根据行政诉讼由被告对作出的具体行政行为负举证责任的一般原理，对行政诉讼超过起诉期限也应由被告负举证责任。但是，原告应对超过法定起诉期限有正当理由负举证责任。原告起诉是否超过法定起诉期限，不应作为案件受理的法定条件，人民法院也不应依职权主动审查，而应由被告对起诉超过法定起诉期限提出抗辩。
行政诉讼法及其司法解释规定：“原告对下列事项承担举证责任：(一)证明起诉符合法定条件，但被告认为原告起诉超过起诉期限的除外;……”该条规定包含如下两层含义：①被告认为原告起诉超过起诉期限的，由被告负举证责任。其需要证明的事实包括：原告知道或者应当知道诉权或起诉期限或具体行政行为内容的时间;原告未行使诉权是否经过了法定的起诉期限。如果举证不能，就应以原告实际行使诉权的时间作为起诉期限的开始时间，也就是说，视为原告起诉未超过起诉期限。②对起诉期限的效力采取的是抗辩权发生说，法定的起诉期限届满，被告的抗辩权发生。被告不提出抗辩或抗辩举证不能由被告承担法律后果。法定起诉期限届满，原告丧失胜诉权，并不丧失起诉权。
法律依据：
《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条
被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。但是，被诉行政行为涉及第三人合法权益，第三人提供证据的除外。