注意环境准备
- 依赖 ： 配置项：cp example.env .env
- BatchNorm
- LinerRegression
- Logistics Regression
- Tree
- RandomForest
- GBDT
- XGBoost
- 非参数注意力
- 参数注意力
- 内积注意力
- 加性注意力
- 多头注意力机制
- self-Attention
- Aspera——利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据
- Aspera——利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据
- 上游数据下载、格式转化和质控清洗
- [上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon](97-bioinformatics/gene_process_for_python/bulk_RNA-seq_process/01_上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon.ipynb)
- [ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法](97-bioinformatics/gene_process_for_python/bulk_RNA-seq_process/01-01_ensembl_id转换与gene symbol基因名去重复的两种方法.ipynb)
- 从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵
- [Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转](97-bioinformatics/gene_process_for_python/bulk_RNA-seq_process/02-02_Counts FPKM RPKM TPM CPM 的转化.ipynb)
- 差异分析前的准备——数据检查
- [差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较](97-bioinformatics/gene_process_for_python/bulk_RNA-seq_process/04_差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较.ipynb)
- GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化
- GSEA——基因集富集分析
- PPI蛋白互作网络构建（上）
- PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用
- WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型