Geograficamente si divide in tre regioni separate dalla Sierra de Guanajuato. La regione a nord della Sierra è detta Llanos del Norte ed è un'area arida, pianeggiante e rocciosa. L'area della Sierra è montagnosa con altopiani sfruttati per l'allevamento e la regione detta del Bajío, che comprende la pianura ubicata a sud della Sierra de Guanajuato caratterizzata dall'agricoltura estensiva e da precipitazioni molto elevate.

Il Guanajuato è stato uno dei primi territori colonizzati dagli spagnoli, nel 1520, attratti dalle ricche miniere d'argento che ancora oggi sono fra le più produttive a livello mondiale.