La Coupe Intertoto 1996 est la deuxième édition de la Coupe Intertoto organisée par l'Union des associations européennes de football (UEFA). Elle se déroule de juin à août 1996. La compétition est remportée par le Silkeborg IF, l'En Avant de Guingamp et le Karlsruher SC qui sont ainsi qualifiés pour la Coupe UEFA 1996-1997.