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CN105886498A - CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA - Google Patents

CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA Download PDF

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CN105886498A
CN105886498A CN201510240981.1A CN201510240981A CN105886498A CN 105886498 A CN105886498 A CN 105886498A CN 201510240981 A CN201510240981 A CN 201510240981A CN 105886498 A CN105886498 A CN 105886498A
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CN
China
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sgrna
sequence
pcsk9 gene
pcg
plasmid
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CN201510240981.1A
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沈志荣
王凤超
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Individual
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Abstract

本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点,该制备方法简单易行、sgRNA靶向性好,CRISPR-Cas9系统的敲除效率高。

Description

CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA。
背景技术
规律成族间隔短回文重复系统(clustered regularly interspaced shortpalindromic repeat;CRISPR-associated,CRISPR-Cas9)是一种具有核酸内切酶活性的复合体,识别特定的DNA序列,进行特定位点切割造成双链DNA断裂(Double-strandbreaks,DSB),在没有模板的条件下,发生非同源重组末端连接(Non-homologous endjoining,NHEJ),造成移码突变(frameshift mutation),导致基因敲除(如图1)。
这一技术由于能快速、简便、高效地靶向基因组任何基因,从而引起了广泛的关注,在2012年开始流行开来。由于其容易操作、可以同时靶向多个基因,可以高通量制备、造价低等优势,Cas9已经成为一种发展最快的技术。正是由于其优越性,这一技术在Nature推荐的2013十大进展中位列第一,在Science推荐的2013十大进展中位列第二位。近年来,全世界的科学家已经利用此技术在小鼠、大鼠及猕猴上开展了高效的基因编辑工作。
Cas9靶向切割DNA是通过两种小RNA-crRNA(CRISPR RNA)和tracrRNA(trans-activating crRNA)和靶序列互补识别的原理实现的。现在已经把两 种小RNA融合成一条RNA链,简称sgRNA(single guide RNA)。因此,sgRNA能否做到特异性、精确靶向目标基因是CRISPR-Cas9能否特异性敲除目标基因的先决条件,无论是脱靶还是错误靶向,都会影响CRISPR-Cas9对目标基因的特异性敲除。因此,能够设计、制备出精确性和特异性靶向目标基因的sgRNA成为CRISPR-Cas9基因敲除的关键技术(如图1)。
前蛋白转化酶枯草杆菌蛋白酶9型(proprotein convertase subtilisin/kexin type 9,PCSK9)是降脂的一个新的靶点。PCSK9为分泌型丝氨酸蛋白酶,可与低密度脂蛋白胆固醇受体(low-density lipoprotein receptor,LDL-R)结合并将其内化引导至溶酶体降解,抑制其再循环到肝细胞表面,从而减弱肝脏代谢血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的能力。PCSK9的无义突变可以降低血浆低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)。
PCSK9的单克隆抗体在临床阶段备受关注,如美国安进公司研发的PCSK9单克隆抗体AMG145即可以显著降低正常人及高胆固醇血症患者的LDL-C水平。但是,利用PCSK9抗体的治疗高血脂也具有一定的局限性。因为利用抗体进行靶基因的治疗还受到一些因素的限制:(1)抗体的作用只是暂时阻断的作用;(2)需要定期进行注射,如每两周到四周需要注射一次,增加了患者的负担;(3)不容易研发出有效的抗体;(4)只针对细胞外靶点;(5)抗体药物昂贵等。
CRISPR-Cas9快速、简便、高效、特异性靶向敲除基因,通过靶向敲除PCSK9基因,为实现肿瘤免疫治疗提供了一种可行的策略。但是,能否设计、制备出精确性和特异性靶向PCSK9基因的sgRNA成为CRISPR-Cas9特异性敲除PCSK9基因的关键技术。本发明的目的就是要解决这一关键技术问题,提供相应的技术方案,达到特异性敲除PCSK9基因的目的。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的缺陷和不足,提供一种结构简单,设计合理、使用方便的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,有效地解决了利用抗体治疗存在的问题:直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;提供了高效的SgRNA;sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点。
为实现上述目的,本发明采用的技术方案是:
本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它采用如下的技术方案:
一、sgRNA寡核苷酸的高通量设计和选择
1.靶向PCSK9基因的sgRNA的设计:
文中的设计均采用著作权软件《云端CRISPR-Cas9二核酸内切酶靶点优化设计系统V1.0》高通量设计。基本原理如下:
(1)在PCSK9基因上选择5,-GGN(19)GG的序列,如果没有5,-GGN(19)GG的序列,5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG也可以。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于基因的外显子。
(3)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于不同的各种剪切形式的共有外显子上。
(4)在NCBI数据库中用BLAST,对sgRNA的靶序列进行计算打分,选取并保留高分的sgRNA,确保sgRNA对PCSK9的特异性。
2.靶向PCSK9基因的sgRNA的选择:
(1)不能离ATG起始子太近,防止转录会后下游另一个ATG开始而出现一个被截短的基因形式,不能保证基因完全失活;
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于整个基因的前半段,优先选择基因的第一或者第二外显子;
(3)选择相隔一定距离(5~30bp)成对的位点。这样既有利于形成特异性的片段缺失,也有利于降低脱靶效应;
二、构建sgRNA的寡聚核苷酸双链
根据选择的sgRNA,在其5’加上CCGG得到正向寡核苷酸(Forward oligo)(如果序列本身在5’端已经有1或者2个G,那么就对应的省略1或者2个G);根据选择的sgRNA,获得其对应DNA的互补链,并且在其5’加上AAAC得到反向寡核苷酸(Reverse oligo)。分别合成上述正向寡核苷酸和反向寡核苷酸,将合成的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链,如下:
Forward oligo:5’-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
IIIIIIIIIIIIIIIIII
Reverse oligo:NNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAA-5’
三、sgRNA寡聚核苷酸质粒的构建
1.线性化pCG-U6-sgRNA质粒(结构如图4所示)。
2.将退火的sgRNA寡聚核苷酸双链与线性化pCG-U6-SgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒。
3.转化并涂氨苄平板(50μg/ml)。
4.用通用引物U6测序的方法鉴定阳性克隆。
5.37℃摇床摇菌过夜并用Qiagen Plasmid Miniprep Kit抽提pCG-U6-hPCSK9sg质粒。
四、转染细胞获得PCSK9基因敲除细胞
1、按照LipofectamineTM2000Transfection Reagent(Invitrogen,11668-019)的操作手册,将分别带有对应sgRNA寡聚核苷酸的pCG-U6-sgRNA质粒(一种或者多种)与序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-Cas9质粒混匀,共转染细胞。
2、用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除。
更进一步的,同时利用一对相邻(在PCSK9基因上的靶向起始位点相距5bp-10bp)的sgRNA可以显著提高敲除效率。在靶向PCSK9的sgRNA寡核苷酸设计、选择和合成之后,将靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸与线性化pCG-U6-sgRNA质粒连接获得含靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸的载体pCG-U6-hPCSK9sg,在转染细胞获得PCSK9基因敲除细胞过程中,如下操作:
1、按照LipofectamineTM 2000Transfection Reagent操作手册,将两个分别含1个靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸的载体pCG-U6-sgRNA(这两个载体分别带有的靶向PCSK9的sgRNA寡聚核苷酸在PCSK9基因上的互补起始位点相距5bp-8bp)与序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒混匀,共转染细胞。
2、用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除。本发明还提供了特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其序列如SEQ ID NO..46-54所示。
相比于现有利用PCSK9抗体进行降血脂的方法,本发明的优点在于:
(1)抗体的作用只是暂时封闭的作用,本发明直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;
(2)抑制性受体有多种,如何利用多种抗体封闭多种抑制性受体还没有对策,本发明既可以针对PCSK9的多个编码序列进行敲除;
(3)有效的PCSK9抗体研发很困难,本发明提供了针对人PCSK9基因的一组高效的sgRNA;
(4)抗体作用只能针对细胞外靶点,本发明既可以针对胞外,也能针对胞内靶点;
(5)开发抗体药物是一项费时、费力、费钱的过程,使得抗体药物昂贵等,利用sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产
采用上述结构后,本发明有益效果为:本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,它针对现有利用PCSK9抗体进行降血脂的问题:(1)抗体的作用只是暂时阻断的作用;(2)需要定期进行注射,如每两周到四周需要注射一次,增加了患者的负担;(3)不容易研发出有效的抗体;(4)只针对细胞外靶点;(5)抗体药物昂贵等等问题,本发明通过云端高通量计算设计、合成了一组利用CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因中特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,并分别将该sgRNA与线性的pCG-U6-SgRNA质粒连接成载体,将一对正向和方向sgRNA寡核苷酸载体与pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒一起成功转染细胞即可实现PCSK9基因的敲除,有效地解决了利用抗体治疗存在的问题:直接敲除PCSK9基因,可以实现永久的效果;提供了高效的SgRNA,sgRNA只需要小量合成多核苷酸片断,就能大批量生产的优点。
附图说明
图1是Cas9实现定点切割导致DNA双链断裂过程示意图;
图2是T7EN1酶切鉴定sgRNA/Cas9介导的基因人PCSK9特异性切割;
图3是载体pCG-U6-sgRNA的结构;
图4是载体pCG-NLS-FLAG-Cas9的结构。
具体实施方式
下面结合附图对本发明作进一步的说明。
针对上述附图说明的图1和图2,进一步说明如下:
图1是Cas9实现定点切割导致DNA双链断裂过程示意图,CRISPR/Cas9系统定向识别和剪切从而导致基因敲除是通过sgRNA和Cas9实现的。sgRNA决定了Cas9的靶向性。
图2是T7EN1酶切鉴定sgRNA/Cas9介导的基因人PCSK9特异性切割,以提取的HEK293T细胞基因组为模板,使用序列如SEQ ID NO.464和SEQ ID NO..465的hPCSK9test For和hPCSK9test Rev为引物进行PCR扩增,PCR产物为390bp,纯化PCR产物。将上述PCR产物取200ng退火,使用T7EN1酶切鉴定,电泳。如图2所示,加入针对人PCSK9的sgRNA的样品都出现了切割条带,而且具有很高的效率。
本发明所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,实施例1CRISPR_Cas9特异性敲除人PCSK9基因中用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA的设计和合成
1.靶向人PCSK9基因的sgRNA的设计:
(1)在PCSK9基因上选择5,-GGN(19)GG的序列,如果没有5,-GGN(19)GG 的序列,5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG也可以。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于基因的外显子,这样更容易引起片段的缺失或移框突变,从而达到基因完全失活的目的。
(3)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于不同的各种剪切形式的共有外显子上。
(4)在NCBI数据库中用BLAST,确定sgRNA的靶序列是否唯一,减少潜在的脱靶位点。
根据以上方法,我们一共设计了457个靶向人PCSK9基因的sgRNA,序列分别如序列表SEQ ID NO..1-457所示。
2.靶向人PCSK9基因的sgRNA的选择:
(1)靶向PCSK9基因的sgRNA的靶序列在PCSK9基因上不能离ATG起始子太近,防止转录会后下游另一个ATG开始而出现一个截短的基因形式,不能保证基因完全失活。
(2)sgRNA在PCSK9基因上的靶向位点位于整个基因的前半段,尤其宜在基因的功能结构域中,常常位于第二外显子中。
(3)在PCSK9基因上选择相隔一定距离(5~30bp)成对的位点。这样有利于形成特异性的片段缺失,也有利于降低脱靶效应。
根据以上方法,在457个靶向人PCSK9基因的包含PAM序列的sgRNA(序列分别如序列表SEQ ID NO..46-80所示)中符合的序列有35个我们从中选择了6个(分别如序列表SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示)进行后续实验。
3.靶向人PCSK9基因的sgRNA寡聚核苷酸的合成和构建
根据选择的6个(SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示),在其5’ 加上CACC得到正向寡核苷酸(Forward oligo)(如果序列本身在5’端已经有1或者2个G,那么就对应的省略1或者2个G);根据选择的sgRNA,获得其互补链,并且在其5’加上AAAC得到反向寡核苷酸(Reverse oligo)。分别合成上述正向寡核苷酸和反向寡核苷酸,将合成的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸,模式如下:
Forward oligo:5’-CACCNNNNNNNNNNNNNNNNNN
I I I I I I I I I I I I I I I I I
Reverse oligo:NNNNNNNNNNNNNNNNNN CAAA-5’
变性、退火体系为:
2.5μL forward Oligo(100μM)
2.5μL reverse Oligo(100μM)
1μL NEB buffer2
4μl灭菌水
在PCR仪中按照以下touch down程序运行:95℃,5min;95-85℃at 2℃/s;85-25℃at-0.1℃/s;hold at4℃。
选择的第1个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..46所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..466和467所示意)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第2个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..49所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..468和469所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双 链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第3个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..51所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..470和471所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第4个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..52所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分另如序列表SEQ ID NO..472和473所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第5个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..54所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分另如序列表SEQ ID NO..474和475所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
选择的第6个sgRNA(如序列表SEQ ID NO..70所示),其forward oligo和reverseoligo(Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..476和477所示)成对变性、退火之后获得可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸。
实施例2利用CRISPR_Cas9特异性敲除人PCSK9基因(用于靶向PCSK9基因的sgRNA如序列表SEQ ID NO..46,49,51,52,54或70所示,以46为例)
1、线性化序列如序列表SEQ ID NO..458所示的pCG-U6-sgRNA质粒。
酶切体系和条件如下:
2μg pCG-U6-sgRNA(400ng/μL);
1μL CutSmart Buffer;
1μL BfuAI(NEB,R0701L);
补水至50μL,37℃孵育3~4小时,每隔一段时间振荡一下并离心以防液滴蒸发
至管盖上。
酶切完成后用AxyPr印PCR Clean up Kit(AP-PCR-250)纯化回收至20~40μL灭菌水中。
2、将变性、退火之后获得的可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸(其Forward oligo和Reverse oligo序列分别如序列表SEQ ID NO..466和467所示)与线性化的pCG-U6-sgRNA质粒相连获得pCG-U6-hPCSK9sgl质粒。
连接体系如下:
3μL,50μM退火产物(双链sgRNA寡聚核苷酸,其forward oligo如序列表SEQ ID NO..466所示,其reverse oligo如序列表SEQ ID NO..467所示)
1μL线性化的pCG-U6-sgRNA质粒(25ng/μL)
1μL T4 ligation Buffer
0.5μl T4 ligase(NEB,M0202S)
4.5μl灭菌水
16℃孵育1小时。
4、将上述步骤获得的连接产物转化DH5a感受态细胞并涂氨苄平板(50μg/ml),并挑取克隆。
5、用如序列表SEQ ID NO..463所示的通用引物U6,用常规测序的方法鉴定获得阳性克隆。
6、37℃摇床摇菌过夜培养阳性克隆,用Qiagene质粒抽提试剂盒抽提质粒,获得pCG-U6-PCSK9sgl质粒(如序列表SEQ ID NO..478所示)。
7、细胞培养与转染
(1)293T细胞接种培养于DMEM培养基中,其中含10%FBS,penicillin(100U/ml)和streptomycin(100μg/ml)。
(2)在转染前分至6孔板中,待70%~80%密度时进行转染。(3)按照LipofectamineTM 2000Transfection Reagent(Invitrogen,11668-019)的操作手册,将0.5μg pCG-U6-hPCSK9sgl(如序列表SEQ ID NO..14所示)与1.5μg的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒(如序列表SEQ ID NO.457所示)混匀,共转染至每孔细胞中,6~8小时后换液,并加入G418(Sigma,A1720)进行药筛,48小时后收取细胞。
8、T7EN1酶切检测
(1)将收集的细胞在裂解液(10μM Tris-HCl,0.4M NaCl,2μM EDTA,1%SDS)中用100μg/ml蛋白酶K裂解消化后,酚-氯仿抽提后溶解到50μL去离子水中。
(2)使用序列如SEQ ID NO..464和SEQ ID NO..465的引物hPCSK9test For和hPCSK9test Rev进行PCR扩增,用AxyPr印PCR cleanup纯化获得PCR回收产物,取200ng统一稀释到20μL进行变性、退火,程序如:95℃,5min;95-85℃at 2℃/s;85-25℃at-0.1℃/s;hold at4℃。
(3)在20μL体系中加入T7E N1 0.3μL,37℃酶切30分钟后,加入2μL 10X Loading Buffer,用2.5%的琼脂糖胶电泳检测。如图2所示,靶向序列为46,51,52,54时敲除成功。
以上所述仅是本发明的较佳实施方式,故凡依本发明专利申请范围所述的构造、特征及原理所做的等效变化或修饰,均包括于本发明专利申请范围内。

Claims (9)

1.CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:
(1)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列符合5’-GGN(19)GG、5’-GN(20)GG或者5’-N(21)GG的序列排列规则;
(2)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列位于基因的外显子;
(3)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列位于不同的各种剪切形式的共有外显子上;
(4)所述SgRNA在PCSK9基因上的靶序列是唯一的。
2.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO..1-456任意一条序列所示。
3.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO..46-80任意一条序列所示。
4.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:其对应的DNA序列如序列表SEQ ID NO.46、51、52或者54任意一条序列所示。
5.根据权利要求1所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:
(1)权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,在其对应DNA序列的5’加上CACC,合成得到正向寡核苷酸即Forward oligo;权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,获得其对应DNA序列的互补链,并且在互补链的5’加上AAAC合成得到反向寡核苷酸即Reverse oligo;将合成的一对互补的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID No.458所示的pCG-U6-BfuAI-sgRNA质粒;将退火的双链sgRNA寡聚核苷酸与用BfuAI线性化pCG-U6-BfuAI-sgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒;pCG-U6-hPCSK9sg质粒转化stab13感受态细菌并涂氨苄平板,挑选阳性克隆并用序列如序列表SEQID NO..XX所示的通用引物U6测序的方法鉴定出阳性克隆;37℃摇床摇阳性克隆菌过夜并用康为试剂Plasmid Miniprep Kit抽提pCG-U6-hPCSK9sg质粒;
(3)用脂质体lipofectamine 2000混合pCG-U6-hPCSK9sg质粒和序列为SEQ ID NO..457的pCG-NLS-FLAG-Cas9质粒,共转染细胞;
(4)用T7EN1酶切检测和TA克隆测序确认PCSK9基因已经被敲除并获得基因敲除的细胞。
6.根据权利要求5所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:步骤(3)所述的脂质体为LipofectamineTM2000 TransfectionReagent。
7.根据权利要求5所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法,其特征在于:
步骤(1)所述的sgRNA其对应的DNA序列为序列表SEQ ID NO.46、51、52或者54任意一条序列所示,分别对应的步骤(2)和(3)所述的pCG-U6-hPCSK9sg质粒的序列为序列表SEQ ID NO..459-462,即sgRNA序列为SEQ IDNO..46对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..459,sgRNA序列为SEQ IDNO...51对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..460,sgRNA序列为SEQ ID NO..52对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..461,sgRNA序列为SEQ ID NO..54对应的pCG-U6-hPCSK9sg质粒为SEQ ID NO..462。
8.根据权利要求7所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法中用到的pCG-U6-hPCSK9sg质粒,其特征为序列如序列表SEQ ID NO..459-462任意一条所述。
9.根据权利要求7所述的CRISPR-Cas9特异性敲除人PCSK9基因的方法以及用于特异性靶向PCSK9基因的sgRNA,其特征在于:
(1)权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,在其对应的DNA链5’加上CACC合成得到正向寡核苷酸即Forward oligo;权利要求1-4任意一项所述的sgRNA,获得其对应DNA的互补链,并且在互补链的5’加上AAAC合成得到反向寡核苷酸即Reverse oligo;将合成的I对互补的sgRNA寡聚核苷酸的forward oligo和reverse oligo成对变性、退火,退火之后形成可以连入U6真核表达载体的双链sgRNA寡聚核苷酸;
(2)线性化序列如序列表SEQ ID NO..458所示的pCG-U6-sgRNA质粒;将退火的双链sgRNA寡聚核苷酸与线性化pCG-U6-sgRNA质粒连接获得pCG-U6-hPCSK9sg质粒;pCG-U6-hPCSK9sg质粒转化感受态细菌并涂氨苄平板,挑选阳性克隆并用序列如序列表SEQID NO.463所示的通用引物U6测序的方法鉴定出阳性克隆;37℃摇床摇阳性克隆菌过夜并用康为试剂PlasmidMiniprep Kit抽提质粒;
(3)用LipofectamineTM2000 Transfection Reagent装载两种或者两种以上不同的pCG-U6-hPCSK9sg质粒和序列为SEQ ID NO.457的pCG-NLS-Cas9质粒,共转染细胞;
(4)用T7EN1酶切检测确认PCSK9基因已经被敲除并获得基因敲除的细胞。
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