝子、SSXT遺伝子、VIM遺伝子、stSG27915遺伝子、RH68621遺伝子、SHGC-145820遺伝子、EEF1E1遺伝子、ESR1遺伝子、MLLT3遺伝子、DEC1遺伝子、CDH23遺伝子、ETK1遺伝子、VIP遺伝子、IGHG1遺伝子、PMP22遺伝子、MAFG遺伝子、SHGC-145820遺伝子、FGF2遺伝子、ST5遺伝子、CALCA遺伝子、FKHR遺伝子、CXADR遺伝子、TGFβR3遺伝子、ABCD3遺伝子、LCP1遺伝子、DACH遺伝子、GPC5(2)遺伝子、GPC6遺伝子、ABCC4遺伝子、RAP2A遺伝子、FGF14遺伝子、ERCC5遺伝子、EFNB2遺伝子、ING1遺伝子、TFDP1遺伝子、GAS6遺伝子、D13S327遺伝子、TEP1遺伝子、MMP14遺伝子、BCL2L2遺伝子、SSTR１遺伝子、PNN(DRS)遺伝子、CDKN3遺伝子、RBBP1遺伝子、DAAM1遺伝子、MNAT1遺伝子、HIF1A遺伝子、ESR2遺伝子、MAX遺伝子、EIF2S1遺伝子、RAD51L1遺伝子、HSXIAPAF1遺伝子、MN1遺伝子、TSPY遺伝子、EPS15遺伝子、YAP1遺伝子、cIAP1遺伝子、MMP7遺伝子、MMP1遺伝子、DYNEIN遺伝子、ETS1遺伝子、FLI1遺伝子、IGHG1遺伝子、TSPY遺伝子、ABCE1遺伝子、DMBT1遺伝子及びEGF9遺伝子；
なお、癌の種類によって指標として選択され得る癌関連遺伝子は異なり、さらに、同一の癌関連遺伝子が、一方の癌においては増幅癌遺伝子であるが、他方の癌においては欠失癌遺伝子である場合も、まれに認められることが明らかになった。これらの癌関連遺伝子の詳細については、後述する。
また、本発明においては、上述した癌関連遺伝子を用いた癌の抑制・治療手段を提供する。具体的には、本発明は、特定の欠失癌遺伝子を癌細胞に導入することによる癌の抑制・治療手段と、特定の増幅癌遺伝子の転写産物（ｍＲＮＡ）の働きを阻害することによる癌の抑制・治療手段を提供する。これらの癌の抑制・治療手段についても後述する。
Ａ．本検出方法
本検出方法は、例えば、ＣＧＨ法、ＤＮＡチップ法、定量ＰＣＲ法、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法により行うことが可能である。遺伝子の増幅又は欠失を検出する場合には、ＤＮＡチップ法またはＣＧＨ法を行うことが好適であり、ＣＧＨ法を行うことが特に好適である。また、例えば、癌抑制遺伝子（上述した「欠失遺伝子」に該当する）の発現が、当該遺伝子のCpGアイランドのメチル化の亢進や、当該遺伝子関連蛋白質のアセチル化の抑制等の、遺伝子欠失以外の原因により抑制される場合は、当該遺伝子の転写産物を定量することが可能な、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法、DNAチップ法等の遺伝子転写産物の検出手段を用いることが好適である。
また、本検出方法を行う対象である検体は、検体提供者において検出すべき癌の種類に応じた検体である。すなわち、例えば、検体提供者の胃癌について検出を行う場合には、胃の生検試料であり、白血病について検出を行う場合には血液検体である。
本検出方法において特に好適な態様として、ＣＧＨ法を、特定のゲノムＤＮＡ領域を有するBAC （Bacterial Artificial Chromosome ）DNA、YAC(Yeast Artificial Chromosome)ＤＮＡ、または、PAC (Phage Artificial Chromosome )ＤＮＡから得られる複数種類の遺伝子増幅産物が、当該遺伝子増幅産物毎に定着している基盤を用いる態様を挙げることができ、CGH法によりゲノムDNAの増幅並びに欠失遺伝子の解析ができる。
通常得られるBAC DNA等は、ゲノムＤＮＡ定着基盤を多数製造して実用化するには少量であるので、当該ＤＮＡを遺伝子増幅産物として得る必要がある（この遺伝子増幅行程を「無尽蔵化」ともいう）。無尽蔵化においては、まずBAC DNA等を、4塩基認識酵素、例えば、RsaI、DpnI、HaeIII等で消化した後、アダプターを加えてライゲーションを行う。アダプターは10〜30塩基、好適には15〜25塩基からなるオリゴヌクレオチドで、２本鎖は相補的配列を有し、アニーリング後、平滑末端を形成する側の３‘−末端のオリゴヌクレオチドをリン酸化する必要がある。次に、アダプターの一方のオリゴヌクレオチドと同一配列部分を有するプライマーを用いて、PCR（Polymerase Chain Reaction）法により増幅し、無尽蔵化することができる。一方、各BAC DNA等に特徴的な50〜70塩基のアミノ化オリゴヌクレオチドを、検出用プローブとして用いることもできる。
このようにして無尽蔵化したBAC DNA等（これ以外の態様のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドでも同様）を基盤上、好適には固体基盤上に定着させることにより、所望するＤＮＡ定着基盤を製造することができる。
固体基盤としては、ガラス、プラスチック、メンブレン、３次元アレイ等があげられ、スライドガラス等のガラス基板が好ましい。ガラス等の固体基盤は、ポリ-L-リジン、アミノシラン、金・アルミニウム等の凝着により基盤をコートすること並びにアミノ基修飾DNA固定表面加工をすることがより好ましい。
上記の無尽蔵化したDNA（これ以外の態様のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドでも同様）を基盤上にスポットする濃度は、好ましくは10pg/μl〜5μg/μl、より好ましくは1ng/μl〜200ng/μlである。スポットする量は好ましくは1nl〜1μl、より好ましくは10nl〜100nlである。また、基盤に定着させる個々のスポットの大きさ及び形状は、特に限定されないが、例えば、大きさは直径0.002〜0.5mmであり得、上面から見た形状は円形〜楕円形であり得る。乾燥スポットの厚みは、特に制限はないが、1〜100μmである。さらに、スポットの個数は、特に制限はないが、使用する基盤あたり10〜50,000個、より好ましくは100〜5,000個である。それぞれのDNAはSingularからQuadruplicateの範囲でスポットするが、Duplicate或いはTriplicateにスポットすることが好ましい。
乾燥スポットの調製は、例えば、スポッターを用いて無尽蔵化したBAC DNA等（これ以外の態様のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドでも同様）を基盤上にたらして、複数のスポットを形成した後、スポットを乾燥することにより製造することができる。スポッターとしてインクジェト式プリンター、ピンアレイ式プリンター、バブルジェット（登録商標）式プリンターが使用できるが、インクジェット式プリンターを使用することが好ましい。例えば、GENESHOT（日本ガイシ株式会社、名古屋）、Cartesian Technologies社（米）のハイスループット インクジェット分注システムSQシリーズ等を使用できる。
このようにして無尽蔵化したBAC DNA等（これ以外の態様のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成オリゴヌクレオチドでも同様）を基盤上、好適には固体基盤上に定着させることにより、所望するＤＮＡ定着基盤を製造することができる。実際に正常Diploid Cellに由来するCy-3標識ゲノムDNAと同じ正常Diploid Cellに由来するCy-5標識ゲノムDNAを用いて、MCG癌アレイ上でハイブリダイズした結果と、その両者を混ぜてハイブリダイズした結果（Mergeと表示）を図１に示した。Cy-3標識ゲノムDNAを用いた場合には緑色に、Cy-5標識ゲノムDNAを用いた場合には赤色に、両者をミックスした場合には黄色として検出される。
図１に示したMCG癌アレイでは、432種類のBAC DNAをプリントした。それらのBAC DNAは癌遺伝子、癌抑制遺伝子等癌に関連する遺伝子群を網羅的に含んでいる。１区画のサイズ
は縦1.75 mm、横2.11 mmで、72個のDNAをプリントした。縦１列で合計432スポットであり、Duplicateにプリントしている。Cy3-標識normal diploid cell ゲノムDNAとハイブリダイズした結果が図１Aですべて緑色を示している。Cy5-標識normal diploid cell ゲノムDNAとハイブリダイズした結果が図１Bですべて赤色を示している。Cy3-標識DNAとCy5-標識DNAをミックスして、ハイブリダイズした結果がMergeと表示したスライド基盤(図１C)ですべて黄色を示している。Cy3の蛍光強度を横軸に、Cy5の蛍光強度を縦軸にプロットするとすべてのシグナルはほぼ直線に乗り5x103-5x104の強度に集約されている(図１D)。
さらに、実際に正常細胞に由来するDNAをCy-5で、癌細胞由来のDNAをCy-3で標識し、Comparative Genomic Hybridizationを行い、GenePix 4000Bスキャナーでデータを取り込み、各ピクセルの結果を解析したのが図２である。図２の表の縦軸はLog2Ratioで表示し、横軸は染色体の短腕から長腕までのゲノムを有するBACクローンを配列した。全スポットのCy3の強度と全スポットのCy5の強度を同じ値に補正した後、各スポットのCy3強度/Cy5強度の比を求め、Log2Ratio の値を算出する。CDKN2A (p16)遺伝子を有するBACがLog2Ratio＝-3前後の値を示し、Ratio=1/8であり明らかにホモ接合体欠失を示している。一方、ERBB2遺伝子を有するBACがLog2Ratio＝3-4の値を示し、Ratio=8-16となり、ERBB2ゲノムDNAが8-16倍に増幅していることを示している。
MCG癌アレイを用いて癌細胞で増幅並びに欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を同定するためには、健常人由来のゲノムDNAと肺癌細胞に由来するゲノムDNAをそれぞれ異なる色素で標識する。例えば、Cy3とCy5等、を用いて常法（例えば、dCTPを用いたニックトランスレーション法）により標識することができる。このdCTPを用いたニックトランスレーション法を行う標識キットは、PanVera社（日本代理店：宝酒造株式会社）、Invitrogen社（CA、USA）等で販売されている。標識DNAをCGHアレイにプリントしたDNAとハイブリダイズする時にはCot-1DNA、ホルムアミド、Dextran Sulfate、SSC（150mM NaCl/15mM Sodium Citrate）、Yeast t-RNA、SDS (Sodium Dodecyl Sulfate)を加えることがより好ましい。また、標識DNAを含む溶液を熱変性させて加えることが好ましい。ハイブリダイズする容器として、ロッキング機能付プラットフォームに乗せることが可能であり、少量の溶液を用いてアレイ上でまんべんなく接触できる容器、例えば、ハイブリマンを用いることがより好ましい。ハイブリダイゼーションの温度は３０〜７０℃が好適であり、３８〜４５℃がより好適である。ハイブリダイズの時間は、１２〜２００時間が好適であり、４０〜８０時間がより好適である。アレイの洗浄はホルムアミド、ＳＳＣ溶液等を用いて室温で行うことができる。このアレイの洗浄は、非特異的シグナルをできるだけなくすために重要なステップであり、室温で洗浄後、同洗浄液を用いて４０〜６０℃で洗浄し、さらに、SSC-SDSを含む溶液中５０℃で洗浄を行い、リン酸バッファー/NP-40を含む溶液に静置し、最後にＳＳＣを含む溶液中で振とうすることがより好ましい。
（１）肺癌細胞で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
MCG癌アレイを用いて、肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）で、Ratio値が1.32以上、即ち、通常２コピー存在する遺伝子が３コピー以上に増幅している染色体上の遺伝子群を調べた結果、MUC1遺伝子、PRCC遺伝子、EIF4G遺伝子、THPO遺伝子、TERT遺伝子、DAB2遺伝子、EGFR遺伝子、ELN遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、FACA遺伝子、PTPN1遺伝子及びLivin遺伝子が検出された。さらに、Ratio値が４以上に即ち通常２コピー存在する染色体が８コピー以上に増幅している染色体に存在する遺伝子として、MYCN遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子及びCGI-147遺伝子が検出された。
次に、Ratio値が0.75以下、即ち、コピー数が半減しているヘテロ接合体染色体上の遺伝子として、BAIAP1遺伝子、LZTS1遺伝子、AAC1遺伝子、BLK遺伝子、MTAP遺伝子、CDKN2A
(p16)遺伝子、GPC5遺伝子、SNRPN遺伝子、SAMD4遺伝子、DCC遺伝子、ADRBK2遺伝子が検出された。さらに、Ratio値が0.25以下でホモ接合体欠失の認められた染色体上の遺伝子として、CDKN2A(p16)遺伝子、MTAP遺伝子、DBCCR1遺伝子及びRIZ遺伝子が検出された。DBCCR1遺伝子の場合にはホモ接合体欠失による発現抑制とCpGアイランドのメチル化による発現抑制が見出された。
このようにして検出された遺伝子群の増幅並びに欠失をモニタリングすることにより肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）の診断が可能である。
同様の方法を用いて、非小細胞肺癌（Non Small Cell Lung Cancer）細胞で、増幅並びに欠失している染色体領域の遺伝子群の解析を行った。Ratio値が1.32以上、即ち、通常２コピー存在する遺伝子が３コピー以上に増幅している遺伝子群を調べた結果、ESP15、MUC1、ARHGEF2、PRCC、ABCC5、EIF4G1、CDH12、PC4、SKP2、DAB2、ZNF131、RAD52、WNT3、CDC27、COL1A1、ABCC3、PPM1D、ITGB4、BIRC5、SHGC-103396、BCL2L1、RBL1、SRC、TGIF2、MYBL2、BIRC7、ARAF1、CUL4B、CTAG1遺伝子が検出された。Ratio値が４以上に即ち通常２コピー存在する遺伝子が８コピー以上に増幅している遺伝子として、TRIM33、MYCL1、RLF、MYC、CCNE1、PCTK1遺伝子が検出された。
次に、Ratio値が0.75以下、即ち、コピー数が半減しているヘテロ接合体の遺伝子として、CCK、UBE2E1、THRB、RARB、TGFβR2、MLH1、CTNNB1、VIPR1、ZNF35、TGM4、TDGF1、PTPRG、FHIT、BAIAP1、MITF、LOC151987、EIF4E、NFκB、CCNA、PGRMC2、VEGFC、MSH3、RASA1、TPT1、RB1、AATF、ADRBK2遺伝子が検出された。さらに、Ratio値が0.25以下でヘテロ接合体欠失の認められた遺伝子としてNR2F1遺伝子が見出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失をモニタリングすることにより非小細胞肺癌の診断が可能である
（２）脳腫瘍等で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、悪性グリオーマで増幅並びに欠失している染色体領域を同定し、その領域に存在する遺伝子群を解析した。Ratioが1.32以上の値で、悪性グリオーマで増幅している遺伝子として、EIF4G、ETV5、EGFR、CDC10、IGFBP1、TCRG、MYCLK1、TAX1BP1、IL6、PMS2、MUC3、MET、SMOH、BRAF、CDK5、AR、CUL4B、MCF2、MAGEA2、CTAG遺伝子が挙げられ、さらに、Ratioが４以上、即ち遺伝子のコピー数が正常細胞の４倍以上に増幅している遺伝子としてALX、MUC1、ARHGEF2、PMF1、NTRK1、ERV5、MUC4、PDGFRA、IGFBP7、PC4、SKP2、DAB2、CDH10、CDH12、TERT、E2F3、TPMT、TFAP２A、EEF1E1、RREB1、EGFR、PMS2、CDK6、PRIM1、GLI、CDK4、FUS、CYLD、GRB2遺伝子が見出された。
悪性グリオーマ細胞で欠失している遺伝子群として、Ratioが0.75以下に、即ち、ヘテロ接合体欠失遺伝子群として、AFP、EGF5、ABCG2、NFκB、CDKN2A(p16)、MTAP、BMI1、PCDH15、PGR、FGF9、ZNF198、FLT1、FLT3、BRCA2、RB1、KLF12、PIBF1、HNF3A、MBIP、FKHL1遺伝子が見出された。さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMTAP遺伝子とCDKN2A (p16)遺伝子が見出された。
次に、神経芽細胞種（Neuroblastoma）細胞で増幅している遺伝子群として、MYCN遺伝子が9-97倍と非常に高レベルに増幅、CDK4遺伝子が25倍に増幅、PPM1D遺伝子が9.8倍に増幅、MYCL1、CDH10、MYC遺伝子は2.8-4.2倍に増幅していた。
次に、横紋筋肉腫（Rhabdomyosarcoma）細胞で増幅している遺伝子を解析した。その結果、正常細胞と比較し、増幅している遺伝子としてTGFβR3、PAX3、MLL、CDK4、FKHRが見
出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、脳腫瘍、特に、悪性グリオーマ、Neuroblastoma、Rhabdomyosarcomaの診断が可能である。
（３）胃癌で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、胃癌細胞で増幅並びに欠失している染色体領域を同定し、その領域に存在する遺伝子群を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子群を調べた結果、PVT1、MYC、FOLR1、PLUNC(LUNX)、E2F1、TGIF2、TNFRSF5、NCOA3、ELMO2、MYBL2、NCOA3（AIB1）、PTPN1、PRex1、BCAS1、ZNF217、STK6(BTAK)、CUL4B、MCF2、CTAG遺伝子が見出された。Ratioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、SDC1、DNMT3A、MLH1、CTNNB1、CCK、ZNF131、CDK6、MET、MYC、PVT1、EGR2、KSAM（FGFR2）、PKY（HIPK3）、LMO2、CD44、KRAS、KRAG（SSPN）、CYP１A1、IQGAP1、FURIN（PACE）、PPARBP、ERBB2、CCNE１、MYBL2遺伝子が見出された。
一方、胃癌細胞で染色体領域の欠失を検討し、その領域の遺伝子群を解析した結果、Ratioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、BAIAP1、PTPRG、N33、TEK、MTAP、CDKN2A（p16）、MLLT3、JAK2、GASC1、D9S913、SMAD４、MADH2、MADH7（SMAD7）、DCC、MALT1、GRP、BCL2、FVT1、SERPINB（PI5）、CTDP１遺伝子が見出された。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMTAP、CDKN2A (p16)、TEK、RB1、SNRPN遺伝子が見出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、胃癌の診断が可能である。
（４）膵臓癌で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、膵臓癌細胞で増幅並びに欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を同定した。膵臓癌細胞でRatioが1.32以上の値で増幅している染色体上の遺伝子を調べた結果、KRAG、PTPN1、KRAS2、PTHLH、BCLX、DEK、IGFBP1、MYC、Livin-2、PVT1、PRex1、BCAS１、TFAP2C、EGFR、TGIF2、TNFRSF5、TNFRSF6B、EIF4G、PMS2、HCK、MYBL2、ELMO２、PCTK1、CDC2L1、CDC10、TCRG、GLI3、PPP1A、ZNF217、SRC遺伝子が検出された。Ratioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、SUPT５H、AKT２、TRRAP、Smurf1、PDAP1、MYC、PVT1、KRAS2、KRAG、MIA遺伝子が検出された。
一方、膵臓癌細胞で欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を解析した結果、Ratioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、MTAP、DCC、CDKN2A(p16)、N33、AAC1、SMAD4-2、GRP、TEK、D8S504、NAT2、LZTS1、TNFRSF10B、D9S913、GASC1、FVT1、MAP3K7、DLC1、MALT1、stSG42796、BAIAP1、BLK、LPL、NRG1、MLLT3、MADH2、SCCA1、SCCA2、NKX3A、SMAD７、MLL１、PI5、Casp3、SSXT、BCL2、JAK2、PTPRG、VIM、stSG27915、RH68621、CTDP1、SHGC-145820、EEF1E1、ESR1、KLF12遺伝子が検出された。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてCDKN2A (p16)、MTAP、N33、MLLT3、TEK、DEC1、CDH23、SMAD4-2遺伝子が検出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、膵臓癌の診断が可能である。
（５）大腸癌で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、大腸癌細胞で増幅並びに欠失している染色体領域の遺伝子群を同定した。大腸癌細胞でRatioが1.32以上の値で増幅している染色体上の遺伝子を調べた結果、ELN、SERPINE1、VGF、MUC3、MYC、PVT1、HRAS、BCL3、BCLX、LUNX、E2F1、TGIF2、HCK、AIB1、PTPN1、NCOA、TNFRSF6B、SSX4、SSX1、ARAF1、CUL4B、CTAG、MAGEA2遺伝子が検出された。Ratioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、MCL1、CCND3、MYC、PVT1、FLT3遺伝子が検出された。
一方、大腸癌細胞で欠失している染色体上の遺伝子を検討した結果、Ratioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、ETK1、MITF、PTPRG、FHIT、RARB、VEGFC、MAP3K7、VIP、N33、D8S504、PCDH15、IGHG1、PMP22、MAFG、SSXT、MADH2、DCC、SMAD4-2、GRP、CTDP1、SHGC-145820遺伝子が見出された。Ratioの値が0.25以下の遺伝子欠失、即ちホモ接合体欠失を示した遺伝子は大腸癌細胞株からは検出できなかった。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、大腸癌の診断が可能である。
（６）胆管癌で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、大腸癌細胞で増幅並びに欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を同定した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、ZNF131、DOC2、DAB2、PC4、SKP2、CDH10、CDH12、TERT、CDK５、BAI１、PSCA、MLZE、RECQL4、BCL1、FGF4、ITGB４、Survivin、SRC、PTPN1、PCTK1、CTAG遺伝子が検出された。
一方、胆管癌細胞で遺伝子の欠失を検討した結果、胆管癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、BAIAP1、PTPRG、TDGF1、EIF4E、NFκB、CCNA、FGF2、NKX3A、N33、LZTS1、LPL、NRG1、DLC1,BLK、AAC1、NAT2、D8S504、MTAP、JAK2、ST5、CALCA、FLT3、FLT1、FKHR遺伝子が見出された。Ratioの値が0.25以下の遺伝子欠失、即ちホモ接合体欠失を示した遺伝子として、CXADR遺伝子が見出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、胆管癌の診断が可能である。
（７）骨髄腫で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、骨髄腫細胞で増幅並びに欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を同定した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、BCL9、MCL1、AF1Q、MUC1、DAP3、ARHGEF2、PMF1、BRAL1、PRCC、TRK、NTRK1、CRP、ATF6、PBX1、ABL2、LAMC2、TP遺伝子が検出された。Ratioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、ABL、CAN、KRAS2、KRAG、PTHLH、NCOR1、ZNF287、D17S128、BCL2、FVT1、PI5遺伝子が検出された。
一方、骨髄腫細胞で遺伝子の欠失を解析した結果、Ratioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、TGFβR3、ABCD3、ZNF198、FGF9、FLT３、FLT1、BRCA2、FKHR、TPT1、LCP1、RB1、DACH、PIBF1、KLF12、GPC5、GPC5(2)、GPC6、ABCC4、RAP2A、FGF14、ERCC5、EFNB2、ING1、TFDP1、GAS6、D13S327、TEP1、MMP14、BCL2L2、FKHL1、MBIP、HNF3A、SSTR１、PNN(DRS)、CDKN3、RBBP1、DAAM1、MNAT1、HIF1A、ESR2、MAX、EIF2S1、RAD51L1、IGHG1、HSXIAPAF1、MN1、TSPY遺伝子が検出された。Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてEPS15、PGR、YAP1、cIAP1、MMP7、MMP1、DYNEIN、ETS1、FLI1、IGHG1、TSPY遺伝子が検出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅
並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、胆管癌の診断が可能である。
（８）甲状腺癌（Anaplastic thyroid）で増幅並びに欠失している染色体に存在する遺伝子群
上記（１）と同様の方法を用いて、Anaplastic thyroid細胞（甲状腺癌細胞）で増幅並びに欠失している染色体領域に存在する遺伝子群を同定した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、p63、TERT、DOC2、PPP1A、E2F1、AIB1遺伝子が検出された。Ratioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、MET、NRG1、MYC、PVT1、YAP1、cIAP1遺伝子が検出された。
一方、Anaplastic thyroid細胞で遺伝子の欠失を検討した結果、Ratioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、CTNNB1、BAIAP1、ABCE1、ESR1、N33、LZTS1、DMBT1、EGF9、PMP22、SMAD4-2、ADRBK2遺伝子が検出された。さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMLLT3、CDKN2A(p16)遺伝子が見出された。
このようにして検出された遺伝子群を有する染色体領域の増幅並びに欠失を調べ、増幅並びに欠失している遺伝子群を解析することにより、甲状腺癌の診断が可能である。
上述したように、肺癌、脳腫瘍、胃癌、膵臓癌、大腸癌、胆管癌、骨髄腫等の癌で、染色体領域の増幅並びに欠失についてMCG癌アレイを用いて解析することにより、増幅並びに欠失した遺伝子群を同定することができる。これらの結果より、それぞれの癌の状況を理解することが可能である。即ち、まず、腫瘍が良性腫瘍か、中間型か、悪性腫瘍かを判別することが可能であり、悪性腫瘍の場合には癌のグレードを決める上で重要な知見を提供することができる。さらに、手術で癌部を取り除いた後の術後化学療法を行う上で、効果的治療を行うためのデータを提供することが可能である。
なお、上述したように、DBCCR1遺伝子は、ホモ接合体欠失により遺伝子発現が起こらない例と、欠失していないが該遺伝子のCpGアイランドがメチル化されて発現が検出されない例が見い出された。非小細胞肺癌ではこれらの理由により、高い確率でDBCCR1遺伝子の発現が抑制されている。
このように、欠失癌遺伝子群については、遺伝子発現をリアルタイムRT−PCR法、DNAチップ法等でモニタリングし、染色体の欠失と発現抑制を同時に検査することが可能であり、かつ、好適である。
Ｂ．癌関連遺伝子を用いた癌の抑制・治療手段
本発明が提供する癌の抑制・治療手段は、（１）遺伝子欠失が細胞の癌化に関連する遺伝子（欠失癌遺伝子）を、癌細胞に導入することにより、当該癌細胞を抑制する方法（以下、抑制・治療手段１ともいう）と、（２）遺伝子増幅が細胞の癌化に関連する遺伝子（増幅癌遺伝子）の転写産物に対して拮抗する核酸を癌細胞に作用させることにより、当該癌細胞を抑制する方法（以下、抑制・治療手段２ともいう）に大別される。
（１）抑制・治療手段１
上述した欠失癌遺伝子のうち、ホモ接合体欠失を示す染色体領域の遺伝子には癌抑制遺伝子の範疇に入る遺伝子が多く検出された。その中で対象とする癌の増殖を抑制する遺伝子或いはアポトーシスによる癌の死滅を誘導する遺伝子等について、センダイウイルスベクター或いはアデノウイルスベクターを用いて遺伝子導入を行うことができる。これらのウイルスベクターを用いた遺伝子治療では発現させるホモ接合体欠失遺伝子のプロモーターとして、癌組織で高発現し且つ正常組織では発現が著しく低いプロモーター、例えば、
ヒトCXCR4プロモーター（Zhu ZB, Makhija SK, Lu B, Wang M, Kaliberova L, Liu B, Rivera AA, Nettelbeck DM, Mahasreshti PJ, Leath CA, Yamaoto M, Alvarez RD, Curiel DT: Transcriptional targeting of adenoviral vector through the CXCR4 tumor-specific promoter, Gene ther., 11, 645-648, 2004）、Survivinプロモーター等を使用することが好ましい。これらの組換ウイルスをリポソームと複合体を形成させて、癌組織に導入することもできる。また、Naked DNAの形態で癌組織に導入することも可能である。
上述したウイルスベクターとプロモーターを用いて、食道癌の治療では2q22.1に局在するLRP1B遺伝子を、非小細胞肺癌（Squamous cell carcinoma、 Adenocarcinoma、 Large cell carcinoma）では9p21に局在するMTAP遺伝子並びにCDKN2A(p16)遺伝子、9p34に局在するDBCCR1、1p36に局在するRIZ遺伝子を、小細胞肺癌では5q15に局在するNR2F1遺伝子を、悪性グリオーマでは9p21に局在するMTAP遺伝子並びにCDKN2A(p16)遺伝子を、胃癌では9p21に局在するMTAP遺伝子並びにCDKN2A(p16) 遺伝子、9p21.2に局在するTEK遺伝子、13q14.2に局在するRB1遺伝子、15q11.2に局在するSNRPN遺伝子を、膵臓癌では8p22に局在するN13遺伝子、9p21に局在するMTAP遺伝子並びにCDKN2A(p16) 遺伝子、9p21.2に局在するTEK遺伝子、9p22に局在するMLLT3遺伝子、9q32に局在するDEC-1遺伝子、10q22.1に局在するCDH23遺伝子、18q21に局在するSMAD4-2遺伝子を、胆管癌では21q11.2に局在するCXADR遺伝子を、骨髄腫では1p32に局在するEPS15遺伝子、11q22に局在するPGR、cIAP1、MMP1、DYNEIN遺伝子、11q22.1に局在するYAP1、11q21-q22に局在するMMP7遺伝子、11q23.3に局在するETS1遺伝子、11q24に局在するFLI1遺伝子、14q32.33に局在するIGHG1遺伝子、Ypter-p11.2に局在するTSPY遺伝子を、甲状腺癌では9p21に局在するCDKN2A(p16) 遺伝子、9p22に局在するMLLT3遺伝子が候補遺伝子であり、その中から選択することができる。
CDKN2A(p16)遺伝子は染色体9p21に位置するcyclin dependent kinase インヒビターであり、癌抑制遺伝子と考えられている。p16蛋白質はCDK4キナーゼと結合することにより、その活性を抑制し、Cell Cycle progressionを抑制する。CDKN2A(p16)遺伝子は非細胞食道癌、悪性グリオーマ、胃癌、膵臓癌、甲状腺癌と広範囲の癌で欠失している。MTAPは5’-methylthioadenosine phosphorylaseをコードする遺伝子で、メチオニンsalvage pathwayの最初の酵素で、癌抑制遺伝子と考えられる。メチオニンSalvage経路の産物が癌で高発現を示すOrnithine decarboxylaseの活性を阻害する。RIZは白血病で見出されたRB interacting Zinc Finger蛋白質をコードする遺伝子で、Nuclear protein methyltransferase superfamilyに属する。DBCCR1は膀胱癌の染色体１番で欠失している遺伝子として見出され、癌抑制遺伝子と考えられる。TEKはAngiopoietin-1 受容体で、別名Tie-2と命名されており、Tyrosin kinaseによりリン酸化されることによりangiogenesisが誘導される。CDH23はCadherin related 23 geneであり、Cadherin superfamilyに属し、カルシウム依存性細胞接着に関与する糖蛋白質である。CXADR 遺伝子はcoxsachie virus並びにadenovirusの受容体をコードする。ｃIAP1遺伝子はアポトーシスインヒビターをコードする。FLI1遺伝子はETS 転写因子に分類される。TSPY遺伝子はヒトY染色体に存在し、Testis specific proteinをコードする。LRP1BはLipoprotein receptor-related protein 1Bの略称で、Urokinase並びにPlasminogen activator等をリガンドとする細胞膜受容体であり、癌抑制遺伝子と考えられる。DEC1はDeleted in esophageal cancer 1の意味で、食道癌、並びに膀胱、肺及び頭頸部の扁平上皮癌でLoss of heterozygosityがしばしば検出されている。MMP1とMMP7はMatrix metalloproteinaseであり、血管新生に関与する酵素である。SMAD４遺伝子は膵臓癌で欠失が見出された癌抑制遺伝子であり、受容体により活性化され核に移行し転写活性化を誘導する蛋白質をコードする。ETS1は転写因子であり、Angiopoietin-2遺伝子等を誘導する。RB1はRetinoblastoma遺伝子で、癌抑制遺伝子である。
これらの遺伝子を癌組織で高発現するプロモーターの下流に組み込むことによりウイルスベクターを作成し、癌患者の癌組織に導入する。当該遺伝子を発現させることにより、癌の縮小並びに癌転移の阻害、即ち癌摘出後の再発を防ぐことが可能である。
（２）抑制・治療手段２
また、上記で見いだされた増幅癌遺伝子のうち、癌細胞で正常細胞と比較して４倍以上に増幅している染色体に存在する遺伝子群を表１に示す。
これらの遺伝子群は正常細胞と比較するとゲノムのコピー数は１−２２番染色体で８コピー以上、X・Y染色体で４コピー以上に増大している。これらの高発現している転写物をRNAi（RNA interference）の手法を用いて、対応する転写物（mRNA）に対するsmall interference RNAを加えることにより該転写物を分解に導き癌の治療を行うことが可能である。siRNAのデザイン、合成、細胞へのトランスフェクションの方法、RNAi効果の確認法は定法を用いて行うことが可能で、例えば、タカラバイオRNAi BOOK ＜実験プロトコール集＞（タカラバイオ株式会社、滋賀県）を参照することができる。ここで使用できるsiRNAとして、siRNAオリゴヌクレオチドとpSilencer vector（フナコシ株式会社、東京）を用いて発現できるHairpin siRNA等があげられる。
一方、アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて癌細胞で増幅し、過剰発現している癌遺伝子mRNAをノックアウトすることも可能である。この場合には通常のオリゴヌクレオチドと比較するとs-oligonucleotideが細胞内での安定性が良く、癌細胞の増殖阻害を検討することがより好ましい。癌細胞を用いて効果の見出されたsiRNA、Hairpin siRNA、s-ol
igonucleotideについて、癌細胞を移植したヌードマウスを用いて評価することができる。
この場合にはこれらのRNAが癌組織に集積するように、デリバリーシステムを構築することが好適である。
本発明により、細胞の癌化や癌の悪性度を検出する指標とすることが可能な癌関連遺伝子が見いだされ、当該癌関連遺伝子を指標とする癌の検出方法が提供され、さらに、当該癌関連遺伝子を本質部分として用いる癌の抑制・治療方法が提供された。
［実施例１］「MCG癌アレイ」の作成
National Cancer for Biotechnology及びUniversity of California Santa Cruz Biotechnologyのゲノムデータベースウエブサイト並びに選択されたDNAのBLAST検索の結果から癌化並びに癌細胞の増殖に極めて重要な遺伝子或いはSequence Tagged Siteマーカーを有するBAC/PACクローンを選択した。
BAC及びPAC DNAをDpnI、RsaI、HaeIIIで消化し、その後アダプターDNAとのライゲーションを行った。次に、アダプターの配列を有するプライマーを用いてPCRを２回行った。２本のプライマーの一方には５’末端がアミノ化されている。このプロセスを無尽蔵化と言い、得られたDNAを無尽蔵化DNAと定義する。無尽蔵化DNAをインクジェットタイプのスポッター（GENESHOT、日本ガイシ株式会社、名古屋）を使用してDuplicateにオリゴDNAマイクロアレイ（マツナミガラス、大阪）に共有結合でプリントした。
［実施例２］MCG癌アレイを用いた非小細胞肺癌における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて、２７種類の非小細胞肺癌細胞株で増幅及び欠失している遺伝子を調べた。２７種類の内訳はSquamous cell carcinoma 11株、Adenocarcinoma 10株、Large cell carcinoma ６株である。これらの細胞からゲノムDNAを調製した。対照として男性の健常人ゲノムDNAを使用した。DpnI消化したゲノムDNA（0.5mg）を各々0.2mM dATP、0.2mM dTTP、0.2mM dGTP、0.1mM dCTP及び0.4mMCy3-dCTP（肺癌細胞）或いは0.4mMCy5-dCTP（正常細胞）存在下でニックトランスレーションにより標識した。Cy3並びにCy5標識dCTPはAmersham Biosciences（東京）より入手した。両標識ゲノムDNAをCot-1 DNA（Invitrogen社）存在下でエタノールを加えて沈殿させ、120μlのハイブリダイゼーション混合液（50%ホルムアミド、10%Dextran sulfate、2X SSC（1xSSC: 150mM NaCl/15mM Sodium
Citrate）、4% sodium dodecyl sulfate、pH7）に溶解した。37℃で30分間インキュベーション後、ハイブリダイゼーションチャンバーにセットしたCGHアレイ上に加え、37℃で３rpm（round per minute）のスピードで振とうしながら48-72時間インキュベーションを行った。その後、CGHアレイを５０％ホルムアミド/ 2x SSC（pH7.0）溶液中で50℃にて15分間洗浄し、次に2xSSC/0.1%SDS中で50℃にて15分間洗浄し、さらに、0.1%Nonidet P-40を含む0.1M燐酸緩衝液（pH8）を用いて室温で15分間洗浄した。風乾した後、CGHアレイをGenePix 4000Bスキャナー（Axon Instruments、CA、USA）を用いてCy3及びCy5に由来する蛍光をモニタリングした（図１）。得られた結果をGenePix Pro4.1イメージングソフトウエア（Axon Instruments）を用いて解析した。Cy3に由来する蛍光強度の平均とCy5に由来する蛍光強度の平均を同じ値に調整し、Cy3/Cy5のRatioを求めた。ゲノムに異常がない場合にはRatio値は１である。Ratio値が1.32以上の時にゲノムの増幅があり、４以上の時に顕著な増幅が認められると判定した。Ratio値が0.75以下の時にゲノムのヘテロ接合体欠失の可能性、0.25以下の時にホモ接合体欠失の可能性が極めて大きいと判定した。
表２に示すように、Squamous cell carcinoma（SCC細胞）、Adenocarcinoma（AdC細胞
）及びLarge cell carcinoma（LCC細胞）でRatio値が1.32以上（Log2Ratio値が0.4以上）に増幅している遺伝子としてMUC1遺伝子、PRCC遺伝子、EIF4G遺伝子、THPO遺伝子、TERT遺伝子、DAB2遺伝子、EGFR遺伝子、ELN遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、FACA遺伝子、PTPN1遺伝子及びLivin遺伝子が検出された。
一方、Ratio値が４以上（Log2Ratio値が2以上）に増幅している遺伝子として、１細胞株で染色体2p24に局在するMYCN遺伝子、2細胞株で染色体7q23に局在するMET遺伝子、4細胞株で染色体8q24に局在するMYC遺伝子、4細胞株で染色体8p24に局在するPVT1遺伝子、１細胞株で染色体12q23に局在するELK3遺伝子、１細胞株で染色体14q11に局在するBCL2L2遺伝子、１細胞株で染色体14q12に局在するHNF3A遺伝子、１細胞株で染色体17q12に局在するERBB2遺伝子、１細胞株で染色体17q22に局在するCGI-147遺伝子が検出された。
表３に示すように、Squamous cell carcinoma、Adenocarcinoma及びLarge cell carcinomaでRatio値が0.75以下（Log2Ratio値が-0.4以下）で、コピー数が半減（ヘテロ接合体）している遺伝子としてBAIAP1遺伝子、LZTS1遺伝子、AAC1遺伝子、BLK遺伝子、MTAP遺伝子、p16遺伝子、GPC5遺伝子、SNRPN遺伝子、SAMD4遺伝子、DCC遺伝子、ADRBK2遺伝子、が見出された。さらに、Ratio値が0.25以下（Log2Ratio値が-2.0以下）でホモ接合体欠失の
認められた遺伝子として、６細胞株でクロモソーム9p21に存在するCDKN2A（p16）遺伝子、４細胞株でクロモソーム9p21に存在するMTAP遺伝子、１細胞株でクロモソーム1p36に存在するRIZ遺伝子、並びに1細胞株でクロモソーム9p34に存在するDBCCR1遺伝子が検出された。
［実施例３］MCG癌アレイを用いた小細胞肺癌（SCLC）における癌関連遺伝子の網羅的解析
小細胞肺癌を対象としてMCG癌アレイを用いて遺伝子の増幅を解析した。その結果、表４に示すように、試験した細胞株の約半数の株で、ESP15、MUC1、ARHGEF2、PRCC、ABCC5、EIF4G1、CDH12、PC4、SKP2、DAB2、ZNF131、RAD52、WNT3、CDC27、COL1A1、ABCC3、PPM1D、ITGB4、BIRC5、SHGC-103396、BCL2L1、RBL1、SRC、TGIF2、MYBL2、BIRC7、ARAF1、CUL4B、CTAG1遺伝子がRatio1.32以上の値で増幅していた。
さらに、表５に示すように、小細胞肺癌細胞でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、TRIM33、MYCL1、RLF、MYC、CCNE1、PCTK1遺伝子が見出された。
次に、非小細胞肺癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、CCK、UBE2E1、THRB、RARB、TGFβR2、MLH1、CTNNB1、VIPR1、ZNF35、TGM4、TDGF1、PTPRG、FHIT、BAIAP1、MITF、LOC151987、EIF4E、NFκB、CCNA、PGRMC2、VEGFC、MSH3、RASA1、TPT1、RB1、AATF、ADRBK2遺伝子が検出された（表６）。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてNR2F1遺伝子が見出された（表７）。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性が高い。
［実施例４］MCG癌アレイを用いた悪性グリオーマにおける癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて、２２株の悪性グリオーマ細胞株で増幅並びに欠失している遺伝子を調べた。ここで使用した２２種類の細胞株名はKNS-42、KNS-60、KNS-81、KNS-89、No.10、No.11、KINGS-1、T98G、GB-1、KS-1、SF126、Marcus、Becker、AM-38、A-172、KALS-1、YH-13、YKG-1、U251MG、NMC-G1、U87MG、U373MGである。悪性グリオーマ細胞株でのゲノムコピー数の変化を解析した結果、Ratioが1.32以上の値で、増幅が検出された遺伝子として、EIF4G、ETV5、EGFR、CDC10、IGFBP1、TCRG、MYCLK1、TAX1BP1、IL6、PMS2、MUC3、MET、SMOH、BRAF、CDK5、AR、CUL4B、MCF2、MAGEA2、CTAG遺伝子が見出された(表８)。これらの遺伝子の増幅は試験したグリオーマ細胞株の約半数に検出された。
さらに、Ratioが４以上、即ち遺伝子のコピー数が正常細胞の４倍以上に増幅している遺伝子として、ALX、MUC1、ARHGEF2、PMF1、NTRK1、ERV5、MUC4、PDGFRA、IGFBP7、PC4、SKP2、DAB2、CDH10、CDH12、TERT、E2F3、TPMT、TFAP２A、EEF1E1、RREB1、EGFR、PMS2、CDK6、PRIM1、GLI、CDK4、FUS、CYLD、GRB2遺伝子が見出された（表９）。高レベル増幅が見出された細胞数は１−２株である。
SKP2遺伝子について、染色体中のコピー数の増加と発現レベルを解析した結果、両者は相関していた（図３）。
なお、図３において、正常細胞（Normal）と小細胞肺癌細胞（S-2、SBC-5、ACC-LC-5、ACC-LC-172、ACC-LC-80、ACC-LC-173、Lu-143、Lu-24、Lu-130、Lu-134A、Lu-138）について、Southern blot法でSKP2、PC4、CDH６遺伝子の増幅を、Northern blot法でSKP2 mRNAとPC4 mRNAの発現レベルを解析した結果を示している。GAPDHはNorthern blot法のコントロールに使用した。また、遺伝子の増幅と発現レベルの上昇が認められたスポットを＊で表示した。
また、SKP2のアンチセンスオリゴヌクレオチドをPC-10細胞の培養液に加えることにより、PC-10細胞のInvasionとMigrationが阻害された。このことは、SKP2遺伝子発現の亢進がグリオーマの悪性形質の獲得に関与している可能性が高いことを裏付けている。
一方、悪性グリオーマ細胞でRatioが0.75以下に、即ち、ヘテロ接合体欠失が検出された遺伝子として、AFP、EGF5、ABCG2、NFκB、p16、MTAP、BMI１、PCDH15、PGR、FGF9、ZNF198、FLT1、FLT3、BRCA2、RB1、KLF12、PIBF１、HNF3A、MBIP、FKHL1遺伝子が見出された（表10）。試験したグリオーマ細胞株の約半数にこれらの遺伝子のヘテロ接合体欠失が見出された。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMTAP遺伝子とCDKN2A (p16)遺伝子が見出された(表11)。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性がある。
特に、ホモ接合体欠失遺伝子は癌抑制遺伝子であり、それらの遺伝子群の欠失は癌化を誘導する上で重要な役割を果たしている。
［実施例５］神経芽細胞種（Neuroblastoma）及び横紋筋肉腫（Rhabdomyosarcoma）における増幅遺伝子の解析
「MCG癌アレイ」を用いて24株のNeuroblastomaを対象として、増幅及している遺伝子を解析した。その結果、正常細胞と比較すると１５細胞株で染色体2p24に局在するMYCN遺伝子が9-97倍と非常に高レベルの増幅が検出された（表12）。さらに、染色体12q14に局在するCDK4遺伝子が25倍に、染色体17q23に局在するPPM1D遺伝子が9.8倍に増幅していた。これらの遺伝子の顕著な増幅は癌化並びに癌の悪性度の進行と密接に関連している可能性が非常に高い。MYCL1、CDH10、MYC遺伝子は2.8-4.2倍に増幅していた。
「MCG癌アレイ」を用いて７株のRhabdomyosarcoma（４株のEmbryonal cell lineと３株のAlveolar cell line）を対象として、増幅している遺伝子を解析した。その結果、正常細胞と比較し、増幅している遺伝子としてTGFβR3、PAX3、MLL、CDK4、FKHRが検出された（表13）。特に、CDK4遺伝子はRh30細胞株で１５倍に増幅しており、本細胞株で重要な役割を果たしていると考えられる。
［実施例６］MCG癌アレイを用いた胃癌における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて胃癌細胞株３１株を対象として、増幅或いは欠失している遺伝子を解析した。３１株の内訳はWell-differentiated adenocarcinoma９株、Undifferentiated adenocarcinoma １９株（Poorly differentiated adenocarcinoma ８株と Signet
ring cell carcinoma１１株を含む）、 Adenosquamous carcinoma 1株、未同定株２株である。３１株の胃癌細胞名、組織学、細胞の由来を表14に示した。
３１株の胃癌細胞株について、Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、PVT1、MYC、FOLR1、PLUNC(LUNX)、E2F1、TGIF2、TNFRSF5、NCOA3、ELMO2、MYBL2、NCOA3（AIB1）、PTPN1、PRex1、BCAS1、ZNF217、STK6(BTAK)、CUL4B、MCF2、CTAG遺伝子が見出された (表15)。これらの遺伝子の増幅は試験した胃癌細胞株の58-75%に検出された。
さらに、表16に示すように、胃癌細胞でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、SDC1、DNMT3A、MLH1、CTNNB1、CCK、ZNF131、CDK6、MET、MYC、PVT1、EGR2、KSAM（FGFR2）、PKY（HIPK3）、LMO2、CD44、KRAS、KRAG（SSPN）、CYP１A1、IQGAP1、FURIN（PACE）、PPARBP、ERBB2、CCNE１、MYBL2遺伝子が見出された。これらの遺伝子群の増幅は高分化型細胞株よりむしろ分化型細胞株に高い傾向が認められた。
次に、胃癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子とし
て、BAIAP1、PTPRG、N33、TEK、MTAP、CDKN2A（p16）、MLLT3、JAK2、GASC1、D9S913、SMAD４、MADH2、MADH7（SMAD7）、DCC、MALT1、GRP、BCL2、FVT1、SERPINB（PI5）、CTDP１遺伝子が見出された(表17)。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMTAP、CDKN2A (p16)、TEK、RB1、SNRPN遺伝子が見出された(表18)。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性がある。
特に、ホモ接合体欠失遺伝子は癌抑制遺伝子であり、それらの遺伝子群の欠失は癌化を誘導する上で重要な役割を果たしている。
［実施例７］MCG癌アレイを用いた膵臓癌における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて膵臓癌細胞を対象として、増幅或いは欠失している遺伝子を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、KRAG、PTPN1、KRAS2、PTHLH、BCLX、DEK、IGFBP1、MYC、Livin-2、PVT1、PRex1、BCAS１、TFAP2C、EGFR、TGIF2、TNFRSF5、TNFRSF6B、EIF4G、PMS2、HCK、MYBL2、ELMO２、PCTK1、CDC2L1、CDC10、TCRG、GLI3、PPP1A、ZNF217、SRC遺伝子が見いだされた (表19)。これらの遺伝子の増幅は試験した膵臓癌細胞株の50-64%に検出された。
膵臓癌細胞でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、SUPT５H、AKT２、TRRAP、Smurf1、PDAP1、MYC、PVT1、KRAS2、KR
AG、MIA遺伝子が見出された(表20)。これらの遺伝子群の高レベル増幅は4-16%の細胞株に認められた。
次に、膵臓癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、MTAP、DCC、CDKN2A(p16)、N33、AAC1、SMAD4-2、GRP、TEK、D8S504、NAT2、LZTS1、TNFRSF10B、D9S913、GASC1、FVT1、MAP3K7、DLC1、MALT1、stSG42796、BAIAP1、BLK、LPL、NRG1、MLLT3、MADH2、SCCA1、SCCA2、NKX3A、SMAD７、MLL１、PI5、Casp3、SSXT、BCL2、JAK2、PTPRG、VIM、stSG27915、RH68621、CTDP1、SHGC-145820、EEF1E1、ESR1、KLF12遺伝子が見出された(表21)。これらの遺伝子のヘテロ接合体欠失は試験した膵臓癌細胞株の50-82%と高頻度で検出された。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてCDKN2A (p16)、MTAP、N33、MLLT3、TEK、DEC1、CDH23、SMAD4-2遺伝子が見出された(表22)。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性がある。
［実施例８］MCG癌アレイを用いた大腸癌における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて大腸癌細胞株を対象として、増幅及び欠失している遺伝子を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、ELN、SERPINE1、VGF、MUC3、MYC、PVT1、HRAS、BCL3、BCLX、LUNX、E2F1、TGIF2、HCK、AIB1、PTPN1、NCOA、TNFRSF6B、SSX4、SSX1、ARAF1、CUL4B、CTAG、MAGEA2遺伝子が見いだされた (表23)。これらの遺伝子の増幅は試験した大腸癌細胞株の54-68%に検出された。
大腸癌細胞でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、MCL1、CCND3、MYC、PVT1、FLT3遺伝子が見出された(表24)。これらの遺伝子群の高レベル増幅は9-18%の細胞株に認められた。
次に、大腸癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、ETK1、MITF、PTPRG、FHIT、RARB、VEGFC、MAP3K7、VIP、N33、D8S504、PCDH15、IGHG1、PMP22、MAFG、SSXT、MADH2、DCC、SMAD4-2、GRP、CTDP1、SHGC-145820遺伝子が見出された(表25)。これらの遺伝子のヘテロ接合体欠失は試験した大腸癌細胞株の54-82%と高頻度で検出された。
Ratioの値が0.25以下の遺伝子欠失、即ちホモ接合体欠失を示した遺伝子は大腸癌細胞株からは検出できなかった。
［実施例９］MCG癌アレイを用いた胆管癌における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いて胆管癌細胞株を対象として、増幅及び欠失している遺伝子を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、ZNF131、DOC2、DAB2、PC4、SKP2、CDH10、CDH12、TERT、CDK５、BAI１、PSCA、MLZE、RECQL4、BCL1、FGF4、ITGB４、Survivin、SRC、PTPN1、PCTK1、CTAG遺伝子が見いだされた (表26)。これらの遺伝子の増幅は試験した８株の胆管癌細胞株の50-75%に検出された。
次に、胆管癌細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、BAIAP1、PTPRG、TDGF1、EIF4E、NFκB、CCNA、FGF2、NKX3A、N33、LZTS1、LPL、NRG1、DLC1,BLK、AAC1、NAT2、D8S504、MTAP、JAK2、ST5、CALCA、FLT3、FLT1、FKHR遺伝子が見出された(表27)。これらの遺伝子のヘテロ接合体欠失は試験した８株の胆管癌細胞株の４株−７株と高頻度で検出された。
Ratioの値が0.25以下の遺伝子欠失、即ちホモ接合体欠失を示した遺伝子として、21q11.2に局在するCXADR遺伝子が１細胞株で見出された。
［実施例10］MCG癌アレイを用いたMyeloma(骨髄腫)における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いてMyeloma細胞株を対象として、増幅及び欠失している遺伝子を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、BCL9、MCL1、AF1Q、MUC1、DAP3、ARHGEF2、PMF1、BRAL1、PRCC、TRK、NTRK1、CRP、ATF6、PBX1、ABL2、LAMC2、TP遺伝子が見いだされた (表28)。これらの遺伝子の増幅は試験したMyeloma細胞株の63-82%と高頻度で検出された。
Myeloma細胞でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、ABL、CAN、KRAS2、KRAG、PTHLH、NCOR1、ZNF287、D17S128、BCL2、FVT1、PI5遺伝子が見出された（表29）。
次に、Myeloma細胞でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、TGFβR3、ABCD3、ZNF198、FGF9、FLT３、FLT1、BRCA2、FKHR、TPT1、LCP1、RB1、DACH、PIBF1、KLF12、GPC5、GPC5(2)、GPC6、ABCC4、RAP2A、FGF14、ERCC5、EFNB2、ING1、TFDP1、GAS6、D13S327、TEP1、MMP14、BCL2L2、FKHL1、MBIP、HNF3A、SSTR１、PNN(DRS)、CDKN3、RBBP1、DAAM1、MNAT1、HIF1A、ESR2、MAX、EIF2S1、RAD51L1、IGHG1、HSXIAPAF1、MN1、TSPY遺伝子が見出された(表30)。これらの遺伝子のヘテロ接合体欠失は試験したMyeloma細胞株の40-89%と高頻度で検出された。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてEPS15、PGR、YAP1、ｃIAP1、MMP7、MMP1、DYNEIN、ETS1、FLI1、IGHG1、TSPY遺伝子が見出された(表31)。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性がある。
特に、ホモ接合体欠失遺伝子は癌抑制遺伝子であり、それらの遺伝子群の欠失は癌化を誘導する上で重要な役割を果たしている。
［実施例11］MCG癌アレイを用いたAnaplastic thyroid 細胞株（甲状腺癌細胞株）における癌関連遺伝子の網羅的解析
「MCG癌アレイ」を用いてAnaplastic thyroid細胞株を対象として、増幅及び欠失している遺伝子を解析した。Ratioが1.32以上の値で増幅している遺伝子を調べた結果、p63、TERT、DOC2、PPP1A、E2F1、AIB1遺伝子が見いだされた (表32)。これらの遺伝子の増幅は試験した14株のAnaplastic thyroid 細胞株の6-11株に検出され、高頻度であった。
Anaplastic thyroid細胞株でRatioが４以上、即ち正常細胞の遺伝子と比較して、４倍以上の増幅が検出された遺伝子として、MET、NRG1、MYC、PVT1、YAP1、cIAP1遺伝子が見出された（表33）。
次に、Anaplastic thyroid細胞株でRatioが0.75以下に減少、即ちヘテロ接合体と判定された遺伝子として、CTNNB1、BAIAP1、ABCE1、ESR1、N33、LZTS1、DMBT1、EGF9、PMP22、SMAD4-2、ADRBK2遺伝子が見出された(表34)。これらの遺伝子のヘテロ接合体欠失は試験した14株のAnalastic thyroid細胞株の4-9に検出され、高頻度であった。
さらに、Ratioが0.25以下に、即ちホモ接合体欠失の検出された遺伝子としてMLLT3、CDKN2A(p16)遺伝子が見出された(表34)。これらのヘテロ接合体並びにホモ接合体の遺伝子
群は発現レベルが顕著に低下することにより、癌化の原因となっている可能性がある。
特に、ホモ接合体欠失遺伝子は癌抑制遺伝子であり、それらの遺伝子群の欠失は癌化を誘導する上で重要な役割を果たしている。
［実施例１2］CDKN2A(p16)遺伝子を組み込んだセンダイウイルス感染によるSquamous cell sarcomaの増殖阻害と担癌ヌードマウスの治療
Survivin promoterの下流にCDKN2A(p16)遺伝子を連結し、それをセンダイウイルスベクターに組み込む。得られたウイルスDNAのPackagingを行い、組換型ウイルスを産生する。組換型ウイルスをDiscontinuous iodixanol gradient centrifugation及びへパリンアガロースカラムを用いて精製する。96-well tissue culture plateにSquamous cell carcinomaを5x103細胞/ウエル濃度でInoculateし、CO2インキュベーター中で３７℃にて１日培養する。１ウエルあたり、100 moiの精製組換型センダイウイルスを感染させ、７２時間培養後、細胞増殖のレベルを3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl tetrazolium bromideアッセイにより測定した。測定は市販キット（Promega社、東京）を用いて、Instructionに従って行った。その結果、CDKN2A(p16)遺伝子を組み込んだウイルスを感染させた細胞は顕著な増殖阻害が見出された。該細胞抽出液について、Western blot解析を行うと、コントロールのセンダイウイルス感染細胞ではCDKN2A(p16)蛋白質は検出されないのに対して、該細胞抽出液サンプルからは明確なCDKN2A(p16)蛋白質のバンドが検出された。この結果は、CDKN2A(p16)遺伝子を組み込んだセンダイウイルスを感染させることにより、癌細胞の増殖が抑制される結果を示しており、癌を縮小させる、あるいは、微小転移を抑制させるために使用できることを意味している。
次に、ヌードマウスを用いてSquamous cell carcinomaをInoculateし、同時に3x1011moiの精製組換型センダイウイルスを感染させ、癌の増殖阻害をモニタリングし、該マウスの生存期間の増大、即ち、本遺伝子治療による奏効率の上昇を期待することができる。
その結果を踏まえて、ヒト癌患者を対象にした遺伝子治療の臨床治験を計画することができる。
［実施例１３］SKP2遺伝子アンチセンスオリゴヌクレオチドによる小細胞肺癌細胞の増殖阻害
小細胞肺癌細胞では染色体5p13領域が増幅している。小細胞肺癌細胞株の中でACC-LC-5株、ACC-LC-172株、Lu-130株、Lu-134株を調べた結果、5p13領域に存在するCDH6、PC4、SKP2遺伝子がサザンブロット法により、染色体レベルでの顕著な増幅が確認され、ノザンブロット法を用いて、それらの遺伝子の発現を解析した所正常細胞と比較すると著しい増大が見いだされた(図３)。これらの細胞をSKP2アンチセンスオリゴヌクレオチド存在下で培養した結果、SKP2 mRNA量は顕著に減少し、それと相関して対照とするセンスオリゴヌクレオチド添加細胞と比較して細胞増殖は25%のレベルまで抑制された。添加したSKP2ア
ンチセンスオリゴヌクレオチドは200nM-1μM濃度で阻害は最大に達した。細胞増殖の経時変化では４日後に25%のレベルまで減少した（図４）。
図４（Ａ）は、未処理（Untreated）、トランスフェクション試薬でのみ処理（Oligofectamine）、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクション（AS）、SKP2センスオリゴヌクレオチドをトランスフェクション（SC）した細胞からRNAを調製し、Northern blot法によりSKP2 mRNAの発現レベルを解析した結果を示している。AS処理によりSKP2 ｍRNA発現が顕著に低下していることがわかる。
図４（Ｂ）は、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドによる小細胞肺癌細胞の増殖阻害について検討した結果を示している。縦軸は細胞増殖を示し、未処理の細胞の増殖を100％として、その相対％で表示した。SKP2センスオリゴヌクレオチド、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドを0-1000 nMの範囲で添加し、増殖を調べた。
図４（Ｃ）は、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドによる小細胞肺癌細胞増殖の経時変化を示している。縦軸は（B）と同じ。横軸はSKP2センスオリゴヌクレオチド、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドを添加後の培養日数を示している。
図５は、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチド添加によるACC-LC172細胞のアポトーシス誘導について検討した図面である。図５において、ACC-LC172細胞ではSKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドを添加することにより、アポトーシスで死滅する細胞が無処理の３％から25%まで上昇したことが判明した(図５B)。さらに、アポトーシスが起こっていることを形態観察とフローサイトメトリー解析により確認した。
なお、図５Aは、コントロール細胞（Of）、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドをトランスフェクションした細胞（AS）、SKP2センスオリゴヌクレオチドをトランスフェクションした細胞（SC）の顕微鏡写真を示している。ASはアポトーシスを誘導した細胞の典型的結果が示された。図５Bは、アポトーシスが起こった細胞の％を示した（縦軸）。また、Of、AS、SCは図５Aと同じ意味である。SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチド処理によりアポトーシスが顕著に誘導されていることがわかる。図５Cは、AS処理を行ったACC-LC172細胞のフローサイトメトリーの結果であり、ここでもアポトーシスの典型的結果が示された。
これらの結果はSKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドが特異的に癌細胞の増殖を阻害することを証明するものであり、SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチドが癌の治療剤として使用が可能であることが明らかとなった。
［実施例１４］ 非小細胞肺癌細胞でのDBCCR1遺伝子のメチル化による発現の低下
非小細胞肺癌細胞８株について、Genomic PCRによりDBCCR1遺伝子の欠失を調べた所、ホモ接合体欠失を示す細胞は１細胞のみで、残りの７細胞は２コピーを有していた。次に、RT-PCR法を用いてDBCCR1遺伝子の発現を解析すると、８細胞すべてについて発現は全く検出されなかったDBCCR1遺伝子が欠失しておらず、発現が検出されない７細胞株について、Bisulfiteシーケンス法によりメチル化の度合いを検討したところ、すべてメチル化されていることが判明した。従って、非小細胞肺癌細胞の多くはメチル化により、DBCCR１遺伝子の発現が抑制されていることが判明した。
MCG癌アレイを用いた正常細胞（normal diploid cell）ゲノム解析の解説図である。 MCG癌アレイを用いた癌細胞ゲノム解析の結果を示した図面である。 小細胞肺癌細胞での5p13に存在するSKP２遺伝子、PC4遺伝子及びCDH6遺伝子の増幅とSKP2遺伝子及びPC4遺伝子の発現レベルについて検討した結果を示す図面である。 SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチド添加による小細胞肺癌細胞の増殖阻害について検討した結果を示した図面である。 SKP2アンチセンスオリゴヌクレオチド添加によるACC-LC172細胞のアポトーシス誘導について検討した結果を示す図面である。

Claims (49)

  1. 検体における下記の遺伝子からなる群：
    MUC1遺伝子、PRCC遺伝子、EIF4G遺伝子、THPO遺伝子、TERT遺伝子、DAB2遺伝子、EGFR遺伝子、ELN遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、FACA遺伝子、PTPN1遺伝子、Livin遺伝子、MYCN遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子、CGI-147遺伝子、ESP15遺伝子、ARHGEF2遺伝子、ABCC5遺伝子、EIF4G1遺伝子、CDH12遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、ZNF131遺伝子、RAD52遺伝子、WNT3遺伝子、CDC27遺伝子、COL1A1遺伝子、ABCC3遺伝子、PPM1D遺伝子、ITGB4遺伝子、BIRC5遺伝子、SHGC-103396遺伝子、BCL2L1遺伝子、RBL1遺伝子、SRC遺伝子、TGIF2遺伝子、MYBL2遺伝子、BIRC7遺伝子、ARAF1遺伝子、CUL4B遺伝子、CTAG1遺伝子、TRIM33遺伝子、MYCL1遺伝子、RLF遺伝子、CCNE1遺伝子、PCTK1遺伝子、ETV5遺伝子、CDC10遺伝子、IGFBP1遺伝子、TCRG遺伝子、MYCLK1遺伝子、TAX1BP1遺伝子、IL6遺伝子、PMS2遺伝子、MET遺伝子、SMOH遺伝子、BRAF遺伝子、CDK5遺伝子、AR遺伝子、MCF2遺伝子、MAGEA2遺伝子、CTAG遺伝子、ALX遺伝子、PMF1遺伝子、NTRK1遺伝子、ERV5遺伝子、MUC4遺伝子、PDGFRA遺伝子、IGFBP7遺伝子、CDH10遺伝子、E2F3遺伝子、TPMT遺伝子、TFAP２A遺伝子、EEF1E1遺伝子、RREB1遺伝子、CDK6遺伝子、PRIM1遺伝子、GLI遺伝子、CDK4遺伝子、FUS遺伝子、CYLD遺伝子、GRB2遺伝子、TGFβR3遺伝子、PAX3遺伝子、MLL遺伝子、FKHR遺伝子、FOLR1遺伝子、PLUNC(LUNX)遺伝子、E2F1遺伝子、TNFRSF5遺伝子、NCOA3遺伝子、ELMO2遺伝子、NCOA3（AIB1）遺伝子、PRex1遺伝子、BCAS1遺伝子、ZNF217遺伝子、STK6(BTAK)遺伝子、SDC1遺伝子、DNMT3A遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、CCK遺伝子、EGR2遺伝子、KSAM（FGFR2）遺伝子、PKY（HIPK3）遺伝子、LMO2遺伝子、CD44遺伝子、KRAS遺伝子、KRAG（SSPN）遺伝子、CYP１A1遺伝子、IQGAP1遺伝子、FURIN（PACE）遺伝子、PPARBP遺伝子、KRAG遺伝子、KRAS2遺伝子、PTHLH遺伝子、BCLX遺伝子、DEK遺伝子、Livin-2遺伝子、TFAP2C遺伝子、TNFRSF6B遺伝子、HCK遺伝子、CDC2L1遺伝子、GLI3遺伝子、PPP1A遺伝子、SUPT５H遺伝子、AKT２遺伝子、TRRAP遺伝子、Smurf1遺伝子、PDAP1遺伝子、MIA遺伝子SERPINE1遺伝子、VGF遺伝子、HRAS遺伝子、BCL3遺伝子、LUNX遺伝子、AIB1遺伝子、NCOA遺伝子、SSX4遺伝子、SSX1遺伝子、MCL1遺伝子、CCND3遺伝子、FLT3遺伝子、DOC2遺伝子、BAI１遺伝子、PSCA遺伝子、MLZE遺伝子、RECQL4遺伝子、BCL1遺伝子、FGF4遺伝子、Survivin遺伝子、BCL9遺伝子、AF1Q遺伝子、DAP3遺伝子、BRAL1遺伝子、TRK遺伝子、CRP遺伝子、ATF6遺伝子、PBX1遺伝子、ABL2遺伝子、LAMC2遺伝子、TP遺伝子、ABL遺伝子、CAN遺伝子、NCOR1遺伝子、ZNF287遺伝子、D17S128遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子、PI5遺伝子、 p63遺伝子、NRG1遺伝子、YAP1遺伝子及びcIAP1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子の増幅を指標として当該検体の癌化を検出する、癌の検出方法。
  2. 癌が肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MUC1遺伝子、PRCC遺伝子、EIF4G遺伝子、THPO遺伝子、TERT遺伝子、DAB2遺伝子、EGFR遺伝子、ELN遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、FACA遺伝子、PTPN1遺伝子、Livin遺伝子、MYCN遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子及びCGI-147遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  3. 癌が肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MYCN遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子及びCGI-147遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  4. 癌が非小細胞肺癌（Non Small Cell Lung Cancer）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    ESP15遺伝子、MUC1遺伝子、ARHGEF2遺伝子、PRCC遺伝子、ABCC5遺伝子、EIF4G1遺伝子、CDH12遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、DAB2遺伝子、ZNF131遺伝子、RAD52遺伝子、WNT3遺伝子、CDC27遺伝子、COL1A1遺伝子、ABCC3遺伝子、PPM1D遺伝子、ITGB4遺伝子、BIRC5遺伝子、SHGC-103396遺伝子、BCL2L1遺伝子、RBL1遺伝子、SRC遺伝子、TGIF2遺伝子、MYBL2遺伝子、BIRC7遺伝子、ARAF1遺伝子、CUL4B遺伝子、CTAG1遺伝子、TRIM33遺伝子、MYCL1遺伝子、RLF遺伝子、MYC遺伝子、CCNE1遺伝子及びPCTK1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  5. 癌が非小細胞肺癌（Non Small Cell Lung Cancer）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群： TRIM33遺伝子、MYCL1遺伝子、RLF遺伝子、MYC遺伝子、CCNE1遺伝子及びPCTK1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  6. 癌が悪性グリオーマであり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    EIF4G遺伝子、ETV5遺伝子、EGFR遺伝子、CDC10遺伝子、IGFBP1遺伝子、TCRG遺伝子、MYCLK1遺伝子、TAX1BP1遺伝子、IL6遺伝子、PMS2遺伝子、MUC3遺伝子、MET遺伝子、SMOH遺伝子、BRAF遺伝子、CDK5遺伝子、AR遺伝子、CUL4B遺伝子、MCF2遺伝子、MAGEA2遺伝子、CTAG遺伝子、ALX遺伝子、MUC1遺伝子、ARHGEF2遺伝子、PMF1遺伝子、NTRK1遺伝子、ERV5遺伝子、MUC4遺伝子、PDGFRA遺伝子、IGFBP7遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、DAB2遺伝子、CDH10遺伝子、CDH12遺伝子、TERT遺伝子、E2F3遺伝子、TPMT遺伝子、TFAP２A遺伝子、EEF1E1遺伝子、RREB1遺伝子、CDK6遺伝子、PRIM1遺伝子、GLI遺伝子、CDK4遺伝子、FUS遺伝子、CYLD遺伝子及びGRB2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  7. 癌が悪性グリオーマであり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    ALX遺伝子、MUC1遺伝子、ARHGEF2遺伝子、PMF1遺伝子、NTRK1遺伝子、ERV5遺伝子、MUC4遺伝子、PDGFRA遺伝子、IGFBP7遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、DAB2遺伝子、CDH10遺伝子、CDH12遺伝子、TERT遺伝子、E2F3遺伝子、TPMT遺伝子、TFAP２A遺伝子、EEF1E1遺伝子、RREB1遺伝子、EGFR遺伝子、PMS2遺伝子、CDK6遺伝子、PRIM1遺伝子、GLI遺伝子、CDK4遺伝子、FUS遺伝子、CYLD遺伝子及びGRB2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  8. 癌が神経芽細胞種（Neuroblastoma）であり、かつ、MYCL1、CDH10及びMYC遺伝子からなる群から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  9. 癌が神経芽細胞種（Neuroblastoma）であり、かつ、MYCN遺伝子、CDK4遺伝子及びPPM1D遺伝子からなる群から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  10. 癌が横紋筋肉腫（Rhabdomyosarcoma）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    TGFβR3遺伝子、PAX3遺伝子、MLL遺伝子、及びFKHR遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  11. 癌が横紋筋肉腫（Rhabdomyosarcoma）であり、かつ、CDK4ゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  12. 癌が胃癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    PVT1遺伝子、MYC遺伝子、FOLR1遺伝子、PLUNC(LUNX)遺伝子、E2F1遺伝子、TGIF2遺伝子
    、TNFRSF5遺伝子、NCOA3遺伝子、ELMO2遺伝子、MYBL2遺伝子、NCOA3（AIB1）遺伝子、PTPN1遺伝子、PRex1遺伝子、BCAS1遺伝子、ZNF217遺伝子、STK6(BTAK)遺伝子、CUL4B遺伝子、MCF2遺伝子、CTAG遺伝子、SDC1遺伝子、DNMT3A遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、CCK遺伝子、ZNF131遺伝子、CDK6遺伝子、MET遺伝子、PVT1遺伝子、EGR2遺伝子、KSAM（FGFR2）遺伝子、PKY（HIPK3）遺伝子、LMO2遺伝子、CD44遺伝子、KRAS遺伝子、KRAG（SSPN）遺伝子、CYP１A1遺伝子、IQGAP1遺伝子、FURIN（PACE）遺伝子、PPARBP遺伝子、ERBB2遺伝子、CCNE１遺伝子及びMYBL2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について正常細胞と比較して、1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  13. 癌が胃癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    SDC1遺伝子、DNMT3A遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、CCK遺伝子、ZNF131遺伝子、CDK6遺伝子、MET遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、EGR2遺伝子、KSAM（FGFR2）遺伝子、PKY（HIPK3）遺伝子、LMO2遺伝子、CD44遺伝子、KRAS遺伝子、KRAG（SSPN）遺伝子、CYP１A1遺伝子、IQGAP1遺伝子、FURIN（PACE）遺伝子、PPARBP遺伝子、ERBB2遺伝子、CCNE１遺伝子及びMYBL2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  14. 癌が膵臓癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    KRAG遺伝子、PTPN1遺伝子、KRAS2遺伝子、PTHLH遺伝子、BCLX遺伝子、DEK遺伝子、IGFBP1遺伝子、MYC遺伝子、Livin-2遺伝子、PVT1遺伝子、PRex1遺伝子、BCAS１遺伝子、TFAP2C遺伝子、EGFR遺伝子、TGIF2遺伝子、TNFRSF5遺伝子、TNFRSF6B遺伝子、EIF4G遺伝子、PMS2遺伝子、HCK遺伝子、MYBL2遺伝子、ELMO２遺伝子、PCTK1遺伝子、CDC2L1遺伝子、CDC10遺伝子、TCRG遺伝子、GLI3遺伝子、PPP1A遺伝子、ZNF217遺伝子、SRC遺伝子、SUPT５H遺伝子、AKT２遺伝子、TRRAP遺伝子、Smurf1遺伝子、PDAP1遺伝子、PVT1遺伝子及びMIA遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  15. 癌が膵臓癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    SUPT５H遺伝子、AKT２遺伝子、TRRAP遺伝子、Smurf1遺伝子、PDAP1遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、KRAS2遺伝子、KRAG遺伝子及びMIA遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  16. 癌が大腸癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    ELN遺伝子、SERPINE1遺伝子、VGF遺伝子、MUC3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、HRAS遺伝子、BCL3遺伝子、BCLX遺伝子、LUNX遺伝子、E2F1遺伝子、TGIF2遺伝子、HCK遺伝子、AIB1遺伝子、PTPN1遺伝子、NCOA遺伝子、TNFRSF6B遺伝子、SSX4遺伝子、SSX1遺伝子、ARAF1遺伝子、CUL4B遺伝子、CTAG遺伝子、MAGEA2遺伝子、MCL1遺伝子、CCND3遺伝子及びFLT3遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  17. 癌が大腸癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MCL1遺伝子、CCND3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子及びFLT3遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  18. 癌が胆管癌であり、下記の遺伝子からなる群：
    ZNF131遺伝子、DOC2遺伝子、DAB2遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、CDH10遺伝子、CDH12遺伝子、TERT遺伝子、CDK５遺伝子、BAI１遺伝子、PSCA遺伝子、MLZE遺伝子、RECQL4遺伝子、BCL1遺伝子、FGF4遺伝子、ITGB４遺伝子、Survivin遺伝子、SRC遺伝子、PTPN1遺伝子、PCTK1遺伝子、CTAG遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅
    を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  19. 癌が骨髄種であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    BCL9遺伝子、MCL1遺伝子、AF1Q遺伝子、MUC1遺伝子、DAP3遺伝子、ARHGEF2遺伝子、PMF1遺伝子、BRAL1遺伝子、PRCC遺伝子、TRK遺伝子、NTRK1遺伝子、CRP遺伝子、ATF6遺伝子、PBX1遺伝子、ABL2遺伝子、LAMC2遺伝子、TP遺伝子、ABL遺伝子、CAN遺伝子、KRAS2遺伝子、KRAG遺伝子、PTHLH遺伝子、NCOR1遺伝子、ZNF287遺伝子、D17S128遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子及びPI5遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について正常細胞と比較して、1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  20. 癌が骨髄種であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    ABL遺伝子、CAN遺伝子、KRAS2遺伝子、KRAG遺伝子、PTHLH遺伝子、NCOR1遺伝子、ZNF287遺伝子、D17S128遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子及びPI5遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して４倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  21. 癌が甲状腺癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    p63遺伝子、TERT遺伝子、DOC2遺伝子、PPP1A遺伝子、E2F1遺伝子及びAIB1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  22. 下記の遺伝子からなる群：
    MET遺伝子、NRG1遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、YAP1遺伝子及びcIAP1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子について、正常細胞と比較して1.5倍以上の増幅を指標として検体の癌化を検出する、請求項１記載の癌の検出方法。
  23. 検体における下記の遺伝子からなる群：
    BAIAP1遺伝子、LZTS1遺伝子、AAC1遺伝子、BLK遺伝子、MTAP遺伝子、CDKN2A(p16)遺伝子、GPC5遺伝子、SNRPN遺伝子、SAMD4遺伝子、DCC遺伝子、ADRBK2遺伝子、DBCCR1遺伝子、RIZ遺伝子、CCK遺伝子、UBE2E1遺伝子、THRB遺伝子、RARB遺伝子、TGFβR2遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、VIPR1遺伝子、ZNF35遺伝子、TGM4遺伝子、TDGF1遺伝子、PTPRG遺伝子、FHIT遺伝子、MITF遺伝子、LOC151987遺伝子、EIF4E遺伝子、NFκB遺伝子、CCNA遺伝子、PGRMC2遺伝子、VEGFC遺伝子、MSH3遺伝子、RASA1遺伝子、TPT1遺伝子、RB1遺伝子、AATF遺伝子、NR2F1遺伝子、AFP遺伝子、EGF5遺伝子、ABCG2遺伝子、BMI１遺伝子、PCDH15遺伝子、PGR遺伝子、FGF9遺伝子、ZNF198遺伝子、FLT1遺伝子、FLT3遺伝子、BRCA2遺伝子、KLF12遺伝子、PIBF１遺伝子、HNF3A遺伝子、MBIP遺伝子、FKHL1遺伝子、CDKN2A (p16)遺伝子、N33遺伝子、TEK遺伝子、MLLT3遺伝子、JAK2遺伝子、GASC1遺伝子、D9S913遺伝子、SMAD４遺伝子、MADH2遺伝子、MADH7（SMAD7）遺伝子、MALT1遺伝子、GRP遺伝子、BCL2遺伝子、FVT1遺伝子、SERPINB（PI5）遺伝子、CTDP１遺伝子、SMAD4-2遺伝子、D8S504遺伝子、NAT2遺伝子、TNFRSF10B遺伝子、MAP3K7遺伝子、DLC1遺伝子、stSG42796遺伝子、LPL遺伝子、NRG1遺伝子、SCCA1遺伝子、SCCA2遺伝子、NKX3A遺伝子、SMAD７遺伝子、MLL１遺伝子、PI5遺伝子、Casp3遺伝子、SSXT遺伝子、VIM遺伝子、stSG27915遺伝子、RH68621遺伝子、SHGC-145820遺伝子、EEF1E1遺伝子、ESR1遺伝子、MLLT3遺伝子、DEC1遺伝子、CDH23遺伝子、ETK1遺伝子、VIP遺伝子、IGHG1遺伝子、PMP22遺伝子、MAFG遺伝子、SHGC-145820遺伝子、FGF2遺伝子、ST5遺伝子、CALCA遺伝子、FKHR遺伝子、CXADR遺伝子、TGFβR3遺伝子、ABCD3遺伝子、LCP1遺伝子、DACH遺伝子、GPC5(2)遺伝子、GPC6遺伝子、ABCC4遺伝子、RAP2A遺伝子、FGF14遺伝子、ERCC5遺伝子、EFNB2遺伝子、ING1遺伝子、TFDP1遺伝子、GAS6遺伝子、D13S327遺伝子、TEP1遺伝子、MMP14遺伝子、BCL2L2遺伝子、SSTR１遺伝子、PNN(DRS)遺伝子、CDKN3遺伝子、RBBP1遺伝子、DAAM1遺伝子、MNAT1遺伝子、HIF1A遺伝子、ESR2遺伝子、MAX遺伝子、EIF2S1遺伝子、RAD51L1遺伝子、HSXIAPAF1遺伝子、MN1遺伝子、TSPY遺伝子、EPS15遺伝子、YAP1遺伝子、cIAP1遺伝子、MMP7遺伝子、MMP1遺伝子、DYNEIN遺伝子、ETS1遺伝子、FLI1遺伝子、IGHG1遺伝子、TSPY遺伝子、ABCE1遺伝子、DMBT1遺伝子及びEGF9遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子の欠失を指標として当該検体の癌化を検出する、
    癌の検出方法。
  24. 癌が肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    BAIAP1遺伝子、LZTS1遺伝子、AAC1遺伝子、BLK遺伝子、MTAP遺伝子、CDKN2A（p16）遺伝子、GPC5遺伝子、SNRPN遺伝子、SAMD4遺伝子、DCC遺伝子、ADRBK2遺伝子、DBCCR1遺伝子及びRIZ遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  25. 癌が肺扁平上皮細胞癌（Squamous cell carcinoma）、肺腺癌（Adenocarcinoma）又は肺大細胞癌（Large cell carcinoma）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    CDKN2A（p16）遺伝子、MTAP遺伝子、DBCCR1遺伝子及びRIZ遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  26. 癌が非小細胞肺癌（Non Small Cell Lung Cancer）であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    CCK遺伝子、UBE2E1遺伝子、THRB遺伝子、RARB遺伝子、TGFβR2遺伝子、MLH1遺伝子、CTNNB1遺伝子、VIPR1遺伝子、ZNF35遺伝子、TGM4遺伝子、TDGF1遺伝子、PTPRG遺伝子、FHIT遺伝子、BAIAP1遺伝子、MITF遺伝子、LOC151987遺伝子、EIF4E遺伝子、NFκB遺伝子、CCNA遺伝子、PGRMC2遺伝子、VEGFC遺伝子、MSH3遺伝子、RASA1遺伝子、TPT1遺伝子、RB1遺伝子、AATF遺伝子、ADRBK2遺伝子及びNR2F1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  27. 癌が非小細胞肺癌（Non Small Cell Lung Cancer）であり、かつ、NR2F1ゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  28. 癌が悪性グリオーマであり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    AFP遺伝子、EGF5遺伝子、ABCG2遺伝子、NFκB遺伝子、MTAP遺伝子、BMI１遺伝子、PCDH15遺伝子、PGR遺伝子、FGF9遺伝子、ZNF198遺伝子、FLT1遺伝子、FLT3遺伝子、BRCA2遺伝子、RB1遺伝子、KLF12遺伝子、PIBF１遺伝子、HNF3A遺伝子、MBIP遺伝子、FKHL1遺伝子、MTAP遺伝子及びCDKN2A (p16)遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  29. 癌が悪性グリオーマであり、かつ、MTAP遺伝子及び/又はCDKN2A (p16) ゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  30. 癌が胃癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MTAP遺伝子、DCC遺伝子、N33遺伝子、AAC1遺伝子、GRP遺伝子、TEK遺伝子、D8S504遺伝子、NAT2遺伝子、LZTS1遺伝子、TNFRSF10B遺伝子、D9S913遺伝子、GASC1遺伝子、FVT1遺伝子、MAP3K7遺伝子、DLC1遺伝子、MALT1遺伝子、stSG42796遺伝子、BAIAP1遺伝子、BLK遺伝子、LPL遺伝子、NRG1遺伝子、MLLT3遺伝子、MADH2遺伝子、SCCA1遺伝子、SCCA2遺伝子、NKX3A遺伝子、SMAD７遺伝子、MLL１遺伝子、PI5遺伝子、Casp3遺伝子、SSXT遺伝子、BCL2遺伝子、JAK2遺伝子、PTPRG遺伝子、VIM遺伝子、stSG27915遺伝子、RH68621遺伝子、CTDP1遺伝子、SHGC-145820遺伝子、EEF1E1遺伝子、ESR1遺伝子、KLF12遺伝子、CDKN2A (p16)遺伝子、N33遺伝子、DEC1遺伝子、CDH23遺伝子及びSMAD4-2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  31. 癌が胃癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MTAP遺伝子、CDKN2A (p16)遺伝子、TEK遺伝子、RB1遺伝子及びSNRPN遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  32. 癌が膵臓癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    MTAP遺伝子、DCC遺伝子、N33遺伝子、AAC1遺伝子、GRP遺伝子、TEK遺伝子、D8S504遺伝子、NAT2遺伝子、LZTS1遺伝子、TNFRSF10B遺伝子、D9S913遺伝子、GASC1遺伝子、FVT1遺伝子、MAP3K7遺伝子、DLC1遺伝子、MALT1遺伝子、stSG42796遺伝子、BAIAP1遺伝子、BLK遺伝子、LPL遺伝子、NRG1遺伝子、MLLT3遺伝子、MADH2遺伝子、SCCA1遺伝子、SCCA2遺伝子、NKX3A遺伝子、SMAD７遺伝子、MLL１遺伝子、PI5遺伝子、Casp3遺伝子、SSXT遺伝子、BCL2遺伝子、JAK2遺伝子、PTPRG遺伝子、VIM遺伝子、stSG27915遺伝子、RH68621遺伝子、CTDP1遺伝子、SHGC-145820遺伝子、EEF1E1遺伝子、ESR1遺伝子、KLF12遺伝子遺伝子、CDKN2A (p16)遺伝子、DEC1遺伝子、CDH23遺伝子及びSMAD4-2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  33. 癌が膵臓癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    CDKN2A (p16)遺伝子、MTAP遺伝子、N33遺伝子、MLLT3遺伝子、TEK遺伝子、DEC1遺伝子、CDH23遺伝子及びSMAD4-2遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  34. 癌が大腸癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    ETK1遺伝子、MITF遺伝子、PTPRG遺伝子、FHIT遺伝子、RARB遺伝子、VEGFC遺伝子、MAP3K7遺伝子、VIP遺伝子、N33遺伝子、D8S504遺伝子、PCDH15遺伝子、IGHG1遺伝子、PMP22遺伝子、MAFG遺伝子、SSXT遺伝子、MADH2遺伝子、DCC遺伝子、SMAD4-2遺伝子、GRP遺伝子、CTDP1遺伝子及びSHGC-145820遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  35. 癌が胆管癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    BAIAP1遺伝子、PTPRG遺伝子、TDGF1遺伝子、EIF4E遺伝子、NFκB遺伝子、CCNA遺伝子、FGF2遺伝子、NKX3A遺伝子、N33遺伝子、LZTS1遺伝子、LPL遺伝子、NRG1遺伝子、DLC1遺伝子、BLK遺伝子、AAC1遺伝子、NAT2遺伝子、D8S504遺伝子、MTAP遺伝子、JAK2遺伝子、ST5遺伝子、CALCA遺伝子、FLT3遺伝子、FLT1遺伝子、FKHR遺伝子及びCXADR遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  36. 癌が胆管癌であり、かつ、CXADRゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  37. 癌が骨髄腫であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    TGFβR3遺伝子、ABCD3遺伝子、ZNF198遺伝子、FGF9遺伝子、FLT３遺伝子、FLT1遺伝子、BRCA2遺伝子、FKHR遺伝子、TPT1遺伝子、LCP1遺伝子、RB1遺伝子、DACH遺伝子、PIBF1遺伝子、KLF12遺伝子、GPC5遺伝子、GPC5(2)遺伝子、GPC6遺伝子、ABCC4遺伝子、RAP2A遺伝子、FGF14遺伝子、ERCC5遺伝子、EFNB2遺伝子、ING1遺伝子、TFDP1遺伝子、GAS6遺伝子、D13S327遺伝子、TEP1遺伝子、MMP14遺伝子、BCL2L2遺伝子、FKHL1遺伝子、MBIP遺伝子、HNF3A遺伝子、SSTR１遺伝子、PNN(DRS)遺伝子、CDKN3遺伝子、RBBP1遺伝子、DAAM1遺伝子、MNAT1遺伝子、HIF1A遺伝子、ESR2遺伝子、MAX遺伝子、EIF2S1遺伝子、RAD51L1遺伝子、IGHG1遺伝子、HSXIAPAF1遺伝子、MN1遺伝子、TSPY遺伝子、EPS15遺伝子、PGR遺伝子、YAP1遺伝子、cIAP1遺伝子、MMP7遺伝子、MMP1遺伝子、DYNEIN遺伝子、ETS1遺伝子及びFLI1遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  38. 癌が骨髄腫であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    EPS15遺伝子、PGR遺伝子、YAP1遺伝子、cIAP1遺伝子、MMP7遺伝子、MMP1遺伝子、DYNEIN遺伝子、ETS1遺伝子、FLI1遺伝子、IGHG1遺伝子及びTSPY遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  39. 癌が甲状腺癌であり、かつ、下記の遺伝子からなる群：
    CTNNB1、BAIAP1、ABCE1、ESR1、N33、LZTS1、DMBT1、EGF9、PMP22、SMAD4-2、ADRBK2遺伝子、MLLT3遺伝子及びCDKN2A(p16)遺伝子；
    から選ばれる１種以上のゲノム遺伝子のヘテロ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  40. 癌が甲状腺癌であり、かつ、MLLT3ゲノム遺伝子及び/又はCDKN2A(p16) ゲノム遺伝子のホモ接合体欠失を指標として検体の癌化を検出する、請求項２３記載の癌の検出方法。
  41. 検体におけるDBCCR1遺伝子の発現抑制を検出することにより、非小細胞肺癌を検出する、癌の検出方法。
  42. 検出方法を、ＣＧＨ法、ＤＮＡチップ法、定量ＰＣＲ法、または、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法により行う、請求項１〜４１のいずれかに記載の検出方法。
  43. 検出方法をＣＧＨ法またはＤＮＡチップ法により行い、かつ、検出用基盤に定着させる複数種類のＤＮＡが、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、または、合成オリゴヌクレオチドである、請求項４２記載のＤＮＡの定着基盤。
  44. 検出方法をＣＧＨ法により行い、検出用基盤に定着させる複数種類のＤＮＡがゲノムＤＮＡであり、かつ、当該ゲノムＤＮＡが、BAC DNA、YAC DNA、または、PAC DNAの遺伝子増幅産物である、請求項４３記載のＤＮＡの定着基盤。
  45. 遺伝子欠失が細胞の癌化に関連する遺伝子を、癌細胞に導入することにより、当該癌細胞を抑制する方法。
  46. 抑制対象となる癌と、遺伝子欠失が細胞の癌化に関連する遺伝子が下記１〜９の組である、請求項４５記載の癌細胞を抑制する方法。
    １．食道癌：LRP1B遺伝子；
    ２．非小細胞肺癌：MTAP遺伝子、CDKN2A(p16)遺伝子、DBCCR1遺伝子及び1RIZ遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ３．小細胞肺癌：NR2F1遺伝子；
    ４．悪性グリオーマ：MTAP遺伝子及び/又はCDKN2A(p16)遺伝子；
    ５．胃癌：MTAP遺伝子、CDKN2A(p16) 遺伝子、TEK遺伝子、RB1遺伝子及びSNRPN遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ６．膵臓癌：N13遺伝子、MTAP遺伝子、CDKN2A(p16) 遺伝子、TEK遺伝子、MLLT3遺伝子、DEC-1遺伝子、CDH23遺伝子及びSMAD4-2遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；７．胆管癌：CXADR遺伝子；
    ８．骨髄腫：EPS15遺伝子、PGR遺伝子、cIAP1遺伝子、MMP1遺伝子、DYNEIN遺伝子、YAP1遺伝子、MMP7遺伝子、ETS1遺伝子、FLI1遺伝子、IGHG1遺伝子及びTSPY遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ９．甲状腺癌：CDKN2A(p16) 遺伝子及び/又はMLLT3遺伝子；
  47. 遺伝子増幅が細胞の癌化に関連する遺伝子の転写産物に対して拮抗する核酸を癌細胞に作用させることにより、当該癌細胞を抑制する方法。
  48. 遺伝子の転写産物に対して拮抗する核酸が、転写産物であるmRNAに対するsmall interference RNA、又は、同アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項４７記載の癌細胞を抑制する方法。
  49. 抑制対象となる癌と、遺伝子増幅が細胞の癌化に関連する遺伝子が下記１〜8の組である、請求項４７又は４８記載の癌細胞を抑制する方法。
    １．小細胞肺癌：MYCN遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、ELK3遺伝子、BCL2L2遺伝子、HNF3A遺伝子、ERBB2遺伝子及びCGI-147遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ２．非小細胞肺癌：TRIM33遺伝子、MYCL1遺伝子、RLF遺伝子、MYC遺伝子、CCNE1遺伝子及びPCTK1遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ３．悪性グリオーマ：ALX遺伝子、ARHGEF2遺伝子、PC4遺伝子、SKP2遺伝子、DAB2遺伝子
    、PMF1遺伝子、NTRK1遺伝子、ERV5遺伝子、CDH10遺伝子、CDH12遺伝子、TERT遺伝子、MUC4遺伝子、PDGFRA遺伝子、IGFBP7遺伝子、E2F3遺伝子、TPMT遺伝子、TFAP2A遺伝子、EEF1E1遺伝子、RREB1遺伝子、EGFR遺伝子、GLI遺伝子、CDK4遺伝子、FUS遺伝子、PMS2遺伝子、CDK6遺伝子、PRIM1遺伝子、CYLD遺伝子及びGRB2遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ４．胃癌：SDC1遺伝子、DNMT3A遺伝子、MLH1遺伝子、PKY遺伝子、LMO2遺伝子、CD44遺伝子、CTNNB１遺伝子、CCK遺伝子、KRAS遺伝子、KRAG遺伝子、CYP1A1遺伝子、CDK6遺伝子、MET遺伝子、MYC遺伝子、IQGAP1遺伝子、FURIN 遺伝子、PPARBP遺伝子、PVT1遺伝子、EGR2遺伝子、EGFR2遺伝子、ERBB2遺伝子、CCNE1遺伝子及びMYBL2遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ５．膵臓癌：SUPT5H遺伝子、TRRAP遺伝子、PVT1遺伝子、KRAS2遺伝子、KRAG遺伝子、Smurf1遺伝子、PDAP1遺伝子、MYC遺伝子及びMIA遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ６．大腸癌：MCL1遺伝子、CCND3遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子及びFLT3遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ７．骨髄腫：ABL遺伝子、CAN遺伝子、KRAS2遺伝子、ZNF285遺伝子、D１７S128遺伝子、BCL2遺伝子、KRAG遺伝子、PTHLH遺伝子、NCOR1遺伝子、FVT1遺伝子及びPI5遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
    ８．甲状腺癌：MET遺伝子、NRG1遺伝子、MYC遺伝子、PVT1遺伝子、YAP1遺伝子及びcIAP1遺伝子からなる群から選ばれる１種以上の遺伝子；
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