文字列同士がどれだけ似ているかを計算できると便利。 例えば “uri” と “url” の距離は1というふうに計算できるので、名前を間違えた時の候補のサジェストとかに使える。 編集距離とかでググるとみんながんばってRubyで計算してるけど、levenshteinというgemを使ったら簡単だった。 gem install levenshtein require 'rubygems' require 'levenshtein' p Levenshtein.distance("erik", "veenstra") p Levenshtein.distance("shokai", "shokai") p Levenshtein.distance("ahokai", "shokai") p Levenshtein.distance("shokai", "ahokai") p Levenshtein.
This document is based on the original 'BioJava in Anger' by Mark Schreiber et al. "BioJava in Anger, A Tutorial and Recipe Book for Those in a Hurry". Introduction BioRuby can be both big and intimidating. For those of us who are in a hurry there really is a whole lot there to get your head around. This document is designed to help you develop BioRuby programs that do 99% of common tasks without
1 INTRODUCTION The Ensembl (Flicek et al., 2010) and UCSC (Fujita et al., 2010) genome browsers are the first point of call for a large community of genetics and genomics researchers. Both provide a graphical interface for browsing the genomes of a large number of species, displaying the location of genes, polymorphisms, repeats and regulatory regions. Each database can also be accessed directly v
Read the excellent post by Neil Saunders on using ruby and mongodb to archive his posts on FriendFeed, prompting me to finally write down my own experiences with mongodb. So here goes... Let's have a look at the pilot SNP data from the 1000genomes project. The data released in April 2009 contain lists of SNPs from a low-coverage sequencing effort in the CEU (European descent), YRI (African) and JP
GenomeNet で提供されているデータベースを例にとり、Web ベースのエントリ単位のデータの解析から、ファイル単位の多数のデータを一括して解析する方法への基礎技術を習得します。 1. 実習の予定（10:00〜17:30） 10:00 計算機環境の設定（担当：片山） 13:00 配列データベース解析（担当：伊藤） 14:30 化合物データベース解析（担当：服部） 16:00 パスウェイデータ解析（担当：川島） 2. 参考文献など KGML マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/docs/xml/> KEGG API 日本語マニュアル <URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html> 3. 前提知識 UNIX のファイル操作ができること(cd, ls, moreなど） 分子生
はてなグループの終了日を2020年1月31日(金)に決定しました 以下のエントリの通り、今年末を目処にはてなグループを終了予定である旨をお知らせしておりました。 2019年末を目処に、はてなグループの提供を終了する予定です - はてなグループ日記 このたび、正式に終了日を決定いたしましたので、以下の通りご確認ください。 終了日: 2020年1月31日(金) エクスポート希望申請期限:2020年1月31日(金) 終了日以降は、はてなグループの閲覧および投稿は行えません。日記のエクスポートが必要な方は以下の記事にしたがって手続きをしてください。 はてなグループに投稿された日記データのエクスポートについて - はてなグループ日記 ご利用のみなさまにはご迷惑をおかけいたしますが、どうぞよろしくお願いいたします。 2020-06-25 追記 はてなグループ日記のエクスポートデータは2020年2月28
Name Last modified Size Description Parent Directory 21-Apr-2008 12:37 - 20040824JST/ 26-Aug-2004 19:45 - 200505-06RubySemi/ 15-Nov-2005 09:53 - 20051007EGIS/ 04-Oct-2005 22:50 - 20051011YaGIW/ 13-Oct-2005 22:01 - 20051014EGIS/ 14-Oct-2005 08:37 - 20051021Ruby/ 21-Oct-2005 13:28 - 20051104Perl/ 18-Nov-2005 13:38 - 20051107KEGG/ 07-Nov-2005 14:33 - 20051109UNIX/ 09-Nov-2005 14:38 - 200511
配列操作の比較表: Ruby, Python, JavaScript, Perl, C++ プログラムを書いていると、他のプログラミング言語の記憶とごっちゃになって、「配列の後ろに要素を追加するのは push だっけ、 append だっけ」などと混乱することがあります。特に Ruby, Python, JavaScript はコードの書き方が似ているので、この問題が起きがちです。 そこで、備忘録として、 Ruby, Python, JavaScript, Perl, C++ の配列操作の比較表を作りました。一番慣れている Ruby を基準にしています。間違いなどがあったらご指摘いただけると助かります。他の言語のもあるといいなあ。 Ruby (Array) Python (list) JavaScript (Array) Perl (@) C++ (std::vector)
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