Para mayores informes pueden checar el cartel de divulgacion Detección de similitudes locales entre proteínas con dinámica molecular y teoría de gráficas
Se genero un script de alineamieto de dos proteinas utilizando los PDB's de las proteinas de interes, obteniendo 1 PDB alineado a la otra proteina.
Se basa en el articulo: CLICK—topology-independent comparison of biomolecular 3D structures
Con algunas modificaciones:
+ filtros de angulos dihedrales
+ filtros de ES (Estructura Secundaria)
click_align.py es el codigo que ejecuta el alineamiento le tienes que indicar la direccion de los 2 pdb's y un cutoff que consiste en el filtro de los angulos dihefrales un ejemplo seria
python Serch/click_align.py /Expermientos/pdbs/1FFT_B_1FFT_G/1FFT_B.pdb /Expermientos/pdbs/1FFT_B_1FFT_G/1FFT_G.pdb 5