CN116064841A - 一种与娄门鸭生长发育相关的snp位点及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及生物技术领域，具体公开了一种与娄门鸭生长发育相关的SNP位点及其应用，所述分子标记为一个G→C的单核苷酸多态性(SNP)突变，位于鸭3号染色体NC_040048.1的第100163925位点。该突变位点显著影响娄门鸭10周龄体重，其中CC基因型个体10周龄体重显著高于GG基因型个体；利用该位点实施分子标记辅助选择，能够提高娄门鸭体重的选育效率，加快肉鸭育种进程。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种与娄门鸭生长发育相关的SNP位点及其应用。
背景技术
娄门鸭是江苏省著名品种，以肉质优良而闻名，在兼用型麻鸭中属于生长较快的品种，其开发利用前景较大。苏州历史悠久的陆稿荐熟肉店的酱鸭、松鹤楼菜馆的卤鸭、昆山周市的爊鸭原来均选用苏州当地产的膘肥、体大、肉嫩、皮白的娄门鸭为原料。与国外白羽肉鸭相比，上市日龄时娄门鸭体型较小，产肉效率较低，因此需要重点对娄门鸭上市日龄体重这个重要指标进行精准选种选育，提高养殖效益。
目前常规育种方法就是通过系谱和表型计算育种值，根据育种值大小进行选种选配。这种方法在育种实践中有一定的效果，但当选育到一定阶段，遗传进展会逐渐降低，选育效果逐渐变差。目前随着分子生物学技术的发展，可以从基因组层面对个体进行基因分型，结合表型挖掘显著影响特定表型的分子标记。在育种中可以利用这些重要的分子标记，结合系谱和表型值进行分子标记辅助选择，提高选择效果。对于特定品种和特定性状，关键就是找到对表型具有重要影响且能够快速鉴定的分子标记。
因鉴于此，特提出此发明。
发明内容
本发明通过测定娄门鸭群体上市日龄(10周龄)的体重，并对每个个体采血、基因组重测序，通过GWAS方法找到与10周龄体重显著关联的分子标记，对该分子标记与表型进行统计分析，该位点不同基因型间体重差异显著。
本发明的第一方面，提供了一种与娄门鸭生长发育相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于娄门鸭NC_040048.1染色体上第100163925位点，该位点核苷酸碱基为C或G。
进一步的，所述SNP位点为与娄门鸭体重相关的位点。
优选的，所述SNP位点为与娄门鸭10周龄体重相关的位点。
本发明的第二方面，提供了一种鉴定所述SNP位点的引物对，特征在于，所述引物对为：
上游引物：GGGTCAGCTGTCCTTCTTTGT(SEQ ID NO:1)
下游引物：AGCTTGGGCACATCTGTCTG(SEQ ID NO:2)
本发明的第三方面，提供了所述SNP位点在娄门鸭品种选育中的应用。
优选的，所述娄门鸭品种选育为对娄门鸭核心群的选育。
优选的，所述体重为10周龄时的体重。
本发明的第四方面，提供了所述引物对在娄门鸭品种选育中的应用。
优选的，所述娄门鸭品种选育为对娄门鸭核心群的选育。
优选的，所述体重为10周龄时的体重。
本发明的第五方面，提供了一种评价娄门鸭品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测鸭基因组总DNA；
(2)以(1)的总DNA为模板，利用本发明第二方面所述的引物对分别进行PCR扩增；
(3)将PCR扩增产物测序，判定本发明第一方面所述SNP位点的基因型为CC、GC或GG。
所述CC基因型个体的体重显著高于GG基因型和GC基因型个体的体重，GC基因型个体的体重显著高于GG基因型个体的体重。
优选的，所述体重为10周龄时的体重。
本发明的第六方面，提供了本发明第五方面所述评价娄门鸭品种的方法在娄门鸭品种选育中的应用。
优选的，所述娄门鸭品种选育为娄门鸭核心群的选育。所述娄门鸭核心群为娄门鸭品种内参与选育与测定的优秀个体组成的群体。
本发明创造有如下有益效果：
本发明的研究利用全基因组关联分析首次发现娄门鸭NC_040048.1染色体上存在一个与肉鸭生长性状相关的SNP位点(G/C)，该位点显著影响娄门鸭10周龄体重，CC基因型表现为优势基因型。
因此，本发明提供一对上下游引物(SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2)，用于扩增该分子标记侧翼序列(SEQ ID NO:3)，通过该侧翼序列对分子标记进行基因分型，根据分型结果实施分子标记辅助选择，为选育或培育具有较快生长速度、较高产肉率的地方麻鸭品种提供可靠手段。
附图说明
图1为基因组关联分析的曼哈顿图，图中显示NC_040048.1染色体的一个位点与10周龄体重显著相关；
图2为扩增产物琼脂糖凝胶电泳图；
图3为3种基因型GG型、GC型和CC型峰形图。
具体实施方式
实施例1：SNP分子标记的鉴定
对10周龄娄门鸭500个体称重，并翅静脉采血后提取基因组DNA，利用Illumina公司的Hiseq X-Ten测序平台进行全基因组个体重测序，每个个体的测序深度为10×。下机数据经过质量控制后，采用BWA和GATK软件进行序列比对和基因型提取。结合10周龄体重和基因分型数据，利用rMVP软件进行混合线性模型的GWAS分析。结果如图1所示，3号染色体(NC_040048.1)第100163925位点(C到G突变)与娄门鸭10周龄体重显著相关，其中GG基因型体重为1783.44±27.59g，GC基因型体重为1840.77±18.95g，CC基因型体重为1936.25±19.46g，CC基因型体重显著高于GG基因型体重(P＜0.05)。GG基因型、GC基因型和CC基因型个体数分别为132、258和110，符合哈代-温伯格平衡定律(P值为0.4742)。
实施例2：用于鉴定NC_040048.1:100163925的核苷酸多态性的引物设计
根据实施例1的全基因组测序结果，设计用于鉴定鸭基因组上NC_040048.1:100163925位点的核苷酸多态性的引物，如下：
上游引物：GGGTCAGCTGTCCTTCTTTGT(SEQ ID NO:1)
下游引物：AGCTTGGGCACATCTGTCTG(SEQ ID NO:2)
扩增产物条带为：
GGGTCAGCTGTCCTTCTTTGTTATTTCTGAAATTATTTCTGAAATTATTT
CATATTTTCTTTTGGTTAGCATGTACATTTTTCTATATTTCTCAGAGCTGC
ATTAATAAAACTGCTGCTTGGATTTCTGCCTTGACATTCTTTATCTAAAT
CTTCTAAATCTTTAAATTGCCTAGTATACCAGTAAACCACTCAACTAATG
TAGGGGAAATTTTAGGTGGCATAAATCCAGTATATCCAGGTTCTGACAC
TTATCTGGCTCACATTCATCAAGGATGATGTGGAGAGTGTGGTCTTGCAGACAGATGTGCCCAAGCT(SEQ ID NO:3)
实施例3：对娄门鸭群体基因分型验证
试验材料：昆山娄门鸭保种场基因组重测序之外的群体(共600只鸭)
第一步，获得每只个体的基因型
1.测定600只鸭10周龄体重；
2.血液样品采集：用EDTA2K真空采血管对每只鸭翅静脉采血，-20℃保存备用；
3.全血基因组DNA提取；
4.基因型判定：取各待测鸭的基因组DNA作为模板，使用实施例2所设计的引物进行PCR扩增。扩增产物琼脂糖凝胶电泳图如2所示，其中左起第1-8泳道为PCR扩增产物，左起第9泳道为Marker(DL 2000)，图中可见条带大小约为300bp左右，与产物实际大小317bp相符。
得到的产物通过桑格测序法获得分子序列，得到如图3所示的3种基因型GG型、GC型和CC型的峰形图，判定每个个体的基因型。
第二步，SNP位点与表型关联分析验证
1.不同分型信息分组：根据序列信息查看突变位点的基因型情况，按照基因型分为GG基因型组、GC基因型组和CC基因型组，每组数量分别为182、303和115，该基因型分布符合哈代-温伯格平衡定律(P值为0.5568)。
2.GG基因型、GC基因型、CC基因型群体10周龄体重分别为1809.28±15.34g、1889.37±17.82g和2035.94±18.72g。对不同基因型组的10周龄体重进行方差分析，可知基因型差异与10周龄体重显著相关，其中CC基因型群体10周龄体重极显著高于GG基因型和GC基因型群体，而GC基因型群体10周龄体重也显著高于GG基因型群体，说明C等位基因是优异等位基因，能够显著提高娄门鸭10周龄体重。
Claims (10)
1.一种与娄门鸭生长发育相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于娄门鸭NC_040048.1染色体上第100163925位点，该位点核苷酸碱基为C或G。
2.根据权利要求1所述与娄门鸭生长发育相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点为与娄门鸭体重相关的位点。
3.根据权利要求2所述与娄门鸭生长发育相关的SNP位点，其特征在于，所述鸭体重为10周龄鸭体重。
4.一种鉴定权利要求1-3任一项所述SNP位点的引物对，其特征在于，其上游引物的序列如SEQ ID NO:1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO:2所示。
5.权利要求1-3任一项所述SNP位点在娄门鸭品种选育中的应用。
6.权利要求4所述引物对在娄门鸭品种选育中的应用。
7.一种评价娄门鸭品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测鸭基因组总DNA；
(2)以(1)的总DNA为模板，利用权利要求4所述引物对进行PCR扩增；
(3)将PCR扩增产物测序，判定待测鸭在如权利要求1-3任一项所述SNP位点的基因型为CC基因型、GC基因型或GG基因型。
8.根据权利要求7所述评价娄门鸭品种的方法，其特征在于，所述CC基因型个体的体重显著高于GG基因型和GC基因型个体的体重，GC基因型个体的体重显著高于GG基因型个体的体重。
9.权利要求7-8任一项所述评价娄门鸭品种的方法在娄门鸭品种选育中的应用。
10.根据权利要求9所述应用，其特征在于，所述娄门鸭品种选育为娄门鸭核心群的选育。
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| PB01 | Publication | ||
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| GR01 | Patent grant | ||
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