肉質鞭毛虫門（にくしつべんもうちゅうもん、Sarcomastigophora）は、20世紀後半に認識されていた原生動物の分類群の1つ。それ以前から使われていた鞭毛虫と肉質虫の境界が曖昧であることから、その両者をまとめる亜門として設立され、のちに門に昇格した。21世紀に入って分子系統解析に基づく分類体系に置き換えられており、歴史的かつ人為的な分類群である。訳語としては有毛根足虫門（ゆうもうこんそくちゅうもん）あるいは有鞭根足虫門（ゆうべんこんそくちゅうもん）という場合もある。