結果のイメージ 自動生成レポートのイメージ タブ区切りテキストを加工したExcel表 2サンプル間の発現量で有意差のあったものだけ"TRUE"になります。 加工方法はこちら エクセルシートの右端のリンクから、UCSC Genome Browserを起動できます。 エクセルシートでサンプル間で有意だったもののリンクを開いた例 プロット中の赤い点がDEGseqで選択可能な検定手法の一つである"FET:Fisher's Exact Test"で有意とみなされた遺伝子です。少なくとも、Technical replicateでは、有意とみなされる遺伝子が殆どないことから、このシーケンシングプラットフォームによるRNA-Seqの発現変動の検出の再現性が高いことが推察されます。 注：DEGseq内の関数では、標準でRPKM値でなく、タグカウント(遺伝子長で補正をかける前の遺伝子領域に張り付いたタグ数)を
Manual & tutorial Japanese Tutorial (FAQ) English manual (FAQ) DBCLS togotv Tutorial video 1 (JP) - Reference Genome Mapping DBCLS togotv Tutorial video 2 (JP) - De novo Assembly Tutorial : How to upload and register query files to DDBJ Pipeline (JP) Tutorial : How to run HGAP for PacBio sequence read on DDBJ Pipeline (JP) Data submission for analyzed results and sequenced data DRA : NGS raw seque
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FusionSeq: a modular framework for finding gene fusions by analyzing paired-end RNA-sequencing data Method Open access Published: 21 October 2010 FusionSeq: a modular framework for finding gene fusions by analyzing paired-end RNA-sequencing data Andrea Sboner1,2, Lukas Habegger1, Dorothee Pflueger3, Stephane Terry3, David Z Chen1, Joel S Rozowsky2, Ashutosh K Tewari4, Naoki Kitabayashi3, Benjamin
Langmead B, Salzberg S. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nature Methods. 2012, 9:357-359. Langmead B, Wilks C, Antonescu V, Charles R. Scaling read aligners to hundreds of threads on general-purpose processors. Bioinformatics Vol 35, Iss 3, 2019, pp 421–432. Introduction Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is par
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