（ここで舞台は日本に戻る） 父・碇ゲンドウとともに亡き母・碇ユイの墓参りに訪れた主人公・碇シンジは、葛城ミサトの車で帰る途中、海上を歩行する第7の使徒を目撃する。そこに、上空で輸送機から放たれたエヴァンゲリオン2号機（搭乗者：式波・アスカ・ラングレー）が現れ、空中戦を繰り広げ難なく使徒を撃破する。 2号機とともに来日したアスカは、シンジと同じくミサトの家に同居し、同じ中学校に通うことになる。しかし、「自分はひとりで生きる」と固く決意するアスカはシンジや綾波レイ、他のクラスメートともなかなか打ち解けない。 ゲンドウと冬月コウゾウが建造中のEVANGELION Mark.06（6号機）の視察のためゼーレの月面基地「タブハベース」[8]へ赴くが、二人が地上へ帰還する前に、衛星軌道上に第8の使徒が出現、NERV本部への落下攻撃がほぼ確実と判明する。代理の指揮権をもつミサトは、エヴァ初号機（シンジ）