1950年1月25日、『国鉄スワローズ』として球団創立。同年途中に入団したエース・金田正一投手がチームをけん引しました。

1965年に経営権が産経新聞社に移り、翌66年には『スワローズ』から『アトムズ』に愛称が変更になるなど、大きな転換期を迎えました。

1970年にヤクルトが単独経営権を取得、73年末には『スワローズ』の愛称が復活。そして78年、創立29年目にして悲願のリーグ初優勝・日本一を達成しました。

甲子園を沸かせた荒木大輔投手や池山隆寛選手・広沢克己選手の“イケ・トラコンビ”といった人気選手が入団し、のびのび成長。黄金時代の礎となった時代です。

1990年に野村克也監督が就任し古田敦也捕手が入団。92年に14年ぶりのリーグ優勝を果たすなど、10年間でリーグ優勝4回・日本一3回を達成し、まさに黄金時代を迎えました。

2001年に若松勉監督の下、日本一を達成。06年にチーム名に“東京”の名を冠し、『東京ヤクルトスワローズ』となりました。

2012年に宮本慎也選手が通算2,000安打を記録。15年には真中満監督の下、01年以来14年ぶりとなるリーグ優勝を達成しました。

2020年8日23日、対阪神12回戦に山田哲人選手が先発出場し、通算1,000試合出場記録を達成しました。