CN102892897B - 用于肺癌的微rna表达谱分析的组合物和方法 - Google Patents
用于肺癌的微rna表达谱分析的组合物和方法 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供鉴定展现出肺癌的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含编码miRNA序列的多种核酸分子。所述编码miRNA序列的核酸分子中的一或多种在靶细胞中及在一或多种对照细胞中差异表达。本发明还提供了使用所述微RNA来鉴定展现或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的方法,以及预防或治疗肺癌的方法和药物组合物。
Description
发明领域
本发明涉及用于肺癌(lungcancer)的微RNA(microRNA)表达谱分析的组合物和方法,特别是腺癌肺癌(adenocarcinomalungcancer)、鳞状细胞肺癌(squamouscelllungcancer)和小细胞肺癌(smallcelllungcancer)。
发明背景
肺癌依旧是世界范围内引起癌症相关死亡的最常见的原因之一。据估测2009年有140万例新发病例,平均年增长速度为2.51%(Frost&Sullivanestimates),且绝大多数2009年被诊断为肺癌的患者将死于肺癌(Higgins,M.J.etal.(2009)ExpertRevAnticancerTher9,1365-1378)。尽管近几十年来手术方式和相关治疗手段取得了一定的进步,但在欧美,各期患者总体的五年生存率仅约15%。
肺癌分为小细胞肺癌(smallcelllungcancer(SCLC))和非小细胞肺癌(non-smallcelllungcancer(NSCLC))。非小细胞肺癌是主要的组织学类型,占80%以上,包括腺癌和鳞状细胞癌。吸烟是肺癌最重要的危险因子,占全球男性病例的约80%,女性病例的50%。
针对肺癌不同亚型的治疗方式也各不相同。手术是早期NSCLC的治疗方式,总的五年生存率为40%。但大部分患者确诊时已处于中晚期,对这部分患者的一线治疗局限于多药化疗,估计生存时间也仅为8个月以下。近来靶向治疗的不断发展,要求对NSCLC进行更为精确的亚型分类。肿瘤血管生成抑制剂在鳞状细胞癌患者中极易引发副反应(Lebanoy,D.(2009)JClinOncol27,2030-2037)。小细胞肺癌是死亡率最高的肺癌类型,死亡率高达90%以上。尽管常可观察到高的最初反应率,局限期患者的中位生存率约为20个月。小细胞肺癌的治疗一般为化疗或者放化疗结合,而不选择手术治疗。
除了针对不同亚型不同病因的肺癌患者采取的治疗手段各异外,观察者之间判断上的偏差和特异性标准化试验的缺乏,限制了当前对患者进行准确的分类和选择合适的治疗。未来对单个肺癌患者的治疗选择将取决于具体的肿瘤和宿主特性。因此寻找特异的分子标记物来区分不同的肺癌亚型十分必要。
许多诊断试验由于只基于单一分子标记物,影响了结果的可靠性和精确性。此外,单一标记物往往不能具体预测潜伏期、肿瘤进展期等等。因此,依旧有必要寻找其他的分子标记物和试验方法来克服这些局限。
一种解决这一问题的方法可以基于小调节RNA分子,特别是微RNA(miRNA),它们是一类进化保守的内源表达的小的非编码RNA,大小为20-25个核苷酸(nt),可以介导靶mRNA的表达。自从它们在大约10年前被发现就被认为在细胞发育、分化、增殖和凋亡中有重要功能(Bartel,D.P.(2004)Cell116,281-297,Ambros,V.(2004)Nature431,350-355;He,L.etal.(2004)NatRevGenet5,522-531)。此外,作为肿瘤标记物,miRNA优于mRNA,因其在体外更稳定,在体内半衰期更长(Lu,J.etal.,(2005)Nature435,834-838;Lim,L.P.etal.,(2005)Nature433,769-773)。
miRNA是从初级转录物产生的,初级转录物被RNaseIIIDrosha加工为茎-环结构前体(pre-miRNA)。在转运到细胞质后,另一种称为Dicer的RNaseIII切割pre-miRNA发夹的环以形成短双链(ds)RNA,其中一条链作为成熟miRNA掺入miRNA-蛋白质(miRNP)中。miRNA指导miRNP到达它们的靶mRNA,在此它们发挥功能(Bartel,D.P.(2004)Cell23,281-292;He,L.andHannon,G.J.(2004)Nat.Rev.Genet.5,522-531)。
根据miRNA与其靶之间的互补性程度,miRNA可以指导不同的调节过程。与miRNA高度互补的靶mRNA通过与RNA干扰(RNAi)相同的机制被特异切割。因此,在这种情况中,miRNA的功能是作为短干扰RNA(siRNA)。与miRNA互补性较低的靶mRNA要么被指引进入细胞降解途径要么被翻译性阻遏而不影响mRNA水平。但是,miRNA如何阻遏它们的靶mRNA的翻译的机制尚有争论。
高通量的miRNA定量技术,如miRNA微阵列、基于实时RT-PCR的TaqManmiRNA测定,为研究肿瘤全基因组中的总miRNA表达谱提供了有力的工具。可获得的现有数据表明miRNA表达的调节异常(dysregulation)可能与某些类型癌症的发生和/或发展相关。例如,已表明两种miRNA,miR-15及miR-16-1定位在慢性淋巴性白血病(CLL)中缺失的遗传基因座上,并且发现在大约70%的CLL患者中,两种miRNA基因被缺失或下调。另外,在结肠直肠瘤形成中观察到miR-143及miR-145的下调,而miRNAlet-7的表达在肺癌中经常降低(Michael,M.Z.etal.(2003)Mol.CancerRes.1,882-891;Mayr,C.etal.(2007)Science315,1576-1579)。事实上,基于miRNA表达中的癌症相关改变和miRNA通常位于参与癌症的基因组区域的观察推测miRNA可能既作为抑癌基因也作为癌基因(Esquela-Kerscher,A.andSlack,F.J(2006)Nat.Rev.Cancer6,259-269;Calin,G.A.andCroce,C.M.(2007)J.Clin.Invest.117,2059-2066;Blenkiron,C.andMiska,E.A.(2007)Hum.Mol.Genet.16,R106-R113)。miRNA在人类癌症中异常表达谱的发现提示其有望成为有效的诊断和预后标记物。
若干研究已报道了人类肺癌中的miRNA表达谱分析(Johnson,S.M.etal.(2005)Cell120,635-647;Liang,Y.etal.(2008)BMCMedGenomics1,61;Kumar,M.S.etal.(2008)ProcNatlAcadSciUSA105,3903-3908;Miko,E.etal.(2009)ExpLungRes35,646-664;Xie,Yetal.(2009)LungCancerMay13;Lebanony,D.etal.(2009)JClinOncol27,2030-2037;Kauppinen,S.etal.(2009)ClinCancerRes15,1177-1183;Mascaux,C.etal.(2009)EurRespirJ33,352-359)。同样地,这些研究均显示与非恶性肺组织相比,特异性miRNA在恶性组织中异常表达。研究还发现一些miRNA与预后有关(Yu,S.L.etal.(2008)CancerCell13,48-57;Raponi,M.etal(2009)CancerRes69,5776-5783)。因此,这种miRNA可提供关于涉及恶性转化和进展的细胞过程的认识。
因此,仍需要(一组)诊断标记物,特别是“表达特征(expressionsignature)”或“分子足迹(molecularfootprint)”形式,以使得可以快速、可靠和便宜地鉴定和/或治疗显示或具有发生不同类型肺癌倾向的细胞。另外,还持续需要相应的方法以鉴定和治疗展示这种癌表型的靶细胞。
发明目的和发明概述
本发明的目的是提供通过确定多种核酸分子而诊断和/或治疗肺癌、和/或发生这种病症的倾向的新方法,每种所述核酸分子编码微RNA(miRNA)序列,其中与健康对照细胞相比,所述多种核酸分子的一或多种在所分析的靶细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或具有肺癌发生倾向的指征。
更具体地,本发明的目的是提供核酸表达特征和/或组合物,用于鉴定展现出或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞和/或区别不同类型的肺癌。肺癌的不同类型包括鳞状细胞癌、腺癌肺癌和小细胞肺癌。
另外,本发明的目的是提供相应的方法,以用于鉴定展现出或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞、区别不同类型的肺癌、以及用于预防或治疗这种病症。
这些及其它目的从以下描述将变得清楚,它们由独立权利要求的主题实现。本发明的一些优选实施方案由从属权利要求的主题限定。
在第一方面,本发明涉及用于鉴定展现出或具有发展肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞中和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或具有发展肺癌倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少82种核酸分子,优选至少13种核酸分子,特别优选至少7种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、has-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-218、hsa-miR-139-5p、has-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-425、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-106b、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、has-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-135b、hsa-miR-100、hsa-miR-223、has-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-1226*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-224、has-miR-125a-3p、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、has-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150、has-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215和hsa-miR-106a的核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码has-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、has-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-135b、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、has-miR-192、hsa-miR-215、hsa-miR-106a的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-218、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、has-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、has-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p和hsa-miR-150的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、has-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p和hsa-miR-218的核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-183、hsa-miR-96和hsa-miR-200c的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p和hsa-miR-218的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中hsa-miR-183的表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在第二方面,本发明涉及用于鉴定展现出或具有发展非小细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述非小细胞肺癌包括鳞状细胞癌和腺癌肺癌。所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在非小细胞肺癌或有非小细胞肺癌发生倾向的指征,包括鳞状细胞癌和腺癌肺癌。
本文限定的核酸表达特征可包括至少70种核酸分子,优选地至少14种核酸分子,特别优选地至少9种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、has-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、has-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-5338-3p、hsa-miR-130b、hsa-miR-144*、hsa-miR-425、hsa-miR-133b、has-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、has-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、has-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-135b、has-miR-100、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-30a*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、has-miR-99a、hsa-miR-335、hsa-miR-106b、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150、hsa-miR-205、hsa-miR-192和hsa-miR-215的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-98、hsa-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-135b、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-106b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、has-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-30a*、hsa-miR-99a、hsa-miR-335、has-miR-140-5p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p和has-miR-139-5p的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c的任意一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中hsa-miR-183的表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在第三方面,本发明涉及用于鉴定展现出或具有发展腺癌肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌或有腺癌肺癌发展倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少57种核酸分子,优选地至少13种核酸分子,特别优选地至少5种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-425、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、has-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-134、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-99a、hsa-miR-34a、hsa-miR-542-3p、hsa-miR-200a*、hsa-miR-375、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-224、hsa-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-141和hsa-miR-192的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-34a、hsa-miR-542-3p、hsa-miR-200a*、hsa-miR-375、hsa-miR-224、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-141、hsa-miR-192的任意一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、has-miR-134、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-99a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-195的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-144、has-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a和hsa-miR-625的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625的任一或多种核酸分子表达上,而编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-144、hsa-miR-451的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中hsa-miR-96的表达上调,而编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在第四方面,本发明涉及用于鉴定展现出或具有发展鳞状细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在鳞状细胞肺癌或有鳞状细胞肺癌发展倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少112种核酸分子,优选地至少16种核酸分子,特别优选地至少9种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、has-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143、hsa-miR-103、hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-425、hsa-miR-133b、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-106b、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、has-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-15b、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-1226*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、has-miR-29c*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-375、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-149、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-181a、hsa-miR-20a、has-miR-181c、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-505、hsa-miR-939、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-30c、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-625、has-miR-652、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-623、hsa-miR-221、hsa-miR-19a、hsa-miR-944、hsa-miR-335、hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-551b、hsa-let-7d*、hsa-miR-31*、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-30b*、hsa-miR-601、has-miR-20b、hsa-miR-202、hsa-miR-101、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、has-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150和hsa-miR-205的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-200c、hsa-miR-93、hsa-miR-103、hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、has-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、has-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-149、hsa-miR-20a、hsa-miR-505、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-28-5p、has-miR-221、hsa-miR-19a、hsa-miR-944、hsa-miR-31*、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、has-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-5miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-187*、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、has-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-29c*、hsa-miR-375、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-181a、hsa-miR-181c、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-939、hsa-miR-30c、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-652、hsa-miR-139-3p、has-miR-623、hsa-miR-335、hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-551b、hsa-let-7d*、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-30b*、hsa-miR-601、hsa-miR-202、hsa-miR-101、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、has-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143和hsa-miR-103的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-200c、hsa-miR-93、hsa-miR-103的任意一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、has-miR-143的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、has-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中hsa-miR-200c的表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p的任意一或多种核酸分子的表达下调。
在第五方面,本发明涉及用于鉴定展现或具有发展小细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在小细胞肺癌或有小细胞肺癌发展倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少116种核酸分子,优选地至少16种核酸分子,特别优选地至少11种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-144、has-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、hsa-miR-375、has-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-451、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、has-miR-30a、hsa-miR-17、hsa-miR-183、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-425、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、has-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-152、hsa-miR-301a、hsa-miR-100、hsa-miR-223、has-miR-196b、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-34a、hsa-miR-200a*、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、has-miR-768-5p、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-505、hsa-miR-939、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-19a、hsa-miR-551b、hsa-miR-362-5p、has-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-601、hsa-miR-20b、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、has-miR-199a-5p、hsa-let-7i、hsa-miR-19b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-17*、hsa-miR-22、has-miR-340*、hsa-miR-214、hsa-miR-592、hsa-miR-335*、hsa-miR-29c*、hsa-miR-421、hsa-miR-886-3p、hsa-miR-16-2*、hsa-miR-135a、hsa-miR-183*、hsa-miR-7-1*、has-miR-26b、hsa-miR-455-3p、hsa-miR-222、hsa-miR-95、hsa-miR-564、hsa-miR-636、has-miR-34b*、hsa-miR-18a、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p、has-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-128和hsa-miR-106a的任意一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、hsa-miR-17、hsa-miR-183、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-98、hsa-miR-200b*、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-505、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-19a、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-let-7i、has-miR-19b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-17*、hsa-miR-340*、hsa-miR-592、hsa-miR-335*、hsa-miR-421、hsa-miR-16-2*、hsa-miR-135a、hsa-miR-183*、hsa-miR-7-1*、hsa-miR-95、hsa-miR-18a、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-128和hsa-miR-106a的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145、hsa-miR-451、hsa-miR-30a、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、has-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-152、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-34a、hsa-miR-200a*、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-939、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-551b、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-601、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-214、hsa-miR-29c*、hsa-miR-886-3p、hsa-miR-26b、hsa-miR-455-3p、hsa-miR-222、hsa-miR-564、hsa-miR-636、hsa-miR-34b*、hsa-miR-126、hsa-5miR-126*、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-451、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、hsa-miR-30a、hsa-miR-17的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、hsa-miR-17的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145、hsa-miR-451、hsa-miR-30a的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a和hsa-miR-107的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a和hsa-miR-107的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145的任一或多种核酸分子的表达下调。
在第六方面,本发明涉及用于区别非小细胞肺癌和小细胞肺癌的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在非小细胞肺癌或小细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少17种核酸分子,优选地至少8种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-135a、hsa-miR-24、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-9、hsa-miR-34a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-335*、hsa-miR-152和hsa-miR-216b的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-135a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-34a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-152的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-592、hsa-miR-24、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-9、has-miR-335*、hsa-miR-216b的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-135a和hsa-miR-24的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-135a的任一或多种核酸分子表达上调而编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-592、hsa-miR-24的任一或多种核酸分子的表达下调。
在第七方面,本发明涉及用于将腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌或小细胞肺癌与其它两种区别开的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌或小细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少23种核酸分子,优选地至少7种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-34a、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-27a、hsa-miR-29b、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-145、hsa-miR-29c、hsa-miR-221、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-95、hsa-miR-24和hsa-miR-92a的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-34a、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-145、hsa-miR-29c的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-25、hsa-miR-93、hsa-miR-301a、hsa-miR-106b、hsa-miR-15b、has-miR-92a的任一或多种核酸分子的表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-205、hsa-miR-27a、hsa-miR-221的任一或多种核酸分子,与小细胞肺癌相比表达上调,与鳞状细胞肺癌相比表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-375的核酸分子,与鳞状细胞肺癌相比表达上调,与小细胞肺癌相比表达下调。与小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-24、hsa-miR-23a、hsa-miR-22、hsa-miR-199a-5p的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-592、hsa-miR-335、hsa-miR-95、hsa-miR-454的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-34a、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-27a、hsa-miR-29b的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-34a、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-25的核酸分子表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-205、hsa-miR-27a的任一或多种核酸分子,与小细胞肺癌相比表达上调,与鳞状细胞肺癌相比表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-375的核酸分子,与鳞状细胞肺癌相比表达上调,与小细胞肺癌相比表达下调。
在第八方面,本发明涉及用于区别腺癌肺癌和鳞状细胞肺癌的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌或鳞状细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少14种核酸分子,优选地至少8种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-497、hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-29c、hsa-miR-205、hsa-miR-375、hsa-miR-149、hsa-miR-29a、hsa-miR-1、hsa-miR-15b、hsa-miR-181c、hsa-miR-29b、hsa-miR-769-5p和hsa-miR-221的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-497、hsa-miR-29c、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-1、hsa-miR-181c、hsa-miR-29b的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-149、hsa-miR-15b、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-221的任一或多种核酸分子的表达下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-497、hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-29c、hsa-miR-205、hsa-miR-375、hsa-miR-149和hsa-miR-29a的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-497、hsa-miR-29c、hsa-miR-375、hsa-miR-29a的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-149的任一或多种核酸分子的表达下调。
在第九方面,本发明涉及一种鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种靶细胞的方法,所述方法包括:(a)在一或多种靶细胞中确定多种核酸分子的表达水平,每种核酸分子编码微RNA序列;(b)在一或多种健康对照细胞中确定所述多种核酸分子的表达水平;及(c)通过比较在步骤(a)和(b)中获得的各自表达水平而从所述多种核酸分子中鉴定在靶细胞和对照细胞中差异表达的一或多种核酸分子,其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表了本文限定的核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或有肺癌发生倾向的指征。
在本发明的更优选的实施方案中,所述方法进一步用于区别肺癌中的腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌。
在第十方面,本发明涉及一种预防或治疗肺癌的方法,所述方法包括:所述方法包括:(a)用本文限定的方法在一或多种靶细胞中鉴定核酸表达特征;和(b)在所述一或多种细胞中改变在所述核酸表达特征中所包含的编码微RNA序列的一或多种核酸分子的表达,所述改变以如下的方式进行,即其表达在所述一或多种靶细胞中被上调的核酸分子的表达被下调,而其表达在所述一或多种靶细胞中被下调的核酸分子的表达被上调。
在第十一方面,本发明涉及用于预防和/或治疗肺癌的药物组合物,所述组合物包含一或多种核酸分子,每种核酸分子编码序列,所述序列与本文限定的其表达在肺癌患者中被上调的核酸分子编码的微RNA序列至少部分互补,和/或所述序列对应于本文限定的其表达在肺癌患者中被下调的核酸分子编码的微RNA序列的序列。
最后,在第十二方面,本发明涉及所述药物组合物在制备用于预防和/或治疗肺癌的药物中的用途。
本发明的其它实施方案从以下详细描述中将变得明了。
附图简述
图1:描绘了流程图,示意性示出用于确定本发明的表达特征的关键方法步骤,所述表达特征用于鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种靶细胞。
图2:示出在正常肺组织和不同类别肺癌中差异表达的miRNA的一个非监督层次分类。该分类将大部分正常样本归为一组,大部分肺癌样本归为另一组。肺癌的不同类别,包括小细胞肺癌、鳞状细胞肺癌、腺癌肺癌,也清楚地彼此区分开来。
图3:示出本发明的第一方面中的前7个miRNA表达特征,用于鉴定显示肺癌的一或多种靶细胞。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与正常肺组织相比,在肺癌组织中的表达调节(即上调或下调)。
图4:示出本发明的第二方面中的前9个miRNA表达特征,用于鉴定显示非小细胞肺癌的一或多种靶细胞,包括鳞状细胞肺癌和腺癌肺癌。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与正常肺组织相比,在非小细胞肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
图5:示出本发明的第三方面中的前5个miRNA表达特征,用于鉴定显示腺癌肺癌的一或多种靶细胞。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与正常肺组织相比,在腺癌肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
图6:示出本发明的第四方面中的前9个miRNA表达特征,用于鉴定显示鳞状细胞肺癌的一或多种靶细胞。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与正常肺组织相比,在鳞状细胞肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
图7:示出本发明的第五方面中的前11个miRNA表达特征,用于鉴定显示小细胞肺癌的一或多种靶细胞。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与正常肺组织相比,在小细胞肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
图8:示出本发明的第六方面中的前8个miRNA表达特征,用于区别非小细胞肺癌(NSCLC)和小细胞肺癌(SCLC)。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与小细胞肺癌相比,在非小细胞肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
图9:示出基于不同类别肺癌中差异表达的miRNA的一个非监督层次分类,显示小细胞肺癌、鳞状细胞肺癌和腺癌肺癌,清楚地彼此区分开来。
图10:示出本发明的第八方面中的前8个miRNA表达特征,用于区别腺癌肺癌(AC)和鳞状细胞肺癌(SQ)。还示出该交叉验证分类的精确度,以及这些miRNA作为分类标记,与鳞状细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中的表达调节(即上调或下调)。
发明详细描述
本发明基于如下出乎意料的发现,即基于特定的miRNA表达特征,可以高精确性和灵敏性可靠地鉴定肺癌,并区分不同类型的肺癌,其中所述表达特征如本文定义典型地包括被上调和下调的人类miRNA。更特别地,所述miRNA表达特征—通过分析整体miRNA表达模式和/或各个miRNA表达水平—使得能检测早期疾病状态下的肺癌以及区分不同类型的肺癌。
本发明的以下例证可以在缺少本文中未具体揭示的任何一或多个元件、一或多种限制的条件下适当地实施。
本发明将根据特定的实施方案并参照附图加以描述,但是本发明不受其限制,仅受权利要求书限制。所描述的附图仅是示意性的,被认为是非限制性的。
当术语“包含”被用于本发明说明书和权利要求书中时,其不排除其它元件或步骤。为本发明目的,术语“由…组成”被认为是术语“包含”的优选实施方案。如果在下文中组被限定为包含至少一定数目的实施方案,这也被理解为揭示了优选地仅由这些实施方案组成的组。
当指代单数形式名词使用不定冠词或定冠词,例如“一个”或“一种”,“所述”时,包括该名词的复数形式,除非特别指出。
术语“大约”在本发明中是指本领域技术人员理解仍能保证目的特征的技术效果的精确性区间。该术语通常表示偏离指示值的±10%,优选±5%。
另外,术语第一、第二、第三、(a)、(b)、(c)等在说明书和权利要求书中用于区分类似的元件,不是描述顺序或时间次序必须的。应理解如此应用的术语在合适情况下可互换,并且本发明描述的实施方案能以不同于本文所述或例证的其它顺序操作。
术语的进一步定义在以下使用术语时给出。
以下术语或定义仅为了理解本发明而提供。这些定义不应被认为具有小于本领域技术人员理解的范围。
本发明的目的之一是提供通过确定多种核酸分子而诊断和/或治疗肺癌和/或发生这种病症的倾向的新方法,每种核酸分子编码一个微RNA(miRNA)序列,其中与健康对照细胞相比,所述多种核酸分子的一或多种在所分析的靶细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或有肺癌发生倾向的指征。
更具体地,本发明的目的之一是提供核酸表达特征和/或组合物,用于鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞和/或区别肺癌的不同类型。肺癌的不同类型包括鳞状细胞癌、腺癌和小细胞肺癌。
本文所用术语“癌症”(也称为“癌(carcinoma)”),通常指任何类型的恶性赘生物,即与未受影响的(健康)野生型对照细胞相比显示或具有发生癌特征倾向的靶细胞的任何形态学和/或生理学改变(基于遗传重编程(geneticre-programming))。这种改变的例子可涉及细胞大小和形状(变大或变小)、细胞增殖(细胞数增加)、细胞分化(生理学状态变化)、凋亡(程序性细胞死亡)或细胞存活。
本文所用术语“肺癌”是指肺组织中失控的细胞生长,或肺的癌性生长。
本文所用术语“肺癌的不同类型”包括腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌。
“腺癌肺癌”(“Adenocarcinomalungcancer”或“adenocarcinomalungcarcinoma”)是一种非小细胞肺癌。80%的肺癌是非小细胞肺癌,其中约50%是腺癌。肺的腺癌源起于肺的外周部位,可在确诊之前长时间内存在。最常见于女性的一种肺癌类型,且多见于非吸烟者。
“鳞状细胞肺癌”(“Squamouscelllungcancer”或“squamouscelllungcarcinoma”)是一种非小细胞肺癌。约30%的NSCLC是鳞状细胞肺癌。鳞状细胞肺癌通常源起于肺中央部位的支气管(大气道)。多数患者早期即出现症状,常见咯血(hemoptysis(coughingupblood))。
“小细胞肺癌”(“Smallcelllungcancer”或“smallcelllungcarcinoma”)被认为起源于组成支气管(气道)上皮的一部分(内衬)的神经内分泌细胞。SCLC约占所有肺癌病例的18%。SCLC具有强侵袭性。生长迅速,可经由血流到达肝脏、肺、骨和脑。诊断时往往已可在这些器官发现肿瘤。
本文所用术语“患者”是指至少被认为患有肺癌,或某种类型肺癌的人类。而术语“健康个体”或“健康对照”通常指代不具有该种癌性表型的健康人。但在一些应用中,例如比较肺癌的不同类别时,患有其他类别的肺癌的个体也通常被作为“对照”。
在本发明的体外方法中用于检测的样品通常应以临床可接受的方式收集,优选以保护核酸(特别是RNA)或蛋白质的方式收集。待分析的样品典型地来源于组织。另外,血液及其它类型样品也可以使用。样品,特别在最初加工之后可以合并。但是也可以使用未合并的样品。
本文所用术语“微RNA”(或“miRNA”)是其在本领域的普通含义(Bartel,D.P.(2004)Cell23,281-292;He,L.andHannon,G.J.(2004)Nat.Rev.Genet.5,522-531)。因此,“微RNA”是指衍生自基因组基因座的RNA分子,其从可以形成局部RNA前体miRNA结构的转录物加工而来。成熟miRNA通常长度为20、21、22、23、24或25个核苷酸,其它数目的核苷酸也可存在,例如18、19、26或27个核苷酸。
miRNA编码序列具有与侧翼基因组序列配对的潜力,将成熟miRNA置于非完全配对的RNA双链体之内(本文也称作茎-环或发夹结构或pre-miRNA),所述双链体作为从更长的前体转录物进行miRNA加工的中间体。这一加工典型地通过分别称为Drosha和Dicer的两种特异的内切核酸酶的连续作用而发生。Drosha从初级转录物(本文也称作“pri-miRNA”)产生典型地折叠成发夹或茎-环结构的miRNA前体(本文也称作“pre-miRNA”)。从这个miRNA前体,通过Dicer切割miRNA双链体,其在发夹或茎-环结构的一条臂包含成熟miRNA,在另一条臂包含类似大小的节段(通常称为miRNA*)。miRNA然后被导向其靶mRNA以发挥其功能,而miRNA*被降解。另外,miRNA典型地衍生自与预测的蛋白质编码区不同的基因组节段。
本文所用术语“miRNA前体”(或“前体miRNA”或“pre-miRNA”)是指从其加工成熟miRNA的miRNA初级转录物的部分。典型地,pre-miRNA折叠成稳定的发夹(即双链体)或茎-环结构。发夹结构典型地长度为50-80个核苷酸,优选60-70个核苷酸(计数miRNA残基,与miRNA配对的残基,及任何间插节段,但排除更远端的序列)。
本文所用术语“编码微RNA序列的核酸分子”是指编码微RNA(miRNA)的任何核酸分子。因此,该术语不仅指成熟miRNA,也指相应的如上所述的前体miRNA及初级miRNA转录物。另外,本发明不限于RNA分子,也包括相应的编码微RNA的DNA分子,例如通过逆转录miRNA序列产生的DNA分子。编码本发明的微RNA序列的核酸分子典型地编码单个miRNA序列(即个体miRNA)。但是,也可能这种核酸分子编码两个或多个miRNA序列(即两个或多个miRNA),例如一个转录单位包含在常用调节序列如启动子或转录终止子控制下的两个或多个miRNA序列。
本文所用术语“编码微RNA序列的核酸分子”也被理解为包括“有义核酸分子”(即核酸序列(5'→3')匹配或相应于所编码的miRNA(5'→3')序列的分子)及“反义核酸分子”(即核酸序列互补于所编码的miRNA(5'→3')序列或者换句话说匹配所编码的miRNA序列的反向互补序列(3'→5')的分子)。本文所用术语“互补”是指“反义”核酸分子序列与相应的“有义”核酸分子序列(具有互补于反义序列的序列)形成碱基对、优选Watson-Crick碱基对的能力。
在本发明范围内,两个核酸分子(即“有义”和“反义”分子)可以完全互补,即它们不含有任何碱基错配和/或额外的或缺失的核苷酸。或者,两个分子包含一或多个碱基错配或者在它们的核苷酸总数上不同(由于添加或缺失导致)。优选地,“互补”核酸分子包含与包含在相应的“有义”核酸分子中的序列显示完全互补性的至少10个连续核苷酸。
因此,包含在本发明的诊断试剂盒中的编码miRNA序列的多种核酸分子可包括一或多种“有义核酸分子”和/或一或多种“反义核酸分子”。有时,诊断试剂盒包括一或多种“有义核酸分子”(即miRNA序列本身),所述分子被认为组成了差异表达的miRNA(即分子标记)的全体或至少亚集合,所述差异表达的miRNA是存在或发生特定病症倾向的指征,本文是肺癌。另一方面,当诊断试剂盒包括一或多种“反义核酸分子”(即与miRNA序列互补的序列)时,所述分子可包含适合用于检测和/或定量给定样品中的一或多种特定(互补)miRNA序列的探针分子(用于进行杂交测定)和/或寡核苷酸引物(例如用于逆转录或PCR应用)。
在本发明中定义的多种核酸分子可以包含至少2种、至少10种、至少50种、至少100种、至少200种、至少500种、至少1000种、至少10000种或至少100000种核酸分子,每种分子编码一个miRNA序列。
本文所用术语“差异表达”是指特定miRNA在靶细胞中的表达水平相比于健康对照细胞是改变的,其可以是上调(即在靶细胞中miRNA浓度增加)或下调(即在靶细胞中miRNA浓度降低或消失)。换句话说,核酸分子在靶细胞中被激活至比在对照细胞中更高或更低的水平。
在本发明范围内,核酸分子被认为是差异表达的,如果该核酸分子在靶细胞和对照细胞中的相应表达水平典型地相差至少5%或至少10%,优选地至少20%或至少25%,最优选地至少30%或至少50%。因此,后者的值相应于给定核酸分子在靶细胞中的表达水平相比于对照细胞分别上调至少1.3倍或至少1.5倍,或者反之在靶细胞中的表达水平下调至少0.7倍或至少0.5倍。
本文所用术语“表达水平”是指特定的miRNA序列从其基因组基因座被转录的程度,即miRNA在一或多种被分析细胞中的浓度。
如上所述,术语“对照细胞”典型地是指收集自(健康)个体的不具有肺癌表型特征的细胞样本。但是,在一些应用中,例如比较肺癌的不同类别时,收集自其他类别的肺癌个体的细胞也通常被作为“对照细胞”。
表达水平的确定典型地遵循本领域熟知的已建立的标准程序(Sambrook,J.etal.(1989)MolecularCloning:ALaboratoryManual.2ndEd.,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY;Ausubel,F.M.etal.(2001)CurrentProtocolsinMolecularBiology.Wiley&Sons,Hoboken,NJ)。确定可以在RNA水平进行,例如使用miRNA特异性探针进行Northern印迹分析,或者在逆转录(及克隆)RNA群后例如通过定量PCR或实时PCR技术在DNA水平进行。本文所用术语“确定”包括分析编码上述微RNA序列的任何核酸分子。但是,由于pri-miRNA及pre-mRNA半寿期短,典型地仅测量成熟miRNA的浓度。
在特异的实施方案中,在给定样品的若干独立测量(例如两个、三个、五个或十个测量)和/或在一群靶细胞或对照细胞内的若干测量中获得的表达水平的标准值被用于分析。标准值可以用本领域已知的任何方法获得。例如,平均值±2SD(标准差)或平均值±3SD的范围可被用作标准值。
所获得的病变细胞和对照细胞的表达水平之间的差异可以归一化至进一步的对照核酸的表达水平,例如已知管家基因的表达水平不根据样本来源个体的疾病状态而不同。举例的管家基因包括β-肌动蛋白、甘油醛-3-磷酸脱氢酶和核糖体蛋白P1等。在优选的实施方案中,对照核酸是已知在样本来源个体的不同非癌和癌(前)状态中稳定表达的另一种miRNA。
但是,代替在任何实验中确定一或多种对照细胞的表达水平,也可以基于实验证据和/或现有技术数据定义针对特定细胞表型(即疾病状态)的一或多个截断值。在这种情况中,一或多种靶细胞的相应表达水平可以用用于归一化的稳定表达的对照miRNA确定。如果计算的“归一化”的表达水平高于相应定义的截断值,则这一发现是基因表达上调的指征。反之,如果计算的“归一化”的表达水平低于相应定义的截断值,则这一发现是基因表达下调的指征。
在本发明中,术语“鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞”也包括预测和可能性分析(“诊断”意义上)。本文公开的组合物和方法意在临床应用,以决定治疗形式,包括治疗性干预,诊断标准如疾病阶段,和疾病监控和疾病监视。根据本发明,可提供用于检查对象状态的中间结果。这种中间结果可与额外信息组合以帮助医生、护士或其它从业人员诊断出该对象患有该疾病。或者,本发明可用于从细胞样本中检测癌性改变,并提供有用信息给医生以进行诊断。另外,本发明还用于区别不同类型的肺癌。
在本发明中,所鉴定的一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌的指征。本文所用术语“表达特征”是指一组核酸分子(例如miRNA),其中各个核酸分子的表达水平在收集自肺癌患者的细胞和健康对照之间不同。本文中,核酸表达特征也指一组标记并代表最低数目的(不同)核酸分子,每种核酸分子编码能鉴定一个个体的表型状态的miRNA序列。
在第一方面,本发明涉及用于鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或有肺癌发生倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少82种核酸分子,优选地至少13种核酸分子,特别优选地至少7种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183(SEQIDNO:1)、hsa-miR-451(SEQIDNO:4)、hsa-miR-126(SEQIDNO:54)、hsa-miR-126*(SEQIDNO:55)、hsa-miR-30a(SEQIDNO:56)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-140-3p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-96(SEQIDNO:2)、hsa-miR-144(SEQIDNO:3)、hsa-miR-200c(SEQIDNO:5)、hsa-miR-486-5p(SEQIDNO:6)、hsa-miR-338-3p(SEQIDNO:7)、hsa-miR-218(SEQIDNO:57)、hsa-miR-139-5p(SEQIDNO:8)、hsa-miR-130b(SEQIDNO:9)、hsa-miR-30a*(SEQIDNO:10)、hsa-miR-144*(SEQIDNO:11)、hsa-miR-425(SEQIDNO:12)、hsa-miR-133b(SEQIDNO:13)、hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-182(SEQIDNO:15)、hsa-miR-187*(SEQIDNO:16)、hsa-miR-30b(SEQIDNO:17)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-145*(SEQIDNO:19)、hsa-miR-429(SEQIDNO:20)、hsa-miR-498(SEQIDNO:21)、hsa-miR-200a(SEQIDNO:22)、hsa-miR-625(SEQIDNO:23)、hsa-miR-130a(SEQIDNO:24)、hsa-miR-30c-2*(SEQIDNO:25)、hsa-miR-98(SEQIDNO:26)、hsa-miR-1(SEQIDNO:27)、hsa-miR-106b(SEQIDNO:28)、hsa-miR-150*(SEQIDNO:29)、hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-134(SEQIDNO:31)、hsa-miR-328(SEQIDNO:32)、hsa-miR-638(SEQIDNO:33)、has-miR-200b*(SEQIDNO:34)、hsa-miR-1225-5p(SEQIDNO:35)、hsa-miR-1224-5p(SEQIDNO:36)、hsa-miR-557(SEQIDNO:37)、hsa-miR-15b(SEQIDNO:38)、has-miR-454(SEQIDNO:39)、hsa-miR-301a(SEQIDNO:40)、hsa-miR-135b(SEQIDNO:41)、hsa-miR-100(SEQIDNO:42)、hsa-miR-223(SEQIDNO:43)、hsa-miR-196b(SEQIDNO:44)、hsa-miR-196a(SEQIDNO:45)、hsa-miR-1226*(SEQIDNO:46)、hsa-miR-424(SEQIDNO:47)、hsa-miR-21*(SEQIDNO:48)、hsa-miR-572(SEQIDNO:49)、hsa-miR-18b(SEQIDNO:50)、hsa-miR-18a(SEQIDNO:51)、hsa-miR-9*(SEQIDNO:52)、hsa-miR-301b(SEQIDNO:53)、hsa-miR-101(SEQIDNO:63)、has-miR-143(SEQIDNO:61)、hsa-miR-140-5p(SEQIDNO:62)、hsa-miR-30d(SEQIDNO:63)、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-199b-5p(SEQIDNO:65)、hsa-miR-224(SEQIDNO:66)、hsa-miR-125a-3p(SEQIDNO:67)、hsa-miR-9(SEQIDNO:68)、hsa-5miR-200b(SEQIDNO:69)、hsa-miR-195(SEQIDNO:70)、hsa-miR-210(SEQIDNO:71)、hsa-miR-7(SEQIDNO:72)、hsa-miR-21(SEQIDNO:73)、hsa-miR-17(SEQIDNO:74)、hsa-miR-128(SEQIDNO:75)、hsa-miR-141(SEQIDNO:76)、hsa-miR-142-5p(SEQIDNO:77)、hsa-miR-150(SEQIDNO:78)、hsa-miR-205(SEQIDNO:79)、hsa-miR-192(SEQIDNO:80)、hsa-miR-215(SEQIDNO:81)和hsa-miR-106a(SEQIDNO:82)的核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码has-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、has-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-135b、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215、hsa-miR-106a的核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-218、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、has-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、has-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p和hsa-miR-150的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表1。
表1
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-183 | uauggcacugguagaauucacu |
hsa-miR-96 | uuuggcacuagcacauuuuugcu |
hsa-miR-144 | uacaguauagaugauguacu |
hsa-miR-451 | aaaccguuaccauuacugaguu |
hsa-miR-200c | uaauacugccggguaaugaugga |
hsa-miR-486-5p | uccuguacugagcugccccgag |
hsa-miR-338-3p | uccagcaucagugauuuuguug |
hsa-miR-139-5p | ucuacagugcacgugucuccag |
hsa-miR-130b | cagugcaaugaugaaagggcau |
hsa-miR-30a* | cuuucagucggauguuugcagc |
hsa-miR-144* | ggauaucaucauauacuguaag |
hsa-miR-425 | aaugacacgaucacucccguuga |
hsa-miR-133b | uuugguccccuucaaccagcua |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-182 | uuuggcaaugguagaacucacacu |
hsa-miR-187* | ggcuacaacacaggacccgggc |
hsa-miR-30b | uguaaacauccuacacucagcu |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag |
hsa-miR-145* | ggauuccuggaaauacuguucu |
hsa-miR-429 | uaauacugucugguaaaaccgu |
hsa-miR-498 | uuucaagccagggggcguuuuuc |
hsa-miR-200a | uaacacugucugguaacgaugu |
hsa-miR-625 | agggggaaaguucuauagucc19 --> |
hsa-miR-130a | cagugcaauguuaaaagggcau |
hsa-miR-30c-2* | cugggagaaggcuguuuacuc |
hsa-miR-98 | ugagguaguaaguuguauuguu |
hsa-miR-1 | uggaauguaaagaaguauguau |
hsa-miR-106b | uaaagugcugacagugcagau |
hsa-miR-150* | cugguacaggccugggggacag |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-134 | ugugacugguugaccagagggg |
hsa-miR-328 | cuggcccucucugcccuuccgu |
hsa-miR-638 | agggaucgcgggcggguggcggccu |
hsa-miR-200b* | caucuuacugggcagcauugga |
hsa-miR-1225-5p | guggguacggcccagugggggg |
hsa-miR-1224-5p | gugaggacucgggaggugg |
hsa-miR-557 | guuugcacgggugggccuugucu |
hsa-miR-15b | uagcagcacaucaugguuuaca |
hsa-miR-454 | uagugcaauauugcuuauagggu |
hsa-miR-301a | cagugcaauaguauugucaaagc |
hsa-miR-135b | uauggcuuuucauuccuauguga |
hsa-miR-100 | aacccguagauccgaacuugug |
hsa-miR-223 | ugucaguuugucaaauacccca |
hsa-miR-196b | uagguaguuuccuguuguuggg |
hsa-miR-196a | uagguaguuucauguuguuggg |
hsa-miR-1226* | gugagggcaugcaggccuggaugggg |
hsa-miR-424 | cagcagcaauucauguuuugaa |
hsa-miR-21* | caacaccagucgaugggcugu |
hsa-miR-572 | guccgcucggcgguggccca |
hsa-miR-18b | uaaggugcaucuagugcaguuag |
hsa-miR-18a | uaaggugcaucuagugcagauag |
hsa-miR-9* | auaaagcuagauaaccgaaagu |
hsa-miR-301b | cagugcaaugauauugucaaagc |
hsa-miR-126 | ucguaccgugaguaauaaugcg |
hsa-miR-126* | cauuauuacuuuugguacgcg |
hsa-miR-30a | uguaaacauccucgacuggaag |
hsa-miR-218 | uugugcuugaucuaaccaugu |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-140-3p | uaccacaggguagaaccacgg |
hsa-miR-101 | uacaguacugugauaacugaa |
hsa-miR-143 | ugagaugaagcacuguagcuc20 --> |
hsa-miR-140-5p | cagugguuuuacccuaugguag |
hsa-miR-30d | uguaaacauccccgacuggaag |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-199b-5p | cccaguguuuagacuaucuguuc |
hsa-miR-224 | caagucacuagugguuccguu |
hsa-miR-125a-3p | acaggugagguucuugggagcc |
hsa-miR-9 | ucuuugguuaucuagcuguauga |
hsa-miR-200b | uaauacugccugguaaugauga |
hsa-miR-195 | uagcagcacagaaauauuggc |
hsa-miR-210 | cugugcgugugacagcggcuga |
hsa-miR-7 | uggaagacuagugauuuuguugu |
hsa-miR-21 | uagcuuaucagacugauguuga |
hsa-miR-17 | caaagugcuuacagugcagguag |
hsa-miR-128 | ucacagugaaccggucucuuu |
hsa-miR-141 | uaacacugucugguaaagaugg |
hsa-miR-142-5p | cauaaaguagaaagcacuacu |
hsa-miR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |
hsa-miR-205 | uccuucauuccaccggagucug |
hsa-miR-192 | cugaccuaugaauugacagcc |
hsa-miR-215 | augaccuaugaauugacagac |
hsa-miR-106a | aaaagugcuuacagugcagguag |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
本文所用术语“至少一种核酸分子”可涉及所述多种核酸分子的任何亚群,例如任一种、任两种、任三种、任四种、任五种、任六种、任七种、任八种、任九种、任十种等核酸分子,每种核酸分子均编码包含于所述核酸表达特征内的微RNA序列。
在第二方面,本发明涉及用于鉴定显示或具有发生非小细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,包括鳞状细胞癌和腺癌。所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在非小细胞肺癌或有非小细胞肺癌发生倾向的指征,包括鳞状细胞癌和腺癌。
本文限定的核酸表达特征可包括至少70种核酸分子,优选地至少14种核酸分子,特别优选地至少9种核酸分子。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-183(SEQIDNO:1)、hsa-miR-451、(SEQIDNO:4)、hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-126(SEQIDNO:54)、hsa-miR-126*(SEQIDNO:55)、hsa-miR-30a(SEQIDNO:56)、hsa-miR-218(SEQIDNO:57)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-140-3p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-96(SEQIDNO:2)、hsa-miR-144(SEQIDNO:3)、hsa-miR-200c(SEQIDNO:5)、hsa-miR-486-5p(SEQIDNO:6)、hsa-miR-139-5p(SEQIDNO:8)、hsa-miR-338-3p(SEQIDNO:7)、hsa-miR-130b(SEQIDNO:9)、hsa-miR-144*(SEQIDNO:11)、hsa-miR-425(SEQIDNO:12)、hsa-miR-133b(SEQIDNO:13)、hsa-miR-182(SEQIDNO:15)、hsa-miR-187*(SEQIDNO:16)、hsa-miR-30b(SEQIDNO:17)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-145*(SEQIDNO:19)、hsa-miR-429(SEQIDNO:20)、hsa-miR-498(SEQIDNO:21)、hsa-miR-200a(SEQIDNO:22)、hsa-miR-625(SEQIDNO:23)、hsa-miR-130a(SEQIDNO:24)、hsa-miR-30c-2*(SEQIDNO:25)、hsa-miR-98(SEQIDNO:26)、hsa-miR-1(SEQIDNO:27)、hsa-miR-150*(SEQIDNO:29)、hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-134(SEQIDNO:31)、hsa-miR-328(SEQIDNO:32)、hsa-miR-638(SEQIDNO:33)、hsa-miR-200b*(SEQIDNO:34)、hsa-miR-1225-5p(SEQIDNO:35)、hsa-miR-1224-5p(SEQIDNO:36)、hsa-miR-557(SEQIDNO:37)、hsa-miR-135b(SEQIDNO:41)、hsa-miR-100(SEQIDNO:42)、has-miR-424(SEQIDNO:47)、hsa-miR-21*(SEQIDNO:48)、hsa-miR-30a*(SEQIDNO:10)、hsa-miR-494(SEQIDNO:83)、hsa-miR-193b(SEQIDNO:84)、hsa-miR-99a(SEQIDNO:85)、hsa-miR-335(SEQIDNO:86)、hsa-miR-106b(SEQIDNO:28)、has-miR-140-5p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-101(SEQIDNO:60)、hsa-miR-143(SEQIDNO:61)、hsa-miR-30d(SEQIDNO:63)、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-224(SEQIDNO:66)、hsa-miR-9(SEQIDNO:68)、hsa-miR-200b(SEQIDNO:69)、has-miR-195(SEQIDNO:70)、hsa-miR-210(SEQIDNO:71)、hsa-miR-7(SEQIDNO:72)、hsa-miR-21(SEQIDNO:83)、hsa-miR-128(SEQIDNO:75)、hsa-miR-141(SEQIDNO:76)、hsa-miR-142-5p(SEQIDNO:77)、hsa-miR-150(SEQIDNO:78)、hsa-miR-205(SEQIDNO:79)、hsa-miR-192(SEQIDNO:80)和hsa-miR-215(SEQIDNO:215).的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-98、hsa-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-135b、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-106b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-30a*、hsa-miR-99a、hsa-miR-335、has-miR-140-5p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表2。
表2
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-183 | uauggcacugguagaauucacu |
hsa-miR-96 | uuuggcacuagcacauuuuugcu |
hsa-miR-144 | uacaguauagaugauguacu |
hsa-miR-451 | aaaccguuaccauuacugaguu |
hsa-miR-200c | uaauacugccggguaaugaugga |
hsa-miR-486-5p | uccuguacugagcugccccgag |
hsa-miR-139-5p | ucuacagugcacgugucuccag |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-338-3p | uccagcaucagugauuuuguug |
hsa-miR-130b | cagugcaaugaugaaagggcau |
hsa-miR-144* | ggauaucaucauauacuguaag |
hsa-miR-425 | aaugacacgaucacucccguuga |
hsa-miR-133b | uuugguccccuucaaccagcua |
hsa-miR-182 | uuuggcaaugguagaacucacacu |
hsa-miR-187* | ggcuacaacacaggacccgggc |
hsa-miR-30b | uguaaacauccuacacucagcu |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag |
hsa-miR-145* | ggauuccuggaaauacuguucu |
hsa-miR-429 | uaauacugucugguaaaaccgu |
hsa-miR-498 | uuucaagccagggggcguuuuuc |
hsa-miR-200a | uaacacugucugguaacgaugu |
hsa-miR-572 | guccgcucggcgguggccca |
hsa-miR-130a | cagugcaauguuaaaagggcau |
hsa-miR-30c-2* | cugggagaaggcuguuuacuc |
hsa-miR-98 | ugagguaguaaguuguauuguu |
hsa-miR-1 | uggaauguaaagaaguauguau |
hsa-miR-150* | cugguacaggccugggggacag |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-134 | ugugacugguugaccagagggg |
hsa-miR-328 | cuggcccucucugcccuuccgu |
hsa-miR-638 | agggaucgcgggcggguggcggccu |
hsa-miR-200b* | caucuuacugggcagcauugga |
hsa-miR-1225-5p | guggguacggcccagugggggg |
hsa-miR-1224-5p | gugaggacucgggaggugg |
hsa-miR-557 | guuugcacgggugggccuugucu |
hsa-miR-135b | uauggcuuuucauuccuauguga23 --> |
hsa-miR-100 | aacccguagauccgaacuugug |
hsa-miR-424 | cagcagcaauucauguuuugaa |
hsa-miR-21* | caacaccagucgaugggcugu |
hsa-miR-30a* | cuuucagucggauguuugcagc |
hsa-miR-494 | ugaaacauacacgggaaaccuc |
hsa-miR-193b | aacuggcccucaaagucccgcu |
hsa-miR-99a | aacccguagauccgaucuugug |
hsa-miR-335 | ucaagagcaauaacgaaaaaugu |
hsa-miR-126 | ucguaccgugaguaauaaugcg |
hsa-miR-126* | cauuauuacuuuugguacgcg |
hsa-miR-30a | uguaaacauccucgacuggaag |
hsa-miR-218 | uugugcuugaucuaaccaugu |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-140-3p | uaccacaggguagaaccacgg |
hsa-miR-106b | uaaagugcugacagugcagau |
hsa-miR-140-5p | cagugguuuuacccuaugguag |
hsa-miR-101 | uacaguacugugauaacugaa |
hsa-miR-143 | ugagaugaagcacuguagcuc |
hsa-miR-30d | uguaaacauccccgacuggaag |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-224 | caagucacuagugguuccguu |
hsa-miR-9 | ucuuugguuaucuagcuguauga |
hsa-miR-200b | uaauacugccugguaaugauga |
hsa-miR-195 | uagcagcacagaaauauuggc |
hsa-miR-210 | cugugcgugugacagcggcuga |
hsa-miR-7 | uggaagacuagugauuuuguugu |
hsa-miR-21 | uagcuuaucagacugauguuga |
hsa-miR-128 | ucacagugaaccggucucuuu |
hsa-miR-141 | uaacacugucugguaaagaugg |
hsa-miR-142-5p | cauaaaguagaaagcacuacu |
hsa-miR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |
hsa-miR-205 | uccuucauuccaccggagucug |
hsa-miR-192 | cugaccuaugaauugacagcc |
hsa-miR-215 | augaccuaugaauugacagac |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第三方面,本发明涉及用于鉴定显示或具有发生腺癌肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌或有腺癌肺癌发生倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少57种核酸分子,优选地至少13种核酸分子,特别优选地至少5种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96(SEQIDNO:2)、hsa-miR-126(SEQIDNO:54)、hsa-miR-126*(SEQIDNO:55)、hsa-miR-30a(SEQIDNO:56)、hsa-miR-218(SEQIDNO:57)、hsa-miR-21(SEQIDNO:73)、hsa-miR-183(SEQIDNO:1)、hsa-miR-144(SEQIDNO:3)、hsa-miR-451(SEQIDNO:4)、hsa-miR-200c(SEQIDNO:5)、hsa-miR-135b(SEQIDNO:41)、hsa-miR-148a(SEQIDNO:86)、hsa-miR-625(SEQIDNO:108)、hsa-miR-486-5p(SEQIDNO:6)、hsa-miR-338-3p(SEQIDNO:7)、hsa-miR-139-5p(SEQIDNO:8)、hsa-miR-130b(SEQIDNO:9)、has-miR-30a*(SEQIDNO:10)、hsa-miR-144*(SEQIDNO:11)、hsa-miR-425(SEQIDNO:12)、hsa-miR-133b(SEQIDNO:13)、hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-182(SEQIDNO:15)、hsa-miR-187*(SEQIDNO:16)、hsa-miR-30b(SEQIDNO:17)、has-miR-145*(SEQIDNO:19)、hsa-miR-429(SEQIDNO:20)、hsa-miR-498(SEQIDNO:21)、hsa-miR-200a(SEQIDNO:22)、hsa-miR-130a(SEQIDNO:24)、hsa-miR-30c-2*(SEQIDNO:25)、hsa-miR-134(SEQIDNO:31)、hsa-miR-638(SEQIDNO:33)、hsa-miR-200b*(SEQIDNO:34)、hsa-miR-1225-5p(SEQIDNO:35)、hsa-miR-557(SEQIDNO:37)、hsa-miR-100(SEQIDNO:42)、hsa-miR-223(SEQIDNO:43)、hsa-miR-424(SEQIDNO:47)、hsa-miR-21*(SEQIDNO:48)、hsa-miR-99a(SEQIDNO:85)、hsa-miR-34a(SEQIDNO:87)、hsa-miR-542-3p(SEQIDNO:88)、hsa-miR-200a*(SEQIDNO:89)、hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-140-3p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-101(SEQIDNO:60)、has-miR-143(SEQIDNO:61)、hsa-miR-140-5p(SEQIDNO:62)、hsa-miR-224(SEQIDNO:66)、hsa-miR-200b(SEQIDNO:69)、hsa-miR-195(SEQIDNO:70)、hsa-miR-210(SEQIDNO:71)、hsa-miR-7(SEQIDNO:72)、hsa-miR-141(SEQIDNO:76)和has-miR-192(SEQIDNO:80).的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-34a、hsa-miR-542-3p、hsa-miR-200a*、hsa-miR-375、hsa-miR-224、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-141、hsa-miR-192的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、has-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、has-miR-134、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-99a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-195的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表3。
表3
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-183 | uauggcacugguagaauucacu |
hsa-miR-96 | uuuggcacuagcacauuuuugcu |
hsa-miR-144 | uacaguauagaugauguacu |
hsa-miR-451 | aaaccguuaccauuacugaguu |
hsa-miR-200c | uaauacugccggguaaugaugga |
hsa-miR-135b | uauggcuuuucauuccuauguga |
hsa-miR-486-5p | uccuguacugagcugccccgag |
hsa-miR-338-3p | uccagcaucagugauuuuguug |
hsa-miR-139-5p | ucuacagugcacgugucuccag |
hsa-miR-130b | cagugcaaugaugaaagggcau |
hsa-miR-30a* | cuuucagucggauguuugcagc |
hsa-miR-144* | ggauaucaucauauacuguaag |
hsa-miR-425 | aaugacacgaucacucccguuga |
hsa-miR-133b | uuugguccccuucaaccagcua |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-182 | uuuggcaaugguagaacucacacu |
hsa-miR-187* | ggcuacaacacaggacccgggc |
hsa-miR-30b | uguaaacauccuacacucagcu |
hsa-miR-145* | ggauuccuggaaauacuguucu |
hsa-miR-429 | uaauacugucugguaaaaccgu |
hsa-miR-498 | uuucaagccagggggcguuuuuc |
hsa-miR-200a | uaacacugucugguaacgaugu |
hsa-miR-625 | agggggaaaguucuauagucc |
hsa-miR-130a | cagugcaauguuaaaagggcau |
hsa-miR-30c-2* | cugggagaaggcuguuuacuc |
hsa-miR-134 | ugugacugguugaccagagggg |
hsa-miR-638 | agggaucgcgggcggguggcggccu |
hsa-miR-200b* | caucuuacugggcagcauugga |
hsa-miR-1225-5p | guggguacggcccagugggggg |
hsa-miR-557 | guuugcacgggugggccuugucu |
hsa-miR-100 | aacccguagauccgaacuugug |
hsa-miR-223 | ugucaguuugucaaauacccca26 --> |
hsa-miR-424 | cagcagcaauucauguuuugaa |
hsa-miR-21* | caacaccagucgaugggcugu |
hsa-miR-99a | aacccguagauccgaucuugug |
hsa-miR-148a | ucagugcacuacagaacuuugu |
hsa-miR-34a | uggcagugucuuagcugguugu |
hsa-miR-542-3p | ugugacagauugauaacugaaa |
hsa-miR-200a* | caucuuaccggacagugcugga |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-126 | ucguaccgugaguaauaaugcg |
hsa-miR-126* | cauuauuacuuuugguacgcg |
hsa-miR-30a | uguaaacauccucgacuggaag |
hsa-miR-218 | uugugcuugaucuaaccaugu |
hsa-miR-21 | uagcuuaucagacugauguuga |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-140-3p | uaccacaggguagaaccacgg |
hsa-miR-101 | uacaguacugugauaacugaa |
hsa-miR-143 | ugagaugaagcacuguagcuc |
hsa-miR-140-5p | cagugguuuuacccuaugguag |
hsa-miR-224 | caagucacuagugguuccguu |
hsa-miR-200b | uaauacugccugguaaugauga |
hsa-miR-195 | uagcagcacagaaauauuggc |
hsa-miR-210 | cugugcgugugacagcggcuga |
hsa-miR-7 | uggaagacuagugauuuuguugu |
hsa-miR-141 | uaacacugucugguaaagaugg |
hsa-miR-192 | cugaccuaugaauugacagcc |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第四方面,本发明涉及用于鉴定显示或具有发生鳞状细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在鳞状细胞肺癌或有鳞状细胞肺癌发生倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少112种核酸分子,优选地至少16种核酸分子,特别优选地至少9种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-144(SEQIDNO:3)、hsa-miR-451(SEQIDNO:4)、hsa-miR-200c(SEQIDNO:5)、hsa-miR-486-5p(SEQIDNO:6)、hsa-miR-338-3p(SEQIDNO:7)、hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-218(SEQIDNO:57)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-140-3p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-30b(SEQIDNO:17)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-126(SEQIDNO:54)、hsa-miR-126*(SEQIDNO:55)、hsa-miR-30a(SEQIDNO:56)、hsa-miR-143(SEQIDNO:61)、hsa-miR-103(SEQIDNO:91)、hsa-miR-183(SEQIDNO:1)、has-miR-96(SEQIDNO:2)、hsa-miR-139-5p(SEQIDNO:8)、hsa-miR-130b(SEQIDNO:9)、hsa-miR-30a*(SEQIDNO:10)、hsa-miR-144*(SEQIDNO:11)、hsa-miR-425(SEQIDNO:12)、hsa-miR-133b(SEQIDNO:13)、hsa-miR-182(SEQIDNO:15)、has-miR-187*(SEQIDNO:16)、hsa-miR-145*(SEQIDNO:19)、hsa-miR-429(SEQIDNO:20)、hsa-miR-498(SEQIDNO:21)、hsa-miR-130a(SEQIDNO:24)、hsa-miR-30c-2*(SEQIDNO:25)、hsa-miR-98(SEQIDNO:26)、hsa-miR-1(SEQIDNO:27)、has-miR-106b(SEQIDNO:28)、hsa-miR-150*(SEQIDNO:29)、hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-134(SEQIDNO:31)、hsa-miR-328(SEQIDNO:32)、hsa-miR-638(SEQIDNO:33)、hsa-miR-1225-5p(SEQIDNO:35)、hsa-miR-1224-5p(SEQIDNO:36)、hsa-miR-557(SEQIDNO:37)、hsa-miR-15b(SEQIDNO:38)、hsa-miR-301a(SEQIDNO:40)、hsa-miR-196b(SEQIDNO:44)、hsa-miR-196a(SEQIDNO:45)、hsa-miR-1226*(SEQIDNO:46)、hsa-miR-424(SEQIDNO:47)、hsa-miR-21*(SEQIDNO:48)、hsa-miR-572(SEQIDNO:49)、hsa-miR-18b(SEQIDNO:50)、hsa-miR-18a(SEQIDNO:51)、hsa-miR-9*(SEQIDNO:52)、hsa-miR-301b(SEQIDNO:53)、hsa-miR-29c*(SEQIDNO:64)、hsa-miR-494(SEQIDNO:83)、hsa-miR-193b(SEQIDNO:84)、hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-26a(SEQIDNO:92)、hsa-miR-574-3p(SEQIDNO:93)、hsa-miR-151-3p(SEQIDNO:94)、hsa-miR-149(SEQIDNO:95)、hsa-miR-768-5p(SEQIDNO:96)、hsa-miR-181a(SEQIDNO:97)、hsa-miR-20a(SEQIDNO:98)、hsa-miR-181c(SEQIDNO:99)、hsa-miR-29a(SEQIDNO:100)、hsa-miR-29b(SEQIDNO:101)、hsa-miR-505(SEQIDNO:102)、hsa-miR-939(SEQIDNO:103)、hsa-miR-769-5p(SEQIDNO:104)、hsa-miR-30c(SEQIDNO:105)、has-miR-590-5p(SEQIDNO:106)、hsa-miR-671-5p(SEQIDNO:107)、hsa-miR-625(SEQIDNO:108)、hsa-miR-652(SEQIDNO:109)、hsa-miR-139-3p(SEQIDNO:110)、has-miR-28-5p(SEQIDNO:111)、hsa-miR-623(SEQIDNO:112)、hsa-miR-221(SEQIDNO:113)、hsa-miR-19a(SEQIDNO:114)、hsa-miR-944(SEQIDNO:115)、hsa-miR-335(SEQIDNO:116)、hsa-miR-125a-5p(SEQIDNO:117)、hsa-miR-551b(SEQIDNO:118)、hsa-let-7d*(SEQIDNO:119)、hsa-miR-31*(SEQIDNO:120)、hsa-miR-362-5p(SEQIDNO:121)、hsa-miR-181a*(SEQIDNO:122)、hsa-miR-940(SEQIDNO:123)、hsa-miR-30b*(SEQIDNO:124)、hsa-miR-601(SEQIDNO:125)、hsa-miR-20b(SEQIDNO:126)、hsa-miR-202(SEQIDNO:127)、hsa-miR-101(SEQIDNO:60)、hsa-miR-140-5p(SEQIDNO:62)、hsa-miR-30d(SEQIDNO:6)3、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-224(SEQIDNO:66)、hsa-miR-9(SEQIDNO:68)、hsa-miR-200b(SEQIDNO:69)、hsa-miR-195(SEQIDNO:70)、hsa-miR-210(SEQIDNO:71)、has-miR-7(SEQIDNO:72)、hsa-miR-21(SEQIDNO:73)、hsa-miR-17(SEQIDNO:74)、hsa-miR-128(SEQIDNO:75)、hsa-miR-141(SEQIDNO:76)、hsa-miR-142-5p(SEQIDNO:77)、hsa-miR-150(SEQIDNO:78)和hsa-miR-205(SEQIDNO:79)的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-200c、hsa-miR-93、hsa-miR-103、hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、has-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-149、hsa-miR-20a、hsa-miR-505、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-28-5p、has-miR-221、hsa-miR-19a、hsa-miR-944、hsa-miR-31*、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、has-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-187*、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、has-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-29c*、hsa-miR-375、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-181a、hsa-miR-181c、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-939、hsa-miR-530c、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-652、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-623、hsa-miR-335、hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-551b、hsa-let-7d*、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-30b*、hsa-miR-601、hsa-miR-202、hsa-miR-101、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表4。
表4
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-144 | uacaguauagaugauguacu |
hsa-miR-451 | aaaccguuaccauuacugaguu |
hsa-miR-200c | uaauacugccggguaaugaugga |
hsa-miR-486-5p | uccuguacugagcugccccgag |
hsa-miR-338-3p | uccagcaucagugauuuuguug |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-30b | uguaaacauccuacacucagcu |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag |
hsa-miR-103 | agcagcauuguacagggcuauga |
hsa-miR-183 | uauggcacugguagaauucacu |
hsa-miR-96 | uuuggcacuagcacauuuuugcu |
hsa-miR-139-5p | ucuacagugcacgugucuccag29 --> |
hsa-miR-130b | cagugcaaugaugaaagggcau |
hsa-miR-30a* | cuuucagucggauguuugcagc |
hsa-miR-144* | ggauaucaucauauacuguaag |
hsa-miR-425 | aaugacacgaucacucccguuga |
hsa-miR-133b | uuugguccccuucaaccagcua |
hsa-miR-182 | uuuggcaaugguagaacucacacu |
hsa-miR-187* | ggcuacaacacaggacccgggc |
hsa-miR-145* | ggauuccuggaaauacuguucu |
hsa-miR-429 | uaauacugucugguaaaaccgu |
hsa-miR-498 | uuucaagccagggggcguuuuuc |
hsa-miR-130a | cagugcaauguuaaaagggcau |
hsa-miR-30c-2* | cugggagaaggcuguuuacuc |
hsa-miR-98 | ugagguaguaaguuguauuguu |
hsa-miR-1 | uggaauguaaagaaguauguau |
hsa-miR-106b | uaaagugcugacagugcagau |
hsa-miR-150* | cugguacaggccugggggacag |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-134 | ugugacugguugaccagagggg |
hsa-miR-328 | cuggcccucucugcccuuccgu |
hsa-miR-638 | agggaucgcgggcggguggcggccu |
hsa-miR-1225-5p | guggguacggcccagugggggg |
hsa-miR-1224-5p | gugaggacucgggaggugg |
hsa-miR-557 | guuugcacgggugggccuugucu |
hsa-miR-15b | uagcagcacaucaugguuuaca |
hsa-miR-301a | cagugcaauaguauugucaaagc |
hsa-miR-196b | uagguaguuuccuguuguuggg |
hsa-miR-196a | uagguaguuucauguuguuggg |
hsa-miR-1226* | gugagggcaugcaggccuggaugggg |
hsa-miR-424 | cagcagcaauucauguuuugaa |
hsa-miR-21* | caacaccagucgaugggcugu |
hsa-miR-572 | guccgcucggcgguggccca |
hsa-miR-18b | uaaggugcaucuagugcaguuag |
hsa-miR-18a | uaaggugcaucuagugcagauag |
hsa-miR-9* | auaaagcuagauaaccgaaagu |
hsa-miR-301b | cagugcaaugauauugucaaagc |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-494 | ugaaacauacacgggaaaccuc |
hsa-miR-193b | aacuggcccucaaagucccgcu30 --> |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-26a | uucaaguaauccaggauaggcu |
hsa-miR-574-3p | cacgcucaugcacacacccaca |
hsa-miR-151-3p | cuagacugaagcuccuugagg |
hsa-miR-149 | ucuggcuccgugucuucacuccc |
hsa-miR-768-5p | Bad entry! |
hsa-miR-181a | aacauucaacgcugucggugagu |
hsa-miR-20a | uaaagugcuuauagugcagguag |
hsa-miR-181c | aacauucaaccugucggugagu |
hsa-miR-29a | uagcaccaucugaaaucgguua |
hsa-miR-29b | uagcaccauuugaaaucaguguu |
hsa-miR-505 | cgucaacacuugcugguuuccu |
hsa-miR-939 | uggggagcugaggcucugggggug |
hsa-miR-769-5p | ugagaccucuggguucugagcu |
hsa-miR-30c | uguaaacauccuacacucucagc |
hsa-miR-590-5p | gagcuuauucauaaaagugcag |
hsa-miR-671-5p | aggaagcccuggaggggcuggag |
hsa-miR-625 | agggggaaaguucuauagucc |
hsa-miR-652 | aauggcgccacuaggguugug |
hsa-miR-139-3p | ggagacgcggcccuguuggagu |
hsa-miR-28-5p | aaggagcucacagucuauugag |
hsa-miR-623 | aucccuugcaggggcuguugggu |
hsa-miR-221 | agcuacauugucugcuggguuuc |
hsa-miR-19a | ugugcaaaucuaugcaaaacuga |
hsa-miR-944 | aaauuauuguacaucggaugag |
hsa-miR-335 | ucaagagcaauaacgaaaaaugu |
hsa-miR-125a-5p | ucccugagacccuuuaaccuguga |
hsa-miR-551b | gcgacccauacuugguuucag |
hsa-let-7d* | cuauacgaccugcugccuuucu |
hsa-miR-31* | ugcuaugccaacauauugccau |
hsa-miR-362-5p | aauccuuggaaccuaggugugagu |
hsa-miR-181a* | accaucgaccguugauuguacc |
hsa-miR-940 | aaggcagggcccccgcucccc |
hsa-miR-30b* | cugggagguggauguuuacuuc |
hsa-miR-601 | uggucuaggauuguuggaggag |
hsa-miR-20b | caaagugcucauagugcagguag |
hsa-miR-202 | agagguauagggcaugggaa |
hsa-miR-218 | uugugcuugaucuaaccaugu31 --> |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-140-3p | uaccacaggguagaaccacgg |
hsa-miR-126 | ucguaccgugaguaauaaugcg |
hsa-miR-126* | cauuauuacuuuugguacgcg |
hsa-miR-30a | uguaaacauccucgacuggaag |
hsa-miR-143 | ugagaugaagcacuguagcuc |
hsa-miR-101 | uacaguacugugauaacugaa |
hsa-miR-140-5p | cagugguuuuacccuaugguag |
hsa-miR-30d | uguaaacauccccgacuggaag |
hsa-miR-224 | caagucacuagugguuccguu |
hsa-miR-9 | ucuuugguuaucuagcuguauga |
hsa-miR-200b | uaauacugccugguaaugauga |
hsa-miR-195 | uagcagcacagaaauauuggc |
hsa-miR-210 | cugugcgugugacagcggcuga |
hsa-miR-7 | uggaagacuagugauuuuguugu |
hsa-miR-21 | uagcuuaucagacugauguuga |
hsa-miR-17 | caaagugcuuacagugcagguag |
hsa-miR-128 | ucacagugaaccggucucuuu |
hsa-miR-141 | uaacacugucugguaaagaugg |
hsa-miR-142-5p | cauaaaguagaaagcacuacu |
hsa-miR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |
hsa-miR-205 | uccuucauuccaccggagucug |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第五方面,本发明涉及用于鉴定显示或具有发生小细胞肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在小细胞肺癌或有小细胞肺癌发生倾向的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少116种核酸分子,优选地至少16种核酸分子,特别优选地至少11种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-96(SEQIDNO:2)、hsa-miR-144(SEQIDNO:3)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-106b(SEQIDNO:28)、hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-15b(SEQIDNO:38)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-103(SEQIDNO:91)、hsa-miR-20a(SEQIDNO:98)、hsa-miR-107(SEQIDNO:129)、hsa-miR-451(SEQIDNO:4)、hsa-miR-130b(SEQIDNO:7)、hsa-miR-454(SEQIDNO:39)、hsa-miR-30a(SEQIDNO:56)、hsa-miR-17(SEQIDNO:74)、hsa-miR-183(SEQIDNO:1)、hsa-miR-486-5p(SEQIDNO:6)、hsa-miR-338-3p(SEQIDNO:7)、hsa-miR-139-5p(SEQIDNO:8)、hsa-miR-30a*(SEQIDNO:10)、hsa-miR-144*(SEQIDNO:11)、hsa-miR-425(SEQIDNO:12)、hsa-miR-133b(SEQIDNO:13)、hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-182(SEQIDNO:15)、hsa-miR-187*(SEQIDNO:16)、hsa-miR-30b(SEQIDNO:17)、hsa-miR-145*(SEQIDNO:19)、hsa-miR-429(SEQIDNO:20)、hsa-miR-498(SEQIDNO:21)、hsa-miR-200a(SEQIDNO:22)、hsa-miR-130a(SEQIDNO:24)、hsa-miR-30c-2*(SEQIDNO:25)、hsa-miR-98(SEQIDNO:26)、hsa-miR-1(SEQIDNO:27)、hsa-miR-150*(SEQIDNO:29)、hsa-miR-134(SEQIDNO:31)、hsa-miR-328(SEQIDNO:32)、hsa-miR-638(SEQIDNO:33)、hsa-miR-200b*(SEQIDNO:34)、hsa-miR-1225-5p(SEQIDNO:35)、hsa-miR-1224-5p(SEQIDNO:36)、hsa-miR-557(SEQIDNO:37)、hsa-miR-152(SEQIDNO:38)、hsa-miR-301a、(SEQIDNO:40)、hsa-miR-100(SEQIDNO:42)、hsa-miR-223(SEQIDNO:43)、hsa-miR-196b(SEQIDNO:44)、hsa-miR-1226*(SEQIDNO:46)、hsa-miR-572(SEQIDNO:49)、hsa-miR-18b(SEQIDNO:50)、hsa-miR-9*(SEQIDNO:52)、hsa-miR-301b(SEQIDNO:53)、hsa-miR-199b-3p(SEQIDNO:65)、hsa-miR-34a(SEQIDNO:87)、hsa-miR-200a*(SEQIDNO:89)、hsa-miR-26a(SEQIDNO:92)、hsa-miR-574-3p(SEQIDNO:93)、hsa-miR-768-5p(SEQIDNO:96)、hsa-miR-29a(SEQIDNO:100)、hsa-miR-29b(SEQIDNO:101)、hsa-miR-505(SEQIDNO:102)、hsa-miR-939(SEQIDNO:103)、hsa-miR-769-5p(SEQIDNO:104)、hsa-miR-625(SEQIDNO:108)、hsa-miR-139-3p(SEQIDNO:110)、hsa-miR-19a(SEQIDNO:114)、hsa-miR-551b(SEQIDNO:118)、has-miR-362-5p(SEQIDNO:121)、hsa-miR-181a*(SEQIDNO:122)、hsa-miR-940(SEQIDNO:123)、hsa-miR-601(SEQIDNO:125)、hsa-miR-20b(SEQIDNO:126)、has-miR-23a(SEQIDNO:130)、hsa-miR-27a(SEQIDNO:131)、hsa-miR-199a-5p(SEQIDNO:132)、hsa-let-7i(SEQIDNO:133)、hsa-miR-19b(SEQIDNO:134)、hsa-miR-20a*(SEQIDNO:135)、hsa-miR-17*(SEQIDNO:136)、hsa-miR-22(SEQIDNO:137)、hsa-miR-340*(SEQIDNO:138)、hsa-miR-214(SEQIDNO:139)、hsa-miR-592(SEQIDNO:140)、hsa-miR-335*(SEQIDNO:141)、hsa-miR-29c*(SEQIDNO:142)、hsa-miR-421(SEQIDNO:143)、hsa-miR-886-3p(SEQIDNO:144)、hsa-miR-16-2*(SEQIDNO:145)、hsa-miR-135a(SEQIDNO:146)、hsa-miR-183*(SEQIDNO:147)、hsa-miR-7-1*(SEQIDNO:148)、hsa-miR-26b(SEQIDNO:149)、has-miR-455-3p(SEQIDNO:150)、hsa-miR-222(SEQIDNO:151)、hsa-miR-95(SEQIDNO:152)、hsa-miR-564(SEQIDNO:153)、hsa-miR-636(SEQIDNO:154)、hsa-miR-34b*(SEQIDNO:155)、hsa-miR-18a(SEQIDNO:51)、hsa-miR-126(SEQIDNO:54)、hsa-miR-126*(SEQIDNO:55)、hsa-miR-140-3p(SEQIDNO:59)、hsa-miR-101(SEQIDNO:60)、hsa-miR-143(SEQIDNO:61)、hsa-miR-140-5p(SEQIDNO:62)、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-199b-5p(SEQIDNO:65)、hsa-miR-125a-3p(SEQIDNO:67)、hsa-miR-9(SEQIDNO:68)、hsa-miR-200b(SEQIDNO:69)、hsa-miR-210(SEQIDNO:71)、hsa-miR-7(SEQIDNO:72)、hsa-miR-128(SEQIDNO:75)和hsa-miR-106a(SEQIDNO:82)的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、hsa-miR-17、hsa-miR-183、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-98、hsa-miR-200b*、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-505、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-19a、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-let-7i、has-miR-19b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-17*、hsa-miR-340*、hsa-miR-592、hsa-miR-335*、hsa-miR-421、hsa-miR-16-2*、hsa-miR-135a、hsa-miR-183*、hsa-miR-7-1*、hsa-miR-95、hsa-miR-18a、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-128和hsa-miR-106a的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145、hsa-miR-451、hsa-miR-30a、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、has-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-152、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-34a、hsa-miR-200a*、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-939、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-551b、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-601、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-214、hsa-miR-29c*、hsa-miR-886-3p、hsa-miR-26b、hsa-miR-455-3p、hsa-miR-222、hsa-miR-564、hsa-miR-636、hsa-miR-34b*、hsa-miR-126、hsa-5miR-126*、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表5。
表5
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-96 | uuuggcacuagcacauuuuugcu |
hsa-miR-144 | uacaguauagaugauguacu |
hsa-miR-451 | aaaccguuaccauuacugaguu |
hsa-miR-130b | cagugcaaugaugaaagggcau |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-15b | uagcagcacaucaugguuuaca |
hsa-miR-454 | uagugcaauauugcuuauagggu |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-103 | agcagcauuguacagggcuauga |
hsa-miR-107 | agcagcauuguacagggcuauca |
hsa-miR-183 | uauggcacugguagaauucacu34 --> |
hsa-miR-486-5p | uccuguacugagcugccccgag |
hsa-miR-338-3p | uccagcaucagugauuuuguug |
hsa-miR-139-5p | ucuacagugcacgugucuccag |
hsa-miR-30a* | cuuucagucggauguuugcagc |
hsa-miR-144* | ggauaucaucauauacuguaag |
hsa-miR-425 | aaugacacgaucacucccguuga |
hsa-miR-133b | uuugguccccuucaaccagcua |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-182 | u uuggcaaugguagaacucacacu |
hsa-miR-187* | ggcuacaacacaggacccgggc |
hsa-miR-30b | uguaaacauccuacacucagcu |
hsa-miR-145* | ggauuccuggaaauacuguucu |
hsa-miR-429 | uaauacugucugguaaaaccgu |
hsa-miR-498 | uuucaagccagggggcguuuuuc |
hsa-miR-200a | uaacacugucugguaacgaugu |
hsa-miR-130a | cagugcaauguuaaaagggcau |
hsa-miR-30c-2* | cugggagaaggcuguuuacuc |
hsa-miR-98 | ugagguaguaaguuguauuguu |
hsa-miR-1 | uggaauguaaagaaguauguau |
hsa-miR-150* | cugguacaggccugggggacag |
hsa-miR-134 | ugugacugguugaccagagggg |
hsa-miR-328 | cuggcccucucugcccuuccgu |
hsa-miR-638 | agggaucgcgggcggguggcggccu |
hsa-miR-200b* | caucuuacugggcagcauugga |
hsa-miR-1225-5p | guggguacggcccagugggggg |
hsa-miR-1224-5p | gugaggacucgggaggugg |
hsa-miR-557 | guuugcacgggugggccuugucu |
hsa-miR-152 | ucagugcaugacagaacuugg |
hsa-miR-301a | cagugcaauaguauugucaaagc |
hsa-miR-100 | aacccguagauccgaacuugug |
hsa-miR-223 | ugucaguuugucaaauacccca |
hsa-miR-196b | uagguaguuuccuguuguuggg |
hsa-miR-1226* | gugagggcaugcaggccuggaugggg |
hsa-miR-572 | guccgcucggcgguggccca |
hsa-miR-18b | uaaggugcaucuagugcaguuag |
hsa-miR-9* | auaaagcuagauaaccgaaagu |
hsa-miR-301b | cagugcaaugauauugucaaagc |
hsa-miR-199b-3p | cccaguguuuagacuaucuguuc |
hsa-miR-34a | uggcagugucuuagcugguugu |
hsa-miR-200a* | caucuuaccggacagugcugga |
hsa-miR-26a | uucaaguaauccaggauaggcu |
hsa-miR-574-3p | cacgcucaugcacacacccaca |
hsa-miR-768-5p | Bad entry |
hsa-miR-29a | uagcaccaucugaaaucgguua |
hsa-miR-29b | uagcaccauuugaaaucaguguu |
hsa-miR-505 | cgucaacacuugcugguuuccu |
hsa-miR-939 | uggggagcugaggcucugggggug |
hsa-miR-769-5p | ugagaccucuggguucugagcu |
hsa-miR-625 | agggggaaaguucuauagucc |
hsa-miR-139-3p | ggagacgcggcccuguuggagu |
hsa-miR-19a | ugugcaaaucuaugcaaaacuga |
hsa-miR-551b | gcgacccauacuugguuucag |
hsa-miR-362-5p | aauccuuggaaccuaggugugagu |
hsa-miR-181a* | accaucgaccguugauuguacc |
hsa-miR-940 | aaggcagggcccccgcucccc |
hsa-miR-601 | uggucuaggauuguuggaggag |
hsa-miR-20b | caaagugcucauagugcagguag |
hsa-miR-23a | aucacauugccagggau uucc |
hsa-miR-27a | uucacaguggcuaaguuccgc |
hsa-miR-199a-5p | cccaguguucagacuaccuguuc |
hsa-let-7i | ugagguaguaguuugugcuguu |
hsa-miR-19b | ugugcaaauccaugcaaaacuga |
hsa-miR-20a* | acugcauuaugagcacuuaaag |
hsa-miR-17* | acugcagugaaggcacuuguag |
hsa-miR-22 | aagcugccaguugaagaacugu |
hsa-miR-340* | uccgucucaguuacuuuauagc |
hsa-miR-214 | acagcaggcacagacaggcagu |
hsa-miR-592 | uugugucaauaugcgaugaugu |
hsa-miR-335* | uuuuucauuauugcuccugacc |
hsa-miR-29c* | ugaccgauuucuccugguguuc |
hsa-miR-421 | aucaacagacauuaauugggcgc |
hsa-miR-886-3p | cgcgggugcuuacugacccuu |
hsa-miR-16-2* | ccaauauuacugugcugcuuua |
hsa-miR-135a | uauggcuuuuuauuccuauguga |
hsa-miR-183* | gugaauuaccgaagggccauaa |
hsa-miR-7-1* | caacaaaucacagucugccaua36 --> |
hsa-miR-26b | uucaaguaauucaggauaggu |
hsa-miR-455-3p | gcaguccaugggcauauacac |
hsa-miR-222 | agcuacaucuggcuacugggu |
hsa-miR-95 | uucaacggguauuuauugagca |
hsa-miR-564 | aggcacggugucagcaggc |
hsa-miR-636 | ugugcuugcucgucccgcccgca |
hsa-miR-34b* | uaggcagugucauuagcugauug |
hsa-miR-106b | uaaagugcugacagugcagau |
hsa-miR-30a | uguaaacauccucgacuggaag |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-17 | caaagugcuuacagugcagguag |
hsa-miR-20a | uaaagugcuuauagugcagguag |
hsa-miR-18a | uaaggugcaucuagugcagauag |
hsa-miR-126 | ucguaccgugaguaauaaugcg |
hsa-miR-126* | cauuauuacuuuugguacgcg |
hsa-miR-140-3p | uaccacaggguagaaccacgg |
hsa-miR-101 | uacaguacugugauaacugaa |
hsa-miR-143 | ugagaugaagcacuguagcuc |
hsa-miR-140-5p | cagugguuuuacccuaugguag |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-199b-5p | cccaguguuuagacuaucuguuc |
hsa-miR-125a-3p | acaggugagguucuugggagcc |
hsa-miR-9 | ucuuugguuaucuagcuguauga |
hsa-miR-200b | uaauacugccugguaaugauga |
hsa-miR-210 | cugugcgugugacagcggcuga |
hsa-miR-7 | uggaagacuagugauuuuguugu |
hsa-miR-128 | ucacagugaaccggucucuuu |
hsa-miR-106a | aaaagugcuuacagugcagguag |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第六方面,本发明涉及用于区别非小细胞肺癌和小细胞肺癌的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在非小细胞肺癌或小细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少17种核酸分子,优选地至少8种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-335(SEQIDNO:116)、hsa-miR-23a(SEQIDNO:130)、hsa-miR-27a(SEQIDNO:131)、hsa-miR-22(SEQIDNO:137)、hsa-miR-592(SEQIDNO:140)、hsa-miR-135a(SEQIDNO:146)、hsa-miR-24(SEQIDNO:156)、hsa-miR-454(SEQIDNO:39)、hsa-miR-301a(SEQIDNO:40)、hsa-miR-199b-5p(SEQIDNO:65)、hsa-miR-9(SEQIDNO:68)、hsa-miR-34a(SEQIDNO:87)、hsa-miR-199a-5p(SEQIDNO:132)、hsa-miR-335*(SEQIDNO:141)、hsa-miR-152(SEQIDNO:157)和hsa-miR-216b(SEQIDNO:158)的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-135a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-34a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-152的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-592、hsa-miR-24、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-9、has-miR-335*、hsa-miR-216b的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表6。
表6
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-335 | ucaagagcaauaacgaaaaaugu |
hsa-miR-23a | aucacauugccagggauuucc |
hsa-miR-27a | uucacaguggcuaaguuccgc |
hsa-miR-22 | aagcugccaguugaagaacugu |
hsa-miR-592 | uugugucaauaugcgaugaugu |
hsa-miR-135a | uauggcuuuuuauuccuauguga |
hsa-miR-24 | uggcucaguucagcaggaacag |
hsa-miR-454 | uagugcaauauugcuuauagggu |
hsa-miR-301a | cagugcaauaguauugucaaagc |
hsa-miR-199b-5p | cccaguguuuagacuaucuguuc |
hsa-miR-9 | ucuuugguuaucuagcuguauga |
hsa-miR-34a | uggcagugucuuagcugguugu |
hsa-miR-199a-5p | cccaguguucagacuaccuguuc |
hsa-miR-335* | uuuuucauuauugcuccugacc |
hsa-miR-152 | ucagugcaugacagaacuugg |
hsa-miR-216b | aaaucucugcaggcaaauguga |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第七方面,本发明涉及用于将腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌或小细胞肺癌与其它两种区分开的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌或小细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少23种核酸分子,优选地至少7种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-205(SEQIDNO:79)、hsa-miR-34a(SEQIDNO:87)、hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-29a(SEQIDNO:100)、hsa-miR-27a(SEQIDNO:131)、hsa-miR-29b(SEQIDNO:101)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-106b(SEQIDNO:28)、hsa-miR-15b(SEQIDNO:38)、hsa-miR-454(SEQIDNO:39)、hsa-miR-301a(SEQIDNO:40)、hsa-miR-145(SEQIDNO:58)、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-221(SEQIDNO:113)、hsa-miR-335(SEQIDNO:116)、hsa-miR-23a(SEQIDNO:130)、hsa-miR-199a-5p(SEQIDNO:132)、hsa-miR-22(SEQIDNO:137)、hsa-miR-592(SEQIDNO:140)、hsa-miR-95(SEQIDNO:152)、hsa-miR-24(SEQIDNO:7156)和hsa-miR-92a(SEQIDNO:160).的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-34a、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-145、hsa-miR-29c的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-25、hsa-miR-93、hsa-miR-301a、hsa-miR-106b、hsa-miR-15b、has-miR-92a的任一或多种核酸分子的表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-205、hsa-miR-27a、hsa-miR-221的任一或多种核酸分子,与小细胞肺癌相比表达上调,与鳞状细胞肺癌相比表达下调。在腺癌肺癌中编码hsa-miR-375的核酸分子,与鳞状细胞肺癌相比表达上调,与小细胞肺癌相比表达下调。与小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-5miR-24、hsa-miR-23a、hsa-miR-22、hsa-miR-199a-5p的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-592、hsa-miR-335、hsa-miR-95、hsa-miR-454的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表7。
表7
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-205 | uccuucauuccaccggagucug |
hsa-miR-34a | uggcagugucuuagcugguugu |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-29a | uagcaccaucugaaaucgguua |
hsa-miR-29b | uagcaccauuugaaaucaguguu |
hsa-miR-27a | uucacaguggcuaaguuccgc |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag39 --> |
hsa-miR-106b | uaaagugcugacagugcagau |
hsa-miR-15b | uagcagcacaucaugguuuaca |
hsa-miR-454 | uagugcaauauugcuuauagggu |
hsa-miR-301a | cagugcaauaguauugucaaagc |
hsa-miR-145 | guccaguuuucccaggaaucccu |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-221 | agcuacauugucugcuggguuuc |
hsa-miR-335 | ucaagagcaauaacgaaaaaugu |
hsa-miR-23a | aucacauugccagggauuucc |
hsa-miR-199a-5p | cccaguguucagacuaccuguuc |
hsa-miR-22 | aagcugccaguugaagaacugu |
hsa-miR-592 | uugugucaauaugcgaugaugu |
hsa-miR-95 | uucaacggguauuuauugagca |
hsa-miR-24 | uggcucaguucagcaggaacag |
hsa-miR-92a | uauugcacuugucccggccugu |
本文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第八方面,本发明涉及用于区分腺癌肺癌和鳞状细胞肺癌的分子标记的诊断试剂盒,所述试剂盒包含多种核酸分子,每种核酸分子编码微RNA序列,其中所述多种核酸分子的一或多种在靶细胞和在一或多种对照细胞中差异表达,并且其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表一种核酸表达特征,该核酸表达特征是存在腺癌肺癌或鳞状细胞肺癌的指征。
本文限定的核酸表达特征可包括至少14种核酸分子,优选地至少8种核酸分子。
在优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被上调;以及包括至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与一或多种对照细胞相比被下调。
在更优选的实施方案中,所述核酸表达特征包括编码hsa-miR-497(SEQIDNO:14)、hsa-miR-93(SEQIDNO:18)、hsa-miR-25(SEQIDNO:30)、hsa-miR-29c(SEQIDNO:64)、hsa-miR-205(SEQIDNO:79)、hsa-miR-375(SEQIDNO:90)、hsa-miR-149(SEQIDNO:95)、hsa-miR-29a(SEQIDNO:100)、hsa-miR-1(SEQIDNO:27)、has-miR-15b(SEQIDNO:38)、hsa-miR-181c(SEQIDNO:99)、hsa-miR-29b(SEQIDNO:101)、hsa-miR-769-5p(SEQIDNO:104)和hsa-miR-221(SEQIDNO:113).的任一或多种核酸分子。
特别优选地,与所述一或多种对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中编码hsa-miR-497、hsa-miR-29c、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-1、hsa-miR-181c、hsa-miR-29b的任一或多种核酸分子表达上调,而编码hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-149、hsa-miR-15b、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-221的任一或多种核酸分子的表达下调。
上述miRNA的核酸序列列于表8。
表8
miRNA | 序列(5'→3') |
hsa-miR-497 | cagcagcacacugugguuugu |
hsa-miR-93 | caaagugcuguucgugcagguag |
hsa-miR-25 | cauugcacuugucucggucuga |
hsa-miR-29c | uagcaccauuugaaaucgguua |
hsa-miR-205 | uccuucauuccaccggagucug |
hsa-miR-375 | uuuguucguucggcucgcguga |
hsa-miR-149 | ucuggcuccgugucuucacuccc |
hsa-miR-29a | uagcaccaucugaaaucgguua |
hsa-miR-1 | uggaauguaaagaaguauguau |
hsa-miR-15b | uagcagcacaucaugguuuaca |
hsa-miR-181c | aacauucaaccugucggugagu |
hsa-miR-29b | uagcaccauuugaaaucaguguu |
hsa-miR-769-5p | ugagaccucuggguucugagcu |
hsa-miR-221 | agcuacauugucugcuggguuuc |
文揭示的所有miRNA序列均已经保存在miRBase数据库中(http://microrna.sanger.ac.uk/;也参见Griffiths-JonesS.etal.(2008)Nucl.AcidsRes.36,D154-D158)。
在第九方面,本发明涉及一种鉴定显示或具有发生肺癌倾向的一或多种靶细胞的方法,所述方法包括:(a)在一或多种靶细胞中确定多种核酸分子的表达水平,每种核酸分子编码微RNA序列;(b)在一或多种健康对照细胞中确定所述多种核酸分子的表达水平;及(c)通过比较在步骤(a)和(b)中获得的各自表达水平而从所述多种核酸分子中鉴定在靶细胞和对照细胞中差异表达的一或多种核酸分子,其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表了本文限定的核酸表达特征,该核酸表达特征是存在肺癌或有肺癌发生倾向的指征。
在本发明的更优选的实施方案中,所述方法进一步用于区别肺癌中的腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌。
在第十方面,本发明涉及一种预防或治疗肺癌的方法,所述方法包括:所述方法包括:(a)用本文限定的方法在一或多种靶细胞中鉴定核酸表达特征;和(b)在所述一或多种细胞中改变在所述核酸表达特征中所包含的编码微RNA序列的一或多种核酸分子的表达,所述改变以如下的方式进行,即其表达在所述一或多种靶细胞中被上调的核酸分子的表达被下调,而其表达在所述一或多种靶细胞中被下调的核酸分子的表达被上调。
本文所用术语“改变编码miRNA序列的核酸分子的表达”是指对特定核酸分子的任何操纵以导致所述分子的表达水平改变,即与“野生型”(即未改变的对照)的表达相比产生不同量的相应miRNA。本文所用术语“不同量”既包括与未改变的对照相比较高的量,也包括较低的量。换句话说,如本文所定义的操纵可以是上调(即激活)或下调(即抑制)核酸分子的表达(即特别是转录)。
在本发明中,核酸表达特征中所包含的编码微RNA序列的一或多种核酸分子的表达以这样的方式被改变,即其表达在所述一或多种靶细胞中被上调的核酸分子的表达被下调,而其表达在所述一或多种靶细胞中被下调的核酸分子的表达被上调。换句话说,编码miRNA序列的特定核酸分子的表达的改变以与所述分子在所述一或多种癌靶细胞中的调节作用的反方式(anti-cyclical)来发生,以在所述一或多种靶细胞中干扰被上调的分子的“过度活性”和/或恢复被下调的分子的“缺陷活性”。
在本发明方法的一个优选实施方案中,下调核酸分子的表达包括将编码与被下调的核酸分子编码的微RNA序列互补的序列的核酸分子导入一或多种靶细胞中。
本文所用术语“互补序列”是指血液中导入一或多种细胞中的“互补”核酸分子(本文也称作“反义核酸分子”)能与上调的内源“有义”核酸分子形成碱基对,优选Watson-Crick碱基对。
两种核酸分子(即“有义”和“反义”分子)可以是完全互补的,即其不含有任何碱基错配和/或添加或缺失核苷酸。在其它实施方案中,这两种分子包含一或多个碱基错配或者其核苷酸总数不同(由于添加或缺失所致)。在另外的实施方案中,“互补”核酸分子包含一段与上调的“有义”核酸分子中包含的序列完全互补的至少十个连续核苷酸。
“互补”核酸分子(即编码与下调的核酸分子编码的微RNA序列互补的核酸序列的核酸分子)可以是天然发生的DNA-或RNA分子或者在其序列中包含一或多个相同类型或一或多种不同类型的修饰核苷酸的合成的核酸分子。
例如,可能这种核酸分子包含至少一个核糖核苷酸主链单位及至少一个脱氧核糖核苷酸主链单位。此外,所述核酸分子可含有一或多个RNA主链修饰为2'-O-甲基基团或者2'-O-甲氧基基团(也称作2'-O-甲基化),其防止在培养基中核酸酶降解,并且重要地是也防止RNA诱导性沉默复合物核酸酶的内核分离,导致miRNA的不可逆抑制。另一可能的修饰(其功能等价于2'-O-甲基化)包含锁定核酸(LNAs),代表含有一或多个LNA核苷酸单体的核酸类似物,所述单体在RNA模拟糖构象中具有锁定双环呋喃糖单位(参见例如Orom,U.A.etal.(2006)Gene372,137-141)。
最近开发了另一类的miRNA表达沉默基因。这些称作“antagomirs”的化学工程化寡核苷酸是与胆固醇缀合的单链23个核苷酸的RNA分子(Krutzfeldt,J.etal.(2005)Nature438,685689)。作为这种化学修饰寡核苷酸的另一选择,产生了作为RNA从转基因中产生的可以在细胞中表达的微RNA抑制剂。称作“微RNA海绵(microRNAsponges)”的这些竞争性抑制剂是从强启动子表达的转录物,含有感兴趣的微RNA的多个串联结合位点(Ebert,M.S.etal.(2007)Nat.Methods4,721-726)。
为了阐明癌性或癌前样品中鉴定的miRNA的任何潜在关联,可以进行关于所述miRNA可以结合的mRNA靶序列的鉴定的预备功能分析。基于发现miRNA既可以参与肿瘤阻抑也可以参与肿瘤发生(综述参见例如Esquela-Kerscher,A.andSlack,F.J(2006)如前;Calin,G.A.andCroce,C.M.(2007)如前;Blenkiron,C.andMiska,E.A.(2007)如前),可以推测这种miRNA的mRNA靶位点包括肿瘤阻抑基因以及癌基因。
如果核酸分子包含含有关于转录和/或翻译调节信息的序列元件,且这种序列“可操纵地连接”于编码多肽的核苷酸序列,则称该核酸分子为“能表达核酸分子”或者能“使得核苷酸序列表达”。可操纵地连接是其中所述调节序列元件与被表达的序列(和/或互相表达的序列)以能使得基因表达的方式进行连接的连接。
为基因表达必需的调节区的确切性质在不同物种中可以不同,但是通常这些区域均包含启动子,在原核生物中其含有两个启动子perse,即指导转录起始的DNA元件以及当转录为RNA时发出翻译起始信号的DNA元件。这种启动子区域通常包括参与转录和翻译起始的5'非编码区,如在原核生物中的-35/-10盒和Shine-Dalgarno元件或者在真核细胞中的TATA盒、CAAT序列和5'-加帽元件。这些区域也可以包括增强子或阻抑子元件以及翻译信号和前导序列以将天然多肽靶向于宿主细胞的特定区室。另外,3'非编码序列可含有参与转录终止、聚腺苷酸化等的调节元件。然而,如果这些终止序列在特定的宿主细胞中的功能不令人满意,则可以用在该细胞中发挥功能的信号取代。
此外,如本文定义的核酸分子的表达也可以通过例如存在修饰的核苷酸而影响(如上所述)。例如,锁定核酸(LNA)单体被认为通过增强对降解的抗性及通过稳定对于沉默活性关键的miRNA-靶双链体结构而增加体内miRNA的功能性半衰期(见例如Naguibneva,I.etal.(2006)Biomed.Pharmacother.60,633-638)。
因此,被导入患者的本发明的核酸分子可包括调节序列,优选启动子序列,任选还包括转录终止序列。所述启动子可以允许组成型或者可诱导的基因表达。合适启动子包括大肠杆菌(E.coli)lacUV5和tet(四环素应答)启动子、T7启动子以及SV40启动子或者CMV启动子。
本发明的核酸分子也可以包含在载体或者其它克隆载体如质粒、噬菌粒、噬菌体、粘粒或人工染色体中。在优选的实施方案中,所述核酸分子包含在载体中,特别是包含在表达载体中。这种表达载体除了上述调节序列及编码如本发明定义的遗传构建体的核酸序列以外可包括衍生自与用于表达的宿主相容的物种的复制和控制序列以及赋予转染的细胞可选择表型的选择标记。本领域已知且可商购许多合适的载体如pSUPER和pSUPERIOR。
在第十一方面,本发明涉及用于预防和/或治疗肺癌的药物组合物,所述组合物包含一或多种核酸分子,每种核酸分子编码与本文限定的其表达在肺癌患者中被上调的核酸分子编码的微RNA序列至少部分互补的序列和/或相应于本文限定的其表达在肺癌患者中被下调的核酸分子编码的微RNA序列的序列。
最后,在第十二方面,本发明涉及所述药物组合物在制备用于预防和/或治疗肺癌的药物中的应用。
在本发明范围内,合适的药物组合物包括适于口服、直肠、鼻、局部(包括经含服和舌下)、腹膜和胃肠外(包括肌内、皮下或静脉内)给予的那些组合物,或者通过吸入或吹入给予的那些组合物。可以局部或全身性给予。优选通过口服或静脉内途径给予。所述制剂可以包装为独立剂量单位。
本发明的药物组合物包括本领域确定的任何药物剂量形式,例如胶囊、微囊、扁囊剂、丸剂、片剂、粉末、小丸剂(pellet)、多颗粒制剂(例如珠、颗粒或晶体)、气雾剂、喷雾剂、泡沫、溶液、分散剂、酊剂、糖浆、酏剂、悬浮液、油包水乳状液如软膏,及水包油乳状液如乳剂、洗剂和香脂。
使用药理学可接受的成分以及已建立的制备方法可以将上述(“有义”和“反义”)核酸分子配制为药物组合物(Gennaro,A.L.andGennaro,A.R.(2000)Remington:TheScienceandPracticeofPharmacy,20thEd.,LippincottWilliams&Wilkins,Philadelphia,PA;Crowder,T.M.etal.(2003)AGuidetoPharmaceuticalParticulateScience.Interpharm/CRC,BocaRaton,FL;Niazi,S.K.(2004)HandbookofPharmaceuticalManufacturingFormulations,CRCPress,BocaRaton,FL)。
为了制备药物组合物,可以使用药学惰性的无机或有机赋形剂(即载体)。为了制备例如丸剂、片剂、胶囊或颗粒,可以使用例如乳糖、滑石、硬脂酸及其盐、脂肪、蜡、固体或液体多元醇、天然油或硬化油。用于生产溶液、悬浮液、乳状液、气雾剂混合物或在使用之前重配为溶液或气雾剂混合物的粉末的合适赋形剂包括水、醇、甘油、多元醇及其合适的混合物以及植物油。
所述药物组合物也可以含有添加剂,如充填剂、结合剂、增湿剂、助流剂、稳定剂、防腐剂、乳化剂,及另外的溶剂或者增溶剂或者实现储存效应的物质。后者可理解为可以将核酸分子掺入缓释或持续释放或靶向输送系统中如脂质体、纳米颗粒和微囊中。
为了靶向体内的大多数组织,需要临床可行的无创策略以将如本文定义的这种药物组合物定向于细胞。在过去,一些方法通过将合理剂量的siRNA经静脉内注射入小鼠和灵长类动物体内已经获得重大的治疗益处,而无明显的限制毒性。
一种方法包括将miRNA的过客链(miRNA*链)与胆固醇或其衍生物/缀合物共价偶联以促进通过遍在表达的细胞表面LDL受体的吸收(Soutschek,J.etal.(2004)Nature432,173-178)。或者,未缀合的PBS-配制的锁定核酸修饰的寡核苷酸(LNA-antimiR)可以用于全身性输送(Elmen,J.etal.(2008)Nature452,896-899)。另一种输送miRNA的方法包括使用聚乙二醇使miRNA包囊化成为特定的脂质体以降低清除细胞的吸收并增强循环时间。这些特定的核酸颗粒(稳定的核酸-脂质颗粒或者SNALP)有效地将miRNA输送至肝脏(且不到达其它器官(Zimmermann,T.S.etal.(2006)Nature441,111-114所述))。近年来,描述了一类称作lipidoids的新型脂质样输送分子(基于烷基丙烯酸酯或者烷基-丙烯酰胺与伯胺或仲胺的缀合加成而合成)作为RNAi治疗剂的输送剂(Akinc,A.etal.(2008)Nat.Biotechnol.26,561-569)。
进一步的细胞特异性靶向策略包括将miRNA与一种融合蛋白混合,该融合蛋白由与鱼精蛋白连接的靶向抗体片段组成,所述鱼精蛋白是使精子中的DNA成核并通过电荷结合miRNA的碱性蛋白(Song,E.etal.(2005)Nat.Biotechnol.23,709-717)。近来已经开发了对上述基本输送方法进行的多种修改和改变。这些技术为本领域所已知,并综述在例如deFougerolles,A.etal.(2007)Nat.Rev.DrugDiscov.6,443-453;Kim,D.H.andRossi,J.J.(2007)Nat.Genet.8,173-184)中。
本发明通过附图和如下实施例进一步描述,所述附图和实施例只是为了例证本发明的特异的实施方案的目的,不应理解为以任何方式限制本发明范围之意。
实施例
实施例1:样品收集与制备
鉴别患者样品中显示肺癌的靶细胞的主要方法步骤示于图1。
126个组织样本取自2007至2009年间于上海中山医院接受手术切除的肺癌患者。样本在手术后立即处理,用最适剪切温度(optimumcuttingtemperature,OCT)包埋,于液氮中速冻,贮存于-80°C。邻近形态正常组织(距肿瘤灶至少10m)取自同一个肺癌患者。这些肿瘤样本的基本特征示于表9中。
表9
本发明中肿瘤样本的基本特征
组织样本 | 数量 |
正常肺组织 | 44 |
肺癌 | |
腺癌 | 36 |
鳞状细胞癌 | 30 |
小细胞肺癌 | 16 |
总计 | 126 |
患者资料(年龄、性别、影像资料、治疗方法、其它医疗状况、家族史等)得自医院数据库用于匹配所收集的不同样品。病理学追踪研究(例如通过苏木精和伊红(H&E)染色进行的组织学分析)用于明确确定给定样品的疾病状态以及保证样本的一致分级。
对每个癌样品任选进行激光捕获显微切割以特异性分离肿瘤细胞群(大约200000个细胞)。简而言之,将透明的转移膜应用于组织切片或样本的表面。在显微镜下,观察置于载玻片上的薄组织切片,并鉴别细胞群以进行分离。当选择的细胞位于观察视野的中心时,激活近红外激光二极管集成显微镜光学器件(nearIRlaserdiodeintegralwiththemicroscopeoptics)。脉冲激光束激活转移膜上的斑点(spot),使该膜与下面的选择的细胞融合。然后将具有结合的细胞的转移膜从所述薄组织切片中剥离(Emmert-Buck,M.R.etal.(1996).Science274,998-1001;Espina,V.etal.(2007)ExpertRev.Mol.Diagn.7,647-657)。基本如厂商指导制备冷冻切片并使用激光捕获显微镜(ArcturusVeritasTMLaserCaptureMicrodissectionInstrument(MolecularDevices,Inc.,Sunnyvale,CA,USA)进行捕获步骤。
使用mirVanaTMmiRNA分离试剂盒(Ambion,Inc.,Austin,TX)根据厂商指导从组织切片中提取总RNA。使用NanoDrop1000分光光度计(NanoDropTechnologies,Waltham,MA)对浓度进行定量。使用RNA6000PicoLabChipkit(AgilentTechnologies,SantaClara,CA)通过2100生物分析仪进行RNA的质量控制。
实施例2:样品中miRNA表达谱的分析
使用AgilentmiRNA微阵列平台(AgilentTechnologies,SantaClara,CA,USA)根据厂商指导任选对特定样品中(差异)表达的miRNA进行定性分析。该微阵列包含723个来自Sanger数据库v.10.1的针对人类miRNA的探针。136个LCM选取的肺组织中的任一个的总RNA(100ng)作为输入(inputs),经Cy3掺入标记。微阵列芯片用XDRScan(PMT100,PMT5)扫描。标记和杂交均根据AgilentmiRNA微阵列系统(AgilentmiRNAmicroarraysystem)的说明书操作。
126个组织样本的每个测量进行多次独立实验,确定的miRNA表达水平代表获得的各自的各个数据的平均值。
实施例3:微阵列数据的数据分析
通过应用Quantile方法及使用本领域已知的GeneSpringGX10软件(AgilentTechnologies,SantaClara,CA,USA)对单色(CY3)杂交获得的原始数据归一化。AgilentmiRNA微阵列的723个miRNA中,296个miRNA被选择作为后续分析的阳性信号。
miRNA差异表达的分析。使用Fisher检验(F-test)和Bonferroni相关后再用非配对t检验分别鉴定正常肺组织和肺癌间,或者肺癌不同类别间的miRNA的差异表达。用归一化值计算正常和肿瘤样本间表达信号的倍数变化。
应用p值<0.00001的单因素方差分析(ANOVA)鉴定正常和不同类别肺癌组织间的miRNA的差异表达。差异表达的miRNA通过Pearson相关进行层次分类(Hierarchicalclustering)。
对于miRNA个体作为诊断标记物的特异性和灵敏性,应用MedCalc软件分别对正常组织和癌症组织中的miRNA个体进行接受者操作特征(ROC)曲线分析。95%可信区间用于决定该特征。
为了评估一特定miRNA在癌性靶细胞中与在健康对照细胞中相比是否差异表达,使用如下标准:
(i)在至少50%的肿瘤样品中表达水平的变化≥2的p值(概率值)≤0.05;及
(ii)p值≤0.05/295(系数295归因于Bonferroni校正,因为在AgilentmiRNA微阵列上295个人miRNA显示阳性信号)。
如果满足这些标准中的至少一个,则认为所述miRNA在靶细胞和对照细胞中分别差异表达。
分类/预测性分析:对芯片数据的预测性分析(Tibshiranietal.(2002).ProcNatlAcadSciUSA.99,6567-6572;http://wwwstat.stanford.edu/~tibs/PAM)区分正常肺组织和肺癌组织,以及肺癌的各组织亚型。根据10倍交叉验证准确性来进行截断值(各组基因)的选择。在WEKA软件的工作环境(http://www.cs.waikato.ac.nz/~ml/weka/)下,InfoGain法用来选择miRNA的特征,并用10倍交叉验证这些特征来进行多步骤分类算法以获得分类的准确性。从WEKA中获得的PAM特征预测者将被组合起来并对这些miRNA进行多步骤分类算法。
实施例4:验证芯片数据
为了验证(和/或定量)有芯片测得的miRNA表达数据,根据厂商操作要求,用TaqManMicroRNA探针(AppliedBiosystems,FosterCity,CA,USA)进行了定量RT-PCR的检测。简而言之,使用AppliedBiosystem公司的TaqmanmicroRNA逆转录试剂盒进行逆转录。每个反应体系中加入100ng总RNA,15ul逆转录试剂混合物,其中包括1×逆转录缓冲液,1×dNTP,4URNase抑制剂和50UMultiScribeReverseTranscriptase。逆转录反应在PCR仪(Thermalcycleralphaengine,Bio-rad)中完成,具体程序为:16°C,30分钟;42°C,30分钟;85°C,5分钟。定量PCR根据AppliedBiosystem公司的TaqManUniversalPCRMasterMixkitandandTaqmanmicroRNAassayskits的具体说明完成。反应体系中包括2ul的逆转录产物,1XTaqManUniversalPCRMasterMix,无AmpEraseUNG和1XTaqManMicroRNAAssaymix.Real-timePCR在RochLightCycling480仪器中完成,具体程序为96℃,5分钟预热;95℃,15秒;60℃,60秒45或50个循环。Cp值由RochLightCycling480仪器自带软件进行二次衍生法计算所得。miRNA的绝对定量根据标准品的Cp值得到。17个miRNA在两个不同的平台中所得到的数据的比较详见图11。所获得的正常组织与肿瘤组织的信号比值在AgilentmiRNA芯片平台和定量RT-PCR的不同平台中相关性(R)为0.90。数据结果显示从AgilentmiRNA芯片平台中所获得的miRNA信号是高度可信的。
图11
实施例5:第一方面确认肺癌的miRNA表达数据
本发明的第一方面中所述确认肺癌的miRNA表达可以区分正常肺组织和肺癌组织,具体详见表10-11。表10所列的是新的可以区分正常肺组织和肺癌组织的miRNA,而表11所示的是这些miRNA在肺癌中的表达特征。在肺癌中已知的29个miRNA中,有24个(82%)的表达与以往的发明和发表的数据中的表达是相一致的。在表格中,“t”代表肺癌组织,“n”代表正常肺组织。其中,优选的miRNA(表10中的SEQIDNO:1至SEQIDNO:7,以及表11中的SEQIDNO:54至SEQIDNO:59)用粗体标出。
表10
新的可以区分正常肺组织和肺癌组织的miRNA
表11
已经报道的肺癌组织中miRNA的表达
本发明的第一方面中所述的可以区分正常肺组织和肺癌组织的miRNA表达的预测性分析结果具体详见表12-15。表12显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表13列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表14显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表15显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的7个miRNA(SEQIDNO:1,SEQIDNO:4,SEQIDNO:54至SEQIDNO:1056,SEQIDNO:58和SEQIDNO:59)已经在表14中用粗体标出。
表12
预测肺癌和正常肺组织的PAM分数
名称 | 肺癌分数 | 正常组织分数 |
hsa-miR-30a | -0.3173 | 0.5914 |
hsa-miR-145 | -0.1445 | 0.2693 |
hsa-miR-126* | -0.084 | 0.1565 |
hsa-miR-140-3p | -0.0423 | 0.0788 |
表13
WEKA中重要miRNA的选择特征
名称 | 平均值 | 平均秩 | 特性值 |
hsa-miR-126 | 0.88+-0.019 | 1+-0 | 60 |
hsa-miR-183 | 0.785+-0.022 | 3.4+-0.8 | 141 |
hsa-miR-451 | 0.786+-0.034 | 4.2+-2.14 | 390 |
hsa-miR-126* | 0.78+-0.024 | 4.5+-1.2 | 61 |
hsa-miR-30a | 0.768+-0.04 | 5.1+-2.95 | 274 |
hsa-miR-144 | 0.776+-0.018 | 5.2+-1.33 | 97 |
hsa-miR-96 | 0.752+-0.021 | 6.7+-1.55 | 717 |
hsa-miR-218 | 0.749+-0.02 | 7.1+-1.04 | 212 |
hsa-miR-486-5p | 0.694+-0.024 | 9.4+-1.28 | 404 |
hsa-miR-200c | 0.675+-0.029 | 10.9+-1.14 | 187 |
hsa-miR-338-3p | 0.673+-0.048 | 10.9+-2.21 | 306 |
hsa-miR-140-3p | 0.644+-0.075 | 11.9+-3.75 | 89 |
hsa-miR-145 | 0.643+-0.021 | 12.1+-1.22 | 99 |
计算器:weka.attributeSelection.InfoGainAttributeEval
计算模式:10倍交叉验证
表14
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-126 | X | |
hsa-miR-126* | X | X |
hsa-miR-140-3p | X | X |
hsa-miR-145 | X | X51 --> |
hsa-miR-30a | X | X |
hsa-miR-451 | X | |
hsa-miR-183 | X | |
hsa-miR-200c | X | |
hsa-miR-338-3p | X | |
hsa-miR-144 | X | |
hsa-miR-218 | X | |
hsa-miR-486-5p | X | |
hsa-miR-96 | X |
表15
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例6:第二方面确认非小细胞肺癌的miRNA数据表达
本发明的第二方面中所述确认非小细胞肺癌(NSCLC)和正常肺组织的miRNA表达,具体详见表16-17。表16所列的是新的可以区分正常肺组织和小细胞肺癌组织的miRNA,而表17所示的是这些miRNA在NSCLC中的表达特征。在NSCLC中已知的26个miRNA中,有21个(81%)的表达与以往的发明和发表的数据中的表达是相一致的。在表格中,“t”代表肺癌组织,“n”代表正常肺组织。其中,优选的miRNA(表16中的SEQIDNO:1-SEQIDNO:6,SEQIDNO:8,SEQIDNO:14,和表17中SEQIDNO:54至SEQIDNO:59)用粗体标出。
表16
新的在非小细胞肺癌中的miRNA表达
表17
已经报道的肺癌组织中miRNA的表达
本发明的第二方面中所述的可以区分正常肺组织和非小细胞肺癌组织的miRNA表达的预测性分析结果具体详见表18-21。表18显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表19列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表20显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表21显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的7个miRNA(SEQIDNO:1,SEQIDNO:4,SEQIDNO:14,SEQIDNO:54至SEQIDNO:59)已经在表21中用粗体标出。
表18
预测非小细胞肺癌和正常肺组织的PAM分数
名称 | 正常组织分数 | NSCLC分数 |
hsa-miR-218 | 0.5167 | -0.3444 |
hsa-miR-30a | 0.4787 | -0.3191 |
hsa-miR-140-3p | 0.312 | -0.208 |
hsa-miR-145 | 0.1928 | -0.1285 |
hsa-miR-126* | 0.155 | -0.1033 |
hsa-miR-497 | 0.0946 | -0.063 |
表19
WEKA中区分非小细胞肺癌和正常肺组织的重要miRNA的选择特征
名称 | 平均值 | 平均秩 | 特性值 |
hsa-miR-126 | 0.971+-0.003 | 1+-0 | 60 |
hsa-miR-218 | 0.864+-0.021 | 2.3+-0.64 | 212 |
hsa-miR-126* | 0.843+-0.028 | 3+-0.63 | 61 |
hsa-miR-183 | 0.81+-0.023 | 4.8+-1.47 | 141 |
hsa-miR-451 | 0.8+-0.029 | 5.5+-1.5 | 390 |
hsa-miR-144 | 0.791+-0.018 | 6.3+-1.27 | 97 |
hsa-miR-96 | 0.775+-0.031 | 7+-1.73 | 717 |
hsa-miR-200c | 0.755+-0.035 | 8.1+-1.58 | 187 |
hsa-miR-30a | 0.738+-0.04 | 8.9+-1.97 | 274 |
hsa-miR-140-3p | 0.703+-0.044 | 10.8+-2.14 | 89 |
hsa-miR-497 | 0.693+-0.048 | 11.4+-2.11 | 420 |
hsa-miR-486-5p | 0.69+-0.042 | 11.5+-2.01 | 404 |
hsa-miR-139-5p | 0.647+-0.03 | 14.3+-2.53 | 88 |
表20
两种不同的演算方法所得的分类组合
表21
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例7:第三方面确认腺癌肺癌的miRNA表达数据
本发明的第三方面中所述确认腺癌肺癌(AC)和正常肺组织的miRNA表达,具体详见表22-23。表22所列的是新的可以区分正常肺组织和腺癌肺癌组织的miRNA,而表23所示的是这些miRNA在腺癌肺癌中的表达特征。在腺癌肺癌中已知的17个miRNA中,有16个(94%)的表达与以往的发明和发表的数据中的表达是相一致的。在表格中,“t”代表肺癌组织,“n”代表正常肺组织。其中,优选的miRNA(表22中的SEQIDNO:1至SEQIDNO:5,SEQIDNO:41,表23中的SEQIDNO:54至SEQIDNO:57,SEQIDNO:73)用粗体标出。
表22
新的可以区分正常肺组织和腺癌肺癌组织的miRNA
表23
已经报道的腺癌肺癌组织中miRNA的表达
本发明的第三方面中所述的可以区分正常肺组织和腺癌肺癌组织的miRNA表达的预测性分析结果具体详见表24-27。表24显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表25列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表26显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表27显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的5个miRNA(SEQIDNO:2,SEQIDNO:54至SEQIDNO:57)已经在表26中用粗体标出。
表24
预测腺癌肺癌和正常肺组织的PAM分数
表25
WEKA中区分腺癌肺癌和正常肺组织的重要miRNA的选择特征
名称 | 平均值 | 平均秩 | 特性值 |
hsa-miR-126 | 0.993+-0.002 | 1+-0 | 60 |
hsa-miR-218 | 0.845+-0.027 | 3.3+-1.27 | 212 |
hsa-miR-126* | 0.828+-0.037 | 4.2+-1.54 | 61 |
hsa-miR-96 | 0.804+-0.036 | 5+-1.26 | 717 |
hsa-miR-30a | 0.813+-0.052 | 5.1+-2.84 | 274 |
hsa-miR-183 | 0.804+-0.036 | 5.8+-1.47 | 141 |
hsa-miR-135b | 0.778+-0.038 | 6.6+-2.58 | 79 |
hsa-miR-200c | 0.738+-0.046 | 8.6+-2.8 | 187 |
hsa-miR-144 | 0.746+-0.035 | 8.7+-2.19 | 97 |
hsa-miR-451 | 0.732+-0.054 | 9.2+-3.09 | 390 |
hsa-miR-148a | 0.682+-0.063 | 12.5+-3.04 | 107 |
hsa-miR-625 | 0.657+-0.038 | 13+-1.41 | 601 |
hsa-miR-21 | 0.633+-0.049 | 14.2+-2.4 | 201 |
表26
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-96 | X | |
hsa-miR-126 | X | |
hsa-miR-126* | X | |
hsa-miR-30a | X | X |
hsa-miR-218 | X | X |
hsa-miR-21 | X | |
hsa-miR-183 | X | |
hsa-miR-144 | X | |
hsa-miR-451 | X | |
hsa-miR-200c | X | |
hsa-miR-135b | X | |
hsa-miR-148a | X | |
hsa-miR-625 | X |
表27
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例8:第四方面确认鳞状细胞肺癌的miRNA表达数据
本发明的第四方面中所述确认鳞状细胞肺癌(SQ)和正常肺组织的miRNA表达,具体详见表28-29。表28所列的是新的可以区分正常肺组织和鳞状细胞肺癌组织的miRNA,而表28所示的是这些miRNA在鳞状细胞肺癌中的表达特征。在鳞状细胞肺癌中已知的24个miRNA中,有19个(79%)的表达与以往的发明和发表的数据中的表达是相一致的。在表格中,“t”代表肺癌组织,“n”代表正常肺组织。其中,优选的miRNA(表28中的SEQIDNO:3至SEQIDNO:7SEQIDNO:14,表29中的SEQIDNO:57至SEQIDNO:59)用粗体标出。
表28:新的可以区分正常肺组织和鳞状细胞肺癌组织的miRNA
表29
已经报道的鳞状细胞肺癌组织中miRNA的表达
本发明的第四方面中所述的可以区分正常肺组织和鳞状细胞肺癌组织的miRNA表达的预测性分析结果具体详见表30-33。表30显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表31列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表32显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表33显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的9个miRNA(SEQIDNO:3-SEQIDNO:6,SEQIDNO:14,SEQIDNO:5710至SEQIDNO:59)已经在表32中用粗体标出。
表30
预测鳞状细胞肺癌和正常肺组织的PAM分数
表31
WEKA中区分鳞状细胞肺癌和正常肺组织的重要miRNA的选择特征
名称 | 平均值 | 平均秩 | 特性值 |
hsa-miR-144 | 0.974+-0.002 | 2.9+-1.92 | 97 |
hsa-miR-486-5p | 0.974+-0.002 | 3.6+-1.43 | 404 |
hsa-miR-451 | 0.974+-0.002 | 3.7+-1.79 | 390 |
hsa-miR-338-3p | 0.974+-0.002 | 3.8+-1.94 | 306 |
hsa-miR-218 | 0.974+-0.002 | 3.8+-2.09 | 212 |
hsa-miR-126 | 0.974+-0.002 | 5.3+-2.28 | 60 |
hsa-miR-126* | 0.89+-0.028 | 8.3+-1.62 | 61 |
hsa-miR-30b | 0.89+-0.028 | 8.4+-1.8 | 276 |
hsa-miR-103 | 0.89+-0.029 | 10.6+-2.84 | 23 |
hsa-miR-93 | 0.89+-0.029 | 10.7+-1.27 | 702 |
hsa-miR-143 | 0.884+-0.03 | 12.4+-4.54 | 95 |
hsa-miR-145 | 0.883+-0.031 | 12.8+-3.09 | 99 |
hsa-miR-30a | 0.883+-0.03 | 13.3+-3.29 | 274 |
表32
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-144 | X | |
hsa-miR-451 | X | |
hsa-miR-200c | X | |
hsa-miR-486-5p | X | |
hsa-miR-338-3p | X | X |
hsa-miR-497 | X | |
hsa-miR-218 | X | |
hsa-miR-145 | X | X |
hsa-miR-140-3p | X | |
hsa-miR-30b | X | |
hsa-miR-93 | X | |
hsa-miR-126 | X64 --> | |
hsa-miR-126* | X | |
hsa-miR-30a | X | |
hsa-miR-143 | X | |
hsa-miR-103 | X |
表33
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例9:第五方面确认小细胞肺癌的miRNA数据表达
本发明的第五方面中所述确认小细胞肺癌(SCLC)和正常肺组织的miRNA表达,具体详见表34-35。表34所列的是新的可以区分正常肺组织和小细胞肺癌组织的miRNA,而表35所示的是这些miRNA在SCLC中的表达特征。在SCLC中已知的21个miRNA中,有20个(95%)的表达与以往的发明和发表的数据中的表达是相一致的。在表格中,“t”代表肺癌组织,“n”代表正常肺组织。其中,优选的miRNA(表34中的SEQIDNO:2~SEQIDNO:4,SEQIDNO:9,SEQIDNO:18,SEQIDNO:30,SEQIDNO:38,SEQIDNO:39,SEQIDNO:90,SEQIDNO:91和SEQIDNO:129和表35中SEQIDNO:28,SEQIDNO:56,SEQIDNO:58,SEQIDNO:74和SEQIDNO:98)用粗体标出。
表34
新的在小细胞肺癌中的miRNA表达
表35
已经报道的小细胞肺癌组织中miRNA的表达
本发明的第五方面中所述的可以区分正常肺组织和小细胞肺癌组织的miRNA表达的预测性分析结果具体详见表36-39。表36显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表37列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表38显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表39显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的11个miRNA(SEQIDNO:2,SEQIDNO:3,SEQIDNO:18,SEQIDNO:28,SEQIDNO:38,SEQIDNO:58,SEQIDNO:90,SEQIDNO:91,SEQIDNO:9810andSEQIDNO:129)已经在表38中用粗体标出。
表36
预测小细胞肺癌和正常肺组织的PAM分数
名称 | 正常组织分数 | 小细胞肺癌分数 |
hsa-miR-107 | -0.1539 | 0.4233 |
hsa-miR-25 | -0.1487 | 0.409 |
hsa-miR-103 | -0.1351 | 0.3714 |
hsa-miR-93 | -0.1143 | 0.3143 |
hsa-miR-96 | -0.1091 | 0.3001 |
hsa-miR-106b | -0.1036 | 0.285 |
hsa-miR-15b | -0.0164 | 0.045 |
表37
WEKA中区分小细胞肺癌和正常肺组织的重要miRNA的选择特征
名称 | 平均值 | 平均秩 | 特性值 |
hsa-miR-145 | 0.836+-0.013 | 5+-3.41 | 99 |
hsa-miR-144 | 0.836+-0.013 | 5.2+-3.92 | 97 |
hsa-miR-103 | 0.836+-0.013 | 6+-3.13 | 23 |
hsa-miR-375 | 0.836+-0.013 | 6.3+-3.69 | 347 |
hsa-miR-20a | 0.836+-0.013 | 7.1+-4.13 | 197 |
hsa-miR-130b | 0.836+-0.013 | 7.7+-4.2 | 70 |
hsa-miR-30a | 0.836+-0.013 | 8.6+-4.65 | 274 |
hsa-miR-454 | 0.836+-0.013 | 9.6+-4.43 | 394 |
hsa-miR-106b | 0.836+-0.013 | 9.9+-4.37 | 28 |
hsa-miR-25 | 0.836+-0.013 | 10.3+-4.2 | 237 |
hsa-miR-15b | 0.836+-0.013 | 10.3+-4.98 | 125 |
hsa-miR-451 | 0.836+-0.013 | 10.4+-4.43 | 390 |
hsa-miR-17 | 0.836+-0.013 | 10.6+-3.69 | 130 |
表38
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-96 | X | |
hsa-miR-144 | X | |
hsa-miR-93 | X | |
hsa-miR-106b | X | X |
hsa-miR-25 | X | X |
hsa-miR-15b | X | X |
hsa-miR-145 | X | |
hsa-miR-375 | X | |
hsa-miR-103 | X | X |
hsa-miR-20a | X | |
hsa-miR-107 | X | |
hsa-miR-451 | X | |
hsa-miR-130b | X | |
hsa-miR-454 | X | |
hsa-miR-30a | X | |
hsa-miR-17 | X |
表39
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例10:第六方面确认小细胞肺癌和非小细胞肺癌的miRNA数据表达
本发明的第六方面中所述确认小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC)的miRNA表达,具体详见表40-43。表40显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表41列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表42显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表43显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的8个miRNA(SEQIDNO:90,SEQIDNO:116,SEQIDNO:130,SEQIDNO:131,SEQIDNO:137,SEQIDNO:140,SEQIDNO:146andSEQIDNO:156)已经在表42中用粗体标出。
表40
预测小细胞肺癌和非小细胞肺癌的PAM分数
名称 | NSCLC分数 | SCLC分数 |
hsa-miR-375 | -0.158 | 0.6519 |
hsa-miR-92a | -0.0757 | 0.3125 |
hsa-miR-23a | 0.0635 | -0.2618 |
hsa-miR-454 | -0.0605 | 0.2497 |
hsa-miR-335 | -0.0585 | 0.2412 |
hsa-miR-24 | 0.0549 | -0.2263 |
hsa-miR-301a | -0.0287 | 0.1183 |
hsa-miR-135a | -0.0227 | 0.0936 |
hsa-miR-27a | 0.0106 | -0.0439 |
hsa-miR-9 | -0.008 | 0.0328 |
hsa-miR-592 | -0.0078 | 0.0321 |
hsa-miR-216b | -0.0009 | 0.0038 |
hsa-miR-22 | 0.0002 | -0.0009 |
表41
WEKA中区分小细胞肺癌和非细胞肺癌的重要miRNA的选择特征
表42
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-375 | X | X |
hsa-miR-335 | X | X |
hsa-miR-23a | X | X |
hsa-miR-27a | X | X |
hsa-miR-22 | X | X |
hsa-miR-592 | X | X |
hsa-miR-135a | X | X |
hsa-miR-24 | X | X |
hsa-miR-454 | X | |
hsa-miR-301a | X | |
hsa-miR-199b-5p | X | |
hsa-miR-9 | X | |
hsa-miR-34a | X | |
hsa-miR-199a-5p | X | |
hsa-miR-335* | X | |
hsa-miR-152 | X | |
hsa-miR-216b | X |
表43
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例11:第七方面确认腺癌、鳞状细胞癌或小细胞肺癌的miRNA数据表达
本发明的第七方面中所述确认腺癌(AC)、鳞状细胞癌(SQ)或小细胞肺癌(SCLC)的miRNA表达,具体详见表44-47。表44显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表45列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表46显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表47显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的7个miRNA(SEQIDNO:30,SEQIDNO:79,SEQIDNO:87,SEQIDNO:90,SEQIDNO:100,SEQIDNO:101,SEQIDNO:131)已经在表47中用粗体标出。
表44
预测腺癌、鳞状细胞癌或小细胞肺癌的PAM分数
名称 | 腺癌分数 | SCLC分数 | 鳞状细胞癌分数 |
hsa-miR-205 | -0.0317 | 0 | 0.554 |
hsa-miR-375 | 0 | 0.4798 | 0 |
hsa-miR-25 | -0.3066 | 0 | 0 |
hsa-miR-92a | 0 | 0.2156 | 0 |
hsa-miR-93 | -0.1945 | 0 | 0 |
hsa-miR-34a | 0.1718 | 0 | 0 |
hsa-miR-29c | 0.1691 | 0 | 0 |
hsa-miR-23a | 0 | -0.1452 | 0 |
hsa-miR-27a | 0 | -0.0614 | 0.1239 |
hsa-miR-24 | 0 | -0.116 | 0 |
hsa-miR-29b | 0.1119 | 0 | 0 |
hsa-miR-454 | 0 | 0.0872 | 0 |
hsa-miR-335 | 0 | 0.0709 | 0 |
hsa-miR-29a | 0.059 | 0 | 0 |
hsa-miR-106b | -0.0509 | 0 | 0 |
hsa-miR-301a | 0 | 0.0073 | 0 |
hsa-miR-145 | 0.0068 | 0 | 0 |
表45
WEKA中区分腺癌、鳞状细胞癌或小细胞肺癌的重要miRNA的选择特征
表46
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-25 | X | X |
hsa-miR-205 | X | X |
hsa-miR-34a | X | X |
hsa-miR-375 | X | X |
hsa-miR-29a | X | X |
hsa-miR-29b | X | X |
hsa-miR-27a | X | X |
hsa-miR-93 | X | |
hsa-miR-106b | X | |
hsa-miR-15b | X | |
hsa-miR-454 | X | |
hsa-miR-301a | X | |
hsa-miR-145 | X | 73 --> |
hsa-miR-29c | X | |
hsa-miR-221 | X | |
hsa-miR-335 | X | |
hsa-miR-23a | X | |
hsa-miR-199a-5p | X | |
hsa-miR-22 | X | |
hsa-miR-592 | X | |
hsa-miR-95 | X | |
hsa-miR-24 | X | |
hsa-miR-92a | X |
表47
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
实施例12:第七方面确认腺癌和鳞状细胞癌miRNA数据表达
本发明的第七方面中所述确认腺癌(AC)、鳞状细胞癌(SQ的miRNA表达,具体详见表48-51。表48显示了10倍交叉验证的PAM分类法。表49列出了用WEKA演算法得到的重要miRNA选择特征。表50显示了用两种不同的演算方法所得的分类组合。表51显示了特定的miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征。优选的8个miRNA(SEQIDNO:14,SEQIDNO:18,SEQIDNO:30,SEQIDNO:1579,SEQIDNO:90,SEQIDNO:95和SEQIDNO:100)已经在表52中用粗体标出。
表49
预测腺癌、鳞状细胞癌的PAM分数
名称 | AC分数 | SQ分数 |
hsa-miR-205 | -0.2566 | 0.3079 |
hsa-miR-25 | -0.1618 | 0.1942 |
hsa-miR-93 | -0.0677 | 0.0812 |
hsa-miR-29c | 0.0174 | -0.0209 |
表50
WEKA中区分腺癌、鳞状细胞癌的重要miRNA的选择特征
表51
两种不同的演算方法所得的分类组合
名称 | PAM | WEKA |
hsa-miR-497 | X | |
hsa-miR-93 | X | |
hsa-miR-25 | X | X |
hsa-miR-29c | X | |
hsa-miR-205 | X | X |
hsa-miR-375 | X | |
hsa-miR-149 | X | |
hsa-miR-29a | X | |
hsa-miR-1 | X | |
hsa-miR-15b | X | |
hsa-miR-181c | X | |
hsa-miR-29b | X | |
hsa-miR-769-5p | X | |
hsa-miR-221 | X |
表52
特定miRNA预测者在多种演算方法中的分类特征
所得的结果显示了肺癌中全面的高度特异调节的miRNA表达。每个亚组的特异性miRNA都代表着肺癌组织中独特的miRNA表达谱,它们不仅能显示是否存在癌症的状态还可以区分不同组织亚型的肺癌。
因此,这些miRNA的表达信号不仅仅可以确认肺癌的存在,还可以对患者启用一个可靠的风险评估或可能处于癌前阶段,无论这个癌前阶段是否会进展为浸润癌。换而言之,在此所定义的miRNA表达信号可以预测疾病的进展,或者对进展为肺癌有易感性。
这种癌症发展风险的评估在若干方面具有显著的临床重要性。本发明的miRNA表达特征的鉴别提供了独特的分子标记,使得可以在早期阶段检测肺癌(即在通过原位技术或者显微镜分析活检组织或切除材料还不能检测到恶性细胞的阶段),从而是的肺癌仍可以显著有效地得以治疗。另外,癌症发展的预测可用于指导对表现出肺癌癌前病变的患者的治疗决定。
在此举例描述的本发明可以适当地在不存在本文特别揭示的任何因素、限制的条件下进行。因此,例如术语“包含”、“包括”“含有”等应具有广泛含义且无限制。另外,本文采用的术语和表达法用于描述本发明而无限制之意,且使用这些术语和表达法没有排除所示和所述特征的任何等同物或其部分之意,而是能意识到在权利要求范围内可以对本发明进行各种修改。因此,应理解尽管通过实施方案和任选的特征对本发明进行了特别揭示,但是本领域技术人员可以对本发明进行修改和改变,这种修改和改变包含在本发明的范围内。
本文广泛及概括地描述了本发明。落入上位描述范围内的每个较窄的下位概念和亚上位集合也组成了本发明的一部分。这包括用条件或从上位中除去任何主题的否定限制对本发明的上位描述,而无论所除去的主题是否在本文中特别引述。
其它实施方案在如下权利要求范围内。另外,当本发明的特征或各个方面用马库什组方式描述时,本领域技术人员能意识到本发明也以马库什组的任何各个成员或成员亚组方式被描述。
Claims (48)
1.核酸分子在制备用于鉴定展现出或具有发展肺癌的倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的分子标记诊断试剂盒中的用途,所述核酸分子均编码微RNA序列,
其中所述核酸分子中的一或多种在所述靶细胞和在一或多种正常对照细胞中差异表达,及
其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表核酸表达特征,所述核酸表达特征是存在肺癌和/或不同类型肺癌的指征、或者是具有发展肺癌和/或不同类型肺癌倾向的指征;并且
其中所述不同肺癌由腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌所组成,
其中所述核酸表达特征包含编码hsa-miR-425的核酸分子。
2.权利要求1的用途,其中所述核酸表达特征包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被上调;以及还包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被下调。
3.权利要求1-2任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、has-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、has-miR-218、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsamiR-93、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、has-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-106b、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-135b、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-1226*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、has-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-224、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-9、has-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、has-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150、hsa-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215和hsa-miR-106a的任意一种或多种核酸分子。
4.权利要求3的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码has-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、has-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-135b、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、hsa-miR-192、hsa-miR-215、hsa-miR-106a的核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、has-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-218、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*,hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、has-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572,、hsa-miR-101、hsa-miR-143、has-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p、has-miR-195、hsa-miR-142-5p和hsa-miR-150的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
5.权利要求1-2任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p和hsa-miR-218的核酸分子。
6.权利要求5的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码has-miR-183、hsa-miR-96和hsa-miR-200c的核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-14、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p和hsa-miR-218的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
7.权利要求1-2任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、has-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子。
8.权利要求7的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,hsa-miR-183的表达被上调,而编码has-miR-451、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
9.权利要求1的用途,其中所述肺癌包括鳞状细胞肺癌和腺癌肺癌。
10.权利要求9的用途,其中所述核酸表达特征包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被上调;以及还包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被下调。
11.权利要求9-10任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、has-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218,hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-130b、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、has-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-135b、hsa-miR-100、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-30a*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-99a、hsa-miR-335、hsa-miR-106b、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-224、has-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150、hsa-miR-205、hsa-miR-192和hsa-miR-215的任意一种或多种核酸分子。
12.权利要求11的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-93、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-625、has-miR-98、hsa-miR-25、hsa-miR-200b*、hsa-miR-135b、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-106b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205、has-miR-192、hsa-miR-215的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、has-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、has-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-30a*、hsa-miR-99a、hsa-miR-335、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-30d、has-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
13.权利要求9-10任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、has-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-96、hsa-miR-144、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p的任意一种或多种核酸分子。
14.权利要求13的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-200c的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码has-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145,hsa-miR-140-3p、hsa-miR-144、hsa-miR-486-5p和hsa-miR-139-5p的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
15.权利要求9-10任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-183、has-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子。
16.权利要求15的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,hsa-miR-183的表达被上调,而编码has-miR-451、hsa-miR-497、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
17.权利要求1的用途,其中所述肺癌为腺癌肺癌。
18.权利要求17的用途,其中所述核酸表达特征包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被上调;以及还包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被下调。
19.权利要求17-18任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、has-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-21、hsa-miR-183、has-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、has-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-134、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、has-miR-99a、hsa-miR-34a、hsa-miR-542-3p、hsa-miR-200a*、hsa-miR-375、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-224、has-miR-200b、hsa-miR-195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-141和hsa-miR-192的任意一种或多种核酸分子。
20.权利要求19的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-96、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、has-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-200b*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-34a、hsa-miR-542-3p、hsa-miR-200a*、hsa-miR-375、hsa-miR-224、hsa-miR-200b、has-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-141、hsa-miR-192的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-134、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-99a、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-195的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
21.权利要求17-18任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、has-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-21、hsa-miR-183、has-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a和hsa-miR-625的任意一种或多种核酸分子。
22.权利要求21的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-96、hsa-miR-21、hsa-miR-183、hsa-miR-200c、hsa-miR-135b、hsa-miR-148a、hsa-miR-625的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,编码hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-218、hsa-miR-144、hsa-miR-451的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
23.权利要求17-18任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、has-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a和hsa-miR-218的任意一种或多种核酸分子。
24.权利要求23的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,hsa-miR-96的表达被上调,而编码has-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a和hsa-miR-218任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
25.权利要求1的用途,其中所述肺癌为鳞状细胞肺癌。
26.权利要求25的用途,其中所述核酸表达特征包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被上调;及还包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被下调。
27.权利要求25-26任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-144、has-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-126、has-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143、hsa-miR-103、hsa-miR-183、hsa-miR-96、has-miR-139-5p、hsa-miR-130b、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、has-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-106b、hsa-miR-150*、hsa-miR-25、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-15b、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、hsa-miR-1226*、hsa-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-29c*、hsa-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-375、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-149、hsa-miR-768-5p、has-miR-181a、hsa-miR-20a、hsa-miR-181c、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-505、hsa-miR-939、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-30c、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-590-5p、has-miR-671-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-652、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-623、hsa-miR-221、hsa-miR-19a、hsa-miR-944、hsa-miR-335、hsa-miR-125a-5p、has-miR-551b、hsa-let-7d*、hsa-miR-31*、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-30b*、hsa-miR-601、hsa-miR-20b、hsa-miR-202、hsa-miR-101、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR195、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150和hsa-miR-205的任意一种或多种核酸分子。
28.权利要求27的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-200c、hsa-miR-93、hsa-miR-103、hsa-miR-183、hsa-miR-96、hsa-miR-130b、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-98、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-196a、has-miR-424、hsa-miR-21*、hsa-miR-18b、hsa-miR-18a、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、has-miR-494、hsa-miR-193b、hsa-miR-151-3p、hsa-miR-149、hsa-miR-20a、hsa-miR-505、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-590-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-221、hsa-miR-19a、hsa-miR-944、hsa-miR-31*、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-miR-224、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-21、hsa-miR-17、hsa-miR-128、hsa-miR-141、hsa-miR-205的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、has-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、has-miR-187*、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-29c*、hsa-miR-375、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-181a、hsa-miR-181c、has-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-939、hsa-miR-30c、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-652、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-623、hsa-miR-335、hsa-miR-125a-5p、hsa-miR-551b、has-let-7d*、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-30b*、hsa-miR-601、hsa-miR-202、hsa-miR-101、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-30d、hsa-miR-29c、hsa-miR-195、hsa-miR-142-5p、hsa-miR-150的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
29.权利要求25-26任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-144、has-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-93、hsa-miR-126、has-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143和hsa-miR-103的任意一种或多种核酸分子。
30.权利要求29的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-200c、hsa-miR-93、hsa-miR-103的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、has-miR-145、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-30b、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-30a、hsa-miR-143的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
31.权利要求25-26任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-144、has-miR-451、hsa-miR-200c、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子。
32.权利要求31的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,hsa-miR-200c的表达被上调,而编码hsa-miR-144、has-miR-451、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-497、hsa-miR-218、hsa-miR-145和hsa-miR-140-3p的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
33.权利要求1的用途,其中所述肺癌为小细胞肺癌。
34.权利要求33的用途,其中所述核酸表达特征包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被上调;及还包含至少一种编码微RNA序列的核酸分子,其表达在一或多种靶细胞中与在一或多种正常对照细胞中相比被下调。
35.权利要求33-34任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、has-miR-144、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、has-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-451、hsa-miR-130b、has-miR-454、hsa-miR-30a、hsa-miR-17、hsa-miR-183、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、hsa-miR-144*、hsa-miR-133b、has-miR-497、hsa-miR-182、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-429、hsa-miR-498、hsa-miR-200a、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-98、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-200b*、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-152、hsa-miR-301a、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-196b、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-34a、hsa-miR-200a*、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-505、has-miR-939、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-19a、hsa-miR-551b、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-601、hsa-miR-20b、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-199a-5p、hsa-let-7i、hsa-miR-19b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-17*、hsa-miR-22、hsa-miR-340*、hsa-miR-214、hsa-miR-592、hsa-miR-335*、hsa-miR-29c*、hsa-miR-421、hsa-miR-886-3p、hsa-miR-16-2*、hsa-miR-135a、has-miR-183*、hsa-miR-7-1*、hsa-miR-26b、hsa-miR-455-3p、hsa-miR-222、hsa-miR-95、hsa-miR-564、hsa-miR-636、hsa-miR-34b*、hsa-miR-18a、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-29c、has-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-128和hsa-miR-106a的任意一种或多种核酸分子。
36.权利要求35的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-130b、hsa-miR-350、hsa-miR-454、hsa-miR-17、hsa-miR-183、hsa-miR-425、hsa-miR-182、hsa-miR-429、hsa-miR-200a、hsa-miR-98、hsa-miR-200b*、hsa-miR-301a、hsa-miR-196b、hsa-miR-505、has-miR-769-5p、hsa-miR-625、hsa-miR-19a、hsa-miR-362-5p、hsa-miR-20b、hsa-let-7i、hsa-miR-19b、hsa-miR-20a*、hsa-miR-17*、hsa-miR-340*、hsa-miR-592、hsa-miR-335*、hsa-miR-421、hsa-miR-16-2*、hsa-miR-135a、hsa-miR-183*、hsa-miR-7-1*、hsa-miR-95、hsa-miR-18a、hsa-miR-9、hsa-miR-200b、hsa-miR-210、hsa-miR-7、hsa-miR-128和hsa-miR-106a的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145、hsa-miR-451、has-miR-30a、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-338-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-30a*、has-miR-144、hsa-miR-133b、hsa-miR-497、hsa-miR-187*、hsa-miR-30b、hsa-miR-145*、hsa-miR-498、hsa-miR-130a、hsa-miR-30c-2*、hsa-miR-1、hsa-miR-150*、hsa-miR-134、hsa-miR-328、hsa-miR-638、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1224-5p、hsa-miR-557、hsa-miR-152、hsa-miR-100、hsa-miR-223、hsa-miR-1226*、hsa-miR-572、hsa-miR-18b、hsa-miR-9*、hsa-miR-301b、hsa-miR-199b-3p、hsa-miR-34a、hsa-miR-200a*、hsa-miR-26a、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-768-5p、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、has-miR-939、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-551b、hsa-miR-181a*、hsa-miR-940、hsa-miR-601、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-214、has-miR-29c*、hsa-miR-886-3p、hsa-miR-26b、hsa-miR-455-3p、hsa-miR-222、hsa-miR-564、hsa-miR-636、hsa-miR-34b*、hsa-miR-126、hsa-miR-126*、hsa-miR-140-3p、has-miR-101、hsa-miR-143、hsa-miR-140-5p、hsa-miR-29c、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-125a-3p的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
37.权利要求33-34任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、has-miR-144、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、has-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-451、hsa-miR-130b、has-miR-454、hsa-miR-30a和hsa-miR-17的任意一种或多种核酸分子。
38.权利要求37的用途,其中与一或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a、hsa-miR-107、hsa-miR-130b、hsa-miR-454、hsa-miR-17的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145、hsa-miR-451、hsa-miR-30a的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
39.权利要求33-34任一项的用途,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-96、hsamiR-144、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-145、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a和hsa-miR-107的任意一种或多种核酸分子。
40.权利要求39的用途,其中与所述一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-96、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-25、hsa-miR-15b、hsa-miR-375、hsa-miR-103、hsa-miR-20a和hsa-miR-107的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-144、hsa-miR-145的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
41.权利要求1的用途,所述试剂盒进一步用于区分非小细胞肺癌和小细胞肺癌,以及
其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-135a、hsa-miR-24、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-9、hsa-miR-34a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-335*、hsa-miR-152和hsa-miR-216b的任意一种或多种核酸分子。
42.权利要求41的用途,其中与一种或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-23a、hsa-miR-27a、hsa-miR-22、hsa-miR-135a、hsa-miR-199b-5p、hsa-miR-34a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-152的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-375、hsa-miR-335、hsa-miR-592、hsa-miR-24、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-9、hsa-miR-335*、hsa-miR-216b的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
43.权利要求1的用途,所述试剂盒进一步用于将腺癌肺癌、小细胞肺癌或鳞状细胞肺癌与其它两种区别开,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-34a、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-27a、hsa-miR-29b、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-145、hsa-miR-29c、hsa-miR-221、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-95、has-miR-24和hsa-miR-92a的任意一种或多种核酸分子。
44.权利要求43的用途,其中与小细胞肺癌和鳞状细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-34a、hsa-miR-29a、hsa-miR-29b、hsa-miR-145、hsa-miR-29c的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-25、hsa-miR-93、hsa-miR-301a、hsa-miR-106b、has-miR-15b、hsa-miR-92a的任意一种或多种核酸分子的表达被下调;
在腺癌肺癌中编码hsa-miR-205、hsa-miR-27a、hsa-miR-221的任意一种或多种核酸分子的表达与小细胞肺癌相比被上调,而与鳞状细胞肺癌相比被下调;在腺癌肺癌中hsa-miR-375的表达与鳞状细胞肺癌相比被上调,而与小细胞肺癌相比被下调;
与小细胞肺癌相比,在腺癌肺癌中编码hsa-miR-24、hsa-miR-23a、hsa-miR-22、hsa-miR-199a-5p的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-592、hsa-miR-335、hsa-miR-95、hsa-miR-454的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
45.权利要求1的用途,所述试剂盒进一步用于区分腺癌肺癌和鳞状细胞肺癌,并且
其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-497、hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-29c、hsa-miR-205、hsa-miR-375、hsa-miR-149、hsa-miR-29a、hsa-miR-1、hsa-miR-15b、hsa-miR-181c、hsa-miR-29b、hsa-miR-769-5p和hsa-miR-221的任意一种或多种核酸分子。
46.权利要求45的用途,其中与一或多种正常对照细胞相比,在所述一或多种靶细胞中,编码hsa-miR-497、hsa-miR-29c、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-1、hsa-miR-181c、hsa-miR-29b的任意一种或多种核酸分子的表达被上调,而编码hsa-miR-93、hsa-miR-25、hsa-miR-205、has-miR-149、hsa-miR-15b、hsa-miR-769-5p、hsa-miR-221的任意一种或多种核酸分子的表达被下调。
47.权利要求1-46任一项的试剂盒在制备用于通过如下方法鉴定展现出或具有发展肺癌倾向的一或多种哺乳动物靶细胞的组合物中的用途,所述方法包括:
(a)在所述一或多种靶细胞中确定多种核酸分子的表达水平,每种核酸分子均编码微RNA序列;
(b)在一或多种正常对照细胞中确定所述多种核酸分子的表达水平;及
(c)通过对比在步骤(a)和(b)中获得的各自的表达水平,从所述多种核酸分子中鉴定出在所述靶细胞中和所述正常对照细胞中差异表达的一或多种核酸分子,
其中所述一或多种差异表达的核酸分子一起代表如权利要求1-46任一项中所定义的核酸表达特征,所述核酸表达特征是存在肺癌或发展肺癌的倾向的指征。
48.权利要求47的用途,所述试剂盒进一步用于区分选自腺癌肺癌、鳞状细胞肺癌和小细胞肺癌的肺癌,其中所述核酸表达特征还包含编码hsa-miR-25、hsa-miR-205、hsa-miR-34a、hsa-miR-375、hsa-miR-29a、hsa-miR-27a、hsa-miR-29b、hsa-miR-93、hsa-miR-106b、hsa-miR-15b、hsa-miR-454、hsa-miR-301a、hsa-miR-145、hsa-miR-29c、hsa-miR-221、hsa-miR-335、hsa-miR-23a、hsa-miR-199a-5p、hsa-miR-22、hsa-miR-592、hsa-miR-95、has-miR-24和hsa-miR-92a的任意一种或多种核酸分子。
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