CN107607712A - 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 - Google Patents
用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 Download PDFInfo
- Publication number
- CN107607712A CN107607712A CN201711003881.2A CN201711003881A CN107607712A CN 107607712 A CN107607712 A CN 107607712A CN 201711003881 A CN201711003881 A CN 201711003881A CN 107607712 A CN107607712 A CN 107607712A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- gene
- dna
- bladder
- bladder cancer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 39
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 38
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 38
- 230000035572 chemosensitivity Effects 0.000 title claims abstract description 20
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 51
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims abstract description 21
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 20
- -1 TERT promoter Proteins 0.000 claims abstract description 19
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 18
- 101710182396 Fibroblast growth factor receptor 3 Proteins 0.000 claims abstract description 17
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 claims abstract description 17
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims abstract description 17
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims abstract description 16
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 102000008096 B7-H1 Antigen Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 102100032912 CD44 antigen Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 102100035186 DNA excision repair protein ERCC-1 Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 101000868273 Homo sapiens CD44 antigen Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 101000876529 Homo sapiens DNA excision repair protein ERCC-1 Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 101000994460 Homo sapiens Keratin, type I cytoskeletal 20 Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 101000835093 Homo sapiens Transferrin receptor protein 1 Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 101000713575 Homo sapiens Tubulin beta-3 chain Proteins 0.000 claims abstract description 15
- 102100032700 Keratin, type I cytoskeletal 20 Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 102100026144 Transferrin receptor protein 1 Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 102100036790 Tubulin beta-3 chain Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims abstract description 15
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims abstract description 15
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims abstract description 15
- 102100027842 Fibroblast growth factor receptor 3 Human genes 0.000 claims abstract description 14
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 claims abstract description 14
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims abstract description 14
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims abstract description 13
- 101001074727 Homo sapiens Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit Proteins 0.000 claims abstract description 12
- 102100036320 Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit Human genes 0.000 claims abstract description 12
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims abstract description 10
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims abstract description 10
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims abstract description 10
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 claims abstract description 10
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims abstract description 8
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims abstract description 8
- 239000003471 mutagenic agent Substances 0.000 claims abstract description 5
- 238000003317 immunochromatography Methods 0.000 claims abstract description 4
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 56
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 25
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 claims description 21
- 210000005068 bladder tissue Anatomy 0.000 claims description 18
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 16
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 12
- 101150063858 Pik3ca gene Proteins 0.000 claims description 9
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 9
- 101150080074 TP53 gene Proteins 0.000 claims description 7
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 claims description 7
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 6
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 6
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 6
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 claims description 6
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims description 5
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 201000001531 bladder carcinoma Diseases 0.000 abstract description 22
- 208000010570 urinary bladder carcinoma Diseases 0.000 abstract description 22
- 101000795643 Homo sapiens Hamartin Proteins 0.000 abstract description 15
- 102100031561 Hamartin Human genes 0.000 abstract description 13
- 238000011226 adjuvant chemotherapy Methods 0.000 abstract description 9
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 abstract description 7
- 230000007170 pathology Effects 0.000 abstract description 7
- 238000013461 design Methods 0.000 abstract description 4
- 102000015098 Tumor Suppressor Protein p53 Human genes 0.000 abstract 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract 1
- 210000003932 urinary bladder Anatomy 0.000 description 12
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 11
- CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N O-Xylene Chemical compound CC1=CC=CC=C1C CTQNGGLPUBDAKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 7
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 6
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 6
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 6
- 238000000034 method Methods 0.000 description 6
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- UQLDLKMNUJERMK-UHFFFAOYSA-L di(octadecanoyloxy)lead Chemical compound [Pb+2].CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O.CCCCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O UQLDLKMNUJERMK-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 5
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 235000013601 eggs Nutrition 0.000 description 4
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 4
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 108700020302 erbB-2 Genes Proteins 0.000 description 3
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 3
- SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N gemcitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1C(F)(F)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 SDUQYLNIPVEERB-QPPQHZFASA-N 0.000 description 3
- 229960005277 gemcitabine Drugs 0.000 description 3
- 230000002632 myometrial effect Effects 0.000 description 3
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 3
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Substances [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000001712 DNA sequencing Methods 0.000 description 2
- AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N Doxorubicin Chemical compound O([C@H]1C[C@@](O)(CC=2C(O)=C3C(=O)C=4C=CC=C(C=4C(=O)C3=C(O)C=21)OC)C(=O)CO)[C@H]1C[C@H](N)[C@H](O)[C@H](C)O1 AOJJSUZBOXZQNB-TZSSRYMLSA-N 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150054472 HER2 gene Proteins 0.000 description 2
- MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N Hydrogen peroxide Chemical compound OO MHAJPDPJQMAIIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N L-methotrexate Chemical compound C=1N=C2N=C(N)N=C(N)C2=NC=1CN(C)C1=CC=C(C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O)C=C1 FBOZXECLQNJBKD-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 230000004087 circulation Effects 0.000 description 2
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 2
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 238000011532 immunohistochemical staining Methods 0.000 description 2
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 2
- 229960000485 methotrexate Drugs 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 description 2
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 2
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 2
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 2
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 2
- 101150028074 2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034613 Annexin A2 Human genes 0.000 description 1
- 108090000668 Annexin A2 Proteins 0.000 description 1
- 102000016938 Catalase Human genes 0.000 description 1
- 108010053835 Catalase Proteins 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L EDTA disodium salt (anhydrous) Chemical compound [Na+].[Na+].OC(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC(O)=O)CC([O-])=O ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001062009 Indigofera Species 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 208000003788 Neoplasm Micrometastasis Diseases 0.000 description 1
- 229930012538 Paclitaxel Natural products 0.000 description 1
- 229920004890 Triton X-100 Polymers 0.000 description 1
- 239000013504 Triton X-100 Substances 0.000 description 1
- 208000006593 Urologic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 229940009456 adriamycin Drugs 0.000 description 1
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 239000006227 byproduct Substances 0.000 description 1
- 230000000973 chemotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000009104 chemotherapy regimen Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 231100000433 cytotoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000001472 cytotoxic effect Effects 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000018044 dehydration Effects 0.000 description 1
- 238000006297 dehydration reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000024278 histolysis Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 1
- 238000011221 initial treatment Methods 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 238000009940 knitting Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000011227 neoadjuvant chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 1
- 229960001592 paclitaxel Drugs 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 239000012264 purified product Substances 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 230000000306 recurrent effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000008261 resistance mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 238000011521 systemic chemotherapy Methods 0.000 description 1
- RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N taxol Chemical compound O([C@@H]1[C@@]2(C[C@@H](C(C)=C(C2(C)C)[C@H](C([C@]2(C)[C@@H](O)C[C@H]3OC[C@]3([C@H]21)OC(C)=O)=O)OC(=O)C)OC(=O)[C@H](O)[C@@H](NC(=O)C=1C=CC=CC=1)C=1C=CC=CC=1)O)C(=O)C1=CC=CC=C1 RCINICONZNJXQF-MZXODVADSA-N 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N vincristine Chemical compound C([N@]1C[C@@H](C[C@]2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C([C@]56[C@H]([C@@]([C@H](OC(C)=O)[C@]7(CC)C=CCN([C@H]67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)C[C@@](C1)(O)CC)CC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-XQKSVPLYSA-N 0.000 description 1
- 229960004528 vincristine Drugs 0.000 description 1
- OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N vincristine Natural products C1C(CC)(O)CC(CC2(C(=O)OC)C=3C(=CC4=C(C56C(C(C(OC(C)=O)C7(CC)C=CCN(C67)CC5)(O)C(=O)OC)N4C=O)C=3)OC)CN1CCC1=C2NC2=CC=CC=C12 OGWKCGZFUXNPDA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,所述系统包括基因检测装置、免疫组化检测装置以及数据处理装置,其中,所述基因检测装置、所述免疫层析检测装置的检测结果通过所述数据处理装置进行分析处理;其中,所述基因检测装置包括DNA提取试剂盒、引物组、PCR扩增仪、PCR纯化试剂盒、测序仪以及电泳仪。本发明用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,通过利用膀胱癌突变基因包括FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA、HER2,异常表达蛋白包括EGFR、ERCC1、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD‑L1、TUBB3、Ki67及CD71,设计制备相应的特异性引物和抗体进行检测,以满足上述分子病理指标的检测需求,且简便、经济,可以大大提高膀胱癌化疗敏感性预测准确性,用于指导新辅助化疗实施。
Description
技术领域
本发明涉及生物基因及免疫检测技术领域,具体涉及一种用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统。
背景技术
膀胱癌(bladder cancer,BC)是泌尿系最常见肿瘤之一,其发病率及死亡率均居我国泌尿系肿瘤首位。膀胱癌可分为乳头状非肌层浸润性膀胱癌和肌层浸润性膀胱癌,前者往往向膀胱腔内生长,具有高复发率,术后复发率可达70%;后者具有较强的增殖、侵袭、转移能力,比例高达50%的患者可发生致命性转移。手术是膀胱癌的主要治疗方式,对于局限性膀胱癌,手术预后良好;对于非局限性膀胱癌,尤其是肌层浸润性膀胱癌,单纯手术具有较高的复发率和远处转移风险,达不到理想的治疗效果。因此,针对后者,手术期后往往需要进行系统化疗以降低复发转移率。作为恶性肿瘤局部手术和放疗前的全身性化疗,新辅助化疗能够消灭潜在微小转移灶,为患者提供手术条件、提高手术根治率;能够降低肿瘤细胞活性,使其手术时不易散布入血,减少术中转移,改善膀胱癌术后患者预后。
膀胱癌早期新辅助化疗方案采用顺铂、阿霉素、甲氨蝶呤及长春新碱,后来陆续引入了新型细胞毒性药物,如吉西他滨、紫杉醇,大大提高了膀胱癌新辅助化疗的临床应用效果。然而,新辅助化疗尽管能够绝对改善膀胱癌总体预后,但对化疗耐药的膀胱癌患者收效甚微,并很可能因此延误此类患者的治疗,此外,新辅助化疗固有的毒副反应可使该治疗对患者的不利加大。如何有效甄别、预测患者应用新辅助化疗缓解或抵抗对新辅助化疗应用的有效性至关重要,且是本领域的亟待攻克的难题。
目前,肿瘤通过一系列的分子机制对化疗产生耐药,这些分子机制包含的基因、分子信号等的异常可反映肿瘤的耐药能力。因此,检测肿瘤耐药、预后相关的热点分子病理指标并设计合理的panel,可在一定程度上预测肿瘤对化疗的敏感性,指导化疗方案的执行。
传统影像学或有创检查仅能直观反映肿瘤大小、数目、侵袭范围等属性,不涉及肿瘤的发生、发展、耐药机制,无法对膀胱癌患者化疗敏感性给出一个量化指标,更遑论应用于恶性肿瘤化疗敏感性方面的预测。检测单一分子病理指标往往有很大偏差,无法保证预测患者化疗敏感性的准确性。
综上所述,传统的设备无法对膀胱癌患者化疗的敏感性给出量化指标,且单一的病理指标无法保证预测患者化疗敏感性的准确性,亟待进一步的改进。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,用以解决现有装置无法对膀胱癌患者化疗的敏感性给出量化指标,无法保证预测患者化疗敏感性的准确性。
为实现上述目的,本发明提供一种用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,所述系统包括基因检测装置、免疫组化检测装置以及数据处理装置,其中,所述基因检测装置、所述免疫层析检测装置的检测结果通过所述数据处理装置进行分析处理;
其中,所述基因检测装置包括DNA提取试剂盒、引物组、PCR扩增仪、PCR纯化试剂盒、测序仪以及电泳仪;所述DNA提取试剂盒提取的膀胱组织DNA经过PCR扩增仪扩增后获得的产物经过PCR纯化试剂盒纯化,纯化后获得的纯化DNA经过测序仪测序,获得目的基因的DNA序列;
所述免疫组化检测装置包括石蜡包埋装置、切片机以及显微镜,石蜡包埋装置将膀胱组织进行石蜡包埋后,通过切片机获得膀胱组织切片,所述膀胱组织切片,通过对应的抗原和抗体对所述膀胱组织切片进行处理,经过所述显微镜观察获得膀胱组织切片检测结果;
将测序仪获得的目的基因DNA序列和膀胱组织切片检测结果输入数据处理装置进行处理,将测序仪获得的目的基因DNA序列与正常基因DNA序列比对,确定膀胱组织突变基因,同时,将膀胱组织组织切片的检测结果与正常膀胱组织切片蛋白表达量进行比较,确定特定蛋白的表达量;
根据相关基因突变种类以及蛋白表达量的数据,判定患者化疗后抵抗或者缓解。
优选的,所述引物组包括基因FGFR3引物组:SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ IDNO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6;
基因HRAS引物组:SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10;
基因TERT引物组:SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.12;
基因TP53引物组:SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14;
基因TSC1引物组:SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.19、SEQ ID NO.20;
基因PIK3CA引物组:SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.24;
基因HER2引物组:SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28。
优选的,所述蛋白为ERCC1、EGFR、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71;
所述抗体为ERCC1、EGFR、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71对应的一抗;
当检测到TSC1、TERT启动子、PIK3CA基因突变;CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白高表达,化疗后会抵抗;
当检测到FGFR3、HRAS、HER2、TP53基因突变;RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白低表达,化疗后会缓解。
优选的,所述系统还包括用于检测DNA的浓度的分光光度计。
优选的,所述基因检测装置还包括用于纯化DNA的96孔板。
优选的,所述系统还包括用于对DNA的离心分离离心机。
优选的,所述基因检测装置还包括Terminator v3.1cyclesequencingKit作为测序反应试剂盒。
优选的,所述数据处理装置为手机或者计算机。
本发明具有如下优点:
本发明用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,通过利用膀胱癌突变基因包括FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA、HER2,异常表达蛋白包括EGFR、ERCC1、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71,设计制备相应的特异性引物和抗体进行检测,以满足上述分子病理指标的检测需求,且简便、经济,可以大大提高膀胱癌化疗敏感性预测准确性,用于指导新辅助化疗实施。
附图说明
图1为本发明的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统的组成示意图。
图2为本发明的实施例1中,FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA和HER2基因突变与GC抵抗或GC缓解之间的关系图,GC抵抗组TSC1、TERT启动子、PIK3CA的基因突变比率显著高于GC缓解组;而GC抵抗组FGFR3、HRAS、HER2、TP53的基因突变比率显著低于GC缓解组。
图3为本发明的实施例1中,EGFR、ERCC1、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71蛋白的表达量与GC抵抗或GC缓解之间的关系图,GC抵抗组CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白表达量显著高于GC缓解组;而GC抵抗组RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白表达量显著低于GC缓解组。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。
如图1所示,本发明的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其包括基因检测装置、免疫组化检测装置以及数据处理装置,其中,基因检测装置、免疫层析检测装置的检测结果通过数据处理装置进行分析处理;其中,基因检测装置包括DNA提取试剂盒、引物组、PCR扩增仪、PCR纯化试剂盒、测序仪以及电泳仪;DNA提取试剂盒提取的膀胱组织DNA经过PCR扩增仪扩增后获得的产物经过PCR纯化试剂盒纯化,纯化后获得的纯化DNA经过测序仪测序,获得目的基因的DNA序列;
免疫组化检测装置包括石蜡包埋装置、切片机以及显微镜,石蜡包埋装置将膀胱组织进行石蜡包埋后,通过切片机获得膀胱组织切片,膀胱组织切片,通过对应的抗原和抗体对膀胱组织切片进行处理,经过显微镜观察获得膀胱组织切片检测结果;
将测序仪获得的基因DNA序列和膀胱组织切片检测结果输入数据处理装置进行处理,将测序仪获得的基因DNA序列与正常基因DNA序列比对,确定膀胱组织突变基因,同时,将膀胱组织组织切片的检测结果与正常膀胱组织切片蛋白表达量进行比较,确定特定蛋白的表达量。
TSC1、TERT启动子、PIK3CA基因突变;CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白高表达,提示化疗后会抵抗,敏感性差;FGFR3、HRAS、HER2、TP53基因突变;RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白低表达,提示化疗后会缓解,敏感性高。
具体的,基因检测装置提取膀胱组织标本DNA,用Sanger测序技术,检测膀胱癌组织中与膀胱癌密切相关的基因突变,包括FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA和HER2基因的突变情况,其中,引物组包括基因FGFR3引物组:SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6;基因HRAS引物组:SEQ ID NO.7、SEQ IDNO.8、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10;基因TERT引物组:SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.12;基因TP53引物组:SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14;基因TSC1引物组:SEQ ID NO.15、SEQ IDNO.16、SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18、SEQ ID NO.19、SEQ ID NO.20;基因PIK3CA引物组:SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.24;基因HER2引物组:SEQ IDNO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28。
PCR扩增引物组由能分别特异性扩增出FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA和HER2基因序列的引物组成,具体的目的基因序列及相应引物如表1。
表1目的基因序列及引物组成
本发明的基因检测装置检测相关基因的突变情况步骤如下:
步骤1:利用DNA提取试剂盒提取膀胱组织DNA;将破碎处理的组织经蛋白酶K消化后,采用Qiagen公司DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Mini Kit)提取组织DNA。
步骤2:利用引物组的引物以及PCR扩增仪对目标基因进行扩增,将扩增的产物通过电泳仪电泳获得目标基因PCR产物的电泳条带;
步骤3:通过PCR纯化试剂盒对PCR产物进行纯化获得纯化的目标基因DNA;其中PCR纯化试剂盒采用Qiagen公司PCR纯化试剂盒(QIAquick PCR Purication Kit)进行纯化。
步骤4:通过PCR仪对目标DNA进行测序反应,获得测序反应产物;其中,Sanger测序反应采用Terminator v3.1cycle sequencing Kit测序试剂盒(Sangersequencing Kits&Reagents)进行。
步骤5:将获得的测序反应产物进行纯化,获得纯化后的测序反应产物;
步骤6:将纯化后的测序反应产物通过测序仪进行DNA测序;其中,测序仪采用ABI3730测序仪测序。
步骤7:利用数据处理装置手机或者计算机对DNA测序结果进行分析处理。数据处理装置采用Variant Report v1.1软件对测序结果进行分析。
本发明通过免疫组化装置检测膀胱癌组织中异常表达的蛋白质,免疫组织化学染色检测膀胱癌标本中异常表达的蛋白质包括EGFR、ERCC1、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71。以及上述蛋白所对应的抗体。
本发明通过免疫组化装置具体的检测步骤如下:
步骤1:通过石蜡包埋装置将膀胱癌组织石蜡包埋并切片,获得石蜡切片;
步骤2:通过切片机对膀胱癌组织石蜡切片进行烤片、脱蜡水化;
步骤3:组织抗原修复;
步骤4:3%H2O2封闭内源性过氧化氢酶;
步骤5:抗体杂交,以EGFR、ERCC1、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71等蛋白质的特异性抗体对切片进行免疫组化染色。
步骤6:显色;
步骤7:复染;
步骤8:脱水、透明和封片。
本发明免疫组化装置基于Sanger测序法和免疫组化(IHC)技术,通过基因检测装置以及免疫组化装置组成的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,检测组织膀胱癌相关基因突变及异常表达蛋白,进而形成膀胱癌分子病理指标panel对患者膀胱癌复发、预后、药物敏感性进行分析,以用于指导膀胱癌新辅助化疗的实施。
实施例1
本实施例1对来自上海仁济医院的39例膀胱癌患者组织标本,含“吉西他滨/顺铂抵抗组(简称:GC抵抗)23例”、“吉西他滨/顺铂缓解组(简称:GC缓解)16例”,进行膀胱癌相关基因测序和异常表达蛋白IHC染色。标本信息如表3。
表2.膀胱癌患者组织样本信息
1、取材、样品保存膀胱癌组织
本发明所获得的膀胱组织标本-80℃或液氮保存。每个患者的标本分为两部分,一部分4%甲醛固定,常温保存,后续予以石蜡包埋并切片;另一部分以组织剪剪碎后-80或液氮保存,后续用以提取DNA。
2、Sanger测序
提取组织DNA,破碎处理的组织经蛋白酶K消化后,采用Qiagen公司DNA提取试剂盒(QIAamp DNA Mini Kit)提取组织DNA,具体操作按产品说明书进行,组织DNA提取后以Thermo公司NanoDrop 2000分光光度计检测样品DNA浓度。
其中,组织DNA的提取过程如下:
a.将破碎后的组织(约30mg左右)置于离心管中,加入180μl ATL缓冲液和20ul蛋白酶K(PK),震荡20s,56℃水浴锅消化至组织溶解;
b.加入200ul AL缓冲液,荡15,于70℃水浴锅作用10min;
c.加入200ul 95%以上纯度的乙醇,震荡15s;
d.准备离心柱及收集管,将上一步所得混合物加入离心柱中,8000rpm离心机离心1min,丢弃收集管内液体;
e.向离心柱内小心加入500ul AW1缓冲液,14000rpm离心机离心3min,丢弃收集管内液体;
f.向离心柱内小心加入500ul AW2缓冲液,14000rpm离心3min,丢弃收集管内液体;
g.离心柱空转1min去除残留AW2缓冲液;
h.离心柱置于1.5ml干净EP,加入200ul AE缓冲液或ddH2O,室温放置数分钟后保存于-20冰箱。
3、利用PCR扩增仪扩增,通过PCR电泳仪对PCR产物电泳:如表1的上下游引物对FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA和HER2基因序列进行特异性扩增。其中,PCR扩增体系配置如下:10×PCR buffer,2.5ul;10×PCR buffer,3ul;2.5Mm dNTPs,3ul;上游引物,1ul;下游引物,1ul;LA Taq酶,0.3ul;样品DNA模板,2ul;H2O,15.2ul。
PCR反应程序:96℃2min预变性,96℃30s、57℃30s、72℃2min,35个循环,72℃延伸5min,4℃∞。不同基因PCR程序条件有所差异。
4、PCR产物纯化:采用Qiagen公司PCR纯化试剂盒(QIAquick PCRPurication Kit)对PCR产物进行纯化,纯化步骤如下:
a.150ul PB缓冲液加到PCR产物,充分混合;
b.将上步所得混合物移至吸附柱,13000rpm离心1min;
c.向吸附柱中加入750ul PE缓冲液,反应5min,13000离心1min,弃废液后空转一次,去除残留废液;
d.吸附柱置于干净EP管,往吸附柱中央加50ulEB或ddH2O,静置数分钟溶解吸附的DNA;
e.13000rpm离心1min,收集溶解的DNA,-20保存。
5、测序反应,采用Terminator v3.1cycle sequencing Kit作为测序反应试剂盒。试剂:BigDye,0.4ul;sequencing Buffer,0.8ul;引物(3.2pmol/μl),1ul;(2)步所得PCR产物,1ul;H2O,1.8ul。
测序反应配置体系如下,PCR测序反应程序:96℃2min预变性,96℃10s,55℃5s,60℃90s,25个循环,4℃∞,不同基因PCR程序条件有所差异。
6、测序反应产物纯化,采用乙醇/EDTA-Na2法纯化测序反应产物,具体步骤如下:
a.离心96孔板,每孔加入2.5μl EDTA-Na2(0.125mol/L),40μl 85%乙醇,充分震荡数分钟,4℃,2000-3000g条件下离心30min;
b.96孔板倒离心至离心力达到900rpm时立即停止,每孔加入50μl70%乙醇,充分震荡1min,4℃,3000g条件下离心15min,重复该步骤1次;
c.96孔板室温,避光放置15~30min后,每孔加入10ul去离子甲酰胺HIDI,离心,96℃PCR仪反应2min,4℃取出。
7、按ABI 3730测序仪说明书操作进行对PCR纯化产物进行测序。
8、利用数据处理装置对测序峰图进行分析,判断相关基因突变与否及突变类别。
通过本发明的免疫组化装置对相关抗原进行检测,其步骤如下:
(1)膀胱癌组织石蜡包埋装置进行包埋、切片机进行切片,60℃烤片1-2h,二甲苯脱蜡三次,各10min。
(2)依次浸入100%、95%、85%、75%和纯水中,各5min。
(3)蒸馏水清洗2次,每次5min。
(4)3%过氧化氢封闭20min。
(5)EDTA修复:煮开后维持20min,注意及时添加EDTA,自然冷却。
(6)PBST(PBS+0.025%Triton X-100)缓冲液清洗3次,每次5min。
(7)血清封闭液封闭1-2h(封闭液:10%血清+1%BSA+PBST)。
(8)吸干后,滴加适量的一抗(体积50-100ul左右,一抗稀释液:1%BSA+PBST。于组织玻片上,放入水湿盒中,4℃冰箱过夜。
(9)PBST缓冲液清洗3次,每次5min。
(10)滴加适量的二抗,室温反应1小时。
(11)PBST缓冲液清洗3次,每次5min。
(12)DAB显色5min左右,随时镜下观察,组织颜色变成黄褐色时,浸入蒸馏水中终止反应。
(13)苏木素染核2-3分钟,蒸馏水洗涤,盐酸酒精分化30s,蒸馏水洗涤,自来水或1%氨水返蓝。
(14)脱水、透明:依次侵入75%、95%、100%和二甲苯1、二甲苯2、二甲苯3中各1min。
(15)从二甲苯中取出玻片,擦干,滴加中性树胶,加盖玻片封片。
如图2所示,基因检测装置对基因测序结果,通过对基因测序数据进行分析,鉴定了仁济医院39例膀胱癌组织标本中FGFR3、HRAS、TERT启动子、TP53、TSC1、PIK3CA、HER27个热点基因突变情况。GC抵抗组TSC1、TERT启动子、PIK3CA的基因突变比率显著高于GC缓解组;而GC抵抗组FGFR3、HRAS、HER2、TP53的基因突变比率显著低于GC缓解组。
如图3所示,本发明的免疫组化染色的结果,对上海仁济医院39对膀胱癌及正常组织标本进行IHC染色结果,对膀胱癌组织分析病理指标panel及病情、化疗必要性、感敏性评估。GC抵抗组TSC1、TERT启动子、PIK3CA的基因突变比率显著高于GC缓解组;而GC抵抗组FGFR3、HRAS、HER2、TP53的基因突变比率显著低于GC缓解组。GC抵抗组CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白表达量显著高于GC缓解组;而GC抵抗组RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白表达量显著低于GC缓解组。
综上所述,(1)TSC1、TERT启动子、PIK3CA基因突变;CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白高表达,提示化疗后会抵抗。(2)FGFR3、HRAS、HER2、TP53基因突变;RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白低表达,提示化疗后会缓解。结合检测到的膀胱癌组织突变基因及相关蛋白异常表达情况,汇成膀胱癌患者分子病理指标panel,对患者病情、化疗必要性及敏感性进行评估,对指导医生对患者实施新辅助化疗具有重要意义。
本发明利用Sanger基因测序金标准,其针对基因突变位点设计引物,通过PCR直接扩增测序,具有高准确性、简便、快捷的特点。IHC依据抗原抗体特异性反应原理,通过化学反应对目的蛋白进行相对定量的研究。本发明通过同时对多个分子病理指标panel可予以本发明较高的预测效果加成,具有良好的应用前景。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施例对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
序列表
<110> 李翀
<120> 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统
<130> 201710
<160> 28
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aacaagtttg gcagcatccg 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttgagcacgg taacgtaggg 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
caacgcccat gtctttgcag 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tgagcagaga cgaggagagg 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
gagaggtgga gaggcttcag 20
<210> 6
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ctactggcat gacccccac 19
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ctgtgggttt gcccttcaga 20
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gcgccaggct cacctctat 19
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
tgagaggtac cagggagagg 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
tcacggggtt cacctgtact 20
<210> 11
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
cgtcctgccc cttcacctt 19
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
agcgctgcct gaaactcg 18
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
aggacctgat ttccttactg cc 22
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
ctgaggcata actgcaccct 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
gaataccgac tgccatttct 20
<210> 16
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
agggctttca tcagcactg 19
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
gcaagccttt actcccatag 20
<210> 18
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
ggcacaccat cttcctctg 19
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
cagcccatca ttttgtcatc 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
aggtgggagt gtgaagaatg 20
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
gaatccagag gggaaaaata tg 22
<210> 22
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tccattttag cacttacctg tgac 24
<210> 23
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
ttcaggagat gtgttacaag gc 22
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
tccagagtga gctttcattt tc 22
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
cccacgctct tctcactcat 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
tccttcctgt cctcctagca 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tggtctccca taccctctca 20
<210> 28
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
caaagagccc aggtgcata 19
Claims (8)
1.一种用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,所述系统包括基因检测装置、免疫组化检测装置以及数据处理装置,其中,所述基因检测装置、所述免疫层析检测装置的检测结果通过所述数据处理装置进行分析处理;
其中,所述基因检测装置包括DNA提取试剂盒、引物组、PCR扩增仪、PCR纯化试剂盒、测序仪以及电泳仪;所述DNA提取试剂盒提取的膀胱组织DNA经过PCR扩增仪扩增后获得的产物经过PCR纯化试剂盒纯化,纯化后获得的纯化DNA经过测序仪测序,获得目的基因的DNA序列;
所述免疫组化检测装置包括石蜡包埋装置、切片机以及显微镜,石蜡包埋装置将膀胱组织进行石蜡包埋后,通过切片机获得膀胱组织切片,所述膀胱组织切片,通过对应的抗原和抗体对所述膀胱组织切片进行处理,经过所述显微镜观察获得膀胱组织切片检测结果;
将测序仪获得的目的基因DNA序列和膀胱组织切片检测结果输入数据处理装置进行处理,将测序仪获得的目的基因DNA序列与正常基因DNA序列比对,确定膀胱组织突变基因,同时,将膀胱组织组织切片的检测结果与正常膀胱组织切片蛋白表达量进行比较,确定特定蛋白的表达量;根据相关基因突变种类以及蛋白表达量的数据,判定患者化疗后抵抗或者缓解。
2.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述引物组包括基因FGFR3引物组:SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6;
基因HRAS引物组:SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10;
基因TERT引物组:SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.12;
基因TP53引物组:SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14;
基因TSC1引物组:SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.17、SEQ ID NO.18、SEQ IDNO.19、SEQ ID NO.20;
基因PIK3CA引物组:SEQ ID NO.21、SEQ ID NO.22、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.24;
基因HER2引物组:SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.27、SEQ ID NO.28。
3.根据权利要求2所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述蛋白为ERCC1、EGFR、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71;
所述抗体为ERCC1、EGFR、CK20、BRCA1、CD44、RRM1、PD-L1、TUBB3、Ki67及CD71对应的一抗;
当检测到TSC1、TERT启动子、PIK3CA基因突变;CD71、CD44、Ki67、BRCA1蛋白高表达,化疗后会抵抗;
当检测到FGFR3、HRAS、HER2、TP53基因突变;RRM1、CK20、TUBB3、ERCC1、EGFR、PD-L1蛋白低表达,化疗后会缓解。
4.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述系统还包括用于检测DNA的浓度的分光光度计。
5.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述基因检测装置还包括用于纯化DNA的96孔板。
6.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述系统还包括用于对DNA的离心分离离心机。
7.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述基因检测装置还包括Terminator v3.1 cycle sequencing Kit作为测序反应试剂盒。
8.根据权利要求1所述的用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统,其特征在于,
所述数据处理装置为手机或者计算机。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201711003881.2A CN107607712A (zh) | 2017-10-24 | 2017-10-24 | 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201711003881.2A CN107607712A (zh) | 2017-10-24 | 2017-10-24 | 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN107607712A true CN107607712A (zh) | 2018-01-19 |
Family
ID=61080763
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201711003881.2A Pending CN107607712A (zh) | 2017-10-24 | 2017-10-24 | 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN107607712A (zh) |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111394467A (zh) * | 2020-04-30 | 2020-07-10 | 浙江树人学院(浙江树人大学) | 癌症治疗药物关联基因表达量的检测试剂、方法及用途 |
WO2020208260A1 (en) * | 2019-04-12 | 2020-10-15 | Stratifyer Molecular Pathology Gmbh | Method of classifying a sample based on determination of fgfr |
CN114848665A (zh) * | 2022-06-22 | 2022-08-05 | 中南大学湘雅三医院 | CD71-CD44-GEMs在制备治疗膀胱癌药物中的应用 |
CN114959043A (zh) * | 2022-06-27 | 2022-08-30 | 中山大学孙逸仙纪念医院 | 一种诊断和治疗膀胱癌的分子标志物nat10及其用途 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103235141A (zh) * | 2013-04-27 | 2013-08-07 | 上海交通大学医学院附属新华医院 | Atf3用于预测膀胱癌转移和判断预后的应用 |
CN104059966A (zh) * | 2014-05-20 | 2014-09-24 | 吴松 | Stag2基因突变序列、其检测方法以及stag2基因突变在检测膀胱癌中的应用 |
CN105999269A (zh) * | 2016-05-05 | 2016-10-12 | 温州医科大学 | miR-411作为膀胱癌的靶标及其应用 |
-
2017
- 2017-10-24 CN CN201711003881.2A patent/CN107607712A/zh active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN103235141A (zh) * | 2013-04-27 | 2013-08-07 | 上海交通大学医学院附属新华医院 | Atf3用于预测膀胱癌转移和判断预后的应用 |
CN104059966A (zh) * | 2014-05-20 | 2014-09-24 | 吴松 | Stag2基因突变序列、其检测方法以及stag2基因突变在检测膀胱癌中的应用 |
CN105999269A (zh) * | 2016-05-05 | 2016-10-12 | 温州医科大学 | miR-411作为膀胱癌的靶标及其应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
WOONYOUNG CHOI等: "Identification of Distinct Basal and Luminal Subtypes of Muscle-Invasive Bladder Cancer with Different Sensitivities to Frontline Chemotherapy", CANCER CELL, vol. 25, no. 2, pages 152 - 165, XP028610273, DOI: 10.1016/j.ccr.2014.01.009 * |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2020208260A1 (en) * | 2019-04-12 | 2020-10-15 | Stratifyer Molecular Pathology Gmbh | Method of classifying a sample based on determination of fgfr |
CN111394467A (zh) * | 2020-04-30 | 2020-07-10 | 浙江树人学院(浙江树人大学) | 癌症治疗药物关联基因表达量的检测试剂、方法及用途 |
CN114848665A (zh) * | 2022-06-22 | 2022-08-05 | 中南大学湘雅三医院 | CD71-CD44-GEMs在制备治疗膀胱癌药物中的应用 |
CN114848665B (zh) * | 2022-06-22 | 2023-09-12 | 中南大学湘雅三医院 | CD71-CD44-GEMs在制备治疗膀胱癌药物中的应用 |
CN114959043A (zh) * | 2022-06-27 | 2022-08-30 | 中山大学孙逸仙纪念医院 | 一种诊断和治疗膀胱癌的分子标志物nat10及其用途 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN107607712A (zh) | 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 | |
CN106778066B (zh) | 一种非小细胞肺癌相关癌基因筛选与功能分析方法 | |
CN104877998B (zh) | 长链非编码rna以及检测细胞及组织中该长链非编码rna表达水平的引物对及试剂盒 | |
Warrick et al. | Evaluation of tissue PCA3 expression in prostate cancer by RNA in situ hybridization—a correlative study with urine PCA3 and TMPRSS2-ERG | |
CN101748200B (zh) | 用于乳腺癌相关位点检测的六对引物对 | |
CN104263815B (zh) | 一组用于激素受体阳性乳腺癌预后的基因及其应用 | |
CN106153922B (zh) | 一种结肠癌预后预测标志物及其检测方法 | |
CN105316404B (zh) | 系统性红斑狼疮生物标志物及其诊断试剂盒 | |
CN104711341B (zh) | Dlk1基因在制备胃肠道间质瘤诊断试剂中的应用 | |
Shan et al. | Molecular analyses of prostate tumors for diagnosis of malignancy on fine-needle aspiration biopsies | |
CN104988141A (zh) | BRCA2基因g.32912799T>C突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用 | |
CN109022573A (zh) | 乳腺癌pik3ca热点突变检测探针引物序列组合和试剂盒 | |
CN110283910A (zh) | 目标基因dna甲基化作为分子标志物在制备判别结直肠组织癌变进展试剂盒中的应用 | |
CN207992232U (zh) | 用于预测膀胱癌患者化疗敏感性的系统 | |
CN110244058B (zh) | Enpp1在制备高级别浆液性卵巢癌诊断及预后试剂盒中的应用 | |
Tanabe et al. | Clinicopathological characteristics of Epstein–Barr virus and microsatellite instability subtypes of early gastric neoplasms classified by the Japanese and the World Health Organization criteria | |
CN106636334A (zh) | microRNA 标志物组及其在制备检测胃癌淋巴结转移试剂盒中的应用 | |
Macerola et al. | Current methodologies for molecular screening of thyroid nodules | |
CN109439741A (zh) | 检测特发性癫痫病基因探针组合物、试剂盒及应用 | |
CN104962612B (zh) | BRCA1基因g.41256139delT移码突变及其在制备乳腺癌辅助诊断试剂盒中的应用 | |
CN106755323A (zh) | 一种用于检测宫颈癌易感性的试剂盒及其snp标志物 | |
CN104946751B (zh) | BRCA1基因g.41244291delT突变及其在乳腺癌辅助诊断中的应用 | |
Lan et al. | Molecular profiles and circulating tumor-DNA detected in Chinese early stage breast cancer | |
CN114717320A (zh) | 一种新的肝癌肿瘤标志物及其应用 | |
CN107884330A (zh) | 用于乳腺癌化疗后的分析试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |