{aspe} fournit des outils autorisant simplement la plupart des traitements de base à partir d’une sauvegarde (dump SQL) de la base de données ASPE de l’OFB. Ces traitements comprennent les calculs d’abondances, densités, distribution en tailles et la détection de tendances à l’échelle de la station. Ces calculs sont accompagnés de fonctionnalités graphiques.
The goal of {aspe} is to is to provide a suite of tools for most of the common processing of the ASPE database including importation from a SQL format dump, calculation of abundances, densities, size distributions, temporal trends for populations at the station level, along with graphical output.
La base de données ASPE de l’OFB contient toutes les données d’inventaire par pêche à l’électricité par le CSP, l’ONEMA, l’AFB, l’OFB ainsi que par certains partenaires sur les rivières de France.
The ASPE database is administrated by the French Office for Biodiversity. It gathers, among others, all the river electrofishing samplings carried out by the former Fisheries Council, National Office for Water and Aquatic Systems and French Agency for Biodiversity.
Si besoin, commencer par installer le package R {devtools} ainsi que la suite Rtools, puis installer {aspe} au moyen de la commande :
If necessary, first install the {devtools} R package and the Rtools suite, then you can install the released version of {aspe} from Github with:
devtools::install_github("PascalIrz/aspe")
Plusieurs dépôts Github sont associés au package :
- aspe_data : construction des jeux de données inclus dans le package {aspe}
- aspe_test : Fichiers R Markdown pour tester le package {aspe} et produire les tutos
- aspe_demo : Fichiers R Markdown pour prétraiter les données pour un tableau de bord interactif
- aspeQual : package R destiné à la mise en qualité de la base Aspe
The package comes with a number of associated repos :
- aspe_data: building of the datasets included in the {aspe} package
- aspe_test: R Markdown files to test the {aspe} package and to build the tutorials
- aspe_demo: R Markdown files to pre-process the fish data for a dashboard app
- aspeQual : R package dedicated to the quality control on the Aspe database
- Importer les tables de la base depuis un dump
- Traiter des données Indice Poisson Rivière (IPR)
- Faire des traitements de base à partir des lots
- Traiter des mesures individuelles
- Faire des traitements géographiques
- Construire des relations taille-poids
Les familles de fonctions se distinguent par des préfixes :
mef_: mise en forme des dataframesexpl_: exploration de la basegeo_: opérations spatialesgg_: production de graphiques avecggplot2imp_: importation depuis un dump SQLipr_: indice poisson rivière (voir)misc_: divers
Functions' names start by group-specific prefixes:
mef_: tidying dataframesexpl_: exploring the databasegeo_: spatial processinggg_: plots withggplot2imp_: importing data from a SQL dumpipr_: fish-based river health index (voir)misc_: miscellaneous
Dans la quasi-totalité des cas, les variables contenues dans une table sont préfixées en fonction de cette table. Par exemple :
sta_: stationpop_: point_prelevementmei_: mesure_individuelle
Pour une liste des noms et signification des variables, taper dans la console :
data("dictionnaire")
View(dictionnaire)
Almost systematically, variables' names start by table-specific prefixes:
sta_: stationpop_: point_prelevement (sampling point)mei_: mesure_individuelle (individual measurment)
To display a comprehensive list of variables with their meaning, call:
data("dictionnaire")
View(dictionnaire)