Yosemite と違うところ rootless が導入されたことによって、/usr, /bin, /sbin 下にインストールが必要なものがインストールできなくなってしまっています。 ただし、/usr/local についてはアクセスすることができるので、こちらを利用したほうがいいでしょう。 Homebrewを利用する時に、何らかの理由で、/usr/localがなくなっている場合があります。 El Capitan から /usr/localを生成するのは面倒なので、El Capitanにアップデートする前に確認してみてください。 HomebrewはEl Capitanへアップグレードする前に入れておく http://qiita.com/riocampos/items/525ec4b35744ad586c5a こちらの記事を参考にしてみてください。 ※ Homebrew で gcc-4.2