マスチゴアメーバ科はミトコンドリアを欠くアメーバ様生物からなる科。淡水環境の腐泥中で自由生活を送る(Mastigamoeba)と、動物の腸管で片利共生をしているEndolimaxおよびIodamoebaの計3属からなる。