EMを河川などに投入することで、生態系ピラミッドの底辺を支える微生物を増やす事が出来ます。底辺が大きくなると、積み上がるピラミッドも大きくなり、多様な生態系が生まれます。これによって自浄作用が高まり、綺麗な河川を取り戻すことができるのです。
EMの微生物がヘドロの分解を促進
河川が汚れ、ヘドロ（腐敗した有機物）が堆積した状態では、水中にわずかに酸素が溶け込んでいるものの、ヘドロの中は酸素欠乏状態になっています。ヘドロの中では、有害発酵菌（腐敗菌）が酸素を使わずに有機物を分解し悪臭のもとである、メタン、アンモニア、硫化水素等の有害ガスを発生させます。ここに、高密度のEM集合体であるEM団子を投入すると、ヘドロの表層に埋まり、EM団子の中に含まれる有用発酵菌がヘドロを分解し始めます。光合成細菌が働き始めると、有害ガスを利用するので悪臭が減っていきます。
植物性プランクトンを増やす。
発酵分解が進むと、ヘドロからアミノ酸や糖類が作られていきます。その一部は水中に溶け込み、光の挿しこむところでは、これらの栄養分を使って植物プランクトンが増えます。
植物プランクトンの光合成活動によって酸素の量が増え、酸素を必要とする酸化分解菌の活動が活発になり、ヘドロの分解が促進されます。EM団子の周りでは、動植物プランクトンが増加し、ヘドロが有機物と微生物の混合状態の有機堆積物（デトリタス）に変化し、有害なヘドロではなくなります。
EMの微生物が水中の微生物層を豊かにする。
デトリタスは、中にいる微生物の活発な活動によって発生した二酸化炭素や酸素などの気泡を含んで浮き上がってきます。水中にデトリタスの破片が浮遊するようになるので、河川が汚れたように見えますが、川底のヘドロが分解され浄化が進んでいる目印なので問題ありません。デトリタスがどんどん剥離して川下に流されていくと、デトリタスの破片は細かくなり、それをエサとする小魚やエビ、カニ、貝などが増えます。魚が増えるとそれを食べる水鳥が集まるというように、EM-1に含まれる微生物によって自浄作用が高まり、多様な生態系が生まれることで河川を浄化することができます。