スパコン能力を引き出すためのチームを設立 次世代スーパーコンピュータ(スパコン)の開発と並行して、グランドチャレンジに選定したアプリケーションの開発が進められている。その1つであるバイオアプリの開発拠点である理化学研究所(理研)は、2008年12月25日、26日の両日にバイオスーパーコンピューティングシンポジウム(BSCS) 2008を開催し、バイオアプリケーションの開発状況を発表した。 バイオの対象である人体は、ナノメートル以下の分子レベルの振る舞いから、メートル級の人体まで9桁以上のサイズの範囲がある。分子レベルでは量子力学的な計算が必要となるが、人体全体を量子力学的モデルで解くことはいくらコンピュータが進歩しても追いつかないし、また、その必要もない。ということで、アプリケーションの研究開発は、分子スケール、細胞スケール、そして臓器全身スケールという3つチームで行われている。 それに加
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The Connectivity Map: Using Gene-Expression Signatures to Connect Small Molecules, Genes, and Disease Justin Lamb1,*, Emily D. Crawford1,†, David Peck1, Joshua W. Modell1, Irene C. Blat1, Matthew J. Wrobel1, Jim Lerner1, Jean-Philippe Brunet1, Aravind Subramanian1, Kenneth N. Ross1, Michael Reich1, Haley Hieronymus1,2, Guo Wei1,2, Scott A. Armstrong2,3, Stephen J. Haggarty1,4, Paul A. Clemons1, Ru
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Extract The number of genetic association studies is growing rapidly, and this growth is likely to accelerate in the future. The correct interpretation of such studies has important implications for our understanding of disease causation, variability in drug response and drug side effects and the biology of populations. There is increasing awareness that the literature of association studies requi
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