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JP2003523758A - 新規転写因子carp−2 - Google Patents

新規転写因子carp−2

Info

Publication number
JP2003523758A
JP2003523758A JP2001562560A JP2001562560A JP2003523758A JP 2003523758 A JP2003523758 A JP 2003523758A JP 2001562560 A JP2001562560 A JP 2001562560A JP 2001562560 A JP2001562560 A JP 2001562560A JP 2003523758 A JP2003523758 A JP 2003523758A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
polypeptide
polynucleotide
sequence
seq
identity
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2001562560A
Other languages
English (en)
Inventor
フランツ−ヴェルネル クルクセン、
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Merck Patent GmbH
Original Assignee
Merck Patent GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Merck Patent GmbH filed Critical Merck Patent GmbH
Publication of JP2003523758A publication Critical patent/JP2003523758A/ja
Pending legal-status Critical Current

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    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4702Regulators; Modulating activity
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P9/00Drugs for disorders of the cardiovascular system

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Abstract

(57)【要約】 CARP−2ポリペプチドおよびポリヌクレオチドならびに組換え法によりそのようなポリペプチドを産生する方法が開示される。また、診断アッセイにおいてCARP−2ポリペプチドおよびポリヌクレオチドを用いる方法も開示される。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (発明の分野) 本発明は、以下において「新規転写因子(CARP−2)」としばしば呼ばれ
る、新しく同定されたポリペプチドおよびそのようなポリペプチドをコードする
ポリヌクレオチドと、診断においておよび治療上有用となる可能性のあるアゴニ
スト、アンタゴニストでありうる化合物の同定のためのそれらの使用と、そのよ
うなポリペプチドおよびポリヌクレオチドの産生とに関する。
【0002】 (発明の背景) 創薬プロセスは現在、「機能ゲノム科学」、すなわちハイスループットのゲノ
ム生物学または遺伝子生物学を取り入れ、根本的改革が進められている。治療標
的として遺伝子および遺伝子産物を同定する手段としてのこのアプローチは、「
ポジショナルクローニング」に基づく初期のアプローチに速やかに取って代わろ
うとしている。生体機能または遺伝子の疾患である表現型を同定し、次いでその
遺伝子地図上の位置に基づき、担当遺伝子にたどり着くことになる。
【0003】 機能ゲノム科学は、現在入手可能な多くの分子生物学データベースから、興味
深いと思われる遺伝子配列を同定するために、ハイスループットDNA配列決定
法およびバイオインフォマティクスの様々なツールに大きく依存している。創薬
のための標的として、さらなる遺伝子およびその関連するポリペプチド/蛋白質
を同定し、特徴付けることが継続して必要とされている。
【0004】 (発明の概要) 本発明はCARP−2、特にCARP−2ポリペプチドおよびCARP−2ポ
リヌクレオチド、組換え物質、ならびにそれらの産生法に関する。そのようなポ
リペプチドおよびポリヌクレオチドは、異なる病因の急性および慢性心不全、心
筋梗塞、心臓肥大、不整脈、心筋炎、肺(pulomary)高血圧、心臓毒性
(例えば化学療法による)、冠動脈性心疾患を含む特定の疾患の治療法に関連し
て興味が持たれるが、疾患はこれらに限定されることはない。異なる病因の急性
および慢性心不全、心筋梗塞、心臓肥大、不整脈、心筋炎、肺(pulomar
y)高血圧、心臓毒性(例えば化学療法による)、冠動脈性心疾患は、以下にお
いては「本発明の疾患」と呼ぶ。さらなる態様において、本発明は、本発明によ
って提供される物質を用いてアゴニストおよびアンタゴニスト(例えば阻害剤)
を同定する方法、ならびに同定された化合物によってCARP−2不均衡に関連
する状態を治療する方法に関する。さらなる態様において、本発明は不適当なC
ARP−2活性またはレベルに関連する疾患を検出するための診断アッセイに関
する。
【0005】 (発明の説明) 第一の態様において、本発明はCARP−2ポリペプチドに関する。そのよう
なポリペプチドには下記のものが含まれる: (a)配列番号1の配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるポリペプ
チド; (b)配列番号2のポリペプチド配列に少なくとも95%、96%、97%、9
8%、または99%の同一性を有するポリペプチド配列を含むポリペプチド; (c)配列番号2のポリペプチド配列を含むポリペプチド; (d)配列番号2のポリペプチド配列に少なくとも95%、96%、97%、9
8%、または99%の同一性を有するポリペプチド; (e)配列番号2のポリペプチド配列;および (f)配列番号2のポリペプチド配列と比較して、0.95、0.96、0.9
7、0.98、または0.99の同一性指数を有するポリペプチド配列を有する
、またはそのようなポリペプチド配列を含むポリペプチド; (g)(a)から(f)におけるそのようなポリペプチドのフラグメントおよび
変異体。
【0006】 本発明のポリペプチドは、ポリペプチドの心臓アンキリンリピート転写因子(
Cardiac Ankyrin Repeat Transcription Factors)ファミリーのメンバーであると考えられている。これらはし
たがって、CARP2は蛋白質−蛋白質相互作用に関与するアンキリンリピート
を含む蛋白質ファミリーのメンバーであるため、興味が持たれる。最も近いホモ
ログであるCARPは公知の転写因子であり、その発現は心臓、骨格筋、および
内皮細胞(endothelial cel)に限定されている。
【0007】 CARP−2の生物学的性質は、以下においては「CARP−2の生物活性」
または「CARP−2活性」と呼ぶ。好ましくは、本発明のポリペプチドは少な
くとも1つのCARP−2の生物活性を示す。
【0008】 本発明のポリペプチドにはまた、すべての対立型およびスプライス変異体を含
む、上記ポリペプチドの変異体も含まれる。そのようなポリペプチドは、保存的
もしくは非保存的であってもよい、挿入、欠失、および置換、またはその任意の
組合せにより、基準ポリペプチドとは異なる。特に好ましい変異体は、いくつか
のアミノ酸、例えば、50〜30個、30〜20個、20〜10個、10〜5個
、5〜3個、3〜2個、2〜1個または1個のアミノ酸が、任意の組合せで挿入
、置換、または欠失されているものである。
【0009】 本発明のポリペプチドの好ましいフラグメントには、配列番号2のアミノ酸配
列に由来する少なくとも30、50もしくは100個の隣接アミノ酸を有するア
ミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、または配列番号2のアミノ酸配列から短縮
もしくは欠失された少なくとも30、50もしくは100個の隣接アミノ酸を有
するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを含む。好ましいフラグメントは、C
ARP−2の生物活性を仲介する生物学的に活性なフラグメントである。これに
は、類似の活性もしくは改善された活性を持つもの、または望ましくない活性が
減少したフラグメントを含む。また、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫
原性であるそのようなフラグメントも好ましい。
【0010】 本発明のポリペプチドのフラグメントは、対応する完全長ポリペプチドをペプ
チド合成により産生するために用いることもできる。したがって、これらの変異
体は本発明の完全長ポリペプチドを産生するための中間体として用いることもで
きる。本発明のポリペプチドは、「成熟型」蛋白質の形であってもよく、または
前駆体もしくは融合蛋白質などのより大きい蛋白質の一部であってもよい。分泌
配列もしくはリーダー配列、プロ配列、精製を助ける配列、例えば複数のヒスチ
ジン残基、または組換え産生中の安定性のための追加配列を含む、追加のアミノ
酸配列を含むことは多くの場合好都合である。
【0011】 本発明のポリペプチドは任意の好適な方法で、例えば、単離型天然原料、発現
系(下記参照)を含む遺伝子操作された宿主細胞からの単離により、もしくは例
えば自動ペプチド合成機を用いた化学合成により、またはそのような方法の組合
せにより調製することができる。そのようなポリペプチドを調製する方法は、当
技術分野においてよく知られている。
【0012】 さらなる態様において、本発明はCARP−2ポリヌクレオチドに関する。そ
のようなポリヌクレオチドには下記のものが含まれる: (a)配列番号1のポリヌクレオチド配列に対し少なくとも95%、96%、9
7%、98%、または99%の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含むポリ
ヌクレオチド; (b)配列番号1のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド; (c)配列番号1のポリヌクレオチドに対し少なくとも95%、96%、97%
、98%、または99%の同一性を有するポリヌクレオチド; (d)配列番号1のポリヌクレオチド; (e)配列番号2のポリペプチド配列に対し少なくとも95%、96%、97%
、98%、または99%の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌ
クレオチド配列を含むポリヌクレオチド; (f)配列番号2のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含むポリ
ヌクレオチド配列; (g)配列番号2のポリペプチド配列に少なくとも95%、96%、97%、9
8%、または99%の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレ
オチド配列を有するポリヌクレオチド; (h)配列番号2のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド; (i)配列番号1のポリヌクレオチド配列と比較した場合、0.95、0.96
、0.97、0.98、または0.99の同一性指数を有するポリヌクレオチド
配列を有する、またはそのようなポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド
; (j)配列番号2のポリペプチド配列と比較した場合、0.95、0.96、0
.97、0.98、または0.99の同一性指数を有するポリペプチド配列をコ
ードするポリヌクレオチド配列を有するか、またはそのようなポリヌクレオチド
配列を含むポリヌクレオチド;および 前述のポリヌクレオチドのフラグメントおよび変異体であるか、または前述のポ
リヌクレオチドに、その全長にわたり相補的であるポリヌクレオチド。
【0013】 本発明のポリヌクレオチドの好ましいフラグメントは、配列番号1の配列に由
来する少なくとも15、30、50もしくは100個の隣接ヌクレオチドを有す
るヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド、または配列番号1の配列から
短縮もしくは欠失された少なくとも30、50もしくは100個の隣接ヌクレオ
チドを有する配列を含む単離ポリヌクレオチドを含む。
【0014】 本発明のポリヌクレオチドの好ましい変異体は、スプライス変異体、対立変異
体、および1つまたは複数の一塩基多型(SNP)を有するポリヌクレオチドを
含む多型を含む。
【0015】 本発明のポリヌクレオチドは、配列番号2のアミノ酸配列を含むポリペプチド
変異体であって、いくつか、例えば、50〜30個、30〜20個、20〜10
個、10〜5個、5〜3個、3〜2個、2〜1個または1個のアミノ酸残基が、
任意の組合せで置換、欠失または付加されているポリペプチド変異体をコードす
るポリヌクレオチドも含む。
【0016】 さらなる態様において、本発明は、本発明のDNA配列のRNA転写物である
ポリヌクレオチドを提供する。したがって下記のRNAポリヌクレオチドが提供
される: (a)配列番号2のポリペプチドをコードするDNA配列のRNA転写物を含む
RNAポリヌクレオチド; (b)配列番号2のポリペプチドをコードするDNA配列のRNA転写物である
RNAポリヌクレオチド; (c)配列番号1のDNA配列のRNA転写物を含むRNAポリヌクレオチド;
または (d)配列番号1のDNA配列のRNA転写物であるRNAポリヌクレオチド;
およびそれらに対して相補的であるRNAポリヌクレオチド。
【0017】 配列番号1のポリヌクレオチド配列は、サイトカイン誘導性核蛋白質に対する
ヒトmRNA(Chu,W.et al.,J.Biol.Chem.270(
17),10236〜10245(1995))と相同性を示す。配列番号1の
ポリヌクレオチド配列は、配列番号2のポリペプチドをコードするcDNA配列
である。配列番号2のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、配列
番号1のポリペプチドコーディング配列と同一であってもよく、または配列番号
1以外の配列であるが、遺伝暗号の重剰性(縮重)の結果、同じく配列番号2の
ポリペプチドをコードする配列である。配列番号2のポリペプチドは、サイトカ
イン誘導性核蛋白質に対するヒトmRNA(Chu,W.et al.,J.B
iol.Chem.270(17),10236〜10245(1995))と
相同性および/または構造的類似性を有する、心臓アンキリンリピート転写因子
ファミリーの他の蛋白質に関係している。
【0018】 本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、特に、それらの相
同ポリペプチドおよびポリヌクレオチドと類似する生物学的機能/性質を有する
と予想される。さらに、本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチド
は少なくとも1つのCARP−2活性を有する。
【0019】 本発明のポリヌクレオチドは、標準的なクローニングおよびスクリーニング法
を用いてヒト心臓細胞中のmRNA由来cDNAライブラリから得ることができ
る(例えば、Sambrook et al.,Molecular Clon
ing:A Laboratory Manual,2nd Ed.,Cold
Spring Harbor Laboratory Press,Cold
Spring Harbor,N.Y.(1989)参照)。本発明のポリヌ
クレオチドはゲノムDNAライブラリなどの天然原料から得ることもでき、また
はよく知られている商業的に利用可能な技法を用いて合成することもできる。
【0020】 本発明のポリヌクレオチドを本発明のポリペプチドの組換え産生に用いるとき
、ポリヌクレオチドは成熟ポリペプチドのコーディング配列をそれ自体で、ある
いは読み枠中に成熟ポリペプチドのコーディング配列を、リーダーもしくは分泌
配列、プレ、もしくはプロまたはプレプロ蛋白質配列、あるいは他の融合ペプチ
ド部分など他のコーディング配列と共に含んでいてもよい。例えば、融合ポリペ
プチドの精製を助ける標識配列をコードすることもできる。本発明のこの態様に
おけるある好ましい実施形態において、標識配列はpQEベクター(Qiage
n,Inc.)において提供され、Gentz et al.,Proc Na
tl Acad Sci USA(1989)86:821〜824に記載され
ているヘキサヒスチジンペプチドであるか、またはHAタグである。ポリヌクレ
オチドは、転写された非翻訳配列、スプライシングシグナルおよびポリアデニル
化シグナル、リボソーム結合部位ならびにmRNAを安定化する配列などの非コ
ーディング5’および3’配列を含むこともできる。
【0021】 配列番号1のポリヌクレオチドと等しい、または十分な同一性を有するポリヌ
クレオチドを、cDNAおよびゲノムDNAに対するハイブリダイゼーションプ
ローブとして、または核酸増幅反応(例えばPCR)のプライマーとして用いる
こともできる。そのようなプローブおよびプライマーは、本発明のポリペプチド
をコードする完全長cDNAおよびゲノムクローンを単離するために、ならびに
配列番号1に対する高い配列類似性、概して少なくとも95%の同一性を有する
他の遺伝子(ヒト由来のパラログならびにヒト以外の種由来のオルソログおよび
パラログをコードする遺伝子を含む)のcDNAおよびゲノムクローンを単離す
るために用いることもできる。好ましいプローブおよびプライマーは一般には少
なくとも15ヌクレオチド、好ましくは少なくとも30ヌクレオチドを含むこと
になり、少なくとも100ヌクレオチドではないとしても少なくとも50ヌクレ
オチドを有していてもよい。特に好ましいプローブは30から50個の間のヌク
レオチドを有することになる。特に好ましいプライマーは20から25個の間の
ヌクレオチドを有することになる。
【0022】 ヒト以外の種由来のホモログを含む、本発明のポリペプチドをコードするポリ
ヌクレオチドは、配列番号1の配列またはそのフラグメント、好ましくは少なく
とも15ヌクレオチドを有する標識プローブにより、ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件下でライブラリをスクリーニングする段階と、そのポリヌ
クレオチド配列を含む完全長cDNAおよびゲノムクローンを単離する段階とを
含む方法によって得ることができる。そのようなハイブリダイゼーション技術は
当業者にはよく知られている。好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーシ
ョン条件は、50%ホルムアミド、5×SSC(150mMのNaCl、15m
Mのクエン酸三ナトリウム)、50mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×
デンハルト溶液、10%硫酸デキストラン、および20マイクログラム/mlの
変性剪断サケ精子DNAを含む溶液において、42℃での終夜インキュベーショ
ンの後、約65℃の0.1×SSC中でのフィルターの洗浄を含む。したがって
、本発明は、好ましくは少なくとも100個のヌクレオチド配列を有し、配列番
号1の配列またはそのフラグメント、好ましくは少なくとも15ヌクレオチドの
標識プローブにより、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でライ
ブラリをスクリーニングすることによって得られる単離ポリヌクレオチドも含む
【0023】 当業者であれば、多くの場合、単離cDNA配列はポリペプチドをコードする
領域が5’末端まで完全に伸びていない点で不完全であることを理解する。これ
は、本質的に「プロセシング能」(重合反応中に酵素が鋳型に結合したままでい
られる能力の尺度)が低い酵素である逆転写酵素が、第一鎖cDNA合成中にm
RNA鋳型のDNAコピーを完了できなかった結果である。
【0024】 完全長cDNAを得るため、または短いcDNAを伸張するために利用可能で
あり、当業者によく知られているいくつかの方法、例えばcDNA末端の迅速増
幅(RACE)法に基づくものがある(例えば、Frohman et al.
,Proc Nat Acad Sci USA 85,8998〜9002,
1988)。典型的な例として例えばMarathon(商標)法(Clont
ech Laboratories Inc.)が挙げられるが、最近の技術の
改変によってより長いcDNAの検索が著しく単純になった。Marathon
(商標)法では、選択された組織から抽出したmRNAからcDNAを調製し、
「アダプター」配列を各末端にライゲートしていた。次いで、遺伝子特異的およ
びアダプター特異的オリゴヌクレオチドプライマーの組合せを用いて核酸増幅(
PCR)を行い、cDNAの「失われた」5’末端を増幅する。次いで、「ネス
テッド(nested)」プライマー、すなわち増幅産物の範囲内にアニーリン
グするよう設計されたプライマー(典型的には、アダプター配列のさらに3’に
アニーリングするアダプター特異的プライマーおよび既知の遺伝子配列のさらに
5’にアニーリングする遺伝子特異的プライマー)を用いてPCR反応を繰り返
す。この反応の生産物を次いでDNA配列決定により分析し、生産物を既存のc
DNAに直接連結して完全な配列を得るか、または5’プライマーの設計のため
の新しい配列情報を用いて別の完全長PCRを行うことにより、完全長cDNA
を構築することができる。
【0025】 本発明の組換えポリペプチドは、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞から
当業者にはよく知られている方法によって調製することができる。したがって、
さらなる態様において、本発明は本発明の1つまたは複数のポリヌクレオチドを
含む発現系と、そのような発現系を有する遺伝子操作された宿主細胞と、組換え
法による本発明のポリペプチドの産生とに関する。本発明のDNA構築物由来の
RNAを用いてそのような蛋白質を産生するために、無細胞翻訳系を用いること
もできる。
【0026】 組換え産生のために、宿主細胞を遺伝子操作して本発明のポリヌクレオチドの
発現系またはその一部を組み込むことができる。ポリヌクレオチドは、Davi
s et al.,Basic Methods in Molecular
Biology(1986)およびSambrook et al.,(同書)
などの多くの標準的実験マニュアルに記載の方法によって宿主細胞に導入するこ
とができる。宿主細胞にポリヌクレオチドを導入するための好ましい方法には、
例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAE−デキストラン仲介
トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、カチ
オン性脂質仲介トランスフェクション、電気穿孔法、形質導入、スクレイプ負荷
、バリスティック導入または感染が含まれる。
【0027】 適当な宿主の代表例には、連鎖球菌、ブドウ球菌、大腸菌、放線菌および枯草
菌細胞などの細菌細胞;酵母細胞およびコウジカビ属細胞などの真菌細胞;ショ
ウジョウバエS2およびハスモンヨトウ(Spodoptera)Sf9細胞な
どの昆虫細胞;CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BHK、HEK
293およびボーズ(Bowes)メラノーマ細胞などの動物細胞;ならびに植
物細胞が含まれる。
【0028】 多様な発現系、例えば、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系を用いる
ことができ、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由来、トランス
ポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入因子由来、酵母染色体因子由来、バキュ
ロウイルス、SV40などのパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイ
ルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルス
由来のベクター、ならびにコスミドおよびファージミドなどのプラスミドおよび
バクテリオファージ遺伝因子由来のものなどのその組合せ由来のベクターが挙げ
られる。発現系は、発現を調節しかつ引き起こす制御領域を含んでいてもよい。
一般に、ポリヌクレオチドを維持、伝播または発現して宿主中でポリペプチドを
産生することができる、いかなる系またはベクターも用いることができる。適当
なポリヌクレオチド配列は、例えば、Sambrook et al.,(同書
)に記載のものなどの、よく知られておりルーチンで用いられる様々な技法のい
ずれによっても、発現系に挿入することができる。適当な分泌シグナルを所望の
ポリペプチドに組み込んで、翻訳された蛋白質を小胞体の内腔、細胞周辺腔、ま
たは細胞外環境に分泌させることができる。これらのシグナルはポリペプチドに
内在するものでもよく、または異種シグナルであってもよい。
【0029】 本発明のポリペプチドがスクリーニングアッセイで用いるために発現される場
合、ポリペプチドは細胞表面で産生されることが一般に好ましい。この場合、細
胞はスクリーニングアッセイで用いる前に回収される。ポリペプチドが培地中に
分泌される場合、ポリペプチドを回収し、精製するために培地を回収することが
できる。細胞内で産生される場合には、ポリペプチドを回収する前にまず細胞を
溶解しなければならない。
【0030】 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、
アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィ、ホスホセルロースクロマトグラ
フィ、疎水性相互作用クロマトグラフィ、アフィニティクロマトグラフィ、ヒド
ロキシルアパタイトクロマトグラフィおよびレクチンクロマトグラフィを含むよ
く知られている方法によって、組換え細胞培養物から回収および精製することが
できる。精製には高性能液体クロマトグラフィを用いることが最も好ましい。細
胞内合成、単離および/または精製中にポリペプチドが変性したときには、蛋白
質をリフォールディングさせるためのよく知られている技法を用いて、活性配座
を再生することができる。
【0031】 本発明のポリヌクレオチドは、関連遺伝子の突然変異を検出することを通じて
診断試薬として用いることもできる。cDNAおよびゲノム配列中の配列番号1
のポリヌクレオチドによって特徴付けられ、機能不全に関連している遺伝子の突
然変異型を検出することにより、遺伝子の発現不足、過剰発現、または空間的も
しくは時間的発現の変化による、疾患または疾患に対する感受性の診断の一助と
なりうるか、または診断を決定することができる診断ツールが提供される。遺伝
子に突然変異を有する個体を、当技術分野においてよく知られている様々な技法
によってDNAレベルで検出することができる。
【0032】 診断に必要な核酸は、血液、尿、唾液、組織生検または剖検材料などの被験体
の細胞から得ることができる。検出のためにゲノムDNAを直接用いてもよく、
または分析の前にPCR、好ましくはRT−PCR、もしくは他の増幅法を用い
ることにより、ゲノムDNAを酵素的に増幅してもよい。RNAまたはcDNA
も同様の方法で用いることができる。欠失および挿入は、正常な遺伝子型と比べ
て増幅産物のサイズの変化によって検出することができる。点突然変異は増幅し
たDNAを標識したCARP−2ヌクレオチド配列にハイブリダイズすることに
よって同定することができる。完全に一致した配列はリボヌクレアーゼ消化によ
って、または融点の差によってミスマッチ二本鎖と区別することができる。DN
A配列の相違は変性剤を含む、もしくは含まないゲルでのDNAフラグメントの
電気泳動易動度の変化によって、または直接DNA配列決定によって検出するこ
ともできる(例えば、Myers et al.,Science(1985)
230:1242)。特定の部位での配列の変化は、リボヌクレアーゼおよびS
1保護などのヌクレアーゼ保護アッセイ、または化学的切断法によって明らかに
することもできる(Cotton et al.,Proc Natl Aca
d Sci USA(1985)85:4397〜4401)。
【0033】 CARP−2ポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含むオリゴヌク
レオチドプローブのアレイを構築して、例えば遺伝子突然変異の効率的なスクリ
ーニングを行うことができる。そのようなアレイは高密度アレイまたは格子であ
ることが好ましい。アレイ技術による方法はよく知られ、一般的適用性を有して
おり、遺伝子発現、遺伝連鎖、および遺伝的変異性を含む分子遺伝学の様々な問
題を検討するために用いることができる(例えば、M.Chee et al.
,Science,274,610〜613(1996)およびそこで引用され
ている他の文献参照)。
【0034】 異常に低いまたは高いポリペプチドまたはmRNA発現レベルの検出を、本発
明の疾患に対する被験体の感受性を診断または決定するために用いることもでき
る。発現の減少または増加は、例えばPCR、RT−PCRなどの核酸増幅、リ
ボヌクレアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーショ
ン法などのポリヌクレオチド定量のための当技術分野においてよく知られている
いかなる方法を用いてRNAレベルで測定することができる。宿主由来の試料中
の、本発明のポリペプチドなどの蛋白質レベルを定量するために用いることがで
きるアッセイ法は、当業者にはよく知られている。そのようなアッセイ法には、
ラジオイムノアッセイ、結合蛋白質競合アッセイ、ウェスタンブロット分析およ
びELISAアッセイが含まれる。
【0035】 したがってもう1つの態様において、本発明は下記のものを含む診断キットに
関する: (a)本発明のポリヌクレオチド、好ましくは配列番号1のヌクレオチド配列、
またはそのフラグメントまたはRNA転写物; (b)(a)の配列に相補的なヌクレオチド配列; (c)本発明のポリペプチド、好ましくは配列番号2のポリペプチド、またはそ
のフラグメント;あるいは (d)本発明のポリペプチド、好ましくは配列番号2のポリペプチドの抗体。
【0036】 そのようないかなるキットにおいても、(a)、(b)、(c)または(d)
は実質的成分を含みうることが理解される。そのようなキットは、疾患または疾
患に対する感受性、中でも特に本発明の疾患を診断する際に有用である。
【0037】 本発明のポリヌクレオチド配列は、染色体位置決定研究において有用である。
この配列は個々のヒト染色体上の特定の位置を特に標的とし、それにハイブリダ
イズすることができる。本発明に従って染色体に関連する配列のマッピングをす
ることは、それらの配列を遺伝子関連疾患に相関付ける際の重要な第一段階であ
る。いったん配列を染色体上で正確に位置づけると、染色体上の配列の物理的な
位置を遺伝子地図データと相関付けることができる。そのようなデータは、例え
ばV.McKusick,Mendelian Inheritance in
Man(Johns Hopkins University Welch
Medical Libraryからオンラインで利用可能)に見いだされる。
次いで、同じ染色体領域に位置づけられた遺伝子と疾患との間の関係を連鎖解析
により同定する(物理的に隣接する遺伝子の共遺伝)。ゲノム配列(遺伝子フラ
グメントなど)のヒト染色体上における正確な位置は、放射線ハイブリッドマッ
ピング(Radiation Hybrid(RH) Mapping)(Wa
lter,M.Spillett,D.,Thomas,P.,Weissen
bach,J.,およびGoodfellow,P.,(1994)A met
hod for constructing radiation hybri
d maps of whole genomes,Nature Genet
ics 7,22〜28)により決定することができる。いくつかのRHパネル
、例えば、GeneBridge4 RHパネル(Hum Mol Genet
1996 Mar;5(3):339〜46 A radiation hy
brid map of the human genome.Gyapay
G,Schmitt K,Fizames C,Jones H,Vega−C
zarny N,Spillett D,Muselet D,Prud’Ho
mme JF,Dib C,Auffray C,Morissette J,
Weissenbach J、Goodfellow PN)がResearc
h Genetics(米国アラバマ州ハンツビル)から入手可能である。この
パネルを用いて遺伝子の染色体上の位置を決定するために、RH DNA上の目
的遺伝子から設計したプライマーを用いて93回のPCRを行う。これらのDN
Aはそれぞれ、ハムスター環境で維持したランダムヒトゲノムフラグメントを含
む(ヒト/ハムスターハイブリッド細胞株)。これらのPCRにより目的遺伝子
のPCR産物の有無を示す93のスコアが得られる。これらのスコアを、既知の
位置のゲノム配列からのPCR産物を用いて得られたスコアと比較する。この比
較はhttp://www.genome.wi.mit.edu/で行う。
【0038】 本発明のポリヌクレオチド配列は組織発現研究のための有用なツールでもある
。そのような研究は、ポリペプチドをコードするmRNAを検出することにより
、組織中のコードされたポリペプチドの発現パターンに関する指標を示しうる、
本発明のポリヌクレオチドの発現パターンの調査を可能にする。用いる技法は当
技術分野においてよく知られており、cDNAマイクロアレイハイブリダイゼー
ションなどの、格子上に配列されたクローンに対するインサイチューハイブリダ
イゼーション法(Schena et al,Science,270,467
〜470,1995およびShalon et al,Genome Res,
6,639〜645,1996)およびPCRなどの核酸増幅法が含まれる。好
ましい方法はPerkin Elmerから入手可能なTAQMAN(商標)法
を用いる。これらの研究結果は生物におけるポリペプチドの正常な機能の指標を
提供することができる。加えて、mRNAの正常な発現パターンと、同じ遺伝子
の別の型(例えば、ポリペプチドコード能における変化または調節突然変異を有
するもの)によってコードされるmRNAの発現パターンとの比較研究は、本発
明のポリペプチドの役割または疾患におけるその不適当な発現の役割に対する有
用な見通しを提供することができる。そのような不適当な発現は、時間的、空間
的または単に量的性質のものでありうる。
【0039】 本発明のポリペプチドは心臓および骨格筋で発現される。
【0040】 本発明のさらなる態様は抗体に関する。本発明のポリペプチドまたはそれらの
フラグメント、あるいはそれらを発現する細胞を、本発明のポリペプチドに対し
て免疫特異的な抗体を産生するための免疫原として用いることができる。用語「
免疫特異的」は、抗体が従来技術における他の関連ポリペプチドよりも本発明の
ポリペプチドに対して実質的に高い親和性を有することを意味する。
【0041】 本発明のポリペプチドに対して生ずる抗体は、ポリペプチドもしくはエピトー
プを有するフラグメントまたは細胞を、動物好ましくはヒト以外の動物に、通常
のプロトコルを用いて投与することにより得ることができる。モノクローナル抗
体を調製するために、連続細胞株培養によって産生される抗体を提供するいかな
る技法も用いることができる。例には、ハイブリドーマ法(Kohler,G.
and Milstein,C.,Nature(1975)256:495〜
497)、トリオーマ法、ヒトB細胞ハイブリドーマ法(Kozbor et
al.,Immunology Today(1983)4:72)およびEB
V−ハイブリドーマ法(Cole et al.,Monoclonal An
tibodies and Cancer Therapy,77〜96,Al
an R.Liss,Inc.,1985)が含まれる。
【0042】 米国特許第4946778号に記載のものなどの、一本鎖抗体を産生する技法
を、本発明のポリペプチドに対する一本鎖抗体を産生するために適合させること
もできる。同様に、トランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物を含む他の生
物を用いてヒト化抗体を発現することもできる。
【0043】 前述の抗体を用いて、ポリペプチドを発現するクローンを単離もしくは同定す
る、またはアフィニティクロマトグラフィによりポリペプチドを精製することも
できる。本発明のポリペプチドに対する抗体を用いて特に本発明の疾患を治療す
ることもできる。
【0044】 本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドをワクチンとして用いることも
できる。したがって、さらなる態様において、本発明は哺乳動物において免疫応
答を誘導する方法であって、疾患が個体内ですでに確立されているか否かに関わ
らず、前記動物を疾患から保護するために、抗体および/または例えば、サイト
カイン産生T細胞もしくは細胞傷害性T細胞を含むT細胞免疫応答を起こすのに
十分な本発明のポリペプチドを哺乳動物に接種することを含む。哺乳動物におけ
る免疫応答は、前記動物を本発明の疾患から保護するために抗体を産生するよう
な免疫応答を誘導するために、インビボでポリヌクレオチドの発現を管理し、ポ
リペプチドをコードするベクターを介して、本発明のポリペプチドを送達するこ
とを含む方法によって誘導することもできる。ベクターを投与する1つの方法は
、ベクターを粒子のコーティングとして所望の細胞内に加速すること、またはそ
の他による。そのような核酸ベクターはDNA、RNA、修飾核酸、またはDN
A/RNAハイブリッドを含むことができる。ワクチンを使用するために、ポリ
ペプチドまたは核酸ベクターは通常、ワクチン調合物(組成物)として提供され
る。調合物はさらに適当な担体を含んでいてもよい。ポリペプチドは胃で分解さ
れると考えられるため、非経口(例えば、皮下、筋肉内、静脈内、または皮内注
射)で投与することが好ましい。非経口投与に適した調合物には、抗酸化剤、緩
衝剤、静菌剤および調合物を受容者の血液と等張にするための溶質を含んでいて
もよい水性および非水性無菌注射溶液;ならびに懸濁化剤または増粘剤を含んで
いてもよい水性および非水性無菌懸濁液が含まれる。調合物は単位用量または多
用量容器、例えば、密封アンプルおよびバイアルで提供することもでき、使用直
前に無菌液状担体を加えるだけの凍結乾燥状態で保存することもできる。ワクチ
ン調合物は、水中油系および当技術分野において知られている他の系などの、調
合物の免疫原性を増強するためのアジュバント系を含んでいてもよい。用量はワ
クチンの具体的活性によって異なり、通常の実験により容易に決定することがで
きる。
【0045】 本発明のポリペプチドは、1つまたは複数の疾患状態、特に前述の本発明の疾
患に関連する、1つまたは複数の生物機能を有する。したがって、ポリペプチド
の機能またはレベルを刺激または阻害する化合物を同定することは有用である。
したがって、さらなる態様において、本発明はポリペプチドの機能またはレベル
を刺激または阻害するものを同定するための化合物のスクリーニング法を提供す
る。そのような方法は、前述の本発明の疾患の治療および予防を目的として用い
ることができるアゴニストまたはアンタゴニストを同定する。化合物は様々な原
料、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリ、化合物コレクション、およ
び天然物の混合物から同定することができる。そのようにして同定されたアゴニ
ストまたはアンタゴニストは、場合により、ポリペプチドの天然もしくは修飾基
質、リガンド、受容体、酵素など;その構造的もしくは機能的類似物(Coli
gan et al.,Current Protocols in Immu
nology 1(2):Chapter5(1991))または小分子であり
うる。
【0046】 スクリーニング法は、ポリペプチドに対する候補化合物の結合、あるいはポリ
ペプチドまたはその融合タンパク質を含有する細胞または膜に対する候補化合物
の結合が、候補化合物に直接または間接的に結合された標識によって単純に測定
することができる。あるいは、スクリーニング法は候補化合物のポリペプチドへ
の標識競合物質(例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト)に対する競合結合
の測定または検出(定性的または定量的)を含むこともできる。さらに、これら
のスクリーニング法は、ポリペプチドを有する細胞に適した検出系を用いて、候
補化合物がポリペプチドの活性化または阻害によりシグナルを生じるかどうかを
試験することもできる。活性化阻害剤は一般に、既知のアゴニスト存在下でアッ
セイされ、候補化合物存在下でのアゴニストによる活性化への効果を観察する。
さらに、スクリーニング法は、候補化合物を本発明のポリペプチドを含む溶液と
混合して混合物を生成する段階と、混合物中のCARP−2活性を測定する段階
と、混合物のCARP−2活性を候補化合物を含まない対照混合物と比較する段
階とを単に含んでいてもよい。
【0047】 本発明のポリペプチドは、従来の低能力スクリーニング法で用いることもでき
、同様にハイスループットスクリーニング(HTS)様式で用いることもできる
。そのようなHTS様式は96穴、および最近では384穴マイクロタイタープ
レートの十分に確立された使用のみならず、Schullek et al.,
Anal Biochem.,246,20〜29,(1997)に記載のナノ
ウェル法などの、新しく現れつつある方法も含む。
【0048】 前述のFc部分およびCARP−2ポリペプチドから生成されるものなどの融
合蛋白質を、本発明のポリペプチドのアンタゴニストを同定するためのハイスル
ープットスクリーニングアッセイのために用いることもできる(D.Benne
tt et al.,J Mol Recognition,8:52〜58(
1995);およびK.Johanson et al.,J Biol Ch
em,270(16):9459〜9471(1995))。
【0049】 スクリーニング法 本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチドおよびポリペプチドに対する抗体は
、細胞内のmRNAおよびポリペプチドの産生に対する、加えられた化合物の効
果を検出するためのスクリーニング法を設定するために用いることもできる。例
えば、当技術分野において知られている標準的方法により、モノクローナルまた
はポリクローナル抗体を用いて、分泌された、または細胞関連のポリペプチドの
レベルを測定するために、ELISAアッセイを構築することができる。これは
、適当に操作された細胞または組織から、ポリペプチドの産生を阻害または促進
しうる物質(それぞれ、アンタゴニストまたはアゴニストとも呼ばれる)を見い
だすために用いることができる。
【0050】 本発明のポリペプチドを用いて、当技術分野において知られている標準的受容
体結合法により、膜結合または可溶性受容体があればそれを同定することができ
る。これらには、ポリペプチドを放射性同位体(例えば、125I)で標識するか
、化学的に修飾する(例えば、ビオチン化)か、または検出もしくは精製に適し
たペプチド配列に融合し、かつ推定受容体源(細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽
出物、体液)とインキュベートする、リガンド結合および架橋アッセイが含まれ
るが、これらに限定されることはない。他の方法には、表面プラズモン共鳴およ
び分光法などの生物物理的技法が含まれる。これらのスクリーニング法を用いて
、ポリペプチドと、その受容体がある場合にはそれとの結合に競合するポリペプ
チドのアゴニストおよびアンタゴニストを同定することもできる。そのようなア
ッセイを実施するための標準的方法は当技術分野においてよく理解されている。
【0051】 本発明のポリペプチドのアンタゴニストの例には、抗体または、ある場合には
、ポリペプチドの、場合によってはリガンド、基質、受容体、酵素などに密接に
関連しているオリゴヌクレオチドもしくは蛋白質、例えば、リガンド、基質、受
容体、酵素などのフラグメント、あるいは本発明のポリペプチドに結合するが、
応答を引き出すことはないため、ポリペプチドの活性が妨げられる小分子が含ま
れる。
【0052】 スクリーニング法はまた、トランスジェニック技法およびCARP−2遺伝子
の使用を含んでいてもよい。トランスジェニック動物を作製する技術は十分に確
立されている。例えば、CARP−2遺伝子を、受精卵母細胞の雄性前核へのマ
イクロインジェクション、着床前もしくは後の胚へのレトロウイルスによる移入
、または、電気穿孔法などにより遺伝子修飾された胚幹細胞の注入を通じて宿主
未分化胚細胞に導入することもできる。特に有用なトランスジェニック動物は、
いわゆる「ノックイン」動物で、その動物のゲノム内で動物遺伝子がヒトの等価
遺伝子と置換されている。ノックイントランスジェニック動物は創薬プロセスに
おいて、化合物がヒト標的に特異的である場合の標的の有効性確認のために有用
である。他の有用なトランスジェニック動物は、いわゆる「ノックアウト」動物
で、本発明のポリペプチドの動物オルソログであり、細胞の内在性DNA配列に
よってコードされるオルソログの発現が部分的または完全に廃絶されている。遺
伝子ノックアウトは、特定の細胞もしくは組織を標的とすることができ、技術に
限界があるために特定の細胞もしくは組織でしか起こり得ないか、または動物の
すべての、もしくは実質的にすべての細胞で起こりうる。トランスジェニック動
物技術は、導入遺伝子が発現されて大量の本発明のポリペプチドが得られる、全
動物発現−クローニング系も提供する。
【0053】 前述の方法で使用するためのスクリーニングキットは、本発明のさらなる態様
を形成する。そのようなスクリーニングキットは、 (a)本発明のポリペプチド; (b)本発明のポリペプチドを発現する組換え細胞; (c)本発明のポリペプチドを発現する細胞膜;または (d)本発明のポリペプチドに対する抗体; を含み、ただしポリペプチドは配列番号2のものであることが好ましい。
【0054】 そのようなキットのいずれにおいても、(a)、(b)、(c)または(d)
は実質的な成分を含みうることが理解される。
【0055】 用語 下記の定義は本明細書前記で頻繁に用いられている特定の用語の理解を助ける
ために示すものである。
【0056】 本明細書において用いられる「抗体」は、ポリクローナル抗体およびモノクロ
ーナル抗体、キメラ、一本鎖、およびヒト化抗体、ならびにFabまたは他の免
疫グロブリン発現ライブラリの生成物を含むFabフラグメントを含む。
【0057】 「単離された」とは、その天然型から「ヒトの手によって」変更された、すな
わち、それが天然に生成する場合、その元の環境から変えられたかもしくは取り
出された、またはその両方であることを意味する。例えば、生物中に自然に存在
するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離されて」いないが、その自然
状態の共存物質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本
明細書においてこの用語が用いられるとおり、「単離されて」いる。さらに、形
質転換、遺伝子操作または任意の他の組換え法によって生物に導入されたポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドは、それが前記生物(生物は生きていても生きて
いなくてもよい)中に存在しているままであっても、「単離されて」いる。
【0058】 「ポリヌクレオチド」は一般に、いかなるポリリボヌクレオチド(RNA)ま
たはポリデオキシリボヌクレオチド(DNA)をも意味し、非修飾または修飾R
NAまたはDNAであってもよい。「ポリヌクレオチド」には、一本鎖および二
本鎖DNA、一本鎖および二本鎖領域の混合物であるDNA、一本鎖および二本
鎖RNA、ならびに一本鎖および二本鎖領域の混合物であるRNA、一本鎖もし
くはより典型的には二本鎖、または一本鎖および二本鎖領域の混合物であっても
よいDNAおよびRNAを含むハイブリッド分子が含まれるが、これらに限定さ
れることはない。加えて、「ポリヌクレオチド」はRNAもしくはDNAまたは
RNAとDNAの両方を含む三本鎖領域を意味する。「ポリヌクレオチド」なる
用語には、1つまたは複数の修飾塩基を含むDNAまたはRNA、および安定性
またはその他の理由から主鎖が修飾されているDNAまたはRNAも含まれる。
「修飾」塩基には、例えば、トリチル化塩基およびイノシンなどのまれな塩基が
含まれる。様々な修飾をDNAおよびRNAに施すことができる。したがって、
「ポリヌクレオチド」は天然に典型的に見いだされるポリヌクレオチドの化学的
、酵素的または代謝的に修飾された型、ならびにウイルスおよび細胞に特徴的な
DNAおよびRNAの化学型を含む。「ポリヌクレオチド」は、オリゴヌクレオ
チドとしばしば呼ばれる比較的短いポリヌクレオチドも含む。
【0059】 「ポリペプチド」は、ペプチド結合または修飾ペプチド結合、すなわちペプチ
ドイソステアによって相互に連結された複数のアミノ酸を含む、いかなるポリペ
プチドも意味する。「ポリペプチド」とは、一般にペプチド、オリゴペプチドま
たはオリゴマーと呼ばれる短鎖、および一般に蛋白質と呼ばれる長鎖の両方を意
味する。ポリペプチドは20の遺伝子コードアミノ酸以外のアミノ酸を含むこと
ができる。「ポリペプチド」には、翻訳後プロセシングなどの天然のプロセス、
または当技術分野においてよく知られている化学的修飾法のいずれかによって修
飾されたアミノ酸配列が含まれる。そのような修飾は基礎的な教科書や、より詳
細な研究書、ならびに膨大な研究文献に詳しく記載されている。修飾は、ペプチ
ド主鎖、アミノ酸側鎖、およびアミノまたはカルボキシル末端を含む、ポリペプ
チドのいかなる位置でなされてもよい。所与のポリペプチドのいくつかの部位で
、同じ型の修飾が、同程度または異なる程度で存在しうることは理解される。ま
た、所与のポリペプチドは多くの型の修飾を含むことができる。ユビキチン化の
結果、ポリペプチドが分枝してもよく、分枝を有するまたは有していない環状で
あってもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチドは、翻訳後の天然プロセ
スによって生じることもあり、または合成的方法によって調製することもできる
。修飾にはアセチル化、アシル化、ADP−リボシル化、アミド化、ビオチン化
、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド
誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトー
ルの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋
の形成、シスチンの形成、ピログルタミン酸塩の形成、ホルミル化、ガンマ−カ
ルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化
、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白質分解処理、リン酸化、プレニル化、
ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化などの蛋白質へのアミノ酸の転
移RNA仲介による付加、およびユビキチン化が含まれる(例えば、Prote
ins−Structure and Molecular Properti
es,2nd Ed.,T.E.Creighton,W.H.Freeman
and Company,New York,1993;Wold,F.,P
ost−translational Protein Modificati
ons:Perspectives and Prospects,1〜12,
in Post−translational Covalent Modif
ication of Proteins,B.C.Johnson,Ed.,
Academic Press,New York,1983;Seifter
et al.,「Analysis for protein modifi
cations and nonprotein cofactors」,Me
th Enzymol,182,626〜646,1990,およびRatta
n et al.,「Protein Synthesis:Post−tra
nslational Modifications and Aging」,
Ann NY Acad Sci,663,48〜62,1992)。
【0060】 ポリペプチド配列の「フラグメント」とは、基準配列よりも短いが、基準ポリ
ペプチドと基本的に同じ生物機能または活性を保持しているポリペプチド配列を
意味する。ポリヌクレオチド配列の「フラグメント」は、配列番号1の基準配列
よりも短いポリヌクレオチド配列を意味する。
【0061】 「変異体」とは、基準ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは異なるが、そ
の基本的性質を保持しているポリヌクレオチドまたはポリペプチドを意味する。
ポリヌクレオチドの典型的変異体は、基準ポリヌクレオチドとヌクレオチド配列
が異なっている。変異体のヌクレオチド配列の変化は、基準ポリヌクレオチドに
よってコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変えることもあれば、変えな
いこともある。ヌクレオチドの変化によって、後述するとおり、基準配列によっ
てコードされるポリペプチドのアミノ酸の置換、付加、欠失、融合および短縮が
起こることもある。ポリペプチドの典型的変異体は、基準ポリペプチドとアミノ
酸配列が異なっている。一般に、変化は限られており、基準ポリペプチドおよび
変異体の配列は全体として非常に類似しており、多くの領域で同等である。変異
体および基準ポリペプチドは、1つまたは複数の置換、挿入、欠失の任意の組合
せによってアミノ酸配列が異なっていてもよい。置換または挿入アミノ酸残基は
、遺伝暗号によってコードされるアミノ酸残基であってもよく、そうでなくても
よい。典型的な保存的置換には、Gly、Ala;Val、Ile、Leu;A
sp、Glu;Asn、Gln;Ser、Thr;Lys、Arg;ならびにP
heおよびTyrが含まれる。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変異体は
、対立遺伝子などの天然に生じるものでもよく、または天然に生じることが知ら
れていない変異体であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの非天
然変異体は、突然変異誘発法または直接的合成によって調製することができる。
同様に、変異体として含まれるものには、1つまたは複数の翻訳後修飾、例えば
、グリコシル化、リン酸化、メチル化、ADPリボシル化などを有するポリペプ
チドがある。本発明の実施形態は、N末端アミノ酸のメチル化、セリンおよびト
レオニンのリン酸化ならびにC末端グリシンの修飾を含まれる。
【0062】 「対立遺伝子」とは、ゲノムの所与の遺伝子座における遺伝子の複数の別の型
の1つを意味する。
【0063】 「多型」とは、集団内のゲノムの所与の位置におけるヌクレオチド配列(およ
び適切な場合にはコードされたポリペプチド配列)の変型を意味する。
【0064】 「一塩基多型」(SNP)とは、集団内のゲノムの1つのヌクレオチドの位置
でヌクレオチド変異性が出現することを意味する。SNPはゲノムの1つの遺伝
子内で起こることもあれば、遺伝子間領域で起こることもある。SNPは対立遺
伝子特異的増幅(ASA)を用いてアッセイすることができる。この方法のため
には、少なくとも3つのプライマーが必要とされる。共通プライマーはアッセイ
する多型に対する逆相補で用いる。この共通プライマーは多型塩基から50から
1500bpの間でありうる。他の2つ(またはそれ以上)のプライマーは、最
後の3’塩基がゆらいで、多型をなす対立遺伝子の2つ(またはそれ以上)のう
ちの1つにマッチする以外は、お互いに同等である。次いで、試料DNAに対し
て2回(またはそれ以上)のPCR反応を、それぞれ共通プライマーと対立遺伝
子特異的プライマーの1つを用いて実施する。
【0065】 本明細書において用いられる「スプライス変異体」とは、最初は同じゲノムD
NA配列から転写されたが、別のRNAスプライシングを受けたRNA分子から
生成したcDNAを意味する。別のRNAスプライシングは最初のRNA転写物
が、一般にはイントロンの除去のためにスプライシングを受けるときに起こり、
その結果、それぞれが異なるアミノ酸配列をコードしうる複数のmRNA分子を
生ずる。スプライス変異体なる用語は、前述のcDNA分子によってコードされ
る蛋白質も意味する。
【0066】 「同一性」とは、配列を比較することによって決められた、複数のポリペプチ
ド配列または複数のポリヌクレオチド配列の間の関係を表す。一般に、同一性と
は、比較する配列の全長にわたり、2つのポリヌクレオチドまたは2つのポリペ
プチド配列の、それぞれ厳密なヌクレオチド対ヌクレオチドまたはアミノ酸対ア
ミノ酸の対応を意味する。
【0067】 「同一性%」−厳密な対応がない配列について、「同一性%」を求めることが
できる。一般に、比較する2つの配列をアライメントし、配列間の最大の相関を
得る。この際、一方または両方の配列に「ギャップ」を挿入して、アライメント
の程度を高めることもできる。比較する各配列の全長にわたって同一性%を求め
ることもでき(いわゆる全体的アライメント)、これは長さが同じもしくは非常
に近い配列に特に適しており、または短い、規定の長さで求めることもでき(い
わゆる局所的アライメント)、これは長さが異なる配列に対しより適している。
【0068】 「類似性」は、2つのポリペプチド配列間の関係のさらに、より高度な尺度で
ある。一般に「類似性」とは、2つのポリペプチド鎖のアミノ酸の間で、比較す
る各配列からの残基対の間の厳密な対応(同一性と同じく)だけでなく、厳密な
対応がない場合に、進化に基づき、1つの残基が別のものに置換されているかど
うかをも考慮に入れて、残基ごとに比較することを意味する。この見込みには関
連する「スコア」がありそれから2つの配列の「類似性%」を求めることができ
る。
【0069】 複数の配列の同一性および類似性を比較する方法は、当技術分野においてよく
知られている。したがって、例えばWisconsin Sequence A
nalysis Package、version 9.1(Devereux
et al,Nucleic Acids Res,12,387〜395,
1984、Genetics Computer Group,米国ウィスコン
シン州マディソンから入手可能)で利用できるプログラム、例えばBESTFI
TおよびGAPなるプログラムを用いて2つのポリヌクレオチド間の同一性%や
、2つのポリペプチド配列間の同一性%および類似性%を求めることができる。
BESTFITはSmithおよびWaterman(J Mol Biol,
147,195〜197,1981、Advances in Applied
Mathematics,2,482〜489,1981)の「局所ホモロジ
ー」アルゴリズムを用いており、2つの配列の間の、類似度の最もよい一領域を
見つける。BESTFITは長さが異なる2つのポリヌクレオチドまたは2つの
ポリペプチド配列を比較するのにより適しており、このプログラムは短い方の配
列が長い方の一部であると仮定する。これに対して、GAPは2つの配列のアラ
イメントを行い、NeddlemanおよびWunschのアルゴリズム(J
Mol Biol,48,443〜453,1970)に従って「最大の類似性
」を見つける。GAPはほぼ同じ長さの配列を比較するのにより適しており、ア
ライメントは全長にわたって行われると考えられる。各プログラムで用いられる
パラメーター「ギャップウェイト(Gap Weight)」および「鎖長ウェ
イト(Length Weight)」はそれぞれ、ポリヌクレオチド配列では
50および3、ポリペプチド配列では12および4であることが好ましい。同一
性および類似性%は、比較する2つの配列が最適にアライメントされているとき
に求めることが好ましい。
【0070】 配列間の同一性および/または類似性を求めるための他のプログラムも当技術
分野において知られており、例えば、BLASTプログラムファミリー(Alt
schul S F et al,J Mol Biol,215,403〜4
10,1990、Altschul S F et al,Nucleic A
cids Res.,25:389〜3402,1997、米国バイオテクノロ
ジー情報センター(NCBI)、米国メリーランド州ベセズダから入手可能で、
NCBIのホームページwww.ncbi.nlm.nih.govでアクセス
可能)およびFASTA(Pearson W R, Methods in
Enzymology,183,63〜99,1990;Pearson W
R and Lipman D J,Proc Nat Acad Sci U
SA,85,2444〜2448,1998、Wisconsin Seque
nce Analysis Packageの一部として入手可能)がある。
【0071】 比較前にヌクレオチド配列をアミノ酸配列にまず翻訳する場合を含む、ポリペ
プチド配列の比較においては、BLOSUM62アミノ酸置換マトリクス(He
nikoff S and Henikoff J G,Proc.Nat.A
cad Sci.USA,89,10915〜10919,1992)を用いる
ことが好ましい。
【0072】 基準ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対してクエリーポリヌクレオ
チドまたはポリペプチド配列の同一性%を求めるために、プログラムBESTF
ITを用い、クエリーおよび基準配列は最適にアライメントされ、プログラムの
パラメーターは前述のとおり、デフォルト値に設定されていることが好ましい。
【0073】 「同一性指数」は、候補配列(ポリヌクレオチドまたはポリペプチド)と基準
配列とを比較するために用いることができる配列の関連性の尺度である。したが
って、例えば、基準ポリヌクレオチド配列と比較して、例えば0.95の同一性
指数を有する候補ポリヌクレオチド配列は、候補ポリヌクレオチド配列が基準配
列のそれぞれ100ヌクレオチドごとに平均で5つまでの相違を含みうるという
ことを除き、基準配列と同一である。そのような相違は少なくとも1つのヌクレ
オチド欠失、トランジションおよびトランスバージョンを含む置換、または挿入
からなる群より選択される。これらの相違は、基準ポリヌクレオチド配列の5’
もしくは3’末端位で、またはこれらの末端位の間のいかなる位置でも、基準配
列中のヌクレオチドの間で個々に散在して、または基準配列中の1つまたは複数
の隣接グループで起こりうる。すなわち、基準ポリヌクレオチド配列と比較して
0.95の同一性指数を有するポリヌクレオチド配列を得るためには、前述のと
おり、基準配列のヌクレオチド100個ごとに平均5個までが欠失、置換もしく
は挿入される、またはその任意の組合せが起きてもよい。同じことが同一性指数
の他の値、例えば0.96、0.97、0.98および0.99についても、必
要な変更を加えてあてはまる。
【0074】 同様に、ポリペプチドについては、基準ポリペプチド配列と比較して、例えば
0.95の同一性指数を有する候補ポリペプチド配列は、ポリペプチド配列が基
準配列のそれぞれ100アミノ酸ごとに平均で5つまでの相違を含みうるという
ことを除き、基準配列と同一である。そのような相違は少なくとも1個のアミノ
酸欠失、保存的および非保存的置換を含む置換、または挿入からなる群より選択
される。これらの相違は、基準ポリペプチド配列のアミノもしくはカルボキシ末
端位で、またはこれらの末端位の間のいかなる位置でも、基準配列中のアミノ酸
の間で個々に散在して、または基準配列中の1つまたは複数の隣接グループで起
こりうる。すなわち、基準ポリペプチド配列と比較して0.95の同一性指数を
有するポリペプチド配列を得るためには、前述のとおり、基準配列のアミノ酸1
00個ごとに平均5個までが欠失、置換もしくは挿入される、またはその任意の
組合せが起こってもよい。同じことが同一性指数の他の値、例えば0.96、0
.97、0.98および0.99についても、必要な変更を加えてあてはまる。
【0075】 ヌクレオチドまたはアミノ酸の相違の数と同一性指数との間の関係は下記の式
で表すことができる: na≦xa−(xa・I) 上式で、 naはヌクレオチドまたはアミノ酸の相違の数であり、 xaは配列番号1または配列番号2における、それぞれヌクレオチドまたはアミ
ノ酸の合計数であり、 Iは同一性指数であり、 ・は乗法演算子の記号であり、かつ 上式で、xaとIとの積が非整数となる場合にはいかなる値でも、xaから減ずる
前に最も近い整数に切り捨てる。
【0076】 「ホモログ」は、基準配列に対し高度の配列関連性を有するポリヌクレオチド
またはポリペプチド配列を示すために、当技術分野において用いられる総称であ
る。そのような関連性は、前述のとおり、2つの配列間の同一性および/または
類似性の程度を求めることによって定量することができる。「オルソログ」およ
び「パラログ」なる用語も、この総称の範囲内に入る。「オルソログ」とは、も
う1つの種のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの機能的等価物であるポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドを意味する。「パラログ」とは、同じ種内で機能
的に類似のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを意味する。
【0077】 「融合蛋白質」とは、2つの、無関係の融合遺伝子またはそのフラグメントに
よってコードされる蛋白質を意味する。例は米国特許第5541087号、米国
特許第5726044号に開示されている。Fc−Carp−2の場合、そのよ
うな融合蛋白質を治療に用いるときに、その薬物動態学的性質を改善し、かつ二
量体Carp−2を生成するために、融合蛋白質の一部として免疫グロブリンF
c領域を用いることは、Fc−Carp−2またはCarp−2のフラグメント
の機能的発現を実施する際に有利である。Fc−Carp−2のDNA構築物は
、5’から3’の方向に、分泌カセット、すなわち哺乳動物細胞からの輸送を引
き起こすシグナル配列、融合相手として、免疫グロブリンFc領域フラグメント
をコードするDNA、およびCarp−2またはそのフラグメントをコードする
DNAを含む。いくつかの使用において、機能的Fcサイドを突然変異させる一
方で、融合蛋白質の残りはそのまま残す、または発現後にFc部分を完全に欠失
することにより、固有の機能的性質(相補結合、Fc受容体結合)を変更できる
ことが望ましいであろう。
【0078】 特許および特許出願を含むが、これらに限定されることはない、本明細書にお
いて引用したすべての出版物および参照文献は、それぞれ個々の出版物または参
照文献について、具体的かつ個別に参考として本明細書に組み込むと示している
かのごとくに、その全体を参考として本明細書に組み込む。本出願がそれに対し
て優先権を主張する、いかなる特許出願も、出版物および参照文献について前述
した様式で、その全体を参考として本明細書に組み込む。
【0079】 さらなる実施例 実施例1 ノーザンブロット ヒト組織由来RNAにハイブリダイズしたCARP−2の放射性32P標識1
000bp遺伝子フラグメントを用いた、多組織ノーザンブロット(Clont
ech Laboratories Inc.米国カリフォルニア州パロアルト
)。mRNAサイズはおよそ2kbと推定されており、心臓および骨格筋で検出
された(図1)。
【0080】 実施例2 遺伝子発現分析 様々なヒト由来mRNA(MTE、Clontech Laboratori
es Inc.米国カリフォルニア州パロアルト)を、ナイロンメンブレン上に
スポットした。メンブレンをCARP−2の放射性32Pで標識した1000bp
遺伝子フラグメントとハイブリダイズさせた。ヒト由来の61の個々の試料(表
1)を試験した。放射能をスキャンし、スポットを定量した(すべての値は最高
値設定=100%に補正した)。心臓および骨格筋における発現に加えて、CA
RP−2は甲状腺でも検出された。心臓内では、CARP−2発現は心房よりも
心室でより顕著であることが判明し、高い発現が心室中隔および心尖でも見られ
た。
【図面の簡単な説明】
【図1】 CARP−2の発現パターンを示す表1である。様々なヒト組織および臓器に
おけるCARP−2ポリペプチドmRNAの発現分析を、実施例2に示すとおり
に実施した。
【図2】 ノーザンブロット分析を示す図1である。ヒト組織におけるヒトCARP−2
の発現を分析するために、ノーザンブロット(clontech)を実施した。
約2kbで、心臓および骨格筋において検出されているバンド。
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 1/19 C12N 1/21 4H045 1/21 C12P 21/02 C 5/10 G01N 33/15 Z C12P 21/02 33/50 Z G01N 33/15 33/53 D 33/50 33/543 545A 33/53 A61K 45/00 33/543 545 A61P 9/00 // A61K 45/00 43/00 105 A61P 9/00 C12N 15/00 ZNAA 43/00 105 5/00 A (71)出願人 Frankfurter Str. 250, D−64293 Darmstadt,Fed eral Republic of Ge rmany (72)発明者 クルクセン、 フランツ−ヴェルネル ドイツ連邦共和国 64367 ミュールタル バーンホフシュトラーセ 39 Fターム(参考) 2G045 AA40 DA36 FB03 FB07 4B024 AA01 AA11 BA80 CA01 CA07 GA11 HA15 4B064 AG01 CA19 CC24 DA01 DA13 4B065 AA90Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA07 AA17 NA14 ZA36 ZA38 ZA40 ZA42 ZC02 4H045 AA10 AA11 BA10 CA40 EA20 EA23 EA50 FA74

Claims (11)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 (a)配列番号1の配列を含むポリヌクレオチドによってコ
    ードされるポリペプチドと; (b)配列番号2のポリペプチド配列に対して少なくとも95%の同一性を有
    するポリペプチド配列を含むポリペプチドと; c)配列番号2のポリペプチド配列に対して少なくとも95%の同一性を有す
    るポリペプチドと; d)配列番号2のポリペプチド配列と; (e)(a)〜(d)におけるそのようなポリペプチドのフラグメントおよび
    変異体と からなる群より選択されるポリペプチド。
  2. 【請求項2】 配列番号2のポリペプチド配列を含む、請求項1に記載のポ
    リペプチド。
  3. 【請求項3】 配列番号2のポリペプチド配列である、請求項1に記載のポ
    リペプチド。
  4. 【請求項4】 (a)配列番号1のポリヌクレオチド配列に対して少なくと
    も95%の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドと; (b)配列番号1のポリヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有
    するポリヌクレオチドと; (c)配列番号2のポリペプチド配列に対して少なくとも95%の同一性を有
    するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチ
    ドと; (d)配列番号2のポリペプチド配列に対して少なくとも95%の同一性を有
    するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を有するポリヌクレオ
    チドと; (e)配列番号1の配列または少なくとも15ヌクレオチドを有するそのフラ
    グメントを有する標識プローブにより、ストリンジェントなハイブリダイゼーシ
    ョン条件下でライブラリをスクリーニングすることによって得られる、少なくと
    も100ヌクレオチドのヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドと; (f)(a)〜(e)のポリヌクレオチドのRNA等価物であるポリヌクレオ
    チドと; (g)(a)〜(f)のいずれかの前記ポリヌクレオチドに相補的なポリヌク
    レオチド配列と; (h)(a)〜(g)のいずれかのポリヌクレオチドの変異体またはフラグメ
    ントであるか、または前記のポリヌクレオチドに対してその全長にわたり相補的
    であるポリヌクレオチドと からなる群より選択されるポリヌクレオチド。
  5. 【請求項5】 (a)配列番号1のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチ
    ドと; (b)配列番号1のポリヌクレオチドと; (c)配列番号2のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含むポ
    リヌクレオチドと; (d)配列番号2のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドと からなる群より選択される、請求項4に記載のポリヌクレオチド。
  6. 【請求項6】 前記発現ベクターが適合する宿主細胞中に存在するときに、
    請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドを産生することができるポリヌク
    レオチドを含む発現系。
  7. 【請求項7】 請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドを発現する、
    請求項6に記載の発現ベクターを含む組換え宿主細胞またはその膜。
  8. 【請求項8】 請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドを産生する方
    法であって、請求項7に記載の宿主細胞を、前記ポリペプチドの産生に十分な条
    件下で培養する段階と、ポリペプチドを培地から回収する段階とを含む方法。
  9. 【請求項9】 免疫グロブリンFc領域と請求項1〜3のいずれかに記載の
    ポリペプチドとからなる融合蛋白質。
  10. 【請求項10】 請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドに対して免
    疫特異的な抗体。
  11. 【請求項11】 請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドの機能また
    はレベルを刺激または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング法であっ
    て、 (a)候補化合物の前記ポリペプチド(または前記ポリペプチドを発現する細
    胞もしくは膜)またはその融合蛋白質への結合を、候補化合物に直接または間接
    的に結合した標識によって、定量的または定性的に測定または検出すること; (b)標識競合物質存在下で、候補化合物の前記ポリペプチド(またはポリペ
    プチドを発現する細胞もしくは膜)またはその融合蛋白質への結合の競合を測定
    すること; (c)候補化合物が前記ポリペプチドの活性化または阻害によって発生するシ
    グナルを生じるかどうかを、前記ポリペプチドを発現する細胞または細胞膜に適
    当な検出システムを用いて試験すること; (d)候補化合物を請求項1〜3のいずれかに記載のポリペプチドを含む溶液
    と混合して混合物を調製し、混合物中の前記ポリペプチドの活性を測定し、かつ
    混合物の活性を、候補化合物を含まない対照混合物と比較すること;または (e)細胞中の前記ポリペプチドをコードするmRNAまたは前記ポリペプチ
    ドの産生に対する候補化合物の効果を、例えばELISAアッセイを用いて検出
    すること;および (f)生物工学的または化学的標準法に従って前記化合物を産生することと からなる群より選択される方法を含む方法。
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