Spillmekanikken i Pokémon Link! minner om både Tetris og Yoshi's Cookie. Blokkene er symboler formet som diverse pokémoner. Blokkene faller ned på begge skjermene, men kun de på den nederste skjermen kan flyttes og matches. Spilleren kan flytte blokkene til venstre og høyre, og pokémonene som ble flyttet av kanten av skjermen dukker opp på motsatt side. Blokkene kan også flyttes nedover, og de nederste blokkene vil da havne på toppen. De kan også flyttes oppover, men vil umiddelbart falle ned igjen med mindre en match oppstår.
