شناسایی بیوانفورماتیکی سه microRNA و ژن های هدف آن ها در گیاه دارویی کیسه کشیش صورتی (Capsella rubella)

چکیده هدف: microRNAها مولکول­های RNA غیرکدکننده کوچک هستند که در تنظیم بیان ژن­ ها نقش دارند. microRNAها توسط RNA پلیمراز  II رونویسی می ­شوند و پیش ­سازهایی تولید می­ کنند که تحت یک سری رویدادهای برش قرار می­ گیرند تا microRNA بالغ را تشکیل دهند. این مولکول­ های RNA غیرکدکننده کوچک با استفاده از کمپلکس RISC نقش تنظیمی خود را انجام می­ دهند. microRNAها نقش مهمی در فرآیندهای مختلف گیاه از جمله رشد، نمو و پاسخ به محرک ­های زیستی و غیرزیستی ایفا می­ کنند. این پژوهش با هدف شناسایی microRNAهای حفاظت شده و ژن­ های هدف آن­ها در گیاه دارویی کیسه کشیش صورتی (Capsella rubella) که گیاهی یک ساله با اثرات ضد انقباضی و ضد التهابی می­ باشد، انجام شد.مواد و روش ها: با استفاده از microRNAهای آرابیدوپسیس رونوشت­ های همولوگ آن­ ها در C. rubella شناسایی شد. سپس ساختار ساقه–حلقه تولیدکننده microRNAهای بالغ ترسیم شده، بخشی از توالی ساختار ساقه–حلقه که microRNA بالغ را شامل می­ شود، مشخص گردید و در نهایت ژن­ های هدف بالقوه هرکدام از microRNAها مشخص شدند.نتایج : سه microRNA حفاظت ­شده در این گیاه با نام ­های Cru-miR۱۵۶، Cru-miR۱۶۹ و Cru-miR۱۷۱ شناسایی شدند. برای این سه microRNA در مجموع ۱۲ ژن هدف بالقوه شناسایی شد. این ژن ­ها عمدتا فاکتورهای رونویسی هستند که در بسیاری از فرآیندهای مهم گیاه مانند انتقال فاز رویشی به زایشی و پاسخ به تنش ­ها ایفای نقش می ­کنند.نتیجه گیری:  تاکنون هیچ microRNA برای این گیاه در پایگاه­ اطلاعاتی miRBase معرفی نشده و این اولین گزارش در زمینه microRNAها و ژن­ های بالقوه آن­ها در گیاه C. rubella می­باشد. این یافته ها می ­توانند درک بهتر فرآیندهای تحت کنترل microRNAها از رشد و نمو گرفته تا پاسخ به تنش ­های محیطی را در این گیاه موجب شود.