日本とボツワナの関係（にほんとボツワナのかんけい、英語: Botswana–Japan relations）は、日本とボツワナとの間の二国間関係を指す。 両国は、2016年8月に開催された両国の外交関係樹立50周年を記念するレセプションの席で尾西雅博駐ボツワナ大使（当時）が「同じ基本的価値観、すなわち民主主義、法の支配、人権の尊重を共有する」と述べた通り、極めて友好的な二国間関係である。 ボツワナは独立以来一貫して複数政党制を維持している民主主義国で、穏健な親欧米外交を基調としている。日本もボツワナと同じく親米の民主主義国であり、かつ両国の間でこれと言った係争事案もないため、1966年9月の国交樹立以来、一度も国交が途絶えることなく現在に至っている。