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seung1yoo/NSSP
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## SERVER: tiger ## EXAMPLE: /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322 ## ANALYSIS WORKFLOW 1. Copy to Working Dir ├── NSSP.conf ├── NSSP.py ├── NSSP_util │ ├── CalculationOfFPKM.py │ ├── SAMTOOLSConsensusSequence.v.1.0.0.py │ ├── SAMTOOLSConsensusSequence.v.1.0.1.py │ ├── SAMTOOLSConsensusSequence_NoGap.py │ ├── SequenceInfo.fasta.py │ ├── addReadCnt.py │ ├── bamStatsInfo.py │ ├── clc_sequence_info │ ├── do_mergeExpAnno.py │ ├── extGenName4sRNA.py │ ├── extGenName4sRNA_multi.py │ ├── modMergedConsensus.py │ └── smRNA_filter.py └── README 2. Ready for NSSP Run $source activate smrna $ln -s [/BiO/BioResources/References/Fusarium_graminearumph1v32/F_graminearumph1v32_biomax_1/F_graminearumph1v32_biomax_1.chr.fa] ref.fa $ln -s [p3_p13839_Fus_grami_v32.gtf] ref.gtf $bowtie2-build ref.fa ref.fa 3. RawData CleanUp (paired end -> 50bp single end) 4. modified conf file ###################################### # # NSSP # Non-human Species Smallrna-seq Pipeline # small RNA seq PIPELINE (hardcoding) # For Non-model species # # [SAMPLE_ID] [PATH] # ###################################### OE348GFP-2 /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/RawData/Trimming/trimmedFqFiles/OE348GFP-2_1.fq.gz R7491_3 /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/RawData/Trimming/trimmedFqFiles/R7491_3_1.fq.gz 5. RUN $python NSSP.py NSSP.conf ## RESULT ├── do_cutadapt │ ├── OE348GFP-2 │ │ ├── OE348GFP-2.clean.fastq (FINAL) │ │ ├── OE348GFP-2.clean.fastq.log │ │ ├── OE348GFP-2.clean.fastq.SeqInfo │ │ ├── OE348GFP-2.clean.pre.fastq │ │ ├── OE348GFP-2.clean.pre.fastq.log │ │ ├── OE348GFP-2.fragments.fastq │ │ └── OE348GFP-2.short.fastq │ └── R7491_3 │ ├── R7491_3.clean.fastq (FINAL) │ ├── R7491_3.clean.fastq.log │ ├── R7491_3.clean.fastq.SeqInfo │ ├── R7491_3.clean.pre.fastq │ ├── R7491_3.clean.pre.fastq.log │ ├── R7491_3.fragments.fastq │ └── R7491_3.short.fastq ├── do_bowtie2 │ ├── OE348GFP-2 │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.bam │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sam │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sam.log │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam │ │ └── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.stats │ └── R7491_3 │ ├── R7491_3.bowtie2.bam │ ├── R7491_3.bowtie2.sam │ ├── R7491_3.bowtie2.sam.log │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam │ └── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.stats ├── do_extConSeq │ ├── merged.bam │ ├── merged.consensus.fa │ ├── merged.consensus_mod.fa │ ├── merged.consensus_mod.fa.1.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.2.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.3.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.4.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.bt2.log │ ├── merged.consensus_mod.fa.rev.1.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.rev.2.bt2 │ ├── merged.consensus_mod.fa.SeqInfo │ └── merged.sorted.bam ├── do_expConSeq │ ├── OE348GFP-2 │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.bam │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sam │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sam.log │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.bai │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.FPKM.xls │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.idxstats │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.ReadCnt.xls │ │ └── OE348GFP-2.bowtie2.sorted.bam.stats │ └── R7491_3 │ ├── R7491_3.bowtie2.bam │ ├── R7491_3.bowtie2.sam │ ├── R7491_3.bowtie2.sam.log │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.bai │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.FPKM.xls │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.idxstats │ ├── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.ReadCnt.xls │ └── R7491_3.bowtie2.sorted.bam.stats ├── do_multiExp │ └── multi.Exp ├── do_annoGene │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.1 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.10 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.11 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.12 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.13 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.14 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.15 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.16 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.17 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.18 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.19 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.2 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.20 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.21 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.22 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.24 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.25 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.26 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.27 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.28 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.29 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.3 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.31 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.4 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.5 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.6 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.7 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.8 │ ├── extGenName4sRNA_result.supercontig_3.9 │ ├── extGenName4sRNA_result.xls (FINAL) │ └── temp ├── do_mergeExpAnno │ ├── smRNAs.d100.xls │ └── smRNAs.xls ├── do_summary │ ├── Clean │ │ ├── Clean.SeqInfo.Report │ │ ├── OE348GFP-2.clean.fastq -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_cutadapt/OE348GFP-2/OE348GFP-2.clean.fastq │ │ └── R7491_3.clean.fastq -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_cutadapt/R7491_3/R7491_3.clean.fastq │ ├── ExtConSeq │ │ ├── extconseq.SeqInfo.Report │ │ └── merged.consensus_mod.fa -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_extConSeq/merged.consensus_mod.fa │ ├── Mapping │ │ ├── Mapping.MapInfo.Report │ │ ├── OE348GFP-2.bowtie2.bam -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_bowtie2/OE348GFP-2/OE348GFP-2.bowtie2.bam │ │ └── R7491_3.bowtie2.bam -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_bowtie2/R7491_3/R7491_3.bowtie2.bam │ ├── Raw │ │ ├── OE348GFP-2_1.fq.gz -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/RawData/Trimming/trimmedFqFiles/OE348GFP-2_1.fq.gz │ │ ├── R7491_3_1.fq.gz -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/RawData/Trimming/trimmedFqFiles/R7491_3_1.fq.gz │ │ └── Raw.SeqInfo.Report │ └── smRNAs.xls -> /BiO/BioProjects/TBD180101-SCHU-Fungi-smallRNA-20180322/do_mergeExpAnno/smRNAs.xls
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Non-human Species Smallrna-seq Pipeline
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