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BR112020014737A2 - Métodos para detecção e tratamento do câncer de cólon com monitoramento - Google Patents

Métodos para detecção e tratamento do câncer de cólon com monitoramento Download PDF

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BR112020014737A2
BR112020014737A2 BR112020014737-0A BR112020014737A BR112020014737A2 BR 112020014737 A2 BR112020014737 A2 BR 112020014737A2 BR 112020014737 A BR112020014737 A BR 112020014737A BR 112020014737 A2 BR112020014737 A2 BR 112020014737A2
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BR
Brazil
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score
therapy
expression
individual
level
Prior art date
Application number
BR112020014737-0A
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Inventor
Irvin Mark Modlin
Mark Kidd
Ignat Drozdov
Original Assignee
Liquid Biopsy Research LLC
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Filing date
Publication date
Application filed by Liquid Biopsy Research LLC filed Critical Liquid Biopsy Research LLC
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Abstract

a presente invenção refere-se aos métodos para a detecção de um câncer de cólon, métodos para determinar se um câncer de cólon é estável ou progressivo, métodos para determinar um risco de recaída da doença e métodos para determinar uma resposta de um indivíduo tendo um câncer de cólon a uma terapia.

Description

Relatório Descritivo da Patente de Invenção para "MÉTO-
DOS PARA DETECÇÃO E TRATAMENTO DO CÂNCER DE CÓLON COM MONITORAMENTO", Referência Cruzada aos Pedidos Relacionados
[0001] Este pedido reivindica prioridade e o benefício do Pedido Provisório dos U.S. No. 62/620.015, depositado em 22 de janeiro de 2018, cujo conteúdo é aqui incorporado por referência na sua totalida- de. Listagem de Sequências
[0002] O presente pedido contém uma Listagem de Sequências que foi submetida no formato ASCII por meio da EFS-Web e é por meio deste incorporada por referência na sua totalidade. Dita cópia ASCII, criada em 21 de janeiro de 2019, é denominada "LBIO- 004 O001WO.txt" e possui 111 KB de tamanho. Campo da Invenção
[0003] A presente invenção refere-se à detecção de câncer de có- lon. Antecedentes da Invenção
[0004] O câncer colorretal (CRC) é um dos cânceres mais comu- mente diagnosticado em todo o mundo. Nos US, o CDC é a segunda principal causa de morte assim como na Europa, depois do câncer de pulmão. Em todo o mundo, é a quarta causa mais comum de morte por câncer. Embora a ressecção cirúrgica seguida de quimioterapia seja a principal opção de tratamento, aproximadamente metade acaba por morrer devido a metástases distantes. Atualmente, a taxa de so- brevida global em 5 anos de pacientes com CRC primário pode ser de até 90%, mas será reduzida para -50% em pacientes com tumores não metastáticos avançados e pode ser ainda mais reduzida para <10% em pacientes em que a doença é ressecada em seus estágios iniciais, devido a uma compreensão incompleta dos mecanismos mo-
leculares subjacentes à sua patogênese.
[0005] A sobrevida global está associada ao estágio da doença no momento do diagnóstico, sugerindo que a detecção precoce da doen- ça disseminada é de significância considerável. Consequentemente, o desenvolvimento de novos métodos de diagnóstico que melhor defi- nem o estágio da doença e possam monitorar melhor a progressão da doença é fundamental.
[0006] A vigilância continua sendo uma abordagem fundamental para detectar a recorrência em um estágio inicial e planejar outras es- tratégias terapêuticas. Após ressecção potencialmente curativa, o mo- nitoramento pode ser empreendido através da medição de biomarca- dores sanguíneos e/ou formação de imagem como CT para detectar doenças metastáticas assintomáticas mais precocemente. Dados agrupados de ensaios clínicos randomizados publicados de 1995 a 2016, no entanto, identificam que um benefício do tratamento cirúrgico resultante da detecção precoce de metástases não ocorre. Provavel- mente isso reflete a fraca sensibilidade dos biomarcadores atuais.
[0007] O biomarcador atual é o antígeno carcinoembrionário (CEA), uma glicoproteína envolvida na aderência celular que geral- mente não é expressa em tecidos adultos, exceto em fumantes inten- sos. Suas glicoformas sialofucosiladas especializadas servem como ligantes funcionais de L-selectina e E-selectina de carcinoma do cólon, que podem desempenhar um papel na disseminação metastática de células de carcinoma do cólon. O CEA é utilizado principalmente para monitorar o tratamento do carcinoma colorretal, para identificar recaí- das após a ressecção cirúrgica, para gradação ou para localizar a dis- seminação do câncer através da medição de fluidos biológicos. Exis- tem, no entanto, limitações significativas. Embora os níveis de CEA no pré-operatório tenham mostrado uma associação com a sobrevida (li- vre de doença), isso ocorreu principalmente porque era um substituto para a apresentação metastática. Extrapolar o valor preditivo do CEA pré-operatório, no entanto, demonstrou ser de significância limitada para previsões de resultados a longo prazo em casos individuais. Isso foi apoiado de forma independente por uma análise prospectiva, que identificou que os níveis de CEA e outros biomarcadores como CA19- 9, não indicam metástases, mesmo no momento em que sinais clíni- cos e técnicas de formação de imagem já demonstraram metástase.
[0008] Embora a base molecular para a doença de câncer colorre- tal tenha sido bem caracterizada, por exemplo, instabilidade de mi- crossatélites, mutações de K-RAS etc., o desenvolvimento de marca- dores de diagnóstico e prognóstico, por exemplo, na urina ou nas fe- zes ou como DNA livre de circulação que captura esta informação, permanece nascente, mas começou a ser desenvolvido. Exemplos in- cluem medições da metilação da septina 9, um supressor de tumor envolvido na citocinese durante a divisão celular. Isso tem sido utiliza- do para detectar o câncer de cólon; as métricas variam entre 60 a 70%. A avaliação do DNA livre circulante (linha 1 e PCR à base de Alu) possui um valor preditivo de 81% com um ROC de 0,86 como um diagnóstico, enquanto as medições das células tumorais circulantes também são consideradas úteis. O TPS (antígeno específico do poli- peptídeo tecidual) pode ser utilizado como um monitor do câncer de cólon, assim como o TAG-72 (glicoproteína associada ao tumor), mas as medições de outros analitos isolados, como CEA ou CA19-9, não são específicas. Sumario da invenção
[0009] Entre outras coisas, é aqui divulgada uma ferramenta de expressão de 14 genes para detecção de câncer de cólon.
[0010] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a detecção de um câncer de cólon em um indivíduo com sua ne- cessidade, compreendendo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agen- tes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomar- cadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e (e) identificar a presença de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte predeterminado ou identificar a ausência de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for menor do que o valor de corte predeterminado.
[0011] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a detecção de um câncer de cólon em um indivíduo com sua ne- cessidade, o método compreendendo: (a) determinar o nível de ex- pressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normali- zar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção,
obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um primeiro valor de corte predetermi- nado; e (e) produzir um relatório, em que o relatório identifica a pre- sença de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for igual ou maior do que o primeiro valor de corte predeterminado ou identifica a ausência de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for menor do que ao primeiro valor de corte predetermina- do, em que o primeiro valor de corte predeterminado é de 50% em uma escala de O a 100%.
[0012] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a determinação se um câncer de cólon em um indivíduo é estável ou progressivo, o método compreendendo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma plurali- dade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma- nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pon- tuação; (d) comparar a pontuação com um valor de corte predetermi- nado; e (e) identificar que o câncer de cólon no indivíduo é progressivo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte prede- terminado ou identificar que o câncer de cólon no indivíduo é estável quando a pontuação for menor do que o valor de corte predetermina- do.
[0013] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a determinação se um câncer de cólon em um indivíduo é estável ou progressivo, o método compreendendo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma plurali- dade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma- nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pon- tuação; (d) comparar a pontuação com um segundo valor de corte predeterminado; e (e) produzir um relatório, em que o relatório identifi- ca que o câncer de cólon é progressivo quando a pontuação for igual ou maior do que o segundo valor de corte predeterminado ou identifica que o câncer de cólon é estável quando a pontuação for menor do que o segundo ponto de corte predeterminado valor, em que o segundo valor de corte predeterminado é 60% em uma escala de O a 100%.
[0014] Em um aspecto, um método para a determinação da inte- gridade da cirurgia em um indivíduo tendo câncer de cólon, o método compreendendo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos
14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo após a cirur- gia através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 bio- marcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normali- zar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e (e) identificar que o câncer de cólon no indivíduo não é completamente removido quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de cor- te predeterminado ou identificar que o câncer de cólon no indivíduo é completamente removido quando a pontuação for menor do que o va- lor de corte predeterminado.
[0015] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a determinação da integridade da cirurgia em um indivíduo com câncer de cólon, o método compreendendo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo após a cirurgia, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expres- são de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7,
S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão nor- malizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um primeiro va- lor de corte predeterminado; e (e) produzir um relatório, em que o rela- tório identifica que o câncer de cólon não é completamente removido quando a pontuação for igual ou maior do que o primeiro valor de corte predeterminado ou identifica que o câncer de cólon é completamente removido quando a pontuação for menor do que a primeiro valor de corte predeterminado, em que o primeiro valor de corte predetermina- do é de 50% em uma escala de O a 100%.
[0016] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método que compreende: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste de um indivíduo, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes espe- cíficos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e (e) administrar uma primeira terapia ao indivíduo quando a pontuação for igual ou superior ao valor de corte predeterminado.
[0017] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a avaliação da resposta de um indivíduo com câncer de cólon a uma primeira terapia, o método compreendendo: (1) no primeiro mo- mento: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomar- cadores de uma primeira amostra de teste do indivíduo através do contato da primeira amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcado- res, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma primeira pontuação; (2) em um segundo momento, em que o segundo momento é após o pri- meiro momento e após a administração da terapia ao indivíduo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma segunda amostra de teste do indivíduo através do contato da se- gunda amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?Z, UMPS e o gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de ex-
pressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado no algorit- mo para gerar uma segunda pontuação; (3) comparar a primeira pon- tuação com a segunda pontuação; e (4) identificar que o indivíduo res- ponde à primeira terapia quando a segunda pontuação diminui signifi- cativamente em comparação com a primeira pontuação ou identificar que o indivíduo não responde à primeira terapia quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a pri- meira pontuação.
[0018] Em um aspecto, a presente invenção fornece um método para a avaliação da resposta de um indivíduo com câncer de cólon a uma terapia, o método compreendendo: (1) em um primeiro momento, executar as seguintes etapas que incluem (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma primeira amostra de teste do indivíduo, através do contato da primeira amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expres- são dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão nor- malizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma primeira pontuação; e (2) em um segundo momento, execu- tar as seguintes etapas que incluem (d) determinar o nível de expres- são de pelo menos 14 biomarcadores de uma segunda amostra de teste do indivíduo, através do contato da segunda amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expres- são dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e o gene de manutenção; (e) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão nor- malizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (f) introduzir cada nível de expressão normalizado no algoritmo para ge- rar uma segunda pontuação, em que o segundo momento é após o primeiro momento e após a administração da terapia ao indivíduo; (3) comparar a primeira pontuação com a segunda pontuação; e (4) pro- duzir um relatório, em que o relatório identifica que o indivíduo respon- de à terapia quando a segunda pontuação diminui significativamente em comparação com a primeira pontuação ou identifica que o indiví- duo não responde à terapia quando a segunda pontuação não diminu- iu significativamente em comparação com a primeira pontuação.
[0019] Em alguns aspectos, um método da presente invenção po- de ainda compreender continuar a administrar uma primeira terapia a um indivíduo quando uma segunda pontuação é significativamente re- duzida em comparação com uma primeira pontuação.
[0020] Em alguns aspectos, um método da presente invenção po- de compreender ainda descontinuar a administração de uma primeira terapia a um indivíduo quando uma segunda pontuação não é signifi- cativamente reduzida em comparação com uma primeira pontuação.
[0021] Em alguns aspectos, um método da presente invenção po- de ainda compreender a administração de uma segunda terapia a um indivíduo quando uma segunda pontuação não é significativamente reduzida em comparação com uma primeira pontuação.
[0022] Em alguns aspectos, uma segunda pontuação diminui signi- ficativamente em comparação com uma primeira pontuação quando a segunda pontuação for pelo menos 25% menor do que a primeira pon- tuação.
[0023] Em alguns aspectos, um valor de corte predeterminado po- de ser de 50% em uma escala de O a 100%. Um valor de corte prede- terminado pode ser de 60% em uma escala de O a 100%.
[0024] Em alguns aspectos de qualquer um dos métodos aqui di- vulgados, um gene de manutenção pode ser selecionado do grupo que consiste em MRPL19, PSMC4, SF3A1, PUM1, ACTB, GAPD, GUSB, RPLPO, TFRC, MORFA4L1, 18S, PPIA, PGK1, RPL13A, B2M, YWHAZ, SDHA e HPRTT1. Por exemplo, o gene de manutenção pode ser MORFA4L1.
[0025] Em alguns aspectos, um método da presente invenção po- de ter uma sensibilidade maior do que 85%. Em alguns aspectos, um método da presente invenção pode ter uma especificidade maior do que 85%.
[0026] Em alguns aspectos, um biomarcador pode compreender RNA, cDNA, proteína ou qualquer combinação dos mesmos.
[0027] Em alguns aspectos, em que quando o biomarcador for RNA, o RNA pode ser transcrito reversamente para produzir cCDNA, e o nível de expressão de cDNA produzido pode ser detectado.
[0028] Em alguns aspectos, um biomarcador ou a expressão de um biomarcador pode ser detectado através da formação de um com- plexo entre o biomarcador e uma sonda ou iniciador marcado.
[0029] Em alguns aspectos, quando um biomarcador for uma pro- teina, a proteína pode ser detectada através da formação de um com- plexo entre a proteína e um anticorpo marcado.
[0030] Em alguns aspectos, quando um biomarcador for RNA ou CDNA, o RNA ou cDNA pode ser detectado através da formação de um complexo entre o RNA ou cDNA e uma sonda ou iniciador de ácido nucleico marcado. Um complexo entre o RNA ou cDNA e a sonda ou iniciador de ácido nucleico marcado pode ser um complexo de hibridi- zação.
[0031] Em alguns aspectos, um valor de corte predeterminado po- de ser derivado de uma pluralidade de amostras de referência obtidas de indivíduos que não possuem ou não foram diagnosticados com uma doença neoplásica. A doença neoplásica pode ser câncer de có- lon.
[0032] Em alguns aspectos, um algoritmo pode ser XGBoost (XGB), Random Forest (RF), glmnet, cforest, Classification and Re- gression Trees para Machine Learning (CART), treebag, K-Nearest Neighbors (KkNN), neural network (nnet), Support Vector Machine radial (SVM-radial), Support Vector Machine linear (SVM-linear), Naive Bayes (NB), multilayer perceptron (mlp) ou qualquer combinação destes.
[0033] Em alguns aspectos, os métodos da presente invenção po- dem ainda compreender a administração a um indivíduo de uma pri- meira terapia quando uma pontuação for igual ou maior do que um ponto de corte predeterminado.
[0034] Em alguns aspectos, um primeiro momento pode ser anteri- or à administração de uma primeira terapia ao indivíduo. Um primeiro momento pode ser após a administração da primeira terapia ao indiví- duo.
[0035] Em alguns aspectos, uma terapia pode compreender tera- pia anticâncer, cirurgia, quimioterapia, terapia medicamentosa direcio- nada, terapia de radiação, imunoterapia ou qualquer combinação das mesmas.
[0036] Em alguns aspectos, a cirurgia pode compreender a remo- ção de um pólipo durante uma colonoscopia, ressecção endoscópica da mucosa, uma colectomia parcial, uma ostomia, remoção de pelo menos uma lesão cancerígena do fígado, ou qualquer combinação das mesmas.
[0037] Em alguns aspectos, a quimioterapia pode compreender FOLFOX, FOLFIRI, uma combinação de 5-FU e leucovorina, capecita- bina, irinotecan, CapeOx ou qualquer combinação dos mesmos.
[0038] Em alguns aspectos, a terapia medicamentosa direcionada pode compreender bevacizumab, cetuximab, panitumumab, regorafe- nib, uma combinação de trifluridina e tipiracil, um inibidor do EGFR TKI ou qualquer combinação dos mesmos.
[0039] Em alguns aspectos, a terapia anticâncer pode compreen- der terapia anticâncer do cólon.
[0040] Em alguns aspectos, a imunoterapia pode compreender pembrolizumab, nivolumab ou uma combinação de pembrolizumab e nivolumab.
[0041] Em alguns aspectos, uma amostra de teste pode ser san- gue, soro, plasma, tecido neoplásico ou qualquer combinação dos mesmos. Uma amostra de referência pode ser sangue, soro, plasma, tecido não neoplásico ou qualquer combinação dos mesmos.
[0042] Qualquer um dos aspectos acima pode ser combinado com qualquer outro aspecto.
[0043] A menos que seja definido de outra forma, todos os termos técnicos e científicos aqui utilizados possuem o mesmo significado como comumente entendido por uma pessoa de habilidade na técnica à qual essa invenção pertence. No relatório descritivo, as formas sin- gulares também incluem o plural, a não ser que o contexto dite clara- mente de outra maneira; como exemplos, os termos "um", "uma", "o" e "a" são entendidos como singulares ou plurais e o termo "ou" é com-
preendido de ser inclusivo. A título de exemplo, "um elemento" signifi- ca um ou mais elementos. Em todo o relatório descritivo, a palavra "compreendendo" ou variações tais como "compreende" ou "que com- preende" serão entendidas de implicar a inclusão de um elemento, número inteiro ou etapa mencionado, ou grupo de elementos, números inteiros ou etapas, mas não a exclusão de qualquer outro elemento, número inteiro ou etapa, ou grupo de elementos, números inteiros ou etapas. Cerca de pode ser entendido como dentro de 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0,5%, 0,1%, 0,05% ou 0,01% do valor mencionado. Salvo disposição em contrário do contexto, todos os valo- res numéricos aqui fornecidos são modificados pelo termo "cerca de".
[0044] Embora métodos e materiais semelhantes ou equivalentes àqueles aqui descritos possam ser utilizados na prática ou no teste da presente invenção, métodos e materiais adequados são descritos abaixo. Todas as publicações, pedidos de patentes, patentes e outras referências mencionadas nesta invenção são incorporados por refe- rência na sua totalidade. As referências aqui citadas não são admitidas como sendo da técnica anterior à invenção reivindicada. No caso de conflito, o presente relatório descritivo, incluindo as definições, preva- lecerá. Além disso, os materiais, métodos e exemplos são apenas ilus- trativos e não se destinam a ser limitativos. Outras características e vantagens da presente invenção serão evidentes a partir da seguinte descrição detalhada e reivindicações. Breve Descrição dos Desenhos
[0045] As FIGURAS 1A-1B são gráficos que mostram a expressão gênica normalizada da assinatura de 13 genes na mucosa do cólon (FIG. 1A) e linhagens celulares (FIG. 1B). A expressão gênica foi signi- ficativamente (p < 0,0001) elevada nas amostras de câncer de cólon (n =7) em comparação com a mucosa normal correspondente (n = 7). Os níveis foram —20 vezes elevados no tecido tumoral do câncer de cólon do que na mucosa normal. Todos os genes foram expressos em três linhagens celulares de câncer de cólon diferentes. Os níveis foram —1000x elevados em comparação com a mucosa normal. Linhas hori- zontais identificam a expressão mediana normalizada dos 13 genes.
[0046] As FIGURAS 2A-2B são gráficos que mostram a análise da curva do operador receptor do conjunto de teste (FIG. 2A) e do conjun- to independente (FIG. 2B). Cada coorte incluiu 136 cânceres e 60 con- troles. A AUROC no conjunto de testes foi de 0,9 e o índice Youden J foi de 0,71. No conjunto independente, a AUROC foi de 0,86 com um Índice de Youden de 0,6. A estatística-Z variou de 11,2 a 15,6 e foi al- tamente significativa (p < 0,0001). A sensibilidade e especificidade do teste variaram de 85 a 87,5% e 75 a 83%, respectivamente.
[0047] As FIGURAS 3A-3B são gráficos que mostram que a ex pressão gênica nos níveis identificados em toda a coorte (controles: n = 120; casos de câncer de cólon: n = 272) foram significativamente (p < 0,0001) elevados nos casos (62,7 + 14%) versus controles (34,6 + 18%) (FIG. 3A). A AUROC foi de 0,88, p < 0,0001 (FIG. 3B). As linhas horizontais identificam a expressão mediana da assinatura normaliza- da de 13 genes (ColoTest).
[0048] As FIGURAS 4A-4B são gráficos que mostram a análise da curva de decisão (FIG. 4A) e a análise de risco (FIG. 4B) com relação ao ColoTest. Isso apresentou > 50% de benefício preditivo padroniza- do até um limite de risco de 80%. O gráfico de avaliação de risco pró- bite identificou uma pontuação do ColoTest > 50% com 75% de preci- são na previsão de câncer de cólon em uma amostra de sangue. Isso foi aumentado para > 80% em uma pontuação do ColoTest > 60%.
[0049] A FIG. 5 é um gráfico que mostra o efeito da cirurgia no Co- loTest. Os níveis antes da cirurgia são elevados (84 + 6%). Naqueles sem evidência de doença (NED), os níveis foram reduzidos pela cirur- gia para 14 + 9% (*p = 0,0001). Naqueles com doença (D) que perma-
nece após a cirurgia, os níveis permaneceram semelhantes aos valo- res pré-cirúrgicos (74 + 4%).
[0050] As FIGURAS 6A-6C são gráficos que mostram as pontua- ções do ColoTest na doença estável e progressiva. As pontuações de teste não foram significativamente diferentes entre aqueles identifica- dos como estáveis e aqueles com doença progressiva no momento da avaliação (FIG. 6A). Dos 17 com doença estável, 12 apresentaram progressão da doença nos 3 meses de acompanhamento. Os níveis naqueles que realmente tiveram doença estável demonstrável foram baixos (16 + 10%) (FIG. 6B). Naqueles que progrediram nos três me- ses, os níveis não eram diferentes daqueles com doença progressiva (73 + 16% vs. 68 + 25%). A AUROC para diferenciar doença estável de doença em progressão/progressiva foi de 0,97, p < 0,0001 (FIG. 6C).
[0051] A FIG. 7 é um gráfico que mostra a comparação da AUROC entre o ColoTest e o CEA para diferenciar doença estável da progres- siva. O ColoTest foi significativamente mais sensível do que o CEA (diferença na AUC: 0,18, estatística z: 2,1, p= 0,03).
[0052] A FIG. 8 é um gráfico que mostra o efeito do tratamento no ColoTest. Os níveis antes do tratamento são elevados (82 + 9%). Na- queles que responderam à terapia com estabilização da doença, os níveis foram reduzidos para 14 + 7% (*p < 0,0001). Naqueles que apresentaram progressão da doença devido à falha do tratamento, os níveis foram elevados (69 + 21%). Descrição Detalhada da Invenção
[0053] Os detalhes da invenção são apresentados na descrição anexa abaixo. Embora métodos e materiais semelhantes ou equivalen- tes aos aqui descritos possam ser utilizados na prática ou no teste da presente invenção, métodos e materiais ilustrativos são agora descri- tos. Outras características, objetos e vantagens da invenção serão evidentes a partir da descrição e das reivindicações. No relatório des- critivo e nas reivindicações anexas, as formas singulares também in- cluem o plural, a menos que o contexto indique claramente o contrário. A menos que definido de outra forma, todos os termos técnicos e cien- tíficos aqui utilizados possuem o mesmo significado que é comumente compreendido por uma pessoa de habilidade prática na técnica à qual esta invenção pertence. Todas as patentes e publicações citadas nes- te relatório descritivo são aqui incorporadas por referência na sua tota- lidade.
[0054] O câncer de cólon é o câncer do intestino grosso (cólon). Os sintomas do câncer de cólon incluem, mas não são limitados a es- tes: (a) uma mudança nos hábitos intestinais, (b) sangramento retal ou sangue nas fezes, (c) desconforto abdominal persistente, tal como es- pasmos, gases ou dor, (d) sensação de que o intestino não esvazia completamente; (e) fraqueza ou fadiga; e (f) perda de peso inexplicá- vel.
[0055] São aqui descritos métodos para quantificar (pontuar) a as- sinatura molecular do câncer de cólon circulante com alta sensibilidade e especificidade para propósitos que incluem, mas não se limitam a detecção de um câncer de cólon, determinação de se um câncer de cólon é estável ou progressivo, determinação da integridade de cirur- gia e avaliação da resposta a uma terapia de câncer de cólon. Especi- ficamente, a presente invenção baseia-se na descoberta de que os níveis de expressão de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS, normalizados pelo nível de expressão de um gene de manutenção como MORF4L1, são elevados em indivíduos tendo câncer de cólon em comparação com indivíduos saudáveis.
[0056] Consequentemente, a presente invenção fornece um méto- do para a detecção de um câncer de cólon em um indivíduo com sua necessidade, o método compreendendo: (a) determinar o nível de ex- pressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normali- zar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POPY7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um primeiro valor de corte predetermi- nado; e (e) identificar a presença de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte prede- terminado ou identificar a ausência de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for menor do que o valor de corte predetermina- do.
[0057] Em alguns aspectos do método precedente, a etapa (e) po- de compreender a produção de um relatório, em que o relatório identi- fica a presença de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontua- ção for igual ou maior do que o primeiro valor de corte predeterminado ou identifica a ausência de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for menor do que o primeiro valor de corte predeterminado.
[0058] Em alguns aspectos, o método anterior pode ainda compre- ender a administração ao indivíduo de uma primeira terapia. O método precedente pode ainda compreender a administração ao indivíduo de uma primeira terapia quando a pontuação for igual ou maior do que o ponto de corte predeterminado.
[0059] A presente invenção também fornece um método para a determinação se um câncer de cólon em um indivíduo é estável ou progressivo, o método compreendendo: (a) determinar o nível de ex- pressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2, UMPS, e um gene de manutenção; (b) normali- zar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um segundo valor de corte predetermi- nado; e (e) identificar que o câncer de cólon no indivíduo é progressivo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte prede- terminado ou identificar que o câncer de cólon no indivíduo é estável quando a pontuação for menor do que o valor de corte predetermina- do.
[0060] Em alguns aspectos do método precedente, a etapa (e) po- de compreender a produção de um relatório, em que o relatório identi- fica que o câncer de cólon é progressivo quando a pontuação for igual ou maior do que o segundo valor de corte predeterminado ou identifica que o cólon o câncer é estável quando a pontuação for menor do que o segundo valor de corte predeterminado.
[0061] Em alguns aspectos, o método precedente pode ainda compreender a administração ao indivíduo de uma primeira terapia. O método anterior pode ainda compreender a administração ao indivíduo de uma primeira terapia quando a pontuação for igual ou maior do que o ponto de corte predeterminado.
[0062] Em alguns aspectos, o método compreende ainda tratar o indivíduo com um câncer de cólon progressivo com cirurgia, quimiote- rapia, terapia medicamentosa direcionada, terapia de radiação, imuno- terapia ou uma combinação dos mesmos.
[0063] A presente invenção também fornece um método para a determinação da integridade da cirurgia em um indivíduo com câncer de cólon, o método compreendendo: (a) determinar o nível de expres- são de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do in- divíduo após a cirurgia através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compre- endem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manu- tenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pon- tuação; (d) comparar a pontuação com um primeiro valor de corte pre- determinado; e (e) identificar que o câncer de cólon no indivíduo não é completamente removido quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte predeterminado ou identificar que o câncer de có- lon no indivíduo é completamente removido quando a pontuação for menor do que o valor de corte predeterminado.
[0064] Em alguns aspectos do método precedente, a etapa (e) po- de compreender a produção de um relatório, em que o relatório identi- fica que o câncer de cólon não é completamente removido quando a pontuação for igual ou maior do que o primeiro valor de corte prede- terminado ou identifica que o câncer de cólon é completamente remo- vido quando a pontuação for menor do que o primeiro valor de corte predeterminado.
[0065] Em alguns aspectos, o método precedente pode ainda compreender a administração ao indivíduo de uma primeira terapia. O método precedente pode ainda compreender a administração ao indi- víduo de uma primeira terapia quando a pontuação for igual ou superi- or ao ponto de corte predeterminado.
[0066] A presente invenção também fornece um método que com- preende: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 bio- marcadores de uma amostra de teste de um indivíduo, através do con- tato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de ex- pressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um al- goritmo para gerar uma pontuação; (d) comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e (e) administrar uma primeira terapia ao indivíduo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte predeterminado.
[0067] A resposta de um indivíduo com câncer de cólon a uma te- rapia também pode ser avaliada mediante a comparação das pontua- ções determinadas pelo mesmo algoritmo em diferentes momentos da terapia. Por exemplo, o primeiro momento pode ser antes ou depois da administração da terapia ao indivíduo; o segundo momento é após o primeiro e após a administração da terapia ao indivíduo. Uma primeira pontuação é gerada no primeiro momento e uma segunda pontuação é gerada no segundo momento. Quando a segunda pontuação diminui significativamente em comparação com a primeira, o indivíduo é con- siderado responsivo à terapia.
[0068] Em conformidade, a presente invenção fornece um método para a avaliação da resposta de um indivíduo com câncer de cólon a uma primeira terapia, o método compreendendo: (1) em um primeiro momento: (a) determinar o nível de expressão dos pelo menos 14 bi- omarcadores de uma primeira amostra de teste do indivíduo através do contato da primeira amostra de teste com uma pluralidade de agen- tes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomar- cadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma primeira pontuação; (2) em um segundo momento, em que o segundo momento é após o pri- meiro momento e após a administração da terapia ao indivíduo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma segunda amostra de teste do indivíduo através do contato da se- gunda amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?2, UMPS e o gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de ex- pressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado no algorit- mo para gerar uma segunda pontuação; (3) comparar a primeira pon- tuação com a segunda pontuação; e (4) identificar que o indivíduo res- ponde à primeira terapia quando a segunda pontuação diminui signifi- cativamente em comparação com a primeira pontuação ou identificar que o indivíduo não responde à primeira terapia quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a pri- meira pontuação.
[0069] Em alguns aspectos do método anterior, a etapa (4) pode compreender a produção de um relatório, em que o relatório identifica que o indivíduo responde à primeira terapia quando a segunda pontu- ação é significativamente reduzida em comparação com a primeira pontuação ou identifica que o indivíduo não responde à primeira tera- pia quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a primeira pontuação.
[0070] Em alguns aspectos do método precedente, a segunda pon- tuação diminui significativamente em comparação com a primeira pon- tuação quando a segunda pontuação for pelo menos ao redor de 10% menor do que a primeira pontuação ou pelo menos ao redor de 20%
menor do que a primeira pontuação, ou pelo menos ao redor de 25% menor do que a primeira pontuação, pelo menos ao redor de 40% me- nor do que a primeira pontuação, pelo menos ao redor de 50% menor do que a primeira pontuação ou pelo menos ao redor de 60% menor do que a primeira pontuação ou pelo menos ao redor de 70% menor do que a primeira pontuação, ou pelo menos ao redor de 75% menor do que a primeira pontuação, ou pelo menos ao redor de 80% menor do que a primeira pontuação, ou pelo menos ao redor de 90% menor do que a primeira pontuação ou pelo menos ao redor de 95% menor do que a primeira pontuação ou pelo menos ao redor de 95% menor do que a primeira pontuação. Em alguns aspectos, quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a pri- meira, o indivíduo é considerado não responsivo à terapia.
[0071] Em alguns aspectos do método precedente, um primeiro momento pode ser anterior à administração de uma primeira terapia ao indivíduo. Um primeiro momento pode ser após a administração de uma primeira terapia ao indivíduo.
[0072] Em alguns aspectos, o método precedente pode ainda compreender a continuação de administrar a primeira terapia ao indi- víduo quando a segunda pontuação for significativamente reduzida em comparação com a primeira pontuação.
[0073] Em alguns aspectos, o método precedente pode ainda compreender a interrupção da administração da primeira terapia ao indivíduo quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a primeira pontuação.
[0074] Em alguns aspectos, o método precedente pode ainda compreender a administração de uma segunda terapia ao indivíduo quando a segunda pontuação não for significativamente reduzida em comparação com a primeira pontuação.
[0075] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, um valor de corte predeterminado pode ser de cerca de 50% em uma es- cala de O a 100%. Um valor de corte predeterminado pode ser de cer- ca de 60% em uma escala de O a 100%. Um valor de corte predeter- minado pode ser de cerca de 10% ou cerca de 20% ou cerca de 30% ou cerca de 40% ou cerca de 70% ou cerca de 80% ou cerca de 90% em uma escala de O a 100%.
[0076] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, uma amostra de teste pode ser qualquer fluido biológico obtido do in- divíduo. Uma amostra de teste pode ser sangue, soro, plasma, tecido neoplásico ou qualquer combinação dos mesmos. Em alguns aspec- tos, a amostra de teste é sangue. Em alguns aspectos, a amostra de teste é soro. Em alguns aspectos, a amostra de teste é plasma.
[0077] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, um gene de manutenção pode compreender, mas não está limitado aos MRPL19, PSMC4, SF3A1, PUM1, ACTB, GAPD, GUSB, RPLPO, TFRC, MORFA4L1, 18S, PPIA, PGK1, RPL13A, B2M, YWHAZ, SDHA e HPRT1. Em alguns aspectos, o gene de manutenção é o MORF4L1.
[0078] Os métodos da presente invenção podem ter uma sensibili- dade de pelo menos cerca de 50%, ou pelo menos cerca de 60%, ou pelo menos cerca de 70%, ou pelo menos cerca de 75%, ou pelo me- nos cerca de 80%, ou pelo menos cerca de 85%, ou pelo menos cerca de 90%, ou pelo menos cerca de 95%, ou pelo menos cerca de 99%. Os métodos da presente invenção podem ter uma sensibilidade maior do que cerca de 50%, ou maior do que cerca de 60%, ou maior do que cerca de 70%, ou maior do que cerca de 75%, ou maior do que cerca de 80%, ou maior do que cerca de 85%, ou maior do que cerca de 90%, ou maior do que cerca de 95% ou maior do que cerca de 99%.
[0079] Os métodos da presente invenção podem ter uma especifi- cidade de pelo menos cerca de 50%, ou pelo menos cerca de 60%, ou pelo menos cerca de 70%, ou pelo menos cerca de 75%, ou pelo me-
nos cerca de 80%, ou pelo menos pelo menos cerca de 85%, ou pelo menos cerca de 90%, ou pelo menos cerca de 95%, ou pelo menos cerca de 99%. Os métodos da presente invenção podem ter uma es- pecificidade maior do que cerca de 50%, ou maior do que cerca de 60%, ou maior do que cerca de 70%, ou maior do que cerca de 75%, ou maior do que cerca de 80%, ou maior do que cerca de 85%, ou maior do que cerca de 90%, ou maior do que cerca de 95%, ou maior do que cerca de 99%.
[0080] Os métodos da presente invenção podem ter uma precisão de pelo menos cerca de 50%, ou pelo menos cerca de 60%, ou pelo menos cerca de 70%, ou pelo menos cerca de 75%, ou pelo menos cerca de 80%, ou pelo menos cerca de 85%, ou pelo menos cerca de 90%, ou pelo menos cerca de 95%, ou pelo menos cerca de 99%. Os métodos da presente invenção podem ter uma precisão maior do que cerca de 50%, ou maior do que cerca de 60%, ou maior do que cerca de 70%, ou maior do que cerca de 75%, ou maior do que cerca de 80%, ou maior do que cerca de 85%, ou maior do que cerca de 90%, ou maior do que cerca de 95%, ou maior do que cerca de 99%.
[0081] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, um valor de corte predeterminado pode ser derivado de uma pluralidade de amostras de referência obtidas de indivíduos que não possuem ou não foram diagnosticados com uma doença neoplásica. Em alguns aspectos, a doença neoplásica pode ser câncer de cólon.
[0082] A pluralidade de amostras de referência pode compreender ao redor de 2 a 500, 2 a 200, 10 a 100 ou 20 a 80 amostras de refe- rência. Cada amostra de referência produz uma pontuação utilizando o algoritmo, e o primeiro valor de corte predeterminado pode ser uma média aritmética dessas pontuações. Cada amostra de referência po- de ser sangue, soro, plasma ou tecido não neoplásico. Em alguns as- pectos, cada amostra de referência é sangue. Em alguns aspectos,
cada amostra de referência é do mesmo tipo como a amostra de teste.
[0083] Cada um dos biomarcadores aqui divulgados pode ter uma ou mais variantes de transcrição. Os métodos aqui divulgados podem medir o nível de expressão de qualquer uma das variantes de transcri- ção para cada biomarcador.
[0084] O nível de expressão pode ser medido de várias maneiras, incluindo, mas não limitado a estes: medir o mMRNA codificado pelos genes selecionados; medir a quantidade de proteína codificada pelos genes selecionados; e medir a atividade da proteína codificada pelos genes selecionados.
[0085] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, um biomarcador pode ser RNA, cDNA, proteína ou qualquer combinação dos mesmos. Quando o biomarcador for RNA, o RNA pode ser trans- crito reversamente para produzir cDNA (tal como por RT-PCR), e o nível de expressão de cDNA produzido pode ser detectado. O nível de expressão de um biomarcador pode ser detectado através da forma- ção de um complexo entre o biomarcador e uma sonda ou iniciador marcado. Quando o biomarcador for RNA ou cDNA, o RNA ou cDNA pode ser detectado através da formação de um complexo entre o RNA ou cDNA e uma sonda ou iniciador de ácido nucleico marcado. O complexo entre o RNA ou cDNA e a sonda ou iniciador de ácido nu- cleico marcado pode ser um complexo de hibridação.
[0086] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a expressão gênica pode ser detectada pela análise de microarranjos. À expressão diferencial de genes também pode ser identificada ou con- firmada utilizando a técnica de microarranjo. Assim, os biomarcadores do perfil de expressão podem ser medidos em tecido fresco ou fixo, utilizando a tecnologia de microarranjos. Neste método, as sequências de polinucleotídeo de interesse (incluindo cDNAs e oligonucleotídeos) são plaqueadas ou dispostas em um substrato de microchip. As se-
quências dispostas são então hibridizadas com sondas de DNA espe- cíficas de células ou tecidos de interesse. A fonte de mMRNA é tipica- mente o RNA total isolado de uma amostra biológica e os tecidos ou linhagens celulares normais correspondentes podem ser utilizados pa- ra determinar a expressão diferencial.
[0087] Em alguns aspectos das técnicas de microarranjo, inser- ções amplificadas por PCR de clones de cDNA são aplicadas a um substrato em uma matriz densa. Em alguns aspectos, pelo menos
10.000 sequências de nucleotídeo são aplicadas ao substrato. Os ge- nes de microarranjo, imobilizados no microchip em 10.000 elementos cada, são adequados para hibridização sob condições rigorosas. As sondas de cDNA marcadas com fluorescência podem ser geradas através da incorporação de nucleotídeos fluorescentes por transcrição reversa de RNA extraído de tecidos de interesse. As sondas de cDNA marcadas aplicadas ao chip hibridam com especificidade para cada ponto do DNA na matriz. Após uma lavagem rigorosa para remover as sondas não especificadas, o chip de microarranjo é escaneado por um dispositivo como microscopia confocal a laser ou por outro método de detecção, tal como uma câmera CCD. A quantificação da hibridação de cada elemento disposto permite avaliar a abundância de MRNA correspondente. Com fluorescência de duas cores, as sondas de CDNA marcadas separadamente, geradas a partir de duas fontes de RNA, são hibridizadas em pares com a matriz. A abundância relativa dos transcritos das duas fontes correspondentes para cada gene es- pecificado é assim determinada simultaneamente. A análise de micro- arranjos pode ser executada por equipamentos comercialmente dispo- níveis, seguindo os protocolos do fabricante.
[0088] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, os biomarcadores podem ser detectados em uma amostra biológica utili- zando gRT-PCR. A primeira etapa no perfil de expressão gênica por
RT-PCR é extrair o RNA de uma amostra biológica seguida pela trans- crição reversa do molde de RNA em cDNA e amplificação por uma re- ação PCR. A etapa da reação de transcrição reversa é geralmente ini- ciada utilizando iniciadores específicos, hexâmeros aleatórios ou inici- adores de oligo-dT, dependendo do objetivo do perfil de expressão. As duas transcriptases reversas comumente utilizadas são a transcriptase reversa do vírus avilo mieloblastose (AMV-RT) e a transcriptase rever- sa do vírus da leucemia murina Moloney (MLV-RT).
[0089] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, quando o biomarcador for uma proteína, a proteína pode ser detectada através da formação de um complexo entre a proteína e um anticorpo marcado. A marcação pode ser qualquer marcação, por exemplo, uma marcação fluorescente, marcação de quimioluminescência, marcação radioativo, etc. Métodos exemplares para detecção de proteínas inclu- em, mas não são limitados a estes, imunoensaio enzimático (EIA), rá- dio-imunoensaio (RIA), análise de Western blot e ensaio imunoabsor- vente ligado a enzima (ELISA). Por exemplo, o biomarcador pode ser detectado em um ELISA, no qual o anticorpo do biomarcador está |li- gado a uma fase sólida e um conjugado enzima-anticorpo é emprega- do para detectar e/ou quantificar o biomarcador presente em uma amostra. Alternativamente, um ensaio de Western blot pode ser utili- zado no qual o biomarcador solubilizado e separado está ligado ao papel de nitrocelulose. A combinação de um conjugado líquido alta- mente específico e estável com um substrato cromogênico sensível permite uma identificação rápida e precisa das amostras.
[0090] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, os métodos aqui descritos podem ter uma especificidade, sensibilidade e/ou precisão de pelo menos 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% ou 99%.
[0091] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção,
uma sonda marcada, um iniciador marcado, um anticorpo marcado ou um ácido nucleico marcado pode compreender uma marcação fluorescente.
[0092] Qualquer algoritmo que possa gerar uma pontuação para uma amostra através da avaliação de onde esse valor da amostra cai em um modelo de previsão gerado utilizando diferentes técnicas, por exemplo, árvores de decisão, pode ser utilizado nos métodos aqui di- vulgados. O algoritmo analisa os dados (isto é, níveis de expressão) e depois atribui uma pontuação. Em alguns aspectos, o algoritmo pode ser um algoritmo de aprendizado de máquina. Algoritmos exemplares que podem ser utilizados nos métodos aqui divulgados podem incluir, mas não são limitados a estes, XGBoost (XGB), Random Forest (RF), glmnet, cforest, Classification and Regression Trees for Machine Lear- ning (CART), treebag, K-Nearest Neighbors (KkNN), neural network (nnet), Support Vector Machine radial (SVM-radial), Support Vector Machine linear (SVM-linear), Naíve Bayes (NB), multilayer perceptron (mlp) ou qualquer combinação dos mesmos.
[0093] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, o algoritmo pode ser XGB (também chamado XGBoost). O XGB é uma implementação de árvores de decisão com reforço de gradiente proje- tada para velocidade e desempenho.
[0094] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, uma terapia pode compreender terapia anticâncer, cirurgia, quimiote- rapia, terapia medicamentosa direcionada, terapia de radiação, imuno- terapia ou qualquer combinação dos mesmos.
[0095] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a cirurgia pode compreender a remoção de um pólipo durante uma colo- noscopia, ressecção endoscópica da mucosa, uma colectomia parcial, uma ostomia, que remove pelo menos uma lesão cancerígena do fíga- do, ou qualquer combinação destas.
[0096] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a terapia anticâncer pode compreender terapia anticâncer do cólon.
[0097] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a quimioterapia pode compreender FOLFOX, FOLFIRI, uma combinação de 5-FU e leucovorina, capecitabina, irinotecan, CapeOx ou qualquer combinação dos mesmos.
[0098] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a terapia medicamentosa direcionada pode compreender bevacizumab, cetuximab, panitumumab, regorafenib, uma combinação de trifluridina e tipiracil, um inibidor de EGFR TKI ou qualquer combinação dos mesmos.
[0099] Em alguns aspectos dos métodos da presente invenção, a imunoterapia pode compreender pembrolizumab, nivolumab ou uma combinação de pembrolizumab e nivolumab.
[00100] Para o câncer de cólon em estágio inicial, uma abordagem minimamente invasiva da cirurgia pode ser utilizada para remover o câncer. Por exemplo, se o câncer estiver completamente contido em um pólipo, ele poderá ser removido durante uma colonoscopia. A res- secção endoscópica da mucosa pode ser executada para remover pó- lipos maiores. Os pólipos que não podem ser removidos durante uma colonoscopia podem ser removidos utilizando cirurgia laparoscópica.
[00101] Seo câncer cresceu dentro ou através do cólon, uma colec- tomia parcial pode ser executada para remover a parte do cólon que contém o câncer, juntamente com uma margem de tecido normal em cada lado do câncer. Quando não é possível reconectar as componen- tes saudáveis do cólon ou do reto, uma ostomia pode ser executada para criar uma abertura na parede do abdômen a partir de uma parte do intestino remanescente para a eliminação das fezes em uma bolsa que se encaixe firmemente sobre a abertura. A remoção dos linfono- dos também pode ser executada.
[00102] Para o câncer de cólon avançado, uma operação para alivi- ar um bloqueio do cólon ou outras condições também pode ser execu-
tada. Em casos específicos em que o câncer se espalhou apenas para o fígado, uma cirurgia para remover a lesão cancerígena do fígado po- de ser executada.
[00103] Para quimioterapias, os regimes de FOLFOX (5-FU, leuco- vorina e oxaliplatina) ou CapeOx (capecitabina e oxaliplatina) são utiliza- dos com mais frequência, mas alguns pacientes podem obter 5-FU com leucovorina ou capecitabina isoladamente com base na sua idade e ne- cessidades de saúde. O irinotecano também pode ser utilizado como um agente quimioterapêutico para o tratamento de um câncer de cólon.
[00104] As terapias medicamentosas direcionadas visam os funcio- namentos defeituosos que permitem o crescimento de células cancerí- genas. Essas terapias incluem, entre outras, bevacizumab, cetuximab, panitumumab, ramucirumab, regorafenib, ziv-aflibercept, uma combi- nação de trifluridina e tipiracila, e um inibidor do EGFR TKI.
[00105] As imunoterapias para câncer de cólon incluem, mas não são limitadas a estas, pembrolizumab (Keytruda&) e nivolumab (OpdivoO).
[00106] As informações de sequência dos biomarcadores e manu- tenções do câncer de cólon são mostradas na Tabela 1. Tabela 1. Informações de Sequência do Biomarcador/Manutenção do Câncer de Cólon gttagagcoggetgogegacttacagageteaatoggeggegagageggcaggeggggegão- eogancgegaatiscggragagconsgcagaegesgagaaggaagageagesegaaes- egectotegaasgagigtaegogagacaagelgasgaccicangenegeisticaass- entgglgoadgetstoggaeaectscaacasgiactiasigaagtiogamegganaça- goptciacplgcigaagttcanggcangstccangegaetitotctggatgcapçaas- cosagacagaccaggatgagyagestigonguasagtcancgagtatoigancano- covcegatgectggpgegetgasccagesaapeagogocoscgaactcicizegatags- 'cngtosgastagestgcagagectgstsguasacatgagecacagecagetoatgcaget- 'cntoggaccagocagectcggagaacigaatagscaasaaccstgacta gastas ataa- nor NucooTO02 3 'cosgettactggguageagtggectocagagageagctoslostocagetecoagagaeas- tegacagoggteacocolestecacascelotecscoegtgoasccocagecostica- clecageagelgoctcageaaciagecogagecoegegeocagticogaçsatanagecagea- cageagecageccgacocageceatecagelgagegaortccagagentoctas- 'coscgalgancgiaccagocgugocagenggegaccagesagtagacetggecagtots: clgacgcgganetastggctocostectogosaaegagatgtecagagegectaatcas- tachigecstcigggagicgeigecgeagacegegsalgagaecagantaconigas- geo gisagrarlaaneilaaacregrtaaricameas- etgageccoctcatgtgscagtcagicig-ctgcagaggelgtagaggccaccascaadas cgatgtagaagogttigocanagecstgeagaacaacgecsageccgageagaaagagçoaa- cacgasggacaagaaggacgasgagsagaacatgagociggacigagecaegegeo teclecgaggascigngegetigeagtgagigeacacosteaodocescoactgattat-
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[00107] Os artigos "um" e "uma" são utilizados nesta invenção para se referir a um ou mais do que um (isto é, a pelo menos um) do objeto gramatical do artigo. A título de exemplo, "um elemento" significa um elemento ou mais de um elemento.
[00108] O termo "e/ou" é utilizado nesta invenção para significar "e" ou "ou", salvo indicação em contrário.
[00109] Como aqui utilizado, os termos "polinucleotídeo" e "molécu- la de ácido nucleico" são utilizados de modo trocável para significar uma forma polimérica de nucleotídeos de pelo menos 10 bases ou pa- res de base de comprimento, ribonucleotídeos ou desoxinucleotídeos ou uma forma modificada de qualquer tipo de nucleotídeo, e pretende incluir as formas de DNA de fita simples e dupla. Como aqui utilizado, uma molécula de ácido nucleico ou sequência de ácido nucleico que serve como uma sonda em uma análise de microarranjo compreende de preferência uma cadeia de nucleotídeos, mais preferivelmente DNA e/ou RNA. Em outros aspectos, uma molécula de ácido nucleico ou sequência de ácido nucleico compreende outros tipos de estruturas de ácido nucleico, tais como, por exemplo, uma hélice de DNA/RNA, áci- do nucleico peptídico (PNA), ácido nucleico bloqueado (LNA) e/ou uma ribozima. Portanto, como aqui utilizado, o termo "molécula de ácido nucleico" também abrange uma cadeia compreendendo nucleotídeos não naturais, nucleotídeos modificados e/ou blocos de construção não nucleotídicos que apresentam a mesma função que os nucleotídeos naturais.
[00110] Como utilizado nesta invenção, os termos "hibridizar", "hi- bridização”", "hibridiza" e similares, utilizados no contexto de polinu- cleotídeos, devem se referir às condições de hibridização convencio- nais, tais como hibridização em formamida a 50%/6XSSC/SDS 0,1%/100 pg/ml de ssDNA, em que as temperaturas para hibridização estão acima de 37 graus centígrados e as temperaturas para lavagem em XSSC 0,1/SDS 0,1% estão acima de 55 graus C, e de preferência ás condições de hibridização rigorosas.
[00111] Conforme aqui utilizado, o termo "normalização" ou "norma- lizador" refere-se à expressão de um valor diferencial em termos de um valor padrão para ajustar os efeitos decorrentes da variação técni- ca devido ao manuseio da amostra, preparação da amostra e métodos de medição em vez de variação biológica da concentração de biomar- cadores em uma amostra. Por exemplo, ao medir a expressão de uma proteína diferencialmente expressa, o valor absoluto para a expressão da proteína pode ser expresso em termos de um valor absoluto para a expressão de uma proteína padrão que é substancialmente constante na expressão.
[00112] Os termos "diagnose" e "diagnóstico" também abrangem os termos "prognose" e "prognóstico", respectivamente, assim como as aplicações de tais procedimentos em dois ou mais momentos para monitorar o diagnóstico e/ou prognóstico ao longo do tempo, e mode- lagem estatística baseada a esse respeito. Além disso, o termo diag- nóstico inclui: a. previsão (que determina se um paciente provavelmen- te desenvolverá doença agressiva (hiperproliferativa/invasiva)), b. prognóstico (prever se um paciente provavelmente terá um resultado melhor ou pior em um momento pré-selecionado no futuro), c. seleção de terapia, d. monitoramento terapêutico de medicamentos e e. moni- toramento de recaídas.
[00113] "Precisão" refere-se ao grau de conformidade de uma quan- tidade medida ou calculada (um valor relatado pelo teste) com seu va- lor real (ou verdadeiro). A precisão clínica refere-se à proporção de resultados verdadeiros (positivos verdadeiros (TP) ou negativos ver- dadeiros (TN)) versus resultados incorretos (falsos positivos (FP) ou falsos negativos (FN)) e pode ser declarada como uma sensibilidade, especificidade, valores preditivos positivos (PPV) ou valores preditivos negativos (NPV), ou como uma probabilidade, razões de probabilidade de não ocorrência, entre outras medidas.
[00114] Otermo "amostra biológica", conforme aqui utilizado, refere- se a qualquer amostra de origem biológica que potencialmente conte- nha um ou mais biomarcadores. Exemplos de amostras biológicas in- cluem tecidos, órgãos ou fluidos corporais tais como sangue total, plasma, soro, tecido, lavagem ou qualquer outra amostra utilizada para a detecção de doenças.
[00115] O termo "indivíduo" como aqui utilizado refere-se a um ma- mífero, de preferência um ser humano. Em alguns aspectos, um indi- víduo pode ter pelo menos um sintoma de câncer de cólon. Em alguns aspectos, um indivíduo pode ter uma predisposição ou histórico famili- ar para desenvolver um câncer de cólon. Um indivíduo também pode ter sido previamente diagnosticado com câncer de cólon e é testado quanto à recorrência do câncer.
[00116] "Tratar" ou "tratamento" conforme utilizado nesta invenção em relação a uma condição, pode se referir à prevenção da condição, retardo do início ou taxa de desenvolvimento da condição, redução do risco de desenvolver a condição, prevenção ou atraso do desenvolvi- mento de sintomas associados à condição, redução ou término dos sintomas associados à condição, geração de uma regressão completa ou parcial da condição ou alguma combinação das mesmas.
[00117] Os níveis de biomarcador podem mudar devido ao trata- mento da doença. As mudanças nos níveis de biomarcador podem ser medidas pela presente invenção. Alterações nos níveis de biomarca- dor podem ser utilizadas para monitorar a progressão da doença ou terapia.
[00118] "Alterado", "mudado" ou "significativamente diferente" refe- re-se a uma mudança ou diferença detectável de um estado, perfil, medição ou similar razoavelmente comparável. Tais mudanças podem ser todas ou nenhuma. Elas podem ser incrementais e não precisam ser lineares. Elas podem ser por ordens de magnitude. Uma alteração pode ser um aumento ou diminuição de 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 99%, 100% ou mais, ou qualquer valor entre 0% e 100%. Como alternativa, a alteração pode ser de 1 vez, 1,5 vez, 2 vezes, 3 vezes, 4 vezes, 5 vezes ou mais, ou qualquer valor entre 1 vez e 5 vezes. A alteração pode ser estatisticamente sig- nificativa com um valor de p de 0,1, 0,05, 0,001 ou 0,0001.
[00119] O termo "doença estável" refere-se a um diagnóstico para a presença de um câncer de cólon, no entanto, o câncer de cólon foi tra- tado e permanece em uma condição estável, isto é, aquele que não é progressivo, conforme determinado pelos dados de formação de ima- gem e/ou melhor avaliação clínica.
[00120] O termo "doença progressiva" refere-se a um diagnóstico para a presença de um estado altamente ativo de um câncer de cólon,
isto é, aquele que não foi tratado e não é estável ou foi tratado e não respondeu à terapia, ou foi tratado e a doença ativa permanece, con- forme determinado pelos dados de formação de imagem e/ou melhor avaliação clínica.
[00121] O termo "doença neoplásica" refere-se a qualquer cresci- mento anormal de células ou tecidos que seja benigno (não cancero- so) ou maligno (canceroso). Por exemplo, a doença neoplásica pode ser um câncer de cólon.
[00122] O termo "tecido neoplásico" refere-se a uma massa de célu- las que crescem anormalmente.
[00123] O termo "tecido não neoplásico" refere-se a uma massa de células que crescem normalmente.
[00124] O termo "imunoterapia" pode se referir à ativação da imuno- terapia ou à supressão da imunoterapia. Como será observado pelos especialistas na técnica, ativação da imunoterapia refere-se ao uso de um agente terapêutico que induz, intensifica ou promove uma resposta imune, incluindo, por exemplo, uma resposta de células T, enquanto que supressão da imunoterapia refere-se ao uso de um agente tera- pêutico que interfere, suprime ou inibe uma resposta imune, incluindo, por exemplo, uma resposta de células T. A ativação da imunoterapia pode compreender o uso de inibidores do ponto de verificação. A ati- vação da imunoterapia pode compreender a administração a um indi- víduo de um agente terapêutico que ativa uma molécula do ponto de verificação estimulante. Moléculas do ponto de verificação estimulan- tes incluem, mas não são limitadas a estas, CD27, CD28, CDA40, CD122, CD137, OX40, GITR e ICOS. Os agentes terapêuticos que ativam uma molécula de ponto de verificação estimulante incluem, mas não são limitados a estes, MEDIO562, TGN1412, CDX-1127, lipo- calina.
[00125] O termo "anticorpo" nesta invenção é utilizado no sentido mais amplo e abrange várias estruturas de anticorpos, incluindo, entre outros, anticorpos monoclonais, anticorpos policlonais, anticorpos mul- tiespecíficos (por exemplo, anticorpos biespecíficos) e fragmentos de anticorpos, contanto que eles apresentem a atividade de ligação ao antígeno desejada. Um anticorpo que se liga a um alvo refere-se a um anticorpo que é capaz de se ligar ao alvo com afinidade suficiente, de tal modo que o anticorpo seja útil como um agente de diagnóstico e/ou terapêutico para atingir o alvo. Em uma modalidade, a extensão da ligação de um anticorpo anti-alvo até uma proteína não relacionada não alvo é menor do que cerca de 10% da ligação do anticorpo ao alvo conforme medido, por exemplo, por um rádio-imunoensaio (RIA) ou ensaio biacore. Em certas modalidades, um anticorpo que se liga a um alvo possui uma constante de dissociação (Kd) de < 1 uM, < 100 nM, < NM, < 1 NM, < 0.1 nM, < 0.01 nM ou < 0,001 nM (por exemplo, 108 M ou menos, por exemplo, de 108 M a 1013 M, por exemplo, de 109 M a 1013 M). Em certas modalidades, um anticorpo antialvo se liga a um epítopo de um alvo que é conservado entre diferentes espécies.
[00126] Um "anticorpo de bloqueio" ou um "anticorpo antagonista" é aquele que bloqueia parcial ou totalmente, inibe, interfere ou neutraliza uma atividade biológica normal do antígeno ao qual se liga. Por exem- plo, um anticorpo antagonista pode bloquear a sinalização através de um receptor de célula imune (por exemplo, um receptor de célula T), de modo a restaurar uma resposta funcional por células T (por exem- plo, proliferação, produção de citocinas, neutralização celular alvo) de um estado disfuncional para a estimulação do antígeno.
[00127] Um "anticorpo agonista" ou "anticorpo de ativação" é aquele que imita, promove, estimula ou intensifica uma atividade biológica normal do antígeno ao qual se liga. Os anticorpos agonistas também podem melhorar ou iniciar a sinalização pelo antígeno ao qual ele se liga. Em algumas modalidades, os anticorpos agonistas provocam ou ativam a sinalização sem a presença do ligante natural. Por exemplo, um anticorpo agonista pode aumentar a proliferação de células T de memória, aumentar a produção de citocinas pelas células T de memó- ria, inibir a função reguladora de células T e/ou inibir a supressão regu- ladora de células T da função de células T efetoras, tal como prolifera- ção de células T efetoras e/ou produção de citocinas.
[00128] Um "fragmento de anticorpo" refere-se a uma molécula dife- rente de um anticorpo intacto que compreende uma parte de um anti- corpo intacto que liga o antígeno ao qual o anticorpo intacto se liga. Exemplos de fragmentos de anticorpo incluem, mas não são limitados a estes, Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; diacrpos; anticorpos lineares; moléculas de anticorpo de cadeia única (por exemplo, scFv); e anti- corpos multiespecíficos formados de fragmentos de anticorpos.
[00129] A administração de quimioterapia a um indivíduo pode compreender a administração de uma dose terapeuticamente eficaz de pelo menos um agente quimioterapêutico. Os agentes quimioterapêu- ticos incluem, mas não são limitados a estes, Ácido 13-cis-Retinóico, 2-CdA, 2-Clorodeoxiadenosina, 5-Azacitidina, 5-Fluorouracila, 5-FU, 6- Mercaptopurina, 6-MP, 6-TG, 6-Tioguanina, Abemaciclib, Acetato de abiraterona, Abraxano, Accutane, Actinomicina-D, Adcetris, Ado- Trastuzumab Emtansine, Adriamicina, Adrucil, Afatinib, Afinitor, Agrili- na, Ala-Cort, Aldesleucina, Alemtuzumab, Alecensa, Alectinib, Alimta, Alitretinoína, Alkaban-AQ, Alkeran, Ácido All-transretinóico, Interferon Alfa, Altretamina, Alunbrig, Ametopterina, Amifostina, Aminoglutetimi- da, Anagrelide, Anandron, Anastrozol, Apalutamida, Arabinosilcitosina, Ara-C, Aranesp, Aredia, Arimidex, Aromasin, Arranon, Trióxido Arsêni- co, Arzerra, Asparaginase, Atezolizumab, Atra, Avastina, Avelumab, Axicabtagene Ciloleucel, Axitinib, Azacitidina, Bavencio, Bcg, Beleo- daqg, Belinostat, Bendamustina, Bendeka, Besponsa, Bevacizumab, Bexaroteno, Bexxar, Bicalutamida, Bicnu, Blenoxano, Bleomicina, Bli-
natumomab, Blincyto, Bortezomib, Bosulif, Bosutinib, Brentuximab Ve- dotin, Brigatinib, Busulfan, Busulfex, C225, Cabazitaxel, Cabozantinib, Leucovorina Cálcica, Campath, Camptosar, Camptotecina-11, Capeci- tabina, Caprelsa, Carac, Carboplatina, Carfilzomib, Carmustina, Pasti- lha de Carmustina, Casodex, CClI-779, Cenu, Cddp, Ceenu, Ceritinib, Cerubidina, Cetuximab, Clorambucila, Cisplatina, Citrovorum Factor, Cladribina, Clofarabina, Clolar, Cobimetiniby Cometriq, Cortisona, Cosmegen, Cotellic, Cpt-11, Crizotinib, Ciclofosfamida, Cyramza, Cytadren, Citarabina, Citarabina Lipossômica, Cytosar-U, Cytoxan, Dabrafenib, Dacarbazine, Dacogen, Dactinomicina, Daratumumab, Darbepoetina Alfa, Darzalex, Dasatinib, Daunomicina, Daunorrubicina, Daunorrubicina Citarabina (Lipossômico), cloridreto de daunorrubicina, Daunorrubicina Lipossômica, DaunoXome, Decadron, Decitabine, De- garelix, Delta-Cortef, Deltasone, Denileukin Diftitox, Denosumab, De- poCyt, Dexametaasona, Acetato de Dexametasona, Fosfato Sódico de Dexametasona, Dexasona, Dexrazoxano, Dhad, Dic, Diodex, Doceta- xel, Doxil, Doxorrubicina, Doxorrubicina Lipossômica, Droxia, DTIC, Dtic-Dome, Duralone, Durvalumab, Eculizumab, Efudex, Ellence, Elo- tuzumab, Eloxatina, Elspar, Eltrombopag, Emcyt, Empliciti, Enasidenib, Enzalutamida, Epirrubicina, Epoetina Alfa, Erbitux, Eribulin, Erivedge, Erleada, Erlotinib, Erwinia L-asparaginase, Estramustina, Etiol, Etopo- fos, Etoposídeo, Etoposídeo Fosfato, Eulexin, Everolimus, Evista, Exemestano, Fareston, Farydak, Faslodex, Femara, Filgrastim, Firma- gon, Floxuridina, Fludara, Fludarabina, Fluoroplex, Fluorouracila, Fluo- rouracila (creme), Fluoximesterona, Flutamida, Ácido Folínico, Folotyn, Fudr, Fulvestrant, G-Csf, Gazyva, Gefitinib, Gencitabina, Gemtuzumab ozogamicina, Gemzar, Gilotrif, Gleevec, Gleostina, Pastilha de Gliadel, Gm-Csf, Goserelina, Granix, Fator Estimulador de Colônias de Granu- lócitos, Fator Estimulador de Colônias de Granulócitos-Macrófagos, Halaven, Halotestina, Herceptina, Hexadrol, Hexaleno, Hexametilme-
lamina, Hmm, Hycamtin, Hydrea, Acetato de Hydrocort, Hidrocortiso- na, Fosfato Sódico de Hidrocortisona, Succinato Sódico de Hidrocorti- sona, Hidrocortona Fosfato, Hidroxiuréia, Ibrance, Ibritumomab, Ibritu- momab Tiuxetan, Ibrutinib, Iclusig, Idamicina, Idarrubicina, Idelalisib, Idhifa, Ifex, IFN-alfa, Ifosfamida, IL-11, I1L-2, Imbruvica, Mesilato de Imatinib, Imfinzi, Imidazol Carboxamida, Imlygic, Inlyta, Inotuzumab Ozogamicina, Interferon-Alfa, Interferon Alfa-2b (Conjugado de PEG), Interleucina-2, Interleucina-11, Íntron A (interferon alfa-2b), Ipilimumab, Iressa, Irinotecan, Irinotecan (Lipossômico), Isotretinoína, Istodax, Ixa- bepilona, IXazomib, Ixempra, Jakafi, Jevtana, Kadcyla, Keytruda, Ki- drolase, Kisgali, Kymriah, Kyprolis, Lanacort, Lanreotide, Lapatinib, Lartruvo, L-Asparaginase, Lbrance, Lcr, Lenalidomida, Lenvatinib, Lenvima, Letrozol, Leucovorin, Leukeran, Leucina, Leuprolide, Leuro- cristina, Leustatina, Ara-C Lipossômico, Liquid Pred, Lomustina, Lon- surf, L-PAM, L-Sarcolisina, Lupron, Lupron Depot, Lynparza, Margibo, Matulane, Maxidex, Mecloretamina, Cloridreto de Mecloretamina, Me- dralone, Medrol, Megace, Megestrol, Acetato de Megestrol, Mekinist, Mercaptopurina, Mesna, Mesnex, Metotrexato, Metotrexato Sódico, Metilprednisolona, Meticorten, Midostaurins, Mitomicina, Mitomicina-C, Mitoxantrona, M-Prednisol, MTC, MTX, Mustargen, Mustina, Mutamici- na, Mileran, Milocel, Mylotarg, Navelbina, Necitumumab, Nelarabina, Neosar, Neratinib, Nerlynx, Neulasta, Neumega, Neupogen, Nexavar, Nilandron, Nilotinib, Nilutamida, Ninlaro, Nipent, Niraparib, Mostarda Nitrogenada, Nivolumab, Nolvadex, Novantrone, Nplate, Obinutuzu- mab, Octreotide, Acetato de Octreotide, Odomzo, Ofatumumab, Olapa- rib, Olaratumab, Omacetaxina, Oncospar, Oncovin, Onivyde, Ontak, Onxal, Opdivo, Oprelvekin, Orapred, Orasone, Osimertinib, Otrexup, Oxaliplatina, Paclitaxel, Ligado a Proteínas do Paclitaxel, Palbociclib, Pamidronato, Panitumumab, Panobinostat, Panretin, Paraplatin, Pazo- panib, Pediapred, Interferon Peg, Pegaspargase, Pegfilgrastim, Peg-
Intron, PEG-L-asparaginase, Pembrolizumab, Pemetrexed, Pentostati- na, Perjeta, Pertuzumab, Fenilalanina Mostarda, Platinol, Platinol-AQ, Pomalidomida, Pomalyst, Ponatinib, Portrazza, Pralatrexato, Predniso- lona, Prednisona, Prelona, Procarbazina, Procrit, Proleucina, Prolia, Prolifeprospan 20 com Implante de Carmustinea, Promacta, Provenge, Purinethol, Dicloreto de Rádio 223, Raloxifeno, Ramucirumab, Rasuvo, Regorafenib, Revlimid, Reumatrex, Ribociclib, Rituxan, Rituxan Hyce- la, Rituximab, Rituximab Hialurodinase, Roferon-A (Interferon Alfa-2a), Romidepsin, Romiplostim, Rubex, Cloridreto de Rubidomicina, Rubra- ca, Rucaparib, Ruxolitinib, Rydapt, Sandostatina, Sandostatina LAR, Sargramostim, Siltuximab, Sipuleucel-T, Soliris, Solu-Cortef, Solu- Medrol, Somatulina, Sonidegib, Sorafenib, Sprycel, Sti-571, Stivarga, Estreptozocina, SU11248, Sunitinib, Sutent, Sylvant, Synribo, Tafinlar, Tagrisso, Talimogene Laherparepvec, Tamoxifen, Tarceva, Targretin, Tasigna, Taxol, Taxotere, Tecentrio, Temodar, Temozolomida, Temsi- rolimus, Teniposide, Tespa, Talidomida, Talomid, TheraCys, Tioguani- na, Tioguanina Tabloide, Tiofosfoamida, Thioplex, Tiotepa, Tice, Tisa- genlecleucel, Toposar, Topotecan, Toremifeno, Torisel, Tositumomab, Trabectedina, Trametinib, Trastuzumab, Treanda, Trelstar, Tretinoína, Trexall, Trifluridina/Tipiricil, Pamoato de Triptorelina, Trisenox, Tspa, T- VEC, Tykerb, Valrubicina, Valstar, Vandetanib, VCR, Vectibix, Velban, Velcade, Vemurafenib, Venclexta, Venetoclax, VePesid, Verzenio, Ve- sanoid, Viadur, Vidaza, Vinblastina, Sulfato de Vinblastina, Vincasar Pfs, Vincristina, Vincristina Lipossômica, Vinorelbina, Tartrato de Vino- relbina, Vismodegib, Vlb, VM-26, Vorinostat, Votrient, VP-16, Vumon, Vyxeos, Cápsulas de Xalkori, Xeloda, Xgeva, Xofigo, Xtandi, Yervoy, Yescarta, Yondelis, Zaltrap, Zanosar, Zarxio, Zejula, Zelboraf, Zevalin, Zinecard, Ziv-aflibercept, Zoladex, Ácido Zoledrônico, Zolinza, Zometa, Zydelig, Zykadia, Zytiga, ou qualquer combinação dos mesmos.
[00130] Os termos "quantidade eficaz" e "quantidade terapeutica-
mente eficaz" de um agente ou composto são utilizados no sentido mais amplo para se referir a uma quantidade não tóxica, mas suficien- te, de um agente ou composto ativo para fornecer o efeito ou benefício desejado.
[00131] O termo "benefício" é utilizado no sentido mais amplo e re- fere-se a qualquer efeito desejável e inclui especificamente o benefício clínico conforme aqui definido. O benefício clínico pode ser medido através da avaliação de vários parâmetros, por exemplo, inibição, até certo ponto, da progressão da doença, incluindo diminuição da veloci- dade e interrupção completa; redução no número de episódios e/ou sintomas de doenças; redução no tamanho da lesão; inibição (isto é, redução, desaceleração ou interrupção completa) da infiltração de cé- lulas doentias em órgãos e/ou tecidos periféricos adjacentes; inibição (isto é, redução, diminuição da velocidade ou interrupção completa) da propagação da doença; diminuição da resposta autoimune, que pode, mas não precisa, resultar na regressão ou ablação da lesão da doen- ça; alívio, até certo ponto, de um ou mais sintomas associados ao dis- túrbio; aumento no comprimento da apresentação livre de doença após o tratamento, por exemplo, sobrevida livre de progressão; au- mento da sobrevida global; maior taxa de resposta; e/ou diminuição da mortalidade em um determinado momento após o tratamento.
[00132] Os termos "câncer" e "cancerígeno" se referem ou descre- vem a condição fisiológica em mamíferos que é tipicamente caracteri- zada pelo crescimento celular desregulado. Incluídos nesta definição estão os cânceres benignos e malignos. Exemplos de câncer incluem, entre outros, carcinoma, linfoma, blastoma, sarcoma e leucemia. Exemplos mais específicos de tais cânceres incluem carcinoma adre- nocortical, carcinoma urotelial da bexiga, carcinoma invasivo da ma- ma, carcinoma de células escamosas cervical, adenocarcinoma endo- cervical, colangiocarcinoma, adenocarcinoma do cólon, neoplasia lin-
foide de linfoma difuso de grandes células B, carcinoma esofágico, glioblastoma multiforme, carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço, cromofobia renal, carcinoma renal de células claras renais, carcinoma de células papilares renais, leucemia mieloide aguda, glioma cerebral inferior, carcinoma hepatocelular hepático, adenocarcinoma do pul- mão, carcinoma de células escamosas do pulmão, mesotelioma, cista- denocarcinoma seroso do ovário, adenocarcinoma do pâncreas, feo- cromocitoma, paraganglioma, adenocarcinoma da próstata, adenocar- cinoma do reto, sarcoma, melanoma cutâneo da pele, adenocarcinoma do estômago, tumores testiculares de células germinativas, carcinoma da tireoide, timoma, carcinossarcoma uterino, melanoma uveal. Outros exemplos incluem câncer de mama, câncer de pulmão, linfoma, mela- noma, câncer de fígado, câncer colorretal, câncer de ovário, câncer de bexiga, câncer renal ou câncer gástrico. Outros exemplos de câncer incluem câncer neuroendócrino, câncer de pulmão de não pequenas células (NSCLC), câncer de pulmão de pequenas células, câncer de tireoide, câncer endometrial, câncer biliar, câncer de esôfago, câncer anal, câncer salivar, câncer vulvar ou câncer cervical.
[00133] O termo "tumor" refere-se a todo crescimento e proliferação de células neoplásicas, malignas ou benignas, e todas as células e tecidos pré-cancerosos e cancerosos. Os termos "câncer", "canceríge- no", "distúrbio proliferativo celular", "distúrbio proliferativo" e "tumor" não são mutuamente exclusivos como aqui referidos.
Exemplos
[00134] A divulgação é ainda ilustrada pelos seguintes exemplos, que não devem ser interpretados como limitativos dessa invenção no escopo ou espírito aos procedimentos específicos aqui descritos. Deve ficar entendido que os exemplos são fornecidos para ilustrar certos aspectos e que nenhuma limitação ao escopo da invenção se destina a isso. Deve ficar entendido ainda que se pode recorrer a vários outros aspectos, modalidades, modificações e equivalentes dos mesmos que podem sugerir por si mesmo àqueles versados na técnica sem se afastar do espírito da presente invenção e/ou escopo das reivindica- ções anexas.
EXEMPLO 1. Derivação de um painel genético de 13 marcadores
[00135] As intensidades da sonda bruta de n = 24 amostras de teci- do de tumor de câncer de cólon foram comparadas com n = 22 da mu- cosa de cólon de controle para identificar os genes que melhor discri- minaram entre as doenças usando o perfil de transcrição de E-MTAB-
57. Redes de co-expressão de genes foram geradas para identificar padrões temporais de regulação de genes associados ao câncer de cólon. Um total de 513 nódulos com 53.786 ligações foram identifica- dos. A análise de expressão diferencial identificou que 103 genes fo- ram regulados positivamente no tecido tumoral em comparação ao sangue. Para identificar biomarcadores genéticos de câncer de cólon específicos ao sangue, avaliamos a expressão dos 103 genes em transcriptomas do sangue periférico (n = 7). Trinta e três (32%) dos 103 genes estavam abaixo do nível de detecção no sangue que os identifica como genes candidatos. A avaliação dos transcritos em um conjunto de dados preliminar de amostras de sangue de câncer de có- lon (n = 20) e sangue normal correspondente (n = 20) identificou treze genes e um gene de manutenção como marcadores de câncer de có- lon (Tabela 2). Demonstrou-se que esses genes são altamente ex- pressos no tecido tumoral do câncer de cólon em comparação com a mucosa normal e em três linhagens celulares diferentes de câncer de cólon, LOVO (linhagem celular, metastática, hiperdiploide e instável a MSI), LS-180 (derivado de um adenocarcinoma colorretal de Duke's B) e Colo 320DM (derivado de um adenocarcinoma colorretal de Duen's C). Estes dados demonstram que os transcritos alvos são produzidos por células da mucosa do cólon neoplasticamente transformadas (FI- GURAS 1A-1B).
[00136] Um modelo de inteligência artificial da doença do câncer de cólon foi construído utilizando a expressão gênica normalizada desses 13 marcadores no sangue total das amostras de controle (n = 120) e de câncer de cólon (n = 272). O conjunto de dados foi dividido aleato- riamente em divisões de treinamento e teste para criação e validação de modelo, respectivamente. Doze algoritmos foram avaliados (XGB, RF, glmnet, cforest, CART, treebag, knn, nnet, SVM-radial, SVM- linear, NB e mlp). O algoritmo de melhor desempenho (XGB - "reforço de gradiente") previu melhor os dados de treinamento. No conjunto de testes, o XGB produziu pontuações de probabilidade que previram a amostra. Cada pontuação de probabilidade reflete a "certeza" de um algoritmo de que uma amostra desconhecida pertence à classe "Con- trole" ou "Câncer de Cólon". Por exemplo, uma amostra desconhecida S1 pode ter o seguinte vetor de probabilidade [Controle = 20%, Câncer de Cólon = 80%]. Esta amostra seria considerada uma amostra de câncer de cólon. Exemplo 2. Utilidade Clínica
[00137] Os dados (análise da curva e métricas do operador recep- tor) para a utilidade do teste para diferenciar pacientes com câncer de cólon (n = 136) dos controles (n = 60) no treinamento e conjuntos de teste estão incluídos nas FIGURAS 2A-2B. A pontuação apresentou uma área sob a curva (AUC) de 0,90 (treinamento) e 0,86 (conjunto de testes). As métricas são: sensibilidade: 85,3 a 87,5% e especificidade: 75 a 83,3%.
[00138] No geral, as pontuações do ColoTest foram significativa- mente elevadas em cânceres (63 + 1%) e controles (34 + 2%) (FIGU- RAS 3A-3B). A precisão geral (coorte de treinamento e teste) é de 84%, com uma AUC: 0,88. A estatística z para controles diferenciado-
res foi de 18,5.
[00139] Uma análise da curva de decisão foi utilizada para quantifi- car o benefício clínico do teste de diagnóstico (FIGURAS 4A-4B). O ColoTest apresentou > 50% de benefício preditivo padronizado até um limite de risco de 80%. O gráfico de avaliação de risco próbite identifi- cou uma pontuação do ColoTest > 50% com 75% de precisão na pre- visão de câncer de cólon em uma amostra de sangue. Isso foi aumen- tado para > 80% com uma pontuação do ColoTest > 60%. A ferramen- ta pode, portanto, diferenciar com precisão entre controles e doenças do câncer de cólon.
[00140] A avaliação específica de uma coorte de câncer de cólon antes e após a cirurgia identificou que a remoção completa de um tu- mor e nenhuma evidência de doença estava associada a uma diminui- ção significativa (p < 0,0001) no ColoTest (FIG. 5). Os níveis não fo- ram significativamente diferentes naqueles com evidência de doença residual.
[00141] O exame de uma coorte separada de câncer de cólon por status da doença (avaliação clínica no momento da coleta de sangue) identificou que o ColoTest não era significativamente diferente entre doença estável (n = 17: 56 + 7%) e progressiva (n = 32 : 68 + 4%) (FI- GURAS 6A-6C). No entanto, 12 dos 17 pacientes progrediram com 3 meses de coleta de sangue. Aqueles que progrediram apresentaram pontuações elevadas do ColoTest no momento da coleta de sangue (n = 12: 73 + 4%) que não foram diferentes daqueles com doença pro- gressiva no momento da coleta de sangue (n = 32: 68 + 4%) (FIGU- RAS 6A-6C). Os níveis em pacientes com doença estável foram signi- ficativamente menores (n = 5: 16 + 4%, p < 0,0001). Uma comparação direta entre o ColoTest e o CEA nessas amostras identificou que o en- saio de expressão gênica era significativamente mais sensível (p < 0,05) do que o CEA para prever a progressão da doença (FIG. 7). À ferramenta ColoTest pode, portanto, prever com precisão a doença progressiva do câncer de cólon.
[00142] A análise ROC identificou que o ColoTest tinha uma AUC: 0,97 para diferenciar doença estável da progressiva. A estatística z para controles diferenciadores foi de 20,6. Outra avaliação desta coor- te identificou que os pacientes que apresentaram progressão da doen- ça apesar da terapia, apresentaram pontuações mais elevadas do que aqueles que responderam à terapia (FIG. 8). As terapias incluíram be- vacizumab, quimioterapia e inibidores de EGFR TKI. Portanto, a fer- ramenta pode identificar com precisão a falha do tratamento na doen- ça de câncer de cólon. Tabela 2 Elomarcador de Câncer de Cólon ou Genes . Localização Comprimento | Limite . de Manutenção UniGene Localização do eromos- RefSea do produto | do ' wo do Ensaio
TE Molécuia reguladora da ADRMI . 62302056 —- | Hss0ro7 | nm 007002.3 34 | 46 aderência 1 Er iz Cinase dependente da coxa o StramTat —- | Hsos5T7 | NM0000TS3a — | 65 56 | 02% * 57752447 Tr comr catecol-O-metitransferase | 19941740 —- | Hs370408 | nmocorsas | 118 se 19969675
E 7-deidrocolesterol reduc- DHCR7 71434411 — | Hss03134 | NM 001163817 | 74 34 | 55 srt me Gm o see isemem [e o de | Chr.16: Hmox? heme oxigenase 2 astasot —- | Hsca427o | nm onIATADAs | ss s6 | 1002 4510347 Componente do complexo | Chr.3: meu de manutenção de | 127508367 — | Hsa77481 | nm 0045263 = | 67 1314 | 2374 minicromossoma 2 127622436 TORFALT ETs Fator de mortalidade 4 (gene — de tipo? 78872781 — | Hs374503 | NM 001265603.1 | 62 1 116 manutenção) | *Pº 78897739 | Eta [Sm [oem on Ji ue do | Ppiídoxal — (piridoxina, POXK 47900 - | Hs284091 | nMOOSSAIA | 103 so | 950 vitamina B6) cinase 43762307 POPT homólogo, Subunt | Chr7 PoP7 dade da ribonuclease | 1oo7ososa — | Hs416994 | nm oosaaTa — | 136 2 828 PIMRP 100707500 mate Dom fes eee De e de | Proteína P de ligação ao s100P 6603830 —— | msz062 | nm o0sa8o2 | 7a 1º | 25 cálcio S100 . 6697170 Polipeptideo da ribonu- | Chr.19: SNRPA cloeproteina — nuclear | ao7sossa - | Hsa66775 | nuocasesa — | 123 34 | 086 pequena À 40765302 45023104 —
FA
CT mm Eee | 124749273 Referências:
1. Siegel RL, Miller KD, Jemal A. Cancer Statistics, 2017. CA Cancer J Clin. 2017; 67: 7-30. doi: 10.3322/caac.21387. Epub 2017 Jan 5.
2. Ferlay J, Steliarova-Foucher E, Lortet-Tieulent J, Rosso S, Coe- bergh JW, Comber H, Forman D, Bray F. Cancer incidence and mortal- ity patterns in Europe: estimates for 40 countries in 2012. Eur J Can- cer. 2013; 49: 1374-403.
3. Fritemann J, Morkel M, Besser D, Budczies J, Kosel F, Brembeck FH, Stein U, Fichtner |, Schlag PM, Birchmeier W. A colorectal cancer expression profile that includes transforming growth factor beta inhibi- tor BAMBI predicts metastatic potential. Gastroenterology. 2009; 137: 165-75.
4. Chen VW, Hsieh MC, Charlton ME, Ruiz BA, Karlitz J, Altekruse SF, Ries LA, Jessup JM. Analysis of stage and clinical/prognostic factors for colon and rectal cancer from SEER registries: AJCC and collabora- tive stage data collection system. Cancer. 2014; 120: 3793-806.
5. Heald RJ, Lockhart-Mummery HE. The lesion of the second cancer of the large bowel. Br J Surg. 1972; 59: 16-9.
6. Mokhles S, Macbeth F, Farewell V, Fiorentino F, Williams NR, Younes RN, Takkenberg JJ, Treasure T. Meta-analysis of colorectal cancer follow-up after potentially curative resection. Br J Surg. 2016; 103: 1259-68.
7. Thomas SN, Zhu F, Schnaar RL, Alves CS, Konstantopoulos K. Carcinoembryonic antigen and CD44 variant isoforms cooperate to mediate colon carcinoma cell adhesion to E- and L-selectin in shear flow. J Biol Chem. 2008; 283: 15647-55.
8. Amri R, Bordeianou LG, Sylla P, Berger DL. Preoperative carci-
noembryonic antigen as an outcome predictor in colon cancer. J Surg Oncol. 2013; 108: 14-8.
9. Jansen N, Coy JF. Diagnostic use of epitope detection in monocytes blood test for early detection of colon cancer metastasis. Future Oncol. 2013; 9: 605-9.
10. Locker GY, Hamilton S, Harris J, Jessup JM, Kemeny N, Macdon- ald JS, Somerfield MR, Hayes DF, Bast RC, Jr. ASCO 2006 update of recommendations for the use of tumor markers in gastrointestinal can- cer. J Clin Oncol. 2006; 24: 5313-27.
11. Warren JD, Xiong W, Bunker AM, Vaughn CP, Furtado LV, Roberts WL, Fang JC, Samowitz WS, Heichman KA. Septin 9 methylated DNA is a sensitive and specific blood test for colorectal cancer. BMC Med. 2011; 9:133.: 10.1186/741-7015-9-133.
12. Mead R, Duku M, Bhandari P, Cree IA. Circulating tumour markers can define patients with normal colons, benign polyps, and cancers. Br J Cancer. 2011; 105: 239-45.
13. Molnar B, Floro L, Sipos F, Toth B, Sreter L, Tulassay Z. Elevation in peripheral blood circulating tumor cell number correlates with macro- scopic progression in UICC stage IV colorectal cancer patients. Dis Markers. 2008; 24: 141-50. doi:
14. Mishaeli M, Klein B, Sadikov E, Bayer |, Koren R, Gal R, Rakowsky E, Levin |, Kfir B, Schachter J, Klein T. Initial TPS serum level as an indicator of relapse and survival in colorectal cancer. Anticancer Res. 1998; 18: 2101-5.
15. Piepoli A, Cotugno R, Merla G, Gentile A, Augello B, Quitadamo M, Merla A, Panza A, Carella M, Maglietta R, D'Addabbo A, Ancona N, Fusilli S, et al. Promoter methylation correlates with reduced NDRG2 expression in advanced colon tumour. BMC Med Genomics. 2009; 2:11.: 10.1186/755-8794-2-11. Equivalentes
[00143] Embora a presente invenção tenha sido descrita em conjun- to com os aspectos específicos apresentados acima, muitas alternati- vas, modificações e outras variações serão evidentes para aqueles de habilidade prática na técnica.
Todas essas alternativas, modificações e variações devem estar dentro do espírito e escopo da presente inven- ção.

Claims (31)

REIVINDICAÇÕES
1. Método para a detecção de um câncer de cólon em um indivíduo com sua necessidade, caracterizado pelo fato de que com- preende: determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a ex- pressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcado- res compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma- nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e identificar a presença de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte predeterminado ou identificar a ausência de um câncer de cólon no indivíduo quando a pontuação for menor do que o valor de corte predeterminado.
2. Método para a determinação se um câncer de cólon em um indivíduo é estável ou progressivo, o método caracterizado pelo fato de que compreende: determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a ex-
pressão de pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcado- res compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM?2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma- nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e identificar que o câncer de cólon no indivíduo é progressivo quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de corte predeterminado ou identificar que o câncer de cólon no indivíduo é estável quando a pontuação for menor do que o valor de corte predeterminado.
3. Método para a determinação da integridade da cirurgia em um indivíduo tendo um câncer de cólon, caracterizado pelo fato de que compreende: determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste do indivíduo após a cirurgia, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCRZ7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML?Z, UMPS e um gene de manutenção; normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma-
nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e identificar que o câncer de cólon no indivíduo não é completamente removido quando a pontuação for igual ou maior do que o valor de cor- te predeterminado ou identificar que o câncer de cólon no indivíduo é completamente removido quando a pontuação for menor do que o va- lor de corte predeterminado.
4. Método para a avaliação da resposta de um indivíduo tendo um câncer de cólon a uma primeira terapia, caracterizado pelo fato de que compreende: (1) em um primeiro momento: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarca- dores de uma primeira amostra de teste do indivíduo, através do con- tato da primeira amostra de teste com uma pluralidade de agentes es- pecíficos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcado- res, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado em um algo- ritmo para gerar uma primeira pontuação;
(2) em um segundo momento, em que o segundo momento é após o primeiro momento e após a administração da terapia ao indivíduo: (a) determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarca- dores de uma segunda amostra de teste do indivíduo, através do con- tato da segunda amostra de teste com uma pluralidade de agentes es- pecíficos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcado- res, em que os 14 biomarcadores compreendem ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e o gene de manutenção; (b) normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNR- PA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de manutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada um de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; (c) introduzir cada nível de expressão normalizado no algoritmo para gerar uma segunda pontuação; (3) comparar a primeira pontuação com a segunda pontuação; e (4) identificar que o indivíduo responde à primeira terapia quando a segunda pontuação diminui significativamente em comparação com a primeira pontuação ou identificar que o indivíduo não responde à pri- meira terapia quando a segunda pontuação não diminui significativa- mente em comparação com a primeira pontuação.
5. Método, caracterizado pelo fato de que compreende: determinar o nível de expressão de pelo menos 14 biomarcadores de uma amostra de teste de um indivíduo, através do contato da amostra de teste com uma pluralidade de agentes específicos para detectar a expressão dos pelo menos 14 biomarcadores, em que os 14 biomar- cadores compreendem ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX?2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2, UMPS e um gene de manutenção; normalizar o nível de expressão de cada um dos ADRM1, CDKA4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS para o nível de expressão do gene de ma- nutenção, obtendo assim um nível de expressão normalizado de cada de ADRM1, CDK4, COMT, DHCR7, HMOX2, MCM2, PDXK, POP7, S100P, SNRPA, SORD, STOML2 e UMPS; introduzir cada nível de expressão normalizado em um algoritmo para gerar uma pontuação; comparar a pontuação com um valor de corte predeterminado; e administrar uma primeira terapia ao indivíduo quando a pontuação for igual ou superior ao valor de corte predeterminado.
6. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1a3ou5, caracterizado pelo fato de que o valor de corte predetermi- nado é de pelo menos 50% em uma escala de O a 100%.
7. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1a3ou5, caracterizado pelo fato de que o valor de corte predetermi- nado é de pelo menos 60% em uma escala de O a 100%.
8. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a7, caracterizado pelo fato de que o gene de manutenção é selecio- nado do grupo que consiste em MRPL19, PSMC4, SF3A1, PUM1, ACTB, GAPD, GUSB, RPLPO, TFRC, MORFA4L1, 18S, PPIA, PGK1, RPL13A, B2M, YWHAZ, SDHA e HPRT1.
9. Método de acordo com qualquer uma das reivindicações 1 a 8, caracterizado pelo fato de que o gene de manutenção é MORFA4L1.
10. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a59, caracterizado pelo fato de que possui uma sensibilidade maior do que 85%.
11. Método de acordo com qualquer uma das reivindica-
ções 1 a10, caracterizado pelo fato de que possui uma especificidade maior do que 85%.
12. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 11, caracterizado pelo fato de que pelo menos um dos pelo menos 14 biomarcadores é RNA, cDNA ou proteína.
13. Método de acordo com a reivindicação 12, caracteriza- do pelo fato de que quando o biomarcador for RNA, o RNA é transcrito reversamente para produzir o cDNA e o nível de expressão de cDNA produzido é detectado.
14. Método de acordo com a reivindicação 12, caracteriza- do pelo fato de que o nível de expressão do biomarcador é detectado através da formação de um complexo entre o biomarcador e uma son- da ou iniciador marcado.
15. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 4, caracterizado pelo fato de que o valor de corte predeter- minado é derivado de uma pluralidade de amostras de referência obti- das de indivíduos que não possuem ou não foram diagnosticados com uma doença neoplásica.
16. Método de acordo com a reivindicação 15, caracteriza- do pelo fato de que a doença neoplásica é câncer de cólon.
17. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 16, caracterizado pelo fato de que o algoritmo é XGBoost (XGB), Random Forest (RF), glmnet, cforest, Classification and Re- gression Trees for Machine Learning (CART), treebag, K-Nearest Neighbors (kNN), neural network (nnet), Support Vector Machine radial (SVM-radial), Support Vector Machine linear (SVM-linear), Naive Ba- yes (NB) ou multilayer perceptron (mlp).
18. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 17, caracterizado pelo fato de que o algoritmo é XGBoost.
19. Método de acordo com qualquer uma das reivindica-
ções 1 a 3, caracterizado pelo fato de que ainda compreende a admi- nistrar ao indivíduo de uma primeira terapia quando a pontuação for igual ou superior ao ponto de corte predeterminado.
20. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de que o primeiro momento é anterior à administração da primeira terapia ao indivíduo.
21. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de que o primeiro momento é após a administração da pri- meira terapia ao indivíduo.
22. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de que ainda compreende a continuidade de administrar a primeira terapia ao indivíduo quando a segunda pontuação for signifi- cativamente reduzida em comparação com a primeira pontuação.
23. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de que ainda compreende a descontinuidade de administra- ção da primeira terapia ao indivíduo quando a segunda pontuação não diminui significativamente em comparação com a primeira pontuação.
24. Método de acordo com a reivindicação 4, caracterizado pelo fato de ainda compreende a administração de uma segunda tera- pia ao indivíduo quando a segunda pontuação não diminui significati- vamente em comparação com a primeira pontuação.
25. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 4 ou 20 a 24, caracterizado pelo fato de que a segunda pontua- ção é significativamente reduzida em comparação com a primeira pon- tuação quando a segunda pontuação for pelo menos 25% menor do que a primeira pontuação.
26. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 25, caracterizado pelo fato de que a primeira terapia ou a segunda terapia compreende a terapia anticâncer, cirurgia, quimiote- rapia, terapia medicamentosa direcionada, terapia de radiação, imuno-
terapia ou qualquer combinação das mesmas.
27. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 26, caracterizado pelo fato de que quando a primeira terapia ou a segunda terapia compreende cirurgia, a cirurgia compreende re- mover um pólipo durante uma colonoscopia, ressecção endoscópica da mucosa, uma colectomia parcial, uma ostomia, remover pelo me- nos uma lesão cancerígena do fígado ou qualquer combinação dos mesmos.
28. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 26, caracterizado pelo fato de que quando a primeira terapia ou a segunda terapia compreende quimioterapia, a quimioterapia compreende FOLFOX, FOLFIRI, uma combinação de 5-FU e leucovo- rina, capecitabina, irinotecan, CapeOx ou qualquer combinação dos mesmos.
29. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 26, caracterizado pelo fato de que quando a primeira terapia ou a segunda terapia compreende terapia medicamentosa direciona- da, a terapia medicamentosa direcionada compreende bevacizumab, cetuximab, panitumumab, regorafenib, uma combinação de trifluridina e tipiracila, um inibidor de EGFR TKI ou qualquer combinação dos mesmos.
30. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 26, caracterizado pelo fato de que quando a primeira terapia ou a segunda terapia compreende terapia anticâncer, a terapia anti- câncer compreende terapia anticâncer do cólon.
31. Método de acordo com qualquer uma das reivindica- ções 1 a 26, caracterizado pelo fato de que quando a primeira terapia ou a segunda terapia compreende imunoterapia, a imunoterapia com- preende pembrolizumab, nivolumab ou uma combinação de pembroli- zumab e nivolumab.
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Families Citing this family (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2021072035A1 (en) 2019-10-10 2021-04-15 Liquid Biopsy Research LLC Compositions, methods and kits for biological sample and rna stabilization
US11809379B2 (en) * 2019-11-19 2023-11-07 International Business Machines Corporation Storage tiering for deduplicated storage environments
CN111157745A (zh) * 2020-01-17 2020-05-15 上海交通大学 人snrpa蛋白在肺癌复发或转移监测中的用途
CN115475247B (zh) * 2021-06-16 2024-02-20 厦门大学 β2-微球蛋白或其抑制剂的制药用途
CN113921079B (zh) * 2021-12-06 2022-03-18 四川省肿瘤医院 基于免疫相关基因的msi预测模型构建方法

Family Cites Families (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2169077A1 (en) * 2008-09-19 2010-03-31 Vereniging voor christelijk hoger onderwijs, wetenschappelijk onderzoek en patiëntenzorg Methods and compositions for diagnosing an adenocarcinoma
EP2169078A1 (en) * 2008-09-26 2010-03-31 Fundacion Gaiker Methods and kits for the diagnosis and the staging of colorectal cancer
KR101051435B1 (ko) * 2008-10-22 2011-07-22 한국생명공학연구원 대장암 관련 마커를 이용한 대장암 진단 키트 및 이를 이용한 대장암 진단 방법
KR101073875B1 (ko) * 2008-11-28 2011-10-14 한국생명공학연구원 대장암 진단 마커 및 이를 이용한 대장암 진단방법
AU2010242792B2 (en) * 2009-05-01 2015-06-11 Genomic Health Inc. Gene expression profile algorithm and test for likelihood of recurrence of colorectal cancer and response to chemotherapy
EP2309002A1 (en) * 2009-09-29 2011-04-13 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Signature for the diagnosis of colorectal cancer aggressiveness
EP2426216A1 (en) * 2010-09-01 2012-03-07 Institut Gustave Roussy (IGR) Prognostic and/or predictive biomarkers and biological applications thereof
KR20140040694A (ko) * 2011-01-18 2014-04-03 에버리스트 게노믹스, 인크. 결장직장암 재발에 대한 예후 서명
KR20140006898A (ko) * 2011-01-25 2014-01-16 알막 다이아그노스틱스 리미티드 결장암 유전자 발현 시그니처 및 이용 방법
EP2895864B1 (en) * 2012-09-17 2021-03-10 AIT Austrian Institute of Technology GmbH Colon cancer diagnostic method and means
KR20150090240A (ko) * 2012-11-30 2015-08-05 어플라이드 프로테오믹스, 인크. 결장 종양의 존재 또는 위험의 평가 방법
EP2985296A1 (en) * 2014-08-13 2016-02-17 Calypso Biotech SA Antibodies specific for MMP9

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