Die Gauliga Pommern 1939/40 (offiziell: Gauklasse Pommern) war die siebte Spielzeit der Gauliga Pommern des Deutschen Fußball-Bundes. Durch den Beginn des Zweiten Weltkriegs gab es erneut einige Änderungen in der Meisterschaft. Am 27. August 1939 wurde der für den nächsten Tag geplante Start der Gauliga abgesagt. Zur Überbrückung wurden anschließend Rundenspiele und in Stettin eine Stadtmeisterschaft (Gewinner: MTV Pommerensdorf) und eine Sonderrunde durchgeführt, welche beide am 26. November 1939 endeten. Am 3. Dezember 1939 startete dann schließlich die Meisterschaften in allen Spielklassen.
Der LSV Pütnitz zog sich kriegsbedingt freiwillig in die nun 1. Kreisklassen genannte Zweitklassigkeit zurück. Auch der eigentliche Aufsteiger HSV Köslin nahm nicht am Spielbetrieb teil, da der Verein vermutlich kriegsbedingt nicht mehr existierte. Dadurch steigen weitere Vereine aus den Bezirksklassen auf. Der Polizei SV Stettin und der SV Sturm Lauenburg zogen sich während der Saison ebenfalls zurück. Die Gauklasse Pommern wurde in zwei Gruppen aufgeteilt. Die jeweiligen Gruppensieger spielten in Finalspielen die Gaumeisterschaft aus. Am Ende setzte sich der Aufsteiger VfL Stettin gegen SV Germania Stolp durch und wurde erstmals Gaumeister. Durch diese Meisterschaft qualifizierte sich Stettin für die deutsche Fußballmeisterschaft 1939/40, bei der sieglos der letzte Platz der Untergruppe 1a erreicht wurde.
