JP2004163408A - 生体サンプルを処理するためのシステムおよびカートリッジ - Google Patents
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-
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Abstract
【解決手段】液体に含まれるサンプルを処理するためのサンプル処理システムが開示されている。とくに、ピペット11およびカートリッジ12からなるサンプル処理システムが開示されている。カートリッジは入口14および出口15を有するチャンバ13を含んでいる。チャンバは活性表面17を有するマイクロアレイ装置16を含んでいる。活性表面はチャンバに含まれる液体に接触可能である。カートリッジはさらにマイクロアレイ装置の活性表面に光学の接近を提供する光学インタフェース18、入口ポート21および出口ポート22を備えている。入口ポートは、ピペット先端23が入口に挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、大きさが決められている。
【選択図】図1
Description
a)液体を分配するためのピペット先端を有したピペッタと、
b)カートリッジと
を含んでおり、
該カートリッジは、
(b.1)入口と出口を有しているチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバの中に含まれた液体に接触可能になっている活性表面を有するマイクロアレイを含んでいるチャンバと、
(b.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する第1の光学インタフェースと、
(b.3)入口ポートおよび出口ポートと
を備えている。
前記入口ポートは、前記ピペット先端がこの入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められている。
(a)入口および出口を備えたチャンバを有したフローセルであって、前記チャンバに含まれる液体に接触可能である活性表面を有するマイクロアレイ装置を含んでいるフローセルと、
(b)該フローセルを含んでいるハウジングと
を含んでいる。
このハウジングは、
(b.1)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(b.2)入口ポートおよび出口ポートと
(b.3)前記ハウジングの入口ポートを前記フローセルの入口に接続する第1の流路と、
(b.4)前記フローセルの出口を前記ハウジングの出口ポートに接続する第2の流路と
を含んでいる。
(a)カートリッジであって、
(a.1)入口および出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれた液体に接触可能である活性表面を有するマイクロアレイを含んでいるチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する第1の光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を有してなるカートリッジと、
(b)前記マイクロアレイ装置の活性表面上に生じた蛍光または化学発光を映像化および測定するための光学システムと
を含んでいる。
(a)カートリッジであって、
(a.1)入口および出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれた液体に接触可能である活性表面を有するマイクロアレイを含んでいるチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する第1の光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を含んでなるカートリッジと、
(b)入口を通ってフローセルチャンバに供給された液体が、該チャンバに含まれた空気を移動させ、該チャンバを気泡がないように液体で満たすことを可能にし、それによって余分な液体が前記フローセルを通って該チャンバから出ていくように、フローセルの入口がフローセルの出口よりも低い位置にあるような位置で前記カートリッジを保持するようにされたカートリッジホルダと、
(c)フローセルの出口から溢れ出した余分な液体を受けとるための廃棄物容器と
を含んでいる。
(a)複数のカートリッジであって、
(a.1)入口と出口とを有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれた液体に接触可能である活性表面を有するマイクロアレイを含んでいるチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する第1の光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を含んでなるカートリッジと、
(b)前記複数のカートリッジを保持するためのカートリッジホルダと、
(c)前記複数のカートリッジのいくつかおよび全部から流れ出した余分な液体を受け取るための廃棄物容器と
を含んでいる。
図1に概略的に示されているように、液体中のサンプルを処理する、たとえば核酸の遺伝分析のための本発明のサンプル処理システムは、ピペッタ11およびカートリッジ12を含んでいる。カートリッジ12は、入口14および出口15を有するチャンバ13を含んでいる。チャンバ13は、生体ポリマーのアレイをもつ前述した活性表面17を有するガラスまたはシリコンのマイクロアレイ装置16を含んでいる。活性表面17は、チャンバ13に含まれている液体に接触可能である。カートリッジ12はさらに、入口ポート21と出口ポート22とを含む。入口ポートは、ピペット先端23が入口ポート21に差し込まれたときに、ピペッタ11の先端23と気密な接続をするように構成され、かつ大きさが決められている。
カートリッジ12は、好ましくは、プラスチック材料、または射出成形による製造、および前述のような液体を含んでいるサンプル処理のために考えられステップを実行するのに適している材料から作られる。試験される液体サンプルとカートリッジの材料が接触する実施の形態において、カートリッジ12は、化学的に不活性なプラスチック材料からできている。その結果、試験される液体中に含まれている生体サンプルの処理を邪魔することはない。さらに、カートリッジ12の部品の製造のために選ばれた材料は、たとえば液体に含まれている核酸サンプルを処理したのちに通常行なわれる蛍光測定を邪魔しないように、蛍光性であるべきではない。
図1および2を参照して前述されたシステムの使用において適した本発明のカートリッジ12の好ましい実施の形態は、図3〜9を参照しつつ、以下に詳述される。
本発明のサンプル処理システムの好ましい実施の形態が、図10に示されている。このシステムは、前述したタイプのカートリッジ12と、マイクロアレイ装置16の活性表面17の2次元の光学測定を実行できる光学式走査手段51とを有している。好ましくは、蛍光または化学発光法による照明が走査される。
本発明のシステムの好ましい実施の形態は図2に示されている。このシステムは、前述した特徴を有するカートリッジ12、カートリッジホルダ56、およびフローセルの出口15から流れ出た余分な液体を受け取る廃棄物容器57を含んでいる。
マイクロアレイ装置16の活性表面17を乾燥させるために空気流を与える。
本発明のシステムの好ましい実施の形態は、前述した特徴を有している複数個のカートリッジ12と、複数個のカートリッジ12を保持するためのカートリッジホルダ56と、複数個のカートリッジ12のいくつかおよびすべての出口ポート22から流れ出た余分な液体を受け入れる廃棄物容器57とを含んでいる。
12 カートリッジ
13 チャンバ
14 入口
15 出口
16 マイクロアレイ装置
17 活性表面
18 ガラス平板/光学インタフェース
21 入口ポート
22 出口ポート
23 ピペット端部/ピペット先端
24 第1のチャネル/第1の流路
25 第2のチャネル/第2の流路
26 内面
27 蓋
28 熱インタフェース
31 フローセル
32 ハウジングのベースプレート
33 ハウジングのカバープレート
34 ハウジングの中間部材
35 光学インタフェース
36 熱インタフェース
37 フローセルの外面
38 熱交換要素
41 マイクロアレイ装置の第1の表面
42 マイクロアレイ装置の第2の表面
43 端部
44 ベースプレート
45 凹部
46 底面
47 カバープレート
48 枠プレート
49 開口部
51 光学式走査手段
52 光源
53 光フィルタ
54 光受容素子
55 光フィルタ
56 カートリッジホルダ
57 廃棄物容器
61 自動ピペットシステム
62 ピペット先端の組
63 ピペット先端の組
64 制御システム
65 ピペット先端の廃棄物容器
66 サンプルチューブ
67 試薬容器
68 第1のモジュール
69 第2のモジュール
Claims (28)
- 液体に含まれるサンプルを処理するためのサンプル処理システムであって、
a)液体を分配するためのピペット先端を有するピペッタと、
b)カートリッジと
を含んでおり、
該カートリッジが、
(b.1)入口および出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれる液体に接触可能な活性表面を有するマイクロアレイ装置を含むチャンバと、
(b.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(b.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を備えることを特徴とするサンプル処理システム。 - 第1のチャネルが前記入口ポートを前記チャンバの入口に接続し、第2のチャネルが前記チャンバの出口を前記出口ポートに接続しており、前記チャンバの入口が、前記チャンバの出口よりも低い高さに位置していることにより、チャンバの入口を通ってチャンバに供給された液体がチャンバに含まれた空気を移動させ、チャンバが完全におよび気泡のないように液体で満たされることを可能にし、余分な液体がチャンバの出口を通ってチャンバから出ていく請求項1記載のサンプル処理システム。
- 前記入口ポートが、前記ピペット先端の外面とぴったり合う内面を有する入口チャネルであり、前記入口ポートおよび前記ピペット先端が気密な接続となるように構成されてなる請求項1記載のサンプル処理システム。
- 前記入口ポートが前記ピペット先端によって突き刺されるようにされた蓋によって閉じられ、それによって前記入口ポートおよび前記ピペット先端が、蓋が前記ピペット先端によって突き刺されたときに、気密な接続となるように構成され、かつ大きさが決められてなる請求項1記載のサンプル処理システム。
- 熱交換手段による熱交換によって前記マイクロアレイ装置を加熱したり冷却したりすることを可能にする熱インタフェースをさらに備えてなる請求項1記載のサンプル処理システム。
- 前記入口ポートが、該ポートの上方の位置から入口ポートに差し込まれたピペット先端を受け入れるように構成されてなる請求項1記載のサンプル処理システム。
- 液体に含まれるサンプルを処理するためのカートリッジであって、
(a)入口および出口を備えたチャンバを有するフローセルであって、前記チャンバに含まれる液体に接触可能な活性表面を有するマイクロアレイ装置を含んでいるフローセルと、
(b)該フローセルを含んでいるハウジングと
を含んでおり、
該ハウジングが、
(b.1)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(b.2)入口ポートおよび出口ポートと、
(b.3)前記ハウジングの入口ポートを前記フローセルの入口に接続する第1の流路と、
(b.4)前記フローセルの出口を前記ハウジングの出口ポートに接続する第2の流路と
を備えることを特徴とするカートリッジ。 - 前記入口ポートがピペット先端の外面とぴったり合う内面を有する入口チャネルであり、それによって前記入口ポートおよびピペット先端が気密な接続となるように構成されてなる請求項7記載のカートリッジ。
- 前記ハウジングの入口ポートが、ピペット先端によって突き刺されるようにされた蓋によって閉じられ、それによって前記入口ポートおよび前記ピペット先端が、蓋が前記ピペット先端によって突き刺されたときに、気密な接続となるように構成され、かつ大きさが決められてなる請求項7記載のカートリッジ。
- 前記ハウジングが、前記フローセルの外面への接近を提供する熱インタフェースを有しており、その結果マイクロアレイ装置の活性表面が、熱交換要素の外面と接触するように置くことによって加熱したり冷却したりできる請求項7記載のカートリッジ。
- 前記フローセルが、
(a)活性表面である第1の表面、前記第1の側面と反対の第2の側にある第2の表面、および前記第1の表面と第2の表面のあいだに伸びる外周面を有する端部を有するマイクロアレイ装置と、
(b)前記マイクロアレイ装置を受け入れる凹部を有するベースプレートであって、前記凹部が、少なくとも前記マイクロアレイ装置の第2の表面の一部が、ベースプレートの底面に取り付けられるような底面を有するベースプレートと、
(c)透明または半透明な領域を有するカバープレートと
を備えており、
前記ベースプレートおよび前記カバープレートは、チャンバを形成するように構成され、大きさが決められ、かつ組み立てられており、前記チャンバは入口および出口を有しており、それによって、チャンバが液体サンプルによって満たされたときに前記マイクロアレイ装置の活性表面が液体と接触する請求項7記載のカートリッジ。 - 前記ベースプレートの凹部が、所定の深さを有する請求項11記載のカートリッジ。
- 前記マイクロアレイ装置の活性表面上に空洞を規定する開口部を有するハウジングプレートをさらに備えてなる請求項7記載のカートリッジ。
- 前記フローセルのチャンバが0.2mmから1mmのあいだの深さを有する請求項7記載のカートリッジ。
- 前記ベースプレートが機械加工可能なガラスセラミックから作製されてなる請求項11記載のカートリッジ。
- 前記ベースプレートが酸化アルミニウムからなる請求項11記載のカートリッジ。
- 液体に含まれるサンプルを処理するためのサンプル処理システムであって、
(a)カートリッジであって、
(a.1)入口と出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれる液体に接触可能な活性表面を有するマイクロアレイ装置を含むチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を有するカートリッジと、
(b)前記マイクロアレイ装置の活性表面の光学蛍光または化学発光の走査をするための光学手段と
を含むことを特徴とするサンプル処理システム。 - 該光学走査手段が、
(a)前記マイクロアレイ装置の活性表面を、励起光によって照射するための光源と、
(b)第1の波長域にある波長を有する光によって前記活性表面を照射するための、前記光源と前記活性表面のあいだに配置された第1の光フィルタ手段と、
(c)前記活性表面またはその一部の像を得るための光受容要素と、
(d)前記光受容要素と前記活性表面のあいだに配置されており、該要素が第2の波長域にある波長を有する光を活性表面から受け取ることができる第2の光フィルタ手段と
を備えてなる請求項17記載のサンプル処理システム。 - 前記マイクロアレイ装置の活性表面を乾燥させるための手段をさらに備えてなる請求項17記載のサンプル処理システム。
- 前記乾燥手段が薄膜ポンプからなる請求項19記載のサンプル処理システム。
- 液体に含まれるサンプルを処理するためのサンプル処理システムであって、
(a)カートリッジであって、
(a.1)入口と出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれる液体に接触可能な活性表面を有するマイクロアレイ装置を含むチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口ポートに挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を有するカートリッジと、
(b)フローセルの入口がフローセルの出口よりも低い位置にあるような位置で、カートリッジを支えるために付けられており、その結果、前記入口を通ってフローセルチャンバに供給された液体が、チャンバに含まれていた空気を移動させて、チャンバを完全におよび泡のないように液体で満たし、余分な液体がフローセルの出口を通ってチャンバから出ていくことを可能にするカートリッジホルダと、
(c)前記フローセル出口から流れ出た余分な液体を受け取るための廃棄物容器と
を含むことを特徴とするサンプル処理システム。 - フローセルチャンバに供給される液体の量がフローセルチャンバの容積よりも大きく、余分な液体がフローセル出口から流れ出る請求項21記載のサンプル処理システム。
- (a)自動ピペットシステムと、
(b)ピペット先端の組と、
(c)ピペット先端を取り上げること、サンプルコンテナからの液体サンプルをピペット先端内に充填すること、前記ハウジングの入口ポートに前記先端を挿入すること、および挿入された先端からカートリッジ内のフローセルのチャンバへと液体サンプルを移すことを含むピペット操作をするための、前記自動ピペットシステムを作動する制御システムと
をさらに含んでなる請求項21記載のサンプル処理システム。 - 前記ピペット先端のそれぞれが前記カートリッジの入口と気密な接触となるように構成されてなる請求項23記載のサンプル処理システム。
- 前記自動ピペットシステムおよび前記ピペット先端が、前記フローセルのチャンバに含まれている液体を排出するようにチャンバに空気の流れを適用するために使用される請求項23記載のサンプル処理システム。
- 前記空気の流れが、前記マイクロアレイ装置の活性表面を乾燥するために使用される請求項23記載のサンプル処理システム。
- 前記ハウジングの入口ポートが、該入口ポートの上から入口ポートに挿入されたピペット先端を受け入れるように構成されている請求項23記載のサンプル処理システム。
- 液体に含まれるサンプルを処理するためのサンプル処理システムであって、
(a)複数のカートリッジであって、それぞれのカートリッジが、
(a.1)入口と出口を有するチャンバであって、既知の場所に異なるオリゴマーのアレイが形成された活性表面であってチャンバに含まれる液体に接触可能な活性表面を有するマイクロアレイ装置を含むチャンバと、
(a.2)前記マイクロアレイ装置の活性表面に光の接近を提供する光学インタフェースと、
(a.3)入口ポートおよび出口ポートであって、該入口ポートが、前記ピペット先端が前記入口に挿入されたときに、ピペット先端と気密な接触となるように構成され、かつ大きさが決められてなる、入口ポートおよび出口ポートと
を有するカートリッジと、
(b)前記複数のカートリッジを保持するためのカートリッジホルダと、
(c)前記複数のカートリッジのいくつかおよびすべての出口ポートから流れ出た余分な液体を受け入れるための廃棄物容器と
を含むことを特徴とするサンプル処理システム。
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