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micro_aokiのブックマーク (539)

  • RNA-Seq - Bioinformatics Tutorials

  • Rによる群集組成の解析|水産研究・教育機構「日本海区水産研究所」

    群集解析ツール 群集データをアップロードすると、多様度指数(種数・シャンノン・シンプソン・最優占種占有率)とαβγ多様度を計算します: 計算ページに移動 群集データをアップロードすると、類似する群集クラスターとnMDS配置図を図示します: 計算ページへ移動 群集データの多変量解析法とRのコードの解説 解説: ある地域にどのような生物が生息しているか知りたいと考えます。地域内に複数の地点を設けて生物群集の調査を行い、地点間で多様性や群集組成を比較すると、生物の種類の構成がどうなっているか、どの地点とどの地点の生物群集の個性が似ていて、地域的にどのようなパターンをしているか等を知ることができます。そして、環境との関連や、他の地域との比較、過去のデータとの比較などを検討すれば、そのようなパターンが成立する理由を考察できます。群集データは種ごとの個体数もしくは重量のデータを想定しており、各地点での

  • プログラミングというより物事が出来るようになる思考法|牛尾 剛

    私が人生でずっと悩んで追い求めていたものがついに解決した。それは、なんでも良いから何かが「出来るようになる」ことだ。 昔からいくらその対象に時間をかけても、努力しても、人並みにすらならない。人にやってもらうとか自分がやらないことに関してはうまくいくのだが、自分が何かが出来るようになるということに関しては人生50年目だが、絶望的で、それが自分の自己肯定感や、人並みに生きることへの罪悪感を生んでいた。人生で解決したかった問題 No.1 だ。だからそれをずっと解決しようと頑張ってきた。 ギター演奏での解決方法私はクソ不器用で、なにやってもできないので、人生で出来たらいいことを2つだけ定めた。ギター演奏と、プログラミング。ギター演奏に関しては少し前に解決した。根的な問題を一つ上げるとすると、「ゆっくりから、メトロノームで練習する」これだけだ。 ギターはもう何十年も演奏しているのに弾ける感がなかっ

    プログラミングというより物事が出来るようになる思考法|牛尾 剛
  • ブリ刺身をにんにく風味のみそだれに15分漬けたら、白飯にふさわしすぎた【魚屋三代目】 - メシ通 | ホットペッパーグルメ

    こんにちは! 鮮魚魚武の三代目、料理家の魚屋三代目です。 日に日に脂がのってきたブリの刺身で作る丼もの。今回は、家にある調味料でできるみそだれにサッと漬ける「ブリのみそ漬け丼」です。 青魚特有の魚臭さがあるブリに負けないよう、みそだれはにんにくを効かせるのがポイント。クセになる美味しさで白飯がすすみますよ。 魚屋三代目の「ブリのみそ漬け丼」 【材料】1人前 ブリの刺身 7~8切れ 温かいご飯 1人分 白いりごま、薬味ねぎ 適量 とろろ(市販品。味変用) お好みで適量 (みそだれ) みりん、酒 各大さじ2 みそ 大さじ2 しょうゆ 大さじ1 砂糖 小さじ1/2 すりおろしにんにく 小さじ1/4程度~お好み量 作り方 1. まずは、みそだれ作りから。小鍋にみりんと酒を入れ、中火でひと煮立ちさせてアルコール分を飛ばします。 2. ボウルにみそ、しょうゆ、砂糖、すりおろしにんにくを入れ、 1も入れ

    ブリ刺身をにんにく風味のみそだれに15分漬けたら、白飯にふさわしすぎた【魚屋三代目】 - メシ通 | ホットペッパーグルメ
  • 高音質&低遅延なBluetooth「LEオーディオ」まもなく登場? ソニーが技術解説

    高音質&低遅延なBluetooth「LEオーディオ」まもなく登場? ソニーが技術解説
  • ggplot2 パッケージによる可視化の際のラベルの重なりを防ぐ|Colorless Green Ideas

    ggrepel パッケージを使うと、ggplot2 パッケージによる可視化の際に、ラベルとラベルが重なって見にくくなることを防ぐことができる。 はじめに R の ggplot2 パッケージで散布図などを作るときに、データ点に対してラベルをつけたいということがあるだろう。そういったときに便利なのが、ggrepel パッケージである [1] 。この ggrepel パッケージを使えば、ラベル同士が重なることが抑制される [2] 。なお、以下では散布図の場合を扱うが、ggrepel パッケージは他の種類の可視化にも利用することができる。例えば、Matt Strimas-Mackey 氏は Mapping the Longest Commericial Flights in R という記事の中で、地図上のラベルが重ならないようにするためにこのパッケージを用いている。 使い方 まずは、必要なパッケー

    ggplot2 パッケージによる可視化の際のラベルの重なりを防ぐ|Colorless Green Ideas
  • リトアニア「中国製スマホに監視機能」不買呼びかけ

    参入について会見する中国のスマホメーカー「シャオミ」のスティーブン・ワン氏=2019年12月9日、東京都港区(宮崎瑞穂撮影) 【ロンドン=板東和正】リトアニア国防省は24日までに、国内で流通する中国スマートフォン大手、小米科技(シャオミ)の製品に、中国政府が警戒する用語を検出し、コンテンツの利用を制限する機能が内蔵されていると警告した。同省は、中国製スマホの不買と購入済み製品の廃棄を公共機関や消費者に呼びかけた。 国防省が発表した報告書によると、シャオミのスマホには「自由チベット」や「台湾独立万歳」など、中国政府が警戒する用語を検出する機能が内蔵されていた。400以上の用語が監視対象とみられ、使用者がダウンロードするコンテンツにそれらの用語が含まれる場合、自動的にダウンロードなどが妨害される仕組みになっていた。 国防省は「(消費者の)言論の自由を侵害する可能性がある」としている。暗号化

    リトアニア「中国製スマホに監視機能」不買呼びかけ
  • M5StackでCO2モニターを作って、データ可視化と換気を促す通知するものを Azure IoT Central で作ってみた - Qiita

    M5StackでCO2モニターを作って、データ可視化と換気を促す通知するものを Azure IoT Central で作ってみたAzureIoTM5stackAzureIoTCentralQiitaAzure はじめに 以前にM5StackでCO2モニターを作って、直接Teamsに通知するものを作ったのですが、 『M5StackでCO2モニターを作って、Teams通知で換気を促すものを作ってみた』 CO2濃度が高くなると通知が来るけど、その傾向が良く分からない テレワークが増えてくると、いま職場の状況がどうなのかが遠隔で分からない 換気を促す通知は来てるけど、いまいち上手く活用できてない(されてない)気がする という辺りが少し課題かなと思っていました。 なので、今回は上記を解決する為、「M5Stackで作ったCO2モニター」 と 「Azure IoT Central」 を連携させることで、

    M5StackでCO2モニターを作って、データ可視化と換気を促す通知するものを Azure IoT Central で作ってみた - Qiita
  • 直接傾度分析|水産研究・教育機構「日本海区水産研究所」

    直接傾度分析では、群集組成の違いを環境変数の重回帰で説明します。間接傾度分析に続けて行いますので、同じ群集データdatと環境データedatを使います。 環境変数を整理 環境変数のセットを説明変数として重回帰を行いますので、重回帰の場合の一般的な注意が必要です。名義変数や類別変数が含まれる場合も同様です。ここでは、次の3点について検討し、必要なデータの修正を行います。 正規性 多重共線性 標準化 説明変数は正規分布をしているのが理想的ですが、実際のデータではなかなか難しいです。重回帰分析の頑健性を信じて、分布が大きく偏った変数についてのみ、変数変換で分布の偏りを修正します。hist()関数で分布図を見てみます。 hist(edat$MdG) 環境変数MdGは底質の砂の中央粒径値(mm)です。見た目で判断していますが、正規分布とは大きく外れています。そこで、底質粒度を表す際に良く用いられるファ

  • およそ2年前に刷新されたノルウェーの紙幣がめっちゃスタイリッシュでかっこいいし、表も裏も没案までも攻めてて話題に!

    ノルウェー大使館 @NorwayinJapan #ノルウェー でも #紙幣 刷新が行われています。偽造防止・セキュリティ強化した新紙幣デザインには #ノルウェー アイデンティティのシンボルとして「 #海」がテーマに選ばれました。人々をつなげる海、世界へ未来へと導く海、恵みと繁栄をもたらす海をイメージし各モチーフが描かれました。 pic.twitter.com/OMQAesFPEv

    およそ2年前に刷新されたノルウェーの紙幣がめっちゃスタイリッシュでかっこいいし、表も裏も没案までも攻めてて話題に!
  • 東京パラ “学校観戦” 都内最大約14万人見通しも全体像見えず | NHKニュース

    東京都教育委員会などによりますと、都内のパラリンピックの会場で競技を見る子どもたちは18日時点で最大およそ14万人になる見通しです。開幕が5日後に迫る中、最終的な人数の把握を急いでいますが、感染が急拡大する中、学校や保護者の判断で取りやめる可能性もあるためどのくらいの規模になるのか全体像は見えていません。 都の教育委員会によりますと、18日時点で参加する意向を示しているのは公立の学校でおよそ13万2000人です。 内訳は、 ▽都内の62の区市町村のうち8つの自治体のおよそ13万人、 ▽都立では特別支援学校と高校など23の学校のおよそ2000人です。 都の教育委員会は、現在も調整中で今後変わる可能性があるとして参加を希望している学校名などは明らかにしていません。また、都は私立学校で希望している子どもは1万人を下回っていると説明していて、都内全体の参加は公立と私立合わせて最大およそ14万人にな

    東京パラ “学校観戦” 都内最大約14万人見通しも全体像見えず | NHKニュース
  • {omu}を使用した代謝物データとKEGGの解析 - Note of Pediatric Surgery

    {omu}とは install.packages("omu") library(omu) omuはメタボロミクスデータセットの迅速な解析と直感的なグラフ作成を可能にするRパッケージです。統計解析はもちろんできますが、データセット内の代謝物に代謝物クラス (炭水化物、脂質など) を割り当て、関連する機能orthologyや遺伝子名をKEGGデータベースから収集することができます。 データセット data("c57_nos2KO_mouse_countDF") # 668 metabolites data("c57_nos2KO_mouse_metadata") c57_nos2KO_mouse_countDF: c57B6Jマウスの野生型とnos2遺伝子KOを用いた実験から収集した、糞便サンプルのメタボロミクス データセット。の例とメタデータ ファイルが含まれている。行の値はMetaboli

    {omu}を使用した代謝物データとKEGGの解析 - Note of Pediatric Surgery
    micro_aoki
    micro_aoki 2021/08/16
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  • 女叩きは儲かる|トイアンナ|note

    昔、ネット右翼の人から話を聞いた。その人はただのネトウヨではなく、ブログで積極的に情報発信をしたり、オフ会を主催したりしていた。そして物販でちょっと儲かるなどしていた。そして彼は、右翼でもなんでもなかった。 「韓国人が好きかと言われたら、どうでもいい。パチンコ屋は減ってほしいけど。仲いい韓国人もいて、めっちゃいいやつ。でも韓国人を叩く文章は売れるよね」 と、彼は淡々と話した。 それについて、良心が咎めないか聞いた。 「別に、友達韓国人についてはなんとも思ってないのは同じだから。それに、ネトウヨにならざるを得ない人のことを考えてみてよ。どう考えても人生がうまくいってない人たちだよ。認知に偏りがあったり、家族から孤立していたり、友達もいない人ばっか。 彼らの希望はもう、韓国人をネットで叩くことくらいしかないわけ。その彼らを助けてあげられるのが、僕のブログだと思う。可愛そうだけど、他に家族から

    女叩きは儲かる|トイアンナ|note
  • Python ユーザでも『データ可視化入門』で練習できるようにパッケージを作った + Plotnine との互換性ガイド - ill-identified diary

    概要 pysocviz が提供する機能 ggplot2 と同じようにできないところとその対策 aes() にクオートされてない変数を指定できない R のように改行できない ggplot2 で使えた色名が使えない ggplot2 で使えた linetype が使えない 文字化けの回避 ggrepel パッケージの利用 scales::percent などの単位・スケール指定 テーマや色パレットのプリセットを変更したい場合 subtitle/caption が表示されない 複数のグラフを連結できない hjust/vjust が使えない グラフ内の図形やテキストの大きさのバランスがおかしい geom_smooth/stat_smooth で一般化加法モデル (GAM) による平滑化ができない geom_quantile の method 指定ができない geom_smooth/stat_smoo

    Python ユーザでも『データ可視化入門』で練習できるようにパッケージを作った + Plotnine との互換性ガイド - ill-identified diary
  • ほぼ無尽蔵のナトリウムが蓄電池に、定置型向けでいざ本格量産へ

    ほぼ無尽蔵ともいえるナトリウム(Na)イオンを使うNaイオン2次電池(NIB)の格的な量産が近く始まりそうだ。出力密度の高さに加え、潜在的にはエネルギー密度でもリチウム(Li)イオン2次電池を超えるほど高い。定置型蓄電池では、比較的早い時期に主役の座に座る可能性も出てきた。 「当かどうか、まだ分からない」─。ナトリウム(Na)イオン2次電池(NIB)の研究者は、同分野の研究者やメーカーに衝撃が走った2021年5月のニュースをこう話す。ニュースとは、世界最大のLiイオン2次電池(LIB)メーカーである中国CATL(寧徳時代)の創業者兼CEOのRobin Zeng氏が同月21日の株主総会で、「我々が開発してきたNIBの技術が成熟し、量産可能になった。2021年7月にもNIBの製品を出荷する」と述べたという報道が中国国内外でなされた件である注1)。 注1)ただし、同株主総会の投資家向け質疑応

    ほぼ無尽蔵のナトリウムが蓄電池に、定置型向けでいざ本格量産へ
  • 学生さん、マリトッツォ(生クリームの塊)は食えるうちに食っておけ→日本で独自進化したやつがちょうどいい「残りは明日の朝ごはんに…」

    リンク 毎日新聞 コロナが奇貨 福岡発・大人気のスイーツパン「マリトッツォ」 | 毎日新聞 パンの間に挟まったたっぷりの生クリーム。見た目のインパクト十分の「マリトッツォ」と呼ばれるイタリア発祥のスイーツパンが話題となっている。ブームの火付け役になったと言われるパン屋が福岡市内にあるとの話を耳にした。取材を進めていくと、新型コロナウイルスの感染拡大が誕生のきっかけだったという意外な事実が 3 users 137

    学生さん、マリトッツォ(生クリームの塊)は食えるうちに食っておけ→日本で独自進化したやつがちょうどいい「残りは明日の朝ごはんに…」
  • SankeiBiz(サンケイビズ):自分を磨く経済情報サイト

    サービス終了のお知らせ SankeiBizは、2022年12月26日をもちましてサービスを終了させていただきました。長らくのご愛読、誠にありがとうございました。 産経デジタルがお送りする経済ニュースは「iza! 経済ニュース」でお楽しみください。 このページは5秒後に「iza!経済ニュース」(https://www.iza.ne.jp/economy/)に転送されます。 ページが切り替わらない場合は以下のボタンから「iza! 経済ニュース」へ移動をお願いします。 iza! 経済ニュースへ

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  • 『不快な思いで映画館を出てもらう必要があった 周防正行監督インタビュー 完全版Vol.1』

    「弁護士が選ぶ法曹界を描いたドラマ・漫画映画ランキング映画部門で1位に選ばれた「それでもボクはやってない」(2007年公開)。監督を務めた周防正行氏は、刑事裁判のありかたに驚き、それを伝えたくて、全公判をリアルに描くことにこだわったという。法制審議会の「新時代の刑事司法制度特別部会」で委員も務め、現在も刑事司法のありかたなどに積極的に発信する周防氏に、映画の意図や現在の法曹界のあり方などについて聞いた(インタビュー日:2021年4月17日、都内にて)。 2021年6月号の雑誌に概要版を掲載したインタビューの完全版を2回にわけて掲載。1回目は、「それでもボクはやってない」を制作した思いや法制審議会の「新時代の刑事司法制度特別部会」に参加した際の印象的なエピソードなどを紹介する。 僕自身が裁判に驚いたのが原点ーー今回の投票結果で「それでもボクはやってない」が、204票で一位となりました。

    『不快な思いで映画館を出てもらう必要があった 周防正行監督インタビュー 完全版Vol.1』
  • 経時測定データの解析

    表中のSは被験者を表しており、Sの添字として番号が振られているが、これは被験者番号である。表1においては、Aという条件の下で5人の異なる被験者が用いられている。同じようにBという条件下でも、Cという条件下でもそれぞれ異なった5人の被験者が割り当てられている。結局、表1におけるサンプルサイズは15である。 これに対して表2はどうだろうか。表2では1人の被験者が3つの異なる条件下において、繰り返してデータが得られるように配置されている。例えば、S1は条件Aだけでなく、条件B、条件Cにおいてもデータが取られている。ここでのサンプルサイズは5である。 このようにその実験に用いられた被験者の人数、すなわちサンプルサイズの大きさを考えれば明らかである。反復測定とは「ある異なる条件下において、条件間で異なる個体から反復してデータを得ること」であり、繰り返し測定とは「ある異なる条件下において、条件間で同じ

    micro_aoki
    micro_aoki 2021/07/06
    一般化線形混合モデル
  • Google、プライバシー画面のTouch/FaceIDロックやアカウント検索、エクスポート機能を強化した「Google Authenticator v3.2.0 for iOS」をリリース。

    Googleがプライバシー画面のTouch/FaceIDロックやアカウント検索、エクスポート機能を強化した「Google Authenticator v3.2.0 for iOS」をリリースしています。詳細は以下から。 Googleは2020年12月、2段階認証用コードを管理する「Google Authenticator for iPhone」を約2年ぶりにv3.1.0へアップデートし、ユーザーからのリクエストが多かった他のデバイスへアカウントをエクスポートできる機能を追加しましたが、現地時間2021年06月23日、新たに「Google Authenticator v3.2.0」アップデートをリリースしたと発表しています。 多くのアカウントを別のデバイスに移行する機能を追加しました アカウント検索機能を追加しました プライバシー画面を有効にする機能を追加しました Google Authen

    Google、プライバシー画面のTouch/FaceIDロックやアカウント検索、エクスポート機能を強化した「Google Authenticator v3.2.0 for iOS」をリリース。