融合遺伝子（ゆうごういでんし、英: fusion gene）は、2つの異なる遺伝子が一体となることで新たに形成された遺伝子である。染色体転座、中間部欠失、の結果として生じる場合がある。融合遺伝子はヒトのあらゆる種類の新生物で広くみられる。こうした融合遺伝子の特定は、診断や予後のマーカーとして極めて大きな役割を果たす。