Les cyanotoxines sont des métabolites synthétisés par les cyanobactéries. Elles peuvent être classées selon leur structure chimique en trois classes : 1) peptides cycliques, 2) alcaloïdes et 3) lipopolysaccharides. Il est aussi possible de les différencier selon leurs mécanismes de toxicité : a) hépatotoxines, b) neurotoxines et c) dermatotoxines.