Eutils に関する記事 Eutils を用いるための R のスクリプト（データベースごとに分類） Genome-wide association study に関する記事 GenABEL パッケージを使った GWAS ( Genome-wide association study ) について その他のパッケージの紹介 パッケージに含まれる関数の紹介 Haploview に関する記事 R で作った図や表のサンプル 文献と遺伝子のつながりを示す図 PubMed へのリンクつき（Entrez Gene へのリンクはなし） スクリプトはこちら 文献と遺伝子のつながりを示す図（改） PubMed, Entrez Gene へのリンクつき スクリプトはこちら PubMed 検索の結果を示す表 スクリプトはこちら その他 オプションに関する記事 R のオプションの設定について tips ちょっとし
**** UPDATE, May 15 2014 ***** The functions described here have now been wrapped into an R package. View the updated blog post or see the online package vignette for how to install and use. If you'd still like to use the old code described here, you can access this at version 0.0.0 on GitHub. The code below likely won't work. ***************************** Will posted earlier this week about how t
昨日の続き では、正方行列を作らずに、非正方行列のままsvd()をかけるとどうなるかもやってみます。 同じ構造を表す固有値と固有ベクトルが取れました。 #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マーカー数 Npop<-4 #亜集団数 Ns<-c(100,150,200,250) #集団別人数 M<-NULL #全ジェノタイプデータを納める行列 #亜集団別にアレル頻度を振ってシミュレーション for(j in 1:Npop){ tmpM<-matrix(rep(0,Nm*Ns[j]),nrow=Nm) for(i in 1:Nm){ af<-runif(1)*0.8+0.1 f<-rnorm(1,sd=0.01) if(abs(f)>1) f=0 df<-c(af^2,2*af*(1-af),(1-af)^2) df[1]<-df[1]+f/2*df[2] df[3]<-df[3]+f
集団構造化があるときに、PCAして、プロットすることがある。 その情報を使って、形質マッピング検定に用いる前座のようなもの。 この論文がEigenstratのそれですが。 ここでやっている、PCA部分をRでなぞってみます #構造化集団をシミュレート Nm<-1000 #マーカー数 Npop<-4 #亜集団数 Ns<-c(100,150,200,250) #集団別人数 M<-NULL #全ジェノタイプデータを納める行列 #亜集団別にアレル頻度を振ってシミュレーション for(j in 1:Npop){ tmpM<-matrix(rep(0,Nm*Ns[j]),nrow=Nm) for(i in 1:Nm){ af<-runif(1)*0.8+0.1 f<-rnorm(1,sd=0.01) if(abs(f)>1) f=0 df<-c(af^2,2*af*(1-af),(1-af)^2) df
HT Sequence Analysis with R and Bioconductor Authors: Tyler Backman, Rebecca Sun and Thomas Girke, UC Riverside Introduction [ Sequencing Technologies ] [ Latest Slides from NGS Analysis Workshop ] High throughput sequencing (HT-Seq or HTS), also known as next generation sequencing (NGS), presents a wide spectrum of opportunities for genome research. Unfortunately, many existing bioinformatic to
Henrik Bengtsson, 2012-05-04 Active packages Please know that the packages that I am actively developing are available on CRAN and Bioconductor, e.g. R.methodsS3, R.oo, R.utils, R.cache, R.devices, R.rsp, R.matlab, matrixStats, aroma.light, aroma.affymetrix, aroma.cn, aroma.core, and PSCBS. I am a co-developer of other packages, e.g. affxparser, ACNE and calmate. I also maintain the Aroma Project
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